AC 밀란
이탈리아와 해외에서의 첫 시즌 후, 그는 인테르나치오날레의 리그 경기에서 두각을 나타내지 못한 선수로, 연고지 라이벌 밀란이 리그를 우승하는 가운데 소속팀은 4위라는 실망스러운 성적을 거두었으나, 포르투갈에서 열린 UEFA 유로 2004의 그리스 선수단에 별탈 없이 들어가 나중에 큰 인상을 남겼다. 그리스가 UEFA 유로 2004를 우승한 후, 이탈리아로 돌아가 자신과 서포터들로부터 정기적으로 출전할 많은 기대를 갖고 2004-05 시즌의 리그에 참가하였으나, 그는 로베르토 만치니 감독 지휘 하에 세리에 A경기에 또 불규칙적으로 출전하였고, 유럽대항전과 국내 컵 대회를 위주로 출전하였다. 그는 2005년 코파 이탈리아 결승전에서 그리스 국가대표팀 동료인 트라야노스 델라스가 소속된 로마(AS 로마)를 꺾고 팀과 우승의 기쁨을 누렸다. 2004-05 시즌 종료 후, 인테르나치오날레는 유벤투스(유벤투스 FC)가 우승한 가운데 3위로 리그를 마감하였고, UEFA 챔피언스리그는 8강에서 연고지 라이벌 밀란(AC 밀란)에게 패하며 탈락했다. 2005년, 그는 포르투갈로 무대를 옮겨 그가 그리스 대표로 UEFA 유로 2004를 우승했던 이스타디우 다 루스를 연고로 하는 벤피카(SL 벤피카)에 합류하였다. 카라구니스는 "저는 벤피카가 좋습니다. 매우 큰 클럽으로, 저는 서포터들이 저에 대해 큰 믿음이 있는 것으로 보아 큰 환영을 받았습니다.
2004-05 시즌 챔피언스리그 8강에서 인테르나치오날레의 경기 상대는
요르기오스 카라구니스