친명파와 신진사대부 일각
그 후 우정승을 두 번 지내고 문하시중(門下侍中)으로 있다가 1357년(공민왕 6) 벼슬을 떠났다. 1356년 친명파와 신진사대부 일각의 주도로 기철(奇轍) 등을 죽이는 반원운동이 일어나자, 문하시중이 되어 사태의 수습에 나섰으나 실패하였다. 반원운동이 활발히 전개되자 그는 사태 수습에 나섰다가 뜻대로 되지 않아 1357년 사임을 청하고 관직에서 완전히 물러났다. 이제현은 충렬, 충선, 충숙, 충혜, 충목, 충정, 공민왕 시대를 거치며 관직생활을 하였으나 단 한 번도 유배된 적이 없는 정치가이기도 했다. 이후 관작을 사양하고 학문 연구와 성리학자 양성으로 여생을 보냈다. 그러나 공민왕과 우왕은 그를 수시로 불러들여 국가의 중대사에 대하여서는 자문에 응하였다. 하지만 정치 일선에는 나서지 않고 주로 학문에 열중하며 많은 책들을 저술하였다.
1356년 반원운동을 일으킨 주도세력은 누구야
이제현