والقيادة والسيطرة المشتركة غير فعالة إلى حد كبير، فعناصر القوات المسلحة السودانية وجيش التحرير الشعبي السوداني التابعة للوحدات المتكاملة المشتركة تقدم كل منها تقاريرها إلى قياداتها بدلا من اتباع التسلسل القيادي للوحدات المتكاملة المشتركة.