1940年 彼は潜水艦の訓練を受け,
ギリシャ・イタリア戦争 (1940年−41年) の間,彼は潜水艦で任務を遂行し,アドリア海でイタリアの船舶を妨害する巡航を行った. 1940年12月31日,彼は中尉に昇進した. 1941年3月,彼は潜水艦"ニレフス"の船長として戦時十字を授与された. 1941年4月,ドイツ軍がギリシャを侵攻し,ギリシャはほぼ全土を占領していたので,救えるほど多くのギリシャ艦隊が,連合軍が支配する中東に派遣された. エンゴルフォポウロスは 副官であったものの,ニレフス号の指揮を引き継ぎ,船を中東に率い,そこでギリシャの亡命政府の軍に加わった. このイニシアチブのために彼は1944年9月14日に第二の戦争十字を授与された. その後,駆逐艦"ピンドス"の幹部として勤務し,地中海戦や連合軍のシチリア侵攻 (1943年7月) とフランス南部侵攻 (1944年8月) に参加した. 彼は1944年にしばらくの間,この駆逐艦の指揮を任された. 1944年4月の親共産主義海軍の反乱の間に,彼は船を強制的に奪還し,反乱を鎮圧した乗船部隊に参加した.