1654年~1667年のロシアとの戦争と北北戦争 (1700年~1721年) の間,メルキネはロシアとスウェーデンの軍隊に大きく苦しめられ,戦略的,経済的重要性を失いました. メルキネはロシア軍によって再び燃やされた.
1794年 ポーランド・リトアニア連邦をロシアの影響から解放しようとした蜂起. 1794年,ネムナス川の川の港が言及され,ネムナス川とメルキス川も航行に適していると評価された. 19世紀の文書では,メルキネは河川貿易の中心地として言及され,河川貿易船が建造された.