소학관(小學館)의 잡지
1981년에 연재가 종료되어, 당시에는 이것으로 완전히 완결되어 속편은 없는 것으로 되어 있었다. 하지만, 1996년부터 소학관(小學館)의 잡지에 속편을 연재하기 시작하여, 해당 잡지를 거쳐 웹상에 불규칙하게 연재하여 999화까지 그리기로 하였다. 신작은 41화까지 그려진 상태이다. 여기에서는 극장판 2편의 설정이 들어가 있어 만화판으로부터의 속편은 아니다. 하지만 단행본으로는 만화판 연재로부터 계속되는 번호가 붙여져 간행되고 있다. 신작에서는 세계관이 확대되고 설정이 적극 변경되어 다른 작품인 《우주해적 캡틴 하록》, 《퀸 에메랄다스》, 《천년여왕》, 《하록 사가 : 니벨룽겐의 반지 ~라인의 황금~》와 이야기가 복잡하게 이어졌고, 메텔과 에메랄다스의 관계도 이전의 라이벌에서 자매로 바뀌었다. 배경은 은하계의 각 행성이 은하철도라 불리는 우주공간을 달리는 열차로 연결된 미래 세계(TV 애니메이션에는 서기 2221년으로 설정[한국에서는 서기 2021년])이다.
1996년부터 은하철도 999는 어디에서 속편이 연재되고 있어
은하철도 999