1939年9月に第二次世界大戦が勃発した後にRAAFの再編成の一環として,11月20日にシドニーでNo.2グループが結成され,コールが指揮を執った. このグループはニューサウスウェールズ州の空軍部隊を統制した. コールは12月に臨時空軍司令官に昇格し,新年に設立されたNo.2グループに取って代わられたセントラルエリア司令部の指揮を引き受けた. 1941年9月,彼は砂漠空軍の第235翼RAFの指揮官として北アフリカに派遣され,そこで新しい反潜戦部隊,第459飛行隊RAAFを設立することに協力した. 1942年5月に英軍第11司令部に派遣され,前方航空管制官として
8月19日のディエッペ襲撃で,HMS"カルペ"でフランスの海岸沖の連合軍の空爆の調整を担当した. その際,ドイツ軍の戦闘機が船を撃つと,<unk>と上半身に重傷を負った.彼は整形外科手術を受け,数週間の回復を余儀なくされた. 戦時中の彼の勇敢さは,彼に名誉勲章を授与され,その発表は1942年10月2日に"ロンドン・ガゼット"の補足に掲載された. 同月,北アイルランド空軍空軍司令官 (AOC) に任命され,空軍副元<unk>の役務を担った.しかし,この指揮は,オーストラリアの公式歴史では"後退"として描かれていた.