وفي إطار الجهود الرامية إلى توطيد علاقة العمل بين الوكالات وجعلها أكثر تركيزا، قام الاتحاد الأفريقي في تشرين الثاني/نوفمبر 2006 وبالتعاون مع برنامج الأمم المتحدة المشترك المعني بفيروس نقص المناعة البشرية/الإيدز ورعاته واللجنة الاقتصادية لأفريقيا، بتنظيم اجتماع مشترك بين الوكالات عن تنسيق الاستراتيجيات المعنية بالإيدز والسل والملاريا وتنفيذها حدد بوضوح سبل المضي قدما نحو تحسين التعاون بين الاتحاد الأفريقي وأمانة الشراكة الجديدة من أجل تنمية أفريقيا وغيرهما من المنظمات.