1861年に南北戦争が勃発すると マグルーダーは北軍を去り 南北軍の役員になった ヴァージニア半島の軍隊の指揮官として ヴァージニア半島の砦を建設し ビッグ・ベテルの戦いで勝利した. 半島作戦では,マクレランのポトマック陸軍をヨークタウンの外で停滞させ,ジョセフ・E・ジョンストン少将が補強部隊を連れて到着し,撤退を組織し,南軍の首都リッチモンドを守ることを許可した. マグルーダーは,サバッジの駅での戦闘で彼のリーダーシップを批判されました
そして7日間の戦いでマルヴァン・ヒル 戦後,マグルーダーはテキサス州,ニューメキシコ州,アリゾナ州,アーカンソー州を統治した.マグルーダーはガルベストンの海上封鎖を解除し,1863年に都市を再占領した.