EFSは,EFSサービス,マイクロソフトのCryptoAPIおよびEFSファイルシステムランタイムライブラリ (FSRTL) と連携して動作する.EFSは,大量の対称鍵 (File Encryption Key,またはFEKとも呼ばれる) でファイルを暗号化することによって動作する.これは,非対称鍵暗号を使用した場合よりも大量のデータを暗号化および復号するのに比較的わずかな時間がかかるため使用される.対称鍵を暗号化するために使用される対称鍵は,ファイルを暗号化したユーザーと関連する公開鍵で暗号化され,この暗号化されたデータは,暗号化されたファイルの代替で復号される.しかし,EFSは,暗号化と復号に結びついている場合でも,この鍵は,NTFSファイルシステムに保存され,ユーザがファイルにアクセスするために必要なので,EFSは,第三者へのアクセスを提供する.また,この鍵は,NTFSファイルシステムに保存されている場合よりも,大量のデータを暗号化および復号するのに比較的わずかな時間を要するので,この鍵は,ユーザに提供される.しかし,EFSは,この鍵を NTFSファイルシステムに保存し,ユーザがファイルにアクセスするために必要なので,この鍵は,
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