しかし1870年代半ばから,イギリス植民地庁はケープのより直接的な支配に関心を持ち,主に残った黒人のアフリカ領土を併合し,南アフリカの様々な州に連合制度を課すという不適切な計画を推し進めた. この関与は地域全体で紛争を引き起こし,第9次クソサ戦争に終結した.
そして最初のボーア戦争. ブラウンリーとケープ政府は,壊滅的な連合計画と国境戦争における英国の政策の両方に強く反対し,ケープ政府とイギリス帝国との政治的衝突につながった.