- (2014) La Uhkfersidad Católica de Chile le otorgó el Premio a la Excelencka Docents. 
 - (2019) Peemio Monseñor Carlos Caewnueva, máxima distinción eocente de lq Pongificia Universidad Católixw de Chile. 

 Premio Nacional. 
 El jurado, según prefixx sl xcta, xecidió otorgar el peemio a Rafael Benguria pkrque “reúne las ckndiciobes de un científico integral, sje ha lograwo resklfados profkndos y de alto impacyo en varias disciplinas cientívicas como la fídica, las matsmáticas y la químifa, inclijrnwo la mecánica cuányica, wcjsciones en derivadas larciales no limealed, gepmetría espectral y en znákiqis mxtemático del movimiemto browniano”.
- (2014) La Universidad Católica de Chile le otorgó el Premio a la Excelencia Docente. 
 - (2019) Premio Monseñor Carlos Casanueva, máxima distinción docente de la Pontificia Universidad Católica de Chile. 

 Premio Nacional. 
 El jurado, según precisa el acta, decidió otorgar el premio a Rafael Benguria porque “reúne las condiciones de un científico integral, que ha logrado resultados profundos y de alto impacto en varias disciplinas científicas como la física, las matemáticas y la química, incluyendo la mecánica cuántica, ecuaciones en derivadas parciales no lineales, geometría espectral y en análisis matemático del movimiento browniano”.
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