백제본기
《백제본기》는 《백제기(百濟記)》, 《백제신찬(百濟新撰)》과 함께 '백제삼서(百濟三書)'라 불리며, 풍부한 기록성으로 3서 가운데서도 《일본서기》 편찬에 가장 많이 인용되었던 사서이다(《삼국사기》 백제본기와는 다르다). 종래의 일본 학자들은 6세기 후반 위덕왕의 시대에 백제가 왜왕에게 제출하고자 편찬한 것을 《일본서기》 편찬자들이 참조했으며 이 '백제삼서'와 《일본서기》 기사를 대조해 나가면 고대 한국과 일본의 관계의 실상을 객관적으로 복원할 수 있다고 믿었다(여기에는 백제가 일본의 전통적인 속국이었다는 인식이 수반되어 있었다). 대부분의 내용을 《백제본기》에 기초한 《일본서기》 게이타이기(繼體紀), 긴메이키(欽明紀)의 기술에는 '일본 천황이 한반도에 광대한 영토를 차지하고 있었다'고 보지 않으면 의미가 통하지 않는 문장이 많이 있는데, 임나일본부에 대한 기술(《백제본기》에 이르기를 "임나는 안라를 아버지로 삼고 일본부를 근본으로 삼는다" 하였다)도 포함되어 있다. 또한 진구기(神功紀) ・ 오진기(應神紀)의 주석에 인용된 《백제기》에는 "신라가 귀국(貴國)을 받들지 않아 귀국은 사치히코(沙至比跪)를 보내어 치게 하였다." 등 왜국을 '귀국(貴國)'이라 부른 기술이 있는데, 야마오 유키히사(山尾幸久)는 이 단어를 종래의 일본 사학에서는 2인칭 대명사로 '당신의 나라'라는 뜻으로 해석해 왔으나, 《일본서기》 본문에는 제3자의 상호간 대화에서도 왜국을 '귀국'이라고 부르고 있는 부분이 있는 점을 들어 '귀국'이란 '가시코키 스메라미코토(可畏天皇)', '히지리노 오키미(聖王)'가 군림하는 '귀한 나라', '신의 나라'라는 의미라고 해석하였는데, 이처럼 일본을 '아라히토카미(現人神)'가 지배하는 신국(神國)으로 인식하는 것은 이 백제삼서에 기재된 '일본', '천황' 등 호칭의 출현과 같은 덴무 천황의 시대의 일이며, 《백제본기》가 다룬 6세기 후반의 시대는 물론 일본 최초의 역사가 편찬되었던 스이코 천황 때에도 이러한 '신국' 사상은 존재하지 않았다고 주장하였다. 현재 '백제삼서'의 기사의 원형은 백제 왕조의 사적으로 거슬러 올라가는 것으로 추정되며, 한반도에서 백제가 멸망하고 부흥운동이 실패로 돌아간 7세기 말에서 8세기 초에 걸쳐 왜국으로 망명한 옛 백제의 왕족과 귀족들이 가지고 온 본국의 사서를 재편집하여 천황의 관부에 바친 것으로 여겨지고 있다. 야마오 유키히사는 《일본서기》의 편찬자는 이것을 대폭으로 개변하였으며, 당시 일본의 율령국가체제 성립 과정에서의 국가적 대사업으로 이루어졌던 《일본서기》 편찬, 편찬 주체로 설정된 '천황'의 신하라는 입장(정치적 지위 보전 등) 등의 문맥을 무시하고서는 '백제삼서'와의 대음을 생각할 수 없다고 주장하였다. 이같은 《일본서기》와 《백제본기》와의 대응에 대해서는 여러 설이 있다.
일본서기 편찬에 가장 많이 인용된 사서는
일본서기