ولكي ينسق الجهود المبذولة على الصعيدين المحلي والإقليمي ويتفادى الازدواجية في العمل والنفقات الإضافية، سيتعاون القسم بشكل وثيق مع الفريق الجغرافي التابع للاتحاد الأوروبي، وبخاصة في مجال التحليلات المتعلقة بالموارد المحتملة للمياه الجوفية، علاوة على التعاون مع الشركاء الآخرين في الميدان ومع بعثة الأمم المتحدة في السودان وعملية الاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة المختلطة في دارفور.