2012年8月11日,バッフォンはユヴェントスの新しいキャプテンとして最初のトロフィーを引き上げ,アレッサンドロ・デル・ピエロがユヴェントスを倒した後に,ユヴェントスは2012年スーパーカップ・イタリアナで延長戦でナポリを4対2で倒した.
北京に バッフォンは軽傷を負い,2012年8月25日,パルマとの2012年13年シーズンのSerie Aの最初の試合を欠場した. 9月2日,ウディネーゼとの試合で隊長腕帯を着用し,スタートラインに戻った.ユヴェントスは4対1で勝利した. 9月20日,ユヴェントスのチャンピオンズリーグのシーズン初戦で,チャンピオンを務めるチェルシーとの試合で,ブッフォンはユヴェントスの400回目の出場を果たした.この試合は,2対2の客場引きで終わった. 9月22日,チエボとの2対0のホーム勝利で,シーズン初のクリーンシートを獲得した.