1938年9月29日 トーマスは戦艦の乗組員として現役に召喚された. 1939年8月13日,彼は第二次世界大戦が勃発したとき,巡洋艦に参加し,そこで勤務していた. 1940年6月27日に指揮官に昇進した. ソダ湾の襲撃でイタリア軍に沈められた後
,彼はHMS"ナイル"に割り当てられ,エジプトのロイヤル海軍岸の設立,そして地中海艦隊の司令官のスタッフに勤務した. 1941年9月10日,ピアニスト兼作曲家のメアリー・フェドラ・ダグラス・ワトソンと結婚した. 彼女は同級海軍将校のフランシス・ダグラス・ワトソンの未亡人であり,オーストラリアの元上院議員アンソニー・セント・レジャーの娘であった.