유고슬로비아 전쟁 전범
이후 그는 1999년 12월 19일, 국가 두마 의원으로 선출되었고, 그의 당은 총선에서 3위를 기록했다. 2003년, 그는 블라디미르 푸틴 대통령의 특사로 임명되어 이라크를 방문하였는데, 이때 사담 후세인을 만나 WMD(대량 살상 무기)가 있는 것으로 의심받는 모든 시설을 유엔 사찰단에게 공개할 것을 제안했다. 프리마코프는 2004년 11월 30일, 네덜란드 헤이그 국제형법재판소에서 유고슬로비아 전쟁 전범으로 기소된  슬로보단 밀로셰비치의 변호를 맡았다. 이 자리에서 그는 '코소보 내전의 책임이 밀로셰비치가 아닌 독일과 코소보 분리주의자들에게 있다'고 주장했으며, UN의 승인 없이 나토가 독단적 개입을 했다며 나토를 비난하였다. 의원 선출 이후 프리마코프는 2001년부터 2011년까지 러시아 상공회의소 회장을 맡았다. 2011년, 프리마코프는 러시아 상공회의소 회장직을 사임하였고, '두 번에 걸쳐 러시아 상공회의소 회장을 맡았으니, 그것으로 충분하다' 라는 말을 남겼으며, 후임으로는 세르게이 카티린이 선출되었다. 2012년 11월 23일에 프리마코프는 주식회사 «РТИ»의 이사회 의장이 되었다.
슬로보단 밀로셰비치가 무슨 이유로 기소돼서 프리마코프가 변호를 맡았어
예프게니 프리마코프