1863年3月26日に第4ケンタッキー騎兵隊の副大佐として再就任し,ベイルズ大佐の辞任に伴い,4月にその大佐となった. 1863年6月4日,テネシー州フランクリンでクーパーは馬から転倒して負傷した. 彼は1864年9月のチカマウガの戦いで連隊を指揮した. クーパーは1864年に病休のためケンタッキー州レキシントンに戻った. それからクーパーは ローカル部隊を率いて ジョン・ハント・モーガンの襲撃隊を撃った 彼は1864年6月9日にレキシントンの降伏を求めるモーガンの要求を拒否し,彼の部隊を撃退した. 1865年4月,彼はモントゴメリー,アラバマのポストを指揮し,1865年5月と7月にジョージア州アルバニーのポストを指揮した. 1865年8月21日にジョージア州メーコンで名誉に徴兵された. シロ,コリント,リッチモンド,チカマウガ,ケンタッキーへのモルガンの襲撃,レサカの戦い,モンゴメリーへのウィルソンの襲撃で戦いの栄誉を授与された. 1867年3月2日,レサカの戦いで勇敢で功績のある奉仕のために,正規軍の中佐と大佐に昇格した.
ジョージア州と アラバマ州のモンゴメリーを 攻略した