1845年8月,マグルーダーはテキサス州コープス・クリスティに志願して派遣され,そこでザカリー・テイラー将軍の軍団に加わり,旧共和国を占領した.アメリカ合衆国は併合の問題をめぐってメキシコとの戦争の危機に瀕していた. 1846年4月25日に戦闘が始まった後,マグルーダーはパロアルトの戦いで初めて戦闘に参加しました.
14日後に 1847年4月18日,マグルーダーは,ウィンフィールド・スコット将軍の遠征隊で,激しい砲撃を受け,メキシコの砲兵をCerro Gordoで攻撃した.そのために上級者によって賞賛され,少佐に昇格した. 9月12日までにアメリカ軍はチャプルテペクを標的とし始め,メキシコシティの戦いで一連の戦闘の1つとなった. マグルーダーは軽く負傷し 13日の朝早く最初の発砲を命じ,メキシコ軍の数値が優れていたにもかかわらず,アンジュレス,ベロニカ,ベレンの交差点を捕らえようとした.これは,サンタ・アナ将軍の宮殿を解放する努力を妨げる重要な交差点だった.