545년 11월 22일
교황이 콘스탄티노폴리스로 떠나기 위해 테베레 강가(테베레 강)에 정박한 배에 오르자, 로마 시민들이 달려와서 교황에게 화를 내며 배를 향해 돌을 던졌다. 이후 로마는 토틸라 왕이 지휘하는 고트족에게 포위당하여 공격을 받게 되면서 큰 곤경에 처하게 되었다. 비질리오는 로마 시민들을 위해 곡식을 실은 배들을 보냈지만, 고트족에게 나포되고 만다. 《교황 연대표》의 기록이 정확하다면, 비질리오는 아마도 545년 11월 22일에 로마를 떠난 것으로 추정된다. 로마를 떠난 그는 시칠리아에 오랫동안 머무르다가 546년 말이나 547년 1월경에 콘스탄티노폴리스에 도착하였다. 비질리오는 유스티니아누스 1세에게 고트족의 공격을 받고 있는 로마와 이탈리아 백성들을 도와줄 것을 요청하고자 하였다. 그러나 당시 유스티니아누스 1세의 관심사는 삼장서 논쟁 문제였다.
교황 연대표에 따르면 언제 비질리오 교황이 로마를 떠났다고 되어있어
교황 비질리오