ويظل أحد أهم الجوانب المفيدة للتعاون الناجح بين كرواتيا والوكالة قائماً في إطار برنامج التعاون التقني للوكالة، حيث تدعم الوكالة خمسة مشاريع مستمرة في كرواتيا، بالترافق مع مساهماتها وتنظيمها المشترك لحلقات العمل والحلقات الدراسية التي تستضيفها كرواتيا، ومعالجة المسائل المتعلقة بمنع الانتشار، والحماية من الإشعاع، ومكافحة الاتجار غير المشروع والتهديدات المحتملة من جانب الإرهابيين لأمن المواد النووية والمشعة.