リンカーンは1778年8月にニューヨークの外のワシントンに再会し 9月に南部の司令官に任命されました ワシントンはリンカーン,ラファイエット,リー (ヘンリー"ライトホース・ハリー") を南部に派遣し,クリントンとコーンウォーリスの指揮下のイギリス軍に反対した. リンカーンがフランス軍の失敗した包囲戦に参加した
1779年10月にジョージア州サバンナで戦った後,サウスカロライナ州チャールストンに撤退した. 彼はチャールストンの駐留隊を指揮した. 1780 年 3 月,ニューヨーク から 派遣 さ れ た 大勢 の イギリス 軍 が 都市 を 包囲 し まし た. 比較的短い包囲の後,1780年5月12日,リンカーンが軍司令官ヘンリー・クリントンに5000人以上を降伏させられたが,南カロライナ民兵の逃亡と,リンカーンに向かってイギリス軍を怒らせた大陸軍の逃亡を可能にした.