1971年のバングラデシュ解放戦争で,パキスタンが決定的な敗北を被った.
パキスタン軍の東部司令部が解散し,東パキスタンがバングラデシュとして分離した結果,ヤヒヤ・カンの支配はパキスタンの統一の崩壊の主要な原因として広く考えられている. これらの事件の後,彼は西パキスタンからの主要な政治家であるズルフィカー・アリ・ブートに国の指導権を譲り,1971年12月20日に軍司令官を辞任した. その後,彼は名誉を剥奪され,1970年代のほとんどを自宅で監視された.