وبالرغم من أن البرامج حددت المجالات المحلية التي تتمتع بميزة تنافسية واستفادت منها، فقد خلص القائمون بالتقييم إلى أن مواطن القصور الهامة لإطار التعاون الإقليمي الثاني هي بالأحرى انخفاض مستوى التآزر والتكامل بين البرامج الوطنية والإقليمية المنفذة في إطار برنامج الأمم المتحدة الإنمائي.