1861年7月,イリノイ州とミズーリ州で主に徴募された西部のエンジニア連隊として知られる連隊は,J. W. Bissell大佐によって組織され,ヘンリー・フラードはB隊の隊長に任命された. 同年8月,彼はセントルイスの司令官だったフレモント将軍によって,ミズーリ州ジラードー角の要塞の建設に奉仕するために細部化された.彼は数ヶ月滞在した. その年の後半,フレモントがハレック将軍に継承されたとき,フラッド大尉はミズーリ州南東部のポップ将軍に加わり,ニューマドリッドとポイントプレザントの作戦と島番号"0の占領を通して参謀官として勤務し,その後ニューマドリッドで連隊に加わった. 彼は彼の連隊と共に ピッツバーグのピロー砦と ランディングにいた
コリント前作戦でも 1862年の夏,彼はモバイルとオハイオ鉄道の修理,コリントの砦の建設,ミシシッピ中央鉄道の修理に従事した. グラントのグレナダ進撃にも参加した. 1863年2月,彼はヤングズ・ポイントに派遣され,後にバクスター・ベイウ,レイク・プロビデンス,そしてベイウ・メーコンに勤務した.