ドイツ軍はその後西に注意を向け 1940年4月
デンマークに侵攻した シュレズヴィヒ・ホルシュタインは侵略軍の海軍の構成部分に割り当てられた. 侵攻の間,船はアゲルソーの西にあるグレート・ベルトに一時停泊した. この作戦の後,訓練部隊の司令官の旗艦として,訓練任務に戻された. 1943年末には,シュレズヴィヒ・ホルシュタインの再活性化が再び検討された. 石油の供給状況が悪化するにつれ,石炭火力ボイラーをいくつか保有していたという事実は,その有利であった. 1944年2月1日,船は再び訓練船として再就役し,その年の後半にゴテンハーフェン (グディニャ) に停泊し,改装された. 1944年12月18日,イギリス空軍の爆撃機に3回撃たれた後,浅瀬で沈没した. 艦は永久に無効になったため,乗組員はマリエンブルクの防衛を支援するために岸に送られた.