وهذا العمل الذي ستقوم به الأمانة سيتناول تعزيز دور جميع الأطراف الفاعلة في المجتمع المدني والنظر في شؤون عديدة هامة لمنطقة البحيرات الكبرى، مثل شؤون المرأة والشباب والإعلام والقطاع الخاص وإصلاح قطاع الأمن، وأيضا استغلال الموارد الطبيعية في المنطقة.