2012 시즌 종료 후
그 후, 당시 국가대표팀(대한민국 축구 국가대표팀) 감독인 조광래가 국가대표팀 코치로 승격시켜 합류했으나 2012년 조광래의 레바논(레바논 축구 국가대표팀)전 부진으로 인한 해임으로 국가대표팀 코치직을 사임했다. 2012년부터 수원 삼성 블루윙즈의 수석 코치를 맡았다가 2012 시즌 종료 후 윤성효 감독의 성적 부진으로 인한 자진사퇴로 인해 그의 후임으로 수원의 제4대 감독으로 승격하였다. 바르셀로나 올림픽(1992년 하계 올림픽)을 준비하였을 때 함께하였던 데트마어 크라머 전 올림픽 대표팀 감독은 그의 멘토이기도 하다. 2014(K리그 클래식 2014) 시즌 초반에 삐걱거렸다가, 2014년 FIFA 월드컵 휴식기 이후 순위를 끌어올리며, 19승 10무 9패 2위의 성적으로 AFC 챔피언스리그 출전권 획득과 동시에, K리그 클래식(K리그 클래식 2014) 준우승의 성과를 거두었다. 2016년에는 K리그 클래식에서 괄목할 만한 성적을 내지 못하였고, 특히 2016년 7월 2일에는 울산과의 원정경기에서 1-2 역전패를 당하여 다 잡았던 승리를 놓쳤다.
서정원이 언제 수원 삼성 블루윙즈의 감독이 됐어
서정원