وعلى الصعيد الوطني، لدى نيكاراغوا هيئة للتنسيق بين الوكالات، هي اللجنة الوطنية لمكافحة الإرهاب، التي أنشئت لتنفيذ إعلان أمريكا الوسطى الموحدة لمكافحة الإرهاب، الذي اعتمدته دول أمريكا الوسطى في إطار أمانة منظومة التكامل لأمريكا الوسطى.