علاوة على ذلك، تعاني المحكمة نفسها من بعض الاختلالات التي يمكن أن يعزى بعضها إلى الطريقة التي أنشئت بها، ولا سيما إلى اقتصار نطاق اختصاصها القضائي على فئات محددة وعلى إطار زمني محدد، إذ إن المحكمة، على سبيل المثال، لا تحاكم إلا المواطنين العراقيين، وفقط بشأن الأعمال التي ارتكبت قبل 1 أيار/مايو 2003، وهو تاريخ بدء الاحتلال.