ويكون القسم مسؤولا عن إنشاء وصيانة نظام إدارة الأمن وخطط الطوارئ والإجلاء، والاتصال بحكومة لبنان والسلطات المحلية بشأن جميع الشؤون الأمنية، وإجراء عمليات تقدير المخاطر، وتحليل الأخطار والتحقيق بشأنها، وتقديم استجابة للطوارئ على مدار الساعة، وإدارة وحدات الحراسة الأمنية والدوريات المحلية والإشراف عليها وتقديم الحماية القريبة لكبار موظفي البعثة والوفود الرفيعة المستوى.