1260年,キトブカが率いるモンゴル人が1260年3月1日にアルメニアの王ヘツム1世とアンティオキアの王子ボヘモンド6世と共に都市に入った.したがって,ダマスカスの市民は6世紀ぶりに3人のキリスト教の権力者が街中で勝利の馬に乗っているのを見た. しかし,モンゴルの敗戦後 アインジャルト
1260年9月3日,ダマスカスは5日後に占領され,モンゴルの撤退後にエジプトから統治されたマムルクスultanateの省都となった. ワディ・アル・カザナダルの戦いで勝利した後,ガザンが率いるモンゴル軍は10日間,市を包囲し,1299年12月30日から1300年1月6日に降伏したが,城は抵抗した. ガザンは,おそらくモンゴルの馬が飼料を必要としていたため,2月に大部分の軍隊を連れて撤退し,モンゴルの将軍ムレイ率いる約10,000人の騎兵を後に残した. 1300年3月頃,ムライは騎兵隊と共にダマスカスに戻り,ガザンを追ってユーフラテス川を渡った. 1300年5月 エジプトのマムルク軍はエジプトから帰還し 戦わずに全域を奪還した. 1303年4月,マムルク軍は,クトルシャとムライが率いるモンゴル軍とアルメニア人の同盟軍を,マルジ・アル・サファール戦で打ち負かして,レヴァントのモンゴル侵略を終わらせました. 後に1348年−1349年の黒い死により,市の人口の半分以上が死亡しました.