主                    文
１原告の請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及   び理由
第１請求
芝税務署長が，原告に対し，平成１７年１１月２８日付けでした次の各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい，本件各更正処分と併せて「本件各処分」という。）をいずれも取り消す。
１原告の平成１１年１月１日から平成１１年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１１年１２月期」という。）の法人税の更正処分のうち所得金額５億７８４３万８９６６円，納付すべき法人税額１億９８７９万９３００円を超え
る部分及び過少申告加算税の賦課決定処分
２原告の平成１２年１月１日から平成１２年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１２年１２月期」という。）の法人税の更正処分のうち所得金額マイナス２４億６３１０万０８６１円を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金２４
億６３１０万０８６１円を下回る部分
３原告の平成１３年１月１日から平成１３年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１３年１２月期」という。）の法人税の更正処分のうち所得金額マイナス３５億８１８６万６１３０円を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金６０
億４４９６万６９９１円を下回る部分
４原告の平成１４年１月１日から平成１４年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１４年１２月期」という。）の法人税の更正処分のうち翌期へ繰り越
す欠損金４４億１４４６万６８６９円を下回る部分
５原告の平成１５年１月１日から平成１５年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１５年１２月期」という。）の法人税の更正処分のうち所得金額０円を超える部分，納付すべき税額マイナス１８０２円を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金３２億９９９８万３９１２円を下回る部分並びに過少申告加算税
の賦課決定処分
６原告の平成１６年１月１日から平成１６年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１６年１２月期」という。）の法人税の更正処分のうち所得金額０円を超える部分，納付すべき税額マイナス１２６０円を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金２８億１５９９万１５４６円を下回る部分並びに過少申告加算税
の賦課決定処分
第２事案の概要
本件は，原告が，原告に対してバナナを販売しているバハマ法人で租税特別措置法６６条の４にいう国外関連者に該当するＰ１からエクアドル共和国（以下「エクアドル」という。）産バナナを輸入した取引（以下「本件国外関連取引」という。）について，原告がＰ１に支払った対価の額が同条にいう独立企業間価格を超えているとして，芝税務署長が，平成１１年１２月期ないし平成１３年１２月期について，上記独立企業間価格と本件国外関連取引の対価の額との差額を原告からＰ１に対する所得移転額であると認定し，平成１１年１２月期ないし平成１６年１２月期の法人税について本件各更正処分を行うとともに，平成１１年１２月期，平成１５年１２月期及び平成１６年１２月期の過少申告加算税に係る本件各賦課決定処分をしたことに対し，本件各処分は，寄与度利益分割法を用いて独立企業間価格を算定したこと，寄与度利益分割法を用いるに当たり日本市場の特殊要因により生じた原告の営業損失を分割対象利益から控除しなかったこと，原告とＰ１が支出した販売費及び一般管理費（以下「販管費」という。）の額の割合により分割対象利益を分割したこと，理由付記に不備があることを理由に違法であると主張して，本件各更正処分のうち確定申告に係る所得金額，納付すべき法人税額を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金額を下回る部分並びに当該部分に係る過少申告加算税に係る本件各賦課決定処分の取消しを求めた事案である。
１関係法令等の定め
本件に関係する法令等の定めは，別紙１「関係法令等の定め」記載のとおりである。
なお，以下では，租税特別措置法（ただし，平成１１年１２月期ないし平成１３年１２月期については平成１３年法律第７号による改正前のもの，平成１４年１２月期については平成１４年法律第７９号による改正前のもの，平成１５年１２月期及び平成１６年１２月期については平成１６年法律第１４号による改正前のものをいう。以下同じ。）を「措置法」という。また，租税特別措置法施行令（ただし，平成１１年１２月期ないし平成１３年１２月期については平成１３年政令第１４１号による改正前のもの，平成１４年１２月期については平成１４年政令第２７１号による改正前のもの，平成１５年１２月期及び平成１６年１２月期については平成１６年政令第１０５号による改正前のものをいう。以下同じ。）を「措置法施行令」という。
２争いのない事実等
(1)当事者等
ア原告は，農産物の輸入及び卸売販売を目的とし，日本に本店を有する株式会社であり，英国領バミューダ諸島に本店を置く法人であるＰ２が原告の発行済株式の全部を保有している。
Ｐ１は，バハマに本店を置く法人であり，原告と同様，Ｐ２がその発行済株式の全部を保有している。
すなわち，原告とＰ１は，いずれもＰ２によって発行済株式の全部を保有されている兄弟会社の関係にあり，Ｐ１は，本件各事業年度において，措置法６６条の４第１項，措置法施行令３９条の１２第１項２号に規定する原告の国外関連者に該当する。
イＰ３は，Ｐ２の発行済株式の全部を保有するとともに，エクアドルに本店を置く法人であるＰ４の発行済株式の過半数を保有している。
(2)本件国外関連取引の概要等


ア原告，Ｐ１，Ｐ２，Ｐ３及びＰ４らは，「Ｐ５・グループ」を形成し，エクアドルを拠点としてエクアドル産バナナの輸出業務に携わっており，エクアドルの農園で生産されたバナナをＰ４が購入し，Ｐ１に輸出販売した上，Ｐ１が原告に販売し，原告が日本国内で卸販売している。イエクアドルでは，バナナの生産及びマーケティングの促進並びに規制のための法律の改正法（以下「バナナ管理法」という。）により，バナナ生産者からの買取価格及び同国からのバナナの輸出価格にそれぞれ下限が設定されている（以下，これらの価格をそれぞれ「最低買取価格」及び「最低輸出価格」といい，エクアドル政府によるバナナ管理法に基づくこれらの価格規制を「エクアドル政府規制」という。）。
(3)本件各処分等の経緯
ア本件各事業年度に係る原告の確定申告及び各更正処分等の経緯は，別表１－１ないし１－６記載のとおりである。
イ処分行政庁による本件各処分等の経緯について
(ｱ)同業者に対する調査等の実施
処分行政庁は，本件国外関連取引に係る独立企業間価格（以下「本件独立企業間価格」という。）の算定に当たり，措置法６６条の４第２項１号イが定めている「独立価格比準法」，同号ロが定めている「再販売価格基準法」又は同号ハが定めている「原価基準法」の３種類の方法（以下，これらの方法を総称して「基本三法」という。）を用いることができるか検討するために，本件国外関連取引と比較可能な取引を選定するため同業者に対する調査を行うこととし，まず，バナナの輸入に関する同業者団体に臨場し，各団体の加入各社の状況から調査対象とすべきバナナの輸入業者と考えられる法人が２５社あることを把握した。処分行政庁は，上記２５社に対し，①果実の輸入販売に係る取引商品の種類及び年間取扱高，②取引上位３商品に係る商品別の仕入先，住所，国外関連者該当の有無及び仕入価格算定方法，③取引上位３商品に係る商品別の売上先，住所及び売上価格算定方法，④直近の６事業年度に係る全社損益，輸入バナナの取引損益，その他取扱輸入青果の損益について，回答を求めたところ，当該２５社全社から回答を得たが，そのうち７社は，実際にはバナナの輸入仕入れを行っていないことが判明したことから，これを除外することとした。
残る１８社のうち４社は，台湾産バナナを取り扱う業者であることが判明したところ，台湾産バナナの輸入取引は，エクアドル産バナナの輸入取引と異なり，季節商品として取引期間が限定されているため継続的な契約と異なり取引価格が固定されにくく，取引数量も大きく異なる上，台湾産バナナは，固有のブランド力ともいうべき付加価値があると評価されており，その取引価格はエクアドル産バナナに比べて高値であったことから，このような取引時期や取引数量，商品の持つ固有のブランド力の違いは，台湾産バナナとエクアドル産バナナの各輸入取引における取引価格や利益率に大きな影響を与えているが，その差異を数値化して調整することは困難であるとして，これら４社を検討の対象から除外することとした。
残る１４社のうち４社は，国外関連者との間でバナナの輸入取引を行う業者であることが判明したところ，そもそも独立企業間価格は，支配従属関係にない独立した企業間において取引条件その他の事情が同一又は類似の状況の下で行われたとした場合に成立するであろう対価の額を算定しようとするものであるから，国外関連者との取引を比較対象取引とすることは意味がないとして，これら４社を検討の対象から除外することとした。
また，上記１４社のうち別の３社は，原告と比較してバナナの販売規模が約４０分の１から約４００分の１と極端に小規模であることが判明したところ，かかる取引規模の差異が取引価格や利益率に与える影響について，その差異を調整するには困難が生じる可能性が高いとして，これら３社を検討の対象から除外することとした。
さらに，上記１４社のうち別の３社は，バナナの仕入販売ではなく，その輸入金額に応じて手数料を収受するという輸入代行取引を行う業者であり，輸入販売業者である原告とは事業形態や取引上果たす機能が異なることが判明したため，検討の対象から除外することとした。残る４社のうち１社は，平成１６年４月頃からエクアドル産バナナの輸入取引を開始した新規参入業者であったところ，同社によるエクアドル産バナナの取引は，仕入販売ではなく，輸入代行取引であり，原告とは事業形態や取引上果たす機能が異なる上，一般に事業の立上げ時期は事業が効率化しておらず，取引数量も少ない等の事情により，継続的に活動している法人と比べて取引価格や利益率に看過できない差異が生じ，取引規模にも大きな差異があるとして，検討の対象から除外することとした。
残る３社のうち２社は，自社の責任における輸入販売取引を事業内容としているものの，仕入価格が販売価格から一定の手数料，関税その他経費を控除して決定され，日本の市況変動リスクを負担せず，実質的に販売数量の一定率が利益となるような形で設定されており，原告とは利益構造について差異があり，商品の売残り値引き等による損失発生リスクについて差異を数値化して調整することは困難であるとして，検討の対象から除外することとした。
以上の結果，処分行政庁は，残ったフィリピン産バナナの輸入取引を行う１社（以下「Ａ社」という。）に絞り，同社の取引を比較対象とすることとした。
(ｲ)基本三法を用いた比較対象取引の選定の検討処分行政庁は，独立価格比準法（措置法６６条の４第２項１号イ）における比較対象取引は，国外関連取引と「同種の棚卸資産」について「同様の状況」でなされたものである必要があるところ，Ａ社が取り扱う商品はフィリピン産バナナであり，エクアドル産バナナの輸入取引である本件国外関連取引とは，棚卸資産の種類，生産地，輸出国等の点で差異が認められるとして，独立価格比準法を用いて本件独立企業間価格を算定することはできないと判断した。
また，原価基準法（措置法６６条の４第２項１号ハ）は，内国法人の再販売機能に着目し，棚卸資産の取得原価に通常の利潤を加算することで独立企業間価格を算定する方法であり，内国法人が棚卸資産を非関連者から仕入れて関連者に再販売した場合を想定した算定方法であるが，原告は棚卸資産であるエクアドル産バナナを国外関連者から仕入れ，非関連者に再販売しているため，原価基準法を採用することもできないと判断した。


再販売価格基準法（措置法６６条の４第２項１号ロ）は，国外関連取引に係る棚卸資産の買手が非関連者に対して当該棚卸資産を再販売した対価の額から通常の利潤の額を控除して計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法であり，この通常の利潤の額は，非関連者から購入した国外関連取引に係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を非関連者に販売した取引に基づいて算定する（措置法施行令３９条の１２第６項）ところ，エクアドル産バナナには，バナナ管理法に基づき，バナナ生産者からの買取価格及びバナナの輸出価格にそれぞれ最低買取価格及び最低輸出価格が設定されており，かかるエクアドル政府規制は，通常の利潤の額の算定等に影響を及ぼすことが客観的に明らかであり，その差異の調整が必要である（措置法施行令３９条の１２第６項ただし書）が，最低買取価格及び最低輸出価格の算出方法や計算式等は明らかでなく，実際にエクアドル政府により定められた最低輸出価格の推移からも，その算定根拠を推認させるような何らかの規則性を認めることはできず，結局，エクアドル政府規制が本件国外関連取引の対価や利益率に及ぼす影響額を具体的，客観的に算定して数値化することができず，その差異を調整できないとして，再販売価格基準法を用いて本件独立企業間価格を算定することはできないと判断した。(ｳ)寄与度利益分割法（措置法施行令３９条の１２第８項）の適用処分行政庁は，原告及びＰ１は，エクアドル産バナナの取引価格について交渉することもなく，日本の市況動向や原告及びＰ１の財務状況を掌握しているＰ４がこれを一方的に決定し，原告及びＰ１は，エクアドルで生産されたバナナが日本で販売されるまでの事務作業を分担し，そのために要する費用をそれぞれ負担していると認められ，いわばＰ４を含むＰ５・グループが日本にエクアドル産バナナを販売するための手足として流通段階における各々の業務を担っているに過ぎないとして，原告及びＰ１との間の本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定に当たっては，双方の営業利益の合計を，その利益を生むために要した費用に応じて分割するという寄与度利益分割法により算定することが最も適していると判断した。
(ｴ)分割要因の選択
処分行政庁は，措置法施行令３９条の１２第８項は，寄与度利益分割法に用いる分割要因について，「支出した費用の額，使用した固定資産の価額その他これらの者が当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」と規定しており，具体的な分割要因としてどのようなものを用いるべきかは，取引両当事者の果たす機能を正確に分析し，様々な行為に妥当なウェイト付けを行い得る基準である必要があるところ，本件国外関連取引は，エクアドル産バナナという１種類のみを仕入れたままの状態で売買するという単純な取引であり，本件国外関連取引に関し，原告及びＰ１が行う業務は，いずれもエクアドル産バナナの仕入販売業務及びこれを支える一般管理業務のみであり，研究開発や製造など他の業務を伴うものではなく，これらの業務は，製造設備等の固定資産，重要な無形資産等を使用するものではなく，専ら両社の役員，従業員による仕入販売活動及びこれを支える管理業務に支出された費用により実現されたものであるから，原告とＰ１がそれぞれ行った上記業務の利益獲得に対する相対的寄与度は，両社の仕入販売活動及びこれを支える管理業務に関して発生した全ての費用の額，すなわち両社の販管費の額が指標となるものといえるとして，寄与度利益分割法により，原告及びＰ１との間の独立企業間価格を算定するに当たっては，その分割要因を両社が支出した販管費とするのが最適であると判断した。
(ｵ)本件独立企業間価格の算定
処分行政庁は，以上の判断に基づき，本件各事業年度の本件独立企業間価格は，Ｐ１の原告に対する取引に係る営業利益を円換算した額（別表８⑦欄）及び原告の営業利益の額（別表８⑭欄）の合計額，すなわち，分割対象利益の額（別表８⑯欄）に，Ｐ１の原告に対する取引に係る販管費の額（別表８⑥欄）及び原告の販管費の額（別表８⑬欄）の合計額に占める原告の販管費の額の割合（別表８⑰欄）を乗じた額（別表８⑱欄）が，原告の税務上の調整後営業利益の額となり，原告の売上高（別表８⑨欄）から，当該原告の税務上調整後営業利益（別表８⑱欄）及び原告の販管費の額（別表８⑬欄）の合計額を減算した金額が，本件国外関連取引に係る独立企業間価格（別表８⑲欄）となり，原告の申告上の売上原価（別表８⑩欄）から原告の本件独立企業間価格（別表８⑲欄）を減算した額が，国外関連者であるＰ１への所得移転額（別表８⑳欄）であるとして，本件各処分をした。
ウ本件各処分の根拠及び適法性について
本件各処分の根拠及び適法性についての被告の主張は，別紙２「本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張」記載のとおりである。エ原告は，平成１８年１月２６日，本件各処分を不服として，東京国税局長に対し，異議申立てをしたが，平成１９年６月２２日付けでこれを棄却する旨の決定を受けたため，同年７月２３日，国税不服審判所長に対し，審査請求をしたが，平成２１年５月２８日付けでこれを棄却する旨の裁決を受けたことから，同年１１月２７日，本件各処分の取消しを求めて本件訴訟を提起した。
３本件の争点
本件の争点は，本件各処分の適法性に関する以下の４点である。(1)本件独立企業間価格を算定するに当たり，寄与度利益分割法を用いたことの違法性（寄与度利益分割法は，基本三法を用いることができない場合に限り，これを用いることができる（措置法６６条の４第２項１号柱書）ところ，本件国外関連取引について，基本三法のうち再販売価格基準法を用いるに当たり，エクアドル政府規制が「通常の利益率」（同号ロ）の算定に当たって必要な調整を加えるべき「差異」（措置法施行令３９条の１２第６項）に当たるにもかかわらず，その調整が不可能であるとして，再販売価格基準法を用いることができないとしたことは違法か否か。）（以下「争点１」という。）。


(2)寄与度利益分割法を用いて本件独立企業間価格を算定するに当たり，原告が平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において計上した営業損失の全額を分割対象利益としたことの違法性（上記各事業年度における原告の営業損失の全部又は相当部分は，日本市場におけるエクアドル産バナナの市場価格の下落などの日本市場の特殊要因により生じたものであって，本件国外関連取引に係る対価の設定とは無関係であるから，これを分割対象利益から除外すべきであったのにそれをせず，営業損失の全額を分割対象利益としたことは違法か否か。）（以下「争点２」という。）。(3)寄与度利益分割法を用いて本件独立企業間価格を算定するに当たり，分割要因として，原告及びＰ１が支出した販管費を用いたことの違法性（措置法施行令３９条の１２第８項は「支出した費用の額，使用した固定資産の価額その他これらの者が当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」を分割要因とすべき旨規定しているところ，本件において，原告及びＰ１が支出した販管費がこれに当たるとしたことは違法か否か。）（以下「争点３」という。）。
(4)本件各処分に係る理由付記の不備の有無（以下「争点４」という。）
４本件の争点に関する当事者の主張
(1)争点１（本件独立企業間価格を算定するに当たり，寄与度利益分割法を用いたことの違法性）について
（原告の主張）
ア再販売価格基準法を適用するに当たり，国外関連取引に係る棚卸資産の買手が当該棚卸資産を非関連者に対して販売した取引と比較対象取引との間に，その売手の果たす機能その他において差異がある場合でも，両者の間に存在する全ての差異を調整しなければならないものではなく，「通常の利益率」（措置法６６条の４第２項１号ロ，措置法施行令３９条の１２第６項）に客観的に明らかな重大な影響を与える差異についてのみ調整すれば足りる。
イ(ｱ)措置法施行令３９条の１２第６項が，調整すべき差異として「売手の果たす機能」を明示していることからすれば，比較対象取引との比較においては，「売手の果たす機能」が最も重視されるところ，原告とＡ社の果たす機能は類似しており，Ａ社の売上総利益率は原告にも当てはまるべきものであるから，Ａ社の売上及び原価並びにＡ社と原告の機能の類似性の判断について，エクアドル政府規制の影響が及ぶ余地はない。
(ｲ)バナナ輸入業者による加工業者等に対する再販売は，需要と供給によって定まる市場価格である浜値で取引されており，フィリピン産バナナとエクアドル産バナナは競争関係にあるから，原告のエクアドル産バナナの再販売価格にエクアドル政府規制の影響が及ぶ余地はない。(ｳ)したがって，再販売価格基準法を適用するに当たり必要な要素であるＡ社の売上及び原価，Ａ社と原告の機能の類似性の判断，原告の再販売価格のいずれについても，エクアドル政府規制の影響が及ぶ余地はない。
ウ(ｱ)最低輸出価格は，平均すると，本件独立企業間価格を基に算定したバナナ１カートン当たりの独立企業間価格の２分の１未満であるところ，この両者の金額の差異が日本にエクアドル産バナナを輸出する際の輸送費及び保険費用並びにＰ１と同様の機能を果たす独立企業の通常の利益率をカバーするのに十二分なものであれば，エクアドル政府規制は日本への輸出価格，すなわち，日本の輸入業者による輸入価格に影響を及ぼすものではないことになる。
(ｲ)卸売業は，他の業種に比べて売上総利益率が安定することを前提とすれば，エクアドル産バナナの日本での浜値の値動きと独立の類似業者の売上原価の動きは，大きく乖離することはないと推測されるところ，浜値の値動きと最低輸出価格の値動きとの間には全く関連性が認められないと推測され，その結果，独立の類似業者の売上原価の動きと最低輸出価格の値動きとの間にも関連性が認められず，最低輸出価格と「通常の利益率」との間にも関連性は認められないと推測される。よって，エクアドル政府規制が「通常の利益率」に重大な影響を及ぼしていると解することはできない。
エ以上によれば，エクアドル政府規制の有無は，バナナ輸入業者の「通常の利益率」の算定に客観的に明らかな重大な影響を与える差異であるとは認められないから，再販売価格基準法の適用に当たり，調整を行うべき差異であるとはいえないところ，被告は，他に再販売価格基準法を用いることができない理由を主張立証していない。よって，基本三法を用いることができないことにつき立証がないことになるから，寄与度利益分割法を用いたことは違法である。
（被告の主張）
ア(ｱ)エクアドル政府規制は，バナナ生産者からの買取価格の最低価格である最低買取価格及びバナナの輸出価格の最低価格である最低輸出価格を設定するものであり，これらの価格は，エクアドル政府による厳格な規制，監視下にあるため，エクアドルのバナナ生産者から直接バナナを買い取る業者が最低買取価格を下回る価格でバナナを仕入れること及び日本にエクアドル産バナナを輸入仕入れする者が最低輸出価格を下回る価格で仕入れることは，いずれも事実上不可能である。(ｲ)日本にエクアドル産バナナを輸入する際の仕入原価は，バナナ自体の価格に運送費，保険料等のその他の原価及び売手の利益等の積上げからなるものであるところ，最低輸出価格の設定によるバナナの価格の上昇分は，その他の原価等と共に積み上げられ，日本の輸入価格に加算され，エクアドル政府規制が存在しない場合に比べて日本の輸入価格を引き上げる要素となるものであるから，エクアドル政府規制は，本件国外関連取引に係る取引価格に大きな影響を及ぼし，取引当事者による自由な価格の設定を阻害する要因となっていたことが認められる。(ｳ)したがって，エクアドル以外の国からバナナを輸入する取引を本件国外関連取引の比較対象取引とする場合，当該国にエクアドル政府規制と同様の政府規制が存在しないことは，比較対象取引に係る売上原価に影響を及ぼす要因であるといえ，売上原価は，「通常の利益率」の重要な算定要素であるから，エクアドル政府規制が「通常の利益率」に影響を及ぼす規制であることは明らかである。
イ原告は，比較対象取引との比較においては「売手の果たす機能」が最も重視されるところ，原告とＡ社の果たす機能は類似しているからＡ社の売上総利益率は原告にも当てはまるべきものであると主張する。しかし，措置法施行令３９条の１２第６項は，比較対象取引との間で差異を調整することが必要な場合について，「売手の果たす機能その他において差異がある場合」と規定しており，「売手の果たす機能」は，調整が必要な差異の例示にすぎず，棚卸資産の種類や役務の内容等，取引段階，取引数量，契約条件，取引時期，売手又は買手の果たす機能，売手又は買手の負担するリスク，売手又は買手の使用する無形資産，売手又は買手の事業戦略，売手又は買手の市場参入時期，政府の規制及び市場の状況等に着目して，広く差異調整の要否を判断すべきものとしていることは明白である。


ウ(ｱ)原告は，最低輸出価格と本件独立企業間価格を基に算定したバナナ１カートン当たりの独立企業間価格との差額が日本にエクアドル産バナナを輸出する際の輸送費及び保険費用並びにＰ１と同様の機能を果たす独立企業の通常の利益率をカバーするのに十二分なものであれば，エクアドル政府規制は日本の輸入業者による輸入価格に影響を及ぼさないことになる旨主張する。
しかし，原告は，本件国外関連取引の当事者であり，その実態について十分な情報を有しているはずであるにもかかわらず，最低輸出価格と上記のバナナ１カートン当たりの独立企業間価格との差額が輸送費及び保険費用等をカバーするのに十二分なものであるか否かについて，その根拠も示していないのであるから，そもそも主張自体失当である。また，国外関連取引と比較対象取引に係る差異の調整の要否は，独立企業間価格を算定するに当たり，基本三法を適用できるか否かを判断する過程で検討すべき問題であるから，処分行政庁が基本三法を適用できないと判断した上で，寄与度利益分割法を適用して算出した独立企業間価格から概算した価格を根拠に，エクアドル政府規制に係る差異の調整の要否を論ずることは，そもそも前提を誤っている。
(ｲ)また，原告は，卸売業の利益率が他の業種に比べて安定することを前提とすれば，エクアドル産バナナの浜値の値動きと独立の類似業者の売上原価の動きは大きく乖離することはないと推測されるところ，エクアドル産バナナの浜値の値動きと最低輸出価格の値動きとの間に全く関連性が認められないから，エクアドル政府規制が「通常の利益率」に重大な影響を及ぼしているとは解することはできない旨主張する。しかし，卸売業の利益率が他業種に比べて安定するとの一般論から，各時期における商品の卸売価格の指標である浜値と輸入価格の推移が連動するとの結論が直ちに導かれるものではなく，原告の主張はその前提に論理の飛躍がある。
エ以上によれば，エクアドル政府規制は，「通常の利益率」に影響を及ぼす規制であることは明らかであるところ，エクアドル政府規制により本件国外関連取引に係る対価の額や利益率にどのような影響があるかを数値化して特定し，その差異を適正に調整することは不可能であったため，再販売価格基準法を用いることはできなかった。そして，基本三法のうち他の方法を用いることもできなかったから，寄与度利益分割法を用いたことは適法である。
(2)争点２（寄与度利益分割法を用いて本件独立企業間価格を算定するに当たり，原告が平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において計上した営業損失の全額を分割対象利益としたことの違法性）について
（原告の主張）
ア(ｱ)移転価格税制は，独立企業原則の下，「特殊の関係」が認められる法人と国外関連者間の国外関連取引について，その価格設定が独立企業間価格から乖離することにより所得が国外に移転することに対処するための制度であるから，当該価格設定と無関係な取引対象商品に対する需要の大幅な変動等といった当事者が支配できない市場の特殊要因が，国外関連取引の一方当事者のみならず非関連取引を行う類似企業にも同様の損失をもたらしている場合には，かかる営業利益の減少に対して移転価格税制を適用することは，独立企業原則及び移転価格税制の趣旨に反するため許されず，独立企業間価格を算定するに当たっては，その影響を排除しなければならない。
(ｲ)１９９５年に経済協力開発機構（ＯＥＣＤ）が公表した「多国籍企業と税務当局のための移転価格算定に関する指針」（以下「ＯＥＣＤ新移転価格ガイドライン」という。）３．４も，「独立企業原則の下では，失敗の原因が商業上の要因に帰せられる場合に平均より成功していない企業に追加的な税負担を課すことは正当化されない。」と述べ，特殊の関係による移転価格の設定及び利益の歪み以外の商業上の要因による利益の減少を理由に移転価格課税を行ってはならないとしている。イ(ｱ)寄与度利益分割法以外の独立企業間価格の算定方法，すなわち，基本三法及び基本三法に準ずる方法，取引単位営業利益法，比較利益分割法及び残余利益分割法においては，移転価格の設定とは無関係な市場の特殊要因が売上総利益又は営業利益に影響を及ぼしているときは，適切な非関連者間の比較対象取引を選定し，これと比較することにより，その影響を排除すべきものとされている。これは，独立企業原則及び移転価格税制の趣旨に基づくものであるから，比較対象取引を使用して独立企業間価格を算定する基本三法等に限定されるものではなく，寄与度利益分割法の場合にも同様に当てはまる。
(ｲ)また，営業利益は，粗利益や価格に影響を及ぼさない種々の要因によって影響を受けるため，取引単位営業利益法や残余利益分割法においては，独立の類似法人との比較により，移転価格の設定以外の要因による営業利益への影響を排除すべきものとされているところ，寄与度利益分割法も，これらの方法と同じく営業利益を用いる方法であるから，独立の類似法人も同様に受けた移転価格の設定以外の要因による営業利益への影響を排除すべきことは同様である。
ウ(ｱ)平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において原告が多額の営業損失を計上した理由は，バナナの輸入量が急増した後の需要の大幅な減少，エクアドル産バナナの競合品であるフィリピン産ハイランドバナナの輸入量の急増，エクアドル産バナナの輸送中の品質管理方法を切り替えたことに対する顧客からの誤解に基づくクレーム及びエクアドル産バナナの残留農薬に係る風評問題の発生等により，日本市場におけるエクアドル産バナナの浜値が大幅に下落し，又は顧客が原告との取引を減少させたことにある。
これらは，国外関連取引の当事者が支配できない日本市場の特殊要因であり，他のバナナ輸入販売業者にも当てはまるものであって，移転価格の設定とは無関係であるから，移転価格税制を適用するに当たっては，これらの要因により生じた営業損失は，当該市場，すなわち日本側の輸入販売業者である原告に帰属させ，その影響を排除する必要がある。
(ｲ)平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において原告が計上した営業損失が日本市場の特殊要因によるものであることは，平成１１年１２月期，平成１４年１２月期ないし平成１６年１２月期における本件国外関連取引に係る原告の営業利益率が他のバナナ輸入販売業者よりも極めて高いこと，平成１４年１２月期及び平成１５年１２月期には，原告が多額の営業利益を計上する一方，Ｐ１が多額の営業損失を計上しており，本件国外関連取引による所得の国外移転がなかったといえることからも示されている。


(ｳ)また，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期には，エクアドル産バナナを取り扱う原告のみならず，フィリピン産バナナを取り扱うＡ社の売上総利益率及び営業利益率も大幅に低下しているところ，原告とＡ社は，類似の機能を果たし，類似のリスクを負っており，上記各事業年度においては，フィリピン産バナナの浜値もエクアドル産バナナとほぼ同じ比率で下落しており，原告の売上総利益率及び営業利益率とエクアドル産バナナの浜値との間，Ａ社の売上総利益率及び営業利益率とフィリピン産バナナの浜値との間には，それぞれ非常に高い相関関係が認められるから，上記各事業年度における原告及びＡ社の売上総利益率及び営業利益率の低下は，バナナの浜値の大幅な低下によるものであると合理的に認められる。
エこのように，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期においては，独立企業間取引か国外関連取引か，フィリピン産バナナかエクアドル産バナナかにかかわらず，バナナの輸入業者は大幅に利益を減少させたのであるから，その利益の減少は，移転価格の設定とは無関係な日本市場の特殊な要因によるものというべきである。よって，移転価格税制を適用するに当たり，日本市場の特殊な要因により生じた営業損失は，日本の輸入販売業者である原告に帰属させることにより，その影響を排除する必要がある。
したがって，原告が平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において計上した営業損失の全額を分割対象利益としたことは違法である。
（被告の主張）
ア(ｱ)原告は，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において原告が計上した営業損失は，日本市場の特殊要因に起因するものであるから，寄与度利益分割法を適用するに当たり，当該損失を分割対象利益から除外すべき旨主張する。
しかし，寄与度利益分割法について定めた我が国の租税法規に，市場の特殊要因に起因する損失を分割対象利益から除外する旨を定めた規定は存在しないから，原告の主張は，租税法規により定められた独立企業間価格の算定方法を逸脱した独自の見解というほかない。(ｲ)そもそも取引価格は，需要の状況，生産者側の供給動向，消費者等の購買動向等の市況の状況，為替の動向，経済情勢等の取引当事者がその価格や利益への影響を完全にコントロールすることができない種々の要素の影響を受けて形成されるものであり，取引当事者は，これらの種々の要素の存在を踏まえつつ，具体的な取引価格を決定するなどの経済活動を行い，そうした種々の要因が作用した結果が営業利益となって現れるものである。
そして，国際取引においては，特定の地域で生じた要因に基づき需給等の環境に変化が生じた場合，取引にかかわる全ての者が，その影響を受けることが一般的であるところ，寄与度利益分割法は，関連者間の国外関連取引から生じる所得を，当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因に応じて当該各関連者に帰属するものとして計算した金額を当該国外関連取引の対価の額とする方法であり，その所得には，このような市場の状況変化の影響を受けた結果生じたものも反映されているのであるから，仮に，非関連取引を行う当事者も同様の影響を受けているとしても，そのことは国外関連取引の当事者に生じた国外関連取引に係る所得をその寄与度に応じて帰属させる過程において，何ら影響を及ぼすものでないから，分割対象利益から市場の特殊要因を除外すべき理由にはならない。
(ｳ)ＯＥＣＤ新移転価格ガイドライン３．４は，その前段において「平均より低い利益を上げているということを主な理由として企業を過大に課税…する結果をもたらすように用いられてはならない。」と規定しているとおり，当該企業の利益が平均より低いことを主たる理由として過大に課税することを禁止しているにすぎないところ，本件において，処分行政庁は，原告の申告利益が平均的企業より低いことを主たる理由として移転価格税制を適用したものではないから，上記ＯＥＣＤ新移転価格ガイドライン３．４の趣旨に反するものではない。
イ(ｱ)原告は，寄与度利益分割法以外の独立企業間価格の算定方法においては，適切な比較対象取引を選定し，これと比較することにより，市場の特殊要因による売上総利益又は営業利益への影響を排除すべきものとされているから，寄与度利益分割法においても，同様に市場の特殊要因による影響を排除する必要があると主張する。
しかし，基本三法等は，比較対象取引が存在することを前提に，その取引価格，売上総利益率又は営業利益率を用いて独立企業間価格を算定する方法であるため，比較対象取引に該当するかどうかの判断において，差異の調整が可能か否かを含め，市場の状況など種々の要素の類似性が考慮されることになるのに対し，寄与度利益分割法は，分割対象利益を国外関連取引の内容に応じて，関連者が当該分割対象利益の発生に寄与した程度を推測するにふさわしい要因により分割する方法であり，比較対象取引が存在しない場合であっても独立企業間価格を算定する方法であるから，そもそも他の独立企業間価格の算定方法とは根本的に異なる。
(ｲ)取引単位営業利益法，残余利益分割法及び寄与度利益分割法の各算定方法が営業利益を用いる点で共通するとしても，寄与度利益分割法は，取引単位営業利益法及び残余利益分割法とは異なり，比較対象取引が存在しないのであるから，その算定に当たって比較対象取引が存在することを前提として独立企業間価格を算定する上で必要な移転価格以外の要因による営業利益への影響を排除すべきとする理由はない。ウ(ｱ)原告は，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において原告が多額の営業損失を計上した理由は，日本市場におけるバナナの浜値が大幅に下落したことなどの日本市場の特殊要因のためであり，これらは，他のバナナ輸入販売業者にも当てはまるものであって，移転価格の設定とは無関係であるから，これらの要因により生じた営業損失は，日本側の輸入販売業者である原告に帰属させ，その影響を排除する必要があると主張する。
しかし，そもそも浜値等の市場価格の変動による損失は，青果の卸売業界に限らず自由主義経済下においては常に発生し得るものであり，何ら特殊の要因による特殊の損失ではない。また，なぜ独立企業間であれば，日本の市場価格の下落により生じた損失の全てを日本法人が当然に負担すべきであるのか，すなわち，なぜ日本の市場価格の下落が独立企業間価格に影響しないといえるのか，その理論的根拠も不明である。(ｲ)また，バナナの市場価格は，平成１０年から平成１１年にかけて既に下落し始めているところ，原告は，平成１０年１２月期には営業損失を計上したものの，バナナの市場価格が更に下落したとされる平成１１年１２月期には，正反対に営業利益が好転している。逆に，バナナの市場価格が再度上昇したとされる平成１２年から平成１３年にかけて，Ａ社の売上総利益率が回復しているのに対し，原告は，バナナの市場価格の動きと正反対に営業損失が大幅に拡大している。
これらによれば，原告の営業損益が日本国内のバナナの市場価格と連動しているとは到底いえないから，両者が連動していることを前提とする被告の主張は，その前提を欠く。


エ以上によれば，原告が平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において計上した営業損失の全額を分割対象利益としたことは適法である。(3)争点３（寄与度利益分割法を用いて本件国外関連取引に係る独立企業間価格を算定するに当たり，分割要因として，原告及びＰ１が支出した販管費を用いたことの違法性）について
（原告の主張）
ア措置法施行令３９条の１２第８項は，分割要因について，「当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」と規定し，これを受けて，租税特別措置法関係通達（法人税編）（昭和５０年２月１４日直法２－２（例規）国税庁長官通達。ただし，平成１６年課法２－１４による改正前のもの。以下「措置法通達」という。）６６の４
ふさわしいこと（定量的関係）のいずれも満たすと認められるものを選定しなければならない。
イ(ｱ)他のバナナの輸入販売業者の販管費と営業利益との関係を検討したところによれば，およそバナナの輸入販売業界において，販管費の支出が増加すれば営業利益が増加するという定性的関係は認められず，ましてや両者の間に定量的関係は認められない。
(ｲ)また，前記のとおり，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において原告が計上した営業損失は，移転価格の設定とは無関係な日本市場の特殊要因によって生じた損失であるところ，原告の営業損失とＰ１の営業利益の絶対値を比較すると，原告の営業損失の方が大きいから，上記各事業年度における分割対象利益は，その全てがエクアドル産バナナの浜値の大幅な下落及び顧客による原告との取引量の減少という日本市場の特殊要因により生じた原告の損失から構成されることになる。したがって，原告の販管費との間に関連性はなく，また，Ｐ１の損益は一切含まれていないことになるから，Ｐ１の販管費との間にも関連性はない。
(ｳ)Ｐ１は，Ｐ４からエクアドル産バナナを購入し，唯一の顧客である原告に販売し，その関連の輸送を行うものであり，顧客の維持，開拓等の必要が一切ないのに対し，原告は，長期間をかけてエクアドル産バナナの販売，流通網を構築，維持し，自己名義で商標登録を行い，顧客からの代金回収リスクも負っているから，両者の活動を仕入販売業務として同列に論じることはできない。
(ｴ)原告の販管費には，広告宣伝費，従業員等の給与，賃借料，減価償却費，貸倒引当金繰入額等が計上されているのに対し，Ｐ１の販管費には，従業員等の給与のほか，多額の弁護士費用，会計事務所及びコンサルタントへの支払が計上されているところ，このような多種多様な個別の販管費のそれぞれが所得の発生に対する寄与度は異なるから，それぞれの費用が分割対象利益の発生にどのように寄与しているか明らかにすべきである。
ウ(ｱ)寄与度利益分割法は，恣意的結果をもたらしやすく，分割要因の選定次第では非常識又は不合理な結論を生じかねないことから，当該分割要因を用いて独立企業間取引を行う同業他社の利益を分割した場合の結果と実際の同業他社の財務データが一致しているか，国外関連取引に当該分割要因を用いて寄与度利益分割法を適用した結果に基づく営業利益率や売上総利益率が同業他社の営業利益率や売上総利益率と著しく乖離していないかなどの検証を行うことが不可欠であって，寄与度利益分割法を適用した結果が不合理なものとなっている場合には，当該寄与度利益分割法の適用は違法となる。
(ｲ)本件各更正処分を反映させた平成１１年１２月期における原告の営業利益率は，他のバナナ輸入販売業者４社の営業利益率の約１２倍から約５０倍となっており，明らかに異常かつ非常識な結果である。また，本件各更正処分を反映させた平成１１年１２月期及び平成１２年１２月期における原告の売上総利益率は，バナナの輸入販売事業という原告と同様の事業を行い，類似の機能を果たし，バナナの浜値の大幅な下落という日本市場の特殊要因の影響を受けたＡ社の売上総利益率を大きく上回っており，不合理である。
これらのことは，販管費が分割対象利益の発生に寄与した程度を合理的に推測するに足りる要因でないことを明確に示している。(ｳ)これに対し，被告が比較対象として選定したバナナ輸入販売業者９社は，いずれも原告に比べて販売規模が極端に小規模であったり，仕入販売ではなく輸入代行取引を行う業者であったり，原告と利益構造について差異があるなど，原告との比較可能性を欠くから，これらのバナナ輸入販売業者の売上総利益率及び営業利益率と，原告の本件各更正処分後の売上総利益率及び営業利益率を比較することは意味がない。エ以上によれば，本件国外関連取引において，原告とＰ１が支出した販管費は，「当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」とはいえないから，販管費を分割要因としたことは違法である。
（被告の主張）
ア(ｱ)分割要因として何を用いるべきかは，取引両当事者の果たす機能を正確に分析し，製造，輸送，販売等の当該取引に係る行為に妥当なウェイト付けを行い得る基準である必要があり，一般的には費用に着目して選定すべきものであるが，企業グループ内部の取引において，取引両当事者が果たす機能の形態は様々であるため，研究開発，製造，販売，役務提供等の寄与の性格や程度，企業グループの特殊事情及び入手可能な情報等に応じ，個々の事案に即して決定すべきである。また，国外関連取引に係る所得発生に対する「寄与の程度」（措置法施行令３９条の１２第８項）とは，法人と国外関連者との間で営業利益を分配するに当たり前提とすべき各取引当事者の行為の寄与度をいうのであるから，当然，法人と国外関連者の関係における相対的なものであり，具体的な利益又は損失との数学的な比例関係を指すものではない。(ｲ)本件国外関連取引に関し，原告及びＰ１が行う業務は，いずれもエクアドル産バナナの仕入販売業務及びこれを支えるための一般管理業務のみであり，これらの業務は，製造設備等の固定資産，重要な無形資産等を使用するものではなく，専ら両社の役員，従業員による仕入販売活動及びこれを支える管理業務に支出された費用により実現されたものであるから，原告及びＰ１がそれぞれ行った上記業務の利益獲得に対する相対的寄与度は，両社の仕入販売活動及びこれを支える管理業務に関して発生した全ての費用の額，すなわち両社の販管費の額が指標となる。イ(ｱ)原告は，分割要因と分割対象利益との間に，定性的関係及び定量的関係があることが必要であると主張する。


しかし，措置法施行令３９条の１２第８項は，分割要因について，法人及び国外関連者が「当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」と定めているにとどまるのであって，原告がいうような「定性的関係」や「定量的関係」があることを要件とする法文上の規定は存在しない。したがって，分割要因は，国外関連取引に係る所得の発生に対する各取引当事者の果たした役割の相対的寄与度を推測するに足りる要因であれば足りる。
(ｲ)そもそも，ある取引により当該取引の両当事者が得る利益の合計や一方当事者が得る利益は，取引両当事者がどれだけ利益発生に寄与する活動を行ったかという要因のほか，市況の状況，為替の変動，経済情勢など種々の様々な要素の影響を受けて増減するものであるから，取引両当事者による寄与の程度とその利益の発生との間に，寄与の程度が増えれば利益も増えるという単純な連動関係が存在しないことは明らかである。
(ｳ)また，分割要因とする費用と所得との間に厳密な因果関係を要求すると，事実上，費用を分割要因とすることはできなくなり，結局，「所得に寄与した程度を推測するに足りる要因」を見つけ出すこと自体が不可能になるところ，措置法６６条の４第２項１号ニ，措置法施行令３９条の１２第８項がこのような不可能を要求するものであるはずがない。ウ(ｱ)原告は，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期における分割対象利益は，その全てが日本市場の特殊要因により生じた原告の損失から構成されるから，原告及びＰ１の販管費との間には関連性がない旨主張する。
しかし，寄与度利益分割法は，国外関連取引の両当事者に生じた当該国外関連取引に係る損益全体を分割対象利益とした上で，両当事者がその所得の発生に寄与した程度に応じて利益の配分を受ける結果となるような価格を算定しようとする方法であるから，本件のように国外関連取引の一方当事者に利益が生じ，他方当事者に損失が生じている場合，分割対象利益の計算上，当該利益と当該損失が相殺されたことを根拠に，分割対象利益が一方の者の利益ないし損失から構成されているものと評価し，他方の者はその発生に全く寄与していないと断じるのでは何の意味もなく，このような分割対象利益の算定方法が寄与度利益分割法の考え方から逸脱したものであることは明らかである。
(ｲ)原告は，本件国外関連取引において，原告とＰ１との間には，顧客の維持・開拓等の必要の有無，代金回収リスクの有無という差異があるから，両者の活動を同列に論じることはできないと主張する。しかし，仮に，上記のような差異があるとすれば，その差異は，双方の販管費に顧客の開拓・維持に要する費用及び代金回収リスクに係る費用が計上されるか否か又はその金額の多寡という形で現れるから，販管費を分割要因とすることで，上記差異が本件国外関連取引における合算利益の発生に対する両社の寄与度の違いとして適正に評価され，反映されたものとなる。
(ｳ)原告は，原告とＰ１の販管費を構成する個別の費用の内容に差異があるから，それぞれの費用が分割対象利益の発生にどのように寄与しているか明らかにすべきであると主張する。
しかし，販管費として計上される費用は，その全ての費用が販売及び販売のための一般管理業務に関して発生した費用であるところ，原告及びＰ１は，いずれもエクアドル産バナナの仕入販売しか行っておらず，両者の業務内容には販管費を構成する個々の費用に応じたウェイト付けをすべき差異は認められないから，両者が販管費として計上した金額全体が原告とＰ１の本件国外関連取引に係る獲得利益に対する相対的寄与度を示す指標として最適である。
エ(ｱ)原告は，寄与度利益分割法の適用結果が同業他社の営業利益率や売上総利益率と比較して著しく乖離し，不合理なものとなっている場合には，当該寄与度利益分割法の適用は違法となる旨主張する。しかし，寄与度利益分割法は，比較対象取引の営業利益率等を用いずに独立企業間価格を算定する方法であって，同業他社の営業利益率等との比較によって検証することは，もとより想定していないし，これを義務付ける趣旨の法令の規定も存在しない。
(ｲ)念のため，原告の同業者の財務データと比較するに，自らバナナの輸入取引を行う法人１０社のうち，全社損益及び輸入バナナの取引損益について回答を得た９社の平成１１年１２月期ないし平成１３年１２月期の３事業年度に対応する売上総利益率及び営業利益率（加重平均）と原告の損益計算書に記載されている売上総利益率及び営業利益率，原告の調整後の売上総利益率及び営業利益率を比較すると，原告の調整後の売上総利益率及び営業利益率は，原告の損益計算書上の売上総利益率及び営業利益率に比較して，比較対象企業の売上総利益率及び営業利益率に近似している。
(ｳ)これに対し，原告は，本件各更正処分を反映させた平成１１年１２月期における原告の営業利益率が他のバナナ輸入販売業者４社の営業利益率に比べ，約１２倍から約５０倍となっており，明らかに異常かつ非常識な結果である旨主張するが，原告が比較対象企業として挙げる４社は，いずれも複数の事業を行い，又は複数の青果物を取り扱う企業であり，専らエクアドル産バナナの輸入卸事業のみを行う原告とはその事業内容が大きく異なるから，その営業利益率を単純に比較することはできない。
また，原告は，本件各更正処分を反映させた平成１１年１２月期及び平成１２年１２月期における原告の売上総利益率がＡ社の売上総利益率を上回っており，不合理であると主張するが，平成１０年１２月期から平成１５年１２月期の両者の売上総利益率を比較すると，総じて原告の売上総利益率はＡ社のそれを大きく下回っており，本件国外関連取引にＡ社の売上総利益率を用いて再販売価格基準法を適用して算出した所得移転の額は，本件各更正処分に係る国外所得移転の額を上回っているから，本件における寄与度利益分割法の適用結果が著しく不合理なものでないことは明らかである。
(4)争点４（本件各処分に係る理由付記の不備の有無）について
（原告の主張）
平成１１年１２月期ないし平成１３年１２月期に係る法人税額等の更正通知書及び加算税の賦課決定通知書（以下「本件各通知書」という。）には，販管費が分割対象利益の発生に寄与したと判断した具体的根拠及び理由が全く記載されていないから，本件各処分は，法人税法１３０条２項の趣旨に反し，違法である。
（被告の主張）


本件各通知書には，処分行政庁が当該所得移転額を益金に算入した理由について法律上及び事実上の根拠を具体的に示しており，処分行政庁としては，それを記載することにより各更正処分における自己の判断過程を逐一検証することができるのであって，その判断の慎重性及び合理性を確保するという点において欠けるところはなく，課税庁の恣意抑制という理由付記制度の趣旨目的を損なうものではないと認められ，また，原告による不服申立ての便宜の要請に対しても必要な材料を十分に提供するものということができるから，法人税法１３０条２項の要求する更正の理由付記として欠けるところはない。
第３当裁判所の判断
１争点１（本件独立企業間価格を算定するに当たり，寄与度利益分割法を用いたことの違法性）について
(1)本件各処分は，寄与度利益分割法（措置法６６条の４第２項１号ニ，措置法施行令３９条の１２第８項）を用いて算定した本件独立企業間価格に基づいてされたものであるところ，寄与度利益分割法は，基本三法，すなわち，独立価格比準法（措置法６６条の４第２項１号イ），再販売価格基準法（同号ロ）及び原価基準法（同号ハ）を用いることができない場合に限り用いることができる方法である（措置法６６条の４第２項１号柱書）。したがって，本件国外関連取引について，基本三法を用いることができないと認められなければ，本件各処分は違法となる。
(2)この点につき，原告は，基本三法のうち再販売価格基準法について，本件国外関連取引と被告が比較対象として選定したＡ社のフィリピン産バナナの輸入取引との間には，エクアドル政府規制の有無という差異があるが，これは「通常の利益率」（措置法６６条の４第２項１号ロ，措置法施行令３９条の１２第６項）に客観的に明らかな重大な影響を与える差異ではなく，当該差異により生じる通常の利益率の差を調整することを要するものではないから，再販売価格基準法を用いることができないとは認められないと主張する。
これに対し，被告は，エクアドル政府規制の有無という差異が「通常の利益率」に影響を及ぼすことは明らかであり，当該差異により生じる通常の利益率の差を調整することを要するものであるが，その影響を具体的，客観的に算定することができず，その差を調整することはできないため，再販売価格基準法を用いることはできなかったと主張する。
そこで，まず再販売価格基準法の適用の可否について検討する。
(3)再販売価格基準法の適用の可否について
ア(ｱ)再販売価格基準法とは，国外関連取引に係る棚卸資産の買手が特殊の関係にない非関連者に対して当該棚卸資産を販売した対価の額である再販売価格から通常の利潤の額（当該再販売価格に通常の利益率を乗じて計算した金額をいう。）を控除して計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう（措置法６６条の４第２項第１号ロ）。
そして，上記にいう「通常の利益率」とは，国外関連取引に係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を，非関連者から購入した再販売者が非関連者に対して販売した比較対象取引に係る当該再販売者の売上総利益の額（当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額から当該比較対象取引に係る棚卸資産の原価の額の合計額を控除した金額をいう。）の当該収入金額の合計額に対する割合をいう（措置法施行令３９条の１２第６項本文）。
ただし，比較対象取引と当該国外関連取引に係る棚卸資産の買手が当該棚卸資産を非関連者に対して販売した取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には，その差異により生じる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合をいう（同項ただし書）。(ｲ)そこで，通常の利益率を算出するに当たり，いかなる「差異」がある場合に調整を加えることを要するか検討するに，措置法施行令３９条の１２第６項ただし書が「売手の果たす機能その他において差異がある場合には，その差異により生じる割合の差につき必要な調整を加え」ると規定していることからすれば，調整を加えることを要する差異は，売手の果たす機能に限られるものではなく，棚卸資産の種類や役務の内容，取引の段階，取引数量，契約条件，取引時期，売手又は買手の果たす機能，売手又は買手の負担するリスク，売手又は買手の使用する無形資産，売手又は買手の事業戦略，売手又は買手の市場参入時期，政府の規制及び市場の状況等の「通常の利益率」に影響を及ぼし得る種々の要素について，調整を要するというべきである。
もっとも，同項ただし書が「その差異により生じる」差について調整を加えると規定していることからすれば，およそ全ての差異について調整を行う必要はなく，当該差異が通常の利益率に影響を及ぼすものではない場合には，当該差異について調整を行う必要はない一方，通常の利益率に影響を及ぼす差異が存在する場合には，当該差異により生じる通常の利益率の差について調整を行わなければならず，その調整ができないのであれば，当該比較対象取引に基づいて独立企業間価格を算定することは許されないと解するのが相当である。
イ(ｱ)そこで，エクアドル政府規制の有無が，通常の利益率を算出するに当たり調整を加えることを要する差異に当たるか否か，すなわち，通常の利益率に影響を及ぼすものか否かについて検討するに，証拠（乙７，３２）及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実が認められる。ａバナナ管理法１条は，農畜産省，外務省及び観光商工業開発省の各大臣が署名した内局合意を受けて，当該行政機関は，バナナの輸出業者がバナナの生産者に対して支払うべき最低価格（最低買取価格）及びバナナの輸出業者が請求する輸出価格の下限（最低輸出価格）を定期的に設定する旨規定している。
また，同条は，バナナの輸出業者は，バナナの生産者に支払う最低買取価格の保証として，担保を設定するものとし，当該担保は財務部の当局が管理する旨規定している。
ｂバナナ管理法３条は，輸出用のバナナに対する支払を清算する際，生産者に対して未承認の控除を行うことを禁止し，バナナの輸出業者がこれに違反した場合には，罰金が科される旨規定している。ｃバナナ管理法４条は，バナナの輸出業者は，出荷の４８時間以上前に当局に対して出荷仮案を提出するとともに，出荷後７２時間以内に当局に対して出荷最終案を提出するものとし，輸出業者が書類を提出しなかったり，改ざんした書類を提出した場合には罰金が科される旨規定している。
ｄバナナ管理法５条は，最低買取価格を不正に支払わなかった場合，又はかかる支払の不履行を首謀，共謀，幇助又は教唆した場合には，１年ないし３年の懲役及び罰金が科される旨規定している。ｅ平成１０年から平成１５年におけるエクアドル政府の告示に係るバナナのタイプごとの最低輸出価格及びＰ４からＰ１に対する輸出価格（ＦＯＢ単価）の推移は，別表９のとおりであり，いずれも最低輸出価格と同額か，それを上回っている。


(ｲ)上記(ｱ)ａないしｄの事実によれば，エクアドル産バナナについては，バナナ管理法に基づき，エクアドル政府が輸出業者によるバナナ生産者からの買取価格及びバナナの輸出価格にそれぞれ最低買取価格及び最低輸出価格を定期的に設定し，バナナ輸出業者には，最低買取価格の支払のために担保を設定することや輸出に係る出荷案をエクアドル政府に提出することなどが義務付けられるとともに，生産者に対する支払の際に未承認の控除をすることが禁止され，最低買取価格を不正に支払わなかった者には懲役刑も含めた刑罰が科されるなど，最低買取価格及び最低輸出価格を遵守すべきことが法的に義務付けられていることが認められ，バナナ輸出業者が生産者から最低買取価格を下回る価格でバナナを買い取ること及びバナナ輸出業者が最低輸出価格を下回る価格でバナナを輸出することは事実上不可能であると認められ，現に，Ｐ４からＰ１に対する輸出価格の推移を見ても，上記(ｱ)ｅ（別表９）のとおり，最低輸出価格を下回ることはない状況であった。
そうすると，エクアドル政府規制，すなわち，エクアドル政府による最低買取価格及び最低輸出価格の設定は，バナナ輸出業者によるバナナ生産者からの買取価格及び輸出価格の下限を定めるものであって，当該規制が存在しない場合に比べ，バナナ生産者からの買取価格及び輸出価格を上昇させる方向に作用する要因であることは明らかというべきである。
(ｳ)そして，一般的に，日本の輸入業者がバナナを日本に輸入する際の仕入原価は，バナナ自体の価格に，輸送費や保険料，売手の利益等の積上げからなるところ，証拠（乙８）及び弁論の全趣旨によれば，原告がエクアドル産バナナを日本に輸入する際の仕入原価も，バナナ自体の価格及び梱包，出荷，保険等の費用に基づいて計算されていることが認められる。
そうすると，最低輸出価格が設定されていることによるバナナの輸出価格の上昇分は，上記のような各種費用や売手の利益等と共に，日本の輸入業者がエクアドル産バナナを日本に輸入する際の仕入原価として積み上げられ，ひいてはその輸入価格に反映されることになるのであるから，エクアドル政府規制は，当該規制が存在しない場合に比べ，エクアドル産バナナの日本への輸入価格を上昇させる方向に作用する要因であることも，また明らかというべきである。
(ｴ)そして，前記ア(ｱ)のとおり，「通常の利益率」とは，比較対象取引に係る再販売者の売上総利益の額，すなわち，当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額から当該棚卸資産の原価の合計額を控除した金額の当該収入金額の合計額に対する割合をいうところ，エクアドル産バナナの日本への輸入価格は，ここでいう当該棚卸資産の原価に当たるから，エクアドル産バナナの輸入価格が上昇すれば，その分だけ原価の合計額が上昇し，売上総利益の額が減少することになるのであって，その割合である「通常の利益率」にも影響が及ぶことは明らかというべきである。
以上によれば，エクアドル政府規制は，「通常の利益率」に影響を及ぼすものというべきであるから，当該規制の有無という差異は，通常の利益率を算出するに当たり，それにより生じる通常の利益率の差について調整することを要する差異というべきである。
ウ(ｱ)ａこれに対し，原告は，措置法施行令３９条の１２第６項が「売手の果たす機能」を明示していることからすれば，比較対象取引との比較においては，「売手の果たす機能」が最も重視されるとした上で，原告とＡ社の果たす機能は類似しており，Ａ社の売上総利益率は原告にも当てはまるべきものであるから，Ａ社の売上及び原価についてエクアドル政府規制の影響が及ぶ余地はないと主張する。
しかし，上記ア
げられ，ひいては，日本の輸入価格も上昇させる方向に作用する要因であると認められる。
そして，原告が主張するように，フィリピン産バナナとエクアドル産バナナが競争関係にあるためにバナナ輸入業者による再販売価格が市場価格である浜値にならざるを得なくなるとするならば，原告としては，エクアドル政府規制による仕入原価の上昇分を再販売価格に転嫁することができず，原告の売上総利益の額は，エクアドル政府規制による仕入原価の上昇分だけ減少することになり，フィリピン産バナナの輸入業者の売上総利益の額は相対的に増加することになる。そうすると，まさにエクアドル政府規制の有無は，比較対象取引であるＡ社のフィリピン産バナナの輸入取引に係る原価の額や売上総利益の額に直接的な影響を生じさせることになるのであって，原告が主張するようにエクアドル政府規制が，原告の再販売価格に影響を及ぼさないとしても，「通常の利益率」そのものに影響を及ぼすことになる。(ｲ)ａ次に，原告は，最低輸出価格と本件独立企業間価格を基に算定したバナナ１カートン当たりの独立企業間価格の差額が，日本にエクアドル産バナナを輸出する輸送費及び保険費用並びにＰ１と同様の機能を果たす独立の類似事業者の通常の利益率をカバーするのに十二分なものであれば，エクアドル政府規制は日本の輸入業者による輸入価格に影響を及ぼすものではないことになると主張する。
しかし，そもそも上記の差額が輸送費及び保険費用並びにＰ１と同様の機能を果たす独立の類似事業者の通常の利益率をカバーするのに十二分なものであるとの前提を認めるに足りる証拠がないことはもとより，エクアドル政府規制が通常の利益率に影響を与えるか否かは，独立企業間価格の算定に当たり，基本三法を用いることができるか否かを判断する際に検討すべき事項であるから，基本三法を用いることができないことを前提として寄与度利益分割法を用いて算定した本件独立企業間価格を根拠として，エクアドル政府規制が通常の利益率に重大な影響を与えるものであるか否かを判断することは，そもそも不合理であるといわざるを得ない。
ｂまた，原告は，卸売業が他の業種に比べて売上総利益率が安定することを前提とすれば，エクアドル産バナナの日本での浜値の値動きと独立の類似業者の売上原価の動きは，大きく乖離することはなく，エクアドル政府が決める最低輸出価格の値動きと浜値の値動きとの間には全く関連性が認められないから，独立の類似業者の売上原価の動きと最低輸出価格の値動きとの間にも関連性が認められず，その結果，最低輸出価格と「通常の利益率」との間にも関連性は認められず，エクアドル政府規制が「通常の利益率」に重大な影響を及ぼしていると解することは困難であると主張する。
しかし，そもそもバナナの浜値は，いわゆる市場価格であり，主として需要と供給のバランスにより定まるものであって，その値動きが必ずしも供給者であるバナナの輸入業者の仕入原価の値動きに連動するものであるとはいえないから，仮に，一般的に，卸売業が他の業種に比べて売上総利益率が安定する傾向にあるとしても，そのことから直ちにバナナの浜値の値動きと独立の類似業者の売上原価ないし最低輸出価格の値動きとが関連性を有するべきものであるとはいえないのであって，この点についての原告の主張に与することはできない。(ｳ)以上によれば，原告が，エクアドル政府規制は「通常の利益率」に影響を及ぼすものではないとして主張する点は，いずれも採用することができない。
エ(ｱ)そこで，次に，エクアドル政府規制の有無により「通常の利益率」に生じる差について，調整することが可能か否かについて検討するに，証拠（乙７，８）及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実が認められる。


ａバナナ管理法１条は，最低買取価格及び最低輸出価格は，農畜産省が３か月ごとに開く交渉会議において，生産者と輸出者の各代表者が大臣らと協力して決定するが，合意に達しなかった場合，それから７日以内に２人の大臣が国内生産の平均費用を基に上記各価格を設定する旨規定している。
ｂバナナ管理法１条は，最低買取価格は，国内生産の平均費用に妥当な収益を足した額とする旨規定している。
ｃ農畜産省が発行した最低買取価格及び最低輸出価格に係る通知には，バナナの種類ごとに合意された上記各価格が記載されているものの，その算定方法や根拠となった数値等は一切記載されていない。(ｲ)上記(ｱ)ａ，ｂの事実によれば，最低買取価格及び最低輸出価格は，バナナ管理法に基づき，農畜産省が３か月ごとに開く交渉会議において，生産者と輸出者の各代表者が大臣らと協力して決定され，合意に達しなかった場合には，２人の大臣が国内生産の平均費用を基に設定すること，最低買取価格は，国内生産の平均費用に妥当な収益を足した額とするとされていることが認められるものの，同法の規定をみても，最低買取価格及び最低輸出価格を算出する具体的な方法や計算式等は明らかではなく，上記にいう「国内生産の平均費用」や「妥当な収益」というのも，いかなる資料に基づく，いかなる数値であるかは不明である。また，上記(ｱ)ｃのとおり，農畜産省による最低買取価格及び最低輸出価格に係る通知（乙８別紙Ａ）を見ても，具体的な算出方法や根拠となった数値等は一切記載されておらず，その記載から具体的な算出方法や計算式等をうかがい知ることはできず，平成１０年から平成１５年におけるエクアドル政府の告示に係るバナナのタイプごとの最低輸出価格の推移（別表９参照）を見ても，その算出方法等をうかがわせるような何らかの規則性等を認めることはできない。
そして，他に，最低買取価格及び最低輸出価格の具体的な算出方法や根拠となる数値等を把握する手掛かりとなる資料はない。(ｳ)そうすると，最低買取価格及び最低輸出価格は，その具体的な算出方法や根拠となる数値等が不明であるから，それらがエクアドル産バナナの取引価格に与える具体的な影響を数値化して特定することは不可能であるといわざるを得ない。したがって，エクアドル政府規制の有無という差異により生じる「通常の利益率」の差について，これを調整することは不可能であるというべきである。
オ以上によれば，エクアドル政府規制は「通常の利益率」に影響を及ぼすものであるから，再販売価格基準法を適用するに当たり，当該規制の有無により通常の利益率に生じる差について調整する必要があるところ，その具体的な影響を数値化して特定することは不可能であり，エクアドル政府規制の有無という差異により生じる通常の利益率の差を調整することができないから，本件国外関連取引について，Ａ社のフィリピン産バナナの輸入取引を比較対象取引として，再販売価格基準法を用いて独立企業間価格を算定することは許されない。
(4)独立価格比準法及び原価基準法の適用の可否について上記(3)で検討したとおり，本件国外関連取引について，再販売価格基準法を用いて独立企業間価格を算定することは許されないが，上記(1)のとおり，寄与度利益分割法は，基本三法を用いることができない場合に限り用いることができる方法であるから，次に，独立価格比準法及び原価基準法の適用の可否について検討する。
ア独立価格比準法の適用の可否について
(ｱ)独立価格比準法とは，特殊の関係にない売手と買手が，国外関連取引に係る棚卸資産と同種の資産を当該国外関連取引と取引段階，取引数量その他が同様の状況の下で売買した取引の対価の額（当該同種の資産を当該国外関連取引と取引段階，取引数量その他に差異のある状況の下で売買した取引がある場合において，その差異により生じる対価の額の差を調整できるときは，その調整を行った後の対価の額を含む。）に相当する金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう（措置法６６条の４第２項１号イ）。
(ｲ)このように，独立価格比準法における比較対象取引は，国外関連取引と「同種の資産」を「取引段階，取引数量その他が同様の状況の下」でなされたものである必要があるから，本件国外関連取引の比較対象取引としては，エクアドル産バナナを原告と同程度の規模で，自己の計算で行う仕入販売取引を選定しなければならないことになる。そこで，検討するに，証拠（乙１３，４３，４４）及び弁論の全趣旨によれば，原告以外にエクアドル産バナナを日本に輸入している業者は１社しか存在しないところ，当該業者は，平成１６年４月以降に新たにエクアドル産バナナの輸入事業に参入したものであって，その取引規模は，原告が１週間当たり約２０万カートンであるのに対し，当該業者は１週間当たり数千カートンであり，取引形態も，原告が仕入販売であるのに対し，当該業者は輸入金額に応じて手数料を収受する輸入代行であることが認められる。
そうすると，上記業者によるエクアドル産バナナの輸入取引は，およそ本件国外関連取引と「取引段階，取引数量その他が同様の状況の下」でなされたものとはいえず，その差異により生じる対価の額の差を調整することは困難であると認められるから，当該業者によるエクアドル産バナナの輸入取引を比較対象取引とすることはできない。(ｳ)したがって，本件国外関連取引について，独立価格比準法における適切な比較対象取引は存在しないから，独立価格比準法を用いて，その独立企業間価格を算定することはできないと認められる。
イ原価基準法の適用の可否について
(ｱ)原価基準法とは，国外関連取引に係る棚卸資産の売手の取得原価の額に通常の利潤の額（当該原価の額に通常の利益率を乗じて計算した金額をいう。）を加算して計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう（措置法６６条の４第２項１号ハ）。そして，上記にいう「通常の利益率」とは，国外関連取引に係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を，非関連者から購入した販売者が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売した比較対象取引に係る当該販売者の売上総利益の額の当該原価の額の合計額に対する割合をいうが，比較対象取引と当該国外関連取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には，その差異により生じる割合の差につき必要な調   整を加   えた後   の割合   をいう   （措置   法施行   令３９   条の１   ２第７項）。


(ｲ)このように，原価基準法における比較対象取引は，国外関連取引と「同種又は類似の棚卸資産」を，非関連者から購入した販売者が当該資産を非関連者に対して販売したものである必要があるから，本件では，非関連者から購入したエクアドル産バナナ又は類似の棚卸資産を，非関連者に輸出する取引を比較対象取引として選定しなければならないところ，証拠（乙４３，４４）及び弁論の全趣旨によれば，処分行政庁が行った原告及び他のバナナの輸入業者に対する調査等によっても，上記のような取引の存在を把握することができなかったことが認められ，他に，上記のような取引が存在することをうかがわせる事情もない。(ｳ)したがって，本件国外関連取引について，原価基準法における適切な比較対象取引が存在しないというべきであるから，原価基準法を用いてその独立企業間価格を算定することはできないと認められる。
(5)小括
以上によれば，本件国外関連取引について，基本三法のいずれも用いることができないと認められるから，本件独立企業間価格を算定するに当たり，寄与度利益分割法を用いたことは適法である。
２争点２（寄与度利益分割法を用いて本件独立企業間価格を算定するに当たり，原告が平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において計上した営業損失の全額を分割対象利益としたことの違法性）について(1)本件各処分は，平成１１年１２月期ないし平成１３年１２月期におけるＰ１の原告に対する取引に係る営業利益を円換算した額及び原告の営業利益（損失）の額の合計額を分割対象利益として，寄与度利益分割法を用いて算定した本件独立企業間価格に基づいてされたものであるところ，原告は，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において原告が計上した営業損失は，日本市場におけるエクアドル産バナナの市場価格の下落等の当事者が支配できない日本市場の特殊要因により生じたものであって，本件国外関連取引に係る対価の設定とは無関係であるから，これを分割対象利益から除外すべきであると主張する。
そこで，以下，この点について検討する。
(2)ア寄与度利益分割法における分割対象利益について，措置法施行令３９条の１２第８項は，「国外関連取引に係る棚卸資産の…法人又は当該法人に係る…国外関連者による購入，製造，販売その他の行為に係る所得」と規定している。
しかし，措置法及び措置法施行令その他関係法令をみても，上記規定以外に寄与度利益分割法における分割対象利益について定めた規定は見当たらない。
また，通達についてみても，措置法通達６６の４(4)－１は，措置法施行令３９条の１２第８項に規定する方法は，原則として，国外関連取引に係る棚卸資産の販売等により法人及び国外関連者に生じた営業利益の合計額を措置法施行令３９条の１２第８項に規定する要因により分割する方法をいうことに留意する旨規定しているが，上記規定以外に，寄与度利益分割法における分割対象利益について定めたものは見当たらない。イそうすると，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において原告が計上した営業損失は，日本市場におけるエクアドル産バナナの市場価格の下落等の当事者が支配できない日本市場の特殊要因により生じたものであって，本件国外関連取引に係る対価の設定とは無関係であるから，寄与度利益分割法を用いるに当たり，上記損失を分割対象利益から除外すべきであるとの原告の主張は，法令上はもちろん，通達上の根拠も欠くものであるといわざるを得ない。
(3)ア(ｱ)これに対し，原告は，移転価格税制は，独立企業原則の下，「特殊の関係」が認められる法人と国外関連者間の国外関連取引について，その価格設定が独立企業間価格から乖離することにより所得が国外に移転することに対処するための制度であるから，当該価格設定と無関係な当事者が支配できない市場の特殊要因が，非関連取引を行う類似企業にも同様の損失をもたらしている場合に移転価格税制を適用することは，移転価格税制の趣旨に反する旨主張する。
そこで，検討するに，証拠（甲２３，乙１ないし５）及び弁論の全趣旨によれば，移転価格税制は，国際間の経済交流の進展に伴い，多国籍化した企業グループの内部における商品の移転，サービスの提供，融資，技術の移転といった様々な形態の取引が増加する中で，このようなグループ内取引に付される価格は，様々な理由により自由市場における価格とは異なるものとなることが少なくなく，その結果として，一方の企業の所得が減少し，一方の国の租税収入が減少することになることから，このような特殊な関連企業間の取引（国外関連取引）を通じた所得の海外移転が認められる場合に，その取引価格を正常な価格（独立企業間価格）に引き直して課税所得を計算することにより，所得の海外移転を防止し，関係各国の適正な税収の確保を目的とする制度であると認められる。そして，グループ内取引の価格設定を通じて脱税ないし租税回避が図られることがあるものの，移転価格税制自体は，それらの防止を目的とするものではなく，当事者の租税回避の意図等を考慮することなく，現実の取引価格を独立企業間価格に修正する制度であり，我が国の移転価格税制については，そのような前提で解釈がされるべきである。
このように，移転価格税制は，結果として，国外関連取引を通じた所得の海外移転があると認められる場合には，当事者の意図等を考慮することなく，その取引価格を独立企業間価格に引き直して課税所得を計算することにより，国外関連取引を通じた所得の海外移転を防止し，関係各国の適正な税収を確保することを目的とした制度であるところ，国外関連取引を通じた所得の海外移転は，国外関連取引に付された価格が独立企業間価格と異なること自体により当然に生じるものであって，国外関連取引に付された価格が独立企業間価格と異なることになった理由により所得の海外移転の有無やその額等が左右されるものではない。そうすると，国外関連取引に付された価格が独立企業間価格と異なることにより，国外関連取引を通じて所得が海外に移転していると認められる場合であれば，国外関連取引に付された価格が独立企業間価格と異なることになった理由いかんを問わず移転価格税制が適用されるべきであり，そのことは我が国の移転価格税制の制度趣旨に沿うものである。


(ｲ)また，原告は，ＯＥＣＤ新移転価格ガイドライン３．４が，特殊の関係による移転価格及び利益の歪み以外の商業上の要因による利益の減少を理由に移転価格課税を行ってはならないとしていると主張する。しかし，ＯＥＣＤ新移転価格ガイドライン３．４は，寄与度利益分割法は，「どのような場合であっても，…平均より低い利益をあげていることを主な理由として企業を過大に課税したり，平均より高い利益をあげている企業を過少に課税したりする結果をもたらすように用いられてはならない。独立企業原則の下では，失敗の原因が商業上の要因に帰せられる場合に平均より成功していない企業に追加的な税負担を課すことは正当化されない。」と規定している（甲１０）のであって，平均より成功していない企業に対し，その利益が平均より低いことを主な理由として，寄与度利益分割法を適用して追加的な税負担を課すことは許されない旨を規定しているにすぎず，およそ商業上の要因による利益の減少がある場合には寄与度利益分割法を適用することができない旨を規定していると解することはできない。
イ(ｱ)次に，原告は，寄与度利益分割法以外の独立企業間価格の算定方法，すなわち，基本三法及び基本三法に準ずる方法，取引単位営業利益法，比較利益分割法及び残余利益分割法においては，移転価格の設定とは無関係な市場の特殊要因が売上総利益又は営業利益に影響を及ぼしているときには，適切な非関連者間の比較対象取引を選定し，これと比較することにより，その影響を排除すべきものとされているところ，これは，独立企業原則及び移転価格税制の趣旨に基づくものであるから，寄与度利益分割法についても同様に当てはまると主張する。
しかし，上記の寄与度利益分割法以外の各方法において，市場の状況その他の要因による影響を考慮すべきとされているのは，これらの方法が，比較対象取引が存在することを前提として，その取引価格，売上総利益率又は営業利益率を用いて独立企業間価格を算定する方法であることから，適切な比較対象取引を選定するためには，取引価格，売上総利益率又は営業利益率に影響を及ぼし得る種々の要素を比較し，それらに差異がある場合には，その調整を要することになるためであると解される。これに対し，寄与度利益分割法は，基本三法を用いることができない場合，すなわち，適切な比較対象取引を選定することができない場合に，分割対象利益を国外関連取引の各当事者が当該分割対象利益の発生に寄与した程度を推測するにふさわしい要因により分割して帰属させる方法であり，比較対象取引が存在することを前提とする方法ではないから，市場の状況その他の要因による影響を考慮すべき前提を欠くものといわざるを得ない。よって，寄与度利益分割法以外の各方法において，市場の状況その他の要因の影響を考慮すべきとされているからといって，寄与度利益分割法についても同様に解すべきとはいえない。
(ｲ)また，原告は，営業利益は，粗利益や価格に影響を及ぼさない種々の要因によって影響を受けるため，取引単位営業利益法や残余利益分割法においては，独立の類似法人との比較により移転価格の設定以外の要因による営業利益への影響を排除すべきものとされているところ，寄与度利益分割法も，同じく営業利益を用いる方法であるから，同様にその影響を排除すべきであると主張する。
しかし，取引単位営業利益法とは，国外関連取引における売手と買手の獲得した営業利益率と比較対象となる非関連者間取引における売手と買手の営業利益率を比較する方法をいい，残余利益分割法とは，法人又は国外関連者が重要な無形資産を有する場合に，分割対象利益のうち重要な無形資産を有しない非関連者間取引において通常得られる利益に相当する金額を当該法人及び国外関連者にそれぞれ配分し，その配分した金額の残額を当該法人又は国外関連者が有する当該重要な無形資産の価値に応じて合理的に配分する方法をいうところ，いずれも比較対象となる非関連者間取引が存在することを前提とした方法であり，適切な比較対象取引を選定するためには，営業利益率や通常得られる利益に相当する金額に影響を及ぼし得る種々の要素を比較し，その差異を調整することが必要となるのに対し，寄与度利益分割法は，前記のとおり適切な比較対象取引を選定することができない場合に用いる方法であって，比較対象取引の存在を前提とするものではないから，やはり市場の状況その他の要因による影響を考慮すべき前提を欠くものといわざるを得ない。
ウ(ｱ)そして，原告は，上記のような，寄与度利益分割法を用いるに当たっては，国外関連取引の当事者が支配できない市場の特殊要因による営業利益への影響を排除すべきであるとの主張を前提として，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において原告が計上した営業損失は，バナナの輸入量が急増した後の需要の大幅な減少や競合品であるフィリピン産バナナの輸入量の急増等により日本市場におけるエクアドル産バナナの浜値が大幅に下落したこと及び顧客が原告との取引を減少させたことなどの当事者が支配できない日本市場の特殊要因により生じたものであるから，移転価格税制を適用するに当たり，これらの日本市場の特殊要因により生じた営業損失は，日本側の輸入業者である原告に帰属させる必要があると主張する。
(ｲ)この点，寄与度利益分割法を用いるに当たり，国外関連取引の当事者が支配できない市場の特殊要因による営業利益への影響を排除すべきであるとの原告の主張に根拠がないのは，上記ア，イのとおりであるが，この点を措くとしても，そもそも原告が主張するような市場における需給の増減や競合品との競争等による市場価格の変動やそれに伴う損益の発生は，市場主義経済の下では常に生じ得るものであるから，そのような損失をもって，直ちに市場の特殊要因により生じた損失とはいい難い。また，日本市場の特殊要因により生じた営業損失を日本側の輸入業者である原告に帰属させる必要があるとする点についても，通常の独立企業間の取引であれば，一方の市場における需給等の状況に大きな変化が生じたことにより，一方の当事者のみに多額の営業損失が生じるような場合，取引価格を改定し，取引量を減少させ又は取引自体を終了させるなどすることなく，従前の条件のままで漫然と取引を継続することは通常は考え難いから，その影響は少なからず他方の当事者にも及ぶものと考えられるところ，その損失を専ら日本側の輸入業者である原告に帰属させるべきとする合理的根拠も不明であるといわざるを得ない。
(4)小括


以上によれば，寄与度利益分割法を用いて本件独立企業間価格を算定するに当たり，原告が平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期において計上した営業損失は，日本市場の特殊要因により生じたものであって，本件国外関連取引に係る対価の設定とは無関係であるから，これを分割対象利益から除外すべきであるとの原告の主張は，法令上の根拠を欠くものであって，その理由として述べるところもいずれも採用することはできない。そして，他に，原告の主張するように解すべき理由を見出すこともできない。よって，本件国外関連取引について，平成１１年１２月期ないし平成１３年１２月期におけるＰ１の原告に対する取引に係る営業利益を円換算した額及び原告の営業利益（損失）の額の合計額を分割対象利益として，寄与度利益分割法を用いて本件独立企業間価格を算定したことは適法である。３争点３（寄与度利益分割法を用いて本件国外関連取引に係る独立企業間価格を算定するに当たり，分割要因として，原告及びＰ１が支出した販管費を用いたことの違法性）について
(1)本件各処分は，平成１１年１２月期ないし平成１３年１２月期における原告の販管費の額及びＰ１の原告に対する取引に係る販管費の額を分割要因として寄与度利益分割法を用いて算定された本件独立企業間価格に基づいてされたものであるところ，原告は，およそバナナの輸入販売業においては，販管費の支出が増加すれば営業利益が増加するという関係がなく，また，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期における分割対象利益は，その全てがエクアドル産バナナの浜値の大幅な下落等の日本市場の特殊要因により生じた原告の営業損失から構成され，原告及びＰ１の販管費との間に関連性はないから，原告及びＰ１が支出した販管費は，措置法施行令３９条の１２第８項にいう「当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」に当たらない旨主張する。
そこで，以下，この点について検討する。
(2)ア寄与度利益分割法について，措置法施行令３９条の１２第８項   は，「国外関連取引に係る棚卸資産の…法人又は…国外関連者による購入，製造，販売その他の行為に係る所得が，当該棚卸資産に係るこれらの行為のためにこれらの者が支出した費用の額，使用した固定資産の価額その他これらの者が当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因に応じて，当該法人及び国外関連者に帰属するものとして計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法とする」と規定している。すなわち，寄与度利益分割法とは，国外関連取引の各当事者が支出した人件費等の費用の額，使用した固定資産の価額，投下資本の額その他国外関連取引の各当事者の行為が当該国外関連取引に係る所得（分割対象利益）の発生に対して寄与した相対的な程度を推測するに足りる要因（分割要因）を事案に応じて選定し，その割合に応じて利益を按分することにより，独立企業間価格を算定する方法である。
したがって，分割要因の選定に当たっては，国外関連取引の内容に応じて各当事者が果たす機能を分析し，その機能に差異があるときは，それぞれの機能が分割対象利益の発生に寄与する程度や性格等を考慮し，各当事者が分割対象利益の獲得に寄与した相対的な程度を推測するに足りる要因を選定すべきと解するのが相当である。
イ(ｱ)そこで，本件国外関連取引の内容，原告及びＰ１の果たす機能等について検討するに，前記争いのない事実等（第２の２），証拠（乙２６）及び弁論の全趣旨によれば，本件国外関連取引は，原告がその国外関連者であるＰ１からエクアドル産バナナを輸入仕入れする取引であり，本件国外関連取引に関し，Ｐ１は，Ｐ４が輸出するエクアドル産バナナを同社から購入し，輸送及び保険の手配をした上で，そのままの状態で原告に輸出販売するという業務を行い，原告は，Ｐ１からエクアドル産バナナをＣＩＦ価格（運賃・保険料込み価格）で輸入し，そのままの状態で複数の顧客に卸売販売するという業務を行っていたことが認められる。
(ｲ)このように，本件国外関連取引は，エクアドル産バナナという１種類の棚卸資産につき，Ｐ１がＰ４から仕入れ，特に加工することなく，そのままの状態で原告に販売し，原告も，Ｐ１から仕入れたエクアドル産バナナを特に加工することなく，そのままの状態で顧客に販売するというものであって，いずれも仕入販売業務以外の製造加工や研究開発等の他の業務を伴うものではない。また，本件国外関連取引に関し，いずれか一方の有する製造設備等の固定資産や重要な無形資産等を使用するものでもない。
そうすると，本件国外関連取引に関し，原告及びＰ１が行う業務は，いずれもエクアドル産バナナの仕入販売業務及びこれを支えるための一般管理業務のみであるということができ，本件国外関連取引に関し，両者の果たす機能に見るべき差異があるとはいえない。
(ｳ)ところで，上記のような仕入販売業務及びこれを支えるための一般管理業務に関して支出された費用は，財務会計上，販管費として計上されるものであるところ，販管費は，財務会計上，営業利益を算出するに当たり，売上原価と並んで売上からこれを差し引くことが認められている。これは，営業利益が企業の主目的である営業活動の結果を示す指標であるところ，販管費は，売上原価と並んで企業が営業活動を行う上で必要不可欠な費用であり，企業が営業活動により利益を獲得するための源泉というべきものであることから，営業活動に必要な経費として，売上から差し引くことが認められたものと解される。そうすると，販管費は，一般的に，企業の営業利益の獲得に寄与する性質を有するものとして認められている費用ということができる。
(ｴ)このように，販管費は，一般的に，企業の営業利益の獲得に寄与する性質を有するものとして認められている費用であることに加え，本件国外関連取引に関し，原告及びＰ１が行った業務は，仕入販売業務及びこれを支える一般管理業務のみであり，両者がこれらの業務のために支出した費用は，販管費として計上され，その他に，原告及びＰ１が，本件国外関連取引に関して何らかの業務を行い，そのために費用を支出したとは認められないことからすれば，本件国外関連取引に関し，原告及びＰ１が支出した販管費は，両者が本件国外関連取引に係る営業利益の獲得に寄与した相対的な程度を推測するに足りる要因と認められるというべきである。


(3)アこれに対し，原告は，措置法施行令３９条の１２第８項の規定等を根拠に，分割要因には，当該分割要因が分割対象利益の発生の主要な原因であり，その分割要因が増加すれば分割対象利益が増加すること（定性的関係）及び分割要因が分割対象利益の発生に寄与した程度を合理的に推測するに足り，又は寄与した程度を推測するにふさわしいこと（定量的関係）のいずれも満たすものを選定しなければならないと主張する。しかし，措置法施行令３９条の１２第８項は，分割要因について，法人又は国外関連者が「当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」と規定しており，「当該所得の発生に寄与した要因」とは規定していないことからすれば，同項が，分割要因と分割対象利益との間に原告が主張するような定性的関係，すなわち，分割要因が分割対象利益の発生の主要な原因であるというような直接的な因果関係や分割要因が増加すれば分割対象利益が増加するというような比例関係が存在することまでも要求していると解することはできない。
そうすると，分割要因は，当該国外関連取引の内容に応じ，各当事者が果たす機能を分析し，各当事者が分割対象利益の発生に寄与した相対的な程度を推測するに足りると認められる要因を選定すべきであり，かつ，それで足りると解すべきである。
イ(ｱ)原告は，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期における分割対象利益は，その全てがエクアドル産バナナの浜値の大幅な下落等の日本市場の特殊要因により生じた原告の損失から構成されるから，原告の販管費との間に関連性はなく，また，Ｐ１の損益は一切含まれていないから，Ｐ１の販管費との間にも関連性はないと主張する。しかし，前記２(3)ウで検討したように，そもそも原告が主張するような市場における需給の増減等による市場価格の変動に伴う損失をもって，市場の特殊要因により生じた損失とはいい難い上，措置法施行令３９条の１２第８項が，分割要因と分割対象利益との間に直接的な因果関係が存在することまで要求していると解することができないことは，前記アのとおりである。
また，これらの点を措くとしても，寄与度利益分割法とは，国外関連取引の各当事者に生じた当該国外関連取引に係る損益全体を分割対象利益とした上で，各当事者がその発生に寄与した程度に応じて，それぞれに帰属するものとして計算した額をもって独立企業間価格とする方法であるところ，本件のように一方の当事者には利益が，他方の当事者には損失が生じ，その結果，分割対象利益が専らいずれかの当事者に生じた利益又は損失から構成されることとなる場合に，他方の当事者はその発生に寄与していないとすることは，結局のところ，一方の当事者に生じた利益又は損失の発生には，他方の当事者は寄与していないとすることに等しく，このような考え方は，寄与度利益分割法の考え方と根本的に相容れないといわざるを得ない。
(ｲ)次に，原告は，Ｐ１は，顧客の維持，開拓等の必要は一切ないのに対し，原告は，エクアドル産バナナの販売，流通網を構築，維持しており，自己名義で商標登録を行い，顧客からの代金回収リスクも負っているから，両者の活動を仕入販売業務として同列に論じることはできない旨主張する。
しかし，顧客の維持，開拓等の業務も，商品の仕入販売に関する業務であるから，そのために支出した費用は，販管費として計上されることになるところ，原告とＰ１との間に，これらの業務を行ったか否かという差異があるのであれば，その差異は，それぞれの販管費に顧客の維持，開拓等の業務のために要した費用が計上されるか否かという形で現れ，販管費の多寡に反映されることになる。
また，代金回収リスクについては，証拠（乙２６）によれば，原告は，処分行政庁の調査担当者に対し，Ｐ１も顧客からの代金回収リスクを負うと述べていたことが認められるから，そもそも原告とＰ１との間に代金回収リスクを負うか否かという差異があるとの前提自体にも疑問があるが，その点を措くとしても，通常の取引に基づいて発生した債権に対する貸倒損失又は貸倒引当金繰入額は，異常なものを除いて販管費として計上されることとされている（乙１６）から，原告とＰ１との間に，代金回収リスクを負うか否かという差異があるのであれば，その差異は，それぞれの販管費に貸倒損失等の代金回収リスクに係る費用が計上されるか否かという形で現れ，やはり販管費の多寡に反映されることになる。
そうすると，本件国外関連取引に関し，原告及びＰ１が行う業務又は負担するリスクについて，原告が主張するような差異があるとしても，それらの差異は，販管費の金額の多寡に反映されているのであるから，販管費を分割要因とすることにより，本件国外関連取引に係る分割対象利益の発生に対する寄与度の差異として反映されることになるというべきである。
なお，商標登録の点は，本件各事業年度における原告の財務諸表（乙９の７ないし１１）をみても，原告の貸借対照表に上記商標が価値のある無形資産として計上されているとは認められないから，原告が自己名義で商標登録していることが，本件国外関連取引に関し，原告及びＰ１が果たす機能に見るべき差異を生じさせる要因であるとは認め難い。(ｳ)また，原告は，原告の販管費には，広告宣伝費，役員等の給与，賃借料，減価償却費等が計上されているのに対し，Ｐ１の販管費には，多額の弁護士費用や会計事務所等への支払が計上されており，個別の販管費が所得の発生に対する寄与度は当然に異なるから，それぞれの費用が分割対象利益の発生にどのように寄与しているか明らかにすべきである旨主張する。
しかし，証拠（乙１０，４９，５０，乙５１の１，２，乙５２の１，２）によれば，原告は，処分行政庁の調査担当者から，移転価格税制の適用を検討するために必要な資料として，Ｐ１の事業全体に係る財務諸表，Ｐ１の対日取引に係る販管費の内訳に関する資料，販管費の支払を証明する証憑の写し等の提出を繰り返し要請されたが，Ｐ１の平成１０年から平成１５年までの各事業年度に係る対日切出損益表（乙１０）及び「対日本取引に係る販管費の配分」と題する書面（乙５１の２）を提出したのみであり，更なる追加の資料の提出や説明を拒否したことが認められるところ，原告が提出した上記資料からは，販管費の各科目の事業年度別の金額や割合，弁護士や会計事務所が行った具体的な業務の内容，全体の約２０パーセントを占める「その他」の科目の詳細等を把握することは困難といわざるを得ない。


そして，前記(2)イのとおり，本件国外関連取引に関する原告及びＰ１の業務は，いずれもエクアドル産バナナの仕入販売及びそのための一般管理業務のみであり，これらの業務のために支出された費用は，全て販管費として計上されることになるから，本件国外関連取引に関し，原告及びＰ１が支出した費用は，販管費のみということになる。そうすると，このような本件における事実関係を前提とすれば，処分行政庁が，販管費のうち特定の科目を切り出したり，科目ごとに軽重を付けたりすることなく，その全体の額をもって分割要因としたことにも，合理性が認められるというべきである。
ウ(ｱ)原告は，寄与度利益分割法は，分割要因の選定次第では非常識又は不合理な結論を生じかねないことから，国外関連取引に当該分割要因を用いた寄与度利益分割法を適用した結果を反映した営業利益率や売上総利益率が同業他社の営業利益率や売上総利益率と著しく乖離していないかの検証等を行うことが不可欠であり，その結果が不合理なものとなっている場合には，当該寄与度利益分割法の適用は違法となるとした上で，本件各更正処分を反映させた平成１１年１２月期における原告の営業利益率が他のバナナ輸入販売業者４社の営業利益率の約１２倍から５０倍となり，また，本件各更正処分を反映させた平成１１年１２月期及び平成１２年１２月期における原告の売上総利益率は，Ａ社の売上総利益率を上回っており，その結果が不合理なものとなっている旨主張する。
(ｲ)しかし，措置法及び措置法施行令その他関係法令を見ても，寄与度利益分割法について，原告が主張するような同業他社の営業利益率等と比較して検証することを義務付け，その結果が同業他社の営業利益率等と乖離している場合には，当該寄与度利益分割法の適用が違法となる旨を定めた規定は見出すことはできない。
そもそも寄与度利益分割法は，同業他社の営業利益率や売上総利益率を用いることなく，国外関連取引に係る所得が当該法人と国外関連者がその発生に寄与した相対的な程度に応じて帰属するものとして計算した金額をもって独立企業間価格とする方法であって，基本三法を用いることができない場合，すなわち，適切な比較対象取引が存在しない場合に限り用いることができる方法であるから，寄与度利益分割法を適用した結果を反映した営業利益率等について，適切な比較対象取引とはいえない同業他社の営業利益率等と比較し，これを上回っていたからといって，直ちにその分割要因が不適切であるとはいえない。(ｳ)ａまた，上記の点を措くとしても，原告が平成１１年１２月期における営業利益率について比較対象としたバナナ輸入販売業者４社とは，Ｐ６株式会社，Ｐ７株式会社，Ｐ８株式会社，株式会社Ｐ９の４社であるところ，証拠（乙３０，３１，３３）によれば，Ｐ６株式会社及びＰ７株式会社は，青果物の輸入卸業以外の複数の事業を営むものであること，Ｐ８株式会社は，青果物の輸入卸業を営むものであるが，パイナップルやキウイ等のバナナ以外の青果物も取り扱っていることがそれぞれ認められ，専らエクアドル産バナナの輸入取引のみを行っている原告とは，その事業内容が大きく異なるから，これらの業者の営業利益率と乖離しているからといって，販管費が分割要因として適当ではないとは到底いえない。
また，証拠（乙３２）によれば，株式会社Ｐ９は，フィリピン産バナナの輸入取引を国外関連者との間で行っているものであることが認められるところ，独立企業間価格を求めるために行う寄与度利益分割法を適用した結果が妥当なものであるかを検証するに当たり比較対象とするには，やはり不適当といわざるを得ない。
ｂ次に，Ａ社についても，そもそもＡ社は，フィリピン産バナナの輸入取引を行う業者であって，前記１のとおり，原告が取り扱うエクアドル産バナナとフィリピン産バナナとの間には，エクアドル政府規制の有無という「通常の利益率」に影響を及ぼすべき差異があるから，両者の営業利益率を単純に比較することはできない。
また，この点を措くにしても，本件各更正処分を適用した結果についてみるに，証拠（乙１９）及び弁論の全趣旨によれば，平成１１年１２月期ないし平成１５年１２月期における本件各更正処分前の原告の売上総利益率，Ａ社の売上総利益率，Ａ社の売上総利益率を用いて算出した本件国外関連取引に係る所得移転額は，下記の表のとおりであることが認められる。
平成１１年
１２月期
平成１２年
１２月期
平成１３年
１２月期
平成１４年
１２月期
平成１５年
１２月期
合計
本件各更正処分前の
原告の売上総利益率
９．９％
－１４．７％
－２２．２％
８．６％
７．８％
Ａ社の売上総利益率８．９％    －１０．７％０．７％    １５．５％１４．６％所得移転額（百万円）０    ５１１２，６４５    １，０３５８５２   ５，０４３※所得移転額＝（原告の売上原価－（原告の売上－原告の売上×Ａ社の売上総利益率））このように，本件各更正処分前の原告の売上総利益率は，平成１１年１２月期を除き，Ａ社の売上総利益を下回っており，Ａ社の売上総利益を用いて算出した上記５事業年度における本件国外関連取引に係る所得移転額の合計額は，約５０億４３００万円となるところ，本件各更正処分後の上記５事業年度における本件国外関連取引に係る所得移転額の合計額は約３９億９２２６万円であって，これを下回るものであるから，本件各更正処分後の原告の売上総利益率が，Ａ社の売上総利益率と比較して，著しく不合理なものであるとはいえない。
(4)小括
以上によれば，原告及びＰ１の支出した販管費は，措置法施行令３９条の１２第８項にいう「当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」に当たるというべきであって，この点の原告の主張，すなわち，およそバナナの輸入販売業においては，販管費の支出が増加すれば営業利益が増加するという関係がなく，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期における分割対象利益は，その全てがエクアドル産バナナの浜値の大幅な下落等の日本市場の特殊要因により生じた原告の営業損失から構成され，原告及びＰ１の販管費との間に関連性はないから，販管費は，「当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因」に当たらないという主張は，採用することができない。よって，本件各処分が，販管費を分割要因として寄与度利益分割法を用いて算定された独立企業間価格に基づいてされた点に，何ら違法な点はない。


４争点４（本件各処分に係る理由付記の不備の有無）について(1)原告は，平成１１年１２月期ないし平成１３年１２月期に係る法人税額等の更正通知書及び加算税の賦課決定通知書（本件各通知書）には，販管費が分割対象利益の発生に寄与したと判断した具体的根拠及び理由が全く記載されていないから，本件各処分は，法人税法１３０条２項の趣旨に反し，違法であると主張する。
(2)そこで，検討するに，法人税法１３０条２項は，税務署長は，内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準，欠損金額等の更正をする場合には，その更正に係る国税通則法２８条２項に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない旨規定しているところ，その趣旨は，法人税法が青色申告制度を採用し，青色申告に係る所得の計算については，それが法定の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上，その帳簿の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨に鑑み，更正処分庁の判断の慎重，合理性を担保してその恣意を抑制するとともに，更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与えることにあると解される。
したがって，更正通知書に付記すべき理由としては，帳簿書類の記載自体を否認して更正をする場合においては，そのような更正をした根拠を帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するが，帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては，更正の根拠を上記の更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り，法人税法１３０条２項の要求する更正理由の付記として欠けるところはないというべきである（最高裁判所昭和６０年４月２３日第三小法廷判決・民集３９巻３号８５０頁参照）。
(3)アこれを本件についてみるに，平成１１年１２月期ないし平成１３年１２月期に係る各処分は，上記各事業年度に係る確定申告において，原告が，本件国外関連取引が独立企業間価格で行われたものとして，その所得金額の計算上益金の額に算入しなかったという法的評価を修正したにすぎず，原告の帳簿書類の記載自体を否認したものではないから，更正をした根拠を帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示することによって具体的に明示する必要はない。
そこで，本件各通知書の更正理由の記載が，更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものであるかどうか検討する。
イ証拠（甲１ないし３）によれば，本件各通知書には，その更正の理由として，①原告とＰ１は，その発行済株式の全てをＰ２によって直接所有されているため，Ｐ１は，原告の措置法６６条の４第１項に規定する国外関連者に該当すること，②原告がＰ１からエクアドル産バナナを輸入している取引は，同項に規定する国外関連取引に該当すること，③独立企業間価格の算定について，原告とＰ１との間の本件国外関連取引は，エクアドルでは農園からのバナナの買入価格及びエクアドルからの輸出価格に規制が課されており，また，他の地域からバナナを輸入する法人の取引は産地から直接バナナを輸入しているのに対し，Ｐ４と原告の間にＰ１が介在していることなどから，基本三法を用いることができず，措置法６６条の４第２項１号ニ，措置法施行令３９条の１２第８項に規定する寄与度利益分割法を用いることとし，原告とＰ１に発生した営業利益の合計額を分割対象利益とし，その獲得に寄与したのは，原告とＰ１の販売費及び一般管理費と認められることから，当該販管費及び一般管理費を分割要因とし，独立企業間価格を算定したこと，④本件国外関連取引に係る対価の額は，上記で算定された独立企業間価格を超えるため，当該取引が独立企業間価格で行われたものとみなして各事業年度の所得金額を再計算し，本件国外関連取引の対価の額と独立企業間価格との差額をＰ１への所得移転額として各事業年度の所得金額に加算したことが，それぞれ具体的な金額や計算過程を示した上で記載されていることが認められる。
ウこのような本件各通知書の理由付記の記載は，処分庁が上記各処分をした法律上及び事実上の根拠並びにその判断過程を具体的に記載したものということができるのであって，処分庁としては，上記のような内容の理由を記載することにより上記各処分における自己の判断過程を検証することができ，その判断の慎重及び合理性を確保し，その恣意を抑制するという理由付記制度の趣旨を損なうものとは到底いえない。また，原告による不服申立ての便宜という面から見ても，必要かつ十分な材料を提供するものということができる。
(4)以上によれば，本件各通知書の理由付記の記載は，法人税法１３０条２項が求めている更正の理由付記として何ら欠けるところはない。
第４結論
以上によれば，原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし，訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条を適用して主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官          定塚    誠
裁判官          渡邉    哲
裁判官波多江真史は，転補のため署名押印することができない。
裁判長裁判官          定塚    誠
別紙１
関係法令等の定め
１平成１３年法律第７号による改正前の租税特別措置法６６条の４
(1)１項


法人が，昭和６１年４月１日以後に開始する各事業年度において，当該法人に係る国外関連者（外国法人で，当該法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式の総数又は出資金額の１００分の５０以上の株式の数又は出資の金額を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める特殊の関係（以下この条において「特殊の関係」という。）のあるものをいう。以下この条において同じ。）との間で資産の販売，資産の購入，役務の提供その他の取引を行った場合に，当該取引（当該国外関連者が法人税法第１４１条第１号から第３号までに掲げる外国法人のいずれに該当するかに応じ，当該国外関連者のこれらの号に掲げる国内源泉所得に係る取引のうち政令で定めるものを除く。以下この条において「国外関連取引」という。）につき，当該法人が当該国外関連者から支払を受ける対価の額が独立企業間価格に満たないとき，又は当該法人が当該国外関連者に支払う対価の額が独立企業間価格を超えるときは，当該法人の当該事業年度の所得及び解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）による清算所得（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得及び同法第１０３条第１項第２号の規定により解散による清算所得とみなされる金額を含む。第７項において同じ。）に係る同法その他法人税に関する法令の規定の適用については，当該国外関連取引は，独立企業間価格で行われたものとみなす。
(2)２項
前項に規定する独立企業間価格とは，国外関連取引が次の各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に掲げる方法により算定した金額をいう。
一法人税法第２条第２１号に規定する棚卸資産（以下この項において「棚卸資産」という。）の販売又は購入次に掲げる方法（ニに掲げる方法は，イからハまでに掲げる方法を用いることができない場合に限り，用いることができる。）
イ独立価格比準法（特殊の関係にない売手と買手が，国外関連取引に係る棚卸資産と同種の棚卸資産を当該国外関連取引と取引段階，取引数量その他が同様の状況の下で売買した取引の対価の額（当該同種の棚卸資産を当該国外関連取引と取引段階，取引数量その他に差異のある状況の下で売買した取引がある場合において，その差異により生じる対価の額の差を調整できるときは，その調整を行った後の対価の額を含む。）に相当す   る金額   をもっ   て当該   国外関   連取引   の対価   の額と   する方   法をいう。）
ロ再販売価格基準法（国外関連取引に係る棚卸資産の買手が特殊の関係にない者に対して当該棚卸資産を販売した対価の額（以下この項において「再販売価格」という。）から通常の利潤の額（当該再販売価格に政令で定める通常の利益率を乗じて計算した金額をいう。）を控除して計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。）ハ原価基準法（国外関連取引に係る棚卸資産の売手の購入，製造その他の行為による取得の原価の額に通常の利潤の額（当該原価の額に政令で定める通常の利益率を乗じて計算した金額をいう。）を加算して計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。）ニイからハまでに掲げる方法に準ずる方法その他政令で定める方法二前号に掲げる取引以外の取引    次に掲げる方法（ロに掲げる方法は，イに掲げ   る方法   を用い   ること   ができ   ない場   合に限   り，用   いるこ   とがで   きる。）
イ前号イからハまでに掲げる方法と同等の方法
ロ前号ニに掲げる方法と同等の方法
(3)８項
国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は，法人と当該法人に係る国外関連者との間の取引に関する調査について必要があるときは，当該法人に対し，当該国外関連者が保存する書類若しくは帳簿又はこれらの写しの提示又は提出を求めることができる。この場合において，当該法人は，当該提示又は提出を求められたときは，当該書類若しくは帳簿又はこれらの写しの入手に努めなければならない。
２平成１３年政令第１４１号による改正前の租税特別措置法施行令３９条の１２
(1)１項
法第６６条の４第１項に規定する政令で定める特殊の関係は，次に掲げる関係とする。
一（略）
二二の法人が同一の者（当該者が個人である場合には，当該個人及びこれと法人税法第２条第１０号に規定する政令で定める特殊の関係のある個人）によつてそれぞれその発行済株式等の１００分の５０以上の株式の数又は出資の金額を直接又は間接に保有される関係（前号に掲げる関係に該当するものを除く。）
三（略）
(2)６項
法第６６条の４第２項第１号ロに規定する政令で定める通常の利益率は，同条第１項に規定する国外関連取引（以下この条において「国外関連取引」という。）に係る棚卸資産（法第６６条の４第２項第１号に規定する棚卸資産をいう。以下この条において同じ。）と同種又は類似の棚卸資産を，特殊の関係（法第６６条の４第１項に規定する特殊の関係をいう。）にない者（以下この項及び次項において「非関連者」という。）から購入した者（以下この項において「再販売者」という。）が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売した取引（以下この項において「比較対象取引」という。）に係る当該再販売者の売上総利益の額（当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額から当該比較対象取引に係る棚卸資産の原価の額の合計額を控除した金額をいう。）の当該収入金額の合計額に対する割合とする。ただし，比較対象取引と当該国外関連取引に係る棚卸資産の買手が当該棚卸資産を非関連者に対して販売した取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には，その差異により生じる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合とする。
(3)７項


法第６６条の４第２項第１号ハに規定する政令で定める通常の利益率は，国外関連取引に係る棚卸資産と同種又は類似の棚卸資産を，購入（非関連者からの購入に限る。），製造その他の行為により取得した者（以下この項において「販売者」という。）が当該同種又は類似の棚卸資産を非関連者に対して販売した取引（以下この項において「比較対象取引」という。）に係る当該販売者の売上総利益の額（当該比較対象取引に係る棚卸資産の販売による収入金額の合計額から当該比較対象取引に係る棚卸資産の原価の額の合計額を控除した金額をいう。）の当該原価の額の合計額に対する割合とする。ただし，比較対象取引と当該国外関連取引とが売手の果たす機能その他において差異がある場合には，その差異により生じる割合の差につき必要な調整を加えた後の割合とする。
(4)８項
法第６６条の４第２項第１号ニに規定する政令で定める方法は，国外関連取引に係る棚卸資産の同条第１項の法人又は当該法人に係る同項に規定する国外関連者による購入，製造，販売その他の行為に係る所得が，当該棚卸資産に係るこれらの行為のためにこれらの者が支出した費用の額，使用した固定資産の価額その他これらの者が当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因に応じて当該法人及び当該国外関連者に帰属するものとして計算した金額をもつて当該国外関連取引の対価の額とする方法とする。
別紙２
本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
１本件各更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の本件各事業年度の所得金額及び納付すべき税額は，次のとおりである。
なお，金額の頭部に「△」を付したものは，所得金額については当該金額が欠損金額であることを，税額については当該金額が還付金額であることを，それぞれ表す。
(1)平成１１年１２月期
ア所得金額（別表２③欄）                    ８億１１４２万４２８９円上記金額は，次の(ｱ)の金額に(ｲ)の金額を加算した金額である。(ｱ)確定申告における所得金額（別表２①欄）５億７８４３万８９６６円上記金額は，原告が平成１２年２月２９日付けで処分行政庁に提出した原告の平成１１年１２月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(ｲ)国外関連者への所得移転金額（別表２②欄）
２億３２９８万５３２３円
上記金額は，原告が平成１１年１２月期において原告の国外関連者であるＰ１との間で行った本件国外関連取引について，原告がＰ１に支払った対価の額が，当該取引に係る措置法６６条の４第１項に規定する独立企業   間価格   （以下   「平成   １１年   １２月   期分独   立企業   間価格   」という。）を超えていることから，同項の規定に基づき，当該取引が平成１１年１２月期分独立企業間価格により行われたものとみなして原告の当期の所得金額に加算すべき金額である。
イ課税所得金額に対する法人税額（別表２④欄）
２億７９１８万１２８０円
上記金   額は，   前記ア   の所得   金額（   国税通   則法（   以下「   通則法   」という。）１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）に法人税法６６条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する税率を乗じて計算した金額である。ウ法人税額から控除される所得税額等（別表２⑤欄）          １７７３円上記金額は，法人税法６８条（平成１５年法律第８号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される所得税の額であり，原告の平成１１年１２月期の法人税の確定申告書に記載された法人税額から控除される所得税等の金額である。
エ納付すべき法人税額（別表２⑥欄）         ２億７９１７万９５００円上記金額は，前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
オ既に納付の確定した法人税額（別表２⑦欄）１億９８７９万９３００円上記金額は，原告の平成１１年１２月期の法人税の確定申告書に記載された納付すべき法人税額である。
カ差引納付すべき法人税額（別表２⑧欄）          ８０３８万０２００円上記金額は，前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）であり，平成１１年１２月期の更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額である。
(2)平成１２年１２月期
ア所得金額（別表３④欄）                  △５億９４９３万７３７２円上記金額は，次の(ｱ)の金額に(ｲ)の金額を加算し，(ｳ)の金額を減算した金額である。
(ｱ)確定申告における所得金額（別表３①欄）
△２４億６３１０万０８６１円
上記金額は，原告が平成１３年２月１５日付けで処分行政庁に提出した原告の平成１２年１２期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(ｲ)国外関連者への所得移転金額（別表３②欄）
１８億９３７９万１７８９円
上記金額は，原告が平成１２年１２月期において原告の国外関連者であるＰ１との間で行った本件国外関連取引について，原告がＰ１に支払った対価の額が，当該取引に係る措置法６６条の４第１項に規定する独立企業   間価格   （以下   「平成   １２年   １２月   期分独   立企業   間価格   」という。）を超えていることから，同項の規定に基づき，当該取引が平成１２年１２月期分独立企業間価格により行われたものとみなして原告の当期の所得金額に加算すべき金額である。
(ｳ)事業税の損金算入額（別表３③欄）           ２５６２万８３００円上記金額は，平成１１年１２月期の更正処分により増加した所得金額に対応する事業税相当額の損金算入額である。


イ納付すべき法人税額（別表３⑦欄）                        △１６７円上記金額は，次の(ｱ)の金額から(ｲ)の金額を控除するに当たり，控除しきれなかった金額であり，法人税法７８条１項の規定に基づき，原告に還付すべき金額である。
(ｱ)課税所得金額に対する法人税額（別表３⑤欄）                 ０円(ｲ)法人税額から控除される所得税額等（別表３⑥欄）         １６７円上記金額は，法人税法６８条（平成１５年法律第８号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される所得税の額であり，原告の平成１２年１２月期の確定申告書に記載された法人税額から控除される所得税等の金額である。
ウ既に納付の確定した法人税額（別表３⑧欄）                △１６７円上記金額は，原告の平成１２年１２月期の法人税の確定申告書に記載された還付金額である。
エ差引納付すべき法人税額（別表３⑨欄）                          ０円上記金額は，前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額である。オ翌期へ繰り越す欠損金額（別表３⑩欄）      ５億９４９３万７３７２円上記金額は，原告の平成１２年１２月期の法人税の確定申告書に記載された翌期へ繰り越す欠損金の額２４億６３１０万０８６１円から前記ア(ｲ)の所得金額に加算すべき金額１８億９３７９万１７８９円を減算し，同(ｳ)の所得金額から減算すべき金額２５６２万８３００円を加算した金額である。
(3)平成１３年１２月期
ア所得金額（別表４③欄）                △１７億１６３７万９７３０円上記金額は，次の(ｱ)の金額に(ｲ)の金額を加算した金額である。
(ｱ)確定申告における所得金額（別表４①欄）
△３５億８１８６万６１３０円
上記金額は，原告が平成１４年２月２３日付けで処分行政庁に提出した原告の平成１３年１２期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(ｲ)国外関連者への所得移転金額（別表４②欄）
１８億６５４８万６４００円
上記金額は，原告が平成１３年１２月期において原告の国外関連者であるＰ１との間で行った本件国外関連取引について，原告がＰ１に支払った対価の額が，当該取引に係る措置法６６条の４第１項に規定する独立企業   間価格   （以下   「平成   １３年   １２月   期分独   立企業   間価格   」という。）を超えていることから，同項の規定に基づき，当該取引が平成１３年１２月期分独立企業間価格により行われたものとみなして原告の当期の所得金額に加算すべき金額である。
イ納付すべき法人税額（別表４⑥欄）                        △１８７円上記金額は，次の(ｱ)の金額から(ｲ)の金額を控除するに当たり，控除しきれなかった金額であり，法人税法７８条１項の規定に基づき，原告に還付すべき金額である。
(ｱ)課税所得金額に対する法人税額（別表４④欄）                 ０円(ｲ)法人税額から控除される所得税額等（別表４⑤欄）         １８７円上記金額は，法人税法６８条（平成１５年法律第８号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される所得税の額であり，原告の平成１３年１２月期の法人税の確定申告書に記載された法人税額から控除される所得税等の金額と同額である。
ウ既に納付の確定した法人税額（別表４⑦欄）                △１８７円上記金額は，原告の平成１３年１２月期の法人税の確定申告書に記載された還付金額である。
エ差引納付すべき法人税額（別表４⑧欄）                          ０円上記金額は，前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額である。オ翌期へ繰り越す欠損金額（別表４⑨欄）    ２３億１１３１万７１０２円上記金額は，原告の平成１３年１２月期の法人税の確定申告書に記載された翌期へ繰り越す欠損金の額６０億４４９６万６９９１円から，前記ア(ｲ)の所得金額に加算すべき金額１８億６５４８万６４００円及び平成１２年１２月期の更正処分に伴い減少する翌期へ繰り越す欠損金額１８億６８１６万３４８９円(別表３②欄の金額から同③欄の金額を   減算した金額）の合計額３７億３３６４万９８８９円を減算した金額である。(4)平成１４年１２月期
ア確定申告における所得金額（別表５①欄）                        ０円上記金額は，原告が平成１５年２月２４日付けで処分行政庁に提出した原告の平成１４年１２期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
イ納付すべき法人税額（別表５④）                            △４８円上記金額は，次の(ｱ)の金額から(ｲ)の金額を控除するに当たり，控除しきれなかった金額であり，法人税法７８条１項の規定に基づき，原告に還付すべき金額である。
(ｱ)課税所得金額に対する法人税額（別表５②欄）                 ０円(ｲ)法人税額から控除される所得税額等（別表５③欄）           ４８円上記金額は，法人税法６８条（平成１５年法律第８号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される所得税の額であり，原告の平成１４年１２月期の法人税の確定申告書に記載された法人税額から控除される所得税等の金額である。
ウ既に納付の確定した法人税額（別表５⑤欄）                  △４８円上記金額は，原告の平成１４年１２月期の法人税の確定申告書に記載された還付金額である。


エ差引納付すべき法人税額（別表５⑥欄）                          ０円上記金額は，前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額である。オ翌期へ繰り越す欠損金額（別表５⑦欄）      ６億８０８１万６９８０円上記金額は，原告の平成１４年１２月期の法人税の確定申告書に記載された翌期へ繰り越す欠損金の額４４億１４４６万６８６９円から，平成１２年１２月期の更正処分に伴い減少する翌期へ繰り越す欠損金額１８億６８１６万３４８９円(別表３②欄の金額から同③欄の金額を   減算した金額）及び平成１３年１２月期の更正処分に伴い減少する翌期へ繰り越す欠損金額１８億６５４８万６４００円（別表４②欄の金額）を減算した金額である。
(5)平成１５年１２月期
ア所得金額（別表６③欄）                    ４億３３６６万５９７７円上記金額は，次の(ｱ)の金額に(ｲ)の金額を加算した金額である。(ｱ)確定申告における所得金額（別表６①欄）                     ０円上記金額は，原告が平成１６年２月２７日付けで処分行政庁に提出した平成１５年１２月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(ｲ)繰越欠損金の損金算入過大額（別表６②欄）
４億３３６６万５９７７円
上記金額は，原告が平成１５年１２月期の法人税の確定申告書において損金の額に算入した繰越欠損金１１億１４４８万２９５７円と平成１２年１２月期の更正処分及び平成１３年１２月期の更正処分に伴って減少した所得金額から減算すべき正当な繰越欠損金の当期控除額６億８０８１万６９８０円（別表５⑦欄）の金額との差額であり，平成１５年１２月期の損金の額に算入されない金額である。
イ課税所得金額に対する法人税額（別表６④欄）
１億２９４５万９５００円
上記金額は，前記アの所得金額（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）に法人税法６６条に規定する税率（ただし，経済社会の変化等に対応して早急に構ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条１項（平成１６年法律第１４号による改正前のもの）による置き換え後のもの。以下同じ。）を乗じて計算した金額である。
ウ法人税額から控除される所得税額等（別表６⑤欄）          １８０２円上記金額は，法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税の額であり，原告の平成１５年１２月期の法人税の確定申告書に記載された法人税額から控除される所得税等の金額である。
エ納付すべき法人税額（別表６⑥欄）        １億２９４５万７６００円上記金額は，前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
オ既に納付の確定した法人税額（別表６⑦欄）              △１８０２円上記金額は，平成１５年１２月期の法人税の確定申告書に記載された還付金額である。
カ差引納付すべき法人税額（別表６⑧欄）      １億２９４５万９４００円上記金額は，前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）であり，平成１５年１２月期の更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額である。
(6)平成１６年１２月期
ア所得金額（別表７⑤欄）                    ４億４２３６万０５６６円上記金額は，次の(ｱ)の金額に(ｲ)及び(ｳ)の金額を加算し，(ｴ)の金額を減算した金額である。
(ｱ)確定申告における所得金額（別表７①欄）                     ０円上記金額は，原告が平成１７年３月３１日付けで処分行政庁に提出した原告の平成１６年１２月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(ｲ)繰越欠損金の損金算入過大額（別表７②欄）
４億１９７３万１８８２円
上記金額は，原告が平成１６年１２月期の法人税の確定申告書において損金の額に算入した繰越欠損金４億１９７３万１８８２円と平成１２年１２月期ないし平成１５年１２月期の各更正処分に伴って減少した所得金額から減算すべき正当な繰越欠損金の当期控除額０円との差額であり，平成１６年１２月期の損金の額に算入されない金額である。(ｳ)在庫評価損のうち損金の額に算入されない金額（別表７③欄）
６４２６万０４８４円
上記金額は，原告が平成１６年１２月期の法人税の確定申告において棚卸資産の評価損として損金の額に算入した金額であり，法人税法３３条（資産の評価損の損金不算入等）の規定に基づき，平成１６年１２月期の損金の額に算入されない金額である。
(ｴ)事業税の損金算入額（別表７④欄）           ４１６３万１８００円上記金額は，平成１５年１２月期の更正処分により増加した所得金額に対応する事業税相当額の損金算入額である。
イ課税所得金額に対する法人税額（別表７⑥欄）
１億３２０６万８０００円
上記金額は，前記アの所得金額（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）に法人税法６６条に規定する税率を乗じて計算した金額である。
ウ法人税額から控除される所得税額等（別表７⑦欄）          １２６０円上記金額は，法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税の額であり，原告の平成１６年１２月期の法人税の確定申告書に記載された法人税額から控除される所得税等の金額である。
エ納付すべき法人税額（別表７⑧欄）          １億３２０６万６７００円上記金額は，前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。


オ既に納付の確定した法人税額（別表７⑨）                △１２６０円上記金額は，原告の平成１５年１２月期の法人税の確定申告書に記載された還付金額である。
カ差引納付すべき法人税額（別表７⑩欄）      １億３２０６万７９００円上記金額は，前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）であり，平成１６年１２月期の更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額である。
２本件各更正処分の適法性
前記１のとおり，被告が本訴において主張する原告の本件各事業年度における①所得金額又は欠損金額，②納付すべき法人税額又は還付金額及び③翌期へ繰り越す欠損金額は，それぞれ次のとおりである。
なお，翌期へ繰り越す欠損金額がない事業年度については，③の記載をしていない。
(1)平成１１年１２月期
①８億１１４２万４２８９円，②２億７９１７万９５００円
(2)平成１２年１２月期
①△５億９４９３万７３７２円，②△１６７円，③５億９４９３万７３７
２円
(3)平成１３年１２月期
①△１７億１６３７万９７３０円，②△１８７円，③２３億１１３１万７
１０２円
(4)平成１４年１２月期
①０円，②△４８円，③６億８０８１万６９８０円
(5)平成１５年１２月期
①４億３３６６万５９７７円，②１億２９４５万７６００円
(6)平成１６年１２月期
①４億４２３６万０５６６円，②１億３２０６万６７００円本件各更正処分における所得金額又は欠損金額，納付すべき法人税額又は還付金額及び翌期へ繰り越す欠損金額は，上記の各金額と同額であるから，本件各更正処分はいずれも適法である。
３本件各賦課決定処分の根拠
前記２のとおり，本件各更正処分はいずれも適法であるところ，平成１１年１２月期，平成１５年１２月期及び平成１６年１２月期の各更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額については，その基礎となった事実について，原告がこれを計算の基礎としなかったことに，通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって，本件各更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額を基礎として課されるべき過少申告加算税の金額は，次のとおりである。(1)平成１１年１２月期の賦課決定処分の額             ８０３万８０００円上記金額は，通則法６５条１項の規定に基づき，原告が平成１１年１２月期の更正処分により新たに納付すべきこととなった税額８０３８万円（ただし，通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。(2)平成１５年１２月期の賦課決定処分の額           １９３９万２５００円上記金額は，通則法６５条１項の規定に基づき，原告が平成１５年１２月期の更正処分により新たに納付すべきこととなった税額１億２９４５万円（ただし，通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額１２９４万５０００円に，通則法６５条２項の規定に基づき，平成１５年１２月期の更正処分により新たに納付すべきこととなった税額１億２９４５万９４００円のうち，同条３項に規定する期限内申告税額に相当する金額０円と５０万円とのいずれか多い金額である５０万円を超える部分の額１億２８９５万円（ただし，通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額６４４万７５００円を加算した金額である。
(3)平成１６年１２月期の賦課決定処分の額           １９７８万４０００円上記金額は，通則法６５条１項の規定に基づき，原告が平成１６年１２月期の更正処分により新たに納付すべきこととなった税額１億３２０６万円（ただし，通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額１３２０万６０００円に，通則法６５条２項の規定に基づき，平成１６年１２月期の更正処分により新たに納付すべきこととなった税額１億３２０６万７９００円のうち，同条３項に規定する期限内申告税額に相当する金額０円と５０万円とのいずれか多い金額である５０万円を超える部分の額１億３１５６万円（ただし，通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額６５７万８０００円を加算した金額である。
４本件各賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する平成１１年１２月期，平成１５年１２月期及び平成１６年１２月期の各更正処分に伴って賦課されるべき過少申告加算税の額は，前記３のとおり，それぞれ，①平成１１年１２月期については８０３万８０００円，②平成１５年１２月期については１９３９万２５００円，③平成１６年１２月期については１９７８万４０００円であるところ，本件各賦課決定処分における過少申告加算税の金額は，上記の各金額と同額であるから，本件各賦課決定処分はいずれも適法である。


平成２６年（あ）第９４８号所得税法違反被告事件
平成２７年３月１０日第三小法廷判決
主          文
本件上告を棄却する。
理          由
第１事案の概要
本件は，馬券を自動的に購入できるソフトを使用してインターネットを介して長期間にわたり多数回かつ頻繁に網羅的な購入をして当たり馬券の払戻金を得ることにより多額の利益を上げていた被告人が，その所得につき正当な理由なく確定申告書を期限までに提出しなかったという所得税法違反の事案である。検察官は，本件には，当たり馬券の払戻金が所得税法上の一時所得に当たるか雑所得に当たるか，外れ馬券の購入代金が所得税法上の必要経費に当たるか否かという法令の解釈に関する重要な事項が含まれていると主張して事件受理の申立てをし，当審は受理決定をした。
第２当裁判所の判断
１本件事実関係
被告人は，自宅のパソコン等を用いてインターネットを介してチケットレスでの購入が可能で代金及び当たり馬券の払戻金の決済を銀行口座で行えるという日本中央競馬会が提供するサービスを利用し，馬券を自動的に購入できる市販のソフトを使用して馬券を購入していた。被告人は，同ソフトを使用して馬券を購入するに際し，馬券の購入代金の合計額に対する払戻金の合計額の比率である回収率を高めるように，インターネット上の競馬情報配信サービス等から得られたデータを自らが分析した結果に基づき，同ソフトに条件を設定してこれに合致する馬券を抽出させ，自らが作成した計算式によって購入額を自動的に算出していた。この方法により，被告人は，毎週土日に開催される中央競馬の全ての競馬場のほとんどのレースについて，数年以上にわたって大量かつ網羅的に，一日当たり数百万円から数千万円，一年当たり１０億円前後の馬券を購入し続けていた。被告人は，このような購入の態様をとることにより，当たり馬券の発生に関する偶発的要素を可能な限り減殺しようとするとともに，購入した個々の馬券を的中させて払戻金を得ようとするのではなく，長期的に見て，当たり馬券の払戻金の合計額と外れ馬券を含む全ての馬券の購入代金の合計額との差額を利益とすることを意図し，実際に本件の公訴事実とされた平成１９年から平成２１年までの３年間は，平成１９年に約１億円，平成２０年に約２６００万円，平成２１年に約１３００万円の利益を上げていた。
２本件払戻金の所得区分について
所得税法３４条１項は，一時所得について，「一時所得とは，利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得及び譲渡所得以外の所得のうち，営利を目的とする継続的行為から生じた所得以外の一時の所得で労務その他の役務又は資産の譲渡の対価としての性質を有しないものをいう。」と規定している。そして，同法３５条１項は，雑所得について，「雑所得とは，利子所得，配当所得，不動産所得，事業所得，給与所得，退職所得，山林所得，譲渡所得及び一時所得のいずれにも該当しない所得をいう。」と規定している。したがって，所得税法上，営利を目的とする継続的行為から生じた所得は，一時所得ではなく雑所得に区分されるところ，営利を目的とする継続的行為から生じた所得であるか否かは，文理に照らし，行為の期間，回数，頻度その他の態様，利益発生の規模，期間その他の状況等の事情を総合考慮して判断するのが相当である。これに対し，検察官は，営利を目的とする継続的行為から生じた所得であるか否かは，所得や行為の本来の性質を本質的な考慮要素として判断すべきであり，当たり馬券の払戻金が本来は一時的，偶発的な所得であるという性質を有することや，馬券の購入行為が本来は社会通念上一定の所得をもたらすものとはいえない賭博の性質を有することからすると，購入の態様に関する事情にかかわらず，当たり馬券の払戻金は一時所得である，また，購入の態様に関する事情を考慮して判断しなければならないとすると課税事務に困難が生じる旨主張する。しかしながら，所得税法の沿革を見ても，およそ営利を目的とする継続的行為から生じた所得に関し，所得や行為の本来の性質を本質的な考慮要素として判断すべきであるという解釈がされていたとは認められない上，いずれの所得区分に該当するかを判断するに当たっては，所得の種類に応じた課税を定めている所得税法の趣旨，目的に照らし，所得及びそれを生じた行為の具体的な態様も考察すべきであるから，当たり馬券の払戻金の本来的な性質が一時的，偶発的な所得であるとの一事から営利を目的とする継続的行為から生じた所得には当たらないと解釈すべきではない。また，画一的な課税事務の便宜等をもって一時所得に当たるか雑所得に当たるかを決するのは相当でない。よって，検察官の主張は採用できない。
以上によれば，被告人が馬券を自動的に購入するソフトを使用して独自の条件設定と計算式に基づいてインターネットを介して長期間にわたり多数回かつ頻繁に個々の馬券の的中に着目しない網羅的な購入をして当たり馬券の払戻金を得ることにより多額の利益を恒常的に上げ，一連の馬券の購入が一体の経済活動の実態を有するといえるなどの本件事実関係の下では，払戻金は営利を目的とする継続的行為から生じた所得として所得税法上の一時所得ではなく雑所得に当たるとした原判断は正当である。
３本件外れ馬券の購入代金の必要経費該当性について雑所得については，所得税法３７条１項の必要経費に当たる費用は同法３５条２項２号により収入金額から控除される。本件においては，外れ馬券を含む一連の馬券の購入が一体の経済活動の実態を有するのであるから，当たり馬券の購入代金の費用だけでなく，外れ馬券を含む全ての馬券の購入代金の費用が当たり馬券の払戻金という収入に対応するということができ，本件外れ馬券の購入代金は同法３７条１項の必要経費に当たると解するのが相当である。
これに対し，検察官は，当たり馬券の払戻金に対応する費用は当たり馬券の購入代金のみであると主張するが，被告人の購入の実態は，上記のとおりの大量的かつ網羅的な購入であって個々の馬券の購入に分解して観察するのは相当でない。また，検察官は，外れ馬券の購入代金は，同法４５条１項１号により必要経費に算入されない家事費又は家事関連費に当たると主張するが，本件の購入態様からすれば，当たり馬券の払戻金とは関係のない娯楽費等の消費生活上の費用であるとはいえないから，家事費等には当たらない。
以上によれば，外れ馬券を含む全ての馬券の購入代金という費用が当たり馬券の払戻金という収入に対応するなどの本件事実関係の下では，外れ馬券の購入代金について当たり馬券の払戻金から所得税法上の必要経費として控除することができるとした原判断は正当である。
よって，刑訴法４０８条により，裁判官全員一致の意見で，主文のとおり判決する。なお，裁判官大谷剛彦の意見がある。
裁判官大谷剛彦の意見は，次のとおりである。


平成２５年１２月１８日判決言渡
平成２５年（行ケ）第１００４４号審決取消請求事件
口頭弁論終結日平成２５年９月９日
判                        決原告           新日本   製薬株   式会社訴訟代   理人弁   護士           田中雅   敏同                                宇加治     恭   子同                                髙山大   地同                                鶴   利絵同                                柏田剛   介同                                生島一   哉同                                新里浩   樹同                                浦川雄   基同                                小
美佳
同                                池辺健   太訴訟代   理人弁   理士           有   吉   修一朗同                                森田靖   之被告           株式会   社ボデ   ィワー   ク
ホール   ディン   グス
訴訟代   理人弁   理士           山田文   雄同                                山田洋   資
主文

１原告の請求を棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及   び理由
第１請求の趣旨
１特許庁が取消２０１２－３００３４８号事件について平成２５年１月９日にした審決を取り消す。
２訴訟費用は被告の負担とする。
第２事案の概要
１特許庁における手続の経緯等（特に証拠を摘示しない限り，当事者間に争いがない。）
(1)被告は，別紙目録１記載１の商標権（以下「本件商標権」といい，その登録商標を「本件商標」という。）を有している。
被告の子会社である株式会社ボディワーク（以下「ボディワーク社」という。）は，平成２４年４月当時，自社のホームページ
（http://www.bodywork.co.jp/。以下「本件ホームページ」という。）において，自社の通信販売用ウェブサイト（http://www.raffineclub.jp/。以下「本件通販サイト」という。）を表示するためのリンク用看板として，別紙目録１記載２の構成から成るバナー広告（以下「本件バナー広告」という。）を表示していた（甲５）。
(2)原告は，別紙目録２記載１ないし３の各商標権（以下，その登録商標を順次「引用商標１」，「引用商標２」，「引用商標３」といい，これらを総称して「引用商標」という。）を有している。
原告は，平成２４年４月２５日，特許庁に対し，本件商標の登録の取消しを求める審判の請求をし，特許庁は，この審判を，取消２０１２－３００３４８号事件として審理した結果，平成２５年１月９日，「本件審判の請求は，成り立たない。審判費用は，請求人の負担とする。」との審決をし，その謄

本を，同月１８日，原告に送達した。
２審決の理由
別紙審決書写しのとおりであり，要するに，ボディワーク社は本件商標の通常使用権者であり，本件商標と本件バナー広告とは類似しており，本件バナー広告は，本件商標の指定商品に含まれる商品と同一の商品に使用されているものの，本件バナー広告の使用によっては，原告の業務に係る商品と混同を生ずるものをしたということはできないから，本件商標の登録は商標法５３条１項の規定により取り消すべきでない，というものである。
第３原告の主張
ボディワーク社による本件バナー広告の使用は，以下のとおり，原告の販売する化粧品の「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドと出所の混同を生じるおそれがあり，この点についての判断を誤った審決は取り消されるべきである。
１本件バナー広告の外観
本件バナー広告は，１段目に「Ｒａｆｆｉｎｅ」のアルファベット文字が配置され，２段目に「Ｓｔｙｌｅ」のアルファベット文字と円形図形が配置され，３段目に「ラフィネの通販サイト」の文字が配置されている。このように，「Ｒａｆｆｉｎｅ」と「Ｓｔｙｌｅ」の文字部分が二段書きされていること，１段目の頭文字「Ｒ」及び２段目の頭文字「Ｓ」がそれぞれ大文字で，その余の文字が小文字で表記されており，「Ｒａｆｆｉｎｅ」と「Ｓｔｙｌｅ」とは一連一体ではなくそれぞれ独立した単語として捉えられることからすれば，「Ｒａｆｆｉｎｅ」と「Ｓｔｙｌｅ」とは，外観において分離されている。
そして，２段目の文字部分は，単に「スタイル，型，生活様式」等を意味する名詞であり，「○○Ｓｔｙｌｅ」又は「○○スタイル」の表記に触れた看者は，「Ｓｔｙｌｅ」を除いた「○○」の部分に注目し，「○○」の部分が有するブランドのイメージ，関連する商品やサービスを強く想起することが極めて

一般的であることからして，それ自体識別力がないかあるいは非常に弱い一般的な文字であって，他の単語と組み合わせて使用された場合，「○○のスタイル」といった具合の意味に把握されるにすぎず，「○○」の部分が看者に強い印象を与える要部と把握される。
また，「Ｒａｆｆｉｎｅ」と「Ｓｔｙｌｅ」を一連一体に捉えた「ＲａｆｆｉｎｅＳｔｙｌｅ」なる単語は特定の意味を有さない造語として認識される一方，「Ｒａｆｆｉｎｅ」はフランス語，「Ｓｔｙｌｅ」は英語としてよく知られた単語であり，フランス語と英語の単語を組み合わせた形で一連一体のものとして把握することは観念上もあり得ない。
さらに，３段目の「ラフィネの通販サイト」の記載について「Ｓｔｙｌｅ」や「スタイル」の文字を伴わず「ラフィネ」の文字部分のみが使用されていること，「通販サイト」の文字部分がサービスの質を表示するにすぎないことを考慮すると，一般需要者が「Ｒａｆｆｉｎｅ」及び「Ｓｔｙｌｅ」の文字部分に触れた場合，１段目の「Ｒａｆｆｉｎｅ」の文字部分にのみ着目することが十分に考えられる。


以上によれば，「Ｒａｆｆｉｎｅ」及び「Ｓｔｙｌｅ」の文字部分は，外観上まとまりよく表されたものとはいえず，本件バナー広告の要部は，１段目の「Ｒａｆｆｉｎｅ」の文字部分と捉えられ，一般需要者に，原告の業務に係る商品であるとの出所の混同を生じるおそれが十分に存在する。
２本件バナー広告の意味及び使用状況
(1)「○○の通販サイト」，「○○の通信販売」等の表記は，「○○」のブランドと関係性のある商品が掲載された形で使用されることがごく一般的であり，「○○の通販サイト」の表記が存在する場合には，「○○」のブランドと関係のある具体的な商品が取り扱われていることを需要者が期待するのが自然である。
本件ホームページや本件通販サイトには，ボディワーク社に係るリラクゼ

ーション分野とは直接的に関係のない商品が掲載され，本件通販サイトで販売を行っていることからすれば，本件バナー広告における「ラフィネ」の文字部分が，ボディワーク社に係る施設の店舗名であると容易に看取されるとは考えられない。
これらに加え，後述のとおり，原告に係る「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドが需要者に広く知られたものであることからすれば，本件バナー広告は，「店舗（ラフィネ）が運営する通販サイト」の意味合いとして理解されるものではなく，一般需要者は「ラフィネ」の文字部分から，原告の「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドの化粧品を取り扱う通販サイトと認識し，出所の混同を生じるおそれがある。
(2)本件ホームページや本件通販サイトでは「Ｒａｆｆｉｎｅ」及び「ラフィネ」の文字が高頻度で現れている画面構成となっていることから，本件バナー広告に触れた一般需要者が，「Ｒａｆｆｉｎｅ」の部分のみを認識し，通販サイトにおいて出所の混同を生じる可能性が十分に存在する。また，本件通販サイトに掲載された化粧品を見ると，そのブランドに統一性はなく，また，製品名のみが記載された商品もあり，どのメーカーの商品であるのか本件通販サイトの表示からは不明であるから，本件通販サイトを訪れた一般需要者が，本件バナー広告の存在を根拠に，同サイト上で原告の「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドの化粧品を探すことも十分に考えられる。よって，本件バナー広告の使用状況に鑑みても，原告に係る「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドの化粧品と出所の混同を生じるおそれがあると判断されるべきである。
３原告の化粧品ブランドの周知性
(1)原告の化粧品ブランド「ＲＡｆｆＩＮＥ」の商品及び販売実績原告は，化粧品ブランド「ＲＡｆｆＩＮＥ」を冠する製品群を「ラフィネシリーズ」として継続的に販売してきており，これら「ＲＡｆｆＩＮＥ」を

冠する製品群はモイスチャー化粧品にとどまらず，その種類はスキンケア分野及びメイクアップ分野を中心に幅広く展開されている。また，原告の製品には，その容器にやや図案化した「ＲＡｆｆＩＮＥ」の表記がされており，一般消費者や化粧品関連の取引者等多数の需要者が，これら製品の使用や取引に際し，「ＲＡｆｆＩＮＥ」及び「ラフィネ」なる表記を目にしており，原告の化粧品ブランドの知名度や名声の向上に貢献している。原告の売上実績を見ると，２００７年の総売上金額は１０９億円だったのが，その後年々増加し，２０１１年には約２倍の２０７億円に達しているところ，うち化粧品の売上実績は，２００７年に５９億円で総売上金額の約５０％程度であったのが，２０１１年以降は，年１６０億円以上を計上し，総売上金額に占める割合は８０％以上を記録している。このような原告の市場における成長は，化粧品事業が担ってきたのであり，化粧品の売上げの大部分は，化粧品事業において中心的な位置づけである「ラフィネシリーズ」の売上げによるものであった。
これらの原告の売上実績及び売上げに占める「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランド製品群の寄与率を考慮すれば，「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドは，原告に係る化粧品を示すものとして，需要者に対して広く認識されているといえる。(2)原告の「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドに関する宣伝広告活動原告は，化粧品ブランド「ＲＡｆｆＩＮＥ」に関して，膨大な宣伝広告費をかけて，全国紙，雑誌等への広告の掲載やチラシ広告の配布，インフォマーシャルや番組間ＣＭなどのテレビＣＭの実施，ウェブサイト上の広告や通販サイトにおける販売，各種ノベルティグッズの配布，商品カタログの発送，スポーツイベントへの協賛や地域行事への参加による広報活動などを通じて積極的な宣伝広告活動を行い，「ＲＡｆｆＩＮＥ」や「ラフィネ」ブランドの認知度やイメージの向上に努めてきた。
さらに，原告は，２０１２年４月時点において，日本全国に１７店舗の販


売店を展開し，「ＲＡｆｆＩＮＥ」を冠した化粧品を販売している。これらの原告の営業努力の結果，「化粧品マーケティング要覧２０１１年Ｎｏ．１」（株式会社富士経済）によると，化粧品ブランド「ＲＡｆｆＩＮＥ」ないしその製品は，化粧品モイスチャー分野にて，２００８年から２０１１年にかけて，メーカー別シェアで３位，ブランド別シェアで２位の位置を占めるに至っているなど，そのブランドの認知度は高まっている。(3)以上のとおり，原告は化粧品に関して「ＲＡｆｆＩＮＥ」及び「ラフィネ」の表示を用いた宣伝広告活動を継続的かつ広範囲に行っており，これを見た需要者層に対し，原告に係る「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドの印象を強く与えている。よって，「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドは化粧品の限られた分野だけでなく，化粧品分野全体で，需要者に十分に広く認識されたものといえるから，ボディワーク社が本件バナー広告を使用した場合に，需要者が出所の混同を生じるおそれは十分に存在する。
特に，原告は，商品カタログの名称として，「ＲＡｆｆＩＮＥＳＴＹＬＥ」の名称を過去に使用し，その発行部数は累計で９３０万部以上に及んでいた。このように，原告に係る「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドが「Ｓｔｙｌｅ」を付して使用されていたことから，商品カタログを見たことのある一般需要者が，本件バナー広告に触れた場合には，より一層，混同を生じるおそれが高くなるといえる。
また，原告が通販サイトによりブランドの販売を拡大してきた経緯からすれば，一般需要者に対しても，通販サイトと「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドの化粧品との間の関連性が印象付けられているといえる。この状況下で，本件バナー広告を通販サイトに使用した場合，一般需要者が原告に係る「ＲＡｆｆＩＮＥ」又は「ラフィネ」ブランドの化粧品に何らかの関連があるものと認識する可能性があり，さらに，通販サイトに化粧品が取り扱われていた場合には，出所の混同が生じる可能性はより一層強まる。

４出所の混同が生じている事実
原告は，「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドの化粧品の注文を受けるコールセンターにおいて，ボディワーク社に係るリラクゼーション施設と原告に係る化粧品との関連の有無について問合せを受けることがある。このように，ボディワーク社のリラクゼーション施設と原告のブランド名とが誤認されている状況がある中で，ボディワーク社が本件バナー広告を使用した場合には，一般需要者が，原告に係る「ＲＡｆｆＩＮＥ」又は「ラフィネ」ブランドの化粧品に何らかの関連があるものと認識する可能性は十分に存在する。
第４被告の主張
ボディワーク社による本件バナー広告の使用により，原告の化粧品ブランド「ＲＡｆｆＩＮＥ」と出所の混同を生じる余地はなく，審決の判断に誤りはない。
１本件バナー広告と引用商標との非類似性
仮に本件バナー広告が本件商標の使用であるとしても，本件バナー広告と引用商標とは類似しない。
本件バナー広告の１段目と２段目は，全体としてまとまりよく配置され，一体的に看取できるから，これから生じる称呼は「ラフィネスタイル」とするのが常識的であり，「Ｒａｆｆｉｎｅ」にのみ注目して「ラフィネ」と称呼されることはほとんどないというべきである。よって，称呼上，引用商標とは非類似である。
「Ｒａｆｆｉｎｅ」はフランス語で「上品な，洗練された」の意味であり，「Ｓｔｙｌｅ」は英語で「表現方法，生活様式，暮らし方」などの意味であるから，両者が一体となった「ＲａｆｆｉｎｅＳｔｙｌｅ」では，「上品な，又は洗練された表現，生活様式，暮らし方」を暗示させ，生活全体のスタイルに資するものであるかのような一定の観念を看者に抱かせるものである。これに対し，引用商標のように単なる「ＲＡｆｆＩＮＥ」などの文字だけでは，単

に「上品な，洗練された」の意味しかないから，指定商品「化粧品」に使用すれば，「上品な洗練された化粧品」と看者に観念させるにすぎない。日本国内での通常の需要者や取引者にとっては，たとえ異なる国の言語の単語の組合せであっても，それぞれの意味合いを組み合わせたものが違和感のない統一的な印象を与えるのであれば，一体不可分の造語として認識・把握するものであるから，本件バナー広告の１段目と２段目が全体としてまとまりよく一体的に看取できる以上，これから生じる称呼は「ラフィネスタイル」であり，引用商標を含む原告化粧品ブランド「ＲＡｆｆＩＮＥ」と相紛れることはなく非類似である。
原告は「○○Ｓｔｙｌｅ」の表記は，「○○」というブランドと何らかの関係を持った状態で使用され，通常は「Ｓｔｙｌｅ」を除いた「○○」の部分で識別されると主張する。しかし，「○○」ブランドの商品を販売あるいは紹介するウェブサイトにおいて「○○Ｓｔｙｌｅ」が用いられるのであれば，「○○」ブランドに関連する記事がある以上，「○○Ｓｔｙｌｅ」の表記の中で「○○」に注意が向くのは当然のことである。


本件バナー広告では，リラクゼーション施設の店舗「ラフィネ」が運営する通販サイトを意味する「ラフィネの通販サイト」の文字の上部に「ＲａｆｆｉｎｅＳｔｙｌｅ」の文字が表記されているから，「Ｒａｆｆｉｎｅ    Ｓｔｙｌｅ」はリラクゼーション施設の店舗「ラフィネ」が運営する通販サイトであると認識させるだけであり，「ＲａｆｆｉｎｅＳｔｙｌｅ」から「Ｒａｆｆｉｎｅ」を認識することはあっても，それはリラクゼーション施設の店舗「ラフィネ」であって，原告の化粧品ブランド「ＲＡｆｆＩＮＥ」ではない。
２本件バナー広告の意味及び使用状況について
本件バナー広告が表記された本件ホームページでは，リフレクソロジー，ボディケア，マッサージなどのサービスを行っているボディワーク社の展開しているリラクゼーション施設として「Ｒａｆｆｉｎｅ／ラフィネ」を紹介してい

ること，リラクゼーション施設の「ラフィネ」は全国展開しており，リラクゼーションマッサージの分野では広く知られていることに照らせば，本件バナー広告の３段目の「ラフィネの通販サイト」とは，リラクゼーション施設の「ラフィネ」が行っている通販サイトであると直ちに認識し，その通販サイト名は「ＲａｆｆｉｎｅＳｔｙｌｅ」であると理解するのが自然であり，原告の化粧品ブランド「ＲＡｆｆＩＮＥ」と出所を混同するおそれは存在しない。本件バナー広告のうち「ラフィネ」の文字が独立して認識されるとしても，この「ラフィネ」と本件商標とは非類似であるから，本件バナー広告の使用は本件商標ないしこれに類似する商標の使用とはならない。本件通販サイトにおいて紹介されている化粧品については，個別に各メーカーや製品名が記載されているから，本件通販サイトで紹介されている化粧品を原告の化粧品「ＲＡｆｆＩＮＥ」と誤認して購入することはあり得ない。
３原告の化粧品ブランドの周知性について
原告は，広告宣伝活動によって，化粧品の需要者に化粧品「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドが広く認識されていると主張するが，原告が実際に広告宣伝活動や販売活動で使用しており，その結果需要者に広く知られることになると考えられるものは「ＲＡｆｆＩＮＥ」ではなく「ラフィネパーフェクトワン」ないし「パーフェクトワン」である。「ＲＡｆｆＩＮＥ」そのものもある程度は認識されていたかもしれないものの，周知性を獲得しているというのは根拠がない。
４出所の混同が生じている事実について
原告が指摘する一般需要者からの問合せは，マッサージ店の「ラフィネ」との関係を問い合わせるものがほとんどである。被告は，原告が「ＲＡｆｆＩＮＥ」ブランドを使用するはるか以前の平成１２年からラフィネ関連の商標を登録・使用し，その店舗「ラフィネ」を全国展開してきたため，店頭販売がほとんどなく通信販売を主体とする原告の化粧品の通販サイトや広告を見た一般需

要者が，ボディワーク社の店舗と関連があるかのように錯覚するのである。ただし，互いの商品や役務が異なる以上，実際に間違えて商品を購入したり，役務の提供を受けることはなく，現実には出所の混同のおそれはない。
第５当裁判所の判断
当裁判所は，ボディワーク社は本件商標の通常使用権者であり，本件商標と本件バナー広告とは類似しており，本件バナー広告は，本件商標の指定商品に含まれる商品と同一の商品に使用されているものの，ボディワーク社の本件バナー広告の使用は，いわゆる不正使用には該当せず，原告の業務に係る商品と「混同を生ずるものをした」ということはできないから，本件商標の登録は商標法５３条１項の規定により取り消すべきでない，と判断する。その理由は次のとおりである。
１本件バナー広告が本件商標と類似の商標の使用に当たるか。
(1)被告及びボディワーク社の業務内容
被告は，昭和６２年２月１８日に設立され，針，灸，あんま，マッサージ，指圧及び柔道整復の治療，全身美容業，美容法の研究並びにその事業の経営指導，美容機器並びに医療機器の販売，化粧品並びに健康食品の販売等を目的とする株式会社である（甲４）。
被告の子会社であるボディワーク社は，平成２０年１０月１日に設立され，ボディケア（マッサージ療法），フットケア（足底療法）等のリラクセーション施設の運営，管理，健康食品及び健康器具の販売，化粧品の輸入及び製造・販売等を目的とする株式会社であり，リラクゼーション，ボディケア，マッサージなどのボディケアサービスを行う店舗を全国的に複数の箇所で経営している（甲４，弁論の全趣旨）。
被告は，本件商標権及び別紙目録３記載の各商標権を有しており，これらを自社の営業のために使用し，また，ボディワーク社をはじめとするグループ会社に使用許諾し，その営業のために使用させている（甲４１，４２，４
４，乙１ないし７（枝番号を含む。））。
(2)本件バナー広告の構成


本件バナー広告は，別紙目録１記載２のとおり，緑色の長方形の地の１段目に白抜きの「Ｒａｆｆｉｎｅ」の文字が，２段目に白抜きの「Ｓｔｙｌｅ」の文字と円形図形（縁部に緑色の「ＷＥＬＯＶＥ    ＨＥＡＲＴＦＵＬＲＥＬＡＸＡＴＩＯＮ」の文字が環状に配置され，中央部に緑色の四つ葉状ないし花弁状の模様がある黄緑色の円形図形（以下「四つ葉マーク」という。）。ただし，上記環状の文字部分は相当に小さい。），及び，その３段目に配置された細い白抜きの枠内に小さな緑色の文字で「ラフィネの通販サイト」と表記されているものから成る。「Ｒａｆｆｉｎｅ」及び「Ｓｔｙｌｅ」の部分には同じ字体が使用され，「ラフィネの通販サイト」の文字よりかなり大きく表記されているため，本件バナー広告のうち，目を惹く部分は「Ｒａｆｆｉｎｅ」及び「Ｓｔｙｌｅ」の文字と四つ葉マークである。そして，本件バナー広告は，上記の構成に照らすと，「Ｒａｆｆｉｎｅ」及び「Ｓｔｙｌｅ」の文字を二段に表記した部分（以下「Ｒａｆｆｉｎｅ／Ｓｔｙｌｅ」という。）並びに四つ葉マークが，ひとまとまりのものとして，取引者及び需要者に認識されるものであり，「ラフィネの通販サイト」の部分は，緑色の地の細い白枠の中の小さな文字であり，取引者又は需要者にほとんど認識されないか，認識されるとしても，別個のまとまりのものとして認識されるものである。
(3)本件バナー広告は被告が有する各登録商標のうちのどの登録商標の使用か。
本件バナー広告中の「Ｒａｆｆｉｎｅ／Ｓｔｙｌｅ」及び四つ葉マークは，①「Ｒａｆｆｉｎｅ／Ｓｔｙｌｅ」を緑色の文字で二段に表記し，「Ｓｔｙｌｅ」の文字の右横に四つ葉マークを配した，被告の有する別紙目録３記載１０の登録第５４９４２６２号の商標権（以下「被告第１０商標権」とい
う。）の登録商標（以下「被告第１０商標」という。）と，文字が緑色か緑色の地に白抜きの文字かの差異はあるものの，ほぼ同一の構成であり，また，②「ＲａｆｆｉｎｅＳｔｙｌｅ」を緑色の文字で一段に表記し，「Ｒａｆｆｉｎｅ」の文字の左横に四つ葉マークを配した，被告の有する別紙目録３記載８の登録第５３６４２５６号の商標権（以下「被告第８商標権」という。）の登録商標（以下「被告第８商標」という。）と，文字が緑色か緑色の地に白抜きの文字か及び二段表記か一段表記か，並びに四つ葉マークの位置の差異はあるものの，各文字と四つ葉マークの構成が同一であり，全体として極めて類似している。このように，被告が有している別紙目録３記載の各商標権の登録商標のうち，上記二つの登録商標が本件バナー広告中の「Ｒａｆｆｉｎｅ／Ｓｔｙｌｅ」と四つ葉マークに最も類似しているものといえる。もっとも，本件商標も「ＲａｆｆｉｎｅＳｔｙｌｅ」と「ラフィネスタイル」の文字を二段に表記したものであり，本件バナー広告中の「Ｒａｆｆｉｎｅ／Ｓｔｙｌｅ」とその称呼が同一で，外観等も類似しているから，上記の登録商標に次いで，全体として類似しているといえる。そして，本件バナー広告は，ボディワーク社の本件ホームページの最上部に，その左側の表題部の「ＢＯＤＹＷＯＲＫ」との表示の右側に表示されており（甲５），本件バナー広告をクリックすることにより，ボディワーク社の通信販売用ウェブサイトである本件通販サイト（甲６）に導かれる。本件通販サイトに掲載された商品は，「生活雑貨＆インテリア」，「ドリンク＆フード」，「睡眠＆リラックス」，「コスメティック＆ビューティー」，「お風呂グッズ」，「アウトドア＆スポーツ」，「ラフィネ関連」に分類されており，そのうち「コスメティック＆ビューティー」のページには，平成２４年４月当時，様々な種類の化粧品が掲載されており，これらの化粧品は，被告第１０商標権及び被告第８商標権の指定商品（第３類）に含まれるとともに，その小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供は，
本件商標権の指定役務（第３５類）に含まれるものである。商標法５３条１項の不正使用取消請求の対象となる商標権については，本件のように，被告が多数の登録商標を有し，これらをその子会社に許諾してその事業に使用している場合においては，実際に使用されている商標がどの登録商標の使用に当たるかを決定する必要があるところ，同項が「指定商品若しくは指定役務又はこれらに類似する商品若しくは役務についての登録商標又はこれに類似する商標の使用」と規定していることなどからすれば，実際に使用されている商標が登録商標と構成が同一ないし類似であるか，及び実際に使用されている商品ないし役務が登録商標の指定商品ないしは指定役務に含まれるか，あるいはこれに類似であるか否かに基づいて決定すべきである。


本件においては，本件バナー広告中の「Ｒａｆｆｉｎｅ／Ｓｔｙｌｅ」を緑色の地に白抜き文字で二段に表記し，「Ｓｔｙｌｅ」の文字の右横に四つ葉マークを配した標章と，最も類似しているもの（ほぼ同一であるといえるもの）は，被告第１０商標である。そして，その次に類似しているものは被告第８商標であり，また，本件商標もこれに類似しているものではある。そして，被告第１０商標権及び被告第８商標権は，その指定商品に化粧品を含み，本件商標権は，その指定役務に化粧品に関する役務を含むものである。してみると，本件バナー広告中において使用している上記商標は，被告第１０商標とほぼ同一の商標であり，被告第８商標とも類似すると同時に，本件商標の類似商標でもあるから，本件商標についてみれば，本件バナー広告の使用は本件商標に類似する商標の使用であるということが可能である。(4)なお，本件バナー広告中の「ラフィネの通販サイト」は，緑色の地の下欄の白抜きの枠の中に小さな文字で表記されたものであるから，「Ｒａｆｆｉｎｅ／Ｓｔｙｌｅ」の文字と四つ葉マークの商標とは，一体ではなく別個の商標であると認められる。そして，「ラフィネ」の標章は，被告が有して

いる別紙目録３記載２の登録第４４３４１６２号の商標権（「Ｒａｆｆｉｎé   ラフィネ」を二段に表記した商標，指定役務第４２類（あん摩・マッサージ等））と同目録記載６の登録第５２９１２４５号の商標権（「Ｒａｆｆｉｎｅラフィネ」を二段に表記した商標，指定役務第３６類，第４１類（マッサージに関する知識及び技術の教授等），第４４類（あん摩・マッサージ等））の各登録商標と「ラフィネ」において同一である。また，本件バナー広告中の「ラフィネの通販サイト」の「ラフィネ」の商標は，マッサージ等のボディケアを業としているボディワーク社の通販サイトであることを表示しているものであると認められるから，これは被告第１０商標，被告第８商標あるいは本件商標の使用というよりも，被告が有する上記目録記載２及び６の各商標権の登録商標の使用と解するのが合理的である。２本件バナー広告の使用は，商標法５３条１項の「他人の業務に係る商品若しくは役務と混同を生ずるものをしたとき」に当たるか。(1)原告がその業務に使用している商標の構成及びその使用状況等ア原告が有している引用商標の構成は，次のとおりである。引用商標１は「ＲＡＦＦＩＮＥ」の標準文字から成る商標であり，引用商標２は「ＲＡｆｆＩＮＥ」の標準文字から成る商標である。引用商標３は，別紙目録２記載３のとおり「ＲＡｆｆＩＮＥ」の文字から成る商標であるが，うち「ｆｆ」の部分はそれ以外の部分とは異なり，やや図案化された字体によって表記されている。引用商標の指定商品は，いずれも第３類（化粧品を含む）等である。
なお，引用商標は，その出願日が最も早い引用商標２でも平成２２年８月２４日であり，いずれも被告第８商標（甲４２）及び本件商標の出願日である平成２２年６月９日よりも遅く出願されており，仮に引用商標と本件商標あるいは被告第８商標と引用商標とが類似であるとすると，引用商標は，本件商標等の登録が取り消されない限り，商標法４条１項１１号に

該当し，無効理由を有するものとなる。
イ原告による化粧品の販売状況や引用商標の使用状況について，証拠（甲１５，１８ないし２０，１００，１０８ないし１１６（以上につき，枝番号を含む。））及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実が認められる。(ア)原告は，引用商標を付した化粧品を「ＲＡｆｆＩＮＥ」，「ラフィネ」シリーズとして継続的に販売しており，その商品には，モイスチャー化粧品の「ＲＡｆｆＩＮＥＰｅｒｆｅｃｔ    Ｏｎｅ」，「ラフィネパーフェクトワン」，化粧水の「薬用ラフィネクリアローション」，美容液の「ラフィネアイケアエッセンス」，クレンジング剤の「ラフィネソリッドクレンジング」，乳液の「ラフィネ    クリアミルク」，ファンデーションの「ラフィネパーフェクトＢＢ」や「ラフィネ    スキンケアファンデーション」，メイクアップベースの「ラフィネクリアプロテクトＵＶ」，フェイスパウダーの「ラフィネクリアベールパウダー」などがある。
これらの原告の製品には，いずれも容器や包装に引用商標３と同一の標章が表示されている。
(イ)原告は，「ラフィネ」シリーズの化粧品の販売のため，全国１７箇所に直営の店舗を有しているほか，自社又は通信販売サイト運営会社の運営するインターネットの通信販売サイトなどでの販売を行い，また，テレビコマーシャルや新聞や雑誌，チラシでの広告を中心とする宣伝活動によって，売上げの拡大に努めている。
株式会社富士経済の発行する「化粧品マーケティング要覧２０１１Ｎｏ．１」（甲１５の５）によれば，原告ないし「ラフィネ」シリーズは，モイスチャー化粧品の分野において，２０１０年及び２０１１年（ただし，２０１１年は見込み実績）にメーカーシェアで第３位（９％前後），ブランドシェアで第２位（８％前後）の販売実績を上げるに至

っており，特にジェルタイプのものの販売実績については，３割程度のシェアを占めている。かかる販売実績を上げたことに関しては，オールインワンジェルである「ラフィネパーフェクトワン」を基幹商品としてテレビコマーシャルやインフォマーシャルを積極的に行っているほか，規模は小さいものの直営店舗を展開して通信販売以外でも顧客との接点を設けていることで需要の取り込みを進めたことによる，などと分析されている。
ウ上記イに認定した事実によれば，原告の「ＲＡｆｆＩＮＥ」ないし「ラフィネ」あるいは「ラフィネパーフェクトワン」商標は，化粧品の取引者及び需要者間においては，原告の販売するシリーズ化粧品を表す商標として相当程度認識されているものということができる。
(2)本件商標と引用商標との類否について


本件商標は，「ＲａｆｆｉｎｅＳｔｙｌｅ」と「ラフィネスタイル」を二段に表記したものである。
「Ｒａｆｆｉｎｅ」という語は，フランス語で，語尾にアクセント記号を付した「ｒａｆｆｉｎé」   が「精製された，洗練された，気のきいた，上品な，凝った」などの意味を有する形容詞（白水社「仏和大辞典」参照）であるが，我が国において一般的に知られた語ではなく，そのため，「Ｒａｆｆｉｎｅ」や「ラフィネ」は，その外観や称呼がかえって取引者や需要者に独特の印象を与えると認められる。
これに対し，「Ｓｔｙｌｅ」という語は，英語で「やり方，流儀，方式，…流，…式，構え，態度，様子，風采，でき，格好，形，文体，表現法，様式」などの意味を有する名詞（研究社「リーダーズ英和辞典」参照）であり，これを片仮名で表記した「スタイル」が「すがた，風采，格好，様式，型」（岩波書店「広辞苑」第６版参照）などの意味を有する外来語として広く用いられるなど，我が国においては一般的に知られた語であると認められる。

そして，「Ｓｔｙｌｅ」や「スタイル」の語は，これを特定の商標と組み合わせて，「○○流」や「○○様式」などの意味合いで「○○Ｓｔｙｌｅ」や「○○スタイル」のように用いられることは周知の事実であり，この場合には，「○○」商標と同じ商品や役務の出所を表示するものとして用いられているものと認められる。
したがって，本件商標に接する取引者や需要者は，専ら「Ｒａｆｆｉｎｅ」や「ラフィネ」の部分が商品や役務の出所を表示する出所識別標識であり，「Ｓｔｙｌｅ」や「スタイル」の部分には「…流」「…様式」という意味合いがあるにすぎず，出所識別標識としての称呼，観念は生じないものと認識するのであり，本件商標は，「Ｒａｆｆｉｎｅ」又は「ラフィネ」を出所識別標識とする商標と認識される。よって，引用商標は，本件商標とその出所識別標識となる部分において外観及び称呼においてほぼ同一であり，全体としても類似するものと認められる。
(3)商標法５３条１項の趣旨
商標法５３条１項は，商標権者から専用使用権又は通常使用権の設定を受けた者といえども，「登録商標又はこれに類似する商標の使用であって…他人の業務に係る商品若しくは役務と混同を生ずるものをしたときは」，当該商標権者が，その事実を知らず，相当の注意をしていたときを除いて，当該商標登録を取り消すことができると規定している。同規定の趣旨は，専用使用権者又は通常使用権者といえども，登録商標の正当使用義務に違反して，登録商標を使用した結果，他人の業務に係る商品又は役務と混同を生ずるものをしたときは，そのような行為は，他人の権利を侵害し，一般公衆の利益を害するばかりでなく，商標権者もその監督義務に違反するものであるから，何人もその商標登録を審判により取り消しうることとしたものである。もっとも，登録商標の使用が他人の業務に係る商品又は役務と混同を生じる場合としては，同条が予定しているような登録商標の不正使用の場合に限

らず，登録商標と他人の商標とがもともと類似しているため，そのことに起因して業務上の混同が生じる場合も当然に予想される。このような場合は，他人の業務に係る商品若しくは役務における商標の使用が当該登録商標に係る商標権の侵害行為となることが多いと思われ，このような場合にまで，５３条を適用して他人の業務を保護して，登録商標権者を不利に取り扱うことを商標法が予定しているとは到底考えられない。
そうすると，先願登録主義の原則を採用している商標法において，登録商標と他人の商標の同一性ないし類似性のみに起因して業務上の混同が生じ，登録商標の不正使用と認められる事情がない場合においては，５３条の規定の適用が認められるべきではなく，同条１項における「登録商標又はこれに類似する商標の使用であって…他人の業務に係る商品若しくは役務と混同を生ずるものをしたときは」との要件は，専用使用権者又は通常使用権者が「混同を生ずるものをした」と評価される行為により混同のおそれを生じさせた場合を意味し，そのように評価される行為（不正使用行為）がなく，もともと登録商標と他人の商標とが類似していることに起因して混同が生じているにすぎない場合には，「混同を生ずるものをした」との要件を充たさないと解すべきである。
(4)本件バナー広告の使用が登録商標の不正使用に当たるか。ア本件においては，被告のライセンシーであるボディワーク社の使用に係る本件バナー広告の欧文字部分は，「Ｒａｆｆｉｎｅ」と「Ｓｔｙｌｅ」の二つの文字を二段に表記したものであるものの，「Ｒａｆｆｉｎｅ」の文字と「Ｓｔｙｌｅ」の文字は文字の大きさは同じであり，特に「Ｓｔｙｌｅ」を小さく目立たなく表示したものとはいえないし，また，二段に表記しても上記二つの文字は緑色の地の中に白抜きの文字で，いずれもその中心的商標として表示されているのであるから，商標としての一体性を十分に有するものであると認められる。したがって，本件バナー広告中の

「Ｒａｆｆｉｎｅ／Ｓｔｙｌｅ」商標は，「ＲａｆｆｉｎｅＳｔｙｌｅ」と「ラフィネスタイル」を二段書きにした本件商標の使用態様として，意図的に「Ｒａｆｆｉｎｅ」を強調したものとは到底いえず，社会通念上，適正な使用の範囲内のものと認められる（なお，被告は，本件バナー広告中のこの商標とほぼ同一の商標については，被告第１０商標権としてその登録を得ていることからすると，本件バナー広告中のこの商標は，主に被告第１０商標権の登録商標として使用されているのであって，本件商標については，この商標が本件商標の類似商標とみられるため，不正使用取消請求の対象となっているにすぎないものであることも考慮すべきである。）。


イ本件バナー広告における「Ｒａｆｆｉｎｅ／Ｓｔｙｌｅ」の欧文字商標の使用が，本件商標の使用として，社会通念上適正な範囲内のものであることは前記のとおりであるけれども，本件商標と，原告が化粧品業務に使用している「ＲＡＦＦＩＮＥ」ないしは「ＲＡｆｆＩＮＥ」の語からなる商標とは，前記認定判断のとおり，そもそも類似しているのであるから，ボディワーク社の本件商標の使用は，これを一段に表記して使用しても，二段に表記して使用しても，原告が引用商標を使用して行っている化粧品販売業務との混同を生じるおそれがあることは否定し難いところである。しかしながら，このような出所の混同のおそれは，前記認定のとおり，被告の本件商標と原告の引用商標とがそもそも類似する商標であることに起因するものであると認められ，本件バナー広告における「Ｒａｆｆｉｎｅ／Ｓｔｙｌｅ」の欧文字商標の使用が二段に表記されたことによるものではないことは明らかである。仮に，このような場合に，本件商標の不正使用による取消しを認めるとすれば，原告の引用商標よりも先願の登録商標である本件商標権を有し，これを正当に使用している被告の利益を無視するものであり，また，先願主義からすれば，被告の本件商標を引用商標と

して商標法４条１項１１号の無効理由を内包する登録商標（引用商標）を使用している原告を過度に保護する結果となる。
(5)小括
以上によれば，本件においては，被告の本件商標と原告の引用商標の類似性により，引用商標を使用する原告の業務とボディワーク社の業務との間において広義の混同を生ずるおそれがあるとしても，そもそもボディワーク社において他人の業務との混同を惹起せしめるような登録商標ないし登録商標と類似の商標の不正な使用行為はないのであるから，同社の本件商標の使用は，「他人の業務に係る商品若しくは役務と混同を生ずるものをしたとき」には該当しないと解すべきである。
なお，ボディワーク社による本件バナー広告における本件商標の使用により，原告の業務と具体的な混同のおそれが生じているとすれば，商標権者のみならず，一般の公衆の利益を害するおそれが生じるのであるが，それは両商標のもともとの類似性に起因するものであることは前記説示のとおりであるから，被告の本件商標と原告の引用商標の各有効性については，商標法４条１項各号が規定するところに従って，無効審判等の手続によってその判断がされるべきである。
３結論
以上の次第であり，ボディワーク社による本件バナー広告の使用について商標法５３条１項の適用があることを前提とする原告の主張は理由がなく，同条項の適用を否定した審決は，その結論において相当である。よって，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第３部

裁判長裁判官          設      樂            一裁判官          田      中      正      哉裁判官          神      谷      厚      毅

（別紙）
目録    １
１本件商標権
登録第５３６８４６７号
出願日      平成２２年６月９日
登録日      平成２２年１１月１２日
商標の構成
指定役務
第３５類織物及び寝具類の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，被服の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，履物の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，かばん類及び袋物の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，身の回り品の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，飲食料品の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，酒類の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，食肉の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，食用水産物の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，野菜及び果実の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，菓子及びパンの小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，米穀類の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，牛乳の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，清涼飲料及び果実飲料の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提

供，茶・コーヒー及びココアの小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，加工食料品の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，電気機械器具類の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，手動利器・手動工具及び金具の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，台所用品・清掃用具及び洗濯用具の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，薬剤及び医療補助品の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，化粧品・歯磨き及びせっけん類の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，花及び木の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，印刷物の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，紙類及び文房具類の小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，シャワーヘッドの小売又は卸売の業務において行われる顧客に対する便益の提供，湯たんぽの小売又は卸売の業務において行われる顧客に対す
る便益の提供
２本件バナー広告

（別紙）
目録    ２
１登録第５４０８５８９号
出願日      平成２２年１１月２日
登録日      平成２３年４月２２日
商標の構成（標準文字）    ＲＡＦＦＩＮＥ
指定商品
第３類化粧品，つけづめ，つけまつ毛


平成２２年（ネ）第１００４３号
特許権侵害差止請求控訴事件判決
控訴人     テバジョジセルジャール    ザートケ
ルエンムケド    レースベニュタール
シャシャーグ
被控訴人   協和発酵キリン株式会社
知的財産高等裁判所特別部
目            次
当事者の表示・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・1主文・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・2事実及び理由・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・2第１控訴の趣旨・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・2第２事案の概要・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・2１事案の要旨・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・2(1)本件特許権の内容・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・2(2)被告製品の内容・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・3２本件特許権の特許請求の範囲・・・・・・・・・・・・・・・・・・・3３原審の判断・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・4４関連事件・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・第３当事者の主張・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・１当審における控訴人の主張・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・6２当審における被控訴人の主張   ・・・・・・・・・・・・・・・・・・30第４当裁判所の判断   ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・50１本件各発明の技術的範囲について   ・・・・・・・・・・・・・・・・50(1)本件特許の請求項１ないし９の内容・・・・・・・・・・・・・・50(2)特許権侵害訴訟における特許発明の技術的範囲の確定について・・51(3)被告製品の構成要件充足性について・・・・・・・・・・・・・・54２本件特許は特許無効審判により無効にされるべきものかについて   ・・73(1)発明の要旨の認定について・・・・・・・・・・・・・・・・・・73(2)本件についての検討・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・7３結論   ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・84
平成２４年１月２７日判決言渡
平成２２年（ネ）第１００４３号特許権侵害差止請求控訴事件（原審・東京地裁平成１９年（ワ）第３５３２４号）
口頭弁論終結日平成２３年１０月２８日
判                  決
控訴人       テバジョジセルジャール    ザートケ
ルエンムケド    レースベニュタール
シャシャーグ
訴訟代理人弁護士      上      谷              清同            永      井      紀      昭同            仁      田      陸      郎同            萩      尾      保      繁同            山      口      健      司同            薄      葉      健      司同            石      神      恒太    郎訴訟代理人弁理士      福      本              積同            中      島              勝補佐人弁理士      佐々    木      貴      英被控訴人          協和発   酵キリ   ン株式   会社訴訟代理人弁護士      吉      澤      敬      夫同            三      村      量      一補佐人弁理士          高      柳      昌      生同            廣      田      雅      紀同            杉      村      純      子
主          文
１本件控訴を棄却する。
２控訴費用は，控訴人の負担とする。
３この判決に対する上告及び上告受理申立てのための付加期間を３０日と定める。
事実及び理由
第１控訴の趣旨
１原判決を取り消す。
２被控訴人は，医薬品「プラバスタチンＮａ塩錠１０ｍｇ『ＫＨ』」を製造及び販売してはならない。
３被控訴人は，医薬品「プラバスタチンＮａ塩錠１０ｍｇ『ＫＨ』」の在庫品を廃棄せよ。
４訴訟費用は，第１，２審とも被控訴人の負担とする。
５仮執行宣言
第２事案の概要（略号は原判決の例による）
１本件は，一審原告で下記(1)の本件特許権を有する控訴人（テバ社）が一審被告である被控訴人（協和キリン社）に対し，特許法１００条に基づき，下記(2)の被告製品の製造販売の差止めと在庫品の廃棄を求めた事案である。記
(1)本件特許権の内容
・特許番号    特許第３７３７８０１号
・発明の名称    プラバスタチンラクトン及びエピプラバスタチンを実質的に含まないプラバスタチンナトリウム，並びにそれを含む
組成物
・優先    日    平成１２年（２０００年）１０月５日・国際出願日    平成１３年（２００１年）１０月５日・出願    人    ビオガルジョジセルジャール    アールテー．
（控訴人の前身）
・翻訳文提出日    平成１４年１１月２７日
・登録    日    平成１７年１１月４日
・請求項の数    ９
(2)被告製品の内容
医薬品であるプラバスタチンＮａ塩錠１０ｍｇ「ＫＨ」（旧名称プラバスタチンＮａ塩錠１０ｍｇ「メルク」）
２本件訴訟の基礎となった本件特許権（訂正前）の特許請求の範囲は，下記のとおりであって，請求項１は製法を記載することにより物を特定した「物の発明」であった（以下，請求項１記載のａ）～ｅ）の製法をそれぞれ「工程ａ）」等といい，製法全体を「本件製法要件」ということがある。）。記【請求項１】
次の段階：
ａ）プラバスタチンの濃縮有機溶液を形成し，
ｂ）そのアンモニウム塩としてプラバスタチンを沈殿し，ｃ）再結晶化によって当該アンモニウム塩を精製し，
ｄ）当該アンモニウム塩をプラバスタチンナトリウムに置き換え，そしてｅ）プラバスタチンナトリウム単離すること，
を含んで成る方法によって製造される，プラバスタチンラクトンの混入量が０．５重量％未満であり，エピプラバの混入量が０．２重量％未満であるプラバスタチンナトリウム。
【請求項２】


水性の培養液を第一の有機溶媒で抽出し，８．０～９．５のｐＨの水溶液でプラバスタチンを逆抽出し，塩基性溶液を２．０～３．７のｐＨに酸性化し，そして酸性化した水溶液を第二の有機溶媒で抽出してプラバスタチンの濃縮有機溶液を形成する，請求項１に記載のプラバスタチンナトリウム。
【請求項３】
第一と第二の有機溶媒が酢酸イソブチルである，請求項２に記載のプラバスタチンナトリウム。
【請求項４】
アンモニウム塩が少なくとも１回の結晶化によって，水と逆溶媒の混合物から精製される，請求項１に記載のプラバスタチンナトリウム。
【請求項５】
逆溶媒が酢酸イソブチル及びアセトンから成る群から選択される，請求項４に記載のプラバスタチンナトリウム。
【請求項６】
塩化アンモニウム塩が水と逆溶媒の混合物に添加され，アンモニウム塩の結晶化を誘導する，請求項４に記載のプラバスタチンナトリウム。
【請求項７】
アンモニウム塩が，酸性又はキレート型のイオン交換樹脂を用いて置き換えられる，請求項１に記載のプラバスタチンナトリウム。
【請求項８】
プラバスタチンナトリウムが再結晶化によって単離される，請求項１に記載のプラバスタチンナトリウム。
【請求項９】
プラバスタチンナトリウムが凍結乾燥によって単離される，請求項１に記載のプラバスタチンナトリウム。
３原審の東京地裁は，平成２２年３月３１日，概ね下記のとおり判示して控訴人の請求を棄却したので，これに不服の控訴人が本件控訴を提起した。記①物の発明について，特許請求の範囲に当該物の製造方法が記載されている場合には，「物の発明」であるからといって，製造方法の記載を除外して技術的範囲を解釈すべきではない。
②物の構成を記載して当該物を特定することが困難であって，製造方法によって物を特定せざるを得ないなどの特段の事情があるときは，製造方法の記載を除外して，技術的範囲を解釈することができる。
③本件特許は，物の特定のために製造方法を記載する必要はないこと，そのような特許請求の範囲の記載となるに至った出願の経緯からすれば，上記特段の事情は認められない。
④被告製品は工程ａ）要件を充足しないので，特許権侵害とはならない。４関連事件として，本件特許の請求項１～９につき，被控訴人が特許無効審判請求（無効２００８－８０００５５号）をしたところ，特許庁が平成２１年８月２５日，特許権者である控訴人からの下記内容の訂正請求を認めた上，請求不成立の審決をしたことから，被控訴人を原告とし控訴人を被告とする審決取消訴訟（平成２１年（行ケ）第１０２８４号）が当庁に係属中である。記①「ｅ）プラバスタチンナトリウム単離すること」を「ｅ）プラバスタチンナトリウムを単離すること」に，
②「・・・プラバスタチンラクトンの混入量が０．５重量％」を「・・・プ
ラバスタチンラクトンの混入量が０．２重量％」に，
③「・・・エピプラバの混入量が０．２重量％」を「・・・エピプラバの混
入量が０．１重量％」に，
と，それぞれ改める（下線部が訂正部分）。
なお，以下，請求項の順に従い，本件訂正前の発明を「本件発明１」等と，本件訂正後の発明を「本件訂正発明１」等という。
第３当事者の主張
当審における各当事者の主張は，次のとおり付加するほか，原判決（５頁～５６頁）記載のとおりであるから，これを引用する。
１当審における控訴人の主張
(1)本件各発明の技術的範囲
ア原判決は，本件各発明は，「物」の発明であることは認めつつも，当該物の製造方法が記載されたもの（いわゆるプロダクト・バイ・プロセス・クレーム）であり，本件特許においては，当該物の製法によって特許請求の範囲に記載した物の構成を特定せざるを得ないなどの「特段の事情」があるとは認められないのであって，本件発明１の技術的範囲は，本件製法要件によって製造された物に限定して解釈すべきである（以下「製法限定説」ということがある。）とする。
しかし，以下のとおり，原判決の認定・判断には誤りがある。(ｱ)いわゆるプロダクト・バイ・プロセス・クレーム特許の権利範囲については，特許請求の範囲が製造方法によって特定された物であっても，特許の対象を当該製造方法によって製造された物に限定して解釈する必然はなく，これと製造方法は異なるが物として同一である物も含まれると解すべきであり（以下「物同一説」ということがある。），このことは過去の裁判例及び特許庁の審査基準においても広く支持された見解である。このように，原判決の見解は，従来の裁判例・審査基準に反し，不当な解釈といわざるを得ない。
(ｲ)仮に原判決の示す見解が正しいとしても，かかる見解でいうところの「特段の事情」が本件発明１にあるとは認められないとする認定・判断において，原判決には誤りがある。
すなわち，本件各発明は，高純度プラバスタチンナトリウムという，化合物としては「公知」であるものの，「不純物が極めて低減された」という意味において新規性を有する化学物質を規定するものであるから，その発明の「進歩性」を主張するためには，従来技術では得られなかった高純度物質が，新しい製法で初めて取得可能となったことを主張することが不可欠である。原判決は，この点を看過して，本件発明１は，「プラバスタチンラクトンの混入量が０．５重量％未満であり，エピプラバの混入量が０．２重量％未満であるプラバスタチンナトリウム」と記載されて物質的に特定されていることだけで，製造方法を記載する必要がない（原判決５７頁～５８頁，６２頁）などと判断しているが，このような判断は，本件各発明については「進歩性」を明確にする必要性があったことを看過したものであって，誤りである。


また，原判決は，本件特許の出願の経緯，特に製造方法の記載がない請求項（当時の請求項３及び請求項６等）をすべて削除した点について，特許発明の技術的範囲を本件製法要件によって製造された物に限定すべき積極的な事情があるということができると判断している（原判決６２頁～６３頁）。しかしながら，本件各発明が本件製法要件の記載の有無にかかわらず特許性を有するものであることは，甲４３（特許庁長官の意見書）の記載からも明らかであって，出願人（控訴人）が拒絶査定後に当時の請求項３及び請求項６等を削除したのは，単に拒絶理由が示されていない請求項について早期に権利化を図るためにすぎない。このような補正は特許実務上頻繁に行われることである。本件製法要件の記載がない上記請求項を削除したからといって，これらの請求項が従来技術文献との関係で新規性及び進歩性に欠けると認められるものではない。このように本件では，本来は本件製法要件の記載の有無によらず特許性を有する発明であるにもかかわらず，審査段階において審査基準に沿わない審査が行われ，製法記載を含まない請求項に拒絶理由が通知されたため，実務慣行に従って，製法が記載された請求項を優先的に権利化したという事情が存在する。このような場合に，原判決が採用する「製法限定説」に基づき，特許権の権利範囲が請求項に記載の製法に限定して解釈されるとすれば，特許権者に著しく不利な解釈となり，不当な結論を招くといわざるを得ない。
そして，原判決において原則「製法限定説」を採用し「特段の事情」がある場合に例外的に「物同一説」を認めるとしたのは，「物同一説」を採用しなければ特許権者に著しく不利な解釈となる場合があるからであると考えられるから，上記の事情も，原判決にいう「特段の事情」に該当するというべきである。
したがって，たとえ原判決の立場に立つとしても，本件各発明は請求項記載の製法を除外して技術的範囲を解釈すべき「特段の事情」を有する場合に該当し，本件製法要件と異なる製法で得られた物もその権利範囲に含まれるというべきである。
イ被控訴人の主張に対する反論
被控訴人は，本件各発明の技術的範囲を本件製法要件により製造された物に限定すべき積極的な事情があるとして，本件製法要件を除くと当該技術的範囲は，プラバスタチンラクトンとエピプラバの混入量を規定しているだけで，プラバスタチンナトリウム自体の純度を規定していないことになり，プラバスタチンラクトンとエピプラバの混入量の比率（重量％）が低減されているというだけの組成物をも技術的範囲に含むことになってしまうと主張するが，上記主張に理由がないことは後記(7)アのとおりである。
また，被控訴人は，発明の進歩性を明確にするために製造方法を規定したのであれば，そのような物の発明において製造方法の規定部分は，その発明を特徴づける意味があるものと解すべきであり，当該部分を無視して技術的範囲を理解することなどはできないなどと主張する。しかし，プロダクト・バイ・プロセス・クレームの解釈について，仮に原判決の解釈によるとしても，製造方法によって特許請求の範囲に記載した物を特定せざるを得ないなど，製造方法を特許請求の範囲に記載する必要性がある場合には，「特段の事情」として認められている。したがって，本件各発明は，高純度プラバスタチンナトリウムという，化合物としては「公知」であるものの，「不純物が極めて低減された」という意味において新規性を有する化学物質を規定するものであるから，その発明の「進歩性」を主張するためには，従来技術では得られなかった高純度物質が新しい製法で初めて取得可能となったことを主張することが不可欠なのであって，製造方法を特許請求の範囲に記載する必要性があったことは明らかである。
(2)被告製品の構成要件充足性
ア本件発明１と被告製品との物としての同一性
前記のとおり，プロダクト・バイ・プロセス・クレームにおいては，特許請求の範囲が製造方法によって特定された物であっても，特許の対象を当該製造方法によって製造された物に限定して解釈する必然性はなく，これと製造方法は異なるが物として同一である物も含まれると解すべきであるところ，被告製品は，プラバスタチンラクトンの混入量が０．２重量％未満であり，エピプラバの混入量が０．１重量％未満であるから，本件発明１及び本件訂正発明１の技術的範囲に属することは明らかである。この点に関し，被控訴人は，後記２(2)アにおいて，被告製法がプラバスタチンナトリウムのほかプラバスタチンラクトン及びエピプラバ以外の多様な不純物をも含めた組成物の構成内容が本件製法要件により製造された物と同一であることの証明がない限り，本件特許の技術的範囲に属するものではないと主張する。
しかし，そもそも請求項１には，「プラバスタチンラクトンの混入量が０．５（訂正後０．２）重量％未満であり，エピプラバの混入量が０．２（訂正後０．１）重量％未満であるプラバスタチンナトリウム」と記載され，プラバスタチンラクトン及びエピプラバ以外の不純物については規定していない。したがって，本件製法要件により製造される対象物を，プラバスタチンラクトンとエピプラバに限らず，他の不純物をも混入した組成物（混合物）であるとする被控訴人の主張は，本件特許の請求項の記載に基づかない主張であって，失当である。
イ被告製法による本件製法要件の充足性
仮にプロダクト・バイ・プロセス・クレームにおいては本件製法要件によって得られた物に限定されるとする見解を採るべきであるとしても，被告製法が工程ａ）を充足しないと認定した原判決（原判決７２頁～７５頁）は，次のとおり，誤りである。
(ｱ)原判決が，工程ａ）のプラバスタチンの「濃縮有機溶液」は「水」を含まないものと解するのが相当であると認定した（原判決７２頁～７３
頁）点につき
ａ原判決は，その理由として，「有機溶液」と記載されている場合，当業者（その発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者）は水を含まないと解するのが通常であり，また，本件明細書には「濃縮有機溶液」が水を含むものであってもよいとの記載はない，と認定する。
しかし，「有機溶液」の溶媒である有機溶媒には，水を含み得るものや含み得ないもの等種々のものがあり，その中には水を含有するものも多く存在するのであるから，「有機溶液」について，当業者は水を含まないと当然に解釈する，などという技術常識はない。したがって，本件明細書に「濃縮有機溶液」は水を含み得るものであってよい，との記載がないことをもって，プラバスタチンの「濃縮有機溶液」が水を含まないと解すべきである，とした原判決の解釈も誤りである。正しくは，本件明細書に「濃縮有機溶液」は水を含むことは許されないとの記載がない限り，「濃縮有機溶液」が水を含まないと解釈すべき理由はないというべきである。


この点に関し，被控訴人は，後記２(2)イ(ｱ)において，本件明細書には「液－液抽出法」しか記載されておらず，その「液－液抽出法」に用いられる有機溶媒として水と混和しないで２相に分離するものしか記載されていない以上，工程ａ）の「濃縮有機溶液」の「有機溶液」は，水と混和しない有機溶液であるとしか理解することはできないと主張する。
しかし，工程ａ）には何ら「液－液抽出法」との文言はなく，本件明細書の段落【０００８】の冒頭に「本方法の好ましい態様」として「液－液抽出法」が記載されているとおり，「液－液抽出法」は任意の手段であるというべきであるから，工程ａ）は「液－液抽出法」に限定されない。
また，控訴人が，出願過程で「液－液抽出法」の重要性を強調したなどという事情もない。
乙２５（化学大辞典）に記載のとおり，「液－液抽出法」は，水と有機溶媒とを混合すると，これらがやがて２相に分離することを利用して行われる手法である。しかし，水と有機溶媒とが２相に分離した後も，水相には有機溶媒が混入し得るのであり，有機溶媒相には水が混入し得るのである。すなわち，ある有機溶媒が水と混合した後に２相に分離することは，必ずしもその有機溶媒が水と全く混和しない（すなわち，水との混合・分離後に水を含まない）ことを意味するものではなく，両者はあくまでも別の概念である。
したがって，「液－液抽出法」を前提として，「濃縮有機溶液」には水が含有されないとするのは明らかに誤りである。
ｂ本件特許で使用されるプラバスタチンの「濃縮有機溶液」には，本件特許が「抽出・逆抽出」との工程を採用するがために，水が不可避的に含有されざるを得ない。
すなわち，本件明細書の段落【００１２】において培養液（水溶液）からのプラバスタチンの「抽出」に用いられる溶媒として主に挙げられているエステル系有機溶媒（酢酸メチル，酢酸エチル，酢酸ｉ－ブチル等）は，有機溶媒の中でも比較的極性が高く，水と親和性を有する。このようなエステル系有機溶媒を用いて培養液からのプラバスタチンの「抽出」を行った場合，水とエステル系有機溶媒とは相互に溶解し合い，水相の中にも若干のエステル系有機溶媒が混入するし，有機相（有機溶液）の中にも若干の水が混入する。また，前記「抽出」により得られた有機相（有機溶液）中のプラバスタチンを「逆抽出」した水溶液から，更にプラバスタチンを有機相（有機溶液）に「再抽出」する工程（本件明細書の段落【００１５】）においても，有機溶媒としては前記「抽出」と同様の溶媒（すなわち，比較的極性が高いエステル系有機溶媒）が用いられるため，得られる有機相（有機溶液）にはやはり水が混入する。このことは，得られた有機相（有機溶液）を次段の「塩析」に使用する前に，「乾燥」（すなわち脱水）に供するのが好ましいとの記載がある（段落【００１５】下６行～下４行）ことからも明らかである。
したがって，本件明細書に記載された上記構成から，本件発明１においても「有機溶液」が水を含んでいると解釈される。この点に関し，被控訴人は，後記２(2)イ(ｲ)において，控訴人が酢酸ｉ－ブチルなどの有機溶媒においても，若干量の水を含む場合がある（０.５５％以下）ことを主張しているのであれば，原判決が認定した「水を含まない」という意味とは全くかけ離れた空虚な議論であるとも主張する。
しかし，本件明細書の段落【００１２】では「液－液抽出法」の有機溶媒の例として，酢酸ｉ－ブチルのみならず，他にも各種のアルキルエステル等の有機溶媒が挙げられており，中でも好ましいとされている有機溶媒（酢酸エチル，酢酸プロピル，ギ酸エチル等）には，酢酸ｉ－ブチルよりもはるかに水混和性が高いものもあるから，酢酸ｉ－ブチルの水の多寡のみを論じて，濃縮有機溶液に水が含まれないとすることはできない。
また，本件明細書の記載によれば，「液－液抽出法」の③「再抽出」工程は任意の工程とされており，再抽出前の②逆抽出工程を経たものが水を含むものであることからみても，「濃縮有機溶液」は水を含むものであるといえる。すなわち，段落【００１５】には，段落【００１４】の水溶液から有機溶液への③「再抽出」が記載されているが，その段落冒頭に「好ましくは」と記載されているとおり，この③「再抽出」工程は任意の工程であると解される。また，段落【００１７】が工程ｂ）のアンモニウム塩析の一態様として，水に溶解し，「再抽出」に使用される有機溶媒（段落【００１２】。水をほとんど有しないもの）には溶解しない性質を有する塩化アンモニウム（ＮＨ４ＣＬ）等のアンモニウム塩単独の添加を挙げていることからみても，③「再抽出」工程の省略が想定されているものといえる。この③「再抽出」工程を省略した場合には，段落【００１４】記載の水溶液，すなわち段落【００１３】記載の有機溶液からの②「逆抽出」工程を経たものは，若干の「有機」溶媒を含有する水溶液であるから，当業者であれば，「再抽出」の工程を省略した場合には，その水分を含む溶液（②「逆抽出」後の溶液）も段落【００１６】記載の「濃縮有機溶液」に当たるものと理解し得る。
さらに，工程ａ）で得られた有機相（有機溶液）を次段階の「塩析」に使用する前において，「濃縮した有機溶液は好ましくは乾燥され，・・・。乾燥し・・・た濃縮有機溶液は，・・・」（段落【００１５】下５行～下２行）と記載されているとおり，乾燥（すなわち脱水）が必要な状態（水分を含むこと）が示されているから，好ましくない状態では水を含んだままの溶液も「濃縮有機溶液」に該当し，次段階の「塩析」の工程に移行するものであるといえる。よって，段落【００１５】の記載からも，濃縮有機溶液が水を含むものであるといえる。ｃ原判決は，「原告工程ａ）の有機溶液が水を含むものであるとすれば，プラバスタチンのアンモニウム塩が沈殿しにくくなることは明らかであり，技術的にみて，あえて『有機溶液』が水を含むものであると解するのは，妥当でない。」と認定する。
しかし，そもそも，工程ｂ）の「塩析」の工程において，「有機溶液」中における「水」は必ずしも障害となるものではない。例えば，塩化アンモニウムを用いて「塩析」を行う場合（本件明細書の段落【００１７】参照）は，水溶液や水を含有する有機溶液から，何の問題もなく，プラバスタチンのアンモニウム塩を沈殿させることが可能である。


また，仮に「有機溶液」に水が含まれることによりアンモニウム塩が沈殿しにくくなるというような事情があったとしても，「プラバスタチンのアンモニウム塩が沈殿しにくくなる」ことは，直ちに，「プラバスタチンのアンモニウム塩が沈殿しない」ということを意味するものではない。アンモニウム塩の沈殿率が若干低下しても，アンモニウム塩の沈殿を得ることができる場合はいくらでもある。さらに，もし「濃縮有機溶液」中から「水」を除去したいと望むのであれば，本件製法要件では，工程ａ）及び工程ｂ）が「含んで成る」と記載されているとおり，工程ａ）と工程ｂ）との間には別の工程を含むことが許容されるのだから，工程ａ）の「有機溶液」を工程ｂ）に使用する前に，「有機溶液」を「乾燥」（脱水）に供し，水を除くことも可能である（本件明細書の段落【００１５】下６行～下４行参照）。
したがって，原判決の上記認定は失当である。
(ｲ)原判決は，本件明細書の例５について，①プラバスタチンの培養液（１００ℓ）を酢酸ｉ－ブチル（１５０ℓ）で抽出するから，得られた酢酸ｉ－ブチル溶液は「濃縮」有機溶液には当たらない，②また，酢酸ｉ－ブチル溶液を，塩基性化した水（３５ℓ）で抽出した「水性の抽出物」（プラバスタチンを抽出した塩基性化した水）は，「有機」溶媒を含まず，濃縮「有機」溶液にも当たらない，③よって，例５は，「濃縮有機溶液」を形成するものではなく，工程ａ）を充足しないので，本件発明１の実施例には当たらない旨認定した（原判決７３頁１３行～７４頁１行）。しかし，原判決の上記認定は誤りである。例５においては工程ａ）にいうプラバスタチンの「濃縮有機溶液」が得られており，例５は，本件発明１の実施例そのものである。
すなわち，例５の前記段階で得られる「水性の抽出物」は，有機溶媒である酢酸ｉ－ブチルを含有し，「濃縮『有機』溶液」に該当する。「酢酸ｉ－ブチル」はエステル系有機溶媒であり，比較的極性が高く，水と親和性を有するため，前記段階（培養液（水溶液）から酢酸ｉ－ブチルを使ってプラバスタチンを「抽出」する段階）及び次の段階（酢酸ｉ－ブチル溶液から塩基性化水を使ってプラバスタチンを「逆抽出」する段階）のいずれにおいても，水と酢酸ｉ－ブチルとは相互に溶解し合い，水相の中にも若干の酢酸ｉ－ブチルが混入するし，酢酸ｉ－ブチル相の中にも若干の水が混入する。よって，例５の前記段階で得られる「水性の抽出物」は，「抽出」「逆抽出」時に混入した「有機」溶媒（酢酸ｉ－ブチル）を含有している。ここで，工程ａ）で得られる溶液中の「有機」溶媒の含有量の多寡は問題でないことに注意すべきである。また，前記段階の「水性の抽出物」は，培養液（１００ℓ）よりもはるかに少ない水（３５ℓ）を用いたものであり，培養液（１００ℓ）よりも液量が低減されているから，いうまでもなくプラバスタチンの「濃縮」溶液でもある。したがって，例５の「水性の抽出物」は，「濃縮『有機』溶液」である。そうすると，工程ａ）のプラバスタチンの「濃縮有機溶液」が水を含有してもよいことが，例５に示されているというべきである。
(ｳ)そして，被告製品の製造方法が，原判決が認定するとおりだとしても，工程ａ）を充足することは明らかである。
すなわち，原判決によれば，被告製品の製造方法は，次のとおりである。
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■上記のとおり，■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■
■■■■■■■■■■■■■■■■■■
ここで，培養液中のプラバスタチンは，■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■工程ａ）のプラバスタチンの「濃縮」溶液の形成が達成されている。
以上により，被告製法が，工程ａ）を充足することは明らかである。この点に関し，被控訴人は，後記２(2)イ(ｴ)において，本件発明１ではクロマトグラフィーによる精製を除外しているのに対し，被告製法では工程ａ）に対応する工程で■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■工程ａ）を充足しないと主張する。しかし，本件発明１がクロマトグラフィーを除外しているなどといった事情はない。逆に，本件明細書では，工程ａ）におけるクロマトグラフィーの使用を積極的に開示しており（段落【０００８】，【００２４】～【００２７】，【００４５】），被控訴人が指摘する本件明細書や早期審査に関する事情説明書（乙３の５）の記載も，クロマトグラフィーの使用を排除するものでは決してない。そもそもクロマトグラフィーは周知の手法であるから，被告製法でこれを採用することを根拠として，被告製法が本件特許の請求項記載の製法から除外されるなどとする主張自体が不合理である。
(ｴ)工程ａ）は非中核的構成にすぎない


本件各発明は，塩析結晶化を用いた本精製によって，プラバスタチンラクトンの量を増加させることなく，プラバスタチンラクトン及びエピプラバの量を著しく低減し，高純度のプラバスタチンナトリウムを得るものであるから，本件各発明に係る高純度のプラバスタチンナトリウムを得るための製法の特徴は，塩析結晶化法を用いてプラバスタチンを「精製」（本精製）する工程（工程ｂ）及び工程ｃ））にある。これに対し，工程ａ）は，「本精製」の前提工程としての，プラバスタチンの濃縮有機溶液を得るための「濃縮」及び「粗精製」の工程にすぎず，高純度のプラバスタチンナトリウムを得るための製法の特徴的構成には当たらない。原判決は，このように何ら発明の中核的構成に当たらない工程ａ）について，プラバスタチンの「濃縮有機溶液」の技術的解釈を誤ったうえに，被告製法が非中核的構成である工程ａ）を充足しないとの判断のもと，直ちに「被告製法は請求項に記載の工程を充足せず，非侵害」であるとの結論を導いた点で，そもそも誤りである。
(ｵ)特許法１０４条の類推適用
プロダクト・バイ・プロセス・クレーム特許は物の発明とされるが，請求項に記載された製造方法によって製造された物に限定して解釈されるべきであるとする場合には，生産方法に関する侵害立証の困難性の問題が，上記生産方法の発明の場合と同様に生じる。
そして，プロダクト・バイ・プロセス・クレーム特許については，特許庁の審査基準の下で，最終的に得られた生産物自体として新規性があること，すなわち，当然，日本国内において公然知られた物でないことが要求される。以上に鑑みれば，プロダクト・バイ・プロセス・クレーム特許についても，特許法１０４条と同様の侵害立証の困難性の問題があり，他方，その最終的に得られた生産物自体には新規性があることから，生産方法の発明の場合と同様の法的保護が与えられてしかるべきであって，特許法１０４条の類推適用による立証責任の転換が図られるべきである。仮に，製造方法によって得られた物に限定するという見解に立ち，かつ，特許法１０４条の類推適用を認めない場合は，最終的に得られた生産物について新規性があるにもかかわらず，特許権者が侵害者の行っている生産方法についても立証しなければならず，生産方法の発明として特許された場合と比べて著しく法的保護に欠けることになる。したがって，少なくともプロダクト・バイ・プロセス・クレーム特許について，製造方法によって得られた物に限定するという見解に立つのであれば，特許法１０４条の類推適用による立証責任の転換を認めるべきである。
ウ手続違背等
(ｱ)弁論主義違背
「濃縮有機溶液」が水を含むか否かは原審において争点となってはおらず，そのように争点になっていなかった重要な事実について，原判決が当事者の主張及び証拠に基づかないで認定をしたことは，不意打ちに当たり，弁論主義に違背する。
(ｲ)心証開示と異なる原判決の理由付けの違法
原審は，被告製法が工程ｂ）及び工程ｃ）を充足せず，「非侵害」であるとの心証を開示して和解勧告をしたが，その際，被告製法がアンモニウム塩を使用していないことを非侵害の理由とした。しかし，その考え方に技術的な誤りのあることを一審原告から指摘されるや，何ら一審原告に主張立証の機会を与えることなく，本件発明１のプラバスタチンの「濃縮有機溶液」が水を含まないからという，心証開示とは異なる理由付けをもって「非侵害」の判断をした。そのような不意打ち的な判断は，違法である。
(ｳ)被告製法の開示の不十分さ
被告製法のうち本件発明１の工程ｂ）ないし工程ｅ）に相当する構成の詳細を被控訴人が開示しないため，控訴人は，被告製法が工程ａ）のみならず，工程ｂ）ないし工程ｅ）を充足することを立証することができないし，均等の主張をすることもできない。すなわち，本件発明１において，プラバスタチンラクトンの精製工程中における増量という問題を克服しつつ，プラバスタチンラクトン及びエピプラバを顕著に低減させた高純度プラバスタチンナトリウムを提供する製法において，その技術的思想の中核をなす特徴的部分は，工程ｂ）以降の「塩析結晶化」工程である。他方，本件発明１の工程ａ）は，本格的な「精製」工程の前段階として，培地由来成分や代謝産物を除去するための工程であって，本件発明１における特徴的部分とはいえない。上記のとおり，プラバスタチンラクトンの精製工程中における増量という問題を克服しつつ，プラバスタチンラクトン及びエピプラバを顕著に低減させた高純度プラバスタチンナトリウムを提供するという本件発明１の課題と関連して，被控訴人が開示した被告製品の製法においては，いかにしてプラバスタチンラクトン及びエピプラバを顕著に低減しているのか，また，いかにしてプラバスタチンをそのナトリウム塩に置換し，他の形態（遊離酸，イオン，他の塩）への転換可能性を封じているのか，その課題解決原理が，全く明らかになっていない。
したがって，被控訴人は，均等侵害の成否を検討する上で不可欠な被告製品の製法について，その課題解決原理を全く明らかにしておらず，被告製法について開示が不十分である。
そして，本件発明１が規定する「高純度プラバスタチンナトリウム」を得ることが可能な「本精製」の手法は，本件発明１が規定する「塩析結晶化法」しか知られていないのであるから，それに代わる具体的な「本精製」の手法が開示されない限り，被告製法は，前記の特許法１０４条の類推適用により，本件製法要件記載の方法で製造したと推定されざるを得ない。上記開示の不十分性を看過してされた原判決の認定は，誤りである。
(3)新規性・進歩性判断における本件各発明の要旨に対しア控訴人は，プロダクト・バイ・プロセス・クレームに係る発明は，請求項に記載された製造方法に限定されず，物自体を意味しているものと解する（物同一説）。
したがって，特許庁の審査基準と同様に，請求項に記載された製造方法とは異なる方法によって同一の物が製造でき，その物が公知である場合は，当該請求項に係る発明は新規性が否定されるものと考える。すなわち，プロダクト・バイ・プロセス・クレームに係る発明の特許性は，請求項に記載された物自体に基づいて判断されるべきである。これを本件についてみれば，本件発明１の要旨は，「プラバスタチンラクトンの混入量０．２（訂正前０．５）重量％未満，エピプラバの混入量が０．１（訂正前０．２）重量％未満のプラバスタチンナトリウム」である。
本件特許は，請求項に製造方法が記載されているが，製造方法が付加されないと特許性がないというものではなく，その物自体で特許性があることは明らかである。また，本件特許の出願人が，本件製法要件記載の製造方法により製造した物に限定して特許を得ようとしたものでないことも明らかである。


イ他方，本件発明１が，不純物を従来なし得なかったレベルまで顕著に低減した高純度品という「新規な化学物質」の発明である以上，その進歩性を主張するには，従来技術では得られなかった高純度品が，新しい製法で初めて取得可能となったことを具体的に主張する必要がある。そのため，本件発明１の進歩性との関連では，本件発明１の製法上の特徴（「塩析結晶化」法）を主張するものである。
すなわち，本件発明１は，「塩析結晶化」を用いた新たな製法により「プラバスタチンナトリウム」の高純度精製に初めて成功した特許発明であり，その点で従来技術との関係で進歩性を有するものである。そして，優先日当時（平成１２年〔２０００年〕１０月５日），当業者は「塩析結晶化」で「プラバスタチンナトリウム」を高純度精製しようという発想を有しなかった。つまり，「プラバスタチンナトリウム」の高純度精製に「塩析結晶化」を適用することには困難性があった。具体的には，（ⅰ）水溶性の高い「粗プラバスタチン」の「塩析結晶化」には多量の無機塩（例：塩化アンモニウム）の添加が必要である，（ⅱ）添加した無機塩やそれに由来する無機イオンが，精製後の「プラバスタチンナトリウム」に混入する，（ⅲ）混入した無機塩・イオンは，それ自体が生体に良くない影響を及ぼすほか，「プラバスタチンナトリウム」を他形態の「プラバスタチン」に転換させ，「プラバスタチンナトリウム」の純度を低下させる，さらに，（ⅳ）精製後の「プラバスタチンナトリウム」から無機塩・イオンを除去すること自体も，極めて困難であった。このような多くの問題があったため，「塩析結晶化」をプラバスタチンナトリウムの高純度化精製に適用しようとの発想はなく，また，これを試みた当業者も存在しなかった。
これに対し，本件発明１では，工程ｃ）の後，工程ｄ）において，①プラバスタチン遊離酸を抽出する工程（段落【００２３】，【００４３】等），②水洗により不純物（無機塩・イオン）を除去する工程（段落【００２３】，【００４３】等），③過剰量のナトリウム陽イオンを導入してプラバスタチンナトリウムに転換する工程（段落【００２３】，【００４３】等），及び④過剰のナトリウム陽イオンを捕捉・除去し，プラバスタチン陰イオンと等量比となるよう調整する工程（段落【００２４】，【００４４】等）を採用することにより，上記困難性（阻害事由）を解消しつつ「塩析結晶化」を適用することを可能にし，ひいては「プラバスタチンナトリウム」の高純度精製に成功したのである。
こうした阻害要因を克服して「塩析結晶化」法を適用し，「プラバスタチンナトリウム」の高純度精製に成功した本件発明１が，従来技術に対して進歩性を有するのは明らかである。
ただし，以上の説明は，あくまで，本件発明１の物の構成に当業者が想到する手段がなかったことの論拠として，本件製法要件を検討するものであって，これが本件製法要件記載の製造方法で製造された物であるから進歩性がある，あるいは製造方法の相違をもって進歩性があると主張するものではない。
つまり，「プラバスタチンラクトンの混入量が０．５（訂正後０．２）重量％未満であり，エピプラバの混入量が０．２（訂正後０．１）重量％未満であるプラバスタチンナトリウム」との記載のみでは，実際にかかる高純度のプラバスタチンナトリウムが得られるのか明らかとならないので，「プラバスタチンラクトンの混入量が０．５（訂正後０．２）重量％未満であり，エピプラバの混入量が０．２（訂正後０．１）重量％未満であるプラバスタチンナトリウム」が実際に得られることを明確にするために，本件製法要件を記載したものである。
(4)乙３０に基づく新規性・進歩性の欠如に対し
ア本件発明１の新規性の欠如につき
被控訴人は，乙３０の１（ＷＯ００／４６１７５名称「MICROBIAL   PROCESSFORPREPARINGPRAVASTATIN」〔訳文    プラバスタチンの微生物学的製法〕国際公開日２０００年（平成１２年）８月１０日，国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ００／０２９９３，日本における出願番号特願２０００－５９７２４８号，公表特許公報特表２００２－５３５９７７号〔乙３０の２〕。以下「乙３０文献」という。なお，乙３０文献の訳文として上記公表特許公報を用いる。）に記載された発明（以下「乙３０発明」という。）を引用して対比した上，乙３０   発明と   本件発   明１と   の間に   は相違   点はな   いとして新規性を欠如するものであるから，特許無効審判において無効にされるべきものであると主張する。
しかし，前記(3)アのとおり，特許性判断における発明の要旨認定は物同一説で行うべきであるから，本件発明１の新規性を判断するに当たっては，本件製法要件（工程ａ）～工程ｅ））の対比は不要であり，構成規定（プラバスタチンラクトン０．５重量％未満，エピプラバ０．２重量％未満のプラバスタチンナトリウム）のみを乙３０文献の記載事項と対比すれば足りる。
この点に関し，被控訴人は，乙３０文献の「その純度はＨＰＬＣ分析では９９．５％を超える」との記載（２４頁２５行～２６行（乙３０の２の段落【００６４】末文）を引用して，ＨＰＬＣ面積純度が９９．９％のプラバスタチンナトリウムも記載されていることになるとし，プラバスタチンラクトン０．２重量％未満，エピプラバ０．１重量％未満のプラバスタチンナトリウムが開示されていると結論付けている。
しかし，上記「９９．５％を超える」との記載は単に，得られたプラバスタチンナトリウムの純度が「９９．５％を超える」いずれかの値（おそらくは９９．５％を僅かに超える値）であったことを示すにすぎず，被控訴人の主張するような「９９．９％」の純度が得られたなどという具体的な記載は，乙３０文献には存在しない。
以上のとおり，乙３０文献の上記引用箇所は，純度９９．９％のプラバスタチンナトリウムを記載するものではなく，ましてや，本件発明１の構成であるプラバスタチンラクトンの混入量が０．２重量％未満，エピプラバの混入量が０．１重量％未満のプラバスタチンナトリウムが得られたなどとは，上記引用箇所はもちろんのこと，乙３０文献のどこにも記載されていない。
よって，少なくとも構成において，本件発明１は乙３０発明とは明確に相違し，新規性を有するから，被控訴人の上記主張は失当である。
イ本件発明１の進歩性の欠如につき