2006년 9월 21일부터 2007년 5월 31일까지
98화 같은 경우는 심의로 방영에서 제외되었고(DVD로는 해당 에피소드 발매), 110화는 같은 이유로 아예 제작단계에서 중단되었다. 대한민국에서는 2006년 9월 21일부터 2007년 5월 31일까지 SBS에서 거북이 특공대Z라는 제목으로 방영하였다. 이 후 챔프와 애니원에서 재방영을 한 적이 있다. 그리고, 2008년 6월 17일부터 SBS에서 재방영을 시작하다가 중도 종영하였다. 2003년 시리즈가 117개의 에피소드들로, 완결에 이어 제작한 애니메이션 시리즈이다. 시즌 5에서 연장되는 이야기이며, 주인공인 거북이들과 스플린터가 99년 뒤에 세계인 2105년으로 가서 빚어지는 에피소드들을 담고 있다. 모두 26화까지 제작되었다.
거북이 특공대Z가 방영한 기간은
닌자 거북이