والعقبات الرئيسية المرتبطة بخيار البروتوكول هي أنه في حالة ما إذا كان البرتوكول يمثل اتفاقية قائمة بذاتها، فإن المفاوضات ستجري في إطار عمليات مجلس إدارة برنامج الأمم المتحدة للبيئة وليس في إطار اتفاقية استكهولم، وأن من المرجح أن تكون الفرص أضيق فيما يتعلق بالاستفادة من آليات ومؤسسات الاتفاقات القائمة، وبالتالي ستكون تكاليف دعم الاتفاقية أعلى.