1689년
윤 8월 21일 장형을 받던 중 장살(杖殺) 당하였다. 이때 그를 따라 초산으로 향하던 아들 이담명은 아버지의 죽음을 목도하고 은거하였으나, 뒤에 거듭된 권고로 조정에 나와 송시열, 김수항 공격에 적극 가담하였다. 저서에 《귀암집(歸巖集)》 6권이 있으며, 편저에 《경산지(慶山誌)》 2권, 《완부결송록(完府決訟錄)》 1권, 경상북도 성주군(星州郡)의 읍지인《경산지(京山志)》 등이 있다. 시호는 문익(文翼)이다. 죽은 뒤 그의 작품은 대부분 서인들에 의해 불에 탔고 경산(京山)의 향토지인 경산지는 경상도 관찰사(慶尙道觀察使) 이수언(李秀彦)에 의해 조헌, 윤두수, 정철을 모함하는 내용이라고 폄하당하였다. 1689년(숙종 15년)의 기사환국(己巳換局)으로 남인이 집권하자 신원(伸寃)되어 1689년 2월 복관되었다. 2월 28일 아들 이담명이 아버지 이원정의 억울함을 호소하는 상소를 올렸다.
기사환국은 언제 있었던 일이야
이원정 (1622년)