2006년 8월 15일에 네덜란드
2013년 6월 1일, 베를린 올림피아슈타디온에서 열린 DFB-포칼컵 결승전에서도 수차례 팀을 구해내는 세이브를 보여주었다. 팀은 3대2로 VfB 슈투트가르트를 격파하고 우승한다. 노이어는 바이에른으로 이적한지 2시즌만에 독일 구단 최초로 트레블 우승을 달성하는데 일조하였다. 리가 후반기와 DFB-포칼에서는 톰 슈타르케가 간혹 기용되기도 했으나 대부분 노이어가 지켰던 바이에른의 12-13시즌 실점은 53경기 31실점에 불과했다. 다양한 연령대의 청소년 국가대표팀을 거친 그는 2006년 8월 15일에 네덜란드(네덜란드 축구 국가대표팀)를 상대로 U-21 국가대표팀 데뷔전을 치루었다. 그는 스웨덴에서 열린 2009년 UEFA U-21 챔피언쉽을 4강에서 이탈리아를 상대로 마리오 발로텔리의 두 번의 강력한 프리킥을 모두 선방해냈고, 결승전에서 잉글랜드(잉글랜드 축구 국가대표팀)를 상대로도 클린시트를 기록하며, 4-0 스코어로 승리하였다. 2009년 5월 19일, 노이어는 아시아 투어를 위해 독일 성인 국가대표팀(독일 축구 국가대표팀)에 처음으로 차출되었다.
축구선수 마누엘 노이어의 국가대표 첫 데뷔전은 어느 경기였지
마누엘 노이어