国家公務員に関する「一般職の職員の給与に関する法律」（以下「給与法」という。）１１条の３第１項前段は，「調整手当は，民間における賃金，物価及び生計費が特に高い地域で人事院規則で定めるものに在勤する職員に支給する。」と定めているところ，人事院規則９－４９の別表第１は，名古屋市を俸給等の１００分の１０の割合による調整手当を支給する地域とし，平成１２年１１月２２日改正後の人事院規則９－４９－１６附則２項では，岡崎市を１００分の３の割合による調整手当を支給する地域としている。
(5)住民監査請求と本訴の提起
ア　原告は，平成１６年２月２３日付けで，愛知県監査委員に対し，本件支給は地方公務員法２４条３項に違反すると主張して，住民監査を請求したところ，同委員は，同年３月３０日，これを棄却した。
上記監査の結果には，調整手当制度の創設時とは社会情勢が大きく変化していること，県政への県民の関心が高まっていること，更には，調整手当に関する国の新たな動きがあることなどを考慮すると，調整手当の在り方について，検討を行う時期に来ていると思われることから，より一層県民の理解と納得が得られる制度となるよう，調整手当の支給目的，支給地域，支給割合などについて様々な角度から検討するよう要望する旨付記されている（甲１）。
イ　原告は，同年４月１９日，本訴を提起した。
２　本件の争点
本件支出は違法か。具体的には，
(1)　本件附則は，地方公務員法２４条３項又は地方自治法２０４条２項に反するか。
(2)　本件附則が違法であるとして，本件支出は正当化されるか。
３　争点に関する当事者の主張
(1)　争点(1)（本件附則は，地方公務員法２４条３項又は地方自治法２０４条２項に反するか）について
（原告）ア　調整手当の趣旨，目的
地方自治法２０４条２項が定める調整手当とは，都市手当を意味し，その支給目的は，本件条例９条の２で規定するように，「民間における賃金，物価及び生計費が特に高い地域」に勤務する職員の給与の不均衡を是正することにある。したがって，それ以外の地域に勤務する職員に対しても一律に調整手当を支給することは，その支給根拠となる条例が正当な選挙で選ばれた議員で構成される県議会によって議決されたとしても，地方自治法２０４条２項，地方公務員法２４条３項などの法律に反するものであり，違法である。
イ　本件附則の違法性
本件附則は，給料等に１００分の１０を乗じた調整手当を愛知県内に在勤する県職員に対して一律に支給することを内容としている。
しかしながら，愛知県と県内８０市町村職員の平均給与月額（給料及び諸手当を含む）を比較すると，名古屋市職員のそれが４５万９０００円（年額７４６万８０００円），豊根村のそれが３２万７０００円（年額５３５万円）であるなど，年額７００万円台の市町村が１７，同６００万円台の市町村が４０，同５００万円台の市町村が２３であるのに対し，愛知県職員の平均給与月額は５１万５０００円（年額８３９万２０００円）と高額である（甲３の１ないし８１）。
これらの市町村は，名古屋市の民間企業の賃金とそれ以外の各市町村の民間企業の賃金に較差があることを認めて，職員の給与を決定しているはずであるから，県職員の給与は，県内市町村の職員の給与や同地域における民間企業の給与を大幅に上回っている。
したがって，県職員６万８３８９人全員を支給対象とする調整手当は，その趣旨，目的に反することが明らかであって，違法である。
ウ　被告の主張に対する反論
(ア)　賃金，物価及び生計費の調査について
ａ　被告は，消費者物価地域差指数（平成９年全国物価統計調査。乙９の１）や勤労者世帯の世帯主の勤め先収入・消費支出（平成１１年全国消費実態調査。乙８），平成１５年職種別民間給与実態調査（以下「民調」という。乙１１）を基に，名古屋市と愛知県全域とで地域格差がないと主張するが，以下のとおり，その調査は不十分であり，名古屋市と他の県内の市町村（特に郡部）とでは，民間企業の賃金，物価及び生計費に格段の差があることは明らかである。
平成１１年全国消費実態調査は，愛知県内では，
県内８７市町村のうち，４７市町（３１市１６
町）のみを対象としており，しかも，その中で集
計世帯数が南知多町のわずか６世帯をはじめ１０
数世帯である市町村が半数以上の２８市町（１３
市１５町）もあり，民間企業の賃金，生計費が特
に低い地域の集計はほとんど実施していない。
次に，平成９年全国物価統計調査は，愛知県内で
は，県内８７市町村のうちわずか２９市町（２４
市５町）のみを調査対象としており，特に物価が
低い町村の調査をほとんど実施していない。
また，平成１５年民調で，被告は，県内３２５の
事業所に対し，民間給与の実態調査を行ったと主
張するが，そのうち名古屋地区が２００，他の８
６市町村が１２５であって，海部・津島地区では
わずか３，新城・南北設楽地区ではわずか１の事
業所しか対象としていない。これでは県内全域で
調査したとはいえない。
なお，被告は，平成１５年民調の結果から，名古
屋市外の事業所の単純平均給与の方が名古屋市内
のそれより高いと主張するが，県内各市町村の職
員給与を比較したラスパイレス指数（乙２７）か
ら見ても，そのような結果になるはずがない。大
企業の多い名古屋市以外の民間企業の平均給与月
額でも３５万９８９１円にすぎない。
ｂ　被告は，県職員の人員構成を基に，愛知県内の民間
給与の平均月額が４４万７４７８円であると主張する
が，民間企業の人員構成を基に算出すべきである。ま
た，人事院が算出した東京都内の民間給与の平均月額ですら４０万７３２５円であり，愛知県のそれを１０パーセントも下回るはずはなく，上記の民間給与月額は県職員の給与月額の実態に合わせて出されたものとしか思えない。
県内１３地域の民間給与の平均月額（１３地域の
平均給与の合計５０２万３４７８円÷１３。乙３
８）からすれば，ラスパイレス比較後の平均給与
月額は３８万６４２１円となるはずであり，これ


は，人事院が算出した愛知県内の民間の平均給与
月額３８万０８１５円（甲１０参照）とほとんど
同額である。
ｃ　国家公務員全職員の平均給与月額は４１万４０２２円（平成１５年），うち行政職俸給表(一)が適用される職員の中部地区在勤者のそれは３７万８３１９円（平成１６年），同じく県内在勤者のそれは３８万０８１５円（平成１５年）であるところ，被告は，国家公務員より県職員が，行政職では７万１６２１円（平成１５年），全職員では約１０万９０００円も多く支給を受けていることについて，ラスパイレス比較法によって比較したと主張するが，県職員が国家公務員よりも学歴，役職段階が特に高いはずがない。
この点につき，被告は，警察官等の給与が平均を
上昇させている旨主張するが，県警警察官のうち
警視以上の役職者の給与は県からではなく，国か
ら支給されている。
ｄ　被告は，県職員のラスパイレス指数は１０３．８
（５０万６６００円），豊根村のそれは８２．８（３３万４８００円）である旨主張するが，県職員と豊根村職員（豊根村にも，調整手当を受けている県職員が勤務している。）との間に，学歴，年齢，役職段階によって約２割もの差が生ずるはずがない。
(イ)　その余の被告の主張について
ａ被告は，他の地方公共団体の例を援用するが，都道府県で調整手当を支給しているのは２１団体であり，うち当該都道府県全域を支給対象としているのは１３団体にすぎず，さらに，当該都道府県内一律支給をしているのはわずか６団体であって，他の半数以上の団体は一切支給していない。そのため，総務省給与能率推進室課長補佐は，愛知県に対して調整手当の支給を是正すべきである旨の助言をしている。
ｂ　被告は，国と同じ地域にのみ調整手当を支給すれば優秀な職員の採用に支障が生ずるおそれがあると主張するが，県内一律１００分の１０の割合による支給は，調
整手当の目的に反し，しかも，「民間企業における賃
金，物価及び生計費が特に高い地域」に勤務する職員が
不利になるという逆不均衡をもたらしており，かえっ
て，優秀な職員の採用に支障が生ずるおそれがある。
また，被告は，人事異動に支障を生ずるおそれが
ある旨主張するが，国家公務員は全国に転勤して
おり，調整手当の支給対象地域と支給していない
地域にも転勤するが，優秀な職員の採用に何らの
支障も生じていない。
ｃ　国家公務員の調整手当は，名古屋市が俸給等の１００分の１０の割合，岡崎市が１００分の３の割合にとどまっており，少なくともこれに準ずるべきである。
被告の主張するように，公民給与較差を是正する
のであれば，愛知県も国の俸給表に準ずるべきで
あり，調整手当の支給を県内全域で廃止すべきで
ある。
（被告）
原告の主張は争う。
ア　調整手当の趣旨，目的
地方公務員法２４条３項は，「職員の給与は，生計費並びに国及び他の地方公共団体の職員並びに民間事業の従事者の給与その他の事情を考慮して定めなければならない。」と規定しているが，同項は訓示規定であって，強行規定ではないから，そのすべてが考慮されているといえなければ，給与に関する条例を無効とするような効力は有していない。
しかして，同項が定める「生計費」，「国及び他の地方公共団体の職員……の給与」，「民間事業の従事者の給与」は，調整手当も含む給与を定める際に考慮すべき一事情にすぎず，さらに，「その他の事情」には，優秀な職員を容易に採用することや，本庁及び出先事務所との間の人事異動の円滑化，職員組合の要求などの諸事情を考慮することも許されるものであり，結局，同項は，給与の一部を構成する調整手当も含めて，職員の給与は，一切の事情を考慮して定めるべきことを規定しているにすぎない。
また，地方自治法２０４条２項が定める調整手当についても，同法はその意義を定義しておらず，その手当によって，何との間を調整するのかを明らかにしていない。この点について，給与法も調整手当の定義規定を置いていないが，同法１１条の３第１項前段は，「調整手当は，民間における賃金，物価及び生計費が特に高い地域で人事院規則で定めるものに在勤する職員に支給する。」と定めているので，「民間における賃金，物価及び生計費が特に高い地域」に在勤する職員の給料の実質的不均衡を是正するためのものであると考えられ，地方自治法上の調整手当の目的の一つも，これと同じと解される。
他方，①国家公務員の在勤地は全国にわたるが，普通地方公共団体の職員の在勤地はそうではなく，特に市町村の場合には，通常「民間における賃金，物価及び生計費」に差がなく，地域手当の性格は薄く，むしろ，民間における賃金と職員の給与の実質的不均衡を是正するためのものという性格が認められること，②給与法１１条の７第１項が異動に伴う保障措置を設けており（平成１５年法律第１４１号による改正後は，異動後１年間は異動前の支給割合により，２年目はその８０パーセントの割合による調整手当が支給される。），人事異動の円滑化を図る趣旨を含むものと解されること，さらに，③給与法１１条の４によれば，医師については，当分の間，勤務する地域に関係なく，一律に１００分の１０の割合による調整手当を支給するとしていることを総合すれば，調整手当には，民間における賃金と比較して，給与の上積みをする趣旨も含まれているものと解される。
したがって，地方自治法上の調整手当の支給目的に，上記のほか，「人事異動の円滑化」や「給与水準の確保」が含まれていることは自明である。
イ本件附則の適法性
以下のとおり，民間事業における給与の状況，国の職員の調整手当の状況，他の地方公共団体における調整手当の状況，生活費の状況，その他の状況を総合すれば，本件附則は，地方公務員法２４条３項，地方自治法２０４条２項の定める調整手当の趣旨，目的に合致しているから，勤務地を問うことなく県職員に対する一律支給を内容としていても違法とはいえず，したがって，本件支給も適法である。
(ア)　民間事業における賃金
全国消費実態調査（乙８）によれば，名古屋市の勤労者世帯の世帯主勤め先月額収入の平均が４２万４９２６円であるのに対し，愛知県全体では４２万７９０６円であ
り（名古屋市を１００とした場合，１００．７とな


る。），市部平均が４２万８７５９円，郡部平均が４２万２８２９円であるなど，民間における賃金は，愛知県内のどの地域においても，さほど差がなく，名古屋市及び岡崎市だけでなく愛知県内全域が「民間における賃
金，物価及び生計費が特に高い地域」に該当する。
平成１５年民調によれば，愛知県全体の民間事業所の単純平均給与月額は３４万６９３２円，名古屋市以外の愛知県のそれは３５万９８９１円，名古屋市内のそれは３２万９７７４円であり，名古屋市外の方が名古屋市内より高い状況にある。その主な要因は，愛知県は製造業を中心に名古屋市外に大企業が多いことにある。そして，
上記３４万６９３２円を，愛知県職員の学歴別，職務
別，年齢別の人員構成を基にラスパイレス比較法（人事院は，官民給与の比較方法として，職種，役職段階等を考慮したラスパイレス比較法が妥当であるとしてい
る。）により加重平均すると４４万７４７８円となった（名古屋市内は４３万３２８３円，名古屋市外は４５万４９５１円となる。）。一方，愛知県職員の平均給与月額は，調整手当を含めて４５万２４３６円であったた
め，愛知県人事委員会は，平成１５年１０月２日，愛知県議会及び被告に対し，本件職員の給与月額を４９５８円引き下げるよう給与勧告（職員の給与等に関する報告及び勧告）を行っている。
ところで，愛知県人事委員会は，毎年給与勧告を行う前提として，行政職給料表(一)適用職員と民間従業員でこ
れに相当する者の４月分の給与を比較調査するに当た
り，役職段階，年齢などを同じくする者を比較の対象としているが，対象となる愛知県職員の給与の平均支給額には調整手当を含めており，それを踏まえて必要な給与改訂が行われているのであるから，仮に，調整手当の支給額が減額されれば，その減額された給与額を基に民間給与額との比較をすることになって，人事委員会はその較差を是正するよう給与勧告することになる。例えば，県職員に調整手当を支給しないのであれば，平均給与月額は４１万２６６７円となるが，これでは民間給与を１割弱下回ることになる。その結果，基本給を一律増額させる旨の給与勧告がなされ，それが実施されれば，退職手当や年金の水準に影響し，共済掛金も上昇することになる。
(イ)　愛知県内の生計費等の状況
①物価（消費者物価地域格差指数），②生計費（勤労者世帯－消費支出）についての指数を総合的にみれば，名古屋市と愛知県全県との地域格差はほとんどない（名古屋市での指数をいずれも１００とした場合，全県での指数は，①が９５．９，②が１０４．９となってい
る。）。
(ウ)　国家公務員の調整手当
国家公務員の調整手当については，人事院規則９－４９の別表第１によって，愛知県内では名古屋市を１００分の１０の割合の額を支給する甲地とし，同規則９－４９－１６の附則２項によって，当分の間，岡崎市を１００分の３の割合の額を支給する乙地としている。
ちなみに，人事院が平成１４年９月に設置した「地域に勤務する公務員の給与に関する研究会」の基本報告（平成１５年７月）によれば，支給地域の単位は，転勤の実態等を踏まえ，現行の市町村単位からより広域化を図ることが望ましく，具体的には，東京都，愛知県等の都道府県単位を中心に設定すべきことを提言しており，国においては，平成１７年ころ，人事院から検討の結果を反映させた勧告が出されると予想されているが，これに応じて，愛知県でも調整手当の見直しが行われる予定である。
(エ)他の地方公共団体の取扱い
愛知県内においては，平成１５年４月１日現在，別紙１のとおり，豊根村を除く全市町村が調整手当を支給しており，名古屋市及び岡崎市に限られていない。
また，岐阜県は，岐阜県職員の給与，勤務時間その他の勤務条件に関する条例１２条の２並びに同条例施行規則別表第３及び第３の２において，愛知県内では，名古屋市及び西春日井郡豊山町の名古屋事務所農産物情報センターに在勤する職員に対して１００分の１０の割合による調整手当を支給し，三重県も，同県の職員の給与に関する条例１２条の２及び調整手当に関する規則の別表において，三重県人事委員会が別に定める地域（人事院規則別表に掲げる支給地域）である名古屋市（支給率１００分の１０）及び岡崎市（同１００分の３）を支給対象地域としている。
全国的にみると，当該都道府県内の地域で調整手当を支給している地方公共団体は２１あり，うち当該都道府県内全域を対象としているのは１３団体，都道府県内全域に一律支給しているのは６団体（愛知県のほか，神奈川県，大阪府，埼玉県，静岡県，福岡県）であるが，いずれも，国で定めた支給地域以外にも調整手当を支給している。
(オ)　その他の事情
愛知県人事委員会は，昭和４２年１１月，「都市手当制度については，国の行う措置および本県の特殊事情を勘案のうえ適当な措置をとること」を勧告したところ，当時，調整手当の前身である暫定手当は全職員一律に支給されていたこと，職員団体から，地域格差を解消し全県
一律に支給することを強く求められていたことなどか
ら，昭和４３年２月の県議会において，県職員に対して一律に１００分の６の割合の調整手当を支給する旨の条例改正案が全会一致で成立したものである。
また，調整手当を含めて県職員の給与と民間給与とを比較し，均衡を保っていること，県という限られた地域の中で支給率に差を設けることは，職員の居住地に変更がないにもかかわらず，勤務地が異動する都度給与が増減することになり，職員の生活に不安を与え，本庁舎と地方機関との円滑な人事異動に支障を生ずるおそれがあること，国と同じ地域にのみ調整手当を支給すれば，勤務公署によって支給額に差が生ずる愛知県職員の勤務条件が不利となり，優秀な職員の採用に支障が生ずるおそれがあること，名古屋市（支給率１００分の１０）と岡崎市（同１００分の３）のみを支給地域とするのは，県職員の実態感覚と著しく乖離しており，現在も，職員団体からの強い要望があること，これらの事情を考慮して，在勤する地域を問わず，県職員に対して一律に１００分の１０の割合による調整手当を支給している。
ウ原告の主張に対する反論
(ア)原告は，県内市町村が名古屋市内の民間企業とそれ以外の市町村の民間企業との間に賃金格差があることを認めて職員の給与を決定しているはずであると主張するが，名古屋市以外の市町村には人事委員会がなく，また愛知県人事委員会のような民間賃金の実態調査を実施する機関もないため，市町村が上記の賃金格差を調査しているはずがない。


また，原告は，被告が提出した各統計調査について，物価や民間の賃金等が特に安い地域の集計がほとんどないと主張するが，調査対象となっていない市町村が特に安い（低い）と判断する根拠が不明である。
(イ)　原告は，愛知県職員と県内市町村職員との平均の給料，給与を比較し，較差が大きいと指摘するが，これは，愛知県職員や県内市町村職員の学歴，年齢及び役職段階を考慮しておらず，さらには，県職員の平均給与額の算定の基礎に，「学校教育の水準の維持向上のための義務教育諸学校の教育職員の人材確保に関する特別措置法」などの特別法により一般行政職よりも高い給与水準が保障されている教育関係職員（４万３３５６人），あるいは市町村職員にはない警察職員（１万３０９３人）を多数含んでいることなどを全く考慮しておらず，不当である（ちなみに，大卒の一般行政職員の初任給が１７万１５００円であるのに対し，教員のそれは１９万２０００円，警察官のそれは１８万９３００円である。）。また，豊根村には，愛知県が給料を負担している豊根村職員である教職員及び駐在所に勤務する警察官は存在しているが，愛知県の一般行政職員は豊根村に在勤しておらず，比較対象として不適当である。(ウ)原告は，名古屋市以外の民間企業の平均給与月額が３５万９８９１円であると主張するが，これは従業員の単純平均給与月額であり，県職員と比較するのであれば，県職員の人員構成を基にラスパイレス比較法により加重平均した４５万４９５１円にする必要がある。また，原告は，県内在勤の国家公務員の平均給与月額が３８万０８１５円である旨主張するが，これは国家公務員行政職俸給表(一)適用職員の平成１５年の平均給与であり，愛知県内の国家公務員の平均給与ではない（甲１０）。さらに，原告は，東京都の平均給与月額は４０万７３２５円である旨主張するが，同額は，平成１６年の国家公務員行政職俸給表(一)適用職員の東京地域の平均給与月額である。(2)　争点(2)（本件附則が違法であるとして，本件支出は違法か。）について（被告）県知事である被告は，地方公共団体の執行機関として，県議会が議決した条例を誠実に執行しなければならない義務を負い（地方自治法１３８条の２），毎会計年度予算を調製し，年度開始前に議会の議決を経て，これを執行しなければならない義務を負っている（同法１４９条２号，２１１条）。したがって，仮に，本件附則が違法であるとしても，それが著しく合理性を欠きそのためこれに予算執行の適正確保の見地から見過ごし得ない瑕疵が存するものと認められる場合を除き，被告は，条例が法令に違反すると認める場合でも，独自に当該条例を無効と判断し，当該条例を無視した行為をすることは許されないから，本件附則に基づき，予算に裏付けられた調整手当を支給することは，同法２４２条１項にいう違法な公金の支出には該当しない。
（原告）
被告の主張は争う。
第３　当裁判所の判断
１　地方公務員法２４条３項及び地方自治法２０４条２項について
(1)　給与条例主義について
地方自治法は，２０４条１項で，「普通地方公共団体は，……普通地方公共団体の……補助機関たる常勤の職員……その他普通公共団体の常勤の職員……に対し，給料……を支給しなければならない。」と，同条２項で，「普通地方公共団体は，条例で，前項の職員に対し，……調整手当……を支給することができる。」と，同条３項で，「給料，手当及び旅費の額並びにその支給方法は，条例でこれを定めなければならない。」とそれぞれ定め，さらに，２０４条の２で，「普通地方公共団体は，いかなる給与その他の給付も法律又はこれに基く条例に基かずには，これを……前条第１項の職員に支給することができない。」と定めている。さらに，地方公務員法は，２４条３項で，「職員の給与は，生計費並びに国及び他の地方公共団体の職員並びに民間事業の従事者の給与その他の事情を考慮して定められなければならない。」と，同条６項で，「職員の給与，勤務時間その他の勤務条件は，条例で定める。」と，２５条１項で，「職員の給与は，前条第６項の規定による給与に関する条例に基づいて支給されなければならず，又，これに基かずには，いかなる金銭又は有価物も職員に支給してはならない。」とそれぞれ定めている。
このように，地方自治法及び地方公務員法が，地方公共団体の職員等の給与や手当金の額及び支給方法を条例で定めることとし，条例に基づかなければいかなる給付もなし得ないものとしている（給与条例主義）のは，第一義的には，職員の給与等は最終的にこれを負担する住民の総意に基づくことが憲法９２条の定める住民自治の趣旨に合致するところ，民意に基づいて選出された議員によって構成される議会が形成する団体意思のうち，最も基本的な法規範形式である条例を支給の根拠とすることによって，住民の総意に基づくとみなすことができると考えられたことによるものである（第二義的には，給与等の支給について条例で定めることによって，職務の公共性や中立性を確保すべき地方公共団体の職員等に対し，そこで定められた内容の給与等の支給を受ける地位を保障することにあると考えられる。）。
(2)　調整手当の趣旨，目的について
ア　地方自治法は，上記のとおり，２０４条２項，３項において，普通地方公共団体が，条例に基づいて，調整手当を支給することができると定めているが，調整手当の趣旨，内容を明らかにした規定は存在しない。
もっとも，国家公務員の一般職の給与に関する給与法には，調整手当について定めたものがあり，そのうち，１１条の３第１項前段は，「調整手当は，民間における賃金，物価及び生計費が特に高い地域で人事院規則で定めるものに在勤する職員に支給する。」とし，同条２項は，「調整手当の月額は，俸給，俸給の特別調整額及び扶養手当の合計額に，次の各号に掲げる区分に応じて，当該各号に掲げる割合を乗じて得た額とする。」とした上，１号は甲地について１００分の６（人事院規則で定める地域及び官署にあっては，人事院規則で定める区分に応じ，１００分の１０又は１００分の１２），２号は乙地について１００分の３の各支給割合を示し，さらに同条３項は，「前項の甲地及び乙地は，人事院規則で定める。」とそれぞれ規定している。


また，上記調整手当は，物価及び生計費等の顕著な地域格差がみられるようになった戦後間もない時期に発出された臨時手当給与令（昭和２１年勅令第２３４号）に基づく臨時手当に源を持っており，政府職員の俸給等に関する法律（昭和２３年法律第１２号）によって暫定勤務地手当と名称変更され，さらに給与実施法の施行に伴い，昭和２３年５月から勤務地手当に改められ（当時の支給割合は，地域格差が大きかったことを反映して，特地が３割，甲地が２割，乙地が１割とされていた。），これが現行の給与法（昭和２５年法律第９５号）に引き継がれたものである。その後，支給区分や支給割合に変更が加えられたが，給与法の改正（昭和３２年法律第１５４号）によって，勤務地手当が廃止されて暫定手当制度が新設され，支給額が４区分に応じて定額化されたが，改正附則２３項によって，逐次整理して本俸に繰り入れる方針が採られた。もっとも，この間，地域格差が縮小したわけではなく，むしろ拡大する傾向を示したため，昭和４２年の人事院による給与勧告は，新しい都市手当の創設を提言するに至り，これを受けた同年の給与法の改正（昭和４２年法律第１４１号）によって，現行の調整手当として制度化されることとなったものである（以上については乙５を参照）。
上記に示した条文上の文言や立法の経緯を総合すれば，少なくとも，国家公務員の一般職に適用される給与法上の調整手当は，「民間の賃金，物価及び生計費」との比較において，俸給額だけでは顕著な較差が存在すると認められる「地域」に在勤する職員に対し，その較差を埋めることを主目的としていることが明らかであり，その意味で，調整手当は，地域手当の性格が強いものと解される。そして，地方自治法上の調整手当についても，給与法上のそれと別異に解すべき根拠はなく，現に地方自治法２０４条３項を受けた本件条例９条の２は，給与法１１条の３とほぼ同一の文言が用いられていることを考慮すると，基本的にはこのような趣旨，性格を有するものと解するのが相当である。
イ　この点について，被告は，調整手当の地域手当としての性格は薄れていると主張し，その根拠として，①地方公共団体，特に市町村については地域格差が存在しないこと，②給与法上，異動に伴う保障措置が定められていること，③医師等については，勤務地を問わず，一律支給されていることなどを指摘する。
なるほど，給与法１１条の４は，医療業務に従事する医師等の職員については当分の間，一律に１００分の１０の割合の調整手当を支給する旨定め，同１１条の７は，職員の異動等に伴って職員が在勤地を異にすることにより，調整手当の支給割合が減少等する場合に，異動等の日から２年間に限り，異動等の直前に支給されていた支給割合と同じ支給割合（１年目）又はこれに１００分の８０を乗じた金額（２年目）の調整手当を保障する旨定めている（平成１５年法律第１４１号による改正前は３年間にわたって同じ支給割合の調整手当が支給されていた。）。しかしながら，前者については，民間における医師等の賃金が地方ほど高い実態があり，一般職の公務員と同じように取り扱うならば，地方で勤務する医療職公務員の確保が著しく困難となることが予想されること，後者については，このような制度を設けないと，調整手当の存在ゆえにかえって円滑な人事異動の実施が妨げられると予想されること，以上のような人事政策上の観点から調整手当制度を例外的に修正するものにすぎないと解するのが相当である。また，確かに，全国を勤務地とする国家公務員と異なり，地方公務員のそれは，その区域内に限定されるのが通常であり，特に市町村については，その区域内における地域格差は考え難い（給与法１１条の３第３項を受けた人事院規則９－４９第１条の別表１における支給地域も，市又は特別区を最小単位としている。）。しかしながら，当該地方公共団体の区域外に勤務場所を設置することはあり得るし，都道府県のように，ある程度の広がりを有する区域を有する地方公共団体においては，その内部における地域格差の存在は十分に考えられるというべきである。
そうすると，上記のような事情があるからといって，調整手当の上記基本的趣旨，性格が変更されたとみるべきものではない。
ウ　調整手当の上記趣旨，性格に照らして考えれば，勤務地のいかんを問わず，愛知県職員に対して給料等に１００分の１０を乗じた額の調整手当を一律に支給する内容の本件附則は，調整手当支給の本来の根拠条文である本件条例９条の２の趣旨をかなり変容するものといわざるを得ず，同様の調整手当の一律支給が愛知県以外の５県において実施されている事実も，この判断を覆すものではない。
(3)　給与に関する条例の法律適合性判断について
ア　一般に，給料とは，常勤の職員等の正規の勤務時間による勤務に対する報酬を指し，給与とは，給料の外，地方自治法２０４条２項所定の諸手当を含むものを意味するから，給与等の勤務条件の根本基準を定める地方公務員法２４条は，調整手当をも適用対象としていると解されるところ，同条３項は，職員の給与が，①生計費，②国家公務員の給与，③他の地方公共団体の職員の給与，④民間事業の従事者の給与，⑤その他の事情を考慮して定められるべきことを規定している。


もっとも，①生計費とは，職員の生活を維持するための費用ではあるが，個々の職員の具体的な生計費ではなく，国民の標準的な生計費をいうもので，抽象的な概念であると解されるし，②国家公務員と③他の地方公共団体の職員の給与についても，その職種や人員構成は様々であるし，④民間企業も，数万人の従業員を抱える大企業から従業員数人の零細企業までその規模が幅広く分布しているため，従事者の賃金の間にかなりの較差が存在し，職種も多種多様であることから，どのように比較するかについても様々な手法があり得るところである。しかも，同項は，給与法と異なり，上記の各事情だけでなく，「その他の事情」をも「考慮して定め」ると規定しているから，その文言上，どのような事情を考慮事由とするか，また考慮された事由をどのように反映させるかを判断するについては，その地域の実情に応じた専門的，政策的な配慮が必要と考えられる。イ　さらに，近時，国家公務員の給与水準自体についても論議が重ねられているところであり，人事院事務総長が「地域に勤務する国家公務員にふさわしい給与の在り方」について学識経験者らから成る研究会に検討を依頼した結果を平成１５年７月に取りまとめた基本報告（乙１０の１・２）によれば，①公務員の給与水準を民間準拠方式により決定することは妥当であるが，民間企業における人事・組織形態の変化に応じた調査・比較方法の見直しは必要であること，具体的には，現行のラスパイレス比較法を用いた民間準拠方式による全体の給与水準決定は，客観的な指標として納得性が高く，昨今のマイナス方向での改定にあっても適切に機能しており，今後とも維持するのが妥当であるが，民間給与実態調査について，民間企業における組織・役職段階のフラット化や組織・人員のスリム化等を踏まえ，役職者の定義や調査対象企業の見直し等を検討する必要があること，②地域における官民の給与の状況を見ると，現在の公務員給与の地域格差は不十分であり，今まで以上に地域の民間給与等を反映させることが必要であること，③地域の民間給与をより反映させるため，俸給等を引き下げることも念頭に置いて，支給地域，支給割合等を基本的に見直した地域手当を導入すること，具体的には，支給地域の単位は，転勤の実態等を踏まえ，現行の市町村単位からより広域化を図ることが望ましいが，具体的には専門的・多面的に検討を行うべきであり，また，全体の給与原資の中で俸給と手当の配分を見直し，俸給等を引き下げることも念頭に置いた上で，地域格差をできるだけ反映できるよう措置すること，④給与の地域格差を拡大する場合には，必要な転勤を円滑に行えるようにするため，転勤の在り方を見直し，総数を縮減していくことを前提に，転勤により給与額が下がる場合には，一定期間，逓減型の転勤手当（仮称）を支給すること，⑤地域に勤務する公務員の給与の問題に基本的に対応するためには，年功的な運用となりがちな給与制度全体の見直しが必要であり，給与カーブのフラット化や昇給制度の在り方の見直し，職務に応じた処遇の徹底，ボーナスの成績査定分の拡大等が必要であることなどが提言され，併せて，地域の公務員給与問題としては，地方公務員給与の在り方についても議論があり，地方公共団体関係者がこの問題に適切に対処することを期待する旨付言されている。
この基本報告によれば，民間準拠方式によって公務員の給与水準が決定されるべきことを大前提に，地域格差をより反映させるため，手当の支給地域の単位を広域化すること，給与の中に占める俸給と手当の割合を変更し，後者に比重をかけることなどの方針が打ち出されていることが明らかであって，国家公務員の調整手当の内容が，その時々の情勢の変化に応じて変わり得ることを示しているというべきである（ちなみに，上記の基本報告は，地域に勤務する国家公務員を対象としたものであるが，平成１４年６月２５日閣議決定に係る「経済財政運営と構造改革に関する基本方針２００２」及び同年９月２７日閣議決定に係る「公務員の給与改定に関する取扱いについて」において，地方公務員の給与についても，給与制度の見直しと給与水準の適正化が要請されている。）。
ウ　そうすると，地方公共団体の職員の給与をどのように定めるかについては，それぞれの地方公共団体が，その専門的，政策的知見に基づいて，地域におけるその時々の実情を調査し，これを反映させることが許されるというべきであるから，給与に関する条例を制定するに際し，それらの実情を反映させることが相応の合理性を有し，かつ，かかる実情の反映によっても，当該地方公共団体の総体としての給与体系を実質的に損なうことがない場合には，その支給形式が必ずしも本来の趣旨，目的に沿うものでないとしても，これを直ちに違法無効とすることはできないと解すべきであり（最高裁判所昭和５０年１０月２日第一小法廷判決・集民１１６号１６３頁参照），その意味で，地方公共団体は，給与に関する条例を制定するにつき，専門的，政策的見地からする相応の裁量権を有するといわざるを得ない。
２　原告の主張する違法事由に対する判断
(1)　そこで，愛知県における実情等について検討するに，後掲各証拠によれば，以下の事実が認められる。
ア愛知県の職員
愛知県の平成１５年４月現在における職員総数は６万８３８９人（平成１６年４月現在においては６万６７２１人），その平均年齢は４３．４歳（同４３．６歳），平均勤務年数は２１．６年（同２１．８年），性別構成は男性６４．８パーセント，女性３５．２パーセント，学歴別構成は大学卒７２．１パーセント（同７３．８パーセント），短大卒９．８パーセント（同８．６パーセント），高校卒１７．７パーセント（同１７．３パーセント），中学卒０．３パーセント（同０．３パーセント）となっている。
これらの職員には，従事する職務の種類に応じ，行政職，公安職，教育職，研究職，医療職，福祉職及び指定職の７種類１３給料表並びに特定任期付職員給料表及び任期付研究員給料表が適用されており，平成１５年４月現在における平均給与月額（給料及び扶養手当，調整手当その他の手当の合計額）は，行政職給料表(一)の適用者にあっては４５万２４３６円，警察官，教員，研究員，医師等を含めた全職員では４８万５３７９円となっている（乙１３，４２の２）。
イ国家公務員
他方，国家公務員全体の総数は，平成１４年４月現在で約４６万人であり，そのうち，一般行政事務を担当する行政職俸給表(一)は約２１万人である。その学歴別構成は，大学卒が３４．４パーセント，短大卒が９．７パーセント，高校卒が５５．１パーセント，中学卒が０．８パーセントである（乙１０の２）。


そして，平成１６年国家公務員給与等実態調査によれば，行政職俸給表(一)の適用のある職員の平均給与月額は，東京都に在勤する者が４０万７３２５円（平均年齢３９歳），中部地域に在勤する者が３７万８３１９円（平均年齢４０．８歳）であり，全職員のそれは４０万０４０２円である（甲１０）。
ウ　名古屋市職員
また，名古屋市において，職員の給与に関する名古屋市条例に定める給料表の適用を受ける職員総数は，平成１５年４月現在で２万１７９４人，その平均年齢は４２歳４月，平均勤務年数は１８年１月，性別構成は男６１．５パーセント，女３８．５パーセント，学歴別構成は大学卒３６．０パーセント，短大卒１５．１パーセント，高校卒３２．２パーセント，中学卒１６．８パーセントである。そして，このうち，民間給与との比較がなされている行政職給料表の適用を受ける職員は１万０４２４人であるところ，その平均給与月額は４２万４６３８円である（乙１５）。
エ　全国消費実態調査
総務省は５年ごとに全国のすべての世帯のうち，総務庁長官の定める方法により選定された世帯を対象として，家計の収入及び支出等を調査しているが，平成１１年全国消費実態調査（平成１４年刊行）によれば，名古屋市の勤労者世帯の世帯主の勤め先月額収入が平均４２万４９２６円であるのに対し，名古屋市を含む愛知県全域のそれは平均４２万７９０６円である。なお，市部においては，最高が安城市の約５２万円，最低が江南市の約２７万円，岡崎市が４６万０３６１円であり，これら市部の平均が４２万８７５９円であるのに対し，郡部においては，最高が東郷町の約５３万円，最低が南知多町の約２４万円であり，これら郡部の平均が４２万２８２９円であって，市部の９８．６パーセントに相当する（乙８）。
オ　全国物価統計調査
総務庁が平成９年１１月に実施した全国物価統計調査結果（平成１１年３月刊行）によれば，全国の平均物価指数を１００とした場合，愛知県全体は１００．０，名古屋市は１０４．３，岡崎市は１０１．９，人口１０万以上の市は１０１．９，人口５万以上１０万未満の市は９６．８，人口５万未満の市は１００．２，町村は９８．２であり（乙９の１），同様に，同庁が平成１４年１１月に実施した調査結果（平成１６年４月刊行）によれば，愛知県全体は９９．０，名古屋市は１０２．７，岡崎市は９８．９，人口１０万以上の市は９９．９，人口５万以上１０万未満の市は９６．８，人口５万未満の市は９７．０，町村は９７．４であった（乙９の２）。
カ　平成１５年及び平成１６年民調とこれに基づく給与勧告(ア)　愛知県人事委員会は，地方公務員法８条，２６条に基づいて，毎年少なくとも１回，県議会及び知事に対し，給与勧告を行っているが，これを行うに当たって，県職員の給与額と県内民間事業所の従業員の給与額との較差（公民較差）を算出するために，職員給与実態調査を行い，さらに，人事院及び名古屋市人事委員会と共同して職種別民間給与実態調査を実施している（乙１３，４２の２）。
(イ)　愛知県人事委員会は，平成１５年１０月２日及び平成１６年１０月４日，それぞれ給与勧告を行っているところ，その概要は次のとおりである。
ａ　平成１５年１０月２日給与勧告
平成１５年民調は，別紙２のとおり，企業規模１
００人以上で，かつ事業所規模５０人以上の県内
の民間事業所のうち，一定の事業目的に分類され
た約２８００の事業所から統計上の理論に従って
無作為に抽出された３２５の事業所（名古屋市内
は２００の事業所，名古屋市外の県全域が１２５
の事業所）を対象として実施された（ただし，そ
の後に対象外であることが判明したり，調査不能
となった事業所が２９あった。）。この結果に基
づき，職員のうち行政職給料表(一)適用者と，民
間従業員のうちこれに相当する職種の者のうち役
職段階，年齢などを同じくする者の平成１５年４
月分の給与額を比較（ラスパイレス比較法）する
と，県職員の平均給与月額が４５万２４３６円で
あるのに対し，民間のそれが４４万７４７８円と
なり，県職員の給与が金額で４９５８円，率で
１．１パーセント上回っていた。そのため，県人
事委員会は，これらに，各種手当についての民間
給与との比較，賃金・雇用情勢，国家公務員の給
与等の状況を踏まえて，すべての級のすべての給
与月額を平均１．１パーセント引き下げることを
内容とする勧告を行った（乙１１ないし１３）。
ｂ　平成１６年１０月４日の給与勧告
平成１６年民調は，平成１５年民調と同様に無作
為で抽出された３４０の事業所を対象として実施
された。この結果に基づき，上記と同様にラスパ
イレス比較法で比較したところ，県職員の平均給
与月額が４５万１６７２円であるのに対し，民間
のそれが４５万１５９０円となり，県職員の給与
が民間給与を８２円，率で０．０２パーセント上
回っていた。しかし，県人事委員会は，同較差は
給与月額の最低単位である１００円よりも小さい
ことから，均衡は図られているとして，月例給の
改定を見送ることが適切である旨の勧告を行った
（乙４２の１・２）。


(ウ)　そして，平成１５年民調の資料を基に，名古屋市と名古屋市を除く愛知県内の民間従業員の平均給与を算出すると，名古屋市を除く愛知県内の民間従業員の平均給与月額は，部長（支店長，工場長，事務部長，技術部長，事務部次長及び技術部次長。１５１０人）が８３万０９６１円，課長（４９７９人）が６４万１３４３円，課長代理（１９６５人）が４８万７３３６円，係長（１万９３４０人）が４９万９５８２円，主任（８９６６人）が３８万２１９６円，係員（６万４６８０人）が２７万８４９４円であり，それぞれに，その母集団に属する人数を乗じて合計した給与総額を総人数で除した平均給与月額が３５万９８９１円であるのに対し，名古屋市内については，部長（２５２１人）が６５万９６８６円，課長（４０４０人）が５３万６５３７円，課長代理（３３９３人）が５１万２１６２円，係長（５３４９人）が４０万４４３３円，主任（８０９４人）が３６万８４４０円，係員（５万３２２３人）が２７万３４４２円であって，同様に計算した平均給与月額が３２万９７７４円となる。これによれば，名古屋市を除く県内の方が，名古屋市内と比べて部・課長の人数割合は少ないがその平均給与が高く，係長の人数割合も顕著に高いことや，名古屋市内の方が，係員の人数割合が高いことが明らかである（乙１１ないし１４）。
また，同様に，平成１５年民調の資料を基に，地区別のラスパイレス比較によって算出した平均給与月額によると，海部津島地区は２５万円未満であって，顕著に低いが，名古屋市の平均給与月額４３万３２８３円よりも高い地区が尾張地方や西三河地方を中心に５か所（尾張中部，尾張北部，知多，豊田・加茂，衣浦東部）ある（乙３８）。
キ愛知県における調整手当の沿革
調整手当に類するものとして，昭和２１年に臨時勤務地手当が創設され，昭和２３年に勤務地手当に改められたが，昭和３２年に同手当を廃止して，給料表の等級ごとに定められる一定額を支給する暫定手当の制度が創設され，昭和４２年３月２４日の本件条例制定後（施行は同年４月１日）も，同手当は存続していたが，昭和４３年３月１８日愛知県条例３号によって本件条例が改正され，その附則７項において，昭和４２年８月１日にさかのぼって全県一律に給料等に１００分の６を乗じた額の調整手当を支給することが定められた。その際，暫定手当が，愛知県内の全職員に一律支給されていたことや，職員団体から全県一律支給への強い要求があったことから，議会においては，調整手当を職員一律に支給するという条例改正案が全会一致で可決されている。（乙４，１９の１・２，２０の１・２）。
その後，調整手当の支給割合は，昭和４６年愛知県条例２号により１００分の８に（適用は昭和４５年５月１日にさかのぼる。），昭和５８年愛知県条例３号により１００分の９に（適用は昭和５７年４月１日にさかのぼる。），昭和６１年愛知県条例４２号により１００分の１０（適用は昭和６２年１月１日から）にそれぞれ改正されたが，全県一律支給については変更されず，今日に至っている。これについては，賃金，物価，生計費の指数を総合的に見れば，名古屋市と全県で地域格差がほとんどないことや，愛知県という限られた地域においては，職員の生活基盤である居住地に変更がないと考えられたこと，愛知県職員組合の強い要求があることなどが影響している（乙４，２２）。
ク愛知県内の各地方公共団体に勤める職員の給与
地方公共団体の職員の平均給与月額は，愛知県が５１万５０００円（年額８３０万２０００円），名古屋市が４５万９０００円（年額７４６万８０００円），豊根村が３２万７０００円（５３５万円）であり，平均年間給与額が７００万円台の愛知県内の市町村が１５市２町，６００万円台が１６市２１町３村，５００万円台が１８町５村である。
なお，県職員の給与額の基礎には，行政職よりも高い給与水準が保障されている教職員や警察官が含まれている（一般行政職（大卒）の初任給が１７万１５００円であるところ，教員のそれは１９万２０００円，警察官（大卒）のそれは１８万９３００円である。）のに対し，市町村にはこれらの職種が存在しない（甲３の１ないし８１）。
(2)　以上の認定事実によれば，名古屋市内は，物価水準については愛知県内の平均と比べて４，５パーセント高いが，民間の給与水準については県内全域でほとんど較差がなく，かえって尾張地方や西三河地方を中心として，名古屋市内よりも高水準の地区が相当数存在すること，さらに，民間の給与水準と調整手当を含む給与全体についての調査が実施され，その結果に基づいて給与勧告が行われ，給与の改定がなされていること，愛知県はそれほど広くなく，公共交通機関の整備状況から，異動の際に転居を伴うとは限らないことから，在勤の地域によって手当の額に差を設けることは，必ずしも生活実態に沿うとはいえないこと，調整手当について一律支給を求める職員団体の強い要望があることなどの実情が明らかであり，これに照らせば，県内に在勤する県職員について勤務地を問うことなく調整手当の一律支給を定めた本件附則は，相応の合理性があることを否定できない。また，１００分の１０の割合による調整手当を廃止した場合，民間給与との間に相当額の乖離が生じ，民間準拠の原則に拠れば，給料本体の引き上げを余儀なくされ，その結果，退職金等の支給額が増加し，県の負担はかえって重くなりかねないことなどを考慮すると，本件支給によって愛知県に対し実質的に不当な人件費負担をもたらすものとはいえないから，前記のとおり，調整手当の本来の性格に沿うかについて疑問がないではないものの，本件附則は，地方公共団体の前記裁量権を乱用・逸脱するものとまではいい難く，違法無効なものではないと判断するのが相当である。


平成１５年（ネ）第４１７３号　損害賠償等請求控訴事件（原審・東京地方裁判所平成１４年(ワ)第１５４３８号）（平成１６年１月２８日口頭弁論終結）
判　　　　　　　　　　　決
控訴人　　　　　　　特定非営利活動法人
家庭教師派遣業自主規制委員会
訴訟代理人弁護士　　澤　田　保　夫
被控訴人　　　　　　有限会社旭学園
代表者代表取締役
訴訟代理人弁護士　　松　岡　　　宏
同　　　　　　　　　森　本　耕太郎
主　　　　　　　　　　　文
本件控訴を棄却する。
控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１　控訴の趣旨
１　原判決を取り消す。
２　被控訴人は，「家庭教師派遣業自主審査実行委員会」との名称を使用してはならない。
３　訴訟費用は，第１，２審とも被控訴人の負担とする。
第２　事案の概要
本件は，控訴人が，被控訴人に対し，被控訴人が使用する「家庭教師派遣業自主審査実行委員会」との名称（以下「本件名称」という。）は，控訴人の業務に係る営業表示として需要者の間に広く認識されている「家庭教師派遣業自主規制委員会」の表示（以下「控訴人表示」という。）と類似しており，控訴人の営業と混同を生じさせているとして，不正競争防止法２条１項１号，３条１項に基づき，本件名称の使用差止めを求めた事案である。
なお，原審においては，株式会社日本家庭教師センター学院（以下「原審原告学院」という。）も共同原告となり，本件被控訴人に対し，原判決「事実及び理由」欄の第１「請求の趣旨」記載の請求をし，全部敗訴したが，控訴を提起しなかったため，原判決中，原審原告学院の関係部分は確定した。また，控訴人は，当審において，原審における請求のうち，上記「請求の趣旨」第８項記載の本件名称の使用差止請求以外のすべての請求について，当該請求に係る訴えを取り下げた。本件の前提となる事実並びに争点及びこれに関する当事者の主張は，以下のとおりである。
１　前提となる事実
(1)　控訴人は，控訴人代表者Ａが中心となって家庭教師派遣業者により平成１２年１２月２８日に設立された特定非営利活動法人である（甲１，弁論の全趣旨）。(2)　被控訴人は，家庭教師派遣業を営む有限会社である（乙１５）。(3)　被控訴人が「岐阜県ＰＴＡ」新聞及び「愛知のＰＴＡ」新聞の平成１４年６月号及び７月号に掲載した広告には，その右下部分に，「疑問や不安を感じたら悩まずに通報して下さい！消費者被害トラブル相談室・・・家庭教師派遣業自主審査実行委員会」と記載されており，本件名称の表示がある（甲１５の１～３，６，７）。
２　争点
(1)　控訴人表示は，控訴人の営業を表示するものとして需要者の間に広く認識されているものと認められるか。
(2)　被控訴人が本件名称を使用しているか。
(3)　被控訴人による本件名称の使用は，類似の営業表示を使用して控訴人の営業と混同を生じさせる行為に当たるか。
３　争点に関する当事者の主張
(1)　争点１（控訴人表示の周知性の有無）
（控訴人の主張）
本件において，不正競争法防止法２条１項１号に規定する「需要者」とは，「家庭教師派遣業者」ではなく，家庭教師を雇う「一般消費者」を意味するものである。
控訴人は，家庭教師派遣業者の自主審査を実行し，優良業者にＡＡＡの認定評価を付与して，消費者を保護するとともに，家庭教師派遣業界の発展に寄与する団体である。家庭教師派遣業者にとって，自主審査を実行する団体は特定非営利活動法人である控訴人のみであると認識されているからこそ，被控訴人を含む多数の業者が，控訴人に対し，自主審査を申し込んできたのであり，そのことは，取りも直さず，一般消費者の間においても，控訴人表示が広く認識されていることの反映である。
控訴人は，家庭教師派遣業者を審査し，ＡＡＡの認定評価をして，その評価を一般消費者に知らせることにより，これを保護することを目的の一つとしているから，一般消費者に対する認定評価結果の宣伝広告が非常に重要となる。その意味で，控訴人表示は，上記のとおり，一般消費者を対象としている。
（被控訴人の主張）
控訴人表示は，一般消費者の間においてはほとんど認識されていない。控訴人が，控訴人表示を使用するのは，家庭教師派遣業者に対し何らかの審査を実行する場合であって，控訴人表示は，一般消費者を対象として使用されるものではない。
(2)　争点２（被控訴人が本件名称を使用している事実の有無）
（控訴人の主張）
原判決は，上記１(3)の事実を認定しながら，「家庭教師派遣業自主審査実行委員会」という団体（以下「本件団体」という。）と被控訴人とが別の団体であることは明らかであるとして，被控訴人が本件名称を使用しているとはいえないと判断した。しかしながら，被控訴人が本件名称を使用しているか否かと，被控訴人と本件団体とが別の団体であるか否かとは関係がない。被控訴人が本件団体の一員として本件名称を使用する形態は当然にあり得るのであって，上記１(3)の例が正にその場合である。したがって，被控訴人は，本件名称を使用している。
（被控訴人の主張）
被控訴人は，自らの掲載する広告紙面の一部を提供し，家庭教師の紹介を口実にした「悪質商法」の被害に遭わないよう，消費者に対し注意を喚起するとともに，被害者の救済を目的とする「消費者被害トラブル相談室」の電話番号を掲記したものである。そして，そうした運動の主体が，営利を目的としない業界団体であることを明らかにすべく，本件団体を紹介しているのであって，いかなる営業行為もしていない。
また，被控訴人が「岐阜県ＰＴＡ」新聞及び「愛知のＰＴＡ」新聞における広告に本件名称を使用したのは，平成１４年６月～８月の３回のみであり，それ以後は全く使用していない。
(3)　争点３（被控訴人表示と本件名称との類否，混同のおそれの有無）
（控訴人の主張）


控訴人表示と本件名称とは，文言上，「規制」と「審査実行」の部分が相違するだけであり，類似している。そして，被控訴人が本件名称を表示した広告を行ったことにより，控訴人と本件団体とは同一又は類似のものとして消費者に認識されるようになったのであるから，被控訴人の行為は，正に，類似の表示を使用して控訴人の営業と混同を生じさせる行為である。
（被控訴人の主張）
控訴人の上記主張は争う。
第３　当裁判所の判断
１　争点１（控訴人表示の周知性の有無）について
(1)　控訴人は，上記第２の１(1)のとおり，控訴人代表者Ａが中心となって家庭教師派遣業者により平成１２年１２月２８日に設立された特定非営利活動法人であり，証拠（甲１，６，７）及び弁論の全趣旨によれば，家庭教師派遣業者のサービズ評価を自主審査し，消費者が家庭教師を依頼したり，個別指導教室を選択するときの目安として，「ＡＡＡ」「ＡＡ」「Ａ」等の格付けを行い，「優良ＡＡＡ業者」等の認定評価を付与し，その認定料等の収入を事業活動費に充てることを主な業務とする団体であることが認められる。
ところで，控訴人表示は，控訴人の名称から団体の種別を示す「特定非営利活動法人」の文字を除外した「家庭教師派遣業自主規制委員会」の文字からなる標章であるが，控訴人が上記のとおり設立された後，平成１３年４月ころ作成の「特定非営利活動法人家庭教師派遣業自主規制委員会ご入会案内」（甲１），同年１２月ころ作成の「経済産業省ガイドライン『サービス評価』審査システム『優良ＡＡＡ業者』認定登録証交付のご案内」（甲６）等のパンフレット，同年１２月５日付け「教育報道新聞」の記事（甲８－１），同月２０日付け「訪販ニュース」の記事（甲８－２），平成１４年６月３日付け「教材新聞」の記事（甲１３），同年６月１２日付け大一印刷有限会社作成の控訴人あての請求書（甲１４），平成１３年１２月１日付け控訴人のインターネットホームページ（甲９－３），同年１１月２９日付け控訴人理事会の議事録（甲１６－１），同年１２月２８日付け控訴人臨時総会の議事録（甲１６－２），同年７月～９月ころの控訴人と家庭教師派遣業者間のファックス送信文書（甲１８～２１の各１，２，甲２３，乙１１，１２－１～３）等に，控訴人表示それ自体，又は上記団体種別表示を控訴人表示の冒頭に冠した表示が付されており，これによれば，控訴人の設立後，控訴人表示が一定の範囲で控訴人の営業表示として使用されていたことが認められる。しかしながら，上記文書類は，家庭教師派遣業者に対して控訴人への入会又は自主審査への応募を勧誘することを目的とする文書，控訴人と家庭教師派遣業者との間の通信文書，控訴人の内部文書，控訴人の営業行為に伴う取引文書，あるいは，家庭教師派遣業者に関連する業界内のみに流布していたいわゆる業界紙の類であって，いずれも家庭教師を雇う「一般消費者」を対象としたものではないことが明らかである。不正競争防止法２条１項１号にいう営業表示の周知性の認識主体については，当該営業の種類，性質，取引の実情等により個々具体的に判断すべきものであるが，控訴人は，当審において，本件名称の使用差止請求の根拠としている同号所定の「需要者」とは，「家庭教師派遣業者」ではなく，家庭教師を雇う「一般消費者」であることを明示的に主張しているところ，上記証拠によっては，控訴人表示が控訴人の営業表示として上記需要者の間において広く認識されていたものと認めることは到底できない。また，平成１４年２月～平成１５年１月の職業別タウンページ（静岡県東部版）（甲２５）上に掲載された「平成学院スパルタ塾」の広告中には，「ＡＡＡ優良業者です。（NPO家庭教師派遣業自主規制委員会認定）」と表示されているが，わずかに１業者の１地域における広告である上，同広告文面の末尾に小さく表示されているにすぎないことなどからみても，これをもって，控訴人表示の一般消費者に対する周知性を肯定することは困難というほかはない。なお，控訴人代表者Ａが同じく代表者を務める原審共同原告の原審原告学院が「家庭教師派遣業自主規制委員会」の商標登録（平成９年１２月１９日登録）を得ている（甲３－３）ことも，控訴人表示の一般消費者に対する周知性を基礎付けるものということはできない。
他人の営業表示が不正競争防止法２条１項１号の周知性を具備すべき時点は，同号に該当する営業主体混同行為の差止請求の関係では，差止請求訴訟の事実審の口頭弁論終結時である（最高裁昭和６３年７月１９日判決・民集４２巻６号４８９頁参照）ところ，本件口頭弁論終結時の平成１６年１月２８日の時点における，控訴人表示の一般消費者に対する周知性については，以上のとおり，これを認めるに足りる証拠はない。
(2)　これに対し，控訴人は，控訴人表示の周知性を認めるべき根拠として，①家庭教師派遣業者の間では，自主審査を実行する団体は特定非営利活動法人である控訴人のみであると認識されていたこと，②被控訴人を含む多数の業者が，控訴人に対し，自主審査を申し込んできたこと，③控訴人は，家庭教師派遣業者を審査し，ＡＡＡの認定評価をして，その評価を一般消費者に知らせることにより，これを保護することを目的の一つとしているから，一般消費者に対する認定評価結果の宣伝広告が非常に重要となることを主張する。
しかしながら，家庭教師派遣業者の認識（上記①）や，多数の業者の自主審査への応募の事実（上記②）については，これを認めるに足りる証拠がないばかりでなく，仮にそのような事実が認められたとしても，直ちに一般消費者の間における控訴人表示の周知性に結び付くわけではないことが明らかであるし，また，一般消費者への広告の重要性の点（③）も，実際に，一般消費者を対象とする広告，宣伝が実施されたことを示す的確な証拠が何ら提出されていない以上，上記(2)の認定判断を左右しないというべきである。
(3)　以上のとおりであるので，控訴人表示は，需要者である一般消費者の間に広く認識されているものであると認めることができない。２　以上によれば，控訴人の被控訴人に対する不正競争防止法２条１項１号，３条１項に基づく本件名称の使用差止請求は，その余の点について判断するまでもなく理由がないから，これを棄却すべきである。
よって，以上と同旨の原判決は相当であって，本件控訴は理由がないから，これを棄却することとし，主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第１３民事部
裁判長裁判官    　篠　　原　　勝　　美


平成１３年（ネ）第１８７０号　実用新案権侵害差止等請求控訴事件（原審・東京地方裁判所平成１１年(ワ)第１５００３号）（平成１４年１月２１日口頭弁論終結）
判　　　　　　　　　　決
控訴人　　　          株式会社マルナカ
訴訟代理人弁護士　　　牧野    利秋
同　　　　　　　　　　田辺    克彦
同　　　　　　　　　　藤田    耕三
同　　　　　　　　　　田辺    邦子
同      　　　　　　　田　辺　信　彦
同                    奥　宮　京　子同                    伊　藤　ゆみ子
同　　　　　　　　　　中　西　和　幸
同　　　　　　　　　　市　川　佐知子
同　　　　　　　　　　安　藤　真　一
同　                  眞　岡　加奈子
同　　　　　　　　　　高　木　いづみ
同　　　　　　　　　　松　林　智　紀
同                    佐　藤　修　二
同　　　　　　　　　　横　内　龍　三
同　　　　　　　　　　大　野　　　渉
同　　　　　　　　　　植松    祐二
同　　　　　　　　　　塩　川　智　子
同　　　　　　　　　　宍戸    一樹
補佐人弁理士　　　    小林    正治
同　　　　　　　　　　伊藤      　茂
同　　　　　　　　　　青　山　　　仁
被控訴人　　　        日軽熱交株式会社
訴訟代理人弁護士　　　田倉      　整
同復代理人弁護士　　　黒澤    佳代
補佐人弁理士　　　    大滝      　均
主　　　　　　　　　　文
本件控訴を棄却する。
控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１　当事者の求めた裁判
１　控訴人
(1)　原判決を取り消す。
(2)　被控訴人は、原判決別紙物件目録一の熱交換器用パイプを製造し、使用し、又は譲渡してはならない。
(3)　被控訴人は、原判決別紙物件目録二の熱交換器を製造し、使用し、又は譲渡してはならない。
(4)　被控訴人は、その占有に係る前２項記載の熱交換器用パイプ及び熱交換器並びにこれらの製造に用いる設備を廃棄せよ。
(5)　被控訴人は、控訴人に対し、１億２０００万円及びこれに対する平成１１年７月１４日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。(6)　訴訟費用は、第１、２審とも被控訴人の負担とする。
(7)　第(5)項につき仮執行宣言
２　被控訴人
主文と同旨
第２　事案の概要
本件は、熱交換器用パイプについての実用新案権（本件実用新案権）を有する控訴人が、被控訴人の製造販売に係る熱交換器用パイプ（被控訴人パイプ）及び熱交換器（被控訴人熱交換器）は、本件実用新案権に係る考案の技術的範囲に属すると主張して、被控訴人に対し、被控訴人パイプ及び被控訴人熱交換器の製造販売等の差止め等及び損害賠償を求めた事案であり、控訴人の請求をいずれも棄却した原判決に対し、控訴人が取消しを求めている。
本件の当事者間に争いのない事実、争点及びこれに関する当事者の主張は、以下のとおり当審における主張を付加するほかは、原判決「事実及び理由」欄の「第二事案の概要」のとおりである（ただし、原判決６頁９行目の「実用新案公報」を「実用新案登録公報」に、２７頁６行目の「本件考案」を「本件実用新案権に係る分割出願」に改める。）から、これを引用する。
１　控訴人の主張
原判決は、争点１（構成要件充足性）に関し、被控訴人パイプが本件考案の構成要件を充足することを認めたので、以下、専ら争点２（公然実施による実用新案登録の無効）及び争点３（先使用による通常実施権）について述べる。(1)　本件実用新案権に係る実用新案登録出願日（原出願の日である平成元年９月１１日をいう。以下「本件出願日」という。）前に被控訴人によって製造された熱交換器用パイプ（以下「本件出願前製品」という。）の形状は、本件出願日後である平成５年以降に被控訴人によって製造された被控訴人パイプの形状と明らかに異なっており、本件出願日前製品は、公然実施による本件考案の実用新案登録の無効理由も、被控訴人の先使用による通常実施権（以下「先使用権」ともいう。）も基礎付けるものではない。以下詳説する。


(2)　本件考案は、「チューブの差し込みが容易で、チューブが曲らず真直に差込まれ、チューブのロー付け面積が十分に広くとれる熱交換器用パイプを提供すること」（本件明細書〔原判決添付、甲１〕段落【０００６】）を目的として、差込み穴の長手方向端部の「内周面のうち平行部よりも肉厚方向外側に外側広がりの挿入ガイド部が同平行部と連続して加圧成形され」（構成要件ｄ）、「その挿入ガイド部の外側にそれと連続して外側広がりのガイド突子がパイプの外周面より外側に突出するように形成されてなる」（構成要件ｅ）構成を採用したものであり、この構成によって、①チューブの差込みが容易になる、②組立精度が向上し、チューブのロー付けも確実になる、③パイプへのチューブのロー付けも確実かつ強固になり、機械的精度が向上するとともに、そのロー付け部分から冷媒が漏れにくくなる、④作業性が良い、⑤パイプ自体がくぼんだり曲がったりしないので、加工しやすく、加工費もかさばらない等の効果を奏するものである。したがって、構成要件ｄ、ｅは本件考案の特徴的、本質的部分である。そして、本件明細書の考案の詳細な説明中の「このガイド突子２ａ及び挿入ガイド部２は、例えば図２の様にガイド突子２ａ及び挿入ガイド部２と同じ形状の突子６が突設された打抜きパンチ７により、同図の矢印方向からパイプ１をプレスして差込み穴Ｆを打抜けく（「打抜く」の誤記と認める。）ことにより、一回のプレス加工で差込み穴Ｆの形成と同時に同差込み穴Ｆの長手方向端部の内周面Ｇの肉が外側に加圧されて形成される」（段落【００１５】）、「ガイド突子２ａ及び挿入ガイド部２は差込み穴Ｆの長手方向端部の内周面Ｇの肉厚方向外側だけを、差込み穴Ｆのプレス加工の際に同時に外側広がりになるように加圧して外側広がりのテーパーに変形させると共に、ガイド突子２ａをパイプ１の外周面５より外側に突出するように形成してある」（段落【００１７】）との記載に示されているとおり、突子は挿入ガイド部とともに意識的に加圧加工されて形成されるものであり、上記の加圧加工をすることなく、プレスして差込み穴を打ち抜く際に生ずる差込み穴先端の単なる立ち上がりやバリのようなものとは明確に区別されるものである。(3)　ところが、以下のとおり、本件出願前製品において、本件考案に相当する考案は存在しないか、又は未完成であったというべきである。ア　本件出願前製品には、外側広がりの挿入ガイド部に相当する部分が明確でなく、わずかに先端部分が外側広がりになっていることがうかがわれる程度のもの（甲３６の１）、突起部分についてはそれがわずかに存在するもの（乙３２の右側写真）、突起部分が明確に識別し得ない状態のもの（甲３７の１）等が存在している。仮に、被控訴人の主張するように、パンチ刃の肩部をチューブ差込み穴に押し当てて加圧成形していたとすれば、本件出願前製品の差込み穴両端部の突起部分の形状及び大きさにこのようなばらつきは生じないはずであり、なぜこのようなばらつきが生じているのかを明らかにする合理的な説明もされていない。なお、平成元年８月１０日製造の製造番号ＮＫＫ９８１０の熱交換器のパイプ（乙７、２６、２７、検乙３、４）に関しては、確かに、乙７添付の断面写真５９、６０、６４～６７を見る限り、原判決の認定するように「右パイプにはパイプ外周面から突出する突起部分が形成されていることが認められる」（原判決４６頁１０行目～１１行目）という形状に見える。しかし、証拠として提出されている被控訴人の製造に係る熱交換器用パイプは、差込み穴の形成後に、チューブ差込み、ロー付け、塗装といった工程を経ており、更に切断面を示すための切断及び研磨が加えられていることに留意する必要がある。特に、上記断面写真に係るパイプは、コンデンサーから切り取った切断片を樹脂固めすることなく研磨したものであることが明らかなところ、パイプはアルミニウム製で柔らかくて変形しやすいこと、差込み穴先端は何倍にも拡大しなければ確認しにくいほど小さく、先端が尖っていること、差込み穴先端までローが満たされている場合は樹脂固めをしなくとも変形しにくいが、上記製品のように、ローが満たされていない場合に樹脂固めをしないまま研磨すると、差込み穴先端が外側に広がりやすくなることを考えると、上記断面写真が原形状をそのまま維持しているとはいえない。他方、本件出願後の製造に係る被控訴人パイプにおいては、パンチ刃の肩部による十分な加圧がされていることから、差込み穴両端部の突起部分に本件出願前製品のようなばらつきはなく、ほぼ均一の形状及び大きさの突起を備え、突起と差し込まれたチューブとの間のロー溜りに多くのローが充填されている。このことは、本件出願前製品が、本件出願後の製造に係る被控訴人パイプと異なり、パンチ刃の肩でパイプの差込み穴を加工するものでなかったことを示すものである。イ　以上の点は、控訴人の依頼に係るＢ作成の「鑑定書」等（甲５０の２、３、甲５３、６３）及び同Ｃ作成の「鑑定書」（甲６６）によっても裏付けられる。すなわち、これら「鑑定書」等においては、①被控訴人らがその製造に係る熱交換器用パイプの差込み穴の成形方法を示すものとして提出したＦ社作成図面（乙２４の２枚目）に従って加圧成形をしようしても、パンチ刃先端がパイプの内面と接触してしまうため、このような方法で差込み穴両端部の突起が成形されることはあり得ないこと、②同突起部分の角度は、スプリングバックによってパンチ刃の肩部の角度よりも小さくなるから、パンチ刃の肩部の角度と突起部分の傾斜とが整合するとしても（原判決４５頁４行目～７行目参照）、同突起部分がパンチ刃の肩部によって成形されたことを示す根拠となり得ないこと、③被控訴人の製造に係る熱交換器用パイプの光学顕微鏡組織写真による観察の結果、本件出願日後の製造に係る被控訴人パイプの差込み穴両端部の突起部分においては、加圧成形されたことを示すアルミニウムの再結晶が確認されたのに対し、本件出願前製品については、この再結晶が確認されなかったこと、④むしろ、本件出願前製品の差込み穴両端部の突起は、パンチ刃がパイプ径の中心から径方向に芯ずれして押し込まれたり、パンチ刃の押し込みすぎといった不適切な加工方法から生じた不良品であることが、それぞれ示されている。


ウ　加えて、被控訴人は、控訴人を債権者、被控訴人を債務者とし、本件実用新案権侵害を理由とする仮処分申立事件（東京地方裁判所平成１０年（ヨ）第２２１６５号、以下「本件仮処分事件」という。）の係属中から、本訴の原審において平成１２年４月３日付け第１０回準備書面を提出するまでの間、被控訴人の製造に係る熱交換器用パイプの差込み穴両端部の突起について、「開削に際して、派生する『バリ』に類するものと理解していた」（本件仮処分事件平成１１年７月１日付け準備書面１２頁）、「当該突子は、丸パイプにスリット孔を開ける加工においては、突子が自ずから形成されるものであり、むしろ、突子が形成されないように加工する方が難しい」（原審平成１１年１１月２５日付け準備書面６頁）、「何らの特別な手段を講じるまでもなく」形成されるものであり、「被告は、この断面形状を有するパイプを意識的に作っているわけではない」（原審平成１２年３月３日付け準備書面）などと主張してきた。ところが、その後、上記の原審第１０回準備書面をもって、上記突起はパンチ刃の肩で押して形成したものであると主張するに至り、さらには、そこに技術的思想が盛り込まれているとまで主張を変遷させている。
このことは、被控訴人が、本件出願前製品に関して、本件考案と同じ技術的思想を有していなかったこと、その後、被控訴人において熱交換器用パイプの差込み穴の成形方法を変更していることを示すものにほかならない。エ　考案とは、自然法則を利用した技術的思想の創作であり、一定の技術的課題の設定、その課題を解決するための技術的手段の採用及びその技術的手段により所期の目的を達成し得るという効果の確認という段階を経て完成される（発明に関する最高裁昭和６１年１０月３日第二小法廷判決・民集４０巻６号１０６８頁参照）。そして、本件考案が、実用新案法３条１項２号に規定する「公然実施をされた考案」といえるためには、その構成要件を備えた技術的思想の創作について不特定の第三者がその内容を知り得る状態にあったことを要する。ところが、被控訴人が、本件出願日前において、本件考案と同じ課題を認識し、その解決手段として本件考案と同じ技術的思想に基づく解決手段を採用する意図を有していなかったことは、上記ア～ウから明らかである。したがって、本件出願前製品から、本件考案の構成を備えた技術的思想の創作を、不特定の第三者が知り得るとは到底いえず、被控訴人が、本件出願前製品をもって、本件考案と同一の考案を実施していたということはできない。また、先使用権についても、「考案の実施である事業をしている者又はその事業の準備をしている者」（実用新案法２６条において準用する特許法７９条）に与えられる法定実施権であり、上記の意味での考案が存在することが大前提である。
そうすると、本件出願前製品に関して、公然実施又は先使用権に係る考案が存在したとはいえず、あるいは、仮に、何らかの意味で存在していたとしても、考案として未完成というべきである（先使用者は、発明の思想、殊に課題解決の手段を構成する外部的因果関係を経験的に把握し、発明思想に対し事実的に支配可能の状態にあったことを要するとした大阪地裁昭和４１年２月１４日判決・判例時報４５６号５６頁、低割合で不良品が混入していたとしても特許権を実施していたと評価すべき実体はないとした名古屋高裁平成９年１２月２５日判決・判例タイムズ９８１号２６３頁参照）。
(4)　仮に、先使用権の成立する余地があるとしても、その範囲は、せいぜい最小限のロー溜まり部を設けるという技術的思想に基づく考案に限られるというべきであるから、現行の被控訴人パイプにおけるような画一的かつ十分なロー溜まり部を設けてロー付けを確実にするという技術的思想に立脚しているものには、先使用権は及ばないと解さなければならない。
(5)　原判決は、公然実施の日を、上記(3)の製造番号ＮＫＫ９８１０の熱交換器用コンデンサーの搭載された自動車の登録日である平成元年８月２５日と認定するが、自動車の登録後にエアコン及び熱交換機を搭載するこということも珍しくはなかったから、上記自動車の登録時に、当該熱交換器が現に搭載されていたと即断することはできず、本件において、公然実施の時期の立証はないというべきである。
２　被控訴人の主張
(1)　控訴人は、本件出願前製品の差込み穴両端部の突起部分の形状及び大きさのばらつきについて主張するが、そのようなばらつきは本件出願日後の製造に係る被控訴人パイプにも見られることであって、考案としての同一性を失わない範囲内のものであるから、先使用権の成立に消長を来すものではない。また、本件出願前製品は、現に被控訴人によって製造販売され、市場に流通していたのであるから、公然実施されていたことも明らかである。パンチ刃の肩部の角度や、パイプの径、板厚等は、適宜変更が加えられているが、差込み穴の成形方法に関しては、本件出願日の前後を通じて、「加工するパイプを所定のオイルの中に浸して、パイプ両端を密閉した上で、複数のパンチ刃を上から押し当て穴加工する製造方法」が採られており、何ら変更はない（Ｅ株式会社代表者作成の証明書〔乙３５の２〕参照）。また、控訴人は、甲５０の２、３、甲５３、６３、６６の「鑑定書」等において、①Ｆ社作成図面（乙２４の２枚目）に従って加圧成形をすることはできないこと、②突起の角度はスプリングバックによってパンチ刃の肩部の角度よりも小さくなること、③被控訴人の製造に係る熱交換器用パイプの光学顕微鏡組織写真による観察の結果、本件出願日前製品については加圧成形されたことを示すアルミニウムの再結晶が確認されなかったこと、④本件出願前製品の差込み穴両端部の突起は、不適切な加工方法から生じた不良品であることが示されている旨主張する。しかし、①の点は、被控訴人が現に使用するパンチ刃と全く同一のものとはいえないものの寸法に基づいて加圧成形の可否を論ずるものであって、そもそも無意味であるし、②～④の点は、被控訴人技術企画部長Ｄ作成の報告書（乙３４の２～４）によって理由のないことが明らかにされている。
(2)　被控訴人が、本件仮処分事件及び原審において、上記１(3)ウで引用のとおりの主張をしたことは認める。しかし、この主張は、パンチ刃の肩部で差込み穴両端部の突起が形成されるとの被控訴人の主張と何ら矛盾するものではない。そもそも、本件考案は、冷媒漏れの防止等の効果を標ぼうしているが、差込み穴の突起がこのような効果に深く関与することは実際上あり得ず、被控訴人としては、本件仮処分事件段階から一貫して主張してきたとおり、これをバリの類のものと認識しており、主張の変遷など存在しない。
第３　当裁判所の判断
１　争点１（構成要件充足性）について


争点１についての判断は、原判決「事実及び理由」欄の「第三当裁判所の判断」の「一　争点１（構成要件充足性）について」のとおりであるから、これを引用する。
２　争点２（公然実施による実用新案登録の無効）及び争点３（先使用による通常実施権）について
(1)　ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプの差込み穴両端部の突起についてア　証拠（乙７、２６、２７、３３、検乙３、４）及び弁論の全趣旨によれば、被控訴人は、平成元年８月１０日、製造番号ＮＫＫ９８１０の熱交換器を製造したこと（なお、弁論の全趣旨によれば、「９８１０」の数字は、１９８９年８月１０日の下線部の数字に由来するものと認められる。）、当該熱交換器は、スズキ株式会社製造の軽自動車「アルト」（車両番号浜松５０か５０１０、同月２５日登録）のエアコン用に搭載されたものであること、当該熱交換器は、本件考案の構成要件ａ～ｃに相当する構成、すなわち、冷媒を流すチューブを差込む横長の差込み穴が長手方向に一定の間隔で多数形成されてなる熱交換器用パイプを備え（同ａ参照）、その熱交換器用パイプには、同差込み穴がプレス成形され（同ｂ参照）、同差込み穴の長手方向端部の内周面の肉厚方向内側に平行部が設けられている（同ｃ参照）との構成を有することが認められる（以下、上記熱交換器用パイプを「ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプ」という。）。なお、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプは、平成１１年５月２７日、Ｊ地方法務局所属公証人Ｋの立会の下に、上記自動車から取り外されたものであり、その経緯は、同公証人作成の「平成１１年第２２３号自動車のエアコン用熱交換器パイプに関する事実実験公正証書」（乙７）に示されているところであって、何らかの作為が介入していることを疑わせる事情はない。
そこで、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプが、本件考案の構成要件ｄ、ｅに相当する構成を備えるものかどうかを見るに、同パイプの差込み穴部分を径方向に切断したサンプルの切断面を示すことが明らかな前掲乙７添付の写真（番号５０、５２～５７、５９、６０、６４～６７）、同サンプルの現物であることが明らかな検乙４及び同サンプルを切断した残部である熱交換器の現物であることが明らかな検乙３によれば、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプに設けられた差込み穴の長手方向端部の内周面には、平行部よりも肉厚方向外側に外側広がりの挿入ガイド部が同平行部と連続して成形されていること（構成要件ｄ参照）、その挿入ガイド部の外側にそれと連続して外側広がりの突起がパイプの外周面より外側に突出するように形成されていること（同ｅ参照）が、一見して明白に看取されるというべきである。そして、上記外側広がりでパイプの外周面より外側に突出するように形成されている突起が、本件考案の構成要件ｅに規定する「ガイド突子」に当たることは明らかである。
なお、上記の証拠のみからは、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプの挿入ガイド部が「加圧成形」されたものかどうかは明らかでないが、同パイプが、本件考案の構成要件ｄの「挿入ガイド部が・・・加圧成形され」ているかどうかの点を除いて、本件考案のすべての構成を備えることは、上記の証拠による外形的な観察から明白ということができる。
イ　控訴人は、上記熱交換器用パイプは、差込み穴の成形後に、チューブ差込み、ロー付け、塗装といった工程を経ており、更に切断面を示すための切断及び研磨が加えられていることからすると、上記断面写真が原形状をそのまま維持しているとはいえない旨主張する。
しかし、前掲乙７、検乙３、４によれば、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプに多数存在する差込み穴両端の突起は、左右がほぼ均一の形状及び大きさで整然と形成されていることが認められるところであり、チューブの差込み時の偶発的な接触等によって形成されたとは到底考えられず、また、チューブと平行部との接触摩擦によって、パイプの外周面より外側に突出するような突起が形成されるなどと考える余地もない。
次に、ロー付け及び塗装の影響について見るに、Ｈ機械技術グループＩ作成の熱交換器用チューブの断面拡大写真（甲５７の２～５、甲５８、５９の各２）及び控訴人作成の同写真のなぞり書（甲５８、５９の各３）によれば、熱交換器用チューブの差込み穴両端部において、ロー付けに係るローが、挿入ガイド部の外周面側先端付近に、わずかに盛り上がるようにして付着することがあり得ること自体は認められる。しかし、そのようなわずかなローの盛り上がりは、前掲乙７、２６、２７、３３、検乙３、４によって認められるＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプの差込み穴両端部に形成されている明確な突起とは、明らかにその態様を異にするというべきであって、この突起がロー付けや塗装によって形成されたものであるとは、到底認めることができない。
また、切断面を示すための切断及び研磨の影響をいう点については、前掲検乙３のパイプに多数残されている、切断及び研磨のされていない差込み穴にも、切断面におけるものと同様の突起を明らかに見て取れる事実を全く無視した主張というほかなく、採用することはできない。
(2)　ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプの挿入ガイド部の成形方法についてそこで、進んで、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプの「挿入ガイド部が・・・加圧成形され」（本件考案の構成要件ｄ）たものといえるかどうかについて検討する。


ア　本件出願後の製造に係る被控訴人パイプの挿入ガイド部が「加圧成形」されたものであることは、本件考案の構成要件ｄの充足性に関する前記引用に係る原判決の説示（原判決３３頁４行目～３７頁６行目）のとおりであるところ、控訴人は、これと本件出願前製品とでは、成形方法に変更があった旨主張する。しかし、昭和６３年１月１９日付けＦ社作成図面等の添付された被控訴人代表者作成の上申書（乙２４）、同年２月９日の日付印のあるＥ株式会社作成のパンチ刃図面（乙３５の１）及び同会社代表者作成の証明書（乙３５の２）によれば、被控訴人は、本件出願日の前後を通じて、細部の寸法や角度等は若干異なるものの、先端に台形状の刃を有し、幅広偏平状の平行部分に続いて段状肩部を備えるという点で上記Ｆ社作成図面と基本的な構造を同じくする特殊なパンチ刃を用いて、これをパイプに押し当て、切り裂くようにして差込み穴を成形し、その際、同時に上記挿入ガイド部が成形されるという方法を一貫して採用していることが認められる。イ　控訴人は、被控訴人の主張に係る差込み穴の成形方法によっては、本件考案の構成に相当する突起は形成されない旨主張し、その根拠として、Ｂ作成の「鑑定書」等（甲５０の２、３、甲５３、６３）及びＣ作成の「鑑定書」（甲６６）を援用するが、以下のとおり、その根拠とするところは、いずれも採用することができない。
第一に、甲５０の２の「鑑定書」中で、「Ｆ社作成図面（注、乙２４の２枚目の図面）のパンチ刃の肩をパイプの外周にあてる場合には、パンチ刃の刃先がパイプの内面にあたるので、肩を使って、差込み穴両端を加圧成形することは不可能である」（４頁１２行目～１４行目）、「検乙４号証・・・にみられる『突起らしきもの』がＦ社作成図面のパンチ刃の角度４５度の肩で押し当てて作られたものとすれば・・・角度４５度に成形された後、スプリングバックによって戻り、４５度以下になるのが普通である。・・・従って・・・『突起らしきもの』は、前記パンチ刃の角度４５度の肩を押し当てて成形されたものではない」（同頁１９行目～末行）とする部分については、上記Ｆ社作成図面に示されたとおりの寸法及び肩部角度を有するパンチ刃を、外径２２．２㎜、肉厚１．２㎜又は１．６㎜のパイプに使用することを前提とするものであることが明らかである。しかしながら、被控訴人の使用するパンチ刃が、Ｆ社作成図面のものと比較して、基本的な構造は同一ながら、細部の寸法や角度等が若干異なることは上記認定のとおりであるばかりでなく、そもそも、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプの差込み穴について、これが乙２４の上記図面どおりの寸法及び肩部角度を有するパンチ刃で成形されたことを認めるに足りる証拠がない本件においては、これを所与の前提として突起の形成の是非を論ずること自体、全く無意味というほかはない。第二に、甲５０の２の「鑑定書」中には、「検乙３号証の差込み穴の突起らしきものは、極度に大きく、ロー不足が生じている。また、くびれや亀裂らしきものも見られる。・・・このような形状が生じている理由は、パンチ刃がパイプ径の中心より横方向（パイプの径方向）に位置ずれ（芯ずれ）して押し当てられたり、パンチ刃の押し込みすぎといった不適切な作業により生じたものと思われる。・・・検乙３号証は、本件考案出願前の被控訴人の製品中でも、特異な原因で生じた異常な製品であると思われる」（５頁４行目～１６行目）との記載があるが、この点は、そもそもＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプの挿入ガイド部が加圧成形されたことを否定する趣旨の記載とは認められない（考案の不存在又は未完成の主張との関係では後述する。）。
第三に、甲５０の２の「鑑定書」中には、カットサンプル①（平成元年１月２６日被控訴人製造に係る製造番号ＮＫＫ９１２６の熱交換器用パイプのもの）及び同③（同年６月８日被控訴人製造に係る製造番号ＮＫＫ９６０８の熱交換器用パイプのもの）については、カットサンプル②（平成１１年１月被控訴人製造に係る製造番号Ｎ９１００９９３の熱交換器用パイプのもの）及び同④（平成５年３月被控訴人製造に係る製造番号Ｎ３３０３５８３の熱交換器用パイプのもの）と異なり、光学顕微鏡組織写真上で、再結晶現象を示す細かい結晶粒が見られないことを理由に、「カットサンプル①③の突起らしきものは、パンチ刃の肩を当てて、成形加工したものではないと判断される。よって、鑑定の結論のとおり、カットサンプル①③と②④の製造方法は異なる」（７頁１７行目～２０行目）とする記載がある。しかし、Ｇ作成の「ＰＦＣ用ヘッダーパイプの金属組織の形成に関する見解」（乙３４の４添付）に照らすと、不鮮明な上記写真の観察によって再結晶現象の有無を正確に判断できるかは疑問である上、上記カットサンプル①、③は、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプに関するものではないから、上記の点は、本件の判断に直接影響を及ぼすものとはいえない。かえって、被控訴人技術企画部長Ｄ作成の「ダイハイトを変えたピアシング加工試験報告書」（乙３４の１）によれば、上記ア認定の方法を用いたパイプへの差込み穴の成形試験の結果、ダイハイト（スライド下面からボルスター上面までの距離）を適宜変更することによって、本件考案の構成に相当するパイプを形成することが現に可能であることが実証的に示されており、しかも、その中には、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプの挿入ガイド部及び突起と酷似するものも含まれていることが認められるところである。以上のほか、Ｂ作成の「鑑定書」等（甲５０の２、３、甲５３、６３）及びＣ作成の「鑑定書」（甲６６）のその他全記載を総合しても、上記アの認定を左右するに足りないというべきである。
ウ　以上によれば、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプの挿入ガイド部は、上記ア認定の方法によって成形されたものと認められ、これが「加圧成形」ということができることは明らかである。
したがって、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプは、本件考案の構成をすべて備えるものである。
(3)　考案の不存在又は未完成の主張について


ア　控訴人は、本件出願日前に、被控訴人が、本件考案と同じ課題を認識し、その解決手段として本件考案と同じ技術的思想に基づく解決手段を採用する意図を有していたとはいえないから、本件出願前製品において、本件考案に相当する考案は存在しないか、又は未完成であった旨主張する。しかし、本件出願日前の製造に係るＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプが、本件考案の特徴的構成とされる構成要件ｄ、ｅを含め、その全構成をすべて備えることは前示のとおりである。そして、当該構成から、本件考案の目的である「チューブの差し込みが容易で、チューブが曲らず真直に差込まれ、チューブのロー付け面積が十分に広くとれる熱交換器用パイプを提供すること」（本件明細書〔原判決添付、甲１〕段落【０００６】）を達成し、チューブの差込みが容易となり、ロー付けを確実にし、冷媒が漏れにくくなる等の本件考案の意図する所期の効果（同段落【００２１】参照）を奏することができることは明らかである（仮に、本件考案と同一の構成からこのような目的を達成することができず、その効果を奏することができないとすれば、本件考案自体が未完成であるか、又は実用新案法５条所定の明細書の記載要件に不備があるといわなければならなくなる。）。そうすると、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプが、単に本件考案の課題を提示するにすぎないものであるとか、当該課題を解決するための技術的手段の具体的な実施方法が分からないものであるとか、当該技術的手段によって当該課題解決の目的を達成することができないものであるなどといえないことは当然であり、本件考案と同一の構成を備えることによって、本件考案と同一の技術的思想としての「考案」を開示するものであって、同パイプに接した当業者において、当該考案を把握し、理解することは可能ということができる。
イ　控訴人は、本件出願前製品には、差込み穴両端部の突起部分の形状にばらつきがあることを、考案の不存在又は未完成の論拠の一つとして主張するが、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプが、現に本件考案のすべての構成を備え、本件考案と同一の技術的思想としての考案を開示している以上、他の本件出願前製品の差込み穴の突起部分の形状にばらつきがあったとしても、実用新案法３条１項２号にいう「公然実施した考案」が開示されていると認めるに何ら妨げないし、また、同パイプを業として製造した被控訴人が、実用新案法２６条において準用する特許法７９条にいう「その考案の実施である事業をしている者」といい得ることも明らかである。
また、控訴人は、被控訴人が、本件考案と同じ課題を認識し、その解決手段として本件考案と同じ技術的思想に基づく解決手段を採用する意図を有していたとはいえないことの論拠として、パイプの差込み穴の突起を「『バリ』に類するものと理解していた」などとする本件仮処分事件及び原審における被控訴人の主張を援用する。しかし、被控訴人において、本件考案の目的や効果が実用上ほとんど意味がなく、その有用性は評価に値しないとの認識を有し、それゆえこれを「『バリ』に類するものと理解していた」にせよ、それは、いわば考案としての価値評価における認識の相違にすぎず、そのことゆえに、公然実施ないし先使用に係る考案が不存在であるとか、未完成であるなどといえないことは当然である。さらに、甲５０の２の「鑑定書」中には、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプは、不適切な作業等の特異な原因で生じた異常な製品であるとの記載があることは前述のとおりである。しかし、甲６３の「鑑定書」中には、「パンチ刃の中心がパイプ中心よりずれると、パンチ刃のうち位置ずれした方と反対の刃先が先にパイプに接触する。先に接触した方の押しが強くなるため、差込み孔左右先端のうち、先に接触した方の開きが大きくなる。この結果左右形状にばらつきが生じる」（５頁２２行目～２５行目）との記載があるところ、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプに多数存在する差込み穴両端の突起が、左右ほぼ均一の形状及び大きさで整然と形成されていることは前示のとおりであり、これは、むしろ、同突起が、甲５０の２の「鑑定書」にいう「位置ずれ」その他の不適切な作業によって成形されたものでないことを示すものというべきである。そして、このような突起の形成が、反復継続して実施の可能な技術にすぎないことは、前掲乙３４の１から明らかである。他方、本件出願前製品中には、差込み穴両端部の突起部分の形状にばらつきがあるとしても、そのことから、上記のような突起を備えたＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプが特異な原因による不良品にすぎないと認めることはできず、他にこれを認めるに足りる証拠はない。
ウ　以上によれば、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプは、本件考案と同一の技術的思想としての考案を開示するものであり、被控訴人は、その考案の実施である事業をしていた者であるということができ、当該考案が不存在であるとも、未完成であるともいうことはできない。
(4)　本件考案の明白な無効理由について
上記認定判断によれば、本件考案は、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプにおいて公然実施された考案と同一である。そこで、その公然実施された時期を検討するに、控訴人は、自動車の登録後にエアコン及び熱交換器が搭載された可能性を指摘するが、前掲乙７（特に、写真番号７、８、１２～２２、２４、２５）によって認められる当該熱交換器の設置態様から考えて、これが自動車登録後に搭載されたとは考えにくいというべきであるし、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプの製造日である平成元年８月１０日と、上記自動車の登録日である同月２５日という各日付の符合から考えても、上記自動車の登録日までには、上記熱交換器は搭載されていたと認めるのが相当である。そうすると、ＮＫＫ９８１０熱交換器用パイプに係る公然実施の日は、遅くとも本件出願日前である平成元年８月２５日であるというべきである。
したがって、本件考案の実用新案登録は、実用新案法３条１項２号に違反してされたものであり、同法３７条１項２号所定の無効理由を有することが明らかであるから、本件実用新案権に基づく権利行使は権利の濫用に当たり許されないというべきである。
(5)　先使用権について


主　　　　　　文
１　被告が平成4年6月2日付けで原告に対してした，平成元年4月1日から平成2年3月31日までの課税期間の消費税の更正処分（ただし，平成8年1月22日付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち，課税標準額120億9667万3000円，納付すべき税額1億9624万1900円を超える部分を取り消す。２　原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３　訴訟費用は，これを5分し，その4を原告の負担とし，その余を被告の負担とする。
事実及び理由
第１　請求
被告が平成4年6月2日付けで原告に対してした，
１　平成元年4月1日から平成2年3月31日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額1028万4643円，納付すべき税額277万6600円を超える部分及び無申告加算税の賦課決定処分のうち41万5500円を超える部分（ただし，平成8年1月22日付け裁決によりいずれも一部取り消された後のもの）
２　平成元年4月1日から平成2年3月31日までの課税期間の消費税の更正処分のうち課税標準額118億9924万8000円，納付すべき税額1億9196万1900円を超える部分（ただし，平成8年1月22日付け裁決により一部取り消された後のもの）をいずれも取り消す。
第２　事案の概要
本件は，被告が，医学部，附属病院，薬学部等を擁する学校法人である原告に対し，①原告が製薬会社等の委託に基づいて行う治験，委託研究等に起因して受領した寄附金による収入は，治験，委託研究等の対価であって，請負業に係る収入に該当すること，②原告の附属病院の眼科に出入りする業者から受領した金員は，コンタクトレンズの販売に関するあっせんに係る対価であり，仲立業に係る収入に該当すること，並びに③金銭貸付業に係る利子収入及び不動産貸付業に係る賃料収入の申告額に計上漏れがあったことを前提として，これらの収益事業収入による所得等が申告されていなかったとして，原告の平成元年4月1日から平成2年3月31日までの事業年度における法人税の更正処分及び無申告加算税の賦課決定並びに原告の平成元年4月1日から平成2年3月31日までの課税期間の消費税の更正処分を行ったのに対し，原告がこれを不服として，上記各処分のうち申告額を超える部分の取消しを求めている事案である。
１　法令の定め等
法人税法（昭和40年法律第33号。ただし，平成2年法律第62号による改正前のもの。以下同じ。）4条1項は，内国法人である公益法人等（同法別表第二に掲げる法人をいう。同法2条6号）について，収益事業を営む場合又は同法84条1項に規定する退職年金業務等を行う場合に限り，法人税を納める義務があるとし，同法7条1項は，公益法人等の各事業年度の所得のうち，収益事業から生じた所得以外の所得については，各事業年度の所得に対する法人税を課さないこととしている。そして，上記の収益事業の意義について，同法2条13号は，「販売業，製造業その他の政令で定める事業で，継続して事業場を設けて営まれるものをいう。」と規定し，これを受けて，法人税法施行令（昭和40年政令第97号。ただし，平成2年政令第29号及び同年政令第94号による改正前のもの。以下「施行令」という。）5条1項は，収益事業として33業種を規定したうえ，その性質上その事業に付随して行われる行為も収益事業に含まれることとしている。同項の規定する収益事業には，金銭貸付業（同項3号），不動産貸付業（同項5号），請負業（事務処理の委託を受ける業を含む。同項10号），仲立業（同項19号）等がある。なお，医療保健業も収益事業とされているが（同項29号），私立学校法（昭和24年法律第270号。ただし，平成3年法律第79号による改正前のもの。以下同じ。）3条に規定する学校法人が行う医療保健業は，収益事業から除外されている（施行令5条1項29号ハ）。
２　前提となる事実（これらの事実はいずれも当事者間に争いがない。）(1)　原告は，私立学校法3条に基づいて設置され，医学部，附属病院，薬学部等を擁する学校法人である。
(2)　治験について
医薬品，医薬部外品，厚生大臣の指定する成分を含有する化粧品及び医療用具（以下これらを併せて「医薬品等」という。）を製造しようとする者は，品目ごとに厚生大臣の承認を受けなければならないこととされており（薬事法（昭和35年法律第145号。ただし，平成2年法律第33号による改正前のもの。以下同じ。）14条1項），その製造承認申請に当たっては，申請書に臨床試験の試験成績に関する資料を添付しなければならないこととされている（同条3項）。そして，この臨床試験の試験成績に関する資料の収集を目的とする試験を治験といい（同法80条の2第1項），一般に，医薬品等の製造，販売等を行う会社（以下「製薬会社等」という。）は，医薬品等の製造承認を受けようとする場合，この治験を医科大学等の医療機関に依頼して，臨床試験の試験成績に関する資料の収集を行っている。
大学において治験を実施するに当たっては，製薬会社等からの申出に基づき，大学が実施の細目について検討したうえで，受託する場合には，製薬会社等と大学の間で治験の実施に関する契約を締結し，大学は臨床試験を実施し，その結果を製薬会社等に報告する。
原告は，平成2年3月期において，製薬会社等からの申出に基づいて，治験を実施したものである。
(3)　原告による金員の受領


ア　原告は，平成2年3月期において，別表1記載の各収入先から，同表記載の医学部，医学部附属板橋病院（以下「附属病院本院」という。），医学部附属溝口病院（以下「溝口病院」という。），医学部附属市原病院（（以下「市原病院」という。），医真菌研究センター及び薬学部の6施設において，奨学寄附金，研究助成金等の寄附金（以下「奨学寄附金等」という。）として，同表記載のとおり，合計3億1309万7272円を受領した（以下，これらの金員を「本件寄附金」という。）。上記3億1309万7272円は，①薬学部が受領した2648万円と，②医学部，附属病院本院，溝口病院，市原病院及び医真菌研究センターの5施設（以下「医学部等」という。）が受領した2億8661万7272円の合計額である。イ　原告は，附属病院本院及び市原病院において，眼科に出入りする眼鏡及びコンタクトレンズの販売業者である南旺光学株式会社（以下「南旺光学」という。），株式会社シード東京販売（以下「シード東京販売」という。），株式会社リッキーコンタクトレンズ，株式会社高橋巳之助商店及び株式会社高橋眼鏡店の5社（以下「南旺光学ほか4社」という。）から，それぞれ別表2記載の金員を受領した。
ウ　原告は，武蔵野土木工業株式会社，ウエノハラスポーツヒルズ株式会社（以下「ウエノハラスポーツヒルズ」という。）及び東京興地株式会社の3社（以下この3社を併せて「武蔵野土木工業ほか2社」という。）に対し，別表3記載の貸付年月日に，同表記載の返済期限及び年利の約定で，同表記載の各貸付金を貸し渡した（以下「本件貸付金」という。）が，平成元年4月1日から平成2年3月31日までの間において，本件貸付金に係る別表3の「利子収入金額」欄記載の利息の支払を受けなかった。
(4)　課税処分等の経緯
ア　原告は，平成4年1月22日，被告に対し，原告の平成元年4月1日から平成2年3月31日までの事業年度（以下「平成2年3月期」という。）の法人税について，別表4の期限後申告欄記載のとおり確定申告をした。
これに対し，被告は，平成4年6月2日付けで，別表4の更正・賦課決定欄記載のとおり更正処分（以下「本件法人税更正処分」という。）及び無申告加算税賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」という。）をした。イ　原告は，平成2年5月31日，被告に対し，平成元年4月1日から平成2年3月31日までの課税期間（以下「平成2年3月課税期間」という。）の消費税について，別表5の確定申告欄記載のとおり記載して，法定申告期限内に申告を行った。また，原告は，平成3年5月31日，被告に対し，上記課税期間の消費税について，別表5の更正の請求欄記載のとおり，更正の請求をした。これに対し，被告は，同年9月17日付けで，別表5の更正（減額）欄記載のとおり更正処分をした。
その後，原告は，平成4年1月22日，被告に対し，上記消費税について，別表5の修正申告欄記載のとおり修正申告をしたが，被告は，同年6月2日付けで，別表5の再更正欄記載のとおり再更正処分をした（以下「本件消費税更正処分」といい，本件法人税更正処分及び本件賦課決定処分と併せて，「本件各処分」という。）。
(5)　異議申立て及び審査請求
ア　原告は，平成4年6月24日，被告に対し，本件各処分を不服として異議申立てをしたが，被告は，同年9月24日付けで，原告の異議申立てを棄却する旨の決定をした。
イ　さらに，原告は，平成4年10月6日，国税不服審判所長に対し，上記異議決定を不服として審査請求をした。
これに対し，国税不服審判所長は，平成8年1月22日付けで，別表4の裁決欄記載のとおり，本件法人税更正処分及び本件賦課決定処分の一部を取り消すとともに，別表5の裁決欄記載のとおり，本件消費税更正処分の一部を取り消す旨の裁決（以下「本件裁決」という。）をした。
３　被告による本件各処分の根拠
(1)　本件法人税更正処分の根拠
原告の平成2年3月期の法人税の課税所得金額は5369万3740円であり，納付すべき税額は1449万7100円であるところ，上記の各金額の計算根拠は，次のとおりである。
ア　課税所得金額について
原告の平成2年3月期の法人税の課税所得金額は，5369万3740円であるところ，その根拠は，別表6のとおりであり，各金額の根拠は，次のとおりである。ａ　申告課税所得金額　　　　　　　　　　　　　　　　1028万4643円上記金額は，原告の平成2年3月期の法人税納税申告書に記載されている所得金額である。
ｂ　請負業に係る収益計上漏れ　　　　　　　　　　   3億1309万7272円別表1記載の収入金額の合計額3億1309万7272円は，同表記載の製薬会社等から新薬の開発等に係る治験，委託研究，情報提供等（以下「治験等」という。）の依頼を受け，これらに係る役務の提供の対価として受領したものであるところ，この金額は，請負業に係る収益として平成2年3月期の益金の額に算入すべきであるにもかかわらず，算入されていないので，この金額を申告課税所得金額に加算する。


ｃ　仲立業に係る収益計上漏れ　　　　　　　　　　　　　　1062万円別表2記載の南旺光学ほか4社からの収入金額の合計額1062万円は，原告が上記5社に対し行った眼鏡及びコンタクトレンズ（以下「眼鏡等」という。）の販売に関するあっせんの対価として受領したものであるところ，この金額は，仲立業に係る収益として平成2年3月期の益金の額に算入すべきものであるにもかかわらず，算入されていないので，この金額を申告課税所得金額に加算する。ｄ　金銭貸付業に係る収益計上漏れ　　　　　　　　　1億4923万5881円別表3の「利子収入金額」欄記載の本件貸付金に係る利子（以下「本件未収利子」という。）1億4923万5881円は，金銭貸付業の収益として平成2年3月期の益金の額に算入すべきものであるにもかかわらず，算入されていないので，この金額を申告課税所得金額に加算する。
ｅ　不動産貸付業に係る収益計上漏れ　　　　　　　　　　2725万6002円有限会社タガタ産業（以下「タガタ産業」という。）に対する静岡県藤枝市αほか19筆の土地（以下「本件土地」という。）の賃料2725万6002円は，不動産貸付業の収益として平成2年3月期の益金の額に算入すべきものであるにもかかわらず，算入されていないので，この金額を申告課税所得金額に加算する。ｆ　請負業に係る経費認容　　　　　　　　　　　　　2億5179万7166円上記金額は，前記ｂにおいて請負業に係る収益の計上漏れとして課税所得金額に加算した金額3億1309万7272円に対応する経費の額であり，上記経費の額2億5179万7166円は損金に算入すべきものであるから，同金額を課税所得金額から減算する。
上記経費の額2億5179万7166円は，次の①及び②の金額の合計額であり，病院及び薬学部の会計収支を基準にして，次のとおり算定したものである（別表7参照）。
①　治験及び委託研究の経費の額　　　　　　　　　2億3577万8872円上記金額は，病院消費支出合計額236億4434万2840円及び医学部教員人件費調整金額33億2036万4558円の合計額から，治験収入及び委託研究収入に関係がない経費科目である薬品費66億9778万8412円及び給食材料費3億4201万6479円の合計額70億3980万4891円を控除して得た金額199億2490万2508円に，治験及び委託研究収入金額2億8661万7272円の病院総収入金額242億2108万9630円に占める割合を乗じて算定した金額である。
なお，上記の医学部教員人件費調整金額33億2036万4558円は，医学部教員人件費44億3751万1664円に，病院総収入金額242億2108万9630円の病院総収入金額242億2108万9630円及び医学部収入金額81億4926万1839円の合計額323億7035万1469円に占める割合を乗じて算出したものである。②　薬学部請負業の経費の額　　　　　　　　　　　　　1601万8294円上記金額は，薬学部消費支出合計額16億3637万9476円に，薬学部請負収入金額2648万円の薬学部合計収入金額27億0511万5033円に占める割合を乗じて算定したものである。
ｇ　仲立業に係る経費認容　　　　　　　　　　　　　　　876万3919円上記金額は，前記ｃにおいて仲立業に係る収益の計上漏れとして課税所得金額に加算した金額1062万円に対応する経費の額及び原告が納税申告をした仲立業に係る経費の額の修正差額の合計額であり，上記仲立業に係る収益を所得金額に加算したことに伴い，上記経費の額876万3919円を課税所得金額から減算する。上記経費の額876万3919円は，次の①ないし④の金額の合計額であり，病院，大学，高校及び中学の会計収支を基準にして次のとおり算定したものである（別表7参照）。
①　眼鏡等に係る仲立業の経費の額　　　　　　　　   　875万8269円上記金額は，病院消費支出合計額236億4434万2840円及び医学部教員人件費調整金額33億2036万4558円の合計額から委託研究に直接関係がない経費科目である薬品費66億9778万8412円及び給食材料費3億4201万6479円の合計額70億3980万4891円を控除して得た金額199億2490万2507円に，眼鏡等に係る仲立業収入金額1304万2500円の病院総収入金額242億2108万9630円に占める割合を乗じて得た金額1072万9101円から，原告が納税申告した眼鏡等に係る仲立業の経費の額197万0832円を控除して算定したものである。


②　大学に係る仲立業の経費の額　　　　　　　　　　　　　4734円上記金額は，大学消費支出合計額150億6608万2502円から教員人件費77億6646万2927円，教育研究経費41億6479万4595円，広告費1億7243万5104円，渉外費1761万7894円，支払報酬4億4232万6850円及び教育研究用機器備品除却損500万6109円の合計額125億6864万3479円を控除した金額24億9743万9023円に，大学に係る仲立業収入金額186万0720円の大学総収入金額285億8994万6097円に占める割合を乗じて得た金額16万2540円から，原告が納税申告した大学に係る仲立業の経費の額15万7806円を控除して算定したものである。
③　高校に係る仲立業の経費の額　　　　　　　　　　　　　　720円上記金額は，高校消費支出合計額2億7977万8430円から教員人件費1億4034万4845円，教育研究経費9894万7628円，広告費371万905円，渉外費137万7702円及び支払報酬1817万8828円の合計額2億6255万9908円を控除した金額1721万8522円に，高校に係る仲立業収入金額70万2830円の高校総収入金額4億8985万8586円に占める割合を乗じて得た金額2万4704円から，原告が納税申告した高校に係る仲立業の経費の額2万3984円を控除して算定したものである。④　中学に係る仲立業の経費の額　　　　　　　　　　　　　　196円上記金額は，中学消費支出合計額8530万8882円から教員人件費3709万6597円，教育研究経費3478万9681円，広告費446万7272円，渉外費91万8248円及び支払報酬193万2811円の合計額7920万4609円を控除した金額610万4273円に，中学に係る仲立業収入金額16万1830円の中学総収入金額1億4682万5013円に占める割合を乗じて得た金額6728円から，原告が納税申告した中学に係る仲立業の経費の額6532円を控除して算定したものである。
ｈ　金銭貸付業に係る経費認容　　　　　　　　　　　1億3012万1315円上記金額は，上記ｄにおいて金銭貸付業に係る収益の計上漏れとして申告課税所得金額に加算した貸付金利子1億4923万5881円に対応する経費の額及び原告が納税申告した貸付金利子に係る経費の額の修正額の合計額であり，上記経費の額1億3012万1315円は損金の額に算入すべきものであるから，同金額を課税所得金額から減算する。
上記金銭貸付業に係る経費認容額は，本部会計の収支を基準にして，別表7のとおり，本部支出合計額55億4233万1146円から金銭貸付業収入に直接関係がない経費科目である寄附金20億0452万5499円を控除して得た金額（以下「本部支出調整金額」という。）35億3780万5647円に，次の①の金額の②の金額に占める割合を乗じて計算した金額1億6932万3251円から，原告が納税申告をした貸付金利子に係る経費の額とした金額3920万1936円を控除して算定したものである。①　上記ｄにおいて課税所得金額に加算した貸付金利子1億4923万5881円及び原告が納税申告をした貸付金利子4746万7486円の合計金額
1億9670万3367円
②　原告が平成2年3月期に帰属すべき本部総収入金額として計上した40億1292万6423円に本件未収利子1億4923万5881円及び本件における未収の不動産賃料2725万6002円を加算した金額から，前期分の利子の収入計上額7582万4044円及び翌期分の利子の収入計上額371万4035円を減算して得た金額（以下「本部総収入調整金額」という。）
41億0988万0227円
ｉ　不動産貸付業に係る経費認容　　　　　　　　　　　2348万1759円上記金額は，上記ｅにおいて不動産貸付業に係る収益の計上漏れとして課税所得金額に加算した金額2725万6002円に対応する経費の額及び原告が納税申告した不動産賃料に係る経費の額の修正差額の合計額であり，上記経費の額2348万1759円は損金の額に算入すべきものであるから，同金額を課税所得金額から減算する。
上記経費認容額2348万1759円は，次の①及び②の金額の合計金額であり，別表7のとおり，本部会計及び大学会計の収支を基準にして次のとおり算定したものである。
①　課税所得金額に加算した金額に対応する経費の額
2346万2104円


上記金額は，本部支出調整金額35億3780万5647円に，上記課税所得金額に加算した本件土地の賃料2725万6002円の本部総収入調整金額41億0988万0227円に占める割合を乗じて算定したものである。②　不動産賃料に係る経費の額の修正差額　　　　　　　　1万9655円上記金額は，大学消費支出合計額150億6608万2502円から不動産貸付業収入に直接関係しない経費科目である教員人件費77億6646万2927円，教育研究経費41億6479万4595円，広告費1億7243万5104円，渉外費1761万7894円，支払報酬4億4132万6850円及び教育研究用機器備品除却損500万6109円を控除して得た金額24億9743万9023円に，原告が納税申告をした書店に係る不動産貸付業の収入金額772万5341円の大学の総収入金額285億8994万6097円に占める割合を乗じて計算した金額67万4837円から，原告が納税申告において書店に係る不動産貸付業の経費の額とした金額65万5182円を控除して算定したものである。ｊ　未払消費税否認　　　　　　　　　　　　　　　　    　77万3198円原告は，原告の平成2年3月期の法人税の納税申告書において，消費税額77万3198円を申告調整によって損金の額に算入しているが，原告が採用している税込経理方式の場合，申告期限未到来の消費税については，損金経理により未払金に計上した場合に限り損金算入が認められるものであり，申告調整によって当該金額を損金の額に算入することは認められないので，上記金額77万3198円を課税所得金額に加算する。
ｋ　寄附金認容　　　　　　　　　　　　　　　　　　    8604万4996円請負業，仲立業，金銭貸付業及び不動産貸付業に係る前記各収益計上漏れの金額の合計額5億0020万9155円から，これらに係る経費認容額の合計額4億1416万4159円を控除した金額8604万4996円は，法人税法37条4項の規定により収益事業に係る寄附金の額とみなされるので，これを課税所得金額から減算する。ｌ　寄附金の損金不算入額　　　　　　　　　　　　　    4263万5899円上記金額は，寄附金の損金不算入額の合計額6614万1540円から，納税申告に係る寄附金の損金不算入額2350万5641円を控除した金額である。なお，上記の寄附金の損金不算入額の合計額6614万1540円は，次の①の金額から②の金額を控除した金額である。
①　寄附金の金額　　　　　　　　　　　　　　　　1億1983万5281円上記金額は，納税申告に係る寄附金の額3379万0285円及び上記ｋにおいて述べた寄附金認容額8604万4996円の合計金額である。②　寄附金の損金算入限度額　　　　　　　　　　　　　5369万3741円上記金額は，納税申告に係る寄附金支出前の所得金額2056万9287円並びに請負業，仲立業，金銭貸付業及び不動産貸付業に係る前記各収益計上漏れの金額の合計額5億0020万9155円からこれらの経費認容額の合計額4億1416万4159円を控除した金額1億0661万4283円と，上記未払消費税加算額77万3198円との合計額1億0738万7481円に，100分の50の率を乗じて得た金額である（法人税法施行令73条1項3号イ及び同条3項）。
イ　納付すべき税額について
前記アのとおり，原告の平成2年3月期の法人税に係る課税所得金額は，5369万3740円であるから，法人税法66条3項より，納付すべき税額は，1449万7100円となる。
ウ　本件法人税更正処分の適法性について
前記アのとおり，被告が本件訴訟において主張する原告の平成2年3月期の法人税の所得金額及び納付すべき税額は，それぞれ5369万3740円及び1449万7100円であって，本件法人税更正処分に係る法人税額（本件裁決により一部取り消された後のもの）917万7800円を上回るから，本件法人税更正処分は適法である。
(2)　本件賦課決定処分の根拠
平成2年3月期の更正処分に係る無申告加算税の金額は，本件法人税更正処分により新たに納付すべきこととなった法人税額640万円（国税通則法118条3項の規定により1万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に100分の15（同法66条1項）を乗じて得た金額96万円である。
上記金額は，別表4の裁決欄記載の無申告加算税の額と同額であるから，本件賦課決定処分は適法である。
(3)　本件消費税更正処分の根拠
原告の平成2年3月課税期間における消費税の課税標準額及び納付すべき税額は,それぞれ別表8のとおりであり，その各金額の計算根拠は，次のとおりである。
ア　課税標準額　　　　　　　　　　　　　　　　　　122億1353万7000円上記金額は，次のａ及びｂの金額を合計した金額で，1000円未満の端数の金額を切り捨てた金額である。


ａ　申告課税標準額　　　　　　　　　　　　　　　118億9924万8777円
（1000円未満の端数切り捨て前のもの）
上記金額は，原告の平成2年3月課税期間の消費税の修正申告書に記載されている金額である。
ｂ　加算額　　　　　　　　　　　　   　　　　　　　3億1428万8613円上記金額は，前記(1)アｂ記載の請負業に係る資産の譲渡等の対価の額3億1309万7272円（ただし，消費税込みの対価の額）及び同ｃ記載の仲立業に係る資産の譲渡等の対価の1062万円（ただし，消費税込みの対価の額）を合計した金額3億2371万7272円を1・03（消費税法（昭和63年法律第108号。ただし，平成2年法律第36号による改正前のもの。以下同じ。）29条による消費税の税率0・03に1を加えた値）で除して得た金額である。
イ　課税標準額に対する消費税額　　　　　　　　　　　3億6640万6110円上記金額は，前記アの課税標準額122億1353万7000円に消費税法29条による消費税の税率100分の3を乗じて得た金額である。ウ　控除対象消費税額　　　　　　　　　　　　　　　　1億6792万5630円上記金額は，次のａの課税仕入税額にｂの課税売上割合を乗じて算定した（消費税法30条2項2号）金額である。
ａ　課税仕入税額　　　　　　　　　　　　　　　　　7億8912万3605円上記金額は，原告の平成2年3月課税期間の消費税修正申告の計算において，原告が採用した金額である。
ｂ　課税売上割合　　　　　　　　　　　　　　　　　　0・2128001614上記金額は，次の(a)の金額の(b)の金額に占める割合である（消費税法30条6項，同法施行令48条）。
(a)　課税資産の譲渡等の対価の額　　　　　　　　122億1353万7390円上記金額は，前記アの課税標準額の1000円未満の端数切り捨て前の金額である。
(b)　資産の譲渡等の対価の額　　　　　　　　　　573億9439万9090円上記金額は，次の①から⑤の金額の合計額である。
①　課税資産の譲渡等の対価の額　　　　　　　122億1353万7390円上記金額は，上記(a)の金額である。
②　修正申告の基礎とされた非課税収入額（ただし，有価証券に係るものを除く。）　　　　　　　　　　　　　　　423億4535万2103円上記金額は，原告の平成2年3月課税期間の消費税修正申告の基礎とされた有価証券売却収入を除く消費税非課税収入の金額である。③　利息収入額　　　　　　　　　　　　　　　　1億4923万5881円上記金額は，前記(1)アｄにおいて述べた貸付金に係る利子の額である。
④　土地の賃料収入額　　　　　　　　　　　　　　2725万6002円上記金額は，前記(1)アｅにおいて述べた土地の賃料収入の額である。
⑤　有価証券の譲渡収入の法定調整額　　　　　　26億5901万7714円上記金額は，原告が平成2年3月課税期間の消費税修正申告の基礎とした金額であり，有価証券売却収入531億8035万4278円の100分の5に相当する金額である（消費税法施行令48条5項）。
エ　納付すべき消費税額　　　　　　　　　　　　　　　1億9848万0400円前記イの課税標準額に対する消費税額3億6640万6110円から前記ウの控除対象消費税額1億6792万5630円を控除すると，納付すべき消費税額は，1億9848万0400円（国税通則法119条1項の規定により，100円未満の端数切り捨て後のもの）となる。
オ　本件消費税更正処分の適法性について
被告が本件訴訟で主張する原告の平成2年3月課税期間の消費税の課税標準額は，前記アのとおり122億1353万7000円であり，納付すべき税額は，前記エのとおり1億9848万0400円であるところ，別表5の裁決欄記載の課税標準額及び納付すべき税額は，いずれも上記金額と同額であるから，本件消費税更正処分は適法である。
4　当事者の主張
（原告の主張）
(1)　被告の請負業（治験等）に関する主張について
ア　原告の主張の概要
被告は，別表1のとおり，平成2年3月期に医学部等において2億8661万7272円を治験等の対価として受領したものとして，同額を請負業に係る収益計上漏れとして原告の課税所得金額に加算している。


しかし，これらはすべて寄附金であって，そのうち，合計1億8272万7272円は治験を起因とする寄附金であり，合計100万円は委託研究を起因とする寄附金であるが，その余の1億0289万円は，治験及び委託研究に直接起因しない，いわば「純粋な寄附」による寄附金である。
そして，上記の「純粋な寄附」による場合はもとより，治験等に起因して支払われた寄附金であっても，治験等の対価として寄附金名目で金員が支払われたものということはできない。
また，仮に，これらの寄附金が治験等の対価として支払われたと認められる余地があったとしても，治験の本質が医療行為であることなどに照らして，請負業ではなく，医療保健業による収入に該当し，法人税の課税対象とはならないというべきである。
さらに，被告は，別表1のとおり，平成2年3月期の薬学部における請負業による収入額として合計2648万円を計上するが，これらは，委託研究を起因としない「純粋な寄附」であるか，又は委託研究を起因とする場合であっても，その対価として支払われたものではないから，寄附金として法人税の課税対象とはならないというべきである。
イ　治験の実施方法について
原告の医学部及び附属病院においては，製薬会社等の委託を受けて，治験を実施しているところ，その手続は，概ね次のとおりである。ａ　原告は，治験依頼者である製薬会社等から治験実施委託を受けると，治験実施計画書，治験薬申請書一式，治験薬使用届等の提出を受けるとともに，契約書の提示を受けて，これを薬事委員会（治験審査委員会）において検討する。ｂ　薬剤部長が治験薬管理表を作成する。
ｃ　治験審査委員会において審査した結果，治験を受託する場合には，治験審査一覧表を作成し，副院長に送付する。
ｄ　副院長から病院長に送付され，病院長と製薬会社との間で，治験実施に関する契約書が作成される。
ｅ　治験担当医師に治験実施計画書，治験症例記録，同意書，同意書を得るための説明文等が送付され，担当医師が患者に同意を求め，同意を得られた場合に，治験を実施する。
ｆ　治験終了の際は，治験終了報告書を作成し，治験依頼者に提出する。ウ　本件寄附金が治験等の対価として支払われたものでないことａ　本件寄附金が治験等の対価でなく実質的な寄附であること(a)　本件寄附金は，奨学寄附金として授受されたものであり，原告は，製薬会社等から寄附金の申込みを受けたことから，これを承諾して受け入れたものである。
ⅰ　寄附金の受入手続は，治験の実施を起因として寄附が行われる場合であれば，製薬会社等から原告宛てに，寄附金額，寄附の目的等が記載された奨学寄附金寄附申込書が提出され，原告がこれを受けて，製薬会社等に対し，奨学寄附金受納書を提出するとともに，寄附金の振込先となる銀行口座を指定し，製薬会社等が当該銀行口座に寄附金を振り込む方法により行われており，原告は，振り込まれた金銭の中から，治験を担当した教授の研究費を当該教授の銀行口座に振り込み，当該教授は，この研究費を個人的使途に充てることなく，研究などの諸費用に充てている。
ⅱ　また，原告は，製薬会社等からの寄附について，奨学寄附金に関する寄附の手順を定め，製薬会社等にこれを記載した書面を交付しており，この書面において，奨学寄附金受納書を受け取ってから入金しないと特定奨学寄附金の特典（損金処理）が得られなくなることについて注意を喚起し，寄附金納付後は，一般寄附金等としての領収書を発行し，領収書送付の送り状には，「寄附金のお振込をいただき厚くお礼申し上げます。この御厚志に報いるべく研究に有効に使わせていただきます。」などと記載している。さらに，原告は，原告への寄附を行った第一製薬株式会社（以下「第一製薬」という。）に対し，文部大臣の発行に係る「所得税法施行令217条1項2号又は3号及び施行令77条1項2号又は3号に掲げる試験研究法人等であることの証明書」を提出しており，原告の会計処理においても，寄附金として取り扱っている。
ⅲ　そもそも，本件寄附金は，奨学寄附金の名目で入金されているものである以上，寄附金であって，臨床試験結果の報告に対する対価ということはできない。
また，原告における以上のような寄附金の取扱いに照らしても，原告は，本件寄附金について，治験等の対価であると認識していたものではなく，寄附として受け入れた金員と認識していたものである。そして，原告としては，製薬会社等から金員を寄附金としてしか受け入れない趣旨であることは明らかであり，製薬会社等も，原告のこのような趣旨を承知のうえで，寄附として金員の支払を行っているのであるから，製薬会社等においても，治験等の対価ではなく，寄附金であるという認識の下に，金員を支払っていたというべきである。
このように，本件寄附金については，製薬会社等と原告の間において，寄附の合意に基づき，寄附金であるという認識の下に金員の授受が行われているのであるから，実質的にも寄附として金銭が授受されたものであって，原告が収益事業である請負業に係る収入に該当することを免れるために，寄附金の名目で金銭の授受を行ったものではない。
(b)ⅰ　本件寄附金の中には，治験等を起因として支払われたものもあるが，製薬会社等としては，そのような場合でも，原告に対する謝礼の趣旨で寄附をしたり，将来も原告に繰り返して治験を依頼することを予定して寄附をしたり，原告との取引の拡大，原告の教授による講演，原告の研究テーマとしての採用等を期待して寄附をしたりするなど，様々な動機や理由に基づいて寄附をしているものであって，治験等の実施は，このような寄附の誘因や動機にすぎないと考えられる。そうであるとすれば，本件寄附金の中の個々の寄附金が，治験等を起因として支払われたものであることをもって，当該寄附金が治験等の対価であるということはできない。
ⅱ　また，治験は，国民の健康増進並びに医療の発展及び向上という，極めて重要なことがらに関係することから，大学医学部の附属病院のような，専門的なスタッフや設備が整っている特定の医療機関において，十分な知識と経験を有する特定の教授等によって，手厚い手続の下に実施されているものである。そして，治験においては，治験薬の投与による薬効の程度の確認，副作用の有無の判定等を要することから，通常の既存薬を使用する場合と比較して，診療密度が増大し，担当医師の精神的，肉体的労務と緊張感は大きく，医療機器の使用等による経費も加重されることとなる。


このような事情にもかかわらず，医療機関が治験を引き受けるのは，まさに国民の健康増進並びに医療の発展及び向上に資するという使命感及び義務感によるものであり，製薬会社等においても，このような医療機関の貢献に応えるために，治験に要する費用の補填や報酬としてではなく，医療機関の教育，研究費に充てるものとして，寄附金を提供することとしており，医療機関もこのような趣旨においてこれを受領している。
したがって，本件寄附金が治験等に起因して支払われたとしても，あくまでも上記のような公共的な使命感から支払われたものであって，治験等の対価として金員が支払われたものではない。
ⅲ　一方，原告と製薬会社等との間の金員の授受が治験等の対価であるとすれば，治験等と当該金員の金額との間の等価性がなければならないところ，等価性の有無の判断については，評価法もなく，治験等の経費，費用等を算定することも困難であり，さらに人件費を考慮すればその算定は一層困難であって，等価性の有無の判断はできないといわざるを得ない。
ⅳ　さらに，治験に関しては，原告と製薬会社等との間に，治験の実施に係る契約が締結され，契約書が交わされる場合もあるが，原告は，このような契約書について，製薬会社等の内部の事情により，金員を支払うのに必要な手続として作成されたものとしか認識，理解していない。
このような事情に加えて，治験の実施に係る契約書において，そもそも研究費の支払に関する定めがないこともあり，治験1症例当たりの金額が定められた例や，委託研究経費等の具体的な金額を定めた例は少数にすぎず，治験の対価としての代金額が明確に記載された例はないこと，これらの契約書において，治験に必要な経費に関する約定が設けられている例は少なく，経費を支払う旨の約定が存在する場合でも，別途協議するなどと定められており，実際にはその協議もされていない場合があること，治験を起因とする寄附であっても奨学寄附金として課税しない扱いとしてきた製薬会社もあること等の事実に照らしても，原告及び製薬会社等は，本件寄附金が治験等の対価であるという認識を有していなかったというべきである。
ⅴ　したがって，当該収入が寄附収入に該当するか否かが，役務の提供との関係において対価性を有しないものか否かにより判断されるものであるとしても，本件寄附金は，治験等との関係で対価性を有するものではないから，寄附収入に該当するというべきである。
(c)　被告は，製薬会社等が治験に関して原告に金員を支払うのは，医療行為の対価ではなく，治験の実施に係る契約に基づく臨床試験結果に関するデータ報告の対価として支払うものである旨主張する。
しかし，治験においては，臨床試験結果の報告と，治験薬を投与して患者を治療する行為と一体不可分であるから，このような治療行為の実施と臨床試験結果の報告を分断し，治験に起因する金員の支払を臨床試験結果の報告のみの対価として評価することはできない。
加えて，治験の実施に係る契約書には，治験結果の報告書の作成，提出が約定されていない場合も多く，約定されている場合でも，その対価として費用等が支払われる旨の約定がないことに照らせば，治験の依頼については，医療行為の実施に重点があり，報告はその従たるものというべきである。したがって，治験が臨床試験に係るデータの報告のみを目的とするものということは相当でなく，治験という医療行為からデータの収集という側面のみを取り上げて，製薬会社等がこの側面についての対価のみを支払うとする被告の主張は失当である。
(d)　ところで，本件各処分が適法であるか否かについては，その適法性について，被告が主張立証責任を負うものであるから，被告は，本件寄附金が治験等の役務に対する等価性のある対価として支払われたものであることについて，主張及び立証をしなければならないというべきである。
これに対し，被告は，製薬会社等から原告に支払われた金員は，客観的に対価性がないと認められる特段の事情がない限り，治験，委託研究等，何らかの役務提供の対価と推認すべきである旨主張するが，このような主張は，本来被告が負担すべき立証責任を原告に転換するものであって，失当といわざるを得ない。
また，仮に，被告の上記主張を前提としても，本件寄附金については，下記ｂないしｄの事情が認められることに照らして，いずれも上記の「特段の事情」が存在するというべきであるから，本件寄附金が治験等の対価であると推認することはできない。
ｂ　治験等に起因しない「純粋な寄附」が存在すること本件寄附金のうち医学部等が受領した分に係る寄附を行った者，寄附金額，寄附の年月日，寄附の目的は，別表9の「会社名」，「金額」，「入金日」及び「寄付の目的」欄にそれぞれ記載したとおりであり，これらの寄附の起因に関する原告の主張は，同表の「原告起因」欄に記載のとおりであるところ，これらの寄附の起因は，原告医学部教授であり医学部附属病院副院長であるＡ教授が，同表に記載されている医師，教授等に直接確認し，不明な点については製薬会社にも聴き取りをして調査した結果に基づくものであって，その調査結果は信用できるものである。
そして，上記の調査結果によれば，本件寄附金には，治験及び委託研究と直接関係のない，いわば「純粋な寄附」というべきものも多数存在することが明らかであり，その具体例は次のとおりである。
(a)　別表9の医学部の番号32，79，140，161，168及び200の寄附金は，小野田セメント株式会社ほか5社から，Ｂ教授による新素材，セラミックスの教育，研究等を目的として，それぞれ支払われたものである。Ｂ教授は，東京工業大学から帝京科学大学教授に就任すべく招へいされたが，同大学が設立準備中であったことから，昭和63年4月1日に，原告の教授に一時的に任命されたものであり，新素材，セラミックスの分野においては権威のある教授であるが，小野田セメント株式会社ほか5社からセラミックスの教育又は研究の委託を受けたことはなく，医師ではないので治験も行っていない。したがって，上記各寄附金は，治験等を起因とするものではない。(b)　別表9の医学部の番号13，92，123，182及び277の寄附金は，Ｃ教授の研究等を目的として支払われているが，実際には，Ｃ教授が新潟大学から原告の医学部教授に就任した際，その祝金として製薬会社から寄附されたものであり，Ｃ教授が治験等の委託を受けた事実もないから，これらはいずれも治験等を起因とする寄附金ではない。
(c)　別表9の医学部の番号6の寄附金並びに医真菌研究センターの番号1，2及び12の寄附金は，いずれもＤ教授の研究を目的として支払われたものとされる。
しかし，Ｄ教授は，分子生物学の教授であり，医師ではないから，治験を行うことはないし，そもそも医真菌研究センターは，真菌を集めて保存，研究する研究所であり，患者を診察することはないから，同センターにおいて治験が行われることはあり得ない。


また，Ｄ教授が委託研究を受けた事実も存在しない。
したがって，上記各寄附は，いずれも治験等を起因とするものではない。
(d)　別表9の医学部の番号278の寄附金は，財団法人矢崎科学技術振興記念財団（以下「矢崎財団」という。）が医学部医学科Ｅ教授の研究費として寄附したものであるが，Ｅ教授の専門は物理学であって，医師ではなく，矢崎財団が特定の委託研究をすることもあり得ないから，治験等を起因とする寄附金ではない。(e)　医真菌研究センターにおいては，原則として，治験及び委託研究を行わないから，別表9の医真菌研究センターの寄附金は，いずれも治験等を起因とするものではない。
なお，治験に起因するとされる同表の医真菌研究センターの番号8及び9の寄附金については，起因とされる当該研究が，真菌に対する抗菌剤の感受性を試験管の中で検討したものであり，患者に投与したものではないから，本来の治験ではなく，しかも，寄附金が成果物の提出以前に支払われていること等に照らして，治験等を起因とするものとはいえない。
また，被告は，上記以外の医真菌研究センターの寄附金についても，別表9のとおり，治験や委託研究を起因とする旨主張するが，医真菌研究センターでは治験を行わないこと，起因とされる当該研究の成果物が提出される前に寄附金が支払われていること等に照らして，いずれも治験等を起因とするものということはできない。
(f)　別表9の医学部の番号108の寄附金は，大鵬薬品工業株式会社（以下「大鵬薬品」という。）が抗癌剤を多数販売しており，附属病院本院においては癌の治療，手術を受ける患者が多いことから，同社が原告に研究費として使用してもらうために奨学寄附金を寄附したものであり，治験等を起因とするものではない。
(g)　別表9の医学部の番号
1，2，8，9，24，38，39，43，166，205，237，238，279，292及び293の寄附金は，診療材料又は診療機器を販売した会社が，これらを治療行為の際に使用したことの返礼として支払われたものであり，治験等を起因とする寄附金ではない。(h)　その他，原告が治験等に起因しない「純粋な寄附」に当たると主張する寄附金のうち，原告が治験等に起因するものと主張するものの中には，治験の実施がないもの，治験による臨床試験結果が報告されいてないもの，委託研究に伴う成果物がないもの等が多数存在し，これらはいずれも治験等を起因とするものと認めることはできない。
ｃ　附属病院本院，溝口病院及び市原病院に係る寄附の実態について(a)　附属病院本院に係る寄附については，寄附申込書の様式が奨学寄附金寄附申込書と異なっており，寄附の目的は私立学校の学術振興のためとされ，使用目的の限定はない。
附属病院本院に係る寄附のほとんどは，薬剤部が製薬会社から治験薬を預かり，治験に供するための管理を起因として支払われたものであり，治験を起因とする寄附であるが，別表9の附属病院本院の番号66の寄附金は，原告の中央検査センターが使用する大型自動分析器購入代金について，第一化学薬品株式会社（以下「第一化学薬品」という。）から寄附を受けたものであり，治験等を起因とするものではない。
(b)　溝口病院に係る寄附は，すべて治験を起因とするものであり，その一部が委託研究を起因とするものである旨の被告の主張は，委託研究に伴う成果物がないことに照らして，認めることができない。
(c)　市原病院に係る寄附は，原則として治験を起因とするものであり，寄附の目的を薬剤部研究費，私立学校の学術振興のため等とする寄附は，いずれも附属病院本院同様，治験薬の管理に起因する寄附であり，治験を起因とする寄附である。
これに対し，被告は，別表9の市原病院の番号45，46，95ないし97の寄附金が委託研究を起因とするものである旨主張するが，証拠に照らして失当というべきである。
ｄ　薬学部について
薬学部においては，教授等の独自の研究テーマについて，製薬会社等が興味，関心等を持つ場合や，製薬会社等の開発テーマと関連することがあることから，研究の助成及び奨励の意味で寄附金が支払われることがある。また，製薬会社等から研究員が派遣されて，薬学部の教授等の下でその研究テーマにつき研究したり，ある一定のテーマにつき共同研究を行うことがあり，研究員に対する教育，技術指導料等に充てる意味合いも込めて，製薬会社等か
ら寄附金が支払われることがある
さらに，製薬会社等の研究者と薬学部の教授等との人的なつながりに基づいて，寄附が行われる例もある。
しかしながら，薬学部においては，治験を行うことはなく，製薬会社等から特定の委託を受けてその対価として寄附金が支払われることもない。これに対し，被告は，本件寄附金のうち薬学部に係る寄附金が，薬学部における委託研究の対価として支払われた旨主張するが，これらの寄附金は，既に行われた研究のさらなる助成を目的とした寄附であることや，成果物が提出されていないこと等に照らして，いずれも委託研究の対価と認めることはできない。
エ　治験等が請負業に該当しないこと
仮に，本件寄附金が治験等の対価として支払われたものであるとしても，治験等が請負業（事務処理の委託を受ける業）に該当するとして本件寄附金が収益事業に係る収益であるとする被告の主張は，治験等の実態を無視したものであって，失当であるというほかない。
ａ　施行令5条1項は，公益法人等における法人税の課税対象となる収益事業として請負業など33の事業を列挙しているが，これらの事業は，収益事業として個別に限定列挙されているものと解すべきである。


そして，公益法人等の行う事業が請負又は事務処理の受託としての性格を有する場合であっても，その事業が請負業以外の同項に掲げる事業として規定されているもの，又は，請負業以外の同項に掲げる事業と一体不可分のものとして課税すべきものと認められるときは，これらの事業は請負業には該当しないものとされる（法人税基本通達（昭和44年5月1日直審（法）25。ただし，平成2年11月29日直法2－6による改正前のもの。以下「基本通達」という。）15－1－29）。また，当該事業が形式的には施行令5条1項に掲げる事業に該当する場合であっても，その内容が教育又は学術の振興，社会福祉に寄与しているなど，公益性が高いことから，立法政策上，収益事業から除外されていることがあり，私立学校法3条に規定する学校法人が行う医療保健業がこれに該当する（施行令5条1項29号ハ）ほか，民法34条の規定により設立された法人で専ら学術の研究を行うものがその学術の研究に付随して行う医療保健業も，収益事業から除かれる（同号ル）。
ｂ　そこで，治験について上記の点を検討すると，治験に係る事業は，次の理由により，収益事業には該当しないと解される。
治験には，新たな治療法の開発を目指した試験研究という側面と，患者に対する疾病の治療という側面が同時に存在するが，治験の実態は，医師以外には行うことのできない医療行為であり，治験による医療行為と一般的医療行為との間には，異なるところはないというべきである。
また，治験は，究極的には，国民の健康増進と医学及び医療の発展に寄与するために行われるものであって，教育又は学術の振興，社会福祉に寄与するなど，極めて公共性，公益性が高い行為である。
加えて，治験に係る臨床試験の結果報告は，医療行為を前提としなければ行うことができないものであり，治験においては，このような結果報告と医療行為とは一体不可分のものである。
以上のような治験の実態，目的，性格等に照らせば，治験は，施行令5条1項29号に掲げる医療保健業に該当するというべきであるから，学校法人の設置する病院等の施設で行われる限り，収益事業として法人税の課税対象となることはないというべきである。
このように，治験が請負業に該当するとして法人税の課税対象とすることが不当であることは，平成14年政令第104号による施行令の改正により，私立大学の行う一定の受託研究が収益事業の範囲から除外して非課税とされたことにより，改めて確認されたということができる。
ｃ　さらに，原告の附属病院の薬剤部では，治験薬の管理に伴う管理費を起因とする寄附金を製薬会社から収受しているところ，治験薬の管理は，治験に当然に付随する行為であるから，医療保健業に該当する。このほか，臨床試験前の基礎研究も，新薬開発のための研究の一環であることに照らして，治験に含まれるというべきであるから，医療保健業に該当するほか，原告が医学部で行った委託研究も，結果的に国民の健康増進に寄与するものであるから，医療保健業に含まれるというべきである。ｄ　これに対し，被告は，治験の目的があくまでも製薬会社等に対する治験に係る臨床試験結果の報告にあるとし，このような報告を業として行っていると解したうえで，治験が請負業に該当すると主張する。
しかし，臨床試験結果の報告は，あくまで基本となる医療行為を実施することが不可欠の前提となっており，両者は一体不可分であるから，このような治療行為の実施と臨床試験結果の報告を分断し，前者を医療行為，後者を請負として評価することはできないというべきである。
また，治験を実施する側の認識，経験によれば，治験の主たる部分は医療行為であり，臨床試験結果の報告は従たる部分であって，この部分に費やされる時間及び労力の割合は僅かであり，せいぜい治験全体の5パーセント程度のものにすぎない。
このようなことからすれば，臨床試験結果の報告は，医療行為そのものか，そうでないとしても，医療行為に付随した行為であるというべきであって，全体として医療行為と評価すべきであるから，被告が主張するように，治験のうち臨床試験結果の報告部分のみを切り離して，これを請負業に該当すると解したうえで，その部分に相当する対価のみを収益事業による所得として把握することは，治験が医療行為に当たることを否定ないし軽視し，治験の本質を見失ったものであって，相当でない。
のみならず，治験に関する業務から臨床試験結果の報告部分のみを取り上げて，これを請負業と解するとすれば，この部分に相当する対価のみを収益事業に該当する所得としなければならないところ，そのような部分の対価を算出することは，実際にも困難ないし不可能である。
そもそも，原告が製薬会社等から受領する寄附金が治験の対価であったとしても，役務の提供に対する報酬の金額は，治験に係る契約を締結する時点において確定できるものではない。また，役務の提供に対する報酬が，一症例ごとに何円という基準で支払われているとすれば，報酬額が仕事の労力いかんに関係なく定められているものというほかないところ，このような報酬は，請負に対する報酬の概念とは別個のものといわざるを得ない。このようなことからしても，原告が製薬会社等から受領した金員は，請負に対する報酬ではないというべきである。加えて，本件寄附金が治験等の対価として支払われたものであったとしても，治験等が直ちに請負業に該当するものではなく，医療保健業に該当すると考えられる余地もあるにもかかわらず，被告は，この点について全く検討していないまま，治験等が請負業である旨主張していることに照らしても，被告の上記主張は相当でないといわざるを得ない。
オ　治験等の経費が多額であり，収益が発生しないこと仮に，本件寄附金が治験等の対価であり，かつ，請負業による収入に該当するとした場合，治験等に係る経費を算定することができたとしても，別表10のとおり，治験等に要した経費の方が収益を上回り，赤字になるから，治験等による収入に対して法人税を課税することはできない。
ａ　治験においては，臨床試験結果の報告は医療行為を前提としてはじめて可能となり，両者は一体であって，むしろ医療行為が治験の主たる部分であるから，治験による収入を得るための経費には，検査代，器具備品代，事務用品費，図書費，通信費，調査・雑費等のほか，一般医療行為の経費である，患者に投与した薬品の薬品費や，入院患者の給食材料費も含まれるというべきであり，被告が治験等による収入に係る経費認容額の算定において，上記薬品費及び給食材料費を控除したことは不適切である。


ｂ　また，病院総収入及び医学部収入における補助金及び寄附金収入は，業務に関係がなく，これに対応する経費は存在しないから，別表10のとおり，それぞれ病院総収入及び医学部収入から控除することが相当である。ｃ　そして，治験による収入については，一般医療行為の経費と切り離して治験のみの経費を算定することは不可能であるが，仮に，治験等に係る収入に対する経費の額が算定できるとすれば，上記ａ及びｂを踏まえ，別表10のとおりとなるところ，結果として，治験に要した経費の額が収入の額を上回るから，治験等による収入に対して法人税を課税する余地はないというべきである。
(2)　仲立業に関する主張
ア　被告は，原告が，眼鏡等の販売に関し，あっせんに係る手数料として，南旺光学ほか4社から別表2記載の金員を収受した旨主張する。しかしながら，原告は，南旺光学ほか4社が患者に対して眼鏡等の販売を行うことに関して，あっせんをしたことはない。
南旺光学ほか4社が，原告医学部の附属病院の眼科において，コンタクトレンズを販売しているのは事実であるが，これは，原告の眼科医師がコンタクトレンズの販売をあっせんすることを目的とするものではない。眼科の患者の中には，コンタクトレンズを必要とする者がおり，そのような患者に便宜を図るために，コンタクトレンズの販売業者を病院に出入りさせることは，患者に対する医療サービスとして当然の行為であって，原告は，コンタクトレンズの販売をあっせんしているものではない。
そもそも，眼鏡等販売業者が医師の作成した処方箋に従って患者にコンタクトレンズを作成する際，コンタクトレンズが当該患者に適合しない場合があり，再度医師が診断し，試行錯誤を繰り返すこととなる。このようなことからも明らかなとおり，コンタクトレンズの製作販売は，医師と眼鏡等販売業者の共同作業であって，既製のコンタクトレンズを患者に販売するものではない。とりわけ，大学病院におけるコンタクトレンズの処方は，研究機関としての性格上，一般のコンタクトレンズの販売とは意味合いが異なるものである。イ　原告は，別表2記載の寄附金を眼鏡等の販売のあっせんに係る手数料として収受していたものではない。
このことは，上記金員があっせん手数料であれば，あっせんに対応した金額が算出されるはずであり，患者がコンタクトレンズを購入するたびにこれに対応する金額が算出されるはずであるにもかかわらず，そのようにして算出された金額が支払われていないことからも明らかである。
また，上記金員が販売のあっせんに係る手数料であれば，原告との間で，販売数に応じた金額の計算方法について取決めがされているはずであるにもかかわらず，そのような取決めはない。
加えて，シード東京販売において，平成2年2月以降は寄附金の支払をしていないことからも，これらの金員が眼鏡等の販売のあっせんに係る手数料でないことが裏付けられるものである。
そして，上記金員は，不定期的に奨学寄附金として支払われていたことに照らしても，実質的な寄附金として原告に支払われたものというべきである。ウ　これに対し，被告は，原告が眼鏡等販売業者を南旺光学ほか4社に限定し，指定した曜日に眼科に派遣させていたこと等を根拠として，上記金員があっせん手数料である旨主張する。
しかしながら，患者に適合したコンタクトレンズを装用させるためには，信頼できる販売業者に製作，販売させなければならないから，原告のような限定を行うことには合理性があるというべきであって，このような限定を行った事実を根拠として，原告が眼鏡等の販売に係るあっせんを行ったと認めることは相当でない。
また，被告は，上記金員があっせん手数料であることの証拠として，南旺光学の経理担当者の供述を挙げるが，上記供述が記載された調査報告書については，供述者に内容を読み聞かせるなどして確認しておらず，推測で述べたことや一般論が原告に係る事実であるかのように記載されていたり，供述していないことを供述したかのように記載されていることに照らして，その内容は信用することができないから，上記供述をもって，上記金員があっせん手数料であると認めることはできない。
エ　なお，別表2記載の金員が仲立業収入に該当するとしても，その経費については，別表10のとおり，病院総収入及び医学部収入から，対応する経費のない補助金及び寄附金収入を除外して算定すべきであり，その結果，仲立業収入に係る経費の金額は，同表記載のとおりとなる。
(3)　金銭貸付業に関する主張
ア　被告は，前記３(1)アｄのとおり，本件貸付金の利子である本件未収利子が益金の額に算入されるべきであるとして，本件未収利子を金銭貸付業に係る収益計上漏れとして，原告の法人税の課税所得金額に加算している。イ　ところで，基本通達2－1－25は，貸付金について，次の事実が生じた場合には，当該貸付金から生ずる利子の額のうち当該事業年度に係るものは，当該事業年度の益金に算入しないことができることとしている。①　債務者が債務超過に陥っていることその他相当の理由により，その支払を督促したにもかかわらず，当該貸付金から生ずる利子の額のうち当該事業年度終了の日以前1年（以下「直近1年」という。）以内にその支払期日が到来したもの（以下「昀近発生利子」という。）の全額が当該事業年度終了の時において未収となっており，かつ，直近1年以内に昀近発生利子以外の利子について支払を受けた金額が全くないか又は極めて少額であること。
②　債務者につき債務超過の状態が相当期間継続し，事業好転の見通しがないこと，当該債務者が天災事故，経済事情の急変等により多大の損失を蒙ったことその他これらに類する事由が生じたため，当該貸付金の額の全部又は相当部分についてその回収が危ぶまれるに至ったこと。
ウ　原告は，別表3記載のとおり，本件貸付金を貸し付けたものであるところ，本件貸付金の貸付先は，いずれも業績不振で，貸金の元本の回収もできない状態にあり，利子の支払も得られない状況にあるから，本件貸付金は，いずれも上記イ①及び②の事実が生じた場合に該当する。
また，本件貸付金の貸付先のうち，ウエノハラスポーツヒルズについては，その所有する担保物件である不動産が競売により売却されていることに照らして，本件貸付金のうち，同社に対する貸付金は，上記イ①の事実が生じた場合に該当する。
エ　なお，本件未収利子が益金の額に算入されるべきであるとしても，その経費については，別表10のとおり，本部総収入から，対応する経費のない有価証券売却益収入及び補助金並びに寄附金収入を除外して算定すべきであり，その結果，金銭貸付業収入に係る経費の金額は，同表記載のとおりとなる。オ　したがって，本件未収利子については，平成2年3月期の益金の額に算入しないことができるから，本件未収利子が益金の額に算入されるべきであるとする被告の主張は相当でない。
(4)　不動産賃貸業に関する主張


ア　被告は，原告がタガタ産業に本件土地を賃貸していたとして，未収不動産賃料2725万6002円を不動産貸付業の収益として平成2年3月期の益金の額に算入すべきである旨主張する。
イ　しかし，原告がタガタ産業に対して本件土地を賃貸した事実はないから，本件土地に係る賃料収入を得ることはあり得ない。本件土地に関しては，昭和62年11月25日付け「土地売買及び関連事項契約書」において，原告がタガタ産業に貸与するかのような記載が存在するが，一般に，不動産賃貸借における賃料は，月ごとなど，年以下の期間を単位として，概ね規則的に支払われるものであるのに対し，上記契約書に記載された賃貸借の場合，期間は5年と定められており，賃料の算定根拠も明確ではないことに照らせば，上記契約書をもって，本件土地の賃貸借契約書と認めることはできない。また，本件土地が賃貸借に供されているのであれば，廃棄物処理場として使用されていなければならないにもかかわらず，本件土地は依然として農地のままであって，柿や栗の木が植栽されており，タガタ産業が使用している形跡はない。
さらに，原告の昭和62年10月12日付け理事会決議録には，本件土地について，タガタ産業に原告所有の静岡県藤枝市所在の土地4732坪を貸し付ける旨の決議が行われた旨記載されているものの，詳細な定めはなく，結局，本件土地をタガタ産業に賃貸する計画は進行しなかったものである。
ウ　なお，原告は，本件土地をタガタ産業に賃貸していた事実をいったん認めながら，第6回口頭弁論において陳述した平成9年4月25日付け準備書面において，上記事実を否認しているが，上記事実は，上記イのとおり，真実に反しており，かつ，原告は，錯誤に基づいてこれを認めたものであるから，自白の撤回は許容されるべきである。
エ　ところで，被告は，本件法人税更正処分において益金に加算した不動産の賃料については，賃料を収益に計上しない特段の事情もないから，事業年度以下の合理的な期間ごとにその発生した収益を計上する方法により，平成2年3月期の益金の額に算入されるべきである旨主張する。
しかし，タガタ産業が業績不振で休眠中のため，原告は同社から賃料の支払を受けることができないから，仮に賃料の発生が認められたとしても，賃料を収益に計上しない特段の事情が認められるというべきである。
(5)　まとめ
以上によれば，本件法人税更正処分のうち，原告の期限後申告に係る金額を超える部分，本件賦課決定処分のうち，原告の期限後申告に係る納付すべき法人税額に基づく無申告加算税額を超える部分，及び，本件消費税更正処分のうち，原告の修正申告に係る金額を超える部分は違法であるから，原告は，本件各処分のうち，これらの部分の取消しを求める。
（被告の主張）
(1)　請負業（治験等）について
ア　寄附金の会計処理及び治験等に関する事実関係
ａ　原告の経理処理に関する規程である「学校法人帝京第一学園経理規程」（以下「経理規程」という。）によれば，各勘定科目の性質及び処理基準は，同規程別表に定めるところによることとしているところ（同規程2章9条2項），同規程別表の「Ⅰ資金収支計算書記載勘定科目表」の「収入の部」，大科目「寄付金収入」，小科目「一般寄付金収入」の「備考」欄においては，「一般寄付金収入」の科目の性質及び処理基準を「用途指定のない寄付金をいい，後援会Ｐ.Ｔ.Ａ等も含む」と定めており，同規程別表の「Ⅱ消費収支計算勘定科目表」の「収入の部」の「備考」欄においても，各科目の性質及び処理基準を「資金収支の説明に同じ（以下同じ）」と定めている。
そして，原告は，製薬会社等から受け入れる金員を，使用目的に応じて，「奨学寄付金」又は「一般寄付金」という勘定科目で受け入れて，経理処理を行っていた。
また，原告の「平成元年度決算書」においては，「奨学寄付金」が，消費収支計算書の「消費収入の部」における「寄付金」欄の「一般寄付金」科目に含めて経理処理されている。
ｂ　原告は，前記２「前提となる事実」(3)アのとおり，平成2年3月期において，別表1記載の各収入先から，同表記載のとおり，本件寄附金合計3億1309万7272円を受領しているところ，原告は，これらの金員のうち，医学部等が奨学寄附金として受領した金員がいずれも実質的な寄附金であるとしたうえで，寄附の起因について，別表9記載のとおり主張している。
ｃ　製薬会社等は，原告に対し，医薬品等の治験や，新薬の開発のプロセスの各段階において必要不可欠とされる研究，有益な情報の提供等の役務の提供等を依頼していたが，その際，契約書等の書面が常に作成されたわけではなく，口頭で契約が締結されることもあった。契約書等の書面が作成される場合には，原告が治験等を実施してその結果等を製薬会社等に提供し，製薬会社等がこれに対して金員を支払うことが記載されることが通常であったが，金員の支払までは明記しないこともあった。
そして，原告は，治験等を実施する旨の合意が成立すると，これに基づいて治験等を実施し，臨床試験結果等のデータを製薬会社等に提供し，製薬会社等は，原告にその対価を支払っていた。
製薬会社等は，上記の支払を行う際，原告の指示により，定型用紙である寄附申込書を一律に提出しており，上記寄附申込書の記載に当たっては，原告が作成した「奨学寄附金寄付の手順」（市原病院に係る寄附の場合は「奨学寄付金寄付の手順」）と題する文書に従って，寄附の目的，条件等を記入していた。
イ　治験等が収益事業に該当すること
ａ　法人税法における請負業の意義及び収益事業該当性(a)　施行令5条1項10号は，請負業を収益事業の1つとして規定したうえ，「事務処理の委託を受ける業」も上記の請負業に含む旨規定しており，請負契約に基づく事業のほか，他の者の委託に基づいて行う調査，研究，情報の収集及び提供，手形交換，為替業務，検査，検定等の事業も，収益事業たる請負業に含まれることを明らかにしている。
そして，民法の規定する請負は，自己の責任において仕事の完成を約してその結果に対して報酬を受ける契約を指すものであり，対価性が認められる行為であるところ，法人税法における請負業の範囲は，上記の規定に照らし，民法の規定する請負よりも広いものというべきである。


(b)　また，法人税法7条が公益法人等の所得のうち収益事業によるものを課税対象とするのは，公益法人等が営利法人等と同様に営利事業を営んで競合関係にある場合にまでその所得を非課税とすれば，課税の公平が失われることによるものであり，同法2条13号の｢政令で定める事業｣として請負業等の33業種を収益事業として掲げる施行令5条1項の規定は，収益事業を同項に掲げる業種に限定する趣旨ではなく，営利企業等と競合関係にあるため非課税とすれば課税の公平を損なう業種を網羅的に対象とする趣旨と解すべきであるから，請負業的性格を有する業種については，個別具体的に列挙されていない業種であっても，原則として収益事業の対象となると解される。
このように収益事業の意義を広く解した場合，公益法人等における収益事業性の判断について，公益性ないし営利性の観点から限定すべきかは一応問題となり得るが，同法7条によれば，もっぱら公益を目的とする公益法人等についても，収益事業を行う以上これによる所得は課税対象となるのであるから，公益性が認められることによって収益性が否定されることにはならない｡したがって，公益法人等においても，施行令5条1項各号に列挙された一定の事業であって，事業場を設けて継続して営まれるものであれば，同法2条13号により収益事業に該当することが認められ，公益性又は営利性の有無によって収益事業に該当するか否かが左右されるものではない。
ｂ　治験の受託と対価について
前記２「前提となる事実」(2)のとおり，医薬品の製造承認を受けようとする製薬会社等は，医科大学等の医療機関に治験を依頼して，臨床試験成績に関する資料の収集を行っており，治験の実施に当たっては，治験実施に関する契約に従って，医療機関が臨床試験を行い，その結果を製薬会社等に報告しているところ，製薬会社等は，その対価として，医療機関に金銭を支払っており，本件において原告が製薬会社等から「奨学寄附金」等の名目で収受している金銭が，この対価に該当するものである。
そして，製薬会社等の医療機関に対する金銭の支払は，医療機関が患者に医療行為を施したことに対するものではなく，医療機関が治験実施に関する契約に基づき，治験薬に係る臨床試験の試験成績に関するデータを収集，整理し，製薬会社等に報告するという事務処理に対する対価として行われるものであるから，このように医療機関が製薬会社等との間で治験に関して行う対価の収受を伴う行為は，請負業に該当するものである。
このように，治験が請負業に該当することは，原告を含む全国の29の私立大学で組織する社団法人私立医科大学協会（以下「私立医科大学協会」という。）が，国税当局に対し，治験を受託したことによる収入が収益事業である請負業の範疇に該当することを認めたうえでこれを非課税とすることを要望した結果，平成14年政令第104号による施行令改正において，私立大学の行う一定の受託研究について非課税の措置が創設されたことにより，改めて確認されたというべきである。
ｃ　原告の行った治験等が請負業に該当すること
原告は，別表1記載の製薬会社等から，新薬等に係る治験，委託研究又は情報提供等の依頼を受け，これらの行為に係る役務を提供し，その役務提供の対価として，依頼者から奨学寄附金の名目で本件寄附金を受領していたのであるから，原告が行ったこれらの事業は，施行令5条1項10号に規定する請負業に該当するというべきである。
ウ　本件寄附金が治験等の対価であること
ａ　大学病院等の研究機関と製薬会社等の関係
製薬会社等が医薬品，医療用具等の開発，製造，販売等を行うためには，医学研究のための人的，物的設備を備えた研究機関に対し，基礎研究及び治験等を委託して，情報等の提供を得ることが必要不可欠である。特に，治験は，十分な臨床観察及び試験検査を行い，多数の症例の資料を収集し，緊急時に必要な措置を採ることができる医療機関でなければ実施できないものであって，製薬会社が自ら実施することは不可能であるから，製薬会社等の医療機関に対する委託研究の中でも，昀も重要な地位を占めるものである。
このようなことから，製薬会社等は，原告のような医療機関に対価を払って，治験による医薬品の臨床試験の成績等に関する資料を収集しているのが実態である。
ｂ　原告における治験の実態
原告は，多くの製薬会社等から，製造販売しようとする医薬品等について，その治験等の依頼を受けて，その治験結果に関する資料等を提供し，上記治験等に係る対価として，金員の支払を受けていた。
原告が製薬会社等に提供する役務の中心は，医薬品の製造承認に欠くことのできない治験（臨床試験）による試験結果のデータの提供であり，原告は，製薬会社等の依頼に応じて，治験薬を用いて臨床試験を行い，その結果を報告していた。
そして，原告は，製薬会社から治験を含む新薬の開発に関する役務の提供の依頼を受けたときには，これに応じて役務を提供し，その対価を奨学寄附金の名目で受領していたものである。
ｃ　本件寄附金が治験等の対価であること
(a)　原告が製薬会社等から受領した金員について
原告は，製薬会社等から寄附申込書の提出と共に受け入れた金員を「奨学寄附金」という勘定科目で経理処理しているところ，原告の「平成元年度決算書の消費収支計算書における「消費収入の部」の「寄附金」中の「一般寄附金」には，上記の「奨学寄附金」の他に，「学校協力費」及び「その他の寄附金」が含まれている。
そして，被告は，上記の「奨学寄附金」として処理された金員のうち，原告に対する寄附申込書の記載内容に照らして，学会への協賛を目的として受け入れたものなど，役務提供の対価としての性格がないと認められるものは，「寄附金」として認めている。
一方，本件寄附金は，原告が製薬会社等から受領したものであるが，これらの製薬会社等が原告に治験等を依頼していたことは証拠上明らかであり，原告も，27社について，製薬会社等の依頼により治験を行ったことを認めている。


このように，別表1記載の本件寄附金の金額は，原告が「奨学寄附金」として会計処理したもののうち，上記のとおり寄附金と認められるもの及び別表2記載の仲立業収入に該当するものを除いた金額である。(b)　法人税法上の「寄附」の意義と対価性の推認についてところで，一般に寄附金とは，直接の対価を求めない資産の無償提供であり，その法律関係は，民法上の贈与と実質的に同じと解されているところ，法人税法は，寄附金について，いずれの名義をもってするかを問わず，「金銭その他の資産又は経済的利益の贈与又は無償の供与」と規定しており（同法37条6項），通常の意味における寄附金よりも広い観念であると解されている。そして「贈与又は無償の供与」とは，反対給付のない純粋な金員の提供を意味することから，何らの役務提供とも結びついていない金員の支払であるという積極的な認定資料がない限り，その金員は寄附ではなく，何らかの対価性を有する収入と推認することができる。
(c)　製薬会社等が治験等の対価を支払う合理性
そもそも，製薬会社等は利潤追求を主目的とする営利企業であり，一般に自社の資産を無償で提供する「寄附」を容易に行うものではないという経験則が働くところである。
そして，製薬会社等にとって，治験による臨床試験結果のデータを得ることが医薬品等の製造を行う上で必要不可欠であることは，前記ｂのとおりであるところ，製薬会社等が治験を依頼した原告に対し，自己の利益を実現するためにその対価を支払うことは，営利企業である製薬会社等の経済活動として合理性がある。
また，製薬会社等は，治験だけでなく，医薬品等の開発，販売等を行う過程においても，医薬品等に関する研究による情報の収集を必要としており，このために行われる基礎研究，医薬品等の市販後調査（薬事法14条の4）等の治験以外の委託研究に対してその対価を支払うことにも経済的合理性がある。(d)　治験等の実施機関への金員の支払における対価性の推認このように，製薬会社等と医療機関の間には，治験の依頼や研究委託とそれに対する対価の支払という関係が見られることから，製薬会社等が治験等を依頼している医療機関に対して金員を支払った場合には，治験等の依頼とは無関係であると認めるに足りる特段の事情がない限り，治験，委託研究等，何らかの役務を提供したことの対価として支払われた金員であることが推認されるというべきである。
そして，上記の「特段の事情」とは，治験等を当該医療機関に依頼することがおよそ考えられない相手方からの金員である場合や，寄附の名目及び趣旨に照らして明らかに役務の提供を予定していないと認められる場合など，支払われた金員が何らの役務の提供とも結びついていないことが客観的に認められる場合をいい，その場合に支払われた金員が寄附金と認められるのであって，このような事情が認められない金員の支払については，何らかの役務を提供したことの対価と推認すべきである。
(e)　対価性の判断について
以上によれば，入金による収益が請負等による収入と寄附収入のいずれに該当するかは，対価性の有無の判断によるものであり，その判断に当たっては，入金の名目だけでなく，入金の相手方，目的，内容，相手方との関係，対応する役務の提供やその予定の有無・程度等，入金の実質を総合的に考慮することが必要であるというべきであるが，上記(d)のとおり，製薬会社等が治験等を依頼した医療機関等に対して金員を支払った場合には，特段の事情がない限り，当該支払は役務の提供との間に対価性を有するものと推認すべきである。そこで，これを本件寄附金についてみると，原告と製薬会社等との取引の多くについては，契約書，覚書等の書面が作成されており，これらの書面には，通常，治験等を依頼した製薬会社等が治験等の対価の支払を約することが明記されている。
また，製薬会社等は，原告に対して治験等に関する支払を行う場合，対価性のない利益の一方的供与である「寄附金」としてではなく，治験等の対価であるという認識の下に支払を行っている。
このような治験の対価性に関する理解が，製薬会社及び医療機関を含めた一般的な認識であることは，例えば，前記イｂのとおり，私立医科大学協会が国税当局に対し，治験の受託による収入が請負業に該当することを認めたうえで非課税とすることを要望したことや，同協会が日本私立大学団体連合会を通じて，国税庁に対し，私立医科大学が行う治験の経費の新規の算定方法の採用を要望していたことなど，原告も加盟している同協会が，治験の受託により製薬会社等から受領する金員が治験の対価であって，治験に関する事業が収益事業に該当するという認識に基づいて上記の活動を行っていたことからも明らかである。他方，製薬会社等が原告に対し，治験等の対価を支払うに当たっては，原告の指示により，原告が作成した「奨学寄附金寄付の手順」と題する文書に従って，定型用紙である奨学寄附金寄附申込書に記載したうえ，これを一律に提出していたことは，前記アのとおりである。
このように，原告は，従来より，製薬会社等の依頼により治験等を実施して，治験の結果等のデータを渡す内容の役務を提供し，その対価として，製薬会社等から奨学寄附金の名目で金員を受領していたところ，あえて寄附金の名目で金員を受領していたのは，これらの金員を収益事業によらない収入とするための形式にすぎないというべきであって，原告が製薬会社等から受領した金員が寄附金として会計処理されていることをもって，これらの金員を法人税法にいう寄附金による収入と解することはできない。
(f)　まとめ
以上のとおり，別表1記載の本件寄附金については，治験等に関する役務提供との間の対価性がないことが明らかに認められる等の特段の事情がない限り，治験等の役務提供の対価と推認され，寄附金と認めることはできないところ，上記(e)の事実に照らせば，本件寄附金について上記の特段の事情を認めることはできないから，本件寄附金は，いずれも原告が製薬会社等からの依頼に基づいて医薬品等の開発，製造及び販売に係る治験等の役務を提供し，その対価として製薬会社等から受領したものと認めるべきである。
エ　原告の主張に対する反論
ａ　当事者間で治験等の対価と認識されていなかった旨の主張について(a)　原告は，製薬会社等から寄附金の名目で受領した金員について，寄附金としてのみ受け入れる趣旨の下に，製薬会社等から寄附申込書を徴求し，製薬会社等もその趣旨を了解したうえで寄附申込書に調印して提出したものであって，実質的にも寄附金であると主張する。


しかしながら，製薬会社等が本件寄附金を臨床試験結果の報告等に対する対価として支払う旨の認識を有していたことは，前記ウｃ(e)のとおりであり，加えて，原告が，製薬会社等から受け入れた金員が治験，前臨床試験等の対価であることが明らかな場合にも，製薬会社等に指示して寄附申込書を提出させていることに照らせば，原告の上記主張は失当である。
(b)　また，原告は，治験契約書等の契約書の作成は，製薬会社等の内部の事情により，金員を支払うのに必要な手続として行われたものとしか認識，理解していない旨主張する。
しかしながら，原告の上記主張は，あたかも資金の受入れがなければ，治験を行っても治験契約書等の契約書の作成が必要ないかのような主張と解されるところ，原告は，治験の手続について，資金の受入れとは無関係に契約書等が作成される旨主張をしており，これらの主張は矛盾しているといわざるを得ない。しかも，原告は，治験について，製薬会社等の依頼によって業務を行っていることを認める一方，受託した治験業務と入金した金員との対価性をことさらに否定する主張を行っているが，このような契約の文言に明らかに反する解釈をする根拠が示されておらず，失当というほかない。
(c)　原告は，本件寄附金が治験を起因として支払われたものであるとしても，製薬会社等としては，原告に将来も繰り返して治験を依頼したり，将来の取引の拡大を期待したりする面もあることなどから，これをもって，臨床試験結果報告の対価とはいえない旨主張する。
しかしながら，本件寄附金が上記のような趣旨の下に支払われたとしても，治験薬に関する臨床試験のデータを得るための対価であることが否定されるものではない。むしろ，原告は，これらの金員が治験に対する謝礼の趣旨も含むと主張していることからすれば，その対価性を肯定するものというべきであって，臨床試験結果の報告と本件寄附金が対価関係にあることは明らかというべきである。
(d)　さらに，原告は，原告及び製薬会社側の意思として，治験の対価として金員が授受されたのではなく，治験が医療の進歩発展に奉仕するという公共的な使命感から寄附が行われ，金員が授受されたものであると主張する。しかしながら，治験等の実態は前記ウｂのとおりであり，上記主張は，原告の一方的な見解であって，製薬会社等が原告の指示により寄附申込書を提出していたことに照らしても，原告自身が，本件寄附金が純粋な寄附金ではなく，名目上の寄附金にすぎないことを認識していたといわざるを得ない。(e)　そもそも，原告は，製薬会社等の依頼によって治験等の業務を行っていることを認める一方，その対価については，ことさら受託した治験等の業務と入金した金員との対価性を否定する主張を行っているが，このような主張は，経験則に反し，根拠のないものといわざるを得ず，治験等の実施に関して契約を交わしている当事者の主張としては，到底首肯できるものとはいえない。
ｂ　治験の一体的性格に関する主張について
原告は，治験はその性質上，患者に対する医療行為としての治験と，その結果報告とが一体となるものであり，治験を起因とする金員の授受があっても，あくまでも医療行為の対価としてとらえるべきであって，臨床試験結果報告の部分を分断してこれと対価関係があるとすることは，相当でない旨主張する。しかし，治験においては，患者に対する医療行為の対価を患者又は保険から収受することとは別に，治験薬に関する臨床試験結果のデータを収集，整理して提供する対価として製薬会社等から金員を収受しているのであるから，製薬会社等から受領した金員を医療行為の対価とする原告の主張は失当である。
ｃ　治験が医療保健業に該当する旨の主張について
(a)　原告は，私立学校法3条に規定する学校法人が行う医療保健業は収益事業から除かれており（施行令5条1項29号ハ），治験に係る臨床試験結果報告は医療行為と一体不可分のものであるから，これに関して得られる収入は医療保健業によるものであるとして，基本通達15－1－29の規定により，請負業に該当しない旨主張する。
(b)　そこで検討するに，一般に「医療業」とは，医師又は歯科医師等が人（患者）に対し医業又は医業類似行為を行う事業及び獣医が動物に対し診察治療を行う事業並びにこれらに直接関連するサービスを提供する事業をいい，「保健業」とは，保健衛生のサービスを提供する事業をいい，医療保健業は，これらを複合した概念である。
これに対し，原告は，製薬会社等から新薬等に係る治験等の依頼を受けてこれを実施し，これらの役務の提供の対価として，製薬会社等から奨学寄附金の名目で金員を受領したのであり，これらの行為は，製薬会社等と原告との間の契約により依頼者である製薬会社等のために行われたものであって，患者の依頼により行ったものではない。
したがって，原告が製薬会社等のために行ったこれらの行為は，医療保健業及びこれに付随して行われる行為に該当せず，請負業に該当するものというべきである。
(c)　また，治験に関する行為には，患者に対する治験薬の投与による医療行為と，製薬会社等に対する臨床試験結果の報告行為の2つの側面があり，例えば，患者に対する治験薬の投与が，患者との契約に基づき，患者に対する医療行為に付随して患者のために行われる役務であるのに対し，治験薬の投与に関する臨床試験結果の報告は，治験依頼者である製薬会社等との間の契約に基づき，患者に対する医療行為により得られたデータを製薬会社等に報告するという役務を提供するものであり，その対価も，前者は患者又は保険が負担するのに対し，後者は製薬会社が負担するなど，両者の性格は明らかに異なっている。したがって,治験における医療行為と臨床試験結果の報告について，両者の性格を同列に論じたうえで，等しく基本通達15－1－29を適用すべきであるとする原告の主張は失当である。
ｄ　対価の把握が不能である旨の主張について
原告は，治験に関する業務を請負業とすれば，臨床試験結果の報告部分に相当する対価のみを収益事業に当たる所得としなければならないところ，そのような対価を算出することは困難ないし不可能であると主張する。しかしながら，原告の上記主張は，治験に関する業務のうち，医療行為の部分には対価性がなく，臨床試験結果の報告の部分のみが対価性を持ち得るという前提の下に，後者を分離して対価性を算出することが困難ないし不可能であるとするものと解されるところ，治験に関連して依頼者である製薬会社等から奨学寄附金等の名目で収受する金員が請負業に係る収入となる以上，その収入金額は明確に把握できるから，原告の上記主張は理由がない。


ｅ　原告が受領した金員が請負の報酬に当たらない旨の主張について原告は，原告が製薬会社等から受領する寄附金について，役務の提供に対する報酬の金額を契約時に確定することはできないし，報酬額が一症例ごとに一定額であるとすれば，仕事の労力と関係なく定められている点において，請負に対する報酬の概念とは異なるものであるとして，原告が製薬会社等から受領した金員は請負に対する報酬ではない旨主張する。
しかし，原告の上記主張は，民法632条に規定する請負契約の要件を前提とするものであるところ，施行令5条1項10号に掲げる請負業は，事務処理の委託を受ける業を含むものとされており，民法632条の請負契約に基づいて行う事業のほか，他の者の委託に基づき行う調査，研究，情報の収集及び提供等の事業も含まれるのであるから，治験に係る製薬会社等との間の行為が民法上の請負契約の要件を欠くことを理由に請負業に該当しないとする原告の主張は失当である。ｆ　入金の名目が奨学寄附金である以上は寄附金であるとの主張について原告は，本件寄附金が「奨学寄附金」の名目で入金されている以上，寄附金であって，臨床試験結果の報告に対する対価と認定することはできない旨主張する。
しかし，税法上の評価は，支払の名目にかかわらず，その経済的実質に着目して行うべきであるところ，本件寄附金は，名目は奨学寄附金であっても，その実質が臨床試験結果の報告に対する対価であることは前記ウｃのとおりであって，寄附金には該当しないから，原告の上記主張は失当である。
ｇ　薬学部等における委託研究について
原告は，薬学部においては治験を実施することはないとして，薬学部における業務委託契約による収益が存在しない旨主張する一方，薬学部その他の原告の施設が委託研究を行っていたとしても，製薬会社等としては，将来何らかの機会に情報の提供，自社の開発テーマの採用等を考慮してもらうことを期待して寄附していたのであって，委託研究との間に何ら対価性は認められない旨主張する。しかしながら，薬学部が製薬会社等の依頼を受けて基礎試験を行うなど，薬学部その他の原告の機関において，治験以外の委託研究を受託していたことは明らかである。
そして，原告と製薬会社等が委託研究の契約を締結する際，研究費用の額，支払方法等が定められ，これに基づいて委託者は「研究助成金寄付申込書」等の文書を作成して原告に提出し，原告から「研究助成金受諾承認書」等の文書の交付を受けたうえで，契約金額の支払を行っており，これらの文書における支払目的の記載に照らせば，原告に納入された研究助成金が，委託研究と直接的に関連して支払われていることは明らかというべきである。
したがって，原告は，薬学部その他の施設において，治験以外の委託研究の対価として奨学寄附金名目の金員を受領していたというべきであるから，原告の上記主張はいずれも失当である。
オ　請負業に係る経費認容について
ａ　収益事業を営む公益法人等の所得の計算等に関する規定について学校法人を含む公益法人等については，当該公益法人等の各事業年度の所得のうち，収益事業から生じた所得に限り法人税が課税されることから，施行令6条は，公益法人等において，収益事業から生ずる所得に関する経理と収益事業以外の事業から生ずる所得に関する経理とを区分して行わなければならない旨規定する。
そして，基本通達15－2－5は，収益事業を営む公益法人等の費用又は損失の区分経理について，収益事業について直接要した費用又は直接生じた損失の額は収益事業に係る費用又は損失の額として経理することとし，収益事業と収益事業以外の事業とに共通する費用又は損失の額については，当該費用又は損失の額の性質に応ずる合理的な基準により各事業に配賦し，その配賦したところに基づいて経理する旨規定する。
ｂ　本件における収益事業に係る経費認容について
被告は，原告の各収益事業に係る経費認容額について，原告の平成元年度決算書を基に，各収入の形態に応じ，それぞれ各収入の割合による各会計収支基準により算定したところ，その算定方法の詳細及び算定された経費認容額は，別表7のとおりである。
被告が上記の算定方法を採用したのは，原告が前記ａの収益事業とそれ以外の事業に係る所得に関する区分経理を実施していないため，原告の各収益事業に係る収入金額に対応する経費の額を個別的に抽出することが実質的に困難であったことによるものであり，被告の採用した算定方法は，原告の各収入の形態に照らし，それぞれ適当と認められる会計収支基準を採用した合理的なものである。なお，治験に係る一連の行為には，患者に対する医療行為と，医療行為の結果得られた臨床試験結果を製薬会社等に報告する行為の2つの側面があるところ，治験の目的は，あくまでも製薬会社等に対する治験に係る臨床試験結果の報告であり，治験収入はまさにその報告の対価であって，患者に対する治療の対価とは性格を異にするものである。
したがって，医療収入に対する直接経費である薬品費及び給食材料費は，請負業収入との関連がないから，治験収入の経費認容額の計算をするに当たり，これを除外して計算することが相当である。
ｃ　原告の主張する経費の算定方法に対する反論
(a)　原告の請負業に係る経費認容額の主張に対する反論ⅰ　原告は，仮に，治験等の対価としての金員の受領が請負業による収益に該当するとしても，経費の方が多額になることから，法人税を課税すべきでない旨主張する。
ⅱ　原告の上記主張の根拠は，次の2点にあると解される。①　治験において医療行為と臨床試験結果の報告は一体であり，むしろ医療行為が主たる部分である以上，一般医療行為に必要な薬品費及び給食材料費の支出についても，治験による収入に対する経費に含めるのが当然であり，被告が前記ｂの経費認容額の算定において，病院消費支出合計額から薬品費及び給食材料費を控除したことは誤りである。
②　病院総収入及び医学部収入における補助金及び寄附金収入は，業務に関係がなく，これに対応する経費は存在しないから，それぞれの収入から控除すべきである。
ⅲ　しかしながら，治験の目的は，あくまでも製薬会社等に対する臨床試験結果の報告であり，治験収入はその報告の対価であって，患者に対する治療の対価とは性格が異なるものである。加えて，原告は，治験を含む医療行為の診療費について，未承認の治験薬費を除いて，原則として患者の負担として支払を受けることとしており，薬品費及び給食材料費は，患者への医療行為の対価として患者及び保険から支払を受ける診療費に係る費用であって，治験及び委託研究収入とは対応関係がない。


したがって，被告が病院消費支出合計額から薬品費及び給食材料費を控除して経費を算定したことは正当であって，原告の上記ⅱ①の主張は失当である。
ⅳ　また，原告の上記ⅱ②の主張は，被告による前記ｂの経費認容額の算定に関し，医学部教員人件費に乗ずる割合を算出する際の病院総収入金額及び医学部収入金額，並びに，消費支出合計額に乗ずる割合の計算過程における「治験収入金額及び委託研究収入金額」を除する際の病院総収入金額の各収入金額から，原告のいう補助金及び寄附金収入を控除すべきであるとするものである。しかしながら，原告の主張する寄附金収入には，本来寄附金収入とはならない収益事業による収入が含まれており，消費支出合計額には，上記補助金及び寄附金収入を得るための事務経費等が含まれているから，上記の病院総収入額及び医学部収入金額から原告のいう補助金及び寄附金収入を控除することは相当でない。
(b)　原告の経費計算に対する反論
原告は，治験に係る経費について，別表10の「請負業収入に係る経費の額」に記載のとおり主張するところ，上記主張は，前記(a)で指摘した点以外にも，次の点において相当でない。
ⅰ　病院総収入及び病院収入について
原告は，病院総収入及び病院収入の各金額が242億1866万7130円であると主張し，この金額に基づいて医学部教員人件費に乗ずる割合を算出しているが，上記各金額には，原告の本部会計を経由していない眼鏡店等からの仲立業収入242万2500円が加算されておらず，上記仲立業収入は原告の平成元年度決算書に計上されていないことから，原告の病院総収入及び病院収入の各金額は，上記仲立業収入を加算した242億2108万9630円とすべきである。
ⅱ　収入金額（委託研究費）について
原告は，収入金額（委託研究費）の金額が2億8961万7272円であると主張するが，原告が，被告の主張する請負業に係る収益計上漏れから薬学部に係る金額を控除したものを主張する趣旨であれば，3億1309万7272円から2648万円を控除した2億8661万7272円を原告の主張する収入金額（委託研究費）とすべきである。
ⅲ　委託研究費について
原告は，委託研究費の金額が2億8961万7272円であるとして，収入金額（委託研究費）を除する際の分母の額に加算しているが，同金額のうち附属病院本院，溝口病院及び市原病院に係る金額については，上記分母で加算した病院総収入に包含されており，また，医学部に係る金額については，医学部教員人件費に乗ずる割合を算出する際の医学部収入に包含され調整済みであるから，上記委託研究費を上記分母の額に加算する必要はない。
(c)　まとめ
以上のとおり，原告の請負業に係る経費認容額に関する原告の主張は，いずれも失当であり，原告の請負業による収入の経費は，別表7の④及び⑤のとおりとなるから，治験等に係る収入よりも経費の方が多額であるとして，法人税を課税すべきでないとする原告の前記主張は，理由がないといわざるを得ない。
(2)　仲立業について
ア　原告の業務が仲立業に該当することについて
ａ　施行令5条1項19号は，仲立業を収益事業の一つとして規定しているところ，仲立業とは，他の者のために商行為の媒介を行う事業をいい，例えば商品売買，用船契約又は金融（手形割引を含む。）等の仲介又はあっせんを行う事業がこれに該当する（法人税法基本通達15－1－46）。
ｂ　原告は，前記２「前提となる事実」(3)イのとおり，附属病院本院及び市原病院において，南旺光学ほか4社から，別表2記載の金額の金員を受領したものである。
しかるに，原告は，原告の附属病院の眼科に対する出入業者（以下，単に「出入業者」ということがある。）を南旺光学ほか4社に限定し，それぞれ指定した曜日に出入業者の社員を原告の病院の眼科に派遣させ，眼鏡等を必要とする患者を紹介することにより眼鏡等の注文のあっせんを行い，その手数料として上記金員を奨学寄附金名目で受領していたものであり，このことは，南旺光学の経理担当者，シード東京販売の営業担当者及び経理担当者並びに株式会社リッキーコンタクトレンズの担当者が，あっせんの事実及びあっせん手数料ないし販売手数料としてコンタクトレンズの販売代金の50パーセントを目途として支払っていた事実を具体的に供述していることからも明らかである。
原告が行ったこれら一連の行為は，出入業者に対して眼鏡を必要とする患者を紹介することにより，眼鏡等のあっせんをしたものにほかならないから，上記行為が施行令1項19号に規定する仲立業に該当することは明らかというべきである。
イ　原告の主張に対する反論
これに対し，原告は，原告の眼科に出入りしていた南旺光学ほか4社の出入業者との関係について，あっせんの事実そのものを否定している。しかしながら，上記アｂのとおり，異なる出入業者が，それぞれ，あっせんの事実及びあっせん手数料支払の事実を具体的に供述しており，原告が，出入業者に対して眼鏡等を必要とする患者を紹介し，出入業者がその紹介の対価としてのあっせん手数料を，原告の指示により奨学寄附金名目で支払っていたことは明らかであるから，原告の上記主張は理由がない。
ウ　なお，仲立業収入に係る経費認容額は，前記(1)オｂの方法により，別表7のとおり算定される。
これに対し，原告は，仲立業収入に係る経費の算定に当たり，別表10のとおり，病院総収入及び医学部収入から，対応する経費のない補助金及び寄附金収入を除外して計算すべきである旨主張するが，かかる計算方法が相当でないことは，請負業収入に係る経費の算定の場合と同様である。
(3)　金銭貸付業について
ア　未収の貸付金利子の収益計上時期及びその特例についてａ　法人税法22条2項は，当該事業年度の益金の額に算入すべき金額について，別段の定めがあるものを除き，資産の販売，有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供，無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とし，同条4項は，当該事業年度の益金の額は，一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算する旨規定するところ，企業会計原則は，収益を発生主義によって認識すべきものとしている（同原則第二損益計算書原則一）。


そして，基本通達2－1－24は，貸付金から生ずる利子の収益計上時期について，その利子の計算期間の経過に応じ当該事業年度に係る金額を当該事業年度の益金の額に算入することとし，原則として発生主義によることを定めている。なお，主として金融及び保険業を営む法人以外の法人が，その有する貸付金から生ずる利子でその支払期日が1年以内の一定の期間ごとに到来するものの額については，継続してその支払期日の属する事業年度の益金の額に算入している場合には，益金算入を認めることとしている（基本通達2－1－24）。ｂ　しかしながら，債務者の状態からみて現実に利子を回収することが極めて困難なため，未収の貸付金利子を上記の基準により計上することが実情に反する場合もあることから，基本通達2－1－25は，貸付金の債務者について次のいずれかの事実が生じた場合には，当該貸付金から生ずる利子の額のうち当該事業年度に係るものは当該事業年度の益金の額に算入しないことができることとしている。①　債務者が債務超過に陥っていることその他相当の理由により，その支払を督促したにもかかわらず，当該貸付金から生ずる利子の額のうち昀近発生利子の全額が当該事業年度終了の時において未収となっており，かつ，直近1年以内に昀近発生利子以外の利子について支払を受けた金額が全くないか又は極めて少額であること。
②　債務者につき会社更生法の規定による更生手続又は商法の規定による会社の整理その他これに類する法律上の整理手続が開始されたこと。③　債務者につき債務超過の状態が相当期間継続し，事業好転の見通しがないこと，当該債務者が天災事故，経済事情の急変等により多大の損失を蒙ったことその他これらに類する事由が生じたため，当該貸付金の額の全部又は相当部分についてその回収が危ぶまれるに至ったこと。
④　会社更生法の規定による更生計画の認可決定，債権者集会の協議決定等により当該貸付金の額の全部又は相当部分について相当期間（おおむね2年以上）棚上げされることになったこと。
イ　本件貸付金について
原告は，別表3記載のとおり，武蔵野土木工業ほか2社に本件貸付金を貸し渡したものであるところ，本件法人税更正処分において益金に加算した本件貸付金の利子については，いずれも上記アｂ①ないし④の各事由に該当する事実はなく，前記アａの原則的な計上基準により，平成2年3月期の益金に算入されるべきものである。
ウ　原告の主張に対する反論
原告は，本件貸付金の貸付先について，前記アｂ①及び③に該当する事実が存在する旨主張し，特にウエノハラスポーツヒルズに対する貸付金については，その所有不動産が競売されていることからも，前記アｂ①に該当する事実が存在する旨主張する。
しかしながら，本件貸付金の貸付先について，そのような事由に該当する事実がないことは，上記イのとおりである。
また，ウエノハラスポーツヒルズの所有不動産の競売は，平成2年3月期の事業年度終了後に発生したものであり，平成2年3月期に前記アｂ①に該当する事実が存在したとはいえないし，そもそも，原告のウエノハラスポーツヒルズに対する貸付金の元本は，平成元年4月11日に回収されていることに照らしても，原告のウエノハラスポーツヒルズに対する貸付金の利子について，前記アｂに記載した基本通達2－1－25の取扱いが適用される余地はない。
したがって，原告の上記主張は，いずれも失当である。エ　なお，金銭貸付業収入に係る経費認容額は，前記(1)オｂの方法により，別表7のとおり算定される。
これに対し，原告は，金銭貸付業に係る経費の算定についても，別表10のとおり，本部総収入から有価証券売却益並びに補助金及び寄附金収入を除外して計算すべきである旨主張するが，かかる計算方法が相当でないことは，請負業収入に係る経費の算定の場合と同様である。
(4)　不動産貸付業について
ア　不動産賃料の収益計上時期
法人税法においては，不動産賃料の収益を計上する時期についても，前記(3)アａのとおり発生主義によるべきものとされており，基本通達2－1－29は，資産の賃貸借契約に基づいて支払を受ける使用料等の額は，前受けに係る額を除き，当該契約又は慣習によりその支払を受けるべき日の属する事業年度の益金の額に算入することとしている。
しかしながら，この定めは，一般に資産の賃貸借契約に基づく使用料について，年以下の期間を単位として規則的に支払われる取引慣習があることを前提にするものであるから，その使用料の支払期日が1年を超えて定められているような場合には，上記通達の定めの適用はなく，事業年度以下ごとにその発生した収益を計上しなければならない。
イ　原告の未収不動産賃料について
原告は，平成2年3月期当時，タガタ産業に対し，本件土地を賃貸していたものであり，このことは，原告の昭和62年10月12日付け理事会決議録の決議事項において，「有限会社タガタ産業に対し金壱億三千万円也と本学園所有の静岡県藤枝市にある土地四七三二坪を貸付ける。」と記載されていること，タガタ産業の代表取締役Ｆが，東京国税局の調査担当者の聴取りに対し，本件土地を同社に代わって原告が購入したうえ，同社が借りる形とし，5年間の借地料相当額について同社が別の土地を原告に提供することになっている旨供述していることからも明らかである。
したがって，本件法人税更正処分において益金に加算した不動産の賃料は，上記アの収益計上基準により，平成2年3月期の益金の額に算入されるべきである。
ウ　不動産の貸付けに係る原告の自白及び主張について原告は，第4回口頭弁論期日において，本件土地の賃借に関し，「原告が有限会社タガタ産業に対し，被告主張の本件土地を賃貸していることは認める」と記載した平成8年12月18日付け準備書面を陳述している。にもかかわらず，原告は，第7回口頭弁論期日において陳述した平成9年6月24日付け準備書面において，上記の自白が真実に反し，錯誤に基づくものであることを理由にこれを撤回したうえ，本件土地は，タガタ産業の原告に対する借受金の担保として原告に提供されたものであって，賃貸借契約は存在しない旨主張している。
しかしながら，原告が本件土地を賃貸した事実については，自白が成立しており，撤回することは認められないというべきである。また，この点を措くとしても，そもそも原告がタガタ産業に対して本件土地を賃貸していたことは，前記イのとおり明らかであるから，これに反する原告の主張は失当である。


さらに，原告の昭和63年3月31日現在の財産目録において，本件土地1億3628万0010円，タガタ産業に対する手形による貸付金1億3000万円が計上されており，土地の金額が原告とタガタ産業の間の昭和62年11月27日付け本件土地の売買契約書における売買代金と同額であり，貸付金の金額が同月25日付け関連事項売買契約書における同社の借入金の金額と同額であること，同社の代表取締役が，1億3000万円の借入金とは別に本件土地の取得代金を原告が支払っている旨供述していることに照らしても，同社が本件土地を借受金の担保として原告に提供したとする原告の上記主張は，失当というべきである。
(5)　結論
以上に基づいて，原告の平成2年3月期の法人税に係る所得金額，納付すべき税額及び無申告加算税の金額並びに平成2年3月課税期間の消費税に係る課税標準額及び納付すべき税額を算定した結果は，それぞれ前記３「被告による本件各処分の根拠」のとおりであり，いずれも本件各処分における金額と同額以下である。したがって，本件各処分はいずれも適法であって，原告の主張には理由がないから，原告の請求は棄却されるべきである。
５　争点
以上によれば，本件の争点は，次のとおりである。
(1)　請負業（治験等）について
ア　本件寄附金が，原告の実施した治験等に係る役務提供の対価として支払われたものか否か。
（争点１）
イ　争点１について，本件寄附金が治験等の対価と認められた場合，原告の本件寄附金による収入は，施行令5条1項10号に規定する請負業に係る収入に該当するか否か。
（争点２）
ウ　争点２について，本件寄附金による収入が請負業に係る収入に該当することが認められた場合，上記収入に対する経費の金額はいくらか。
（争点３）
(2)　仲立業について
原告が南旺光学ほか4社から寄附金として受領した金員が，施行令5条1項19号に規定する仲立業に係る収入に該当するか否か。また，該当するとした場合，上記収入に対する経費の金額はいくらか。
（争点４）
(3)　金銭貸付業について
本件未収利子について，金銭貸付業に係る収入として計上すべきか否か。また，計上すべきであるとした場合，上記収入に対する経費の金額はいくらか。
（争点５）
(4)　不動産貸付業について
被告が平成2年3月期当時，タガタ産業に対して不動産を賃貸した事実が認められるか否か。また，不動産を賃貸した事実が認められる場合，賃料を不動産貸付業に係る収入として計上すべきか否か。
（争点６）
第３　当裁判所の判断
１　争点１について
(1)　前記「前提となる事実」に加え，各項末尾に掲記した証拠等によれば，原告における奨学寄附金等の取扱い，治験等の実施等に関し，次の事実を認めることができる。
ア　原告は，平成2年3月期に，医学部等及び薬学部において，奨学寄附金等の名目で，別表1の「収入先」欄記載の製薬会社等から，同表記載のとおり，本件寄附金合計3億1309万7272円を受領した。
本件寄附金のうち，医学部等に係る個別の寄附について，寄附を行った者，寄附金額，寄附の年月日及び寄附申込書に記載された寄附の目的は，それぞれ別表9の「会社名」，「金額」，「入金日」及び「寄付の目的」の各欄に記載したとおりである。
（当事者間に争いがない事実）
イ　原告の寄附金に関する会計処理
ａ　原告は，経理事務の処理に関して，経理規程を定め，昭和46年4月1日よりこれに基づいて経理事務の処理を行っている。
そして，経理規程2章「帳簿及び勘定科目」の9条2項は，「各勘定科目の性質及び処理基準については別表に定めるところによる。」と規定しているところ，同規程別表の「Ⅰ資金収支計算書記載勘定科目表」の「収入の部」の大科目「寄附金収入」には，小科目として「特別寄附金収入」及び「一般寄附金収入」があり，「特別寄附金収入」の「備考」欄は，「特別寄附金収入」の科目の性質及び処理基準として，「用途指定のある寄附金をいう」と定める一方，「一般寄附金収入」の「備考」欄は，「一般寄附金収入」の科目の性質及び処理基準として，「用途指定のない寄附金をいい，後援会Ｐ.Ｔ.Ａ等も含む」と定めている。また，同規程別表の「Ⅱ消費収支計算勘定科目表」の「収入の部」の「備考」欄も，科目の性質及び処理基準について，「資金収支の説明に同じ（以下同じ）」と定めている。
（乙74）
ｂ　原告は，製薬会社等から寄附金として金員を受け入れる場合，特定の研究の費用として使用されることを目的とする場合には奨学寄附金とし，私立学校の学術振興を目的とする場合には一般寄附金として受け入れていた。一方，原告の平成2年3月期の決算に係る「平成元年度決算書」においては，「奨学寄附金」が，消費収支計算書の「消費収入の部」における科目「寄付金」の中の「一般寄付金」に含めて経理処理されている。
（甲14，乙51）
ウ　治験の実施
ａ　薬事法によれば，医薬品等を製造しようとする者は，品目ごとに厚生大臣の承認を受けなければならないこととされ（同法14条1項），医薬品等の製造承認申請に当たっては，申請書に臨床試験の試験成績に関する資料を添付しなければならないこととされており（同条3項），この臨床試験の試験成績に関する資料の収集を目的とする試験を治験という（同法80条の2第1項）。一般に，製薬会社等が新薬を開発する過程としては，目標とする疾患，薬効等のテーマの設定に始まり，合成，抽出等による試料製造，又はバイオ技術により目的とする化合物の取得を目指す物質創製研究，薬効検定により医薬品として可能性のある化合物を選択するスクリーニングテスト，動物実験による薬理・毒性試験等の前臨床試験，臨床試験（治験），薬剤等としての評価を得るための学会又は論文発表，承認申請，製造承認，販売という経過をたどるものである。治験は，このような新薬等の開発過程において，監督官庁の指導の下で，長期にわたる動物実験（前臨床試験）の成果を踏まえて行われるものであり，その態様は，一般患者に対する通常の医療行為を行う過程において，治療の一環として，既存薬の投与等とともに，治験薬の投与等によって行われるものである。
（甲9，同10，乙8）


ｂ　治験の具体的な手続としては，健康成人に治験薬を使用して安全性を検討する第一相試験，少数例の患者に投与して当該治験薬の安全性及び有効性を調査する第二相試験，さらに多数例の患者を対象として有効性を調査する第三相試験が行われるほか，場合によっては，当該医薬品等の市販後に長期的な安全性及び有効性の資料を収集するための第四相試験も行われるなど，厳格で手厚い手続が必要とされる。
このようなことから，治験は，十分な専門知識及び経験を有する特定の専門医が，大学医学部の付属病院のように専門的スタッフを擁して十分な設備の整っている医療機関において実施することが通例であり，医薬品等の製造承認を受けようとする製薬会社等は，このような医療機関に治験を依頼して，臨床試験の試験成績に関する資料の収集を行っている。
（甲9，同10，証人Ａ）
ｃ　原告は，医学部，付属病院等を有する学校法人であり，従来より製薬会社等の委託を受けて治験を実施しており，原告の施設における平成5年ころ以降の治験の実施手続の流れは，概ね次のとおりであった。
(a)　原告は，治験依頼者である製薬会社から治験実施委託を受けると，治験実施計画書，治験薬申請書一式，治験薬使用届，治験薬の概要に関する添付資料，治験薬詳細関係資料等の提出を受けるとともに，契約書の文案の提示を受けて，これを治験審査委員会において検討する。
(b)　薬剤部長が治験薬管理表を作成する。
(c)　治験審査委員会において審査した結果，治験を受託することとした場合には，治験審査一覧表を作成して副院長に送付し，副院長から病院長に送付するとともに，病院長と製薬会社との間で，治験実施に関する契約書が作成される。(d)　治験担当医師に，治験実施計画書，治験症例記録，同意書，同意書を得るための説明文等が送付され，担当医師が患者に同意を求め，同意を得られた場合に治験が実施される。
(e)　治験が終了した際，治験終了報告書を作成し，治験依頼者である製薬会社に提出する。
（甲9）
ｄ　製薬会社等は，原告に対し，治験以外にも，物質創製研究，スクリーニングテスト，前臨床試験に係る委託研究，新薬が市販された後の医薬品に関する有効性，安全性及び品質に関する研究等，新薬の開発の過程において必要とされる研究及び有益な情報の提供等の役務の提供を依頼し，原告は，薬学部その他の施設において，これらの委託研究を行っていた。
（乙1，同2の1及び2，同4ないし7（各枝番号を含む。））
エ　治験等の実施に伴う契約の締結及び書類の作成
ａ　原告が製薬会社等の委託を受けて治験等を実施するに当たっては，その実施に関する契約が締結され，その際，契約書，覚書等の書面が作成されることが通例であったが，これらの書面が作成されないまま，口頭で契約が締結される場合もあった。
契約書等の書面が作成される場合には，原告が臨床試験を実施してその結果等を製薬会社等に提供する旨定められるほか，製薬会社等が依託研究費，研究費，調査報酬等として金員を支払う旨の定めを設けることもあり，具体的な金額及び支払時期が定められている場合もあるが，金員の支払について何ら定めのない書面も多数存在する。
（乙9ないし48（各枝番号を含む。），同66の5，同70）ｂ　一方，製薬会社等から原告に対し，治験等を起因として，奨学寄附金の名目で金員が支払われていたところ，平成2年3月期ころにおけるその支払手続としては，原告が治験を実施した後，製薬会社等が原告宛ての寄附金額及び寄附の目的を記載した奨学寄附金寄附申込書を原告の本部会計課に提出して奨学寄附金の申込みを行い，原告がこれを受けて，製薬会社等に対し，奨学寄附金受納書を提出して，当該金員の振込先となる原告名義の銀行口座を指定し，製薬会社等がこの口座に当該金員を振り込む方法により支払を行っていた。
もっとも，製薬会社等が原告に提出した奨学寄附金寄附申込書は，定型書式であり，その記載事項及び記載方法は，原告が作成した「奨学寄附金寄付の手順」（市原病院に係る寄附の場合は「奨学寄付金寄付の手順」）と題する文書（以下「「寄付の手順」」という。）に指示されており，製薬会社等は，「寄付の手順」に記載された指示に従って，奨学寄附金寄附申込書に所定の事項を記入して提出し，その後の支払手続を行っていた。
また，製薬会社等は，治験等を起因とする奨学寄附金の支払に関し，治験等に係る資料の提出後，原告に対し，治験等の対価という認識の下に金員を支払う際，治験等を担当した原告の教授から指示を受けて，奨学寄附金の支払という形式を採ることとしたり，治験に係る契約を締結する際，治験等を担当する原告の教授と打ち合わせるなどして，支払金額を決定しており，このようなことは，治験等の実施に係る契約書等の書面に金員の支払に関する定めのない場合や，契約書等の書面が作成されなかった場合においても行われていた。さらに，製薬会社等が原告に提出した奨学寄附金寄附申込書の中には，寄附の目的として，治験研究費であることを明記しているものも存在する。（甲13の1ないし3，同14，乙2の1，2，同9ないし12，同49，同50，同53，同71ないし73）ｃ　原告の附属病院本院その他の施設においては，薬剤部が製薬会社から治験薬を預かり，その管理を行うことを起因として寄附金が支払われることがあり，その場合には，製薬会社から，奨学寄附金寄附申込書とは異なる様式の「寄附申込書」と題する書面に，私立学校の学術振興などを寄附の目的として記載して提出する方法により，寄附金の申込みが行われていた。
さらに，医真菌研究センターや薬学部における委託研究に関連して，定型書式による奨学寄附金寄附申込書とは異なる様式の，「研究助成金寄付申込書」，「奨学寄付金寄付願」等と題する書面を提出する方法により，寄附金等の名目により金員の支払が行われたこともあったが，その際，金員の支払方法や名目について，原告の担当教授が指示をすることもあった。
（甲13の1ないし3，乙1の1，4，同5の1）
オ　本件寄附金の起因について
本件寄附金のうち医学部等が受領した分に係る寄附の起因に関する別表9の「原告起因」欄記載の主張は，Ａ教授による調査の結果に基づくものであり，Ａ教授は，同表の「寄付の目的」欄に名前の挙げられている医師，教授及びその後任者等に直接確認し，不明な点については製薬会社等にも照会するなどして，これらの寄附の起因を調査したものであるところ，その調査において，本件寄附金に関し，上記関係者等から，次の各事情を聴取した。
（甲19，証人Ａ）


ａ　別表9の医学部の番号32，79，140，161，168及び200の寄附金においては，いずれもＢ教授による新素材，セラミックスの教育，研究等が寄附の目的とされている。
しかし，同教授は，東京工業大学から帝京科学大学教授に就任するために招へいされたものの，同大学が設立準備中であったことから，昭和63年4月1日，原告の教授に一時的に任命されたにすぎない。
したがって，同教授が，当時セラミックスの教育，研究等について委託を受けた事実はない。
また，同教授は，医師ではないから，治験を行ったこともない。ｂ　別表9の医学部の番号6の寄附金並びに医真菌研究センターの番号1，2及び12の寄附金においては，いずれもＤ教授の研究が寄附の目的とされているが，同教授は，分子生物学の教授であって，医師ではないから，治験を行ったことはなく，同教授が委託研究を依頼されたこともない。
ｃ　別表9の医学部の番号278の寄附金は，矢崎財団がＥ教授の研究費として寄附したものであり，同教授は医学部進学課程の教授であるが，専門は物理学であって，医師ではないから，治験を行ったことはなく，同財団が特定の委託研究をしたこともない。
ｄ　別表9の医学部の番号108の寄附金は，附属病院本院の第2外科において癌の治療及び手術を受ける患者が非常に多く，抗癌剤も多く使用していることから，抗癌剤の販売を行っている大鵬薬品が，原告の研究費として使用してもらうために寄附したものである。
ｅ　原告は，診療材料又は診療機器の販売会社から，当該会社の販売に係る診療材料又は診療機器を治療行為の際に使用したことの返礼として，奨学寄附金の名目で寄附金を受け取ることがあり，別表9の医学部の番号1，2，8，9，24，38，39，43，166，205，237，238，279，292及び293の寄附金並びに附属病院本院の番号66の寄附金がこれに該当する。(2)　以上の事実に基づいて，本件寄附金の支払と治験等の関係について検討する。
アａ　原告の医学部等及び薬学部は，平成2年3月期当時，製薬会社等の委託を受けて，治験等を実施しており，これらの治験，治験に伴う治験薬の管理，委託研究等を起因として，原告に奨学寄附金，研究助成金等の金員が支払われていたことが認められる。
ｂ　ところで，原告が製薬会社等から治験を受託するに当たっては，原告と製薬会社等との間において治験の実施に関する契約が締結され，その際，契約書等の書面が作成されることが通例であるが，これらの書面には，委託者が原告に対して依託研究費，研究費，調査報酬等を支払うことが定められている場合があるものの，具体的な金額まで定められていることは少なく，金員の支払に関する定めのない場合も多数存在する。
しかしながら，治験は，製薬会社等が新薬等の製造に必要な厚生大臣の承認を申請する際に添付する，臨床試験の試験成績に関する資料を収集する目的で行われるものであり，製薬会社等としては，新薬等の製造，販売を行うために不可欠な手続であるとともに，専門医や設備の整った医療機関に委託しなければ実施することが困難であることから，製薬会社等にとっては，極めて重要な意味を持つ委託研究であるということができる。
また，治験を受託した医療機関にとっても，治験の実施に伴う作業は，新薬等の安全性，有効性に関する臨床試験を治療行為の一環として行うことを前提として，その試験結果を収集，整理し，新薬承認申請に必要な資料として製薬会社等に提供するという，極めて重大な責任を伴うものであり，その実施には，厳格で手厚い手続が必要とされている。
このように，製薬会社にとっては，治験が新薬の製造，販売において重要な意味を持ち，他方，それを行う立場の原告にとっては，重大な責任と実施の困難さ等が必然的に伴うという状況の下においては，治験の実施に係る契約書の中に，製薬会社等から原告に研究費等として金員を支払う旨が定められている場合には，当該金員は原告による治験の実施に係る役務提供の対価という趣旨で定められているものと解するのが自然であり，さらに，治験の実施に係る契約書において金員の支払に関する定めがない場合であっても，原告と製薬会社等との間において，原告が無償で治験を実施することとされていたのではなく，治験の対価として金員を支払うことが想定されているものと考えることが合理的である。なお，これは，治験の委託に際し，契約書が作成されていない場合であっても，製薬会社等の担当者が，治験に係る役務提供の対価という認識の下に金員を支払っている事実が存在することからも裏付けられるというべきである。
さらに，原告は，製薬会社等に対し，治験以外にも，新薬の開発の過程において必要とされる委託研究及び有益な情報の提供等の役務を提供しており，これらについても，何らかの対価の支払が想定されていたと考えることが合理的というべきである。
イａ　他方，原告は，平成2年3月期の1年間において，製薬会社等から，本件寄附金として700口以上，合計3億円以上の寄附金を受け入れているが，これらの寄附金のうち，奨学寄附金の名目で支払われたものについては，製薬会社等が，原告の定めた「寄付の手順」に従って，原告の用意した定型用紙に定められた記載事項を記入したうえで，原告の指示した手順により送金を行っている。しかも，このような寄附金のうち治験等を起因とするものについては，製薬会社等においては，それが治験等の対価として当該金員を支払うものであるとの認識を有しているにもかかわらず，原告の教授の指示に基づいて，奨学寄附金等や研究助成金の名目で支払を行ったり，原告の教授と協議のうえ金額を決定するなどしていたことも認められる。
そして，奨学寄附金寄附申込書に，寄附の目的として，原告が行った治験等の研究費とすることが明記されている場合がある。ｂ　他方，治験の実施に係る契約において金員を支払う旨の定めがある場合はもとより，そのような定めのない場合であっても，治験に係る役務提供に対して，対価の支払が想定されていると考えることが合理的であることは，前記アｂのとおりであるところ，本件の証拠関係を検討しても，平成2年3月期当時，原告に治験等を委託した製薬会社等が，原告に対し，奨学寄附金等の寄附とは別途に，治験等に係る役務提供の対価として何らかの金員を支払った事例としては，後記(3)オａ(b)記載のとおり，株式会社ツムラ（以下「ツムラ」という。）が平成元年6月1日に医真菌研究センターとの間で締結した覚書に基づく研究費600万円の一部である100万円を直接センター長の口座に振り込んで支払った例が認められるだけであり，他には，そのような事例を認めることができない。


ｃ　このような事情からすれば，原告は，平成2年3月期当時，製薬会社等から，治験等に係る役務提供の対価としての金員を，一般的に奨学寄附金等の名目で受領していたものであり，本件寄附金の中には，治験等に係る役務提供の対価として支払われたものが存在したということができる。
ウａ　これに対し，原告は，原告の会計処理において，奨学寄附金があくまで寄附金として扱われており，「寄付の手順」，領収書その他奨学寄附金に関する文書においても，一貫して寄附金として扱われていること，原告としては，製薬会社等からの金員の受入れは寄附金としてしか行わない趣旨であり，製薬会社等もこれを承知して寄附金を支払っていること等に照らして，本件寄附金が，いずれも治験等の役務提供の対価ではなく，いわば「純粋な寄附」に当たるものであると主張する。
しかしながら，個々の寄附金の支払が治験等の対価の性格を有するか否かを判断するに当たっては，それがいかなる名目で支払われたかという形式的な面だけでなく，当該金員が支払われた実質的な理由等も検討したうえで，その判断をすべき必要があるところ，原告が製薬会社等の委託を受けて実施していた治験の実態や，奨学寄附金の寄附に関する手続等に照らして，本件寄附金のうち，特に治験等を起因とするものの中に，実質的には治験等に係る役務提供の対価というべき金員が存在することは，前記ア及びイで述べたとおりであるから，原告の上記主張を採用することはできない。
ｂ　また，原告は，治験等を起因とする寄附であっても，将来の治験の依頼，取引の拡大等，様々な動機，理由に基づくものであり，治験等は寄附の誘因や動機にすぎないことや，これらの寄附金が，医療の進歩発展という公共的な使命感から支払われていることを理由に，治験等の対価とは認められない旨主張する。しかし，製薬会社等が治験等を起因として寄附を行うに当たり，このような動機や理由を有していたとしても，当該寄附金が治験等に係る役務提供の対価の趣旨で支払われたことが直ちに否定されるものではなく，かえって，前記ア及びイで述べたことからすれば，治験等に係る役務提供の対価の趣旨を有する金員が存在することは否定できないから，原告の上記主張を採用することはできない。ｃ　さらに，原告は，本件寄附金が治験等の対価であるとすれば，治験等と当該寄附金の金額との間に等価性が必要であるとしたうえで，このような等価性の判断は困難であるとして，本件寄附金が治験等の対価とは認められない旨主張し，Ａ教授は，これに沿う供述をしている（甲19，証人Ａ）。しかしながら，ある寄附金が治験等に係る役務提供の対価と認められるか否かを判断するに当たり，当該寄附金の金額が治験等に要した経費等の金額と厳密に釣り合っているという意味において，治験等と当該寄附金の金額との間に等価性があるか否かを検討する必要があるとまではいえないのであって，治験等に関して提供される役務に要した金額の評価が困難であることから，治験等と寄附金額との等価性の判断が困難であるとして，本件寄附金が治験等に係る役務提供の対価であることを一律に否定する原告の主張は，理由がないといわざるを得ない。ｄ　そして，他に，原告が治験等に係る役務提供の対価を奨学寄附金等の名目で受領し，本件寄附金の中にこのような性格の金員が存在する旨の前記イの認定を覆すに足りる主張はなく，かかる認定に反して，奨学寄附金等の名目で受領した金員が，すべて治験等の対価でなく純然たる寄附金であるとする原告の職員等の供述（甲9，同10，同11，同14，同15，同19，証人Ａ，同Ｇ，同Ｈ）は，いずれも採用することができない。
エａ　そして，本件寄附金のうちの個々の寄附金の一つ一つについて，それが治験等に係る役務提供の対価と認められるか否かを判断するについては，当該寄附の起因，目的，経緯，金額，寄附を行った者，寄附の受入先及び寄附を行った者との関係，役務の内容，役務提供の有無等，当該寄附に関する諸般の事情を総合考慮して判断することが相当というべきである。
ｂ(a)　この点に関して，被告は，営利企業である製薬会社等は容易に寄附を行うものではないところ，治験等の対価として寄附を行うのであれば経済的合理性が認められるとして，製薬会社等から治験等を依頼している医療機関に対する金員の支払の場合，治験等の依頼とは無関係と認めるに足りる特段の事情がない限り，治験等に係る役務提供の対価と推認される旨主張する。(b)　確かに，製薬会社等は，原告に対し，治験等に係る役務提供の対価を奨学寄附金の名目で支払っていることがあることは前述のとおりであり，別表9から明らかなとおり，多数の製薬会社等が，原告に対し，平成2年3月期の1年間に反復して多額の奨学寄附金を支払っていることからすれば，これを何らの対価性のない無償の金員の交付と見ることには，経済的合理性の観点から疑問の余地がないとはいえない。
しかしながら，一方においては，前記(1)オのとおり，本件寄附金の中には，治験等との直接的な関連性が窺われない寄附金も存在しており，特定の教授への祝金や，診療材料又は診療機器の使用に対する返礼の趣旨で寄附が行われるなど，治験等の対価以外の趣旨で寄附が行われることについて，合理的な理由が認められる場合があることにも照らせば，被告主張のように，製薬会社等から原告に対し，奨学寄附金の名目で金員が支払われたということから，直ちに当該金員が治験等に係る役務提供の対価であることが推認されるとまでいうことは相当ではない。
したがって，被告の上記主張は，採用することができない。(3)　そこで，以上を前提として，個々の寄附金について，それが本件寄附金が治験等に係る役務提供の対価と認められるか否かを順次検討する。ア　医学部に係る寄附金について（寄附金の番号は別表9の医学部の番号である。）


ａ　番号3，4，7，10，12，14ないし23，25，26，30，31，33ないし37，40ないし42，44ないし48，51，52，54，55，57，59ないし63，65，66，69ないし78，81ないし87，89，90，93ないし98，102ないし104，106，107，109ないし113，116ないし122，125，127，131ないし133，137ないし139，141ないし143，145，147ないし150，152ないし154，157ないし160，162ないし165，167，172ないし176，178ないし181，183ないし186，189ないし193，195ないし199，201，206，207，210，212，216ないし218，220，221，223，227ないし233，235，236，239ないし241，243，255，257，259ないし261，265，266，268，271ないし274，280ないし291及び294ないし299の各寄附金は，原告が，Ａ教授の調査結果に基づき，治験を起因とするものである旨を主張しているものである。
このうち，番号40，159，184，239及び297の各寄附金については，被告は，委託研究を起因とするものであると主張するが，証拠（乙46，同69の1，2，同71ないし73）によれば，これら5件の寄附金は，いずれも奨学寄附金寄附申込書その他の関連書類の記載に照らして，治験を起因とするものと認めることが相当であり，上記のその余の寄附金についても，治験以外の起因によるものであることを認めるに足りる具体的な主張及び立証がない以上，原告の主張するとおり，治験を起因とするものと認めるのが相当である。
そして，前記のとおり，製薬会社等が治験を委託して所定の役務が提供された場合，その対価を支払うことが想定されているというべきであり，原告に対してはこのような対価が一般に奨学寄附金等の形で支払われていたこと，実際にこれらの寄附金の多くが，特定の教授，診療科，教室等の研究費，研究助成等を寄附の目的として掲げていること，中には，番号159，184及び239の寄附金のように，奨学寄付金寄付申込書において，寄附の目的として，治験の研究費として支払われる旨を明記しているものもあること等に照らせば，これらの寄附金は，いずれも治験等に係る役務提供の対価と認めることが相当であり，これに反して，これらの寄附金が治験等の対価であることを疑わせるような具体的な事情は認められない。ｂ　また，番号101の寄附金は，原告が委託研究を起因とするものである旨主張するのに対し，被告は治験を起因とするものであると主張するところ，証拠（甲19，証人Ａ）によれば，原告の主張が，Ａ教授の行った供述，製薬会社等からの聴取による調査の結果に基づくものであることが認められるのに対し，被告の主張する事実を裏付ける証拠がないことに照らせば，上記寄附金は，委託研究を起因とするものと認めるのが相当である。
そして，上記寄附金については，原告に対する委託研究の対価が奨学寄附金等の名目で支払われていたこと，原告の特定の研究班の研究費とすることを寄附の目的としていることに照らして，委託研究の対価と認めることが相当であり，これに反して，上記寄附金が委託研究の対価であることを疑わせる具体的な事情は認められない。
ｃ(a)　原告が治験等を起因としない実質的な寄附である旨主張する寄附金のうち，番号32，79，140，161，168及び200の各寄附金については，いずれもＢ教授の新素材，セラミックスの教育，研究等を寄附の目的とするものであるところ，Ａ教授は，前記(1)オａのとおり，Ｂ教授は東京工業大学から帝京科学大学教授に就任すべく招へいされたものの，同大学が設立準備中であったことから，昭和63年4月1日，原告の教授に一時的に任命されたにすぎず，当時同教授がセラミックスの教育，研究等について委託を受けた事実はなく，同教授が医師の資格を有していないことから治験も行っていない旨供述している。
また，証拠（乙2の1）によれば，番号161の寄附金に関する奨学寄附金寄附申込書において，「寄付の目的」欄に「Ｂ教授のファインセラミックスの研究に対する教育」，「条件」欄に「中央研究所にて10回／年研究指導を受ける。」と記載されていることが認められる。
そして，Ａ教授の上記供述内容を覆すに足りる証拠はなく，他に上記各寄附金が治験等の対価であることや，治験等を起因とするものであることを認めるに足りる具体的な証拠はない。
したがって，上記各寄附金が治験等に係る役務提供の対価として支払われたことを認めることはできない。
(b)　番号13，92，123，182及び277の各寄附金は，いずれもＣ教授の研究の助成等を寄附の目的とするものであるところ，被告は，番号13，92及び123の各寄附金が治験を起因とするものであり，番号182及び277の寄附金が委託研究を起因とするものである旨主張するのに対し，原告は，これらの寄附金について，Ａ教授の供述（甲19，証人Ａ）のとおり，新潟大学の教授であったＣ教授が原告の医学部に就任することになり，その祝金として製薬会社から寄附されたものである旨主張する。


そこで検討するに，証拠（乙54の別添21ないし23）によれば，番号13の寄附金は，エーザイ株式会社の管理ナンバー169650に係る，女性生殖器癌に対するギネグノストの診断的価値の研究に関する研究費用として支払われたものであり，研究の概要は，卵巣癌・子宮体癌を疑われる患者に対して，ギネグノストによる検査を行い，その診断的価値を検討するものであり，研究データが報告書の形で提出されていることが認められるから，上記寄附金は少なくとも委託研究の対価と認めるのが相当であって，乙54のうち上記認定に反するＩの供述部分及び別添8の記載内容並びにＡ教授の供述（甲19，証人Ａ）はいずれも採用できない。しかしながら，その他の上記各寄附金について，Ａ教授は，番号92及び123の各寄附金については，Ｃ教授の後任の教授から，治験の委託が実際に行われていない旨確認し，番号182及び277の各寄附金については，Ｃ教授の後任の教授及び寄附を行った製薬会社に照会した結果，委託研究による成果物が存在しないことを確認した旨供述しており（証人Ａ），上記供述を覆すに足りる証拠がないことに照らせば，これらの4件の寄附金については，治験等に係る役務提供の対価と認めることはできないというべきである。
(c)　番号6の寄附金は，寄附の目的を「Ｄ教授の研究のため」とするものであることろ，被告は，上記寄附金が，治験を起因とするものである旨主張するが，Ａ教授は，前記(1)オｂのとおり，Ｄ教授が医師ではなく分子生物学の教授であり，治験は行っていない旨供述していること（甲19，証人Ａ）に照らせば，上記寄附金が治験を起因とするものと認めることはできず，他に上記寄附金が治験等の対価であることを認めるに足りる証拠はない。
(d)　番号278の寄附金は，寄附の目的を「医学部医学科　Ｅ教授の研究費として」とするものであるところ，Ａ教授は，前記(1)オｃのとおり，Ｅ教授が医学部進学課程の教授ではあるが，物理学を専門としており，医師ではないから治験を行うことはなく，また，上記寄附金を支払った矢崎財団も，研究財団であって，原告に研究を委託することはない旨，Ｅ教授自身から確認した旨供述しており（証人Ａ），上記供述を覆すに足りる証拠がないことに照らせば，上記寄附金を治験等に係る役務提供の対価と認めることはできない。
(e)　番号108の寄附金は，寄附の目的を「第二外科教室研究費として」とするものであるところ，Ａ教授は，前記(1)オｄのとおり，附属病院本院第2外科においては癌の治療及び手術を受ける患者が多く，抗癌剤も多く使用していることから，抗癌剤の販売を行っている大鵬薬品が，原告に研究費として使用してもらうために寄附した旨供述しており（証人Ａ），上記供述を覆すに足りる証拠がないことに照らせば，上記寄附金を治験等に係る役務提供の対価と認めることはできない。
(f)　番号1，2，8，9，24，38，39，43，166，205，237，238，279，292及び293の各寄附金について，原告は，診療材料又は診療機器を販売した会社が，これらを使用したことへの返礼として支払った旨主張しており，Ａ教授はこれに沿う供述をしている（甲19，証人Ａ）。これに対し，被告は，上記各寄附金のうち，番号38，39，279，292及び293の各寄附金について，個別的に治験を起因として支払われたものである旨主張する。
そこで，上記各寄附金について検討するに，番号43の寄附金については，証拠（乙37，同63）によれば，原告と川澄化学工業株式会社の間で，平成元年6月27日，研究期間を同年7月1日から同年12月30日までとし，同社が研究費として50万円を同年7月31日までに支払う旨の，治験を内容とする研究委託契約が締結され，これに基づいて，同年8月2日付けで，同社が寄附の目的を「委託研究費として研究代表者　第一内科学　Ｊ　教授」，条件を「平成元年6月27日締結の研究委託契約書のとおり」と記載した奨学寄附金寄附申込書を作成していることが認められ，上記寄附金が治験のための研究費として支払われたことが認められるから，上記寄附金は，治験に係る役務提供の対価として支払われたものというべきである。一方，その他の寄附金については，前記のとおり，Ａ教授が原告の主張に沿う内容の説明をしているのに対し，被告の主張のようにこれらの寄附金が治験等を起因として支払われた事実を具体的に認めるに足りる証拠はないことに照らせば，番号43の寄附金以外の上記各寄附金を治験等に係る役務提供の対価と認めることはできない。
(g)　原告が治験等を起因とするものではない実質的な寄附である旨主張する寄附金のうち，その余の寄附金（以下，この項において「(g)の寄附金」という。）について，被告は，これらのうちの，番号5，27ないし29，58，67，68，91，100，105，124，126，128ないし130，151，202ないし204，215，219，222，224，225，234，242，244ないし254，256，264及び279の各寄附金は治験を起因として支払われたものである旨個別的に主張する。そこで，(g)の寄附金が，治験等に係る役務提供の対価として支払われたか否かについて検討する。
番号11の寄附金は，「尿路感染症の治療に関する研究費」を寄附の目的とするものであるところ，証拠（乙6の1，2）によれば，岩城製薬株式会社において，同社が原告医学部泌尿器科のＫ助教授に依頼していた「ネオヨジン液による尿路洗浄」の専門誌投稿論文の執筆が完成したことから，「研究費」の名目で奨学寄附金として30万円を支払うことについて，社内で稟議され，平成元年3月31日付けで「支拂済」の押印がなされていることが認められる。これらの事実によれば，番号11の寄附金は，Ｋ助教授の論文執筆の対価として，奨学寄附金の名目で支払われたことが認められるから，この寄附金は治験等に係る役務提供の対価として支払われたものと認めることができる。