명종실록
그해 왕의 외숙이자 척신인 윤원형 세력과 심통원 일파 등이 몰락한 뒤 신진 사림들이 정계에 진출하자 그는 동문인 김효원을 지지하였다. 이후 이조좌랑(佐郞)과 정랑(正郞)，의정부(議政府)의 검상(檢詳)과 사인(舍人)，홍문관의 응교(應敎), 전한(典翰)을 거쳐 직제학(直提學)이 되고 상의원정(尙衣院正), 지제교(知製敎), 행교서관교리(行校書館校理) 등을 지냈다. 얼마 뒤 예문관응교(藝文館應敎)를 겸직하였다. 남명 조식(조식 (1501년))과 이퇴계의 문하생이며 서경덕계열이기도 한 그는 이이가 스승들 중 한사람인 이황의 학설인 이기이원론을 정면 반박하는 것을 보고 분개하였는데, 유성룡, 정온, 박승임, 정인홍 등과 함께 동인(동인 (정치))(東人) 당을 형성했다. 1567년(명종 22년) 1월 명나라에서 사신이 파견되자 명나라의 사신을 맞이할 원접사종사관(遠接使從事官)으로 국경에 나가 명나라 조사(詔使) 일행을 영접하고 되돌아왔다. 그해 2월 홍문관부교리, 4월 홍문관교리가 되었다. 그 뒤 명종(조선 명종)이 죽고 선조가 즉위하자 홍문관직제학 지제교 겸 경연 시강관(弘文館直提學知製敎兼經筵侍講官)으로 선조즉위 초 춘추관(春秋館)의 사관으로 《명종실록》편찬에 참여하였다.
조선 선조때 춘추관의 사관 이산해가 편찬한 역사서는
이산해