title: Rozwój mikrostruktury istoty białej mózgu noworodków człowieka oceniany in vivo za pomocą rezonansu magnetycznego na podstawie tensora dyfuzji.

text: Zmiany w architekturze istoty białej mózgu w rozwijającym się ludzkim mózgu mogą wpływać na rozwój kory mózgowej i powodować niepełnosprawność funkcjonalną. Do pomiaru pozornego współczynnika dyfuzji, obliczenia względnej anizotropii i wyznaczenia trójwymiarowej architektury włókien w istocie białej mózgu u wcześniaków zastosowano sekwencję obrazowania rezonansu magnetycznego ważonego dyfuzją (MRI) z analizą tensora dyfuzji (n = 17) oraz niemowlęta urodzone o czasie (n = 7). W celu oceny wpływu wcześniactwa na rozwój istoty białej mózgu, wcześniaki we wczesnym okresie ciąży (n = 10) badano po raz drugi w terminie. W centralnej istocie białej średni pozorny współczynnik dyfuzji w 28. tygodniu był wysoki, 1,8 µm2/ms i obniżył się w kierunku terminu do 1,2 µm2/ms. W tylnej odnodze torebki wewnętrznej średnie pozorne współczynniki dyfuzji w obu przypadkach były podobne (1,2 w porównaniu z 1,1 mikrom2/ms). Anizotropia względna była tym wyższa, im bliżej porodu zbliżał się termin porodu, z większymi wartościami bezwzględnymi w torebce wewnętrznej niż w centralnej istocie białej. Wcześniaki o czasie wykazywały wyższe średnie współczynniki dyfuzji w centralnej istocie białej (1,4 +/- 0,24 w porównaniu z 1,15 +/- 0,09 mikrom2/ms, p = 0,016) i niższą względną anizotropię w obu obszarach w porównaniu z niemowlętami urodzonymi o czasie (istota biała). , 10,9 +/- 0,6 w porównaniu do 22,9 +/- 3,0%, p = 0,001; torebka wewnętrzna 24,0 +/- 4,44 w porównaniu z 33,1 +/- 0,6% p = 0,006). Włókna niezmielinizowane w ciele modzelowatym były widoczne w MRI tensora dyfuzji już w 28 tygodniu; u noworodków urodzonych o czasie i urodzonych o czasie wykazywały znaczne różnice w organizacji włókien istoty białej. Dane wskazują, że ilościowa ocena dyfuzji wody za pomocą MRI tensora dyfuzji zapewnia wgląd w rozwój mikrostruktury istoty białej mózgu u żywych niemowląt.


title: Indukcja mielodysplazji przez komórki supresorowe pochodzenia szpikowego.

text: Zespoły mielodysplastyczne (MDS) to zależne od wieku nowotwory złośliwe komórek macierzystych, które mają wspólne cechy biologiczne aktywowanej adaptacyjnej odpowiedzi immunologicznej i nieskutecznej hematopoezy. W tym miejscu donosimy, że komórki supresorowe pochodzenia szpikowego (MDSC), które są klasycznie powiązane z immunosupresją, stanem zapalnym i rakiem, znacznie się rozrosły w szpiku kostnym pacjentów z MDS i odegrały patogenną rolę w rozwoju nieskutecznej hematopoezy. Te klonalnie odmienne MDSC nadprodukują hematopoetyczne cytokiny supresyjne i działają jako silne efektory apoptotyczne nakierowane na autologiczne komórki progenitorowe krwiotwórcze. Korzystając z wielu modeli transfekowanych komórek, odkryliśmy, że ekspansja MDSC jest napędzana przez interakcję prozapalnej cząsteczki S100A9 z CD33. Te 2 białka utworzyły funkcjonalną parę ligand/receptor, która rekrutowała składniki do motywu hamowania opartego na tyrozynie immunoreceptora CD33 (ITIM), indukując wydzielanie supresyjnych cytokin IL-10 i TGF-β przez niedojrzałe komórki szpiku. Transgeniczne myszy S100A9 wykazywały akumulację MDSC w szpiku kostnym, której towarzyszył rozwój postępujących wieloliniowych cytopenii i dysplazji cytologicznej. Co ważne, wczesne wymuszone dojrzewanie MDSC przez leczenie kwasem całkowicie trans-retinowym lub przerwanie sygnalizacji CD33 z aktywnym immunoreceptorem opartym na motywie aktywacyjnym niosącym tyrozynę (niosącym ITAM) (DAP12) uratowało fenotyp hematologiczny. Odkrycia te wskazują, że pierwotna ekspansja MDSC w szpiku kostnym kierowana szlakiem S100A9/CD33 zaburza hematopoezę i przyczynia się do rozwoju MDS.


title: BC1 RNA, transkrypt genu głównego do amplifikacji elementu ID, jest w stanie zapoczątkować własną odwrotną transkrypcję.

text: Elementy ID to krótkie, rozproszone elementy (SINE) występujące w dużej liczbie kopii w wielu genomach gryzoni. BC1 RNA, transkrypt powiązany z ID, pochodzi z pojedynczej kopii genu BC1 RNA. Wykazano, że gen BC1 RNA jest genem nadrzędnym dla amplifikacji elementu ID w genomach gryzoni. Elementy ID są rozpraszane w procesie zwanym retropozycją. Proces retropozycji obejmuje szereg potencjalnych kroków regulacyjnych. Te etapy regulacyjne mogą obejmować transkrypcję w odpowiedniej tkance, stabilność transkryptu, przygotowanie transkryptu RNA do odwrotnej transkrypcji i integracji. Niniejsze badanie koncentruje się na przygotowaniu transkryptu RNA do odwrotnej transkrypcji. Wykazano, że transkrypty genu BC1 RNA są zdolne do zapoczątkowania własnej odwrotnej transkrypcji w wydajny wewnątrzcząsteczkowy i specyficzny dla miejsca sposób. Ta zdolność do samozasysania jest konsekwencją struktury drugorzędowej regionu unikalnego 3'. Obserwacja, że gen aktywnie amplifikowany w trakcie ewolucji gryzoni sprawia, że RNA jest zdolny do wydajnej samoinicjującej odwrotnej transkrypcji silnie sugeruje, że samostanowienie jest co najmniej jedną cechą ustanawiającą gen BC1 RNA jako gen nadrzędny do amplifikacji elementów ID.


title: Metylom DNA komórek jednojądrzastych krwi obwodowej człowieka

text: Metylacja DNA odgrywa ważną rolę w procesach biologicznych zachodzących w zdrowiu i chorobie człowieka. Ostatnie postępy technologiczne umożliwiają bezstronną analizę metylacji całego genomu DNA (metylom) na ludzkich komórkach. Stosując sekwencjonowanie całego genomu wodorosiarczynem przy 24,7-krotnym pokryciu (12,3-krotnym na nić), przedstawiamy kompleksowy (92,62%) metylom i analizę unikalnych sekwencji w ludzkich jednojądrzastych komórkach krwi obwodowej (PBMC) od tego samego osobnika azjatyckiego, którego genom został rozszyfrowany w projekcie YH. PBMC stanowią ważne źródło badań klinicznych krwi na całym świecie. Odkryliśmy, że 68,4% miejsc CpG i <0,2% miejsc innych niż CpG było zmetylowanych, co pokazuje, że metylacja cytozyny nie-CpG jest niewielka w ludzkich PBMC. Analiza metylomu PBMC ujawniła bogaty krajobraz epigenomiczny dla 20 różnych cech genomowych, w tym sekwencji regulatorowych, kodujących białko, niekodujących, kodujących RNA i sekwencji powtórzeń. Integracja naszych danych metylomowych z sekwencją genomu YH umożliwiła pierwszą kompleksową ocenę metylacji swoistej dla alleli (ASM) między dwoma metylomami haploidów dowolnego osobnika i pozwoliła na identyfikację 599 regionów o zróżnicowanej metylacji haploidów (hDMR) obejmujących 287 genów. Spośród nich 76 genów miało hDMR w odległości 2 kb od ich transkrypcyjnych miejsc startowych, z których >80% wykazywało ekspresję specyficzną dla allelu (ASE). Dane te pokazują, że ASM jest zjawiskiem nawracającym i jest silnie skorelowane z ASE w ludzkich PBMC. Wraz z niedawno opublikowanymi podobnymi badaniami, nasze badanie zapewnia obszerne źródło dla przyszłych badań epigenomicznych i potwierdza nową technologię sekwencjonowania jako paradygmat dla badań epigenomicznych na dużą skalę.


title: Gen ludzkiego białka zasadowego mieliny jest zawarty w jednostce transkrypcyjnej o długości 179 kilozasad: ekspresja w układzie odpornościowym i ośrodkowym układzie nerwowym.

text: Dwa ludzkie cDNA Golli (dla genu wyrażanego w linii oligodendrocytów)-MBP (dla zasadowego białka mieliny) wyizolowano z linii ludzkich komórek oligodendroglioma. Analiza tych cDNA pozwoliła nam określić całą strukturę ludzkiego genu Golli-MBP. Gen Golli-MBP, który obejmuje jednostkę transkrypcyjną MBP, ma długość około 179 kb i składa się z 10 eksonów, z których siedem stanowi gen MBP. Ludzki gen Golli-MBP zawiera dwa miejsca startu transkrypcji, z których każde daje początek rodzinie transkryptów o alternatywnym splicingu. Co najmniej dwa transkrypty Golli-MBP, zawierające pierwsze trzy eksony genu i jeden lub więcej eksonów MBP, są wytwarzane z pierwszego miejsca startu transkrypcji. Druga rodzina transkryptów zawiera tylko eksony MBP i wytwarza dobrze znane MBP. U ludzi analiza RNA blot wykazała, że transkrypty Golli-MBP ulegały ekspresji w płodowej grasicy, śledzionie oraz liniach ludzkich komórek B i makrofagów, a także w płodowym rdzeniu kręgowym. Odkrycia te wyraźnie łączą ekspresję eksonów kodujących autoimmunogen/encefalitogen MBP w ośrodkowym układzie nerwowym z komórkami i tkankami układu odpornościowego poprzez normalną ekspresję genu Golli-MBP. Ustalają również, że ten locus genetyczny, który obejmuje gen MBP, jest zachowany wśród gatunków, dostarczając dalszych dowodów na to, że jednostka transkrypcyjna MBP jest integralną częścią jednostki transkrypcyjnej Golliego i sugerują, że ten układ strukturalny jest ważny dla funkcji genetycznej i/ lub regulacja tych genów.


title: Celowanie w A20 zmniejsza przeżycie komórek macierzystych glejaka i wzrost guza

text: Glioblastoma to śmiertelne nowotwory, które wykazują funkcjonalną hierarchię komórkową utrzymywaną przez samoodnawiające się komórki macierzyste glejaka (GSC). GSC są regulowane przez szlaki molekularne różne od guza masowego, które mogą być użytecznymi celami terapeutycznymi. Ustaliliśmy, że A20 (TNFAIP3), regulator przeżycia komórek i szlak NF-kappaB, ulega nadekspresji w GSC w stosunku do komórek glejaka niemacierzystego zarówno na poziomie mRNA, jak i białka. Aby określić funkcjonalne znaczenie A20 w GSC, celowaliśmy w ekspresję A20 z dostarczaniem za pośrednictwem lentiwirusa krótkiego RNA o strukturze spinki do włosów (shRNA). Hamowanie ekspresji A20 zmniejszyło wzrost i przeżycie GSC poprzez mechanizmy związane ze zmniejszoną progresją cyklu komórkowego i zmniejszoną fosforylacją p65/RelA. Podwyższone poziomy A20 w GSC przyczyniły się do oporności na apoptozę: GSC były mniej podatne na śmierć komórkową indukowaną TNFalfa niż dopasowane komórki glejaka niemacierzystego, ale A20 uwrażliwiały GSC na apoptozę za pośrednictwem TNFalfa. Zmniejszona przeżywalność GSC po knockdown A20 przyczyniła się do zmniejszonej zdolności tych komórek do samoodnawiania się w pierwotnych i wtórnych testach tworzenia neurosfer. Potencjał rakotwórczy GSC został zmniejszony w przypadku celowania w A20, co skutkuje zwiększoną przeżywalnością myszy z heteroprzeszczepami ludzkiego glejaka. Analiza in silico genomowej bazy danych pacjentów z glejakiem wskazuje, że nadekspresja i amplifikacja A20 jest odwrotnie skorelowana z przeżyciem. Razem dane te wskazują, że A20 przyczynia się do utrzymania glejaka poprzez wpływ na subpopulację komórek macierzystych glejaka. Chociaż mutacje inaktywujące w A20 w chłoniaku sugerują, że A20 może działać jako supresor guza, podobnych mutacji punktowych nie zidentyfikowano za pomocą sekwencjonowania genomowego glejaka: w rzeczywistości nasze dane sugerują, że A20 może działać jako wzmacniacz guza w glejaku poprzez promowanie przeżycia GSC. Dlatego terapie przeciwnowotworowe A20 należy traktować z ostrożnością, ponieważ efekty będą prawdopodobnie różnić się w zależności od typu nowotworu.


title: Skuteczne celowanie w ekspresjonowane i ciche geny w ludzkich ESC i iPSC za pomocą nukleaz palca cynkowego

text: Wykorzystanie pełnego potencjału ludzkich embrionalnych komórek macierzystych (hESC) i indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (hiPSC) wymaga skutecznych metod modyfikacji genetycznej. Jednak techniki generowania reporterów linii specyficznych dla typu komórki, jak również niezawodne narzędzia do zakłócania, naprawy lub nadekspresji genów poprzez celowanie w geny, są w najlepszym razie nieefektywne i dlatego nie są rutynowo stosowane. W tym miejscu donosimy o wysoce skutecznym ukierunkowaniu trzech genów w ludzkich komórkach pluripotencjalnych za pomocą edycji genomu za pośrednictwem nukleazy palca cynkowego (ZFN). Po pierwsze, stosując ZFN specyficzne dla locus OCT4 (POU5F1), wygenerowaliśmy komórki reporterowe OCT4-eGFP do monitorowania pluripotencjalnego stanu hESC. Po drugie, wstawiliśmy transgen do locus AAVS1, aby wygenerować solidny system nadekspresji indukowany lekiem w hESC. Na koniec celowaliśmy w gen PITX3, wykazując, że ZFN mogą być wykorzystywane do generowania komórek reporterowych poprzez celowanie w nieeksprymowane geny w hESC i hiPSC.


title: Empiryczne modele bayesowskie do analizy molekularnych mikromacierzy serotypowania

text: TŁO Mikromacierze oferują ogromny potencjał jako platforma diagnostyki molekularnej, testując próbki kliniczne pod kątem obecności licznych biomarkerów w wysoce zwielokrotnionych testach. W tym badaniu dotyczącym chorób zakaźnych wykorzystano dane z mikromacierzy zaprojektowanej do molekularnego serotypowania Streptococcus pneumoniae, identyfikując obecność dowolnego z 91 znanych serotypów pneumokoków z ekstraktów DNA. Ta mikromacierz zawierała sondy oligonukleotydowe dla wszystkich znanych genów syntezy polisacharydów otoczkowych i wymagała analizy statystycznej danych dotyczących intensywności mikromacierzy w celu określenia, który serotyp lub kombinacja serotypów były obecne w próbce w oparciu o kombinację wykrytych genów. WYNIKI Proponujemy empiryczny model bayesowski do obliczania prawdopodobieństw kombinacji serotypów na podstawie danych z mikromacierzy. Model uwzględnia zależności między serotypami, indukowane przez wspólne geny oraz przez geny homologiczne, które, choć nie identyczne, są do siebie podobne w sekwencji. W przypadku serotypów, które są bardzo podobne pod względem składu genów otoczki, na mikromacierzy znajdują się dodatkowe sondy, które dostarczają dodatkowych informacji, które są zintegrowane z modelem bayesowskim. Dla każdej kombinacji serotypów z dużym prawdopodobieństwem stosuje się drugi model, Bayesowski model efektów losowych w celu określenia względnej obfitości każdego serotypu. WNIOSKI Aby ocenić dokładność proponowanej analizy, zastosowaliśmy nasze metody do danych eksperymentalnych z próbek zawierających pojedyncze serotypy oraz próbek zawierających kombinacje serotypów o znanym poziomie obfitości. Wszystkie z wyjątkiem dwóch znanych serotypów S. pneumoniae, które testowano jako pojedyncze próbki, można było jednoznacznie określić za pomocą modelu bayesowskiego. Model umożliwił również określenie obecności kombinacji serotypów w próbkach. Można wykryć serotypy o bardzo niskiej liczebności w kombinacji serotypów (w tym badaniu do 2% liczebności). Oprócz wykrywania obecności kombinacji serotypów można uzyskać przybliżoną miarę procentowej obfitości serotypów w kombinacji.


title: Bayesowskie miary złożoności i dopasowania modelu

text: Streszczenie. Rozważamy problem porównywania złożonych modeli hierarchicznych, w których liczba parametrów nie jest jasno określona. Używając argumentu teorii informacji, wyprowadzamy miarę pD efektywnej liczby parametrów w modelu jako różnicę między średnią a posteriori odchylenia a odchyleniem dla średnich a posteriori parametrów będących przedmiotem zainteresowania. Ogólnie pD odpowiada w przybliżeniu śladowi iloczynu informacji Fishera i kowariancji a posteriori, która w normalnych modelach jest śladem macierzy „czapki” rzutującej obserwacje na dopasowane wartości. Badane są jego właściwości w rodzinach wykładniczych. Odchylenie średniej a posteriori jest sugerowane jako bayesowska miara dopasowania lub adekwatności, a wkład poszczególnych obserwacji w dopasowanie i złożoność może dać początek wykresowi diagnostycznemu reszt odchyleń w stosunku do dźwigni. Dodanie pD do odchylenia średniej a posteriori daje kryterium informacyjne odchylenia do porównywania modeli, które jest powiązane z innymi kryteriami informacyjnymi i ma przybliżone teoretyczne uzasadnienie decyzji. Procedurę zilustrowano kilkoma przykładami, a porównania przedstawiono z alternatywnymi propozycjami bayesowskimi i klasycznymi. W całym tekście podkreśla się, że wymagane ilości są trywialne do obliczenia w analizie Monte Carlo łańcucha Markowa.


title: Upraszczanie współczynników wiarygodności

text: Wskaźniki prawdopodobieństwa są jedną z najlepszych miar dokładności diagnostycznej, chociaż są rzadko używane, ponieważ ich interpretacja wymaga kalkulatora, który przelicza tam i z powrotem między „prawdopodobieństwem” a „szansami” choroby. W tym artykule opisano prostszą metodę interpretacji ilorazów wiarygodności, która pozwala uniknąć kalkulatorów, nomogramów i konwersji na „szanse” choroby. Kilka przykładów ilustruje, w jaki sposób lekarz może wykorzystać tę metodę do udoskonalenia decyzji diagnostycznych przy łóżku pacjenta.


title: indukcja wczesnych genów indukowalnych przez IFN przy braku typu

text: Po rozpoznaniu wirusa grypy (Flu) przez TLR7, plazmacytoidalne komórki dendrytyczne (pDC) wytwarzają IFN typu I w znacznych ilościach. Syntetyczne ligandy TLR7 indukują dojrzewanie pDC, o czym świadczy ekspresja cząsteczek kostymulujących i wytwarzanie cytokin prozapalnych; jednak indukują one jedynie wytwarzanie IFN-alfa na niskim poziomie. Aby przeanalizować sygnalizację TLR7 w pDC i sposób indukowania tych różnych profili, zbadaliśmy wpływ 2 ligandów TLR7 (Flu i CL097) na aktywację izolowanych z krwi pDC i ludzkiej linii komórkowej GEN2.2 pDC. Wytwarzanie IFN typu I przez pDC jest skorelowane z translokacją różnicującego interferonu regulatorowego czynnika 7 (IRF7) do jądra indukowanego przez 2 ligandy TLR7. Co zaskakujące, w przypadku obu aktywatorów mimo to zaobserwowaliśmy szybką ekspresję genów indukowanych przez IFN mxa, cxcl10 i trail w ciągu 4 godzin od stymulacji. Ta ekspresja, kontrolowana przez fosforylację STAT1, była niezależna od IFN typu I. Stwierdzono, że aktywacja STAT1 jest ściśle zależna od szlaku PI3K-p38MAPK, pokazując nowy szlak sygnałowy prowadzący do szybkiej ekspresji genów indukowanych przez IFN po wyzwoleniu TLR7. Tak więc pDC, dzięki tej niezwykłej sygnalizacji TLR7, mają zdolność do szybkiej odpowiedzi na infekcję wirusową we wczesnych fazach wrodzonej odpowiedzi immunologicznej.


title: Funkcja tętniczek w trzewnej tkance tłuszczowej jest zaburzona w otyłości człowieka.

text: CEL Celem pracy było scharakteryzowanie związku między fenotypem tkanki tłuszczowej a specyficzną dla depozytu funkcją mikrokrążenia w tłuszczu. METODY I WYNIKI U 30 osób otyłych (wiek 42±11 lat, wskaźnik masy ciała 46±11 kg/m2) poddanych operacji bariatrycznej śródoperacyjnie pobraliśmy trzewną i podskórną tkankę tłuszczową oraz scharakteryzowaliśmy fenotypy tłuszczowe specyficzne dla depot. Oceniliśmy funkcję naczynioruchową mikronaczyń tłuszczowych za pomocą wideomikroskopii małych tętniczek (75-250 μm) izolowanych z różnych przedziałów tłuszczowych. Zależne od śródbłonka, zależne od acetylocholiny rozszerzenie naczyń krwionośnych w tętniczkach trzewnych było poważnie upośledzone w porównaniu z depotem podskórnym (P<0,001 według ANOVA). Niezależne od śródbłonka odpowiedzi na papawerynę i nitroprusydek były podobne. Hamowanie śródbłonkowej syntazy tlenku azotu za pomocą estru metylowego N(ω)-nitro-1-argininy zmniejszało rozszerzanie naczyń podskórnych, ale nie miało wpływu na poważnie stępione odpowiedzi tętniczek trzewnych. Tłuszcz trzewny wykazywał większą ekspresję genów prozapalnych, związanych ze stresem oksydacyjnym, wywołanych niedotlenieniem i proangiogennych; zwiększone populacje aktywowanych makrofagów; i miał wyższą zdolność do wytwarzania cytokin ex vivo. WNIOSKI Nasze odkrycia dostarczają dowodów klinicznych, że mikrośrodowisko trzewne może być z natury toksyczne dla zdrowia tętnic, zapewniając potencjalny mechanizm, za pomocą którego obciążenie trzewnej tkanki tłuszczowej jest powiązane z miażdżycową chorobą naczyń. Nasze odkrycia potwierdzają również ewoluującą koncepcję, że zarówno jakość, jak i ilość tkanki tłuszczowej mogą odgrywać znaczącą rolę w kształtowaniu fenotypów sercowo-naczyniowych w otyłości człowieka.


title: Grubość błony środkowej tętnicy szyjnej wspólnej i wskaźnik kostka-ramię korelują z miejscowym, ale nie globalnym obciążeniem miażdżycą: badanie przekrojowe z zastosowaniem angiografii rezonansu magnetycznego całego ciała

text: TŁO Wspólna grubość błony wewnętrznej tętnicy szyjnej (CIMT) i wskaźnik kostka-ramię (ABPI) są stosowane jako zastępczy marker miażdżycy i wykazano, że korelują ze sztywnością tętnic, jednak ich korelacja z globalnym obciążeniem miażdżycowym nie była wcześniej oceniana. Porównujemy CIMT i ABPI z obciążeniem miażdżycą mierzonym za pomocą angiografii rezonansu magnetycznego całego ciała (WB-MRA). METODY Zrekrutowano 50 pacjentów z objawową chorobą tętnic obwodowych. CIMT mierzono za pomocą ultradźwięków, podczas gdy wykonywano ABPI spoczynkowe i wysiłkowe. WB-MRA wykonano w 1,5T skanerze MRI, stosując 4 akwizycje objętości z podzieloną dawką dożylnej megluminy gadolinium gadoterate (Dotarem, Guerbet, FR). Dane WB-MRA podzielono na 31 anatomicznych segmentów tętniczych, z których każdy oceniano według stopnia zwężenia światła: 0 = prawidłowe, 1 = <50%, 2 = 50-70%, 3 = 70-99%, 4 = niedrożność naczynia . Wyniki segmentów zostały zsumowane iz tego obliczono standaryzowaną ocenę miażdżycy. WYNIKI Obciążenie miażdżycą było wysokie, a standaryzowany wynik miażdżycy wynosił 39,5±11. Pospolity CIMT wykazywał dodatnią korelację z wynikiem miażdżycy całego ciała (β 0,32, p = 0,045), jednak wynikało to z silnej korelacji z odcinkami szyi i klatki piersiowej (β 0,42 p = 0,01) bez korelacji z resztą ciało. ABPI korelowało z wynikiem miażdżycy całego ciała (β -0,39, p = 0,012), co wynikało z silnej korelacji z naczyniami biodrowo-udowymi, bez korelacji z naczyniami piersiowymi lub szyjnymi. W wielokrotnej regresji liniowej nie stwierdzono korelacji między CIMT a globalnym obciążeniem miażdżycą (β 0,13 p = 0,45), natomiast korelacja między ABPI a obciążeniem miażdżycą utrzymywała się (β -0,45 p = 0,005). WNIOSKI ABPI, ale nie CIMT, koreluje z globalnym obciążeniem miażdżycą, mierzonym za pomocą angiografii rezonansu magnetycznego wzmocnionego kontrastem całego ciała w populacji z objawową chorobą tętnic obwodowych. Wynika to jednak przede wszystkim z silnej korelacji z obciążeniem miażdżycą biodrowo-udowym.


title: Utrata mutacji ucieczki immunologicznej podczas uporczywej infekcji HCV w ciąży zwiększa replikację wirusów przenoszonych wertykalnie

text: Na całym świecie około 1% kobiet w ciąży jest stale zakażonych wirusem zapalenia wątroby typu C (HCV). Przeniesienie wirusa HCV z matki na dziecko występuje w 3-5% ciąż i jest przyczyną większości nowych infekcji u dzieci. Swoiste wobec HCV limfocyty T CD8(+) cytotoksyczne (CTL) są niezbędne w usuwaniu ostrych infekcji HCV, ale w 60-80% utrzymujących się infekcji komórki te ulegają wyczerpaniu funkcjonalnemu lub selekcjonują zmutowane wirusy, które umykają rozpoznaniu limfocytów T . Zwiększona replikacja HCV w czasie ciąży sugeruje, że matczyno-płodowe mechanizmy tolerancji immunologicznej mogą dalej osłabiać CTL swoiste dla HCV, ograniczając ich presję selekcyjną na przetrwałe wirusy. Aby ocenić tę możliwość, scharakteryzowaliśmy krążące quasigatunki wirusa podczas i po kolejnych ciążach u dwóch kobiet. Ujawniło to utratę niektórych mutacji ucieczki w epitopach HLA klasy I podczas ciąży, co było związane z pojawieniem się bardziej dopasowanych wirusów. Presja selekcyjna CTL została przywrócona po porodzie, w którym to momencie mutacje ucieczki w tych epitopach ponownie dominowały w quasigatunkach, a miano wirusa gwałtownie spadło. Co ważne, wirusy przenoszone okołoporodowo były wirusami o zwiększonej sprawności z powodu odwrócenia mutacji ucieczki. Nasze odkrycia wskazują, że zmiany immunoregulacyjne ciąży zmniejszają presję selekcyjną CTL na epitopy HCV klasy I, ułatwiając w ten sposób transmisję pionową wirusów ze zoptymalizowaną sprawnością replikacyjną.


title: Podróż rozwoju krwiotwórczych komórek macierzystych.

text: Hematopoetyczne komórki macierzyste (HSC) rozwijają się podczas embriogenezy w złożonym procesie obejmującym wiele miejsc anatomicznych. Kiedy prekursory HSC zostaną określone z mezodermy, muszą one dojrzewać do funkcjonalnych HSC i podlegać samoodnawialnym podziałom, aby wygenerować pulę HSC. Podczas tego procesu rozwijające się HSC migrują przez różne nisze embrionalne, które dostarczają sygnałów do ich ustanowienia i zachowania zdolności do samoodnowy. Procesy te muszą zostać zrekapitulowane, aby wygenerować HSC z embrionalnych komórek macierzystych. Wyjaśnienie interakcji między rozwijającymi się HSC a ich niszami powinno ułatwić tworzenie i ekspansję HSC in vitro w celu wykorzystania ich potencjału klinicznego.


title: Staw krzyżowo-biodrowy w spondyloartropatiach.

text: Termin spondyloartropatia (SpA) opisuje i definiuje grupę pokrewnych chorób zapalnych stawów, które mają charakterystyczne cechy kliniczne i unikalny związek z cząsteczką HLA-B27 klasy I głównego układu zgodności tkankowej. Można wyróżnić pięć podgrup: zesztywniające zapalenie stawów kręgosłupa, reaktywne zapalenie stawów, łuszczycowe zapalenie stawów, zapalenie stawów związane z nieswoistym zapaleniem jelit oraz niezróżnicowane SpA. Stawy krzyżowo-biodrowe są centralnie zaangażowane w SpA, najwyraźniej i patognomonicznie w zesztywniającym zapaleniu stawów kręgosłupa, w którym większość pacjentów jest zajęta we wczesnym stadium choroby. Pokonując niektóre trudności diagnostyczne wczesnego zapalenia stawów krzyżowo-biodrowych, wykazano, że obrazowanie metodą dynamicznego rezonansu magnetycznego umożliwia wizualizację zarówno ostrych, jak i przewlekłych zmian w stawach krzyżowo-biodrowych. Ostatnio bardziej szczegółowo zbadano stan zapalny stawów krzyżowo-biodrowych u pacjentów ze SpA; stosując immunohistologię i hybrydyzację in situ, w naciekach znaleziono limfocyty T, makrofagi i różne cytokiny. Próbki biopsyjne pobrano za pomocą sterowanej tomografii komputerowej, aw tym samym badaniu z powodzeniem podjęto dostawowe leczenie kortykosteroidami. Dalsze badania takich próbek biopsyjnych wykazały brak DNA reaktywnych bakterii związanych z zapaleniem stawów. Patogeneza SpA i przyczyna tropizmu stawów krzyżowo-biodrowych jest wciąż niejasna. Do ustalenia pozostaje charakter związku tła genetycznego SpA z początkowymi infekcjami bakteryjnymi. W chorobie przewlekłej ważniejsze mogą być mechanizmy autoimmunologiczne.


title: Szybka metoda ekstrakcji genomowego DNA bawełny (Gossypium spp.) odpowiednia do analizy RFLP lub PCR

text: Ekstrakcja wysokiej jakości genomowego DNA z gatunku Gossypium (bawełna) jest trudna ze względu na wysoki poziom polisacharydów, utlenialnych chinonów i innych substancji zakłócających. Opisujemy procedurę, która konsekwentnie umożliwia izolację genomowego DNA bawełny o zadowalającej wielkości i jakości do analizy RFLP i PCR, a także do większości rutynowych zastosowań klonowania. W całej procedurze stosuje się kilka przeciwutleniaczy, odczynników wiążących fenol i inhibitorów oksydazy fenolowej, a większość polisacharydów jest eliminowana na wczesnym etapie procedury przez izolację jąder komórkowych.


title: Przekrój poprzeczny wzrostu i krzywych odniesienia wagi dla Wielkiej Brytanii, 1990.

text: Obecne krzywe odniesienia wzrostu i wagi dla Wielkiej Brytanii zostały po raz pierwszy opublikowane w 1966 roku i od tego czasu są stosowane pomimo rosnącej obawy, że mogą one nie oddawać adekwatnego opisu wzrostu współczesnych brytyjskich dzieci. Korzystając z aktualnych danych z siedmiu źródeł, w 1990 r. oszacowano nowe krzywe odniesienia dla dzieci od urodzenia do 20 lat. Zdecydowana większość danych jest reprezentatywna dla całego kraju. Analiza wykorzystywała metodę LMS Cole'a i dała wydajne szacunki konwencjonalnych centyli i daje dobre dopasowanie do danych. Te krzywe różnią się od obecnie stosowanych krzywych w kluczowym wieku zarówno dla wzrostu, jak i wagi. Mając na uwadze wyrażone obawy dotyczące obecnych krzywych oraz różnic między nimi a nowymi krzywymi, proponuje się, aby przedstawione tutaj krzywe przyjąć jako nowe brytyjskie krzywe odniesienia.


title: Szew zapewnia niszę dla mezenchymalnych komórek macierzystych kości twarzoczaszki

text: Tkanka kostna podlega ciągłym obrotom wspieranym przez komórki macierzyste. Ostatnie badania wykazały, że okołonaczyniowe mezenchymalne komórki macierzyste (MSC) przyczyniają się do obrotu kości długich. Kości twarzoczaszki to płaskie kości pochodzące z innego pochodzenia embrionalnego niż kości długie. Identyfikacja i nisza regulacyjna MSC kości czaszkowo-twarzowej pozostaje nieznana. Tutaj identyfikujemy komórki Gli1+ w mezenchymie szwu jako główną populację MSC dla kości twarzoczaszki. Nie są związane z unaczynieniem, dają początek wszystkim kościom twarzoczaszki u dorosłych i są aktywowane podczas naprawy urazu. Komórki Gli1+ są typowymi komórkami MSC in vitro. Ablacja komórek Gli1+ prowadzi do kraniosynostozy i zatrzymania wzrostu czaszki, co wskazuje, że komórki te są niezbędną populacją komórek macierzystych. Myszy Twist1 (+/-) z kraniosynostozą wykazują zmniejszone MSC Gli1+ w szwach, co sugeruje, że kraniosynostoza może wynikać ze zmniejszenia komórek macierzystych szwu. Nasze badanie wskazuje, że szwy twarzoczaszki zapewniają wyjątkową niszę dla MSC dla homeostazy i naprawy kości twarzoczaszki.


title: Komórki grzebienia nerwowego serca przyczyniają się do powstania uśpionych multipotencjalnych komórek macierzystych w sercu ssaków

text: Frakcja komórek populacji po stronie sercowej u gryzoni utworzyła klonalne sferoidy w pożywce bez surowicy, które eksprymowały nestynę, Musashi-1 i gen 1 transportera oporności wielolekowej, markery niezróżnicowanych nerwowych komórek prekursorowych. Markery te zostały utracone po różnicowaniu i zastąpione ekspresją białek specyficznych dla neuronów, komórek glejowych, mięśni gładkich lub kardiomiocytów. Komórki pochodzące z kardiosfery przeszczepione do zarodków kurzych migrowały do pnia tętniczego i drogi odpływu serca i przyczyniały się do powstania zwojów korzeni grzbietowych, nerwów rdzeniowych i komórek mięśni gładkich aorty. Badania linii z użyciem podwójnie transgenicznych myszy kodujących białko 0-Cre/Floxed-EGFP ujawniły niezróżnicowane i zróżnicowane komórki pochodzące z grzebienia nerwowego w mięśniu sercowym płodu. Niezróżnicowane komórki wyrażały białko wiążące GATA 4 i nestynę, ale nie aktyninę, podczas gdy komórki zróżnicowane zidentyfikowano jako kardiomiocyty. Wyniki te sugerują, że komórki pochodzące z grzebienia nerwowego serca migrują do serca, pozostają tam jako uśpione multipotencjalne komórki macierzyste – i w odpowiednich warunkach – różnicują się w kardiomiocyty i typowe komórki pochodzące z grzebienia nerwowego, w tym neurony, glej i mięśnie gładkie.


title: Ssaki cel szlaku sygnałowego rapamycyny pośredniczy w epileptogenezie w modelu padaczki płata skroniowego.

text: Zrozumienie mechanizmów molekularnych pośredniczących w epileptogenezie ma kluczowe znaczenie dla opracowania skuteczniejszych terapii padaczki. Niedawno odkryliśmy, że szlak sygnałowy ssaczego celu rapamycyny (mTOR) jest zaangażowany w epileptogenezę, a inhibitory mTOR zapobiegają padaczce w mysim modelu kompleksu stwardnienia guzowatego. Tutaj zbadaliśmy potencjalną rolę mTOR w szczurzym modelu padaczki płata skroniowego zapoczątkowanej stanem padaczkowym. Ostre napady drgawkowe wywołane przez kwas kainowy spowodowały dwufazową aktywację szlaku mTOR, czego dowodem był wzrost ekspresji fosfo-S6 (P-S6). Początkowy wzrost ekspresji P-S6 rozpoczął się około 1 godziny po wystąpieniu napadu, osiągnął szczyt po 3-6 godzinach i powrócił do wartości wyjściowej po 24 godzinach zarówno w hipokampie, jak i korze nowej, odzwierciedlając rozległą stymulację sygnalizacji mTOR przez ostrą aktywność napadową. Po ustąpieniu stanu padaczkowego, drugi wzrost P-S6 zaobserwowano tylko w hipokampie, który rozpoczął się 3 dnia, osiągnął wartość szczytową 5-10 dnia i utrzymywał się przez kilka tygodni po wstrzyknięciu kwasu kainowego, co koreluje z rozwojem przewlekłej epileptogenezy w obrębie hipokampa. Inhibitor mTOR, rapamycyna, podawany przed kwasem kainowym, blokował zarówno ostrą, jak i przewlekłą fazę aktywacji mTOR wywołanej napadami padaczkowymi i zmniejszał śmierć komórek neuronalnych wywołaną przez kainian, neurogenezę, kiełkowanie włókien kiciastych i rozwój samoistnej padaczki. Późne leczenie rapamycyną, po ustąpieniu stanu padaczkowego, zablokowało przewlekłą fazę aktywacji mTOR i zmniejszyło powstawanie włókien kiciastych i padaczkę, ale nie neurogenezę ani śmierć neuronów. Odkrycia te wskazują, że sygnalizacja mTOR pośredniczy w mechanizmach epileptogenezy w modelu szczura kainate i że inhibitory mTOR mają potencjalne działanie przeciwpadaczkowe w tym modelu.


title: Doraźne podanie rekombinowanej angiopoetyny-1 łagodzi zespół dysfunkcji wielonarządowej i poprawia przeżycie w mysiej posocznicy.

text: WSTĘP Aktywacja śródbłonka prowadząca do rozpadu bariery naczyniowej odgrywa istotną rolę w patofizjologii zespołu dysfunkcji wielonarządowej (MODS) w przebiegu sepsy. Coraz więcej dowodów sugeruje, że działanie czynnika chroniącego naczynia, Angiopoetynę-1 (Ang-1), liganda receptora Tie2 specyficznego dla śródbłonka, jest hamowane przez jego antagonistę Angiopoetynę-2 (Ang-2) podczas posocznicy. W celu odwrócenia skutków indukowanej posocznicą supresji Ang-1 i podwyższenia poziomu Ang-2 mieliśmy na celu zbadanie, czy dożylne wstrzyknięcie rekombinowanej ludzkiej (rh) Ang-1 chroni przed MODS w mysiej posocznicy. METODY Polimikrobiologiczna sepsa brzuszna została wywołana przez podwiązanie i nakłucie kątnicy (CLP). Myszy traktowano albo 1 μg dożylnie rhAng-1 albo buforem kontrolnym natychmiast po indukcji CLP, a następnie co 8 godzin. Zwierzęta operowane pozornie służyły jako kontrole dopasowane czasowo. WYNIKI W porównaniu z kontrolą traktowaną buforem, myszy septyczne traktowane rhAng-1 wykazały znaczną poprawę w kilku hematologicznych i biochemicznych wskaźnikach MODS. Ponadto rhAng-1 stabilizował funkcję bariery śródbłonkowej, o czym świadczy hamowanie wycieku białka z naczyń włosowatych płuc do przedziału pęcherzykowego. Analiza histologiczna wykazała, że traktowanie rhAng-1 osłabia naciek leukocytów w płucach i nerkach myszy z posocznicą, prawdopodobnie z powodu zmniejszonej ekspresji cząsteczek adhezyjnych śródbłonka u myszy traktowanych rhAng-1. Wreszcie ochronne działanie leczenia rhAng-1 zostało odzwierciedlone w lepszym czasie przeżycia w śmiertelnym modelu CLP. WNIOSKI W klinicznie istotnym modelu mysiej sepsy samo dożylne leczenie rhAng-1 wystarcza do znacznej poprawy różnych dysfunkcji narządów związanych z sepsą i czasu przeżycia, najprawdopodobniej poprzez zachowanie funkcji bariery śródbłonkowej. Potrzebne są dalsze badania, aby utorować drogę do klinicznego zastosowania tej koncepcji terapii.


title: Mechanizmy łączące otyłość z insulinoopornością i cukrzycą typu 2

text: Otyłość wiąże się ze zwiększonym ryzykiem rozwoju insulinooporności i cukrzycy typu 2. U osób otyłych tkanka tłuszczowa uwalnia zwiększone ilości niezestryfikowanych kwasów tłuszczowych, glicerolu, hormonów, cytokin prozapalnych i innych czynników, które biorą udział w rozwoju insulinooporności. Gdy insulinooporności towarzyszy dysfunkcja komórek β wysp trzustkowych — komórek uwalniających insulinę — dochodzi do braku kontroli poziomu glukozy we krwi. Nieprawidłowości w funkcjonowaniu komórek β mają zatem kluczowe znaczenie w określaniu ryzyka i rozwoju cukrzycy typu 2. Ta wiedza sprzyja badaniu molekularnych i genetycznych podstaw choroby oraz nowym podejściom do jej leczenia i profilaktyki.


title: Śledzenie losu kłębuszkowych komórek nabłonka in vivo za pomocą seryjnego obrazowania wielofotonowego w nowatorskich modelach mysich z fluorescencyjnymi znacznikami linii

text: Podocyty mają kluczowe znaczenie dla utrzymania zdrowego filtra kłębuszkowego; jednak trudno było je badać w nienaruszonej nerce z powodu ograniczeń technicznych. Tutaj opisujemy rozwój seryjnej mikroskopii wielofotonowej (MPM) tych samych kłębuszków w ciągu kilku dni w celu uwidocznienia ruchliwości podocytów i komórek nabłonka ciemieniowego (PEC) in vivo. U myszy podocin-GFP podocyty tworzyły sporadyczne wielokomórkowe skupiska po jednostronnym podwiązaniu moczowodu i migrowały do ciemieniowej torebki Bowmana. Śledzenie pojedynczych komórek u myszy podocin-confetti wykazujących komórkową ekspresję CFP, GFP, YFP lub RFP ujawniło jednoczesną migrację wielu podocytów. U myszy karboksykinaza fosfoenolopirogronianowa (PEPCK)-GFP, seryjne MPM wykryły migrację PEC do podocytów i połączenia nanorurek. Nasze dane potwierdzają wysoce dynamiczną, a nie statyczną naturę środowiska kłębuszkowego i składu komórkowego. Przyszłe zastosowanie tego nowego podejścia powinno pogłębić naszą wiedzę na temat mechanizmów uszkodzenia i regeneracji kłębuszków nerkowych.


title: Wiązanie CTCF w regionie kontrolnym imprintingu H19 pośredniczy w konformacji chromatyny wyższego rzędu odziedziczonej po matce w celu ograniczenia dostępu wzmacniacza do Igf2.

text: Uważa się, że region kontrolny imprintingu H19 (ICR) kieruje wyciszaniem allelu Igf2 dziedziczonego po matce przez izolator chromatyny zależny od CTCF. Wykazano, że ICR oddziałuje fizycznie z regionem tłumiącym w Igf2, regionem różnicowo metylowanym (DMR)1, ale rola CTCF w tej pętli chromatyny i czy ogranicza fizyczny dostęp dystalnych wzmacniaczy do Igf2 nie jest znana. Przeprowadziliśmy systematyczne analizy wychwytywania konformacji chromosomów w regionie Igf2/H19 powyżej 160 kb, identyfikując sekwencje, które oddziałują fizycznie z dystalnymi wzmacniaczami i ICR. Odkryliśmy, że na ojcowskim chromosomie wzmacniacze oddziałują z promotorami Igf2, ale na matczynym allelu zapobiega temu wiązanie CTCF w obrębie ICR H19. Wiązanie CTCF w matczynym ICR reguluje jego interakcję z regionem przyłączania do macierzy (MAR)3 i DMR1 przy Igf2, tworząc w ten sposób ciasną pętlę wokół matczynego locus Igf2, co może przyczynić się do jego wyciszenia. Mutacja miejsc wiązania CTCF w ICR H19 prowadzi do utraty wiązania CTCF i metylacji de novo miejsca docelowego CTCF w obrębie Igf2 DMR1, pokazując, że CTCF może koordynować regionalne znaczniki epigenetyczne. Ta systematyczna analiza wychwytywania konformacji chromosomów klastra imprintingu ujawnia, że CTCF odgrywa kluczową rolę w epigenetycznej regulacji struktury chromatyny wyższego rzędu i wyciszania genów na znacznych odległościach w genomie.


title: Składanie się de novo podprzedziału jądrowego PML odbywa się wieloma drogami i indukuje wydłużenie telomerów.

text: Komórki nowotworowe ujemne pod względem telomerazy wykorzystują alternatywną ścieżkę wydłużania telomerów (ALT), która obejmuje rekombinację i naprawę DNA w celu utrzymania ich potencjału proliferacyjnego. Cechą cytologiczną tego procesu jest akumulacja białka jądrowego białaczki promielocytowej (PML) w telomerowym DNA w celu wytworzenia ciałek PML związanych z ALT (APB). Tutaj zbadano tworzenie się de novo telomerowego podkompartmentu jądrowego PML poprzez rekrutację składników białkowych APB. Pokazujemy, że funkcjonalnie odrębne białka były w stanie zainicjować tworzenie się prawdziwych APB z wysoką wydajnością w sposób samoorganizujący się i samonamnażający. Obejmowały one: (1) PML i Sp100 jako składowe ciałek jądrowych PML, (2) czynniki wiążące powtórzenia telomerowe 1 i 2 (odpowiednio TRF1 i TRF2), (3) białko naprawy DNA NBS1 i (4) SUMO Ligaza E3 MMS21, a także wyizolowana domena SUMO1, poprzez oddziałującą domenę innego czynnika białkowego. W przeciwieństwie do tego, czynniki naprawcze Rad9, Rad17 i Rad51 były mniej skuteczne w nukleacji APB, ale zostały zrekrutowane do wstępnie zmontowanych APB. Sztucznie stworzone APB indukowały wydłużenie telomeru poprzez mechanizm naprawy DNA, jak wywnioskowano z ich kolokalizacji z miejscami niereplikacyjnej syntezy DNA i fosforylacji histonów H2A.X, oraz zwiększeniem długości powtórzeń telomerów. Aktywności te nie występowały po rekrutacji czynników APB do okołocentrycznego locus i ustanawiały APB jako funkcjonalne produkty pośrednie szlaku ALT.


title: Wpływ opalizującego kodonu terminacji poprzedzającego sekwencję genu nsP4 w genomie wirusa O'Nyong-Nyong na zakaźność Anopheles gambiae.

text: Genomowy RNA alfawirusa koduje cztery różne białka niestrukturalne, nsP1, nsP2, nsP3 i nsP4. Poliproteina P123 jest wytwarzana, gdy translacja kończy się na kodonie terminacji opal między nsP3 i nsP4. Poliproteina P1234 jest wytwarzana, gdy następuje odczyt translacyjny lub gdy kodon terminacji opalowej został zastąpiony kodonem sensownym w genomie alfawirusa. Wydaje się, że presja ewolucyjna utrzymała sekwencje genomowe kodujące zarówno kodon stop (opal), jak i otwartą ramkę odczytu (arginina) jako ogólną cechę genomu wirusa O'nyong-nyong (ONNV), co wskazuje, że oba są w pewnym momencie wymagane. Naprzemienna replikacja ONNV zarówno u gospodarzy, kręgowców, jak i bezkręgowców, może determinować przewagę określonego kodonu w tym locus w quasigatunkach wirusa. Jednak żadne systematyczne badanie wcześniej nie sprawdzało tej hipotezy na całych zwierzętach. Przedstawiamy tutaj wyniki pierwszego badania, którego celem było zbadanie w naturalnym żywicielu komara funkcjonalnego znaczenia opalizującego kodonu stop w genomie alfawirusa. Użyliśmy pełnej długości klonu cDNA ONNV do skonstruowania serii mutantów, w których argininę pomiędzy nsP3 i nsP4 zastąpiono kodonem stop opalu, ochry lub bursztynu. Obecność opalizującego kodonu stop przed nsP4 prawie podwoiła (75,5%) zakaźność ONNV w stosunku do wirusa posiadającego kodon dla aminokwasu argininy w odpowiedniej pozycji (39,8%). Chociaż częstotliwość rozprzestrzeniania się wirusa opalu z jelita środkowego komara nie różniła się znacząco od wirusa argininy w dniach 8 i 10, rozprzestrzenianie się wirusa rozpoczęło się wcześniej u komarów zakażonych wirusem opalu. Chociaż wyraźną przewagę w zakresie sprawności zapewnia ONNV dzięki obecności kodonu opalowego między nsP3 i nsP4 u Anopheles gambiae, analiza sekwencji RNA ONNV wyekstrahowanego z ciał i głów komarów wykazała, że użycie kodonu w tej pozycji odpowiadało wirusowi podanemu w mączka z krwi. Wyniki te sugerują, że podczas selekcji wariantów ONNV, mutacja de novo w pozycji między nsP3 i nsP4 nie występuje łatwo u komara. Podsumowując, wyniki te sugerują, że podstawowa korzyść w zakresie sprawności zapewniana ONNV dzięki obecności kodonu opalowego między nsP3 i nsP4 jest związana z zakaźnością komarów.


title: Regulacja w dół mikroRNA gospodarza przez niekodujący RNA Herpesvirus saimiri.

text: Komórki T transformowane przez Herpesvirus saimiri wyrażają siedem wirusowych niekodujących RNA bogatych w U o nieznanej funkcji, zwanych HSUR. Zauważyliśmy, że konserwatywne sekwencje w HSUR 1 i 2 stanowią potencjalne miejsca wiązania dla trzech mikroRNA komórek gospodarza (miRNA). Eksperymenty z koimmunoprecypitacją potwierdziły, że HSUR 1 i 2 oddziałują z przewidywanymi miRNA w limfocytach T transformowanych wirusem. Ilość jednego z tych miRNA, miR-27, jest dramatycznie obniżona w transformowanych komórkach, co w konsekwencji wpływa na ekspresję docelowych genów miR-27. Przejściowe knockdown i ektopowa ekspresja HSUR 1 pokazują, że kieruje on degradacją dojrzałego miR-27 w sposób specyficzny dla sekwencji i zależny od wiązania. Ta strategia wirusowa ilustruje zastosowanie ncRNA do manipulowania ekspresją genów komórki gospodarza poprzez szlak miRNA.


title: HTRF: technologia dostosowana do odkrywania leków – przegląd aspektów teoretycznych i najnowszych zastosowań

text: HTRF (Homogenous Time Resolved Fluorescence) jest najczęściej stosowaną generyczną technologią oznaczeń do pomiaru analitów w jednorodnym formacie, która jest idealną platformą stosowaną do badań docelowych leków w wysokoprzepustowych badaniach przesiewowych (HTS). Technologia ta łączy technologię transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) z pomiarem czasowo-rozdzielczym (TR). W testach TR-FRET sygnał jest generowany poprzez transfer energii rezonansu fluorescencyjnego między cząsteczką donorową i akceptorową, gdy znajdują się w bliskiej odległości od siebie. Zakłócenia bufora i nośnika są radykalnie zmniejszone dzięki wykrywaniu o dwóch długościach fali, a ostateczny sygnał jest proporcjonalny do stopnia powstawania produktu. Test HTRF jest zwykle czuły i solidny, który można zminiaturyzować do płytek o 384 i 1536 dołkach. Ta technologia testowa została zastosowana w wielu testach opartych na przeciwciałach, w tym sygnalizacji GPCR (cAMP i IP-One), kinazach, cytokinach i biomarkerach, bioprocesach (produkcja przeciwciał i białek), a także w testach białko-białko, białko-peptyd i interakcje białko-DNA/RNA. Od czasu jego wprowadzenia do świata badań przesiewowych leków ponad dziesięć lat temu, naukowcy wykorzystali HTRF do przyspieszenia badań nad GPCR, kinazami, nowymi biomarkerami, interakcjami białko-białko i innymi interesującymi celami. HTRF jest również wykorzystywana jako alternatywna metoda monitorowania bioprocesów. Technologia HTRF pierwszej generacji, która wykorzystuje kryptat europu jako donora fluorescencji do monitorowania reakcji między biocząsteczkami, została rozszerzona w 2008 r. poprzez wprowadzenie donora drugiej generacji, kryptatu terbu (Tb), zwiększającego wydajność badań przesiewowych. Kryptat terbu ma inne właściwości fotofizyczne w porównaniu do europu, w tym zwiększoną wydajność kwantową i wyższy molowy współczynnik ekstynkcji. Oprócz tego, że jest kompatybilny z tymi samymi fluoroforami akceptorowymi, które są używane z europem, może służyć jako fluorofor donorowy do fluorescencyjnych emitujących na zielono, ponieważ ma wiele pików emisji, w tym jeden przy 490 nm. Co więcej, wszystkie testy Terbium HTRF można odczytać na tych samych instrumentach kompatybilnych z HTRF, co testy Europium HTRF. Podsumowując, HTRF jest bardzo czułą, solidną technologią wykrywania interakcji molekularnych in vitro i jest szeroko stosowana w pierwotnych i wtórnych fazach badań przesiewowych opracowywania leków. Niniejszy przegląd dotyczy ogólnych zasad HTRF i jej aktualnych zastosowań w odkrywaniu leków.


title: Chk1 hamuje aktywację fabryki replikacji, ale umożliwia uruchamianie stanu uśpienia w istniejących fabrykach

text: Źródła replikacji są licencjonowane przez załadowanie heksamerów MCM2-7 przed wejściem w fazę S. Jednak tylko około 10% licencjonowanych źródeł pochodzenia jest zwykle używanych w fazie S, podczas gdy inne pozostają uśpione. Kiedy progresja wideł jest zahamowana, w pobliżu inicjuje się uśpiony początek, aby zapewnić, że całe DNA zostanie ostatecznie zreplikowane. W przeciwieństwie do tego, stres replikacyjny aktywuje teleangiektazję ataksji i kinazy związane z rad-3 (ATR) i punkty kontrolne Chk1, które hamują wyzwalanie pochodzenia. W tym badaniu pokazujemy, że przy niskich poziomach stresu replikacyjnego ATR/Chk1 głównie hamuje inicjację inicjacji poprzez hamowanie aktywacji nowych fabryk replikacji, zmniejszając w ten sposób liczbę aktywnych fabryk. Jednocześnie hamowanie progresji widełek replikacyjnych umożliwia zainicjowanie uśpionych źródeł w istniejących fabrykach replikacji. Zahamowanie aktywacji nowej fabryki przez ATR/Chk1 przekierowuje zatem replikację w kierunku aktywnych fabryk, w których widełki są hamowane i z dala od regionów, które jeszcze nie rozpoczęły replikacji. Minimalizuje to szkodliwe konsekwencje przeciągnięcia widełek i zapobiega powstawaniu podobnych problemów w niereplikowanych regionach genomu.


title: Protoonkogen Fra-1 reguluje ekspresję IL-6 w makrofagach i promuje wytwarzanie makrofagów M2d

text: Mikrośrodowisko guza (TME) odgrywa znaczącą rolę we wzroście komórek nowotworowych. Jako główny zapalny składnik TME, makrofagi M2d są kształcone przez TME w taki sposób, że przyjmują rolę immunosupresyjną, która sprzyja przerzutom i progresji nowotworu. Fra-1 tworzy heterodimery białka aktywującego-1 z partnerami Jun i kieruje transkrypcją genów. Uważa się, że Fra-1 drastycznie indukuje onkogenezę i progresję. Jednak funkcjonalna rola Fra-1 w generowaniu makrofagów M2d jest jak dotąd słabo poznana. Tutaj pokazujemy, że komórki raka sutka 4T1, gdy są hodowane wspólnie z komórkami makrofagów RAW264.7, zniekształcają różnicowanie komórek makrofagów RAW264.7 w makrofagi M2d. Komórki 4T1 stymulują de novo nadekspresję Fra-1 w komórkach RAW264.7, a następnie Fra-1 wiąże się z promotorem interleukiny 6 (IL-6) w celu zwiększenia produkcji cytokiny IL-6 w komórkach RAW264.7. IL-6 działa w sposób autokrynny, zniekształcając różnicowanie komórek makrofagów RAW264.7 w makrofagi M2d. Odkrycia te otwierają nowe spojrzenie na sposób odwrócenia tolerancji immunologicznej wywołanej przez makrofagi M2d w celu poprawy skuteczności metod immunoterapeutycznych.


title: Analiza białek wiążących nanocząstki SiO2 w homogenacie krwi szczura i mózgu

text: W wielu produktach chemicznych, kosmetycznych, farmaceutycznych i elektronicznych znajduje się wiele nanocząstek, takich jak tlenek tytanu (TiO2), tlenek cynku, tlenek glinu, tlenek złota, tlenek srebra, tlenek żelaza i tlenek krzemu. Ostatnio wykazano, że nanocząstki SiO2 mają obojętny profil toksyczności i nie mają związku z nieodwracalną zmianą toksykologiczną w modelach zwierzęcych. Stąd wzrasta ekspozycja na nanocząstki SiO2. Nanocząstki SiO2 są rutynowo stosowane w wielu materiałach, od wzmacniającego wypełniacza do betonu i innych kompozytów budowlanych, po nietoksyczne platformy do zastosowań biomedycznych, takich jak dostarczanie leków i teragnostyka. Z drugiej strony ostatnie eksperymenty in vitro wykazały, że nanocząstki SiO2 są cytotoksyczne. Dlatego zbadaliśmy te nanocząstki, aby zidentyfikować potencjalnie toksyczne ścieżki, analizując zaadsorbowaną koronę białkową na powierzchni nanocząstek SiO2 we krwi i mózgu szczura. Do badań wybrano cztery typy nanocząstek SiO2, a koronę białkową każdego typu analizowano za pomocą technologii chromatografii cieczowej z tandemową spektrometrią mas. Łącznie zidentyfikowano 115 i 48 białek osocza szczura jako związanych z ujemnie naładowanymi nanocząstkami SiO2 o długości odpowiednio 20 nm i 100 nm, a dla nanocząstek SiO2 pokrytych argininą o długości 20 nm i 100 nm znaleziono odpowiednio 50 i 36 białek. Większa liczba białek została zaadsorbowana na nanocząstkach SiO2 o rozmiarze 20 nm niż na nanocząstkach o rozmiarze 100 nm, niezależnie od ładunku. Gdy porównano białka między dwoma ładunkami, stwierdzono większą liczbę białek w przypadku dodatnio naładowanych nanocząstek SiO2 pokrytych argininą niż w przypadku nanocząstek naładowanych ujemnie. Białka zidentyfikowane jako związane w koronie z nanocząstek SiO2 poddano dalszej analizie za pomocą ClueGO, wtyczki Cytoscape stosowanej w ontologii białek i do identyfikacji ścieżek interakcji biologicznych. Białka związane na powierzchni nanocząstek mogą wpływać na właściwości funkcjonalne i konformacyjne oraz rozkład w skomplikowanych procesach biologicznych.


title: Wnioskowanie pozycji nukleosomów z ich adnotacją o znaczniku histonowym z danych ChIP

text: MOTYWACJA Nukleosom jest podstawową powtarzającą się jednostką chromatyny. Zawiera po dwie kopie każdego z czterech rdzeniowych histonów H2A, H2B, H3 i H4 oraz około 147 pz DNA. Reszty białek histonowych podlegają licznym modyfikacjom potranslacyjnym, takim jak metylacja czy acetylacja. Immunoprecypitacja chromatyny, a następnie sekwencjonowanie (ChIP-seq) to technika, która dostarcza danych o zajętości tych zmodyfikowanych białek histonowych w całym genomie i wymaga odpowiednich metod obliczeniowych. WYNIKI Przedstawiamy NucHunter, algorytm, który wykorzystuje dane z eksperymentów ChIP-seq skierowanych przeciwko wielu modyfikacjom histonów do wnioskowania o umiejscowionych nukleosomach. NucHunter adnotuje każdy z tych nukleosomów z intensywnością modyfikacji histonów. Wykazujemy, że te adnotacje można wykorzystać do wywnioskowania stanów nukleosomalnych z wyraźną korelacją z podstawowymi cechami genomowymi i procesami związanymi z chromatyną, takimi jak miejsca startu transkrypcji, wzmacniacze, wydłużenie przez polimerazę RNA II i represję za pośrednictwem chromatyny. Tak więc NucHunter jest wszechstronnym narzędziem, które można wykorzystać do przewidywania umiejscowionych nukleosomów na podstawie panelu eksperymentów ChIP-seq z modyfikacją histonów i wnioskowania o odrębnych wzorcach modyfikacji histonów związanych z różnymi stanami chromatyny. DOSTĘPNOŚĆ Oprogramowanie jest dostępne pod adresem http://epigen.molgen.mpg.de/nuchhunter/.


title: Wytwarzanie dużej liczby komórek dendrytycznych z hodowli mysiego szpiku kostnego uzupełnionych czynnikiem stymulującym tworzenie kolonii granulocytów/makrofagów

text: Wiadomo, że prezentujące antygen komórki dendrytyczne klasy II z głównym układem zgodności tkankowej (MHC) powstają ze szpiku kostnego. Jednak w szpiku brakuje dojrzałych komórek dendrytycznych, a znaczna liczba proliferujących mniej dojrzałych komórek nie została jeszcze zidentyfikowana. Metodologia indukowania wzrostu komórek dendrytycznych, która została niedawno opisana dla krwi myszy, została teraz zmodyfikowana do prekursorów MHC klasy II-ujemnych w szpiku. Kluczowym krokiem jest usunięcie większości nieprzylegających, nowo utworzonych granulocytów przez delikatne płukanie podczas pierwszych 2-4 dni hodowli. Pozostawia to proliferujące klastry, które są luźno przyczepione do mocniej przylegającego „zrębu”. W dniach 4-6 klastry mogą zostać usunięte, wyizolowane przez 1 g sedymentacji, a po ponownej hodowli uwalniana jest duża liczba komórek dendrytycznych. Te ostatnie są łatwo identyfikowane na podstawie ich odrębnego kształtu komórek, ultrastruktury i repertuaru antygenów, wykrytego za pomocą panelu przeciwciał monoklonalnych. Komórki dendrytyczne wyrażają wysokie poziomy produktów MHC klasy II i działają jako silne komórki pomocnicze do inicjowania mieszanej reakcji leukocytów. Ani klastry, ani dojrzałe komórki dendrytyczne nie są generowane, jeśli zastosuje się raczej czynnik stymulujący tworzenie kolonii makrofagów niż czynnik stymulujący tworzenie kolonii granulocytów/makrofagów (GM-CSF). Dlatego GM-CSF generuje wszystkie trzy linie komórek szpikowych (granulocyty, makrofagi i komórki dendrytyczne). Ponieważ > 5 x 10(6) komórek dendrytycznych rozwija się w ciągu 1 tygodnia z prekursorów w dużych kościach kończyn tylnych jednego zwierzęcia, prekursory szpiku mogą działać jako główne źródło komórek dendrytycznych. Ta cecha powinna okazać się użyteczna w przyszłych badaniach molekularnych i klinicznych tego typu komórek, skądinąd śladowego.


title: Działanie i oporność na insulinę w otyłości i cukrzycy typu 2

text: Nadmiar składników odżywczych jest głównym zwiastunem cukrzycy typu 2. Wzmacnia wydzielanie insuliny, ale osłabia metaboliczne działania insuliny w wątrobie, mięśniach szkieletowych i tkance tłuszczowej. Jednak sprzeczne dowody wskazują na brak wiedzy na temat czasu wystąpienia tych zdarzeń podczas rozwoju otyłości i cukrzycy, co wskazuje na kluczową lukę w naszym zrozumieniu choroby metabolicznej. Ta perspektywa zawiera przegląd różnych punktów widzenia i ostatnich wyników dotyczących czasowych i mechanistycznych powiązań między hiperinsulinemią, otyłością i insulinoopornością. Chociaż wiele uwagi poświęcono wczesnym etapom kaskady sygnalizacji insuliny, wydaje się, że insulinooporność w otyłości jest w dużej mierze wywoływana po tych etapach. Nowe odkrycia łączą również oporność na insulinę z rozległym przeplataniem metabolicznym między wątrobą, tkanką tłuszczową, trzustką i mięśniami szkieletowymi. Te i inne postępy w ciągu ostatnich 5 lat oferują ekscytujące możliwości i zniechęcające wyzwania dla rozwoju nowych strategii terapeutycznych w leczeniu cukrzycy typu 2.


title: Wpływ obniżenia ciśnienia krwi na zdarzenia sercowo-naczyniowe i śmiertelność u pacjentów dializowanych: przegląd systematyczny i metaanaliza randomizowanych badań kontrolowanych

text: TŁO Pacjenci poddawani dializie mają znacznie zwiększone ryzyko śmiertelności i zachorowalności z przyczyn sercowo-naczyniowych. Chociaż kilka badań wykazało korzyści sercowo-naczyniowe wynikające z obniżenia ciśnienia krwi w populacji ogólnej, nie ma pewności co do skuteczności i tolerancji obniżenia ciśnienia krwi u pacjentów dializowanych. Przeprowadziliśmy przegląd systematyczny i metaanalizę, aby ocenić wpływ obniżenia ciśnienia krwi u pacjentów dializowanych. METODY Systematycznie przeszukiwaliśmy bazę danych Medline, Embase i Cochrane Library pod kątem badań zgłoszonych między 1950 a listopadem 2008 roku, bez ograniczeń językowych. Wyodrębniliśmy ustandaryzowany zestaw danych z randomizowanych kontrolowanych badań dotyczących obniżania ciśnienia krwi u pacjentów dializowanych, którzy zgłaszali wyniki sercowo-naczyniowe. Metaanalizę przeprowadzono z wykorzystaniem modelu efektów losowych. WNIOSKI Zidentyfikowaliśmy osiem odpowiednich badań, które dostarczyły danych dla 1679 pacjentów i 495 zdarzeń sercowo-naczyniowych. Średnie ważone skurczowe ciśnienie krwi było o 4,5 mm Hg niższe, a rozkurczowe o 2,3 mm Hg niższe u aktywnie leczonych pacjentów niż w grupie kontrolnej. Leczenie obniżające ciśnienie krwi wiązało się z niższym ryzykiem incydentów sercowo-naczyniowych (RR 0,71, 95% CI 0,55-0,92; p=0,009), śmiertelnością z jakiejkolwiek przyczyny (RR 0,80; 0,66-0,96; p=0,014) i śmiertelnością sercowo-naczyniową (RR 0,71, 0,50-0,99; p=0,044) niż schematy kontrolne. Efekty wydają się być spójne w wielu grupach pacjentów uwzględnionych w badaniach. INTERPRETACJA U osób dializowanych należy rutynowo rozważyć leczenie środkami obniżającymi ciśnienie krwi, aby zmniejszyć bardzo wysoką chorobowość i śmiertelność z przyczyn sercowo-naczyniowych w tej populacji.


title: Interakcja 14,7-kilodaltonowego białka adenowirusa E3 z nowym białkiem komórkowym indukowanym przez czynnik alfa, zawierającym domeny suwaka leucynowego.

text: Wczesny region 3 (E3) ludzkich adenowirusów grupy C (Ad) koduje kilka inhibitorów cytolizy czynnika martwicy nowotworu alfa (TNF-alfa), w tym białko E3 14,7 kDa (E3-14,7K) i heterodimer zawierający dwa polipeptydy po 10,4 i 14,5 kDa. Aby zrozumieć mechanizm, za pomocą którego białka wirusowe hamują funkcje TNF-alfa, wykorzystano białko E3-14.7K do przeszukiwania biblioteki cDNA komórek HeLa w celu wyszukania białek wchodzących w interakcje w systemie dwuhybrydowym drożdży. Zidentyfikowano nowe białko zawierające wiele domen suwaka leucynowego bez jakiejkolwiek znaczącej homologii z jakimkolwiek znanym białkiem i nazwano je FIP-2 (od białka oddziałującego 14,7K). FIP-2 oddziaływał z E3-14.7K zarówno in vitro jak i in vivo. Zlokalizował się z Ad E3-14,7K w cytoplazmie, zwłaszcza w pobliżu błony jądrowej i spowodował redystrybucję białka wirusowego. Sam FIP-2 nie powoduje śmierci komórki; może jednak odwrócić ochronny wpływ E3-14.7K na zabijanie komórek indukowane przez nadekspresję wewnątrzkomórkowej domeny receptora 55-kDa TNF lub przez RIP, białko śmierci zaangażowane w szlaki apoptozy TNF-alfa i Fas. Analiza delecji wskazuje, że efekt odwrócenia FIP-2 zależy od jego interakcji z E3-14,7K. W wielu tkankach ludzkich wykryto trzy główne formy mRNA FIP-2, a ekspresję transkryptów indukowano przez traktowanie TNF-alfa w sposób zależny od czasu w dwóch różnych liniach komórkowych. FIP-2 ma sekwencje konsensusowe dla kilku potencjalnych modyfikacji potranslacyjnych. Dane te sugerują, że FIP-2 jest jednym z komórkowych celów dla Ad E3-14.7K i że jego mechanizm wpływania na śmierć komórki obejmuje receptor TNF, RIP lub cząsteczkę niższego rzędu, na którą wpływa jedna z tych dwóch cząsteczek.


title: PML indukuje zagęszczanie, zubożenie TRF2 i sygnalizację uszkodzenia DNA w telomerach i promuje ich alternatywne wydłużanie.

text: Alternatywny mechanizm wydłużania telomerów (ALT) umożliwia komórkom nowotworowym ucieczkę przed starzeniem się i apoptozą przy braku aktywnej telomerazy. Charakterystyczną cechą tego szlaku jest tworzenie się w telomerach ciałek jądrowych (APB) związanych z białaczką promielocytową (PML) związaną z ALT. Tutaj przeanalizowaliśmy rolę APB w ludzkiej linii komórkowej ALT, wykonując badanie interferencji RNA przy użyciu zautomatyzowanej platformy do mikroskopii fluorescencyjnej 3D i zaawansowanej analizy obrazu 3D. Zidentyfikowaliśmy 29 białek, które wpływają na tworzenie APB, w tym białka zaangażowane w organizację telomerów i chromatyny, sumoilację białek i naprawę DNA. Integrując i rozszerzając te odkrycia, odkryliśmy, że tworzenie APB indukowało tworzenie skupisk powtórzeń telomerowych, kompaktowanie telomerów i towarzyszące im zubożenie białka schronyny TRF2 (znanego również jako TERF2). Te zależne od APB zmiany korelowały z indukcją odpowiedzi na uszkodzenie DNA w telomerach w APB, co jest widoczne przez silne wzbogacenie w fosforylowaną postać kinazy zmutowanej ataksji-teleangiektazji (ATM). W związku z tym proponujemy, aby APB promowały utrzymywanie telomerów poprzez indukowanie odpowiedzi na uszkodzenie DNA w komórkach nowotworowych ALT-dodatnich poprzez zmianę stanu chromatyny telomerycznej w celu wywołania fosforylacji ATM.


title: Komórki szpiku Gr-1+CD11b+ przechylają równowagę między ochroną immunologiczną a promocją nowotworu w płucu przed przerzutami.

text: Mechanizmy, za pomocą których guz pierwotny wpływa na wybrany odległy narząd przed nadejściem komórek nowotworowych, pozostają do wyjaśnienia. Ten raport pokazuje, że komórki Gr-1+CD11b+ są znacząco zwiększone w płucach myszy z gruczolakorakiem sutka przed przybyciem komórek nowotworowych. W płucach przed przerzutami te niedojrzałe komórki szpiku znacznie zmniejszają wytwarzanie IFN-gamma i zwiększają cytokiny prozapalne. Ponadto wytwarzają duże ilości metaloproteinazy macierzy 9 (MMP9) i promują przebudowę naczyń. Delecja MMP9 normalizuje nieprawidłowe unaczynienie w płucu przed przerzutami i zmniejsza przerzuty do płuc. Produkcja i aktywność MMP9 jest selektywnie ograniczona do płuc i narządów z dużą liczbą komórek Gr-1+CD11b+. Nasza praca ujawnia nowy mechanizm protutorowy dla komórek Gr-1+CD11b+, który zmienia płuco przed przerzutami w środowisko zapalne i proliferacyjne, zmniejsza ochronę immunologiczną i promuje przerzuty poprzez nieprawidłowe tworzenie naczyń. Zatem hamowanie komórek Gr-1+CD11b+ może normalizować środowisko płuc przed przerzutami, poprawiać nadzór immunologiczny gospodarza i hamować przerzuty nowotworu.


title: Sygnalizacja aktywiny/węzłów w komórkach macierzystych.

text: Czynniki wzrostu aktywina/węzły kontrolują szeroki zakres procesów biologicznych, w tym wczesne decyzje dotyczące losu komórek, organogenezę i homeostazę tkanek dorosłych. W tym miejscu przedstawiamy przegląd mechanizmów, za pomocą których szlak sygnałowy Aktywina/Nodal zarządza funkcją komórek macierzystych na tych różnych etapach rozwoju. Opisujemy ostatnie odkrycia, które wiążą sygnalizację Activin/Nodal ze stanami patologicznymi, koncentrując się na rakowych komórkach macierzystych w onkogenezie i ich potencjale jako celu terapii. Ponadto omówimy przyszłe kierunki i pytania, które obecnie pozostają bez odpowiedzi, dotyczące roli sygnalizacji Activin/Nodal w samoodnawianiu, różnicowaniu i proliferacji komórek macierzystych.


title: Odrębne polimerazy RNA zależne od RNA są wymagane dla RNAi wyzwalanych przez dwuniciowe RNA w porównaniu z skróconymi transgenami w Paramecium tetraurelia

text: U wielu eukariotów polimerazy RNA zależne od RNA (RdRP) odgrywają kluczową rolę w szlaku RNAi. Zostały one zaangażowane w rozpoznawanie i przetwarzanie nieprawidłowych transkryptów wyzwalających proces oraz we wzmacnianie odpowiedzi wyciszania. Przetestowaliśmy funkcje genów RdRP z orzęsków Paramecium tetraurelia w indukowanych eksperymentalnie i endogennych mechanizmach wyciszania genów. W tym organizmie RNAi może być wyzwalane albo przez wysokokopiowane, skrócone transgeny, albo przez bezpośrednie zasilanie komórek dwuniciowym RNA (dsRNA). Co zaskakujące, wyciszanie indukowane dsRNA zależy od przypuszczalnie funkcjonalnych genów RDR1 i RDR2, które są wymagane do akumulacji zarówno pierwotnych siRNA, jak i odrębnej klasy małych RNA sugerujących wtórne siRNA. W przeciwieństwie do tego trzeci gen z wysoce rozbieżną domeną katalityczną, RDR3, jest wymagany do akumulacji siRNA, gdy RNAi jest wyzwalane przez skrócone transgeny. Nasze dane dodatkowo implikują RDR3 w akumulację wcześniej opisanych endogennych siRNA oraz w regulację rodziny genów antygenów powierzchniowych. Podczas gdy tylko jeden z tych genów jest normalnie eksprymowany w dowolnej klonalnej linii komórkowej, knockdown RDR3 prowadzi do koekspresji wielu antygenów. Wyniki te dostarczają dowodów na funkcjonalną specjalizację genów RdRP Paramecium w odrębnych szlakach RNAi działających podczas wzrostu wegetatywnego.


title: Mechanizmy apoptozy komórek nerkowych indukowanej przez cyklosporynę A: przegląd systematyczny badań in vitro

text: Wstęp: Przewlekła nefrotoksyczność (CCN) cyklosporyny A (CsA) jest główną przyczyną przewlekłej dysfunkcji nerek i nie ma jeszcze skutecznych interwencji klinicznych. Cel: Aby ujawnić mechanizmy apoptozy komórek nerkowych w CCN, przeanalizowaliśmy wszystkie badania takich mechanizmów in vitro. Metody: Zebraliśmy wszystkie badania in vitro dotyczące mechanizmów apoptozy komórek nerkowych indukowanej przez CsA w Medline (1966 do lipca 2010), Embase (1980 do lipca 2010) i ISI (1986 do lipca 2010), oceniając ich jakość według metody in vitro standardów i wyodrębnionych danych zgodnie z zasadami PICOS oraz zsyntetyzowano dane. Wyniki: Po pierwsze, CsA może zwiększać ekspresję Fas i Fas-L, zwiększać FADD i enzymy apoptozy (kaspazy-2, -3, -4, -7, -8, -9 i -10) oraz regulować w dół Bcl-2 i Bcl -xL. Po drugie, CsA może wywoływać stres oksydacyjny i uszkadzać system obrony antyoksydacyjnej. Po trzecie, CsA może zwiększyć ekspresję HERP, GRP78 i CHOP. Po czwarte, CsA może indukować apoptozę komórek nerkowych i zwiększać ich ekspresję iNOS i p53 w hodowanych komórkach. Wnioski: Co najmniej cztery szlaki są zaangażowane w apoptozę komórek nerkowych indukowaną przez CsA w różnych gatunkach komórek. Kaspazy mogą być ich ostatnią wspólną ścieżką in vitro. Wszystkie mogą dostarczyć potencjalnych punktów do interwencji, ale muszą one zostać potwierdzone in vivo.


title: Komórki macierzyste krwi wyłaniają się ze śródbłonka aorty przez nowy rodzaj przejścia komórkowego

text: Ontogenia hematopoetycznych komórek macierzystych (HSC) podczas rozwoju embrionalnego jest nadal przedmiotem dyskusji, zwłaszcza ich możliwy związek genetyczny z komórkami śródbłonka naczyniowego. Pierwszym anatomicznie miejscem, z którego wyizolowano komórki o długoterminowym potencjale HSC, jest aorta-gonad-mesonephros (AGM), a dokładniej okolice grzbietowego dna aorty. Ale chociaż niektórzy autorzy przedstawili dowody na to, że HSC mogą powstawać bezpośrednio z dna aorty do grzbietowego światła aorty, inni popierają pogląd, że HSC najpierw pojawiają się w mezenchymie. Tutaj pokazujemy za pomocą nieinwazyjnego obrazowania w wysokiej rozdzielczości żywych embrionów danio pręgowanego, że HSC wyłaniają się bezpośrednio z dna aorty w stereotypowym procesie, który nie obejmuje podziału komórek, ale silne zgięcie, a następnie wyjście pojedynczych komórek śródbłonka z brzusznej części aorty ściany do przestrzeni podaortalnej i towarzyszące im przekształcenie w komórki krwiotwórcze. Proces jest spolaryzowany nie tylko w kierunku grzbietowo-brzusznym, ale także w kierunku rostro-ogonowym i środkowo-bocznym, i zależy od ekspresji Runx1: w zarodkach z niedoborem Runx1 zdarzenia wyjścia są początkowo podobne, ale znacznie rzadsze i zanikają gwałtowna śmierć wychodzącej komórki. Wyniki te pokazują, że dno aorty jest hemogenne i że HSC wychodzą z niego do przestrzeni podaortalnej, nie poprzez asymetryczny podział komórek, ale poprzez nowy typ zachowania komórek, który nazywamy śródbłonkowym przejściem krwiotwórczym.


title: Prawdopodobne przeniesienie wirusa ptasiej grypy A (H7N9) z osoby na osobę we wschodnich Chinach, 2013: badanie epidemiologiczne

text: CEL Ustalenie, czy nowy wirus ptasiej grypy H7N9 może przenosić się z człowieka na człowieka oraz jego skuteczność. PROJEKT Badania epidemiologiczne przeprowadzone po grupie rodzinnej dwóch pacjentów z ptasim H7N9 w marcu 2013 r. STANOWISKO Wuxi, Wschodnie Chiny. UCZESTNICY Dwoje pacjentów, ich bliskie kontakty i odpowiednie środowiska. Próbki od pacjentów i środowisk pobrano i przetestowano za pomocą reakcji łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkryptazą w czasie rzeczywistym (rRT-PCR), hodowli wirusów i testu hamowania hemaglutynacji. Każdy kontakt, który zachorował, miał próbki testowane na obecność ptasiego H7N9 metodą rRT-PCR. Sparowane próbki surowicy pobrano od kontaktów do testów serologicznych za pomocą testów hamowania hemaglutynacji. GŁÓWNE WYNIKI DZIAŁANIA Dane kliniczne, historia narażenia przed wystąpieniem choroby oraz wyniki badań laboratoryjnych patogenów i dalszej analizy sekwencji i drzewa filogenetycznego na izolowane szczepy. WYNIKI Pacjent indeksowy zachorował pięć do sześciu dni po ostatnim kontakcie z drobiem. Drugi pacjent, jego córka w wieku 32 lat, która zapewniała niezabezpieczoną opiekę przy łóżku chorego w szpitalu, nie była narażona na kontakt z drobiem. Objawy pojawiły się sześć dni po ostatnim kontakcie z ojcem. Od dwóch pacjentów pomyślnie wyizolowano dwa szczepy. Sekwencja genomu i analizy drzew filogenetycznych wykazały, że oba wirusy były niemal identyczne genetycznie. Zidentyfikowano czterdzieści trzy bliskie kontakty obu pacjentów. Jeden miał łagodną chorobę, ale miał negatywne wyniki dla ptasiego H7N9 w rRT-PCR. Wszystkie 43 osoby z bliskich osób uzyskały wynik negatywny na obecność przeciwciał hamujących hemaglutynację swoistych dla ptasiego H7N9. WNIOSKI Zakażenie córki prawdopodobnie było wynikiem kontaktu z ojcem (pacjentem indeksowym) podczas ekspozycji bez zabezpieczenia, co sugeruje, że w tej grupie wirus mógł przenosić się z człowieka na człowieka. Przekazywalność była ograniczona i niezrównoważona.


title: Zmienność genetyczna genu interleukiny-28B jest powiązana ze spontanicznym klirensem i progresją wirusa zapalenia wątroby typu C u pacjentów z Maroka

text: TŁO Zmienność genetyczna genu IL28B jest silnie związana z wynikami leczenia, spontanicznym klirensem i progresją zakażenia wirusem zapalenia wątroby typu C (HCV). Celem niniejszej pracy było zbadanie roli polimorfizmów w tym locus w progresji i wyniku zakażenia HCV w populacji marokańskiej. METODY Przeanalizowaliśmy kohortę 438 osób, w tym 232 pacjentów z przetrwałym zakażeniem HCV, z których 115 pacjentów miało łagodne przewlekłe zapalenie wątroby, a 117 miało zaawansowaną chorobę wątroby (marskość i rak wątrobowokomórkowy), 68 osób, u których wystąpiło naturalnie HCV i 138 osób zdrowych. SNP IL28B rs12979860 i rs8099917 poddano genotypowaniu przy użyciu testu dyskryminacji alleli TaqMan 5'. WYNIKI Ochronne allele rs12979860-C i rs8099917-T występowały częściej u osób z samoistnym klirensem (odpowiednio 77,9% vs 55,2%; p = 0,00001 i 95,6% vs 83,2%; p = 0,0025). Osoby z klirensem były 4,69 (95% CI, 1,99-11,07) razy bardziej narażone na genotyp C/C dla polimorfizmu rs12979860 (p = 0,0017) i 3,55 (95% CI, 0,19-66,89) razy większe prawdopodobieństwo posiadania T /T genotyp w rs8099917. Pacjenci z zaawansowaną chorobą wątroby nosili genotyp rs12979860-T/T częściej niż pacjenci z łagodnym przewlekłym wirusowym zapaleniem wątroby typu C (OR = 1,89; 95% CI, 0,99-3,61; p = 0,0532) i ryzyko to było jeszcze bardziej widoczne, gdy je porównaliśmy ze zdrowymi kontrolami (OR = 4,27; 95% CI, 2,08-8,76; p = 0,0005). Allel rs8099917-G był również związany z zaawansowaną chorobą wątroby (OR = 2,34; 95% CI, 1,40-3,93; p = 0,0100). WNIOSKI W populacji marokańskiej polimorfizmy w pobliżu genu IL28B odgrywają rolę zarówno w samoistnym usuwaniu, jak i progresji zakażenia HCV.


title: Ekspresja CD127 jest odwrotnie skorelowana z FoxP3 i funkcją supresyjną ludzkich komórek T reg CD4+

text: Regulatorowe komórki T (T reg) są krytycznymi regulatorami tolerancji immunologicznej. Większość komórek T reg definiuje się na podstawie ekspresji CD4, CD25 i czynnika transkrypcyjnego FoxP3. Jednak te markery okazały się problematyczne w unikalnym definiowaniu tego wyspecjalizowanego podzbioru limfocytów T u ludzi. Odkryliśmy, że receptor IL-7 (CD127) jest obniżony w podzbiorze limfocytów T CD4+ we krwi obwodowej. Wykazujemy, że większość tych komórek to FoxP3+, w tym te, które wyrażają niski poziom lub brak CD25. Kombinacja CD4, CD25 i CD127 dała wysoce oczyszczoną populację komórek T reg, stanowiącą znacznie więcej komórek, które wcześniej zidentyfikowano na podstawie innych markerów powierzchniowych komórek. Komórki te były wysoce supresyjne w funkcjonalnych testach supresorowych. W rzeczywistości komórki rozdzielone wyłącznie na podstawie ekspresji CD4 i CD127 były anergiczne i chociaż reprezentują co najmniej trzykrotną liczbę komórek (w tym zarówno podzbiory limfocytów T CD25+CD4+, jak i CD25-CD4+), były równie supresyjne jak „klasyczny” CD4 +CD25hi T reg podzbiór komórek. Na koniec pokazujemy, że CD127 może być stosowany do ilościowej oceny podzbiorów komórek T reg u osób z cukrzycą typu 1, co potwierdza zastosowanie CD127 jako biomarkera dla ludzkich komórek T reg.


title: Czynniki środowiskowe wpływające na skórną produkcję witaminy D

text: Wszystkie kręgowce, w tym ludzie, większość dziennego zapotrzebowania na witaminę D pozyskują z przypadkowej ekspozycji na światło słoneczne. Podczas ekspozycji na światło słoneczne fotony słonecznego ultrafioletu B (290-315 nm) przenikają do skóry, gdzie powodują fotolizę 7-dehydrocholesterolu do precholekalcyferolu. Po utworzeniu precholekalcyferol ulega indukowanemu termicznie przegrupowaniu swoich wiązań podwójnych, tworząc cholekalcyferol. Wzrost pigmentacji skóry, starzenie się i miejscowe stosowanie kremu przeciwsłonecznego zmniejsza skórną produkcję cholekalcyferolu. Szerokość geograficzna, pora roku i pora dnia, a także zanieczyszczenie atmosfery ozonem wpływają na liczbę fotonów słonecznego ultrafioletowego B, które docierają do powierzchni ziemi, a tym samym zmieniają skórną produkcję cholekalcyferolu. W Bostonie ekspozycja na światło słoneczne w okresie od listopada do lutego nie spowoduje wytworzenia w skórze żadnych znaczących ilości cholekalcyferolu. Ponieważ szyby okienne pochłaniają promieniowanie ultrafioletowe B, ekspozycja na światło słoneczne przez szklane okna nie spowoduje produkcji cholekalcyferolu. Obecnie wiadomo, że niedobór witaminy D i niedobór witaminy D są powszechne u osób starszych, zwłaszcza u tych, którzy są niedołężni i nie są narażeni na działanie promieni słonecznych lub mieszkają na szerokościach geograficznych, które nie dostarczają im cholekalcyferolu za pośrednictwem światła słonecznego w miesiącach zimowych. Niedobór i niedobór witaminy D zaostrzają osteoporozę, powodują osteomalację i zwiększają ryzyko złamań szkieletu. Niedoborowi i niedoborowi witaminy D można zapobiegać, zachęcając do odpowiedzialnej ekspozycji na światło słoneczne i/lub spożywania tabletek multiwitaminowych zawierających 10 mikrogramów (400 j.m.) witaminy D.


title: Wdrukowanie genomowe w rozwój, wzrost, zachowanie i komórki macierzyste.

text: Geny, które podlegają imprintingowi genomowemu u ssaków, są preferencyjnie wyrażane z pojedynczego allelu rodzicielskiego. Ta wdrukowana ekspresja niewielkiej liczby genów ma kluczowe znaczenie dla prawidłowego rozwoju, ponieważ geny te często bezpośrednio regulują wzrost płodu. Ostatnie prace wykazały również zawiłe role wdrukowanych genów w mózgu, co ma istotne konsekwencje dla zachowania i funkcji neuronów. Wreszcie nowe badania ujawniły znaczenie prawidłowej ekspresji określonych genów imprintowanych w indukowanych pluripotencjalnych komórkach macierzystych oraz w dorosłych komórkach macierzystych. W trakcie przeglądu, odkrycia te podkreślają złożoną naturę i znaczenie rozwojowe genów imprintowanych.


title: Ilościowe wykrywanie RNA wirusa zapalenia wątroby typu C za pomocą Light Cycler PCR i porównanie z dwoma różnymi testami PCR

text: Nowa technologia Light Cycler została dostosowana do wykrywania RNA wirusa zapalenia wątroby typu C (HCV) w próbkach klinicznych. Surowice od 81 pacjentów zostały przetestowane za pomocą testu Light Cycler PCR, testu AMPLICOR HCV Monitor oraz własnej reakcji PCR. Nasze dane pokazują, że Light Cycler jest szybką i niezawodną metodą wykrywania i oznaczania ilościowego RNA HCV.


title: Celowanie w szlak metabolizmu argininy w leczeniu nowotworów zależnych od argininy.

text: Znaczące różnice w metabolizmie między komórkami nowotworowymi a normalnymi zainspirowały rozwój leków przeciwnowotworowych opartych na metabolizmie. Arginina jest pół-niezbędnym aminokwasem, ponieważ normalne komórki mogą nie tylko syntetyzować argininę de novo, ale także pobierać argininę pozakomórkową. Kilka typów guzów ma nieprawidłowości w enzymach metabolizmu argininy i całkowicie polega na argininie pozakomórkowej, która wspiera niezbędne procesy biologiczne. Ta właściwość jest określana jako auksotrofia argininy. Wykorzystując charakterystyczną auksotrofię argininy w nowotworach, badano pozbawienie argininy, które jest na ogół indukowane przez zastosowanie deiminazy argininowej (ADI) i arginazy I, jako nową strategię leczenia raka. Pozbawienie argininy wykazało obiecującą skuteczność przeciwko nowotworom auksotroficznym argininy. Łącząc perspektywy zarówno onkologów klinicznych, jak i naukowców laboratoryjnych, artykuł ten dokonuje przeglądu ważnych aspektów pozbawienia argininy jako obiecującej terapii przeciwnowotworowej.


title: Sygnalizacja rang wiąże rozwój niezmiennych progenitorów komórek T γδ i nabłonka rdzeniowego Aire+

text: Rdzeń grasicy zapewnia wyspecjalizowane mikrośrodowisko do negatywnej selekcji limfocytów T, przy czym obecność autoimmunologicznych regulatorów (Aire) eksprymujących rdzeniowych komórek nabłonka grasicy (mTEC) w okresie embrionalnym i noworodkowym jest zarówno niezbędna, jak i wystarczająca do ustalenia długotrwałej tolerancji . Tutaj wykazaliśmy, że pojawienie się pierwszych kohort Aire(+) mTEC na tym kluczowym etapie rozwoju, przed selekcją repertuaru limfocytów T αβ, było wspólnie kierowane przez komórki indukujące tkankę limfoidalną Rankl(+) i niezmienne dendrytyczne T naskórkowe Vγ5(+) komórki progenitorowe (DETC), które są pierwszymi tymocytami wyrażającymi produkty rearanżacji genów. Z kolei generowanie Aire(+) mTEC sprzyjało zależnemu od Skint-1, ale niezależnemu od Aire dojrzewaniu przodków DETC i powstawaniu niezmiennego repertuaru DETC. W związku z tym nasze dane przypisały znaczenie funkcjonalne czasowemu rozwojowi komórek T Vγ5(+) γδ podczas tworzenia rdzenia grasicy dla indukcji tolerancji komórek T αβ i wykazały zależny od rangi związek między dojrzewaniem DETC i Aire(+) mTEC.


title: Długotrwały niedobór odporności po allogenicznym przeszczepie komórek macierzystych: niedobór komórek B jest związany z późnymi infekcjami.

text: Rekonstytucję immunologiczną przeanalizowano u 140 kolejnych pacjentów, którzy byli 2 lata bez choroby i przeszli mieloablacyjny przeszczep allogeniczny. Zaobserwowano defekt CD4 i CD8 obejmujący naiwne, ostatecznie zróżnicowane komórki pamięci i kompetentne oraz powyżej wartości granicznych dla aktywowanych podzbiorów. Komórki NK normalizują się po sześciu miesiącach, podczas gdy obserwowaliśmy ekspansję komórek B CD19(+)/CD5(+) po trzech miesiącach i utrzymujący się defekt komórek B pamięci. Przewlekła choroba przeszczep przeciwko gospodarzowi nie wpłynęła znacząco na te parametry dla podzbiorów CD8, podczas gdy naiwne i kompetentne podzbiory CD4 były silnie dotknięte. Jednak najgłębszy wpływ przewlekłej choroby przeszczep przeciwko gospodarzowi dotyczył podzbiorów komórek B, zwłaszcza populacji B pamięci. Skumulowana częstość występowania późnych ciężkich zakażeń była niska (14% po czterech latach). Korzystając z modeli Coxa, tylko niska liczba limfocytów B po 12 (P=0,02) i 24 (P=0,001) miesiącach była związana z ryzykiem rozwoju późnej infekcji, w szczególności jeśli u pacjentów nie rozwinęła się przewlekła choroba przeszczep przeciwko gospodarzowi.


title: Na siłę stymulacyjną antygenów komórek T wpływa tworzenie synapsy immunologicznej.

text: Aktywacja komórek T opiera się na interakcji między receptorem komórek T a ligandami głównej zgodności tkankowej peptydu (pMHC). Czynniki determinujące siłę stymulacyjną cząsteczki pMHC pozostają niejasne. Opisujemy wyniki pokazujące, że peptyd wykazujący wiele cech słabego agonisty stymuluje komórki T do proliferacji bardziej niż ligand agonistyczny typu dzikiego. Podejście in silico sugerowało, że niezdolność do utworzenia centralnego klastra aktywacji supramolekularnej (cSMAC) może leżeć u podstaw zwiększonej proliferacji. Wniosek ten został poparty eksperymentami, które wykazały, że zwiększenie tworzenia cSMAC zmniejsza zdolność stymulacyjną słabego peptydu. Nasze badania podkreślają fakt, że złożona współzależność czynników determinuje jakość antygenu komórek T.


title: Kontrola klirensu glutaminianu i skuteczności synaptycznej przez glejowe pokrycie neuronów.

text: Analiza pobudzającej transmisji synaptycznej w jądrze nadwzgórza podwzgórza szczura wykazała, że klirens glutaminianu, a w konsekwencji stężenie i dyfuzja glutaminianu w przestrzeni zewnątrzkomórkowej, jest związany ze stopniem pokrycia neuronów przez astrocyty. Zmniejszenie klirensu glutaminianu, wywołane farmakologicznie lub związane ze względnym zmniejszeniem pokrycia glejowego w pobliżu synaps, wpłynęło na uwalnianie przekaźnika poprzez modulację presynaptycznych metabotropowych receptorów glutaminianu. Owijanie astrocytów neuronów przyczynia się zatem do regulacji wydajności synaptycznej w ośrodkowym układzie nerwowym.


title: Czas trwania supresji androgenów w leczeniu raka prostaty.

text: TŁO Połączenie radioterapii z długoterminową medyczną supresją androgenów (> lub = 2 lata) poprawia przeżycie całkowite u pacjentów z miejscowo zaawansowanym rakiem prostaty. Porównaliśmy zastosowanie radioterapii z krótkotrwałą supresją androgenów z zastosowaniem radioterapii z długotrwałą supresją androgenów w leczeniu miejscowo zaawansowanego raka prostaty. METODY Przydzieliliśmy losowo pacjentów z miejscowo zaawansowanym rakiem prostaty, którzy otrzymali radioterapię wiązką zewnętrzną plus 6 miesięcy supresji androgenów, do dwóch grup, jednej do nieotrzymywania dalszego leczenia (krótkotrwała supresja), a drugiej do dalszego 2,5-letniego leczenia agonista hormonu uwalniającego hormon luteinizujący (długotrwała supresja). Wynik noninferiority krótkotrwałej supresji androgenów w porównaniu z długotrwałą supresją wymagał współczynnika ryzyka większego niż 1,35 dla całkowitego przeżycia, z jednostronnym poziomem alfa 0,05. Analiza pośrednia wykazała daremność, a wyniki przedstawiono przy skorygowanym jednostronnym poziomie alfa 0,0429. WYNIKI W sumie zarejestrowano 1113 mężczyzn, z których 970 losowo przydzielono, 483 do krótkotrwałej supresji i 487 do długotrwałej supresji. Po medianie obserwacji wynoszącej 6,4 roku zmarło 132 pacjentów w grupie krótkoterminowej i 98 w grupie długoterminowej; liczba zgonów z powodu raka prostaty wyniosła 47 w grupie krótkoterminowej i 29 w grupie długoterminowej. Ogólna śmiertelność 5-letnia z powodu krótkotrwałej i długotrwałej supresji wyniosła odpowiednio 19,0% i 15,2%; obserwowany współczynnik ryzyka wyniósł 1,42 (górna granica ufności 95,71%, 1,79; p=0,65 dla noninferiority). Zdarzenia niepożądane w obu grupach obejmowały zmęczenie, osłabienie funkcji seksualnych i uderzenia gorąca. WNIOSKI Kombinacja radioterapii plus 6 miesięcy supresji androgenów zapewnia gorszy czas przeżycia w porównaniu z radioterapią plus 3 lata supresji androgenów w leczeniu miejscowo zaawansowanego raka prostaty. (Numer ClinicalTrials.gov, NCT00003026.)


title: Funkcjonalne badanie neuroobrazowania lokalizacji dźwięku: aktywność kory wzrokowej prognozuje wydajność u osób wcześnie niewidomych

text: Osoby niewidome często wykazują zwiększone niewzrokowe zdolności percepcyjne. Jednak podłoże neuronowe, które leży u podstaw tej ulepszonej wydajności, nie zostało w pełni poznane. Wcześniejsze badanie behawioralne wykazało, że niektóre osoby wcześnie niewidome lokalizują dźwięki dokładniej niż osoby widzące za pomocą sygnałów monofonicznych. Aby zbadać neuronalne podstawy tych różnic behawioralnych u ludzi, przeprowadziliśmy badania obrazowania funkcjonalnego za pomocą pozytonowej tomografii emisyjnej i zestawu głośników, który umożliwiał prezentacje pseudowolnego pola w skanerze. Podczas lokalizacji dźwięku obuusznego widząca grupa kontrolna wykazała zmniejszony przepływ krwi w płacie potylicznym, czego nie obserwowano u osób wcześnie niewidomych. Podczas lokalizacji dźwięku monofonicznego (jedno ucho zatkane), podgrupa osób wcześnie niewidomych, które były lepsze behawioralnie w lokalizacji dźwięku, wykazywała dwa ogniska aktywacji w korze potylicznej. Efektu tego nie zaobserwowano u osób niewidomych, które nie miały lepszych zdolności lokalizowania dźwięków monofonicznych, ani u osób widzących. Stopień aktywacji jednego z tych ognisk był silnie skorelowany z dokładnością lokalizacji dźwięku w całej grupie osób niewidomych. Wyniki pokazują, że osoby niewidome, które radzą sobie lepiej niż osoby widzące, rekrutują okolice potyliczne do lokalizacji słuchowej w warunkach monofonicznych. Wnioskujemy zatem, że obliczenia przeprowadzane w korze potylicznej szczególnie leżą u podstaw zwiększonej zdolności do wykorzystywania sygnałów monofonicznych. Nasze odkrycia rzucają światło nie tylko na intermodalne mechanizmy kompensacyjne, ale także na indywidualne różnice w tych mechanizmach oraz na wzorce hamujące, które różnią się między osobami widzącymi a osobami pozbawionymi wzroku we wczesnym okresie życia.


title: Silna infiltracja makrofagów związanych z nowotworem przepowiada niekorzystny wynik kliniczny raka piersi bez przerzutów do węzłów chłonnych

text: Mikrośrodowisko guza składa się z komórek nowotworowych, fibroblastów, komórek śródbłonka i naciekających komórek odpornościowych, które mogą hamować lub promować wzrost i progresję guza. Celem tego retrospektywnego badania było scharakteryzowanie gęstości makrofagów związanych z guzem (TAM) w raku piersi oraz skorelowanie gęstości TAM z parametrami kliniczno-patologicznymi. Próbki zatopione w parafinie oraz dane kliniczno-patologiczne, w tym dane z okresu obserwacji do 5 lat, uzyskano od 172 pacjentów z rakiem piersi. Barwienie immunohistochemiczne CD68 (marker makrofagów) przeprowadzono i oceniono w sposób zaślepiony. Odkryliśmy, że TAM występowały istotnie często u chorych na raka piersi o wysokim stopniu zaawansowania histopatologicznego. Pacjentki z rakiem piersi z dużą gęstością TAM miały znacząco niższe wskaźniki przeżycia wolnego od choroby i 5-letniego przeżycia całkowitego niż pacjentki z małą gęstością TAM. Ponadto wysoki naciek TAM wskazywał na gorszy wskaźnik przeżycia chorych na raka piersi bez przerzutów do węzłów chłonnych. Podsumowując, liczba TAM w podścielisku guza jest niezależnym predyktorem czasu przeżycia chorych na raka piersi. Silny naciek TAM jest istotnym niekorzystnym czynnikiem rokowniczym dla chorych na inwazyjnego raka piersi i jako taki jest potencjalnie użytecznym markerem rokowniczym raka piersi.


title: Mysie zniekształcone 3 funkcje w nadmiarowych ścieżkach z zaburzeniami 1 i 2 w prawidłowym odcinku odpływu serca, ślimaku i rozwoju cewy nerwowej

text: Rozdrobnione białka (Dvl) są ważnymi elementami sygnalizacyjnymi zarówno kanonicznego szlaku beta-kateniny/Wnt, który kontroluje proliferację i modelowanie komórek, jak i szlaku polaryzacji komórek planarnych (PCP), który koordynuje polaryzację komórek w warstwie komórek, a także kieruje zbieżnością ruchy komórek rozszerzających (CE), które powodują zwężenie i wydłużenie tkanki. Zidentyfikowano trzy ssacze geny Dvl i wcześniej określono role rozwojowe Dvl1 i Dvl2. Tutaj identyfikujemy funkcje Dvl3 w rozwoju i dostarczamy dowodów na funkcjonalną redundancję wśród trzech mysich Dvl. Myszy Dvl3(-/-) umierały okołoporodowo z nieprawidłowościami w obrębie drogi odpływu z serca, w tym z podwójnym wylotem prawej komory i utrzymującą się tętnicą pnia. Mutanty te wykazywały również nieprawidłową orientację rzęsek w narządzie Corti, fenotyp, który został wzmocniony dodatkową utratą pojedynczego allelu składnika PCP Vangl2/Ltap (LtapLp/+). Chociaż neurulacja wydawała się normalna zarówno w przypadku mutantów Dvl3(-/-), jak i LtapLp/+, połączone mutanty Dvl3(+/-);LtapLp/+ wykazywały niecałkowite zamknięcie cewy nerwowej. Co ważne, pokazujemy, że wiele ról Dvl3 jest również dzielonych przez Dvl1 i Dvl2. Bardziej dotkliwe fenotypy zaobserwowano u mutantów Dvl3 z niedoborem innego Dvl, a zwiększenie dawki Dvl genetycznie z transgenami Dvl wykazało zdolność Dvl do wzajemnej kompensacji w celu umożliwienia normalnego rozwoju. Co ciekawe, globalna kanoniczna sygnalizacja Wnt wydawała się w dużej mierze niezmieniona u podwójnych mutantów Dvl, co sugeruje, że niskie poziomy Dvl są wystarczające dla funkcjonalnych kanonicznych sygnałów Wnt. Podsumowując, wykazujemy, że Dvl3 jest wymagany do rozwoju drogi odpływu z serca i opisujemy jego znaczenie w szlaku PCP podczas rozwoju neurulacji i ślimaka. Na koniec ustalamy kilka procesów rozwojowych, w których trzy Dvls są funkcjonalnie nadmiarowe.


title: Dynamika połączeń przylegających w odbudowie, utrzymaniu i przebudowie nabłonka

text: Kompleks nabłonkowy kadheryna (E-kadheryna)-katenina wiąże się ze składnikami cytoszkieletu oraz cząsteczkami regulatorowymi i sygnałowymi, tworząc dojrzałe połączenie przylegające (AJ). Ta dynamiczna struktura fizycznie łączy sąsiednie komórki nabłonkowe, łączy międzykomórkowe kontakty adhezyjne z cytoszkieletem i pomaga zdefiniować oś wierzchołkowo-podstawną każdej komórki. Wspólnie te czynności koordynują formę, polaryzację i funkcję wszystkich komórek w nabłonku. Kilka cząsteczek reguluje tworzenie i integralność AJ, w tym GTPazy z rodziny Rho i białka o polarności Par. Jednak dopiero niedawno, wraz z rozwojem obrazowania żywych komórek, zaczęto doceniać stopień, w jakim E-kadheryna jest aktywnie obracana na połączeniach. Ten obrót przyczynia się do tworzenia połączeń i utrzymania integralności nabłonka podczas homeostazy i przebudowy tkanek.


title: Odległe wyniki pacjentów z asystolią wywołaną testem pochylenia głowy.

text: CELE Analiza długoterminowego wyniku największej zgłoszonej kohorty pacjentów z asystolią podczas testu pochylenia głowy. METODY I WYNIKI Od 1990 r. 1322 pacjentów z omdleniami o nieznanym pochodzeniu przeszło badanie na stole uchylnym. Spośród nich 330 pacjentów (24 x 9%) wykazało nieprawidłową odpowiedź (omdlenie lub stan przedomdleniowy). Co więcej, 58 z tych pacjentów (17 X 5%) miało podczas testu okres asystolii (> lub = 3000 ms). Asystolia (mediana (zakres międzykwartylowy)) trwała 10 (4, 19 x 2) s (zakres 3-90). Dwa różne protokoły (kąty) przechylania (Westminster (60 stopni) n=1124; izoproterenol (80 stopni) n=198)) wpłynęły na czas do epizodu omdlenia (13 (6 x 5, 20 x 5) vs 2 (1 , 6 X 5) min, P=0,0005), ale nie czas trwania asystolii. W tym okresie terapia asystolii obejmowała trzy różne etapy: pierwsi pacjenci byli leczeni rozrusznikami serca; później zalecono terapię lekową (metoprolol i/lub etilefrynę); wreszcie (od 1995 r.) nie zastosowano żadnego konkretnego leczenia. W badaniu kohortowym dopasowanym do wieku i płci pacjentów bez asystolii porównano w stosunku 2:1 z pacjentami bez asystolii. Podczas 40 x 7 miesięcy obserwacji (17 x 7, 66 x 8) 12 pacjentów (20 x 6%) z asystolią miało nawroty omdleń. Ponadto u 34 pacjentów (28 x 8%) bez asystolii wystąpiły epizody omdleń podczas obserwacji trwającej 51 x 6 miesięcy (29 x 3, 73 x 1) (p=ns). Analiza Kaplana-Meiera u pacjentów z asystolią i bez asystolii wykazała średni czas bez nawrotu 92 x 6 +/- 6 miesięcy vs 82 x 6 +/- 4 x 7 miesięcy (P=ns). Poprzednia liczba omdleń miała istotny związek z nawrotami (P=0 x 002), ale nie z terapią. Nie było zgonów sercowych. WNIOSKI (1) Asystolia podczas testu pochylenia głowy nie wskazuje na nowotwór złośliwy, a nawrót omdleń jest niski; (2) stymulator lub terapia lekowa nie wpływają znacząco na wynik, który koreluje z poprzednią liczbą epizodów omdleń, ale nie z płcią, wiekiem, występowaniem asystolii, czasem trwania asystolii i czasem do asystolii podczas testu pochylenia głowy; (3) protokół przechylania (kąt) może wpływać na czas do wystąpienia asystolii podczas testu pochylenia głowy.


title: ZINC 15 – Odkrycie liganda dla każdego

text: Wiele pytań dotyczących aktywności biologicznej i dostępności małych cząsteczek pozostaje niedostępnych dla badaczy, którzy mogliby najbardziej skorzystać z ich odpowiedzi. Aby zmniejszyć lukę między chemoinformatyką a biologią, opracowaliśmy zestaw narzędzi do adnotacji ligandów, możliwości zakupu, celów i asocjacji biologii, włączonych do ZINC i przeznaczonych dla badaczy, którzy nie są specjalistami komputerowymi. Nowa wersja zawiera ponad 120 milionów możliwych do kupienia związków „lekopodobnych” – praktycznie wszystkie cząsteczki organiczne, które są na sprzedaż – z których jedna czwarta jest dostępna do natychmiastowej dostawy. ZINC łączy związki dostępne do kupienia z tymi o wysokiej wartości, takie jak metabolity, leki, produkty naturalne i związki opisane w literaturze. Dostęp do związków można uzyskać poprzez geny, dla których są one opisane, jak również główne i drugorzędne klasy docelowe, do których te geny należą. Oferuje nowe narzędzia analityczne, które są łatwe dla niespecjalistów, ale z kilkoma ograniczeniami dla ekspertów. ZINC zachowuje swoje oryginalne korzenie 3D – wszystkie cząsteczki są dostępne w biologicznie istotnych, gotowych do zadokowania formatach. ZINC jest dostępny bezpłatnie pod adresem http://zinc15.docking.org.


title: Remodeling za pośrednictwem kondensyny mitotycznego krajobrazu chromatyny w drożdżach rozszczepialnych

text: Genom eukariotyczny składa się z cząsteczek DNA znacznie dłuższych niż komórki, które je zawierają. Swoje największe zagęszczenie osiągają podczas kondensacji chromosomów w mitozie. Proces ten jest wspomagany przez kondensynę, strukturalne utrzymanie członka rodziny chromosomów (SMC). Przestrzenna organizacja chromosomów mitotycznych i sposób, w jaki kondensyna kształtuje architekturę chromatyny, nie są jeszcze w pełni poznane. Tutaj używamy wychwytywania konformacji chromosomów (Hi-C) do badania mitotycznej kondensacji chromosomów w rozszczepionych drożdżach Schizosaccharomyces pombe. To pokazało, że krajobraz międzyfazowy charakteryzujący się małymi domenami chromatyny jest zastępowany mniejszą, ale większymi domenami w mitozie. Condensin osiąga to poprzez ustanawianie dalekosiężnych, wewnątrzchromosomalnych interakcji DNA, które zagęszczają i indywidualizują chromosomy. Jednocześnie lokalne kontakty chromatyny są ograniczone przez kondensynę, co ma poważne konsekwencje dla lokalnej funkcji chromatyny podczas mitozy. Nasze wyniki podkreślają, że kondensyna jest głównym wyznacznikiem, który zmienia krajobraz chromatyny, gdy komórki przygotowują swoje genomy do podziału komórkowego.


title: Skuteczność schematu leczenia co 6 miesięcy trzy razy w tygodniu w leczeniu nowej gruźlicy płuc z dodatnim wynikiem rozmazu plwociny w warunkach badania klinicznego.

text: TŁO W ramach Zaktualizowanego Narodowego Programu Kontroli Gruźlicy w Indiach pacjenci z nową gruźlicą płuc z dodatnim rozmazem są leczeni za pomocą trzytygodniowego schematu leków przeciwgruźliczych (2H(3)R(3)Z(3)E(3)/4H( 3)R(3) [izoniazyd H, ryfampicyna R, pirazynamid Z i etambutol E]) przez 6 miesięcy. Przeprowadziliśmy retrospektywną analizę skuteczności i tolerancji tego schematu w warunkach badania klinicznego u pacjentów bez HIV z nowo rozpoznaną gruźlicą płuc z dodatnim rozmazem. METODY Przeanalizowaliśmy retrospektywnie dane pacjentów przypisanych do schematu kontrolnego (2H (3)R(3)Z(3)E(3)/4H(3)R(3)) w dwóch badaniach klinicznych w latach 2001-06 w Narodowy Instytut Badań nad Gruźlicą, Chennai, Indie. WYNIKI Spośród 268 pacjentów leczonych tym schematem, dane do analizy skuteczności były dostępne dla 249. Pod koniec leczenia, z 249 pacjentów, 238 (96%) miało stan korzystny. Niepowodzenie leczenia wystąpiło u pozostałych 11: 7, u których organizmy były początkowo podatne na lek i 4 z początkową lekoopornością. Spośród 238 pacjentów, którzy mieli korzystny stan pod koniec leczenia, 14 (6%) miało nawrót gruźlicy w ciągu następnych 24 miesięcy. W analizie zgodnej z zamiarem leczenia 245 (94%) z 262 pacjentów miało korzystny stan pod koniec leczenia. Spośród 28 pacjentów z początkową lekoopornością u 24 (86%) wynik był pomyślny. Tylko 4 z tych 24 pacjentów miało nawrót gruźlicy w ciągu 2 lat obserwacji. Spośród 221 pacjentów początkowo zakażonych drobnoustrojami podatnymi na leki, oporność na lek nie rozwinęła się u żadnego z 7 pacjentów, u których leczenie nie powiodło się, ani u 10 pacjentów, u których wystąpił nawrót gruźlicy. Ponadto, 5 z 7 pacjentów, u których leczenie nie powiodło się, kontynuowało wydalanie prątków wrażliwych na leki po 6 miesiącach. Działania niepożądane leku zaobserwowano u 38 (14%) z 262 pacjentów. Tylko 3 (1,1%) wymagało modyfikacji w leczeniu. WNIOSEK Ten schemat leków przeciwgruźliczych trzy razy w tygodniu przez 6 miesięcy, podawany pod pełnym nadzorem, wiąże się z wysokim odsetkiem korzystnych wyników leczenia u pacjentów z HIV-ujemnych z nowo rozpoznaną gruźlicą płuc z dodatnim rozmazem plwociny. U tych pacjentów występuje niewiele działań niepożądanych.


title: Kurkumina osłabia odpowiedź zapalną w indukowanych przez IL-1beta ludzkich fibroblastach maziówkowych i zapaleniu stawów indukowanym kolagenem w modelu mysim.

text: Wykazano, że kurkumina, główny składnik kurkumy, wykazuje działanie przeciwutleniające i przeciwzapalne. Niniejsze badanie przeprowadzono w celu określenia, czy kurkumina jest skuteczna zarówno w przypadku zapalenia stawów wywołanego kolagenem (CIA) u myszy, jak i aktywacji wywołanej przez IL-1beta w synowiocytach podobnych do fibroblastów (FLS). Myszy DBA/1 immunizowano bydlęcym kolagenem typu II (CII) i leczono kurkuminą co drugi dzień przez 2 tygodnie po początkowej immunizacji. W przypadku zapalenia stawów oceniliśmy częstość występowania choroby i użyliśmy wskaźnika zapalenia stawów opartego na grubości łapy. Proliferację in vitro limfocytów T śledziony indukowanych przez CII lub konkanawalinę A badano stosując wytwarzanie IFN-gamma. Cytokiny prozapalne TNF-alfa i IL-1beta badano w mysim stawie skokowym i analizowano izotypy IgG1 i IgG2a w surowicy. Określono również poziomy ekspresji prostaglandyny E(2) (PGE(2)), cyklooksygenazy-2 (COX-2) i metaloproteinaz macierzy (MMP) w ludzkich FLS. Wyniki pokazały, że w porównaniu z nieleczonymi myszami CIA, myszy leczone kurkuminą obniżyły kliniczną ocenę zapalenia stawów, proliferację komórek T śledziony, poziomy ekspresji TNF-alfa i IL-1beta w stawie skokowym oraz poziomy ekspresji IgG2a w surowicy. Dodatkowo, zmieniając aktywność transkrypcyjną czynnika jądrowego (NF)-kappaB w FLS, kurkumina hamowała wytwarzanie PGE(2), ekspresję COX-2 i wydzielanie MMP. Wyniki te sugerują, że kurkumina może skutecznie tłumić odpowiedź zapalną poprzez hamowanie mediatorów prozapalnych i regulowanie humoralnych i komórkowych odpowiedzi immunologicznych.