title: Zmutowany KRAS jest wrażliwym na leki celem raka trzustki.

text: Gruczolakorak przewodowy trzustki (PDA) stanowi niespotykane wyzwanie terapeutyczne. PDA jest uzależniony od aktywności zmutowanego onkogenu KRAS, który do tej pory uważany jest za nieunikniony cel terapeutyczny. Proponujemy podejście do skutecznego celowania w KRAS u pacjentów stosujących interferencję RNA. Aby sprostać temu wyzwaniu, opracowaliśmy lokalny system przedłużonego dostarczania siRNA (Local Drug EluteR, LODER) wydzielający siRNA przeciwko zmutowanemu KRAS (siG12D LODER). SiG12D LODER oceniono pod kątem jego właściwości strukturalnych, uwalniania i dostarczania in vitro i in vivo. Wpływ siG12D LODER na wzrost guza oceniano w s.c. i ortotopowe modele myszy. Efekt wyciszania KRAS był dalej oceniany na szlaku sygnałowym KRAS downstream. SiRNA kapsułkowany LODER był stabilny i aktywny in vivo przez 155 dni. Traktowanie komórek PDA siG12D LODER skutkowało znacznym spadkiem poziomu KRAS, co prowadziło do zahamowania proliferacji i przejścia nabłonkowo-mezenchymalnego. In vivo siG12D LODER hamował wzrost ludzkich komórek guza trzustki i przedłużał przeżycie myszy. Przedstawiamy odtwarzalną i bezpieczną platformę dostarczania opartą na miniaturowej biodegradowalnej matrycy polimerowej do kontrolowanego i przedłużonego dostarczania siRNA. Technologia ta zapewnia następujące korzyści: (i) siRNA jest chronione przed degradacją; (ii) siRNA jest powoli uwalniane lokalnie w guzie przez dłuższe okresy; oraz (iii) siG12D LODER wywołuje efekt terapeutyczny, wykazując w ten sposób, że zmutowany KRAS jest rzeczywiście celem podatnym na działanie leków.


title: Trimmomatic: elastyczny trymer do danych sekwencji Illumina

text: MOTYWACJA Chociaż istniało już wiele narzędzi do wstępnego przetwarzania odczytu sekwencjonowania nowej generacji (NGS), nie mogliśmy znaleźć żadnego narzędzia lub kombinacji narzędzi, które spełniałyby nasze wymagania pod względem elastyczności, prawidłowej obsługi sparowanych danych i wysokiej wydajności. Opracowaliśmy Trimmomatic jako bardziej elastyczne i wydajne narzędzie do wstępnego przetwarzania, które może poprawnie obsługiwać dane sparowane. WYNIKI Wartość wstępnego przetwarzania odczytu NGS jest prezentowana zarówno dla zadań opartych na referencjach, jak i bez referencji. We wszystkich testowanych scenariuszach wykazano, że Trimmomatic zapewnia co najmniej konkurencyjność, a w wielu przypadkach nawet lepszą niż w przypadku innych narzędzi. DOSTĘPNOŚĆ I WDROŻENIE Trimmomatic jest objęty licencją GPL V3. Jest to platforma wieloplatformowa (wymagana Java 1.5+) i dostępna pod adresem http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic KONTAKT usadel@bio1.rwth-aachen.de INFORMACJE DODATKOWE Dodatkowe dane są dostępne pod adresem Bioinformatyka w Internecie.


title: Podstawy PD-1 w samotolerancji, infekcji i odporności na raka

text: Skuteczne leczenie raka wymaga zrozumienia odpowiedzi immunologicznej gospodarza na komórki nowotworowe. PD-1 należy do nadrodziny receptorów CD28, które działają jako „punkty kontrolne” aktywacji immunologicznej. PD-1 utrzymuje samotolerancję immunologiczną, aby zapobiec autoimmunizacji i kontroluje reakcję komórek T podczas infekcji, aby zapobiec nadmiernemu uszkodzeniu tkanki. Komórki nowotworowe powstające z normalnej tkanki nabywają mutacje, które mogą być celem limfocytów. Zgromadzone dowody sugerują, że komórki nowotworowe unikają ataku immunologicznego gospodarza poprzez ekspresję fizjologicznych ligandów PD-1 i stymulowanie PD-1 na limfocytach. Opierając się na tym pomyśle, naukowcy z powodzeniem wykazali, że ogólnoustrojowe podawanie przeciwciał monoklonalnych, które hamują wiązanie PD-1 z ligandami, reaktywowało limfocyty T i wzmacniało przeciwnowotworową odpowiedź immunologiczną. W tym przeglądzie podsumowuję podstawy biologii limfocytów T i ich regulacji przez PD-1 oraz omawiam aktualne zrozumienie i pytania dotyczące tej wieloaspektowej cząsteczki.


title: Dysocjacja podtypów receptorów β1- i β2-adrenergicznych w odzyskiwaniu pamięci związanej z kokainą.

text: Poszukiwanie narkotyków jest podtrzymywane przez spotkania ze wskazówkami związanymi z narkotykami, a zakłócanie odzyskiwania tych skojarzeń z narkotykami zmniejszyłoby ryzyko nawrotu. Odzyskiwanie wspomnień związanych z kokainą jest zależne od aktywacji receptora β-adrenergicznego (β-AR), a zablokowanie tych receptorów indukuje trwały deficyt w odzyskiwaniu. Nie jest jednak jasne, czy w odzyskiwaniu pamięci związanej z kokainą pośredniczy określony podtyp β-AR. Stosując procedurę preferencji miejsca uwarunkowanej kokainą (CPP), zbadaliśmy, czy w odzyskaniu kokainowej pamięci CPP pośredniczą wspólnie receptory β1- i β2-AR, czy też tylko jeden z tych podtypów β-AR. Pokazujemy, że wspólna blokada receptorów β1- i β2-AR znosiła ekspresję CPP w tym i późniejszych testach CPP bez leku, co prowadziło do długotrwałego deficytu w odzyskiwaniu, co zapobiegało ponownemu wywołaniu kokainy. Aby oddzielić konieczność stosowania samych β1- lub β2-AR, przed pobraniem podawaliśmy antagonistów specyficznych dla podtypu. Podawanie antagonisty β1-AR przed wstępną próbą CPP zależnie od dawki zmniejszyło ekspresję CPP w tym i kolejnych próbach bez leku w porównaniu z podawaniem nośnika. Przeciwnie, podawanie antagonisty β2-AR nie miało wpływu na początkową ekspresję CPP, chociaż najwyższa dawka zmniejszała późniejszą ekspresję CPP. Co ważne, blokada β1- lub β2-AR przed wstępnym badaniem odzyskania zapobiegała ponownemu wywołaniu kokainy. Nasze odkrycia wskazują, że podtyp β1-AR pośredniczy w odzyskiwaniu kokainowego CPP i że ostre blokowanie β1- lub β2-AR może zapobiec ponownemu wywołaniu kokainy. Tak więc, antagoniści β-AR, szczególnie antagoniści β1-AR, mogą służyć jako dodatki w terapiach uzależnień, aby zapobiegać odzyskiwaniu wspomnień związanych z narkotykami i zapewniać ochronę przed nawrotami.


title: Sieci zrębowe bogate w podoplaninę indukują ruchliwość komórek dendrytycznych poprzez aktywację receptora lektynowego typu C CLEC-2

text: Aby zainicjować odporność nabytą, komórki dendrytyczne (DC) przemieszczają się z tkanek miąższowych do narządów limfatycznych, migrując wzdłuż rusztowań zrębowych, które prezentują glikoproteinę podoplaninę (PDPN). PDPN jest wyrażana przez limfatyczne komórki śródbłonka i fibroblastyczne komórki siateczki i promuje oddzielanie krwi od limfy podczas rozwoju poprzez aktywację receptora lektynowego typu C, CLEC-2, na płytkach krwi. Tutaj opisujemy rolę CLEC-2 w zachowaniu morfodynamicznym i ruchliwości DC. Niedobór CLEC-2 w DC osłabił ich wnikanie do układu limfatycznego i przemieszczanie się do węzłów chłonnych i wewnątrz nich, zmniejszając tym samym pobudzanie komórek T. Zaangażowanie CLEC-2 w PDPN było konieczne, aby DC mogły rozprzestrzeniać się i migrować wzdłuż powierzchni zrębu i było wystarczające do wywołania występów błony. Aktywacja CLEC-2 wywołała rozprzestrzenianie się komórek poprzez regulację w dół aktywności RhoA i fosforylację lekkiego łańcucha miozyny i wywołała bogate w F-aktynę występy poprzez sygnalizację Vav i aktywację Rac1. Zatem aktywacja CLEC-2 przez PDPN zmienia układ cytoszkieletu aktynowego w DC, aby promować wydajną ruchliwość wzdłuż powierzchni zrębu.


title: Umowa o odpowiedzialności zdrowia publicznego: pośredniczenie w umowie na rzecz zdrowia publicznego, ale na jakich warunkach?

text: UNLABELLED Koalicje międzynarodowych firm zajmujących się żywnością i napojami zobowiązały się do przeformułowania swoich produktów i odpowiedzialnego ich wprowadzania na rynek. Zakwestionowano uczciwość tych dobrowolnych inicjatyw, w dużej mierze prowadzonych przez biznes i samoregulujących się. Umowa o odpowiedzialności zdrowia publicznego w Anglii jest przykładem dobrowolnej inicjatywy kierowanej przez rząd. Czy takie podejście dostarcza dowodów na to, że przywództwo publiczne może prowadzić dobrowolne działania do osiągnięcia znaczących wyników dla zdrowia publicznego? METODY Przedmiotem badań jest inicjatywa redukcji kalorii w ramach Responsibility Deal. Materiał źródłowy uzyskano głównie w wyniku serii próśb o wolność informacji w Wielkiej Brytanii i obejmuje niepublikowaną wcześniej dokumentację Departamentu Zdrowia dotyczącą odpowiednich spotkań, które odbyły się w latach 2011 i 2012. WYNIKI Podejście Responsibility Deal do redukcji kalorii celowo włącza przemysł spożywczy w specyfikację środki, które ma wdrożyć (przeformułowanie i kontrola porcji). Znalezienie wspólnej płaszczyzny między interesami prywatnymi i publicznymi spowodowało odchylenie celów zdrowia publicznego i wykluczenie odpowiedniego monitorowania i oceny. WNIOSKI Podejście do umowy o odpowiedzialności jest fundamentalnie błędne, ponieważ oczekuje, że przemysł podejmie dobrowolne działania, które stawiają interesy zdrowia publicznego nad priorytetem. Bycie kierowaną przez rząd niewiele znaczy w przypadku braku sankcji mających na celu przestrzeganie przepisów. Zamiast tego inicjatywa daje prywatnym interesom możliwość wpływania na ich korzyść na politykę i strategie zdrowia publicznego, które mają wpływ na ich produkty.


title: Rola naprężeń ścinających śródbłonka w naturalnej historii miażdżycy naczyń wieńcowych i przebudowie naczyń: zachowanie molekularne, komórkowe i naczyniowe.

text: Mimo że całe drzewo wieńcowe jest narażone na miażdżycowe działanie ogólnoustrojowych czynników ryzyka, zmiany miażdżycowe tworzą się w określonych rejonach tętnic, gdzie występuje niski i oscylacyjny naprężenie śródbłonkowe (ESS). Niski ESS moduluje ekspresję genów śródbłonka poprzez złożone procesy mechanorecepcji i mechanotransdukcji, indukując fenotyp aterogenny śródbłonka i tworzenie wczesnej blaszki miażdżycowej. Każda wczesna płytka wykazuje indywidualną naturalną historię progresji, regresji lub stabilizacji, która zależy nie tylko od powstawania i progresji miażdżycy, ale także od odpowiedzi przebudowy naczyń. Chociaż mechanizmy patofizjologiczne zaangażowane w przebudowę ściany miażdżycowej nie są w pełni poznane, prawdopodobnie istotna jest dynamiczna zależność między lokalnym środowiskiem hemodynamicznym, w szczególności niskim ESS, a biologią ściany. W niniejszym przeglądzie analizujemy procesy molekularne, komórkowe i naczyniowe wspierające rolę niskiego ESS w naturalnej historii miażdżycy naczyń wieńcowych i przebudowie naczyń oraz wskazujemy prawdopodobne mechanizmy dotyczące różnych trajektorii historii naturalnej poszczególnych zmian wieńcowych. Blaszki miażdżycowe związane z nadmierną ekspansywną przebudową ewoluują w blaszki wysokiego ryzyka, ponieważ utrzymują się stany niskiego ESS, co sprzyja ciągłej lokalnej akumulacji lipidów, zapaleniu, stresowi oksydacyjnemu, rozpadowi macierzy i ostatecznie dalszej progresji blaszek i nadmiernej ekspansywnej przebudowie. Lepsze zrozumienie procesów patobiologicznych odpowiedzialnych za miażdżycę i przebudowę naczyń może pozwolić na wczesną identyfikację blaszki wieńcowej wysokiego ryzyka, a tym samym dostarczyć uzasadnienia dla innowacyjnych strategii diagnostycznych i/lub terapeutycznych w postępowaniu z pacjentami wieńcowymi i zapobieganiu ostrym zespołom wieńcowym .


title: Robaki Schistosoma mansoni wywołują anergię limfocytów T poprzez selektywną regulację w górę liganda programowanej śmierci 1 na makrofagach.

text: Zakaźne patogeny mogą selektywnie stymulować aktywację lub supresję limfocytów T, aby ułatwić ich przeżycie u ludzi. W tym badaniu pokazujemy, że pasożyt przywr Schistosoma mansoni wyewoluował z dwoma różnymi mechanizmami tłumienia aktywacji limfocytów T. Podczas początkowych 4- do 12-tygodniowych ostrych stadiów infekcji robakami, zarówno limfocyty T CD4(+), jak i CD8(+) ulegają anergii. W przeciwieństwie do tego, infekcja samcami i samicami robaków indukowała anergię komórek T w 4 tygodniu, która została zastąpiona po złożeniu jaj przez supresję komórek T poprzez znany mechanizm zależny od NO, który wykryto do 40 tygodni po infekcji. W anergii wywołanej przez robaki pośredniczyły makrofagi śledziony F4/80(+) (Mphi) za pośrednictwem IL-4-, IL-13-, IL-10-, TGF-beta- i NO-niezależnej, ale zależnej od kontaktu komórkowego , mechanizm. Wykazano, że F4/80(+) Mphi wyizolowane z myszy zarażonych robakami indukuje anergię naiwnych limfocytów T in vitro. Ponadto, naiwne Mphi wystawione na żywe robaki in vitro również indukowało anergię w naiwnych limfocytach T. Cytometria przepływowa na Mphi modulowanych przez robaki in vivo i in vitro ujawniła, że z rodziny cząsteczek kostymulujących B7, tylko ligand 1 zaprogramowanej śmierci (PD-L1) był selektywnie regulowany w górę. Dodanie hamującego mAb przeciwko PD-L1, ale nie PD-L2, do modulowanego przez robaki Mphi całkowicie zablokowało zdolność tych komórek do anergizacji limfocytów T. Dane te podkreślają nowy mechanizm, dzięki któremu robaki S. mansoni uzurpują sobie naturalną funkcję PD-L1 polegającą na zmniejszeniu aktywacji limfocytów T we wczesnych ostrych stadiach infekcji przed późniejszym pojawieniem się indukowanej przez jaja supresji limfocytów T w przewlekłych stadiach infekcji.


title: Rozmrażanie zamrożonej, solidnej analizy wielomacierzowej (fRMA)

text: TŁO Ostatnio opracowano nową metodę wstępnego przetwarzania mikromacierzy — zamrożoną, solidną analizę wielomacierzową (fRMA). Algorytm ten pozwala użytkownikowi na indywidualne przetwarzanie wstępne tablic, zachowując jednocześnie zalety metod wstępnego przetwarzania wielomacierzowego. Oszacowania zamrożonych parametrów wymagane przez ten algorytm są generowane przy użyciu dużej bazy danych publicznie dostępnych tablic. Kuracja takiej bazy danych i tworzenie zamrożonych oszacowań parametrów jest czasochłonne; dlatego fRMA została zaimplementowana tylko na najczęściej używanych platformach Affymetrix. WYNIKI Prezentujemy pakiet R, frmaTools, który pozwala użytkownikowi na szybkie tworzenie własnych zamrożonych wektorów parametrów. Opisujemy, w jaki sposób ten pakiet pasuje do przepływu pracy wstępnego przetwarzania i badamy rozmiar zestawu danych uczących potrzebnego do generowania wiarygodnych oszacowań zamrożonych parametrów. Następnie następuje omówienie konkretnych sytuacji, w których można chcieć stworzyć własną implementację fRMA. W przypadku kilku konkretnych scenariuszy pokazujemy, że fRMA działa dobrze nawet wtedy, gdy duża baza danych tablic jest niedostępna. WNIOSKI Pozwalając użytkownikowi na łatwe tworzenie własnej implementacji fRMA, pakiet frmaTools znacznie zwiększa użyteczność algorytmu fRMA. Pakiet frmaTools jest dostępny bezpłatnie w ramach projektu Bioconductor.


title: Represor transkrypcyjny Blimp-1 jest niezbędny dla homeostazy komórek T i samotolerancji

text: Homeostaza limfocytów T ma kluczowe znaczenie dla funkcjonalnego układu odpornościowego, ponieważ akumulacja limfocytów T wynikająca z braku regulatorowych limfocytów T lub niezdolności do wyłączenia odpowiedzi immunologicznych może prowadzić do stanu zapalnego i patologii autoimmunologicznej. Tutaj pokazujemy, że Blimp-1, represor transkrypcji, który jest „głównym regulatorem” różnicowania terminalnych komórek B, ulegał ekspresji w podzbiorze limfocytów T CD4+ i CD8+ doświadczających antygenu. U myszy z rekonstytucją płodowych komórek macierzystych wątroby, w których zachodzi ekspresja mutanta Blimp-1 pozbawionego domeny wiążącej DNA, rozwinęła się śmiertelna wielonarządowa choroba zapalna spowodowana nagromadzeniem efektorowych i limfocytów T pamięci. Dane te identyfikują Blimp-1 jako niezbędny regulator homeostazy komórek T i sugerują, że Blimp-1 reguluje zarówno różnicowanie komórek B, jak i komórek T.


title: Repozycja jądrowa promotora VSG podczas wyciszania rozwojowego w Trypanosoma brucei

text: Międzyfazowa repozycja jądrowa chromosomów jest zaangażowana w epigenetyczną regulację transkrypcji polimerazy RNA (pol) II. Jednak niewiele wiadomo na temat zależnej od pozycji jądrowej regulacji loci transkrybowanych RNA pol I. Trypanosoma brucei jest doskonałym systemem modelowym do odpowiedzi na to pytanie, ponieważ jego dwa główne geny białek powierzchniowych, procyklina i wariant glikoproteiny powierzchniowej (VSG), podlegają transkrypcji przez pol I i podlegają różnym zdarzeniom aktywacji transkrypcji lub regulacji w dół podczas różnicowania rozwojowego. Chociaż locus VSG ulegający ekspresji w monoallelach jest zlokalizowany wyłącznie w ciele pozajądrowym w postaci krwioobiegu, w tym badaniu donosimy, że nie wykluczające się wzajemnie geny procyklin są zlokalizowane na obrzeżach jąderka. Co ciekawe, loci rybosomalnego DNA i aktywność transkrypcyjna pol I są ograniczone do podobnych pozycji okołojądrowych. Jednak po rozwojowej regulacji w dół transkrypcji aktywny promotor VSG selektywnie ulega szybkiej i dramatycznej repozycjonowaniu do otoczki jądrowej. Następnie region promotora VSG poddano kondensacji chromatyny. Proponujemy model, w którym promotor pol I miejsca ekspresji VSG jest selektywnie kierowany przez czasową repozycjonowanie jądra podczas rozwojowego wyciszania.


title: Administracyjna miara roszczeń odpowiednia do profilowania wydajności szpitala na podstawie 30-dniowych wskaźników ponownej hospitalizacji z wszystkich przyczyn wśród pacjentów z niewydolnością serca.

text: TŁO Ponowna hospitalizacja wkrótce po wypisaniu ze szpitala jest kosztownym i często możliwym do uniknięcia zdarzeniem dla pacjentów z niewydolnością serca. Przedstawiamy model zatwierdzony przez Krajowe Forum Jakości na potrzeby publicznego raportowania wskaźników readmisji na poziomie szpitalnym przez Centers for Medicare & Medicaid Services. METODY I WYNIKI Opracowaliśmy hierarchiczny model regresji logistycznej do obliczania standaryzowanych pod względem ryzyka szpitalnego 30-dniowych współczynników ponownej hospitalizacji z wszystkich przyczyn dla pacjentów hospitalizowanych z niewydolnością serca. Model został wyprowadzony z wykorzystaniem danych roszczeń Medicare dla kohorty z 2004 r. i zweryfikowany za pomocą roszczeń i danych z dokumentacji medycznej. Nieskorygowany wskaźnik readmisji wyniósł 23,6%. Ostateczny model zawierał 37 zmiennych, miał dyskryminację w zakresie od 15% zaobserwowanego 30-dniowego wskaźnika readmisji w najniższym decylu predykcyjnym do 37% w górnym decylu, a statystyka c wynosiła 0,60. 25. i 75. percentyl odsetka ponownych przyjęć ze standaryzowanym ryzykiem w 4669 szpitalach wynosiły 23,1% i 24,0%, a 5. i 95. wynosiły odpowiednio 22,2% i 25,1%. Szanse ponownej hospitalizacji ze wszystkich przyczyn w szpitalu o 1 odchylenie standardowe powyżej średniej były 1,30 razy większe niż w przypadku szpitala o 1 odchylenie standardowe poniżej średniej. Skorygowane wskaźniki readmisji na poziomie stanowym opracowane z wykorzystaniem modelu roszczeń są zbliżone do wskaźników uzyskanych dla tej samej kohorty przy użyciu modelu dokumentacji medycznej (korelacja 0,97; różnica mediany 0,06 punktu procentowego). WNIOSKI Ten oparty na twierdzeniach model wskaźników ponownych hospitalizacji znormalizowanych pod względem ryzyka szpitalnego dla pacjentów z niewydolnością serca daje szacunki, które mogą służyć jako substytuty dla tych pochodzących z modelu dokumentacji medycznej.


title: Kolejka do przetwarzania enzymatycznego: skorelowana sygnalizacja poprzez sprzężoną degradację

text: Technologie o wysokiej przepustowości doprowadziły do wygenerowania złożonych schematów okablowania jako paradygmatu post-sekwencjonowania do przedstawiania interakcji między ogromnymi i zróżnicowanymi gatunkami komórkowymi. Chociaż diagramy te są przydatne do analizy systemów biologicznych na dużą skalę, szczegółowe zrozumienie mechanizmów molekularnych leżących u podstaw obserwowanych połączeń sieciowych ma kluczowe znaczenie dla dalszego rozwoju systemów i biologii syntetycznej. W tym przypadku wykorzystujemy teorię kolejek, aby zbadać, w jaki sposób „linie oczekiwania” mogą prowadzić do korelacji między „klientami” białek, którzy są sprzęgani wyłącznie przez dalszy zestaw „serwerów” enzymatycznych. Używając maszyny do degradacji E. coli ClpXP jako systemu przetwarzania modelu, obserwujemy znaczące wzajemne powiązania między dwiema sieciami, które są pośrednio połączone przez wspólny zestaw procesorów. Dalej ilustrujemy implikacje kolejkowania enzymatycznego za pomocą aplikacji biologii syntetycznej, w której dwie niezależne sieci syntetyczne wykazują zsynchronizowane zachowanie, gdy wspólna maszyneria ClpXP jest przeciążona. Nasze wyniki pokazują, że takie procesy potranslacyjne mogą prowadzić do dynamicznych połączeń w sieciach komórkowych i mogą zapewnić mechanistyczne zrozumienie istniejących, ale obecnie niewytłumaczalnych połączeń.


title: Demetylazy histonowe Jhdm1a/1b wzmacniają przeprogramowanie komórek somatycznych w sposób zależny od witaminy C.

text: Przeprogramowanie komórek somatycznych w indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste (iPSC) przywraca epigenom do stanu embrionalnego. Witamina C usprawnia proces przeprogramowania, ale mechanizmy leżące u jej podstaw są niejasne. Tutaj pokazujemy, że demetylazy histonowe Jhdm1a/1b są kluczowymi efektorami przeprogramowania komórek somatycznych za witaminą C. Po raz pierwszy zaobserwowaliśmy, że witamina C indukuje demetylację H3K36me2/3 w mysich fibroblastach embrionalnych w hodowli i podczas przeprogramowania. Następnie zidentyfikowaliśmy Jhdm1a/1b, dwie znane demetylazy H3K36 zależne od witaminy C, jako silne regulatory przeprogramowania poprzez podejścia polegające na zwiększeniu i utracie funkcji. Ponadto odkryliśmy, że Jhdm1b przyspiesza progresję cyklu komórkowego i hamuje starzenie się komórek podczas przeprogramowania poprzez represję locus Ink4/Arf. Jhdm1b współpracuje również z Oct4, aby aktywować klaster mikroRNA 302/367, integralny składnik maszynerii pluripotencji. Nasze wyniki ujawniają zatem rolę H3K36me2/3 w określaniu losu komórek i ustalają związek między demetylazami histonowymi a przeprogramowaniem wywołanym witaminą C.


title: Istniejąca wcześniej infekcja helmintowa indukuje hamowanie wrodzonej obrony przeciwgruźliczej płuc poprzez angażowanie szlaku receptora IL-4

text: Gruźlica i infekcje helmintyczne współistnieją w wielu częściach świata, jednak wpływ wywołanych przez robaki odpowiedzi Th2 na zdolność gospodarza do kontrolowania infekcji Mycobacterium tuberculosis (Mtb) nie został w pełni zbadany. Pokazujemy, że myszy zakażone robakiem jelitowym Nippostrongylus brasiliensis (Nb) wykazują przejściowe osłabienie odporności na przenoszoną drogą powietrzną infekcję Mtb. Ponadto druga dawka zakażenia Nb znacząco zwiększa obciążenie bakteryjne płuc współzakażonych myszy. Co ciekawe, odpowiedź Th2 u koinfekowanych zwierząt nie osłabiła początku i rozwoju ochronnych komórkowych odpowiedzi immunologicznych Th1 specyficznych dla Mtb. Jednak środowisko Th2 indukowane przez robaki pasożytnicze powodowało akumulację alternatywnie aktywowanych makrofagów (AAM) w płucach. Współzakażone myszy pozbawione interleukiny (IL) 4Rα wykazywały lepszą zdolność do kontrolowania zakażenia Mtb, czemu towarzyszyło znacznie zmniejszone gromadzenie się AAM. Co więcej, myszy IL-4Rα(-/-) przeniesione adopcyjnie z makrofagami typu dzikiego miały znacznie wyższe obciążenie Mtb w płucach w porównaniu z tymi, które otrzymały makrofagi IL-4Rα(-/-), co sugeruje bezpośredni udział w IL- 4R do zwiększonej podatności współzakażonych zwierząt. Odpowiedź Th2 może zatem wzmocnić wewnątrzkomórkową trwałość Mtb, częściowo poprzez pośredniczenie w alternatywnej aktywacji makrofagów poprzez szlak sygnalizacyjny IL-4Rα.


title: Archeony w cyklach biogeochemicznych.

text: Archeony stanowią znaczną część biomasy mikrobiologicznej na Ziemi. Podobnie jak bakterie, wyewoluowały różne rodzaje metabolizmu energetycznego przy użyciu organicznych i/lub nieorganicznych donorów i akceptorów elektronów, a wiele z nich jest w stanie wiązać węgiel ze źródeł nieorganicznych. Archeony odgrywają zatem kluczową rolę w globalnych cyklach geochemicznych Ziemi i wpływają na emisje gazów cieplarnianych. Metanogeneza i beztlenowe utlenianie metanu to ważne etapy obiegu węgla; oba są wykonywane wyłącznie przez archeony beztlenowe. Utlenianie amoniaku do azotynu przeprowadza Thaumarchaeota. Reprezentują jedyną grupę archeonów, która w dużej liczbie zamieszkuje globalne tlenowe środowiska lądowe i morskie na Ziemi. Archeony zależne od siarki są ograniczone głównie do gorących środowisk, ale ługowanie metali przez kwasofile i redukcja siarczanów przez beztlenowe, nietermofilne utleniacze metanu mają potencjalny wpływ na środowisko. Metabolizm dużej liczby archeonów, w szczególności tych dominujących pod powierzchnią, pozostaje do zbadania.


title: Nowatorskie białkowe cząstki zakaźne powodują trzęsawkę.

text: Po zakażeniu i przedłużonej inkubacji czynnik trzęsawki powoduje chorobę zwyrodnieniową ośrodkowego układu nerwowego u owiec i kóz. Sześć linii dowodów, w tym wrażliwość na proteazy, pokazuje, że środek ten zawiera białko wymagane do zakaźności. Chociaż czynnik trzęsawki jest nieodwracalnie inaktywowany przez alkalia, pięć procedur o większej swoistości dla modyfikacji kwasów nukleinowych nie spowodowało inaktywacji. Środek wykazuje niejednorodność pod względem wielkości, najwyraźniej wynikającą z jego hydrofobowości; najmniejsza forma może mieć masę cząsteczkową 50 000 lub mniej. Ponieważ nowe właściwości czynnika trzęsawki owiec odróżniają go od wirusów, plazmidów i wiroidów, proponuje się nowy termin „prion” oznaczający małą białkopodobną cząstkę zakaźną, która jest odporna na inaktywację przez większość procedur modyfikujących kwasy nukleinowe. Znajomość struktury czynnika trzęsawki może mieć znaczenie dla zrozumienia przyczyn kilku chorób zwyrodnieniowych.


title: Wirusowa kancerogeneza.

text: Rak jest rozpoznawany od tysięcy lat. Egipcjanie wierzyli, że rak powstał z woli bogów. Hipokrates wierzył, że ludzkie choroby wynikają z braku równowagi czterech humorów: krwi, flegmy, żółtej żółci i czarnej żółci, przy czym rak jest spowodowany nadmiarem czarnej żółci. Teoria raka o limfie zastąpiła teorię humoralną, a teoria blastema zastąpiła teorię limfy. Rudolph Virchow jako pierwszy rozpoznał, że komórki rakowe, podobnie jak wszystkie komórki, pochodzą z innych komórek i wierzył, że chroniczne podrażnienie powoduje raka. Jednocześnie panowało przekonanie, że trauma powoduje raka, chociaż nigdy nie wyewoluowała po wielu eksperymentach wywołujących traumę. Narodziny wirusologii miały miejsce w 1892 roku, kiedy Dimitri Ivanofsky wykazał, że chore rośliny tytoniu pozostały zakaźne po przefiltrowaniu ich soku przez filtr, który wychwytywał bakterie. Martinus Beijerinck nazwałby maleńkiego czynnika zakaźnego wirusem, a zarówno Dimitri Ivanofsky, jak i Marinus Beijerinck zostaliby ojcami wirusologii. Niedługo potem Payton Rous założył dziedzinę wirusologii nowotworów w 1911 roku, odkrywszy przenoszonego przez kurczęta mięsaka przez coś, co zostało nazwane wirusem mięsaka Rousa lub w skrócie RSV. Pierwszym zidentyfikowanym ludzkim wirusem nowotworowym był wirus Epsteina-Barra (EBV), nazwany na cześć Tony'ego Epsteina i Yvonne Barr, którzy w 1965 roku zwizualizowali cząsteczki wirusa w komórkach chłoniaka Burkitta za pomocą mikroskopii elektronowej. Od tego czasu wiele wirusów było związanych z karcynogenezą, w tym najlepiej przebadany, ludzki wirus brodawczaka związany z rakiem szyjki macicy, wieloma innymi nowotworami odbytu i narządów płciowych oraz rakiem jamy ustnej i gardła. Światowa Organizacja Zdrowia szacuje obecnie, że około 22% nowotworów na świecie można przypisać etiologii zakaźnej, z czego etiologię wirusową szacuje się na 15-20%. Dziedzina wirusologii nowotworu/rakotwórczości wirusowej nie tylko zidentyfikowała wirusy jako czynniki etiologiczne ludzkich nowotworów, ale także dała wgląd molekularny we wszystkie ludzkie nowotwory, w tym aktywację onkogenów i inaktywację genu supresorowego nowotworu.


title: Monitorowanie biogenezy czasoprzestrzennej zespołów makrocząsteczkowych za pomocą znakowania epitopów z pogonią impulsową.

text: Wiele białek komórkowych pełni swoje role w zespołach makromolekularnych. Dlatego zrozumienie, w jaki sposób tworzą się te wielobiałkowe kompleksy, jest fundamentalną kwestią w biologii komórki. Opracowaliśmy sterowany translacją system śledzenia impulsów, który pozwala na izolację w czasie rozdzielonym nowo tworzących się kompleksów wielobiałkowych w ilościach chemicznych odpowiednich do analizy biochemicznej i biologicznej komórki. „Puls” jest wyzwalany przez nienaturalny aminokwas, który indukuje natychmiastową translację mRNA z represją bursztynowego kodonu stop kodującego białko będące przedmiotem zainteresowania z wbudowanym znacznikiem do wykrywania i oczyszczania. „Pogoń” jest wywoływana przez zatrzymanie translacji tej przynęty przez ryboprzełącznik w odpowiednim mRNA. W trakcie walidacji naszej metody odkryliśmy odrębny, czasowo-rozdzielczy etap składania podczas biogenezy NPC i mogliśmy bezpośrednio monitorować czasowo-przestrzenne dojrzewanie prerybosomów poprzez wykrywanie immunofluorescencji i oczyszczanie znakowanego impulsowo białka rybosomalnego. W ten sposób zapewniamy innowacyjną strategię badania dynamicznego składania białek w sieciach komórkowych.


title: Statyny w prewencji pierwotnej chorób układu krążenia

text: Statyny są szeroko stosowane w opartym na dowodach zmniejszaniu ryzyka chorób sercowo-naczyniowych (CVD). Stosowanie tych leków w prewencji wtórnej CVD jest dobrze uzasadnione, ale ich coraz powszechniejsze stosowanie w prewencji pierwotnej – u osób bez udokumentowanej CVD – budzi pewne obawy. Po pierwsze, dowody sugerują, że w prewencji pierwotnej statyny istotnie zmniejszają zachorowalność z powodu CVD, ale tylko umiarkowanie zmniejszają śmiertelność z powodu CVD. Po drugie, długotrwałe stosowanie statyn może powodować działania niepożądane, takie jak cukrzyca. Po trzecie, opłacalność takiej strategii jest niejasna i należy ją zrównoważyć z ryzykiem „przeleczenia” populacji ogólnej. Dane wyraźnie potwierdzają stosowanie statyn w profilaktyce pierwotnej u osób wysokiego ryzyka, u których strategia jest opłacalna, a korzyści przewyższają ryzyko. Nie jest pewne, czy profilaktyka pierwotna jest korzystna u osób z niskim lub umiarkowanym ryzykiem. Dlatego też przepisywanie statyn w prewencji pierwotnej powinno być zindywidualizowane na podstawie oceny klinicznej, zwłaszcza u osób niskiego ryzyka. U odpowiednio dobranych osób statyny powinny być również stosowane w pierwotnej prewencji udaru niedokrwiennego mózgu i przemijającego napadu niedokrwiennego.


title: Acetylowanie endonukleazy apurynowej/apirymidynowej-1 reguluje apoptozę komórek nabłonka żołądka za pośrednictwem Helicobacter pylori.

text: TŁO I CELE Apoptoza komórek nabłonka żołądka (GEC) wywołana przez Helicobacter pylori jest złożonym procesem, który obejmuje aktywację supresora nowotworu p53. Apoptoza za pośrednictwem p53 obejmuje aktywację p53, transkrypcję bax i uwalnianie cytochromu c z mitochondriów. Apurin/apirymidynowa endonukleaza-1 (APE-1) reguluje aktywność transkrypcyjną p53, a H pylori indukuje ekspresję APE-1 w ludzkich GEC. Zakażenie H pylori zwiększa wewnątrzkomórkowe stężenie jonów wapnia [Ca2+]i GEC, co indukuje acetylację APE-1. Zbadaliśmy wpływ zakażenia H pylori i acetylacji APE-1 na apoptozę GEC. METODY Komórki AGS (typu dzikiego lub z supresją APE-1), komórki KATO III oraz komórki wyizolowane z próbek z biopsji żołądka zakażono H pylori. Efekty badano za pomocą immunoblottingu, reakcji łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkrypcją w czasie rzeczywistym, immunoprecypitacji, mikroskopii immunofluorescencyjnej, immunoprecypitacji chromatyny, przesunięcia ruchliwości, wiązania DNA i testów lucyferazy. WYNIKI Zakażenie H pylori zwiększyło [Ca2+]i i acetylację APE-1 w GEC, ale stan acetylacji APE-1 nie wpływał na aktywność transkrypcyjną p53. W GEC ekspresja postaci APE-1, która nie mogła być acetylowana, zwiększała całkowite i mitochondrialne poziomy Bax i indukowała uwalnianie cytochromu ci fragmentację DNA; ekspresja APE-1 typu dzikiego zmniejszyła te zdarzenia apoptotyczne. Zidentyfikowaliśmy element negatywnej odpowiedzi wapnia w ludzkim promotorze bax i stwierdziliśmy, że polimeraza 1 poli(adenozynodifosforano-rybozy) rekrutowała acetylowany kompleks represorowy APE-1/deacetylazy histonowej-1 do bax nCaRE. WNIOSKI Zależna od H pylori acetylacja APE-1 hamuje ekspresję Bax; zapobiega to apoptozie za pośrednictwem p53, gdy H pylori infekuje GEC.


title: Początek końca: nowe spojrzenie na funkcjonalną organizację telomerów

text: Od czasu pierwszej demonstracji ich powtarzalnej sekwencji i unikalnej ścieżki replikacji, telomery urzekały badaczy, jak działają w ochronie końców chromosomów. Oczywiście przez lata nauczono się wiele i teraz doceniamy, że telomery składają się z multimerycznego kompleksu schronyny białko/DNA i że tworzenie pętli t zapewnia ochronę przed maszynerią uszkadzającą DNA. Wywodząc swoją nazwę od pętli D, pętle t są generowane przez wstawienie nawisu 3' do powtórzeń telomerowych, ułatwione przez wiązanie TRF2. Ostatnie badania ujawniły nowe formy końcowej struktury chromosomów, które mogą wiązać się z organizacją telomerów w procesach komórkowych, wykraczając poza jej zasadniczą rolę w ochronie i homeostazie telomerów. W szczególności, ostatnio opisaliśmy, że pętle t tworzą się w sposób zależny od TRF2 w śródmiąższowych sekwencjach powtórzeń telomerowych, które nazwaliśmy śródmiąższowymi pętlami telomerowymi (ITL). Struktury te są również zależne od połączenia laminy A/C, kanonicznego składnika nukleoszkieletu, który jest zmutowany w niezliczonych ludzkich chorobach, w tym ludzkich segmentowych zespołach progeroidowych. Ponieważ ITL są związane ze stabilnością telomerów i wymagają funkcjonalnej laminy A/C, nasze badanie sugeruje mechanistyczny związek między starzeniem się komórek (starzeniem replikacyjnym wywołanym skracaniem telomerów) a starzeniem się organizmu (modelowanym przez zespół Hutchinsona Gilforda Progerii). Tutaj spekulujemy na temat innych potencjalnych konsekwencji powstawania ITL, od ekspresji genów, przez stabilność genomu, po strukturę chromosomu.


title: Analiza biochemiczna TssK, głównego składnika bakteryjnego układu wydzielniczego typu VI, ujawnia wyraźne stany oligomeryczne TssK i identyfikuje podkompleks TssK–TssFG

text: Bakterie Gram-ujemne wykorzystują system wydzielniczy typu VI (T6SS) do wstrzykiwania toksycznych białek do konkurencyjnych bakterii lub komórek eukariotycznych. Jednak mechanizm T6SS jest nie do końca poznany. W niniejszym badaniu zbadaliśmy konserwatywny składnik T6SS, TssK, używając antybakteryjnego T6SS Serratia marcescens jako systemu modelowego. Potwierdzono, że TssK ma zasadnicze znaczenie dla wydzielania efektora przez T6SS. Białko natywne, chociaż nie jest integralnym białkiem błonowym, wydaje się lokalizować w błonie wewnętrznej, co jest zgodne z jego obecnością w zespole zakotwiczonym w błonie. Stwierdzono, że zrekombinowany TssK oczyszczony z S. marcescens występuje w kilku stabilnych formach oligomerycznych, mianowicie trimeru, heksamerze i formach wyższego rzędu. Oczyszczanie TssK na poziomie natywnym zidentyfikowało TssF i TssG jako białka oddziałujące. TssF i TssG, konserwatywne składniki T6SS o nieznanej funkcji, były wymagane do aktywności T6SS, ale nie do poprawnej lokalizacji TssK. Kompleks zawierający TssK, TssF i TssG został następnie oczyszczony in vitro, potwierdzając, że te trzy białka tworzą nowy podkompleks w obrębie T6SS. Nasze odkrycia dostarczają nowych informacji na temat składania T6SS, co pozwala nam zaproponować model, w którym TssK rekrutuje TssFG do kompleksu T6SS związanego z błoną, a różne stany oligomeryczne TssK mogą przyczyniać się do dynamicznego mechanizmu systemu.


title: Udział stresu ER w dysmielinizacji choroby Pelizaeusa-Merzbachera z mutacjami zmiany sensu PLP1 wykazywanymi przez oligodendrocyty pochodzące z iPSC

text: Choroba Pelizaeusa-Merzbachera (PMD) jest formą leukodystrofii sprzężonej z chromosomem X, spowodowanej mutacjami w genie białka proteolipidowego 1 (PLP1). Chociaż wykazano, że białka PLP1 z mutacjami zmiany sensu gromadzą się w szorstkiej siateczce endoplazmatycznej (ER) u zwierząt modelowych choroby i liniach komórkowych transfekowanych zmutowanymi genami PLP1, dokładny mechanizm patogenetyczny PMD nie został wcześniej wyjaśniony. W tym badaniu ustaliliśmy indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste (iPSC) od dwóch pacjentów z PMD niosących mutację zmiany sensu i różnicowaliśmy je do oligodendrocytów in vitro. W oligodendrocytach pochodzących z PMD iPSC zaobserwowano nieprawidłową lokalizację zmutowanych białek PLP1 w ER oraz związek między zwiększoną podatnością na stres ER a zwiększoną liczbą apoptotycznych oligodendrocytów. Co więcej, analiza pod mikroskopem elektronowym wykazała drastyczne zmniejszenie tworzenia mieliny wraz z nieprawidłową morfologią ER. Zatem to badanie pokazuje udział stresu ER w patogennej dysmielinizacji w oligodendrocytach pacjentów z PMD z mutacją zmiany sensu PLP1.


title: Wykorzystanie danych z rutynowego nadzoru do oszacowania potencjału epidemicznego pojawiających się chorób odzwierzęcych: zastosowanie do pojawienia się wirusa amerykańskiej grypy świń typu A H3N2v

text: TŁO Przed pojawieniem się w populacjach ludzkich, choroby odzwierzęce, takie jak SARS, powodują sporadyczne infekcje w populacjach ludzkich narażonych na gatunki rezerwuarowe. Ryzyko rozprzestrzenienia się epidemii u ludzi można ocenić, monitorując liczbę rozrodczą R (średnia liczba osób zarażonych przypadkiem ludzkim). Jednak do tej pory szacowanie R wymagało szczegółowych badań epidemii klastrów ludzkich, dla których zasoby i wiedza specjalistyczna nie zawsze są dostępne. Dodatkowo, istniejące metody nie korygują błędów selekcji i niedostatecznej oceny. Tutaj przedstawiamy proste metody estymacji, które przezwyciężają wiele z tych ograniczeń. METODY I USTALENIA Nasze podejście opiera się na oszczędnym matematycznym modelu przenoszenia choroby i wymaga jedynie danych zebranych w ramach rutynowego nadzoru i standardowych badań przypadków. Stosujemy go do oceny przenoszenia wirusa świńskiej grypy A H3N2v-M w USA, wirusa Nipah w Malezji i Bangladeszu, a także przedstawiamy przykład niezwierzęcy (cholera na Dominikanie). Oszacowanie opiera się na dwóch prostych statystykach podsumowujących, proporcji zainfekowanych przez naturalny rezerwuar wśród wykrytych przypadków (G) oraz wśród podzbioru pierwszych wykrytych przypadków w każdym skupieniu (F). Jeśli wykrycie przypadku nie wpływa na wykrywanie innych przypadków z tego samego klastra, okazuje się, że R można oszacować przez 1-G; w przeciwnym razie R można oszacować przez 1-F, gdy wskaźnik wykrywalności przypadków jest niski. W bardziej ogólnych przypadkach można jeszcze wyprowadzić granice na R. WNIOSKI Opracowaliśmy proste podejście z ograniczonymi wymaganiami dotyczącymi danych, które umożliwia rzetelną ocenę ryzyka stwarzanego przez pojawiające się choroby odzwierzęce. Ilustrujemy to, wyprowadzając szacunki dotyczące przenoszenia wirusa H3N2v-M, co jest ważnym krokiem w ocenie możliwego zagrożenia pandemią stwarzanego przez tego wirusa. Zobacz w dalszej części artykułu Podsumowanie redakcji.


title: Niezależnie rozwijające się gatunki w bezpłciowych wrotkach Bdelloid

text: Osoby bezpłciowe są ważnym przypadkiem testowym dla teorii dotyczących istnienia gatunków. Gdyby klady bezpłciowe wykazywały ten sam wzorzec dyskretnej zmienności, co klady płciowe, podważyłoby to tradycyjny pogląd, że płeć jest niezbędna do zróżnicowania na gatunki. Brakowało jednak krytycznych dowodów: wszystkie przypuszczalne przykłady dotyczyły organizmów z niedawnymi lub trwającymi historiami rekombinacji i opierały się raczej na wizualnej interpretacji wzorców zmienności genetycznej i fenotypowej niż na formalnych testach alternatywnych scenariuszy ewolucyjnych. Tutaj pokazujemy, że klasyczny bezpłciowy klad, bdelloidalne wrotki, zróżnicował się na odrębne gatunki ewolucyjne. Intensywne pobieranie próbek z rodzaju Rotaria ujawnia obecność dobrze oddzielonych klastrów genetycznych wskazujących na niezależną ewolucję. Co więcej, połączone analizy genetyczne i morfologiczne ujawniają rozbieżny dobór w morfologii żywienia, wskazujący na rozbieżność niszową. Niektóre z morfologicznie spójnych grup doświadczających doboru rozbieżnego zawierają kilka klastrów genetycznych, wspólnych z odkryciami tajemniczych gatunków w organizmach płciowych. Nasze wyniki pokazują, że główne przyczyny specjacji w organizmach płciowych, izolacja populacji i rozbieżna selekcja mają takie same efekty jakościowe w kladach bezpłciowych. Badanie pokazuje również, w jaki sposób połączone analizy molekularne i morfologiczne mogą rzucić nowe światło na ewolucyjną naturę gatunków.


title: Czynnik biogenezy rybosomów Nol11 jest wymagany do optymalnej transkrypcji rDNA i rozwoju twarzoczaszki u Xenopus

text: Produkcja rybosomów jest wszechobecna i fundamentalna dla życia. W związku z tym zaskakujące jest to, że defekty w biogenezie rybosomów leżą u podstaw rosnącej liczby objawowo odrębnych zaburzeń dziedzicznych, zwanych łącznie rybosomopatiami. Wcześniej ustaliliśmy, że białko jąderkowe, NOL11, jest niezbędne do optymalnej transkrypcji i przetwarzania pre-rRNA w ludzkich komórkach hodowli tkankowej. Jednak rola NOL11 w rozwoju organizmu wielokomórkowego pozostaje nieznana. Tutaj ujawniamy kluczową funkcję NOL11 w biogenezie rybosomów kręgowców i rozwoju twarzoczaszki. Nol11 ulega silnej ekspresji w rozwijającym się grzebieniu nerwowym czaszki (CNC) zarówno płazów, jak i ssaków, a knockdown Xenopus nol11 skutkuje upośledzoną transkrypcją i przetwarzaniem pre-rRNA, zwiększoną apoptozą i nieprawidłowym rozwojem chrząstek twarzoczaszki. Hamowanie p53 ratuje ten szkieletowy fenotyp, ale nie podstawowy defekt biogenezy rybosomów, wykazując ewolucyjnie zachowany mechanizm kontroli, przez który usuwane są komórki twarzoczaszki uszkodzone przez rybosom. Nadmierna aktywacja tego mechanizmu upośledza rozwój twarzoczaszki. Razem, nasze odkrycia ujawniają nowe wymagania dla Nol11 w rozwoju twarzoczaszki, przedstawiają pierwszy żabi model rybosopatii i dostarczają dalszych informacji na temat klinicznie ważnego związku między specyficznymi białkami biogenezy rybosomów a przeżyciem komórek twarzoczaszki.


title: Genomowa organizacja nukleosomu odtworzona z czystych białek

text: Remodelery chromatyny regulują geny poprzez organizowanie nukleosomów wokół promotorów, ale ich indywidualny wkład jest zaciemniany przez złożone środowisko redundancji czynników in vivo i efekty pośrednie. Rekonstytucja organizacji nukleosomów promotora w całym genomie oczyszczonymi białkami rozwiązuje ten problem i dlatego jest celem krytycznym. Tutaj odtwarzamy cztery etapy architektury nukleosomów przy użyciu oczyszczonych składników: genomowego DNA drożdży, histonów, swoistych dla sekwencji Abf1/Reb1 i remodelerów RSC, ISW2, INO80 i ISW1a. Identyfikujemy bezpośredni, konkretny i wystarczający wkład, który potwierdzają obserwacje in vivo. Po pierwsze, RSC usuwa promotory poprzez translację poli(dA:dT) na kierunkowe usuwanie nukleosomów. Po drugie, podsumowano częściową redundancję, gdy sam INO80 lub ISW2 w miejscach Abf1/Reb1 w pozycjach +1 nukleosomów. Po trzecie, INO80 i ISW2 dopasowują kolejne macierze nukleosomalne. Po czwarte, ISW1a zawęża odstępy do kanonicznych długości powtórzeń. Taki minimalny zestaw reguł i białek ustanawia podstawowe mechanizmy, dzięki którym architektura promotora chromatyny powstaje dzięki połączeniu nadmiarowości i specjalizacji.


title: Identyfikacja monocytów zbiornika śledziony i ich rozmieszczenie w miejscach zapalnych.

text: Obecny paradygmat mówi, że monocyty swobodnie krążą i patrolują naczynia krwionośne, ale nieodwracalnie różnicują się w komórki dendrytyczne (DC) lub makrofagi po wejściu do tkanki. Tutaj pokazujemy, że niezróżnicowane monocyty w dobrej wierze znajdują się w śledzionie i przewyższają liczebnie ich odpowiedniki w obiegu. Monocyty rezerwuarowe gromadzą się w skupienia w sznurach podtorebkowej miazgi czerwonej i różnią się od makrofagów i DC. W odpowiedzi na niedokrwienne uszkodzenie mięśnia sercowego monocyty śledziony zwiększają swoją ruchliwość, masowo opuszczają śledzionę, gromadzą się w uszkodzonej tkance i uczestniczą w gojeniu się ran. Obserwacje te ujawniają rolę śledziony jako miejsca przechowywania i szybkiego rozmieszczania monocytów oraz identyfikują monocyty śledziony jako zasób, który organizm wykorzystuje do regulowania stanu zapalnego.


title: Prox1 jest wymagany do dojrzewania komórek ziarnistych i pośredniego utrzymania komórek progenitorowych podczas neurogenezy mózgu

text: Zakręt zębaty odgrywa ważną rolę w uczeniu się i zapamiętywaniu, a neurogeneza dorosłych w strefie podziarnistej zakrętu zębatego może odgrywać rolę w nabywaniu nowych wspomnień. Gen homeobox Prox1 ulega ekspresji w zakręcie zębatym podczas rozwoju embrionalnego i neurogenezy dorosłych. Tutaj pokazujemy, że Prox1 jest niezbędny do dojrzewania komórek ziarnistych w zakręcie zębatym podczas rozwoju oraz do utrzymania pośrednich komórek progenitorowych podczas neurogenezy dorosłych. Wykazujemy również, że pośrednie komórki progenitorowe z ekspresją Prox1 są wymagane do samoobsługi dorosłych nerwowych komórek macierzystych w strefie podziarnistej; w ten sposób zidentyfikowaliśmy wcześniej nieznany, niekomórkowy, autonomiczny, regulatorowy mechanizm sprzężenia zwrotnego, który kontroluje neurogenezę dorosłych w tym regionie mózgu ssaków. Na koniec pokazujemy, że ektopowa ekspresja Prox1 indukuje przedwczesne różnicowanie nerwowych komórek macierzystych.


title: Skrócony cykl komórkowy pluripotencjalnych.

text: Ludzkie embrionalne komórki macierzyste (hESC) i indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste proliferują szybko i dzielą się symetrycznie, wytwarzając równoważne komórki potomne. W przeciwieństwie do tego, komórki zaangażowane w linię nabywają wydłużony symetryczny cykl komórkowy. Samoodnawianie komórek macierzystych specyficznych tkankowo jest podtrzymywane przez asymetryczny podział komórek, w którym jedna komórka potomna pozostaje progenitorem, podczas gdy partnerska komórka potomna opuszcza cykl komórkowy i ulega różnicowaniu. Istnieją trzy główne konteksty rozważania działania i regulacji pluripotencjalnego cyklu komórkowego: czasowy, regulacyjny i strukturalny. Podstawowy kontekst czasowy, że pluripotencjalny cykl komórkowy samoodnowy hESC to krótki okres G1 bez skracania okresów czasu przydzielonych do fazy S, G2 i mitozy. Reguły rządzące proliferacją w hESC wymagają jeszcze kompleksowego ustalenia. Jednak kilka linii dowodów sugeruje kluczową rolę naiwnego transkryptomu hESC, który jest zdolny do ścisłej regulacji cyklu komórkowego embrionalnych komórek macierzystych (ESC). Wspomaga to wymagania komórek pluripotencjalnych do samonamnażania się, jednocześnie tłumiąc ekspresję genów, które zapewniają zaangażowanie linii i/lub specyficzność tkankową. Jednak po raz pierwszy rozważamy unikalne wymiary organizacji architektonicznej i montażu maszynerii regulacyjnej dla ekspresji genów w mikrośrodowiskach jądrowych, które definiują parametry pluripotencji. Zarówno z fundamentalnej perspektywy biologicznej, jak i klinicznej, zrozumienie kontroli skróconego cyklu ESC może zapewnić opcje koordynowania kontroli proliferacji i różnicowania. Gojenie ran, inżynieria tkankowa i terapia komórkowa w celu łagodzenia aberracji rozwojowych ilustrują zastosowania, które czerpią korzyści z wiedzy o biologii pluripotencjalnego cyklu komórkowego.


title: Zatrzymanie wzrostu starzejącego się w mezenchymalnych komórkach macierzystych jest omijane przez regulację w dół wewnętrznych szlaków sygnalizacyjnych stresu, w której pośredniczy Wip1.

text: Ludzkie mezenchymalne komórki macierzyste (hMSC) były szeroko badane jako źródło pierwotnych dorosłych komórek macierzystych do terapii komórkowej ze względu na ich potencjał do wieloróżnicowania; jednakże zatrzymanie wzrostu (znane również jako „przedwczesne starzenie się”) często stwierdzane w hMSC hodowanych in vitro było główną przeszkodą w dogłębnej charakterystyce tych komórek. Ponadto niezdolność do utrzymania stałego wzrostu komórek utrudnia rozwój dodatkowych modyfikacji genetycznych mających na celu osiągnięcie pożądanych poziomów różnicowania do określonych tkanek; jednak mechanizmy molekularne rządzące tym zjawiskiem pozostają niejasne, z wyjątkiem kilku badań wykazujących, że indukcja p16INK4a jest odpowiedzialna za to podobne do starzenia zdarzenie. Tutaj zaobserwowaliśmy, że przedwczesne zatrzymanie wzrostu w hMSC następuje równolegle z indukcją p16INK4a, po zniesieniu hamującej fosforylacji białka siatkówczaka. Te reakcje na stres były zbieżne ze zwiększonym tworzeniem reaktywnych form tlenu (ROS) z mitochondriów i zwiększoną aktywnością kinazy białkowej aktywowanej mitogenami p38 (MAPK). Wprowadzenie Wip1 (dzikiego typu p53 indukowanej fosfatazą-1), dobrze przebadanego modulatora stresu, znacznie obniżyło ekspresję p16INK4a i doprowadziło do inaktywacji p38 MAPK, chociaż nie wpłynęło to na poziomy ROS. Co więcej, tłumienie odpowiedzi na stres przez Wip1 najwyraźniej wydłużyło żywotność hMSCs w porównaniu z warunkami kontrolnymi, przy jednoczesnym zachowaniu ich potencjału do wieloliniowego różnicowania. Opierając się na tych wynikach, sugerujemy, że zahamowanie wzrostu starzejących się komórek hMSC może wynikać z aktywacji szlaków sygnalizacji stresu i w konsekwencji wystąpienia odpowiedzi na stres, częściowo z powodu wytwarzania ROS podczas przedłużonej hodowli in vitro.


title: Zrozumienie dziwnej nauki o starzeniu się

text: Rozważania ewolucyjne sugerują, że starzenie się jest spowodowane nie aktywnym programowaniem genów, ale wyewoluowanymi ograniczeniami w utrzymaniu somatycznym, co skutkuje narastaniem uszkodzeń. Czynniki ekologiczne, takie jak współczynniki zagrożenia i dostępność żywności, wpływają na kompromisy między inwestowaniem we wzrost, reprodukcję i przetrwanie somatyczne, wyjaśniając, dlaczego gatunki wyewoluowały różne długości życia i dlaczego tempo starzenia się może czasami ulec zmianie, na przykład przez ograniczenie diety. Zrozumienie komórkowej i molekularnej podstawy starzenia się oznacza rozwikłanie wielości mechanizmów powodujących akumulację uszkodzeń oraz złożonego zestawu systemów działających w celu powstrzymania uszkodzeń.


title: Mapowanie losu ujawnia pochodzenie i dynamikę monocytów i makrofagów tkankowych w warunkach homeostazy.

text: Fagocyty jednojądrzaste, w tym monocyty, makrofagi i komórki dendrytyczne, przyczyniają się do integralności tkanek, a także do wrodzonej i adaptacyjnej obrony immunologicznej. Pojawiające się dowody na podział pracy wskazują, że manipulacja tymi komórkami może mieć potencjał terapeutyczny. Jednak specyficzne ontogenezy poszczególnych populacji i ogólna organizacja funkcjonalna tej sieci komórkowej nie są dobrze zdefiniowane. Tutaj przedstawiamy badanie mapowania losu mysiego przedziału monocytów i makrofagów, wykorzystujące konstytutywną i warunkową ekspresję rekombinazy Cre sterowaną promotorem CX(3)CR1. Wykazaliśmy, że główne populacje makrofagów rezydujących w tkankach, w tym komórki Kupffera wątroby i makrofagi pęcherzyków płucnych, śledziony i otrzewnej, powstają przed urodzeniem i utrzymują się później w wieku dorosłym, niezależnie od uzupełniania przez monocyty krwi. Ponadto ustaliliśmy, że krótkożyjące monocyty Ly6C(+) stanowią obowiązkowy stan stacjonarny prekursorów komórek Ly6C(-) rezydujących we krwi i że obfitość monocytów Ly6C(+) we krwi dynamicznie kontroluje żywotność krążenia ich potomstwa.


title: Radzenie sobie ze znaczną niejednorodnością w przeglądach Cochrane. Badanie przekrojowe

text: KONTEKST Radzenie sobie z heterogenicznością w metaanalizach jest często trudne, a porady dla autorów dotyczące tego, co należy zrobić, są ograniczone. Zbadaliśmy, w jaki sposób autorzy odnosili się do różnych stopni niejednorodności, w szczególności, czy używali modelu z efektem stałym, który zakłada, że wszystkie uwzględnione badania szacują ten sam rzeczywisty efekt, czy też modelu z efektami losowymi, w którym nie zakłada się tego. METODY Wybraliśmy losowo 60 przeglądów Cochrane z 2008 r., których wyniki pierwszej metaanalizy wykazały znaczną niejednorodność (I2 powyżej 50%, tj. ponad 50% zmienności wynika z niejednorodności, a nie z przypadku). Wydobyliśmy informacje na temat wyboru modelu statystycznego, sposobu, w jaki autorzy poradzili sobie z heterogenicznością i oceniliśmy w związku z tym jakość metodologiczną przeglądów. WYNIKI Rozkład niejednorodności był dość jednorodny w całym przedziale I2, 50-100%. Model z efektem stałym został wykorzystany w 33 przeglądach (55%), ale nie stwierdzono korelacji między I2 a wyborem modelu (p = 0,79). Uznaliśmy, że 20 przeglądów (33%), z których 16 wykorzystywało model z efektem stałym, miało poważne problemy. Najczęstszymi problemami były: stosowanie modelu z efektem stałym i brak uzasadnienia wyboru tego modelu, brak komentarza na temat nawet dużej niejednorodności oraz zastrzeżeń i wyjaśnień jej prawdopodobnych przyczyn. Przeglądy problematyczne zawierały znacznie mniej badań włączonych niż inne przeglądy (4,3 vs 8,0, p = 0,024). Z czasem problemy stały się mniej wyraźne, ponieważ ostatnio aktualizowane recenzje częściej wykorzystywały model efektów losowych. WNIOSEK Jedna trzecia przeglądów Cochrane o znacznej heterogeniczności miała poważne problemy związane z radzeniem z heterogenicznością. Tej kwestii należy poświęcić więcej uwagi, ponieważ zidentyfikowane przez nas problemy mogą mieć zasadnicze znaczenie dla wniosków z przeglądów.


title: Antagonistyczne kontrole autofagii i akumulacji glikogenu przez Snf1p, homolog drożdżowy dla kinazy białkowej aktywowanej przez AMP i zależnej od cykliny

text: W drożdżach Saccharomyces cerevisiae glikogen jest gromadzony jako rezerwa węglowodanowa, gdy komórki są pozbawione składników odżywczych. Drożdże zmutowane w SNF1, genie kodującym kinazę białkową wymaganą do derepresji glukozy, zmniejszyły akumulację glikogenu i jednoczesną inaktywację syntazy glikogenu. Przywrócenie syntezy w szczepie snf1 skutkuje jedynie przejściową akumulacją glikogenu, co sugeruje istnienie innych zależnych od SNF1 kontroli przechowywania glikogenu. Badanie genetyczne ujawniło, że dwa geny zaangażowane w autofagię, APG1 i APG13, mogą być regulowane przez SNF1. Zwiększoną aktywność autofagiczną zaobserwowano w komórkach typu dzikiego wchodzących w fazę stacjonarną, ale indukcja ta była osłabiona w szczepie snf1. Mutanty defektywne pod względem autofagii były w stanie syntetyzować glikogen po zbliżeniu się do fazy stacjonarnej, ale nie były w stanie utrzymać swoich zapasów glikogenu, ponieważ późniejsza synteza była zaburzona, a degradacja przez fosforylazę Gph1p została wzmocniona. Zatem usunięcie GPH1 częściowo odwróciło utratę akumulacji glikogenu w mutantach autofagii. Utrata wakuolowej glukozydazy, SGA1, również chroniła zapasy glikogenu, ale tylko bardzo późno w fazie stacjonarnej. Gph1p i Sga1p mogą zatem degradować fizycznie odrębne pule glikogenu. Pho85p jest kinazą białkową zależną od cyklin, która antagonizuje kontrolę syntezy glikogenu przez SNF1. Indukcja autofagii u mutantów pho85 wchodzących w fazę stacjonarną była przesadzona w porównaniu z poziomem w komórkach typu dzikiego, ale była zablokowana w mutantach apg1 pho85. Proponujemy, że Snf1p i Pho85p są odpowiednio pozytywnymi i negatywnymi regulatorami autofagii, prawdopodobnie poprzez Apg1 i/lub Apg13. Nieprawidłowe przechowywanie glikogenu w komórkach snf1 można przypisać zarówno wadliwej syntezie po wejściu w fazę stacjonarną, jak i upośledzonemu utrzymaniu poziomów glikogenu spowodowanemu brakiem autofagii.


title: Preferencyjne wiązanie silnika kinezyny-1 z mikrotubulami bogatymi w GTP-tubulinę leży u podstaw transportu pęcherzyków spolaryzowanych

text: Transport spolaryzowany w neuronach ma fundamentalne znaczenie dla tworzenia obwodów neuronalnych. Skrócony KIF5 zawierający domenę motoryczną (kinezyna 1) rozpoznaje mikrotubule aksonów, które są wzbogacone w miejsca wiązania EB1 i selektywnie gromadzą się na końcach aksonów. Nie wiadomo jednak, jaki wskaźnik rozpoznawany przez KIF5 powoduje tę selektywną akumulację. Stwierdziliśmy, że mikrotubule aksonów były preferencyjnie barwione przez przeciwciało hMB11 przeciwko GTP-tubulinie. Mikroskopia superrozdzielcza w połączeniu z immunocytochemią EM ujawniła, że hMB11 jest zlokalizowane w miejscach przyłączenia KIF5. Ponadto EB1, który wiąże się preferencyjnie z mikrotubulami difosforanu guanylilo-metylenu (GMPCPP) in vitro, rozpoznawał miejsca wiązania hMB11 na mikrotubulach aksonalnych. Ponadto ekspresja przeciwciała hMB11 w neuronach zakłócała selektywną akumulację skróconego KIF5 w końcówkach aksonów. Badania in vitro wykazały około trzykrotnie silniejsze wiązanie głowicy motorycznej KIF5 z mikrotubulami GMPCPP niż z mikrotubulami GDP. Podsumowując, dane te sugerują, że obfitość tubuliny GTP w mikrotubulach aksonalnych może leżeć u podstaw selektywnej lokalizacji KIF5 i spolaryzowanego transportu pęcherzykowego aksonów.


title: Biologia rozwoju trzustki.

text: Trzustka jest narządem zawierającym dwie odrębne populacje komórek: komórki zewnątrzwydzielnicze wydzielające enzymy do przewodu pokarmowego oraz komórki endokrynologiczne wydzielające hormony do krwiobiegu. Powstaje z endodermy jako grzbietowy i brzuszny zawiązek, które łączą się ze sobą, tworząc pojedynczy narząd. Ssaki, ptaki, gady i płazy mają trzustkę o podobnej histologii i sposobie rozwoju, podczas gdy u niektórych ryb komórki wysepek są oddzielone jako ciała Brockmanna. Bezkręgowce nie mają trzustki, ale porównywalne komórki endokrynologiczne można znaleźć w jelicie lub mózgu. Wczesny pączek trzustki wykazuje jednolitą ekspresję genu homeobox IPF-1 (znanego również jako IDX-1, STF-1 lub PDX), który po zmutowaniu do nieaktywności prowadzi do całkowitego braku narządu. Występowanie heterotopowej trzustki w zarodku, a także metaplazji, które może wykazywać regenerująca się trzustka u osoby dorosłej, sugerują, że tylko kilka produktów genów odróżnia stan komórek trzustki od otaczających tkanek dwunastnicy, pęcherzyka żółciowego i wątroba. W rozwijających się zawiązkach trzustkowych komórki endokrynne zaczynają różnicować się przed komórkami zewnątrzwydzielniczymi, a koekspresja różnych hormonów przez tę samą komórkę jest często obserwowana na wczesnych etapach. Chociaż komórki endokrynologiczne trzustki wytwarzają wiele produktów genów, również charakterystycznych dla neuronów, dowody z kultur in vitro i przeszczepów przepiórek wskazują, że są one pochodzenia endogennego, a nie grzebienia nerwowego. Badania obserwacyjne silnie sugerują, że zarówno komórki endokrynne, jak i zewnątrzwydzielnicze powstają z tego samego zaczątku endodermy. Rozwój trzustki w życiu embrionalnym wymaga bodźca troficznego ze związanego z nim mezenchymu. W życiu poporodowym wszystkie typy komórek w trzustce nadal rosną. Zniszczenie tkanki groniastej przez podwiązanie kanalików lub leczenie etioniną następuje po szybkiej regeneracji. Po chirurgicznym usunięciu części trzustki następuje umiarkowana, ale niepełna regeneracja zarówno trądziku jak i wysepek. Zatrucie alloksanem lub streptozotocyną może prowadzić do trwałego wyczerpania komórek beta. Chociaż kinetyka komórkowa trzustki nie jest zrozumiana, wydaje się prawdopodobne, że istnieje ciągły powolny obrót komórek karmionych z populacji komórek macierzystych w przewodach, oraz że kontrole tempa produkcji każdego typu komórek są raczej lokalne niż systemowy.


title: Długoterminowa farmakoterapia otyłości i nadwagi: zaktualizowana metaanaliza.

text: CEL Podsumowanie długoterminowej skuteczności leków przeciw otyłości w zmniejszaniu masy ciała i poprawie stanu zdrowia. PROJEKT Zaktualizowana metaanaliza badań z randomizacją. ŹRÓDŁA DANYCH Medline, Embase, rejestr badań kontrolowanych Cochrane, meta-rejestr badań kontrolowanych Current Science oraz listy referencyjne zidentyfikowanych artykułów. Wszystkie źródła danych były przeszukiwane od grudnia 2002 r. (data zakończenia ostatniego wyszukiwania) do grudnia 2006 r. PRZEGLĄDANE BADANIA Podwójnie ślepe, randomizowane, kontrolowane placebo badania zatwierdzonych leków przeciw otyłości stosowanych u dorosłych (w wieku powyżej 18 lat) przez jeden rok lub dłużej. WYNIKI 30 badań trwających od roku do czterech lat spełniło kryteria włączenia: 16 orlistatu (n=10631 uczestników), 10 sibutramina (n=2623) i cztery rimonabant (n=6365). Spośród nich 14 badań było nowych, a 16 zostało wcześniej zidentyfikowanych. Wskaźniki rotacji wynosiły średnio 30-40%. W porównaniu z placebo orlistat zmniejszył masę ciała o 2,9 kg (95% przedział ufności od 2,5 kg do 3,2 kg), sibutramina o 4,2 kg (3,6 kg do 4,7 kg), a rymonabant o 4,7 kg (4,1 kg do 5,3 kg). Pacjenci otrzymujący aktywne leczenie lekami znacznie częściej osiągali progi utraty masy ciała 5% i 10%. Orlistat zmniejszył częstość występowania cukrzycy i poprawił stężenie cholesterolu całkowitego i cholesterolu lipoprotein o niskiej gęstości, ciśnienie krwi i kontrolę glikemii u pacjentów z cukrzycą, ale zwiększył częstość występowania żołądkowo-jelitowych skutków ubocznych i nieznacznie obniżył stężenie lipoprotein o wysokiej gęstości. Sibutramina poprawiła [skorygowano] stężenia cholesterolu i triglicerydów w lipoproteinach o wysokiej gęstości [skorygowano] Rymonabant poprawił stężenie cholesterolu i triglicerydów w lipoproteinach o wysokiej gęstości, ciśnienie krwi i kontrolę glikemii u pacjentów z cukrzycą, ale zwiększyło ryzyko zaburzeń nastroju. WNIOSKI Orlistat, sibutramina i rimonabant nieznacznie zmniejszają masę ciała, mają różny wpływ na profil ryzyka sercowo-naczyniowego i mają specyficzne działania niepożądane.


title: Cykl centrosomów: biogeneza centrioli, duplikacja i wrodzone asymetrie

text: Centrosomy są ośrodkami organizującymi mikrotubule komórek zwierzęcych. Wpływają na morfologię cytoszkieletu mikrotubul, działają jako podstawa rzęski pierwotnej i służą jako ogniwo ważnych szlaków sygnałowych. Rdzeniem typowego centrosomu są dwie cylindryczne struktury oparte na mikrotubulach, zwane centriolami, które rekrutują macierz powiązanego materiału pericentriolarnego. Komórki rozpoczynają cykl komórkowy z dokładnie jednym centrosomem, a duplikacja centrioli jest ograniczona tak, że występuje tylko raz na cykl komórkowy i w określonym miejscu w komórce. W wyniku tego mechanizmu powielania dwie centriole różnią się wiekiem i dojrzałością, a zatem pełnią różne funkcje; na przykład starsza z dwóch centrioli może zainicjować tworzenie się aksonemów rzęskowych. Omawiamy przestrzenne aspekty cyklu duplikacji centrosomów, mechanizm składania centrioli oraz możliwe konsekwencje nieodłącznej asymetrii centrioli i centrosomów.


title: Osteoklasty kontrolują reaktywację uśpionych komórek szpiczaka poprzez przebudowę niszy śródkostnej

text: Szpiczak mnogi jest w dużej mierze nieuleczalny, pomimo opracowania terapii ukierunkowanych na wewnętrzne szlaki komórek szpiczaka. Uważa się, że nawrót choroby wywodzi się z uśpionych komórek szpiczaka, zlokalizowanych w wyspecjalizowanych niszach, które opierają się terapii i ponownie zasiedlają guz. Jednak niewiele wiadomo na temat niszy i sposobu, w jaki wywiera ona pozakomórkową kontrolę nad uśpieniem i reaktywacją komórek szpiczaka. W tym badaniu śledzimy poszczególne komórki szpiczaka za pomocą obrazowania przyżyciowego, gdy kolonizują niszę śródkostną, wchodzą w stan uśpienia, a następnie aktywują się, tworząc kolonie. Pokazujemy, że stan uśpienia jest stanem odwracalnym, który jest włączany przez kontakt z komórkami wyścielającymi kość lub osteoblastami, a wyłączany przez osteoklasty przebudowujące niszę śródkostną. Uśpione komórki szpiczaka są odporne na chemioterapię, której celem są dzielące się komórki. Wykazanie, że nisza śródkostna odgrywa kluczową rolę w kontrolowaniu stanu uśpienia komórek szpiczaka, wskazuje na potencjał ukierunkowania na mechanizmy zewnętrzne komórki w celu przezwyciężenia wewnątrzkomórkowej oporności na leki i zapobiegania nawrotom choroby.


title: Ludzkie embrionalne komórki macierzyste o cechach biologicznych i epigenetycznych podobnych do ESC myszy.

text: Ludzkie i mysie embrionalne komórki macierzyste (ESC) pochodzą z embrionów w stadium blastocysty, ale mają bardzo różne właściwości biologiczne, a analizy molekularne sugerują, że dotychczas wyizolowany stan pluripotencjalny ludzkich ESC odpowiada stanowi epiblastów komórek macierzystych pochodzących od myszy (EpiSC). . Tutaj zmieniamy tożsamość konwencjonalnych ludzkich ESC w bardziej niedojrzały stan, który w znacznym stopniu dzieli cechy definiujące z pluripotencjalnymi ESC myszy. Osiągnięto to poprzez ektopową indukcję czynników Oct4, Klf4 i Klf2 w połączeniu z LIF i inhibitorami szlaku kinazy syntazy glikogenu 3beta (GSK3beta) i kinazy białkowej aktywowanej mitogenem (ERK1/2). Forskolina, agonista szlaku kinazy białkowej A, który może indukować ekspresję Klf4 i Klf2, przejściowo zastępuje wymóg ektopowej ekspresji transgenu. W przeciwieństwie do konwencjonalnych ludzkich ESC, te epigenetycznie przekształcone komórki mają właściwości wzrostu, stan aktywacji chromosomu X (XaXa), profil ekspresji genów i zależność szlaku sygnałowego, które są bardzo podobne do tych w mysich ESC. Wreszcie, te same warunki wzrostu pozwalają na wyprowadzenie indukowanych przez człowieka pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPS) o podobnych właściwościach jak mysie komórki iPS. Wygenerowanie zwalidowanych „naiwnych” ludzkich ESC umożliwi molekularną analizę wcześniej niezdefiniowanego stanu pluripotencjalnego u ludzi i może otworzyć nowe możliwości dla badań dotyczących konkretnych pacjentów i chorób.


title: IDEALNE w siatkach do wypadania, nietrzymania moczu i naprawy przepukliny.

text: CEL Operacje siatkowe należą do najczęściej stosowanych zabiegów chirurgicznych. Pomimo globalnego rozpowszechnienia siatek stosujących zabiegi chirurgiczne, nie ma obecnie systematycznej analizy występowania i możliwego zapobiegania zdarzeniom niepożądanym po implantacji siatek. MATERIAŁY I METODY W oparciu o zalecenia IDEAL wygenerowano system badań in vitro biokompatybilności siatek chirurgicznych (Innovation). Opracowano strategie powlekania dla optymalizacji biokompatybilności (Rozwój). Natywne i modyfikowane materiały alloplastyczne były testowane na modelu zwierzęcym przez 2 lata (poszukiwania i oceny oraz badania długoterminowe). WYNIKI W 3 siatkach, implantowanych owcom i eksplantowanych w 4 różnych punktach czasowych (a, 3 miesiące; b, 6 miesięcy; c, 12 miesięcy; id, 24 miesiące) w ciągu 24 miesięcy, grubość tkanki zapalnej (TVT a, 35 µm; b, 32 µm; c, 33 µm; d, 28 µm; UltraPro, a, 25 µm; b, 24 µm; c, 21 µm; d, 22 µm; PVDF a, 20 µm; b, 21 µm; c, 14 µm; d, 15 µm), tkanka łączna (TVT a, 37 µm; b, 36 µm; c, 43 µm; d, 41 µm; UltraPro a, 33 µm; b, 32 µm; c, 40 µm; d, 38 µm; PVDF a, 25 µm; b, 22 µm; c, 22 µm; d, 24 µm) i infiltracja makrofagów (TVT a, 36%; b, 33%; c, 23%; d, 20 %; UltraPro a, 34%; b, 28%; c, 25%; d, 22%; PVDF a, 24%; b, 18%; c, 18%; d, 16%) wykazały porównywalne cechy punkt czasowy po eksplantacji. Wydajność in vivo tych siatek w modelu owcy była przewidywalna dzięki opracowanemu wcześniej systemowi testowemu in vitro. Wydaje się, że powlekanie siatek plazmą autologiczną przed implantacją ma pozytywny wpływ na biokompatybilność siatek. WNIOSEK Zastosowaliśmy kryteria IDEALNE do nowej innowacji w zakresie siatek chirurgicznych. Wyniki pozwalają na wygenerowanie rankingu aktualnie dostępnych siatek z potencjałem optymalizacji przyszłych siatek.


title: Heterotop szpiku kostnego. Analiza komórek prekursorowych dla tkanek osteogennych i krwiotwórczych.

text: W semisyngenicznych heterotopowych przeszczepach szpiku pochodzenie dawcy lub biorcy komórek tkanek osteogennych i hematopoetycznych identyfikowano za pomocą markerów chromosomowych (T6) oraz przez odwrotną transplantację do pierwotnej linii dawcy. W syngenicznych i semisyngenicznych przeszczepach szpiku kostnego pod torebką nerkową tworzą się kości i szpik kostny. W przeszczepach allogenicznych powstaje tylko kość; ta kość jest następnie resorbowana. W 14-miesięcznych przeszczepach semisyngenicznych szpik kostny składa się z komórek biorców. Dotyczy to zarówno puli proliferacyjnej, jak i komórek macierzystych tkanki krwiotwórczej. Jednocześnie osteogenne komórki prekursorowe i tkanka kostna w tych przeszczepach są pochodzenia dawcy. Przedstawiono dyskusję na temat współzależności między wyznaczonymi osteogennymi komórkami prekursorowymi (preosteoblastami) a krwiotwórczymi komórkami macierzystymi (lub ich potomkami), w których osteogeneza jest indukowana.


title: TRPM7 jest wymagane w przypadku przerzutów do komórek nowotworu sutka.

text: TRPM7 koduje przepuszczalny dla Ca2+ nieselektywny kanał kationowy o aktywności kinazy. TRPM7 powiązano z kontrolą adhezji i migracji komórek, ale nie ustalono, czy aktywność TRPM7 przyczynia się do progresji nowotworu. Tutaj donosimy, że wysokie poziomy ekspresji TRPM7 niezależnie przewidują słabe wyniki u pacjentów z rakiem piersi i że jest ona funkcjonalnie wymagana do tworzenia przerzutów w mysim modelu heteroprzeszczepu ludzkiego raka piersi. Badania mechanistyczne wykazały, że TRPM7 reguluje napięcie komórkowe oparte na miozynie II, modyfikując w ten sposób liczbę adhezji ogniskowej, adhezję komórka-komórka i ruch spolaryzowanych komórek. Nasze odkrycia sugerują zatem, że TRPM7 jest częścią kompleksu mechanosensorycznego zaadoptowanego przez komórki rakowe do kierowania tworzeniem przerzutów.


title: Zespół słabości: stan przejściowy w dynamicznym procesie

text: Kruchość od dawna uważana jest za synonim niepełnosprawności i chorób współistniejących, jest bardzo rozpowszechniona w starszym wieku i wiąże się z wysokim ryzykiem upadków, hospitalizacji i śmiertelności. Jednak coraz częściej uznaje się, że słabość może być odrębnym zespołem klinicznym o podłożu biologicznym. Proces kruchości wydaje się być stanem przejściowym w dynamicznym postępie od solidności do pogorszenia czynności. Podczas tego procesu całkowite rezerwy fizjologiczne zmniejszają się i stają się mniej prawdopodobne, że będą wystarczające do utrzymania i naprawy starzejącego się organizmu. Kluczowe dla klinicznej koncepcji kruchości jest to, że nie definiuje go żaden pojedynczy zmieniony system, ale że w grę wchodzi wiele systemów. Kliniczny konsensus dotyczący fenotypu, który stanowi słabość, czerpiąc z opinii wielu autorów, wskazuje na wyniszczenie (utratę zarówno masy mięśniowej, jak i siły oraz utratę masy ciała), utratę wytrzymałości, zmniejszoną równowagę i mobilność, spowolnioną wydajność, względną nieaktywność i potencjalnie zmniejszoną funkcję poznawczą. Kruchość jest odrębną jednostką łatwo rozpoznawalną przez klinicystów, z wieloma objawami i bez pojedynczego objawu, który byłby wystarczający lub istotny w jego prezentacji. Objawy obejmują wygląd (zgodny lub nie z wiekiem), stan odżywienia (chudy, utrata masy ciała), subiektywna ocena zdrowia (postrzeganie zdrowia), wydajność (poznawanie, zmęczenie), upośledzenie zmysłów/fizyczne (wzrok, słuch, siła) i bieżąca opieka ( leki, szpital). Chociaż wczesne etapy procesu słabości mogą być nieme klinicznie, gdy wyczerpane rezerwy osiągną próg zbiorczy prowadzący do poważnej podatności, zespół może stać się wykrywalny przez obserwację markerów klinicznych, funkcjonalnych, behawioralnych i biologicznych. Tak więc lepsze zrozumienie tych zmian klinicznych i mechanizmów leżących u ich podstaw, począwszy od stanu przed kruchością, może potwierdzać przekonanie wielu geriatrów, że narastającą słabość można odróżnić od starzenia, a w konsekwencji jest potencjalnie odwracalna. Dlatego przedstawiamy aktualizację fizjopatologii oraz klinicznej i biologicznej charakterystyki procesu kruchości i spekulujemy na temat możliwych metod zapobiegawczych.


title: Progresja przedklinicznej dysfunkcji rozkurczowej do rozwoju objawów.

text: TŁO Przedkliniczna dysfunkcja rozkurczowa (PDD) została zdefiniowana jako osoby z prawidłową funkcją skurczową, dysfunkcją rozkurczową, ale bez objawów niewydolności serca (HF). Fenotyp kliniczny i naturalny przebieg zespołu pozostają słabo określone. Celem tego badania było określenie klinicznego fenotypu i progresji do HF w grupie pacjentów z prawidłową funkcją skurczową i umiarkowaną lub ciężką dysfunkcją rozkurczową, co określono za pomocą kryteriów Dopplera, bez rozpoznania klinicznego HF według kryteriów Framingham lub jakichkolwiek objawów HF, szczególnie duszność, obrzęk lub zmęczenie w czasie echokardiografii. METODY Autorzy wykorzystali zasoby bazy danych echokardiografii Mayo Clinic, aby kolejno wyselekcjonować spośród pacjentów, u których wykonano echokardiogram w 2005 roku, kohortę z umiarkowaną lub ciężką dysfunkcją rozkurczową według kryteriów Dopplera i EF ≥50%. W czasie badania echokardiograficznego pacjenci nie mogli mieć rozpoznania HF ani żadnych objawów HF, w szczególności duszności, obrzęku lub zmęczenia; ani dysfunkcja zastawkowa stopnia 3. lub wyższego (z wyjątkiem zastawki trójdzielnej). W sumie 82 pacjentów przejrzano ich kartę medyczną. Pierwszorzędowym punktem końcowym był czas do rozwoju (1) HF według kryteriów Framingham lub (2) jakichkolwiek objawów duszności, obrzęku lub zmęczenia. WYNIKI Średni wiek w kohorcie pacjentów z PDD wynosił 69+/-10 lat z przewagą kobiet (67%). Obecność nadciśnienia wynosiła 76%, choroba wieńcowa 29%, napadowe migotanie przedsionków 26%, szacunkowy klirens kreatyniny <60 ml/min 51%. Dwuletnie skumulowane prawdopodobieństwo rozwoju HF według kryteriów Framinghama wyniosło 1,9%; jednak 2-letnie skumulowane prawdopodobieństwo wystąpienia jakichkolwiek objawów wynosiło 31,1%. Dwuletnie skumulowane prawdopodobieństwo hospitalizacji kardiologicznej wyniosło 21,2%. Choroba naczyń obwodowych i nadciśnienie były niezależnie związane ze zwiększonym prawdopodobieństwem wystąpienia objawów. WNIOSKI W badaniu wykazano, że nadciśnienie tętnicze, hiperlipidemia, CAD i dysfunkcja nerek są powszechne u pacjentów z PDD. Co ważniejsze, chociaż progresja do rozwoju klinicznej HF w ciągu 2 lat była niewielka, postęp do rozwoju objawów i hospitalizacji kardiologicznych w ciągu 2 lat był umiarkowany. Opierając się na stwierdzeniu, że tylko PVD i nadciśnienie były niezależnie związane z progresją do rozwoju objawów u osobnika z PDD, autorzy spekulują, że interakcja komorowo-tętnicza może być ważna dla progresji dysfunkcji rozkurczowej do rozwoju objawów.


title: Aspiryna w chemoprewencji neoplazji jelita grubego: przegląd.

text: Wiele dowodów potwierdza skuteczność aspiryny w chemoprewencji raka jelita grubego (CRC), oprócz jej dobrze ugruntowanych korzyści w zapobieganiu chorobom naczyniowym. W badaniach epidemiologicznych konsekwentnie obserwowano odwrotną zależność między stosowaniem aspiryny a ryzykiem CRC. Niedawna zbiorcza analiza długoterminowej obserwacji po badaniu prawie 14 000 pacjentów z czterech randomizowanych badań dotyczących zapobiegania chorobom sercowo-naczyniowym wykazała, że codzienne leczenie aspiryną przez około pięć lat wiązało się z 34-procentowym zmniejszeniem śmiertelności z powodu CRC w ciągu 20 lat. Oddzielna metaanaliza prawie 3000 pacjentów z wywiadem gruczolaka jelita grubego lub raka w czterech randomizowanych badaniach profilaktyki gruczolaków wykazała, że aspiryna zmniejszyła częstość występowania zaawansowanych gruczolaków o 28%, a wszelkich gruczolaków o 17%. Wykazano również, że aspiryna jest korzystna w badaniu klinicznym pacjentów z zespołem Lyncha, dziedzicznym zespołem CRC; u osób leczonych kwasem acetylosalicylowym przez co najmniej dwa lata wystąpiło zmniejszenie o 50% lub więcej ryzyka CRC rozpoczynającego się pięć lat po randomizacji i po odstawieniu kwasu acetylosalicylowego. Kilka badań obserwacyjnych wykazało wzrost przeżycia wśród pacjentów z CRC stosujących aspirynę. Podsumowując, wyniki te wzmacniają argumenty za rozważeniem długoterminowego stosowania aspiryny w profilaktyce CRC. Pomimo tych przekonujących danych, nie ma zgody co do równowagi ryzyka i korzyści związanych z długotrwałym stosowaniem aspiryny, szczególnie w populacjach niskiego ryzyka. Optymalna dawka do stosowania w profilaktyce raka oraz dokładny mechanizm działania przeciwnowotworowego aspiryny wymagają dalszych badań.


title: Trio receptorów chemokin: CXCR3, CXCR4 i CXCR7 przenikają przez CXCL11 i CXCL12.

text: Chociaż chemokiny są dobrze ugruntowane w działaniu w odporności oraz aktywacji i proliferacji komórek śródbłonka, szybko rosnąca literatura sugeruje, że receptory CXC dla chemokin CXCR3, CXCR4 i CXCR7 są krytyczne w rozwoju i progresji guzów litych. Wpływ tych receptorów chemokin na nowotworzenie odbywa się za pośrednictwem interakcji ze wspólnymi ligandami I-TAC (CXCL11) i SDF-1 (CXCL12). W ciągu ostatniej dekady szeroko donoszono, że CXCR4 ulega nadekspresji w większości ludzkich guzów litych i poświęca się dużo uwagi wyjaśnieniu jego roli w przerzutach raka. W celu wzbogacenia istniejącego arsenału leków przeciwnowotworowych, wiele inhibitorów osi CXCL12-CXCR4 pojawiło się jako dodatkowe lub alternatywne środki do leczenia neoadiuwantowego, a nawet wiele z nich znajduje się w przedklinicznym i klinicznym stadium rozwoju. Jednak odkrycie CXCR7 jako innego receptora dla CXCL12 o dość wysokim powinowactwie wiązania i niedawne doniesienia o jego udziale w progresji raka zakwestionowały potencjał „selektywnej blokady” CXCR4 jako chemioterapeutyków przeciwnowotworowych. Co ciekawe, CXCR7 może również wiązać inną chemokinę CXCL11, która jest uznanym ligandem dla CXCR3. Ostatnie doniesienia udokumentowały, że CXCR3 i ich ligandy ulegają nadekspresji w różnych guzach litych i regulują wzrost guza i przerzuty. Dlatego ważne jest rozważenie interakcji i wzajemnego oddziaływania między tymi trzema receptorami chemokin i ich kaskadami sygnalizacyjnymi, w których pośredniczą ligandy, w celu opracowania skutecznych terapii przeciwnowotworowych. Pojawiające się dowody wskazują również, że receptory te ulegają zróżnicowanej ekspresji w komórkach śródbłonka guza, jak również w nowotworowych komórkach macierzystych, co sugeruje ich bezpośrednią rolę w regulacji angiogenezy i przerzutów guza. W tym przeglądzie skupimy się na sygnałach, w których pośredniczy to trio receptorów za pośrednictwem ich wspólnych ligandów oraz ich roli we wzroście i progresji guza.


title: Ludzka cyklina a jest wymagana do mitozy aż do połowy profazy

text: Wykorzystaliśmy mikroiniekcję i wideomikroskopię poklatkową, aby zbadać rolę cykliny A w mitozie. Wstrzyknęliśmy oczyszczoną, aktywną cyklinę A/kinazę zależną od cykliny 2 (CDK2) do zsynchronizowanych komórek w określonych punktach cyklu komórkowego i zbadaliśmy jej wpływ na podział komórek. Odkryliśmy, że cyklina A/CDK2 doprowadzi komórki fazy G2 do mitozy w ciągu 30 minut od mikroiniekcji, do 4 godzin przed rozpoczęciem mitozy przez komórki kontrolne. Często ta przedwczesna mitoza jest nieprawidłowa; chromosomy nie kondensują się całkowicie, a komórki potomne łączą się. Co ciekawe, mikrowstrzyknięcie cykliny A/CDK2 do komórek fazy S nie ma wpływu na przejście przez następną fazę G2 lub mitozę. W komplementarnych doświadczeniach mikrowstrzyknęliśmy koniec aminowy p21Cip1/Waf1/Sdi1 (p21N) do komórek, aby zahamować aktywność cykliny A/CDK2. Odkryliśmy, że p21N zapobiegnie przechodzeniu komórek fazy S lub fazy G2 do mitozy i spowoduje powrót komórek wczesnej profazy do interfazy. Wyniki te sugerują, że cyklina A/CDK2 jest składnikiem ograniczającym szybkość, wymaganym do wejścia w mitozę i przejścia przez mitozę do późnej profazy. Sugerują również, że cyklina A/CDK2 może być celem ostatnio opisanego punktu kontrolnego profazy.


title: Krótka, czterosesyjna grupowa CBT zmniejsza zachowania związane z napadami objadania się wśród kandydatów do operacji bariatrycznej.

text: TŁO Celem tego badania była ocena skuteczności krótkiej, 4-sesyjnej psychoterapii poznawczo-behawioralnej w napadach objadania się wśród kandydatów do operacji bariatrycznych w akademickim ośrodku medycznym. Zachowania związane z napadami objadania się powiązano z gorszymi wynikami wśród pacjentów po operacjach bariatrycznych, a zaburzenia z napadami objadania się uważano za przeciwwskazanie w programach chirurgicznych, z których niektóre nakazywały przedoperacyjne leczenie napadowego objadania się. Jednak żadne wcześniejsze badania nie sprawdzały, czy przedoperacyjna interwencja z napadami objadania się może skutecznie zredukować zachowania związane z napadami objadania się wśród poważnie otyłych kandydatów do operacji bariatrycznych. METODY W sumie 243 kandydatów do operacji bariatrycznych przeszło krótką grupową terapię poznawczo-behawioralną dotyczącą zachowań związanych z napadami objadania się i otrzymało Skalę Objadania się i podało liczbę tygodniowych epizodów objadania się podczas wstępnej oceny psychologicznej i ponownie po sesjach grupowych. W badaniu wykorzystano projekt interwencji pre-post. WYNIKI Wyniki sugerowały znaczne zmniejszenie zarówno zachowań związanych z napadami objadania się, jak i procesów poznawczych oraz epizodów objadania się po interwencji grupowej. Skuteczność interwencji nie różniła się w zależności od płci czy pochodzenia etnicznego (czarny kontra biały). WNIOSEK Krótka interwencja poznawczo-behawioralna może zredukować napadowe objadanie się wśród kandydatów do operacji bariatrycznej. Biorąc pod uwagę potencjalny wpływ napadowego objadania się na wyniki, programy chirurgii bariatrycznej mogą przynieść korzyści w postaci leczenia napadowego objadania się przed operacją.


title: Wpływ zaprzestania palenia tytoniu po rozpoznaniu raka płuca we wczesnym stadium na rokowanie: przegląd systematyczny badań obserwacyjnych z metaanalizą

text: CEL Przeprowadzenie systematycznego przeglądu dowodów, że zaprzestanie palenia tytoniu po rozpoznaniu pierwotnego guza płuca wpływa na rokowanie. PROJEKT Przegląd systematyczny z metaanalizą. ŹRÓDŁA DANYCH CINAHL (od 1981), Embase (od 1980), Medline (od 1966), Web of Science (od 1966), CENTRAL (od 1977) do grudnia 2008 oraz wykazy bibliograficzne włączonych badań. WYBÓR BADANIA Włączono randomizowane badania kontrolowane lub obserwacyjne badania obserwacyjne, w których mierzono wpływ rzucenia palenia po rozpoznaniu raka płuca na rokowanie, niezależnie od stadium w chwili wystąpienia lub histologii nowotworu. EKSTRAKCJA DANYCH Dwóch badaczy niezależnie zidentyfikowało badania dotyczące włączania i ekstrakcji danych. Szacunki połączono przy użyciu modelu efektów losowych, a do zbadania niejednorodności wykorzystano statystykę I(2). Tabele trwania życia zostały użyte do modelowania pięcioletniego przeżycia dla niedrobnokomórkowego raka płuca we wczesnym stadium i ograniczonego stadium drobnokomórkowego raka płuca, wykorzystując wskaźniki zgonów dla osób palących i rzucających palenie uzyskane w tym przeglądzie. WYNIKI W 9/10 włączonych badań większość badanych pacjentów miała zdiagnozowaną we wczesnym stadium nowotwór płuca. Kontynuowanie palenia wiązało się ze znacznie zwiększonym ryzykiem śmiertelności z wszystkich przyczyn (współczynnik ryzyka 2,94, 95% przedział ufności 1,15 do 7,54) i nawrotu (1,86, 1,01 do 3,41) we wczesnym stadium niedrobnokomórkowego raka płuca i śmiertelności z jakiejkolwiek przyczyny ( 1,86, 1,33 do 2,59), rozwój drugiego guza pierwotnego (4,31, 1,09 do 16,98) i nawrót (1,26, 1,06 do 1,50) w ograniczonym stadium drobnokomórkowego raka płuca. Żadne badanie nie zawierało danych dotyczących wpływu rzucenia palenia na śmiertelność związaną z nowotworem lub na rozwój drugiego guza pierwotnego w niedrobnokomórkowym raku płuca. Modelowanie tablic życia na podstawie tych danych oszacowało 33% pięcioletnie przeżycie u 65-letnich pacjentów z niedrobnokomórkowym rakiem płuca we wczesnym stadium, którzy nadal palili, w porównaniu z 70% u osób, które rzuciły palenie. Szacuje się, że w ograniczonym stadium drobnokomórkowego raka płuca 29% stałych palaczy przeżyłoby pięć lat w porównaniu z 63% osób, które rzuciły palenie, na podstawie danych z tego przeglądu. WNIOSKI Niniejszy przegląd dostarcza wstępnych dowodów, że zaprzestanie palenia tytoniu po rozpoznaniu raka płuca we wczesnym stadium poprawia rokowanie. Na podstawie modelowania tablic trwania życia szacunkowa liczba zgonów, którym można zapobiec, jest większa niż można by się spodziewać po zmniejszeniu liczby zgonów z przyczyn sercowo-oddechowych po rzuceniu palenia, więc większość wzrostu śmiertelności jest prawdopodobnie spowodowana zmniejszoną progresją raka. Wyniki te wskazują, że oferowanie leczenia rzucania palenia pacjentom z rakiem płuc we wczesnym stadium może być korzystne.


title: Przeprogramowanie epigenetyczne i indukowana pluripotencja.

text: Klonowanie zwierząt z komórek dorosłych wykazało, że stan rozwojowy komórek dorosłych może zostać przeprogramowany na stan komórek embrionalnych przez niescharakteryzowane czynniki w oocytu. Niedawno zidentyfikowano czynniki transkrypcyjne, które mogą indukować pluripotencjalność w komórkach somatycznych bez użycia oocytów, generując indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste (iPS). Komórki iPS zapewniają unikalną platformę do analizy mechanizmów molekularnych leżących u podstaw przeprogramowania epigenetycznego. Co więcej, komórki iPS mogą nas nauczyć zasad prawidłowego rozwoju i choroby, a ostatecznie mogą ułatwić leczenie pacjentów za pomocą dostosowanej do potrzeb terapii komórkowej.


title: Różnice między płciami w śmiertelności po ostrych zespołach wieńcowych.

text: KONTEKST Istnieją sprzeczne informacje na temat tego, czy różnice płci wpływają na krótkoterminową śmiertelność po ostrych zespołach wieńcowych (ACS). CELE Zbadanie związku między płcią a 30-dniową śmiertelnością w OZW i ustalenie, czy związek ten został zmodyfikowany przez zespół kliniczny lub anatomię naczyń wieńcowych, przy użyciu dużej bazy danych obejmującej spektrum OZW i z uwzględnieniem potencjalnie zakłócających klinicznych zmiennych towarzyszących. PROJEKT, STANOWISKO I UCZESTNICY Wygodna próba pacjentów zebrana z 11 niezależnych, międzynarodowych, randomizowanych badań klinicznych ACS w latach 1993-2006, których bazy danych są utrzymywane w Duke Clinical Research Institute w Durham w Północnej Karolinie. Spośród 136 247 pacjentów 38 048 (28%) stanowiły kobiety; 102 004 (26% kobiet) z zawałem mięśnia sercowego z uniesieniem odcinka ST (STEMI), 14 466 (29% kobiet) bez STEMI (NSTEMI) i 19 777 (40% kobiet) z niestabilną dławicą piersiową. GŁÓWNY WYNIK WYNIKÓW Śmiertelność trzydziestodniowa po ACS. WYNIKI Śmiertelność trzydziestodniowa wyniosła 9,6% u kobiet i 5,3% u mężczyzn (iloraz szans [OR] 1,91; 95% przedział ufności [CI] 1,83-2,00). Po dostosowaniu wieloczynnikowym śmiertelność nie różniła się istotnie między kobietami i mężczyznami (skorygowany OR 1,06; 95% CI 0,99-1,15). Wykazano istotną płeć ze względu na rodzaj interakcji ACS (P < 0,001). W STEMI śmiertelność 30-dniowa była wyższa wśród kobiet (skorygowany OR 1,15; 95% CI 1,06-1,24), natomiast w NSTEMI (skorygowany OR 0,77; 95% CI 0,63-0,95) i niestabilnej dławicy piersiowej śmiertelność była niższa wśród kobiet (skorygowany OR 0,55; 95% CI 0,43-0,70). W kohorcie 35 128 pacjentów z danymi angiograficznymi kobiety częściej miały nieobturacyjną (15% vs 8%) i rzadziej 2-naczyniową (25% vs 28%) i 3-naczyniową (23% vs 26%) chorobę wieńcową , niezależnie od typu ACS. Po dodatkowej korekcie ze względu na ciężkość angiografii śmiertelność 30-dniowa wśród kobiet nie różniła się istotnie od mężczyzn, niezależnie od typu OZW. Zależność między płcią a 30-dniową śmiertelnością była podobna na poziomach ciężkości angiograficznych choroby (P dla interakcji = 0,70). WNIOSKI W 30-dniowej śmiertelności wśród pacjentów z OZW występowały różnice zależne od płci i różnią się one w zależności od obrazu klinicznego. Wydaje się jednak, że różnice te można w dużej mierze wytłumaczyć różnicami klinicznymi w przebiegu i nasileniu udokumentowanej angiograficznie choroby.


title: Topologia błony 60 kDa homologu Oxa1p z Escherichia coli.

text: Scharakteryzowaliśmy topologię błony 60-kDa białka błony wewnętrznej z Escherichia coli, która jest homologiczna do niedawno zidentyfikowanego białka Oxa1p w mitochondriach Saccharomyces cerevisiae zaangażowanych w składanie mitochondrialnych białek błony wewnętrznej. Analizy hydrofobowości i fuzji fosfatazy alkalicznej sugerują topologię błony z sześcioma segmentami transbłonowymi, w tym N-końcową sekwencję kotwicy sygnału nieobecną w mitochondrialnym Oxa1p. W przeciwieństwie do częściowych N-końcowych konstruktów białka fuzyjnego, białko pełnej długości fałduje się w konformację odporną na proteazę, co sugeruje, że ważne determinanty fałdowania są obecne w C-końcowej części cząsteczki.


title: Identyfikacja i charakterystyka wzajemnych zależności między białkiem X wirusa zapalenia wątroby typu B a Smc5/6

text: Białko wirusa zapalenia wątroby typu B X (HBx) odgrywa zasadniczą rolę w cyklu replikacji wirusa zapalenia wątroby typu B (HBV), ale do niedawna funkcja HBx była nieuchwytna. Niedawno wykazano, że transkrypcja z genomu HBV (kowalencyjnie zamknięte koliste DNA, cccDNA) jest hamowana przez strukturalne utrzymanie kompleksu chromosomów 5/6 (Smc5/6), a kluczową funkcją HBx jest przekierowanie DNA- uszkodzenie ligazy ubikwityny białka 1 (DDB1) E3, aby skierować ten kompleks do degradacji. W ten sposób HBx łagodzi represję transkrypcji przez Smc5/6 i stymuluje ekspresję genu HBV. W tym przeglądzie szczegółowo omawiamy, w jaki sposób zidentyfikowano i scharakteryzowano wzajemne oddziaływanie między HBx i Smc5/6. Omawiamy również to, co wiadomo na temat hamowania transkrypcji cccDNA przez Smc5/6, czasu ekspresji HBx oraz potencjalnej roli HBx w promowaniu raka wątrobowokomórkowego (HCC).


title: Przenoszenie pionowe wirusa zapalenia wątroby typu C (HCV) u 12-miesięcznych niemowląt urodzonych przez kobiety zakażone HCV i ocena matczynych czynników ryzyka

text: Tło. Wirus zapalenia wątroby typu C (HCV) jest niedocenianą przyczyną dziecięcej choroby wątroby, najczęściej nabytej w drodze transmisji pionowej (VT). Aktualne wytyczne, które obejmują opcję badań przesiewowych niemowląt na obecność HCV RNA w wieku 1-2 miesięcy, opierają się na danych przed aktualnymi testami opartymi na reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) w czasie rzeczywistym. Wcześniejsze badania wykazały częstość występowania częstoskurczu komorowego na poziomie 4%-15% oraz związek z wysoką wiremią matki. Oceniliśmy HCV RNA u niemowląt z HCV VT oraz matczyne czynniki ryzyka w prospektywnej kohorcie w Kairze w Egipcie. Metody. Kobiety w ciąży były badane pod kątem HCV od grudnia 2012 do marca 2014. W przypadku osób z wiremią HCV ich niemowlęta były badane w wieku 12 miesięcy pod kątem HCV RNA przy użyciu PCR w czasie rzeczywistym. Matczyne czynniki ryzyka oceniane pod kątem związku z HCV VT obejmowały poziomy HCV RNA, sposób porodu i matczyny genotyp IL28B. Wyniki. Spośród 2514 przebadanych kobiet, 54 kobiety były zakażone (2,1%) i urodziły 56 niemowląt. Spośród nich 51 niemowląt z 49 kobiet zostało przebadanych w wieku 12 miesięcy. Tylko 7 niemowląt miało wiremię, a częstość VT HCV wynosiła 14,3% (7 z 49). Mediana RNA HCV u niemowląt wynosiła 2100 IU/ml. Żaden z analizowanych matczynych czynników ryzyka nie był związany z transmisją. Wnioski. W Egipcie, gdzie HCV jest wysoce endemiczny, zaobserwowaliśmy ogólny 12-miesięczny odsetek HCV VT wynoszący 14,3%. Dalsze badania powinny koncentrować się na lepszej identyfikacji kobiet w ciąży, które są bardziej podatne na wertykalne przenoszenie HCV oraz na wcześniejszych badaniach niemowląt w celu zidentyfikowania tych, które mogą rozwinąć przewlekłość.


title: Długoterminowa obserwacja choroby szyjki macicy u kobiet przebadanych za pomocą cytologii i testów HPV: wyniki badania HART

text: TŁO Kilka badań wykazało, że testowanie typów wirusa brodawczaka ludzkiego wysokiego ryzyka (HPV) skutkuje lepszą wrażliwością na CIN2+ w porównaniu z cytologią, chociaż z nieco niższą specyficznością. METODY Po udziale w badaniu HART, porównującym badanie HPV (HC-II) z cytologią jako podstawowym badaniem przesiewowym, uzyskaliśmy wyniki kontrolne, z co najmniej jednym rozmazem. WYNIKI Przy medianie obserwacji wynoszącej 6 lat zidentyfikowano 42 dodatkowe przypadki CIN2+; kobiety, które były HPV dodatnie na początku badania, były bardziej narażone na rozwój CIN2+ niż te, które były HPV ujemne (współczynnik ryzyka (HR) 17,2; 95% przedział ufności (CI) (9,3-31,6)), a ryzyko wzrastało wraz ze wzrostem miana wirusa. W porównaniu z kobietami HPV-ujemnymi (względna jednostka światła (RLU) <1), HR (95% CI) wyniósł 5,4 (1,6, 18,2) dla 1-10 RLU i 25,5 (13,6, 47,9) dla RLU > lub = 10. Cytologia dodatnia (graniczna lub gorsza w porównaniu z ujemną) również była predyktorem rozwoju CIN2, chociaż w mniejszym stopniu (HR 8,7; 95% CI (4,5-17,1)). Tylko jeden przypadek CIN3 i trzy przypadki CIN2 stwierdzono u kobiet, które wykazały dodatni wynik cytologii, ale na początku badania były ujemne pod względem HPV. WNIOSEK Po 5 latach obserwacji CIN2+ wystąpił u 0,23% kobiet z ujemnym wynikiem badania HPV na początku badania w porównaniu z 0,48% kobiet z ujemnym wynikiem cytologii, co wskazuje na znacznie dłuższy odstęp niskiego ryzyka dla CIN2+ po badaniu HPV.


title: Ciężar jaglicy w hrabstwie Ayod w Sudanie Południowym

text: TŁO Ślepoty z powodu jaglicy można uniknąć dzięki chirurgii, antybiotykom, higienie twarzy i poprawie środowiska (SAFE). Ostatnie badania wykazały, że jaglica jest poważną przyczyną ślepoty w Sudanie Południowym. Przeprowadziliśmy to badanie w hrabstwie Ayod w stanie Jonglei, aby oszacować potrzebę działań interwencyjnych w celu wyeliminowania oślepiającej jaglicy. METODOLOGIA I WNIOSKI Przekrojowe, dwustopniowe, losowe badanie klastrowe zostało przeprowadzone w listopadzie 2006 r. Wszyscy mieszkańcy wybranych gospodarstw domowych zostali poddani ocenie klinicznej pod kątem jaglicy przy użyciu uproszczonego schematu oceny Światowej Organizacji Zdrowia (WHO). Łącznie przebadano 2335 osób z 392 gospodarstw domowych, z których 1107 było w wieku powyżej 14 lat. Częstość występowania objawów aktywnej jaglicy u dzieci w wieku 1-9 lat wynosiła: zapalenie jaglicy pęcherzykowej (TF) = 80,1% (95% przedział ufności [CI], 73,9-86,3); intensywne zapalenie jaglicy (TI) = 60,7% (95% CI, 54,6-66,8); oraz TF i/lub TI (aktywna jaglica) = 88,3% (95% CI, 83,7-92,9). Częstość występowania trichiasis trachomatous (TT) wynosiła 14,6% (95% CI, 10,9-18,3) u dorosłych w wieku powyżej 14 lat; 2,9% (95% CI, 0,4-5,3) u dzieci w wieku 1-14 lat; oraz 8,4% (95% CI, 5,5-11,3) ogółem. Częstość występowania zmętnienia rogówki u osób powyżej 14 roku życia z TT wynosiła 6,4% (95% CI, 4,5-8,3). Nie zaobserwowano statystycznie istotnej różnicy w częstości występowania objawów jaglicy między płciami. Jaglica dotyczyła prawie wszystkich badanych gospodarstw domowych: 384/392 (98,0%) miało co najmniej jedną osobę z czynną jaglicą, a 130 (33,2%) miało co najmniej jedną osobę z włośnicą. WNIOSKI Jaglica jest niepotrzebnym problemem zdrowia publicznego w Ayod. Wysoka częstość występowania aktywnej jaglicy i włośnicy potwierdza poważne obciążenie oślepiającej jaglicy występującej w innych postkonfliktowych obszarach Sudanu Południowego. W oparciu o progi zalecane przez WHO, wszystkie aspekty strategii SAFE są wskazane w celu wyeliminowania zaślepiającej jaglicy w Ayod.


title: Stulecie cholesterolu i naczyń wieńcowych: od płytek przez geny do statyn

text: Jedna czwarta wszystkich zgonów w krajach uprzemysłowionych wynika z choroby wieńcowej serca. Sto lat badań ujawniło podstawowy czynnik sprawczy: lipoproteinę o niskiej gęstości (LDL) przenoszącą cholesterol. LDL jest kontrolowany przez specyficzne receptory (LDLR) w wątrobie, które usuwają go z krwi. Mutacje, które eliminują LDLR, podnoszą poziom LDL i powodują zawał serca w dzieciństwie, podczas gdy mutacje, które podnoszą LDLR, zmniejszają LDL i zmniejszają zawały serca. Jeśli mamy wyeliminować chorobę wieńcową, głównym celem powinno być obniżenie LDL. Obecnie dostępne są skuteczne środki do osiągnięcia tego celu. Kluczowe pytania to: kogo leczyć, kiedy leczyć i jak długo leczyć.


title: Śmiertelność okołoporodowa na obszarach wiejskich w Chinach: retrospektywne badanie kohortowe.

text: CELE Zbadanie wykorzystania lokalnych danych rejestrowych do oceny śmiertelności okołoporodowej w typowym hrabstwie wiejskim w mniej rozwiniętej prowincji w Chinach, 1999-2000. PROJEKT Retrospektywne badanie kohortowe. Ciąże w kohorcie kobiet następowały od rejestracji ciąży do wyniku u dziecka w 7 dni po urodzeniu. USTANOWIENIE Rutynowych zapisów planowania rodziny w 20 wiejskich miasteczkach we wschodnich Chinach. TEMATY 3697 ciąż zarejestrowanych przez lokalny system planowania rodziny w 1999 roku. GŁÓWNE DZIAŁANIA WYNIKOWE Poronienia, martwe urodzenia, wczesna śmiertelność noworodków, śmiertelność okołoporodowa. WYNIKI Tylko trzy przypadki zostały utracone do dalszych działań. Średni wiek kobiet w ciąży wynosił 25,9 lat. Trzysta dwanaście ciąż zostało przerwanych, a 240 zakończyło się poronieniem (łącznie 552, 15%). Śmiertelność okołoporodowa wynosiła 69 na 1000 urodzeń, odsetek martwych urodzeń 24 na 1000 urodzeń, a wczesna śmiertelność noworodków 46 na 1000 urodzeń żywych. Wczesna śmiertelność noworodków wynosiła 29 u chłopców i 69 u dziewcząt na 1000 żywych urodzeń. Wskaźnik umieralności okołoporodowej wyraźnie wzrastał wraz z parytetem i był wyższy w gminach o niższym dochodzie na mieszkańca. WNIOSKI System planowania rodziny na najbardziej lokalnym poziomie jest użytecznym źródłem danych do badania umieralności okołoporodowej na wiejskich obszarach Chin. Wskaźnik umieralności okołoporodowej w hrabstwie objętym badaniem był wyższy niż wcześniej zgłaszano zarówno na obszarach wiejskich, jak i miejskich w Chinach. Wyniki z podziałem na parytet i płeć niemowlęcia budzą zaniepokojenie wpływem polityki jednego dziecka.


title: Zakłócenie genetyczne zorzy B odkrywa kluczową rolę zorzy C we wczesnym rozwoju ssaków.

text: Mitoza jest kontrolowana przez wiele kinaz, które kierują progresją cyklu komórkowego i zapobiegają nieprawidłowej segregacji chromosomów. Kinaza Aurora B wchodzi w interakcję z surwiwiną, borealiną i incenp, tworząc chromosomalny kompleks pasażerski (CPC), który bierze udział w regulacji przyłączeń mikrotubula-kinetochor i cytokinezie. Podczas gdy ablacja genetyczna surwiwiny, borealiny lub kadzidła powoduje wczesną śmiertelność na etapie moruli, pokazujemy tutaj, że zorza B jest zbędna dla funkcji CPC podczas wczesnych podziałów komórkowych, a zarodki zerowe z zorzy B są normalnie wszczepiane. Wynika to z kluczowej funkcji zorzy C podczas tych wczesnych cykli embrionalnych. Ekspresja zorzy C zmniejsza się w późnych stadiach blastocysty, co powoduje defekty po implantacji w zarodkach zerowych zorzy B. Te defekty korelują z obfitymi liczbami prometafazy i apoptotyczną śmiercią komórek wewnętrznej masy komórek z niedoborem zorzy B. Warunkowa delecja zorzy B w komórkach somatycznych, w których nie zachodzi ekspresja zorzy C, skutkuje niewspółosiowością chromosomów i brakiem segregacji chromosomów. Ponowna ekspresja dzikiego typu, ale nie martwej kinazy, aurora C ratuje ten defekt, co sugeruje funkcjonalne nakładanie się tych dwóch kinaz. Wreszcie, komórki zerowe aurora B częściowo zatrzymują się w obecności nokodazolu, co sugeruje, że ta kinaza nie jest niezbędna dla punktu kontrolnego składania wrzeciona.