1821 年 に メキシコ が 独立 し た 後,スペイン の 軍隊 の 大勢 が 1825 年 まで,サン・フアン・デ・ウルア を 占領 し て い まし た. ニュースペインの旧植民地で最後にスペイン人が占領した場所であり,1825年11月にメキシコのミゲル・バラガン将軍に降伏した. ビセンテ・ゲレロ大統領が 追放命令を出した理由として メキシコを再び征服する 彼らの失敗した試みがあった. それ以来,サン・フアン・デ・ウルアは,外国からの侵略と占領に対するメキシコの抵抗の軍事的,政治的シンボルとして機能し,その多くは19世紀に起こった. 1836年,フランス軍はベラクルーズ戦で,ペストリー戦争中に砦を爆撃した.この紛争は,メキシコにいるフランス人市民が,被害を受けたとされているペストリー店の賠償を求めていたため,発生した.メキシコ・アメリカ戦争中に,米国は砦を包囲した.
戦時中に要塞に侵攻され,この紛争は新興のテキサス共和国に関する紛争の結果であり,1863年にフランス軍がマクシミリアン1世をメキシコの皇帝に任命した際,短期間で都市を占領した. 19世紀の大部分の間,この砦は刑務所として機能し,特に政府に反対する政治犯を収容した. 多くのメキシコの著名な政治家が 権力の無い時代をここで過ごしました