1861年 南北戦争が始まると 彼はニューヨーク国民警備隊の司令官 准将ジョン・F・ラトボーンによって アルバニー駐<unk>所の 首席医官に任命されました 1862年6月 フォローする
サバッジの駅の戦いで ポトマック陸軍とその医師が撤退したので スウィンバーンは,連合軍と連合軍の何千人もの負傷した囚人の世話をするために残った. 連合軍の司令官ストーンウォール・ジャクソンは 彼の原則的な立場を尊重し 連合軍の囚人への訪問を許可する 個人的なメモを添えて 彼にパスを与えた. 1864年,州知事ホラシオ・セイモアは彼をニューヨーク港の保健官に指名し,1867年,州知事ルーベン・フェントンによって再指名され,1870年まで合計6年間勤務した. 彼の政権下で,州議会が資金配分に躊躇したにもかかわらず,彼はスウィンバーンとホフマンと名付けられた島々での最先端の隔離施設の建設を監督した.