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1989年のスーダンのクーデターには 起伏がありました 1995年,スーダン政府の一部がエジプトのテロ集団であるガマ・ア・イスラムイヤの陰謀に共犯し,アディスアベバ空港からエチオピアの首都で開催されたアフリカ連合 (現在のアフリカ連合) のサミットに向かう途中で,エジプトの大統領フスニ・ムバラクを暗殺した. 1999年末までに,スーダンに対するエジプトの怒りは和らぎ,アル・バシール大統領はエジプトを訪問し,両首脳は外交関係を正常化することに合意した. 2002年,アル・バシールはカイロに戻り,様々な実践的な問題に関する協力を拡大した. ムバラクは翌年にカルトゥームに赴き,その訪問に報復した. 2004年,アル・バシールは再びカイロを訪れ,両首脳は,両国間の所有権,移動,居住,労働の自由に関する4つの自由協定に署名した. テロ対策とナイル川から水を汲む開発プロジェクトで協力し,両政府はスーダンとエジプトの国境に沿って自由貿易地帯を設立することに合意し,そこで商品を免税で交換する. スーダンは特に,ダーフールでの政策に対するエジプトの口頭と道徳的な支持を感謝しています. エジプトは,ダルフールにおける国連=アフリカ連合ミッションに軍隊を派遣した. エジプトのスーダンへの投資は,2008年までに25億米ドルに達し,スーダンのエジプトへの投資は約2億米ドルに達した. 2010年までに,エジプトとスーダンの関係は長年以上に改善されたが,南スーダンの将来の地位,ハラシブ三角の所有権,ナイル川の水の使用などのいくつかの長期的な論争の的問題は未解決のままだった.