생물을 돌연변이화
쿵후 고단자인 키노이지만 너무 많은 수의 도둑들을 혼자 상대하기엔 역부족이다. 이때 하늘을 뒤덮으며 나타나 도둑들을 순식간에 때려 눕힌 용사들은 다름아닌 닌자 거북이 4총사 라파엘, 레오나르도, 미켈란젤로, 도나텔로. 키노가 신고를 하러간 사이 닌자거북이 4총사는 도둑들을 묶어 놓은 뒤 피자판을 들고 사라진다. 한편 화학약품 회사의 폐기물 처리장에서 에이프릴이 연구소 교수 조던 박사와 뉴스 인터뷰를 하고 있다. 푸트 갱단의 하수인으로 에이프릴에게 접근해 있던 프레디가 그곳 하치장에서 거대한 돌연변이 들꽃을 발견하곤 두목 슈레더에게 보고한다. 슈레더는 조던박사의 화학약품이 생물을 돌연변이화 한다는 걸 알아내고, 괴력을 지닌 거대한 괴물을 만들어 내어 닌자거북이들에게 복수하고 뉴욕시를 파괴하려는 음모를 꾸미는데... 16세기 일본은 서로 영토를 넓히려는 막부의 충돌로 상당히 어지러운 정국.
조던 박사의 화학약품은 어떤 능력을 갖고 있어
닌자 거북이