9月下旬に,港を眺める高地の支配のために激しい戦闘が始まりました. 9月30日,ナポレオン・ボナパルトの率いる共和軍部隊がファロン丘を占領したが,翌日,マルグレイヴ卿の指揮下のイギリス,スペイン,ナポレオン,サルディニアの兵士の合力によって追放された. 10月初頭,ナポリの補強部隊は共和党が保持していた高地に一連の攻撃を成功させたが,その月後にはフードとランガラが包囲の指揮について深刻な意見の相違があった.ランガラは最終的に撤退する前にフードの旗艦"ヴィクトリー"を脅かすまで行った. その月の終わりには連合軍は1万6千人以上を集め,その中にはスペイン兵6000人も含まれていた. イギリスの出資はわずか2,000人以上で,イギリス海軍が地中海の他の地域での任務により減少した. 1793年10月5日の行動でイギリスが中立を侵害したことでオーストリアの不屈とジェノバ人の怒りの組み合わせにより,ジェノバからオーストリアの補強部隊が大量に到着することが予想されていたが,出航は妨げられた. 連合軍は兵士が不足していたので,フッドはマルタの騎士団から 1,500人の傭兵を雇ったが,彼らは包囲の終了前に到着しなかった. リヨンの包囲戦の終わりに解放された補強部隊は,この期間に急速に増加した.
トゥーロンで包囲者達に達し,共和軍は約3万3000人の兵士を集結し, ジャック・フランソワ・ドゥゴミエ将軍率いる.