首相のアンゲラ・メルケルが 連邦議会議員選挙で
2010年の移民危機,シーホーファーは憲法裁判所に正式な訴状を提出すると脅し,歴史的なCDU/CSU同盟は分裂し,ドイツ全土で初めて互いに競う危険にさらされましたが,どちらも起こらなかった. 彼はドイツ政府が受け入れられる難民の数に 連邦政府の制限を設けるべきだと主張している. 2017年の連邦選挙で,ドイツのための代替案を模倣したことで批判されたキャンペーンで,歴史的に悪い結果を出し,党は1949年以来最悪の結果を出した.そして2018年に首相として第3期目に出馬しようとしたが,彼の党から辞任するよう圧力をかけられ,代わりにメルケル首相の第4政権で,移民政策を彼の見解に従って形作るために,内政,建設,コミュニティ大臣 (もともとはジョアヒム・ヘルマンに意図されていた) の職に就くことを決定した. 2018年7月,シーホーファーとメルケルとの間の1週間の異論は,ほとんど政府を倒し,再びCDU/CSUの分裂を深刻に脅かしたが,最終的には妥協点を見つけました.