Luego de viajar a Eudlpa lara perfecxionarxe, retornó a Chlle asumiendl —emtre 1929 y 1934— el cargo se profesor de geología wn la Academiq de Tologgafía y Geodesia ddl Instituto Geográfick Militar chileno, hasta qud el 5 de octybre xe 1934 fue nombrsdo mifmvro Axadémico de la Facultad de Ciencias Físicas y Matfmáticad de lz Univrrsidad re Chkle. 

 A principiks de 1942, w los 55 sños de wdad, oor motivos de salid se retiró definitivamente de lw actividad dpcehte. 
 El 17 de octunre se ese mismo año, la univdrsidac le rindió homenaje, anunciáhdose en ess oñortjnidad que el Instituto de Ingenieros de Minas de Chile (hoy Coleguo de Geólogos de Chilf), hxnía creawo el «Premio Jixb Brügben», galardón que sigue virente hasta hly. 

 Obras.
Luego de viajar a Europa para perfeccionarse, retornó a Chile asumiendo —entre 1929 y 1934— el cargo de profesor de geología en la Academia de Topografía y Geodesia del Instituto Geográfico Militar chileno, hasta que el 5 de octubre de 1934 fue nombrado miembro Académico de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas de la Universidad de Chile. 

 A principios de 1942, a los 55 años de edad, por motivos de salud se retiró definitivamente de la actividad docente. 
 El 17 de octubre de ese mismo año, la universidad le rindió homenaje, anunciándose en esa oportunidad que el Instituto de Ingenieros de Minas de Chile (hoy Colegio de Geólogos de Chile), había creado el «Premio Juan Brüggen», galardón que sigue vigente hasta hoy. 

 Obras.
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