노동당 대남담당비서 김용순
그리고 2001년 11월, 동료 문화예술인들과 함께 '노문모'(노무현 상임고문을 지지하는 문화예술인 모임)를 조직하여 노무현에 대한 공개 지지를 표명했다. 2002년 대한민국 제16대 대통령 선거에서 대선후보 노무현을 지지하는 활동을 하였는데, 개혁국민정당에 가입하여 활동하며 노무현이 대통령이 되는 데 기여하였다. 노무현이 대통령에 당선된 뒤에는 정계를 떠나 배우로서의 활동을 재개하였다. 2003년 가을, 대통령 노무현의 대북특사로 방북해 노동당 대남담당비서 김용순을 만나 "대화를 통한 남북관계 증진과 북한 핵 문제의 평화적 해결이 중요한 만큼 이를 김 위원장과 논의할 의지가 있다"라는 대통령의 친서를 전달하기도 했다. 이에 대해 문성근은 자신이 통일운동가 문익환의 아들이라는 점이 감안된 선택이었을 것으로 추측했다. 2009년 5월, 노무현 전 대통령이 서거하였다. 노무현 전 대통령의 서거에 큰 충격을 받은 문성근은 2010년부터 백만송이 국민의 명령이라는 2012년 대한민국 대선(대한민국 제18대 대통령 선거)을 겨냥한 야 5당 (민주당(민주당 (대한민국, 2008년)) · 민주노동당(민주노동당 (대한민국)) · 국민참여당 · 진보신당(진보신당 연대회의) · 창조한국당) 통합을 목적으로 하는 정치 운동을 시작하였다.
2003년 문성근은 대북특사로 누굴 만났어
문성근