ونجمت عن ذلك مواجهات مسلحة بين القوات الديمقراطية لتحرير رواندا والكتائب المختلطة الموالية للجنرال نكوندا مما أدى إلى تفاقم التوترات الإثنية، وازدياد انعدام الأمن، وهروب أعداد كبيرة من السكان، وتعدد انتهاكات حقوق الإنسان ذات الطابع الإثني أو السياسي.