メキシコとの戦争が勃発すると モーガンは オハイオ第2志願歩兵大佐に任命されました その後,1847年3月,ウィンフィールド・スコット将軍の指揮下で第15歩兵大佐に任命された. ゲリラ戦争とアメリカ兵の殺害を終わらせるために モーガン大佐は メキシコの著名な市民を数人拘束し ゲリラに殺されたアメリカ兵1人につき 1人の市民が処刑されることを 宣言した. 殺人はすぐに止まった. 1848年,コンテラスの戦いで勇敢な功績により 准将に昇格した.
チョルブスコで 重傷を負った 回復のためにオハイオに戻った彼は,オハイオ州議会の公式な感謝を受けました.