グラントのヴィックスバーグ作戦では,ロガンはジェームズ・B・マクファーソンの第17軍団の第3師団を指揮し, 1863年7月にヴィックスバーグの占領後に最初に入った. ロガンはその後,市の軍事知事を務めた. 1863年11月,彼はウィリアム・テカムセ・シャーマンに代わって15軍団を指揮し,
アトランタの戦い (1864年7月22日),その日中にジェームズ・B・マクファーソンの死後,彼はテネシー陸軍の指揮を引き受けた. 彼はその直後,オリバー・O・ハワードによって置き換えられた. 彼は1864年の選挙のためにイリノイ州に戻ったが,その後軍に戻り,シャーマンによるカロライナ州作戦で15軍団を指揮した.