１　取消事由１（一致点認定の誤りによる相違点の看過）(1)　審決は，引用発明における「装置状況情報などの情報」が本件発明における「装置のステータス情報」に相当すると認定している。しかし，これらは，以下のとおり，全く異質のものであり，本件発明と引用発明との相違点とされるべきものであるのに，審決はこれを看過したものである。
(2)　審決は，刊行物１の記載（【００１３】【００１５】など）を引用して，「刊行物１では････「装置状況情報」として装置に関する情報が更新済みの状態で生成されていることが記載されている。プリンタ，ファクシミリ装置の装置状況として用紙切れ状態が含まれることも自明のことである。」（審決書１２頁昀終行～１３頁１５行）と認定している。
しかし，審決が引用した刊行物１の記載部分には，「装置状況情報などの情報」の内容は明らかにされていない。
むしろ，刊行物１の記載（図４，【００４１】～【００４４】）によれば，引用発明における「装置状況情報などの情報」とは，「プリンタ名と管理者とプリンタの位置とを含むプリンタに関する情報」，「サービス契約」，「サプライオーダー」，「将来の製品」などのことをいうのであり，装置そのものによって自動生成される装置動作状態等を意味するものではなく，すべて人が予め手入力することなどによって生成される情報であることが明らかである。(3)　これに対し，本件発明の特徴は，外部から「自己の状態変化」，換言すれば，装置そのものの状態変化を監視できるようにする点にある。したがって，本件発明の「ステータス情報」とは，装置そのものによって自動生成される装置動作状態等を示す情報を意味するのである。
また，請求項１には，「記録紙の用紙切れという状態を監視するプリンタ部と，････前記プリンタ部の状態に合わせて常時，ＨＴＭＬファイルの内容の更新および前記絵で表したＧＩＦファイルの差し替えを行う････。」と記載されているように，プリンタ部の監視対象が「記録紙の用紙切れ」であることからすれば，その「前記プリンタ部の状態に合わせて」とは，「プリンタ部の用紙切れの状態」に合わせて，と解すべきであるから，「ステータス情報」とは，プリンタ部の用紙切れという動作状態に関する情報をいうものである。
２取消事由２（相違点(4)についての判断の誤り）(1)　審決は，相違点(4)について，「装置を監視する場合に，装置の状態を，絵で表示することは通常行われていることであり（例えば，上記刊行物３～５等を参照），さらに，絵などのグラフィックスデータをＧＩＦファイルとすることは慣用手段であるから，刊行物１において，装置状況情報等を絵で表したＧＩＦファイルを多数あらかじめ用意しておき，装置１０の状態を絵で表せるように，装置１０の状態に合わせて，ＨＴＭＬファイルの内容の更新および絵で表したＧＩＦファイルの差し替えを行うことは当業者が容易に考えられることである。」（審決書９頁１６行～２２行）と判断している。
(2)　この審決の判断のうち，「装置の状態を，絵で表示することは通常行われている」，「絵などのグラフィックスデータをＧＩＦファイルとすることは慣用手段である」との点については，異論はない。
しかし，「装置状況情報等を絵で表したＧＩＦファイルを多数あらかじめ用意しておき，装置１０の状態を絵で表せるように，装置１０の状態に合わせて，ＨＴＭＬファイルの内容の更新および絵で表したＧＩＦファイルの差し替えを行うことは当業者が容易に考えられることである。」との審決の判断は誤りである。すなわち，本件発明の特徴である，ＷＥＢサーバを使って装置状態を表した絵を切り換えて表示するようにした構成については，いずれの刊行物にも開示されていない。具体的には，「プリンタ部の状態に合わせて常時，ＨＴＭＬファイルの更新並びにＧＩＦファイルの差し換えを行なう」点，換言すれば，ブラウザを使って外部から閲覧可能に構成されたＨＴＭＬファイル内のＧＩＦファイルを装置状態に応じて差し換え処理し，ＨＴＭＬファイルを更新する具体的構成については，いずれの刊行物にも記載されていないし示唆もされていないのである。本件発明においては，この構成により，ウェブクライアントは，ステータスを表すＨＴＭＬファイルにアクセスすることにより刻々変更される装置状態（本件発明では用紙切れ状態）をひと目で理解することができる，といった顕著な効果を得られるが，各刊行物のいずれによっても，かかる効果は得られない。したがって，本件発明の上記構成は，当業者が容易に考えられるものではないというべきである。
第４　被告の反論の要点
審決には，原告が主張するような誤りはない。
１　取消事由１（一致点認定の誤りによる相違点の看過）に対して(1)　刊行物１の記載から明らかなとおり，引用発明は，従来の装置内のユーザインターフェース機構，あるいは外部のコンピュータシステムを使用する画面ベースのユーザインターフェース機構を，装置の寸法あるいはコストを低減するために，インターネットを介したユーザインターフェース機構としたものであり，装置に組み込まれたウェブサーバ機能によって，ウェブページを設けることにより，装置の外部から，装置状況情報などの情報を監視したり，制御したりすることができるようにしたものである。
そして，これは，ウェブページを，モニタによって維持される装置に関する情報の更新済み状態を反映するように動的に生成し，また，ウェブページに，装置用のさまざまな制御機能を通信経路を介してウェブクライアントから開始できるようにするＨＴＴＰプロトコルに従って制御ボタンを定義することもでき，ウェブページは，ＨＴＴＰプロトコルおよびＨＴＭＬプロトコルによってサポートされるテキストや，画像，マルチメディアファイル，フォーム，テーブル，オブジェクトタイプを含むことができるようにしたものである。
さらに，刊行物１には，装置の例として，ファクシミリ装置が記載されているほか，装置の状態を反映するものの一実施例として，補修を必要とする洗濯機を判定するものも記載されている。
以上のように，「ユーザインターフェース」という言葉が使用されているという事実からだけでも，引用発明の「装置状況情報などの情報」が装置の自らの状態を表示する情報を含んでいることは明らかであるところ，刊行物１には，さらに，ウェブページを装置に関する情報の更新済み状態を反映するように動的に生成すること，装置用のさまざまな制御機能の制御ボタン等を定義すること，ウェブページの情報により補修の必要性を判定可能とすることも記載されているのであるから，引用発明における「装置状況情報などの情報」が装置そのものによって自動生成される装置動作状態等を含んでいることに疑念の余地はない。(2)　原告は，本件発明における「ステータス情報」とは，「プリンタ部の用紙切れの状態」であると主張する。


しかしながら，本件発明の特許請求の範囲の記載，あるいは訂正明細書の記載によれば，「ステータス情報」には，プリンタ部の情報だけ，まして，記録紙の用紙切れという状態だけの情報ではなく，プリンタ部のトナー切れ，紙詰まり，扉の開閉などのプリンタ部の動作状態，スキャナ部，パネル部，ＦＡＸ・音声通信部等の状態，さらに，ファクシミリ通信ログ，ファクシミリ装置のマニアル等の情報が含まれているのであり，また，ステータス情報を表示するための多数保持されたＨＴＭＬファイル並びにＧＩＦファイルも，プリンタ部の状態だけを表すものではなく，まして，記録紙の用紙切れという状態だけを表すものでもないことが明らかである。
したがって，原告の主張は，特許請求の範囲の記載，あるいは訂正明細書の記載に基づかない主張であり，誤りである。
(3)　以上のように，刊行物１の「装置状況情報」には，原告が主張する「プリンタ名と管理者とプリンタの位置とを含むプリンタに関する情報」「サービス契約」「サプライオーダー」「将来の製品」等のほかに，動的に生成された装置の現在の状態を表示するための情報，装置の制御機能を表示するための情報等が含まれているのであり，また，本件発明の「ステータス情報」には，プリンタ部の記録紙の用紙切れ状態以外の情報も含まれているのである。
したがって，審決が，刊行物１の「装置状況情報などの情報」は，本件発明の「装置のステータス情報」に相当すると認定したことに誤りはない。２　取消事由２（相違点(4)についての判断の誤り）に対して原告も認めるように，ユーザインターフェースとして，装置の状態を絵で表示することは通常行われていることである。審決は，その例として，画像処理装置のエラー情報を情報処理装置において動画として表示するもの（刊行物３），紙づまり，紙切れ，ドアオープン，トナー切れ，ハードウエアの故障などをアイコンで表示するもの（刊行物４），プリンタよりのステータス情報をグラフィック画像で表示するもの（刊行物５）を例示している。また，ＧＩＦファイルがグラフィックデータの保存形式のひとつであり，インターネットでＪＰＥＧファイルと並んでよく使われているものであることも周知のことである。
これらのことからすれば，インターネットを介したユーザインターフェース機能を設けることを目的とする引用発明において，装置状況情報等を絵で表したＧＩＦファイルを多数あらかじめ用意しておき，装置の状態を絵で表せるように，装置の状態に合わせて，ＨＴＭＬファイルの内容の更新および絵で表したＧＩＦファイルの差し替えを行うことは，当業者が容易に考えられることである。したがって，相違点(4)についての審決の判断に何らの誤りもない。
第５　当裁判所の判断
１　取消事由１（一致点認定の誤りによる相違点の看過）について(1)　引用発明の「装置状況情報などの情報」について刊行物１には，次の記載がある（甲第３号証）。
ア　「【発明の属する技術分野】本発明は，装置用のユーザインターフェースの分野に係り，とりわけ機能拡張され広くアクセスできるユーザインターフェース機能を与えるためにウェブアクセス機能を装置に組み込むことに関する。」（甲第３号証【０００１】）
イ　「装置に組み込まれたウェブサーバ機能によって，インターネットのワールドワイドウェブ（ＷＷＷ）部分を含むさまざまな通信機構を介した装置ユーザインターフェースアクセスが可能になる。画面ベースのユーザインターフェース機構を装置に設けるコストは不要になり，外部コンピュータなしで装置ウェブサーバを構成することができる。｣（同【０００９】）
ウ　「【発明の実施の形態】････，装置特有のユーザインターフェース機能を備える組み込み（ｅｍｂｅｄｄｅｄ）ウェブアクセス機能を含む装置１０を示す。装置１０は，ネットワークインターフェース１２とウェブサーバ１４をモニタ１６と共に含む。ネットワークインターフェース１２によって，通信経路２２を介した通信が可能になる。モニタ１６は，装置１０のさまざまな装置特有の機能を制御し，装置１０に関する１組の情報を制御／モニタ経路２０を介して監視する。ウェブサーバ１４は，通信経路２２を介してウェブクライアントにウェブサーバ機能を与える。ウェブサーバ１４は，ハイパーテキストトランスファプロトコル（ＨＴＴＰ）に従ってウェブサーバ機能を与える。」（同【００１２】）エ　「ウェブサーバ１４は，装置１０用の所定のユニバーサルリソースロケータ（ＵＲＬ）を指定するネットワークインターフェース１２を通じてＨＴＴＰコマンドを受信する。ＨＴＴＰコマンドは，装置状況情報などの情報を装置１０から読み取るためにウェブクライアントによって使用することができる。ＨＴＴＰコマンドは，装置１０の機能または動作状態を制御する情報などの情報を装置１０へ転送するために使用することもできる。････」（同【００１３】）オ　「ウェブサーバ１４は，ウェブページ１８を，モニタ１６によって維持される装置１０に関する情報の更新済み状態を反映するように動的に生成する。ウェブページ１８は，装置１０用のさまざまな制御機能を通信経路２２を介してウェブクライアントから開始できるようにするＨＴＴＰプロトコルに従って制御ボタンを定義することもできる。ウェブページ１８は，ＨＴＴＰプロトコルおよびＨＴＭＬプロトコルによってサポートされるテキストや，画像，マルチメディアファイル，フォーム，テーブル，オブジェクトタイプを含むことができる。」（同【００１５】）
カ　「本明細書で説明した組み込みウェブサーバ機能によって，特定の装置ならびに数組の装置用の広くアクセス可能なさまざまな装置問い合わせ機能および制御機能が可能になる。例えば，Laundromatsチェーンの各洗濯機にウェブページを組み込み，事務所のコンピュータのオペレータが，補修を必要とする洗濯機を判定し，それに応じてLaundromatsへの毎日の補修ルーティングを計画することができる。」（同【００５０】）


以上の記載からすると，刊行物１には，装置１０とモニタ１６が装置１０のさまざまな装置特有の機能を制御し，装置１０自身に関する情報を監視するものであること，ウェブクライアントがＨＴＴＰコマンドによって装置１０から「装置状況情報などの情報」を読み取ること，ウェブページを装置に関する情報の更新済み状態を反映するように動的に生成すること，装置用のさまざまな制御機能の制御ボタン等を定義すること，ウェブページの情報により装置の補修の必要性を判定可能とする洗濯機の例などが開示されているものといえる。そうすると，引用発明は，装置に組み込まれたウェブサーバ機能によって，ウェブページを設けることにより，装置の外部から，装置状況情報などの情報を監視したり，制御したりすることができるようにしたものであり，ウェブページは，装置に関する情報の更新済み状態を反映するように動的に生成され，ウェブページの情報により補修の必要性などを判定可能にするものであるから，引用発明における「装置状況情報などの情報」とは，少なくとも自動生成される装置そのものの動作状態等を示す情報を含むものであることは明らかである。原告は，刊行物１の【００４１】～【００４４】及び図４の記載をとらえて，引用発明における「装置状況情報などの情報」とは，「プリンタ名と管理者とプリンタの位置とを含むプリンタに関する情報」，「サービス契約」，「サプライオーダー」，「将来の製品」など，すべて人が予め手入力することなどによって生成される情報を意味すると主張する。
確かに，刊行物１の図４等にはプリンタ装置に関して原告主張のような情報を内容とするウェブページについて説明されているが，刊行物１には，「下記に，装置１０がプリンタ装置である実施形態においてウェブページ１８を定義するＨＴＭＬファイルの例を示す。」（甲第３号証【００３９】），「図４は，装置１０がプリンタである，上記に示したＨＴＭＬファイルの例に関するウェブページ１８を示す。・・・」（同【００４１】）と記載されているように，上記の図４等は，プリンタ装置に関するＨＴＭＬファイルの一つの例を説明しているだけであって，プリンタに関する情報がこれだけに限られるとされているわけでないことはもとより，ウェブページにより監視，制御の対象となる装置状況情報などの情報が，図４等に説明されたそれらだけを意味すると解すべき根拠もない。したがって，引用発明の「装置状況情報などの情報」とは，「プリンタ名と管理者とプリンタの位置とを含むプリンタに関する情報」など，人が予め手入力することなどによって生成される情報を意味するとの原告の主張は，理由がない。
(2)　本件発明の「ステータス情報」について
原告は，本件発明の「ステータス情報」とは，装置そのものによって自動生成される装置動作状態等を示す情報であり，プリンタ部の用紙切れという動作状態に関する情報をいうと主張する（もっとも，原告が主張する「装置そのものによって自動生成される」という意味は，必ずしも定かではないが，本件発明において，情報を自動生成するのはＨＴＭＬ生成手段であることは明らかであるから，原告のいう「装置そのものによって」とは，単に「装置それ自体の」という程度の意味であると解される。このことは，原告自身が，「装置そのものによって自動生成される装置動作状態等を示す情報」とともに，同じ意味のものとして「自動生成される装置そのものの動作状態を示す情報」という表現を用いていることからも明らかである（原告準備書面(1)７頁）。以下，表現の紛らわしさを避けるため，原告の主張する「装置そのものによって自動生成される装置動作状態等を示す情報」を「自動生成される装置そのものの動作状態等を示す情報」ということとする。）。しかし，本件発明の特許請求の範囲は，前記第２の２記載のとおりであり，「装置のステータス情報」が「プリンタ部の情報」だけであるとか，さらには「プリンタ部の用紙切れ」という状態だけの情報に限定されたものであることを示す記載はなく，また，「自動生成される装置そのものの動作状態等を示す情報」を意味するものか否かも明らかとはいえない。
訂正明細書の【発明の詳細な説明】には，本件発明の「装置のステータス情報」に関するものとして，次の記載がある（甲第２号証及び甲第８号証の図面）。
ア　「【００２２】この構成により，ネットワーククライアントのＷＷＷブラウザソフトからエラー発生等の本装置の状態を参照できるため，遠隔より容易に装置の状態を知ることができる。」（甲第２号証５頁）イ　「【００５２】次に，ネットワークファクシミリ装置が装置状態をＨＴＭＬファイルで生成する動作について図９のフロー図に従って説明する。ＳＴ９０１において，スキャナ部８，プリンタ部６，パネル部７，ＦＡＸ・音声通信部９はそれぞれ常時自己の状態の変化を監視している。
【００５３】ＳＴ９０２～ＳＴ９０３において，例えば，プリンタ部６が用紙切れとなった場合など状態に変化が生じたとき，プリンタ部６は変化の内容をＨＴＭＬファイル生成部１１に通知する。
【００５４】ＳＴ９０４において，ＨＴＭＬファイル生成部１１は，予めステータス（装置状態）情報を表示するためのＨＴＭＬファイル並びに状態を絵で表したＧＩＦファイルを多数保持しているので，状態の変化に合わせて常時，ＨＴＭＬファイルの内容の更新及びＧＩＦファイルの差し替えを行っている。【００５５】クライアントパソコンのユーザは，ステータス（装置状態）情報を参照する際には，ＳＴ９０５～ＳＴ９１２において，ＷＷＷブラウザを起動してネットワークファクシミリ装置のホームぺ－ジを表示し，スキャナ部８，プリンタ部６，パネル部７，ＦＡＸ・音声通信部９それぞれのステータス情報を選択して表示させることにより，常に昀新の装置状態を知ることができる。」（同１２頁～１３頁）


平成１５年(ワ)第２８５５４号特許権に基づく損害賠償請求権等不存在確認請求事件
口頭弁論終結日　平成１６年９月１６日
判　　　　決
原　　　　　　　告　　　　　日本電気株式会社
同訴訟代理人弁護士　　　　　松本重敏
同　　　　　　　　　　　　　美勢克彦
同　　　　　　　　　　　　　秋山佳胤
同訴訟代理人弁理士　　　　　青木　充
同補佐人弁理士　　　　　　　加藤朝道
被　　　　　　　告　　　　　エイディシーテクノロジー株式会社
主　　　　文
１　被告は，原告が別紙物件目録記載１ないし５の製品を製造販売したことについて，別紙特許権目録記載の特許権に基づく損害賠償請求権及び不当利得返還請求権を有しないことを確認する。
２　訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１　請求
主文同旨
第２　争いのない事実
１　当事者
原告は，電気通信機械器具，コンピュータその他の電子応用機械器具，電気機械器具その他電気に関する一切の機械器具，装置及びシステムの製造並びに販売その他の処分等を目的とする株式会社である。
被告は，コンピュータソフトウェアの開発及び販売等を目的とする株式会社
である｡
２　被告の特許権
被告は，別紙特許権目録記載の特許権（以下｢本件特許権｣といい，その特許請求の範囲請求項１ないし３記載の各特許発明を「本件特許発明」という。）を有
している｡
３　原告の行為
原告は，別紙物件目録記載１ないし５の携帯電話機（以下「原告製品」という。）を製造し，株式会社エヌ・ティ・ティ・ドコモ（以下｢ＮＴＴドコモ｣という｡）に販売している｡
第３　事案の概要
本件は，原告が，被告に対し，原告が原告製品を製造販売したことについて，本件特許権に基づく損害賠償請求権及び不当利得返還請求権を有しないことの確認を求める事案である。
第４　当事者の主張
１　原告の主張
(1)　本件特許には無効理由が存在することが明らかであり，また，原告製品は本件特許発明の技術的範囲に属さないから，被告は，原告が原告製品を製造販売したことについて，本件特許権に基づく損害賠償請求権及び不当利得返還請求権を有しない。
(2)　被告は，ＮＴＴドコモ宛てに，平成１５年４月１７日付け警告書（甲３）及び同年６月２日付け警告書（甲４）を送付し，原告が製造販売する２画面式の携帯電話機（型式番号Ｎ２０５１，Ｎ５０４ｉＳ，Ｎ２５１ｉ，Ｎ２５１ｉＳ，Ｎ２１１ｉＳ）が本件特許発明を実施している旨主張した。被告は，ＮＴＴドコモから連絡を受けた原告とも数度にわたり交渉したが，交渉が決裂した場合には差止め及び損害賠償請求訴訟を提起すると述べた。原告は，上記型式の携帯電話機の製造販売を既に終了しており，現在は，その後継機種として原告製品を製造販売している。
なお，被告は，ボーダフォン株式会社に対しても，本件特許権に基づいて，同社が当時販売していた２画面式携帯電話機（Ｊ－Ｔ０９）に対して警告し，調停も申し立てた。被告は，平成１５年１０月１６日，同社を被告として，Ｊ－Ｔ０９の後継機種であり，同社が現に販売している２画面式携帯電話機（Ｊ－Ｔ０１０）のみを対象として，差止め及び損害賠償を求める訴訟を名古屋地方裁判所に提起した（同裁判所平成１５年(ワ)第４２６９号特許権侵害差止等請求事件）。この点から見ても，原告が，現に製造販売している原告製品について，被告が本件特許権に基づく損害賠償請求権及び不当利得返還請求権を有しないことの確認の利益を有することは明白である。
(3)　よって，被告が，原告が原告製品を製造販売したことについて，本件特許権に基づく損害賠償請求権及び不当利得返還請求権を有しないことの確認を求める。
２　被告の主張
被告は，原告が原告製品を製造販売したことについて，平成１５年３月１４日の時点（登録時）における本件特許権並びに平成１６年４月１５日付け訂正請求書の請求項１及び２に記載した発明に係る本件特許権に基づく損害賠償請求権及び不当利得返還請求権が存在しないことを認める。登録時における本件特許権並びに平成１６年４月１５日付け訂正請求書の請求項１及び２に記載した発明に係る本件特許権には無効理由が存在し，現時点で本件特許権を行使することは権利濫用となるからである。なお，平成１６年４月１５日付け訂正請求による訂正は確定していないし，現時点で訂正審判を請求していない。
第５　当裁判所の判断
１　確認の利益について
(1)　被告は，前記第４の２のとおり，平成１５年３月１４日の時点における本件特許権並びに平成１６年４月１５日付け訂正請求書の請求項１及び２に記載した発明に係る本件特許権に基づいては，原告製品の製造販売についての損害賠償請求権及び不当利得返還請求権が存在しないことを認めた。(2)　しかし，証拠（甲３，４）及び弁論の全趣旨によれば，次の事実が認められる。


ア　被告は，ＮＴＴドコモに対し，平成１５年４月１７日付け警告書（甲３）により，ＮＴＴドコモの販売する２画面式の携帯電話機Ｎ２０５１，Ｎ５０４ｉＳ，Ｎ２５１ｉが本件特許発明の技術的範囲に属し，これらを販売することは本件特許権の侵害となるので，直ちにその販売を中止するよう申し入れるとともに，１か月以内に誠意ある回答のない場合には法的措置をとる旨を警告した。イ　被告は，ＮＴＴドコモに対し，平成１５年６月２日付け書面（甲４）により，ＮＴＴドコモの販売する２画面式の携帯電話機Ｎ２０５１，Ｎ２５１ｉＳ，Ｎ２１１ｉＳが本件特許発明の技術的範囲に属し，これらを販売することは本件特許権の侵害となるとして，特許権に基づく請求を訴状の形式でまとめた警告書を送付した。
ウ　原告は，前記ア及びイで警告の対象となった携帯電話機（Ｎ２０５１，Ｎ５０４ｉＳ，Ｎ２５１ｉ，Ｎ２５１ｉＳ，Ｎ２１１ｉＳ）の製造販売を中止しており，原告製品はこれらの携帯電話機の後継機種として製造販売が開始された。エ　被告は，その後，ＮＴＴドコモから連絡を受けた原告と数度にわたり交渉したが，その際，交渉が決裂した場合には差止請求及び損害賠償請求の訴訟を提起する旨を申し述べた。
オ　被告は，本件特許権に基づいて，ボーダフォン株式会社に対しても，同社が当時販売していた２画面式携帯電話機（Ｊ－Ｔ０９）に対して警告し，調停も申し立てた。その後，被告は，同社に対し，Ｊ－Ｔ０９の後継機種であり，同社が現に販売している２画面式携帯電話機（Ｊ－Ｔ０１０）のみを対象として，差止め及び損害賠償を求める訴訟を提起した。
カ　被告は，本件第１回弁論準備手続期日においては請求棄却判決を求める旨の答弁をし，その後も原告製品が本件特許発明の技術的範囲に属する旨を主張していた。その後，本件特許を取り消す旨の特許庁の決定を受け，被告は，現時点における特許請求の範囲に基づき権利行使することは権利濫用に当たるとの理由で，一転して，本件第４回弁論準備手続期日において，平成１５年３月１４日の時点における本件特許権並びに平成１６年４月１５日付け訂正請求書の請求項１及び２に記載した発明に係る本件特許権に基づいては，原告製品の製造販売についての損害賠償請求権及び不当利得返還請求権が存在しないことを認め，従前の主張を撤回する旨の陳述をした。
(3)　前記(2)認定の各事実及び本件の経緯に照らせば，被告が前記(1)のとおり前記請求権の不存在を自認する旨の陳述をしたとしても，今後被告が原告製品について本件特許権に基づく損害賠償請求又は不当利得返還請求を行う可能性があることは否定できないから，いまだ本件請求の確認の利益は失われていないというべきである。
２　損害賠償請求権及び不当利得返還請求権の存否について被告は，原告が原告製品を製造販売したことについて，本件特許権に基づく損害賠償請求権及び不当利得返還請求権の発生原因事実を主張立証せず，前記第４の２のとおり，平成１５年３月１４日の時点（登録時）における本件特許権並びに平成１６年４月１５日付け訂正請求書の請求項１及び２に記載した発明に係る本件特許権に基づく損害賠償請求権及び不当利得返還請求権が存在しないことを認めた。
特許庁は，平成１６年４月１５日付け訂正請求による訂正を認めた上，本件特許を取り消す旨の決定をしたが（乙１０），取消訴訟の提起により上記訂正は確定していないから，本件口頭弁論終結時における本件特許権の特許請求の範囲は，登録時である平成１５年３月１４日の時点におけるものである。よって，本件口頭弁論終結時において，本件特許に無効理由が存在すること並びに被告が，原告が原告製品を製造販売したことについて，本件特許権に基づく損害賠償請求権及び不当利得返還請求権を有しないことは，当事者間に争いがないことに帰する。
３　結論
以上の次第で，原告の本件請求を認容することとし，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第４７部
裁判長裁判官　　　　高　部　眞規子
裁判官　　　　東海林　　　保
裁判官　　　　田　邉　　　実
（別紙）
物　件　目　録
以下の型式番号の携帯電話機
１　Ｎ５０５ｉＳ
２　Ｎ２５２ｉ
３　Ｎ２１０２Ｖ
４　Ｎ５０５ｉ
５　Ｎ２７０１
（別紙）
特　許　権　目　録
登録番号　　第３４０８１５４号
発明の名称　　携帯型コミュニケータ
出願年月日　　平成４年１１月９日（特願平１０－１８０９６４）
登録年月日　　平成１５年３月１４日
特許請求の範囲
【請求項１】
公衆通信回線に無線によって接続され，該公衆通信回線を経由して発信，または
受信を行う無線通信手段と，
該無線通信手段に対する制御指令の出力，上記無線通信手段を経由して上記公衆通信回線からデータを入力，または上記無線通信手段を経由して上記公衆通信回線
にデータを送出する処理を行うコンピュータと，
該コンピュータによって所定の画像を表示する第１のディスプレイと，第２のデ
ィスプレイと，
オン信号を出力するオンスイッチが操作された場合に上記第１のディスプレイと，上記コンピュータを含む全体に電源を供給して，該第１のディスプレイを利用した入出力が行われるアクティブ状態にし，オフ信号を出力するオフスイッチが操作された場合に，上記コンピュータと，上記無線通信手段とを含む所定の部分にのみ電源を供給して，上記第１のディスプレイを利用した入出力が行われることのな
い待機状態にする電源コントローラと，
上記無線通信手段と，上記コンピュータと，上記第１のディスプレイと，上記第２のディスプレイとを組み合わせた状態で保持する筐体とを備え，上記コンピュータは，上記オンスイッチと，上記オフスイッチの操作状態に拘わ
りなく，


主　　　文
一１　原判決のうち、原判決別紙物件目録記載一の土地に係る請求を認容した部分（主文第一項及び第三項）を取り消す。
２　右部分につき、被控訴人の請求を棄却する。
二　その余の本件控訴を棄却する。
三　訴訟費用は、第一、二審を通じてこれを二分し、その一を控訴人の、その余を被控訴人の各負担とする。
事　　　実
第一　控訴の趣旨
一　原判決を次のとおり変更する。
１　本案前の申立て
被控訴人の原判決別紙物件目録記載一の土地についての抹消登記手続請求及び明渡請求に係る訴えをいずれも却下する。
２　本案の申立て
被控訴人の請求をいずれも棄却する。
二　訴訟費用は第一、二審とも被控訴人の負担とする。
第二　当事者の主張
当審における主張を次のとおり付加するほか、原判決事実摘示のうち本案に関する部分のとおりであるから、これを引用する（ただし、原判決一二頁一〇行目の「五五〇〇万円」を「五六〇〇万円」に改める。控訴人は、当審において、原審において主張した本案前の主張を撤回した。）。
一　控訴人
１　本案前の主張
本件売払契約一については、住民訴訟の要件がない。
財務会計行為による「財産的損害の発生」は住民訴訟の訴訟要件であるところ、本件売払契約一については、適正な土地代金が支払われており、川崎市に対して財務上の具体的な損害はもたらされていないのであるから、何らかの必要な措置を求める前提を欠き不適法であるから、却下すべきである。
２　本案の主張
（一）　本件各売払契約と本件賄賂との間には因果関係がない。（１）　Ａが本件各売払契約の成立について尽力した動機は、当時の川崎市土木局用地部長すなわち代替地の取得処分の昀高責任者として、東京湾横断道路の開通（平成九年一二月一八日に開通）を控え、川崎市縦貫道路事業の推進のためには、公団と控訴人との移転補償契約及びそのための代替地の払下契約の早期成立が不可欠だったためである。このように川崎縦貫道路の整備が急がれていたという状況は、平成七年よりも平成八年の方がより一層強まっていたのである。（２）　ＡとＢの初対面の時期は、平成七年一〇月ころであるが、それ以前に、既に本件売払契約一の対象土地を代替地としていたし、初対面の際に、その旨をＡがＢに告げたのである。Ｂの贈賄行為は、その翌年の三月二八日以降のことであるか
ら、本件賄賂とαの土地を川崎市が確保した
こと及びその旨をＡがＢに告げたことと関係がないことは明白である。（３）　本件贈収賄行為は、平成八年三月二八日以降のことであるところ、代替地取得処分委員会の幹事会（幹事会）の払下げの決定に有力な事情となったとされる協力依頼書や覚書は、いずれも贈収賄事件の発生前に作成されており、同年一月一八日の幹事会で、αの土地を払い下げる方針が決まったが、払下予定期日は、同年三月であり、本件賄賂とは無関係に決められたのである。（４）　控訴人は、退去補償交渉や代替地払下交渉については、組織的に取り組んだが、贈収賄事件そのものは、刑事事件として発覚するまで全く知らなかったし、賄賂資金も贈賄者の個人的なものである。
（二）　本件売払契約一は異例の契約ではない。
（１）　αの土地は、既に平成五年九月一四日、川崎市の低・未利用地の指定に関する事務取扱基準により、低・未利用地に指定され、材料置場として使用されていたが、β資材置場と総合化が予定され、いったんは代替地として利用計画が立てられたが、その後、財政難の折から、平成六年九月、一般公募の売却の候補地とされた。したがって、行政財産として有効に使われていたり、将来有効に利用される見込みのなかった土地である。そのため、控訴人が代替地として希望したため、平成七年九月ころ、一般公募売却の対象から除外されたのである。（２）　原判決の指摘する時期的な関連から本件売払契約一を検討してみても、「賄賂が契約成立を背後から決定的に基礎付けた。」とは到底いえない。（三）　川崎市には損害がない。
（１）①　αの土地は、右（二）（１）に記載したような土地であり、簿価がかなり低い行政財産を転用したものである。
②　γの土地は、川崎市が平成八年一一月五日、控訴人やいすず自動車に対する代替地として新規に日本金属工業株式会社から買い上げ、直ちに代替地として売り払った物件であり、簿価と時価が問題にならない物件である。（２）　川崎市長は、右両土地は行政財産として使用する目的はないとしている。したがって、原判決が「土地は使用目的によっては金銭に換えがたい面もあるから、金銭的な価額の多寡だけによって損害の有無を判断されるべきではない。」とするのは、一般論としてはそのとおりであるとしても、右両土地についてはそのようなことはない。
（３）　川崎市は、厳しい財政事情から、特にαの土地については、売却することを選択しているのである。また、贈収賄事件が発覚した直後にも、前記両土地について、取り戻さないとの立場からの見解を表明しているのである。（４）　川崎市は、事後的に、γの土地について、「土地価格比準表」により比準したが、その結果は、ほぼ鑑定結果（乙二）と同じであり、右鑑定の過程には問題があるものの、結果そのものは標準的なものであった。原判決は右の結果につき何ら判断していない。
（四）　原判決の立場は、取引の安全を考慮していない。αの土地及びγの土地には、本件各売払契約を前提に抵当権や根抵当権が設定されている。また、右各土地上には、建築中の建物又は完成した建物が存在し、γの土地上の建物には、抵当権等が設定されている。
したがって、仮に本件各売払契約が違法だとしても、その効力を判断するに当たっては、右取引の安全を保護する必要性も考慮に入れて総合的に判断すべきである。
二　被控訴人
１　本案前の主張について
住民訴訟制度の目的は、あくまでも「地方財務行政の適正な運営の確保」（昀高裁昭和五三年三月三〇日判決・民集三二巻二号四八五頁）であって、「損害の填補」に矮小化されるものではない。
２　本案の主張について


（一）（１）　地方自治法が随意契約を例外的にのみ許容した本旨は、「契約の締結が情実に左右されるなど公正を妨げる事態を生じる」ことを防止することにある（昀高裁昭和六二年三月二〇日判決・民集四一巻二号一八九頁）のであるから、賄賂を使うことによってようやく締結することができた随意契約は、公正と価格の有利性確保の観点から一般競争入札によるべきことを原則とした地方自治法二三四条二項という公の秩序に昀も典型的な形で抵触する契約であり、民法九〇条に違反して私法上の効力を主張し得ないものである。
（２）　本件におけるような借家権補償の方法として、控訴人が、誠に例外的な、しかも、過大な面積の土地の払下げという「便宜並びに計らい」を受けたのは、Ａとの間の巨額な賄賂の授受なしには実現し得なかったことであり、このことは、公序良俗違反として当該契約の無効事由となる。
（二）　ＡとＢの初対面の時期は、平成六年七月以前であり、原判決の認定は誤っている。
理　　由
原判決は、被控訴人の請求を一部認容し、その余を棄却したところ、控訴人だけが控訴し、被控訴人は不服申立てをしていないので、当審において審判の対象となるのは、原判決のうち被控訴人の請求を認容した部分だけである。
第一　控訴人の本案前の主張について
控訴人は、財務会計行為による「財産的損害の発生」は住民訴訟の訴訟要件であり、αの土地の売買契約については、適正な土地代金が支払われ、川崎市に対して財務上の具体的な損害はもたらされていないから、必要な措置を求める前提を欠き不適法であって、却下すべきである旨主張する。
しかし、財産的損害の発生は、住民訴訟の訴訟要件ではないと解するのが相当であるから、控訴人の主張は、その前提において失当であり、採用することができない。
第二　本件各売払契約の効力について
一　基礎となる事実
請求原因１（当事者）、同２（本件各売払契約）及び同３（一）（１）ないし（４）（本件各売払契約の成立に前後して賄賂が授受されたこと）は当事者間に争いがない。
二　争点と判断基準
本件各売払契約が公序良俗に反して無効であるかについて判断する。贈収賄行為は、刑法上の犯罪行為であり、国家社会法秩序に違反する著しく違法性の強い行為であることはいうまでもないところであるが、本件で問題となっている市有地の私人に対する売払契約は、私法上の契約であるから、右の契約に当たり贈収賄行為がされた場合においても、その一事をもって当然に右売払契約が公序良俗に反するものになると解することはできないが、当該贈収賄行為と右売払契約の成立との間に、手段とその結果という因果関係が認められ、かつ、当該贈収賄行為によって右売払契約の内容、手続等が著しく歪められたというような事情が存するときには、公正に運用されるべき随意契約制度の信頼を著しく損なう事態が惹起されたものであって、このような事態を是認することは社会正義に反するものというべきであり、かかる行為によってもたらされた利益を贈賄者に保持させることを阻止するためにも、右売払契約は公序良俗に反する場合に準ずるものとして、民法九〇条の類推適用により、当事者間においては無効になると解するのが相当である。
三　本件売払契約一の効力
１　本件売払契約一の成立に至る経緯
次のとおり付加するほか、原判決理由説示第二の三１のとおりであるから、これを引用する。
（一）　原判決三三頁一〇行目「Ａは、」の次に「市土木局用地部長として、川崎縦貫道路事業を遂行するため控訴人の立退交渉を何とか早期にまとめたいと思って
いたので
あるが、控訴人が希望するαの土地について調べたところ、川崎土木事務所が資材置き場として使用しているが行政財産としては必要がなくなっており、市の一般公募により売り払う土地の候補地になっていたので、控訴人に代替地として払い下げれば控訴人と公団の交渉もうまく行くのではないかと考えたこと、また」を加える。
（二）　同三六頁三行目「その旨の連絡を受けたＡは」を「しかし、Ａは、控訴人は借家人に過ぎないが大規模な営業所若しくは事業所を有する者であるから、市代替地対策要領に代替地提供対象者として規定された『その他代替地を提供する必要があると認められる者』に当たるものと解釈していたので」に改める。（三）　同四〇頁三行目冒頭から四行目末尾までを削る。
２　本件売払契約一の公序良俗違反性
前記一及び三１の事実によれば、本件売払契約一は、借家人に代替地を提供するというものであること、そのために事業主体である公団から協力依頼書を渋々提出させたこと、代替地をαの土地にするという具体的な決定は控訴人の希望によるものであり、それを実現するために、既に公募対象地リストにあったαの土地をそこから除外し、また、行政財産として管理されていたαの土地を普通財産に管理替えしたこと、控訴人と公団との補償契約の成立が長引くので、公募対象リストから除外させたこととのつじつま合わせに、市から控訴人に売り払う旨の覚書を作成したことなどの点において、極めて異例の契約であるということができる。しかし、市代替地対策要領に定める幹事会、代替地委員会の審議を経て決定され、売払価格は不動産鑑定士による鑑定価格の範囲内で決定されたものであるから、賄賂の点を除けば、その内容及び内部手続において明白な違法があるものとはいえない。そして、Ｂが昀初にＡに対して贈賄したのは、平成八年三月二八日であるところ、本件売払契約一は右贈賄行為の後に締結されたものではあるが、αの土地の売払については、同年一月一八日の代替地委員会の幹事会において了承を得、次いで同年二月一三日の代替地委員会の決裁を得、同日、市は、控訴人との間で、近くαの土地を控訴人に売り渡すための売買契約を締結する旨の本件覚書（甲一〇の資料６の三枚目）を締結したことにより、実質的にはαの土地の払下げが決定されたものであり、それ以前に、ＢとＡの間で、賄賂の授受についての申込みや要求などのやり取りがあったことを認めるに足りる証拠はないし、また、本件売払契約一が後記の本件売払契約二と関連があるとしても、両者が不可分一体の関係にあるものとまでは認められず、形式的にはもとより、実質的にも両者を別個の契約と評価することができるのであるから、本件贈収賄行為と本件売払契約一との間に、因果関係があるものとは認められない。


証拠（甲二二、二三）によれば、Ａは、知人から控訴人への代替地の提供を頼まれた際、代替地を提供してやれば、Ｂからそれなりの見返りがあるのではないかと期待しており、このような期待のもとに、αの土地を代替地として提供する手続をしたこと、及びＢも、Ａに代替地の払下げを申し入れた際、その後の交渉において代替地の払下げを受けるために、Ａに飲食等の接待や金銭を提供しようと考えたことが認められるが、これらはいずれも、各人が内心で考えたにとどまるのであるから、右の事実は前記の認定判断を左右するものではない。なお、被控訴人は、ＡとＢの初対面の時期は、平成六年七月以前である旨主張するが、仮にそのとおりであるとしても、前記の認定判断に影響を及ぼすものではない。
四　本件売払契約二の効力
１　本件売払契約二の成立に至る経緯
原判決理由説示第二の四１のとおりであるから、これを引用する（ただし、原判決五二頁九行目の「一二一万円」を「一二〇万三〇〇〇円」に、一一行目の「とし、」を「として計算してみても約七億二二〇〇万円になる。」にそれぞれ改める。）。
２　本件売払契約二の公序良俗違反性
右１に認定した事実によれば、本件売払契約二は、αの土地に加えてγの土地をも払い下げるという点、及びγの土地の面積だけでもδの土地に比べて極めて過大である点において、代替地の提供は従前の生活状況を復元する程度であることを原則としている市代替地対策要領（乙一の添付資料７）一二条の規定に違反しており、払下価格については、坪当たり約一二一万円であったものが、Ａが不動産鑑定士のＣに対し働き掛けて、坪当たり七六万円にまで減額されたという点でも、極めて異例なことであるというべきである。また、借家人である控訴人に対して代替地を払い下げることは、禁止されているものではないとしても、公団の反対解釈を押し切ってされた点において、異例の取扱いであるということができる。そして、このような取扱いがされたのはＡの尽力によるものであり、かつ、Ａがそのような尽力をしたことの主な原因は、ＢのＡに対する賄賂の交付であるものと認められる。
したがって、本件売払契約二は、賄賂がなければ実現しなかったものであり、本件贈収賄行為との因果関係が認められ、賄賂の交付によってその手続及び内容が著しく歪められたのであるから、公序良俗に反する場合に準じて無効と評価されるべきものである。
３　控訴人の主張について
（一）　控訴人は、退去補償交渉や代替地払下交渉については、組織的に取り組んだが、贈収賄事件そのものは、刑事事件として発覚するまで全く知らなかったし、賄賂資金も贈賄者の個人的なものである旨主張する。
しかし、仮に、賄賂の交付が控訴人の主張するような事情の下でされたものであるとしても、既に認定した事実によれば、Ｂは、当時、控訴人の代表取締役を務めていた者であり、本件賄賂の交付は、その職務の一環としてされたものであるということができるのであるから、前記の認定判断を左右するものではないというべきである。
（二）　控訴人は、住民訴訟は自治体に損害が発生していることを要件とする旨主張する。
（１）　地方自治法二四二条住民監査請求の制度は、普通地方公共団体の財政の腐敗防止を図り、住民全体の利益を確保する見地から、当該地方公共団体の長その他の財務会計職員の違法若しくは不当な財務会計上の行為又は怠る事実について、その監査と予防、是正等の措置とを監査委員に請求する機能を住民に与えたものであり、住民訴訟の前置手続として、まず当該普通地方公共団体の監査委員に住民の請求に係る行為又は怠る事実について監査の機会を与え、当該行為又は怠る事実の違法、不当を当該普通地方公共団体の自治的、内部的処理によって予防、是正させることを目的とする（昀高二小昭和六二年二月二〇日判決・民集四一巻一号一二二頁）。
そして、これを受けた同法二四二条の二の住民訴訟の制度は、普通地方公共団体の執行機関又は職員による同法二四二条一項所定の財務会計上の違法な行為又は怠る事実が究極的には当該地方公共団体の構成員である住民全体の利益を害するものであるところから、これを防止するため、地方自治の本旨に基づく住民参政の一環として、住民に対しその予防又は是正を裁判所に請求する権能を与え、もって地方財務行政の適正な運営を確保することを目的としたものである（昀高一小昭和五三年三月三〇日判決・民集三二
巻二号四八五頁）。
右のような住民監査請求及び住民訴訟の目的に鑑みると、地方自治法は、普通地方公共団体に所定の財務会計上の違法な行為又は怠る事実がある場合に、当該普通地方公共団体の住民に対して、当該違法な行為又は怠る事実により当該普通地方公共団体が被った損害を補填するためのみならず、当該違法な行為を防止若しくは是正し又は当該怠る事実を改めるためにも、必要な措置を講ずべき旨の監査請求及びこれを前提とする住民訴訟を提起する権能を与えていると解される。（２）　ところで、同法二四二条の二第一項の対象となる財務会計行為は、その対象が、行政処分である場合と私法上の契約等である場合とがあるが、このうち四号の請求は、住民が当該地方公共団体に「代位して」行うものであるから、代位される請求権が私法上の契約等である場合には、その権利根拠規定も民法等に求められるものである。この観点から、同号後段をみると、損害賠償請求若しくは不当利得返還請求は、損害ないし損失の発生を要件とするものであることは当然であるが、法律関係不存在確認請求と原状回復請求については、民法上も損害ないし損失の発生は要件とされていないから、住民訴訟においても同様に損害ないし損失の発生は要しないものと考えられる。そして、同法二四二条の二の文言上も、当該行為により損害の発生を要件とする旨の限定もない。そうすると、四号後段は、損害補填をねらいとする損害賠償請求若しくは不当利得返還請求と、損害発生の事前予防ないし金銭補填的解決にはなじまない法律関係不存在確認請求と現状回復請求という性格ないし目的を異にする二つの訴訟類型に分けられるということができる。（３）　右のような住民訴訟の制度の趣旨・目的・規定の構造・文言などに照らすと、住民訴訟のすべてが普通地方公共団体に損害が生じていることを制度的な前提としているものはなく、これを要件としていないものもあるというべきであり、本件で問題となる四号後段の現状回復請求については、地方公共団体において現実に損害が発生したことを要件としない、地方公共団体の財務会計活動の適正確保を直接の目的とする制度であると解するのが相当である。
（三）　控訴人は、原状回復請求について、損害賠償請求等の経済的価値の保全措置を超えて求めることはできない旨主張するが、このように限定的に解釈すべき根
拠はなく、四号所定のいずれの


平成１５年(ﾈ)第１２２３号　特許権侵害差止請求控訴事件（原審・東京地方裁判所平成１３年(ﾜ)第２１２７８号）
平成１５年１１月２５日口頭弁論終結
判　　決
控訴人　　　　　　　　　　Ａ
控訴人　　　　　　　　　株式会社医薬分子設計研究所
控訴人ら訴訟代理人弁護士　田　中　成　志
同　　　　　　　　　　　　平　出　貴　和
同                        板　井　典　子
控訴人ら補佐人弁理士　　　今　村　正　純
同　　　　　　　　　　　　間　山　世津子
被控訴人　　　　　　　　　住商エレクトロニクス株式会社
訴訟代理人弁護士　　　　　中　野　憲　一
同　　　　　　　　　　　　城　山　康　文
補佐人弁理士　　　　　　　田　中　玲　子
主　　文
１　原判決を取り消す。
２　被控訴人は，別紙ロ号物件目録記載の媒体を販売してはならない。３　訴訟費用は第１，第２審とも被控訴人の負担とする。４　この判決は，第２項に限り，仮に執行することができる。
事実及び理由
第１　当事者の求めた裁判
１　控訴人ら
(1)主位的請求
主文第１ないし第３項と同旨
(2)主文第２項についての予備的請求
被控訴人は，別紙イ号物件目録記載のプログラムを販売してはならない。
２　被控訴人
(1)本件控訴を棄却する。
(2)当審における訴訟費用は，控訴人らの負担とする。
第２　事案の概要
控訴人らは，発明の名称を「生体高分子－リガンド分子の安定複合体構造の探索方法」とする特許発明（特許番号第２６２１８４２号）についての特許権者（控訴人Ａ）及び専用実施権者（控訴人株式会社医薬分子設計研究所）である。被控訴人は，別紙ロ号物件目録記載のプログラムを記録した媒体（ＣＤ－ＲＯＭ。以下「ロ号物件」という。）を輸入し，日本国内で販売しているものである。控訴人らは，同プログラム中のＦｌｅｘＸと称するモジュール（プログラム）を使用する複合体探索方法（以下「ロ号方法」という。）が上記特許発明の技術的範囲に属し，かつ，同プログラムを記録した媒体であるロ号物件が「その発明の実施にのみ使用する物」（平成１４年法律第２４号による改正前の特許法１０１条２号。以下，本判決において「特許法１０１条２号」というときは，「平成１４年法律第２４号による改正前の特許法１０１条２号」を指す。）に当たると主張して，被控訴人の販売を差し止める裁判を求めたものである。
第３　当事者の主張
当事者の主張及び争いのない事実は，次のとおり付加するほか，原判決の「事実及び理由」の「第２　事案の概要」，「第３　争点に関する当事者の主張」欄記載のとおりであるから，これを引用する（本判決においても，「本件特許権」，「本件明細書」，「本件特許発明」，「構成要件Ａ」ないし「構成要件Ｃ」との語を，原判決の用法に従って，用いる。）。
１　控訴人らの当審における主張の要点
(1)専用実施権を設定した特許権者の差止請求権について原判決は，「特許権に専用実施権が設定されている場合には，設定行為により専用実施権者がその特許発明の実施をする権利を専有する範囲については，差止請求権を行使することができるのは専用実施権者に限られ，特許権者は差止請求権を行使することができないと解するのが相当である。」（原判決３４頁２行～５行）と判断した。
しかし，専用実施権を設定した特許権者も，次の理由により，差止請求権を行使し得ると解すべきである。
(ｱ)特許法１００条の文言からみて，専用実施権を許諾した特許権者について，差止請求権を否定すべき理由はない。
(ｲ)特許権者が専用実施権を設定する関係は，所有権者が用益物権を設定する関係に等しく，用益物権を設定した所有権者が物上請求権を失わないのと同様に，専用実施権を設定した特許権者は，設定した専用実施権の範囲についても，自ら実施することができないだけで，なお差止請求権を有すると解すべきである。(ｳ)特許権者が専用実施権を設定している場合に，設定契約において，特許権者が，専用実施権者の発明の実施を完全にするために，第三者の違法な特許侵害を停止させる義務を負担する場合もある。このような場合には，特許権者は，自ら差止請求権を行使することができなければならないはずである。(ｴ)特許権者が，専用実施権許諾期間中の第三者の侵害を停止することができなければ，特許権者に入るべき専用実施料が少なくなり，損害を被ることがあるだけでなく，その期間中に実施権者が第三者による侵害行為を放任すれば，第三者が多量の製品を製造販売してしまい，特許権者が権利を回復した後に，特許発明の実施による独占的利益を取得する余地が減少し，その結果損失が生じる，というおそれがある。専用実施権の設定期間が特許権の存続期間全部とされた場合であっても，特許権者と専用実施権者間の許諾契約の解除，専用実施権の取消し，専用実施権の放棄，混同等により専用実施権が消滅することもあるから，決して，特許権者の特許権実施による独占的利益取得を保護する必要性がなくなるものではない。(ｵ)特許権者は，専用実施権を設定した場合にも，特許権を譲渡したり，担保権を設定したりなどの処分行為をする権能を失わない。このような処分行為に当たって，特許権の価値として把握されるところが重要になる。ところが，特許権者自らが差止請求ができないときには，第三者の侵害行為により特許権の価値が減少させられるにもかかわらず，その侵害行為を排除できないことになるのである。(2)ロ号方法は，本件特許発明の技術的範囲に属する。
(ｱ)「ダミー原子」について


原判決は，①本件特許発明の「ダミー原子」は，新しい概念であるから，その意義は，本件明細書の発明の詳細な説明を参照して解釈しなければならない，とした上，②本件明細書の発明の詳細な説明には，実施例における「水素結合性領域を構成する三次元格子点の中心にダミー原子を配置する」（本件公報１３欄６行～８行）などの記載があることなどを根拠として，③「ダミー原子」は，「水素結合性領域内でかつ，ファンデルワールス半径外に，適当な数，例えば５～20個の三次元格子点が存在する水素結合性領域を構成する三次元格子点の中心（すなわち１点）に設定される便宜上の原子」を意味する，と判断し，④ロ号方法における「生体高分子側相互作用点」は，「生体高分子中の相互作用可能な原子につきそれぞれ設定される相互作用面を構成する数十の点」（原判決４５頁９行～１１行）であるから，その役割，配置される位置及び設定される個数が相違している，として，ロ号方法の「生体高分子側相互作用点」は，本件特許発明の各構成要件の「ダミー原子」に該当しない，と判断した。
しかし，本件特許発明における「ダミー原子」が新しい概念であるとしたことも，「ダミー原子」が一つだけ設定されるものであるとしたことも，数十の「生体高分子側相互作用点」を一つの水素結合性領域に設定した場合に本件特許発明の「ダミー原子」に当たらないとしたことも，いずれも誤りである。(a)本件特許発明を特定するために用いられている「ダミー原子」という概念は，従来から知られている概念である。
生体高分子－リガンド分子の安定複合体構造を探索する方法において，たんぱく質中の原子の水素結合の相手方となり得るヘテロ原子の存在し得る位置を三次元格子点で表して，その格子点の集合を水素結合性領域と呼び，リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子が水素結合性領域内に入る場合，すなわち水素結合し得る位置の三次元格子点のいずれかに略一致する場合に水素結合が成立すると判断することは，従来からＧＲＥＥＮという名称のプログラム（以下「ＧＲＥＥＮ」という。）においても行われてきた（ＧＲＥＥＮは，本件特許発明の出願当時，英文学会誌に誌上発表され，学会での引用，口頭発表も多く，内外を通じて広く知られるに至っていたプログラムである。）。本件特許発明の構成要件Ａにいう「生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手方となり得るヘテロ原子」が存在する位置が水素結合性領域であることは，本件明細書に接した当業者によって当然に理解されることである。
本件特許発明が「ダミー原子」について最初にしたのは，上記「生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手方となり得るヘテロ原子の位置」に対してこの用語を設定する，ということだけである。「ダミー原子」という用語自体は，分子のコンピュータシュミレーションの分野で，「位置を示すために仮に置かれる原子」として，一般的に用いられてきたものであり，本件特許発明の「ダミー原子」は，「生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手方となり得るヘテロ原子の位置」に設定された，実在の原子や原子団の身代わり又はその領域を表す点や原子という意味のものとして，当業者に理解されるものである。したがって，原判決が，本件特許発明の「「ダミー原子」の意義は「特許請求の範囲」の記載からは明らかでなく，本件明細書の「発明の詳細な説明」の記載等を参酌して解釈せざるを得ない」（原判決４２頁１８行目以下）と判断したことは誤りである。
(b)本件特許発明の「ダミー原子」は，水素結合性領域に一つだけ設定されるものではなく，適宜の数設定されるものである。
たんぱく質の結合ポケットにリガンド分子が安定してはまるか否かを，たんぱく質の水素結合性領域の距離関係とリガンド分子の水素結合性ヘテロ原子の距離関係との比較によって検討するのが，本件特許発明の方法の核心である。本件特許発明の方法は，例えば，たんぱく質の三つの水素結合性領域にそれぞれダミー原子を置いて，それぞれの領域に設定したダミー原子がなす三角形と，リガンド分子中の三個のヘテロ原子のなす三角形の略合同を検討するものである。本件特許発明の「ダミー原子」は，「生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手方となり得るヘテロ原子の位置」に設定した，実在の原子や原子団の身代わり又はその領域を表す点や原子という意味のものであるから，水素結合性領域当たりのダミー原子の個数が一つか複数かは，本件特許発明の本質にはかかわりないことである。
水素結合性領域内に存在している例えば５ないし２０個の三次元格子点のうちのどの格子点であっても，そこにリガンド分子のヘテロ原子が置かれさえすれば，水素結合が成立することは，従来から理解されていることである。この従来技術を念頭に置けば，本件特許発明の「ダミー原子」は，水素結合性領域に適宜の数だけ設定されるものであって，その数は一つだけに限定されるものではない，と理解することは容易である。
(c)結合の相手の原子が比較的狭く限定された距離・角度の位置に存在するのが，水素結合の特徴ではある。しかし，その距離と角度も一定の許容巾を持つものであることから，水素結合性領域は，もともと，一定の空間的拡がりを持つものである。この領域は，概念上のものであり，コンピュータ計算に取り込むには，三次元座標で記述することが可能な点として表現する必要があるため，「ダミー原子」という概念が必要となったにすぎない。本件特許発明の方法では，「ダミー原子」は，たんぱく質原子の水素結合の相手となり得る位置ならばどこに何個置いてもよい。水素結合性領域内の三次元格子点をそのまま利用してもよい。いずれか１個又は必要な数の三次元格子点を選んでもよい。三次元格子点の間の位置であってもよい。このように，水素結合性の三次元格子点である必要がないことから，これとは区別して，「ダミー原子」と呼ぶことにしただけである。本件明細書の実施例においては，最も簡明なものとして，水素結合性領域の中心に「ダミー原子」を置く例を示したにすぎない。ロ号方法の相互作用点は，本件特許発明の実施例のダミー原子と比べ，その数が多いだけで，質的には全く同じものである。リガンド分子中のヘテロ原子の三角形との比較においても，結合ポケットへのはめ込みへの利用などにおいても，その扱われ方は同じである。(d)本件特許発明の実施例（ダミー原子が一つのもの）とロ号方法とは，何ら変わりのない方法である。


ロ号方法においては，生体高分子のうち結合に関与する原子と結合し得る例えば三つの領域にそれぞれ数十もの相互作用点を設定して，三つの領域のそれぞれ数十もの相互作用点がなす多数の三角形のそれぞれと，リガンド分子の結合に関与する三つのヘテロ原子がなす三角形とが合同であるかを検討する。これに対し，本件特許発明の実施例では，たんぱく質の水素結合性の三つの領域の各中心に置いた三つのダミー原子のなす三角形と，リガンド分子の水素結合性の三つの原子がなす三角形が合同であるかを検討する。
ロ号方法においては，三つの領域それぞれの全域に多数のダミー原子があって三つの領域の間に多数の三角形ができれば，ヘテロ原子の三角形が上記多数の三角形のどれかと合同となることが期待でき，ダミー原子が領域当たり１個の場合に比べて，三角形の合同が見落とされることが少ない，とも考えられる。しかし，ロ号方法が，三つの領域のそれぞれに置いた数十の相互作用点のなす三角形により，ヘテロ原子のなす三角形と略合同か否かを判断するとしても，数学的に完全な合同というのは有り得ない。コンピュータ処理では，距離の違いがあってもそれがある範囲内では合同とみなす，という許容度を必ず設定する。本件特許発明の実施例のように，水素結合性領域当たり１個のダミー原子を用いたときには，その許容度をロ号方法より大きく設定すれば，生体高分子の一つの領域に多くの相互作用点（ダミー原子）を設定したロ号方法と同じ結果が得られるのである。本件特許発明の実施例では，たんぱく質の三つの水素結合性領域当たり各１個のダミー原子のなす１個の三角形と，リガンド分子のヘテロ原子の三角形との略合同を検討すればよいのに対して，ロ号方法では，たんぱく質の三つの領域のそれぞれ数十の相互作用点のなす少しずつ形状の異なる数万の三角形と，リガンド分子のヘテロ原子の三角形との略合同を検討し，略合同となる三角形を探索した後に，似たようなものが多すぎるのでクラスタリング（グループを代表するものを選択すること）して，領域当たり１個の頂点を含む三角形に集約した上で，結合ポケットへのはめ込みの作業を行うのである。
(e)本件特許発明は，世界で初めて，リガンド分子の立体的形状が変わり得ることを考慮して，生体高分子－リガンド分子の安定複合体構造を探索することを可能にしたものである。本件特許発明の方法が，安定複合体構造の探索を高速化したのは，水素結合性領域当たり１個のダミー原子を用いることによってである，との原判決の見方は誤りである。
本件特許発明は，ダミー原子の数を水素結合性領域当たり数十にしても何ら支障なく実施できる方法である。すなわち，ダミー原子の数を領域当たり１個とした場合，三角形の合同の検討（距離比較）に要する時間は，生体高分子－リガンド分子の安定複合体構造を探索するための全所要時間のわずかに０．０１％程度である。領域当たりのダミー原子数を５０倍にしても，計算して比較すべき距離の数は２５００倍になるだけであり，全体の計算時間は２５％増えるにすぎない。ロ号方法は，たとい，本件特許発明の最良の実施例に比べ，ダミー原子数を多くし，その結果，計算時間が多少余計にかかるように実施されているとしても，リガンド分子の安定複合体が探索できるようになったという本件特許発明の効果を奏することに違いはない。
被控訴人は，本件特許発明において，領域当たりのダミー原子の数を増やせば，第３工程の後に行われるエネルギー極小化工程の計算に時間がかかる，と主張する。しかし，現にロ号方法で行っているように，同工程の前に，相互作用パターンと配座の類似した群をクラスタリングで１個にまとめることにすれば，同工程に要する時間は，ダミー原子が１個の場合と同じである。被控訴人の主張は失当である。


(f)ロ号方法が「ダミー原子を数十も設定するような精緻な手法」（原判決４４頁２５行目～２６行目）であるという原判決の判断は誤りである。ロ号方法の開発者の論文（乙第２号証）によると，ロ号方法を「真の解」が１８個である既知の系に適用した結果は，「真の解」が計算解の最上位に一致した例が１８例中８例，「真の解」が計算解の上位１０位に入った場合まで含めても９例しかない（乙第２号証４８１頁のTable3及び甲第３３号証の表で，rms誤差（平均二乗誤差の平方根）が1.0未満のものを「真の解」とした場合）。ロ号方法は，領域当たり数十の点を用いているにもかかわらず，膨大な可能性の中から，正しい解に到達することはできていない。これに対し，控訴人らが，上記論文が検証に用いたのと同じ既知の系について，本件特許発明の実施例の方法を実施したプログラムを使用して，領域当たり１ダミー原子を設定して計算したところ，その正答率は１００％に近いという結果が得られたのである（甲第３３号証の表参照）。本件特許発明において，ダミー原子を用いて行おうとしていることは，生体高分子の水素結合性領域間の位置関係・距離関係を知ることである。リガンド分子の３個のヘテロ原子が同時に入り得るような，３個の水素結合性領域があるか否かを，各配座について，高速に調べることが可能な水素結合様式と配座を推定することになるからである。この水素結合性領域の各中心に各１個おいたダミー原子間の距離は一般に４ないし２０オングストローム（Å）であり，ヘテロ原子間の距離も同様に４ないし２０Åであり，水素結合性領域の中心に置いたダミー原子とそれが属する領域内の一番遠い点の距離は高々１Å程度である。このようなスケール（単位）を持つ生体高分子の結合ポケット内の水素結合性領域間の距離関係をみるために，１Å程度の狭い広がりしか持たない各領域内にあえて数十の点を置くのがロ号方法である。ロ号方法は，いわば，東京－札幌間と東京－大阪間の距離を比較しようとするときに，東京なら東京駅か皇居を考えればすむのに，２３区の各区役所の位置から札幌市や大阪市の各区役所との距離をすべて計算して，結局は東京－札幌，東京－大阪というくくりで平均を取るといったような無駄な計算をやっているにすぎないのであり，精緻な手法とは到底いえないものである。生体高分子の結合ポケット内の水素結合性領域の数は，生体高分子によって異なるものの，一般には３ないし１５個である。平均８個の領域があるとすると，同領域の三角形の数は，５６個(８個から３個を取り出す組合せの数であり，8x7   x6/   3x2   x1)である。本件特許発明は，この５６個の三角形の中から，ヘテロ原子の三角形の頂点が各領域内に収まり，かつ水素結合の性質が一致するものを漏れなく拾う，という作業を行うものであるから，ダミー原子の数を増やせば，精緻な手法になるということではないのである。(g)本件特許発明のダミー原子は，水素結合の相手となり得る原子の存在し得る位置である水素結合性領域の中であれば，どこに何個置いてもよいものである。実際には，近傍の原子によって存在できない部分があり，これを除くと，有効な水素結合性領域は，本来の水素結合性領域のごく一部であることも多い。本件特許発明の実施例では，各領域の中心に１個のダミー原子を置いてドッキングを行った例を示している。水素結合性の三次元格子点の数も近傍の原子により実際には存在し得ない部分も，水素結合性領域ごとにまちまちであり，その中心に置かれたダミー原子の位置は，理想的な水素結合の距離と角度で計算した位置に近いものであったり，その位置から遠いものであったりするものの，略合同の判定基準を適切に設定しておけば，満足できるドッキング結果が得られるのである。
(ｲ)「リガンド分子」について
被控訴人は，本件特許発明にいう「リガンド分子」とはリガンド分子全体のことである，と解釈すべきである，と主張する。
しかし，本件特許発明の構成要件Ｃ及び構成要件Ｄの，「第２工程で得られた水素結合様式と配座毎に，リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子とダミー原子との対応関係に基づいてリガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換えることにより，生体高分子－リガンド分子の複合体構造を得る第３工程を含む生体高分子－リガンド分子の安定複合体の構造を探索する方法」とは，まさに，第２工程で得られた水素結合様式と配座毎に，リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子とダミー原子との対応関係に基づいてリガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換えるものであり，その際，非水素結合性部分の配座についてはタンパク質原子とのぶつかりを無視してとりあえず座標変換されるのである。このとりあえず得られる不安定な複合体構造については，非水素結合性部分の回転可能な各結合を水素結合性部分に近い方から（根元から）順にねじれ角回転させて，タンパク質とのぶつかりや相互作用を考慮しつつ，適切な配座を推定することにより，本件特許発明が目的とする安定複合体構造を得る方法を意味しているのである（甲第８号証スライド３５）。
ロ号方法では，ベース・フラグメントの配置を推定した後に，共有結合の情報に基づき，ベース・フラグメントに近いフラグメントから順に，ねじれ角（配座）を変えながら各フラグメントを接続し，生体高分子との相互作用を考慮しつつ，可能な配座を選択することを繰り返して，安定な複合体構造を探索するものである（ロ号方法の工程４）。この工程が，構成要件Ｃのうちの「生体高分子―リガンド分子の複合体構造を得る第３工程を含む生体高分子―リガンド分子の安定複合体の構造を探索する方法。」に該当するのである（甲第８号証スライド４８）。ロ号方法におけるフラグメントも，所与のリガンド分子を概念的に分割して得られたものにすぎないから，乙第３号証の図２及び図４に示されているように，フラグメント間の結合順・結合原子・結合長・結合角は定まっており，残っているのはねじれ角（配座）の自由度だけである（甲第８号証スライド４８）。
(ｳ)水素結合のみを考慮することについて
ロ号方法において，疎水性相互作用の重み付けは，水素結合の重み付けに対して１００分の１以下とされている（乙第７号証２４４頁）。疎水性相互作用が最重視されているとは到底いい得るところではない。(ｴ)ダミー原子と水素結合性ヘテロ原子の組合せの網羅と距離の比較の順序
について


(a)ロ号方法においては，生体高分子側相互作用点のすべての２点の組合せを網羅して各２点間の距離を計算して整理したハッシュ表を作成し（ロ号物件目録の工程３（１）（ｉｉｉ）），リガンド分子側のベース・フラグメント中の相互作用可能な全原子を選択し，ベース・フラグメントの可能な配座を列挙する（ロ号物件目録の工程３（１）(ⅰⅰⅰの２)）。ロ号方法では，その考え方が示されている「逐次構築アルゴリズムを用いた高速フレキシブルドッキング法」と題する論文（乙第２号証）に，「ベースフラグメントの相互作用中心（控訴人ら注・相互作用可能な原子）が作る各々の三角形について，受容体の活性部位の相互作用点が作る三角形の中からδ-適合（略合同）になるものを全て探せ」（乙第２号証訳文９頁１１行～１３行）と記載されていることから分かるように，各ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せ（相互作用パターン）を網羅している。ロ号方法では，ベース・フラグメントの各配座とベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せ（相互作用パターン）の三角形について，ハッシュ表を利用してほぼ等しい距離をもつ生体高分子側相互作用点の組合せを探索する（ロ号物件目録の工程３（１）（ｉｖ））。ロ号方法におけるハッシュ表は，生体高分子側相互作用点のすべての２点の組合せを網羅して，各２点間の距離を計算して整理した表にすぎず，ハッシュ表を作成するだけで，生体高分子側の二つの相互作用点の間の距離と，リガンド分子側のベース・フラグメントの二つの相互作用可能な原子の間の距離との比較を行っているのではない。被控訴人の，ロ号方法では，あらかじめ生体高分子側相互作用点２点間の距離計算を行いハッシュ表を作成してしまうため，組合せを網羅した後に距離の比較を行うという順序では計算を行っていない，との主張は誤りである。ロ号方法では，ハッシュ表を作成して組合せのＤＯループをセットすることにより，組合せを網羅した後に，距離の比較を行うという工程を経るのである。ロ号方法では，生体高分子側相互作用点のすべての２点の組合せを網羅したハッシュ表を用いて（ロ号物件目録の工程３（１）（ｉｉｉ）），リガンド側各ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せについて略合同の三角形を探索するＤＯループをセットする（ロ号物件目録の工程３（１）(ⅰⅰⅰの２)）ことにより，生体高分子側相互作用点とベース・フラグメントの相互作用可能な原子との組合せを網羅している(甲第８号証スライド４４)。被控訴人は，ロ号方法では，距離の比較（ロ号物件目録の工程３（１）（ｉｖ））に先立って，生体高分子側相互作用点とリガンド分子中の相互作用可能な原子との組合せを網羅することはないと主張している。しかし，ロ号方法において各ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せについて，生体高分子側の三つの相互作用点の組合せとの略合同の三角形を探索するＤＯループをセットする（ロ号方法の工程３（１）（ｉｉｉの２）がこれに相当する。）ことが，生体高分子側相互作用点とベース・フラグメントの相互作用可能な原子の組合せを網羅することであり，構成要件Ａの「ダミー原子とリガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅することにより，生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式を網羅する第１工程」に該当するのである（コンピュータプログラムにおけるＤＯループという概念は，一般に，繰り返し変数（整数）で始点と終点を定め，指定された検討や計算を繰り返し行うことをいう。ＤＯループをセットすることは，検討や計算の実行に先立って，網羅したい組合せやその範囲を定めることを意味する。このＤＯループの概念は当業者に一般的に周知のものである。乙第１１号証参照。）。ロ号方法は，乙第１１号証第９図左（翻訳は控訴人第１審第４準備書面別紙１として提出）にあるとおり，相互作用パターンのＤＯループをセットする時点（ロ号方法の工程３（１）（ｉｉｉの２）。各ベース・フラグメント中の相互作用可能な原子から３個を取り出す組合せ（以下「相互作用パターン」ともいう。）を網羅するＤＯループのセット）までが，本件特許発明の構成要件Ａの「ダミー原子とリガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅することにより，生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式を網羅する第１工程」に該当し，ベース・フラグメント中の相互作用可能な原子間の距離を計算し，ハッシュ表を用いてベース・フラグメント中の相互作用可能な原子間の距離と生体高分子側相互作用点間の距離との比較を行って，略合同の三角形を探索し，これによって相互作用点と相互作用可能な原子の対応付けと配座の情報を取り出す工程（ロ号方法の工程３（１）（ｉｖ））が，本件特許発明の構成要件Ｂの「前記のダミー原子間の距離と前記の水素結合性ヘテロ原子間の距離を比較することにより，生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する第２工程」に該当する。(b)ロ号方法において，生体高分子側では，ハッシュ表を作成して，生体高分子側相互作用点のすべての２点の間の距離を表にすることによって，生体高分子側相互作用点のうちの３点の作る三角形を網羅している（甲第８号証のスライド４４）。ベース・フラグメントについては，相互作用可能な原子の三つの組を網羅するＤＯループを設定することによって相互作用パターンの網羅（三角形の網羅）を行っている。すなわち，ロ号方法においては，生体高分子側についてはハッシュ表を作成し，ベース・フラグメントについては，ハッシュ表を用いながら距離の比較を行う相互作用パターンのＤＯループを用意することが，構成要件Ａの「ダミー原子とリガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅することにより，生体高分子－リガンド分子間の水素結合性様式を網羅する」ことなのである。


(c)構成要件Ｂの「前記のダミー原子間の距離と前記の水素結合性ヘテロ原子間の距離」という記載における各「前記の」との文言は，構成要件Ｂにおいて用いるのが，構成要件Ａにおいて「対応づけを組合せ的に網羅」した「ダミー原子」と「水素結合性ヘテロ原子」であることを示すためのものである。(d)ロ号方法においてハッシュ表が作成されることの有する技術的意味は，すべての相互作用点間の距離を分類して棚に入れて整理をする，というだけのことである。ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子のなす３角形の２辺の長さを計算してハッシュ表にある距離と比較して合同な三角形を探索する工程（略合同の三角形の探索）自体は，工程３（１）（iv）の繰り返しループにおいてなされており，これが本件特許発明の構成要件Ｂに相当する。ロ号方法においては，相互作用面の設定（工程３(1)(ⅰ)），ベース・フラグメントの選択（工程２），配座の列挙（工程３(1)(ⅲの２)），ハッシュ表の作成（工程３(1)(ⅲ)）によって，水素結合が成立するか否かを考慮すべき「組合せ」ないし「対応づけ」が列挙され，そのあとで繰り返しループにおいて，距離の比較（略合同の三角形の探索）がなされる（ここでハッシュ表で整理されたデータを使用しているにすぎない。）のであって，対応づけをした後に距離の比較をしていることに変わりはないのである。本件特許発明においてもロ号方法の工程においても，水素結合が成立すると判定されるときの水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座のセット（組）が得られるのは，当該ベース・フラグメントについて，当該水素結合様式と当該配座を試す距離の比較がなされた後であることは，同様である。
(3)権利濫用の抗弁について
被控訴人は，本件特許発明が，JournalofComputer-Aided   MolecularDesign,6(1992),   61-78,（１９９２年２月発行，乙第５号証，以下「乙５文献」という。）に記載された，生体高分子とリガンド分子との複合体の構造を解析する，ＬＵＤＩと称されるプログラム（以下「ＬＵＤＩ」という。）と実質的に同一の発明であり，特許法２９条１項３号の規定に該当する，あるいは，当業者がＬＵＤＩから容易に想到し得るものであるから，同条２項に該当する，と主張する。しかし，被控訴人の主張は全く理由がない。
(ｱ)構成要件Ｄについて
ＬＵＤＩは，プログラムに内蔵したライブラリ中の数百の剛体のフラグメント（構造断片）を組み合わせて，標的タンパク質のポケットにはまり得る多様なリガンド分子の候補の構造を構築して提示する方法である。乙５文献のタイトルは，'Anewmethod   fordenovo   designforenzyme   inhibitors･･･'（「酵素阻害剤のdenovo設計のための新たな方法」）となっている。「denovo」は「新たに」という意味なので，「denovo設計」は，ユーザーがリガンド分子を入力するのではなく，結合ポケットに基づいてプログラムが新たな分子構造を構築して提示する設計方法（構造自動構築法）を意味する。
ＬＵＤＩは，新たなリガンド分子候補の構造を計算の結果として提示するものであり，どんなリガンド分子候補の構造がプログラムから出力されるかは計算を開始する前に知ることはできないものである。したがって，ＬＵＤＩには，生体高分子との安定複合体構造を検討するべく用意され，プログラムに入力される所与の「リガンド分子」という概念がない。すなわち，本件特許発明が第１工程から扱っている「リガンド分子」というものがＬＵＤＩには存在しないのである。ＬＵＤＩは，生体高分子－リガンド分子の安定複合体構造を探索するということをしていないので，本件特許発明の構成要件Ｄに該当しないことが明らかである。
(ｲ)構成要件Ａについて
ＬＵＤＩには「（所与の）リガンド分子」という概念がなく，プログラムに内蔵したライブラリ中の数百の剛体のフラグメント（構造断片）を用いるにすぎないので，構成要件Ａの「リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子」及び「生体高分子ーリガンド分子間の水素結合様式」という要素を，備えていない。すなわち，ＬＵＤＩにおける「分子フラグメント」は，本件発明でいうリガンド分子（配座を考慮したドッキングの対象となる分子）でも，リガンド分子の一部分である水素結合性部分でもない。ＬＵＤＩにおける「分子フラグメント」は，ブリッジによりつながれて一つの分子が作られるパーツである（乙第５号証３頁最終段落）。被控訴人がドッキングの例としたメトトレキセート（ＭＴＸ）の例でいえば，＃１～５の５個，３種類の分子フラグメントをライブラリから持ってきたにすぎず，これらを継ぎ手構造でつないだ分子は，メトトレキセートではなく，メトトレキセートに類似した分子でもない。このライブラリから持ってきた別々の「分子フラグメント」は，所与の分子から一部分を取り出す「水素結合性部分」とはいい得ない。
仮に，被控訴人が主張するように，ＬＵＤＩの相互作用部位が本件特許発明のダミー原子に対応するとしても，構成要件Ａの「ダミー原子と・・・・水素結合性へテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅する」ことは，乙５文献のどこにも示されていない。
したがって，ＬＵＤＩは，本件特許発明の構成要件Ａの「生体高分子ーリガンド分子間の水素結合様式を網羅する」という要素を備えていない。
(ｳ)構成要件Ｂについて


本件特許発明の構成要件Ｂの「同時に配座を推定する」とは，水素結合性部分の配座をＤＯループで変化させながら，距離の比較にダミー原子間の距離とヘテロ原子間の距離とを比較することにより，可能な水素結合様式とともに可能な配座を選ぶことである。ＬＵＤＩは，入力したままの配座でしか距離を比較しないのであるから，上記「同時に推定する」という要素を欠いている。本件特許発明の「水素結合性部分」は，水素結合に着目してリガンド分子の一部分を水素結合性ヘテロ原子が含まれるように分けて取り扱うものである。ＬＵＤＩの「分子フラグメント」は，上記「水素結合性部分」ではない。ＬＵＤＩにおいて，「分子フラグメント」を「水素結合性部分」と他の部分とに分けるということがなされているわけでもない。したがって，ＬＵＤＩでは，「水素結合様式と水素結合性部分の配座を同時に推定」することはしていない。ＬＵＤＩについて，フラグメント（構造断片）の代わりに，リガンド分子の座標を入力しておくことにより，自動ドッキングに使うことができる，とする論文が出たのは，本件特許出願の２年後の１９９４年である（甲第３２号証）。この論文にも「単一の配座を使うということが，現在のアプローチの主要な制約となっています」（同６２６頁１１～１２行目）とあり，当業者であるＬＵＤＩの開発者も上記の限界を認識していたことがうかがわれる。このことは，ＬＵＤＩが，本件特許明細書が解決すべき問題として挙げている，「はじめに与えた配座でしかドッキング状態が検索できない」（特許明細書の6欄１～８行）という従来技術の問題点を解決できていないことを示している。
仮に，ＬＵＤＩを自動ドッキングの目的に利用したとしても，ＬＵＤＩはもともとフラグメントを剛体としか扱えないため，フラグメントの代わりに入力した所与のリガンド分子も剛体としてしか扱えないのである。ＬＵＤＩができるのは，剛体ドッキング，すなわち，入力した配座のままのリガンド分子がどういう結合様式で安定して結合ポケットに入り得るかを検討することのみである。これに対し，フレキシブルドッキングとは，配座の自由度があるリガンド分子について，任意の１配座に対応した１組の原子座標を入力するだけで，可能なすべての配座と結合様式で，安定して結合ポケットにはまり得る可能性を自動的に検討しながら，安定複合体構造の探索を行うドッキング，のことである。本件特許発明の方法は，世界で初めてフレキシブルドッキングを実現したものであり，剛体ドッキングしかできないＬＵＤＩとは，明らかに異なる。
乙５文献に，「内部の柔軟性はライブラリ中に一つのフラグメントについて幾つかの配座を含めておくことで扱える」（乙第５号証訳文１０頁２５～２６行目）と記載されていることからすれば，ＬＵＤＩにおいても，１個のリガンド分子について多数の異なる配座の原子座標の組をあらかじめ用意して入力し，片端からドッキングすることにより，配座の自由度が考慮できるということもできるであろう。しかし，一般に，フレキシブルドッキングの対象とする分子は，分子内に平均的に５ないし７個程度の回転可能な結合を持ち，考慮すべき配座数は，角度刻みを粗くしても(１結合につき３個のねじれ角を与えるとして)約７００，半分の粗さにしても約５０，０００になる。つまり，ＬＵＤＩで配座の自由度を考慮するには，１個のリガンド分子について約７００～５０，０００もの原子座標の組（１組の原子座標とは，当該分子中の全原子の各々についてのｘ座標，ｙ座標，ｚ座標）をあらかじめ用意して，片端から剛体ドッキングを繰り返すことになる。すべての配座について，プログラムの頭に戻って計算を行い，すべての計算が終わった後に全配座の結果を比較して安定複合体構造を推定すれば，配座の自由度を考慮したことになる。しかし，この方法では，配座の自由度を考慮するための計算の準備が面倒なだけでなく，可能な配座を網羅するには計算時間がかかりすぎるので（プログラムの配座を変更するＤＯループの一部分の繰り返しをするのではなく，プログラムの最初から最後までを繰り返して実行しなければならないのでは，効率も悪く時間も掛かる），現実的には実施不可能である。ＬＵＤＩの方法は，本件特許発明の方法やロ号方法のように，1分子についての入力が任意の１配座に対応した１組の原子座標でよいというフレキシブルドッキングの方法とは，全く異なるものであることが明らかである。
(ｴ)構成要件Ｃについて
ＬＵＤＩには，配座を推定する工程がないので，配座毎に処理を行う本件特許発明の構成要件Ｃの第３工程の手順が存在しない。本件特許発明の構成要件Ｃの「配座毎に」とは，構成要件Ｂで推定された複数の配座が次々と処理されることを意味しているのに対し，ＬＵＤＩでは入力したままの配座しか扱えないのであるから，構成要件Ｃの「配座毎に」に該当する要素が存在しない。結合ポケットに置いた複数のフラグメントを継ぎ手フラグメントで接続して分子を完成させるのが，ＬＵＤＩの構造自動構築法である。ＬＵＤＩは，数百の剛体のフラグメントのどれが結合ポケットの所定の区分にはまり得るか，隣接する区分にはまる複数のフラグメントが継ぎ手フラグメントを使ってつながるかを検討し，複数フラグメントがつながった構造を，結合ポケットにはまり得るリガンド分子の候補として提示するものにすぎない（乙第５号証，原文６４頁Fig.1の「fragmentlibrary」が数百の剛体フラグメントのデータ，「bridgelibrary」が継ぎ手フラグメントのデータ，「finalmolecule」が最後に提示されるリガンド分子候補を表す。)。
ダミー原子とヘテロ原子との対応関係に基づいて座標変換するとしても，フラグメント単位で行われており，構成要件Ｃの「リガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換える」ことはしていないのである。
２　被控訴人の当審における主張の要点
(1)ロ号方法は，本件特許発明の技術的範囲に属しない。
(ｱ)ダミー原子について


(a)たんぱく質の水素結合の相手となり得る概念上のヘテロ原子位置に対して，「ダミー原子」という用語を当てたのは，本件特許発明が最初である（控訴人らも認めている。）。ＧＲＥＥＮは，自動ドッキング計算を行うソフトウエアではなく，手動のドッキング計算ソフトウエアにすぎないから，これを本件特許発明の前提となる技術とすることはできない。また，ＧＲＥＥＮの技術は，公知公用ではあっても，周知技術といえるものではないから，ＧＲＥＥＮの技術を周知技術であるとして，本件特許発明の解釈の根拠とすることも誤りである。(b)原判決の指摘する本件明細書の記載や控訴人Ａの発表論文（乙第４号証訳文７頁１４～１６行）の「基本的に，ダミー原子は各々の水素結合性ヘテロ原子サイトの中央に位置付けられる。１つの水素結合性ヘテロ原子から生成されるダミー原子の数は，官能基の水素原子と孤立電子対の数による。」との記載を参照すれば，控訴人らが「ダミー原子」は水素結合性領域に一つだけ設定されるものであると考えていたことが明らかである。すなわち，本件明細書によれば，本件特許発明の「ダミー原子」とは，たんぱく質の「水素結合の相手となり得るヘテロ原子の位置」を代表する一点として設定されるもののことである，としか理解できないのである。
(c)本件特許発明においては，各水素結合性領域ごとにダミー原子を一つとしたために，特許請求の範囲に記載された三つの工程の後に，エネルギー極小化等の工程が必要となり，同工程ではＡＭＢＥＲ４．０という市販の別のソフトウエアを使用して，エネルギーが一定値以上の配座を排除することにより，真の解を得ている。本件特許発明における「ダミー原子」は，リガンド分子の配置と配座の候補を，簡単な方法で漏れなく網羅する役割を果たしているのであり，それが本件特許発明の重要な特徴である。これに対し，ロ号方法では，一つの領域に数十の生体高分子側相互作用点をあらかじめ設定することにより，正確にかつ厳密な推定をすることができるのであり，その結果，エネルギー極小化の工程等を大幅に削減することができたのである。したがって，本件特許発明の「ダミー原子」とロ号方法の数十の生体高分子側相互作用点との間には，本質的な役割の相違があるのである。(d)ロ号方法のベクトル・テストは，ベース・フラグメント中の相互作用可能な原子が生体高分子側相互作用点上に位置するだけでなく，生体高分子中の相互作用可能な原子がベース・フラグメント中の相互作用可能な原子につき設定される相互作用面上に位置するか否かを確認するものである。ロ号方法では，このベクトル・テストを通過したものについてのみ，グループ分けをして，グループを代表する配置を得ているのである。すなわち，ロ号方法では，控訴人らの例えでいえば，「２３区の各区役所の位置から札幌市や大阪市の各区役所との距離をすべて計算して」，ベクトル・テストを経た上で，「東京西地区－札幌南地区－大阪北地区」中の３区役所の組合せを代表する配置を得るのである。このベクトル・テストを実施するためには，数十の生体高分子側相互作用点を設定することが必須となるのであり，ロ号方法は，この点で本件特許発明と技術思想を根本的に異にしている。
(e)控訴人らは，ダミー原子の数を領域当たり１個とした場合，三角形の合同の検討（距離比較）に要する時間は，生体高分子－リガンド分子の安定複合体構造を探索するための全所要時間のわずかに０．０１％程度である，と主張する。しかし，その具体的な裏付けはない。控訴人らは，領域当たりのダミー原子数を５０倍にしても，計算して比較すべき距離の数は２５００倍になるだけであり，全体の計算時間は２５％増えるにすぎない，と主張する。しかし，計算して比較すべき距離の数が２５００倍になれば，エネルギー極小化等の工程に要する計算時間も２５００倍になり，同工程に要する計算時間は全体の５０％を下らないはずであるから，全体の計算時間は１２５０倍となる。このような計算時間は実用的なものではない。
(ｲ)「リガンド分子」について
本件特許発明にいう「リガンド分子」とはリガンド分子全体のことである，と解釈すべきである。
(a)原判決は，「本件特許発明の第１工程は，ダミー原子とリガンド分子全体中の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅する場合のみならず，ダミー原子とリガンド分子の一部分の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅する場合をも包含する」（原判決３７頁９行～１２行）との判断に至る前提として，「生体高分子とリガンド分子との間に形成される水素結合の最小値１minと最大値１maxとを指定する。」（本件公報１３欄４３行～４４行）との本件明細書の記載に基づき，「そうすると，上記水素結合の数の最大値１maxによっては，たとえリガンド分子中のヘテロ原子であっても，水素結合性ヘテロ原子として選ばれない場合があり，その場合には，ダミー原子との対応づけにも含まれず，第１工程において水素結合様式を網羅する際にも考慮されない水素結合性ヘテロ原子が存在することになる。」（原判決３７頁４～８行）と判断している。しかし，原判決は，本件特許明細書の上記引用部分の意味を誤解している。「最小値１minと最大値１maxとを指定」される「生体高分子とリガンド分子との間に形成される水素結合の数」というのは，生体高分子とリガンド分子との間に形成される水素結合の数のことである。例えば，「生体高分子とリガンド分子との間に形成される水素結合の数」を３と指定した場合，すべてのダミー原子とすべての水素結合性ヘテロ原子を対象として，３本の水素結合が成立する組合せが網羅されるのである。したがって，「最小値１minと最大値１max」とをいかに「指定」しようが，すべてのダミー原子とすべての水素結合性ヘテロ原子とが組合せの候補として網羅されることには，何ら変わりない。このことは，本件明細書の「ダミー原子の数をｍ個，リガンド分子中に存在する水素結合性ヘテロ原子の数をｎ個とすると，ｉ個の水素結合を形成する対応関係（組合せ）の数Ｎ（ｉ）は，mPi×nCi（式中，Ｐは順列，Ｃは組合せを表す。）個となる。・・・１min≦ｉ≦１maxの関係を満たすすべてのｉについて，Ｓ１２～Ｓ３０のステップを繰り返す」（１４欄８行～１５行）との記載から明らかである。したがって，原判決の前記判断（原判決３７頁９行～１２行の判断）は，上記誤解から導かれたものであり，明白な誤りである。


(b)原判決は，本件明細書に，リガンド分子を水素結合性部分と非水素結合性部分とに分割する記載があることを根拠として，「本件特許発明の第３工程は，いったんリガンド分子の部分構造の座標を生体高分子の座標系に置き換えた後，最終的にリガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換えるような態様をも包含するものと解される。」（原判決３７頁２１～２４行）と判断した。しかし，原判決のこの判断も誤りである。
本件明細書においては，水素結合性ヘテロ原子とダミー原子との間の対応関係に基づいて配置及び配座を推定するのは水素結合性部分のみである。非水素結合性部分の配座を発生させる際には，もはや水素結合性ヘテロ原子とダミー原子との間の対応関係を考慮することはない。したがって，本件特許発明の第３工程は，いったんリガンド分子の部分構造の座標を生体高分子の座標系に置き換えた後，水素結合性ヘテロ原子とダミー原子との間の対応関係をもはや考慮することなくして最終的にリガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換えるような態様をも包含すると認められるとしても，座標変換に先立って再度リガンド分子（の残余のフラグメント）と生体高分子との相互作用に基づき配置及び配座を定めるような態様は包含していない。
(ｳ)水素結合のみを考慮することについて
本件特許発明は，「生体高分子－リガンド分子間相互作用」のうち，水素結合のみを考慮することを特徴とする。
原判決の「ロ号方法においては，（ア）水素結合のみならず，疎水相互作用をも考慮する・・・としても，それを根拠にして，ロ号方法が本件特許発明の技術的範囲に属しないということはできない。」（原判決３９頁２１行～２５行）との判断は誤っている。疎水性相互作用を考慮することの重要性は，乙第１１号証の第８図を見れば一目瞭然である。同図において緑色で示される疎水性相互作用の数からすれば，その考慮は決して単なる付加といえるものではない。一つ一つの疎水性相互作用の重要性が小さいとしても，大量の疎水性相互作用を考慮するかしないかが，ドッキング計算の正確性に大きな影響を与えることは自明である。原判決は，「ロ号方法においては，・・・（イ）水素結合性へテロ原子を０個または１個しか含まないリガンド分子を取り扱うことが可能であるとしても，それを根拠にして，ロ号方法が本件特許発明の技術的範囲に属しないということはできない。」（原判決３９頁２１行～２５行）と判断した。しかし，この判断は誤りである。原判決の「「ＦｌｅｘＸ」においても水素結合を疎水性相互作用よりもはるかに重要視している・・・疎水相互作用をも付加的に考慮できるようにしただけである」（原判決３９頁１２行～１８行）との判断も誤りである。疎水性リガンド，すなわち水素結合性ヘテロ原子を一つも含まないリガンド分子のドッキング計算を行う場合には，ロ号方法は水素結合様式を網羅しようがないのである。疎水性リガンドのドッキング計算が実用的な用途であることは，乙第７号証に示すとおり，論文に発表されていることからも明らかである。
(ｴ)ベクトル・テストについて
本件特許発明は，「ダミー原子間の距離と水素結合性ヘテロ原子間の距離とを比較する」（第２工程）ことのみによって，リガンド分子中の生体高分子への配置を推定することとし，他の要素の考慮を排除するものである原判決の，ロ号方法におけるベクトル・テストは単なる付加にすぎないとの判断は，ベクトル・テストの意義を軽視している点でも不当である。原判決は，ドッキング計算の方法には計算の精度とスピードのバランスが重要であることを理解していない。
(ｵ)構成要件Ｂの配置と配座の同時推定について
本件特許発明では「生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式」（配置）と「リガンド分子の水素結合性部分の配座」とが「同時に推定」されるのに対し，ロ号方法では，配座は距離の比較の前に選択される。原判決は，「ベース・フラグメントの配座が選択された時点では，等しい原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せの探索はまだ行われていないから，この時点では配座が推定されたものということはできない」（原判決４２頁２～５行）と判断した。しかし，原判決はMIMUMBA　Library（データベース）を利用して複数の配座のベース・フラグメントをあらかじめ発生させるというロ号方法の独自性を不当に軽視している。また，原判決は，配置と配座の推定作業を同時に行うことと，配置の推定結果と配座の推定結果とが出そろう時点がいつかという問題とを混同している。本件特許発明の構成要件となっているのは，配置と配座の推定作業を同時に行うということである。これに対し，ロ号方法においては，配置と配座の推定作業が同時に行われることはない。ロ号方法においては，ベース・フラグメント選択の段階でMIMUMBA　Libraryを利用するため，その配座はあらかじめ固定されており，その後にハッシュ表等を利用して配置が推定される。そして，ベース・フラグメントの配置と配座とが出そろうのが，時間的に後になる配置の推定結果の出た時点であるというにすぎない。したがって，原判決は，この点でも誤っている。
(ｶ)ダミー原子と水素結合性ヘテロ原子の組合せの網羅と距離の比較の順序
について
本件特許発明は，構成要件Ａで，生体高分子中の水素結合性領域におけるダミー原子と，リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との対応付けを組合せ的に網羅し，その後に，構成要件Ｂで，ダミー原子間の距離と水素結合性ヘテロ原子間の距離との比較を行うことが必須要件とされている。これに対し，ロ号方法では，あらかじめ生体高分子側相互作用点２点間の距離計算を行いハッシュ表を作成するため，組合せのＤＯループをセットする前に，距離の比較を開始しているのであり，組合せを網羅することはしていないし，組合せを網羅した後に距離の比較を行うという工程も採用していない。ロ号方法は，この点でも，本件特許発明の技術的範囲から外れている。
(ｷ)構成要件Ｃの座標系の置き換えについて
ロ号方法では，ベース・フラグメントの生体高分子の座標系への変換を行い（ロ号物件目録３（１）（ｖｉｉｉ）），その他のフラグメントの座標系への変換は，その後に一つずつ行われ（同４（２）），これが繰り返される（同４（４））。ロ号方法においては，ダミー原子と水素結合性ヘテロ原子との対応関係に基づいて座標変換するとしても，フラグメント単位で行われており，「リガンド分子の全原子の座標系を生体高分子の座標系に置き換える」との構成要件Ｃを充足しない。
(2)権利濫用の抗弁


原判決の本件特許発明の構成要件の解釈を前提とする限り，本件特許には次のとおり明白な無効理由がある。原判決の構成要件の解釈を前提とするならば，控訴人らの本件特許に基づく請求は権利の濫用である。(ｱ)本件特許発明は，乙５文献に記載された，生体高分子とリガンドとの複合体の構造を解析する，ＬＵＤＩ（プログラム）と実質的に同一の発明であり，特許法２９条１項３号の規定に該当し，特許を受けることができないものである。
(a)構成要件Ａについて
ＬＵＤＩにおいては，たんぱく質原子をＨ供与性，Ｈ受容性，アロマティック及びアリファティックの四つのカテゴリーにクラス分けし，それぞれの原子について潜在的な相互作用部位を発生させるものとされている（乙第５号証訳文５頁２行～８行，以下乙第５号証を引用する場合には訳文のページにより示す。）。「Ｈ供与性」原子及び「Ｈ受容性」原子は，本件特許発明の「生体高分子中に存在する水素結合性官能基」に該当する。なお，本件特許発明においては，アロマティック及びアリファティック原子については解析しない。ＬＵＤＩにおける「相互作用部位」とは，空間中の点であり，酵素には占有されず，阻害剤（分子フラグメントに当たる。）の官能基の原子が酵素と好ましい相互作用をすることができる場所である（３頁８行～９行）。ＬＵＤＩにおける相互作用部位は，一定の規則に基づいて相互作用部位を定めるアプローチ，低分子の結晶構造からの統計データを利用する方法，又は，別の構造解析ソフトウエアであるＧＲＩＤの出力を利用する方法により発生する（同５頁９行～１３行）。一定の規則に基づくアプローチをとる場合には，相互作用部位は，酵素の原子から一定の規則に基づく幾何学的条件によって配置される（同５頁１４行～２４行）。この相互作用部位は，阻害剤の官能基の原子が存在し得る領域をそれぞれ代表する１点であり，「水素結合の相手となり得るヘテロ原子の位置に設定したダミー原子」に相当する。本件特許発明においても，本件明細書に「このステップは，まず，Ｓ６で算出した三次元格子点の水素結合性に基づいて，Ｓ７で選択した格水素結合性官能基（判決注・各水素結合官能基の誤記）と水素結合を形成し得る領域（以下，「水素結合性領域」という。）を決定し，次いで，水素結合性領域内でかつ，他の原子のファンデルワールス半径外に，適当な数，例えば５～２０個の三次元格子点が存在する水素結合性領域を構成する三次元格子点の中心にダミー原子を配置することにより行うことができる。」（本件公報１３欄１行～８行）と記載されており，ダミー原子は，水素結合という相互作用を行い得る領域の中心にある点である。
ＬＵＤＩにおいては，低分子の分子フラグメントを相互作用部位と適合させる。このステップは，本件特許発明の第１工程における「ダミー原子とリガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅」するステップに相当する。ＬＵＤＩにおいては，分子フラグメントを用いて相互作用部位との適合を行っており，リガンド分子の全体を用いていないため，本件特許発明の「組合せ的に網羅」する点は記載されていないと解釈することもできる。しかしながら，原判決は，この点について，「本件特許発明の第１工程は，ダミー原子とリガンド分子全体中の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅する場合のみならず，ダミー原子とリガンド分子の一部分の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅する場合をも包含するものと解される。」（原判決３７頁９～１２行，下線は被控訴人による）と判断している。本件特許発明の第１工程における「組合せ的に網羅」との用語をこのように解釈するのであれば，ＬＵＤＩには，「ダミー原子とリガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅」することが開示されている。したがって，ＬＵＤＩの上記構成は，本件特許発明の構成要件Ａと一致する。
(b)構成要件Ｂについて
本件特許発明の「前記のダミー原子間の距離と前記の水素結合性ヘテロ原子間の距離を比較することにより」との構成については，乙５文献には，「距離を判定基準として，分子フラグメントと適合するような適切なペア，３つ組，あるいは４つ組を相互作用部位のリストから検索する。適切な相互作用部位を選ぶのに用いられる判定基準は，相互作用部位間の距離の２乗Rij2に基づいている。」


（乙第５号証９頁１１行～１３行）と記載されている。本件特許発明の「生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する第２工程」については，次のとおりである。本件明細書には，第２工程に対応する部分に関して，「Ｓ１４で得られたダミー原子の原子間距離と，Ｓ１８で得られた，対応するリガンド分子中の水素結合性へテロ原子の原子間距離との差の２乗の和であるＦの値が一定の範囲以上となるリガンド分子の配座を除去する（Ｓ１９）。このステップにより，生体高分子とリガンド分子の水素結合様式及びリガンド分子の配座の可能性を効率的に網羅することができる。」と記載されている（本件公報１５欄８行～１４行）。これに対し，乙５文献には「全てのフラグメントは剛体として扱われる。しかし，内部の柔軟性はライブラリ中に一つのフラグメントについて幾つかの配座を含めておくことで扱える（乙第５号証１０頁２５行～２６行）」と記載されている。すなわち，ＬＵＤＩにおいては，最初に種々の配座の分子フラグメントが選択され，各分子フラグメントは剛体として扱われ，その後に分子フラグメントの配置を求めることが行われる。したがって，乙５文献には，本件特許発明の「同時に推定」する点は記載されていないと解釈することもできる。しかしながら，この解釈に関して，原判決は，ＬＵＤＩプログラムと同様に複数の配座のフラグメントをそれぞれ剛体として扱うロ号方法について，「ロ号方法においては，まず，MIMUMBA　Libraryというデータベースに基づきベース・フラグメントの配座が選択され，そして，その後に，ハッシュ表を用いた距離の比較やベクトル・テスト等の工程を経て所定の条件を満たしたものが解として得られるという探索方法をとっていることが認められる。・・・ベース・フラグメントの配座が選択された時点では，等しい原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せの探索はまだ行われていないから，この時点では配座が推定されたものということはできない。ロ号方法において配座が推定されるのは，ハッシュ表を用いた距離の比較やベクトル・テスト等の工程を経て所定の条件を満たしたものが解として得られた段階であり，この段階で，生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式（配置）及びリガンド分子の水素結合性部分の配座が同時に推定されることになる。」（原判決４１頁１９行～４２頁９行）と判断している。すなわち，原判決は，配置と配座と同時に推定することには，あらかじめ種々の配座の分子フラグメントを選択し，次にそれぞれについて配置を求めることも包含されると解釈している。本件特許発明における「同時に推定」との用語をこのように解釈すれば，乙５文献には，「生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する」ことが記載されていることになる。
したがって，原判決の上記解釈の下では，ＬＵＤＩの上記構成は，本件特許発明の構成要件Ｂと一致する。
(c)構成要件Ｃについて
本件特許発明の構成要件Ｃの「第２工程で得られた水素結合様式と配座毎に，リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子とダミー原子との対応関係に基づいてリガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換えることにより生体高分子－リガンド分子の複合体構造を得る第３工程」における座標系の置き換えに関しては，本件明細書には，リガンド分子の原子座標を生体高分子の座標系に置き換えるためには，Kabshの最小二乗法（W.Kabsh,Acta   Cryst.,A321,922(19764),W.Kabsh,   ActaCryst.,A34,   827(1978)）を用いることができることが記載されている（本件公報第１６欄第３行～１９行）。一方，乙５文献には，「分子フラグメントの適合は，Kabschにより発表されたアルゴリズム[24]を用いた平方二乗根（ＲＭＳ）重ね合わせによって行われる。」（乙第５号証９頁１８行～１９行）と記載され，さらに，「ここでもKabschアルゴリズム[24]が最小二乗重ね合わせに用いられる。プログラムは，全てのフラグメントを１個の分子に融合させることを試みる。」とも記載されている（１１頁１１行～１２行）。
ＬＵＤＩにおいては，分子フラグメントの座標が変換されるのに対し，本件特許発明の第３工程においてはリガンド分子の全原子の座標が変換される点が一応相違する。しかし，この点に関して，原判決には，「本件特許発明の第３工程は，いったんリガンド分子の部分構造の座標を生体高分子の座標系に置き換えた後，最終的にリガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換えるような態様をも包含するものと解される。」（原判決３７頁２１行～２４行）」と判断しており，これによれば，乙５文献に記載される分子フラグメントの適合の態様も本件特許発明の第３工程に包含されると解釈し得るのである。　したがって，原判決の上記解釈の下では，ＬＵＤＩの上記構成は，本件特許発明の構成要件Ｃと一致する。
(d)構成要件Ｄについて
本件特許発明の構成要件Ｄの「を含む生体高分子－リガンド分子の安定複合体の構造を探索する方法。」について，本件明細書には，生体高分子が，「細胞間のシグナル伝達に関与する薬理学的受容体だけでなく，酵素，サイトカインたんぱく質その他のたんぱく質，及びそれらを主成分とする複合体，核酸を含む」こと，及び，リガンド分子が，「これらの生体高分子に結合する低分子量の化合物分子」であることが記載されている（本件公報４欄１２行～２４行）。乙５文献には，その要約において，「低分子を蛋白質構造の溝（例えば酵素の活性部位）に対し，酵素との間に水素結合が形成され疎水性ポケットが疎水性原子団で埋まるように配置する，新たなコンピュータプログラムを示す。」（乙第５号証１頁６行～７行）と記載されている。また，乙５文献には，ジヒドロ葉酸還元酵素とその阻害剤であるメトトレキセートのドッキングを行った例と（同１２頁１０行～１６頁１行），トリプシンとベンザミジンのドッキングを行った例が記載されている（同１６頁２行～末行）。これらの例では，メトトレキセート又はベンザミジンが，所与のリガンド分子として設定されているのであり，ＬＵＤＩを生体高分子－リガンド分子の安定複合体構造の探索（ドッキング）に利用した例が記載されている。
したがって，ＬＵＤＩの上記方法は，本件特許発明の構成要件Ｄと一致する。


(ｲ)本件特許発明は，仮にＬＵＤＩと同一でないとしても，ＬＵＤＩに基づき，当業者が容易に発明をすることができたものであり，特許法２９条２項の規定に該当し，特許を受けることができないものである。
(a)本件特許発明の構成要件Ａ，Ｂ及びＣに関して，乙５文献にそれぞれに対応する構成要件が記載されていることは，上述のとおりである。(b)本件特許発明は，その構成要件Ｄに明記されているように，生体高分子と所与のリガンド分子との安定複合体の構造を探索する方法であるのに対し，ＬＵＤＩは，いわゆるdenovo設計（新規設計）の方法である点において相違するとしても，denovo設計プログラムを所与のリガンドに適用することは，当業者であれば容易に思いつくことができたことである。すなわち，ＬＵＤＩは，ライブラリ（データベース）から選択された分子フラグメントをたんぱく質構造の溝（例えば酵素の活性部位）に対して，酵素との間に水素結合が形成されるように配置するdenovo設計プログラムであるとはいえ，ライブラリからフラグメントを選択する代わりに，所与のリガンド分子について，その中の一部の構造を分子フラグメントとして扱い，denovo設計プログラムを適用することによって，たんぱく質の相互作用部位に分子フラグメントを適合させてリガンド分子を逐次構築していくことは，当業者が通常行ってきたことである。例えば，乙５文献には，ジヒドロ葉酸還元酵素とその阻害剤であるメトトレキセート，並びにトリプシンとベンザミジンのドッキングを行った例が記載されている。したがって，ＬＵＤＩを用いて生体高分子とリガンドとの複合体の構造を解析することは，当業者が容易に想到することができたことである。
第４　当裁判所の判断
当裁判所は，控訴人らの本訴請求は理由があると判断する。その理由は，次のとおりである。
１　専用実施権が設定されている場合における特許権者による侵害の停止又は予
防の請求の可否について
控訴人Ａは，本件特許権を有し，控訴人株式会社医薬分子設計研究所は，控訴人Ａから，本件特許権について，範囲を全部，地域を日本全国，期間を特許権の存続期間全部とする専用実施権の設定を受けている（争いがない。）。原判決は，特許法１００条に基づく権利は，特許発明を独占的に実施する権利を全うさせるために認められたものであるから，専用実施権を設定したことにより実施権を有しない特許権者については，その行使を認めることができない，また，その権利の行使を認めるべき実益もない，と判断した。しかし，特許法１００条は，明文をもって「特許権者又は専用実施権者は，自己の特許権又は専用実施権を侵害する者又は侵害するおそれがある者に対し，その侵害の停止又は予防を請求することができる。」と規定している。しかも，専用実施権を設定した特許権者にも，次のとおり，上記権利を行使する必要が生じ得るのであり，上記権利の行使を認めないとすると，不都合な事態も生じ得る。これらのことからすれば，専用実施権を設定した特許権者も，特許法１００条にいう侵害の停止又は予防を請求する権利を有すると解すべきである。専用実施権を設定した特許権者といえども，その実施料を専用実施権者の売上げを基準として得ている場合には，自ら侵害行為を排除して，専用実施権者の売上げの減少に伴う実施料の減少を防ぐ必要があることは明らかである。特許権者が専用実施権設定契約により侵害行為を排除すべき義務を負っている場合に，特許権者に上記権利の行使をする必要が生じることは当然である。特許権者がそのような義務を負わない場合でも，専用実施権設定契約が特許権存続期間中に何らかに理由により解約される可能性があること，あるいは，専用実施権が放棄される可能性も全くないわけではないことからすれば，そのときに備えて侵害行為を排除すべき利益がある。そうだとすると，専用実施権を設定した特許権者についても，一般的に自己の財産権を侵害する行為の停止又は予防を求める権利を認める必要性がある，というべきである。
２　争点１（差止請求の対象物の特定及びその内容）について控訴人らが，当審において一部訂正したロ号物件目録及び原審における被控訴人のロ号物件目録に対する認否・反論（原判決５頁下から３行～７頁２行）によれば，本判決添付の別紙ロ号物件目録について争いがあるのは，３(1)（ⅲの２）と同（ⅳ）の一部のみであり，その余は，当事者間に争いがない。この争いがある部分については，後に判断する。
３　争点２（ロ号方法は本件特許発明の技術的範囲に属するか）について(1)本件特許発明の概要（甲第２号証（本件公報））本件特許発明は，医薬，農薬等の構造設計に利用できる，生体高分子とリガンド分子との安定複合体構造の探索方法に関するものである。本件特許発明は，生体高分子に安定して結合する低分子量の化合物分子（薬物分子，酵素の基質，阻害剤等）であるリガンド分子を探索する方法であり，生体高分子に対するリガンド分子の結合様式とリガンド分子の活性配座を同時に探索することを目的としたものである。すなわち，本件特許発明は，生体高分子とリガンド分子との間の相互作用として，水素結合，静電相互作用，ファンデルワールス力を考慮して安定複合体の結合様式を探索すると同時に，リガンド分子の活性配座を探索することにより，任意のリガンド分子を生体高分子のリガンド結合領域に自動的にドッキングさせる方法を開発したものである。（本件公報４欄６行～６欄３１行参照）本件特許発明の特許請求の範囲（本件明細書の【請求項１】）は，次のとおりである。
「（１）生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手となり得るヘテロ原子の位置に設定したダミー原子とリガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅することにより，生体高分子－リガンド分子間の水素結
合様式を網羅する第１工程，
（２）前記のダミー原子間の距離と前記の水素結合性ヘテロ原子間の距離を比較することにより，生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する第２工程，及び（３）第２工程で得られた水素結合様式と配座毎に，リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子とダミー原子との対応関係に基づいてリガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換えることにより生体高分子－リガンド分子の複合
体構造を得る第３工程


を含む生体高分子－リガンド分子の安定複合体の構造を探索する方法。」（上記特許請求の範囲における「生体高分子とは，生体に見出される高分子・・・である。水素結合性官能基は，水素結合に関与すると考えられる官能基及び原子を含む概念である。水素結合性ヘテロ原子とは，リガンド分子中に存在する水素結合性官能基を構成するヘテロ原子をいうものとする。水素結合性部分とは，リガンド分子の構造のうち，ダミー原子と対応づけられる水素結合性ヘテロ原子を含む構造部分をいうもの」（本件公報８欄２１行～３１行）である。）。(2)本件特許発明の上記特許請求の範囲を，「発明を実施するための最良の形態」（本件公報９欄１６行，以下「最良実施例」ともいう。）に基づいて具体的に説明すれば，次のとおりである（甲第２号証）。
(ｱ)構成要件Ａについて（本件公報９欄１６行～１４欄２５行）①　生体高分子の原子座標等を入力し，生体高分子中の水素結合性官能基を構成するヘテロ原子について水素結合番号を付加する。（Ｓ１～Ｓ４。ただし，「Ｓ」は，本件明細書に記載されているもので，ステップの略語である。以下同じ。）
②　生体高分子の任意の部分（リガンド結合ポケット等）を含む領域を，目的に応じて，リガンド結合領域として指定する。（Ｓ５）③　リガンド結合領域内に，０．３～２．０Å，好ましくは，０．３～０．５Åの一定間隔で，三次元格子点を発生させる。各格子点上にプローブとなる原子があると仮定して，所定の式で計算して得られる，生体高分子とプローブ電子との間に働くファンデルワールス相互作用エネルギー及び静電相互作用エネルギー，並びに，水素結合性等の物理化学的情報を各格子点情報とする。（Ｓ６）④　生体高分子中の水素結合性官能基でリガンド結合領域に存在するものの中から，リガンド分子と水素結合を形成することが予想されるものを選択する。
（Ｓ７）
⑤　各水素結合性官能基に対して「ダミー原子」を設定する。水素結合性領域内で，かつ，他の原子のファンデルワールス半径外に，適当な数，例えば５～２０個の三次元格子点が存在する水素結合性領域を構成する三次元格子点の中心に，ダミー原子を配置することにより行うことができる。（Ｓ８）⑥　リガンド分子を構成する原子について，原子名，原子座標，電荷，及び，その原子が水素結合性ヘテロ原子の場合には水素結合番号等を入力する。（Ｓ９）
⑦　生体高分子とリガンド分子とが形成する水素結合の数の最小値と最大値を指定する。（Ｓ１０）
⑧　リガンド分子について，配座すなわちねじれ回転が可能な結合とその回転の様式を入力する。（Ｓ１１）
⑨　ダミー原子とリガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との間に対応関係を付ける。この場合，ダミー原子とリガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子の可能な組合せをすべて選択する。（Ｓ１２）
以上のとおり，本件特許発明の構成要件Ａは，「生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手となり得るヘテロ原子の位置に設定したダミー原子」（Ｓ８）と「リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子」（Ｓ９）との「対応づけを組合せ的に網羅することにより，生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式を網羅する第１工程」（Ｓ１２）である（ただし，括弧内のＳ８，Ｓ９等の記載は，構成要件中の各構成に対応する最良実施例中のステップを説明の便宜上付したものであり，構成要件中の各構成を最良実施例の各ステップのものに限定する趣旨ではない。）。
(ｲ)構成要件Ｂについて（本件公報１４欄２５行～１５欄２５行）①　上記（Ｓ１２）で対応関係を付けたダミー原子とリガンド分子の水素結合性ヘテロ原子との組合せの一つを選択し（Ｓ１３），各ダミー原子間の距離を算出する（Ｓ１４）。
②　リガンド分子を水素結合性部分と非水素結合性部分に分割する（Ｓ１５）。（判決注・この最良実施例における「分割」の意味は，第２工程においては，水素結合性部分にのみ注目し，非水素結合性部分については，考慮しなくてよいとの意味であり，非水素結合性部分を切り離すという意味ではない。すなわち，仮に，切り離すという意味であるとすると，後に，非水素結合性部分を水素結合性部分に接続する工程が必要となるのに，そのような工程は，最良実施例においては，存在しない。）
③　リガンド分子の水素結合性部分について，ねじれ回転が可能な結合とその回転の様式を選択し（Ｓ１６），Ｓ１１で指定した回転様式に従って回転させることによって，リガンド分子の配座を順次生成させ（Ｓ１７），生成した配座毎に以後のステップを繰り返す。
④　Ｓ１７で生成した配座について，Ｓ１３で選択した組合せに含まれるリガンド分子中の各水素結合性ヘテロ原子の原子間距離を算出する（Ｓ１８）。⑤　Ｓ１４で得られたダミー原子の原子間距離と，Ｓ１８で得られた，対応するリガンド分子中の各水素結合性ヘテロ原子の原子間距離との差の二乗の和であるＦの値が一定の範囲以上となるリガンド分子の配座を除去する（Ｓ１９）。以上のとおり，本件特許発明の構成要件Ｂは，「前記のダミー原子間の距離と前記の水素結合性ヘテロ原子間の距離を比較することにより，生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する第２工程」（Ｓ１９）である。
(ｳ)構成要件Ｃについて（本件公報１６欄１３行～１８欄９行）①　上記のステップで得られた配座を有するリガンド分子の水素結合性ヘテロ原子の座標と，対応するダミー原子の座標とが一致するように，リガンド分子の原子座標を生体高分子の座標系に置き換える（Ｓ２２）。②　生体高分子とリガンド分子の水素結合性部分との分子間相互作用エネルギー及びリガンド分子の水素結合性部分についての分子内エネルギーを算出する（Ｓ２３）。
③　Ｓ２３で算出された分子間相互作用エネルギーと分子内エネルギーとの和が一定値以上となったリガンド分子の配座を除去する（Ｓ２４）。④　リガンド分子の非水素結合性部分のねじれ回転が可能な結合を，Ｓ１１で指定した回転様式に従って回転させることによって，リガンド分子の配座を順次生成させる（Ｓ２６）。


⑤　生体高分子とリガンド分子との分子間相互作用エネルギー及びリガンド分子の分子内エネルギーを算出し（Ｓ２７），その和が一定値以上となったリガンド分子の配座を除去する（Ｓ２８）。
⑥　リガンド分子全体の構造を最適化し（Ｓ２９），生体高分子の配座を変化させて，生体高分子－リガンド分子の複合体構造を最適化する（Ｓ３０）。公開されている既知のエネルギー極小化計算プログラムＡＭＢＥＲを用いる。以上のとおり，本件特許発明の構成要件Ｃは，「第２工程で得られた水素結合様式と配座毎に，リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子とダミー原子との対応関係に基づいてリガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換えることにより生体高分子－リガンド分子の複合体構造を得る第３工程」（Ｓ２２）である。なお，上記②ないし⑥の工程は，本件明細書の「請求項３」に発明特定事項として記載されている。これらの工程は，本件特許発明（請求項１）には，発明特定事項としては記載されていない。しかし，同発明がこれらの工程を含むものをその対象から除外しているわけではないことは明らかである。
(ｴ)構成要件Ｄについて
本件特許発明は，上記第１ないし第３工程「を含む生体高分子－リガンド分子安定複合体の構造を探求する方法。」である。
(3)本件特許発明の技術的範囲に関する被控訴人の主張について
(ｱ)「ダミー原子」について
(a)被控訴人は，本件特許発明の「ダミー原子」は，生体高分子の水素結合性領域を構成する三次元格子点の中心に１個だけ配置されるものである，と主張する。
しかし，本件特許発明を特定する特許請求の範囲に，同発明における「ダミー原子」が何であるかを述べるものとして記載されているのは，「生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手となり得るヘテロ原子の位置に設定したダミー原子」だけであり，これ以外にない。そして，「ダミー原子」がその位置に存在すると仮定した架空の原子という意味の用語であることは，当業者にとって自明の事項である（弁論の全趣旨）。そうだとすると，本件特許発明の「ダミー原子」とは，その特許請求の範囲に記載されたとおり，「生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手となり得るヘテロ原子の位置に設定した」架空の原子のことであり，「生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手となり得るヘテロ原子の位置に設定した」架空の原子であるものはすべてこれに含まれる，と解すべきであり，これを水素結合性領域を構成する三次元格子点の中心に１個配置されるものと限定して解釈すべき理由はないというべきである。確かに，本件明細書には，「水素結合性領域内で，かつ，他の原子のファンデルワールス半径外に，適当な数，例えば５～２０個の三次元格子点が存在する水素結合性領域を構成する三次元格子点の中心にダミー原子を配置することにより行うことができる。」（本件公報１３欄４行～８行）との記載がある。しかし，上記記載は，本件明細書の「発明を実施するための最良の形態」中の記載であり，いわば，最良実施例についての説明にすぎない。そうである以上，本件特許発明の「ダミー原子」を，最良実施例の構成のものに限定して解釈すべき根拠が認められない限り，本件特許発明の「ダミー原子」を被控訴人主張のものに限定して解釈することはできないことが明らかである。しかし，上記根拠は，本件全証拠を検討しても見いだすことができない。本件特許発明においては，生体高分子中の，水素結合性領域を構成する複数の三次元格子点の任意の箇所に任意の個数だけ架空の原子を設定した場合も，これらをそれぞれ本件特許発明の「ダミー原子」と解することができるというべきである。(b)被控訴人は，本件明細書の上記記載や控訴人Ａの発表論文（乙第４号証訳文７頁１４～１６行）を参照すれば，控訴人らが「ダミー原子」は水素結合性領域に一つだけ設定されるものであると考えていたことが明らかである，と主張する。しかし，本件明細書の記載が本件特許発明の最良実施例についての記載にすぎないことは上記のとおりである。また，本件特許出願の明細書でもなく，出願経過の書類でもない，控訴人Ａの発表論文を，本件特許発明の技術的範囲の解釈の資料とすることも相当ではない。被控訴人の上記主張は採用することができない。(c)被控訴人は，本件特許発明においては，各水素結合性領域ごとにダミー原子を一つとしたために，特許請求の範囲に記載された三つの工程の後に，エネルギー極小化等の工程が必要となり，ＡＭＢＥＲ４．０という市販の別のソフトウエアを使用して，エネルギーが一定値以上である配座を排除することにより，真の解を得ている，これに対し，ロ号方法では，一つの領域に数十の生体高分子側相互作用点をあらかじめ設定することにより，エネルギー極小化の工程等を大幅に削減することができたのである，と主張する。
しかし，被控訴人の上記主張は，本件特許発明の「ダミー原子」が，生体高分子中の各水素結合性領域に１個だけ配置されると限定して解釈することを前提としたものであり，そのように解釈することができないことは上記のとおりである以上，本件において意味のないものという以外にない。被控訴人は，ロ号方法では，一つの領域に数十の生体高分子側相互作用点をあらかじめ設定することにより，正確にかつ厳密な推定をすることができる，とも主張する。しかし，これまた，本件特許発明の「ダミー原子」が，生体高分子中の各水素結合性領域に１個だけ配置されると限定して解釈することを前提にするものであり，本件において意味を持たないことが明らかである。のみならず，本件特許発明の最良実施例のように，水素結合性領域にダミー原子を一つ設定したものにおいても，ダミー原子の組合せとリガンド分子の水素結合性ヘテロ原子の組合せのそれぞれにより生じる各図形の間に略合同の関係が認められるか否かを判断するときの誤差の許容値の設定を適宜調整することにより，適切な配置，配座となり得るリガンド分子を漏らさず補足することが可能なことは明らかである。本件特許発明の最良実施例において，数十の生体高分子側相互作用点を設定するロ号方法と，その精度において有意な差異が生じないようにすることは，単なる設計的事項にすぎないものというべきである。


本件特許発明は，前記のとおり，生体高分子の水素結合性領域において安定して結合するリガンド分子を探索するために，その水素結合等に注目し，生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手となり得るヘテロ原子の位置に設定したダミー原子の間の距離と，リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子の間の距離を比較するのと同時に，リガンド分子の活性配座を推定することに，その発明としての中核的な技術思想があるのであり，ダミー原子自体は，必須のものではあるものの，その個数は，本件特許発明の上記技術思想と直接には関係しないのである。
(d)被控訴人は，そのほか，ロ号方法では，ベクトル・テストを実施するために，数十の生体高分子側相互作用点を設定することが必須となる，と主張する。しかし，ロ号方法においてベクトル・テストを実施することは，本件特許発明との対比において単なる付加にすぎない，と解すべきことは後記のとおりであり，このことが「ダミー原子」の解釈に影響を与えることはない。被控訴人は，ダミー原子の数を増加させると，計算時間が膨大なものとなり，実用的ではない，とも主張する。しかし，本件特許発明の最良実施例について，水素結合性領域におけるダミー原子の数を１個から複数個に変えた場合を仮定してみても，計算時間が膨大なものとなり，実用的なものではなくなることを認め得る証拠はない（現に，ロ号方法においても，ロ号物件目録３（１）（ⅴⅰⅰ）において，ベース・フラグメントの生体高分子に対する配置を，その類似性によりグループ分けし，各グループごとに，そのグループを代表する配置のものに絞っているのである。）。
(e)以上からすれば，本件特許発明の「ダミー原子」には，生体高分子の水素結合性領域の中心に１個だけ配置されたものも，複数の個数配置されたものも含まれるというべきであり，これを１個のものに限定すべきであるとする被控訴人の主張は採用することができない。
(ｲ)「リガンド分子」について
被控訴人は，本件特許発明の構成要件Ａ，Ｂ及びＣにいう「リガンド分子」とは，いずれも「リガンド分子」全体のことである，と解釈すべきである，と主張する。
しかし，本件特許発明の構成要件Ａの「ダミー原子とリガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅する」を充足するには，「リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との対応づけ」を網羅すれば足りるのであるから，上記要件は，リガンド分子中の水素結合性部分についてのみ規定しているものであり，リガンド分子中の非水素結合性部分については何も規定していない，というべきである。したがって，構成要件Ａの第１工程において，リガンド分子全体が接続されたものが必ず必要であるとまでいうことはできない。本件特許発明の構成要件Ｂの「前記のダミー原子間の距離と前記の（リガンド分子の）水素結合性ヘテロ原子間の距離比較することにより，生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する第２工程」におけるリガンド分子についても，ここで問題となるのは，その水素結合性ヘテロ原子間の距離と「生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座」であり，この第２工程の段階においても，規定されているのはリガンド分子の水素結合性部分についてのみであり，リガンド分子の非水素結合性部分については何も規定していないということができる。したがって，この段階でも，リガンド分子全体が接続されていることが必ず必要であるとまでいうことはできない。本件特許発明の最良実施例においても，リガンド分子を水素結合性部分と非水素結合性部分に分離して（Ｓ１５，ただし，この「分離」とは，水素結合性部分にのみ注目し，非水素結合性部分については，考慮しなくてよいと意味であり，非水素結合性部分を切り離すという意味ではないことは，前記のとおりである。），その後，水素結合性部分のみについて，配座を順次発生させ，水素結合性ヘテロ原子の原子間距離を算出し，「生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する」（構成要件Ｂ）ことは，上記のとおりである。本件特許発明の構成要件Ｃは，「リガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換える」ものであるから，この第３工程の最終段階については，リガンド分子全体が接続されていることが必ず必要となることが明らかである。
(4)ロ号方法の概要と本件特許発明との対比
ロ号物件目録中の争いがない部分及び弁論の全趣旨によれば，ロ号方法は，次のとおりのものである。
(ｱ)構成要件Ａに対応するロ号方法の工程
(a)ベース・フラグメントの選択
ロ号物件では，まず初めに，リガンド分子全体を，ベース・フラグメントとその他の複数のフラグメントに分割する。ベース・フラグメントの分割に当たっては，水素結合・塩橋・疎水相互作用等の相互作用を考慮する。水素結合・塩橋のウエイトを疎水性相互作用の１００倍以上とすることにより，水素結合・塩橋に関与する原子をより多く含む部分が優先的にベース・フラグメントとして選ばれる（ロ号物件目録２）。
(b)ベース・フラグメントの配置
生体高分子中の相互作用可能な各原子につき，数十の点により近似的に表現される相互作用面を設定する。ここでいう相互作用面とは，相互作用の相手となる原子が存在することの可能な領域を経験的に推定したもので，生体高分子中の相互作用可能な原子からの距離と角度の条件により定義される球面・錐面・部分錐面等の様々なタイプからなる。相互作用面には，水素結合・塩橋・疎水性相互作用の種類がある（同３(1)(ⅰ)）。


(c)生体高分子中の相互作用可能な原子につきそれぞれ設定される相互作用面を構成する前記各数十の点（単に「生体高分子側相互作用点」ともいう。）すべてを含むすべての２点の組合せの表が作成される。この表は，すべての２点の距離を計算してその計算値によって整理された表（ハッシュ表）である。この表を利用することにより，特定の原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せをすべて直接選び出すことが可能になる（同３（１）（ⅰⅰⅰ））。(d)ベース・フラグメント中の相互作用可能な全原子を選択し，ベース・フラグメントの可能な配座を列挙する（同３（１）（ⅰⅰⅰの２））。（この点については争いがある。被控訴人は，この記載は削除すべきである，仮に，複数の配座のベースフラグメントを列挙する旨をロ号物件目録に記載する必要があれば，「ベース・フラグメントの配置」の工程ではなく，それに先立つ「ベース・フラグメントの選択」の工程に，「３０個以下の配座を持つ４個までのベースフラグメントのセットが選択される。」旨を追加すべきである，と主張する（原判決６頁９行～１３行）。しかし，ロ号物件目録３（１）（ⅳ）（争いがない部分である。）記載のとおり，ロ号方法においては，「選択された各ベース・フラグメントの各配座，及び,ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せについて，前記組合せ表（ハッシュ表）を利用して等しい原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せを探索する」のであるから，「等しい原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せを探索する」前に，「選択された各ベース・フラグメントの各配座，及び,ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せ」を網羅していることは明らかである。被控訴人の上記の指摘も，配座の個数とベース・フラグメントの個数の最大値を明記すべきであるとの主張であり，同目録３（１）（ⅰⅰⅰの２）の記載内容自体を争うものではない，と解することができる。そして，配座の個数の最大値の設定等は，本件特許発明との対比において必要な事項と解することもできないから，これを目録中に記載する必要はない。そうである以上，本件においては，控訴人らの主張のとおり，上記のようにロ号方法を認定するのが相当である。）
(ｲ)構成要件Ａとロ号方法との対比
(a)ロ号方法は，生体高分子中の相互作用可能な各原子につき，数十の生体高分子側相互作用点により近似的に表現される相互作用面を設定するものであり，この相互作用の主要なものは，水素結合であるから，ロ号方法の相互作用面上の数十の生体高分子側相互作用点は，構成要件Ａの「生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手となり得るヘテロ原子の位置に設定したダミー原子」に相当する。
(b)ロ号方法では，生体高分子側相互作用点のすべてを含むすべての２点の距離を計算してその計算値によって整理されたハッシュ表が作成され，この表により，特定の原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せをすべて選び出すことが可能になる。ロ号方法では，ベース・フラグメント中の相互作用可能な全原子を選択し，ベース・フラグメントの可能な配座を列挙する（なお，配座の数の最大値を３０個以下とすることは前記のとおりである。）。ロ号方法では，これにより，後述のとおり，ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せについて，これと等しい原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せを探索することが行われるのであるから，その探索の前に，生体高分子相互作用点とベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せを網羅しているものということができる。したがって，ロ号方法は，「ダミー原子とリガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅することにより，生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式を網羅する第１工程」との構成を具備しているものと認められる。
(c)被控訴人は，本件特許発明の「ダミー原子」は，生体高分子中の各水素結合性官能基の各水素結合可能領域につき１個ずつ設定されるものであるから，ロ号方法の数十の生体高分子側相互作用点は「ダミー原子」には該当しない，と主張する。しかし，本件特許発明の「ダミー原子」についての同主張を採用し得ないことは前記のとおりである。ロ号方法における数十の生体高分子側相互作用点は，正に「生体高分子中の水素結合性官能基の水素結合の相手となり得るヘテロ原子の位置に設定した」ものであり，これを「ダミー原子」ではないとする理由はない。この点と関連して，数十の生体高分子側相互作用点をダミー原子とすることにより，その後の計算がどの程度繁雑となり，全体の探索時間にどのような影響を与えるのか，あるいは，「ダミー原子」を１個とする本件特許発明の最良実施例のものと比べ，これを数十とするロ号方法が探索の精度において優れているのか等について，当事者双方が種々の議論を試みている。しかし，これらの議論は，ロ号方法のものを本件特許発明の最良実施例と比較した議論にすぎないものであり，ロ号方法が本件特許発明の技術的範囲に属するかどうかについて，直ちに影響を与えるべきものではないこと，及び，本件特許発明の最良実施例のものと比べても，顕著な作用効果の差異等を認めることができないことは，前記のとおりである。


(d)被控訴人は，本件特許発明にいう「リガンド分子」は，リガンド分子全体を意味するものと解釈すべきである，と主張する。しかし，本件特許発明の第１工程及び第２工程において，リガンド分子について規定しているのは，その水素結合性部分のみについてであり，これらの工程においては，リガンド分子の非水素結合性部分については規定しておらず，リガンド分子全体が接続されていることが必ず必要であるとまでいうことができないことは，上記のとおりである。ロ号方法においては，リガンド分子全体を，ベース・フラグメントとその他の複数のフラグメントに分割すること，ベース・フラグメントの分割に当たっては，水素結合・塩橋のウエイトを疎水性相互作用の１００倍以上とすることにより，水素結合等に関与する原子をより多く含む部分が優先的にベース・フラグメントとして選ばれることは，上記のとおりである。したがって，この水素結合等に関与する原子を多く含むベース・フラグメントの相互作用可能な原子は，構成要件Ａの「リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子」に相当するものであるということができる。(e)被控訴人は，本件特許発明は，「生体高分子－リガンド分子間相互作用」のうち，水素結合のみを考慮することを特徴とする，と主張する。しかし，本件特許発明は，生体高分子とリガンド分子との水素結合を考慮するものであればよく，ロ号方法においても，上記のとおり，ベース・フラグメントを選択するに当たって，水素結合・塩橋に関与する原子を，疎水性相互作用に関与する原子の１００倍以上のウエイトをもって，優先的に選択し，生体高分子とベース・フラグメントとの水素結合を考慮するものであるから，水素結合以外に，疎水性相互作用をも考慮するものであるとしても，これは，水素結合に着目した本件特許発明の方法に，疎水性相互作用を利用した方法も付加するにすぎないものであるというべきである。したがって，ロ号方法が疎水性相互作用をも利用しているからといって，そのことを理由に本件特許発明の技術的範囲に属しないと解することはできない。被控訴人は，乙第１１号証の図８を指摘して，疎水性相互作用の重要性を強調する。しかし，ロ号方法においては，上記のとおり，ベース・フラグメントを選択するに当たって，水素結合に関与する原子を，疎水性相互作用に関与する原子の１００倍以上のウエイトをもって，優先的に選択しているのである。ロ号方法における疎水相互作用の重要性を強調する被控訴人の主張は採用し得ない。
(ｳ)構成要件Ｂに対応するロ号方法の工程
(a)ロ号方法においては，選択された各ベース・フラグメントの各配座，及び,ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せについて，ハッシュ表を利用して，等しい原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せを探索する。
(b)上記工程により取り出された三つの生体高分子側相互作用点について，いわゆるベクトル・テストが行われる。ベクトル・テストでは，ベース・フラグメント中の相互作用可能な原子が生体高分子側相互作用点上に位置するだけでなく，生体高分子中の相互作用可能な原子がベース・フラグメント中の相互作用可能な原子につき設定される相互作用面上に位置することを確認する。(c)上記の工程で得られたベース・フラグメントの生体高分子に対する配置を，その類似性によりグループ分けし，各グループごとに，すべての配置についての情報を総合して，そのグループを代表する配置を得る。
(ｴ)構成要件Ｂとロ号方法との対比
(a)ロ号方法では，上記のとおり，選択された各ベース・フラグメントの各配座，及び,ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せについて，ハッシュ表等を利用して，これと等しい原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せを探索するものであるから，構成要件Ｂの「前記のダミー原子間の距離と前記の水素結合性ヘテロ原子間の距離を比較することにより，生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する第２工程」との構成を具備するものと認められる。(b)被控訴人は，本件特許発明では，「ダミー原子間の距離と水素結合性ヘテロ原子間の距離とを比較する」（第２工程）ことのみによって，リガンド分子中の生体高分子への配置を推定することとし，他の要素の考慮を排除するものである，と主張する。確かに，ロ号方法では，上記のとおり，ベクトル・テストを行っている。しかし，同方法が，選択された各ベース・フラグメントの各配座，及び,ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せについて，ハッシュ表も利用して，これと等しい原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せを探索しているものである以上，その後に，ベクトル・テストを行っているとしても，これは，本件特許発明の方法にベクトル・テストを付加したにすぎないものと解するのが相当である。上記ベクトル・テストの付加により，ロ号方法が本件特許発明の利用発明として別の特許の対象となることがあり得るとしても，このような付加によってロ号方法が本件特許発明の技術的範囲に属しなくなる，と解すべき理由はないのである。
(c)被控訴人は，本件特許発明では「生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式」（配置）と「リガンド分子の水素結合性部分の配座」とが「同時に推定」されるのに対し，ロ号方法では，配座は距離の比較の前に選択される，と主張する。
本件特許発明の構成要件Ｂは，「生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する」ものである。
ロ号方法においても，選択された各ベース・フラグメントの各配座，及び,ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せについて，ハッシュ表等を利用して，これと等しい原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せが探索されるのであるから，ベース・フラグメントについて，生体高分子の相互作用点の距離と等しい原子間距離を持つものが探索され，その後ベクトル・テストも経て，真の解が得られたと判断された時点において，当該ベース・フラグメントの配置と配座が同時に推定されているのである。ロ号方法において，MIMUMBALibraryというデータベースに基づいて，ベース・フラグメントの配座が選択され，その後に，ハッシュ表等も用いて両者の距離の比較がなされるとしても，両者が等しい原子間距離を持つと判断され，ベクトル・テストを経た時点において，それに対応するベース・フラグメントの配置と配座が同時に推定されていることに変わりはない。MIMUMBA　Libraryによるベース・フラグメントの配座の選択は，距離の比較の前になされるものであり，本件特許発明の最良実施例でいう，リガンド分子の配座の入力（Ｓ１１）に相当するものであり，構成要件Ｂの「配座を・・・推定する」こととは異なるものである。


(d)被控訴人は，本件特許発明は，構成要件Ａで，生体高分子中の水素結合性領域におけるダミー原子と，リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子との対応付けを組合せ的に網羅し，その後に，構成要件Ｂで，ダミー原子間の距離と水素結合性ヘテロ原子間の距離との比較を行うことが必須要件とされている，これに対し，ロ号方法では，あらかじめ生体高分子側相互作用点２点間の距離計算を行いハッシュ表を作成するため，組合せのＤＯループをセットする前に，距離の比較を開始しているのであり，このようにして距離の比較をする前に組合せを網羅することはしていないし，組合せを網羅した後に距離の比較を行うという工程も採用していない，と主張する。
しかし，ロ号方法では，生体高分子側相互作用点のすべてを含む２点間距離を整理したハッシュ表を作成して，また，ベース・フラグメント中の相互作用可能な全原子を選択し，ベース・フラグメントの可能な配座を列挙し，その後，生体高分子側相互作用点の距離の組合せと等しいものが，選択された各ベース・フラグメントの各配座，及び，ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せにあるかどうかを，ハッシュ表も利用して，探索するものであるから，本件特許発明の「ダミー原子」に相当する生体高分子側相互作用点の組合せと，リガンド分子の「水素結合性ヘテロ原子」に相当する，ベース・フラグメントの相互作用可能な全原子との組合せを網羅して（第１工程），その後に各組合せごとに「ダミー原子」間の距離と水素結合性ヘテロ原子間の距離とを比較する」（第２工程）ものであるということができる。すなわち，ロ号方法では，生体高分子側相互作用点間の距離の組合せと等しい原子間距離の組合せを持つベース・フラグメントの相互作用可能な原子の組合せを，距離を比較して探索するものである以上，その前に各組合せを対応付けして網羅し，その後，対比するという作業がなされていることは当然だからである（もっとも，本件特許発明の最良実施例においては，前記のとおり，ダミー原子とリガンド分子の水素結合性ヘテロ原子の可能な組合せをすべて選択した（Ｓ１２）後に，各ダミー原子間の距離を算出し（Ｓ１４），リガンド分子の水素結合性ヘテロ原子の原子間距離を算出しており（Ｓ１８），ロ号方法のハッシュ表の作成時期はこの点で本件特許発明の最良実施例とは異なるものである。しかし，本件特許発明の構成要件Ａ及び構成要件Ｂにおいては，「・・・ダミー原子とリガンド分子の水素結合性ヘテロ原子との対応づけを組合せ的に網羅する・・・第１工程」と「前記のダミー原子間の距離と前記の水素結合性ヘテロ原子間の距離を比較することにより，生体高分子－リガンド分子の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する第２工程」とが要件として規定されているのであり，前記各距離の算出を，第１工程の「組合せ的に網羅する」の前に行うか，後に行うかについては，特に規定していない，と解すべきである。）。ロ号方法におけるハッシュ表は，生体高分子側相互作用点のすべての２点の組合せを網羅して，各２点間の距離を計算して整理した表にすぎず，ハッシュ表を作成するだけで，生体高分子側の二つの相互作用点の間の距離と，リガンド分子側のベース・フラグメントの二つの相互作用可能な原子の間の距離との比較を行っているということはできないのである。
(e)被控訴人は，構成要件Ｂの「リガンド分子」についても，リガンド分子全体と解すべきであると主張する。しかし，構成要件Ｂの「リガンド分子」についても，構成要件Ａの「リガンド分子」について述べたのと同じ理由により，「リガンド分子」の水素結合性部分についてのみ規定しているものと解すべきである。
(ｵ)構成要件Ｃに対応するロ号方法の工程
(a)ロ号方法においては，前記工程により取り出された三つの生体高分子側相互作用点と，ベース・フラグメント中の水素結合等の相互作用可能な三つの原子の対応関係に基づいて，ベース・フラグメントを生体高分子の結合ポケットにはめ込み，ベース・フラグメントの生体高分子の座標系への変換を行う。上記の変換は，対応付けされた生体高分子側相互作用点とベース・フラグメント中の相互作用可能な原子の各々が最も近づくように最小二乗法計算によって行う（同３（１）（ⅴⅰⅰⅰ））。
(b)ベース・フラグメントと他のフラグメントとの間がどのようにつながるか（つなぐ順番と各フラグメント間の距離及び角度）は，元のリガンド分子の構造における値がそのままデータとして保持されて用いられる（同上）。(c)ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の別の組合せ，又は選択された別のベース・フラグメント若しくは別の配座がある場合には，上記手順を繰り返す（同３（１）(ⅰｘ)）。
(d)他のフラグメントの接続
①　以上の工程で取り出されたベース・フラグメントの配置に対し，残りの複数のフラグメントから，元のリガンド構造中でベース・フラグメントの隣にあるものを一つ選び，経験的に低いエネルギー値をとる構造から抽出した「環構造」や「回転可能角の組」が入っているデータベースを使用して，ベース・フラグメントと当該フラグメントの間の距離と角度は元のリガンド分子の構造中での値のとおりに保ちながら，生体高分子との相互作用（水素結合，疎水相互作用，又は塩橋）を考慮しながらはめ込んでいく。このときに変化させ得る自由度は，はめ込みをされる部分とはめ込む隣のフラグメントとの結合についてのねじれ回転角だけである（同４（１））。
②　上記①の工程でのはめ込みの際に，ベース・フラグメントにはめ込まれるフラグメントの生体高分子の座標系への変換を行う（同４（２））。③　上記①の工程で得られたベース・フラグメントとフラグメントの配置を，配置の類似性によりグループ分けし，各グループごとに，すべての配置についての情報を総合して，そのグループを代表する配置を得る（同４（３））。④　上記③の工程で得られたベース・フラグメントと他のフラグメントの各配置に対し，元のリガンド構造中で隣にあるフラグメントの一つを残りのフラグメントから選び，上記①ないし③と同様の工程を行うことを繰り返す（同４（４））。
(ｶ)構成要件Ｃとロ号方法との対比


(a)ロ号方法では，上記のとおり，生体高分子側相互作用点の距離の組合せと等しいものが，選択された各ベース・フラグメントの各配座，及び，ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せにあるかどうかを，ハッシュ表も利用して，探索した後に，同ベース・フラグメントの生体高分子の座標系への変換を行い，その後，残りの複数のフラグメントから，元のリガンド分子の構造中でベース・フラグメントの隣にあったものを一つ選び，経験的に低いエネルギー値をとる構造から抽出した「環構造」や「回転可能角の組」が入っているデータベースを使用して，ベース・フラグメントと当該フラグメントとの間の距離と角度は元のリガンド分子の構造中での値のとおりに保ちながら，生体高分子との相互作用（水素結合，疎水相互作用，又は塩橋）を考慮しながらはめ込んでいき，そのはめ込みの際に，ベース・フラグメントにはめ込まれるフラグメントの生体高分子の座標系への変換を行うものであるから，結果としてリガンド分子全体の座標変換を行うものであり，構成要件Ｃの「第２工程で得られた水素結合様式と配座毎に，リガンド分子中の水素結合性ヘテロ原子とダミー原子との対応関係に基づいてリガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換えることにより生体高分子－リガンド分子の複合体構造を得る第３工程」との構成を備えるものである。(b)ロ号方法においては，前記のとおり，三つの生体高分子側相互作用点とベース・フラグメントの相互作用可能な三つの原子の対応関係に基づいて，ベース・フラグメントを生体高分子の座標系に変換するものである。もっとも，この座標系変換は，フラグメント単位で行われているものである。しかし，本件特許発明の構成要件Ｃは，上記のとおり規定しているだけであり，第２工程で得られた水素結合様式と配座ごとに，リガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標に置き換えればよいのであるから，①リガンド分子の水素結合性部分と非水素結合性部分とを分離しないままで，水素結合性部分にのみ着目して第１及び第２工程を実施した後に，非水素結合性部分も含めてリガンド分子の全原子の座標を置き換え，その後，非水素結合性部分について最適の配座を選択していくとの最良実施例の方法が構成要件Ｃを充足することは当然として，それだけでなく，②リガンド分子の水素結合等の相互作用可能な部分のみを当初から分離して，これについて第１及び第２工程を実施した後に，これを生体高分子の座標系に置き換え，その後，リガンド分子の水素結合性部分に隣接する非水素結合性部分について，これを水素結合性部分に接続し，生体高分子の座標系に置き換え，その後，隣接する非水素結合性部分に同様のステップを繰り返した後に，最終的にリガンド分子の全原子の座標を生体高分子の座標系に置き換えるとの方法も，構成要件Ｃを充足するものというべきである。
(ｷ)構成要件Ｄとロ号方法との対比
ロ号方法が構成要件Ｄの「を含む生体高分子－リガンド分子の安定複合体の構造を探索する方法」であることは，上に述べたところから明らかである。(ｸ)以上のとおりであるから，ロ号方法は，本件特許発明の構成要件ＡないしＤの構成をすべて具備するものであり，本件特許発明の技術的範囲に属する，というべきである。
４　争点３（ロ号物件による間接侵害の成否）について(1)ロ号物件は，「ＳＹＢＹＬ」と称する分子モデリングシステム・ソフトウエアを記録した媒体であり，ＦｌｅｘＸ（ロ号方法を実施するためのソフトウエア）以外のソフトウエアも収録されている（ロ号物件目録前文）。
ロ号物件の宣伝広告用パンフレットには，
「ＳＹＢＹＬR／Ｂａｓｅは，分子設計に必要な様々なツールを含んでいます。
・構造構築，構造最適化，構造比較
・構造のグラフィックス表示，構造とデータの関連づけ・注釈（文字や矢印）の表示，ハードコピー機能，印刷機能・種々の力場の提供（適用分野：分子設計とグラフィックス表示）」とＳＹＢＹＬの機能が網羅的に記載され，その上で，ＦｌｅｘＸ等につい
て，「ＦｌｅｘＸＴＭとＣＳＣＯＲＥ
ＴＭを共に用いてバーチャル（仮想的）・ハイ・
スループット・スクリーニングを行うことにより，合成やスクリーニング実験に用いる化合物の順位付けを行うことができます。ＦｌｅｘＸは高速かつ柔軟に複数のリガンドを活性部位にドッキングさせることができます。ＣＳｃｏｒｅは複数の種類の評価関数を用いて，蛋白質に結合したリガンドの親和性を総合評価します。」などの記載がある（乙第６号証）。
上記のように，ＳＹＢＹＬは，分子設計に必要な様々なツールを含んでいるとはいえ，ＦｌｅｘＸが，分子設計において極めて重要な中心的な役割を果たしているものであることは，これまでに認定してきたことから優に認められ，ＦｌｅｘＸを使用せずに分子設計をすることがほとんど考え難いことであることは，上記に認定したロ号方法の内容，機能から明らかである。
特許法１０１条２号の「その発明の実施にのみ使用する物」とは，その方法の発明に使用する以外の用途を有しない物との意味であり，「その発明の実施にのみ使用する物」との立証を覆すためには，その方法の発明に使用する以外の用途が抽象的にあることをいうだけでは足りず，その用途が社会通念上経済的，商業的ないしは実用的な用途であると認めるに足りるものであることを主張し立証することを要するというべきである。
しかし，ＳＹＢＹＬについては，上記のとおり，ＦｌｅｘＸ以外のソフトウエアを備えているとしても，ＳＹＢＹＬを分子設計以外の用途に使用することが実際上は考えられず，分子設計における，ＦｌｅｘＸの上記のような重要性の下で，ＦｌｅｘＸを使用しない用途が社会通念上経済的，商業的ないしは実用的な用途であることを認めるに足りる証拠は，本件全証拠を検討しても見いだすことができない。
以上からすれば，ロ号物件は，本件特許発明の技術的範囲に属するロ号方法の使用にのみ用いるものである，ということができる。(2)被控訴人は，ロ号方法が，疎水性リガンドについて，疎水性相互作用のみを考慮して実施されることがあり，このようなドッキング計算（水素結合を考慮しない用途）は実用的な用途である，と主張する。


しかし，ロ号方法では，水素結合・塩橋があれば，そのウエイトを疎水相互作用の１００倍以上とすることにより，水素結合・塩橋に関与する原子を含む部分が優先的にベース・フラグメントとして選択されるものとされている（ロ号物件目録２）。また，リガンド分子として採り上げられる生体内の生理活性分子や薬あるいは薬の候補分子についての特許情報を収録したデータベース（ＭＤＤＲ）によれば，これらのうち水素結合を１個以下しか含まない化合物は全体（９万５０００個）のうち，０．７％しかなく，そのほとんどすべてのものが水素結合を２個以上含むものである（弁論の全趣旨）。さらに，ＦｌｅｘＸを使用して，疎水性相互作用のみを利用した安定複合体の探索ができるかどうかを確認し得る証拠はない。これらの状況の下では，ＦｌｅｘＸ（ロ号方法）を使用する場合において，疎水性相互作用のみを利用した安定複合体を探索するとの方法が，社会通念上，経済的，商業的ないしは実用的な用途であるとまでいうことはできず，ＦｌｅｘＸ（ロ号方法）は，相互作用として水素結合を含む安定複合体の探索方法にのみ使用されるものであるというべきである。
被控訴人は，控訴人らが主張するロ号物件目録３(ｉｖ)の「ベース・フラグメントには水素結合・塩橋に関与する原子をより多く含む部分が優先的に選ばれるので，三組のすべてが疎水性相互作用の性質をもつ場合は稀である。」との部分を否認する。上に認定したところからすれば，ロ号方法は，「三組のすべてが疎水性相互作用の性質をもつ場合は極めて稀である。」ものと認められる（控訴人らは，ロ号物件目録の上記部分について，当初，「極めて稀である」としていたのを，当審の最終段階において「稀である。」と訂正した。しかし，上に認定したところによれば，ロ号物件目録としては，「極めて稀である。」と記載するほうが，その表現として適切であるので，ロ号物件目録の上記表現をそのように訂正する。）。
５　争点４（権利濫用の抗弁）について
被控訴人は，本件特許発明は，ＬＵＤＩと同一の発明である，そうでないとしても，ＬＵＤＩから容易に想到し得る発明である，と主張する。しかし，本件特許発明は，ＬＵＤＩと同一であるとも，ＬＵＤＩから容易に想到し得るものであるとも，いうことができない。
(ｱ)乙５文献には，ＬＵＤＩについて，次の記載がある。①　その要約欄には，「低分子を蛋白質構造の溝（例えば酵素の活性部位）に対し，酵素との間に水素結合が形成される疎水性ポケットが疎水性原子団で埋まるように配置する，新たなコンピュータプログラムを示す。本プログラムは３段階で働く。始めに，水素結合を形成するか疎水性ポケットを埋めるのに適した空間中の離散的な位置である，相互作用サイトを計算する。相互作用サイトは，ケンブリッジ構造データベースを検索して得られた非結合接触の分布から導かれる。相互作用部位の別の導き方は，規則の使用である。第２の段階では，分子フラグメントを相互作用部位に対して適合する。現在我々は，この適合のために６００フラグメントのライブラリを用いている。現在のプログラムの最終段階は，幾つかの，あるいは全ての適合されたフラグメントを，一つの分子につなぎ合わせることである。これはブリッジフラグメントを用いて行われる。」（乙第５号証訳文１頁）と記載されている。
②　全体的な説明として，用語を定義する「相互作用部位（interactionsite）は，空間中の点であり，酵素には占有されず，阻害剤の官能基の原子が酵素と好ましい相互作用をすることができる場所である。・・・Ｈ-供与性およびＨ-受容性部位は酵素との水素結合の形成に適している。・・・分子フラグメント(molecularfragment)は理想的な構造を有する低分子あるいは官能基である。現行のプログラムで使用されている分子フラグメントの例は，ベンゼンや酢酸である。・・・ブリッジ(bridge)は分子フラグメントに非常によく似ている。これもまた理想的な構造を有する低分子である。ブリッジは分子フラグメント間に適合され，それらを一つの分子に併合させる。」（同３頁）との記載と，ＬＵＤＩ全体について述べる「本プログラムは３つのモジュール，BSITES,FRAGMT,BRIDGEから成る。BSITESは潜在的な相互作用部位を発生する。FRAGMTは分子フラグメントを選択し，それらを潜在的な相互作用部位に適合させる。BRIDGEはブリッジフラグメントを選択し，分子フラグメントを１つの分子に融合させる。」（同４頁）との説明がある。
③　相互作用部位の計算について，「ＬＵＤＩでは，相互作用部位の発生に３つの異なるアプローチを用いることができるようになっている：（１）規則に基づく（以下を参照）；（２）ＣＳＤから導かれた統計的な水素結合の分布や非結合接触パターンを利用；（３）プログラムＧＲＩＤ【５】の出力を利用」（同５頁）との説明がある。
④　分子フラグメントの適合について，「次の段階は，前段階で発生した相互作用部位への分子フラグメントの適合であり，以下のように行われる。距離を判定基準として，分子フラグメントと適合するような適切なペア，３つ組，あるいは４つ組を相互作用部位のリストから検索する。」（同９頁）及び「分子フラグメントは，本プログラムによってフラグメントライブラリから読み込まれる。・・・フラグメントライブラリは，・・・低エネルギーの配座にある適切な分子を，注意深く選択することで手作業で作成した。・・・全てのフラグメントは剛体として扱われる。しかし，内部の柔軟性はライブラリ中に一つのフラグメントについて幾つかの配座を含めておくことで扱える。柔軟な分子の一例はジペプチドで，この場合は・・・複数の配座がライブラリに保存されている。・・・」（同１０頁）等の説明がある。


⑤　フラグメントのブリッジングについて，「現在の本プログラムの最終段階は，適合されたフラグメントの幾つか若しくは全てを，一つの分子に連結する作業を含んでいる。これはブリッジライブラリ・・・に蓄積されているブリッジフラグメントによって行われる。」（同１１頁）との説明がある。(ｲ)乙５文献の上記の記載から明らかなように，ＬＵＤＩは，プログラムに内蔵したライブラリ中の数百の剛体の分子フラグメント（構造断片）をつなぎ合わせて，標的となるたんぱく質のポケットに水素結合等により結合し得る多様なリガンド分子の候補の構造を構築していく方法である。乙５文献のタイトルが，'Anewmethodforde   novodesignof   enzymeinhibitors'（「酵素阻害剤のdenovo設計（新たな設計）のための新たな方法」）となっていることからも分かるように，ＬＵＤＩは，ユーザーがリガンド分子を入力するのではなく，プログラムが結合ポケットに適合する分子フラグメント（構造断片）を順次組み合わせて，新たな分子構造を構築していく方法（構造自動構築法）であり，どんな構造のリガンド分子がプログラムから出力されるかは，当初からは知ることができないものである。したがって，ＬＵＤＩには，本件特許発明が第１工程から扱っている「リガンド分子」，すなわち，生体高分子との安定複合体構造を探索するために，プログラムに入力される所与の「リガンド分子」という概念がない。このように本件特許発明にいう「リガンド分子」に相当するものがないＬＵＤＩが，本件特許発明における「生体高分子－リガンド分子の安定複合体の構造を探索する方法」（構成要件Ｄ）に該当することは，あり得ない。
(ｳ)乙５文献の上記の構成から明らかなように，ＬＵＤＩにおいては，たんぱく質のポケットに適合し得る分子フラグメントは剛体であり，「６００フラグメントのライブラリを用いて」ライブラリに入力されたままの配座でしか距離を比較しないのであるから，本件特許発明の構成要件Ｂの「リガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する」という構成を欠いている。
ＬＵＤＩには，上記④のとおり，「内部の柔軟性は一つのフラグメントについて幾つかの配座を含めておくことで扱える」との記載がある。しかし，分子フラグメントを剛体として扱っていることは，上記④に記載されたとおりであり，ＬＵＤＩが行っているのは，入力した配座のままのフラグメントがどういう結合様式で安定して結合ポケットに入り得るかを検討する剛体ドッキングである。このことは，乙５文献の著者自身が，本件特許出願の１年半後の１９９４年１０月に発表した論文に，「我々の検索では，分子ごとに単一の三次元配座を，プログラム・・・により生成して用いた。ＦＣＤ中には，複数の回転可能な結合を持つために複数の配座を取りえる構造が多数存在する。単一の配座を用いるということが現在のアプローチの最大の制約であり，いくつかの重要なヒットを逃すことになるかもしれない。」（甲第３２号証同訳文）と記載して，ＬＵＤＩについて，単一の配座の分子フラグメント（剛体のもの）を使用する制約があったことを認めていることからも明らかである。ＬＵＤＩは，本件明細書が解決すべき問題として挙げている，「はじめに与えた配座・・・でしかドッキング状態が検索できない」（本件公報６欄６行～８行）という従来技術の問題点を解決できていなかったのである。これに対し，本件特許発明の構成要件Ｂの「生体高分子－リガンド分子間の水素結合様式及びリガンド分子の水素結合性部分の配座を同時に推定する第２工程」とは，配座の自由度があるリガンド分子について，任意の１配座に対応した１組の原子座標を入力するだけで，可能なすべての配座と結合様式で安定に結合ポケットにはまり得る可能性を自動的に検討し，水素結合性様式と配座を同時に推定するものであり（より具体的には，リガンド分子の水素結合性部分の配座を変化させながら，ダミー原子間の距離とリガンド分子の水素結合性ヘテロ原子間の距離を比較することにより，可能な水素結合様式とともに可能な配座を選択するものである），ＬＵＤＩがこの構成を備えていないことは明らかである。また，ＬＵＤＩの開発者の上記論文中の上記記載（甲第３２号証）によれば，本件特許発明の出願時において，ＬＵＤＩから本件特許発明に想到することが当業者にとって容易とはいえなかったことも明らかというべきである。
６　以上のとおりであるから，控訴人の本訴請求は理由がある。そこで，控訴人の本訴請求を棄却した原判決を取り消し，控訴人の本訴請求（主位的請求）を認容することとし，第１，第２審における訴訟費用の負担につき民事訴訟法６７条，６１条を，仮執行の宣言について同法２９７条，２５９条１項を適用して，主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第６民事部
裁判長裁判官　　山　　下　　和　　明
裁判官　　設　　樂　　隆　　一
裁判官髙　　瀬　　順　　久
ロ　号　物　件　目　録
下記の工程を有する「ＦｌｅｘＸ」と称するモジュールが組み込まれた「ＳＹＢＹＬ」と称する分子モデリングシステム・ソフトウェアを記録した媒体記
１　ロ号物件の工程の流れ
ロ号物件の工程は，大きく分けると，ベース・フラグメントの選択，配座の自由度を含めたベース・フラグメントの生体高分子の結合ポケットへの配置，及び，他のフラグメントの接続の３工程からなる。
２　ベース・フラグメントの選択
ロ号物件では，まず初めに，リガンド分子全体を，ベース・フラグメントとその他の複数のフラグメントに分割する。ベース・フラグメントの分割に当たっては，水素結合・塩橋・疎水相互作用等の相互作用を考慮する。水素結合・塩橋のウエイトを疎水性相互作用の１００倍以上とすることにより，水素結合・塩橋に関与する原子をより多く含む部分が優先的にベース・フラグメントとして選ばれる。
３　ベース・フラグメントの配置
（１）ロ号物件では，次いで，生体高分子－ベース・フラグメント間の結合様式を網羅する。その工程は，次のとおりである。


（ｉ）　まず，生体高分子中の相互作用可能な各原子につき，数十の点により近似的に表現される相互作用面を設定する。ここでいう相互作用面とは，相互作用の相手となる原子が存在可能な領域を経験的に推定したもので，生体高分子中の相互作用可能原子からの距離と角度の条件により定義される球面・錐面・部分錐面等の様々なタイプからなる。相互作用面には，水素結合・塩橋・疎水性相互作用の種類がある。
（ｉｉ）　―
（ｉｉｉ）　次に，生体高分子中の相互作用可能な原子につきそれぞれ設定される相互作用面を構成する前記各数十の点（以下「生体高分子側相互作用点」という。）すべてを含むすべての２点の組合せの表が作成される。この表は，すべての２点の距離を計算してその計算値によって整理された表（以下「ハッシュ表」という）である。この表を利用することにより，特定の原子間距離をもつ生体高分子側相互作用点の組合せをすべて直接選び出すことが可能になる。(ⅰⅰⅰの２)　ベース・フラグメント中の相互作用可能な全原子を選択し，ベース・フラグメントの可能な配座を列挙する。
(ｉｖ)　選択された各ベース・フラグメントの各配座，及びベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の各組合せについて，前記組合せ表を利用して等しい原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の組合せを探索する（ただし，この三つの原子から作られる三角形の２辺それぞれの長さと等しい原子間距離を持つ生体高分子側相互作用点の辺をハッシュ表を利用して調べ，第３の辺は距離を計算して比較する）。この際，対応付けされたベース・フラグメントの三つの原子と三つの生体高分子側相互作用点のうち，三組のすべてが疎水性相互作用の性質をもつ場合がある。
ベース・フラグメントには水素結合・塩橋に関与する原子をより多く含む部分が優先的に選ばれるので，三組のすべてが疎水性相互作用の性質をもつ場合は極めて稀である。
（ｖ）　―
（ⅴⅰ）　上記工程により取り出された三つの生体高分子側相互作用点について，いわゆるベクトル・テストが行われる。ベクトル・テストでは，ベース・フラグメント中の相互作用可能な原子が生体高分子側相互作用点上に位置するだけでなく，生体高分子中の相互作用可能な原子がベース・フラグメント中の相互作用可能原子につき設定される相互作用面上に位置することを確認する。（ｖｉⅰ）　上記の工程で得られたベース・フラグメントの生体高分子に対する配置を，その類似性によりグループ分けし，各グループ毎に，すべての配置についての情報を総合して，そのグループを代表する配置を得る。（ｖｉｉｉ）　ベース・フラグメントの生体高分子の座標系への変換を行う。上記工程により取り出された三つの生体高分子側相互作用点と，ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の対応関係に基づいて，ベース・フラグメントを生体高分子の結合ポケットにはめ込む。上記の変換は，対応付けされた生体高分子側相互作用点とベース・フラグメント中の相互作用可能な原子の各々が最も近づくように最小二乗法計算によって行う。
ベース・フラグメントと他のフラグメントの間がどのようにつながるか（つなぐ順番と各フラグメント間の距離及び角度）は，元のリガンド分子の構造における値がそのままデータとして保持されて用いられる。
(ⅰｘ)　ベース・フラグメント中の相互作用可能な三つの原子の別の組合せ，又は選択された別のベース・フラグメント若しくは別の配座がある場合には，（ｉｖ）から(ｖｉｉｉ)の手順を繰り返す。
４　他のフラグメントの接続
（１）　以上の工程で取り出されたベース・フラグメントの配置に対し，残りの複数のフラグメントから，元のリガンド構造中でベース・フラグメントの隣にあるものを一つ選び，経験的に低いエネルギー値をとる構造から抽出した「環構造」や「回転可能角の組」が入っているデータベースを使用して，ベース・フラグメントと当該フラグメントの間の距離と角度は元のリガンド分子の構造中での値のとおりに保ちながら，生体高分子との相互作用（水素結合，疎水相互作用，又は塩橋）を考慮しながらはめ込んでいく。このときに変化させうる自由度は，はめ込みをされる部分とはめ込む隣のフラグメントとの結合についてのねじれ回転角だけである。
（２）　上記（１）の工程でのはめ込みの際に，ベース・フラグメントにはめ込まれるフラグメントの生体高分子の座標系への変換を行う。（３）　上記（１）の工程で得られたベース・フラグメントとフラグメントの配置を，配置の類似性によりグループ分けし，各グループ毎に，すべての配置についての情報を総合して，そのグループを代表する配置を得る。（４）　上記（３）工程で得られたベース・フラグメントと他のフラグメントの各配置に対し，元のリガンド構造中で隣にあるフラグメントの一つを残りのフラグメントから選び，上記（１）ないし（３）と同様の工程を行うことを繰り返す。
５　エネルギー値によるランク付け
上記４の工程により得られた最終的な生体高分子－リガンド分子間の結合様式の各々についてエネルギー計算を行い，エネルギー値の低い方からランク付けして安定な複合体を検索する。
以　上
（別紙）
イ号物件目録


平成１７年(ネ)第１００５９号広告差止等請求控訴事件平成１８年１０月１８日判決言渡，平成１８年８月３日口頭弁論終結（原審・東京地方裁判所平成１５年(ワ)第１５６７４号，平成１６年１０月２０日判決）
判決
控訴人（原審原告）   株式会社ロッテ
訴訟代理人弁護士久保利英明，上山浩，山田秀雄，菅谷貴子，河合弘之，望月賢司，赤司修一，白日光，洞敬，渡辺和也，飯田秀
郷，鈴木英之，木下直樹，新保克芳，
被控訴人（原審被告）江崎グリコ株式会社
訴訟代理人弁護士升永英俊（復）江口雄一郎，
主文
１原判決を，次のとおり変更する。
()被控訴人は，別紙第１目録記載の商品を販売するに当たり，別紙第２目1録記載の広告又は表示をしてはならない。
()控訴人のその余の請求を棄却する。2
２訴訟費用については，第１，第２審を通じ，訴えの提起及び控訴の提起に伴う手数料のうち差止請求に係る部分を被控訴人の負担とし，その余の部分を控訴人の負担とし，手数料を除くその余の訴訟費用はすべて各自の負担とする。
事実及び理由
第１当事者の求めた裁判
１控訴人
「。，，原判決を取り消す   被控訴人は別紙第１目録記載の商品を販売するに当たり別紙第２目録記載の広告又は表示をしてはならない。被控訴人は控訴人に対し，朝日新聞，読売新聞，毎日新聞，産経新聞，日本経済新聞の全国版社会面に，幅６センチメートル２段の大きさで，見出し１４級ゴシック，本文１１級明朝体，被控訴人名１４級明朝体の写植植字を使用して，別紙第３目録記載の謝罪広告を各１回掲載せよ。被控訴人は控訴人に対し，１０億円及びこれに対する平成１５年５月２０日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。訴訟費用は，第１，第２審とも被控訴人の負担とする」との判決及び仮執行の宣言。。
２被控訴人
「本件控訴を棄却する。控訴費用は控訴人の負担とする」との判決。。
第２事案の概要
本件は控訴人が被控訴人に対し被控訴人が別紙第１目録記載の商品   以下ポ，，（   「スカム」という）を販売するに当たって行った広告の中の別紙第２目録記載の表。示（以下，同目録記載の表示を「本件比較表示」といい，被控訴人が行った本件比較表示を含む広告を「本件比較広告」という）が，不正競争防止法２条１項１３。号所定の品質等誤認表示及び同項１４号所定の虚偽事実の陳述流布に当たるとして，不正競争防止法３条，４条及び７条に基づき，ポスカムを販売するに当たって行う広告における本件比較表示の使用差止め，謝罪広告及び損害賠償を求めた事案である。
TRENDSINGLYCOSCIENCE   AND原判決は，本件比較広告は「」誌平成１５年３月号（甲１７）に掲載されたＣ医科大学GLYCOTECHNOLOGY歯学部のＣ助教授（以下「Ｃ助教授」という   ）に係る「馬鈴薯澱粉由来リン酸１１。化オリゴ糖の生産と応用」と題する論文（以下「論文」という）の   章TIGGD-2-3。に記載された実験（以下「実験」という）を根拠とし，同実験で示されたD-2-3   。データのとおり表示されているところ，実験は，実験条件，方法等においてD-2-3不合理な点はなく，その実験結果は，被控訴人がその後実施した再実験により裏付けられているなどとして，被控訴人が本件比較広告をした行為は，不正競争防止法２条１項１３号及び同項１４号のいずれにも該当しないとし，控訴人の請求をすべて棄却した。
１争いのない事実等
原判決事実及び理由欄の「第２事案の概要」の「１争いのない事実等   （原」判決２頁２４行～１０頁６行）のとおりであるから，これを引用する。ただし，原判決５頁１８行の「継続的に行っている」との部分を「継続的に行った。本件比。，較表示は，その後，平成１６年５月ころまで，製品を収納するボール箱などに記載されていた（甲１３４の４」と改める。）。
２争点
()実験が不合理であるか否か1   D-2-3
ア実験の実験条件及び方法は不適切又は不合理であるか否か（争点１のD-2-3ア）
(ｱ)脱灰深度によって再石灰化効果を評価した点についてld
(ｲ)ヒト唾液浸漬法について
(ｳ)ＣＭＲ写真の撮影条件について
イ実験が再現性のないものであるか否か（争点１のイ）D-2-3
(ｱ)再現性を否定する実験について
(ｲ)再現性を肯定する実験について
(ｳ)実験に係るデジタル画像を用いた実験についてD-2-3(ｴ)実験に係る再現実験の条件についてD-2-3ウ控訴人が行ったヒト歯を用いた実験の結果が，実験の不合理性を明らD-2-3
かにするものであるか否か（争点１のウ）
()本件比較表示を含む広告宣伝を行うことが，不正競争防止法２条１項１４号2所定の虚偽事実の陳述流布に当たるか，また，当該広告宣伝が，同項１３号所定の
品質等誤認表示に当たるか（争点２）
()控訴人の差止請求並びに損害賠償及び謝罪広告の請求の可否等（争点３）3ア本件比較表示を含む広告宣伝の差止めの必要性があるか。イ控訴人は損害賠償を請求できるか，また，その損害額はいくらか。ウ控訴人は謝罪広告を請求できるか，また，その必要性があるか。
第３争点に関する当事者双方の主張
１争点１のア（実験の実験条件及び方法は不適切又は不合理であるか否D-2-3か）について
（控訴人の主張）
()脱灰深度   によって再石灰化効果を評価した点について1ld再石灰化現象とは，歯から溶出したミネラルが歯に回復される現象であり，再石灰化効果の大小は，歯のエナメル質中のミネラル濃度，すなわち，ミネラル喪失量Δによって評価されるべきである。これに対して，脱灰深度は，病変深部とZld昀表層位置の距離，すなわち脱灰層の深さを表すパラメータであって，歯のミネラル量ないしミネラル濃度を表すものではない。したがって，脱灰深度は，ミネldラルの回復量の多寡を示す「再石灰化率」を計測するパラメータとしては不適切である。
脱灰は歯質のミネラルの溶失であり表層から深層に向かって進行するが，再石灰化は，脱灰層の深層だけでなく，表層や中層でも顕著に生じる。脱灰深度のみldで評価を行った場合，表層や中層付近で再石灰化（ミネラルの回復）が生じたとしても，昀表層位置と深層間の距離であるは変化しないため，再石灰化の効果をld評価できない。


このため，国際学会合意（甲２１の１）においても，ミネラル喪失量Δが主Z，「」。要パラメータであり   脱灰深度はであると明記されているld   optionalparameter原判決は，脱灰深度で再石灰化効果を測定してもよいとの判断を示したが，ldその根拠として引用した「糖アルコール類の再石灰化作用に与える影響」と題する論文（乙６）の筆頭著者であるＥ大学Ｅ教授（以下「Ｅ教授」という   ）は，同１１。論文に係る試験では脱灰深度による測定はしていないことを明言している   甲，（ld１３１，１６４。また，Ｆ大学サンフランシスコ校のＦ教授が，   実験にお）１D-2-3いて脱灰深度のみによって再石灰化の評価をしたことは不適切であると述べてldいる（甲１５４の１）ほか，Ｅ教授（甲１１９の１，Ｇ大学大学院医歯薬学総合１   ）ld研究科のＧ助教授（以下「Ｇ助教授」という   （甲２０の１）が，脱灰深度１１。）のみで，再石灰化を論ずることは不適切である旨述べている。以上のとおり，脱灰深度によって再石灰化効果を評価した実験は誤っld   D-2-3たものである。
()ヒト唾液浸漬法について2
実験が用いているヒト唾液浸漬法は，１回採取した唾液に試料を１日４回D-2-3浸漬するという独自の試験方法であるが，一度採取した唾液を繰り返し使用する唾液浸漬法は，常に新しい唾液が供給され古い唾液と置き換わっている実際の口腔内の環境とは全く異なる。
実際に，控訴人従業員Ｈらが行った実験（甲１１８）によれば，ガム咀嚼中に採取した唾液を試験管内で１６０分間放置した後に，その状態を観察すると，試験管の底部にタンパク質等の成分が沈着した白濁が認められ，試験管の底部から上部にかけて唾液中の成分構成は大きく相違していると考えられる。また，３７℃，１６０分間の放置後のｐＨ値の変化をみると，総じて低下する傾向がみられたが，このような変化は，ヒト口腔内の環境では起き得ない現象である。したがって，唾液浸漬法は，ヒトの唾液を用いてはいるものの，ヒトの口腔内環境とはかけ離れた条件を用いるものであり，口腔内での再石灰化効果を，とりわけ定量的に評価するには適当な方法ではない。
()ＣＭＲ写真の撮影条件について3
実験におけるＣＭＲ写真の撮影条件には，①切片の厚さが２００μｍであD-2-3って，厚すぎること，②Ｘ線照射量が低石灰化領域で過剰であること，③Ｘ線フィルムの解像度が低いこと，という問題点がある。
エナメル質研磨切片の厚みは８０～１００μであるのが通常であり，実mD-2-3験における２００μｍという厚みは，異常に厚いものである。再石灰化評価においては，一般に正常エナメル質の透過Ｘ線量を基準にＸ線強度を決定するので，２００μｍの厚みの歯片では，１００μｍの場合と比べ，Ｘ線強度をかなり強く設定することになるが，そのために，実験のＣＭＲ写真では，Ｘ線照射量が低石灰D-2-3化領域で過剰となって，石灰化度の低い部分でＸ線が透過してしまい，表層付近で「黒つぶれ」を起こし，かつ，フィルム解像度が低いことから，歯の昀表層位置を。，（「   」撮影することができていないこれらの点はＥ大学Ｅ   助教授以下Ｅ   助教授２２という）によってなされた実験（甲７７の１９０）のように，高解像度フィルム。   ,を用い，適正なＸ線照射量で撮影した場合であれば，表層が観察されることが確認されていることに照らして，実験におけるＣＭＲ写真の撮影条件が不適切でD-2-3あったことを示している。
ldD-2-3脱灰深度は歯の昀表層位置からの深さを評価する指標にもかかわらず，実験では，歯の昀表層位置を撮影できないため，計測の起点となる昀表層位置の正確な把握ができていないのである。
なお，実験では，健全部エナメル質のミネラル濃度５％の位置の近傍に歯D-2-3片の実際の外表面位置があると擬制している。しかしながら，かかる擬制をなD0し得るためには，歯の表層付近に石灰化度の高い層が認められることが必要であるが，上記のとおり，表層付近で「黒つぶれ」を起こしている実験のＣＭＲでD-2-3，。，は正確なミネラル濃度プロファイルを得ることができない   それにもかかわらずミネラル濃度５％の位置を一律に外表面位置と決定した実験においてD0   D-2-3は，実際の外表面位置との間にかなりの誤差が生じており，実験が報告D0   D-2-3している脱灰深度や，ミネラル喪失量Δは，実際と大きく異なった誤った値ld   Zである。
（被控訴人の主張）
()脱灰深度   によって再石灰化効果を評価した点について1ld実験において，再石灰化効果を脱灰深度によって評価したことは適切でD-2-3ldある。すなわち，脱灰深度は，国際学会合意において「望ましい選択可能なパld   ，（）」，，ラメータとされており   ＩのＩ教授(乙１４７)Adesirable   optionalparameter１Ｊ大学のＪ教授(乙２０４の１)，Ｋ大学のＫ教授(乙１４８)，同大学リサーチア１１シスタントのＫ氏(乙１２１)及びＬ博士(乙１２２)は「脱灰深度   とミネラル２，ld喪失量Δは，いずれも再石灰化の定量評価のパラメータで，一方が他方より価Z値や重要性が低いことはない」と述べ，さらに「実験の目的・結果を考慮して脱。，灰深度又はミネラル喪失量Δのいずれかにより再石灰化促進効果を検査するld   Zことは妥当である」とした上，具体的には「再石灰化促進効果がミネラル喪失量。，，，Δで有意に検出できず脱灰深度   値の有意な減少として定量できた場合にはZld再石灰化が主として病変深部に生じたと解釈することができ，脱灰深度値で再ld石灰化効果を評価することは妥当である」としており，Ｃ医科大学歯学部のＣ教２（「」。），   。授以下Ｃ   教授という及びＣ   助教授の意見も同じである(乙７７１２５)２１実験では，国際合意に準拠してミネラル喪失量Δ及び脱灰深度の双方D-2-3   Zldを測定したが，比較対象のキシリトール＋２がミネラル喪失量では有意に再石灰化せず，脱灰深度で有意に再石灰化したという，脱灰深度での評価が妥当な場合である（乙１２５，２０４の１。）
したがって，実験において，脱灰深度によって再石灰化効果を評価したD-2-3   ldことは合理的である。
()ヒト唾液浸漬法について2


ヒト唾液浸漬試験は，ガムの再石灰化効果を定量評価するために適した方法である。Ｉ教授(乙１４７)，Ｋ教授(乙１４８)，Ｍ大学のＭ   名誉教授（以下「Ｍ名１１１１誉教授」という（乙１２３）らの各鑑定書は，このことを明らかにしている。ま。）た，控訴人に対する，キシリトール＋２に係る特定保健用食品表示の許可は，口腔清掃時と飲食時を除き，ほぼ２４時間口腔装置を装着している１週間のヒト口腔内，（），試験の結果を再石灰化促進効果を認める根拠としたものであるが   乙１９の２１日本特定栄養食品協会特定保健用食品部の学術専門医を務めるＮ大学歯学部のＮ（「」。）（   ），，教授   以下Ｎ教授   というの鑑定書乙１２４   にはヒト唾液浸漬試験は１被検食品の効能を評価する試験としては，このようなヒト口腔内試験と比べても妥当性を有するものであることが記載されている。
なお，歯科学の分野で唾液を採取して用いる試験は何ら特殊ではなく（乙１３８～１４２，Ｅ大学のＥ教授やＥ   助教授らも，採取した唾液に歯片を浸漬して再）３２石灰化評価等の実験を行っている(甲２３，乙１３３～１３７，９６)。
()ＣＭＲ写真の撮影条件について3
控訴人は，実験におけるＣＭＲ写真につき，正確なミネラル濃度プロファD-2-3イルを得ることができないとか，フィルム解像度が低いなどとして，正確な脱灰深度の測定ができていないと主張するが，誤りである。Ｃ助教授のトランスバーld   １サル・マイクロラジオグラフィー（ＴＭＲ）システムは，そのシステム構築時に，Ｋ氏が定量の昀適条件を確認しており（乙１２１，かつ，同氏及びＫ   教授が，２１）Ｃ助教授のシステムの照射設定値と使用フィルムがＴＭＲに適していることを確１１認している（乙１５６。使用フィルムの解像度に問題がないことについては，Ｇ）助教授も同意見である（乙７５。また，Ｋ教授は，   実験のデジタル画像が）１D-2-3ミネラル濃度の定量に適していることを証明している（乙１４８。控訴人の主張）は，何の実例も伴わない推測にすぎない。
２争点１のイ（実験が再現性のないものであるか否か）についてD-2-3
（控訴人の主張）
()再現性を否定する実験について1
アＯ教授らによる実験（甲１０４，１１２）１
Ｏ大学のＯ教授（以下「Ｏ教授」という   ）外１名は，実験及び後記被１１。   D-2-3控訴人実験（乙１１１）の方法に従って，実験と同一の条件（Ｘ線の管電圧D-2-3２５ｋＶ，管電流２５ｍＡ，照射時間２４秒）でＣＭＲを撮影し，そのＣＭＲをＧ大学歯学部のＧ助教授の装置で解析して，脱灰深度及びミネラル喪失量Δ   を１ldZD-2-3求めた甲１０４以下   Ｏ実験１という   また同教授らはＯ   実験１が（。「」   。）。，，，１   １実験における昀適化条件をＧ大学の装置に適用したとの被控訴人の主張を慮り，Ｇ大学の装置における昀適化条件（Ｘ線の管電圧２０ｋＶ，管電流１５ｍＡ，照射時間２０秒）で改めてＣＭＲを撮影し，解析して，脱灰深度及びミネラル喪失量ld（。「」   。）。，，Δを求めた   甲１１２以下Ｏ   実験２というＯ   実験１２の結果はZ１１いずれも実験の結果とはかけ離れたものであった。D-2-3
イＰ教授らによる実験（甲１１０）１
Ｐ学園短期大学のＰ教授（以下「Ｐ教授」という   ）及び控訴人の従業員研究１１。者は，実験と同一の条件（Ｘ線の管電圧２５ｋＶ，管電流２５ｍＡ，照射時D-2-3間２４秒）でＣＭＲを撮影し，解析して，脱灰深度及びミネラル喪失量Δをld   Z求めた（甲１１０。以下「Ｐ実験」という。その実験結果では，脱灰深度   に１。）ldよって評価した再石灰効果はポスカムより，キシリトール＋２の方が優れているというものであった。
()再現性を肯定する実験について2
被控訴人が実験を再現したと主張する実験（乙１１１。以下「被控訴人実D-2-3験」という）は，被控訴人従業員が行ったものにすぎない。しかも，ウシ歯の脱。灰方法は，実験では，０．１ＭＬ－乳酸ゲル(ｐＨ４．５)に３７℃で２週間D-2-3浸漬させたのに対し，被控訴人実験では，０．１ＭＬ－乳酸溶液(ｐＨ５．０)に３７℃で２日間浸漬させたというように異なっている。被控訴人は，被控訴人実験により，脱灰深度及びミネラル喪失量Δの双方で，ポスカムがキシリトール＋ld   Z２の約５倍以上の再石灰効果があることが確認されたと主張するが，被控訴人実験の結果をＣ助教授が解析したとする書面には，ポスカムがキシリトール＋２の約１５倍以上の再石灰効果が認められるとの記載はない。
()実験に係るデジタル画像を用いた実験について3   D-2-3ア実験に係るＸ線写真のデジタル画像として提出された乙６２の各画像D-2-3を旭化成エンジニアリング株式会社が解析した結果（甲１６２，１６３。以下「旭化成解析」という）によっても，ポスカムとキシリトール＋２の間には，脱灰深。度の回復率及びミネラル喪失量Δの回復率双方について，有意な差がないこld   Zとが確認された。
１１イまた，上記乙６２の各画像をＱ大学大学院歯学研究科のＱ教授（以下「Ｑ教授」という）が解析した結果（甲１６５の１。以下「Ｑ解析」という   ）にお。。１いても，旭化成エンジニアリング株式会社の解析結果と同様の結果を示した。ウこれらの解析結果は，実験に係る再実験をするまでもなく，   実D-2-3D-2-3験の残された資料自体から，論文に記載されたような実験結果が導き得ないTIGGことを示すものである。


()実験に係る再現実験の条件について4   D-2-3実験は，何ら，特殊な技術や機械に依拠するものではないから，本来，第D-2-3三者による再現実験の実施が可能であるはずである。すなわち，実験の実験D-2-3手順は，①ヒト唾液浸漬法による再石灰化処理の過程（エナメル質歯片の作製，脱灰処理，ヒト唾液浸漬法による再石灰化処理，②ＴＭＲの撮影過程（研磨切片の）作製，ＴＭＲの撮影，③ＴＭＲ画像のデジタル化，ミネラル濃度プロファイルの）作成，ミネラル濃度プロファイル上の濃度５％位置及び濃度９５％位置の決定，脱灰深度の計算，ミネラル喪失量Δの計算というものであるが，このうち，①ld   Zは，学者等の専門家によらなくても可能であり，現に，被控訴人が行った実験（乙１１１）においては，被控訴人研究所で行われている。②のＴＭＲとは，歯片のＣＭＲを得る方法を意味するものであるが，ＣＭＲの手法自体は古くから普及しているものであり，ヒト歯についても昭和６２年ころから広く行われていて，この分野の研究者，研究機関等であれば誰でも実施可能なものである。③の画像解析の過程，，，，も   再石灰化の評価手法として確立されたものであり特別の手法や特別な設備技術を要するものではない。
被控訴人は，ＴＭＲが世界中でわずか数人程度しか行い得ないような主張をするが，失当である。また，Ｘ線発生装置も実験に係る蘭フィリップス社製ＰＷD-2-3－１８３０でなければならないということはない。
（被控訴人の主張）
()再現性を否定する実験について1
アＯ教授らの実験（甲１０４，１１２）１
Ｏ実験１，２に用いられた，Ｘ線発生装置を蘭フィリップス社製ＰＷ－１７２１９とするＧ大学のＴＭＲシステムにおける昀適化条件は，Ｘ線の管電圧２０ｋＶ，１管電流１５ｍＡ，照射時間２０秒であり，切片の厚みは１００μｍであるが，Ｏ実験１では，同システムに実験における撮影条件（Ｘ線の管電圧２５ｋＶ，D-2-3管電流２５ｍＡ，照射時間２４秒）をそのまま適用した誤りがあり，Ｏ実験２で１も厚み２００μｍの不適切な切片を用いている。また，Ｏ実験１，２で，実際に１ＴＭＲ撮影を行ったのは控訴人従業員であり，たとえＧ助教授から取扱い方法の１指導を受けたとしても，このような者が，初めて操作するＴＭＲシステムで正確なミネラル定量を行うことは不可能である。加えて，Ｏ実験１，２に関与したＯ教１１授らは，再石灰化研究に関する専門家ではない。したがって，上記Ｏ実験１，２１は信頼できるものではない。
なお，現在の甲１０４は，いわゆる差替えがなされた書証である。Ｏ実験１に１係る報告書として当初提出された甲１０４（乙１３２）は，あたかもＣＭＲ撮影及，びデータ解析がＧ助教授の下で盲検法により行われたかのような記載があったが１これは虚偽の事実を記載したものであり，Ｇ助教授自身の抗議によって上記差替１えがなされたものである。このような内容虚偽の書証を提出した控訴人の行為は，民事訴訟法２条に違背するものといわざるを得ない。
イＰ教授らによる実験（甲１１０）１
Ｐ実験は，Ｘ線発生装置をリガク社製ＲＩＮＴ２５００ＶとするＴＭＲシステ１ムを用いたものであるが，その昀適化条件を無視して，実験における撮影条D-2-3件（Ｘ線の管電圧２５ｋＶ，管電流２５ｍＡ，照射時間２４秒）をそのまま適用した誤りがある。また，Ｐ実験においてＣＭＲ撮影をしたのはＰ教授ではなく，控１   １訴人従業員であり（甲１４７，しかも，上記ＴＭＲシステムはＥ大学のものを借），，。用したのであって同教授は   自ら精度管理するＴＭＲシステムすら有していないしたがって，Ｐ実験は信頼できるものではない。１
()再現性を肯定する実験について2
被控訴人は，公証人の関与の下に，実験の簡易な再現実験である被控訴人D-2-3実験を行った（乙１１１～１１３。被控訴人実験においては，国際学会合意に基）づき，脱灰深度とミネラル喪失量Δの双方が測定されており，そのいずれでld   Zも，ポスカムがキシリトール＋２の約５倍以上の再石灰化効果が確認されている。なお，被控訴人実験におけるウシ歯の脱灰方法が実験のそれと異なっているD-2-3ことは控訴人主張のとおりであるが，これは，被控訴人実験が，原審の審理において，被控訴人が実験の再実験をしていないことを控訴人が攻撃したために，D-2-3急遽行われたものであり，審理の進行との関係で，２週間を要する実験の脱D-2-3灰方法を実施する余裕がなかったことによるものである。もとより，被控訴人実験における脱灰方法も通常行われる方法である。
()実験に係るデジタル画像を用いた実験について3   D-2-3
ア旭化成解析について
実験ではＣ助教授のＴＭＲシステムが使用されたのであり，このようなD-2-3１Ｃ助教授のＴＭＲシステムにより作成されたデジタル画像から，第三者が正確に１ミネラルパラメータを確認するためには，自らＴＭＲプログラムを開発するだけの十分な知識と経験があるＴＭＲ技術の専門家が，Ｃ助教授のＴＭＲプログラムに１関する詳細かつ固有のノウハウを入手した上で，Ｃ助教授のＴＭＲシステムにお１けるデジタル画像を正確に定量できるオリジナルのＴＭＲプログラムを開発できる能力を有することが必要である。しかしながら，旭化成エンジニアリング株式会社は，これらの条件を全く満たしておらず，旭化成解析の結果は，信頼できる内容のものではない。
イＱ解析について１
Ｑ解析は，控訴人が指定した旭化成解析と同様の方法を単に繰り返したものに１すぎない。また，Ｑ教授は，ＴＭＲ撮影を含めた再石灰化研究の専門家ではない１上，以前には，上記デジタル画像を用いて再石灰化の検討を行うことは困難であるとしていたものである（甲７６の１。したがって，Ｑ解析の結果は，信頼できる）   １内容のものではない。


()実験に係る再現実験の条件について4   D-2-3実験は，再石灰化効果の比較のため，μｍ単位で唾液歯片等の生体試料をD-2-3,扱う実験であり，また，その１過程である脱灰処理の方法に関し，脱灰阻害剤の使用の要否についての見解が一致していないなど，専門家の間でも採用する方法が様々であるような過程を含むものであるから，実験を他の研究者が正確に再現D-2-3するためには，その者に再石灰化研究に関する十分な知識，経験と技術とが求めら。，，，れる   また実験はＴＭＲにより歯質ミネラルを定量評価する実験でありD-2-3ＴＭＲは，いわば再石灰化を図るための物差しであるが，各研究者は，ＴＭＲによるミネラル濃度の定量のため，各自のＴＭＲシステムを昀適化しており，その昀適条件は，ＴＭＲシステムごとに異なるものである。精度管理されたＴＭＲシステムを持たない者が実験に係る再現実験を行うことはできない。D-2-3このような理由から，実験について再現実験を行い得るのは，齲蝕学実験D-2-3の経験が豊富にあり，自ら精度管理するＴＭＲシステムを使用した定量評価を伴うCaries再石灰化研究を日常的に行い，他の研究者に引用されるような研究成果をレベルの一流の学術誌に継続的に発表している研究者であり，具体的に挙Researchげれば，Ｉ教授，Ｋ氏，Ｊ   教授，Ｇ助教授らに限られる。１２１１３争点１のウ（控訴人が行ったヒト歯を用いた実験の結果が，実験の不合D-2-3理性を明らかにするものであるか否か）について
（控訴人の主張）
()実験は，ヒトの唾液を試験管にとり，これにウシの歯をつけるという1D-2-3実験であった。この実験は，既に主張した，ヒトの唾液を試験管内で放置しておくという問題のほか，ウシ歯を使用する点でも問題がある。すなわち，ウシ歯の表面はセメント質で覆われており，エナメル質はその下にあるのみならず，ウシ歯のエナメル質は，ヒト歯のエナメル質に比して，有機質の含有率が高いという違いがある。そのため，ウシ歯のエナメル質に対する実験結果を，ヒト歯における効果にそのまま当てはめることはできない。そもそも，ヒトに対する効果は，実際にヒトを対象とする試験（ヒトによる試験又は試験）を行って，初めて実証in   vivoinsituできるものであり，実験のような試験管試験（試験）は，今後の研究D-2-3   invitro開発を進めるべきかどうか等を検証するなどの目的によって行われる，予備的試験段階（いわゆるスクリーニング）にすぎないのであり，実際にヒトが摂取した際の効能が実証的に確認，比較できるような性質の実験ではない。そこで，Ｏ教授らは，ヒトの口腔内で実際にガム（ポスカム及びキシリトール１＋２）を噛み，ヒト歯に対する再石灰化効果を比較した実験（甲１３０。以下「Ｏ」。），（）１ヒト歯実験   というを行いミネラル喪失量Δ   による再石灰化率平均値Zは，ポスカムの７．８９％に対し，キシリトール＋２が１４．５８％であり，脱灰深度による再石灰化率（平均値）は，ポスカムの３．４１％に対し，キシリトldール＋２が７．７４％であるという結果を得た。
ヒト試験は，実際の口腔内環境における評価が可能になるという長所を有する一方で，唾液の性状（成分の違い）や唾液の分泌量，試験期間の食生活などの変動要，，因が大きいため実験条件をコントロールすることが試験に比べて難しくin   vitro正確な結果を得るためには多数例の評価が必要とされるが，Ｏヒト歯実験は，４１３名の被験者を対象としており，この点でも優れたものである。そして，Ｆ教授，Ｒ大学のＲ教授は，Ｏ   ヒト歯実験の実験条件，実験方法及１１１び実験結果のいずれの点も，高く評価しており（甲１６０，１３９の１，Ｏヒト）   １歯実験の結果に信頼性がないとする被控訴人の主張は理由がない。。()ヒトによる   試験であるＯヒト歯実験によって，試験にすぎな2in   situinvitro１い実験の結果が覆った以上，実験の実験結果によって予測されるヒトD-2-3   D-2-3歯に対する保健効果は，客観的な事実とは異なることを示していたことになる。
（被控訴人の主張）
()ヒト歯に対する再石灰化効果を評価する実験を，ウシ歯を用いて実施するこ1とが科学的に相当であることは，Ｉ教授（乙１４７）Ｊ   教授（乙２０４の１）１１,ら多くの研究者の一致した意見であり，また，控訴人自身，キシリトール＋２に係る特定保健用食品表示の許可申請に当たって，ウシ歯を用いた実験の結果を再石灰化効果の資料としたところである（乙１９の２，３。したがって，実験が）   D-2-3ウシ歯を用いたことは合理的である。
()Ｏ   ヒト歯実験は，ヒト歯エナメル質の１００μｍの厚みの切片を，Ｘ線発2１生装置をＳＯＦＴＥＸ社製ＣＳＭ－２とするＣＭＲ（ＴＭＲ）システムにより，管High電圧１０ｋＶ，管電流４．６ｍＡ，照射時間１０分，フィルムをコニカ社製とする撮影条件でＣＭＲ撮影したものである。しかしながら，このResolutionPlateような撮影条件によっては，１００μｍの厚みの切片を定量評価することはできない。このことは，Ｌ博士（乙１９２，２１０，Ｓ博士（乙１６８の１，Ｊ   教授））１（乙２０４の１）が明言するのみならず，Ｆ教授自身も，平成１７年７月６～９１日に開催されたの学会で，Ｌ博士が行っEuropeanOrganization   forCariesResearchた「１０ｋＶの管電圧はマイクロラジオグラフィーの測定には低すぎる。１０ｋＶの有効範囲は１００μｍではなく，たったの４０μｍである」との発言を支持する発言をした（乙２０６，２０７。）
したがって，Ｏヒト歯実験は，定量性が確保されておらず，その結果は信頼で１きるものではない。
４争点２（本件比較表示を含む広告宣伝を行うことが，不正競争防止法２条１項１４号所定の虚偽事実の陳述流布に当たるか，また，当該広告宣伝が，同項１３号所定の品質等誤認表示に当たるか）について
（控訴人の主張）
()本件比較広告の内容1


本件比較広告（甲８の１～８の６）の表示は，①そのリード文と本文に，それぞれ「一般的なキシリトールガム」の「約５倍の再石灰化効果を実現」と本件比較表示が記載され，②広告中央には，ヒト歯の写真を背景に「ヒト唾液浸漬法での一般的なキシリトールガムとの比較試験」と題して，一般的なキシリトールガムの再石，，，灰化率が５％程度であることこれに対し   ポスカムの再石灰化率が３０％を超え両者の差が５．３５倍であることを示す棒グラフが記載され，③右下に「ＰＯｓ－Ｃａのすぐれた再石灰化効果（７日後」と題されて２枚の写真が示され，左側は）脱灰された状態から変化がなく，右側は全面にわたって再石灰化が生じている写真となっている。そして，本件比較広告には脚注が付されているが，同脚注を見ても上記の本文の記載内容に対して何らの限定も制限もされていない，という特徴を有するものである。
このことから，本件比較広告は，①ヒト歯において，控訴人製品キシリトール＋２の再石灰化は，５％程度にすぎず，７日間たっても脱灰部分がほとんど改善しないこと，②ポスカムは，ヒト歯において，キシリトール＋２の５倍，３０％を超える再石灰化をして，７日間で脱灰部分がほぼ改善することをその主要な内容としている。
()実験の不合理性2   D-2-3
本件比較広告において，ポスカムがキシリトール＋２の５倍の再石灰効果を実現したとすることの根拠となった実験に合理性がないことは，既に述べたとおD-2-3りである。
()本件比較広告と   実験との乖離3D-2-3
のみならず，本件比較広告は，以下のとおり，実験ないしそれが掲載されD-2-3た論文とも乖離するものである。TIGG
ア本件比較広告では「歯の主成分（リン酸とカルシウム   」を補うことを「歯，）D-2-3ldの再石灰化」と定義しているが，実験における５倍という差は，脱灰深度に関するものであり，リン酸とカルシウム（ミネラル）喪失量の回復に関するミネラル喪失量Δを基準にすると，５倍の差は認められない。本件比較広告は，脱Z灰深度を根拠としながら「再石灰化効果」の差が５倍であると記載している点ld   ，で，実験の内容から乖離している。D-2-3
イ本件比較広告では，ヒト歯の写真を背景に「ヒト唾液浸漬法での一般的なキシリトールガムとの比較試験」と題するなど，当該実験がヒト歯によるものと理解される内容となっているが，実験で使用されたのはウシ歯である。したがっD-2-3て，本件比較広告は，ウシ歯で得られた５倍という定量的な結果を，ヒト歯に対する効果として記載している点で実験の内容から乖離している。D-2-3，，ウ実験では４日間処理と８日間処理の２種類の実験が行われたところD-2-3４日間処理ではリカルデントの再石灰化効果がマイナスという不可解な結果となり，また，８日間処理では，キシリトール＋２の脱灰深度回復率とポスカムのld脱灰深度回復率との差が小さくなっているのに，本件比較広告は，キシリトーldル＋２とポスカムに係る４日間処理の結果のみが棒グラフで示されているだけであり，４日間処理の結果であることや，特定保険用商品であるリカルデントの再石灰化効果がマイナスである点は記載されていない。このように，キシリトール＋２とポスカムの４日間処理をした結果がすべてであるかのように記載している点で，本件比較広告は，実験の内容と乖離がある。D-2-3エ本件比較広告は，上記()の③の２枚の写真のうち左側の写真がキシリトー1ル＋２に関するもので，キシリトール＋２は７日間経過してもほとんど再石灰化が生じないが，ポスカムではほぼ脱灰部分が再石灰化して改善すると理解させる内容となっている。このように，実験と関係のない写真を掲載して，上記のようD-2-3に理解させる点において，本件比較広告は，実験の内容と乖離がある。D-2-3オ論文には「ＰＯｓ－Ｃａ（＋）ガム群は他のガム群に比べて再石灰TIGG   ，化がより迅速に進む「ＰＯｓ－Ｃａ含有のノンシュガーガムを摂取することは，」，エナメル質および象牙質の両方の再石灰化に効果的であると言える」と記載され。ているにすぎず，ポスカムがキシリトール＋２の５倍も再石灰化効果が高いというような記載はない。このように実験者の見解に全くないことを記載している点において，本件比較広告は，論文の内容と乖離している。TIGG()実験の   誌への掲載の目的4D-2-3TIGG本件比較広告がなされた当時，控訴人及び被控訴人が加盟する全国チューインガム業公正取引協議会（以下「ガム公取協」という）において，比較広告を実施す。るための要件として，その根拠となるデータが審査のある学術誌に発表されていることが取り決められていた。そこで，被控訴人は，日本糖質学会の学術誌であり，歯の再石灰化についての論文をそれまで一度も掲載したことのない誌を選TIGGMINIREVIEWTIGG   D-2-3び，その「」の一部として論文を掲載したものである。実験に関しては，今なお独立の論文として発表されていない。()不正競争防止法２条１項１４号，同項１３号該当性5以上のように，実験は合理性のないものであり，また，本件比較広告は，D-2-3そのような実験又は論文とも乖離したものである。加えて，   実D-2-3TIGGD-2-3験は，歯の再石灰化についての論文をそれまで一度も掲載したことのない誌TIGGの「」の一部に紹介されたものにすぎず，今なお論文としても発表MINIREVIEWされていないところ，このような実験は，５倍もの定量的な差を訴求する比較広告の根拠には到底なり得ない。
本件比較広告は，明らかに虚偽であり，また，品質を誤認させるものであって，不正競争防止法２条１項１４号所定の虚偽事実の陳述流布に当たるとともに，当該広告宣伝は，同項１３号所定の品質等誤認表示に当たるものである。
（被控訴人の主張）
()「本件比較広告の内容」との主張に対し1
本件比較広告の表示に関する①は認める。同②について，控訴人主張の棒グラフ（甲８の１，８の２）やヒト歯の写真（甲８の１，８の２，８の６）は，それぞれ本件比較広告の一部にあるのみである。同③について，控訴人主張の写真は本件比較広告の一部（甲８の１，８の２）にあるのみである。脚注が本文の記載内容を限定していないとの主張は争う。


控訴人の本件比較広告の内容についての主張は争う。同主張の「７日間」という部分は，広告右下の写真に基づくものであるが，同写真がキシリトール＋２と無関，。，係であることはこの脚注に係る記載から明らかに読み取れるものである   さらに同写真があるのは本件比較広告の一部（甲８の１，８の２）のみであって，その余（甲８の３～８の６）については，控訴人の主張は全く当てはまらない。()「   実験の不合理性」との主張に対し2D-2-3争う。実験は合理的である。D-2-3
()「本件比較広告と   実験との乖離」との主張に対し3D-2-3アの主張は争う「歯の主成分（リン酸とカルシウム）を補うこと」というのは。「歯の再石灰化」の一般的な定義であり，再石灰化を測定するパラメータが脱灰深度やミネラル喪失量Δである。   実験において脱灰深度で再石灰化をldZ   D-2-3ld評価したことは相当である。
イの主張のうち，実験で使用されたのがウシ歯であること，本件比較広告D-2-3がヒト歯に対する効果をうたったものであることは認め，その余は争う。上記のとおり，ヒト歯に対する再石灰化効果の評価にウシ歯を用いることは科学的に相当であるから，実験で使用されたのがウシ歯であることを注記する必要はない。D-2-3ウの主張は争う。４日間処理で，リカルデントの再石灰化効果がマイナスとなったのは，リカルデントに係る切片には脱灰も再石灰化も生じていなかったことを示すものであり，４日間処理に係る合計咀嚼時間（１０時間４０分）がリカルデントの推奨咀嚼時間（１８時間４０分）の半分あまりにしか達していないことを考慮す，。，（   ）ると何ら不合理ではないまた   キシリトール＋２の推奨咀嚼時間４時間５分及びポスカムの推奨咀嚼時間（９時間２０分）に照らせば，合計咀嚼時間が２１時間２０分である８日間処理ではなく，４日間処理の結果を使用することが合理的である。
エの主張は争う。上記()のとおり，本件比較広告においては，控訴人主張の２1枚の写真がキシリトール＋２と無関係であることが明らかとなっている。のみならず，同写真があるのは本件比較広告の一部（甲８の１，８の２）のみであって，その余（甲８の３～８の６）については，控訴人の主張は全く当てはまらない。オの主張は争う。
()「   実験の誌への掲載の目的」との主張に対し4D-2-3TIGGガム公取協の取決めは認めるが，その余は争う。誌は，日本糖質学会とＦTIGGＣＣＡの共同発行誌であり，世界中の研究者が引用してしかるべきレベルの一流ジャーナルのみが登録されるに登録されているものである。そして，Webof   Science歯の再石灰化に関する研究であっても，その再石灰化をもたらす物質が糖質であれTIGGTIGGば研究論文が   誌に投稿されることは何ら不適切ではない被控訴人は，。，誌に審査を経て実験を発表したのである。D-2-3()「不正競争防止法２条１項１４号，同項１３号該当性」との主張に対し5争う。
５争点３（控訴人の差止請求並びに損害賠償及び謝罪広告の請求の可否等）につ
いて
（控訴人の主張）
()控訴人の損害額1
本件比較広告は，キシリトール＋２を主力商品とする控訴人に対して，営業上の損害を生じさせるものである。
しかるところ，本件比較広告前と比較して，被控訴人のキシリトール系の機能ガムの年間売上高は，平成１５年度において約２６億３７００万円につき，平成１６年度において約５０億９６００万円につき，それぞれ増加したものと見積もることができるから，これに一般的なガム業界の利益率３５％を乗じ，なお，平成１６年度においては，本件比較広告からの時間経過を考慮してその影響力を５０％として算出した合計約１８億１５００万円が，本件比較広告により被控訴人が受けた利益である。
控訴人は，不正競争防止法５条２項により，上記被控訴人の利益額を控訴人の有形損害額と主張する。
本件比較広告による控訴人の信用低下等の無形損害額は１億円を下らない。また，本件訴訟を遂行するのに必要な弁護士費用の額は７１０７万円とするのが相当である。
控訴人は，上記損害額合計の一部請求として，１０億円を請求する。
()謝罪広告の必要性2
上記の営業上の損害及び社会的信頼に対する被害の回復には，被控訴人による謝罪広告が必要である。
()本件比較表示を含む広告宣伝の差止めの必要性3本件比較広告は，不正競争防止法２条１項１４号，同項１３号に該当するものであり，これがため，控訴人は損害を被っているのであるから，差止めの必要があることは明らかである。被控訴人は，本件比較広告は既に止めており，再開するつもりはないと主張するが，被控訴人が，本件において，本件比較広告が不正競争に該，，当することを正面から争っていることにかんがみるといつ再開するかは分からず差止めの必要性が消滅したとはいえない。
（被控訴人の主張）
控訴人の主張はすべて争う。なお，被控訴人は，既に本件比較広告の実施を止めており，今後これを再開することはないから，その差止めの必要性はない。
第４当裁判所の判断
（）１争点１のア実験の実験条件及び方法は不適切又は不合理であるか否かD-2-3
について
()脱灰深度   によって再石灰化効果を評価した点について1ld控訴人は，脱灰深度によって再石灰化効果を評価した実験は誤ったもld   D-2-3のであると主張するところ，この点についての国際学会合意及び歯の脱灰・再石灰化に関する専門家の意見は下記のとおりである。
ア国際学会合意は「口腔内モデルに関するコンセンサス会議」において合意，された評価法であり１９９２年平成４年   ４月にＦ教授によって紹介され甲，（   ）（１２１の１，２「脱灰－再石灰化現象の国際基準」であると考えられているもので），（），（，）   ，「」「」，あるが   甲２２それ甲２１の１   ２にはは   ΔTheprimaryparameter   Z，「」すなわちミネラル喪失量であるとされているもののAdesirable   optionalparameterとして，脱灰深度が挙げられている。


（）（）   ，イＥ教授の鑑定書   甲１１９の１及びＧ助教授の意見書   甲２０の１は１１脱灰深度のみで再石灰化を論ずることは不適切であり，ミネラル喪失量Δをld   Z用いることが必要であるとするものであるが，脱灰深度のみを用いることが不ld適切であるとする主たる理由は，再石灰化が生ずる部位は脱灰層の深層のみではなく，脱灰深度による評価ができない表層部分にも生ずるという点にある。Ｆ教ld   １授の控訴人宛て書簡（甲１５４の１）にも，概ね同旨の理由により，実験にD-2-3おいて脱灰深度によって再石灰化を評価したことが不適切である旨記載されてldいる。
ウ他方，Ｉ教授の鑑定書（乙１４７   ，Ｊ教授の鑑定書（乙２０４の１）に１１）は，ミネラル喪失量Δと脱灰深度とは，再石灰化の定量評価のパラメータとZldして優劣はなく，実験の目的・結果を考慮して，いずれかにより再石灰化促進効果Zを検討することは妥当であり，例えば，再石灰化促進効果がミネラル喪失量Δでは有意に検出できず，脱灰深度では有意な結果が得られたとすれば，再石灰ld化が病変深部に生じたと解釈でき，この場合，脱灰深度により再石灰化促進効ld果を評価することは妥当である旨の記載がある。脱灰深度が深部における再石ld灰化の評価のパラメータとして適切であるという点は，Ｋ教授の鑑定書（乙１４１８，Ｌ博士の鑑定書（乙１２２）等でも同旨である。）エところで，乙１０３は，唾液浸漬法でポスカムと他社ガム（キシリトール＋２，リカルデント）との比較試験の結果を報告する被控訴人の内部文書であり，４日間処理の場合と，８日間処理の場合とに分けて，脱灰深度による評価の値とldZldミネラル喪失量Δによる評価との値が記載されているところ，その脱灰深度による評価の値は，４日間処理の場合及び８日間処理の場合とも，論文（甲TIGG１７）に掲載された実験の評価の値と全く同一であるから，乙１０３に記載D-2-3D-2-3D-2-3ldされた比較試験は   実験のことであること，及び実験の際，脱灰深度だけでなく，ミネラル喪失量Δによる評価も併せなされたことが推認される。Zしかるところ，甲１７及び乙１０３によれば，上記比較試験（実験）におD-2-3ける脱灰深度とミネラル喪失量Δの値（各平均値）は，以下のとおりであるld   Zとされている（以下の記載中の「ＤＥＭ」とは，再石灰化率を算出する基準としての唾液浸漬処理を行わない切片をいう。。）
脱灰深度（μｍ）ld
４日間処理８日間処理
ＤＥＭ１２５．２１２５．２
ポスカム８５．７８２．６
キシリトール＋２１１７．８１０７．７
リカルデント１２９．６１１０．２
ミネラル喪失量Δ（μｍ・％）Zvol
４日間処理８日間処理
ＤＥＭ４５２２．１４５２２．１
ポスカム３７９７．６３５６８．５
キシリトール＋２４７０１．０４９４１．６
リカルデント４３４２．１３９０３．１
オそして，上記脱灰深度とミネラル喪失量Δ   の値に基づいて算出した再ldZ石灰化率は以下のとおりである。
脱灰深度（％）ld
４日間処理８日間処理
ポスカム３１．６３４．０
キシリトール＋２５．９１４．０
リカルデント－３．５１２．０
ミネラル喪失量Δ（％）Z
４日間処理８日間処理
ポスカム１６．０２１．１
キシリトール＋２－４．０－９．３
リカルデント４．０１３．７
カ上記実験結果を前提とすれば，キシリトール＋２については，再石灰率が，脱灰深度による場合には，プラスであり，かつ，４日間処理に比べ８日間処理ldでは相当程度に上昇しているが，ミネラル喪失量Δによる場合には，４日間処Z理においても８日間処理においてもマイナスであったのであるから，再石灰化促進効果がミネラル喪失量Δでは有意に検出できず，脱灰深度では有意な結果がZld得られた場合に該当すると認められる（なお，訴外会社製のリカルデントの４日間処理における脱灰深度％がマイナスであったことについては後述する   ４()ld3（）   （ウ。そうであれば，再石灰化が病変深部に生じたものと推認することができ，）。）上記ウ掲記の各専門家意見によれば，脱灰深度を再石灰化の定量評価のパラメldータとして用いることが適切である場合に当たるものということができる。また，再石灰化が病変深部に生じたものであるとする以上，必ずしも上記イ掲記の各専門家意見に背馳するものでもなく，上記アの国際学会合意に抵触するということもできない。
したがって，ミネラル喪失量Δによる評価も含めた，実験結果とされた値にZかんがみると，実験において，脱灰深度によって再石灰化効果を評価したD-2-3   ldこと自体は，実験の方法として不合理的であるということはできない。
()ヒト唾液浸漬法について2
ア論文（甲１７）によれば，実験におけるヒト唾液浸漬法は，以TIGG   D-2-3下のとおりのものである。
８人の健常な被験者・・・を無作為に４群に分け，二重盲検のクロスオーバーによる効果確「認試験を行った。８名の被験者には，それぞれの２粒のガム咀嚼時の唾液を全て採取した。採，（）（   ）。取時にガム咀嚼開始後１０分の唾液   ＦＳと後半１０分の唾液ＬＳ   を分けて採取した脱灰したウシエナメル質歯（２本／組）をＦＳ唾液に２０分間，ＬＳに２０分間３７℃で浸漬した。浸漬処理後エナメル質歯を直ぐに脱イオン水で洗浄した。この操作は１日４回実施し，８日間繰り返した」。


イ控訴人からの求意見に対するＴ大学歯学部のＴ教授の返答書（甲１０８）１には，ヒトの口腔内では，１日を通じて新鮮な唾液が産生され分泌され続けているから，数時間にわたって徐々に古くなり劣化しているであろう唾液にサンプルを数時間も浸漬することは，徐々に非現実的な環境を創りあげ，生体環境からますますかけ離れたものとなっているとして，実験におけるヒト唾液浸漬法に対するD-2-3，，（「」   。）否定的な意見が記載されておりまたＥ大学のＥ   教授以下Ｅ   教授という４４の意見書（甲１０９）には，再石灰化に昀も大きく影響すると考えられるプロリンリッチプロテインは，唾液が試験管内に保持されている間，分解され続けること，唾液を室温に保持するとｐＨが低下することを挙げて，ヒト唾液浸漬法がヒトの口腔内における全唾液の再石灰化に対する正確な作用を反映したものではないとする意見が記載されている。なお，控訴人従業員であるＨらが行った実験の結果報告書（甲１１８）には，ガム咀嚼唾液のｐＨ変化に関する具体的なデータが添付されている。
ウ他方，上記Ｉ教授の鑑定書（乙１４７）及びＫ   教授の鑑定書（乙１４８）１１には，唾液全体の組成が，咀嚼その他の生理学的パラメータ等の条件により大きく変化することを理由として，再石灰化効果を検証するために，口腔内でガムを咀嚼して得られる唾液を用いることは適切である旨の記載があり，また，Ｍ名誉教授１の鑑定書（乙１２３）には，科学の発達の現段階では，ヒト唾液浸漬法は，人の口腔での再石灰化の実験を定量的に行う実験として，十分妥当なものと考えられる旨の記載がある。さらに，Ｎ教授の鑑定書（乙１２４）には，プロリンリッチプロ１テインが再石灰化に昀も重要な変化を及ぼすとは考えられず（同教授は，再石灰化に昀も重要な影響を及ぼすのは，カルシウムとリン酸のイオン濃度(比)であるとするところ，これは，上記Ｉ教授及びＫ教授の鑑定書の記載とも符合する   ，採取１１。）した唾液が１６０分の間に再石灰化に影響を及ぼす程のｐＨの変化があるとも考えられないとの記載があり，ガム咀嚼唾液のｐＨ変化に関する具体的なデータが添付されている。
エ上記ウに掲記したＩ教授及びＫ   教授の各鑑定意見は，ヒトのガム咀嚼唾液１１そのものを用いれば，人工唾液（再石灰液）を用いるよりも，口腔内の環境により近い実験環境が得られるとするものと解され，それ自体として，自然な考え方であるということができる。これに対する上記イに掲記した各意見は，採取したガム咀嚼唾液が時間の経過とともに変化することを理由として，ヒト唾液浸漬法を否定するものであり，このうち，Ｅ教授の意見書が，問題となる変化の要素（プロリン４リッチプロテインの分解，ｐＨの低下）を具体的に挙げている。しかしながら，プロリンリッチプロテインが再石灰化に昀も大きく影響するとの点はＮ教授らによ１る異論があり，さらに，ｐＨの低下に関しても，同教授による，採取した唾液が１６０分の間に再石灰化に影響を及ぼす程変化はしないという指摘があるほか，乙１２４及び甲１１８にそれぞれ添付されたデータによれば，唾液のｐＨ値は，個人差が極めて大きいことが認められ，特に，乙１２４に添付されたデータ中には，スタート（採取直後の趣旨と考えられる）時のｐＨ値と１６０分経過後のｐＨ値とが。，（「」同じであったり却って上昇している例が少なからずあり平成１７年３月７日「」，「」，「」，分だけを取ってみても全２０例のうち被験者番号へ－Ａみ－Ａ   ひ－Ｂ「ま－Ｂ「む－Ｂ「も－Ｂ」の６例がこれに当たる   ，また，被験者のうち」，」，。），，のある者の１６０分経過後のｐＨ値が他の被験者のスタート時のｐＨ値と同じかそれよりも高いという組合せも数多くあってガム種による区別を考慮しまた   平（，「成１７年３月７日」分だけを取ってみても，被験者番号「へ－Ａ」と「は－Ａ，」「」，「」，「」「」，「」   ，ひ－Ａふ－Ａの各組合せ   ほ－Ａとは－Ａ   ひ－Ａの各組合せ「み－Ａ」と「ま－Ａ「む－Ａ「め－Ａ   「も－Ａ」の各組合せ「ひ－Ｂ」」，」，」，，「」，「」，「」，「」「」，「」，と   は－Ｂほ－Ｂの各組合せ   ふ－Ｂへ－Ｂと   は－Ｂひ－Ｂ「」，「」「」，「」，「」   ，ほ－Ｂの各組合せみ－Ｂ   とま－Ｂむ－Ｂ   も－Ｂの各組合せ「む－Ｂ」と「ま－Ｂ「む－Ｂ「も－Ｂ」の各組合せ「ま－Ｂ   「め－Ｂ，」，」，」，」「」「」。），，も－Ｂ   とむ－Ｂの各組合せがこれに該当する   このような状況の下ではｐＨの変化をあえて取り上げることにどれ程の意味があるかということについて，疑問を抱かざるを得ない。
以上のほか，実験条件の詳細は異なるにせよ，ヒト唾液を採取して再石灰化効果を測定する実験が他にも存在する（甲２３，乙９６，１３３～１３８，１４２）ことを併せ考えると，実験におけるヒト唾液浸漬法自体が，試験方法として不D-2-3適切であったと認めることはできない。
()ＣＭＲ写真の撮影条件について3


ア実験における撮影条件は，厚さ２００μｍに削った切片を用い，これD-2-3を富士フイルム社製高感度ポジティブフィルム（）に密FujiFine   GrainPositiveFilm着させ，蘭フィリップス社製のＸ線発生装置ＰＷ－１８３０を使用して，Ｘ線を管電圧２５ｋＶ，管電流２５ｍＡの条件で２４秒間照射し，マイクロラジオグラムを得るというものであり，また，マイクロラジオグラムの画像の解析に当たっては，，，ミネラル量プロファイルにより健全部のミネラル濃度の５％の位置を外表面とし（，９５％に達した部位までを脱灰深度として測定するというものであった乙４ld，，）。，（   ）５６０弁論の全趣旨   なおＣＭＲコンタクト・マイクロラジオグラフィとは，被写体（試料）をＸ線フィルム上に密着させ，Ｘ線を照射して，微細構造が写されたＸ線写真を撮影する手法の総称であり，ＴＭＲ（トランスバーサル・マイクロラジオグラフィ）とは，ＣＭＲの１方法で，歯のミネラル濃度の定量に特化したものをいう（上記第２の１の「争いのない事実等（原判決９頁２１～２５行，」）弁論の全趣旨。）
しかるところ，控訴人は，２００μｍという切片の厚みが厚過ぎ，またＸ線照射量が低石灰化領域で過剰であり，Ｘ線フィルムの解像度が低いなどと主張し，この（），（   ）主張に沿うＥ助教授の報告書甲１０７   もあるがＫ教授の鑑定書   乙１４８２１によれば，実験条件が注意深く決定されている限り，ＴＭＲによって約４００μｍまでの厚さのエナメル歯片のミネラル濃度の定量が可能であり，実際にＫ大学の同教授らの研究グループは，４００μｍの厚みの切片に基づく研究結果の発表をした実績があることが認められるから，ＴＭＲにより２００μｍという厚みの切片に係るミネラル濃度の定量が不可能であるということはできない。また，Ｇ助教授の１鑑定書（乙７５）に照らすと，実験に用いたＸ線フィルムの解像度が低過ぎD-2-3るとの意見も採用することはできない。
ところで，本件における直接の問題は，切片の厚みそのものやフィルムの解像度自体ではなく，実験における実際の撮影画像に，控訴人の主張するような不D-2-3都合（健全部エナメル質のミネラル濃度５％の位置を外表面位置とした場合にD0実際の外表面位置との間にかなりの誤差が生ずること）があるかどうかというD0ことに帰着するのであるから，端的にこの点について判断する。イ上記Ｋ教授の鑑定書（乙１４８）には，   実験におけるデジタル画像１D-2-3（乙６２）がミネラル濃度プロファイル作成に適していること，これが同教授の研究室でのＴＭＲ撮影に係るデジタル画像とよく似ていることが記載されている。ウ他方，Ｏ教授外１名による報告書（甲１０５）は，   実験の条件（Ｘ１D-2-3FujiFine線の管電圧２５ｋＶ管電流２５ｍＡ   照射時間２４秒富士フイルム社製，，，使用）によって撮影したとされる画像と，これとは異なる条件GrainPositiveFilmHigh（Ｘ線の管電圧２５ｋＶ，管電流２５ｍＡ，照射時間１０分，コニカ社製使用）で撮影した画像（Ｘ線発生装置はいずれも島PrecisionPhotoPlate   HRP-SN-2津社製）とを視覚的に対比し，前者において外表面位置として観察される位置が，後者におけるそれよりも歯の深層方向に１０～２０μｍ程度移動していることを述べるものである（外表面位置が歯の深層方向に移動すれば，脱灰深度の値は小ldD-2-3さくなる。Ｅ助教授の報告書（甲１０６）もこれと概ね同趣旨であるが，。）   ２実験の条件（Ｘ線の管電圧２５ｋＶ，管電流２５ｍＡ，照射時間２４秒，富士フイルム社製使用）に従ったとされるＸ線照射（Ｘ線発生FujiFine   GrainPositiveFilm装置はリガク社製ＲＩＮＴ２５００Ｖ）の際，試料の半側をアルミニウム薄板で覆って照射量を減衰し，実験の条件に従ったとされる画像と，これと対比するD-2-3画像とを同一画面上に表示させたものである。そして，それぞれの報告書に掲記された画像写真からは，両者の画像の外表面位置と思しき位置が多少ずれていることが見て取れる。また，Ｐ教授らによる報告書（甲１１０，１１１）は，厚み２０１０μｍの切片を実験の条件（Ｘ線の管電圧２５ｋＶ，管電流２５ｍＡ，照射D-2-3時間２４秒，富士フイルム社製使用）によって撮影しFujiFine   GrainPositiveFilmたとされる画像（Ｘ線発生装置はリガク社製ＲＩＮＴ２５００Ｖ）につき，健全部のミネラル濃度の５％の位置から９５％に達した位置までを脱灰深度として測ld定した結果（甲１１０）と，厚み１００μｍの切片を異なる条件（Ｘ線の管電圧１HighPrecisionPhoto０ｋＶ   管電流３ｍＡ照射時間１０分コニカ・ミノルタ社製，，   ，）（）PlateHRP-SN-2   使用で撮影した画像Ｘ線発生装置はＣＭＲ－３(ＳＯＦＴＥＸ)ldにつき，表層から健全部のミネラル濃度の９５％に達した位置までを脱灰深度として測定した結果（甲１１１）とを報告するもので，双方の結果を対比すると，前者で測定された脱灰深度の値が後者のそれよりも１０～２０μｍ程度短くなldっている。