وتضم وحدة الاستخبارات المالية النيجيرية وحدة لمكافحة الإرهاب تضطلع بالمسؤولية، جنبا إلى جنب مع وكالات إنفاذ القانون والوكالات الأمنية الأخرى، عن رصد درجة تعرض نيجيريا للإرهاب الداخلي والدولي وأوجه ضعفها في مواجهته، ومراقبة التطورات والاتجاهات المتعلقة بالإرهاب الداخلي والدولي، وتقدير وتقييم احتمالات حدوث الإرهاب في نيجيريا ونطاقه، وصياغة استراتيجية وخطط عمل من أجل مواجهة مظاهر تمويل الإرهاب في نيجيريا.