1656年のスウェーデン侵攻で,大学は人数と資本の深刻な損失を被った.
1710年の疫病は 治りました 1773年にイエズス会が抑圧された後,大学の管理は国家教育委員会によって引き継がれた. ポーランド・リトアニア連邦の第三次分割の後,コライナイのカルメライトが1797年から1817年まで学校を管理した. 1817年,皇帝当局は学校を世俗化し,その名を体育館に変更し,小学教育クラスを導入し,その管理をヴィルニュス大学に移した. こうして学生数は400人を超えて増加した.