ولكن تشكيل الوحدات المتكاملة المشتركة التي تضم الجماعات المسلحة المتحالفة كان بطيئا وكانت مشاركة ضباط تلك الوحدات في القتال بين القوات المسلحة السودانية وجيش التحرير الشعبي السوداني، في ملكال في تشرين الثاني/نوفمبر 2007، دليلا واضحا على أن أطراف اتفاق السلام الشامل ما زالت تواجه تحديات فيما يتعلق بالانضمام الفعلي للجماعات المسلحة الأخرى والاندماج في الوحدات المتكاملة المشتركة.