エモリーは1862年にポトマック陸軍で旅団司令官を務め 西部戦場に移された. 1862年3月17日に志願兵の准将に昇進した. 彼は後にポート・ハドソン作戦で師団を指揮した. その後,19軍団の司令官として東に戻り,戦争におけるすべての主要な戦いに参戦した.
1864年のシェナンドア・バレー作戦,特にセダークリークの戦いで,エモリーの行動は,フィリップ・シェリダン少将が到着するまで,北軍の壊滅的な敗北を救った.