신유고 연방
그러나 마케도니아는 별다른 분쟁 없이 독립했으나, 그리스와의 명칭 분쟁으로 각국의 승인이 다소 늦어졌고, 1993년 뒤늦게 구 유고슬라비아 마케도니아라는 이름으로 UN에 가입했다. 또한 크로아티아와 보스니아 헤르체고비나에서는 복잡한 민족 문제로 내전은 큰 규모의 국제전으로 확대되다. 크로아티아에서는 크로아티아 내의 세르비아인과의 분쟁으로 여러 해 동안 전쟁이 이어졌고, 보스니아 헤르체고비나에서는 세르비아인·보스니아인·크로아티아인의 극심한 대립(보스니아 내전)으로 숱한 전투와 민족간의 대량 학살이 있었다. 한편 세르비아와 몬테네그로의 두 구성 공화국이 잔류한 유고슬라비아는 공식 국호를 유고슬라비아 연방으로 바꾸고, 국기와 국장도 새로 변경했다(대한민국에서는 '신유고 연방' 이라고 통용된다). 그러나 주민의 대부분이 알바니아인 계통의 코소보인인 코소보 자치주에서 독립 요구가 거세지자 이들 주민을 대량 학살하는 등의 만행이 이어지자, 미국을 비롯한 북대서양 조약 기구(NATO)의 회원국들은 평화 유지군을 보내 내전(코소보 전쟁)의 규모가 계속 확대되었다. 보스니아 내전과 코소보 내전에서 소수 민족의 학살에 관여했던 슬로보단 밀로셰비치 대통령은 2000년 실각, 밀로셰비치의 독재 정치가 종식되었고, 후에 그는 체포되어 헤이그에서 전범 재판을 받은 뒤 수감되었으며, 2006년 3월 11일에 옥사했다. 신 유고슬라비아 연방은 2003년 2월 4일, 국호를 '세르비아 몬테네그로 연방'으로 개명하고 세르비아와 몬테네그로의 자치권을 각각 확대하고 느슨한 형태의 연방으로 이행하기로 결정하였다.
대한민국에서는 유고슬라비아 연방을 뭐라고 불렀지
세르비아 몬테네그로