title: Ekspresja i oczyszczanie rekombinowanego metylowanego HBHA w Mycobacterium smegmatis.

text: Hemaglutynina wiążąca heparynę (HBHA) jest prątkową adhezyną biorącą udział w rozprzestrzenianiu Mycobacterium tuberculosis z miejsca pierwotnego zakażenia i potencjalnym kandydatem do opracowania nowej szczepionki przeciwko gruźlicy. Metylacja HBHA to nowe zdarzenie potranslacyjne, które nadaje białku ważne właściwości immunologiczne. Ponieważ rekombinowany HBHA wyrażony w Escherichia coli nie jest metylowany, zbadaliśmy możliwość wytwarzania rekombinowanego metylowanego HBHA w szybko rosnących prątkach do zastosowania w badaniach immunologicznych i biochemicznych. Kompletną sekwencję kodującą HBHA sklonowano w plazmidzie pMV206 pod kontrolą silnego promotora (hsp60) lub jego własnego promotora. Wytworzone konstrukty poddano elektroporacji do Mycobacterium smegmatis i otrzymane szczepy rekombinowane analizowano pod kątem obecności białka HBHA przy użyciu przeciwciał monoklonalnych anty-HBHA D2 i E4. Nasze wyniki wskazują, że ekspresja dużych ilości nienaruszonego białka może być toksyczna dla prątków, że metylowany HBHA można uzyskać w M. smegmatis tylko przy użyciu sekwencji promotora słabszej niż hsp60 i że ekspresja całego genu strukturalnego jest wymagana w celu w celu uzyskania metylowanego HBHA. Skonstruowaliśmy rekombinowany szczep M. smegmatis (pMV3-38), który wyraża metylowany HBHA z tagiem histydynowym, który można łatwo oczyścić. Zastosowanie szybko rosnących szczepów M. smegmatis w celu uzyskania znacznych ilości oczyszczonego białka HBHA w krótkim czasie, powinno być skuteczną strategią oceny nowego kandydata na szczepionkę na gruźlicę na bazie HBHA.


title: Wykrywanie alternatywnych wydłużeń telomerów metodą ilościowej telomerowej PCR

text: Alternatywne wydłużanie telomerów (ALT) jest jednym z dwóch znanych mechanizmów utrzymywania długości telomerów, które są niezbędne dla nieograniczonego potencjału proliferacyjnego komórek rakowych. Istniejące metody wykrywania ALT w nowotworach wymagają znacznych ilości materiału nowotworowego i są pracochłonne, co utrudnia badanie częstości występowania i prognostycznego znaczenia ALT w dużych kohortach nowotworowych. W tym miejscu przedstawiamy nową strategię wykorzystującą telomerową ilościową PCR do diagnozowania ALT. Protokół jest szybszy niż metody konwencjonalne i jednocześnie analizuje dwie odrębne cechy komórek ALT: długie telomery i obecność kół C (częściowo dwuniciowe kółka telomerowego C-nici DNA). Protokół ten, wymagający tylko 30 ng genomowego DNA, ułatwi badania na dużą skalę nad ALT w nowotworach i może być łatwo zaadaptowany przez laboratoria kliniczne.


title: Szumy i blokujące się szlaki sygnałowe promują odrębną dynamikę czynników transkrypcyjnych w odpowiedzi na różne stresy

text: Wszystkie komórki dostrzegają stres środowiskowy i reagują na nie poprzez rozbudowane sieci wykrywania stresu. Drożdże wyczuwają stres poprzez różne szlaki sygnałowe, które zbiegają się w czynnikach transkrypcyjnych Msn2 i Msn4, które reagują inicjując szybkie, idiosynkratyczne cykle do i z jądra. Aby zrozumieć rolę dynamiki lokalizacji jądrowej Msn2/4, połączyliśmy badania poklatkowe lokalizacji Msn2-GFP w żywych komórkach z modelowaniem obliczeniowym sieci sygnalizacyjnych wykrywających stres. Odkryliśmy, że kilka szlaków sygnałowych, w tym Ras/kinaza białkowa A, kinaza aktywowana AMP, szlak kinazy białkowej aktywowanej mitogenem odpowiedzi o wysokiej osmolarności i fosfataza białkowa 1, reguluje aktywację Msn2 na różne sposoby w odpowiedzi na różne stresy. Co więcej, stwierdzamy, że wybuchy lokalizacji jądrowej wywołują silniejszą odpowiedź transkrypcyjną niż trwała lokalizacja jądrowa. Korzystając z modelowania stochastycznego, odtwarzamy in silico reakcje Msn2 na różne stresy i pokazujemy, że impulsy lokalizacji powstają z szumu w szlakach sygnałowych wzmacnianych przez niewielką liczbę cząsteczek Msn2 w komórce. Hałas ten nadaje zróżnicowane zachowania genetycznie identycznym komórkom, umożliwiając populacjom komórek „zabezpieczenie” w odpowiedzi na niepewną przyszłość oraz zrównoważenie wzrostu i przetrwania w nieprzewidywalnym środowisku.


title: Długoterminowe potrzeby finansowania kontroli HIV w Afryce Subsaharyjskiej w latach 2015-2050: studium modelowe.

text: CELE Oszacowanie obecnej wartości obecnego i przyszłego finansowania potrzebnego do leczenia i profilaktyki HIV w 9 krajach Afryki Subsaharyjskiej (SSA), które odpowiadają za 70% obciążenia HIV w Afryce przy różnych scenariuszach zwiększania skali interwencji. Analiza luk między bieżącymi wydatkami a obowiązkiem finansowania oraz omówienie konsekwencji politycznych przyszłych potrzeb finansowych. PROJEKT Wykorzystaliśmy moduł Goals firmy Spectrum i zastosowaliśmy najbardziej aktualne dane dotyczące kosztów i pokrycia, aby przedstawić szereg szacunków przyszłych zobowiązań finansowych. Cztery różne scenariusze skalowania w górę różnią się w zależności od progu rozpoczęcia leczenia i poziomu pokrycia usług. Porównaliśmy prognozy modelowe z aktualnymi krajowymi i międzynarodowymi źródłami finansowymi dostępnymi w wybranych krajach Afryki Subsaharyjskiej. WYNIKI W 9 krajach Afryki Subsaharyjskiej szacowane zasoby wymagane do profilaktyki i leczenia HIV w latach 2015-2050 wahają się od 98 mld USD w celu utrzymania obecnego poziomu pokrycia kosztów leczenia i profilaktyki z uprawnieniami do rozpoczęcia leczenia przy liczbie CD4 <500/mm(3) do 261 miliardów dolarów, gdyby leczenie miało zostać rozszerzone na wszystkie osoby zakażone HIV, a profilaktyka rozszerzona. Wraz z dodaniem nowych zobowiązań do finansowania HIV, które wynikają pośrednio z zobowiązania do osiągnięcia wyższych niż obecne poziomy leczenia HIV, ogólne zobowiązania finansowe (suma poziomów zadłużenia i bieżąca wartość przyszłych zobowiązań do finansowania HIV) znacznie wzrosną. . WNIOSKI Zainwestowanie z góry w zwiększenie skali usług związanych z HIV, aby osiągnąć wysoki poziom pokrycia, zmniejszy zapadalność na HIV, zapobieganie i przyszłe wydatki na leczenie dzięki realizacji długoterminowych skutków profilaktycznych ART w celu zmniejszenia przenoszenia HIV. Przyszłe zobowiązania są zbyt duże, aby większość krajów Afryki Subsaharyjskiej mogła być spłacana wyłącznie ze źródeł krajowych. Nowe źródła finansowania, poza źródłami krajowymi, obejmują finansowanie innowacyjne. Zrównoważenie zadłużenia dla trwałej reakcji na HIV jest pilną koniecznością dla dotkniętych krajów i dawców.


title: Odporność komórkowa i odpowiedzi przeciwciał wywoływane przez atenuowane szczepy Salmonella enterica Serovar Typhi stosowane jako żywe szczepionki doustne u ludzi.

text: Opracowanie ulepszonych szczepionek przeciw durowi brzusznemu jest wysokim priorytetem w dziedzinie zdrowia publicznego na świecie. Ich rozwój jest jednak utrudniony z powodu braku informacji na temat specyficznych determinant odporności ochronnej na zakażenie Salmonella enterica serowar Typhi (S. Typhi) u ludzi. Chociaż przeciwciała przeciwko S. Typhi O, H i Vi wydają się być zaangażowane w ochronę przed zakażeniem S. Typhi, nie wiadomo, czy takie przeciwciała pośredniczą w ochronie, działają w połączeniu z innymi odpowiedziami adaptacyjnymi, czy też służą jako substytut obecności inne, bardziej dominujące ochronne odpowiedzi immunologiczne (np. odporność komórkowa [CMI]). Odpowiedzi CMI wywołane przez immunizację osobników atenuowanymi szczepionkami doustnymi przeciwko S. Typhi obejmują limfoproliferację; wytwarzanie cytokin typu 1 (np. interferon-gamma i czynnik martwicy nowotworu-alfa); i klasyczne odpowiedzi limfocytów T CD8(+) ograniczone do klasycznego głównego układu zgodności tkankowej (MHC) klasy Ia i nowe, nieklasyczne odpowiedzi limfocytów T CD8(+) ograniczone do MHC klasy Ib (ludzki antygen leukocytarny [HLA]-E). Podsumowując, ludzka odporność na S. Typhi wywołana przez immunizację jest nieoczekiwanie szeroka i złożona. Jednak immunologiczne korelaty ochrony pozostają w dużej mierze nieokreślone.


title: Rozległe interakcje skoncentrowane na promotorze chromatyny zapewniają topologiczną podstawę regulacji transkrypcji

text: Organizacja chromosomów wyższego rzędu do regulacji transkrypcji jest słabo poznana u eukariontów. Korzystając z analizy interakcji chromatyny obejmującej cały genom z sekwencjonowaniem Paired-End-Tag (ChIA-PET), zmapowaliśmy długozasięgowe interakcje chromatyny związane z polimerazą RNA II w ludzkich komórkach i odkryliśmy szeroko rozpowszechnione, skoncentrowane na promotorze interakcje wewnątrzgenowe, pozagenowe i międzygenowe. Oddziaływania te dalej agregowały się w klastry wyższego rzędu, w których geny proksymalne i dystalne były zaangażowane poprzez interakcje promotor-promotor. Większość genów z interakcjami promotor-promotor była aktywna i podlegała transkrypcji wspólnie, a niektóre oddziałujące promotory mogły wpływać na siebie nawzajem, co sugeruje kombinatoryczną złożoność kontroli transkrypcji. Analizy porównawcze różnych linii komórkowych wykazały, że specyficzne dla komórki interakcje chromatyny mogą zapewnić strukturalne ramy dla specyficznej dla komórki transkrypcji i zasugerowały znaczące wzbogacenie interakcji wzmacniacz-promotor dla funkcji specyficznych dla komórki. Ponadto stwierdzono, że zidentyfikowane genetycznie elementy niekodujące związane z chorobą są powiązane przestrzennie z odpowiednimi genami poprzez interakcje dalekiego zasięgu. Ogólnie rzecz biorąc, nasze badanie dostarcza wglądu w regulację transkrypcji poprzez trójwymiarowe interakcje chromatyny zarówno dla genów porządkowych, jak i specyficznych dla komórki w komórkach ludzkich.


title: Płytka do mikromiareczkowania resazuryny: prosta i niedroga metoda wykrywania lekooporności w Mycobacterium tuberculosis.

text: Opisano sposób wykrywania wielolekoopornej Mycobacterium tuberculosis przez zastosowanie redukcji resazuryny. Osiemdziesiąt izolatów klinicznych oceniano wobec izoniazydu i rifampiny; wyniki po 7 dniach porównano z wynikami metody proporcjonalnej. Swoistość i czułość były doskonałe. Metoda jest prosta, niedroga i szybka i może być stosowana z innymi lekami przeciwgruźliczymi.


title: Powszechność i plastyczność oscylacji okołodobowych: schemat sprzężonych oscylatorów okołodobowych.

text: MOTYWACJA Oscylacje okołodobowe obserwowane u zwierząt, roślin, grzybów i sinic odgrywają zasadniczą rolę w koordynacji homeostazy i zachowania układów biologicznych. Genetycznie zakodowane zegary molekularne znajdujące się w prawie każdej komórce, oparte na negatywnych pętlach sprzężenia zwrotnego transkrypcji/translacji i obejmujące tylko tuzin genów, odgrywają kluczową rolę w utrzymywaniu tych oscylacji. Jednak eksperymenty z wysokoprzepustową ekspresją genów ujawniają, że w typowej tkance znacznie większa frakcja ([Wzór: patrz tekst]) wszystkich transkryptów oscyluje z cyklem dzień-noc, a oscylujące gatunki różnią się w zależności od rodzaju tkanki, co sugeruje, że większa część wszystkich transkryptów, a być może także innych rodzajów molekularnych, może mieć potencjał do oscylacji okołodobowych. WYNIKI Aby lepiej określić ilościowo wszechobecność i plastyczność okołodobowych oscylacji, przeprowadzamy pierwszą wielkoskalową analizę agregującą wyniki 18 okołodobowych badań transkryptomicznych i 10 okołodobowych badań metabolomicznych przeprowadzonych na myszach przy użyciu różnych tkanek i w różnych warunkach. Odkryliśmy, że ponad połowa genów kodujących białka w komórce może wytwarzać transkrypty, które są okołodobowe w co najmniej jednym zestawie warunków i podobnie dla zmierzonych metabolitów. Zaburzenia genetyczne lub środowiskowe mogą zakłócać istniejące oscylacje, zmieniając ich amplitudy i fazy, tłumiąc je lub powodując nowe oscylacje okołodobowe. Oscylujące formy i ich oscylacje zapewniają charakterystyczną sygnaturę stanu fizjologicznego odpowiedniej komórki/tkanki. Sieci molekularne składają się z wielu pętli oscylatorów, które zostały wyrzeźbione przez ewolucję w ciągu dwóch bilionów cykli dzień-noc, aby mieć wewnętrzną częstotliwość dobową. Te oscylujące pętle są połączone przez współdzielone węzły w dużej sieci sprzężonych oscylatorów okołodobowych, gdzie geny zegara tworzą główny węzeł. Komórki mogą programować i przeprogramowywać swój dobowy repertuar poprzez mechanizmy epigenetyczne i inne. DOSTĘPNOŚĆ I WDROŻENIE Dane i sieci dobowe o wysokiej rozdzielczości i specyficzne dla danej tkanki/stanu są dostępne pod adresem http://circadiomics.igb.uci.edu. KONTAKT pfbaldi@ics.uci.edu INFORMACJE DODATKOWE Dodatkowe dane są dostępne na stronie Bioinformatics online.


title: Interakcje gen-środowisko u 7610 kobiet z rakiem piersi: prospektywne dowody z badania Million Women Study

text: TŁO Niewiele jest informacji na temat łącznego wpływu polimorfizmów podatności genetycznej o małej penetracji i czynników środowiskowych (reprodukcyjnych, behawioralnych i antropometrycznych czynników ryzyka raka piersi) na częstość występowania raka piersi. Aby przetestować dowody na interakcje gen-środowisko, porównaliśmy względne ryzyko genotypowe raka piersi z innymi czynnikami ryzyka w dużym prospektywnym badaniu w Wielkiej Brytanii. METODY Przebadaliśmy interakcje gen-środowisko u 7610 kobiet, u których rozwinął się rak piersi i 10196 osób z grupy kontrolnej bez tej choroby, badając wpływ 12 polimorfizmów (FGFR2-rs2981582, TNRC9-rs3803662, 2q35-rs13387042, MAP3K1-rs889312, 8q24-rs13281615, 2p -rs4666451, 5p12-rs981782, CASP8-rs1045485, LSP1-rs3817198, 5q-rs30099, TGFB1-rs1982073 i ATM-rs1800054) w odniesieniu do prospektywnie zbieranych informacji o dziesięciu ustalonych czynnikach ryzyka środowiskowego (wiek w momencie pierwszej pierwszej urodzenia, karmienia piersią, stanu menopauzy, wieku menopauzy, stosowania hormonalnej terapii zastępczej, wskaźnika masy ciała, wzrostu i spożycia alkoholu). WNIOSKI Po dopuszczeniu do wielokrotnych testów żadne ze 120 porównań nie dostarczyło znaczących dowodów interakcji gen-środowisko. W przeciwieństwie do wcześniejszych sugestii, niewiele było dowodów na to, że stosowanie hormonalnej terapii zastępczej miało wpływ na względne ryzyko genotypowe, ogólnie lub w przypadku choroby z dodatnim receptorem estrogenowym. Tylko jeden z 12 polimorfizmów był skorelowany z którymkolwiek z dziesięciu innych czynników ryzyka: nosiciele allelu C wysokiego ryzyka MAP3K1-rs889312 byli znacznie niżsi niż osoby niebędące nosicielami (średni wzrost 162,4 cm [95% CI 162,1-162,7] vs. 163,1 cm [162,9-163,2]; p=0,01 po uwzględnieniu wielokrotnych testów). INTERPRETACJA Ryzyko raka piersi związane z polimorfizmami podatności na małą penetrację nie różni się znacząco w przypadku tych dziesięciu ustalonych środowiskowych czynników ryzyka. FINANSOWANIE Cancer Research UK i brytyjska Rada ds. Badań Medycznych.


title: Małopłytkowość jako wskaźnik malarii w populacji dorosłych

text: Cele. Ocena wartości predykcyjnej małopłytkowości w malarii. Pacjenci i metody. Było to prospektywne badanie obserwacyjne u wszystkich gorączkujących pacjentów z małopłytkowością zgłaszanych do Oddziału Medycznego Hayat Abad Medical Complex w okresie od listopada 2008 r. do listopada 2010 r. Wyniki. Spośród wszystkich 228 pacjentów z gorączką i małopłytkowością 121 pacjentów (53%) cierpiało na malarię. Spośród nich 82 pacjentów (68%) miało malarię falciparum, a 39 pacjentów (32%) miało infekcję vivax. Spośród tych 121 pacjentów liczba płytek krwi wahała się od 25 000 do 150 000/dl ze średnią wartością 101 000/dl (SD ± 47 500) i medianą 75 000/dl. Spośród 107 pacjentów, którzy nie cierpieli na malarię, liczby mieściły się w zakresie od 10 000 do 150 000/dl ze średnią wartością 58 000/dl (SD ± 54 000) i medianą 50 000/dl. Wnioski. Obecność małopłytkowości może być predyktorem malarii w dorosłej populacji.


title: Ruchliwość domeny wiążącej ligand receptora AMPA ujawniona przez funkcjonalne usieciowanie.

text: Receptory glutaminianu pośredniczą w większości pobudzającej transmisji synaptycznej w OUN. Podtyp AMPA ma szybką kinetykę, przy czym aktywacja, dezaktywacja i odczulanie przebiegają w skali milisekundowej lub szybciej. Badania krystalograficzne, biochemiczne i funkcjonalne sugerują, że mutanty Cys GluR2 tworzące międzycząsteczkowe wiązania krzyżowe między dolnymi płatami D2 rdzeni wiążących ligand mogą być uwięzione w konformacji, która reprezentuje stan odczulenia. Zastosowaliśmy wielokanałowe techniki szybkiej perfuzji, aby zbadać zależność stanu usieciowania tych mutantów. W warunkach redukujących, zarówno mutanty GluR2 typu dzikiego, jak i G725C i S729C mają normalną kinetykę aktywacji i odczulania, ale mutanty Cys mogą być skutecznie wyłapywane w stanach nieprzewodzących po utlenieniu. W przeciwieństwie do tego mutant I664C jest tylko częściowo inaktywowany w warunkach utleniających. W przypadku S729C wiązania krzyżowe dwusiarczkowe tworzą się szybko, gdy receptory są odczulone w obecności glutaminianu, ale receptory zostają również uwięzione w spoczynku, przy braku agonisty. Oceniliśmy takie spontaniczne łapanie w różnych warunkach, w tym CNQX, konkurencyjnego antagonistę; kainate, słaby częściowy agonista; lub gdy odczulanie zostało zablokowane przez mutację L483Y, która stabilizuje interfejs dimeru D1. Eksperymenty te sugerują, że wychwytywanie pod nieobecność glutaminianu jest spowodowane dwoma ruchami: spontanicznym przerwaniem granicy faz dimeru D1 i nadmiernym rozciągnięciem dolnych płatów rdzenia wiążącego ligand. Dane te pokazują, że domeny wiążące glutaminian są zaskakująco ruchome pod nieobecność ligandu, co może wpływać na aktywność receptora w mózgu.


title: Ncf1 (p47phox) jest niezbędny do bezpośredniego tłumienia komórek T efektorowych CD4+ za pośrednictwem komórek T

text: TŁO [0002] Zaawansowano wiele mechanizmów wyjaśniających supresję limfocytów efektorowych CD4+ (Teffs) za pośrednictwem regulatorowych komórek T (Treg) CD4+FOXP3+, ale żaden z nich nie wydaje się całkowicie wyjaśniać supresji. Poprzednie dane wskazują, że Tregs mogą wpływać na stan redoks w mikrośrodowisku. Biorąc pod uwagę nieodłączną wrażliwość limfocytów T na redoks, przetestowaliśmy hipotezę, że utleniacze mogą pośredniczyć w bezpośredniej supresji Teffs przez Tregs. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI Treg i Teffs wyizolowano ze śledzion myszy C57BL/6 typu dzikiego (WT) lub myszy C57BL/6 z niedoborem Ncf1(p47phox), które nie posiadają funkcji oksydazy NADPH. Teffs znakowano CFSE i hodowano wspólnie z nieznakowanymi Treg w różnych stosunkach Treg:Teff w obecności kulek pokrytych anty-CD3/CD28 przez 3 dni w testach supresji. Supresja za pośrednictwem Treg została określona ilościowo za pomocą analizy cytometrii przepływowej rozcieńczenia CFSE w Teffs. Obecność przeciwutleniaczy n-acetylocysteiny (NAC) lub 2-merkaptoetanolu lub inhibitorów oksydazy NADPH (difenylenojodonium i VAS-2870) skutkowała zmniejszeniem supresji za pośrednictwem WT Treg. Obserwowana supresja była częściowo zależna od TGFβ, ponieważ była częściowo zablokowana przez przeciwciała neutralizujące. Tłumienie proliferacji Teff wywołane przez traktowanie egzogennym TGFβ można przezwyciężyć za pomocą NAC. Teff z niedoborem Ncf1 były nieznacznie, ale znacząco mniej wrażliwe niż WT Teff na supresję przez egzogenny TGFβ. Treg z niedoborem Ncf1 bardzo słabo tłumiły Teff z niedoborem Ncf1 w porównaniu z kontrolami typu dzikiego. Wystąpiła częściowa, ale niepełna rekonstytucja supresji w testach z WT Treg i Teff z niedoborem Ncf1. WNIOSKI/ZNACZENIE Przedstawiamy dowody na to, że ROS pochodzące z oksydazy NADPH odgrywają rolę w bezpośredniej supresji limfocytów efektorowych CD4+ za pośrednictwem Treg w procesie, który jest blokowany przez antyoksydanty zawierające tiol, inhibitory oksydazy NADPH lub brak ekspresji Ncf1 w Tregs i Teffs . Utleniacze mogą stanowić potencjalny nowy cel dla terapeutycznej modulacji funkcji Treg.


title: Uszkodzenie oksydacyjne celuje w kompleksy zawierające metylotransferazy DNA, SIRT1 i członków polycomb w celu promotora wysp CpG.

text: Komórki rakowe jednocześnie niosą ze sobą globalne straty i zyski w metylacji DNA. Wykazujemy, że wywołanie komórkowego stresu oksydacyjnego przez traktowanie nadtlenkiem wodoru rekrutuje metylotransferazę DNA 1 (DNMT1) do uszkodzonej chromatyny. DNMT1 staje się częścią kompleksu(ów) zawierającego DNMT3B i członków kompleksu represyjnego polycomb 4. Traktowanie nadtlenkiem wodoru powoduje relokalizację tych białek z obszarów nie bogatych w GC do obszarów bogatych w GC. Kluczowe składniki są podobnie wzbogacone w promotory genów w modelu zapalenia okrężnicy in vivo. Chociaż geny o wysokiej ekspresji wzbogacone o członków kompleksu mają znacznik histonowy i powstające zmiany w transkrypcji, geny o niskiej ekspresji zawierające wyspę CpG uzyskują promotor metylacji DNA. Tak więc uszkodzenie oksydacyjne indukuje tworzenie i relokalizację kompleksu wyciszającego, co może wyjaśniać nieprawidłową metylację DNA i wyciszanie transkrypcji specyficzne dla raka.


title: Profile ekspresji podczas odróżnicowania w regeneracji soczewek traszek ujawnione przez wyrażone znaczniki sekwencji

text: CEL Dorosła traszka może zregenerować soczewkę z pigmentowanych komórek nabłonka (PEC) grzbietowej tęczówki poprzez odróżnicowanie. Celem tych badań jest uzyskanie zasobów sekwencyjnych do badania regeneracji soczewki traszek oraz uzyskanie wglądu w odróżnicowanie na poziomie molekularnym. METODY mRNA oczyszczono z tęczówki podczas odróżnicowania i skonstruowano bibliotekę cDNA. Z biblioteki cDNA zsekwencjonowano i przeanalizowano 10449 klonów. WYNIKI Z 10 449 odczytów zapisano 780 kontigów i 1666 singletów. Ujawniono obecność kilku genów związanych z rakiem i apoptozą podczas odróżnicowania traszek. Ponadto znaleziono również kilka genów kandydujących, które mogą uczestniczyć w przeprogramowaniu podczas odróżnicowania. WNIOSKI Ekspresja genów związanych z rakiem i apoptozą może być cechą charakterystyczną podczas odróżnicowania. Zasoby znacznika sekwencji ekspresji (EST) są przydatne do przyszłych badań odróżnicowania traszki, a informacje o sekwencji są dostępne w GenBank (numery dostępu; FS290155-FS300559).


title: Proliferacja in vivo i kinetyka cyklu komórkowego długoterminowych samoodnawialnych hematopoetycznych komórek macierzystych.

text: Rzadki zestaw hematopoetycznych komórek macierzystych (HSC) musi przejść ogromną ekspansję, aby wytworzyć dojrzałe komórki krwi. Izolacja fenotypowa HSC z myszy daje możliwość bezpośredniego określenia ich kinetyki proliferacji. Przeanalizowaliśmy kinetykę proliferacji i cyklu komórkowego długoterminowego samoodnawialnego HSC (LT-HSC) u normalnych dorosłych myszy. W dowolnym momencie około 5% LT-HSC znajdowało się w fazach S/G2/M cyklu komórkowego, a kolejne 20% znajdowało się w fazie G1. Włączenie BrdUrd zastosowano do określenia szybkości, z jaką różne kohorty HSC weszły w cykl komórkowy w czasie. Około 50% LT-HSC włączyło BrdUrd w ciągu 6 dni i >90% włączyło BrdUrd w ciągu 30 dni. W ciągu 6 miesięcy 99% LT-HSC włączyło BrdUrd. Obliczyliśmy, że około 8% LT-HSC asynchronicznie wchodziło w cykl komórkowy dziennie. Analiza zagnieżdżonej odwrotnej transkrypcji-PCR wykazała ekspresję cykliny D2 w dużej części LT-HSC. Chociaż około 75% LT-HSC jest w stanie spoczynku w G0 w dowolnym momencie, wszystkie HSC są regularnie rekrutowane do cyklu, tak że 99% LT-HSC dzieli się średnio co 57 dni.


title: Rola tkankowego stosunku kwasów tłuszczowych omega-6/omega-3 w regulacji angiogenezy nowotworowej

text: Angiogeneza jest niezbędnym etapem wzrostu guza i przerzutów. Powszechnie wiadomo, że metabolity kwasów tłuszczowych omega-6 i omega-3, które muszą być pozyskiwane z dietą i nie mogą być syntetyzowane de novo u ssaków, mają zróżnicowany wpływ na procesy komórkowe. Metabolity pochodzące z kwasów tłuszczowych omega-6 (n-6 FA) promują angiogenezę poprzez zwiększenie ekspresji czynnika wzrostu, podczas gdy kwasy tłuszczowe omega-3 (n-3 FA) mają właściwości antyangiogenne i przeciwnowotworowe. Jednak w większości dotychczasowych badań nie udało się wyjaśnić roli stosunku n-6 FA/n-3 FA w angiogenezie i zamiast tego zbadano bezwzględne poziomy n-6 i n-3 FA. Niniejsza praca przeglądowa podkreśla interakcje biochemiczne między n-6 i n-3 FA i koncentruje się na tym, jak stosunek n-6 n-3 FA w tkankach moduluje angiogenezę guza. Sugerujemy, aby w przyszłych pracach brać pod uwagę stosunek n−6/n−3 FA jako kluczowy element w projektowaniu i analizie eksperymentów. Ponadto zalecamy, aby interwencje kliniczne miały na celu zarówno redukcję n-6 metabolitów, jak i jednoczesne zwiększenie spożycia n-3 FA.


title: Naturalna statystyka mowy audiowizualnej

text: Ludzie, podobnie jak inne zwierzęta, są narażeni na ciągły strumień sygnałów, które mają charakter dynamiczny, multimodalny, rozciągnięty i zmienny w czasie. Ta złożona przestrzeń wejściowa musi być przetwarzana i próbkowana przez nasze systemy sensoryczne i przekazywana do mózgu, gdzie może kierować wyborem odpowiednich działań. Aby uprościć ten proces, sugeruje się, że mózg wykorzystuje statystyczne prawidłowości w przestrzeni bodźca. Testy tego pomysłu ograniczały się w dużej mierze do sygnałów jednomodalnych i naturalnych scen. Jedną z ważnych klas sygnałów multisensorycznych, dla których nie jest dostępna ilościowa charakterystyka przestrzeni wejściowej, jest mowa ludzka. Nie rozumiemy, jakie sygnały nasz mózg musi aktywnie połączyć z audiowizualnego strumienia mowy, aby dotrzeć do percepcji, w przeciwieństwie do tego, co jest już osadzone w strukturze sygnału samego strumienia. Zasadniczo nie mamy jasnego zrozumienia naturalnych statystyk mowy audiowizualnej. W niniejszym badaniu zidentyfikowaliśmy następujące główne cechy statystyczne mowy audiowizualnej. Po pierwsze, zaobserwowaliśmy silne korelacje i ścisłą zgodność czasową między obszarem otworu ust a obwiedni akustycznej. Po drugie, znaleźliśmy najsilniejszą korelację między obszarem otwarcia ust a rezonansami traktu głosowego. Po trzecie, zaobserwowaliśmy, że zarówno obszar otwarcia ust, jak i obwiednia głosu są czasowo modulowane w zakresie częstotliwości 2-7 Hz. Na koniec pokazujemy, że synchronizacja ruchów ust w stosunku do początku głosu stale mieści się w zakresie od 100 do 300 ms. Interpretujemy te dane w kontekście najnowszych neuronalnych teorii mowy, które sugerują, że komunikacja głosowa jest wzajemnie sprzężonym, multisensorycznym zdarzeniem, w którym sygnały wyjściowe sygnalizatora są dopasowywane do procesów neuronowych odbiorcy.


title: Ustanowienie modeli opartych na ludzkim iPSC do badania i celowania w komórki inicjujące glejaka

text: Komórki inicjujące nowotwór glejaka (GTIC) mogą powstawać w wyniku transformacji nerwowych komórek progenitorowych (NPC). Badania nad GTIC koncentrowały się na guzach pierwotnych, z których można wyizolować GTIC oraz na wykorzystaniu ludzkiego materiału embrionalnego. Ostatnio pojawiły się doniesienia o somatycznym krajobrazie genomowym ludzkich glejaków. Rozregulowanie sygnalizacji RTK (receptorowa kinaza tyrozynowa) i p53 stwierdzono odpowiednio w około 90% i 86% wszystkich analizowanych guzów pierwotnych. Tutaj opisujemy zastosowanie indukowanych przez człowieka pluripotencjalnych komórek macierzystych (hiPSC) do modelowania glejogenezy. Rozregulowanie sygnalizacji RTK i p53 w NPC pochodzących z hiPSC (iNPC) podsumowuje właściwości GTIC in vitro. Przeszczepienie in vivo transformowanych iNPC prowadzi do wysoce agresywnych guzów zawierających niezróżnicowane komórki macierzyste i ich zróżnicowane pochodne. Modulacja metaboliczna pogarsza żywotność GTIC. Wreszcie, badanie przesiewowe 101 związków przeciwnowotworowych identyfikuje trzy cząsteczki specyficznie celujące w transformowane iNPC i pierwotne GTIC. Łącznie nasze wyniki podkreślają potencjał hiPSCs w badaniu ludzkiego nowotworu.


title: Represja receptorów hormonów tarczycy powiązana z zespołem niewydolności oddechowej związanej z pneumocytami typu I

text: Chociaż płuco jest cechą definiującą zwierzęta oddychające powietrzem, szlak kontrolujący powstawanie pneumocytów typu I, komórek pośredniczących w wymianie gazowej, jest słabo poznany. W przeciwieństwie do tego, receptor glukokortykoidowy i jego pokrewny ligand od dawna sprzyjają dojrzewaniu pneumocytów typu II; Prenatalne podawanie glikokortykosteroidów jest powszechnie stosowane w celu złagodzenia nasilenia zespołu niewydolności oddechowej niemowląt (RDS). Tutaj pokazujemy, że mutacje typu knock-in jądrowego korepresora SMRT (mediatora wyciszającego receptorów retinoidowych i hormonów tarczycy) u myszy C57BL/6 (SMRTmRID) wywołują wcześniej niezidentyfikowany zespół zaburzeń oddechowych spowodowany wcześniastwem pneumocytów typu I. Chociaż nie reaguje na glikokortykosteroidy, leczenie lekami przeciw hormonie tarczycy (propylotiouracyl lub metimazol) całkowicie ratuje RDS wywołane SMRT, co sugeruje nierozpoznaną i istotną rolę receptora hormonu tarczycy (TR) w rozwoju płuc. Pokazujemy, że TR i SMRT kontrolują różnicowanie pneumocytów typu I poprzez Klf2, co z kolei wydaje się bezpośrednio aktywować program genów pneumocytów typu I. Odwrotnie, myszy bez płucnego Klf2 nie mają dojrzałych pneumocytów typu I i umierają wkrótce po urodzeniu, ściśle odzwierciedlając fenotyp SMRTmRID. Wyniki te identyfikują TR jako drugi receptor jądrowy zaangażowany w rozwój płuc, w szczególności różnicowanie pneumocytów typu I, i sugerują możliwą nową opcję terapeutyczną w leczeniu RDS, która nie reaguje na glikokortykoidy.


title: Ocena hipotezy ceRNA za pomocą ilościowych pomiarów miRNA i liczebności docelowej.

text: Ostatnie badania wykazały, że konkurencyjne endogenne RNA (ceRNA) mogą działać jak gąbki dla mikroRNA (miRNA) poprzez swoje miejsca wiązania, a zmiany w obfitości ceRNA z poszczególnych genów mogą modulować aktywność miRNA. Rozważenie tej hipotezy skorzystałoby na poznaniu relacji ilościowej między miRNA a jego endogennymi miejscami docelowymi. Tutaj zmieniliśmy liczebność wewnątrzkomórkowych miejsc docelowych poprzez ekspresję celu miR-122 w hepatocytach i wątrobach i przeanalizowaliśmy wpływ na geny docelowe miR-122. Represja celu była uwalniana w sposób podobny do progu przy wysokiej liczebności miejsc docelowych (≥1,5 x 10(5) dodanych miejsc docelowych na komórkę), a ten próg był niewrażliwy na efektywne poziomy miRNA. Ponadto, w odpowiedzi na modele skrajnej metabolicznej choroby wątroby, globalna liczebność hepatocytów w miejscach docelowych nie zmieniła się wystarczająco, aby wpływać na represję za pośrednictwem miRNA. Zatem jest mało prawdopodobne, aby modulacja obfitości docelowych miRNA powodowała znaczący wpływ na ekspresję genów i metabolizm poprzez efekt ceRNA.


title: Immunologiczne mechanizmy odczulania i tolerancji w alergii pokarmowej

text: Alergia pokarmowa jest głównym problemem zdrowia publicznego w krajach zachodnich, szacuje się, że dotyka 5% dzieci i 3–4% dorosłych. Immunoterapia swoista dla alergii pokarmowych jest obecnie aktywnie oceniana, ale nadal jest eksperymentalna. Nadal trwają prace nad optymalnym protokołem pod względem drogi podania pokarmu, docelowej dawki podtrzymującej i czasu trwania terapii podtrzymującej oraz optymalnego pacjenta dla tych procedur. Mechanizmy leżące u podstaw skutecznego odczulania żywności są również niejasne, po części z powodu braku standardowego protokołu immunoterapii. Zaangażowane mechanizmy mogą jednak obejmować supresję komórek tucznych i bazofili, rozwój przeciwciał IgG4 specyficznych dla pokarmu, zmniejszenie stosunku IgE/IgG4 specyficznego dla pokarmu, regulację w górę i ekspansję naturalnych lub indukowalnych limfocytów T regulatorowych, wypaczenie z Th2 do profilu Th1 oraz rozwój anergii i/lub delecji w komórkach swoistych dla antygenu. Potrzebne są dodatkowe badania w celu wyjaśnienia i zrozumienia tych mechanizmów, dzięki którym osiąga się odczulanie i tolerancję, co może ujawnić cenne biomarkery do oceny i obserwacji pacjentów z alergią pokarmową poddawanych immunoterapii.


title: Prodromalne niemotoryczne objawy choroby Parkinsona

text: Objawy ruchowe choroby Parkinsona (PD), spowolnienie ruchowe, sztywność mięśni i drżenie zależą od degeneracji neuronów dopaminergicznych w istocie czarnej pars compacta. Ostatnie badania neuropatologiczne pokazują, że ciała Lewy'ego, wewnątrzneuronowy punkt orientacyjny PD, gromadzą się w kilku typach komórek neuronalnych w mózgu. Odnotowano rosnący gradient zajęcia patologicznego, od rdzenia przedłużonego do obszarów kory nowej. Zatem pierwotny pogląd na PD jako chorobę charakteryzującą się wybiórczym uszkodzeniem neuronów dopaminergicznych w śródmózgowiu powinien zostać uaktualniony do koncepcji ciężkiej wieloukładowej choroby neurodegeneracyjnej. Dodatkowo zmiany neuropatologiczne poza istotą czarną są silnie skorelowane z niemotorycznymi objawami PD. W wyniku tych odkryć rośnie zainteresowanie identyfikacją prodromalnych niemotorycznych objawów PD. Rzeczywiście, dane z piśmiennictwa sugerują, że zaburzenia autonomiczne, dysfunkcje węchowe, depresja i zaburzenia snu (w szczególności zaburzenia zachowania podczas snu REM) mogą stanowić zwiastunowe niemotoryczne objawy PD. Dostępnych jest kilka testów umożliwiających wykrycie większości tych objawów. Zatem identyfikacja prodromalnych objawów niemotorycznych może przyczynić się do przedwczesnego rozpoznania PD i może być użyteczna w przyszłości w badaniu skuteczności środków neuroprotekcyjnych.


title: Erythroid Krüppel-like Factor bezpośrednio aktywuje podstawowy gen czynnika Krüppel-like w komórkach erytroidalnych �

text: Rodzina czynników podobnych do Sp/Krüppela (Sp/Klf) składa się z około 25 czynników transkrypcyjnych z palcem cynkowym, które rozpoznają skrzynki CACCC i elementy bogate w GC. Zbadaliśmy podstawowy czynnik Krüppel-podobny (Bklf/Klf3) i wykazaliśmy, że w tkankach erytroidalnych jego ekspresja jest silnie zależna od innego członka rodziny, erytroidalnego czynnika Krüppelopodobnego (Eklf/Klf1). Obserwujemy, że mRNA Bklf jest znacznie zredukowane w tkankach erytroidalnych z zarodków mysich Eklf-null. Odkryliśmy, że Bklf jest kierowany głównie przez dwa promotory, wszechobecnie aktywny, bogaty w GC promotor w górę, 1a i erytroidalny promotor w dół, 1b. Transkrypty z dwóch promotorów kodują identyczne białka. Co ciekawe, zarówno wszechobecny, jak i erytroidalny promotor są zależne od Eklf w komórkach erytroidalnych. Eklf aktywuje również oba promotory w testach przejściowych. Eksperymenty z wykorzystaniem indukowalnej postaci Eklf wykazują aktywację endogennego genu Bklf w obecności inhibitora syntezy białek. Kinetyka aktywacji jest również zgodna z faktem, że Bklf jest bezpośrednim celem Eklf. Testy immunoprecypitacji chromatyny potwierdzają, że Eklf wiąże się z obydwoma promotorami Bklf. Eklf jest zazwyczaj aktywatorem transkrypcji, podczas gdy Bklf jest uważany za represor. Nasze wyniki potwierdzają hipotezę, że w rodzinie Sp/Klf występuje sprzężona regulacja krzyżowa in vivo.


title: Niekanoniczna sygnalizacja Wnt promuje wywołane otyłością zapalenie tkanki tłuszczowej i zaburzenia metaboliczne niezależnie od ekspansji tkanki tłuszczowej

text: Dysfunkcja tkanki tłuszczowej odgrywa kluczową rolę w rozwoju insulinooporności u osób otyłych. Badania kultur komórkowych i mysie modele nabierania funkcji sugerują, że kanoniczne białka Wnt modulują ekspansję tkanki tłuszczowej. Jednak żadne dowody genetyczne nie potwierdzają roli endogennych białek Wnt w dysfunkcji tkanki tłuszczowej, a rola niekanonicznej sygnalizacji Wnt pozostaje w dużej mierze niezbadana. Tutaj przedstawiamy dowody z badań na ludziach, myszach i kulturach komórkowych, pokazujące, że niekanoniczna sygnalizacja Wnt, w której pośredniczy Wnt5a, przyczynia się do dysfunkcji metabolicznej związanej z otyłością poprzez nasilenie zapalenia tkanki tłuszczowej. Ekspresja Wnt5a jest znacząco podwyższona w ludzkim tłuszczu trzewnym w porównaniu z tłuszczem podskórnym u osób otyłych. U otyłych myszy ablacja Wnt5a poprawia insulinooporność, równolegle ze zmniejszeniem zapalenia tkanki tłuszczowej. Odwrotnie, nadekspresja Wnt5a w komórkach szpikowych nasila zapalenie tkanki tłuszczowej i prowadzi do większego upośledzenia homeostazy glukozy. Ablacja lub nadekspresja Wnt5a nie wpływała na masę tłuszczu ani wielkość adipocytów. Mechanicznie Wnt5a promuje ekspresję cytokin prozapalnych przez makrofagi w sposób zależny od kinazy końcowej Jun NH2, co prowadzi do wadliwej sygnalizacji insuliny w adipocytach. Podawanie egzogennej interleukiny-6 przywraca insulinooporność u otyłych myszy z niedoborem Wnt5a, co sugeruje centralną rolę tej cytokiny w dysfunkcji metabolicznej, w której pośredniczy Wnt5a. Podsumowując, wyniki te pokazują, że niekanoniczna sygnalizacja Wnt przyczynia się do indukowanej otyłością insulinooporności niezależnie od ekspansji tkanki tłuszczowej.


title: Klaster czynników syntezy rybosomów reguluje zwijanie pre-rRNA i dojrzewanie rRNA 5,8S przez egzonukleazę Rat1

text: 5'-egzonukleaza Rat1 degraduje fragmenty przerywnika pre-rRNA i przetwarza końce 5' rRNA 5.8S i 25S. Sieciowanie UV ujawniło wiele miejsc wiązania Rat1 w pre-rRNA, zgodnie z jego znanymi funkcjami. Główny koniec 5' 5.8S jest wytwarzany przez trawienie przez Rat1 przerywnika transkrybowanego wewnętrznego 1 (ITS1) z miejsca cięcia A(3). Przetwarzanie z A(3) wymaga białek „klastra A(3)”, w tym Cic1, Erb1, Nop7, Nop12 i Nop15, które wykazują współzależne wiązanie pre-rRNA. Co zaskakujące, czynniki klastra A(3) nie zostały usieciowane blisko miejsca A(3), ale związane miejsca wokół regionów 5.8S 3' i 25S 5', które są parowane zasad w dojrzałych rybosomach i w przerywniku ITS2 który oddziela te rRNA. W przeciwieństwie do tego, Nop4, białko wymagane do rozszczepienia endonukleolitycznego w ITS1, wiąże pre-rRNA w pobliżu końca 5' 5,8S. Zgłoszono, że ITS2 został poddany przebudowie strukturalnej. Sondowanie chemiczne in vivo wskazuje, że wiązanie klastra A(3) jest wymagane do tej reorganizacji, potencjalnie regulując czas przetwarzania. Przewidujemy, że Nop4 i klaster A(3) ustanawiają dalekosiężne interakcje między rRNA 5,8S i 25S, które są następnie utrzymywane przez wiązanie rybosomalnego białka.


title: Synergistyczne działanie inhibitora deacetylazy histonowej, suberoiloanilidu kwasu hydroksamowego i bisfosfonianu kwasu zoledronowego, wobec komórek raka prostaty in vitro.

text: Bisfosfoniany są szeroko stosowanymi środkami do leczenia złośliwej choroby kości. Hamują resorpcję kości za pośrednictwem osteoklastów i mogą mieć bezpośredni wpływ na komórki rakowe. W tym badaniu zbadaliśmy, czy aktywność przeciwnowotworowa bisfosfonianu kwasu zoledronowego trzeciej generacji (ZOL) może być wzmocniona przez połączenie z inhibitorem deacetylazy histonowej, suberoiloanilidem kwasu hydroksamowego (SAHA). Odkryliśmy, że ZOL i SAHA współpracowały w celu wywołania śmierci komórkowej w liniach komórkowych raka prostaty LNCaP i PC-3. Efekt był synergistyczny, o czym świadczy analiza izobologramu wskaźnika kombinacji. ZOL i SAHA osiągnęły synergię, aby wywołać rozpraszanie mitochondrialnego potencjału transbłonowego, aktywować kaspazę-3 i wywołać fragmentację DNA, co pokazuje, że połączenie ZOL i SAHA spowodowało inicjację apoptozy. Ponieważ ZOL działa poprzez hamowanie szlaku mewalonianu, zapobiegając w ten sposób prenylacji białek, zbadaliśmy, czy szlak mewalonianu był również celem wspólnego działania ZOL i SAHA. Stwierdziliśmy, że geranylogeraniol, ale nie farnezol, znacząco zmniejszał śmierć komórek indukowaną przez ZOL/SAHA, co wskazuje, że synergistyczne działanie środków było spowodowane hamowaniem geranylogeranylacji. Konsekwentnie, bezpośredni inhibitor geranylogeranylacji, GGTI-298, działał w synergii z SAHA w celu wywołania śmierci komórkowej, podczas gdy inhibitor farnezylacji, FTI-277, nie wykazywał żadnego efektu. Ponadto SAHA działał w synergii z mewastatyną, inhibitorem proksymalnego enzymu w szlaku mewalonianu. Te odkrycia in vitro dostarczają uzasadnienia dla badania in vivo potencjału łączenia SAHA i ZOL lub innych inhibitorów szlaku mewalonianowego jako skutecznej strategii terapii przeciwnowotworowej.


title: Odpowiedź immunologiczna na czerniaka jest ograniczona przez wybór grasicy autoantygenów

text: Ekspresja antygenów związanych z czerniakiem (MAA) jest ograniczona do normalnych melanocytów i czerniaków, MAA są idealnymi celami dla immunoterapii i szczepionek przeciwko czerniakowi. Ponieważ MAA pochodzą od siebie, odpowiedzi immunologiczne na nie mogą być ograniczone przez tolerancję grasicy. Stopień, w jakim samotolerancja uniemożliwia skuteczną odpowiedź immunologiczną na MAA, pozostaje nieznany. Regulator autoimmunologiczny (AIRE) kontroluje ekspresję swoistych tkankowo własnych antygenów w komórkach nabłonka grasicy (TEC). Poziom antygenów wyrażanych w TEC determinuje los autoreakcyjnych tymocytów. Niedobór AIRE prowadzi zarówno u ludzi (pacjenci z APECED), jak iu myszy do powiększonych autoreaktywnych repertuarów immunologicznych. Tutaj pokazujemy zwiększone poziomy IgG w komórkach czerniaka u pacjentów z APECED, korelujące z autoimmunologicznymi cechami skóry. Podobnie, powiększony repertuar limfocytów T u myszy AIRE(-/-) umożliwia im uzyskanie odpowiedzi anty-MAA i przeciw czerniakowi, co pokazuje zwiększona liczba przeciwciał przeciw czerniakowi i wzmocnione CD4(+) i MAA-specyficzne CD8(+) Odpowiedzi komórek T po prowokacji czerniaka. Pokazujemy, że ekspresja grasicy gp100 jest pod kontrolą AIRE, co prowadzi do zwiększenia częstości limfocytów T CD8(+) specyficznych dla gp100 u myszy AIRE(-/-). Z drugiej strony TRP-2 (białko związane z tyrozynazą) jest nieobecne w TEC i w konsekwencji limfocyty T CD8(+) specyficzne dla TRP-2 znaleziono zarówno u myszy AIRE(-/-), jak i AIRE(+/+). Badanie to podkreśla znaczenie badania grasicy ekspresji autoantygenów przed włączeniem ich do strategii szczepień i immunoterapii.


title: Różnicowanie mysich embrionalnych komórek macierzystych jest promowane przez SOCS-3 i hamowane przez czynnik transkrypcyjny palca cynkowego Klf4.

text: Embrionalne komórki macierzyste (ES) homozygotyczne dla mutacji Shp-2 (Shp-2 (Delta46-110)) wykazują nadwrażliwość na czynnik hamujący białaczkę (LIF) i zwiększoną stymulowaną przez LIF fosforylację przetwornika sygnału i aktywatora transkrypcji (STAT3). Postawiliśmy hipotezę, że geny reagujące na LIF w komórkach Shp-2 (Delta46-110) będą reprezentować potencjalnych kandydatów na cząsteczki niezbędne do samoodnowy komórek ES. Stosując analizę mikromacierzy, wykryliśmy 41 genów, których ekspresja została zmodyfikowana przez LIF w komórkach ES Shp-2(Delta46-110). Indukcję 2 istotnie regulowanych w górę genów, supresora sygnalizacji cytokin-3 (SOCS-3) i czynnika kruppelopodobnego 4 (Klf4) zweryfikowano metodą Northern blotting. Komórki ES z nadekspresją SOCS-3 miały zwiększoną zdolność do różnicowania się do komórek progenitorowych krwiotwórczych, a nie do samoodnawiania. W przeciwieństwie do tego, komórki ES z nadekspresją Klf4 miały większą zdolność do samoodnowy w oparciu o tworzenie wtórnych ciał zarodkowych (EB). EB d6 transdukowane Klf4 wyrażały wyższe poziomy Oct-4, zgodnie z poglądem, że Klf4 promuje samoodnowę komórek ES. Te odkrycia potwierdzają negatywną rolę SOCS-3 w sygnalizacji LIF i dostarczają nowej roli Klf4 w funkcjonowaniu komórek ES.


title: MicroScope — zintegrowane źródło drobnoustrojów do analizy i analizy porównawczej danych genomowych i metabolicznych

text: MicroScope to zintegrowana platforma dedykowana zarówno do metodycznej aktualizacji opisu genomu drobnoustrojów, jak i do analizy porównawczej. Zasób zawiera dane z ukończonych i trwających projektów genomicznych (adnotacje automatyczne i eksperckie), wraz ze źródłami danych z eksperymentów postgenomicznych (tj. transkryptomika, kolekcje mutantów), umożliwiając użytkownikom doskonalenie i lepsze zrozumienie funkcji genów. MicroScope (http://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope) łączy narzędzia i interfejsy graficzne do analizowania genomów i przeprowadzania ręcznej selekcji adnotacji genów w kontekście porównawczym. Od pierwszej publikacji w styczniu 2006 r. system (wcześniej nazywany MaGe od Magnifying Genomes) był stale rozbudowywany zarówno pod względem zawartości danych, jak i narzędzi analitycznych. Ostatnia aktualizacja MicroScope została opublikowana w 2009 roku w czasopiśmie Database. Obecnie zasób zawiera dane dla ponad 1600 genomów drobnoustrojów, z których 300 jest ręcznie wyselekcjonowanych i utrzymywanych przez biologów (obecnie 1200 kont osobistych). Adnotacje ekspertów są stale gromadzone w bazie danych MicroScope (50 000 € rocznie), przyczyniając się do poprawy jakości adnotacji dotyczących genomów drobnoustrojów. Dodano ulepszone narzędzia do przeglądania i wyszukiwania danych, opracowano i zintegrowano autorskie narzędzia przydatne w kontekście adnotacji eksperckich, a strona internetowa została znacznie przeprojektowana, aby była bardziej przyjazna dla użytkownika. Ponadto, w kontekście europejskiego projektu Microme (program ramowy 7 projektu współpracy), MicroScope staje się zasobem zapewniającym opiekę i analizę danych zarówno genomicznych, jak i metabolicznych. Coraz więcej projektów dotyczy badania środowiskowych (meta)genomów bakterii, które są w stanie metabolizować wiele różnych związków chemicznych, które mogą być przedmiotem dużego zainteresowania przemysłowego.


title: Porównanie maksymalnego zużycia tlenu między czarno-białymi dziećmi w wieku przedpokwitaniowym i w okresie dojrzewania

text: Celem tego badania było ustalenie, czy maksymalne zużycie tlenu (VO2max) różniło się między dwiema wybranymi grupami czarno-białych dzieci i czy istniała różnica w celu ustalenia, czy jest ona związana z profilami hematologicznymi, składem ciała i/lub aktywnością/brakem aktywności fizycznej poziom. W badaniu wzięło udział czterdzieści pięć dzieci w wieku przedpokwitaniowym i 42 dzieci w wieku przedpokwitaniowym, klinicznie normalne czarno-białe. Do określenia składu ciała wykorzystano dwuenergetyczną absorpcjometrię rentgenowską. Tomografię komputerową jamy brzusznej wykonano w celu określenia trzewnej tkanki tłuszczowej i s.c. tkanka tłuszczowa. Codzienną aktywność fizyczną/brak aktywności oceniano za pomocą kwestionariusza. Czarne dzieci przed i w okresie dojrzewania miały niższe wartości VO2max w porównaniu z dziećmi rasy białej (28,8 ± 7,8 vs 35,0 ± 6,5 ml · kg−1 · min−1, p < 0,01; 33,7 ± 6,4 vs 40,4 ± 10,2 ml · kg−1 · min -1, p < 0,05; Czarne dzieci przed i w okresie dojrzewania miały niższe stężenia Hb ([Hb]) i hematokryty niż dzieci rasy białej (przed pokwitaniem: 12,1 ± 0,5 vs 12,8 ± 0,9 g/dl, p < 0,001; 35,6 ± 1,4 vs 37,4 ± 2,3%, p < 0,01), Okres dojrzewania: 13,0 ± 0,9 vs 13,6 ± 0,7 g/dl, p < 0,05, 37,7 ± 2,5 vs 39,5 ± 2,1%, p < 0,05). Podsumowując, odkrycia te wskazują, że czarne dzieci w okresie przedpokwitaniowym i dojrzewającym miały niższe VO2max w porównaniu z ich białymi rówieśnikami dobranymi pod względem wieku, stadium pokwitania i wskaźnika masy ciała. Tę różnicę w VO2max można przynajmniej częściowo przypisać porównywalnie niższemu [Hb] i bardziej siedzącemu trybowi życia czarnych dzieci. Dalsze badania powinny dotyczyć szybkości przepływu Hb (funkcja [Hb] × maksymalny rzut serca) u czarno-białych dzieci w odniesieniu do VO2max.


title: Kwas retinowy hamuje polaryzację Th17 i wzmacnia ekspresję FoxP3 poprzez niezależny szlak sygnałowy Stat-3/Stat-5.

text: Pomocnicze komórki T (Th) CD4(+) odgrywają kluczową rolę w delikatnej równowadze między obroną gospodarza a chorobą autoimmunologiczną. Dwie ważne populacje pomocniczych limfocytów T to prozapalne, produkujące interleukinę-17 (IL-17) komórki (Th17) i przeciwzapalne limfocyty T regulatorowe T (Treg) z widłami widłowymi (FoxP3(+)). Tutaj pokazujemy, że kwas all-trans retinowy (ATRA) i inni agoniści receptora alfa kwasu retinowego (RARalfa) hamują tworzenie komórek Th17 i promują ekspresję FoxP3. Odwrotnie, hamowanie sygnalizacji kwasu retinowego ogranicza indukcję FoxP3 przez transformujący czynnik wzrostu beta (TGF-beta1). W działaniu ATRA pośredniczy niezależnie od IL-2, przetwornika sygnału i aktywatora transkrypcji 5 (Stat5) i Stat3, reprezentując nowy mechanizm indukcji FoxP3 w limfocytach T CD4. Ponieważ poprzednie badania wykazały, że pochodne witaminy A działają ochronnie w zwierzęcych modelach chorób autoimmunologicznych, obecne dane sugerują nierozpoznaną wcześniej rolę RARalfa w regulacji różnicowania limfocytów T CD4(+) i zapewniają mechanizm działania przeciwzapalnego kwasu retinowego.


title: British Journal of Nutrition (2003), 89, 295–301 q Autorzy 2003 DOI: 10.1079/BJN2002776 Stężenie homocysteiny w osoczu zmniejsza się poprzez interwencję dietetyczną*

text: Stwierdzono, że wysokie stężenie całkowitej homocysteiny w osoczu (tHcy) jest czynnikiem ryzyka chorób naczyniowych. Zbadaliśmy stopień, w jakim folian w surowicy i tHcy w osoczu odpowiadają na wysokie spożycie naturalnego kwasu foliowego z pożywienia. Trzydzieści siedem zdrowych kobiet zgłosiło się na ochotnika do udziału w krzyżowej interwencji dietetycznej. Badanie obejmowało okres początkowy i dwa 5-tygodniowe okresy diety (dieta o niskiej i wysokiej zawartości kwasu foliowego) z 3-tygodniowym okresem wypłukiwania pomiędzy nimi. Dieta o niskiej zawartości kwasu foliowego zawierała jedną porcję zarówno warzyw, jak i owoców dziennie, podczas gdy podczas diety o wysokiej zawartości kwasu foliowego badani spożywali co najmniej siedem porcji warzyw, jagód i owoców cytrusowych dziennie. Stężenia kwasu foliowego w surowicy i erytrocytach (RBC), witaminy B w surowicy (12) i stężenia tHcy w osoczu mierzono na początku i na końcu każdego okresu diety. Średnie stężenia kwasu foliowego w surowicy i RBC wynosiły 11,0 (SD 3,0) nmol/l i 412 (SD 120) nmol/l pod koniec diety o niskiej zawartości kwasu foliowego oraz 78 (95% CI 62, 94)% i 14 (95 % CI 8, 20) % wyższy w odpowiedzi na dietę wysokofolianową (P<0,001). Stężenie witaminy B12 w surowicy pozostało niezmienione podczas zabiegu. Średnie stężenie tHcy w osoczu wynosiło 8,0 pmol/ pod koniec diety o niskiej zawartości kwasu foliowego i zmniejszyło się o 13 (95% CI 9, 18) % w odpowiedzi na dietę o wysokiej zawartości kwasu foliowego (P<0,001). Podsumowując, dieta bogata w świeże jagody, owoce cytrusowe i warzywa skutecznie zwiększa poziom kwasu foliowego w surowicy i RBC oraz obniża poziom homocysteiny w osoczu.


title: Osiągnięcie zwiększonej rozdzielczości i większej liczby pikseli dzięki optycznemu obrazowaniu fluktuacji superrozdzielczości (SOFI)

text: Obrazowanie fluktuacji optycznej w superrozdzielczości (SOFI), jak początkowo wykazano, pozwala na zwiększenie rozdzielczości obrazowania o czynnik kwadratowy równy dwa. Tutaj pokazujemy, jak zwiększyć rozdzielczość obrazów SOFI, ponownie ważąc funkcję transferu optycznego (OTF). Ponadto pokazujemy, w jaki sposób można wykorzystać kumulanty krzyżowe, aby uzyskać rzetelne przybliżenie bazowej funkcji Point-Spread. Pokazujemy dwukrotny wzrost rozdzielczości (powyżej granicy dyfrakcji) sieci tubuliny znakowanej kropkami kwantowymi w bliskiej podczerwieni fibroblastów 3T3.


title: Ocena pasków odczynnikowych w wykrywaniu bezobjawowego bakteriomoczu we wczesnej ciąży: prospektywne serie przypadków.

text: CEL Ocena wydajności pasków testowych z odczynnikami w badaniach przesiewowych kobiet w ciąży pod kątem bezobjawowego bakteriomoczu podczas ich pierwszej wizyty w poradni przedporodowej. PROJEKT Przyszłe serie przypadków. USTAWIENIE Klinika przedporodowa dużego szpitala położniczego w centrum miasta. TEMATY Wszystkie kobiety zgłaszające się do swojej pierwszej kliniki przedporodowej. Wykluczono pacjentów przyjmujących antybiotyki z jakiegokolwiek powodu oraz z objawami ze strony układu moczowego. INTERWENCJA Próbka moczu ze środkowego strumienia została podzielona; połowa została wysłana do mikroskopii i formalnej hodowli bakteriologicznej, a druga połowa została przetestowana komercyjnym testem paskowym na obecność krwi, białka, azotynów i esterazy leukocytów. GŁÓWNE MIARY WYNIKÓW Czułość, swoistość oraz dodatnie i ujemne wartości predykcyjne pasków odczynnikowych w diagnostyce bezobjawowej bakteriomoczu (definiowanej jako 10(5) jednostek tworzących kolonie/ml moczu). WYNIKI Czułość była niska, maksymalnie 33%, gdy wszystkie cztery testy były stosowane łącznie. Swoistość była wysoka, z typowymi wartościami 99% lub więcej. Dodatnia wartość predykcyjna osiągnęła maksimum 69%, a negatywna wartość predykcyjna wynosiła zwykle 95% lub więcej. WNIOSEK Paski z odczynnikami moczu nie są wystarczająco czułe, aby można je było stosować w badaniach przesiewowych w kierunku bezobjawowego bakteriomoczu i dlatego wielu pacjentów mogłoby zostać pominiętych. Ze względu na potencjalnie groźne następstwa tej choroby u kobiet w ciąży zalecamy, aby formalne badanie bakteriologiczne pozostało badaniem z wyboru w tej grupie pacjentek.


title: Wnt5a działa w regulacji polaryzacji komórek planarnych u myszy.

text: Polaryzacja komórki planarnej (PCP) odnosi się do polaryzacji komórek w płaszczyźnie arkusza komórkowego. Charakterystyczną cechą nabłonkowego PCP u kręgowców jest jednolita orientacja wiązek stereorzęskowych czuciowych komórek rzęsatych w ślimaku ssaka. Oprócz ustalenia nabłonkowego PCP, polaryzacja planarna jest również wymagana do konwergencji (CE); spolaryzowany ruch komórkowy, który występuje podczas zamykania cewy nerwowej i rozszerzania ślimaka. Badania na Drosophila i kręgowcach ujawniły konserwatywny szlak PCP, w tym receptory Frizzled (Fz). Tutaj używamy ślimaka jako systemu modelowego do badania udziału znanych ligandów Fz, morfogenów Wnt, w regulacji PCP. Pokazujemy, że Wnt5a tworzy odwrotny wzór ekspresji z antagonistą Wnt, wydzielanym białkiem typu frizzled-related 3 (Sfrp3 lub Frzb), wzdłuż osi polaryzacji płaskiej w nabłonku ślimaka. Ponadto wykazujemy, że Wnt5a antagonizuje Frzb w regulowaniu wydłużenia ślimaka i orientacji pęczka rzęskowego in vitro oraz że zwierzęta Wnt5a(-/-) mają skrócony i poszerzony ślimak. Na koniec pokazujemy, że Wnt5a jest wymagane do prawidłowego rozmieszczenia wewnątrzkomórkowego białka PCP, Ltap/Vangl2, oraz że Wnt5a oddziałuje genetycznie z Ltap/Vangl2 w celu uzyskania jednolitej orientacji rzęsek, rozszerzenia ślimaka i zamknięcia cewy nerwowej. Razem odkrycia te pokazują, że Wnt5a działa w regulacji PCP u myszy.


title: „Region przełączania” polimerazy RNA jest celem dla inhibitorów

text: Antybiotyk alfa-pironowy myksopironina (Myx) hamuje bakteryjną polimerazę RNA (RNAP). Tutaj, poprzez kombinację podejść genetycznych, biochemicznych i strukturalnych, pokazujemy, że Myx oddziałuje z „regionem przełączającym” RNAP – zawiasem, który pośredniczy w otwieraniu i zamykaniu szczeliny centrum aktywnego RNAP – aby zapobiec interakcji RNAP z promotorem DNA. Definiujemy kontakty między Myx i RNAP oraz wpływ Myx na konformację RNAP i proponujemy, że Myx działa poprzez zakłócanie otwarcia szczeliny centrum aktywnego RNAP podczas inicjacji transkrypcji. Dalej pokazujemy, że strukturalnie spokrewniony antybiotyk alfa-pironowy korallopyronina (Cor) i strukturalnie niepowiązany antybiotyk makrocykliczno-laktonowy ripostatyna (Rip) działają analogicznie do Myx. Region przełączania RNAP jest oddalony od celów wcześniej scharakteryzowanych inhibitorów RNAP i odpowiednio Myx, Cor i Rip nie wykazują oporności krzyżowej z wcześniej scharakteryzowanymi inhibitorami RNAP. Region przełączania RNAP jest atrakcyjnym celem do identyfikacji nowych przeciwbakteryjnych środków terapeutycznych o szerokim spektrum działania.


title: Jak wiarygodne są pułapki świetlne w szacowaniu częstości pogryzień dorosłych Anopheles gambiae s.l. (Diptera: Culicidae) w obecności leczonych moskitier?

text: Skuteczność pobierania próbek z pułapek świetlnych w porównaniu z przynętami ludzkimi w szacowaniu wskaźnika gryzienia komara Anopheles gambiae Giles badano w dwóch typach społeczności w południowym Sierra Leone: (i) gdzie większość mieszkańców spała pod nasączonymi moskitierami; oraz (ii) gdzie większość mieszkańców spała bez moskitier. Liczba samic komarów A. gambiae schwytanych w tych zbiorowiskach przez pułapkę świetlną była silnie skorelowana (r > lub = 0,72) z liczbą samic komarów A. gambiae schwytanych w te same lub sąsiadujące noce. Stwierdzono, że względna skuteczność próbkowania pułapek świetlnych różniła się nieznacznie, ale istotnie wraz z liczebnością komarów we wsiach z uzdatnianymi siatkami, ale nie w tych, w których ich nie ma. Niemniej jednak związek między względną wydajnością pobierania próbek a liczebnością komarów nie różnił się znacząco między tymi dwoma typami wsi. Ogólnie rzecz biorąc, nie było wystarczających dowodów, aby wykazać, że obecność poddanych działaniu sieci zmieniła względną skuteczność pułapek świetlnych, a wszelkie odchylenie było tylko niewielkie i mało prawdopodobne, aby miało jakiekolwiek znaczenie praktyczne. W związku z tym stwierdzono, że pułapki świetlne mogą być stosowane jako surogat w przypadku łowienia na przynętę ludzką w szacowaniu częstości pogryzień przez komary A. gambiae w obu społecznościach.


title: Opracowanie nowego modelu mysiego glejaka przy użyciu wektorów lentiwirusowych

text: Opisujemy rozwój nowej metody indukowania glejaka wielopostaciowego u dorosłych myszy immunokompetentnych poprzez wstrzykiwanie wektorów lentiwirusowych kontrolowanych Cre-loxP wyrażających onkogeny. Specyficzna dla typu komórki lub regionu ekspresja aktywowanych form onkoprotein Harvey-Ras i AKT w mniej niż 60 komórkach glejowych z kwaśnym białkiem fibrylarnym w hipokampie, strefie podkomorowej lub korze myszy heterozygotycznych pod względem genu kodującego supresor guza Tp53 przetestowany. U myszy rozwinął się glejak wielopostaciowy po transdukcji w strefie podkomorowej lub hipokampie. Jednak nowotwory były rzadko wykrywane podczas transdukcji myszy w korze. Przeszczepienie komórek guza mózgu do mózgu myszy naiwnych biorców spowodowało powstanie guzów podobnych do glejaka wielopostaciowego, które zawierały komórki CD133+, tworzyły kule nowotworowe i mogły różnicować się w neurony i astrocyty. Sugerujemy, że zastosowanie wektorów lentiwirusowych kontrolowanych przez Cre-loxP jest nowym sposobem generowania modelu mysiego glejaka wielopostaciowego w sposób specyficzny dla regionu i typu komórki u dorosłych myszy.


title: Listy badawcze

text: Przedstawiamy przypadek przedklinicznej odmiany choroby Creutzfeldta-Jakoba (vCJD) u pacjenta, który zmarł z powodu zaburzeń nieneurologicznych 5 lat po przetoczeniu krwi od dawcy, u którego następnie rozwinęła się vCJD. Białko prionowe oporne na proteazę (PrP(res)) wykryto metodą western blot, blottingu zatopionego w parafinie i immunohistochemii w śledzionie, ale nie w mózgu. Immunohistochemia białka prionowego była również dodatnia w szyjnym węźle chłonnym. Pacjent był heterozygotą w kodonie 129 PRNP, co sugeruje, że podatność na zakażenie vCJD nie ogranicza się do homozygotycznego genotypu PRNP z metioniną. Odkrycia te mają poważne implikacje dla przyszłych szacunków i nadzoru vCJD w Wielkiej Brytanii.


title: Swi1Timeless zapobiega niestabilności powtórzeń w telomerach drożdży rozszczepialnych

text: Niestabilność genomowa związana ze stresem replikacyjnym DNA jest powiązana z rakiem i patologiami genetycznymi u ludzi. Jeśli nie są odpowiednio regulowane, stres replikacyjny, taki jak blokowanie wideł i zapadanie się, może być indukowany przy naturalnych utrudnieniach replikacji obecnych w całym genomie. Uważa się, że kompleks ochronny widełek (FPC) odgrywa kluczową rolę w stabilizowaniu zablokowanych widełek replikacyjnych na kilku znanych barierach replikacyjnych, w tym eukariotycznych genach rDNA i locus drożdży rozszczepieniowych typu kojarzącego się. Jednak niewiele wiadomo na temat roli FPC w innych naturalnych przeszkodach, w tym telomerach. Uważa się, że telomery są trudne do replikacji ze względu na obecność powtarzalnych sekwencji bogatych w GT i białek wiążących telomery. Jednak mechanizm regulacyjny, który zapewnia replikację telomerów, nie jest w pełni zrozumiały. Tutaj opisujemy rolę drożdży rozszczepieniowych Swi1(Timeless), podjednostki FPC, w replikacji telomeru. Utrata Swi1 powoduje skracanie telomerów w sposób niezależny od telomerazy. Nasze analizy epistazy sugerują, że heterochromatyna i białka wiążące telomery nie są głównymi przeszkodami w replikacji telomerów pod nieobecność Swi1. Zamiast tego powtarzające się sekwencje DNA zaburzają integralność telomerów w zmutowanych komórkach swi1Δ, prowadząc do utraty powtórzonego DNA. W przypadku braku Swi1 skróceniu telomerów towarzyszy zwiększona rekrutacja rekombinazy Rad52 i częstsza amplifikacja telomerów/subtelomerów, przypominająca komórki nowotworowe wykorzystujące alternatywne wydłużanie szlaku telomerów (ALT) w celu utrzymania telomerów. Wyniki te sugerują, że Swi1 zapewnia replikację telomerów poprzez tłumienie rekombinacji i niestabilność powtórzeń w telomerach. Nasze badania mogą również mieć znaczenie dla zrozumienia potencjalnej roli Swi1(Timeless) w regulacji stabilności telomerów w komórkach nowotworowych.


title: Przewidywanie nici prowadzącej mikroRNA na podstawie jej sekwencji i struktury drugorzędowej

text: TŁO MikroRNA (miRNA) są wytwarzane przez sekwencyjne przetwarzanie długiego transkryptu RNA o strukturze spinki do włosów przez Drosha i Dicer, enzymy RNazy III i tworzą przejściowe małe dupleksy RNA. Jedna nić dupleksu, która włącza się do indukowanego RNA kompleksu wyciszającego (RISC) i wycisza ekspresję genu, nazywana jest nicią prowadzącą lub miRNA; podczas gdy druga nić dupleksu jest degradowana i nazywana nicią pasażerską lub miRNA*. Przewidywanie nici prowadzącej miRNA jest ważne dla lepszego zrozumienia szlaków interferencji RNA. WYNIKI W artykule opisano modele maszyn wektorów nośnych (SVM) opracowane do przewidywania nici prowadzących miRNA. Wszystkie modele zostały przeszkolone i przetestowane na zestawie danych składającym się z 329 par miRNA i 329 miRNA* przy użyciu pięciokrotnej techniki walidacji krzyżowej. Po pierwsze, modele zostały opracowane przy użyciu mono-, di- i tri-nukleotydowej kompozycji nici miRNA i osiągnęły najwyższe dokładności odpowiednio 0,588, 0,638 i 0,596. Po drugie, modele zostały opracowane przy użyciu podzielonego składu nukleotydów i osiągnęły maksymalne dokładności 0,553, 0,641 i 0,602 odpowiednio dla mono-, di- i tri-nukleotydów. Po trzecie, modele zostały opracowane przy użyciu wzoru binarnego i osiągnęły najwyższą dokładność 0,708. Co więcej, przy integracji cech struktury drugorzędowej ze wzorem binarnym zaobserwowano dokładność 0,719. Wreszcie modele hybrydowe zostały opracowane przez połączenie różnych cech i osiągnęły maksymalną dokładność 0,799 przy czułości 0,781 i swoistości 0,818. Ponadto wydajność tego modelu przetestowano na niezależnym zbiorze danych, który osiągnął dokładność 0,80. Ponadto porównaliśmy również wydajność naszej metody z różnymi metodami projektowania siRNA na zestawach danych miRNA i siRNA. WNIOSEK W tym badaniu po raz pierwszy opracowano metodę przewidywania prowadzenia nici miRNA dupleksu miRNA. Badanie to pokazuje, że prowadzącą i pasażerską nić prekursorów miRNA można odróżnić na podstawie ich sekwencji nukleotydowej i struktury drugorzędowej. Metoda ta będzie przydatna w zrozumieniu przetwarzania mikroRNA i może zostać wdrożona w technologii wyciszania RNA w celu usprawnienia badań biologicznych i klinicznych. Serwer WWW został opracowany w oparciu o modele SVM opisane w tym badaniu (http://crdd.osdd.net:8081/RISCbinder/).


title: NIPBL, kodujący homolog grzybowych białek kohezyjnych chromatyd siostrzanych typu Scc2 i muchy Nipped-B, jest zmutowany w zespole Cornelia de Lange

text: Zespół Cornelia de Lange (CdLS) to zespół wielu wad rozwojowych charakteryzujący się dysmorficznymi rysami twarzy, upośledzeniem umysłowym, opóźnieniem wzrostu i wadami redukcji kończyn. Zidentyfikowaliśmy i scharakteryzowaliśmy nowy gen, NIPBL, który jest zmutowany u osobników z CdLS i określiliśmy jego strukturę oraz struktury homologów myszy, szczura i danio pręgowanego. Nazwaliśmy jego produkt białkowy delangin. Delanginy kręgowców wykazują znaczną homologię z ortologami much, robaków, roślin i grzybów, w tym białek kohezyjnych chromatyd siostrzanych typu Scc2 i D. melanogaster Nipped-B. Proponujemy, że zaburzona funkcja delanginy może niewłaściwie aktywować geny DLX, przyczyniając się w ten sposób do zaburzeń wzorcowania proksymodystycznej kończyny w CdLS. Analizy genomu zazwyczaj identyfikują pojedyncze delanginy lub ortologi podobne do Nipped-B w diploidalnych genomach zwierząt i roślin. Ewolucja pierwotnego białka kohezyjnego chromatydy siostrzanej w celu uzyskania dodatkowej roli w regulacji genów rozwojowych sugeruje, że istnieją podobieństwa między CdLS a zespołem Robertsa.


title: Upośledzona monoubikwitynacja FANCD2 i nadwrażliwość na kamptotecynę w unikalny sposób charakteryzują grupę M uzupełniającą niedokrwistość Fanconiego.

text: FANCM jest składnikiem kompleksu rdzeniowego anemii Fanconiego (FA) i opisano jednego pacjenta z FA (EUFA867) z mutacjami biallelicznymi w FANCM. Co zaskakujące, odkryliśmy, że EUFA867 zawiera również mutacje bialleliczne w FANCA. Po skorygowaniu defektu FANCA w limfoblastach EUFA867 wytworzono „czystą” linię komórkową FA-M. Komórki te były nadwrażliwe na mitomycynę C, ale w przeciwieństwie do komórek uszkodzonych w innych składnikach kompleksu rdzeniowego, komórki FANCM(-/-) były sprawne w monoubikwitynacji FANCD2 i były wrażliwe na inhibitor topoizomerazy kamptotecynę, cechę wspólną tylko z podtypami FA D1 i N Ponadto komórki FANCM(-/-) były wrażliwe na światło UV. FANCM i mutant z delecją C-końcową uratowały wrażliwość na sieciowanie komórek FANCM(-/-), podczas gdy mutant ATPazy FANCM nie. Ponieważ oba mutanty przywróciły tworzenie ognisk FANCD2, wnioskujemy, że FANCM działa w sposób zależny i niezależny od kompleksu rdzenia FA.


title: Glikoliza pęcherzykowa zapewnia energię na pokładzie do szybkiego transportu aksonów

text: Szybki transport aksonów (FAT) wymaga stałej energii na duże odległości do zasilania silników molekularnych transportujących pęcherzyki. Wykazujemy, że glikoliza zapewnia ATP dla FAT pęcherzyków. Chociaż hamowanie wytwarzania ATP przez mitochondria nie wpływało na ruchliwość pęcherzyków, farmakologiczne lub genetyczne hamowanie enzymu glikolitycznego GAPDH zmniejszało transport w hodowanych neuronach i larwach Drosophila. GAPDH lokalizuje się w pęcherzykach poprzez mechanizm zależny od huntingtyny i jest transportowany w szybko poruszających się pęcherzykach w aksonach. Oczyszczone pęcherzyki ruchliwe wykazywały aktywność enzymatyczną GAPDH i wytwarzały ATP. Na koniec pokazujemy, że pęcherzykowa GAPDH jest niezbędna i wystarczająca, aby zapewnić pokładową energię do szybkiego transportu pęcherzykowego. Chociaż odłączenie GAPDH od pęcherzyków zmniejszało transport, kierowanie GAPDH do pęcherzyków było wystarczające do promowania FAT w neuronach z niedoborem GAPDH. Ta specyficznie zlokalizowana maszyneria glikolityczna może dostarczać stałą energię, niezależnie od mitochondriów, do procesywnego przemieszczania się pęcherzyków na duże odległości w aksonach.


title: Utrata RB w opornych gruczolakorakach płuc z mutacją EGFR, które przekształcają się w drobnokomórkowego raka płuc

text: Inhibitory kinazy tyrozynowej są skutecznymi metodami leczenia niedrobnokomórkowego raka płuca (NSCLC) z mutacjami receptora naskórkowego czynnika wzrostu (EGFR). Jednak nawrót zwykle występuje po średnio 1 roku ciągłego leczenia. Fundamentalną transformację histologiczną z NSCLC do drobnokomórkowego raka płuca (SCLC) obserwuje się w podgrupie opornych nowotworów, ale zmiany molekularne związane z tą transformacją pozostają nieznane. Analiza próbek guza i linii komórkowych pochodzących od pacjentów z opornym mutantem EGFR wykazała, że siatkówczak zarodkowy (RB) ginie w 100% przypadków transformowanych SCLC, ale rzadko w tych, które pozostają NSCLC. Ponadto, wzrost markera neuroendokrynnego i zmniejszoną ekspresję EGFR, jak również większą wrażliwość na hamowanie rodziny BCL2 obserwuje się w przypadku opornych raków transformowanych SCLC w porównaniu z opornymi NSCLC. Razem odkrycia te sugerują, że ten podzbiór opornych nowotworów ostatecznie przyjmuje wiele cech molekularnych i fenotypowych klasycznego SCLC.


title: Niedobór periostyny zwiększa uszkodzenia kości i osłabia odpowiedź na urazy na obciążenie zmęczeniowe u dorosłych myszy

text: Usuwanie uszkodzeń kości i tworzenie się kalusa w odpowiedzi na obciążenie zmęczeniowe ma zasadnicze znaczenie dla zapobiegania złamaniom. Periostyna (Postn) jest białkiem macierzowym, które pośredniczy w adaptacyjnej odpowiedzi kości korowej na obciążenie. Nie wiadomo, czy iw jaki sposób periostyna wpływa na uszkodzenie i reakcję urazu na zmęczenie. Zbadaliśmy reakcję szkieletu myszy Postn(-/-) i Postn(+/+) na bodziec zmęczeniowy spowodowany osiowym uciskiem kości piszczelowej. U myszy Postn(+/+) liczba i powierzchnia pęknięć (CsNb, CsS) wzrosła 1h po zmęczeniu, ze spadkiem wytrzymałości w porównaniu z piszczelami niezmęczonymi. Po 15 dniach CsNb zaczęło spadać, podczas gdy CtTV i CtBV wzrosły w kości piszczelowej zmęczonej i niezmęczonej, odzwierciedlając odpowiedź splotu kości, która była obecna w 75% zmęczonych kości. Porowatość korowa i przebudowa znacznie wzrosły również w zmęczonej piszczeli myszy Postn(+/+). Po 30 dniach, równolegle do ciągłego usuwania uszkodzeń korowych, wytrzymałość zmęczonej kości piszczelowej była podobna do niemęczącej kości piszczelowej. U myszy Postn(-/-) pęknięcia były wykrywalne nawet przy braku zmęczenia, podczas gdy ilość wiązań poprzecznych kolagenu i twardość tkanki były zmniejszone w porównaniu z Postn(+/+). Zmęczenie istotnie zwiększyło CsNb i CsS w Postn(-/-), ale nie było związane ze zmianami w CtTV i CtBV, ponieważ tylko 16% zmęczonych kości tworzyło trochę tkanej kości. Porowatość korowa i przebudowa nie zwiększyły się również po zmęczeniu w Postn(-/-), a poziom uszkodzenia pozostał wysoki nawet po 30 dniach. W rezultacie siła pozostała zagrożona u myszy Postn(-/-). W przeciwieństwie do Postn(+/+), którego luki osteocytowe wykazywały zmianę stopnia anizotropii (DA) po zmęczeniu, Postn(-/-) nie wykazywał zmiany DA. Wydaje się zatem, że periostyna wpływa na właściwości materiałów kostnych, akumulację uszkodzeń i naprawę, w tym lokalne procesy modelowania/przebudowy w odpowiedzi na zmęczenie. Obserwacje te sugerują, że poziom ekspresji periostyny może wpływać na skłonność do złamań zmęczeniowych.


title: Preferencyjne zajmowanie wariantu histonowego H2AZ na nieaktywnych promotorach wpływa na lokalne modyfikacje histonów i przebudowę chromatyny.

text: Wariant histonów drożdży H2AZ (Htz1) bierze udział w aktywacji transkrypcji, zapobieganiu ektopowemu rozprzestrzenianiu się heterochromatyny i integralności genomu. Nasza analiza lokalizacji całego genomu wykazała, że Htz1 jest szeroko, ale nielosowo, rozmieszczony w całym genomie w sposób zależny od SWR1. Odkryliśmy, że Htz1 jest wzbogacony w regionach międzygenowych w porównaniu z regionami kodującymi. Jego zajęcie jest odwrotnie proporcjonalne do szybkości transkrypcji i wzbogacenia polimerazy RNA II w różnych warunkach wzrostu. Jednak Htz1 nie wydaje się bezpośrednio regulować represji transkrypcji w całym genomie; zamiast tego obecność Htz1 w stanie inaktywacji jest niezbędna do optymalnej aktywacji podzbioru genów. Ponadto Htz1 generalnie nie odpowiada za pozycjonowanie nukleosomu, nawet w tych promotorach, w których Htz1 jest wysoce wzbogacony. Wreszcie, stosując podejście biochemiczne, pokazujemy, że włączenie Htz1 do nukleosomów hamuje aktywność modyfikatorów histonów związanych z transkrypcją, Dot1, Set2 i NuA4 i zmniejsza mobilizację nukleosomów napędzaną przez kompleksy przebudowujące chromatynę. Te linie dowodowe łącznie sugerują, że Htz1 może służyć do oznaczania promotorów w stanie spoczynku w celu prawidłowej aktywacji.


title: Organizacja genomowa i charakterystyka transkrypcji genu kodującego arginazę Leishmania (Leishmania) amazonensis oraz przewidywanie struktury jej białka.

text: Scharakteryzowano organizację genomową genu kodującego arginazę Leishmania (Leishmania) amazonensis oraz jej regiony flankujące. Określono wielkość transkrybowanego RNA, co pozwoliło nam zmapować genomowe miejsca sygnalizacji dla regionów trans-splicingu i przypuszczalnej poliadenylacji RNA. Ogólną organizację porównano z genami kodującymi inne białka już opisane w organizmach z rodziny Trypanosomatów. Uzyskano kompletną sekwencję nukleotydową otwartej ramki odczytu arginazy i trójwymiarową strukturę enzymu wywnioskowano przez analizę obliczeniową wydedukowanej sekwencji aminokwasowej, w oparciu o ustaloną strukturę krystaliczną opisaną dla arginazy Rattus norvergicus. Sekwencję ludzkiej arginazy z wątroby analizowano w ten sam sposób, a porównanie przypuszczalnej struktury enzymów Leishmania i ludzkiego zidentyfikowało pewne różnice, które można wykorzystać w badaniach chemioterapeutycznych.


title: Ryzyko raka endometrium wśród kobiet ze zdiagnozowanym przerostem endometrium: 34-letnie doświadczenie w dużym planie zdrowotnym

text: Klasyfikacja rozrostu endometrium (EH) według nasilenia stłoczenia gruczołów (rozrost prosty (SH) vs rozrost złożony (CH)) i atypia jądrowa (prosty rozrost atypowy (SAH) vs złożony rozrost atypowy (CAH)) powinna przewidywać późniejsze ryzyko raka endometrium , ale brakuje danych na temat progresji. Nasze zagnieżdżone badanie kliniczno-kontrolne progresji nadciśnienia tętniczego obejmowało 138 przypadków, u których rozpoznano nadciśnienie tętnicze, a następnie raka (1970–2003) co najmniej 1 rok (mediana 6,5 roku) później, oraz 241 osób z grupy kontrolnej, które zostały dopasowane indywidualnie pod względem wieku, data i czas trwania obserwacji oraz przeciwstawne w klasyfikacji EH. Po scentralizowanym panelu patologicznym i przeglądzie dokumentacji medycznej wygenerowaliśmy współczynniki częstości (RR) i 95% przedziały ufności (CI), dostosowane do leczenia i powtórnych biopsji. Z zaburzonym proliferacyjnym endometrium (DPEM) jako punktem odniesienia, AH istotnie zwiększało ryzyko raka (RR=14, 95% CI, 5-38). Ryzyko było najwyższe 1–5 lat po AH (RR=48, 95% CI, 8–294), ale pozostawało podwyższone 5 lub więcej lat po AH (RR=3,5, 95% CI, 1,0–9,6). Ryzyko progresji dla SH (RR=2,0, 95% CI, 0,9–4,5) i CH (RR=2,8, 95% CI, 1,0–7,9) było znacznie niższe i tylko nieznacznie wyższe niż ryzyko progresji dla DPEM. Wyższe ryzyko progresji nadciśnienia tętniczego może sprzyjać wytycznym postępowania opartym na znacznie różnych ryzykach progresji atypowego i nieatypowego nadciśnienia tętniczego.


title: Redefinicja hierarchii genetycznych kontrolujących miogenezę szkieletową: Pax-3 i Myf-5 działają przed MyoD

text: Przeanalizowaliśmy Pax-3 (plamka), Myf-5 (ukierunkowana na nlacZ) i homozygotyczne zmutowane myszy splotch/Myf-5, aby zbadać role, jakie te geny odgrywają w programowaniu miogenezy szkieletowej. W zarodkach homozygotycznych splotch i Myf-5 zaburzenia miogennych komórek progenitorowych i wczesne wady mięśni są odmienne. Co godne uwagi, podwójne homozygoty Splotch/Myf-5 mają dramatyczny fenotyp, którego nie obserwuje się u poszczególnych mutantów: brak mięśni ciała. MyoD nie ratuje tego fenotypu podwójnego mutanta, ponieważ aktywacja tego genu okazuje się być zależna od Pax-3 lub Myf-5. Dlatego Pax-3 i Myf-5 definiują dwa różne szlaki miogeniczne, a MyoD działa genetycznie poniżej tych genów w celu miogenezy w ciele. Wydaje się, że ta genetyczna hierarchia nie działa na tworzenie mięśni głowy.


title: Ocena zmniejszenia objętości u dzieci z malarią

text: Wstęp Stopień ubytku objętości płynów w ciężkiej malarii nie jest obecnie znany, chociaż znajomość objętości przedziałów płynowych może pomóc w leczeniu. Aby wspomóc leczenie ciężko chorych dzieci i przetestować hipotezę, że zmiany objętości w przedziałach płynów odzwierciedlają ciężkość choroby, zmierzyliśmy objętość przedziałów ciała u dzieci gabońskich z malarią. Metody i wyniki U dzieci z ciężką lub umiarkowaną malarią oraz w okresie rekonwalescencji oszacowano całkowitą objętość wody w organizmie (TBW) i zewnątrzkomórkową objętość wody (ECW) poprzez rozcieńczenie znacznika odpowiednio ciężką wodą i bromkiem. Z tych parametrów wyprowadzono wewnątrzkomórkową objętość wody (ICW). Szacunki analizy impedancji bioelektrycznej TBW i ECW zostały skalibrowane względem metod rozcieńczania, a pomiary analizy impedancji bioelektrycznej były wykonywane codziennie aż do rozładowania. Szesnastu dzieci miało ciężką, a 19 umiarkowaną malarię. Ciężka malaria wieku dziecięcego była związana ze zmniejszeniem TBW (średnia [SD] 37 [33] ml/kg lub 6,7% [6,0%]) w stosunku do pomiaru przy wypisie. Jest to określane jako łagodne odwodnienie w innych warunkach. Pomiary ECW były prawidłowe przy przyjęciu u dzieci z ciężką malarią i nie wzrosły w pierwszych kilku dniach przyjmowania. Objętości w różnych kompartmentach (TBW, ECW i ICW) nie były związane z hiperlaktatemią lub innymi klinicznymi i laboratoryjnymi markerami nasilenia choroby. Umiarkowana malaria nie była związana ze zmniejszeniem TBW.


title: Oparta na NSOM/QD bezpośrednia wizualizacja nanoprzestrzennego łączenia TCR i koreceptora w nanodomenach indukowanych przez CD3 i CD28 w aktywacji komórek T

text: Nie opisano bezpośredniego obrazowania molekularnego nanoprzestrzennego związku między receptorem komórek T (TCR)/CD3 a koreceptorem CD4 lub CD8 przed i po aktywacji pierwotnej komórki T. Niedawno wprowadziliśmy innowacyjne zastosowanie mikroskopii optycznej skaningowej bliskiego pola (NSOM) i znakowania immunologicznego kropek kwantowych (QD) do obrazowania odpowiedzi TCR specyficznej dla Ag podczas ekspansji klonalnej in vivo, a teraz udoskonaliliśmy nanotechnologię opartą na NSOM/QD poprzez polaryzacja dipolowa i obrazowanie dwukolorowe. Używając tego systemu obrazowania, skanującego cząsteczki błony komórkowej w najlepszej optycznej rozdzielczości bocznej, wykazaliśmy, że cząsteczki CD3, CD4 lub CD8 były wyraźnie rozmieszczone jako pojedyncze cząsteczki związane z QD lub nanoklastry równoważne intensywności/rozmiarowi fluorescencji 2-4 QD na błonie komórkowej niestymulowanych pierwotnych limfocytów T, a około 6-10% CD3 łączyło się z CD4 lub CD8 w postaci nanoklastrów 70-110 nm bez tworzenia nanodomen. Ligacja TCR/CD3 na limfocytach T CD4 lub CD8 doprowadziła do współklastrowania w nanoskali CD3 lub interakcji z koreceptorami CD4 lub CD8, tworząc nanodomeny 200-500 nm lub mikrodomeny >500 nm. Takie nanoprzestrzenne wspólne klastrowanie CD3 i CD4 lub CD3 i CD8 wydaje się być nieodłącznym zdarzeniem ligacji TCR/CD3, nieograniczonym wyłącznie do zaangażowania MHC i wynikającym z fosforylacji Lck. Co ważne, kostymulacja CD28 znacznie zwiększyła współklastrowanie w nanoskali TCR/CD3 lub interakcję z koreceptorem CD4 w obrębie nano- lub mikrodomen na błonie. W przeciwieństwie do tego, kostymulacja CD28 nie zwiększyła tworzenia klastrów CD8 lub CD3-CD8 w nanodomenach, chociaż zwiększyła liczbę cząsteczkową i gęstość klastrowania CD3 w powiększonych nanodomenach. Te odkrycia w nanoskali dostarczają nowych informacji na temat interakcji TCR/CD3 z koreceptorem CD4 lub CD8 w aktywacji komórek T.


title: Hoxa9 przekształca pierwotne komórki szpiku kostnego poprzez specyficzną współpracę z Meis1a, ale nie z Pbx1b.

text: Hoxa9, Meis1 i Pbx1 kodują białka zawierające homeodomenę zaangażowane w transformację białaczkową zarówno u myszy, jak iu ludzi. Wykazano, że białka Hoxa9, Meis1 i Pbx1 oddziałują ze sobą fizycznie, ponieważ Hoxa9 wspólnie wiąże konsensusowe sekwencje DNA z Meis1 i Pbx1, podczas gdy Meis1 i Pbx1 tworzą heterodimery zarówno w obecności, jak i pod nieobecność DNA. W tym badaniu staraliśmy się ustalić, czy Hoxa9 może transformować komórki hemopoetyczne we współpracy z Pbx1 lub Meis1. Pierwotne komórki szpiku kostnego, poddane inżynierii retrowirusowej w celu jednoczesnej nadekspresji Hoxa9 i Meis1a, indukowały zależną od czynnika wzrostu ostrą oligoklonalną białaczkę szpikową w ciągu <3 miesięcy po przeszczepieniu do myszy syngenicznych. W przeciwieństwie do tego, nadekspresja samych Hoxa9, Meis1a lub Pbx1b lub kombinacja Hoxa9 i Pbx1b nie spowodowała ostrej transformacji tych komórek w ciągu 6 miesięcy po przeszczepie. Podobne wyniki uzyskano, gdy komórki FDC-P1, zaprojektowane w celu nadekspresji tych genów, przeszczepiono syngenicznym biorcom. Zatem badania te wykazują selektywną współpracę między członkiem rodziny Hox i jednym z jej partnerów wiążących DNA w transformacji komórek hemopoetycznych.


title: Fosforylacja PGM1 przez Tyr26 zapewnia metaboliczną przewagę guzom poprzez stabilizację aktywnej konformacji

text: W jaki sposób sygnalizacja onkogenna koordynuje glikolizę i biosyntezę anaboliczną w komórkach nowotworowych pozostaje niejasna. Niedawno donieśliśmy, że enzym glikolityczny fosfoglicerynian mutaza 1 (PGAM1) reguluje biosyntezę anaboliczną poprzez kontrolowanie wewnątrzkomórkowych poziomów jego substratu 3-fosfoglicerynianu i produktu 2-fosfoglicerynianu. Tutaj opisujemy nowy mechanizm, w którym fosforylacja Y26 wzmaga aktywację PGM1 poprzez uwalnianie hamującego E19, który blokuje miejsce aktywne, stabilizując wiązanie kofaktora 2,3-bisfosfoglicerynianu i fosforylację H11. Opisujemy również strukturę krystaliczną PGM1 ufosforylowanego przez H11 i stwierdzamy, że fosfo-H11 aktywuje PGM1 przynajmniej częściowo poprzez promowanie wiązania 3-fosfoglicerynianu substratu. Ponadto fosforylacja Y26 PGM1 jest powszechna w ludzkich komórkach nowotworowych i przyczynia się do regulacji poziomu 3-fosfoglicerynianu i 2-fosfoglicerynianu, promując proliferację komórek rakowych i wzrost guza. Ponieważ PGAM1 jest negatywnym celem transkrypcyjnym TP53, a zatem jest powszechnie podwyższony w ludzkich nowotworach, odkrycia te sugerują, że fosforylacja Y26 stanowi dodatkowy ostry mechanizm leżący u podstaw regulacji w górę mutazy 1 fosfoglicerynianowej.


title: Przestrzenne i czasowe klastrowanie transmisji wirusa dengi w wioskach tajlandzkich

text: TŁO Wiadomo, że przenoszenie wirusów dengi (DENV), głównej przyczyny choroby arbowirusowej na całym świecie, zmienia się w czasie i przestrzeni, prawdopodobnie z powodu kombinacji czynników związanych z ludzkim gospodarzem, wirusem, wektorem komarów i środowiskiem. Lepsze zrozumienie zmienności wzorców przenoszenia ma zasadnicze znaczenie dla prowadzenia nadzoru i wdrażania strategii zapobiegania chorobom. Aby przetestować hipotezę, że transmisja DENV jest zogniskowana przestrzennie i czasowo, porównaliśmy cechy geograficzne i czasowe w tajlandzkich wioskach, w których DENV jest i nie jest aktywnie przenoszony. METODY I WYNIKI Badania skupień przeprowadzono w obrębie 100 m od domów, w których dzieci z gorączką z (skupienia dodatnie) i bez (skupienia ujemne) ostrej dengi żyły podczas dwóch sezonów szczytowej transmisji DENV. Dane dotyczące infekcji u ludzi i infekcji/gęstości komarów zostały zbadane w celu dokładnego (1) zdefiniowania przestrzennych i czasowych wymiarów transmisji DENV, (2) skorelowania tych czynników ze zmiennością transmisji DENV oraz (3) określenia obciążenia niejawnymi i objawowymi infekcjami . Spośród 556 wiejskich dzieci zapisanych jako sąsiedzi 12 przypadków z dodatnim wskaźnikiem dengi i 22 z ujemnym wskaźnikiem dengi, wszystkie 27 zakażeń DENV (4,9% zarejestrowanych) wystąpiło w klastrach dodatnich (p < 0,01; ryzyko przypisywane [AR] = 10,4 na 100; 95 % przedział ufności 1-19,8 na 100]. W klastrach dodatnich 12,4% zarejestrowanych zostało zakażonych w okresie 15 dni, a zakażenia DENV były agregowane centralnie w pobliżu domów przypadków indeksowych. Tylko 1 z 217 par próbek serologicznych przebadanych klastry ujawniły niedawną infekcję DENV, która wystąpiła przed inicjacją klastra, przypisujemy obserwowaną transmisję DENV po badaniu klastra niedawnej aktywności transmisji DENV.Spośród 1022 zebranych dorosłych samic Ae. z domów w skupiskach dodatnich, brak w skupiskach kontrolnych lub szkołach Cechami odróżniającymi skupienia dodatnie i ujemne były większa dostępność wody wodociągowej w skupiskach ujemnych (p < 0,01) oraz gre ter liczba Ae. poczwarki aegypti na osobę w skupieniach dodatnich (p = 0,04). Podczas głównie sezonów przenoszenia DENV-4 stosunek zakażeń jawnych do objawowych wynosił prawie 1:1 wśród dzieci. Ograniczenia badania obejmowały niemożność pobrania próbek od wszystkich dzieci i komarów w ramach każdego klastra oraz naszą zależność od serologicznych, a nie wirusologicznych, dowodów na infekcje interwałowe u uczestników biorących udział w ograniczeniach częstotliwości pobierania krwi u dzieci. WNIOSKI Nasze dane ujawniają niezwykle ogniskową naturę transmisji DENV na hiperendemicznym obszarze wiejskim Tajlandii. Dane te sugerują, że aktywne wykrywanie przypadków dengi w szkołach, powodujące lokalne opryski, może ograniczyć niedawne wprowadzenie wirusa i zmniejszyć ryzyko rozprzestrzeniania się wirusa na obszarach wiejskich. Nasze wyniki powinny skłonić przyszłe badania klastrowe do zbadania, w jaki sposób aspekty odpornościowe i behawioralne gospodarza mogą wpływać na strategie przenoszenia i zapobiegania DENV. Metodologia klastrowa może służyć jako użyteczne narzędzie badawcze do badania innych chorób zakaźnych skupionych czasowo i przestrzennie.


title: Wtórne interakcje synaptyczne limfocytów T z limfocytami T napędzają różnicowanie ochronnych limfocytów T CD8+

text: Immunizacja powoduje zróżnicowanie komórek T CD8+ tak, że nabywają one zdolności efektorowe i przekształcają się w pulę pamięci. Pobudzenie komórek T odbywa się poprzez synapsę immunologiczną utworzoną z komórki prezentującej antygen (APC). Zaburzając stabilność synaptyczną w różnych momentach, odkryliśmy, że różnicowanie limfocytów T CD8+ wymaga interakcji komórkowych poza tymi uzyskanymi z APC. Zidentyfikowaliśmy krytyczny okres różnicowania, który wymagał interakcji między napiętymi limfocytami T. Odkryliśmy, że synapsy limfocytów T i limfocytów T odgrywają główną rolę w generowaniu ochronnej pamięci limfocytów T CD8+. Synapsy limfocytów T i limfocytów T umożliwiły limfocytom T polaryzację krytycznego wydzielania interferonu-γ (IFN-γ) względem siebie. Wspólna aktywacja i tworzenie klastrów homotypowych napędzały współdzielenie cytokin i działały jako bodźce regulacyjne dla różnicowania limfocytów T.


title: Demetylaza histonowa H3 Lizyno-27 Jmjd3 łączy stan zapalny z hamowaniem wyciszania genów za pośrednictwem Polycomb

text: Epigenetyczne znaczniki chromatyny ograniczają zdolność zróżnicowanych komórek do zmiany programów ekspresji genów w odpowiedzi na sygnały środowiskowe i transdyferencjacji. Białka grupy Polycomb (PcG) pośredniczą w wyciszaniu genów i hamują transdyferencjację w sposób zależny od trimetylacji histonu H3 lizyny 27 (H3K27me3). Jednak makrofagi migrujące do tkanek objętych stanem zapalnym mogą ulegać transdyferencjacji, ale nie wiadomo, czy stan zapalny zmienia wyciszanie zależne od PcG. Tutaj pokazujemy, że białko Jmjd3 domeny JmjC jest demetylazą H3K27me eksprymowaną w makrofagach w odpowiedzi na produkty bakteryjne i cytokiny zapalne. Jmjd3 wiąże geny docelowe PcG i reguluje ich poziomy H3K27me3 oraz aktywność transkrypcyjną. Odkrycie indukowalnego enzymu, który usuwa znacznik histonowy kontrolujący różnicowanie i tożsamość komórki, zapewnia powiązanie między zapaleniem a przeprogramowaniem epigenomu, co może być podstawą plastyczności makrofagów i może wyjaśniać nieprawidłowości różnicowania w przewlekłym zapaleniu.


title: Apolipoproteina E i miażdżyca: poza efektem lipidowym.

text: U ludzi apolipoproteina E (apoE) jest polimorficznym wielofunkcyjnym białkiem.1 Jest kodowana przez trzy allele (e2, e3, e4) genu modulującego (gen poziomu, zmienności i wrażliwości) w locus apoE na chromosomie 19, określając sześć genotypów apoE i fenotypów osocza. Jej plejotropowe działanie wywiera wpływ na metabolizm lipoprotein w osoczu, krzepnięcie, procesy oksydacyjne, makrofagi, homeostazę komórek glejowych i neuronalnych, czynność nadnerczy, fizjologię ośrodkowego układu nerwowego, stan zapalny i proliferację komórek.2,3 Polimorfizm ApoE moduluje podatność na wiele chorób. Jest jednak szczególnie znany ze swojej roli w chorobach neurodegeneracyjnych4 i miażdżycowej miażdżycy tętnic.5,6 Uwzględnia się allel e4 (fenotypy E4/4 i E4/3), który jest powiązany z wyższym poziomem cholesterolu LDL-C. proaterogenne, podczas gdy obecność allelu e2 (E3/2, E2/2), związanego z niższymi poziomami LDL-C, ma odwrotny skutek (chociaż może to być związane ze wzrostem triglicerydów w osoczu i pozostałości lipoproteinowych). To proste równanie jest jednak nadmiernym uproszczeniem, ponieważ właściwości te podlegają wielu wpływom środowiskowym i genetycznym. ApoE ma zależny od alleli i płci wpływ na odwrotny transport cholesterolu, agregację płytek krwi i procesy oksydacyjne, które prawdopodobnie wpływają na ogólny potencjał aterogenny przypisywany modulacji metabolizmu lipoprotein.2,3,6 analiza w pełni potwierdza obecność allelu e4 jako istotnego czynnika ryzyka choroby wieńcowej.7 Przywołano kilka mechanizmów łączących apoE z miażdżycą, ale związek ten nie jest w pełni wyjaśniony u ludzi. Niemniej jednak niektóre peptydy naśladujące apoE, które promują usuwanie LDL, są obecnie testowane na zwierzętach pod kątem potencjalnych zastosowań klinicznych.8,9 Patrz strona 436. Sytuacja jest stosunkowo prostsza u zwierząt. Model myszy okazał się szczególnie przydatny do testowania mechanizmów…


title: Wyzyskujący i hierarchiczny antagonizm w kooperatywnej bakterii

text: Organizmy społeczne, które współpracują z niektórymi członkami własnego gatunku, takimi jak bliscy krewni, mogą nie współpracować z innymi genotypami tego samego gatunku. Taka odmowa współpracy może przybrać formę jawnego antagonizmu lub wyzysku społecznego. Myxococcus xanthus jest wysoce społecznym prokariontem, który wspólnie rozwija się w zarodnikowe, wielokomórkowe owocniki w odpowiedzi na głód. W tym miejscu scharakteryzowaliśmy charakter interakcji społecznych między dziewięcioma sprawnymi rozwojowo szczepami M. xanthus izolowanymi z odległych przestrzennie lokalizacji. Szczepy rywalizowały ze sobą we wszystkich możliwych kombinacjach parami podczas rozwoju wywołanego głodem. W większości par, co najmniej jeden konkurent wykazywał silny antagonizm w stosunku do swojego partnera, a większość mieszanek wykazywała dwukierunkowy antagonizm, który zmniejszał całkowitą produkcję zarodników, nawet do tego stopnia, że doprowadzał całe populacje do wyginięcia. Zróżnicowana odpowiedź na mieszanie była głównym wyznacznikiem przewagi konkurencyjnej, a nie wydajności sporulacji populacji niemieszanych. W niektórych konkurencyjnych parach, dominujący partner zarodnikował skuteczniej w mieszanych populacjach niż w izolacji klonalnej. Odkrycie to reprezentuje nową formę eksploatacji w bakteriach prowadzoną przez społecznie kompetentne genotypy i jest pierwszą dokumentacją społecznej eksploatacji wśród naturalnych izolatów bakterii. Wzorce antagonistycznej przewagi wśród tych szczepów tworzą wysoce liniową hierarchię dominacji. Przynajmniej niektóre pary współzawodniczące tworzą chimeryczne, a nie segregowane, owocniki. Kooperatywny prokariota M. xanthus rozdzielił się na dużą liczbę odrębnych typów społecznych, które współpracują z towarzyszami klonów, ale wykazują silny antagonizm w stosunku do różnych typów społecznych tego samego gatunku. Większość długotrwałych wydarzeń migracyjnych w naturze może zatem skutkować silnym antagonizmem między populacjami migrującymi i osiadłymi, a ten antagonizm może mieć duży wpływ na wielkość i dynamikę lokalnej populacji. Intensywny wzajemny antagonizm wydaje się być bardziej rozpowszechniony w tym społecznym gatunku prokariotycznym niż zaobserwowano w eukariotycznej społecznej śluzowacie Dictyostelium discoideum, która również wykazuje rozwój wielokomórkowy. Odkrycie kilku przypadków fakultatywnej eksploatacji społecznej wśród tych naturalnych izolatów sugeruje, że taka eksploatacja może często występować w naturze u wielu prokariontów o cechach kooperatywnych.


title: Warunki zdrowia psychicznego wśród pacjentów poszukujących i przechodzących operację bariatryczną: metaanaliza.

text: ZNACZENIE Chirurgia bariatryczna wiąże się z trwałą utratą masy ciała i poprawą stanu zdrowia fizycznego u osób z ciężką otyłością. Stany zdrowia psychicznego mogą być powszechne wśród pacjentów zgłaszających się do operacji bariatrycznej; jednak częstość występowania tych stanów i ich związek z pooperacyjnymi wynikami pozostaje nieznana. CEL Określenie częstości występowania schorzeń psychicznych wśród kandydatów i biorców operacji bariatrycznej, ocena związku między przedoperacyjnymi schorzeniami psychicznymi a wynikami zdrowotnymi po operacji bariatrycznej oraz ocena związku między operacją a klinicznym przebiegiem schorzeń psychicznych. ŹRÓDŁA DANYCH Przeszukaliśmy PubMed, MEDLINE na OVID i PsycINFO w poszukiwaniu badań opublikowanych między styczniem 1988 r. a listopadem 2015 r. Jakość badania oceniono za pomocą zaadaptowanego narzędzia do oceny ryzyka błędu systematycznego; jakość dowodów oceniono na podstawie kryteriów GRADE (Grading of Recommendations Assessment, Development and Evaluation). WYNIKI Zidentyfikowaliśmy 68 publikacji spełniających kryteria włączenia: 59 opisujących występowanie przedoperacyjnych schorzeń psychicznych (65 363 pacjentów) i 27 zgłaszających powiązania między przedoperacyjnymi schorzeniami psychicznymi a wynikami pooperacyjnymi (50 182 pacjentów). Wśród pacjentów zgłaszających się do operacji bariatrycznej i przechodzących ją, najczęstszymi schorzeniami psychicznymi, opartymi na szacunkach częstości występowania efektów losowych, były depresja (19% [95% CI, 14%-25%]) i zaburzenia objadania się (17% [95] % CI, 13%-21%]). Istniały sprzeczne dowody dotyczące związku między przedoperacyjnymi stanami zdrowia psychicznego a pooperacyjną utratą masy ciała. Ani depresja, ani zaburzenie z napadami objadania się nie były konsekwentnie związane z różnicami w wynikach wagi. Chirurgia bariatryczna była jednak konsekwentnie związana z pooperacyjnym zmniejszeniem częstości występowania depresji (7 badań; spadek o 8%-74%) oraz nasilenia objawów depresji (6 badań; spadek o 40%-70%). WNIOSKI I ISTOTNOŚĆ U pacjentów po zabiegach bariatrycznych często występują problemy ze zdrowiem psychicznym, w szczególności depresja i zaburzenia z napadami objadania się. Istnieją niespójne dowody dotyczące związku między przedoperacyjnymi schorzeniami psychicznymi a pooperacyjną utratą masy ciała. Dane naukowe umiarkowanej jakości potwierdzają związek między chirurgią bariatryczną a niższymi wskaźnikami depresji pooperacyjnej.


title: Jądrowy efektor sygnalizacji Wnt, Tcf1, działa jako supresor nowotworu swoisty dla komórek T w rozwoju chłoniaków

text: Czynnik HMG-box Tcf1 jest wymagany podczas rozwoju komórek T w grasicy i pośredniczy w odpowiedzi jądrowej na sygnały Wnt. Myszy Tcf1(-/-) zostały wcześniej scharakteryzowane i wykazują blokadę rozwojową przy przejściu z CD4-CD8- podwójnie negatywne (DN) do CD4+CD8+ podwójnie pozytywne. Z powodu blokad w rozwoju komórek T, myszy Tcf1(-/-) zwykle mają bardzo małą grasicę. Nieoczekiwanie, duża część myszy Tcf1(-/-) spontanicznie rozwija chłoniaki grasicy, przy czym 50% myszy rozwija chłoniaka/białaczkę grasicy w wieku 16 tygodni. Te chłoniaki są klonalne, silnie przerzutowe i paradoksalnie wykazują wysoką sygnalizację Wnt po skrzyżowaniu z myszami reporterowymi Wnt i wykazują wysoką ekspresję docelowych genów Wnt Lef1 i Aksyna2. W tymocytach typu dzikiego Tcf1 jest silniej wyrażany niż Lef1, z przewagą izoform hamujących Wnt. Utrata Tcf1 jako represora Lef1 prowadzi do wysokiej aktywności Wnt i jest zdarzeniem inicjującym rozwój chłoniaka, który jest zaostrzany przez aktywację mutacji Notch1. Tak więc Notch1 i utrata Tcf1 działają funkcjonalnie jako współpracujące zdarzenia onkogenne. Niedobór Tcf1 predysponuje do rozwoju chłoniaków grasicy poprzez ektopową regulację w górę Lef1 z powodu braku izoform represyjnych Tcf1 i często przez współpracujące mutacje aktywujące w Notch1. Tcf1 działa zatem jako gen supresorowy nowotworu specyficzny dla komórek T, oprócz swojej ustalonej roli jako czynnika transkrypcyjnego reagującego na Wnt. Tak więc Tcf1 działa jako molekularny przełącznik między sygnałami proliferacyjnymi i represyjnymi podczas rozwoju limfocytów T w grasicy.


title: Aktywatorowa kontrola zajętości nukleosomu w aktywacji i tłumieniu transkrypcji

text: Związek między strukturą chromatyny a ekspresją genów jest przedmiotem intensywnych badań. Uniwersalny aktywator transkrypcji Gal4 usuwa nukleosomy promotorowe, ponieważ wyzwala transkrypcję, ale sposób, w jaki to robi, pozostaje niejasny. Proces odwrotny, tłumienie transkrypcji, często jest skorelowany z obecnością nukleosomów. Nie wiadomo jednak, czy do tego efektu potrzebne są nukleosomy. Nowy test ilościowy opisuje, dla dowolnej lokalizacji, frakcję cząsteczek DNA w populacji, która niesie nukleosom w danym momencie. To pozwala nam śledzić przebiegi czasowe usuwania i ponownego tworzenia nukleosomów w komórkach typu dzikiego i zmutowanych, po aktywacji (przez galaktozę) i represji (przez glukozę) genów GAL drożdży. Pokazujemy, że po uwolnieniu od swojego inhibitora Gal80 przez działanie galaktozy, Gal4 szybko rekrutuje SWI/SNF do genów, a ten „remodeler” nukleosomu szybko usuwa nukleosomy promotorowe. W przypadku braku SWI/SNF działanie Gal4 powoduje również usunięcie nukleosomów i aktywację transkrypcji, ale oba procesy są znacznie opóźnione. Dodatek glukozy do komórek rosnących w galaktozie hamuje transkrypcję. Ale jeśli galaktoza pozostaje obecna, Gal4 nadal działa, rekrutując SWI/SNF i utrzymując wolną od nukleosomu promotora, pomimo jego stłumienia. To wymaganie dla galaktozy jest ominięte w mutancie, w którym Gal4 działa konstytutywnie. Wyniki te pokazują, w jaki sposób funkcja rekrutacyjna aktywatora może kontrolować strukturę chromatyny zarówno podczas aktywacji, jak i represji genów. Tak więc, zarówno w warunkach aktywacji, jak i represji, aktywator może rekrutować maszynę enzymatyczną, która usuwa nukleosomy promotorowe. Nasze wyniki pokazują, że podczas gdy usuwanie nukleosomów promotorowych niezmiennie towarzyszy aktywacji, reformacja nukleosomów nie jest wymagana do represji. Odkrycie, że istnieją dwie drogi usuwania nukleosomów i aktywacji transkrypcji – jedna, która wymaga działania SWI/SNF rekrutowanego przez aktywator, oraz wolniejsza, która nie wyjaśnia naszej wiedzy na temat wczesnych zdarzeń aktywacji genów oraz szczególnie koryguje wcześniejsze doniesienia, że SWI/SNF nie odgrywa żadnej roli w indukcji genu GAL. Nasze odkrycie, że struktura chromatyny jest nieistotna dla represji, jak tutaj badano – to znaczy, że represja zachodzi równie skutecznie, czy pozwala się na reformowanie nukleosomów promotorowych, czy też nie – przeczy szeroko rozpowszechnionej, ale mało przetestowanej idei, że nukleosomy są wymagane do represji. Te odkrycia były możliwe dzięki naszemu testowi zajętości nukleosomów. Uważamy, że test ten okaże się przydatny w badaniu innych nierozstrzygniętych kwestii w tej dziedzinie.