ユニオン軍が兵士を増やすよう要請した直後に ユニオン軍に戻った オーハイオ州シャープショーターの第7独立団を組織し,スカイアは1862年に隊長に任命された. 彼は1865年まで第7オハイオ狙撃隊に所属した. 南北戦争中 スクワイアは ナッシュビル,チカマウガ,
レサカと ミッショナリー・リッジ 後者のキャンペーンでは",スクエアは一般の軍事裁判所の裁判官弁護人として働いた. その後 スクワイアが テネシー州の 地区の裁判官弁護士に任命され ナッシュビルに本部を置いた "彼はナッシュビルの包囲と戦いで ローソ少将のスタッフとして 裁判官の弁護士として そしてトーマス少将の下で 働いた" 1865年,彼は隊長に免除され,後に少佐,中佐,大佐に昇格した.