Existují čtyři identifikované podtypy viru Ebola. Tři ze čtyř způsobily onemocnění u lidí: Ebola-Zaire, Ebola-Sudan a Ebola-Ivory Coast. Čtvrtý, Ebola-Reston, způsobil onemocnění u subhumánních primátů, ale ne u lidí.
Existuje pouze typ eboly, která má dopad na člověka