1813年7月,ナリニョ将軍は連邦主義者の勝利に励まされ,南部の残りのスペイン軍とロイヤリスト軍に対して集中的な軍事作戦を開始し,パストと最終的にキトに到達することを意図した. 南の軍隊として知られるナリニョの部隊は1500〜2000人であり,1814年1月にポパヤンを占領したが,1814年5月にパストで完全に敗北し,ナリニョは逮捕され,キトー経由でカディスの王立刑務所に送られた. 連邦主義者はこれを利用してボゴタを攻撃し,1814年12月に連合省のシモン・ボリバル将軍が条件を強制することを可能にした. しかし 1815 年 の 中 に パブロ ・ モリヨ は 大勢 の スペイン 軍 を 率い て 到着 し,その 地域 を 征服 し まし た.
復元されたフェルディナンドに 1816 年 5 月 6 日 に サンタフェ が 占領 さ れ た こと に よっ て モリヨ の 攻略 は 頂点 に 達し まし た.