1945年8月15日,日本軍は降伏した.
連合軍に 2日後,インドネシア独立宣言が宣言された. マルク島はインドネシア共和国の1つの州として宣言されました. しかし,当時のマルク島の形成と地位はジャカルタで行われざるを得なかった.なぜなら,日本軍が降伏するとすぐに,オランダ領インド民政局 (NICA) が直ちにマルク島に入り,支配権を握ったからである. オランダは1949年までマルーク島を支配し,オランダ・インドネシア・ラウンドテーブル会議の合意で,オランダはインドネシアの主権を認めました. オランダ人はすぐにマルク島を去った. インドネシアの指導部に対する深い不信感により,1951年,オランダの支援を得て,南モルッカ共和国 (インドネシア語:RMS, Republik Maluku Selatan) がアンボンで独立宣言された. RMSは,元モルクカの植民地兵の間で強い支持を得ました. その結果,インドネシア軍は分離主義者を打ち砕くためにマルク島に侵攻した. 1950年11月にアンボンで反乱軍RMSの主要要塞がインドネシア軍に敗北し,セラム島では1962年まで小規模なゲリラ闘争が続いた. しかしアンボンの敗北により,自称RMS政府は島々から逃亡し,オランダに亡命政府が形成された. 翌年,モルッカ諸島 の 約 12,000 人 の 兵士 は 家族 と 共 に,オランダ へ 移り",南モルッカ諸島 共和 国"を 亡命 政府 と し て 設立 し まし た.