プレストは1990年にフェラーリと契約し,1988年にチーム創設者エンゾ・フェラーリが亡くなった後,チームと契約した最初のドライバーとなった. 彼はフェラーリでゲルハルト・ベルガーを置き換えて,イギリスのナイジェル・マンセルと提携した. 世界チャンピオンとして,プロストはチームのリードドライバーとして引き継がれ,この地位でプレーしたと言われている. マンセルは,1990年のイギリスGPで,彼が運転した車は,ポールポジションを取った前のレースと同じく取り扱えなかったことを思い出し,後にプロストがマンセルの車に優越した車を持っていると見てマンセルの知らずに交換させたことをチームメカニクスから知った. プロストはフェラーリで 5つのレースを勝ちました
メキシコ,フランス,イギリス,スペイン メキシコグランプリでは13位でスタートして優勝した. メキシコとスペインの2つのレースで,彼はマンセルをフェラーリ1×2のフィニッシュに導いた. チャンピオンシップは再び日本でのシーズン前半のラウンドにやってきました プロストはマクラーレンのライバルであるエイルトン・セナに9ポイントで遅れていました. 1989年のように 論争の的になった両者の衝突が レースを決着させた 最初のコーナーで,セナは,1年後に認めたように,意図的にプロストのレースカーに車を運転し,両者をレースから外し,タイトルを彼の有利に封印しました. プロストは"彼がやったことは 忌まわしい"と言いました "彼は価値のない男だ" プロストはセーナの7ポイントでシーズンを終え,彼のフェラーリチームはマクラーレンに準優勝した.