1766년의 폭동에 예수회가 관련되었다고 의심
이 사건 이후 카를로스는 오랜 기간 동안 아란후에스에서 머물렀으며, 정치는 아란다 백작(아란다 백작 페드로 파블로 아바르카 드 보레아)에게 맡겨졌다. 카를로스는 1766년의 폭동에 예수회가 관련되었다고 의심하기 시작하였고,  1767 년 2 월 27 일 왕실의 명령에 따라 예수회를 스페인에서 추방하였고 예수회의 모든 소유물은 몰수되었다. 이로 인해 나폴리의 왕이었던 시절 교회의 권한 억제로 인해 마찰이 있었던 교황과의 사이가 다시 틀어지게 되었다. 카를로스는 교회를 억압하여 성직자, 특히 수도사의 수를 줄이고 종교재판소를 철폐하지는 않았지만 활동을 억제하였다. 이와 함께 카를로스는 무역과 산업의 성장을 억제하던 오래된 법을 폐지하였고, 도로, 수로 등 기반시설을 지었다. 이러한 조치들은 스페인이 예전보다 좀 더 번영하도록 하였다. 말년에 카를로스는 그의 장남(후에 카를로스 4세가 된다.)과 마찰이 있기도 하였다.
카를로스는 왜 예수회를 스페인에서 추방했어
카를로스 3세 (스페인)