1861年3月,ファーガソンはサウスカロライナ州民兵隊の隊長に任命され,その後,C.S.陸軍准将P. G. T. Beauregardに中尉と補佐官に任命された. 彼はフォート・サマーでアメリカ陸軍のロバート・アンダーソン少佐の正式降伏を受け,最初の南軍の旗を掲げ,フォート・サマーに最初の警備隊を配置した将校の一人であった. 包囲の後に,彼は最初の連合国旗を提示するために派遣されました 敵の銃撃で打たれた 連合国の臨時議会に. 彼はシロの戦いで軍曹でボーレガード将軍の補佐官だった.
やってみよう ファーミングトン戦時,彼は28ミシシッピ騎兵連隊に所属していた. 彼はヴィックスバーグを防衛する際に部隊を指揮し,アメリカ少将ウィリアム・T・シャーマンとアメリカ司令官デイヴィッド・ポーターによる攻撃を止めるのを助けました.