リンスコットは陸軍艦隊の大西洋艦隊の司令官に任命され 1941年10月に大佐に昇進した. 第2次世界大戦にアメリカが参戦した後に,リンスコットは1942年6月に南太平洋に派遣され,副提督リッチモンド・K・ターナー (Richmond K. Turner) の指揮下の南太平洋陸軍司令官の参謀部に配属された. リンスコットは副参謀長に任命され,ソロモン諸島でのいくつかの主要な作戦に参加した.
ニュージョージア,ブーゲンビル,ギルバート島とマーシャル島 南太平洋陸上部隊が第3陸上部隊に再編成された後,彼はターナーのスタッフに留まり,その能力で自らを区別した. 彼は後に彼の奉仕のためにレジオン・オブ・メリットの2つの賞を受賞した.