كما أن الوكالة واجهت طوال تاريخها تحديات وتجارب مؤلمة استدعت التغيير والتكيف والتحديث: حادث تشيرنوبل في عام 1986، واكتشاف البرنامج السري للأسلحة النووية في العراق في أوائل التسعينيات، أو تحدي الأمن النووي في أعقاب 11 أيلول/سبتمبر 2001.