1989年,ヤンシャはスロベニアの最初の野党の一つであるスロベニア民主同盟 (SDZ) の創設に関与し,その最初の副会長,後に党評議会の会長となった. 1990年5月の最初の自由選挙の後,彼はロージ・ペテルレの内閣で国防大臣となり,スロベニアの独立戦争中に務めた.
1991年6月と7月に 内務大臣イゴル・バヴチャールと共に,ヤンシャはユーゴスラビア人民軍に対するスロベニアの戦略の主な組織者であった.