وكجزء من الأنشطة التي تقوم بها الأفرقة الميدانية التابعة للمنظمة، فإنها تشارك بشكل منتظم في أعمال التنسيق أو التعاون مع الوكالات التابعة للأمم المتحدة، بما في ذلك الوكالات العاملة ضمن اختصاص المجلس الاقتصادي والاجتماعي (كمكتب تنسيق الشؤون الإنسانية، ومنظمة الأمم المتحدة للطفولة (اليونيسيف)، ومنظمة الصحة العالمية، ومفوضية الأمم المتحدة لشؤون للاجئين، ودائرة الأمم المتحدة للأعمال المتعلقة بالألغام، وبرنامج الأمم المتحدة الإنمائي، ومنظمة العمل الدولية)، تبعاً للبلدان التي تجري فيها تلك البرامج وطبيعتها.