1861年に南北戦争が勃発すると コルプトは南軍に入隊した. 彼は第3中尉 (1861年) としてフロイド郡とチェロキー郡から徴募された"チェロキー砲兵"の砲台に任命された. 兄弟のフェリックスも部隊に加わった. この部隊はヴィックスバーグの包囲中に降伏したが,その後すぐに戦場に戻った. 1864年,コープットは隊長に昇進し,砲台を指揮した. レサカ の 戦い
4隻の12ポンドのナポレオンが 捕らえられました コープット自身は 1865年4月12日に北カロライナ州サリスベリーで捕虜となった. 彼は10月に仮釈放されるまで オハイオのキャンプ・チェイスに 収容されていた.