나이토 노부타미
그 뒤에 들어온 것은 나이토 가문이며, 이때부터 번주 가문이 안정되었다. 나이토 가문은 도쿠가와 이에야스의 배다른 동생인 나이토 노부나리 계통의 가문이다. 나이토 가문의 번주들은 막부의 여러 역직들을 역임하였다. 그리고 8대 번주 나이토 노부타미는 막부 말의 혼란 상황에서 번내의 의견 대립으로 고심하다가, 게이오 4년(1868년) 음력 7월 16일, 일찍 세상을 떠났다. 이로 인해 무라카미 번은 번주가 부재한 상황이 되었고, 좌막파 가로 도리이 마사요시가 번 통치의 주도권을 장악하게 되었다. 마사요시는 쇼나이 번과 함께 구막부군의 편을 들어 신정부군과 교전하였으나, 결국 패배하여 9월 27일 항복했다. 메이지 2년(1869년) 2월, 노부타미의 뒤를 이은 나이토 노부토미가 신정부로부터 가문의 상속을 허락받았고, 같은해 6월에는 판적봉환으로 무라카미 번지사가 되었다.
일본의 8대 번주가 누구야
무라카미 번