ولا يزال النظام الصحي الموريتاني يعاني من النواقص التالية: '1` الخدمات الرديئة، '2` عدم كفاية الموارد البشرية المؤهلة، '3` النقص في المعدات والأدوية والمراكز الصحية، '4` التغطية الضعيفة في المناطق الريفية النائية، وفي المناطق التي يعيش بها سكان مشتتون، '5` تركيز الخدمات الصحية في المراكز الحضارية الكبيرة والتفاوت الكبير بين الولايات.