1861年,内戦の始まり, 彼はニューヨークの国民警備隊の司令官, 准将ジョン・F・ラトボーンに任命され, アルバニの倉庫で首席医官として働いた. 1862年6月,サベージズ・ステーションの戦いの後に
スウィンバーンは負傷した囚人の世話をするために残った. 連合軍と南軍の両者. 連合軍の司令官ストーンウォール・ジャクソンは 彼の原則的な立場を尊重し 連合軍の囚人への訪問を許可する 個人的なメモを添えて 彼にパスを与えた. 1864年,州知事ホラシオ・セイモアは彼をニューヨーク港の保健官に指名し,1867年,州知事ルーベン・フェントンによって再指名され,1870年まで合計6年間勤務した. 彼の政権下で,州議会が資金配分に躊躇したにもかかわらず,彼はスウィンバーンとホフマンと名付けられた島々での最先端の隔離施設の建設を監督した.