وتواجه البعثة بشكل منتظم عقبات بيروقراطية من السلطات، وعددا يدعو للانزعاج من الأزمات وعمليات الإخلاء القسرية من مكاتبها في دارفور وفي جنوب السودان، ووجود تهديد إرهابي كامن، وعددا من مشكلات الدعم والمشكلات اللوجستية التي ترجع جزئيا إلى البيئة الصعبة التي تعمل في ظلها البعثة، بالإضافة إلى الطلبات المتزايدة التي تدعم دورها المتنامي في دارفور.