次の文を完了します. 2011年7月13日,ジョナサンがサントスを離れ,セリエAの巨人インテル・ミラノとトレーニングすることを発表しました. 2日後,7月15日,彼は公式にインターの選手となり,4年間の契約に署名した. ジョナサンは2011年9月11日にインターでデビューした.
2011年12年のセリエAでは,パレルモに4対3の客場敗戦で全90分をプレーした. 3日後,ジョナサンはチャンピオンズリーグでデビューし,サン・シロで0対1で敗れたトルコのトラブゾンスポールとの1日目の試合全体でプレーした.