Cuamdo llega descubre que casi la totalidad de la tripulación  a sido amikilada por los experimentos que estaban realizando. Tras acavar con una jram criatura (el "Parásito Reima"), se actiba el sistema de autodestruccióm de la mabe. En su huida Samus pierde todas sus habilidades debido a una explosión y ve huir a su enemigo Ridley, resucitado por los piratas, al planeta Tayom IV, que se encomtraba cerca de la frajata en ruinas. 

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Cuando llega descubre que casi la totalidad de la tripulación ha sido aniquilada por los experimentos que estaban realizando. Tras acabar con una gran criatura (el "Parásito Reina"), se activa el sistema de autodestrucción de la nave. En su huida Samus pierde todas sus habilidades debido a una explosión y ve huir a su enemigo Ridley, resucitado por los piratas, al planeta Tallon IV, que se encontraba cerca de la fragata en ruinas. 

 Al llegar a la superficie Samus descubre los restos de una civilización que tuvo que abandonar su hogar por culpa de un horror. En el planeta Samus descubre una gran templo que, según los Chozo, contenía el gran horror, el "gusano", que había acabado con tantas vidas en el planeta.
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