第二次世界大戦の初期に プロテは ツーロンに拠点を置く第3潜水艦師団に配属され 1940年2月初頭,第3潜水艦師団は,ドイツ貨物船が2隻いたカナリア諸島を監視するために,一時的にカサブランカに移された. 4月12日に潜水艦師団は地中海戦線に配属され,まずビゼルテで,その後,フレスネルなしで,ベイルートで,アレキサンドリアのイギリス総司令官の権限の下に配属された. "Protée"はドデカネス諸島で数回のパトロールに参加し,フランスとドイツの停戦協定が締結されるまで
1940年6月22日に 6月25日,停戦が発効した日,プロテーの船長はベイルートに戻る命令を無視し,代わりにアレキサンドリアに航海し,フォースXの一部となった.船長はこの事件で叱られた.