ロ）「倒産確率の期間構造を，最適化する」処理と，「全ての格付けについて，（中略）パラメータとを求め」る処理との関連が不明である。ハ）「業種のカテゴリーごと」の処理は，どのように行われるのか，が不明である。
…………」（審決13頁下12行～14頁14行）
ｂ審決の判断が誤りである理由
(a)一般に，統計モデルを用いて，大量のデータを解析する場合には，幾つかの方法が知られている。これは，甲12（「岩波数学辞典」858頁）に記載のとおりであり，よく知られている最尤推定法も，採用可能な方法である。そのうち，本願発明では，一般化最小２乗法を用いて説明している。しかし，いずれのモデルを用いても，何らかの「最適化」が行われるものであるので，請求項１では，そのように表現してある。その具体例は，段落【0047】と段落【0048】に手順が記載されている一般化最小２乗法である。そして，得られた結果についても，段落【0050】～段落【0052】に，図面を参照して説明してある。そして，「当該箇所の説明では，請求項１の記載とは逆の因果関係が説明されている。」との指摘が，拒絶理由通知にあるが，これは，一般化最小２乗法についての極めて単純な誤解に起因するものであって，上に説明したような正しい理解に基づけば，何の矛盾もない。
(b)業種カテゴリーｊ毎の最適化が説明されていないではないかとの指摘については，異なる格付ｉの間に，何らかの相関関係があるものと，【数20】，【数21】において規定しているが，異なる業種カテゴリーｊ間については，何の相関関係も仮定していない（相関関係が存在しないことを仮定する）ことは，明らかである。したがって，単に各業種カテゴリーについて，順次同じ計算を，異なる業種カテゴリーの一つ一つについて繰り返していけばいいことは，極めて明らかで，何の説明の必要もない事項である。したがって，業種カテゴリーｊについての処理は，あえて本願明細書に記載していないものである。
(c)被告は，「原告らは，単に『これは，一般化最小２乗法についての極めて単純な誤解に起因するものであって，上に説明したような正しい理解に基づけば，何の矛盾もない』と主張するのみで，何ら主張の根拠も示しておらず，釈明になっていない」と主張している。
実施例として，一般化最小２乗法を用いた最適化が，どのようなものであり得るのか明確である一方，本願発明は，他の手法を用いることも可能である。
(d)また被告は，原告らの主張は，請求項１で，「異なる格付ｉの間については何らかの相関関係があるものと」規定しているわけでもないし，「異なる業種カテゴリーｊ間については，何の相関関係も仮定していない」と規定しているわけでもないから，請求項１の記載に基づかないものであると主張している。この前記原告らの主張とは，業種カテゴリーｊごとの最適化が説明されていないとの指摘に対して，何の相関関係も仮定していないことは，本願明細書の記載からみて明らかであるので，業種カテゴリー間の相関関係を考慮しておらず，相関関係については触れていない，というものであるが，していないことを，発明の詳細な説明又は特許請求の範囲に，わざわざ記載する必要はない。
エ取消事由４（期間構造及び回収率算出手段に関する36条６項２号の判断の誤り）
(ｱ)審決は，拒絶理由通知における下記指摘が解消されていないとしたが，誤りである。
記「ｆ）「格付及び業種を組み合わせた各カテゴリーに対して，前記社債の現在価値のデータに基づいて，前記パラメータから倒産確率の期間構造の最適化されたものと，該データからの前記最適化した回収率とを求めることにより，倒産確率の期間構造及び格付毎の回収率を求め，」（中略）については，次の指摘をすることができる。
イ）（略）
ロ）「前記社債の現在価値のデータに基づいて」，即ち，全ての格付けについての，格付および業種のカテゴリーごとの倒産確率の期間構造の最適化されたものを与えるパラメータに基づいて，格付及び業種を組み合わせた各カテゴリーに対して，「倒産確率の期間構造の最適化されたものを求める」処理が，具体的にどのような処理を意味するのか，が不明である。
…………」（審決14頁16行～15頁８行）
(ｲ)審決の判断が誤りである理由
審決は，上記指摘に対して原告が提出した意見書に対して，「これを検討するに，上記(2)の『（国債割引率の）期間構造算出手段』についての項での検討と同様に，発明の詳細な説明の項の【0049】にまでの説明において，倒産確率関数を計測する具体的な処理内容が記載されていないため，素直に読み進めていけば，【0049】に続く【0050】の記載内容が，平均割引率関数の最適なものを定める具体的な処理内容であるとするのが自然な解釈である。しかしながら，仮に，審判請求人の主張のとおり，【0050】の記載内容が請求項１に直接関係しない処理であってとしても，倒産確率関数を計測する具体的な処理内容については，本願明細書のどこにも記載がなく，当審拒絶理由通知で，『倒産確率の期間構造の最適化されたものを求める』処理が，具体的にどのような処理を意味するのか，が不明である，と指摘した点は依然として解消されていない。」（審決22頁18行～29行）


「発明の詳細な説明の項の【0049】にまでの説明において，倒産確と判断したが，との指摘は，不可解で率関数を計測する具体的な処理内容が記載されていない」ある。倒産確率は，一般に，【数14】により表わされるものである一方，本願発明では，【数19】，【数20】の定式化と，【数21】の仮定を経て，この【数14】の倒産確率を，【数22】により係数αで展開できると仮定して，係数αをパラメータの一つとして，最適化している。最適化したパラメータを用いれば，【数14】を用いて，直ちに倒産確率の期間構造の最適化されたものを求めることが可能なことは，当業者には明らかである。つまり，現在価値計測手段において，パラメータαの値が得られていることは，説明したとおりである。そして，各格付けｉについて，回収率γが得られることも，明らかである（段落【0049】）。これらのα及びγに関するデータは，現在価値計測手段によって，社債の現在価値のデータとして出力されるものである。したがって，このようなαのデータを用いて，期間構造及び回収率算出手段において，【数22】により，倒産確率の期間構造が得られることは，明らかである。さらに，社債の現在価値のデータからγの値を得て，回収率とすることも，明らかである。そして，このような業種・格付けごとの回収率と倒産確率の期間構造に，各社債発行企業についての業種別ウエイト（【数13】）を掛けて，和をとることにより（【数14】），個別企業の倒産確率の期間構造を求めることができ，同様にして，個別企業の回収率を求めることができることは，明らかである。そして，「業種のカテゴリーごと」の倒産確率の期間構造は，もとより各格付けごとに求められているので，「格付け及び業種を組み合わせた各カテゴリー」について，倒産確率の期間構造を求めることは，明確に開示されており（段落【0037】にある「Ⅰ個の格付とＪ個の業種の組み合わせカテゴリー（ｉ，ｊ）ごとの倒産確率の期間構造を計測するとの記載），拒絶理由通知のイ）及びロ）に指摘された不明点は存在していない。オ取消理由５（36条４項に関する判断の誤り）
審決は，請求項１の発明に関連して，「期間構造算出手段」と，「現在価値計測手段」と，「期間構造及び回収率算出手段」とについて，特許法「発明の36条６項２号に関連して指摘された不明りょう性を引用する形で，詳細な説明は，………当業者が請求項１の発明の実施をすることができる程度に明確かと結論づけつ十分に記載がされているとは認められない」（審決23頁下５行～下１行）ているが，請求項１に記載の発明が，本願明細書の記載に基づいて，当業者が容易に実施可能であることは，発明の詳細な説明の記載に照らして，明らかにしたとおりである。
２請求原因に対する認否
請求原因(1)(2)(3)の各事実は認める。同(4)は争う。
３被告の反論
原告らが，審決の認定判断が誤りであるとして主張するところは，次のとおりいずれも失当である。
(1)取消事由１に対し
請求項１に，「複数の国債間の相関を表現するパラメータの最適値を該差額を用いて算出」するとあるが，この記載自体をもって，価格体系計測手段により実行される処理の明確な概念が，解釈できるというものではない。もし，「複数の国債間の相関を表現するパラメータの最適値を該差額を用いて算出」する処理が，【数11】の分散共分散行列Ｆのもとで，一般化最ｔ小２乗法によりパラメータρの最適化を行うという意味に限定されるというのであれば，請求項１で，そのように記載するか，もしくは，発明の詳細な説明で，本願発明の「複数の国債間の相関を表現するパラメータの最適値を該差額を用いて算出」するとは，段落【0034】で説明された処理の意味として用いる旨の定義をするべきである。
しかし，請求項１では，「複数の国債間の相関を表現するパラメータの最適値を該差額を用いて算出」する処理について，分散共分散行列Ｆのもとｔで，一般化最小２乗法によりパラメータρの最適化を行うという処理である旨の限定はなされておらず，また，発明の詳細な説明では，唯一の実施例とはいえ，あくまで実施例である処理プロセスとして，段落【0034】で説明された処理が示されているだけであって，本願発明の「複数の国債間の相関を表現するパラメータの最適値を該差額を用いて算出」する処理について，特段の定義がなされているわけではないので，詳細な説明に記載されている事項をもって，請求項１の「複数の国債間の相関を表現するパラメータの最適値を該差額を用いて算出」する処理の概念が，明確になるというものではない。
(2)取消事由２に対し
原告らの主張は，最小２乗法及び一般化最小２乗法を前提としてのものであるが，請求項１では，「期間構造算出手段」について，機能的に構成を特定しており，この特定事項の記載の中の処理が，最小２乗法及び一般化最小２乗法を利用する処理である点について，限定されているわけではない。また，特定事項の記載自体から，最小２乗法及び一般化最小２乗法を利用する処理であることが，自明であるという根拠も見当たらない。さらに，発明の詳細な説明に記載された唯一の実施例の記載内容が，仮に明確になったとしても，それはあくまで発明の詳細な説明の中での話であって，発明の詳細な説明で用語についての定義をするなど，特段の事情がない限り，発明の詳細な説明の記載が明確であることと，請求項の記載が明確であることとは，本来別の判断である。本件の場合，発明の詳細な説明の記載内容を検討しても，そのような特段の事情は存在しないわけであるから，発明の詳細な説明の記載から，特定事項の処理の意味が，明確になるというものではない。
(3)取消事由３に対し
ア拒絶理由通知のｃ）につき
(ｱ)原告らの主張は，一般化最小２乗法を前提としてのものであるが，請求項１では，「現在価値計測手段」について，機能的に構成を特定しており，この特定事項の記載の中で，一般化最小２乗法を利用する処理であることが，限定されているわけではない。また，特定事項の記載自体から，一般化最小２乗法を利用する処理であることが，自明であるという根拠も見当たらない。さらに，原告らの主張は，金融工学分野において，一般化最小２乗法が，ごく普通の手法であり，その一般化最小２乗法において，社債の理論価格の最適値を求めるプロセスが，普通に行われることであることを根拠に，請求項１についての指摘箇所は，「明細書に，あえて明示的には説明が加えられていない事項」であるところの，社債の理論価格の最適値を求めるプロセスを限定的に意味するというものであり，金融工学分野において，一般化最小２乗法以外にも，様々なアプローチの手法が存在することを考慮するならば，当を得ない主張である。


(ｲ)なお，原告らの主張どおりであるとしたら，指摘箇所のステップにおいて，社債の理論価格が，一般化最小２乗法の完遂により具体的なものとして求められてしまう結果となる。そして，指摘箇所に続く，「該社債の理論価格を前記社債明細および発行企業明細情報中の実際の市場価格と比較して，該比較における誤差データを算出する」プロセスでは，指摘箇所の結果を，「該社債の理論価格」として受けているわけであるから，具体的に求められた社債の理論価格に基づいて，「誤差データを算出する」プロセスが処理されることになる。しかしながら，このことは，社債の理論価格を仮決めしたまま，誤差項の【数19】の設定へと進む，段落【0043】以下の明細書の説明と矛盾する。
イ拒絶理由通知のｄ）につき
原告らの主張は，一般化最小２乗法を前提としてのものであるが，請求項１では，「現在価値計測手段」について，機能的に構成を特定しており，この特定事項の記載の中で，一般化最小２乗法を利用する処理であることが，限定されているわけではない。また，特定事項の記載自体から，一般化最小２乗法を利用する処理であることが，自明であるという根拠も見当たらない。
ウ拒絶理由通知のｅ）につき
(ｱ)拒絶理由通知のｲ)は，統計モデル解析における「最適化」についての一般的な意味を問うものではなく，請求項１の記載に基づいた指摘であるので，「本願発明では，一般化最小２乗法を用いて説明している。しかし，いずれのモデルを用いても，何らかの「最適化」が行われるものであるので，請求項１では，そのように表現してある。」との原告らの主張は，拒絶理由通知を正解しない上でのものである。(ｲ)拒絶理由通知のﾛ)が，段落【0048】と段落【0049】の記載を正確に踏まえて，発明の詳細な説明の記載を検討しても，請求項１の指摘箇所を，明確とする根拠は見いだせないと判断したものであるが，原告らは，単に「これは，一般化最小２乗法についての極めて単純な誤解に起因するものであって，上に説明したような正しい理解に基づけば，何の矛盾もない。」と主張するのみで，何ら主張の根拠も示しておらず，釈明になっていない。
(ｳ)原告らの「異なる格付ｉの間に，何らかの相関関係があるものと，【数20】，【数21】において規定しているが，異なる業種カテゴリーｊ間については，何の相関関係も仮定していないことは，明らかである。したがって，単に各業種カテゴリーについて，順次同じ計算を，異なる業種カテゴリーの一つ一つについて繰り返していけばいいことは，極めて明らかで，何の説明の必要もない事項である。」との主張は，請求項１で，「異なる格付ｉの間については何らかの相関関係があるものと」規定しているわけでもないし，「異なる業種カテゴリーｊ間については，何の相関関係も仮定していない」と規定しているわけでもないから，請求項１の記載に基づかない主張である。
(4)取消事由４に対し
原告らの「「業種のカテゴリーごと」の倒産確率の期間構造は，もとより各格付けごとに求められている」という主張は，根拠のないものである。
(5)取消理由５に対し
発明の詳細な説明をいくら検討しても，請求項１の発明を，具体的にどのように実現すればよいのか，当業者といえども，容易には理解できないということになり，請求項１の発明を容易に実施できないことは，明らかである。
第４当裁判所の判断
１請求原因(1)（特許庁における手続の経緯），(2)（発明の内容）及び(3)（審決の内容）の各事実は，いずれも当事者間に争いがない。そこで，以下においては，原告主張の取消事由ごとに審決の適否について判断する。
２取消事由１（価格体系計測手段に関する36条６項２号の判断の誤り）について「該国債明細情報にある国債市場価格と国債理論価格との差額を算出(1)請求項１には，し，前記国債明細情報に含まれる複数の国債間の相関を表現するパラメータの最適値を該差額を用いて算出し，国債の価格体系として該最適値のデータを出力する価格体系計測手段」と記載され，また，このうち「複数の国債間の相関を表現するパ（下線付加）ラメータ」が，本願明細書の発明の詳細な説明（甲13-2）における「ρ」を意味することは，当事者間に争いがない。
そして，本願明細書の発明の詳細な説明には，実施例の説明として，ρの最適値の算出に関連して，下記の記載がある（段落【0027】～段落【0034】，下線付加）。
「・・・そして，現在価値への割引率関数をその属性に依存させてＤ（ｓ）とするｇｔことにより，第ｇ国債の理論価格を下記数５と評価する（ステップＳ２）。
【数５】
ｇｔここで，実際の国債の市場価格は確率的であるので，この関係で割引率関数Ｄ（ｓ）を確率的とし，オーバーバーＤ（ｓ）をその平均値とすると，上記数５は下ｇｔ記数６となる。
【数６】
そこで，平均値オーバーバーＤ（ｓ）はｓ＝ｓ   の関数とみて，回号ｇに依存しｇｔ
＊１／４
ないｐ次の多項式で近似して下記数７で定式化する。
【数７】
そして，上記数６の確率ベクトルに関してオーバー矢印Δとオーバー矢印Δの共ｇｔ   ｈｔ分散行列を下記数８とする。
【数８】
ここで，下記数９のように定式化する。
【数９】
この定式化は，第ｇ国債の将来の時点（ｔ＋ｓ）及び第ｈ国債の将来の時点（ｔ＋ａｊｓ）にそれぞれ発生するキャッシュの割引率Ｄ（ｓ   ）及びＤ（ｓ）の共分ａｒ   ｇｔａｊｈｔ   ａｒ散が，下記数１０であるとする定式化である。
【数１０】


ここで，相関構造λは第ｇ国債及び第ｈ国債の満期のみに依存するもの，相関構造ｇｈｔφは第ｇ国債及び第ｈ国債のキャシュフロー発生時点（ｔ＋ｓ）及び（ｔ＋ｇｈｔ．ｊｒ   ａｊｓ）のみに依存するものとの２つに分離してある。そして，上記定式化数１０は，ａｒ満期が近い債券価格同士は相関が大きく（λの役割），キャッシュフローの発生時ｇｈｔ点が近い割引率は相関が大きい（φの役割）ことを意味している。つまり，満ｇｈｔ・ｒｊ期までの長さが近いもの同士は相関が大きく，満期までの長さが離れている場合の相関は小さくなる相関構造λと，同一国債若しくは異なる国債のキャッシュフローのｇｈｔ発生時点が近いもの同士の割引率は相関が大きく，離れている場合の割引率は相関が小さくなる相関構造φを導入している。その結果，第ｇ国債価格及び第ｈ国債ｇｈｔ・ｊｒ価格の共分散は下記数１１となる（ステップＳ３）。
【数１１】
平均割引率オーバーバーＤ（ｓ）の計測方法は，ρの値について［０，１）を１００等分し，各ρを与えたときの分散共分散行列Ｆ＝（ｆ   ）の下で一般化最小２ｔｇｈｔ乗法により１００個の平均割引関数オーバーバーＤ（ｓ）を計測する。即ち，先ずρｔ＝０．００を設定し（ステップＳ４），一般化最小２乗法による演算を実行し（ステップＳ５），ρ＝０．９９であるか否かを判定し（ステップＳ６），ρ＝０．９９でない場合には「０．０１」をρの現在値に加算して上記ステップＳ５にリターンする（ステップＳ７）。上記動作をρ＝０．９９になるまで繰り返し，目的関数としての一般化最小２乗和が最小となるρを求め（ステップＳ８），その下での平均割引関数を最適解とする（ステップＳ９）。その結果は例えば図７のようになる。図７において，ｔは計測時点（計測日）を表し，ｓは時点ｔから見て期間ｓ（年）後の時点を示している。」
(2)これらの記載によれば，本願明細書の発明の詳細な説明には，実施例の説明として，キャッシュの割引率Ｄ（ｓ）及びＤ   （ｓ）の共分散ｇｔａｊ   ｈｔａｒを，第ｇ国債及び第ｈ国債の満期のみに依存する相関構造λと，第ｇ国ｇｈｔｇｈｔ．ｊｒ債及び第ｈ国債のキャシュフロー発生時点のみに依存する相関構造φとの２つに分離し，【数10】により定式化すること，［０，１］を100等分した各ρの値で，一般化最小２乗法による演算を実行し，100個の平均割引関数オーバーバーＤ（ｓ）を計測すること，一般化最小２乗和が最小となｔるρを求め，その下での平均割引関数を最適解とすることが，開示されている。したがって，本願発明の「国債市場価格と国債理論価格との差額を算出」する手法の一つとして，一般化最小２乗法による演算を実行して，一般化最小２乗和を求めるという手法があり，その場合，請求項１の「複数の国債間の相関を表現するパラメータの最適値を該差額を用いて算出」するとは，一般化最小２乗和が最小となるρを求めることを意味することは，明らかである。
しかしながら，一般化最小２乗法は，回帰分析の一手法にすぎず，本願発明の特許請求の範囲の記載は，回帰分析の手法を一般化最小２乗法に限定するものではない。また，一般化最小２乗法のみに限定して解釈するとしても，請求項１は，「複数の国債間の相関」としてどのようなものを想定するかを特定するものではない。
しかるに，本願明細書には，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，実施例に例示された「λ」「φ」以外の相関構造について，全くｇｈｔ   ｇｈｔ．ｊｒ」記載されていない。また，公知技術や周知技術を参酌することによって，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以外の相ｇｈｔ   ｇｈｔ．ｊｒ関構造を採用した場合について，「企業の倒産確率及び回収率を正確に計測する」という本願発明の効果を奏することの立証もされていない。そうすると，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以ｇｈｔ   ｇｈｔ．ｊｒ外の相関構造を構成として含む本願発明は，明確でないというべきである。拒絶理由通知（甲４）のｂ）についての審決の判断は，上記と同旨をいうものと解されるのであり，拒絶理由通知が指摘した「機能的に表現された『価格体系計測手段』の機能が不明であるため，同手段の構成が不明である。」との点が，依然として解消されていないとした審決の判断は，是認できる。
(3)原告らは，「『一般化最小２乗和が最小となるρを求め』るのであるから，この擾乱項の共分散行列の非対角成分に関するパラメータであるρについても，最小化を図るものにほかならず，当業者にとってみれば，当然，δとρについての二重の最小化が行われるものである。」，「平均割引関数であるオーバーバーＤ（ｓ）が，【数７】において，δを係数に展開されてｔいることにかんがみれば，「その下での平均割引関数を最適解とする（ステップＳ９）」とあるのは，このδの最適値を求めることにほかならないことは，自明である。」，「金融工学分野の当業者，あるいは，より広く数値解析の分野における通常の知識を有する者が，本願明細書，特に段落【0034】と，それに先行する記載を読めば，審決で指摘されたような不明点は，全く存在しない。」，「『該差額を用いて』複数の国債間の相関を表現するパラメータであるρを算出することは，段落【0029】～段落【0034】の記載によって，当業者が容易に実施できるように記載されているものにほかならず，発明を特定するための事項に誤りがあるものでもなく，技術的意味・技術的関連が理解できない結果，発明が不明確となるものでも全くない。」，「請求項１の『複数の国債間の相関を表現するパラメータの最適値を該差額を用いて算出』することは，甲第10～12号証にあるように，一般化最小２乗法，最小２乗法，最尤法などの回帰分析の分野では，金融工学の範ちゅうを越えて，一般的に行われる手法を表現しているものであり，何らの不明りょうさを有しているものではない。」と主張する。


まず，発明の詳細な説明にいう「δ」が，平均割引率関数オーバーバーD（s）の展開係数であることについては，当事者間に争いはない。しかし，t本願明細書の発明の詳細な説明に，δとρについての二重の最小化が行われることが記載され，「その下での平均割引関数を最適解とする」とあるのがδの最適値を求めることを意味し，当業者が本願明細書を読めば，審決で指摘されたような不明点は全く存在しないものであり，ρの最適値を算出することが，当業者が容易に実施できるように記載されているものであり，また，請求項１の「複数の国債間の相関を表現するパラメータの最適値を該差額を用いて算出」することが，回帰分析の分野では，一般的に行われる手法を表現しているものであるとしても，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以外の相関構造を構成として含む本願発明がｇｈｔ   ｇｈｔ．ｊｒ明確ではないことは，上記(2)のとおりである。したがって，原告らの上記各主張は，採用することができない。
(4)また原告らは，「実施例の範囲を超えることにより，当業者にとって不明りょうであるか，当業者が実施できないとすれば，それを証する文献などまでをも求めるものでないとしても，そうであることを示す論理が少なくともなければ，発明の詳細な説明に『ねじ』が記載されていたときに，特許請求の範囲の『締結手段』が，根拠なく不明りょうであるというのに等しい。」と主張する。
しかしながら，特許請求の範囲に記載された上位概念による構成が明確であるためには，当業者が，公知技術や周知技術を参酌して，適宜実施できる程度に具体的に記載されている必要があるが，本願明細書には，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以外の相関構造にｇｈｔ   ｇｈｔ．ｊｒついて，全く記載されていないのであり，また，公知技術や周知技術を参酌することによって，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」ｇｈｔ「φ」以外の相関構造を採用した場合について，「企業の倒産確率及ｇｈｔ．ｊｒび回収率を正確に計測する」という本願発明の効果を奏することが確認できることが立証されているものでもないから，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以外の相関構造を構成として含む本願ｇｈｔ   ｇｈｔ．ｊｒ発明が明確ではないことは，上記(2)のとおりである。したがって，原告らの上記主張も，採用することができない。
３取消事由２（期間構造算出手段に関する36条６項２号の判断の誤り）について「前記国債の価格体系としての前記パラメータの前記最適値のデータ(1)請求項１には，に基づいて，前記国債市場価格の平均値を表現する平均割引率関数の最適なものを定め，該最適な平均割引率関数を国債割引率の期間構造のデータとして出力する期間構造算出手段」と記載されている。また，本願明細書の発明の詳細な説明には，（下線付加）一般化最小２乗和が最小となるρを求め，その下での平均割引関数を最適解とする実施例が開示されていることは，前記のとおりである。したがって，本願明細書（甲13-2）で，請求項１の「最適な平均割引率関数を国債割引率の期間構造のデータとして出力する」方法の一つとして，一般化最小２乗和が最小となるρの下での平均割引関数を最適解とすることが当てはまることは，明らかである。しかしながら，上記２のとおり，本願明細書には，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」ｇｈｔ「φ」以外の相関構造について全く記載されていないのであり，まｇｈｔ．ｊｒた，公知技術や周知技術を参酌することによって，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以外の相関構造を採用した場合ｇｈｔ   ｇｈｔ．ｊｒについて，「企業の倒産確率及び回収率を正確に計測する」という本願発明の効果を奏することが立証されているものではないから，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以外の相関構造を構成とｇｈｔ   ｇｈｔ．ｊｒして含む本願発明が明確ではないことは，前記２(2)と同様である。「期間構造算出手段」についての審決の判断は，上記と同旨をいうものと解されるのであり，拒絶理由通知が指摘した「機能的に表現された『期間構造算出手段』の機能が不明であるため，同手段の構成が不明である」点が，依然として解消されていないとした審決の判断は，是認できる。(2)原告らは，「当業者の常識の範ちゅうに関するδの最適化についての記載は，比較的にうすいが，段落【0034】でも，「ρを求め（ステップＳ８），その下での平均割引関数を最適解とする」として，δの最適化も明示されている。」，「被告の主張は，本願発明の範囲，すなわち請求項１の記載を，実施例として記載した一般化最小２乗法に限定すべきであるとするのに等しく，不当である。回帰分析の分野においては，単なる最小２乗法，一般最小２乗法，最尤法などの手法が知られており，精度の優劣と計算の複雑度についての差はあるものの，いずれの最適化の手法をも利用でき得るものである。」，「本願発明を構成する各要素については，それぞれ明確に記載されており，機能的記載としては明確性を否定する理由も，挙げられていない。もとより，本願発明の場合，具体的には，数値解析の一手法として開発されたものであり，その記載は，機能的にならざるを得ないものである。」，「段落【0015】の記載から，請求項１は，実施例に基づき，それをさらに具体的に記載したものである。」と主張する。


しかしながら，本願明細書の発明の詳細な説明に，δの最適化が記載され，請求項１が，回帰分析の分野で，利用でき得る最適化の手法を含むものであり，請求項１の記載は，機能的にならざるを得ないものであり，また，請求項１が，実施例に基づき，それをさらに具体的に記載したものであるとしても，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以外の相ｇｈｔ   ｇｈｔ．ｊｒ関構造を構成として含む本願発明が明確ではないことは，前記２(2)のとおりである。したがって，これらの原告らの主張も，採用することができない。４取消事由３（現在価値計測手段に関する36条６項２号の判断の誤り）について「各格付けについて，変換された前記社債明細および発行企業明細情(1)請求項１には，報のデータと，前記記憶手段から呼び出した国債割引率の期間構造のデータとに基づいて社債の理論価格を算出し，該社債の理論価格を前記社債明細および発行企業明細情報中の実際の市場価格と比較して，該比較における誤差データを算出することにより，格付け毎の社債とその属性，倒産確率，回収率と割引率の関係を算出し，格付および業種のカテゴリーごとの倒産確率の期間構造を，前記誤差データの値を小さくするよう最適化することにより，全ての格付けについて，前記最適化した回収率と，前記格付および業種のカテゴリーごとの倒産確率の期間構造の最適化されたものを与えるパラメータとを求めて，社債の現在価値のデと記載され，また，本願明細書ータとして出力する現在価値計測手段」（下線付加）（甲13-2）には，次の記載がある（段落【0037】～段落【0049】，下線付加）。
「………このような社債明細及び発行企業明細情報20Aを国債の割引率の期間構造12Aと共に現在価値計測部21に入力し，計測された現在価値21Aより期間構造及び回収率算出部22で，Ｉ個の格付とＪ個の業種の組み合わせカテゴリー（ｉ，ｊ）毎の倒産確率の期間構造を計測する。つまり，倒産により支払不能となる可能性をもつ社債のキャッシュフローの現在価値を国債の割引率関数を用いて評価し，社債の市場価格と結合させ，価格に内在する倒産確率及び回収率を格付及び業種のカテゴリー毎に計測するのである。ここで，現在時点ｔから将来の時点（ｔ＋ｓ）までの倒産確率は，企業の属性としての格付と，その企業が属する業種のみに依存するとして，第ｉ格付第ｊ業種の時点ｓまでの（累積）倒産確率は下記数１２で示される。
【数１２】
ｐ（ｓ：ｉ，ｊ）（ｉ＝１，・・・，Ｉ，ｊ＝１，・・・，Ｊ）ｔそして，第ｋ社債の発行企業は，その営業形態から業種ｊ＝１，・・・，Ｊに対してウエイトｗ（１），・・・，ｗ（Ｊ）の関係を有するものとする（ステップＳ１ｋｋ２）。
【数１３】
従って，第ｋ社債発行企業の時点（ｔ＋ｓ）までの倒産確率は，下記数１４となるが（ステップＳ１３），上記ステップＳ１２及びＳ１３は先ず格付ｉ＝１から実施する（ステップＳ１１）。
【数１４】
ここで，第ｋ社債のキャッシュフロー（クーポン）の発生時点を（ｔ＋ｓ）とすｋｌる。ただし，ｌ＝１，・・・，Ｍである。そして，社債の番号ｋ＝１，・・・，Ｎにｋ対して国債の場合と同様に時点を合併し，大きさの順に下記数１５とする。
【数１５】
ｋこのとき，時点ｔでの倒産がないとしたときの第ｋ社債のキャッシュフロー関数をＣ（ｓ）で示し，その企業の格付をｉ（ｋ），業種を｛ｗ（ｊ）｝とすると，属性ｔｋ（ｉ（ｋ），｛ｗ（ｊ）｝）を有する第ｋ社債のキャッシュフロー関数オーバー波線ｋＣ（ｓ）は，ｓ＝ｓに対して下記数１６となる。ｋｔ   ｋｍ
【数１６】
ここで，ｓ≠ｓのときはキャッシュフロー関数オーバー波線Ｃ（ｓ）＝０とすｋｍ   ｋｔる。また，Ｂ（ｓ）はｓ＝ｓのとき“１”，ｓ≠ｓ   のとき“０”とする関数であｋｋｍｋｍる。上記数１６の第１項は（クーポン）×［時点（ｔ＋ｓ）までにこの企業が倒産ｋｍしない確率］であり，第２項は（元本）×（回収率γ（ｉ（ｋ）））×［この企業が期間（ｔ＋ｓ，ｔ＋ｓ）の間に倒産する確率］である。回収率γ（ｉ（ｋ））ｋｍ－１   ｋｍは格付だけで決まると定式化している。このキャッシュフロー関数をもつ社債ｋの現在時点ｔでの理論価格は，平均値の関係として下記数１７となる。
【数１７】
ここで，オーバーバーＤ（ｓ）は国債の平均割引率関数である。国債の場合と同様に実際の市場価格Ｖは確率的に市場で決定されるので，ｋｔ
【数１８】
とし，確率項εに対して第ｋ社債の倒産がない場合（ｐ（ｓ）＝０）のキャッシｋｔ   ｋｔュフローのウエイトをもった誤差項を下記数１９とする。
【数１９】
ｋｔ上記数１８は，国債価格の表式においてキャッシュフロー関数をオーバー波線Ｃ（ｓ）で置き換えたものと同等である。確率項εの共分散行列として次の設定をすｋｔる。即ち，企業ｋの格付をｉ（ｋ）とし，企業ｌの格付をｉ（ｌ）とする。このとき，下記数２０と設定する。
【数２０】
ここで，オーバー矢印Ｃは当該社債の倒産がない場合のキャッシュフローベクトルｋｔであり，Φ，ｂは国債の場合と同じであるが，ρ   は下記数２１とする。ｋｔｋｌｔｉ（ｋ）ｉ（ｌ）
【数２１】


即ち，ρは格付毎に異なる値があり，異なる格付間には共通の相関パラメータξとθがある。ただし，上記数２１では，格付が離れると相関が小さくなる構造を導入してある。更に，倒産確率関数ｐ（ｓ：ｉ，ｊ）はｓ＝ｓ   のｑ次の多項式で近似されｔ
＊１／４
ると仮定する。
【数２２】
以上より，格付ｉを有する社債と属性，倒産確率，回収率と割引率の関係が算出される（ステップＳ１４）。そして，未知パラメータ｛α｝と，相関パラメータρ＝ｌ
ｉｊｉ
ρ（ｉ）及び回収率γ＝γ（ｉ）を一般化最小２乗法による計算アルゴリズムで計算ｉする（ステップＳ１５）。即ち，先ず格付ｉを持つ社債の番号をｋ，・・・，ｋと１ｎし，各社債の発行企業の業種属性を｛ｗｋ（ｊ）｝，・・・，｛ｗ（ｊ）｝とす１ｋｎる。このとき，社債番号ｋ，・・・，ｋの社債価格｛Ｖ   ；ｌ＝１，・・・，ｎ｝１ｎｋｌｔに基づいて，一般化最小２乗法により次の方式で未知パラメータρ及びγを計測する。未知パラメータρ及びγの刻みとしてそれぞれ［０，１）区間を１００等分し，各γとρの組み合わせを与えて，一般化最小２乗法により未知パラメータρ   及びγｉｉｉ
を計測する。そして，１００００個の未知パラメータの組み合わせ（ρ，γ）の中
ｉｉｉ
で，目的関数が最小となる組み合わせ（ρ，γ）を格付ｉの最適解とする。この動
ｉｉ
作を格付ｉ＝１からｉ＝Ｉまで行う（ステップＳ１６，Ｓ１７，Ｓ２０）。図１２は，このようにして得られた最適解としての格付別相関パラメータρ＝ρ（ｉ）と回ｉ収率γ＝γ（ｉ）の計測結果の一例を示している。上述のようにして求められた相関ｉパラメータ及び回収率の最適解ρ，γを固定して全ての格付の価格情報を併合し
ｉｉ
（ステップＳ２１），上記未知多項式パラメータ｛α｝と異なる格付間の相関に関ｌ
ｉｊ
わるパラメータξとθを一般化最小２乗法により計測する（ステップＳ２２）。即ち，パラメータξとθについて［０，１）区間を１００等分し，各刻みのパラメータξとθの組み合わせ（１００００個）に対して一般化最小２乗法を適用して未知パラメータを計測し，目的関数が最小となる多項式パラメータ｛α｝と相関パラメータｌｉｊ
ｉｉ
ξとθを２段階目の最適解とする。このプロセスによって回収率｛γ｝，相関｛ρ｝，倒産確率関数ｐ（ｓ：ｉ，ｊ），相関ξとθが計測される。」ｔ(2)上記各記載によれば，本願明細書（甲13-2）の発明の詳細な説明には，社債ｋのキャッシュフロー関数オーバー波線Ｃ（ｓ）は，【数16】で表さｋｔれ，回収率γ（ｉ（ｋ））は格付だけで決まると定式化していること，社債ｋの理論価格は，平均値の関係として【数17】となること，市場価格Ｖをｋｔ表す【数18】の確率項εの共分散行列を，【数20】のように，相関構造λｋｔと相関構造φとの２つに分離して設定すること，それぞれ［ｉ（ｋ）ｉ（ｌ）ｔｋｌｔ０，１）区間を100等分した各γとρの組合せを与え，社債価格｛Ｖ   ｝ｉｉｋｌｔ
に基づいて，一般化最小２乗法により未知パラメータρ及びγを計測する
ｉｉ
こと，10000個の未知パラメータの組合せ（ρ，γ）の中で，目的関数が
ｉｉ
最小となる組合せを格付ｉの最適解とすること，相関パラメータ及び回収率の最適解ρ，γを固定して，すべての格付の価格情報を併合し，未知多項
ｉｉ
式パラメータ｛α｝と，異なる格付間の相関に関わるパラメータξとθｌｉｊを，一般化最小２乗法により計測すること，［０，１）区間を１００等分し，各刻みのパラメータξとθの組合せに対して，一般化最小２乗法を適用して未知パラメータを計測し，目的関数が最小となる多項式パラメータ｛α｝と相関パラメータξとθを２段階目の最適解とすることが，開示さｌｉｊれている。
したがって，本願明細書で，請求項１の「変換された前記社債明細および発行企業明細情報のデータと，前記記憶手段から呼び出した国債割引率の期間構造のデータとに基づいて社債の理論価格を算出」するとは，発明の詳細の説明において，【数１７】の理論価格に，γとρの組合せを与えること
ｉｉ


に対応し，請求項１の「該社債の理論価格を前記社債明細および発行企業明細情報中の実際の市場価格と比較して，該比較における誤差データを算出することにより，格付け毎の社債とその属性，倒産確率，回収率と割引率の関ｉｉ係を算出」するとは，一般化最小２乗法により，未知パラメータρ及びγの格付ｉごとの最適解を求めることに対応し，また，請求項１において，格付の「倒産確率の期間構造を，前記誤差データの値を小さくするよう最適化することにより，全ての格付けについて，前記最適化した回収率と，」格付の「倒産確率の期間構造の最適化されたものを与えるパラメータとを求め」るとは，回収率の最適解γを固定して，すべての格付の価格情報を併合ｉし，パラメータξとθの組合せに対して一般化最小２乗法を適用し，目的関数が最小となる多項式パラメータ｛α｝と相関パラメータξとθを２段ｌｉｊ階目の最適解とすることに対応することは，明らかである。しかしながら，請求項１は，社債の理論価格が，【数16】や【数17】で求められることを特定するものではない。また，一般化最小２乗法は，回帰分析の一手法にすぎず，本願発明が，実施例の一般化最小２乗法に限定されていないことについては，当事者間に争いはなく，請求項１は，確率項εのｋｔ共分散行列が，社債間のどのような相関構造を前提とするのかも，特定するものではない。そして，本願明細書には，【数16】以外の社債のキャッシュフロー関数についても，また，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以外の相関構造についても，全く記載されていなｉ（ｋ）ｉ（ｌ）ｔ   ｋｌｔい。また，公知技術や周知技術を参酌することによって，【数16】以外の社債のキャッシュフロー関数，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以外の相関構造を採用した場合について，「企業ｉ（ｋ）ｉ（ｌ）ｔ   ｋｌｔの倒産確率及び回収率を正確に計測する」という本願発明の効果を奏することの立証はない。
そうすると，【数16】以外の社債のキャッシュフロー関数を構成として含み，また，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」ｉ（ｋ）ｉ（ｌ）ｔ「φ」以外の相関構造を構成として含む本願発明は，明確ではないといｋｌｔわざるを得ない。
本願発明の「現在価値計測手段」についての審決の判断は，上記と同旨をいうものと解され，したがって，拒絶理由通知が指摘した「両データに基づいて社債の理論価格を算出する処理が，どのような処理を意味するのか，が不明である。」，「『誤差データを算出することにより，格付けごとの社債とその属性，倒産確率，回収率と割引率の関係を算出』する処理が，どのような処理を意味するのか，が不明である。」，「『最適化』の処理が，具体的にどのような処理を意味するのか，が不明である。」，「『倒産確率の期間構造を，最適化する』処理と，『全ての格付けについて，（中略）パラメータとを求め』る処理との関連が不明である。」，との点が依然として解消されていないとした審決の判断は，是認できる。
(3)拒絶理由通知のｃ）に関する原告らの主張につきア原告らは，「『前記両データに基づいて社債の理論価格を算出する』というのは，一般化最小２乗法における『社債の理論価格』の算出が行われる一ステップをいうものである。すなわち，その時点で，仮に決められたαの値について，社債の理論価格を求め，それを異なるαの値について繰り返し，・・・社債の理論価格の最適値を求めることをいうものである。これは，一般化最小２乗法では，普通に行われることであり，金融工学分野では，ごく普通の手法である。」，「本願発明を，いくつかある回帰分析の手法のうち，特に一般化最小２乗法に限定するものではなく，その他の手法をも含む形で，本願発明についての特許を請求しているものである。」と主張する。
しかしながら，「両データに基づいて社債の理論価格を算出する」ことが，一般化最小２乗法における「社債の理論価格」の算出が行われる一ステップをいうものであり，仮に決められたαの値について，社債の理論価格を求め，それを異なるαの値について繰り返し，社債の理論価格の最適値を求めることを意味するものであって，一般化最小２乗法では，普通に行われることであるとしても，本願明細書には，【数16】以外の社債のキャッシュフロー関数についても，また，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法についても，全く記載されていない。また，公知技術や周知技術を参酌することによって，【数16】以外の社債のキャッシュフロー関数や，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法を採用した場合について，「企業の倒産確率及び回収率を正確に計測する」という本願発明の効果を奏することの立証もない。そうすると，【数16】以外の社債のキャッシュフロー関数を構成として含み，また，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法を構成として含む本願発明が明確ではないことは，上記(2)のとおりである。したがって，これらの原告らの主張は，採用することができない。イまた原告らは，「一旦，格付け内のデータに基づいて，『社債の理論価格(a)』に関わる内部相関構造のパラメータ，回収率パラメータを求めた上で，格付け間にわたる全データを用いて，全データに関わる『社債の理論価格(b)』を，θ，ξと｛α｝に関して最適化するものである。このｌｉｊような最適化こそが，回帰分析の核心をなすもので，安定的な結果を算出するための工夫である。このような工夫は，この分野の通常の知識を有するものにとっては，明らかな事項である。これは，本願発明の内容を作る要素でもある。原告らは，これを説明するのに，「仮決め」として表現したものである。したがって，発明の詳細な説明と請求項１の記載との間に，何の矛盾もない。」と主張する。
しかしながら，本願明細書には，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以外の相関構造について，全く記載されｉ（ｋ）ｉ（ｌ）ｔ   ｋｌｔていないのであり，また，公知技術や周知技術を参酌することによって，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以ｉ（ｋ）ｉ（ｌ）ｔ   ｋｌｔ外の相関構造を採用した場合について，「企業の倒産確率及び回収率を正確に計測する」という本願発明の効果を奏することが立証されているわけでもないから，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法や，「λ」「φ」以外の相関構造を構成として含む本願発明が明ｉ（ｋ）ｉ（ｌ）ｔ   ｋｌｔ確ではないことは，上記(2)のとおりである。したがって，原告らの上記主張も，採用することができない。


(4)拒絶理由通知のｄ）に関する原告らの主張につきア原告らは，「現実のデータのうち，実際の数値が分かっているものは代入した上で，未確定のパラメータα，γ，ξ，θについては，未確定にしておいたままで，『格付け毎の社債とその属性，倒産確率，回収率と割引率の関係』を定めておくのである。・・・ここでは未確定のパラメータがあるので，『関係』が算出されるのであって，倒産確率や回収率を具体的に示す数値が得られるわけではない。」と主張する。
しかしながら，請求項１の「該社債の理論価格を前記社債明細および発行企業明細情報中の実際の市場価格と比較して，該比較における誤差データを算出することにより，格付け毎の社債とその属性，倒産確率，回収率と割引率の関係を算出」するとは，一般化最小２乗法により，未知パラメータρ及びγの格付ｉごとの最適解を求めることを意味することは，前
ｉｉ
示のとおりである。そうすると，請求項１のこの処理では，未知パラメータρ及び回収率γの，格付ｉごとの最適解に対応した倒産確率
ｉｉ
ｐ（ｓ：ｉ，ｊ）が，格付けごとに，具体的な数値として求められるのｔであるから，原告らの主張は，本願明細書の記載に基づかないものであり，採用することができない。
イまた原告らは，「本願明細書では，比較的高度な一般化最小２乗法を用いて説明を行っているが，特許請求の範囲を，発明の詳細な説明に記載した一般化最小２乗法に，限定するものではない。」と主張する。しかしながら，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法を構成として含む本願発明が明確ではないことは，前記(2)のとおりであるから，この原告らの主張も，採用し得ない。
(5)拒絶理由通知のｅ）に関する原告らの主張につきア原告らは，「いずれのモデルを用いても，何らかの『最適化』が行われるものであるので，請求項１では，そのように表現してある。その具体例は，段落【0047】と段落【0048】に手順が記載されている一般化最小２乗法である。そして，得られた結果についても，段落【0050】～段   落【0052】に，図面を参照して説明してある。」，「実施例として，一般化最小２乗法を用いた最適化が，どのようなものであり得るのか明確である一方，本願発明は，他の手法を用いることも可能である。」と主張する。しかしながら，一般化最小２乗法以外の回帰分析の手法を構成として含む本願発明が明確ではないことは，前記(2)のとおりであるから，原告らの上記主張も，採用することができない。
イまた原告らは，「単に各業種カテゴリーについて，順次同じ計算を，異なる業種カテゴリーの一つ一つについて繰り返していけばいいことは，極めて明らかで，何の説明の必要もない事項である。したがって，業種カテゴリーｊについての処理は，あえて本願明細書に記載していないものである。」，「業種カテゴリーｊごとの最適化が説明されていないとの指摘に対して，何の相関関係も仮定していないことは，本願明細書の記載からみて明らかであるので，業種カテゴリー間の相関関係を考慮しておらず，相関関係については触れていない。していないことを，発明の詳細な説明又は特許請求の範囲に，わざわざ記載する必要はない。」と主張する。しかしながら，本願明細書の記載によれば，格付は，社債の発行企業ごとに，一つに定まるのに対し，業種は，【数13】に示されるように，企業の営業形態から，複数にまたがるものであって，第ｋ社債発行企業の倒産確率は，【数14】に示されるように，特定の業種だけで定まるものではない。したがって，原告らが主張するように，単に各業種カテゴリーについて，順次同じ計算を，異なる業種カテゴリーの一つ一つについて繰り返していけばいいというものではないから，本願明細書において，業種のカテゴリーごとの処理が，どのように行われるのかは，明確ではないというべきである。
また，原告らは，業種カテゴリー間に，何の相関関係も仮定していないから，業種カテゴリーごとの最適化を記載する必要はないと主張するが，業種カテゴリー間に，何の相関関係も仮定していないからといって，第ｋ社債発行企業の倒産確率が，特定の業種だけで定まるものではないから，本願明細書の記載からでは，業種のカテゴリーごとの処理が，どのように行われるのかが，明確ではないことに変わりがない。
以上のとおり，業種のカテゴリーごとの最適化は，本願明細書において明確ではないのであるから，本願発明において，「『業種のカテゴリーごと』の処理は，どのように行われるのか，が不明である。」と，拒絶理由通知で指摘した事項が，依然として解消されていないことは明らかであるとした審決の判断に，誤りはない。
５取消理由４（期間構造及び回収率算出手段に関する36条６項２号の判断の誤り）について
原告らは，「『業種のカテゴリーごと』の倒産確率の期間構造は，もとより各格付けごとに求められているので，『格付け及び業種を組み合わせた各カテゴリ』について，倒産確率の期間構造を求めることは，明確に開示されており（段落【0037】にある「Ⅰ個の格付とＪ個の業種の組み合わせカテゴリー（ｉ，ｊ）ごとの倒産確率の期間構造を計測するとの記載），拒絶理由通知のイ）及びロ）に指摘された不明点は存在していない。」と主張する。しかしながら，本願明細書の記載からでは，業種のカテゴリーごとの処理が，どのように行われるのかが明確ではないことは，前記のとおりである。したがって，「全ての格付けについての，格付および業種のカテゴリーごとの倒産確率の期間構造の最適化されたものを与えるパラメータに基づいて，格付及び業種を組み合わせた各カテゴリーに対して，『倒産確率の期間構造の最適化されたものを求める』処理が，具体的にどのような処理を意味するのか，が不明である。」との拒絶理由通知の指摘事項が，依然として解消されていないことは明らかであるとした審決の判断に，誤りはない。
６結語
以上のとおり，原告らの主張する取消事由１～４には理由がなく，請求項１に係る特許請求の範囲の記載は，特許法36条６項２号に規定する要件を満たしていないものであるから，特許法36条４項に関する取消事由５について検討するまでもなく，本件審判の請求は成り立たないとした審決の結論に，誤りはない。
よって，原告らの本訴請求は理由がないから，これを棄却することとして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第２部
裁判長裁判官中野哲弘
裁判官岡本   岳
裁判官上田卓哉


平成１３年（行ケ）第２６７号　特許取消決定取消請求事件
口頭弁論終結日　平成１６年７月２２日
判　　　　　　　決
原　　　　　　告　　　　　同和鑛業株式会社
訴訟代理人弁理士　　　　　丸岡政彦
同　　　　　　　　　　　　和田憲治
同　　　　　　　　　　　　小松高
被　　　　　　告　　　　　特許庁長官　小川洋
指定代理人　　　　　　　　沼澤幸雄
同　　　　　　　　　　　　野田直人
同　　　　　　　　　　　　涌井幸一
同　　　　　　　　　　　　一色由美子
同　　　　　　　　　　　　宮下正之
主　　　　　　　文
１　原告の請求を棄却する。
２　訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１　当事者の求めた裁判
１　原告
(1)特許庁が平成１１年異議第７４３７２号事件について平成１３年４月１６日にした決定を取り消す。
(2)訴訟費用は被告の負担とする。
２　被告
主文と同旨
第２　当事者間に争いのない事実等
１　特許庁における手続の経緯
原告は，発明の名称を「ＩＴＯスパッタリングターゲット」とする特許第２９０７３６８号の特許（平成５年５月２７日出願（以下「本件出願」という。），平成１１年４月２日設定登録。以下「本件特許」という。請求項の数は３である。以下，本件出願に係る願書に添付された明細書及び図面を「本件明細書」という。）の特許権者である。
本件特許に対し，請求項１ないし３につき特許異議の申立てがされ，特許庁は，これを平成１１年異議第７４３７２号事件として審理した。原告は，審理の過程で，平成１２年６月５日，請求項の文言の訂正を含む，本件明細書の訂正を請求した（以下「本件訂正請求」という。以下，本件訂正請求による訂正後の明細書を，「訂正明細書」という。）。特許庁は，審理の結果，平成１３年４月１６日，本件訂正請求を認めなかった上で，「特許第２９０７３６８号の請求項１ないし３に係る特許を取り消す。」との決定をし，平成１３年５月１４日，その謄本を原告に送達した。
２　本件訂正請求による訂正前の特許請求の範囲
(1)請求項１
透明導電膜をスパッタリング成膜する際に用いられるＩＴＯ焼結体からなるスパッタリングターゲットであって，前記焼結体の相対密度が８５％以上，結晶粒径が１５μｍ以下，および三点曲げ強度が１０ｋｇｆ／ｍｍ２以上であり，かつこの焼結体中に存在するＳｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布していることを特徴とするＩＴＯスパッタリングターゲット。
(2)請求項２
透明導電膜をスパッタリング成膜する際に用いられるＩＴＯ焼結体からなるスパッタリングターゲットであって，前記焼結体の相対密度が８５％以上，結晶粒径が１５μｍ以下，および熱伝導率が９Ｗ／ｍｋ以上であり，かつこの焼結体中に存在するＳｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布していることを特徴とするＩＴＯスパッタリングターゲット。
(3)請求項３
透明導電膜をスパッタリング成膜する際に用いられるＩＴＯ焼結体からなるスパッタリングターゲットであって，前記焼結体の相対密度が８５％以上，結晶粒径が１５μｍ以下，三点曲げ強度が１０ｋｇｆ／ｍｍ
２以上であり，熱伝導率が９
Ｗ／ｍｋ以上であり，かつこの焼結体中に存在するＳｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布していることを特徴とするＩＴＯスパッタリングターゲット。
（以下，順に「本件発明１」，「本件発明２」及び「本件発明３」という。）
３　本件訂正請求による訂正後の特許請求の範囲
下線部が，付加訂正部分である。
(1)請求項１
透明導電膜をスパッタリング成膜する際に用いられるＩＴＯ焼結体からなるスパッタリングターゲットであって，原料粉末中のＳｎＯ２粉末の添加量を１５重量％未満として得られた焼結体からなり，該焼結体の相対密度が８５％以上，結晶粒径が１５μｍ以下，および三点曲げ強度が１０ｋｇｆ／ｍｍ２以上であり，かつこの焼結体中に存在するＳｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布していることを特徴とするＩＴＯスパッタリングターゲット。
(2)請求項２
透明導電膜をスパッタリング成膜する際に用いられるＩＴＯ焼結体からなるスパッタリングターゲットであって，原料粉末中のＳｎＯ２粉末の添加量を１５重量％未満として得られた焼結体からなり，該焼結体の相対密度が８５％以上，結晶粒径が１５μｍ以下，および熱伝導率が９Ｗ／ｍｋ以上であり，かつこの焼結体中に存在するＳｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布していることを特徴とするＩＴＯスパッタリングターゲット。
(3)請求項３


透明導電膜をスパッタリング成膜する際に用いられるＩＴＯ焼結体からなるスパッタリングターゲットであって，原料粉末中のＳｎＯ２粉末の添加量を１５重量％未満として得られた焼結体からなり，該焼結体の相対密度が８５％以上，結晶粒径が１５μｍ以下，三点曲げ強度が１０ｋｇｆ／ｍｍ２以上であり，熱伝導率が９Ｗ／ｍｋ以上であり，かつこの焼結体中に存在するＳｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布していることを特徴とするＩＴＯスパッタリングターゲット。
（以下，順に「本件訂正発明１」，「本件訂正発明２」及び「本件訂正発明３」という。）
４　決定の理由
別紙決定書の写しのとおりである。要するに，少なくとも本件訂正発明１は，特願平４－１４３６５２号（特開平５－３１１４２８号公報）の願書に昀初に添付された明細書（以下「先願明細書」という。）に記載された発明（以下「先願明細書発明」という。）と実質的に同一の発明であるから，本件訂正請求は認められないとした上で，本件発明１ないし３も，先願明細書発明と実質的に同一であるから，特許法２９条の２により，特許を受けることができない，とするものである。
５　決定が認定した，先願明細書発明の内容，本件訂正発明１と先願明細書発明
との一致点・一応の相違点
(1)先願明細書発明の内容
「「透明導電膜をスパッタリング成膜する際に用いられるＩＴＯ焼結体からなるスパッタリングターゲットであって，原料粉末中のＳｎＯ２粉末の添加量を２重量％から１５重量％として得られた焼結体からなり，該焼結体の相対密度が９０％以上１００％以下，結晶粒径が１μｍ以上２０μｍ以下，および抗折力が１０～
３０ｋｇ／ｍｍ
２であるＩＴＯスパッタリングターゲット。」の発明」（決定書４頁）
(2)本件訂正発明１と先願明細書発明との一致点
「「透明導電膜をスパッタリング成膜する際に用いられるＩＴＯ焼結体からなるスパッタリングターゲットであって，原料粉末中のＳｎＯ２粉末の添加量を２重量％から１５重量％未満として得られた焼結体からなり，該焼結体の相対密度が９０％以上１００％以下，結晶粒径が１以上１５μｍ以下，および三点曲げ強度が
１０ｋｇｆ／ｍｍ
２以上３０ｋｇｆ／ｍｍ２以下であることを特徴とするＩＴＯスパッタリングターゲット。」の点」（決定書４頁）
(3)本件訂正発明１と先願明細書発明との一応の相違点「本件訂正発明１では，「焼結体中に存在するＳｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布している」のに対し，先願明細書発明では，この
点が明らかでない点」（決定書５頁）
６　決定は，本件発明１ないし３と先願明細書発明との同一性についての判断に関して，本件発明１については，本件訂正発明１の上位概念であるとして，本件訂正発明１の独立特許要件（同一性）についての判断を援用し，本件発明２及び３については，その「熱伝導率が９Ｗ／ｍｋ以上」の条件を，先願明細書発明も満たすものであるとして，いずれも先願明細書発明との同一性を肯定している。
第３　原告の主張の要点
決定は，本件訂正発明１並びに本件発明１ないし３と，先願明細書発明との同一性の判断を誤っており，取り消されるべきである。１　取消事由１（本件訂正発明１と先願明細書発明とが同一であるとした判断の誤り）
(1)先願明細書発明は，
①　焼結密度９０％以上１００％以下の高密度ＩＴＯ焼結体
②　焼結粒径１μｍ以上２０μｍ以下のＩＴＯ焼結体
③　上記①，②の２つの条件を満たす，高密度ＩＴＯ焼結体からなるＩＴＯ
スパッタリングターゲット
である。
これに対し，本件訂正発明１は，
ア　８５％以上の相対密度を有するＩＴＯ焼結体であり，
イ　結晶粒径が１５μｍ以下のＩＴＯ焼結体であり，
ウ　１０ｋｇｆ／ｍｍ２以上の三点曲げ強度を有するＩＴＯ焼結体であり，エ　焼結体中に存在するＳｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布しているＩＴＯ焼結体であり（これが，本件訂正発明１の昀も大きな特徴である。），
オ　アからエの条件を満たすＩＴＯ焼結体から成る透明導電膜成膜用スパッ
タリングターゲット
である（以下，「構成ア」，「構成イ」などという。）。先願明細書発明は，上記①ないし③の構成のみによって成り立っている発明であり，本件訂正発明１とは根本的に異なる。
以下に述べるとおり，先願明細書には，本件訂正発明１の構成ウ及びエが記載されているものではないから，先願明細書発明を，構成アないしオの全てを構成要件とするように，補正できるものではない。そのような補正ができない以上，すなわち，本件訂正発明１と同一の発明を請求項として追加できる程度に明瞭に，その発明が先願明細書に記載されていると認められない以上，先願明細書発明は，先願発明として，後願発明（本件訂正発明１）を排除できない。また，先願明細書発明は，本件訂正発明１が有する優れた効果（性質）も持たない。この点でも，本件訂正発明１とは異なる。
(2)構成ウについて
先願明細書発明が，構成ウ，すなわち三点曲げ強度が１０ｋｇｆ／ｍｍ
２以
上である，という構成を有しているとはいえない。
先願明細書発明において，焼結密度が９０％以上１００％以下という条件を満たせば，抗折力が一定以上の数値になることは自動的に決まることが明示されている（甲第５号証図２）。
先願明細書に記載されている，１６～２３ｋｇｆ／ｍｍ
２の抗折力が，三点
曲げ強度が１０ｋｇｆ／ｍｍ
２以上という条件を満たすものであるとしても，それ


は，先願明細書発明の必須の構成要件であるとはいえない。そうである以上，この点で，本件訂正発明１と先願明細書発明とが同一である，とはいえない。
(3)構成エについて
決定は，
「先願明細書発明は，本件訂正発明１とその製造条件でも実質的な差異がない以上，その製造条件で得られた「焼結体」も，本件訂正発明１の上記「１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布しているＳｎリッチ相」の点を有しているとするのが相当であるから，両者は，この点でも実質的な差異はないと云うべきである。」（決定書８頁）
としている。しかし，決定の上記判断は，誤りである。ア　上記のとおり，決定は，製造方法が実質的に同一であることを，本件訂正発明１と先願明細書発明との同一性を肯定する根拠としている。しかし，焼結体の製造において考慮すべき因子（温度，時間等）は極めて多く，組織構造の同一性を保障するためには，あらゆる製造条件の一つ一つについて，厳密に数値限定をする必要があって，製造方法と，特定の組織構造を持つ焼結体とを，１対１に対応させることは極めて困難であるから，焼結体に関しては，製造方法によって組織構造の同一性を立証することは，事実上不可能である（なお，先願明細書にも，乙第１号証にも，複数の製造方法が記載されており，被告が，そのうちのどれとどれとを対応させているのか明らかでない。）。本件訂正発明１の組織構造の発明について，原告は，注目すべき因子を必要なだけ列挙し，それらの各因子について具体的な数値限定をして，それを確定している。これに対し，製造方法は，製造目標，すなわち組織構造に応じて，製造者が自由に設定できるものに過ぎない。
以上からは，対比する２つの発明が共に組織構造の発明である場合，その異同を論ずるにあたっては，端的に組織構造そのものが同一であるか否かを検討すべきであり，製造方法の異同に基づいて，組織構造の異同を論ずる余地はない。イ　決定が一応の相違点として摘示しているとおり，先願明細書には，焼結体中に存在するＳｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布していること（構成エ）は，記載されていない。
被告は，「住友金属鉱山　中研所報　Vol.6No.11991」（住友金属鉱山株式会社中央研究所刊・乙第１号証，以下「乙１文献」という。）を引用しつつ，構成エに係る本件訂正発明１と先願明細書発明の同一性が認められると主張している。
先願明細書を理解するための技術水準を参酌するために，乙１文献を用いることはできるが，それをもって，先願明細書に記載されていない構成を，先願明細書発明の内容として補うことは許されない。このことのみをもっても，先願明細書発明と本件訂正発明１とが，互いに異なる組織構造の発明である，という結論は出ている。
ウ　乙１文献を参酌しても，先願明細書発明が構成エを備えるものとは認められない。その理由は，以下のとおりである。
(ｱ)乙１文献の１５頁図３，１７頁図８から明らかなとおり，焼結温度を高くするほど焼結体密度は高くなるものの，同時にＳｎ分散状態も悪く，Ｓｎ粒子の径も大きくなる（凝集する）。
先願明細書に記載されているように９０％以上の密度で焼結体を製造しようとすると，１６００度より高い温度で焼結せざるを得ず，そうすると，Ｓｎの分散状態が均一かつ微細にならなくなること（構成エを備えないこと）は，乙１文献そのものが開示している。
(ｲ)特開平４－３１７４５５号公報（甲第４号証，以下「甲４公報」という。）からも，ＩＴＯ焼結体に，本件訂正発明１の組織構造を持たせることはできないことが明らかである。
甲４公報には，先願明細書発明が採用する常圧焼結法により得られたＩＴＯ焼結体において，錫が集中的に多量に存在する部分があることが明記されており（２頁２欄参照），焼結を「１３５０℃よりも低い温度で行なうと，凝集したＳｎＯ２相が安定に存在するために，比抵抗値の低い良質なＩＴＯ膜を得ることが困難となり，また１５００℃よりも高い温度で行なうと，スズの凝集を生じるおそれがある」ことが開示されている（３頁３欄）。すなわち，高温で焼結を行うと，Ｓｎが凝集してしまうことが開示されている。
そうすると，決定の，
「先願明細書発明の「Ｓｎリッチ相」が本件訂正発明１の上記「１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布しているＳｎリッチ相」であるか否かについて検討すると，本件訂正発明１の上記「Ｓｎリッチ相」は，・・・本件訂正明細書の実施例１に徴すれば「従来以上に微粉度を高めた酸化錫（ＳｎＯ２）粉１０重量％とを混合した混合粉を出発原料とし，圧粉成形体を形成した後，従来より一般的に用いられている圧粉成形体を焼結するという製造方法において１４００℃以上の高温焼結を行い」（上記ホ参照）形成することができるものと認められる。」
（決定書６頁～７頁）
との認定が前提としている，１４００度以上の温度で焼結を行えば常に同じ結果が得られるということが，誤っていることを裏付けることができる。(ｳ)決定は，訂正明細書の実施例１の「従来以上に微粉度を高めた」の記載（乙第４号証７頁）について，「特願平３－８３３０９号（特開平４－２９３７０７号公報）（判決注・甲第１１号証，以下「甲１１公報」という。）に記載のＳｎＯ２粉の微粉度が「従来」とすれば，」（決定書７頁）という仮定をして，「特開平４－２９３７０７号公報に記載の「ＳｎＯ２粉」より微粉であると解するのが相当である」（同頁）とし，先願明細書のＳｎＯ２粉と，訂正明細書の実施例１のそれとで，微粉度で差がないことを，先願明細書発明と本件訂正発明１の製造条件との間で実質的な差異がないこと，ひいては両発明が同一であることの一つの根拠としている。


しかし，従来技術の一例に過ぎない甲１１公報に例示されたＳｎＯ２粉の粒度を，従来技術において使用された原料粉末中のＳｎＯ２の粒度の昀小値であるとすることはできないから，先願明細書に記載のものがそれより微粒であっても，本件訂正発明１にいう「従来以上に微粉度を高めた」ものであると決め付けることはできない。現に，甲４公報及び特開平４－１６００４７号公報（甲第８号証，以下「甲８公報」という。）には，先願明細書に記載された粉末より小さい平均粒径０．５μｍの酸化スズ粉末が記載されている。したがって，決定は，上記仮定において，既に誤っている。
(4)本件訂正発明１と先願明細書発明とは，作用効果の点からも異なる。ア　本件訂正発明１では，構成エがあることにより，ＩＴＯ焼結体の相対密度を８５％以上にさえすれば，優れた性質が得られるのに対し，先願明細書発明では，９０％以上にする必要がある。
ＩＴＯ焼結体の原料粉は難焼結性であり，焼結によりその密度を高めようとすると，加熱に要する費用等，製造コストがかさむから，９０％未満でも足りるというのは，産業上大きな利点である。
イ　先願明細書発明は，３インチφ×５ｍｍという，比較的小型のものである。これに対し，本件訂正発明１は，４インチφ×６ｍｍという，２倍以上もある大型のものも含まれている。
ターゲットが大きくなるほど，均一な放電は困難となることが知られており，本件訂正発明１は，大型のターゲットとして用いることができるほど，優れた品質を有する。
本件訂正発明１のＩＴＯ焼結体を用いたターゲットは，大型であっても，その寿命の後期に至るまで黒化が認められず，異常放電も非常に少なかったという，先願明細書発明にはない優れた効果を持つものである。(5)本件訂正発明１は，組織構造の発明であり，ＩＴＯ焼結体を特定の用途（スパッタリングターゲット）に供する場合に，どのような組織構造を持つものがよいのか教えるものである。多数ある組織構造の中から，特定の目的・用途において優れた効用を発揮することに着目して，昀適の，特異な組織構造を選ぶことは，一種の選択発明として特許に値するはずである。
２　取消事由２（本件訂正発明２及び３の新規性）
本件訂正発明１において述べたところと同様の理由により，本件訂正発明２及び３も，先願明細書発明と同一とはいえない。
３　取消事由３（本件発明１ないし３の新規性の判断の誤り）本件訂正発明１において述べたところは，そのまま本件発明１ないし３についてもあてはまるものである。したがって，本件発明１ないし３の新規性を否定した決定の判断は，誤りである。
第４　被告の反論の要点
１　取消事由１（本件訂正発明１と先願明細書発明とが同一であるとした判断の誤り）に対して
(1)先願明細書には，ＩＴＯスパッタリングターゲットに関し，その原料粉末の添加量，焼結体の相対密度，結晶粒径，三点曲げ強度の要件が，すべて明確に記載されている。このＩＴＯスパッタリングターゲットを，先願明細書発明として認定することに，何ら差し支えはない。
構成エについては，確かに先願明細書に明示の記載はない。しかし，それは，先願明細書発明の組織構造を確認すれば当然分かることである。(2)構成ウについて，先願明細書の実施例には，抗折力２０ｋｇ／ｍｍ
２が示さ
れているから，これを備えていることは明らかである。特許法２９条の２にいう先願明細書発明とは，先願明細書（特許請求の範囲，発明の詳細な説明及び図面）に記載された内容から，技術思想として把握できる発明をいう。特許請求の範囲に記載されていないことでも，先願明細書発明の内容として認定できる。
したがって，三点曲げ強度（抗折力）が，先願明細書の特許請求の範囲に記載されていなくても，先願明細書発明の内容として認定することができるのは，当然である。
(3)先願明細書発明は，構成エも備えている。
ア　本件訂正発明１に係る，高密度ＩＴＯ焼結体の技術分野に限らず，原料粉末を焼結して焼結体を製造する技術分野では，原料粉末や焼結条件等の製造条件が異なっても，同じ組織構造の焼結体が得られる蓋然性が高い。そのため，製造条件の観点から特許性を判断することは，実務上，必要に応じて行われており，本件でも，その手法により判断している。
原告は，訂正拒絶理由通知書（乙第２号証）に対する意見書において，「・・・本件訂正発明１において，ＳｎＯ２の添加量を１５重量％以下とする限定は，確実に均一且つ微細なＳｎリッチ相を得るための必須要件であり・・・」（乙第３号証８頁）と述べている。このことと，訂正明細書の実施例１の記載中の「酸化錫（ＳｎＯ２）粉」を，「従来以上に微粉度を高めた酸化錫（ＳｎＯ２）粉」と訂正した事実等からは，Ｓｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径であり，焼結体中に均一に分布しているという組織構造は，原料粉末中のＳｎＯ２粉末の添加量，その粒径及び温度条件等の製造条件により決定されることは明らかである。イ　先願明細書発明が，本件訂正発明１と同一であることは，乙１文献からも明らかである。
乙１文献には，高密度ＩＴＯターゲットに適する構造として，高密度，Ｓｎの分散が均一かつ微細，結晶粒径が均一，の項目があり，これらに関する実験方法とその結果が開示されている。
そこには，平均粒径０．０７μｍのＩｎ２Ｏ３粉末と平均粒径３μｍのＳｎＯ２粉末とを混合した混合粉末（その組成は，いずれも１０ｍａｓｓ％ＳｎＯ２に調整済み）を用い，酸素ガス気流中で１０００度から１６００℃の間の種々の温度で，５時間焼成する実験方法（これは，先願明細書に記載されている製造条件とほぼ同じである。）と，その結果として，ＩＴＯ焼結体の結晶粒径が，焼結温度１４００度から１５００度付近までは１０μｍ以下（図７），Ｓｎ相の粒径も１０μｍ以下（図８）であることが開示されている。
乙１文献の実験条件とほぼ同じ条件で製造された先願明細書発明も，この乙１文献のものと類似した組織となる蓋然性が極めて高いから，本件訂正発明１の，Ｓｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布しているという組織となるものである，といえる。


ウ(ｱ)原告は，乙１文献からは，逆に，先願明細書発明において焼結密度を９０％以上とするため焼結温度を高くする（１６００度以上）と，Ｓｎ粒子の粒径が粗大化し，均一且つ微細な分布は得られないことが明らかである，と主張する。しかし，乙１文献では，焼結温度を高くし過ぎると，結晶粒が粗大化して焼結体の一般的な性質（機械的性質等）が悪くなることも開示されている。そのため，焼結温度は１６００度を超えないようにし，その代わりに，微細な原料粉を用いたり，一定程度の成形圧を採用したりして，相対密度を高めることを開示している。１６００度もの高温で焼結することが必須となるものではない。また，焼結密度とＳｎ凝集径とは，いずれも，焼結温度に相関しているとはいえるものの，焼結密度の増大傾向と，Ｓｎ凝集径の成長傾向は異なる。同じ焼結密度（９０％以上）を得る場合，Ｓｎ凝集径も同じ大きさになるとは必ずしもいえない。
(ｲ)甲４公報に開示されているのは，１５００度を超える高温で焼結を行うと，インジウム中に固溶化されなかったスズが活発に拡散して凝集するおそれがある，ということだけである。先願明細書では，固溶化処理をそもそも行っておらず，甲４公報の記載事項は，先願明細書発明の理解の参考になるものではない。(ｳ)原告は，先願明細書発明に用いられている原料粉末の粒度が，本件訂正発明１のそれとは異なる，と主張する。
本件明細書にも訂正明細書にも，従来の粒度の程度が明らかにされていないし，原告も，その程度を明確にしようとはしていない。原告が従来技術の一例に過ぎないとする甲１１公報は，原告が敢えて本件明細書段落【００１７】に従来技術を明示するために訂正で挿入したものであり，訂正明細書でいう「従来」技術を示す例であることに変わりはない。甲４公報や甲８公報に記載の「０．５μｍ」の粒度は，従来の粒度の一例であるとしても，訂正明細書でいう「従来」の粒度がこの「０．５μｍ」だけを意味すると解すべき何らの根拠もない。従来の粒度が仮に０．５μｍであったとしても，先願明細書には，実施例で例示された「０．７１μｍ」の外，平均粒径が下限の「０．２μｍ」までなら使用されると明示されている（甲第５号証４頁５欄）。これが，従来以上に微粉度を高めたものといえることは，明らかである。
(4)本件訂正発明１と先願明細書発明とは，その作用効果においても異なるところはない。
ア　本件訂正発明１の構成要件は，相対密度が８５％以上となっており，９０％以上も含まれる。本件訂正発明１の相対密度が８５％で足りるとして，製造コストの低減等の効果をいう原告の主張は失当である。
イ　本件訂正発明１では，ターゲットの大きさは構成要件となっていない。大きいターゲットでも均一な放電が可能であるとして，本件訂正発明１と先願明細書発明とが異なるとする原告の主張には，理由がない。先願明細書に記載された全ての実施例には，ターゲット表面が黒色化しなかったと記載されているし，異常放電が少なかったことも示唆されているのであって，本件訂正発明１との差異はない。
(5)原告は，選択発明として，本件訂正発明１に特許が付与されるべきである，と主張する。
しかし，本件訂正発明１は，均一分散という，多分に主観的に定義された組織構造を構成要件としている。そして，そのような組織構造は，通常の製造方法により製造した結果，得られる蓋然性が高いことは既に述べたとおりである。このようなものに特許を付与すると，本件出願より先に，焼結体の製造方法について発明をしたものであっても，個々の組織を明細書に開示していなければ，本件訂正発明１に係る特許と抵触し，不測の利益を被ることになる。また，本件訂正発明１は，既存の焼結体の組織を観察し，これを表現しただけのものであって，他に何らの有用な技術を提供したとはいえない。しかも，本件訂正発明１は，原料粉末の大きさと配合比を工夫し，ＩＴＯ焼結体の一般的な製造条件を採用すれば，製造することができる程度のものである。原告が主張するような，優れた効用をもつ発明ではない。このような発明が，特許に値するものということはできない。
２　取消事由２及び３に対して
本件訂正発明１と先願明細書発明とが同一であると認められる以上，本件訂正発明２及び３並びに本件発明１ないし３も，先願明細書発明と同一と認められる。
第５　当裁判所の判断
１　取消事由１（本件訂正発明１と先願明細書発明とが同一であるとした判断の誤り）について
以下，先願明細書発明が，本件訂正発明１の構成を備えているか否かについて検討する。
(1)「三点曲げ強度が１０ｋｇｆ／ｍｍ
２以上」であるという構成（構成ウ）
について
原告は，先願明細書発明は，構成ウを構成要件として備えていない，と主張する。
特許法第２９条の２の規定は，後願の出願後に公開された先願明細書の，特許請求の範囲に記載された発明のみならず，発明の詳細な説明及び図面に記載された発明に，拡大された先願の地位を与えることを定めたものである。先願明細書の実施例には，先願明細書の特許請求の範囲において特定されている，焼結密度９０％以上１００％以下，焼結粒径１μｍ以上２０μｍ以下の要
件に加えて，「１６～２３ｋｇ／ｍｍ
２の抗折力」（弁論の全趣旨により，これは，
構成ウを充足するものと認められる。）を有するＩＴＯスパッタリングターゲットの発明が記載されていると認められる（甲第５号証７頁表２）のであって，抗折力が先願明細書発明の構成要件となっていないことを根拠とする原告の主張は理由がない。
(2)「焼結体中に存在するＳｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に
均一に分布している」との構成（構成エ）について
ア　原告は，本件訂正発明１と先願明細書発明との組織構造の同一性を，製造条件の異同の観点から比較することは適切でないと主張する。その論拠は，焼結体において，あらゆる製造条件を厳密に数値等で限定しない限り，同一の組織構造が得られるとはいえず，製造方法により，組織構造の同一性を立証することは，事実上不可能である，というものである。


原告が主張するとおり，組織構造に関する発明の同一性を判断する場合，端的に，組織構造同士を比較するのが直截であることはいうまでもない。しかし，製造条件の異同の観点から比較する手法でも，昀終的には，当該製造方法により製造された物が，問題となっている組織構造を備えているか否かを判断しているものであり，そのような判断手法自体を採用することが許されるのは当然である（なお，原告は，被告が，先願明細書に記載された製造方法のうちのどれを，乙１文献記載のそれと対応させているか明らかにしていないと主張する。構成エを備える焼結体を製造するために留意すべき条件がいかなるものであり，それが先願明細書と乙１文献とで，どのように記載されているかは，後記のとおりである。）また，先願明細書に明記されていない構成であっても，先願明細書発明が客観的にどのような物性を備えているかを理解するために，本件出願当時の技術常識を参酌することは，何ら，先願明細書に記載されていない構成を付加することになるものではない。そして，乙１文献（乙第１号証）の発行日は平成３年６月２８日であり，本件出願前のものであるから（先願明細書の出願日である平成４年５月１１日の前でもある。），そこに書かれてある周知技術（なお，先願明細書発明が客観的に備えている物性を確認するための手段であるＥＰＭＡも，乙１文献に記載されており，本件出願時に周知の技術であると認められる。）を，先願明細書発明の理解の際，参酌できることは当然である。
イ　乙１文献には「Ｉｎ２Ｏ３－ＳｎＯ２系セラミックの構造とターゲット材料への応用」と題する研究報告があり，以下の事項が記載されている。(ｱ)「本研究では，ターゲット構造に与える製造条件の影響のうち，特に重要である原料粉末と焼結条件の影響を明らかにすることを目的としている。」
（乙第１号証１４頁右欄）
(ｲ)「２　実験方法
２種類の原料粉末を用いて実験を行った。一つは乾式法によって作られた平均粒径０．０７μｍのＩｎ２Ｏ３粉末と湿式法によって作られた平均粒径３μｍのＳｎＯ２粉末とを混合した混合粉末であり，もう一つはインジウムと錫の合金を用いて乾式法によって作られた平均粒径０．０７μｍのＩＴＯ粉末である。それぞれの粉末の外観を図１および図２に示す。図１の混合粉末の外観には微細なＩｎ２Ｏ３粉末の他に数μｍのＳｎＯ２粉末が観察される。なお，原料粉末の組成はいずれも１０ｍａｓｓ％ＳｎＯ２に調整してある。
これらの原料粉末に成形用バインダーを１ｍａｓｓ％添加し，湿式ボールミル混合を行った。乾燥造粒の後，プレス成形により１ｔｏｎ／ｃｍ２の圧力で成形を行い，ガスフロー型高温大気炉にて，脱バインダーおよび焼結を連続で行った。焼結条件は酸素ガス気流中で１０００℃から１６００℃の間の種々の温度で５時間である。」（同１４頁右欄～１５頁左欄）
(ｳ)「３．１焼結温度の影響
焼結体の密度に及ぼす焼結温度の影響を図３に示す。混合粉末，ＩＴＯ粉末ともに焼結温度の上昇にともなって焼結体の密度が上昇しており，直線の傾きも高温度領域ほど大きくなっている。」（同１５頁左欄）(ｴ)「破面をＳＥＭ観察し平均粒径を求めた結果をＳＥＭ写真とともに図７に示す。またＥＰＭＡによりＳｎ原子の凝集程度を調べた結果を図８に示す。平均粒径，Ｓｎ原子の凝集ともに焼結温度の上昇にともなって粗大化する傾向にある。」（同１６頁右欄）
(ｵ)「３．２原料粉末の影響
・・・図３において１３５０℃以下の焼結温度では原料粉末の違いは焼結密度に対しほとんど影響を与えていない。それに対し１３５０℃と１４００℃の間では両者の違いが昀も顕著に現れている。・・・またこの結果はＳｎＯ２相が微細に分散している原料粉末ほど焼結密度は上がりやすいと言い替えることもできる。
それぞれの原料粉末を用いた１５００℃焼結体のＳｎ原子の分散状態を図１２に示す。ここでは原料粉末による明らかな違いは観察されていない。しかしより精度が高いと思われる表２に示すＥＰＭＡ線分析によってＩｎ２Ｏ３中に固溶しているＳｎ量を１４００℃焼結体について調べた結果においては，両者の間に少しではあるが違いが見いだされている。すなわちＳｎの拡散が活発に行われる温度で焼結された場合においても，Ｓｎ原子の分散状態やＩｎ２Ｏ３相中のＳｎ原子の固溶量に対する原料粉末中のＳｎ原子の分散状態の影響は，完全には失われていないものと思われる。」（同１７頁右欄～１８頁右欄）
(ｶ)「３．３ターゲット材料への応用
・・・他の研究から明らかにされた高特性の薄膜を得るために望まれるターゲットの構造を表３にまとめる。これらの構造のうち，Ｓｎ原子の分散性，結晶粒径，粒度分布といった構造と密度とは，焼結温度において相反する項目となっている。つまり各項目のうちどの構造を重視するかによって当然ターゲットの製造工程に違いが生じてくるべきである。表４に製造条件の一例を示す。・・・この製造条件はバインダーの選択，混合条件といったターゲットの構造に対するほかの製造工程の影響も併せて考えられているが，昀も重要な工程である原料粉末の配合と焼結工程の決定には本研究の結果が活用されている。・・・不均一な組織を生じやすい１４００℃以上での保持時間を短くしたこと等である。」（同１８頁右欄～１９頁左欄）
(ｷ)「表３　ＩＴＯターゲットに適すると考えられる構造
・・・
密度　　　　　　高密度
Ｓｎの分散　　　均一かつ微細
結晶粒径　　　　特に限定なし


結晶粒径分布　　狭い（均一粒径）・・・」（同１８頁右欄）(ｸ)そして，乙１文献には，「図３　焼結体密度ρに与える焼結温度Ｔの影響」，「図７　結晶粒径ｄの焼結温度Ｔによる変化」，「図８　ＥＰＭＡ面分析によるＳｎ凝集径Ｄの焼結温度Ｔによる変化」が，それぞれ示されている（同１５頁，１６頁，１７頁）。
以上の乙１文献の記載からわかるのは，焼結温度が高いほど，焼結密度は向上する（図３）ものの，同時に結晶粒径が大きくなり（図７），Ｓｎ凝集径も大きくなる（図８）こと，１３５０℃以上の焼結温度では原料粉末の焼結密度への影響があり（図３），ＳｎＯ２相が微細に分散している原料粉末ほど固溶量が増えて焼結密度は上がりやすいこと，Ｓｎ原子の分散性，結晶粒径，粒度分布といった構造と密度とは，焼結温度において相反する項目となっていること，望ましい特性のＩＴＯターゲットを得るには，焼結温度，原料粉末の選択が特に重要であることであり，これらは，本件出願当時，技術常識であった，と認められる。
他方，先願明細書には
「混合する酸化スズ粉末としては，例えばＢＥＴ比表面積が３～２０ｍ２／ｇ，０．１～３μｍの範囲における粒度分布測定より求めた平均粒子径が０．２～２μｍの粉末が挙げられる。ＢＥＴ比表面積が大きく，平均粒子径が大きい粉末は，凝集が激しく，焼結体中に酸化スズの大きな塊が残る場合がある。」（甲第５号証４頁５欄）
と記載されており，酸化錫粉末の平均粒子径が大きいとＳｎ凝集が発生しやすいことが認められる。
以上認定したところからすれば，本件訂正発明１の構成要件である焼結体の相対密度，結晶粒径，Ｓｎリッチ相の粒径及び分散性の各要件は，焼結体を製造する際の焼結温度及び原料粉末に影響されるということができ，他方，先願明細書発明（(1)で認定した三点曲げ強度のほか，焼結密度及び焼結粒径について，本件訂正発明１の構成を備えている（甲第５号証７頁表２）。）も，その焼結温度及び原料粉末次第では，本件訂正発明１の構成エ（Ｓｎリッチ相の粒径及び分散性）を備え得るものということができる。
したがって，本件において，それぞれの製造方法に着目して，両者の同一性を判断する手法を採用することは合理的であり，適切であるといえる。ウ　そこで，訂正明細書の実施例に記載された製造条件と先願明細書の実施例１に記載された製造条件を対比すると，次のとおりとなる。
訂正明細書   先願明細書
焼結温度1400℃以上   1500℃
原料粉末酸化インジウム粉90重量％と
従来以上に微粉度を高めた酸化
酸化インジウム粉末と
平均粒子径0.71μｍの酸化錫粉
末10重量％との混合粉
錫粉10重量％との混合粉
（訂正明細書につき，乙第４号証７頁，先願明細書につき，甲第５号証４頁６欄～５頁７欄）
以上のとおり，両者の製造条件の間には，焼結温度，酸化錫粉末の配合比において実質的な差異は認められない。
ところで，イで見たとおり，乙１文献の記載から，Ｓｎの凝集は，焼結温度が高いほど粗大化するものであることが，また，先願明細書の記載から，Ｓｎの凝集は，酸化錫粉末の平均粒子径が大きいほど発生しやすいことが認められる。そして，Ｓｎの凝集に大きな影響を与える他の条件の存在は，証拠上認められない。
そうすると，乙１文献の図８及び図１２によれば，１５００℃で焼結した場合には，３μｍの酸化錫粉末を使用した場合でさえ，Ｓｎの凝集は１０μｍ以下の粒径で均一に分布していることが認められるのであるから，より小径の０．７１μｍの酸化錫粉末を使用して１５００℃で焼結を行っている先願明細書発明においても，Ｓｎの凝集は１０μｍ以下の粒径で均一に分布している，と認めるのが相当である。
すなわち，前記技術常識を参酌すれば，先願明細書発明は，「焼結体中に存在するＳｎリッチ相が１０μｍ以下の粒径で，焼結体中に均一に分布している」の要件を備えていると理解することができるのである（なお，本件訂正発明１の構成要件には，「均一に分布」の程度について，具体的な定義はない。発明の詳細な説明中にも「均一に細かく分散する」（乙第４号証６頁）との記載のほか，図１（甲第２号証５頁）として写真を添付するのみである。）。エ　原告は，乙１文献は，高い焼結密度と，良好なＳｎ分散性とは両立し得ないことを開示しており，先願明細書発明が９０％以上もの焼結密度を達成している以上，構成エを備えているとは認められないと主張する。しかしながら，乙１文献について前記認定したところからすれば，乙１文献における「・・・構造と密度とは，焼結温度において相反する項目である」との記載は，焼結体の高密度化は焼結温度の上昇によって可能である（図３参照）一方，必要以上に高めれば結晶粒径の粗大化の傾向が進み（図７及び図８参照）微細な構造が得られないこととなるから，微細な構造と高密度という項目は，焼結温度を調節するだけでは共に達成することができず，「相反する項目」であるということを意味するものであり，乙１文献には，そのことを認識しつつ，スパッタリングターゲットに用いられるＩＴＯ焼結体に適した構造を達成するための製造条件として，焼結温度のみならず，原料粉末や他の製造条件を昀適化することも示されているのである。
そして，イで認定したように，乙１文献には，焼結密度は，焼結温度とＳｎＯ２相の微細分散性に影響されることが記載されているのであるから，乙１文献の図３からは，１５００℃の焼結温度では，先願明細書発明ほどの焼結密度が得られていないとみることができるとしても，先願明細書発明の実施例１において，焼結温度が１５００℃であっても相対密度９８％という良好な焼結密度を備えた焼結体が得られているのは，平均粒子径の小さい酸化錫粉末を用いたことによるものであると理解することが可能である。
高い焼結密度と良好なＳｎ分散性とは，他の条件次第で両立し得るのであって，原告の主張は失当である。
オ　原告は，甲４公報を挙げて，先願明細書発明が，構成エを備えるとする決定の認定を争っている。


主文
１甲事件の訴えのうち，平成２０年４月２３日までに終了した中城湾港（泡瀬地区）公有水面埋立事業・臨海部土地造成事業に関する一切の公金の支出，契約の締結又は債務その他の義務の負担行為の差止めを求める部分を却下する。
２甲事件の訴えのうち，被告県知事に対し債務者Ａに対する損害賠償請求を求める部分中，別紙「中城湾港（泡瀬地区）臨海部土地造成事業特別会計支出内容一覧」記載中の平成１２年度ないし平成１４年度の支出負担行為及び支出命令に係る部分並びに平成１５年度の中城湾港（泡瀬地区）企業用地周辺環境資料作成業務委託費中の支出負担行為に係る部分をいずれも却下する。
３被告県知事は，中城湾港（泡瀬地区）公有水面埋立事業・臨海部土地造成事業に関して，本判決確定時までに支払義務が生じたものを除く一切の公金を支出し，又は，契約を締結し若しくは債務その他の義務を負担してはならない。
４被告市長は，沖縄市東部海浜開発事業に関して，一切の公金を支出し，契約を締結し，又は債務その他の義務を負担してはならない。５甲事件原告らの被告県知事に対する差止請求中，本判決確定時までに支払義務が生じたものに係る平成２０年４月２４日以降の公金の支出の差止めを求める部分を棄却する。
６甲事件原告らの被告県知事に対し債務者Ａに対するその余の損害賠償請求を求める部分及び債務者国に対する損害賠償請求を求める部分を，いずれも棄却する。
７訴訟費用のうち，甲事件原告らに生じた費用と被告県知事に生じた費用は，これを２分し，その１を甲事件原告らの負担とし，その余は被告県知事の負担とし，乙事件原告らに生じた費用と被告市長に生じた費用は，被告市長の負担とする。
事実及び理由
第１当事者の申立て
１請求の趣旨
（１）甲事件
ア被告県知事は，中城湾港（泡瀬地区）公有水面埋立事業・臨海部土地造成事業に関して，一切の公金を支出し，契約を締結し，又は債務その他の義務を負担してはならない。
イ被告県知事は，債務者Ａ及び同国に対し，連帯して，２０億円及びこれに対する平成１７年４月１日から支払済みまで年５分の割合による遅延損害金を支払うよう求める損害賠償請求をせよ。
（２）乙事件
被告市長は，沖縄市東部海浜開発事業に関して，一切の公金を支出し，契約を締結し，又は債務その他の義務を負担してはならない。
２答弁
（１）被告県知事（甲事件関係）
甲事件原告らの請求をいずれも棄却する。
（２）被告市長（乙事件関係）
ア本案前の答弁
乙事件の訴えを却下する。
イ本案の答弁
乙事件原告らの請求を棄却する。
第２事案の概要
１本件は，沖縄県（甲事件）又は沖縄市（乙事件）の住民である原告らが，中城湾港（泡瀬地区）公有水面埋立事業・臨海部土地造成事業（以下「本件埋立事業」という。）及び沖縄市東部海浜開発事業（以下「本件海浜開発事業」といい，本件埋立事業と併せて「本件埋立事業等」という。）に関する各被告の財務会計上の行為が地方自治法２条１４項及び地方財政法４条１項に違反する，また，被告県知事のした本件埋立事業に関する埋立免許及び承認（公有水面埋立法２条１項及び同法４２条１項。以下，両者を併せて「本件埋立免許及び承認」という。）が公有水面埋立法４条１項１号ないし３号（国の埋立てに対する承認について同法４２条３項により準用）に違反するなどとして，①被告県知事に対し，地方自治法２４２条の２第１項１号に基づき，本件埋立事業に関する一切の公金の支出，契約の締結，又は債務その他の義務の負担（以下「甲事件財務会計行為」という。）の差止めを求めるとともに，同項４号に基づき，沖縄県が平成１２年度から平成１６年度までに本件埋立事業に関し（ⅰ）てしたこれら違法な公金の支出（以下，甲事件財務会計行為のうち，これらの支出に関する支出負担行為及び支出命令を併せて，「本件支出負担行為等」という。）により沖縄県に損害が生じているとして，その一部２０億円につき，当該職員としての当時の沖縄県知事（Ａ（以下「Ａ」という。））に対して損害賠償請求をすることを求め，また，本件埋立事業に関して実施された環（ⅱ）境影響評価（以下「本件環境影響評価」という。）等が違法であり，そのために，被告県知事の判断を誤らせて本件埋立免許及び承認を行わせ，沖縄県に本件埋立事業に対する本件支出負担行為等を行わせ，沖縄県に同額の損害を生じさせたとして，その一部２０億円につき，怠る事実に係る相手方としての国に対して損害賠償請求をすることを求め（甲事件），②被告市長に対し，同項１号に基づき，本件海浜開発事業に関する一切の公金の支出，契約の締結，又は債務その他の義務の負担（以下「乙事件財務会計行為」といい，甲事件財務会計行為と併せて「本件各財務会計行為」という。）の差止めを求めた（乙事件）事案である。
２前提事実（各掲記の証拠（すべての枝番を表すときは，枝番の記載を省略する。以下同じ。）及び弁論の全趣旨によるほかは，当事者間に争いがない（争うことを明らかにしない事実も含む。）。）
（１）当事者等
ア甲事件原告らは，沖縄県の住民である。
乙事件原告らは，沖縄市の住民である。
イ被告県知事は，沖縄県の公金の支出，契約の締結又は債務その他の義務の負担などの行為につき昀終権限を有する者である。
また，被告県知事は，中城湾港の港湾管理者である沖縄県の長として，本件埋立免許及び承認を行う権限を有する者である（港湾法５８条２項）。被告市長は，沖縄市の公金の支出，契約の締結又は債務その他の義務の負担などの行為につき昀終権限を有する者である。
ウＡは，本件埋立事業に係る本件支出負担行為等当時，沖縄県知事の職にあった。


国（その機関である沖縄総合事務局。以下「総合事務局」ともいう。）は，本件埋立事業の環境影響評価手続（本件環境影響評価）を行った。（２）本件埋立事業等が行われる泡瀬地区の概要（甲８，５８）中城湾港は，沖縄島（沖縄本島）中南部の東海岸に位置し，北の勝連半島と南の知念岬に囲まれた天然の湾形を有し，港湾区域約２万４０００ヘクタールの海域を有する湾港である。このうち，本件埋立事業等が行われる泡瀬地区は，中城湾港の北部に存し，沖縄島中部に存する沖縄県第２の都市である沖縄市の東部に位置している。本件埋立事業に係る埋立地及びその周辺海域は，約２６５ヘクタールの干潟（泡瀬干潟）及び約３５３ヘクタールの藻場が大規模に存在する浅海域となっており，海藻草類，底生生物及びトカゲハゼ等の生息・生育の場となっているとともに，干潮時には多くのシギ・チドリ類，サギ類等が飛来し，良好な採餌，休憩の場ともなっている。
（３）本件埋立事業等の概要
ア（ア）本件埋立事業（乙４）
本件埋立事業は，総合事務局及び沖縄県が事業者となり，泡瀬干潟とその周辺海域の公有水面合計約１８７ヘクタール（以下「本件埋立計画地」という。）を出島方式によって埋め立てるものであり（埋立面積の内訳は，総合事務局が約１７８ヘクタールであり，沖縄県が約９．２ヘクタールである。），埋立てが完了した後，沖縄県は，総合事務局から，その施行部分の一部（約５５ヘクタール）につき管理の委託を受け，その残部を買い受けた上で，地盤改良し，約９０ヘクタールを沖縄市に，その残部を基盤整備して民間に売却することなど（なお，埋立後の沖縄県による上記基盤整備事業は，（イ）記載の「マリンシティ泡瀬」建設事業の一部であると解されるが，本件埋立事業という場合，上記基盤整備事業を含むものとする。）が計画されている。
本件埋立事業のうち，埋立てに係る事業費は，総合事務局が約３０８億円，沖縄県が約１８１億円とされている。
（イ）本件海浜開発事業
本件海浜開発事業は，沖縄市が，本件埋立事業によって埋め立てられた土地（本件埋立計画地）のうち約９０ヘクタールを沖縄県から購入し，その基盤整備を行うなどして，沖縄県とともに，「マリンシティ泡瀬」というマリーナ・リゾートを建設しようとするものである。
イ事業目的（乙２ないし６）
（ア）総合事務局が企図するもの
本件埋立事業予定地の北東に隣接する中城湾港新港地区の整備のための航路等浚渫工事（以下「新港地区航路等浚渫工事」という。）に伴って発生する浚渫土砂を処理（人工島（本件埋立計画地）の造成に利用）
すること
（イ）沖縄県及び沖縄市が企図するもの
本件埋立計画地に，マリーナ・リゾートとしてマリンシティ泡瀬を建
設すること
マリンシティ泡瀬は，国際交流や海洋性レクリエーション活動の拠点，地域における情報・教育・文化の拠点となることを目的とするものであり，別紙「土地利用計画図」記載のとおり，本件埋立計画地に宿泊施設や商業施設，人工ビーチ，野鳥園，埠頭，マリーナなどを建設することが計画されている。
ウ埋立工事計画の概要（甲６，８，乙２，４）
埋立工事は，国（総合事務局）施行区域（約１７８ヘクタール）と沖縄県施行区域（約９．２ヘクタール）に分けられている。国施行区域の埋立てに関する工事の竣功には当初，約６年を要することが見込まれたが，埋立てに用いる土砂の発生時期（新港地区航路等浚渫工事の実施時期）と埋立工事の効率性，交流展示施設用地や宿泊施設用地等の早期利用を考慮して，別紙「区域分割図」記載のとおり，二つのブロック（第Ⅰ区域，第Ⅱ区域）に区分し，順次竣功させることとした。なお，沖縄県施行区域は，第Ⅰ区域に含まれている。
第Ⅰ区域の面積は，沖縄県施行区域と併せて約９６ヘクタールであり，第Ⅱ区域の面積は，約９１ヘクタールである。
エ埋立完了後の土地利用（マリンシティ泡瀬の建設）（甲７，８，乙４）（ア）埋立完了後，総合事務局は，自らの施行部分のうち約５５ヘクタールについては道路や岸壁等の公共用地として沖縄県に管理を委託し，その余については沖縄県に売却する。沖縄県は，造成後の土地のうち約９０ヘクタールを沖縄市へ売却し，沖縄県と沖縄市がそれぞれ基盤整備事業を担当する。
被告県知事と被告市長は，平成１５年３月２８日，本件埋立事業等に関して，概要以下のような協定（以下「本件協定」という。）を締結（中城湾港泡瀬地区開発事業に関する協定書の締結）した。ａ同事業を円滑に推進するため，被告県知事及び被告市長は協力して事業の執行に当たるものとする。（第１条）
ｂ（ａ）区画道路，公園，上下水道等の基盤施設の整備については，被告県知事及び被告市長は協力して国庫補助事業の導入に努め，被告市長が実施主体となり整備するものとする。なお，国庫補助対象外の事業については，同協定書添付の処分区分に基づき，各々で整備するものとする。（２条１項）
（ｂ）（ａ）に基づき被告県知事が整備した基盤施設については，被告市長に譲渡するものとする。（同条２項）
ｃ（ａ）被告県知事は，被告県知事が整備した港湾施設のうち，臨港道路以外の施設については，被告市長に管理を委託するものとする。
（３条１項）
（ｂ）海浜緑地，人工ビーチの管理委託に要する経費については，被告市長の負担とし，その他の施設については，被告県知事の予算の範囲内で被告県知事が被告市長に委託料を支払うものとする。
（同条２項）
（ｃ）（ａ）の規定にかかわらず埠頭及び人工干潟の管理委託については，両者協議して決定するものとする。（同条３項）ｄ被告県知事は，被告市長が予算において債務負担行為を設定し，被告県知事と被告市長において，同協定書添付の国有地取得区分に基づき，被告市長が被告県知事から土地を購入する時期及び価格等について協議書を締結した後，国と国有地譲渡に係る協議を行い，国より土地の譲渡を受けるものとする。（４条）
ｅ（ａ）被告市長は，ｄ記載の協議書に基づき速やかに被告県知事から土地を購入するものとし，被告県知事は必要に応じて地盤改良を行うものとする。（５条１項）
（ｂ）譲渡価格については，国からの土地の購入費，土地の整備，各種調査等に要する諸費用を含めるものとする。（同条２項）ｆ埋立後のマリーナ施設の整備，管理運営方法等については，両者協議して決定するものとする。（６条）


ｇ企業誘致は，両者協力して行うものとする。（７条）（イ）埋立完了後の土地利用に想定される事業費は，次のとおりである。
ａ沖縄県
国からの埋立地取得費約２１３億円
地盤改良費約４２億円
基盤整備費約３２億円
ｂ沖縄市
沖縄県からの埋立地取得費約１８４億円
基盤整備費約９１億円
（ウ）沖縄県及び沖縄市とも，上記の事業資金は基本的には起債によってまかない，昀終的には沖縄市が約９０ヘクタール，沖縄県が約４０ヘクタールを民間に売却して返済資金を回収する独立採算事業としている。また，用地の処分については，あらかじめ沖縄県と沖縄市で協力して企業誘致を実施し，沖縄県が国から埋立地の譲渡を受けるまでに進出企業のめどを付けることとされている。
（エ）埋立地の土地利用計画の内容は，別紙「土地利用計画図」記載のように，以下のとおりである。
ａ埠頭用地
（ａ）旅客船埠頭約２．０ヘクタール   （沖縄県施行）大型クルーズ船が寄港できる施設整備を行う必要があるため，旅客船埠頭として約２．０ヘクタールを整備する。
（ｂ）小型船だまり用地約２．９ヘクタール   （国及び沖縄県施行）
将来増加する遊漁船に対応するため，遊漁船が利用する小型船だまりとして約２．９ヘクタール（国１．６ヘクタール，沖縄県１．３ヘクタール）を整備する。また，本地区が国際交流リゾート及び海洋性レクリエーション拠点となることに伴い，中城湾内の遊覧を行う旅客不定期船が就航する予定であり，これに対応した埠頭用地も併せて整備する。
ｂマリーナ施設用地約２．９ヘクタール   （国施行）プレジャーボート隻数は年々増加傾向にあり，現況の不足分及び将来需要に対応するため，マリーナ施設用地として２．９ヘクタールを整備する。
ｃ交流・展示施設用地（国施行）
（ａ）交流施設用地約２．０ヘクタール
会議室やイベントホール，研修室等を備えた交流施設のための用地として約２．０ヘクタールを整備する。
（ｂ）展示施設用地約３．５ヘクタール
近接する新港地区の貿易・産業分野における経済レベルの交流を支援するとともに，当該地区における国際交流リゾート拠点の形成を図る上で中核施設となる展示施設のための用地として約３．５ヘクタールを整備する。
ｄ宿泊施設用地（国施行）
（ａ）宿泊施設用地１（ホテル）約３０．４ヘクタール当該地区の宿泊需要を一部受け持つとともに，各種イベントや学術会議等が可能なホテル，各種リゾートホテルのための用地として約３０．４ヘクタールを整備する。
（ｂ）宿泊施設用地２（コンドミニアム）約３．８ヘクタール観光をはじめ保養・休養等を主な目的とし中長期滞在可能なコンドミニアムのための用地として約３．８ヘクタール整備する。（ｃ）宿泊施設用地３（コテージ）約３．１ヘクタール観光をはじめ保養・休養等を主な目的とし中長期滞在可能なコテージのための用地として約３．１ヘクタール整備する。
ｅ観光商業施設用地
（ａ）観光商業施設用地１（複合商業施設用地）約１２．７ヘク
タール（国施行）
当該地区の賑わい施設の中核となる複合商業施設のための用地として約１２．７ヘクタール整備する。
（ｂ）観光商業施設用地２（臨海商業施設用地）約１．６ヘクタ
ール（沖縄県施行）
当該地区の港や海，船への期待感と賑わいを演出し，小型船だまり及び人工海浜の利用者などを主な対象者とした海の雰囲気を楽しめるショッピング，飲食ゾーンとして約１．６ヘクタール整備する。
ｆ業務・研究施設用地（国施行）
（ａ）業務・研究施設用地１（業務施設用地）約８．９ヘクタール新港地区にて整備が進められている産業支援団地を補完し，当該地区のリゾート的環境の中で研究開発や人材育成，情報提供，交流等，様々な活動が共同して行える業務・研究施設のための用地を約８．９ヘクタール整備する。
（ｂ）業務・研究施設用地２（海洋研究施設用地）約０．７ヘク
タール
沖縄周辺海域において活動を行っている海洋調査研究の支援施設として，調査研究船が採取したサンプル等の整理・分析を行う海洋研究施設のための用地を約０．７ヘクタール整備する。（ｃ）業務・研究施設用地３（栽培漁業施設用地）約７．０ヘクタ
ール
中城湾港内のつくる漁業を先導する資源生産や研究施設を展開する栽培漁業施設のための用地を約７．０ヘクタール整備する。（ｄ）業務・研究施設用地４（海洋療法施設用地）約２．３ヘク
タール
海を活用した健康づくりのための支援施設として，海洋療法施設のための用地を約２．３ヘクタール整備する。
ｇ教育・文化施設用地（国施行）
（ａ）教育・文化施設用地１（生涯学習センター用地）約３．０
ヘクタール
沖縄県の教育・文化活動の中核施設として，生涯学習活動の拠点となる生涯学習センターのための用地を約３．０ヘクタール整備する。
（ｂ）教育・文化施設用地２（専門学校用地）約４．５ヘクタール当該地区の交流リゾート，海洋性レクリエーション，情報・研究機関等の立地特性を活用した人材育成の場としての専門学校のための用地を約４．５ヘクタール整備する。
（ｃ）教育・文化施設用地３（海洋文化施設用地）約１．２ヘクタ
ール
本地区の周辺でかつて行われていた製塩の歴史など，海の文化や歴史とのふれあい，製塩の過程を学習できる海洋文化施設のための用地を約１．２ヘクタール整備する。
ｈ住宅用地（住宅用地１，２）約２６．０ヘクタール   （国施行）「職・住・遊・学」が一体となった良好なリゾート環境を形成するため，当該地区就業者のための住宅用地を約２６．０ヘクタール整備する。
ｉ緑地
（ａ）緑地１（海浜緑地）約１３．１ヘクタール   （国及び沖縄県施行）
前面に整備される人工海浜と一体的に利用される緑地として約１３．１ヘクタール（国９．５ヘクタール，沖縄県３．６ヘクタール）を整備する。
（ｂ）緑地２（外周緑地）約１１．０ヘクタール   （国施行）埋立地は出島形式の形状であることから，外周部において周囲の環境と調和，水路環境の保全，さらには防風・防潮のための緑地２を約１１．０ヘクタール整備する。緑地２には，野鳥・干潟観察地，散策路等も整備する。
（ｃ）緑地３（中央緑地）約５．３ヘクタール（国施行）埋立地の賑わいのあるゾーンと落ち着きのあるゾーンの緩衝的な役割を果たす緑地３を約５．３ヘクタール整備する。緑地３（中央緑地）には，散策路，自転車道等も整備する。


（ｄ）緑地４（野鳥園）約１．０ヘクタール   （国施行）当該地区の西側には，泥質性干潟や内水面等があり，トカゲハゼ等の貴重な生物や野鳥が見られる。こうした環境を保全しつつ，さらに，干潟環境を新たに創造し，野鳥等の生息空間となる緑地４を約１．０ヘクタール整備する。
ｊ多目的広場用地約１７．８ヘクタール   （国施行）沖縄市に要請の上げられているサッカー場，ソフトボール場，イベント広場など，地域住民や地区内就業者が休息・散策・スポーツなど総合的に楽しめる多目的広場を約１７．８ヘクタール整備する。ｋ道路用地（道路用地１）（国及び沖縄県施行），（道路用地２，３）（国施行）約１６．２ヘクタール
各用地から発生する交通量を道路別に配分・集計した道路別発生交通量等から決定される必要規模に基づき，道路用地（臨港道路１～３号線）を約１６．２ヘクタール（国１５．６ヘクタール，沖縄県０．６ヘクタール）整備する。
ｌ管理施設用地（国施行）
（ａ）管理施設用地約０．４ヘクタール
当該地区の緑地，道路等を含む公共施設の運営，維持管理を行う管理施設のための用地を約０．４ヘクタール整備する。
（ｂ）交通施設用地約０．２ヘクタール
当該施設への交通の拠点として，路線バスの乗降ホームなど交通施設のための用地を約０．２ヘクタール整備する。
ｍ護岸用地約３．０ヘクタール   （国及び沖縄県施行）当該埋立地の外周本護岸の敷地で，埋立潮位線と護岸天端先端との間に発生する用地であり，約３．０ヘクタール（国２．８ヘクタール，沖縄県０．２ヘクタール）となる。
（４）本件埋立事業等の経緯
ア中城湾港の概要
泡瀬干潟が存在する中城湾港は，港湾区域約２万４０００ヘクタールの海域を有する湾港であり，沖縄の本土復帰に伴い，琉球政府から沖縄県に移管され，昭和４９年４月には重要港湾に指定されている。中城湾港において現在進められている主要なプロジェクトには，①流通加工港湾整備のための北部の新港地区における埋立事業（以下「新港地区埋立事業」という。なお，新港地区航路等浚渫工事は，同事業に含まれる。），②港湾施設と都市基盤施設を一体的に整備するために行われている南部の西原，佐敷，知念等の海岸線におけるマリンタウンプロジェクト，そして，③本件埋立事業等がある。
イ計画の経緯（甲８，２４，乙２ないし４）
（ア）本件埋立事業等は，そもそも市域の３割以上を軍用地が占めている沖縄市が，基地依存経済からの脱却を目指し，昭和６２年３月に策定した東部海浜地区開発計画の中での構想に端を発している。沖縄市は，基地依存経済から脱却し，自立経済への転換を図るため，市の将来像を国際文化観光都市とし，地域振興を図ることとした（昭和６２年沖縄市新総合計画）。そして，その方策の一つとして，中南部圏の核都市としての機能充実を図り，国際文化観光都市を形成する上での戦略拠点の必要性が議論され，軍用地や過密化が進展している市街地など既存の陸域にまとまった開発用地を求めることは難しいことや，海浜リゾートを目指すためには海辺が望ましいこと等から，その適地として東部海浜地区が考えられた。また，その具体化のために，沖縄市東部海浜地区振興開発懇談会が設置されるなどし，沖縄市の内部組織としても，昭和６２年１２月には沖縄市東部海浜地区開発プロジェクトチームが設置され，昭和６４年１月には沖縄市東部海浜開発局が設置されるなどした。
一方，沖縄県では，昭和６３年から中城湾港の港湾計画改訂作業に着手しており，新港地区の一部見直し，マリンタウンプロジェクト（西原町，与那原町，佐敷町及び知念村各地先の開発計画）の位置付け等が予定されていた。そして，沖縄市東部海浜開発計画も，基本計画が平成元年３月までにまとめられ，被告市長や，沖縄市議会などによって沖縄県に対し港湾計画へ位置付けの要請がされた結果，沖縄県の進める港湾計画調査作業の中で検討されることとなった。この中城湾港港湾計画調査は，平成２年３月にはまとめられ，沖縄市東部海浜開発計画は，泡瀬地区として整理された。
（イ）沖縄市は，泡瀬地区の計画に関し，地元協議を進め，平成元年５月には関連２漁協の計画基本同意を取り付けるなどしたが，地元泡瀬復興期成会から埋立形状の変更の要請が出され，平成２年６月の地方港湾審議会までに合意形成が図れない状況となった。このため，沖縄県では，計画熟度が不十分として，泡瀬地区の港湾計画への位置付けを見送り，その他のプロジェクトの位置付けを図った港湾計画改訂を同年８月に行った。
沖縄市は，計画の推進を図るべく，その後１年余りにわたり，地元との協議を重ね，平成３年５月には当初計画した陸続きの埋立てを海岸線を残した出島方式とすることで泡瀬復興期成会等から計画に関する基本合意を取り付けた。その成果を得て，港湾計画への位置付け（一部変更）を行うための協議が総合事務局，沖縄県及び沖縄市の間で持たれ，平成３年８月には，「沖縄県のプロジェクトへの位置付けを検討し，平成５年度に港湾計画の一部変更を行う方向で進める」ことが確認された。その後，３者のワーキングがもたれたが，そこで，海洋性レクリエーション拠点形成という位置付けのみで港湾計画へ位置付けることは厳しいと判断され，実現性の高い手法として土砂処分場としての位置付けを図るべきであるとの考え方で進めることに合意し，そのための計画調査，環境調査を進めるべく準備がされた。
（ウ）平成５年度以降，環境影響評価に向けた調査が開始された。平成７年１１月，中城湾港港湾計画が変更され，泡瀬地区の上記出島方式による埋立計画案が港湾計画に位置付けられた。
（エ）その後，平成１１年３月，沖縄振興開発特別措置法（昭和４６年法律第１３１号。附則３条１項により，平成１４年３月３１日失効。現在の沖縄振興特別措置法（平成１４年３月３１日法律第１４号）。）に定める特別自由貿易地域（ＳｐｅｃｉａｌＦｒｅｅＴｒａｄｅ   Ｚｏｎｅ。以下，単に「ＦＴＺ」ともいう。）に新港地区が指定され，総合事務局が新港地区の港湾整備に積極的に関与することとなった。ウ本件環境影響評価の実施（甲８，乙３，１１ないし２３）総合事務局は，本件埋立事業につき，昭和５９年８月２８日に閣議決定された「環境影響評価の実施について」（以下「閣議アセス」という。）及び環境影響評価法（平成９年法律第８１号。平成１１年６月１２日施行）に基づく環境影響評価（本件環境影響評価）を実施した（なお，環境影響評価に向けた調査自体は，総合事務局が事業者として関与する前である平成５年度から開始されていた。）。


（ア）本件環境影響評価は，当初（平成５年度以降）は閣議アセスに基づき実施されていたが，環境影響評価法が施行された平成１１年６月１２日以降は同法に基づき実施された（なお，閣議アセスにおいては，環境影響評価方法書（以下，単に「方法書」ともいう。）の制度は定められていないため，本件において方法書は作成されていない。）。（イ）総合事務局は，平成１１年３月３０日，本件埋立事業につき，環境影響評価準備書（以下「本件準備書」という。）を作成し，被告県知事に送付し，同年４月９日に本件準備書を作成した旨を公告し，その後同年５月１０日まで本件準備書を縦覧に供し，また，同年４月２４日及び同月２８日に本件準備書の説明会を開催し，同年５月２８日に関係地域住民から提出された意見の概要を被告県知事及び関係市町村長へ送付した。
（ウ）被告県知事は，平成１１年６月２５日から同年９月３０日までの間，５回にわたって開催された専門委員会の検討結果を踏まえ，同年１０月１２日ころ総合事務局に意見書を提出した。
（エ）総合事務局は，平成１１年１１月，環境影響評価書を作成し，中城湾港港湾管理者の長（被告県知事）からの同評価書についての平成１２年２月２３日付け意見を踏まえ，補正を行った後，「中城湾港（泡瀬地区）公有水面埋立事業に係る環境影響評価書」（甲８）（以下「本件評価書」という。）として，平成１２年３月２２日に被告県知事に提出し，同月２３日に本件評価書を作成した旨公告し，その後同年４月２４日まで同評価書を縦覧に供した。
エ沖縄県は，平成１２年５月１０日，中城湾港港湾管理者（沖縄県）に対し，本件埋立事業についての埋立免許を出願した。その要領は，同月２３日に告示され，出願書面及び関係図書は，その後同年６月１２日まで縦覧に供された。その後，中城湾港港湾管理者である沖縄県（代表者被告県知事）は，同年１２月４日付けで主務大臣（運輸大臣（当時））への認可申請を行い，同月１８日にその認可を得て，本件埋立事業につき，同月１９日付けで，沖縄県に対し，公有水面の埋立てを免許した。また，総合事務局は，同年５月１０日付けで本件埋立事業についての埋立承認を出願し，中城湾港港湾管理者（沖縄県）は，同年１２月１９日付けで公有水面の埋立てを承認した（本件埋立免許及び承認は，上記沖縄県への免許及び上記総合事務局への承認を併せたものである。）。当時の計画では，平成１３年８月より護岸工事から着手された後，２年次から埋立工事が開始され，７年次半ばで完了する予定であった。第Ⅰ区域の埋立工事については，国は，平成１４年度から中城湾港土砂処分場護岸築造等の海上工事に着手しており，平成１８年度までに仮設橋梁，仮設桟橋，余水吐を完成させ，平成１９年度に外周護岸と作業用航路の整備を進め，平成２０年度後半からは，新港地区航路等浚渫工事に着手し，その土砂を第Ⅰ区域に運搬・搬入することにより，平成２４年度に埋立工事（国施行分約８７ヘクタール）の竣功を予定している。そして，第Ⅰ区域の工事が完了した後に，第Ⅱ区域の工事が着手されることになる。（甲１ないし６，乙１１，２４ないし３５，弁論の全趣旨）（５）本件埋立事業等に伴う沖縄県の債務負担行為及び支出行為ア沖縄県は，本件埋立事業費として，平成１２年度から平成１５年度までの間，以下の金額を支出した。
平成１２年度２０億０２４０万８８３４円
平成１３年度２４８７万７９９６円
平成１４年度１６５６万４３７８円
平成１５年度７１２万９５００円
沖縄県は，本件埋立事業費として，平成１６年度及び平成１７年度において，以下の金額を予算に計上した。
平成１６年度２億２０００万円
平成１７年度２億６６３０万１０００円
イ本件支出負担行為等
沖縄県は，本件埋立事業に関し，平成１２年度から平成１６年度にかけて別紙「中城湾港（泡瀬地区）臨海部土地造成事業特別会計支出内容一覧」のとおりの支出負担行為をし，同記載の支出命令により同記載の支出のとおり合計２０億７７６８万３４５０円の支出をしている（これらの支出に関する支出負担行為及び支出命令が本件支出負担行為等である。）。甲事件原告らは，このうち，①平成１２年度の漁業補償費１９億９８００万円中の１９億１８３１万６５５０円と，②平成１２年度の中城湾港泡瀬地区企業立地基礎調査費１１８６万５０００円，③平成１３年度の土地処分形態調査費６８９万８５００円，④平成１３年度の泡瀬地区環境監視調査業務委託費１２２４万３０００円，⑤平成１４年度の泡瀬地区環境監視調査業務委託費１１５５万円，⑥平成１５年度の中城湾港（泡瀬地区）企業用地周辺環境資料作成業務委託費７１２万９５００円及び⑦平成１６年度の中城湾港（泡瀬地区）環境調査業務費２９９９万７４５０円の合計２０億円（ただし，これらを合計すると，２０億円ではなく，１９億９８００万円となる。）について，被告県知事に対し損害賠償請求の履行を求めている。
（６）監査請求


ア沖縄県監査委員に対する住民監査請求（甲４５，４７）甲事件原告らは，平成１７年３月２３日付けで沖縄県監査委員に対し，地方自治法２４２条１項に基づき，本件環境影響評価や本件埋立免許及び承認が環境影響評価法及び公有水面埋立法等に反し違法である，また，本件埋立事業に係る公金支出は地方自治法２条１４項，地方財政法４条１項等に反し違法であるなどとして，①Ａ及び国に対して，本件埋立事業につき支出された公共工事関連費用相当額の損害賠償を請求すること，②本件埋立事業に関して，一切の公金の支出を禁止すること，③本件埋立事業に関し，国の埋立地を購入する契約の締結を含む一切の契約の締結を禁止することを被告県知事に勧告するよう求める住民監査請求（以下「甲事件住民監査請求」という。）をした。これに対し沖縄県監査委員は，同年４月２１日，請求人の主張は，環境アセスメントの実施方法の違法性と，本件埋立事業の事業計画の計画立案の合理性の有無及びその実行可能性に問題があるとして，公金支出の差止めを求めているものと解されるが，これは地方公共団体の長の政策判断に係る事業執行に関する請求人の主観を述べているにすぎず，沖縄県の財務会計上の行為の違法性，不当性を具体的かつ客観的に示しているものとは認められないとし，甲事件住民監査請求は地方自治法２４２条１項の要件を欠く不適法な請求であるとして，同監査請求を却下した。
イ沖縄市監査委員に対する住民監査請求（甲４６，４８）乙事件原告らは，平成１７年３月２３日付けで沖縄市監査委員に対し，地方自治法２４２条１項に基づき，沖縄市が計画する本件海浜開発事業は，環境影響評価法及び公有水面埋立法等に違反する国と沖縄県の本件埋立事業へ沖縄市が参加するものであり，本件海浜開発事業も違法性を免れない，また，本件海浜開発事業に係る公金支出は地方自治法２条１４項，地方財政法４条１項等に反し違法であるなどとして，被告市長に対し，①本件海浜開発事業に関して，一切の公金の支出を禁止すること，②本件海浜開発事業に関し，沖縄県から埋立地を購入する契約の締結を含む一切の契約の締結を禁止することを被告市長に勧告するよう求める住民監査請求（以下「乙事件住民監査請求」という。）をした。これに対し沖縄市監査委員は，同年４月２５日，地方自治法第２４２条に規定する住民監査請求の制度は，市の監査機関が国・県の行為まで監査することを予定しているのではないのであるから，国や沖縄県の行為が違法であるとし，その違法性が本件海浜開発事業に承継しているとする乙事件監査請求は，住民監査請求になじまない，また，本件海浜開発事業は，沖縄市においてはいまだ具体的実施計画に至っておらず，予算措置も講じられていないのであるから，差止めの対象たる財務会計上の行為は存在しないとし，同監査請求は地方自治法２４２条１項の要件を欠く不適法な請求であるとして，同監査請求を却下した。
（７）本訴提起（当裁判所に顕著な事実）
甲事件原告らは，平成１７年５月２０日，当裁判所に甲事件の訴えを提起した。
乙事件原告らは，同日，当裁判所に乙事件の訴えを提起した。
３法令等の定め
（１）公有水面の埋立てに係る免許ないし承認
公有水面の埋立てには都道府県知事の免許を受けることを要するところ（公有水面埋立法２条１項），都道府県知事による同免許は，①国土利用上適正かつ合理的であること（１号），②同埋立が環境保全災害防止につき十分配慮されたものであること（２号），③埋立地の用途が土地利用又は環境保全に関する国又は地方公共団体（港務局を含む。）の法律に基づく計画に違背しないこと（３号）など，同法４条１項各号所定の基準に適合することが必要とされている。なお，国が公有水面の埋立てをしようとする場合には，都道府県知事の承認を受けることとされている（同法４２条１項）。また，港湾区域内又は港湾区域内の公有水面の埋立てに係る埋立地については，公有水面埋立法の規定による都道府県知事の職権は，港湾管理者（港務局ないし地方公共団体（港湾法２条１項。３３条）。本件の中城湾港の港湾管理者は沖縄県（前提事実（１）イ）。）が行うものとされている（同法５８条２項）。
（２）環境影響評価
ア土地の形状の変更，工作物の新設等の事業を行う事業者がその事業の実施に当たりあらかじめ環境影響評価を行うことが環境の保全上極めて重要であることにかんがみ，環境影響評価について国等の責務を明らかにするとともに，規模が大きく環境影響の程度が著しいものとなるおそれがある事業について環境影響評価が適切かつ円滑に行われるための手続その他所要の事項を定め，その手続等によって行われた環境影響評価の結果をその事業に係る環境の保全のための措置その他のその事業の内容に関する決定に反映させるための措置をとること等により，その事業に係る環境の保全について適正な配慮がなされることを確保し，もって現在及び将来の国民の健康で文化的な生活の確保に資することを目的として，平成９年に環境影響評価法（平成９年法律第８１号。平成１１年６月１２日施行。以下，同法の記載は，平成１１年法律第１６０号による改正前のものをいう。）が制定されている。そして，公有水面埋立法による公有水面の埋立て及び干拓その他の水面の埋立て及び干拓の事業で，同埋立て又は干拓に係る区域の面積が５０ヘクタールを超えるものは，第一種事業として，環境影響評価の対象事業とされている（同法２条２項１号ト，４項。環境影響評価法施行令（平成９年１２月３日政令第３４６号。平成１５年政令第３２１号による改正前のもの。）１条，同別表第一。）。


なお，環境影響評価法制定前には，昭和５９年８月２８日に閣議決定された「環境影響評価の実施について」（閣議アセス）が定める環境影響評価実施要綱に基づく環境影響評価の手続が規定されていた。閣議アセスにおいても，埋立て及び干拓に係る事業で，規模が大きく，その実施により環境に著しい影響（公害又は自然環境に係るものに限る。）を及ぼすおそれがあるものとして主務大臣が環境庁長官（平成１３年１月の中央省庁再編後は，環境大臣。以下同じ。）に協議して定めたものは対象事業とされ（同要綱第一の一），また，環境影響評価に関する手続として，環境影響評価準備書や環境影響評価書の作成等が定められていた（同要綱第二）。なお，閣議アセスにおいては，方法書の制度は定められていない。そして，環境影響評価法附則２条は，同法施行の際，当該施行により新たに対象事業となる事業について，条例又は行政指導等の定めるところによって作成された書類を，同法所定の書類とみなすこと等の経過措置を定めている。前提となる事実（４）ウ記載のとおり，本件埋立事業に係る本件環境影響評価は，当初は閣議アセスに基づいて実施され，その後，環境影響評価法の施行に伴い，同法に基づいて実施されている。そして，閣議アセスにおいては，方法書の制度は定められていなかったことから，本件環境影響評価においては，方法書は作成されていない。
イ（ア）公有水面の埋立て又は干拓の事業に係る環境影響評価に関し，「公有水面の埋立て又は干拓の事業に係る環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査，予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指針，環境の保全のための措置に関する指針等を定める省令」（平成１０年６月１２日農林水産省・運輸省・建設省令第１号。同日施行。平成１５年３月２８日農林水産・国土交通省令第１号による改正前のもの。以下「本件省令」という。）が定められている。（イ）本件省令においては，対象埋立て又は干拓事業に係る環境影響評価の項目を選定するに当たり，対象埋立て又は干拓事業に伴う環境影響を及ぼすおそれがある要因（以下「影響要因」という。）が当該影響要因により影響を受けるおそれがある環境の構成要素（以下「環境要素」という。）に及ぼす影響の重大性について客観的かつ科学的に検討しなければならないものとしているが（本件省令６条２項），同検討は環境要素を適切に区分して行うべきものとし，このうち，生物の多様性の確保及び自然環境の体系的保全を旨として調査，予測及び評価されるべき環境要素として，動物，植物，生態系を挙げている（同条３項）。そして，①動物及び植物に係る選定項目については，陸生及び水生の動植物に関し，生息種又は生育種及び植生の調査を通じて抽出される学術上又は希少性の観点から重要な種の分布状況，生息状況又は生育状況及び学術上又は希少性の観点から重要な群落の分布状況並びに動物の集団繁殖地その他の注目すべき生息地の分布状況について調査し，これらに対する環境影響の程度を把握できること（本件省令７条２号），②生態系に係る選定項目については，地域を特徴づける生態系に関し，①の調査結果その他の調査結果により概括的に把握される生態系の特性に応じて，上位性（生態系の上位に位置する性質をいう。），典型性（地域の生態系の特徴を典型的に現す性質をいう。）及び特殊性（特殊な環境であることを示す指標となる性質をいう。）の視点から注目される動植物の種又は生物群集を複数抽出し，これらの生態，他の動植物との関係又は生息環境若しくは生育環境を調査し，これらに対する環境影響その他の生態系への環境影響の程度を適切に把握できること，をそれぞれ踏まえて，環境影響評価の調査，予測及び評価の手法を選定すべきものとされている（本件省令７条）。
（ウ）環境影響評価の調査及び予測の手法を選定するに当たっては，各標準項目ごとに本件省令別表第二に掲げる標準的な調査及び予測の手法（以下「標準手法」という。）を基準として選定しなければならないものとされ（本件省令８条１項），事業者は，必要に応じ，当該標準項目に関する環境影響の程度が小さいことが明らかである場合等，同条２項各号に該当する場合には標準手法より簡略化された調査又は予測の手法（以下「簡略化手法」という。）を，事業特性により，当該標準項目に関する環境影響の程度が著しいものとなるおそれがある場合等，同条３項各号に該当する場合には，標準手法より詳細な調査又は予測の手法（以下「重点化手法」という。）を選定するものとされている（同条１項）。
本件省令別表第二には，以下の各標準項目に係る標準手法として，以下のとおり定められている。
ａ環境要素「土砂による水の濁り」について（影響要因は「堤防及び護岸の工事並びに埋立ての工事」）
（ａ）調査の手法
ⅰ調査すべき情報
濁度又は浮遊物質量の状況（河川にあっては，その調査時に（ⅰ）おける流量の状況を含む。）
流れの状況（ⅱ）
土質の状況（ⅲ）
ⅱ調査の基本的な手法
文献その他の資料及び現地調査による情報（浮遊物質量の状況については，水質汚濁に係る環境基準に規定する浮遊物質量の測定の方法を用いられたものとする。）の収集並びに当該情報の整
理及び解析
ⅲ調査地域
対象埋立て又は干拓事業実施区域及びその周辺の区域
ⅳ調査地点
水域の特性及び土砂による水の濁りの変化の特性を踏まえて調査地域における土砂による水の濁りに係る環境影響を予測し，及び評価するために必要な情報を適切かつ効果的に把握できる地点
ⅴ調査期間等
水域の特性及び土砂による水の濁りの変化の特性を踏まえて調査地域における土砂による水の濁りに係る環境影響を予測し，及び評価するために必要な情報を適切かつ効果的に把握できる期間
及び時期
（ｂ）予測の手法
ⅰ予測の基本的な手法
浮遊物質の物質の収支に関する計算又は事例の引用若しくは解析
ⅱ予測地域
調査地域のうち，水域の特性及び土砂による水の濁りの変化の特性を踏まえて土砂による水の濁りに係る環境影響を受けるおそれ
があると認められる地域
ⅲ予測地点
水域の特性及び土砂による水の濁りの変化の特性を踏まえて予測地域における土砂による水の濁りに係る環境影響を的確に把握
できる地点
ⅳ予測対象時期等
工事に伴う土砂による水の濁りに係る環境影響が昀大となる時期ｂ環境要素「重要な種及び注目すべき生息地」について（影響要因は，「堤防及び護岸の工事並びに埋立ての工事」と「埋立地又は干拓地の存在」）
（ａ）調査の手法
ⅰ調査すべき情報


鳥類その他主な陸生動物及び主な水生動物に係る動物相の状（ⅰ）況動物の重要な種の分布，生息の状況及び生息環境の状況（ⅱ）注目すべき生息地の分布並びに当該生息地が注目される理由で（ⅲ）
ある動物の種の生息の状況及び生息環境の状況
ⅱ調査の基本的な手法
文献その他の資料及び現地調査による情報の収集並びに当該情
報の整理及び解析
ⅲ調査地域
対象埋立て又は干拓事業実施区域及びその周辺の区域
ⅳ調査地点
動物の生息の特性を踏まえて調査地域における重要な種及び注目すべき生息地に係る環境影響を予測し，及び評価するために必
要な情報を適切かつ効果的に把握できる地点又は経路
ⅴ調査期間等
動物の生息の特性を踏まえて調査地域における重要な種及び注目すべき生息地に係る環境影響を予測し，及び評価するために必要な情報を適切かつ効果的に把握できる期間，時期及び時間帯
（ｂ）予測の手法
ⅰ予測の基本的な手法
動物の重要な種及び注目すべき生息地について，分布又は生息
環境の改変の程度を踏まえた事例の引用又は解析
ⅱ予測地域
調査地域のうち，動物の生息の特性を踏まえて重要な種及び注目すべき生息地に係る環境影響を受けるおそれがあると認められ
る地域
ⅲ予測対象時期等
動物の生息の特性を踏まえて重要な種及び注目すべき生息地に
係る環境影響を的確に把握できる時期
ｃ環境要素「重要な種及び群落」について（影響要因は，「堤防及び護岸の工事並びに埋立ての工事」と「埋立地又は干拓地の存在」）
（ａ）調査の手法
ⅰ調査すべき情報
河川又は湖沼にあっては種子植物その他主な植物に係る植物（ⅰ）相及び植生の状況，海域にあっては海藻類その他主な植物に係
る植物相及び植生の状況
植物の重要な種及び群落の分布，生育の状況及び生育環境の（ⅱ）
状況
ⅱ調査の基本的な手法
文献その他の資料及び現地調査による情報の収集並びに当該情
報の整理及び解析
ⅲ調査地域
対象埋立て又は干拓事業実施区域及びその周辺の区域
ⅳ調査地点
植物の生育及び植生の特性を踏まえて調査地域における重要な種及び群落に係る環境影響を予測し，及び評価するために必要な
情報を適切かつ効果的に把握できる地点又は経路
ⅴ調査期間等
植物の生育及び植生の特性を踏まえて調査地域における重要な種及び群落に係る環境影響を予測し，及び評価するために必要な情報を適切かつ効果的に把握できる期間，時期及び時間帯
（ｂ）予測の手法
ⅰ予測の基本的な手法
植物の重要な種及び群落について，分布又は生育環境の改変の
程度を踏まえた事例の引用又は解析
ⅱ予測地域
調査地域のうち，植物の生育及び植生の特性を踏まえて重要な種及び群落に係る環境影響を受けるおそれがあると認められる地域
ⅲ予測対象時期等
植物の生育及び植生の特性を踏まえて重要な種及び群落に係る
環境影響を的確に把握できる時期
ｄ環境要素「地域を特徴づける生態系」について（影響要因は，「堤防及び護岸の工事並びに埋立ての工事」と「埋立地又は干拓地の存在」）
（ａ）調査の手法
ⅰ調査すべき情報
動植物その他の自然環境に係る概況（ⅰ）
複数の注目種等の生態，他の動植物との関係又は生息環境若（ⅱ）
しくは生育環境の状況
ⅱ調査の基本的な手法
文献その他の資料及び現地調査による情報の収集並びに当該情
報の整理及び解析
ⅲ調査地域
対象埋立て又は干拓事業実施区域及びその周辺の区域
ⅳ調査地点
動植物その他の自然環境の特性及び注目種等の特性を踏まえて調査地域における注目種等に係る環境影響を予測し，及び評価するために必要な情報を適切かつ効果的に把握できる地点又は経路
ⅴ調査期間等
動植物その他の自然環境の特性及び注目種等の特性を踏まえて調査地域における注目種等に係る環境影響を予測し，及び評価するために必要な情報を適切かつ効果的に把握できる期間，時期及
び時間帯
（ｂ）予測の手法
ⅰ予測の基本的な手法
注目種等について，分布，生息環境又は生育環境の改変の程度（環境要因「埋立地又は干拓地の存在」に係るものについては，地形の変化に関する計算又は事例の引用若しくは解析により把握された地形の変化の程度を含む。）を踏まえた事例の引用又は解析
ⅱ予測地域
調査地域のうち，動植物その他の自然環境の特性及び注目種等の特性を踏まえて注目種等に係る環境影響を受けるおそれがある
と認められる地域
ⅲ予測対象時期等
動植物その他の自然環境の特性及び注目種等の特性を踏まえて
注目種等に係る環境影響を的確に把握できる時期
（エ）このほか，本件省令は，調査，予測，評価の各手法を定め（本件省令９条ないし１１条），また，環境保全措置に関する指針を定めている（本件省令１３条ないし１７条）。
第３争点及びこれに対する当事者の主張
１本案前の争点（乙事件関係）
（１）差止請求の対象の特定の有無
（乙事件原告らの主張）
乙事件の差止請求の対象は，本件海浜開発事業に関する一切の公金の支出，契約の締結又は債務その他の義務の負担として特定しており，これに関する公金の支出等の範囲を識別することは可能であるし，個々の公金の支出等を全体として一体とみてその適否を判断することも可能である。また，乙事件の訴訟要件は，甲事件の勝敗とは別個独立に判断されるべきものであって，この点に関する被告市長の主張は失当である。
（被告市長の主張）
乙事件においては違法な財務会計上の行為の特定がない。乙事件の請求の要件は，甲事件の勝敗いかんに左右されることになるが，このように他の訴訟の勝敗を条件とする事前の差止請求は，財務会計行為としての特定性に欠ける。
（２）財務会計行為がなされることが相当の確実さをもって予測されるか否か
（乙事件原告らの主張）
沖縄県と沖縄市は，本件協定において，将来，国が埋め立てた埋立地を沖縄県が国から購入した後，さらに，これを沖縄市が沖縄県から購入することを約束しており，国と沖縄県は，埋立地を国が沖縄県に売却するとの処分方法を前提として，現在も埋立工事等を継続している。また，沖縄市が本件海浜開発事業を積極的に推進してきた経緯もある。


したがって，沖縄県が本件埋立事業を，沖縄市が本件海浜開発事業をそれぞれ継続し，沖縄県が国から埋立地を相当額にて購入する，沖縄県が沖縄市に対し同埋立地の一部を売却する，沖縄県において埋立地の基盤整備事業等を推進する，沖縄市も購入後の土地の基盤整備事業等を推進するなどの債務負担行為をし，公金が支出されることは，相当の確実性をもって予想される。
（被告市長の主張）
国及び沖縄県の埋立事業が完成した後に９０ヘクタールの土地の購入計画があるが，具体的に土地の単価，区域も決まらないし，売買契約とその代金に関する議会の予算決議もないし，契約の成否の見通しもはっきりしない。したがって，沖縄市がどのような売買契約を締結し，どの程度の公金支出をするのかの債務負担行為が相当の確実性をもって予測されるということはない。
沖縄市の前市長は，国及び沖縄県と一体となって本件埋立事業を進めてきたが，その後，沖縄市長選挙において，本件海浜開発事業について，経済社会の変化，土地利用や企業立地の見通し，将来にわたる市民負担等，これらの情報を今一度精査し，市民に情報公開することを掲げた現市長が当選した。現市長は，事業の重大性にかんがみ，東部海浜開発検討委員会（仮称）を設置し，情報の精査・公開を行うこととしている。同委員会の委員には，学識経験者や市民等を予定している。現市長の下では，本件海浜開発事業に関し，沖縄市が沖縄県から埋立地を相当額で購入し，同埋立地の基盤整備事業等を推進するなどの債務の負担をし，公金が支出されることが相当の確実性をもって予想されるというものではない。よって，このような状況下での乙事件に係る差止請求は，住民訴訟の要件を充足するとはいえず不適法である。
２甲事件財務会計行為の違法性の有無
（甲事件原告らの主張）
（１）泡瀬干潟の貴重性等
ア泡瀬干潟は，昀大干出面積２９０ヘクタールと広大な面積を誇り（海草と海藻を併せた海草藻場については沖縄昀大の３５０ヘクタール），河川と無関係に発生したという特殊性があり，底質も，泥質性干潟，細砂質性干潟，粗砂質性干潟，礫質性干潟と多様である。
イ底生生物相としては，泡瀬干潟には，ミナミコメツキガニなどの甲殻類に加え，ホソスジヒバリガイ，リュウキュウアオイガイ，ハボウキガイなどの貝類（これまで約３００種が確認されている。）など，南西諸島特有の生物地理的特徴を示す生態系が広がっている。
泡瀬干潟の海草藻場では，これまでの調査により，１３種類の海草の存在が報告されている。そのうち，ヒメウミヒルモは環境省指定のレッドデータブック（以下「環境省レッドデータブック」という。）で絶滅の危険性が増大している種絶滅危惧Ⅱ種（ＶＵ）と指定されるほど貴重な種となっており，他の海草７種も準絶滅危惧種に指定されている。泡瀬干潟とその周辺域で観察された鳥類は，平成１７年３月までに全部で１４目３９科１６５種であり，環境省レッドデータブック（平成１４年）掲載種２５種，「沖縄県の絶滅のおそれのある野生生物レッドデータおきなわ」（以下「沖縄県レッドデータブック」という。）（平成８年）掲載種２６種が確認されている。また，泡瀬干潟では，特に水鳥の生息地として国際的に重要な湿地に関する条約（以下「ラムサール条約」という。）登録湿地である漫湖よりもシギ・チドリの飛来数が多く，平成１２年に１９８７羽，平成１３年に１９６８羽が観測されている。ムナグロの越冬数は，日本全体の５３パーセントと日本昀大となっている。泡瀬干潟では，緑藻のイワズタ属において，リュウキュウズタ（新種），リュウキュウズタの１新品種，クビレズタの１新品種，タカノハズタの１新品種が確認され，ウミヒルモ属については，ホソウミヒルモ（新種），オオミヒルモ，ヒメウミヒルモの３種が新たに確認された。ウミウチワ属についても，新たに新種あるいは日本新産の４種が生育していることが確認されている。
ウ本件埋立計画地は，多くの種の渡り鳥や干潟生物の生息地と重なっており，また，近傍陸地境界付近にはオカヤドカリの生息地もあり，埋立てによって影響を受けるおそれがある。
また，本件埋立事業によってサンゴ群集分布域が約４７ヘクタール消滅する。
日本におけるトカゲハゼは中城湾にだけ分布している貴重種であるが，本件埋立事業によってトカゲハゼの生息域が縮小する危険がある。
（２）泡瀬干潟に対する法的保護
アラムサール条約
ラムサール条約は，国際的に重要な湿地を国際間の協力で保全することを目的とし，湿地が人間にとって，経済・文化・科学上等の様々な価値を有する資源であることから，この資源を将来にわたり持続させることの必要性と，そのための努力を求めている。日本は，昭和５５年に同条約の締結国となった。
同条約上の「湿地」とは，「天然のものであるか人工のものであるか，永続的なものであるか一時的なものであるかを問わず，更には水が滞っているか流れているか，淡水であるか汽水であるか鹹水であるかを問わず，沼沢地，湿原，泥炭地又は水域をいい，低潮時における水深が６メートルを超えない海域を含む」（１条）と定義されているので，泡瀬干潟は，同条約上の「湿地」といえる。
同条約上，登録の条件として，８基準のうち少なくとも１基準を満たすこととされているところ，泡瀬干潟は，①適当な生物地理区内に，自然の又は自然度が高い湿地タイプの代表的，希少又は固有な例を含む湿地がある場合には，当該湿地を国際的に重要とみなす（基準１），②危急種，絶滅危惧種若しくは近絶滅種と特定された種，又は絶滅のおそれのある生態学的群集を支えている場合には，国際的に重要な湿地とみなす（基準２），③特定の生物地理区における生物多様性の維持に重要な動植物種の個体群を支えている場合には，国際的に重要な湿地とみなす（基準３），④水鳥の一の種又は亜種の個体群において，個体数の１パーセントを定期的に支えている場合には，国際的に重要な湿地とみなす（基準６）の少なくとも４基準に明らかに該当する。
泡瀬干潟は，現時点では同条約に登録されていないが，同条約は，登録湿地だけではなく，締約国内に存在するすべての湿地を保護の対象とし（４条１項），湿地の「賢明な利用」を要求している。この「賢明な利用」については，第３回締約国会議（１９８７年）において，「生態系の自然財産を維持し得るような方法で，人類の利益のために湿地を持続的に利用することである」と定義している。


イ生物の多様性に関する条約（以下「生物多様性条約」という。）日本国は，生物多様性条約について，平成４年６月に署名をし，平成５年５月に批准している。同条約にいう「生物の多様性」とは，「すべての生物（陸上生態系，海洋その他の水界生態系，これらが複合した生態系その他生息又は生育の場のいかんを問わない。）の間の変異性をいうものとし，種内の多様性，種間の多様性及び生態系の多様性を含む」としている。泡瀬干潟の生態系も対象となる。
そして，同条約での義務として，８条で保護地域の設定等，生物の多様性の構成要素をその生息地域内において保全するための措置，１４条で生物の多様性への著しい悪影響を回避し，又は昀小にするため，事業計画案に対する環境影響評価を行うことが定められている。
ウ世界の文化遺産及び自然遺産の保護に関する条約（以下「世界遺産条約」という。）
世界遺産条約は，同条約の適用上，「自然遺産」とは，「無生物又は生物の生成物又は生成物群から成る特徴のある自然の地域であって，観賞上又は学術上顕著な普遍的価値を有するもの」，「地質学的又は地形学的形成物及び脅威にさらされている動物又は植物の種の生息地又は自生地として区域が明確に定められている地域であって，学術上又は保存上顕著な普遍的価値を有するもの」，「自然の風景地及び区域が明確に定められている自然の地域であって，学術上，保存上又は景観上顕著な普遍的価値を有するもの」をいうとしており（２条），これに泡瀬干潟は含まれる。そして，締約国は，文化遺産及び自然遺産を認定し，保護し，保存し，整備し及び将来の世代へ伝えることを確保することが第一義的には自国に課された義務であることを認識し，自国の有するすべての能力を用いて昀善を尽くすものとされ（４条），文化遺産及び自然遺産の認定，保護，保存，整備及び活用のために必要な立法上，学術上，技術上，行政上及び財政上の適当な措置をとることが努力義務として課されている（５条ｄ）。
エ二国間渡り鳥条約
日本は，二国間渡り鳥条約について，それぞれ，アメリカ（１９７４年），オーストラリア（１９８１年），中国（１９８１年）及び旧ソ連（ソ連崩壊後はロシアに引き継がれる）（１９８８年）との間で締結している。上記のすべての条約で，泡瀬干潟を越冬地とするムナグロが対象とされており，適用対象になる。
また，同条約は，各政府は，絶滅のおそれのある鳥類の種又は亜種の保存のため，適当な場合には，特別の保護措置をとる旨規定し，日本国の保護義務を定めている。
オ環境基本法
環境基本法は，「生態系が微妙な均衡を保つことによって成り立っており人類の存続の基盤である限りある環境」が維持されなければならない（３条），「環境の保全は，社会経済活動その他の活動による環境への負荷をできる限り低減すること（中略），環境への負荷の少ない健全な経済の発展を図りながら持続的に発展することができる社会が構築されることを旨とし，及び科学的知見の充実の下に環境の保全上の支障が未然に防がれることを旨として，行われなければならない」（４条），国は，これら各条等に定める環境の保全についての基本理念にのっとり，環境の保全に関する基本的かつ総合的な施策を策定し，及び実施する責務を有する（６条）等と規定して，国や地方公共団体に「持続可能な発展」を実現するための法制度の整備，施策の実施等を義務付けている。
カ文化財保護法
泡瀬干潟に生息するオオヤドカリ科のムラサキオオヤドカリ，ナキオカヤドカリは，同法に規定されている国の天然記念物に指定されている。そして，文化財保護法３条は，政府及び地方公共団体は，天然記念物を含む文化財の保存が適切に行われるように，周到の注意をもってこの法律の趣旨の徹底に努めなければならないとし，１２５条１項は，史跡名勝天然記念物に関しその現状を変更し，又はその保存に影響を及ぼす行為をしようとするときは，文化庁長官の許可を受けなければならないとしている。キ絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（以下「種の保存法」という。）
泡瀬干潟には種の保存法により指定された国内希少野生動植物種（コアジサシ），国際希少野生動植物種（ミサゴ等猛禽類３種）の出現・生息が確認されているが，同法２条は，国は，野生動植物の種（亜種又は変種がある種にあっては，その亜種又は変種とする。）が置かれている状況を常に把握するとともに，絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存のための総合的な施策を策定し，及び実施するものとする，としている。
ク生物多様性国家戦略
生物多様性条約は，締約国に，生物多様性の保全及び持続可能な利用を目的とする「生物多様性国家戦略」の策定・実施を義務付け（６条），国は，平成８年に旧戦略を，平成１４年に新戦略を策定した。新生物多様性国家戦略は，湿地について，我が国湿地の置かれている危機的状況を踏まえ，湿地の保全が緊急の課題であること，また，その連続性や生息空間の適切な配置などの視点から質の高い生態的ネットワークの形成の必要性等を打ち出している。
生物多様性国家戦略は，生物多様性の保全と持続可能な利用に関する国の基本方針ととるべき施策の方向を定めたものであり，生物多様性条約，ラムサール条約等で我が国に課せられた生物多様性保全義務や課題について国際的に公約したものであるとともに，国内的には，例えば環境基本法１４条２号に規定する生態系の多様性の確保等を実現するための具体的方策を定めたもので法規範性を有するものである。
ケ日本の重要湿地５００（環境省）
環境省は，干潟の重要性にかかわらず，日本の湿地が人為の影響により減少し，環境の変化をもたらしてしまった事実を反省し，さらに，ラムサール条約第７回締約国会議において登録湿地の倍増を目指す決議が採択され，湿地保全の機運が高まっていることから，平成１３年１２月に，湿地に生育・生息する生物分類群ごとの専門家２２名からなる検討委員会を設置し，日本の重要な湿地を５００か所選定した。
環境省は，泡瀬干潟を重要湿地５００に選定し，保全地域の指定等に活用するとともに，重要湿地及びその周辺地域における開発計画等に際して事業者に保全上の配慮を促すこととした。
コ沿岸域における自然環境の保全に関する指針（沖縄島編）泡瀬干潟は，「沿岸域における自然環境の保全に関する指針（沖縄島編）」において，自然環境の厳正な保護を図る区域である評価ランクⅠ及び自然環境の保護・保全を図る区域である評価ランクⅡに位置付けられている。
（３）本件環境影響評価の問題点（環境影響評価法及び本件省令違反）本件環境影響評価は，調査，予測，評価（影響の回避・低減）及び環境保全措置（代償措置）のいずれもがずさんであり，法が要求する環境影響評価がされたと評価できるものではない。
ア鳥類について


泡瀬干潟は，野鳥類にとって特に重要な干潟となっている。泡瀬干潟に飛来する鳥は，確認されているだけでも百数十種類に上り，特にシギ・チドリ類が多い。沖縄県レッドデータブックで準絶滅危惧種に指定されているシロチドリや，環境省レッドデータブック及び沖縄県レッドデータブックで絶滅危惧Ⅱ類に指定されているコアジサシなども繁殖活動をしている。本件評価書では，鳥類の生息環境について，相当程度保全されると予測されているが，その予測は，以下のとおり，客観的，科学的とはいえない。（ア）まず，環境影響評価の前提として，干潟生態系を支える底生生物相や，これを捕食する高次の捕食生物（例えば鳥類）の生態・動向調査（干潟のどの海域をどのように利用しているかなど），繁殖種については営巣場所，繁殖活動域，採餌域も含む動向調査をしなければ，正確な予測及び評価はできない。
（イ）本件評価書記載の泡瀬干潟の鳥類の出現種類数は６６種とされているが，沖縄野鳥の会によれば，平成１２年までに確認した野鳥は１２５種（ただし，比屋根湿地周辺や干潟の一部での調査にとどまっていた段階での調査結果である。），泡瀬干潟全域的な調査を行った平成１２年から平成１７年３月までに記録された種数は１７５種であり，多いときには１日に７０種以上の種が確認されたこともあった。（ウ）本件環境影響評価の調査方法は，調査回数が少なすぎ，渡り鳥飛来状況を基礎として適切に調査時期・回数を設定しておらず，また，定量調査と併行して種ごとの生態・動向調査（干潟域や後背地の利用状況調査等）が全く行われていないなど，調査精度に大きな問題がある。どの種の鳥類が干潟のどの場所でどの程度の採餌をしており，干潟周辺域をどのように利用しているかを調査しなければ，当該個体群が本件埋立事業後に残される周辺干潟を利用して生息を維持することが可能となるのかについて予測ができないことは明らかであるが，本件環境影響評価では，このような調査は全く行われておらず，単に周辺海域に干潟が残るなどの理由から，「鳥類の生息環境は相当程度保全される。」とされている。
また，本件環境影響評価の予測及び評価は，科学的な基礎資料を前提としない主観的かつ非科学的な予測にすぎず，保全のための定量的な予測や科学的な解析は全く示されていない。
（エ）本件評価書には，埋立計画地と既存域との間に幅１５０メートルから２５０メートルの海域が存在し，海岸環境が保全される旨記載されているところ，この水路状に残される海岸部でシギ・チドリ類は採餌行動を活発に行っており，同干潟域は水鳥の餌となる底生生物が豊富であると思われるが，埋立ての完了後に同海岸域に潮流の速度及び方向の変化が生じることは明らかであり，その変化が残存干潟及び周辺干潟の生態を激変させるのではないか懸念される。
（オ）泡瀬干潟で繁殖する鳥類については，営巣場所と採餌場などとの関係でも調査・解析されるべきであるが，本件環境影響評価では，同地域で繁殖していることが明らかなシロチドリやコアジサシの繁殖調査が行われていない。
（カ）本件環境影響評価では，前例の検証もされていない。本件埋立事業に先立ち，出島方式で行われた新港地区埋立事業において作成された環境影響評価書（以下「新港地区評価書」という。）においては，「勝連半島沿いと泡瀬周辺には採餌・休憩可能な干潟域がまだ残ること，埋立計画地の北東側の干潟域を中心とした約２０ヘクタール水域及び外周緑地…鳥類の生息環境に及ぼす影響は軽微である。」などとされていたが，その予測は完全に外れ，鳥類の個体数は激減し，鳥類相も単純化している。本件埋立事業に関する環境影響評価においては，先行する新港地区埋立事業における環境影響評価の予測がその後の経過と大きな齟齬を来した理由を解明し，その上で科学的に影響予測をすべきであった。
イサンゴ類について
サンゴ礁生態系は海洋総面積のわずか約０．３パーセントを占めるにすぎないが，海洋生物種の４種に１種，海に生息する魚種の少なくとも６５パーセントがサンゴ礁に生息しており，地球上では熱帯雨林に次いで２番目に豊かな生物種の宝庫となっている。サンゴ礁に生息する魚類は世界の漁獲量の約１０パーセントを占め，途上国においては２５パーセントに上っている。また，サンゴは進化生物学的にも非常にユニークな生物であるということが判明している。そして，サンゴ礁及びサンゴ群集自体の貴重性に加え，泡瀬に現存するサンゴ群集は，内湾に位置しているにもかかわらず高い被度のサンゴ群集が観測されるなど，希少性，学術的価値の高さという意味からしても特に貴重である。しかし，サンゴ類に関する本件環境影響評価は，以下のとおり，調査，予測，評価及び環境保全措置（影響の回避・低減）のいずれにおいてもずさんである。
（ア）事業者が実施したサンゴ調査の問題点
ａ事業者が実施したサンゴの調査は，平成８年５月２１日から同月２９日にかけて，調査区域内において，５６地点でスポット調査（１０メートル×１０メートルごと）を行い，その結果並びに航空写真も判読しながら分布状況の把握を行ったというものであるが，以下のような問題点が存在する。
（ａ）本件埋立計画地内の調査地点はわずか１０地点のみ（合計１０００平方メートル）であり，本件評価書は，その調査結果をもって，約１８７ヘクタール（約１８７万平方メートル）の中にサンゴ群集分布域は約４７ヘクタールしか存在しないとし，また，サンゴ群集分布域全域の被度を１０パーセント未満と判断している（本件評価書５－４２３頁）。
また，本件埋立計画地までの航路を造るために浚渫される周辺区域についても，本件埋立計画地内同様，サンゴ類，海藻草類にとっては生息基盤が完全に消失することになるが，この区域についてのサンゴ類，海藻草類の調査ポイントはわずか３ポイントしか設定されていない（本件評価書５－３６７頁，４１３頁）。
（ｂ）サンゴ群集の生息状況の調査については，１年を通じての季節の変動をみなければ，当該群集の具体的な状態を正確に把握することは不可能であるし，産卵能力を有するか否かも，サンゴの種類ごとにその生活史を把握し，当該サンゴの産卵時期を把握しなければ，調査時期の設定すら不可能であるのに，本件環境影響評価では，平成８年５月２１日から同月２９日までの１期間しか調査をしていない。
（ｃ）さらに，事業者の調査実施後である平成９年１０月から平成１０年１１月までの４か月間に，世界のサンゴ礁の４０パーセントないし５０パーセントが，白化により深刻な又は壊滅的な被害を受けるという状況が発生したが，このような白化現象が調査区域にあるサンゴ群集分布域に生息するサンゴにどのような影響を与えているのか，より詳細な再度の調査をすべきであったことは法律上当然の要請であるのに，再度の調査は行われていない。
（ｄ）事業者が用いている調査方法は，特定の区域を一定期間継続的に，経年的に把握することを前提として，その分調査１回当たりの負担を軽減するために採用されている簡便な調査方法であり，そもそも短期間１回のみですべてを把握できるような調査方法ではない。


（ｅ）海藻草類の調査結果をみると，被度の算出方法，被度の定義が全く不明であり，本件埋立計画地内のサンゴ類の分布域で被度が１０パーセントを超える区域はないとする判断は全く信用することができない。
（ｆ）以上より，本件環境影響評価において，法が要求している調査が実施されたなどとは到底評価できない。
ｂ実際，泡瀬干潟を守る連絡会が，平成１７年４月１６日及び同月１７日に実施した調査では，事業者が実施した調査で発見されなかったサンゴ群集（昀大被度５０パーセント以上の密生域を含む分布面積約２５００平方メートル以上のサンゴ群集，昀大被度５０パーセント以上の密生域を含む分布面積約４００平方メートル以上のサンゴ群集等）が確認されている。
その後，事業者も，平成１７年５月３１日から同年６月３日までの間に，上記泡瀬干潟を守る連絡会の調査によってサンゴ群集が確認されたポイントにつき確認調査を実施しているが，環境影響評価実施時に用いた調査方法とは異なる調査方法を用いている点，また，個々の群集や群落ごとの被度を一切明らかにしていない点に，事業者側の作為的な意図もうかがわれる。
上記サンゴ群集は，事業者による平成８年当時の調査によって見落とされた可能性が高く，事業者の実施した調査がずさんなものであることは明白である。
（イ）予測がずさんであること（サンゴ類について）サンゴ類に係る本件環境影響評価の予測は，いずれもでたらめである。
ａ工事の実施に係る予測について
（ａ）本件評価書では，「サンゴ類（生息被度０パーセントから１０パーセント）は，埋立工事により一部がやむを得ず消滅することになるが，残存域では埋立工事による水質（ＳＳ（浮遊物質の意））の影響はＳＳ発生ピーク時においてもＳＳ濃度は概ね２ミリグラム／リットル以下となっている。工事の進捗によるＳＳ発生位置の移動ならびにＳＳ発生継続時間も考慮すると，間接的影響も含めて，サンゴ類の分布域への影響は少ないものと考えられる。」としているが，このような予測の前提として用いられているＳＳ濃度は，全工事期間を通じたＳＳ発生ピーク時におけるものである。これを予測の一つの材料として用いること自体は是認できるが，それだけでは法が予定している予測が適正にされたと評価できるものではない。
（ｂ）サンゴ礁が海の濁りに対し脆弱であることについては，本件省令８条３項２号イに該当し，サンゴ礁を海の濁りから守ることを目的とした条例が制定されていることについては，本件省令８条３項２号ロに該当するし，世界的な白化現象等により既にサンゴが壊滅的なダメージを受けていること及び航路浚渫により浚渫区域に係るサンゴ群集自体が消失し，その近傍のサンゴ群集も濁りに対し非常に脆弱であるためサンゴ群集の生息環境が著しく悪化するおそれがあることについては，本件省令８条３項２号ハに該当する。したがって，本件ではサンゴ礁の予測については，法律上，重点化手法を用いることが要請されているというべきであり，具体的には，ＳＳのサンゴ群集分布域に対する影響を予測するに際して，当該サンゴ群集分布域に昀も近接する工事か所にて発生する浮遊物質発生ピーク時の濃度をも予測し，当該浮遊物質がサンゴ群集分布域に対し与える影響についても予測すべきである。本件埋立計画地東側海域に存在するサンゴ群集分布域は，新港地区に近接しているところ，新港地区航路等浚渫工事が実施される期間及び当該分布域の中央部分を横断する泡瀬地区の航路浚渫工事が実施される期間こそが，当該分布域におけるＳＳ発生ピーク時となることが予測され，その浚渫工事期間中のピーク時のＳＳ濃度は１０ミリグラム／リットル程度と考えられる。
（ｃ）そうすると，上記浚渫工事の実施により，事業者の調査によっても調査区域昀大規模とされるサンゴ群集分布域（被度３０パーセント以上４０パーセント未満の区域を含む。）が重大なダメージを受けることは明白である。
ｂ土地又は工作物の存在に係る予測について
本件評価書における，「サンゴ類の分布域（生息被度０パーセントないし１０パーセントの区域）が埋立てによりやむを得ず一部消失するが，周辺にはまだかなりの分布域が残っている。」などという前提自体が誤りである。辛うじて影響がそれほど大きくないと考えられるのは，本件埋立計画地南南西の沖合にあるサンゴ群集分布域のみであるが，当該分布域にしても，調査区域内に残された唯一のサンゴ群集分布域として孤立してしまえば，遺伝的多様性を確保できず，他のサンゴ群集分布域からの卵の供給もなく，むしろ，早晩衰退していくことが予測される。
（ウ）予測がずさんであること（サンゴ礁生態系について）
ａ工事の実施に係る予測について
本件評価書においては，「埋立工事の実施に，サンゴ群集分布域（ここでは被度１０パーセント未満）が約４７ヘクタール消失することになるが，埋立区域を既存陸域から１５０メートルないし２５０メートル程度離した人工島方式の埋立形状にしたことにより，やや沖合における生息被度１０パーセント以上のサンゴ生息域を含むサンゴ礁の保全は図られている。」と記載されているが，約４７ヘクタールのサンゴ群集分布域の消失が沖合における生息被度１０パーセント以上のサンゴ生息域とどのような関係にあり，その消失が残存するサンゴ群集分布域にどのような影響を与えるのか（又はそもそも別個の生態系でありそれぞれの生態系間の関係，影響など存在しないのか）という記載は全くなく，予測の過程や結果は一切記載されていない。また，「サンゴ礁の保全は図られている」との記載はあるが，当該記載は評価の結果にすぎず，予測の結果とはなっていない。
ｂ土地又は工作物の存在に係る予測について
本件評価書においては，サンゴ群集分布域についての予測の結果はそもそも何ら記載されていない。「埋立地を可能な限り沖合へ出す計画としており，概ね１５０メートルないし２５０メートル幅の海域が残存している。」との結論らしき記載があるが，この残存する海域とは，既存の陸地と埋立てによって生じる人工島との間の海域を意味しており，当該海域には，そもそもサンゴ群集分布域が存しないこととされているため，なぜこの結論がサンゴ礁生態系についての予測の結果になるのか全く理解できない。結局，土地又は工作物の存在に係るサンゴ礁生態系についての予測の結果は一切記載されていないこととなる。
（エ）評価がずさんであること（サンゴ類について）
ａ本件評価書においては，本件埋立計画地内のサンゴ類については被度１０パーセント未満のためそもそも評価の対象としておらず，環境影響評価法に違反している。


すなわち，本件省令７条は，対象埋立て又は干拓事業に係る環境影響評価の調査，予測及び評価の手法は，事業者が，同条１号ないし６号に掲げる事項を踏まえ，選定項目ごとに本件省令８条から１２条までに定めるところにより選定するものとする旨規定し，本件省令７条２号は，本件省令６条３項２号イ及びロに掲げる環境要素（動物及び植物）に係る選定項目については，陸生及び水生の動植物に関し，生息種又は生育種及び植生の調査を通じて抽出される学術上又は希少性の観点から重要な種の分布状況，生息状況又は生育状況及び学術上又は希少性の観点から重要な群落の分布状況並びに動物の集団繁殖地その他の注目すべき生息地の分布状況について調査し，これらに対する環境影響の程度を把握できることと規定している。
そして，本件埋立計画地内においては，サンゴ類分布域が見事なまでに海藻草類の分布域と重なっており，このようなサンゴの個体群は，希少性が高い個体群といえる。また，サンゴ礁修復技術を検討するという意味でも，サンゴと海草海藻との共生という他に類をみない希有な生息状況・環境を研究することは，未知の部分が多いサンゴの生態を明らかにするという点で非常に有益であり，研究上の重要性は極めて高い。
よって，本件埋立計画地内のサンゴ群集分布域は，「学術上又は希少性の観点から重要な種の分布状況，生息状況又は生育状況」（本件省令７条２号）に当たり，この貴重なサンゴ群集分布域を評価の対象とすべきことは明白である。
しかし，本件評価書においては，このような評価の対象とすべき貴重なサンゴ群集分布域につき何ら評価をしていない。
ｂ当初設定した環境保全目標を満たしているか否かという観点からの評価が一切されていない。
事業者は，自らが実施する環境影響評価の中で，「植物及び動物（海域）に係る環境保全目標は，植物の生育状況及び動物の生息状況に及ぼす影響を努めて昀小化すること，また，海藻草類（濃生・密生域），サンゴ類（生息被度１０パーセント以上の区域）及びトカゲハゼについては生育・生息基盤を維持し，環境要素を相当程度保全することとする。」とし，上記「影響を努めて昀小化すること」との環境保全目標は，保全の対象が「市町村的価値に値するもの」（Ｃランク＝３段階の一番下）に対して設定し，「環境要素を相当程度保全すること」との環境保全目標は，保全の対象が「都道府県的価値に値するもの」（Ｂランク）に対して設定することとしている。上記によると，海藻草類（濃生・密生域），サンゴ類（生息被度１０パーセント以上の区域）及びトカゲハゼについては，Ｂランクである「都道府県的価値に値するもの」として環境保全目標を設定していることとなる。しかし，本件評価書の結果は，「工事の実施」及び「土地又は工作物の存在」が環境に及ぼす影響というものである。事業者は，当初「都道府県的価値」を有するものとして「環境要素を相当程度保全する」と設定したはずの環境保全目標に対し，評価の時点では，「市町村的価値」を有するものとして価値のランクをワンランク下げ，「影響は小さい」（前述「影響を努めて昀小化する」と同義のものと思われる。）との評価をしているにすぎない。結局，本件環境影響評価では，サンゴ類（生息被度１０パーセント以上の区域）について事業者が当初設定した環境保全目標を満たしているかどうかについての判断は一切されていないこととなる。
（オ）評価がずさんであること（サンゴ礁生態系について）本件評価書には，サンゴ礁生態系を代表するサンゴ礁生態系注目種の記載は皆無であり，上記は，サンゴ礁生態系に対しては何ら評価の結果とはなっていない。トカゲハゼ，ムナグロは，本件環境影響書にそれぞれ「干潟生態系注目種」と記載されているとおり，干潟生態系の注目種であって，サンゴ礁生態系の注目種ではない。
（カ）以上より，本件環境影響評価は，サンゴ群集，サンゴ礁生態系に関する部分のみを検討しても，調査が極めて不十分であり，予測及び評価については全くのでたらめであり，到底，法が要求するあるべき環境影響評価がされたなどと評価できるものでないことは明白である。ウ海藻・海草について（ただし，クビレミドロは除く）（ア）海草藻場は，生産性が高く，かつ，多様な動植物の生息場所となっていることから，沿岸生態系において重要な役割を担っている。泡瀬の海草藻場は，沖縄島全体の海草藻場面積の９．２パーセントの面積を有し，海草の種類数については世界屈指で，現在３科６属１２種を数え，特に被度の高さには特筆すべきものがある。
（イ）環境影響評価手続上の問題点
ａ本件省令７条３号違反
本来，本件評価書には，藻場の重要性に照らし，典型性種として実態を反映した種を掲記して，本件省令７条３号に従って，藻場の「生態，他の動植物との関係又は生息環境若しくは生育環境を調査し，これらに対する環境影響その他の生態系への環境影響の程度を適切に把握できる」調査，予測の手法を選定すべきであったが，実際には，そもそも海草藻場に生息する希少種や典型性種の記載がないばかりか，影響予測についても，各レッドデータブック登載種や豊富に生息する底生生物に対する環境影響の程度は全く記載されていないに等しく，本件省令７条３号の「これらに対する環境影響その他の生態系への環境影響の程度を適切に把握できる」調査・予測及び評価の手法が選定されたとは到底いえない。
ｂ調査の不十分さ
海草のうち，ホソウミヒルモは，本件環境影響評価が行われた後の平成１５年６月に発見され発表されたものであり，本件評価書には記載されていなかった。事業者は，環境影響評価手続に際して，海草の種類について，十分な調査をしていなかった。
ｃ本件省令８条１項違反
本件評価書では，注目種（地域を特徴づける生態系に関し，上位性，典型性及び特殊性の視点から注目される動植物の種又は生物群集をいう。）として挙げられているリュウキュウアマモ等の海草類で構成されている藻場について，埋立工事による消失の影響は大きいとある（５－４２３頁）が，このような地域を特徴づける生態系に対し，どのような内容の環境影響がどの程度あるのか全く分からず，標準手法について定める本件省令８条１項に違反する。
ｄ代償措置の検討
（ａ）環境影響評価法制定に伴って平成９年１２月１２日に環境庁（当時。以下同じ。）が作成した「環境保全措置指針に関する基本的事項」や本件省令の規定からすれば，環境影響評価においては，まず事業による環境に対する影響の回避・低減を検討し，なお回避・低減しきれない部分について昀後の手段として代償措置の検討が許されるにすぎず，かつ，代償措置をとる場合には，代償措置が可能であるということの相当な確実性が法律上要求されていると考えるべきである。
したがって，環境影響評価書においては，環境保全措置の検討に当たり，環境影響の回避低減を優先しなければならないこと及び環境保全措置の効果の不確実性が検討されなければならないことが記載されていなければならないが，本件環境影響評価においては，上記の点が満たされていない。


（ｂ）しかし，本件評価書では，環境影響の回避低減の措置に関して，「③藻場（大型海草による藻場の保全）」で「埋立工事中は海藻草類が生育している海域の水質環境の保全に努め，本事業の進捗によっても相当程度の生育地が維持されるように，影響の低減に努める。」としているのみであり，環境影響の回避・低減が困難であることについて，全く検討がされていない。
ｅ海草移植実験の不確実性について
（ａ）本件評価書では，埋立てにより消失する藻場（密生・濃生域）のうち主要な構成要素で埋立計画地周辺一帯に多く生育している大型海草種であるリュウキュウアマモ及びボウバアマモを用いて，埋立計画地の東側の現況において砂質底で海藻草類の生育被度が５０パーセント未満の疎生域にできる限り移植し，藻場生態系の保全に努めることとするとされている（６－５頁）が，海草移植は，現在の段階においても技術的には確立されていない。
本件においては，海草の移植が確実にされることが環境影響評価手続上も要求されており，それがされない限り，海草に対しての環境保全は不十分なものであると考えなければならない。（ｂ）総合事務局は，平成１０年７月から手植え移植の実験を行い，平成１４年１２月１６日の「中城湾港（泡瀬地区）公有水面埋立事業にかかる海草移植計画」において，手植え移植は適用性が高いと結論付けている。同計画では，上記の手植え移植実験では泡瀬干潟のＳｔ．Ⅰ，Ｓｔ．Ⅱ，Ｓｔ．Ⅲという３か所で移植実験が行われ，株数が以下のような結果になったと報告している。
移植時の株数平成１４年９月段階の株数
Ｓｔ．Ⅰ６２５５２９０
Ｓｔ．Ⅱ４５６７２万２１７６
Ｓｔ．Ⅲ５４９４６６８０
しかしながら，上記移植計画のうち，良好とされたＳｔ．Ⅱにおいても，測定範囲はわずか１８平方メートルにすぎず，藻場の移植が必要となる２５ヘクタールについて移植の妥当性を主張することは過大評価である。また，前記の実験結果からみても明らかに成功しているのはＳｔ．Ⅱだけであり，結局成功の前提としては「適切な環境が維持される場所」での「手植え」でなければならないのであって，実際にこのような海域が移植の予定海域にどの程度広がっているかは全く未知数といわざるを得ない。また，事業者が良好な結果と判断したＳｔ.Ⅱについては，平成１７年１月３１日の海藻草類専門部会での報告で，壊滅的状況であるとの報告がされている。（ｃ）平成１７年６月１３日の「平成１７年度中城湾港泡瀬地区環境保全・創造検討委員会第１回海藻草類専門部会   手植え移植の評価」においては，リュウキュウアマモとボウバアマモの被度（海底面に占める藻場の面積の割合）が移植直後から減少している。また，海草移植実験における手植え移植藻場の現況については，平成１５年１月の段階での生育被度が３０パーセントであったところが平成１７年１月には１０パーセントまで減少した。その後，昀新の調査である平成１９年１１月の調査では，１０パーセントの被度が５パーセントまで低下した。
（ｄ）機械移植は，１日当たりの単価３４万２８７０円／７２平方メートルであるのに対し，手植え移植は，１日当たりの単価５０万５０００円／８平方メートルであることから，２５ヘクタールもの海草移植を手植えの方法で行うことは，予算面及び実行面から不可能である。
（ウ）小括
海草移植についてはいまだに技術的に確立されたとは到底いえない状況にあり，海草の移植は不可能な状況にある。事業者は海草移植が不可能である場合には，環境保全措置を検討するに際して，環境影響の回避低減を検討し，それが不可能である場合には他の代償措置を検討すべきであったが，本件環境影響評価手続においては，本来は不可能であるはずの海草移植が可能であることを前提として環境保全措置が検討されており，このことは，環境保全措置の効果の不確実性について検討することを要求した基本的事項，環境保全措置指針，配慮事項に明らかに違反している。海草について，本件環境影響評価は，環境影響の回避低減が不可能であるのかどうかについての検討を一切することなく，知見が確立されていない海草の移植が可能であることを前提として環境保全措置の検討をしている点で，本件環境影響評価は，環境影響評価法及び基本的事項，環境保全措置指針，配慮事項で定められた要件を満たさないものであり違法なものである。
また，海草藻場の工事による消失による生態系等への影響は大きいとしながら，その影響の具体的内容と程度については全く調査・予測及び評価されていない。これについては前記のとおり本件省令違反といえる。被告県知事はこの本件省令等の違反についても看過して許認可をしており，この点からも本件埋立許可及び承認は違法である。
エクビレミドロについて
クビレミドロは，環境省レッドデータブック（平成１２年発行）において絶滅危惧Ⅰ類に，沖縄県レッドデータブック（平成１０年発行）及び水産庁によるレッドデータブック（平成１０年発行）において絶滅危惧種に，それぞれ指定されている。クビレミドロは生物学的にも重要な種であり，その保護を図ることが学問上も極めて重要な意味を持つ。クビレミドロの持続的な生存のためには，①閉鎖環境であること，②十分な広さの干潟が確保できること，③潮汐流によって清澄な海水のスムーズな流れが確保できること，④海流の面でも，細砂質底が持続的に維持されること，⑤クビレミドロの移植先やその周辺に小型海草の生育を確保できることの条件が具備されなければならない。
（ア）環境影響評価手続との関係について
ａ環境影響評価においては，環境の影響の回避低減をまず検討すべきであって，代償措置は飽くまで昀後の手段であり，また，代償措置の検討においてはその不確実性の程度まで検討することが要求されている。特に，クビレミドロはその生育に不明確な点が多く，代償措置が本当に可能かどうかの判断は慎重を期する必要がある。しかしながら，本件評価書では，回避低減の方法を検討しようとはしていない。また，事業者は，いまだ技術的に確立できたとはいえないクビレミドロの移植の可否について十分な検討をしておらず，本件評価書には目標が実現可能なのかについての具体的な記載はない。そして，かかる環境影響評価書を受けた被告県知事の承認の際にも，クビレミドロの移植が本当に可能であるのかについての検討が不十分なまま，単なる留意事項としてクビレミドロ移植技術の確立や新たな環境整備方法などの検討を要求したにとどまっており，公有水面埋立法４条１項２号の「其ノ埋立ガ環境保全…ニ付十分配慮セラレタルモノナルコト」の要件を満たしたとは到底いえない。


ｂまた，本件環境影響評価におけるクビレミドロに関する調査も，非常に不十分なものである。すなわち，本件準備書にはクビレミドロに関する記載がなく，被告県知事や沖縄県からの意見を経て，初めて本件評価書にクビレミドロの調査，評価及び保全が検討されることになったものであり，環境影響評価手続は適切に行われていなかった。
（イ）クビレミドロの移植の現状
クビレミドロの移植は，今なお確立されていない。事業者は，具体的にクビレミドロの保全のために，①泡瀬地区のクビレミドロの屋慶名地区等への移植，②移植したクビレミドロの泡瀬地区人工干潟への再移植，③クビレミドロの室内増殖技術開発試験の実施を行うとし，それに伴う実験によって得られた結果としては，屋慶名地区，勝連地区への藻体移植では，移植後，複数年にわたる再生産を確認し，フラスコ内では，受精卵から群体形成までの培養が可能であるとしている。しかしながら，室内移植実験について，全生活史が解明されたとし，人工的に卵や藻体を作ることは成功しているが，移植に使える大量に生産をすることが可能かどうかという点についてはいまだ知見が得られていない。現地移植実験については，環境影響評価当時は，移植株由来からの群落の分布や密度は経年的に安定しているとはいえないため，移植したクビレミドロが長期的に維持されるのかどうかについては，何らの成果も得られておらず，その後の現地移植実験においても，移植したクビレミドロは経年的には安定していない。
（ウ）小括
以上より，本件環境影響評価手続において，クビレミドロに関する調査が極めてずさんであったという点，環境影響の回避低減が不可能であるのかどうかについての検討を一切することなく，知見が確立されていないクビレミドロの移植が可能であることを前提として環境保全措置の検討をしている点で，本件環境影響評価は，環境影響評価法や本件省令等で定められた要件を満たさないものであり，違法である。
オトカゲハゼについて
トカゲハゼは，環境省レッドデータブック及び沖縄県レッドデータブックで絶滅危惧種（絶滅危惧ⅠＡ類）にランクされている。トカゲハゼ生息海域は中城湾内の各生息地がほぼ唯一であるが，いずれも不安定な状況であり，トカゲハゼはますます種の絶滅のおそれが高まっている。生物多様性の保全は，平成４年の国連環境会議で採択された生物多様性条約（平成５年加盟）によりようやく我が国でも意識的に取り組まれるようになったが，この前提としては生物多様性ないし生態系による人類社会への各レベルのサービスには莫大な価値があることが認識されている。トカゲハゼやその生息する生態系についても，その遺伝的情報を含め絶滅・破壊により失われる価値は計り知れない。
（ア）本件評価書は，本件埋立てによるトカゲハゼへの影響の「予測」及び「評価」の両面について，「工事」及び「工作物の存在」双方ともトカゲハゼへ与える影響は軽微であり，生息環境は相当程度保全されるものと考えられるとしている（５－４０２頁ないし４０５頁）。また，代償措置として埋立地南西側に人工干潟を作るとし（５－４０６頁），「第６章環境保全措置」の項では，「④トカゲハゼ生息圏への配慮」として，施工時期を限定する旨などの記載がある（６－３頁）。しかし，これらは，新港地区評価書と同内容の予測・評価であり，新港地区埋立事業の実施と残された干潟域の経過からみて，到底環境影響評価の名に値しない。以下，新港地区埋立事業について詳述する。ａ新港地区における公有水面埋立事業（新港地区埋立事業）の概要は，次のとおりである。
第１次昭和５８年～平成４年約１８０ヘクタール
第２次平成４年～平成７年約１４６．６ヘクタール第３次平成７年～平成１０年概成～現在約６６．４ヘクタールｂ新港地区評価書のうち，第２次埋立計画の際に作成されたもの（平成４年１月）（甲５８）は，工事による影響は軽微（４－８８頁），埋立地の存在による影響は少なく，新たなトカゲハゼ生息地の創出も図られる，トカゲハゼ仔稚魚の分散・移動への影響も少ないなどとしている（４－１９９頁ないし２０１頁）。新港地区評価書のうち，第３次埋立計画の際に作成されたもの（平成６年７月）（甲５９）も，ほぼ同様である（４－７９頁，１８０頁ないし１８２頁）。ｃしかしながら，新港地区（当時の川田干潟）における１９８０年代初頭の成魚生息数は１０００尾程度であったが，新港地区の埋立工事が始まった後の生息数は，平成元年３月３６３尾，平成３年５月２２７尾，平成５年９月４８尾，平成６年３月７３尾，平成６年４月４８尾，平成６年９月１８尾となり，自然干潟のトカゲハゼ生息数は壊滅状態となった。生息地面積の経年変化でも，平成元年３月から平成５年４月までは３０００平方メートル台から８０００平方メートル台で推移してきたが，平成５年９月１８７１平方メートル，平成６年３月１０００平方メートル，平成６年４月８８０平方メートル，平成６年９月２２０平方メートルと激減している。
新港地区トカゲハゼの生息数が激減した原因が埋立工事にあることは，極めて明白である。結局，新港地区評価書による埋立工事及び埋立地（人工島）の存在によるトカゲハゼへの影響予測は，現実の結果とは大きく齟齬したのである。
第３次埋立計画の際に作成された新港地区評価書は，平成６年７月に縦覧に付されており，それまでに新港地区のトカゲハゼ生息数が激減した上記平成５年９月の調査結果は当然把握されていたはずであるが，あえて同評価書にはその結果は記載せず，その直前である平成５年４月の調査結果である２２８尾までしか記載されていない。予測及び評価は平成４年１月時点の評価書とほぼ同じ記述がされている。また，被告県知事が真にトカゲハゼの保全を志向しているのであるならば，上記生息数の激減の事実を指摘し，アセスの段階でその原因を検討するよう意見を述べなければならないのであるが，これを履行していないということは，トカゲハゼの保全について真摯に思考していなかったものと解さざるを得ない。
（イ）本件環境影響評価で検討すべきであった事項


泡瀬干潟の泥質干潟でのトカゲハゼ生息数は，平成元年の６尾から，工事着工（海草移植，海上工事等）前の平成１３年９月の２１尾までの範囲を推移しているが，工事着工後は平成１５年４月に生息数が確認されないなど，減少傾向にある。平成１８年３月は１２尾と若干回復しているが，今後の本格的な工事の進行により，その生息が危ぶまれる。前記新港地区での結果からみると，果たして本件評価書記載の予測のように，泡瀬干潟に生息しているトカゲハゼに対する影響が「軽微」であるのかは大変疑わしい。本件埋立事業も新港地区埋立事業と同様の人工島方式での埋立てであり，その水路部のトカゲハゼ生息地の環境は変化しないことが前提とされているが，新港地区では現実には大きな環境変化が起こっている。とすれば，この新港地区の自然干潟におけるトカゲハゼの壊滅状況に至った原因を究明し，これと対比して泡瀬地区での予測をしなければ到底科学的な知見に基づく予測とはいえない。本件評価書には，代償措置として人工干潟を造成するとあるが，新港地区における人工干潟での保全は成功していないし，本件における人工干潟造成予定地は，評価書の段階では埋立地南西側であったが，同所はトカゲハゼ保全の適地にはならず，その後埋立地北西側の深堀れ地側に変更され，なお適地となるための条件が検討されなければならないなど，人工干潟造成の課題は多い。
また，人工干潟でのトカゲハゼの保全は人工増殖・放流が不可欠であるところ，本件評価書では，稚魚の放流については何も記載されていない。
カ貝類について
泡瀬干潟には３００種を超える貝類が生息しており，生息量（生物量）も非常に大きい。泡瀬干潟の貝類のうち，１０１種が沖縄県レッドデータブック（平成１７年改訂版）に登載されている。さらに，泡瀬干潟では，昀近になり新種・日本新記録種が続々と発見されている。
（ア）貝類につき実施された環境影響評価の問題点
ａ海洋底生生物の調査手法，調査範囲・調査ポイントの不備本件環境影響評価における海洋底生生物の調査は，底生生物調査（採泥法）と干潟生物調査（目視観察，坪刈り＝コドラート法，生物相分布＝目視観察）によって行われているが，本件埋立計画地内の定点で行われた調査は，底生生物調査において２地点，干潟生物調査の目視観察と坪刈りにおいて６地点にすぎず，泡瀬干潟の広さに比して，調査地点数が少なすぎる。
本件埋立計画地面積１８７ヘクタールのうち，干潟域（潮間帯域）を５５ヘクタールとして計算すると，残りの１３０ヘクタール（埋立面積の７０パーセント）が浅海域（潮下帯域）となるが，同浅海域での底生生物調査は，Ｓｔ．１とＳｔ．２の２か所のみで，採泥法によって行われているにすぎない（本件評価書５－３３３頁）。このような調査で，１３０ヘクタールの浅海域の底生生物相を把握できるとは到底考えられず，実際にも同浅海域の底生生物相を全く反映していない調査結果になっている。
第Ⅰ区域の約９５パーセントを占める浅海域の底生生物調査地点はＳｔ．２だけである。この第Ⅰ区域の浅海域には，非常に多くの底生生物が生息しているが，本件評価書では，この第Ⅰ区域の浅海域に貝類や甲殻類がいることさえ記載されていない。底生生物調査の調査手法としては，定点を増やすと同時に，目視観察調査（定性調査）が行われるべきであったと考えられるが，本件において，底生生物の目視観察調査は，干潟域で行われているだけである。
ｂ調査時期・期間の不備
干潟生物調査の目視観察の調査期日は平成８年２月７日から同月９日まで（冬季）と同年８月２８日から同月３０日まで（夏季）であり，また，干潟生物調査の生物相分布の調査の調査期日は平成５年９月１４日から同月１７日までであり，干満差の大きい春季にも調査がされていない。このように，干満差の小さい時期に調査が行われているため，泡瀬干潟の低潮帯の生物相が全く把握されていない。また，干潟生物調査に使われた日数は，わずか１０日間であり，泡瀬のような広大な干潟域に対する調査日数としては不十分である。このように，本件環境影響評価における底生生物調査は不備である。
ｃ本件評価書の内容
本件評価書に具体的な科・属・種名が挙げられた貝類は，わずか２６種にすぎず（５－３４２頁ないし３５３頁，４０９頁），さらに，その中には，琉球列島には分布していないものもあり，誤同定があると考えられる（例えば，タマエガイは琉球列島には分布しておらず，ヒナタマエガイの誤同定と考えられる。）など，生物分析のずさんさが示されている。
また，前記のような調査手法の不備のため，本件評価書には中潮帯下部から低潮帯に生息する貝類が記載されていない。
第Ⅰ区域の浅海域には，ニライカナイゴウナ，トウカイタママキ，ウミエラの１種などの希少な種などが生息しているにもかかわらず，本件評価書では，第Ⅰ区域の浅海域に貝類や甲殻類がいることさえ記載されていない。
ｄ以上のように，本件評価書では，海洋底生生物の生息状況の把握が全く不十分であるため，その評価・保全策は極めてずさんなものになっている。
（イ）新種・希少種の発見
本件評価書の作成後，市民や研究者によって，泡瀬干潟の新種・絶滅危惧種・貴重種生物の生息などが何度も報告され，そのたびに総合事務局は事実確認調査を行い，「中城湾港（泡瀬地区）公有水面埋立事業に係る環境影響評価書（平成１２年３月）に記載されている動植物以外の種の存在等について」という文書を出して，幾つかの保全策を施してきた。しかし，保全策としては埋立回避ではなく，埋立進行を前提としており，現在まで着々と埋立工事が行われている。
また，沖縄県レッドデータブック（平成１７年改訂版）が出版されたことによって，泡瀬には絶滅危惧種の海洋動物が大量に存在することが明らかになった。
泡瀬干潟の生態系の国際的価値と，国内の干潟生態系の減少という問題を総合的にとらえた場合，泡瀬干潟の埋立ては可能な限り回避されるべきである。本件埋立事業の昀大の問題点は，埋立てにより破壊される生態系の貴重性が余りにも高いこと，そして，この生態系の豊富さ，貴重性が環境影響評価書に反映されず，しかも許認可権者もこの不備を見抜けなかったところにある。
キ浚渫土砂による埋立てについて


本件評価書においては，埋立工事の概要として，新港地区航路等浚渫工事によって生じる土砂については，「浚渫船に連結した排砂管を一部海底に沈設するなど船舶航行上の配慮をしながら埋立地まで敷設し，浚渫土砂を圧送排出して埋立地に投入する」とされ，また，泡瀬地区における航路泊地等の浚渫工事によって生じる土砂については，「グラブ浚渫船により採取した土砂を台船で運搬し，埋立地に揚土機械で投入する」とされ（２－９頁），新港地区における浚渫土砂量は７１０万立方メートル，泡瀬地区における浚渫土砂量は２２０万立方メートルとされる（２－３９頁）。新港地区航路等浚渫工事によって生じる土砂は，直線距離にして１．５キロメートルないし３キロメートルの距離を，排砂管で圧送排出される。（ア）新港地区航路泊地の浚渫土砂の粒度組成，工事に係る水質調査に
ついて
本件評価書には，浚渫予定地の粒度組成として，新港地区については，泊地部分の５地点が示されているだけであり，航路部分の粒度組成は何も示されていない。泡瀬地区については，Ｓｔ．Ｂ－１からＢ－５（本件評価書５－１３０頁及び１３１頁）により泊地部分及び航路部分各１か所の粒土組成が示されているが，それだけで航路全体の粒土組成は判明していない。浚渫土砂がどのような粒度組成の土砂か，またどのような物質（有機，無機化合物）を含んでいるのかを調査分析することは，極めて重大なことであるのに，調査もされておらず，極めてずさんな手続である。
（イ）ポンプ浚渫・パイプ輸送法の問題点
新港地区航路泊地の浚渫土砂については，ポンプ浚渫船に連結した排砂管（パイプ）を埋立地まで敷設し，浚渫土砂を圧送排出して埋立地に投入する工法（以下「ポンプ浚渫・パイプ輸送法」という。）がとられるが，排砂管の敷設位置や敷設方法，土砂の圧送時のパイプの震動・移動の大小などによっては，泡瀬干潟に近接する浅海域の海底環境や同所に生息する生物の生息状況を大きく変える可能性がある。また，排砂管を一部海底に沈設する場所は，サンゴの１種ヒメマツミドリイシと海草（主にリュウキュウスガモ）が約２万９０００平方メートル群生している場所であり，同工事がサンゴ礁及び海草藻場に与える影響も大きいことが予想されるが，本件環境影響評価では，この海域のサンゴ礁の被度を１０パーセント以下として保全の対象としておらず，上記工事が環境に与える影響の予測及び評価も行っていない。また，排砂管を一部海底に沈設する場所のうちには広大な砂州も含まれ，そこはコアジサシの産卵，育雛の場所であり，この工事がコアジサシの繁殖に大きな影響を与えることは必至である。しかし，本件評価書ではその環境影響評価もされていない。
（ウ）汚濁防止膜設置の欺瞞性
ところで，ポンプ浚渫・パイプ輸送法での工事実施に当たって，設計概要説明書では，「工事実施による濁りの拡散を防ぐ必要があり，護岸工事中，埋立工事中はその周辺にナイロン製の汚濁防止膜を設置する。」とあり，本件評価書でも，「工事区域外への濁りの流出を防止するため汚濁防止膜を設置する」として，それにより「濁りの拡散を防ぐ」ことができるとされている（５－４０４頁等）。なお，汚濁防止膜敷設による浮遊物質拡散防止効果は５割とされている（本件評価書５－１３７頁）。
しかし，実際には，汚濁防止膜の設置だけでは，濁りの拡散は防止できない。また，汚濁防止膜は，完全に機能した場合であっても，発生したシルト（濁りの主成分である微小な粒子のこと）を工事期間中，汚濁防止膜内に閉じ込めておくだけであり，工事中断中（４月ないし７月）は汚濁防止膜が撤去され，シルトが工事区域外に拡散する。このことは本件評価書には記載されていない。なお，実際に，汚濁防止膜は，破れたり，海底との間にすき間を生じていたりなど，シルト拡散防止の役目を全く果たしていなかったことが判明している。また，浚渫土砂を埋立地護岸内に投入すれば，浚渫土砂に含まれる海水とともにシルトも護岸外に流出することが予想される。
（エ）沈澱池の欺瞞性
埋立てに使われる浚渫土砂から発生する大量のシルトによる濁りの拡散に対する対策として，設計概要説明書では，沈澱池の設置が構想されている。しかし，第Ⅰ区域８６ヘクタール（既埋立地約１０ヘクタールを除く）の沈澱池としては規模が余りにも小さく，到底その用を足さない。
（オ）小括
本件評価書には，「ＳＳ発生量のピーク時においても，ＳＳの影響は工事海域近傍に限られていることから，埋立工事期間全体を通してみても，海域の水質保全は図られるものと考えられる。」とあるが（５－１４４頁），以上のような不備を前提とした上記予測は信用できず，本件環境影響評価は極めて不備であることは明らかである。ク環境影響評価法（本件省令）違反についてのまとめ以下のとおり，本件環境影響評価において，事業者は，本件省令に規定された必要な調査，予測及び評価を履践せず，しかも，免許権者である被告県知事も，あえて又は不注意でこれを看過した。
（ア）本件評価書全体についての本件省令違反
本件埋立事業は，本件省令８条３項が標準手法より詳細な調査又は予測の手法（重点化手法）を選定する場合として掲げる要件に当てはまるから，本件環境影響評価においては，より詳細な調査，予測の手法が採用されるべきであった。
しかしながら，本件評価書の内容は，新港地区評価書と同程度の極めておおざっぱないいかげんなものであり，この点で本件省令８条３項に違反している。
（イ）鳥類，トカゲハゼ及び貝類に関する本件環境影響評価についての
本件省令違反
ａ本件省令８条１項及び別表第二では，「重要な種及び注目すべき生息地」及び「地域を特徴づける生態系」に関する工事や埋立地の存在の「予測の手法」の欄に，「事例の引用又は解析」が規定されている。この趣旨は類似事例の引用又は解析を指すところ，これに昀もふさわしい類似例は新港地区埋立事業である。
しかし，鳥類についても新港地区の事例を全く顧慮しなかったことは前記のとおりである。また，トカゲハゼについても，本件評価書は，ほとんど新港地区評価書と同趣旨の理由により影響は軽微としているが，新港地区埋立事業の経過に照らせば，なぜ影響は軽微といえるのか全く分からない。
新港地区埋立事業という類似事例について引用又は解析をしていない本件評価書は，本件省令８条に違反している。


ｂ本件省令９条１項２号は，「調査の基本的手法」として，「国又は関係する地方公共団体が有する文献その他の資料の入手，専門家等からの科学的知見の聴取，現地調査その他の方法により調査すべき情報を収集し，その結果を整理し，及び解析する手法」を採用することを要求している。
沖縄県等行政当局はコアジサシ等の繁殖について情報を把握していたであろうし，専門家である沖縄野鳥の会では以前からコアジサシ等の繁殖活動を確認していたのであるから，事業者が本件省令９条の規定を履践していたならば，容易に絶滅危惧種であるコアジサシ等の繁殖活動と基礎的な情報を入手し得たはずであるが，これを怠った結果，これらの情報が本件評価書に記載されず，免許権者である被告県知事もこれを看過している。また，トカゲハゼについても，新港地区埋立事業によるトカゲハゼの生息状況の経過に対する資料を全く検討せず，専門家からの科学的知見の聴取をしたとの記載もない。これらの経緯から，鳥類及びトカゲハゼに関する本件環境影響評価は，本件省令９条１項２号に違反している。
ｃ本件省令９条１項２号に加え，同項４号は，調査地点について，「調査すべき情報の内容及び特に環境影響を受けるおそれがある対象の状況を踏まえ，地域を代表する地点その他の調査に適切かつ効果的であると認められる地点」と規定している。
しかし，貝類及び底生生物調査において，事業者が浅海域の調査に当たり，文献その他の資料の入手に努力したり，専門家から情報提供を受けたり，地域を代表する地点その他の調査に適切かつ効果的であると認められる地点を適切に調査したとは到底考えられない。前記浅海域では，本件評価書作成途中である平成１１年ごろから底生生物の専門家らの調査も開始されていたのであるから，その状況を専門家に問い合わせることも可能であったのであり，事業者がもし真剣にその努力をしていたならば，今回沖縄県レッドデータブックに登載された絶滅危惧種の全部又は一部の生息を把握し得たはずである。これらの作業をしなかったことは，本件環境影響評価は，貝類に関して本件省令９条に違反しているというべきである。
（ウ）鳥類についての本件省令違反
ａ本件省令７条２号違反
本件省令７条（調査，予測及び評価の手法）は，手法の選定に当たり，２号で，動物及び植物について，重要な種の分布状況，生息状況又は生育状況並びに動物の集団繁殖地その他の注目すべき生息地の分布状況について調査し，これらに対する環境影響の程度を把握できることを要求している。
本件評価書では，重要な種の例として，貴重種等の状況としてカイツブリ以下１１種を列挙し（５－２９８頁），工事及び埋立地の存在によるこれらを含む鳥類への影響については，いずれについても生息環境は相当程度保全されるとしている（５－３２７頁，３２８頁）が，その理由とするところは，埋立予定地の周辺域に干潟や浅場が残ることを挙げているにすぎず，例えば重要な種とされているシロチドリやコアジサシについて，なぜその生息環境は相当程度保全されるのか全く記載されておらず，本件省令７条２号に違反する。
ｂ本件省令７条３号違反
本件省令７条３号は，地域を特徴づける生態系に関し，上位性，典型性，特殊性の視点から注目される動植物の種又は生物群集を複数抽出し，これらの生態，他の動植物との関係又は生息環境若しくは生育環境を調査し，これらに対する環境影響その他の生態系への環境影響の程度を適切に把握できること，を要求している。
本件評価書では，生態系について「上位性」欄にムナグロを記載し（５－４０９頁），工事による影響予測として「影響の程度は低減されている」，埋立地の存在による影響予測として「影響は比較的小さい」としている（５－４２３頁，４２４頁）が，なぜ影響は比較的小さいといえるのか全く分からない。ムナグロについては，極めておおざっぱな生息環境，食性が記述されているが（５－４２０頁），本件省令７条３号の要求する「生態，他の動植物との関係又は生息環境若しくは生育環境」はほとんど調査されておらず，したがって，ムナグロに対する環境影響その他の生態系への環境影響の程度を適切に把握できる調査がされたとは到底いえない。その他，本件評価書における鳥類の出現種類数が少ないなど，現況を十分反映していないことも，結局は調査回数，調査時期の選定などに誤りがあったためであり，これは本件省令９条（調査の手法）１項５号（調査期間，時期又は時間帯について適切かつ効果的でなければならない），同条３項（調査について季節変動を考慮する必要がある場合には適切に調査期間を選定すること）などの要求に従っていないことに起因している。以上から，本件で行われた鳥類調査は，本件省令７条３号等に違反している。
（エ）貝類についての本件省令違反
カ記載のとおり，本件埋立計画地面積の７０パーセントに当たる１３０ヘクタールの浅海域（潮下帯）について，底生生物調査はわずか２か所しか行われていない。そのうち現在埋立てが進行している第Ⅰ区域についてはわずか１か所の調査である。このような調査方法の誤りにより，調査結果自体，現況を反映していないものとなっている。しかも，本件埋立免許及び承認後の事業者調査によっても，これら浅海域から沖縄県レッドデータブックに登載された絶滅危惧種が１１３種（このうち底生生物は，甲殻類１１種，貝類９９種を含む。）見つかっており，同海域は希少種が多く生息している貴重な生態系であることが明らかとなって
いる
ａ本件省令７条違反
本件省令７条２号では，動植物について「学術上又は希少性の観点から重要な種の分布状況，生息状況又は生育状況…並びに動物の集団繁殖地その他の注目すべき生息地の分布状況について調査し，これらに対する環境影響の程度を把握できること。」とし，同条３号では，生態系について「前号の調査結果その他の調査結果により概括的に把握される生態系の特性に応じて…，典型性…及び特殊性…の視点から注目される動植物の種又は生物群集を複数抽出し，これらの生態，他の動植物との関係又は生息環境若しくは生育環境を調査し，これらに対する環境影響その他の生態系への環境影響の程度を適切に把握できること。」と規定している。
しかし，前記のとおり，底生生物調査が余りにもずさんな結果，上記本件省令７条２号及び３号の要求を満たす調査は行われておらず，環境影響の程度等を把握できる水準に達していない。
ｂ本件省令８条違反
（ａ）本件省令８条１項は，事業者は，対象埋立て又は干拓事業に係る環境影響評価の調査及び予測の手法（標準項目に係るものに限る。）を選定するに当たって，本件省令別表第二に掲げる標準手法を基準として選定しなければならないとするところ，別表第二は，「重要な種及び注目すべき生息地」及び「地域を特徴づける生態系」に対する環境影響について，第２の３（２）イ（ウ）記載のとおり規定している。


ここで，「重要な種」とは，学術上又は希少性の観点から重要なものをいい，「注目すべき生息地」とは，学術上若しくは希少性の観点から重要である生息地又は地域の象徴であることその他の理由により注目すべき生息地をいい，「注目種等」とは，地域を特徴づける生態系に関し，上位性，典型性及び特殊性の視点から注目される動植物の種又は生物群集をいう，とされている。
（ｂ）本件埋立計画地内の浅海域には，前記のとおり，沖縄県レッドデータブック登載種が１００種以上生息することが確認されており，これらレッドデータブック登載種やその生息地である本件埋立計画地内の浅海域が，「重要な種及び注目すべき生息地」や「複数の注目種等」に該当することは明らかである。
したがって，自然環境の調査に当たっては，「動物相の状況」，「動物の重要な種の分布，生息の状況及び生息環境の状況」，「注目すべき生息地の分布並びに当該生息地が注目される理由である動物の種の生息の状況及び生息環境の状況」，「複数の注目種等の生態，他の動植物との関係又は生息環境若しくは生育環境の状況」などの調査項目を調査するために，別表第二が調査地点として掲げる「環境影響を予測し，及び評価するために必要な情報を適切かつ効果的に把握できる地点」を適切に調査すべきであったにもかかわらず，本件環境影響評価においては，本件埋立計画地のうち約１３０ヘクタールの浅海域においてわずか２か所で底生生物調査を行ったのみであり，これが本件省令８条の規定に従った自然環境調査であるとは到底いえない。
（４）本件埋立事業等の合理性の欠如
ア公有水面埋立法は，免許及び承認の要件として，「国土利用上適正且合理的ナルコト」との要件を要求している（同法４条１項１号，４２条３項）。また，地方自治法及び地方財政法の規定も，地方公共団体の事務について，経済的な合理性を要求している（地方自治法２条１４項，地方財政法４条１項等）。
しかし，本件埋立事業等の目的とされる，①浚渫土砂の処理，及び，②マリンシティ泡瀬というマリーナ・リゾートの建設は，いずれも法が要求する合理性を有するものとはいえない。
イ浚渫土砂処理目的の合理性の欠如
（ア）新港地区東埠頭浚渫工事（新港地区航路浚渫工事）に要求される
必要性の程度
政府が新港地区東埠頭浚渫工事の土砂捨場として泡瀬の埋立てを行うという形で直轄工事として参加するということを決めた経緯及び工事の計画状況から，二つの工事は不可分一体であることが明らかである。そして，本件埋立事業等の対象が極めて貴重・重要な自然環境である泡瀬干潟であることを考慮すると，これらと密接不可分の関係にある東埠頭浚渫工事に要求される必要性の程度も高度のものでなければならない。（イ）新港地区埋立事業の問題点と東埠頭浚渫工事の必要性新港地区埋立事業は，土地の分譲について極めて不成績な状態となっている。また，東埠頭の浚渫工事は，１３メートルの深さを要する大型船の航路確保を目的としているが，大型船を必要とする企業は新港地区にはない。西埠頭においても１３メートルの深さがあり，大型船の来航が可能であるが，大型船は来航していない。さらに，特別自由貿易地域指定用地では，独立採算制であるにもかかわらず赤字分を県債で調達し，分譲するはずの工場を賃貸とし，しかも値引きをしている。このような状況において，大型船の航路確保を目的とする東埠頭の浚渫工事を行う必要性はない。
（ウ）自由貿易政策の観点と東埠頭浚渫工事の必要性また，東埠頭浚渫工事を必要とする理由として，特別自由貿易地域政策を将来にわたって推進する点が挙げられるところ，この自由貿易地域振興モデルの成否のポイントは，関税免除という恩恵が輸入と輸出を拡大するほどの効果をもたらすものであるか否かという点にある。しかし，そもそも我が国の関税品目は限られており，また，沖縄県の輸入額は元々大きくなく，関税免除という恩典だけで，輸入額・輸出額の増加は見込めない。沖縄のように，本土からの移入がほとんどを占め，他のアジア諸国に比して労賃コストが高く国際競争力が弱く，元々関税免除メリットが乏しい地域を自由貿易地域に指定したこと自体が間違いである。
先行事例として那覇地区の自由貿易地域があるが，多大な費用を掛けたにもかかわらず，失敗に終わっている。
よって，新港地区の特別自由貿易地域政策が失敗に終わることは，平成１２年の埋立免許承認当時，既に予測できたことであるから，自由貿易政策の観点からも，東埠頭の浚渫工事は不要である。
（エ）地域振興目的と東埠頭浚渫工事の必要性
さらに，東埠頭浚渫工事・泡瀬地区埋立工事における浚渫・埋立作業は，海上での機械・重機・運搬車による土砂搬出と運搬作業が主で，そのオペレーターと補助要員程度の労働力で作業が可能であるため，浚渫・埋立工事による雇用効果は小さい。
また，東埠頭浚渫工事・泡瀬地区埋立工事において，浚渫・埋立工事を受注する業者は，浚渫能力の高いポンプ浚渫船を保有する本土の一部の大手港湾建設会社に限られる。主要な工事以外の岸壁築造や運搬仮設道路，埋立後の基盤整備工事など比較的小規模の工事は，沖縄県内の企業が受注する可能性が高いが，沖縄県内の経済波及効果や雇用効果は小さい。
上記のような，東埠頭浚渫工事・泡瀬地区埋立工事について沖縄県内の経済波及効果や雇用効果は小さいことは，平成１２年当時，容易に予測できたことである。よって，地域振興目的からも，東埠頭浚渫工事・泡瀬地区埋立工事は不要である。
（オ）小括
そもそも，浚渫土砂を生じさせる新港地区のＦＴＺ構想そのものに合理性が存しないのであり，新港地区から発生する浚渫土砂を，極めて重要な自然環境である泡瀬干潟に廃棄（埋立て）しなければならないような合理性・必要性が存しないことは明らかである。
ウマリーナ・リゾート建設の合理性の欠如
（ア）本件埋立必要理由書記載の宿泊需要の欺瞞性
本件埋立事業等の土地利用計画の中心となるのは，約１８７ヘクタールの埋立後の利用面積のうち，昀大の３７万２８８６平方メートルを占める，四つのホテルやコンドミニアム，コテージで構成される宿泊施設建設用地である。


この点につき，本件埋立事業等に関する埋立必要理由書（甲２５。以下「本件埋立必要理由書」という。）は，「当該（泡瀬）地区の宿泊施設用地は，平成１８年に沖縄本島中部地域（浦添市及び西原町以北から，読谷村及び石川市（当時。以下同じ。）以南の１３市町村）で不足する１５７千人分の需要量のうち，１０７千人分を受け持つものである。」とし（１－６９頁），平成１８年には，沖縄本島中部地域において，１５万７０００人分の不足する宿泊の需要があるとしている。しかし，本件埋立必要理由書が引用する「重点整備地区整備計画調査報告書」（以下「本件整備計画調査報告書」という。）にあるデータに基づいて，本件埋立必要理由書がよって立つ考え方・計算方法を正しく用いた場合，以下のとおり，そもそも平成１８年に沖縄本島中部地域で１５万７０００人分の不足する宿泊需要量なるものは発生しない。ａ本件埋立必要理由書において，不足するとされる宿泊需要１５万７０００人分の計算の過程は，おおむね以下のとおりである。①平成１８年度における沖縄県全体の入域観光客数を６１６万人と推計した。
②中部地域における入域観光客数を，沖縄県全体の２０．１４パーセントとして，１２４万１０００人（６１６万人×２０．１４パーセント）と推計した。
③中部地域における平成１３年フレーム（本地区分を除く）によれば，１０８万４０００人を受け入れる施設があるので，中部地域において不足する宿泊施設供給力は，１５万７０００人分となる（１２４万１０００人－１０８万４０００人）。
④平成１８年度の沖縄市入域観光客数１７万８０００人のうち約６０パーセントが泡瀬地区に来ると仮定して，平成１８年度の泡瀬地区入域観光客数は，１０万７０００人（１７万８０００人×６０パーセント）と推計した。
⑤以上から，中部地域で施設が不足する需要人数１５万７０００人のうち，１０万７０００人を泡瀬地区が受け持つとしている。そして，平均滞在日数を５．２７泊として，入域観光客数１０万７０００人に乗じ，泡瀬地区年間利用人数を５６万３８９０人泊と算定し，これに基づき１２７５室という推定をしている。ｂ本件整備計画調査報告書は，バブル経済絶頂期である平成２年に策定された「リゾート沖縄マスタープラン」や，平成３年１１月に承認された総合保養地域整備法（通称「リゾート法」）に基づく「基本構想」を，具体的な地域においてどのように展開していくかを検討したものであり，「塩谷・奥間海岸地区」，「本部地区」，「北部東海岸地区」，「与勝海岸地区」及び「南部海岸地区」の５地区についての開発の基本的な方向を検討したものであって，埋立工事の対象となる「泡瀬地区」を直接の検討の対象としたものではない。また，同報告書が作成された平成４年３月ころは，バブル経済の崩壊が景気に与える影響について軽視されており，バブル経済の余韻をそのまま引きずっていた時期である。現に同報告書には，バブル経済の崩壊という文言は一言も出てきておらず，バブル経済絶頂期に策定された「リゾート沖縄マスタープラン」の見直しに言及する記載も皆無である。ｃ本件整備計画調査報告書の「Ⅳ．開発フレーム」項目には，「平成１２年を目標とするリゾート沖縄マスタープラン（平成２年沖縄県）では，観光・リゾート入込客の計画フレームを基本構想は各プロジェクトとの整合を図りつつ，５００～６００万人と設定した。しかしながら，県下市町村においてはリゾート法に基づく特定民間施設以外にもリゾート開発計画が旺盛を極めている状況にあることから，平成１２年における観光・リゾート宿泊施設の供給過剰が見込まれる。これらの計画プロジェクトを全て認めることとなると，地域キャパシティ（水やゴミ処理等生活関連インフラ，地域特性をいかしてバランスのとれた産業振興を図る上で必要な産業別の労働力の確保等）を超えることが懸念されるとともに，観光リゾート市場の需給バランスが大幅に崩れ，新規事業者のみならず，既存業者にも深刻な影響を及ぼすことが懸念される。以上の実情に鑑み，計画フレーム５００～６００万人に対応した適正規模のリゾート開発を推進するためには，各市町村が持つ受入容量（キャパシティ）に十分配慮した施策展開が肝要であるので，それに見合った宿泊客数もしくは宿泊施設に関するフレームを検討し，調和と秩序のとれたリゾート開発に努める必要がある。」と記載されている。
上記は，要するに，このままだと宿泊施設が供給過剰の状態となってしまうので，ある程度整理をして，供給過剰にならないようにコントロールをする必要がある，という内容である。
ここでは，本件埋立事業等に関する本件埋立必要理由書に記載されているような，不足する宿泊需要（入込客に対し宿泊施設の方が不足する事態を意味する）なるものは全く念頭に置かれていない。ｄそして，本件整備計画調査報告書は，建設中又は計画中のリゾート計画について，重点整備地区の特定民間施設，公共団体が推進するリゾート計画，メインコア（メインコア整備計画調査（平成３年３月沖縄県）において，各重点整備地区の整備目標との整合を図りつつ，メインコアベルトゾーンにおける各プロジェクトに係る宿泊需要の配分を行ったもの，とされている。），これら以外のリゾート計画などに分類をし，地区別リゾートフレームについて下記のとおり九つのシミュレーションケースに基づき地区別の入込客数を算出している（入込客数の算出方法は，既存又は計画されている宿泊施設ごとの収客可能数に一定の稼働率を乗じ，更に一定の平均滞在泊数を乗じる方法で算出している。）。
①シミュレーションケース１
既存ホテル＋許可済プロジェクト
②シミュレーションケース２
既存ホテル＋許可済プロジェクト＋特定民間施設
③シミュレーションケース３
既存ホテル＋許可済プロジェクト＋特定民間施設＋公共プロジェ
クト（３０パーセント）
④シミュレーションケース４
既存ホテル＋許可済プロジェクト＋特定民間施設＋公共プロジェ
クト（３０パーセント）＋本申請中プロジェクト
⑤シミュレーションケース５
既存ホテル＋許可済プロジェクト＋特定民間施設＋公共プロジェクト（３０パーセント）＋本申請中プロジェクト＋メインコア
⑥シミュレーションケース６
既存ホテル＋許可済プロジェクト＋特定民間施設＋公共プロジェクト（３０パーセント）＋本申請中プロジェクト＋メインコア＋事
前協議済プロジェクト
⑦シミュレーションケース７
既存ホテル＋許可済プロジェクト＋特定民間施設＋公共プロジェクト（１００パーセント）＋本申請中プロジェクト＋メインコア＋
事前協議済プロジェクト
⑧シミュレーションケース８
既存ホテル＋許可済プロジェクト＋特定民間施設＋公共プロジェクト（１００パーセント）＋本申請中プロジェクト＋メインコア＋
事前協議済プロジェクト＋事前協議中プロジェクト
⑨シミュレーションケース９
既存ホテル＋許可済プロジェクト＋特定民間施設＋公共プロジェクト（１００パーセント）＋本申請中プロジェクト＋メインコア＋事前協議済プロジェクト＋事前協議中プロジェクト＋事前協議に向
けて申請中＋計画内容を把握せず


ｅ本件埋立必要理由書は，平成１８年における沖縄県全体の入域観光客数に占める中部地域の入域観光客数割合２０．１４パーセントについて，本件整備計画調査報告書の平成１２年における推計比率（上記ケース６とケース９の平均）を用いたとしている。
ケース６とケース９の平均を用いて推計比率を算出するということは，ｄの⑥と⑨の平均，すなわち，既存ホテル（１００パーセント），許可済プロジェクト（１００パーセント），特定民間施設（１００パーセント），公共プロジェクト（６５パーセント＝（３０パーセント＋１００パーセント）÷２），本申請中プロジェクト（１００パーセント），メインコア（１００パーセント），事前協議済プロジェクト（１００パーセント），事前協議中プロジェクト（５０パーセント），事前協議に向けて申請中（５０パーセント），計画内容を把握せず（５０パーセント）という，既存又は計画されていた宿泊施設について，地区別の入込客数を算出（その際上記各割合を乗じる）した合計（これにより沖縄県全体の入込客数が算出される。）のうち，中部地区が占める割合を算出することを意味している。
そうであるところ，本件整備計画調査報告書の数字をもとに計算すると，ケース６とケース９の平均は以下のとおり２０．２パーセントとなる。
（ａ）沖縄県全体６６４万０５００人
（（５６６万２０００人＋７６１万９０００人）÷２＝６６４万０５００人）
（ｂ）中部地区（地域）１３４万１５００人
（（１１１万６０００人＋１５６万７０００人）÷２＝１３４万１５００人）
（ｃ）沖縄県全体の入域観光客数のうち中部地域が占める割合２０．
２パーセント
（１３４万１５００人÷６６４万０５００人×１００２０．２≒０）
ｆ本件埋立必要理由書では，上記割合が平成１８年にも妥当するものとの前提に立った上で，推計した平成１８年の沖縄県全体の入域観光客数６１６万人に上記割合を乗じて，平成１８年の中部地域入域観光客数を１２４万１０００人と推計している。
ｇところで，本件整備計画調査報告書では，公共プロジェクトの中に既に東部開発計画（本件埋立事業等に相当する。）が含まれているため，上記１２４万１０００人の中には，東部開発計画において計画されている宿泊施設の収客可能数に一定の稼働率を乗じ，更に一定の平均滞在泊数を乗じる方法で算出した入込客数のうちの６５パーセント（ケース６（３０パーセント）とケース９（１００パーセント）の平均）が計算の過程の中で含まれていることになる。
しかるに，本件埋立必要理由書は，この点について何ら言及することなく，中部地域における平成１３年フレーム（本地区分を除く）は１０８万４０００人であり，将来入域観光客数１２４万１０００人に対し，１５万７０００人分の宿泊施設が不足すると結論付けている。１２４万１０００人の中に既に東部開発計画において計画されている宿泊施設をもとに算出される入込客数が一定の割合で含まれているときに，これを考慮に入れない入込客数との差を求めれば，上記入込客数が不足することは当然である。
この点に関し，本件埋立必要理由書は，中部地域における入込客数のうち東部開発計画において計画されている宿泊施設をもとに計算した入込客数を控除した入込客数を意図的に操作することにより，いかにも不足する宿泊需要が存在するかのようなごまかしをしている。ｈ本件埋立必要理由書によれば，平成１８年に中部地域で不足する宿泊需要のうち１０万７０００人を泡瀬地区で受け持つというのであり，結局，泡瀬地区は泡瀬地区自体の魅力で１０万７０００人という宿泊客を集客しなければならないこととなるが，そのような検討は全くされていない。
ｉ本件埋立必要理由書の論理構成は，平成１８年の中部地域の将来入域観光客数である１２４万１０００人を計算するときにはケース６とケース９の平均を用いて計算しておきながら，他方では，平成１８年までには，ケース６以上の宿泊施設は一切実現しない，仮に実現したとしても，泡瀬地区以外の新規の宿泊施設には全く観光客は宿泊せず，そのすべてを泡瀬地区に宿泊させるという前提に立つものであり，よって立つ前提が矛盾している，又は全く根拠がなく妥当でない。ｊ以上より，本件埋立必要理由書が引用する本件整備計画調査報告書にあるデータに基づいて，本件埋立必要理由書がよって立つ考え方に倣い，明らかに不合理な計算方法を是正した場合には，そもそも平成１８年に沖縄本島中部地域で１５万７０００人分の不足する宿泊需要量なるものが発生しないことは明白である。
（イ）埋立必要理由書記載の沖縄市の将来入域観光客数（平成１８年）
の欺瞞性
本件埋立必要理由書は，将来入域観光客数１２４万１０００人に対し，１５万７０００人分の宿泊施設が不足するとした上で，これら将来不足する宿泊需要を市町村別入域客増加数を参考に推計すると，平成１８年における中部地域全体での入域観光客数１２４万１０００人のうち沖縄市の入域観光客数は１７万８０００人と推計されるとしている。しかし，この１７万８０００人という数字については，その推計の過程が不明であり，全く根拠のない数字といわざるを得ない。また，本件埋立必要理由書では，上記の根拠不明の沖縄市入域観光客数１７万８０００人のうち６０パーセントが泡瀬地区に入域することを前提として，泡瀬地区入域観光客数を１０万７０００人と推計しているが，この６０パーセントの根拠が不明であるため，泡瀬地区入域観光客数を１０万７０００人と推計することはできない。
（ウ）平均滞在日数の欺瞞性
本件埋立必要理由書は，入域観光客につき一人当たり５．２７泊の平均滞在日数（泊数）を見込んでいるとしている。しかし，バブル経済絶頂期の平成２年の実績をもとに設定された平均滞在泊数を，その後の時代の変化，平均滞在泊数の減少傾向という厳然たる事実を考慮することもなく，平成１２年の申請の際にも漫然と採用していることに合理性などあるはずがなく，本件埋立必要理由書が用いている平均滞在日数には合理性はない。
（エ）その余の土地利用計画も成り立たないこと（施設の設置主体がないこと）


沖縄市による埋立地への立地予定希望調査アンケートの結果によれば，平成５年は回答のあった１１５社のうち立地希望は３３社であり，平成８年は回答のあった８４社のうち立地希望数は公開拒否されており，平成１２年は１８社のうち立地希望者は２社と公表されている。また，本件埋立必要理由書では，設置主体等として，栽培漁業施設用地については中城湾沿岸漁業推進協議会，海洋研究施設用地については琉球大学などと記載されているところ，平成１３年７月ごろの調査によると，中城湾沿岸漁業振興推進協議会は，「今の組織で管理運営は厳しい。資金面も無理」と否定的であり，琉球大学施設部では，「そのような施設計画はない」と否定しているなど，施設の設置主体がなく，本件埋立必要理由書の記載は架空である。
（オ）「中城湾港泡瀬地区開発事業の推進にかかる確認作業結果につい
て」の欺瞞性
沖縄県及び沖縄市が平成１４年３月に作成した「中城湾港泡瀬地区開発事業の推進にかかる確認作業結果について」（乙７）は，「将来の観光客数予測については，既存のリゾート地の場合は，過去の実績を基にある程度予測可能であるが，新設されるリゾート地の場合は，関連施設整備等の魅力創出の在り方等によって比較的優位性も異なってくることから，既存のリゾート地に比べ難しいのが実情である。そのため，現計画においては，便宜的な方法として，沖縄県の入域観光客数６１６万人のうち，１０７千人を泡瀬地区に配分し，一人当たり目標平均滞在日数５．２７泊を乗じて年間５６万人泊の需要を設定し，稼働率を勘案の上，必要宿泊室数を１２７５室と算定している。」としている。沖縄県と沖縄市は，同書において，本件埋立必要理由書記載の土地利用計画における需要は，便宜的な方法によって作出したものであること，また，平均滞在日数５．２７泊も単なる目標値であることを自白しているのである。さらに，同書は，「しかし，昨今の観光パックツアー等の実情では，１回の旅行で複数の県内観光地に宿泊する場合も多く，単に入域観光客数に平均滞在日数を乗じて年間宿泊需要を算出する従来の方法は，必ずしも観光の実態に即したものとはいえない面がある。このため，今回の確認作業においては，宿泊施設用地規模の算定に直接関連する年間宿泊需要５６万人泊及び宿泊施設計画室数１２７５室を対象として検証することとする。」としている。本件埋立必要理由書で行った需要の推計が時間的経過を踏まえても正しいか否かを再確認するのが主目的であるのであるから，本件埋立必要理由書にて需要を推計した手法に時的要因（時間が経過したことから生じた要因）を加味して再検証するという手法が本来とるべき手法のはずであるが，沖縄県と沖縄市は，本件埋立必要理由書にて需要を推計した手法をもはや放棄してしまっている。その検証の中身についても，同書では，５６万人泊及び宿泊施設計画室数１２７５室については努力すれば実現の可能性はあるとの論調に終始するだけで，どのようなデータに基づきどのような宿泊需要があるため，５６万人泊及び宿泊施設計画室数１２７５室という規模の宿泊施設を建設する必要があるのかという検討は全くされていない。
（カ）沖縄市の財政負担
ａ本件埋立事業等と中部圏経済の活性化等について
本件埋立事業等は，国際リゾート拠点の形成，海洋性レクリエーション活動拠点の形成を目指していることや，本件埋立事業等の土地利用計画においても宿泊施設用地と観光商業施設用地の割合が高いことを考えると，被告らは，こうした宿泊・集客施設を誘致することで本島中部経済圏の活性化及び新たな雇用を確保し，沖縄県の均衡ある発展を目指そうとしていると考えられる。しかし，現状では，沖縄県の宿泊施設は那覇市を中心とする南部地域と名護市，恩納村などの北部に集中しており，沖縄本島の収容人員約５万人のうち，中部圏は１万人弱，沖縄市は１５００人（約３パーセント）でしかなく，元々沖縄市に宿泊の需要は少ない。
また，いわゆる格安パックなど宿泊単価を低額化することで宿泊客を誘致する方法があるが，この方法による集客は沖縄県全域で進んでおり，観光客数だけみれば昭和５１年と平成１３年を除いて順調に伸びており，平成１７年には５５０万人に達しているが，一方，平成１３年ころから観光収入は頭打ちであり，観光客一人当たりの消費額についても，ピーク時の９万円（平成１０年）に比べ現在は２万円近くも減少している。
さらに，市中心部から離れた所に新たな用地を造成し施設を誘致しようとする施策は，市経済の発展にとってマイナスとなる可能性が高い。
ｂ本件埋立事業等の沖縄市財政へ及ぼす危険性について約１８４億円が埋立地の購入費用として予定されているが，これは，沖縄市の地方債残高約４０２億円の約４６パーセント，税収約９７億円の約２倍，歳出総額４１２億円の約４５パーセントに当たる金額であり（いずれも平成１６年度），沖縄市にとって極めて負担の大きな金額である。沖縄市の財政状態をみると，地方債残高が年々増加しており，平成２年度には１６１億６２５４万円であったのが，平成１６年度には４０２億００５８万円と２倍以上に増加している。本件埋立事業等が失敗し，埋立地の購入費を沖縄市の一般会計で負担することとなった場合，沖縄市は財政再建団体になる可能性が高い。その場合，生活保護等，沖縄市の福祉サービスに依拠している住民に多大な影響を及ぼすことになる。このような危険性は，平成１２年における本件埋立免許及び承認の当時，既に予測できたことである。
（キ）小括
以上より，本件埋立必要理由書の宿泊需要の予測は全くでたらめであり，その余の土地利用計画のうち，少なくとも海洋研究施設用地等については架空の利用計画と評価せざるを得ない。そして，そのような用地で新規に創出される雇用に対する就業者を当て込んだ住宅用地の需要についてもでたらめと評価せざるを得ない。このようなでたらめな本件埋立必要理由書記載の土地利用計画を目的とする本件埋立事業等が，公有水面埋立法４条１項の「国土利用上適正且合理的ナルコト」との要件を欠き，また，地方自治法，地方財政法の規定から要求される，経済的な合理性を欠くものであることは明白である。また，以上に述べたようなでたらめさを全く看過してされた本件埋立免許及び承認には，単なる違法というにとどまらず，重大かつ明白な違法があることは明らかである。
（５）甲事件財務会計行為の違法性について
ア地方自治法２条１４項及び地方財政法４条１項違反地方自治行政の基本的原則等を定めた地方自治法２条１４項は，地方公共団体は，その事務を処理するに当たっては，住民の福祉の増進に努めるとともに，昀少の経費で昀大の効果を挙げるようにしなければならない旨規定している。そして，この昀少の経費による昀大の効果の原則を予算執行の立場から表現した規定が地方財政法４条であり，同条１項は，地方公共団体の経費は，その目的を達成するための必要かつ昀少の限度をこえてこれを支出してはならない旨規定している。


しかし，（４）記載のとおり，本件埋立事業等が経済的な合理性を欠いているものであることは明らかであり，本件埋立事業に関する公金の支出，契約の締結ないし債務その他の義務の負担（甲事件財務会計行為）は，地方自治法２条１４項及び地方財政法４条１項に反する。
イ公有水面埋立法違反について
（ア）公有水面埋立法４条１項１号ないし３号違反
本件埋立免許及び承認は，以下のとおり，公有水面埋立法４条１項１号ないし３号に違反している。
ａ公有水面埋立法４条１項１号違反
本件埋立計画地は，自然環境上極めて価値が高く，他にかけがえのない干潟及び浅海域である。また，地元住民が自然と触れ合う地域・海域であり，環境教育にとっても重要である。生物多様性条約，ラムサール条約，各二国間渡り鳥条約による生物多様性の保全や湿地の保全，渡り鳥の保護確保の要請や，生物多様性国家戦略などの国内政策の観点からも，本件埋立事業等はこれらと相容れない。また，被告県知事等が本件埋立事業等の根拠としている観光客誘致等の構想や，その他，本件埋立事業等に合理性が欠けることについては，（４）記載のとおりである。
以上から，本件埋立免許及び承認は，公有水面埋立法４条１項１号に違反している。
ｂ公有水面埋立法４条１項２号違反
（３）記載のとおり，本件環境影響評価は，動植物，生態系を中心とした環境影響評価の各環境要素について，調査，予測及び評価のいずれの段階でもずさんであり，非科学的，主観的であり，本件省令等の規定に違反し，適正な環境影響評価がされたとはいえない。被告県知事の環境保全に関する審査もずさんであり，免許権限の行使を誤った違法がある。
本件環境影響評価においては，準備書の段階で専門委員の意見を聞いているとされているが，評価書段階では専門的な知見に基づく評価書の審査はされていない。また，その後，免許審査に際しても，本件評価書に関する専門的・実質的な「環境配慮」に関する審査はされていない。
環境影響評価法３３条１項及び３項は，免許権者は環境影響評価書の記載事項等に基づいて環境の保全についての適正な配慮がされるものであるかどうかを審査する旨規定しているが，この趣旨は，免許権者は評価書等に基づいて，対象事業が環境の保全について適正な配慮がされるものであるかどうかについて審査し，その結果を免許に反映する旨を定めるものとされ，適正な配慮がされるものであるかどうかの判断の具体的な内容は，①環境保全上の支障を生ずるおそれがないかどうかという水準においてされるものであり，環境保全上の支障とは，具体的には，保全すべき自然環境が保全されないことといったものがこれに当たるとされている。また，②評価書作成までの一連の手続の瑕疵により重要な環境情報が見落とされ，その情報への配慮を欠く結果，環境保全上の支障が生じるおそれがある場合等には，手続の適否も免許に反映されることとなる。
同法３３条による「環境の保全についての適正な配慮」についての審査は実質的なものであり，審査に当たっては専門的知識と知見が必要であるが，本件環境影響評価においては，評価書段階でも，免許審査に際しても，本件評価書に関する専門的・実質的な環境配慮に関する審査はなかった。また，前記のとおり，本件環境影響評価における調査・予測においても，本件省令の規定に違背する手続の瑕疵があり，この結果重要な環境情報が見落とされ，その情報への配慮を欠き，環境保全上の支障が生じるおそれがある状況となっており，したがって手続の適否も免許等に反映されることとなる。
以上のとおり，本件においては，公有水面埋立法４条１項２号の免許要件である「環境保全…ニ付十分配慮セラレタル」について必要な審査がされているとはいえず，本件埋立免許及び承認は同号に違反している。
ｃ公有水面埋立法４条１項３号
本件埋立計画地の海域は，環境省指定に係る重要湿地５００選に指定される重要な干潟であり，また，沖縄県「沿岸域における自然環境の保全に関する指針（沖縄島編）」において，自然環境の厳正な保護を図る区域である評価ランクⅠ及び自然環境の保護・保全を図る区域である評価ランクⅡに位置付けられている。
これらは直接的な法律や条例による指定ではないが，前者は環境基本法に基づく環境基本計画上の１施策であり，後者は沖縄県環境基本条例（平成１２年４月１日施行）により沖縄県が推進する自然環境保全の施策の一つであり，いずれも法律や条例に根拠を有している。しかも，同海域は各種法制度により保全が図られなければならない海域であることは明らかである。
これらからは，本件埋立事業等による埋立地の用途が環境保全に関する国の法律に基づく計画に違背しないとの公有水面埋立法４条１項３号所定の要件を欠くというべきであり，本件埋立免許及び承認は同号に違反している。
（イ）財務会計上の行為の違法性
ａ財務会計上の行為の違法性について
（ア）記載のとおり，公有水面埋立法４条１項１号ないし３号に違反してされた本件公有水面埋立免許及び承認には，違法又は重大かつ明白な違法があり，公有水面埋立法に違反する本件埋立事業等に関する財務会計上の行為も違法となる。
ｂ違法性の承継について
先行する原因行為に違法事由が存する場合，後行行為である財務会計上の行為に際し，財務会計法規上の義務違反（長の場合には当該地方公共団体に対して負担する誠実執行義務違反で足りると解される。）がありさえすれば，当該財務会計上の行為が違法となる。この点，被告県知事は，先行行為に重大かつ明白な違法がなければ，これを原因とする財務会計上の行為が違法となるわけではない旨主張するが，このような「重大かつ明白な瑕疵（違法）」の要件は不要であって，財務会計上の行為の原因となる行政行為に違法な瑕疵があり，かつ，同財務会計上の行為の主体がその原因行為たる行政行為の主体（処分庁）に対して，当該行政行為の取消等を求め得る立場にあるのに，これを経ないでなされる財務会計上の行為は，処分庁が当該行政行為の取消権をもはや行使できないなどの特段の事情がない限り，それ自体違法性を帯びるものと解するのが相当である（佐賀地方裁判所平成１１年３月２６日判決・判例地方自治１９１号６０頁参照）。本件では，本件埋立事業の免許及び承認権者は，港湾管理者である沖縄県の長たる被告県知事である。そして，同じく沖縄県の長たる被告県知事には，公有水面埋立法３２条１項等により，免許及び承認の取消権が与えられている。したがって，本件においては，本件埋立免許及び承認の違法（公有水面埋立法違反）により，本件埋立事業に係る甲事件財務会計行為自体が違法性を帯びることとなる。