وفيما يتعلق بقواعد اتفاقات التجارة الإقليمية، أدى الاتفاق على آلية الشفافية لاتفاقات التجارة الإقليمية في عام 2006 إلى تحويل الاهتمام نحو قضايا تتعلق بالنظام، بما في ذلك المعاملة الخاصة والتفاضلية في إطار المادة الرابعة والعشرين من الاتفاق العام بشأن التعريفات الجمركية، و"التجارة في جميع جوانبها الجوهرية"، والفترة الانتقالية.