ジュニペロ・セラは1770年まで 8年間 宣教師団の建設に費やしました イエズス会の追放など 複数の歴史的出来事により 宣教団は放棄されました セラはカリフォルニアに引っ越した セラが去ると ミッションは正規の聖職者の手に残された メキシコ独立戦争とメキシコ革命の間
任務は略奪され破壊された. ミッション教会の外部の修復作業は1980年代に開始された. 1991年から1997年の間に,祭壇,合唱団,オルガン,絵画の内部工事が行われた. 1997年から2002年にかけてのさらなる研究は,国家によって後援されました. 1990年代に行われた作業には,周辺の広場や記念碑の作業も含まれていた. 遺跡を世界遺産に登録する取り組みは2000年に始まり,2003年に世界遺産委員会第27回会合で追加され,最終的に成功した.