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モンゴル帝国の中央アジアへの侵入は1219年から1225年まで続き、マー・ワラー・アンナフルの人口に劇的な変化をもたらした。チンギス・カンの軍隊はモンゴル人の将校に率いられていたものの、配下の兵士の多くはモンゴル軍に取り込まれたテュルク系民族により構成されていたため、征服地のいくつかの部分に急速なテュルク化をもたらした。モンゴル軍がマー・ワラー・アンナフルの都市を占領した際、彼らは逃亡しなかった現地の住民を自分たちの軍に取り込んだ。