빅스버그 전투
그러나, 남부 연합 대통령 제퍼슨 데이비스와도 잦은 갈등을 빚었고 1862년 4월에는 반도 회전 당시 수도 리치먼드를 지키기 위해 후퇴했다. 그러나 세븐파인스 전투 에서 중상을 입어 로버트 E. 리 장군이 그를 대신했다. 1863년에는 빅스버그 전투에서 존 C. 펨버턴 장군을 구출하지 못해 1863년 7월 4일 빅스버그가 북군에게 함락되면서 패배했고 북군이 조지아 주 애틀란타로 진격하자 12월에 테네시 강 지구 군대를 맡았다. 1865년 2월 복직되어 노스캐롤라이나 주에서 군대를 지휘해 3월에 벤턴빌 전투에서 윌리엄 T 셔먼을 격퇴시키는 데 성공했으나, 피터즈버그 회전에서 로버트 E. 리 장군과 만나는 데 실패해 마침내 1865년 4월 26일 노스캐롤라이나 주 더럼 역에서 셔먼에게 항복했다.
조지프 E 존스턴이 존 C 펨버턴 장군을 구출하지 못한 전투는
조지프_E._존스턴