교황 마르첼로 2세
1541년 레겐스부르크 회의에서 유럽의 가톨릭교회와 개신교 사이에 화해가 이루어지지 않은 대신에 이탈리아의 많은 저명인사가 개신교 진영으로 배교하였다. 이에 대응하기 위해 카라파는 교황 바오로 3세를 설득해 스페인 종교재판을 본따 로마 종교재판소를 설치하도록 하였다. 1542년 이를 알리는 교황 칙서가 발표되었으며, 대심문관 중의 한 사람이 된 카라파는 “설령 이단자가 내 아버지라 해도 나는 그를 화형시키기 위해 장작더미를 모으겠다”고 맹세하였다. 놀랍게도 교황 마르첼로 2세의 후임자로 잔 피에트로 카라파가 선출되었다. 당시 그는 79세의 고령이었던 데다가 완고하고 비타협적인 성격 탓에 그가 교황이 될 것이라고는 누구도 예상하지 못했다. 이러한 그의 성격에 이탈리아 민족주의까지 결합되면서 그의 불굴의 의지는 공교롭게도 나중에 그의 명예를 실추시키는 원인이 되었다. 신성 로마 제국 황제 카를 5세가 그의 선출에 반대하였으나 카라파는 기꺼이 자신의 선출을 받아들였다.
카라파가 교황되기 이전 교황이 누구야
교황 바오로 4세