マッサはフェラーリで良いスタートを出し, オープニングレースで2位にランクイン
マレーシアで21位から5位に上がり 14位からスタートしたチームメイト マイケル・シューマッハーを倒しました しかし,バレーンでは,土曜日の練習とレースの両方で,マッサは,レースの最終的な勝者,フェルナンド・アロンソをわずかに逃し,彼のスピン傾向を再開しました. オーストラリアGPでは予選でフェラーリを落とし,レースの最初のコーナーでクリスチャン・クライエンとニコ・ロズバーグと衝突した. それでもマッサはニュールブルクリングでキャリア初の表彰台を獲得し,マイケル・シューマッハとフェルナンド・アロンソに3位を落とした. 彼は2006年にバルセロナでも最速のラップを記録した. マッサは2006年に4回の表彰台を獲得し,初めてF1ポールポジションを獲得し,イスタンブール・パークサーキットでの最初のF1勝利を獲得した. 2006年9月10日,マイケル・シューマッハが2006年シーズンの終わりにF1から引退すると発表したことで,フェラーリでの彼の将来のポジションは確保された. 10月22日,マッサはインターラゴスでのホームレースで勝利し,1993年のエイルトン・セナ以来,ブラジル人ドライバーがインターラゴスで勝利したのは初めてとなった. マッサは80ポイントでシーズン3位となり,世界チャンピオンフェルナンド・アロンソとフェラーリのチームメイトマイケル・シューマッハに落後した.