1963년말
10월 그는 송요찬의 녹음 연설회를 열기 위해 경남 마산으로 내려갔다. 마산에 온 그는 10월 2일 오전 10시 기자회견을 발표한다. 이 기자회견에서 그는 박정희와 김종필의 사상 의혹을 제기한다. 1963년말 자유민주당 대표최고위원이 되고, 1963년초 제5대 대통령 선거에서는 대통령 후보간의 갈등이 심하여 입장표명을 하지 않다가 윤보선으로 대선후보가 확정되자 그는 윤보선을 지지하여 지원유세를 다녔다. 제5대 대통령 선거 유세기간 중 윤보선 외에도 김준연 역시 박정희의 남로당 경력과 여순사건 관련 경력을 들어 박정희 사상의 건강성과 민주성을 의심하였다. 64년 4월 4일 오후, 공화당은 1억 3천만불 유입설의 발설자인 김준연 의원을 명예훼손, 허위사실 유포 혐의로 서울지검에 고소했다. 공화당은 또 김준연의 발언 가운데 박정희 총재와 김종필 당의장에 해당되는 명예훼손 사항에 대해서도 아울러 검찰에 고발했다.
김준연이 자유민주당 대표최고위원이 된 때가 언제야
김준연