وقد ألقيت ظلال من الشك على الشراكة بين المحكمة والمحاكم الوطنية بعد أن هرب من السلطات في البوسنة والهرسك في أيار/مايو 2007 شخص كانت تتحفظ عليه هو رادوفان ستانكوفيتش الذي وجهت إليه المحكمة الاتهام وأدانته الدائرة الخاصة لجرائم الحرب وحكمت عليه نهائيا بالسجن لمدة 20 سنة.