1861年7月,主にイリノイ州とミズーリ州で徴兵された,ウェストのエンジニア連隊として知られる連隊がJ. W. ビッセル大佐によって組織され,ヘンリー・フラードはB隊の隊長に任命された. 同年8月,彼はセントルイスの司令官だったフレモント将軍によって,ミズーリ州ジラードー角の要塞建設に奉仕するために,数ヶ月滞在した. その年の後半,フレモントがハレック将軍に継承されたとき,フラッド大尉はミズーリ州南東部のポップ将軍に加わり,ニューマドリッドとポイントプレザントの作戦と島番号"0の占領を通して参謀官として勤務し,その後ニューマドリッドで連隊に加わった. 彼はフォート・ピローで彼の連隊と
ピッツバーグ・ランディングと コリント前作戦で 1862年の夏,彼はモバイルとオハイオ鉄道の修理,コリントの砦の建設,ミシシッピ中央鉄道の修理に従事した. グラントのグレナダ進撃にも参加した. 1863年2月,彼はヤングズ・ポイントに派遣され,後にバクスター・ベイウ,レイク・プロビデンス,そしてベイウ・メーコンに勤務した.