바이에른 리저브
그 다음 시즌, 바이에른 리저브팀은 새로 출범한 3. 리가의 일원이 되었고, 2008-09 시즌의 3. 리가에서 뮐러는 38 경기 중 32경기에 출전하며 주축 선수로 활약하였고, 15번 득점하며 득점 5위에 랭크되었다. 그는 당시 1군 감독인 위르겐 클린스만의 부름을 받아 1군 경기에도 출전하였고, 그는 프리시즌 친선경기에 참가하였고, 2008년 8월 15일에 함부르크 SV와의 푸스발-분데스리가 경기에서 10분을 남겨놓고 미로슬라프 클로제와 교체 투입되며 공식적으로 데뷔하였다. 뮐러는 비록 자신의 성과를 보잘 것 없다고 평가하였으나, 이후 그는 같은 시즌의 분데스리가 경기에 3번 더 출전하였고, 2009년 3월 10일, 7-1로 승리한 스포르팅 CP와의 UEFA 챔피언스리그 경기에서 72분에 바스티안 슈바인슈타이거와 교체 투입되며 첫 유럽대항전 경기를 경험하였다. 그는 바이에른의 마지막 득점을 성공시켰고 팀은 합계 스코어 12-1로 다음 라운드에 진출하였다. 2009년 2월, 뮐러는 리저브팀 동료 홀거 바트슈투버와 처음으로 1군 계약을 체결하였는데, 이는 2009-10 시즌(FC 바이에른 뮌헨 2009-10 시즌)부터 2년 유효하였다.
독일 선수 뮐러의 소속팀 이름이 뭐야
토마스 뮐러