3할 타율에 22홈런
그러나, 꾸준히 출장하면서 타격 실력은 자연히 향상하게 되어 1999년에 0.263를 기록하였고, 이듬해 2000년에 2할8푼8리의 타율을 기록한다. 그러나, 2000년 현대 유니콘스 시절 병역 비리 사건에 연루되어, 그의 아버지와 담당 의사는 불구속 기소되었고, 그는 재검 처분을 받기도 하였다. 그러나 곧바로 시드니 올림픽(2000년 하계 올림픽) 야구 국가대표팀에 발탁, 동메달을 획득하여 정식으로 병역 면제를 받았다. 이듬해 2001년에는 유격수로서는 쉽지 않은 3할 타율에 22홈런을 쳐 자신의 데뷔 이후 최고 성적을 기록하였다. 2002년 시즌에 타격이 크게 부진하여 0.219를 기록하였으나, 2003년과 2004년에 2할 8푼대 타율을 꾸준히 기록하여 유지했다. 타격보다 수비에 인상적인 활약을 보였기에 수비에서 평가가 높은데, 현대 유니콘스 시절 동안 그는 소속 팀에서 4번의 우승을 경험했고 팀에 많은 기여를 한 선수들 중 한 명이었다. 2004년 한국시리즈에서 우승한 후 FA(자유계약선수제도) 자격을 얻어 삼성(삼성 라이온즈)과 4년 간 39억 원에 FA(자유계약선수제도) 계약을 맺고 이적했다.
야구선수 박진만의 데뷔 이후 최고 성적은
박진만