2009년 5월 26일
DFB-포칼에서 고메스는 6득점을 올리며 최다 득점자가 되었다. 그의 괄목한 성장으로 인해, 다수의 빅클럽들이 이 23세 공격수를 획득하기 위해 경쟁하였고, SV 베르더 브레멘과의 경기 (6-3 승리) 에서 해트트릭을 하였는데 두 번째 골을 사실상 이을드라이 바쉬튀르크가 만들어낸 잡을 수 없는 패스를 골로 연결한 것으로 인해 "미스터 신뢰" (Mr. Zuverlässig) 라는 별명도 획득하였다. 2008-09 시즌(푸스발-분데스리가 2008-09), 고메스는 분데스리가 선두 VfL 볼프스부르크를 상대로 4골을 득점하여 4-1 승리를 견인하였다. 2009년 5월 26일, 고메스는 FC 바이에른 뮌헨과 4년 계약을 맺으며, 분데스리가 최고 이적료 기록을 세웠다. 출처에 따라 고메스의 이적료는 €30–35M으로 책정되었다. 고메스는 본래의 그모습과 다르게, 득점포가 침묵하였고, 리그에서 10골을 득점하는데 그쳤으나, DFB-포칼에서는 4경기 3골을 득점하였다. 불행히도, 고메스는 골뿐만 아니라 어시스트 수도 적었다.
마리오 고메스가 FC  바이에른 뮌헨으로 이적한 날짜는
마리오 고메스