ويتولى رئاسة هذه البعثة المختلطة ممثل خاص مشترك للاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة لدارفور يساعد الأمين العام للأمم المتحدة ورئيس مفوضية الاتحاد الأفريقي في تنفيذ ولاية البعثة، بما في ذلك تنسيق جميع أنشطة الأمم المتحدة والاتحاد الأفريقي في دارفور.