1939年9月に戦争が勃発し,モラーは軍隊に入隊した. 1945年まで協会はほとんど活動しなかったようである.
やってみよう その年,ニルンハイムは80歳の誕生日の数日後に亡くなり,モラーは戦争からハンブルクに戻り,ハンブルク歴史協会と市立アーカイブの管理チームの上級メンバーとして職務を再開した. 1948年, 陸軍大学院院院長に任命された. 彼は1948年1月1日に就任したが,1948年2月初旬に解任の見通しに直面して休職に送られた.