وبالإضافة إلى ذلك، فقد لوحظ أن سلامة النظم الإيكولوجية المائية مهمة في تحقيق سلامة المصائد، كما أن هناك شواهد على أن استغلال مصائد الأسماك لا يؤثر على الأرصدة المستهدفة وغيرها من أنواع الأسماك فحسب، بل ويؤثر أيضا على تجمعات الأسماك والكائنات العضوية، والعمليات الإيكولوجية، وعلى نظم إيكولوجية بأسرها، ليتسبب بذلك في الحد من التنوع أو الإنتاجية (انظر الوثيقة A/61/154، الفقرة 26) ومن بين الآثار غير المباشرة لعمليات الصيد إحداث تغييرات في النظم الإيكولوجية البحرية، تؤثر - على سبيل المثال - على العلاقة بين الكائنات المفترسة وضحاياها، وحجم تجمعات الأسماك، وحجم الأسماك نفسها، وتكوين الأنواع().