(3)本件採石場における採石事業は私企業である原告の利潤追及のための事業活動にほかならず，本件桟橋は本件採石場からの石材積出のみを目的として設置されるものであり，不特定多数の公衆による利用を目的とする施設に当たらないことは明白である。
しかし，一般公共海岸区域の占用許可は必ずしも公共的な施設の設置の場合にしか認められないとする根拠はない。すなわち，海岸法は一般公共海岸区域に施設または工作物を設置する行為を許可制にしているが，施設または工作物の種類や用途を制限していないのであり（同法３７条の６第１項は禁止される行為すなわち許可を与えることができない行為として，海岸管理者が設置した施設または工作物の損傷，油その他による海岸の汚損，自動車，船舶等の放置等のほか，その他海岸の保全に著しい支障を及ぼすおそれがある行為として，海岸法施行令１２条の４により，土石，土砂の投棄，動植物の生育地における地表の剥離等が掲げられているが，本件桟橋の設置がこれらの禁止行為に当たらないことは明らかである），海岸法の目的とする海岸の保全，海岸環境の保全及び公衆の利用に反しない限り，特定の私人，私企業による営利目的の占用も許可の対象になり得ると解される。
被告県は，海岸法１１条に基づき，許可を得て海岸を占用する者が納付すべき占用料に関し，鹿児島県海岸占用料等徴収条例（平成１２年３月２８日条例第６７号）を制定しているところ，占用料納付の対象として，農地，採草放牧地，宅地，倉庫，工場，造船所，事務所，店舗，鉱工業用地の仮設工作物，材料置場，土木建築用地の仮設工作物，材料置場，漁業用地の漁業用工作物，娯楽施設用地，遊船，露店，仮設興行場，広告宣伝施設用地の広告板，広告塔などのほか，桟橋，渡船場を掲げていることに照らし，私人の営業活動のための施設または工作物の設置が，制度上，原則として許可の対象外とされ，例外的にのみ許可されるとは解されない（前記のとおり，国有財産法が適用されていた当時の県管理規則においては，桟橋及び渡船場は娯楽施設の一種として定められ，一般公衆の利用を前提としていたと解されるが，現在の海岸法施行細則においてはこのような絞りはかけられていない）。
また，海岸法施行細則４条は行為の区分に応じて占用許可の期間を定め，海岸法３７条の４に規定する施設または工作物の設置による占用の期間を３０年以下としていることに照らし，設置する施設または工作物が一時的な仮設物でなければ許可の対象にならないと解することはできない。したがって，被告所長が，一般公共海岸区域の占用許可は公共的な利用を目的とする施設もしくは簡易で短期的な施設の設置の場合に限られ，一私企業の営業のための施設であり，大規模，堅固で長期使用を前提とする本件桟橋はこれに該当せず，一般公共海岸区域の用途又は目的を妨げるとしたのは，法令の趣旨を正解しないものというほかない。(4)本件採石場が存在するｂ島には，採石場近辺にｃ港及びｄ港があり，西端にｅ港があるため，これらの既存の港湾を積出港として利用することができるのであれば，本件採石場地先の一般公共海岸につき占用許可を得てこれに桟橋を設置するまでもないことは被告らが主張するとおりである。しかし，前認定のとおり，ｄ港やｃ港は多数の小型漁船等が係留され，出入りする小規模の漁港であり，大型の石材運搬船が出入りすることは客観的に不可能であるうえ，ｄ港及びｃ港を拠点として漁業を営む者を含む住民は，石材運搬船が各港を利用すること，本件採石場から両港までの石材運搬のために住民が生活道路として利用している島内一周林道を大型トラックが通行することに反対している。また，ｂ島西端のｅ港は被告県が管理する大型港であり，石材運搬船の寄港に支障はないけれども，同港まで石材を運搬するには島内一周林道をほぼ半周しなければならず，大型トラックの運行に沿線の住民がこぞって反対することは必至と認められる。ｃ港を中心として指定された港湾区域はｃ港の防波堤の外側にも広がっており，最短で本件採石場とは約６００ｍ離れているだけであることからすると，ｃ港に出入りする漁船の航行に支障を与えないように，防波堤の外側の海岸に桟橋を設置することが考えられる。しかし，この場合，短い距離とはいっても石材の陸上輸送が必要となり，依然として石材運搬車両の林道使用による住民の通行の支障や交通事故の危険があるうえ，ｃ港近辺の海岸と本件採石場地先の海岸とはほぼ同じような地形であり，わずか６００ｍ離れた場所に設置できるのに，本件採石場直近の地先海岸に設置できないとする理由はただ港湾区域に指定された範囲に入るかどうかという形式的な違いのみであって，海岸の保全，景観及び一般公衆の利用の観点において本質的な相違があるとは認められない。
(5)原告は本件採石場において岩石採取の事業を営むことの認可を得ているが，採掘した石材を近辺のｃ港またはｄ港ないしｂ島西端のｅ港まで運搬するために一周林道を使用することは，前記のとおり林道の沿線住民の同意が得られる見込みがないため，事実上不可能である。したがって，地先海岸に桟橋を設置することを不許可とするのは，原告が上記事業を営むことを禁止するに等しく，採石計画認可の意味を無に帰するということができる。
いったん不認可としたものの，公調委の裁定により取り消されたため最終的に認可処分をしたという経過であったにせよ，県知事が原告の採石計画を認可した以上，被告県はこれを前提として本件桟橋設置許可申請に対処すべきであり，本件桟橋の設置が採石計画を実行するための事実上唯一の手段である以上，海岸法の適用において許可することがどのようにしても不可能な場合でない限り，設置許可の方向で検討するべきであり，その意味において，許可するかどうかについての県知事の裁量は覊束されているというべきである。
(6)一般公共海岸区域の占用許可について，法令上地元自治体，住民及び関係諸団体の同意は許可の要件とされていない（海岸法施行細則は占用によって影響を受ける他の権利を有する者があるときは，その者の同意書または意見書の添付を求めているのみである）けれども，許可するかどうかの判断にあたり，占用許可により最も影響を受ける地元自治体等の意見を徴し，参考とすることは，県下の各自治体を統括する被告県としての重要な行政上の要請と解される。
ただ，地元自治体等の意見を徴し，参考とするに当たっては，当該意見が手続的に正しく形成され，表明されたものかどうか，内容的に首肯できる合理的根拠に基づいているかどうかについて，十分な吟味を経る必要があり，これをせずにただ地元の意見であるからというだけで，これを許可不許可を決する重要な要素とした場合，処分の客観的な違法評価を免れることはできない。


前認定のとおり，地元のａ町長は，桟橋の設置により漁船漁業への影響が懸念され，林道が積出用通路として使用されると住民の日常生活に支障が出るとして，桟橋設置には同意できない旨の同日付意見書を提出し，この意見書には，本件桟橋の設置に反対する旨のｃ集落，ｄ，ｆ及びｇ集落の代表者で構成される公民館役員会，漁協の各意見書が添付されたこと，同年８月２７日，ｂ島採石場設置及び積み出し施設設置反対連絡協議会という名称により，採石業及び海岸での積み出し施設建設に反対する旨の請願書が県知事に提出され，これにｃ，ｇ，ｆ及びｄ部落の住民の名簿が添付されていたことは前認定のとおりである。
しかし，ａ町長の意見書で指摘された漁業への影響については，本件採石不認可処分に対する公調委の裁定において，採石場からの泥水（汚濁水）の流出により水産資源の生息環境に悪影響が生じることを証明するに足りる証拠はないとされており，本件採石不認可処分の取消裁定及びこれに基づく県知事による認可処分によって決着はついており，石材搬出用の大型船の航行による小型漁船の安全に対する懸念についても，具体的な危険性は立証されていない。
また，林道使用による地元住民の支障については，本件採石場地先の海岸に桟橋を設けて搬出すれば，林道を通行しなくて済み，石材を陸上輸送し，付近のｃ港，ｄ港またはｂ島西端のｅ港から積出を行なう場合と較べて地元住民に与える影響ははるかに少なく，かえって，本件採石場からの石材搬出の方法として最も合理的なものということができる。そうすると，ａ町長の反対意見は客観的，合理的な根拠に基づくものとは認められない。
漁協については，原告は本件申請２に漁協の同意書を添付しているし，平成１１年６月２２日に漁協から出水土木事務所に架電がなされた結果新規の同意書は不要とされたことに照らし，当時の客観的状況として，漁協が桟橋設置に反対していたとは認められない。
近隣住民の反対については，本件申請２には本件桟橋の設置によって直接影響を受けるｃ及びｄ部落の住民の同意書が添付されており，このうちｃ部落の住民については，地権者でもあり採石に賛成している者も含まれているところ，ｂ島採石場設置及び積み出し施設設置反対連絡協議会の構成員名簿には以上のように採石に賛成した者が含まれており，この名簿の信用性には疑問があるといわざるを得ない（先の本件申請１には桟橋を本件採石場地先の海岸に設置するよう求める要望書が添付されていたことに照らすと，ｃ部落及びｄ部落の住民はむしろ本件採石場地先の海岸に桟橋を設置する方法を希望していたものと推認される）。
以上のとおり，地元自治体，住民，利害関係団体の各反対意見は，その内容及び成り立ちからして，これを不許可の方向に作用する重要な要素として考慮するのは適切ではなかったということができる。(7)なお，前記のとおり被告所長は海岸法改正前の本件申請１に対し，原則として私人の占用を禁止した国有財産法に基づく県管理規則３条（許可事由を限定列挙しつつ，公共的な必要性があることを許可の要件とし，かつ，必要性の有無の判断について知事の裁量に委ねた規定）に基づき，本件桟橋は例外的に許可し得る場合に該当しないとして，これを不許可としたものである。
しかし，少なくとも改正後の海岸法における一般公共海岸の占用許可が公共的な用途の場合に限られると解釈すべき根拠はないこと，本件採石場における採石計画の認可がなされている以上，本件桟橋の設置による海岸占用の許可についての県知事の裁量は覊束されると解するべきであることは前記のとおりであるから，本件申請２に対し，従来の県管理規則の許可基準を踏襲して許可不許可を決定することは許されないというべきである（県管理規則は海浜地の使用収益のほかに海底の土地の管理についても合わせて定めていたところ，海岸が改正海岸法及び海岸法施行細則の適用を受けるようになったため，従前どおり国有財産法の適用を受ける海底の土地の管理について，被告県は「鹿児島県海底の土地管理規則（平成１２年３月３１日規則第１２４号）」を制定したものであるが，同規則においては廃止前の県管理規則の使用収益の許可基準の規定がそのまま踏襲されており，海岸法施行細則との相違は明白である）。
(8)以上の検討結果によれば，本件申請２を不許可とした本件不許可処分は法令上不許可とすべき事由がないのになされた違法な処分といわざるを得ず，取消を免れない。
(9)よって，原告の乙事件請求は理由がある。
３　丙事件（損害賠償請求）について
(1)本件採石不認可処分の違法性
本件採石不認可処分は，公調委の裁定において，本件採石場における採石事業により流出した泥水が付近海域の水産資源の生息環境に悪影響を及ぼし，水産業の利益を損じ，公共の福祉に反する旨の県知事の不認可理由を認めるに足りる証拠がないとして取り消されたものであるが，被告県は，不認可理由があると認定するにあたり，泥水流出による海域の汚染，水産資源への悪影響について具体的な調査分析を行なわず，また，どの程度の規模の沈殿池ならどの程度の粒子を沈殿させることが可能かについてのデータも，どの程度の大きさの粒子を沈殿させることができる沈殿池であれば海域の汚染を招来するおそれがなく，採石計画を認可できるかについての基準も有していなかったと認められる。してみれば，県知事が本件採石不認可処分をしたのは，故意または過失による違法な行為に当たる旨の原告の主張は理由があると認められる。
(2)本件不許可通知の違法性
被告所長は，本件桟橋の設置は当時の県管理規則が定める一般海浜地の占用を許可できる場合に該当しないとして，不許可としたものであるところ，海岸法改正前の国有財産法に基づく一般海浜地の管理のため県管理規則が定めていた占用許可の基準が適正であったかどうかは別論として，被告所長はこれに従って許可不許可を決定するほかなかったのであり，かつ，県管理規則３条２項１号ないし５号は許可できる場合を公共的で簡易な施設ないしは一時的な施設の敷地とする場合，施設の設置を伴わない場合に限定して列挙し，６号は，その他公衆の利便に供する必要があり，または知事が特に必要やむを得ないと認める場合としていたため，被告所長は本件桟橋の設置はこれらの許可事由に該当しないと判断したものであり，この判断は必ずしも県管理規則の規定の解釈を誤り，ないしはその趣旨に反していたものとはいえない。


海岸法改正前においても，鹿児島県内において桟橋の設置が許可された事例が１０件ほど存在し，その中には本件と同様の石材積出用の桟橋設置が許可された例があり（昭和６１年５月のａ町ｈ字ｉ番地先の一般海浜地における桟橋設置許可），この事例では，採石場から既存の港湾区域等に通じる道路がなく，また，地元町長の桟橋設置に異議がない旨の意見書及び漁業協同組合長の同意書が提出されたため，設置が許可されたと認められる。本件申請１の場合，港湾区域への連絡道路はあるものの事実上使用することが困難である点では同様であるが，前記のとおり，県管理規則は市町村の意見書及び利害関係人の同意書を許可申請に必要な添付書類と定めていたこと，ａ町長や地元住民らの反対趣旨の意見書が提出され，漁協組合長の同意書は添付されていたものの，漁協から行政として慎重な対応を望むとする意見書が提出されていたことに照らし，本件申請１を上記の許可先例と同一には扱えないとした被告所長の判断が誤りであったとまではいえない。
したがって，本件不許可通知の違法をいう原告の主張は採用できない。
(3)本件不許可処分の違法性
本件桟橋の設置は一般公共海岸区域の占用を許可できる場合に該当しないとした被告所長の本件不許可処分が法令上不許可とすべき理由がないのになされた違法な行政処分と認められることは前記のとおりである。被告所長の判断は一般海浜地につき国有財産法が適用されていた当時の県管理規則に定める使用収益許可基準を踏襲したものであるが，海岸法の改正に伴って県管理規則は廃止され，新たに制定された海岸法施行細則には県管理規則のような制限的な許可基準規定は設けられなかったのであり，かつ，このような法令の変更は許可事務を委任された被告所長として当然把握精通しておくべき事柄であるから，被告所長がした本件不許可処分は過失による違法行為に当たると認められる。
(4)原告の損害
ア　本件採石不認可処分に対する公調委への裁定申立に要した費用証拠（甲３０１，３０２ないし３０３の各(1)(2)，３０４の(1)ないし(3)，３０５ないし３０８の各(1)(2)）によれば，原告は熊本弁護士会所属のＦ弁護士に公調委への裁定申立手続を委任し，報酬６２３万９７５０円を支払ったことが認められ，この弁護士費用は被告が違法な本件採石不認可処分をしなければ支払う必要がなかった費用であるから，被告県はこれを賠償する責任がある。しかし，本件採石申請が認可されるまでの経緯等の諸事情を考慮すると，違法な本件採石不認可処分と相当因果関係が認められる損害は２００万円とするのが相当である。原告は公調委の審理に出席するための交通費１１３万１０００円を損害と主張するが，公調委の審理に原告の関係者が出席することが義務とされているわけではないから，本件採石不認可処分と相当因果関係がある損害とは認められない。
イ　人件費
原告は，平成９年から平成１２年までの間の従業員雇用による費用（給与，社会保険，労災保険及び傷害保険の各掛金）は本件採石不認可処分によって生じた損害と主張する。
この費用は，原告が本件採石申請に対して認可が出た場合に即時に採石事業を開始できるように予め作業員等を雇用していたところ，不認可により採石場の操業を開始できなかったため不必要な支出となったものであるが，県知事が本件採石申請に対して平成９年９月１１日（本件採石不認可処分日）に認可処分をしていたとしても，さらに採取した石材の積出手段を講じる必要があり，これが完了しなければ事実上採石事業を開始することができなかったことは原告も自認するところであるから，本件採石不認可処分によって直接生じた損害とはいえない。また，原告が桟橋設置のための海岸使用の許可を求めた平成１１年７月２３日の本件申請１に対する被告所長の同年１１月２４日の不許可通知が当時の適用法令（国有財産法及び県管理規則）に照らして違法とはいえないことは前記のとおりであり，結局，改正海岸法施行後である平成１３年６月２０日の本件申請２に対し，被告所長が同年８月３０日付で不許可処分ではなく，許可処分をしていたとすれば，原告の桟橋設置はこれから間をおかずに完了し，そこで初めて本件採石場の操業を開始することが可能となったと推認されるから，平成９年から平成１２年までの従業員雇用を含む原告の先行投資は，県知事及び被告所長が違法な各処分をしていなかったとしても，本件採石場の操業に用いることはできなかったものであり，違法な各処分に基づく損害には当たらないと認められる。
ウ　機械購入費及び施設建設費
原告は，出水土木事務所の担当者から本件採石申請について早期に認可がされる旨を告げられたため，２億４３９１万７８７９円の費用をかけてホイールローダ等の機械を購入し，桟橋設置や現場事務所等の建設のため２４４３万３０２０円の費用を支出したが，本件採石不認可処分のため，これらの機械や施設を活用できなかったとして，購入費及び建設費等の２割に当たる金員を県知事の違法な処分によって発生した損害と主張する。
しかし，処分権限を有しない出水土木事務所の一担当者が１週間程度で本件採石申請に対して許可がなされるであろう旨述べたとしても，それは単なる見込みを述べたにすぎず，この段階で高額の機械を購入し，施設を建設したのは原告自身の判断に基づくものであるから，その責任を他に転嫁することはできない（桟橋はいまだ設置されていないのであるから（争いがない），その設置費用を損害に含める原告の主張は当を得ない）うえ，前記のとおり，違法な各処分がなかったとしても，原告が本件採石場における操業を開始できたのは平成１３年８月以降のことであるから，この間の機械減価等による損害は違法な各処分によって生じたものとはいえず，その後現在に至るまでの間に上記機械につき何らかの損害が生じたことを認めるに足りる証拠はない。
エ　その他の費用
原告は，平成９年度に支払った採石場の借地料８００万円及び交通費等の一部を損害と主張するが，その趣旨は，借地料等を支払って採石場を確保したのに操業できず，利益を上げることができなかったことによる損失をいうものと解されるところ，平成１３年８月以前の操業が事実上不可能であったこと，これが県知事及び被告所長の違法な各処分によるものとはいえないことは前記のとおりであるから，原告の主張は理由がない。
オ　弁護士費用
原告が被告所長の本件不許可処分の取消請求（乙事件），県知事の本件採石不認可処分及び被告所長の本件不許可処分による損害の賠償請求（丙事件）の訴訟を原告訴訟代理人弁護士に委任したことによる報酬は県知事及び被告所長の違法な上記各処分と因果関係のある損害と認められる。
前認定の諸事情を考慮すると，相当報酬額は１００万円とするのが相当と認められる。