1944年10月,第3艦隊は"北方部隊"と指定され,連合軍の侵略を倒すための3つの部隊の計画で
日本が支配していたフィリピン. 第3艦隊の航空母艦は108機を除く全ての航空機を剥奪され,アメリカ領艦隊を部隊の降ろし船を保護することから遠ざけるために派遣された. 10月25日-26日,アメリカ海軍10隻の航空母艦と600~1,000機の航空機を備えた大艦隊と戦った第3艦隊は,エンガノ<unk>沖の戦いで4隻の航空母艦,1隻の軽巡洋艦,1隻の駆逐艦を失った. 第3艦隊は事実上存在しなくなり,1944年12月15日に正式に解散した.