南部の11州が脱退し 南北戦争が勃発すると ミラーは北軍に入隊した 1861年8月27日,州知事オリバー・P・モートンはミラーを第29インディアナ歩兵大佐に任命した. 訓練後,連隊はキークの旅団に割り当てられ,オハイオのビュエルの軍隊のアレキサンダー・M・マククック師団に属し,テネシーへ進軍した. ミラーは戦いの2日目に行動を見ました
シロの戦いで,その後コリントの包囲戦でも. ミラーは北アラバマとテネシーを旅し ブラクストン・ブラグをケンタッキー州まで追った. ミラーは1862年12月下旬のストーンズ・リバーの戦いでジェームズ・ネグリーの指揮下で旅団を指揮した. 戦闘の2日目,ミラーはストーンズ川を渡って連邦軍の反撃を指揮し,ジョン・C・ブレッキンリッジの南軍の攻撃を撃退した. この攻撃でミラーは首に傷を負った.