地方議会は,特に大都市では,平和的な権力の移転の達成に不可欠であったように,王室の権威が追放された後,すぐに紛争と領土の崩壊の源となった. ニュー・グラナダでは,主要都市のエリートはスペインの政府に対する支持に関して分裂し",ジュンタス"は主権を支持し,他の都市はフェルディナンド7世とスペインのレジェンシー評議会が指揮する王室当局を支持した. スペインの将校が指揮する王政派は,サンタ・マルタ,パナマ (当時,まだニューグラナダ副王国の一部),ポパヤン,パストの都市で権力を握り,すぐに自治政府を持つ地域との紛争に巻き込まれた. ロイヤリスト地域は軍事的に弱く",ジュンタ"によってしばしば敗北したが,スペインとの和解の考えを生き延びさせ,愛国的な政府の資源とエネルギーを枯渇させる不安定化源となった. 後に重要な都市となった.
ニュー・グラナダの再征服のための軍事作戦. この分裂は,ニュー・グラナダで統一された国家の創設を妨げました.