1341年,ボヘミア王ジョンはユダヤ人の家族を城壁内に居住させ,最初のシナゴーグは1380年に建てられた.しかし,15世紀後半と16世紀初頭にはいくつかのポグロムが発生した. ハス 派 の 戦争 以来
,ボヘミア王国における長期に渡る宗教紛争の間,市は伝統的にカトリック教会の砦であった. 1526年からハプスブルク君主制の一部であったブデヨビチェは,30年戦争で皇帝フェルディナンド2世の忠実な支持者であった. ブデヨビチェは,シレジア戦争と1742年のハプスブルク王朝とフランス軍との戦争中にプルーシアによって短期間占領された.