1587年,マキシミリアンは,前国王のステファン・バトリーの死後,ポーランド・リトアニア連邦の王位候補として立候補した. ポーランド貴族の一部がマクシミリアンを国王に選出したが,選挙の過程がかなり混沌とした結果,スウェーデンの王子,シギムント1世の孫であるシギムント3世ヴァサも選出された. マクシミリアンは,ポーランドに軍を派遣して紛争を解決しようとし,ポーランド継承戦争を開始した. 彼の目的はポーランドで相当な支持を得ましたが,ライバルの軍隊よりも彼の軍隊にポーランド人は少なかった. 1587年末にクラクフを襲撃しようとした失敗の後,1588年1月にシレジアのピチェンで敗北した.
) は,ポーランド人ヘトマンヤン・ザモイスキー (Jan Zamojski) の指揮下,シギスマント3世の支持者によって (その後正式に王冠を戴いた). マクシミリアンは戦いで捕虜となり,ビトムとベンジンの条約の後,教皇シクストス5世の介入により1年半後に釈放された. 1589年,彼は正式にポーランド王位を放棄した. この問題における彼の兄弟である皇帝ルドルフ2世の無能さは,ルドルフの悪名に寄与した.