Er beharrte darauf, dass die Autorität des obersten Klerikers, als dem Stellvertreter des Mahdi, nicht nur mit der des Mahdi identisch sein sollte, sondern mit der des Propheten Mohammed selbst. „Wenn ein Mutschtahid [ein qualifizierter Rechtsgelehrter], der gerecht und gelehrt ist, für die Einrichtung und Organisation der Regierung eintritt“, so schrieb Chomeini in seiner politischen Abhandlung Der Islamische Staat, „wird er in den Angelegenheiten der Gesellschaft alle Rechte genießen, die der Prophet genoss.“
He then insisted that, as the deputy of the Mahdi, the supreme cleric’s authority should be identical not just to the Mahdi’s, but to that of the Prophet Muhammad himself. “When a mujtahid [a qualified jurist] who is just and learned stands up for the establishment and organization of the government,” Khomeini wrote in his political treatise Islamic Government, “he will enjoy all the rights in the affairs of the society that were enjoyed by the Prophet.”