وقد أكدَّ دستور عام 1998 على هذا الاستقلال في المادة 99 منه، التي تنص على أن ولاية القضاء في جمهورية السودان سوف تسند لهيئة مستقلة تسمى الهيئة القضائية، تتولى سلطة القضاء فصلاً في الخصومات وحكماً فيها وفقاً للدستور والقانون.