매 시간마다
낮 시간대에 JR 교토·고베 선에서는 신쾌속이 매 시간마다 4편성씩 운전되고 있지만, 그 중 하나는 야마시나에서 고세이 선으로 들어가기 때문에 비와코 선으로 들어가는 열차는 3편성이 된다. 그 중에서 또 1편성은 야스 역에서 시종착하므로, 야스 이동 구간을 주행하는 열차는 2편성이다. 저녁 이후에는 야스까지 4개 편성이 운전된다. 아침에는 구사쓰·야스 이서 구간이 신쾌속, 이동 구간이 보통으로 운전되는 열차도 있다. 일부 열차를 제외하고 교토 - 구사쓰 간은 내측선을 달린다. 마이바라 이북은 홈 유효 길이의 관계 상 나가하마 발착 열차는 8량 편성, 쓰루가·오미시오쓰 발착 열차는 4량 편성으로 운전되고 있다 (12량 운전의 경우는 마이바라에서 분리·병결됨). 2006년 10월 21일의 시각표 개정부터 나가하마 발착의 일부 열차가 오미시오쓰·쓰루가까지 연장되었다.
제이알 교토선에서 신쾌속은 언제 한번씩 와
비와코 선