ハッパーは1855年に医療休暇を取った.
第2次イギリス・中国戦争により,ハッパー号の帰還は1859年まで延期された. しかし,戦争後,戦争によって作られた条約は,カンタンへの自由かつ無制限のアクセスを促進しました. これは,キリスト教への改宗が増加したカンタンへの宣教師の急増につながった. 1860年代,ハッパーはファースト・プレスビテリアン教会,多数の寄宿学校,デイスクール,および広州の説教者,教師,コルポーターに奉仕する訓練学校を設立した. ハッパーは1862年にカンタンに設立されたファースト・プレスビテリアン教会の牧師を務めた. ハッパーは,複数の教育サービスを設立することで,中国にキリスト教の高等教育をもたらすという使命を達成した.しかし,訓練学校の学生のほとんどは,教会のために働く人々を含んでいた. 西洋の教育を通して中国政府指導者に届くために 1865年から1867年にかけてハッパー氏は中国政府の通訳の大学をカンタンで運営し,外国人の専門家として政府サービスに入る学生に英語と数学を教えました. 彼はキリスト教の教えを授業に導入することで,福音宣教の任務を継続し,カントン長老派の漸進的な成長を観察した. これは,カントン・ミッションから報告された統計によって支持されています. 1866年: 147人がミッションの学校に登録されました.