フレデリクセンは2015年8月にデンマークU-21代表の監督に任命され,2年間の契約に署名した. 彼の最初の試合では,シュレズヴィヒ・ホルシュタインのリュベックにあるロフムーヘレスタジアムでの友好試合でドイツに1<unk>2で敗れた. フレデリクセンの指揮下で,デンマークは21歳未満のUEFA欧州選手権に資格を獲得した.
2017年と2019年,グループステージでノックアウトされ,それぞれ3位と2位となりました.