2006년
마티아스 페레난데스는 2006년 아페르투라 시즌에서는 콜로-콜로의 24번째 리그 우승에 공헌했고 같은 해 12월에 열린 코파 수다메리카나 6경기에 선발 출전하면서 9득점을 기록했고 팀을 결승전까지 진출시켰지만 콜로-콜로는 멕시코의 CF 파추카에 패하면서 준우승을 차지하게 된다. 2006년 클라우수라 시즌에서도 콜로-콜로의 우승을 이끌었고 같은 해에 남아메리카 올해의 축구 선수로 선정되었다. 2006년 10월 말 870만 유로의 이적료 계약을 맺고 스페인의 비야레알(비야레알 CF)로 이적했으며 2007년 1월 7일에 열린 발렌시아(발렌시아 CF)와의 경기(비야레알이 0-1로 패함)에 출전하면서 라 리가 무대에 데뷔하게 된다. 그로부터 3개월 후에 열린 힘나스틱 데 타라고나와의 경기(비야레알이 3-0으로 승리함)에서 첫 득점을 기록했다. 2007-08 라 리가 시즌에서 30경기에 선발 출전하면서 3득점을 기록했고 팀이 라 리가에서 2위를 차지하는 데에 공헌했다. 2009년 5월 10일에 열린 바르셀로나(FC 바르셀로나)와의 경기에서 페널티킥 득점을 기록했고 비야레알은 바르셀로나와 3-3 무승부를 기록했다. 2009년 7월 1일 포르투갈의 스포르팅 CP로 이적했으며 이적료는 365만 유로(출전 경기 수에 따라 50만 유로가 추가된다는 조건이 붙음), 계약 기간은 4년이었다.
마티아스 페르난데스가 남아메리카 에서 올해의 축구선수로 선정된게 언제야
마티아스 페르난데스