メキシコとの戦争が勃発すると モーガンはオハイオ州第2志願歩兵大佐に任命されました その後,1847年3月,ウィンフィールド・スコット将軍の指揮下で第15歩兵大佐に任命された. ゲリラ戦争とアメリカ兵の殺害を終わらせるために モーガン大佐は メキシコの著名な市民を数人拘束し ゲリラに殺されたアメリカ兵1人につき 1人の市民が処刑されることを 宣言した. 殺人はすぐに止まった. 彼は1848年にコントレラスとチュルブスコの戦いで勇敢な戦士として准将に昇格した.
彼は重傷を負った 回復のためにオハイオに戻った彼は,オハイオ州議会の公式な感謝を受けました.