وظل الصندوق يعمل بنشاط في مجال تقديم الدعم لوضع البروتوكولات، وارتفع بالتالي بحلول عام 2006 عدد المكاتب القطرية التي تدعم وضع بروتوكولات بشأن فيروس نقص المناعة البشرية/الإيدز والأمراض المنقولة بالاتصال الجنسي (المرفق 3).