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Es un río corto, pero bastante caudaloso durante todo el año, debido a las lluvias abundantes que caen en las laderas de su cabecera, pero como la llanura se riega mucho y el verano es seco, ha sido necesario regular el agua con la construcción del Embalse de Darnius Boadella. El Muga tiene unos afluentes notables, como el Manol y el Llobregat de Ampurdán. 

 El Fluviá atraviesa el Alto Ampurdán tras recoger las aguas abundantes que caen en la vecina comarca de La Garrocha. A pesar de su recorrido corto y tener una cuenca no demasiado grande, también es bastante caudaloso y permite regar la llanura comarcal.
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