وبالإضافة إلى مكتب الممثل التنفيذي، يتألف مكتب الأمم المتحدة المتكامل في بوروندي من خمسة أقسام فنية تغطى المجالات الرئيسية لولايته، وهي: (أ) الشؤون السياسية؛ (ب) السلام والحكم؛ (ج) إصلاح قطاع الأمن والأسلحة الصغيرة؛ (د) حقوق الإنسان والعدالة؛ و (هـ) الإعلام والاتصالات.