وشمل ذلك أعمال منظمة من الاسترقاق الجنسي والتعذيب الجنسي ضد النساء التيموريات؛ انتهكت الحكومة الإندونيسية وكبار قادة الجيش الإندونيسي القانون الإنساني الدولي باستهدافهم المدنيين؛ وقاموا بهجمات عسكرية دون تمييز اشتمل بعضها على استعمال أسلحة محظورة مثل النابالم؛ مع نهب ممتلكات المدنيين وتدميرها بدون داعٍ؛ ارتكبت القوى المؤيدة للاستقلال بقيادة الجبهة الثورية لتيمور الشرقية المستقلة (فريتيلين) قرابة 10 في المائة من الانتهاكات المبلغ عنها.