ヴァージニアの艦隊が南軍の海軍と統合された後,バロンは司令官として任命され,6月10日に命令と詳細の事務局長に任命されました. バロンは7月20日までその職に留まったが,南軍の海軍長官スティーブン・R・マロリーは,パムリコ・サウンドに拠点を置く南軍の海賊船にとって重要な港であるバージニア州とノースカロライナ州の沿岸防衛隊の司令官に任命されるようバロンの要求に同意した. 8月28日にハッターラス砦の本部に到着し,バロンはハッターラス砦とクラーク砦の両方の防衛を指揮し,北軍の旗将校サイラス・H・ストリングハムに対して,
ハタラス湾の戦いは8月28日〜29日に行われた. バロンは2つの要塞の降伏後に捕虜となった. フォート・コロンブスでニューヨーク港のガバナーズ・アイランドで開催され,その後フォート・コロンブスで開催された. バロンは翌年 囚人交換で釈放されました