title: Regulacja latencji HIV-1 w linii monocytów i makrofagów oraz limfocytów T CD4+.

text: Wprowadzenie w 1996 roku HAART wzbudziło nadzieje na eradykację HIV-1. Niestety odkrycie utajonych rezerwuarów HIV-1 w limfocytach T CD4+ oraz w linii monocytów z makrofagami dowiodło, że optymizm jest przedwczesny. Długożyjące rezerwuary HIV-1 stanowią główną przeszkodę w eradykacji HIV-1. W tym przeglądzie skupiamy się na ustaleniu i utrzymaniu latencji HIV-1 w dwóch głównych celach HIV-1: limfocytach T CD4+ i linii monocyt-makrofag. Zrozumienie mechanizmów molekularnych typu komórkowego powstawania, utrzymywania i reaktywacji utajenia HIV-1 w tych rezerwuarach ma kluczowe znaczenie dla skutecznej interwencji terapeutycznej. Całkowite wykorzenienie wirusa, święty graal dla klinicystów, można osiągnąć poprzez strategiczne interwencje ukierunkowane na komórki utajone i produktywnie zakażone. Sugerujemy, że nowe podejścia, takie jak połączenie różnych rodzajów aktywatorów prowirusowych, mogą przyczynić się do znacznego zmniejszenia rozmiaru utajonych rezerwuarów HIV-1 u pacjentów leczonych HAART.


title: Wpływ terapii elektroakupunkturą na depresję poudarową u pacjentów z różnymi stopniami upośledzenia funkcji motorycznych: badanie pilotażowe

text: [Cel] W niniejszym badaniu sprawdzano, czy terapia elektroakupunkturą zmniejsza depresję poudarową (PSD) i czy zaburzenia funkcji motorycznych oddziałują z efektami terapii. [Tematy] Dwudziestu ośmiu pacjentów z PSD zostało ocenionych i przypisanych do grupy z dobrą lub słabą funkcją motoryczną, w zależności od ich stopnia motoryki. [Metody] Inwentarz Depresji Becka (BDI), Skala Oceny Depresji Hamiltona (HDRS) oraz Ręczny Test Mięśni (MMT) zastosowano w fazie przesiewowej i początkowej badania oraz w 4., 8., 12. i 16. tygodniu badania. codzienny zabieg elektroakupunktury. [Wyniki] Leczenie elektroakupunkturą zmniejszyło PSD (ocenione przez BDI i HDRS) pacjentów. W szczególności depresja w grupie z dobrą motoryką była znacznie bardziej zmniejszona niż w grupie z niską funkcją motoryczną. Stopień upośledzenia funkcji motorycznych nie zmienił się w trakcie badania w żadnej z grup. [Wniosek] Wyniki niniejszego badania pokazują, że terapia elektroakupunkturą może poprawić PSD, a efekt leczenia różni się w zależności od stopnia upośledzenia funkcji motorycznych.


title: Ligacja receptorów komórek T indukuje tworzenie dynamicznie regulowanych zespołów sygnalizacyjnych

text: Ligacja receptora antygenu Tcell (TCR) inicjuje aktywację kinazy tyrozynowej, sygnalizując składanie się kompleksu i tworzenie synaps immunologicznych. Tutaj badaliśmy kinetykę i mechanikę tworzenia kompleksów sygnałowych w żywych białaczkowych limfocytach T Jurkat przy użyciu białek sygnałowych znakowanych fluorescencyjnie wariantami wzmocnionego GFP (EGFP). W ciągu kilku sekund od zetknięcia się ze szkiełkami nakrywkowymi pokrytymi przeciwciałami stymulującymi, komórki T rozwinęły małe, dynamicznie regulowane klastry, które zostały wzbogacone w TCR, fosfotyrozynę, ZAP-70, LAT, Grb2, Gads i SLP-76, z wyłączeniem znacznika tratw lipidowych wzmocnionego żółtą fluorescencją białko-GPI i były zdolne do wywoływania podwyższenia poziomu wapnia. LAT, Grb2 i Gads były przejściowo związane z TCR. Chociaż klastry zawierające ZAP-70 utrzymywały się przez ponad 20 minut, badania fotowybielania wykazały, że ZAP-70 stale dysocjował i powracał do tych kompleksów. Co zaskakujące, SLP-76 przeniósł się do struktury okołojądrowej po zgrupowaniu z TCR. Nasze wyniki podkreślają dynamicznie zmieniającą się kompozycję kompleksów sygnalizacyjnych i wskazują, że te kompleksy mogą tworzyć się w ciągu kilku sekund od zaangażowania TCR, przy braku agregacji tratw lipidowych lub tworzenia centralnego klastra bogatego w TCR.


title: Heterogeniczność rozwojowa fibroblastów sercowych nie przewiduje patologicznej proliferacji i aktywacji.

text: UZASADNIENIE W zwłóknieniu częściowo pośredniczą fibroblasty odkładające macierz zewnątrzkomórkową w sercu. Chociaż doniesiono, że te komórki mezenchymalne mają wiele pochodzenia embrionalnego, funkcjonalna konsekwencja tej heterogeniczności jest nieznana. CEL Staraliśmy się zweryfikować panel markerów powierzchniowych do prospektywnej identyfikacji fibroblastów sercowych. Wyjaśniliśmy pochodzenie rozwojowe fibroblastów sercowych i scharakteryzowaliśmy odpowiadające im fenotypy. Określiliśmy również współczynniki proliferacji każdego podzbioru rozwojowego fibroblastów po urazie spowodowanym przeciążeniem ciśnieniowym. METODY I WYNIKI Wykazaliśmy, że komórki Thy1(+)CD45(-)CD31(-)CD11b(-)Ter119(-) stanowią większość fibroblastów sercowych. Scharakteryzowaliśmy te komórki za pomocą cytometrii przepływowej, epifluorescencji i mikroskopii konfokalnej oraz profilowania transkrypcji (za pomocą reakcji łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkrypcją i sekwencji RNA). Wykorzystaliśmy śledzenie linii, badania przeszczepów i parabiozę, aby pokazać, że większość dorosłych fibroblastów sercowych pochodzi z nasierdzia, mniejszość pochodzi z komórek śródbłonka, a niewielka część z komórek wykazujących ekspresję Pax3. Nie wykryliśmy wytwarzania fibroblastów sercowych przez szpik kostny lub komórki krążące. Co ciekawe, wskaźniki proliferacji podzbiorów fibroblastów po uszkodzeniu były identyczne, a względna obfitość każdej linii pozostała taka sama po uszkodzeniu. Anatomiczny rozkład linii fibroblastów również pozostał niezmieniony po przeciążeniu ciśnieniowym. Ponadto analiza sekwencji RNA wykazała, że fibroblasty pochodzące z Tie2 i pochodzące z Tbx18 w każdej grupie operacyjnej wykazują podobne profile ekspresji genów. WNIOSKI Komórkowa ekspansja fibroblastów sercowych po operacji zwężenia aorty nie była ograniczona do żadnej pojedynczej podgrupy rozwojowej. Równoległa proliferacja i aktywacja heterogenicznej populacji fibroblastów pod wpływem przeciążenia ciśnieniowego może sugerować, że wspólne mechanizmy sygnalizacyjne stymulują ich patologiczną odpowiedź.


title: Stan przedrzucawkowy: łączenie szlaków angiogennych i metabolicznych.

text: Stan przedrzucawkowy to nadciśnieniowa choroba ciążowa, której częstość występowania na całym świecie wynosi 5-8%. Niniejszy przegląd skupia się na najnowszych osiągnięciach w badaniach nad stanem przedrzucawkowym, związanych z angiogenezą i metabolizmem. Najpierw zajmujemy się teorią „nierównowagi naczyń”, która zakłada, że stan przedrzucawkowy wynika z braku równowagi czynników promujących lub antagonizujących angiogenezę, takich jak rozpuszczalna kinaza tyrozynowa podobna do fms (sFlt1), 2-metoksyestradiol (2-ME) i katechol -O-metylotransferaza (COMT). Następnie analizujemy związek między stanem przedrzucawkowym a dysfunkcyjnym metabolizmem zarówno homocysteiny, jak i glikogenu łożyskowego. Mamy nadzieję, że wyjaśnienie niektórych różnych powiązań istniejących między angiogenezą a metabolizmem w stanie przedrzucawkowym ułatwi aktualizację lub ponowne rozważenie starych modeli patogenezy.


title: Acetylowane/deacetylowane enzymy lizyny białkowej i choroby związane z metabolizmem

text: Acetylacja lizyny jest odwracalną modyfikacją potranslacyjną, zjawiskiem epigenetycznym, określanym jako przeniesienie grupy acetylowej z acetylo-CoA na grupę e-aminową lizyny docelowego białka, które jest modulowane przez acetylotransferazy (acetylotransferazy histonów/lizyny (K), HAT/KATs). ) i deacetylazy (deacetylazy histonu/lizyny (K), HDAC/KDAC). Acetylacja lizyny reguluje różne procesy metaboliczne, takie jak utlenianie kwasów tłuszczowych, cykl Krebsa, fosforylacja oksydacyjna, angiogeneza i tak dalej. Zatem zaburzenia acetylacji lizyny mogą być skorelowane z otyłością, cukrzycą i chorobami sercowo-naczyniowymi, które określa się jako powikłanie metaboliczne. W związku z coraz większą liczbą badań nad acetylacją proteomiczną, acetylacja lizyny obejmuje również stan immunologiczny komórek i choroby zwyrodnieniowe, na przykład chorobę Alzheimera i chorobę Huntingtona. Niniejszy przegląd podsumowuje przede wszystkim aktualne badania nad acetylacją lizyny w modulacji metabolizmu oraz w chorobach związanych z metabolizmem, takich jak choroba sercowo-naczyniowa i zaburzenie metabolizmu tłuszczów.


title: Swoistość różnicowa endokrynnych FGF19 i FGF21 do FGFR1 i FGFR4 w kompleksie z KLB

text: TŁO Ostatnie badania sugerują, że betaKlotho (KLB) oraz hormonalne FGF19 i FGF21 przekierowują sygnalizację FGFR do regulacji homeostazy metabolicznej i tłumienia otyłości i cukrzycy. Jednakże tożsamość dominującej tkanki metabolicznej, w której znajduje się główny FGFR-KLB, która w sposób krytyczny pośredniczy w zróżnicowanych działaniach i efektach metabolizmu FGF19 i FGF21, pozostaje niejasna. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI Określiliśmy swoistość receptorową i tkankową FGF21 w porównaniu z FGF19, stosując bezpośrednią, czułą i ilościową kinetykę wiązania oraz transdukcję sygnału i ekspresję genu wczesnej odpowiedzi po podaniu FGF19 i FGF21 u myszy. Stwierdziliśmy, że FGF21 wiąże FGFR1 ze znacznie wyższym powinowactwem niż FGFR4 w obecności KLB; podczas gdy FGF19 wiąże zarówno FGFR1 jak i FGFR4 w obecności KLB z porównywalnym powinowactwem. Oddziaływanie FGF21 z FGFR4-KLB jest bardzo słabe nawet przy wysokim stężeniu i może być pomijalne przy stężeniu fizjologicznym. Zarówno FGF19, jak i FGF21, ale nie FGF1, wykazują powinowactwo wiązania do KLB. Wiązanie FGF1 zależy od tego, gdzie obecne są FGFR. Zarówno FGF19, jak i FGF21 nie są w stanie wypierać wiązania FGF1 i odwrotnie FGF1 nie może wypierać wiązania FGF19 i FGF21. Wyniki te wskazują, że KLB jest niezbędnym mediatorem w wiązaniu FGF19 i FGF21 z FGFR, co nie jest wymagane dla FGF1. Chociaż FGF19 może przede wszystkim aktywować odpowiedzi wątroby i w mniejszym stopniu tkanki tłuszczowej, FGF21 może to robić znacząco tylko w tkance tłuszczowej i adipocytach. Wśród kilku tkanek metabolicznych i endokrynnych dominuje odpowiedź tkanki tłuszczowej na FGF21 i może być osłabiona przez ablację KLB lub FGFR1. WNIOSKI Nasze wyniki wskazują, że w przeciwieństwie do FGF19, FGF21 nie jest w stanie wiązać kompleksu FGFR4-KLB z powinowactwem porównywalnym z FGFR1-KLB, a zatem przy stężeniu fizjologicznym jest mniej prawdopodobne, że będzie bezpośrednio i znacząco celował w wątrobę, gdzie głównie znajduje się FGFR4-KLB. Jednak zarówno FGF21, jak i FGF19 mają potencjał do aktywowania odpowiedzi głównie tkanki tłuszczowej, w której znajduje się FGFR1-KLB.


title: Skuteczność terapeutyczna szczepionki wieloepitopowej przeciwko zakażeniu Helicobacter pylori w modelu myszy BALB/c.

text: Szczepionka epitopowa jest obiecującą opcją szczepienia terapeutycznego przeciwko zakażeniu Helicobacter pylori (H. pylori). W tym badaniu skonstruowaliśmy szczepionkę wieloepitopową z pięcioma epitopami i adiuwantem śluzówkowym E. coli termolabilną podjednostką enterotoksyny B (LTB) o nazwie HUepi-LTB i oceniliśmy jej działanie terapeutyczne przeciwko infekcji H. pylori w modelu myszy BALB/c. HUepi-LTB zawierający trzy epitopy Th z UreB i dwa epitopy komórek B z UreB i HpaA skonstruowano i poddano ekspresji w E. coli. Doustna immunizacja terapeutyczna HUepi-LTB znacząco zmniejszyła kolonizację H. pylori w porównaniu z doustną immunizacją PBS, a ochrona była skorelowana ze specyficznymi względem antygenu limfocytami T CD4+ oraz odpowiedziami IgG i śluzówkowych przeciwciał IgA. Ta wieloepitopowa szczepionka może być obiecującym kandydatem na szczepionkę, która może pomóc w kontrolowaniu zakażenia H. pylori.


title: Fragmenty DNA w osoczu krwi pacjentów onkologicznych: oznaczenia ilościowe i dowody na ich pochodzenie z komórek apoptotycznych i martwiczych.

text: W osoczu krwi pacjentów chorych na raka często stwierdzano podwyższone poziomy fragmentów DNA. Opublikowane dane sugerują, że tylko część DNA w osoczu krwi pochodzi z komórek nowotworowych. Nie wiadomo jednak, ile krążącego DNA pochodzi z komórek nowotworowych lub nienowotworowych. Za pomocą ilościowej reakcji PCR specyficznej dla metylacji regionu promotora genu supresorowego nowotworu CDKN2A byliśmy w stanie określić ilościowo frakcję DNA osocza pochodzącego z komórek nowotworowych. W próbkach osocza 30 niewyselekcjonowanych pacjentów z rakiem wykryliśmy ilości DNA guza od zaledwie 3% do nawet 93% całkowitego krążącego DNA. Zbadaliśmy możliwe pochodzenie nienowotworowego DNA w osoczu i wykazaliśmy tutaj udział DNA limfocytów T tylko w kilku przypadkach. Aby zbadać możliwość, że DNA osocza pochodzi z komórek apoptotycznych lub martwiczych, przeprowadziliśmy badania na komórkach apoptotycznych (staurosporyna) i martwiczych (staurosporyna plus oligomycyna) in vitro oraz na myszach po indukcji apoptotycznej (anty-CD95) lub martwiczej (acetaminofen) wątroby uraz. Stwierdzono, że wzrastające ilości DNA są uwalniane w supernatantach komórek i próbkach osocza krwi leczonych zwierząt. Wyraźne rozróżnienie apoptotycznego i martwiczego DNA osocza było możliwe dzięki elektroforezie żelowej. Te same charakterystyczne wzory fragmentów DNA można zidentyfikować w osoczu pochodzącym od różnych pacjentów z rakiem. Dane są zgodne z możliwością, że komórki apoptotyczne i nekrotyczne są głównym źródłem DNA osocza u pacjentów z rakiem.


title: Farmakodynamika i farmakokinetyka eptifibatydu u pacjentów z ostrymi zespołami wieńcowymi: analiza prospektywna PURSUIT.

text: TŁO Odkładanie i agregacja płytek krwi mają kluczowe znaczenie dla patogenezy powikłań niedokrwiennych ostrych zespołów wieńcowych (ACS). Działanie farmakodynamiczne eptifibatydu, antagonisty płytkowej glikoproteiny IIb/IIIa, opisano u zdrowych osób, ale nie u pacjentów z OZW. Oceniliśmy wpływ eptyfibatydu na agregację płytek ex vivo u pacjentów włączonych do badania OZW z użyciem glikoproteiny płytkowej IIb/IIIa w niestabilnej dławicy piersiowej: Supresja receptora przy użyciu terapii Integrilin (eptyfibatyd) (PURSUIT). METODY I WYNIKI Pacjenci zostali losowo przydzieleni do dożylnego bolusa (180 mikrogramów/kg) i 72-godzinnego wlewu eptifibatydu (2,0 mikrogramy/kg na minutę, n=48) lub placebo (n=50). Oceniliśmy korelację poziomów eptyfibatydu w osoczu z zajęciem receptora i hamowaniem agregacji płytek ex vivo po 5 minutach oraz 1, 4, 24, 48 i 72 godzinach w trakcie leczenia oraz 4 i 8 godzin po zakończeniu wlewu. Krew pobierano w buforowanym cytrynianie i antykoagulantach chlorometyloketonowych D-fenyloalanylo-L-prolilo-L-arginina. Chociaż eptyfibatyd powodował silne, przedłużone hamowanie agregacji płytek krwi podczas terapii, agregacja wydawała się ustępować częściowo do 4 godzin po podaniu bolusa. Odpowiedź agregacyjna była większa w przypadku peptydu agonisty receptora trombiny w porównaniu ze stymulacją ADP; hamowanie agregacji płytek było większe w próbkach krwi antykoagulowanych cytrynianem w porównaniu z chlorometyloketonem D-fenyloalanylo-L-prolilo-L-argininy (PPACK). Poziomy eptyfibatydu w osoczu korelowały istotnie z obłożeniem receptora, ale nie z hamowaniem agregacji płytek. WNIOSKI Bolus i infuzja eptyfibatydu silnie hamują agregację płytek u pacjentów z OZW, po czym następuje krótkotrwała, częściowa regeneracja. Wyniki te zwiększają nasze zrozumienie związku między farmakodynamicznymi i klinicznymi działaniami eptifibatydu u takich pacjentów i mogą mieć ważne implikacje dla jego stosowania w interwencjach przezskórnych.


title: Cytokiny prozapalne leżące u podstaw zapalenia choroby Leśniowskiego-Crohna.

text: CEL PRZEGLĄDU Podsumowanie naszej obecnej wiedzy na temat cytokin prozapalnych odpowiedzialnych za zapalenie leżące u podstaw choroby Leśniowskiego-Crohna oraz perspektywy wykorzystania tych informacji do opracowania terapii tego stanu opartej na hamowaniu tych cytokin. OSTATNIE ODKRYCIA Obecne badania rzucają nowe światło na rolę zarówno odpowiedzi limfocytów T pomocniczych (Th)1 jak i Th17 w patogenezie choroby Leśniowskiego-Crohna. Wstępne badania przeprowadzone dziesięć lat temu podkreśliły pogląd, że zapalenie choroby Leśniowskiego-Crohna jest spowodowane odpowiedzią Th1 sterowaną przez interleukinę-12, co doprowadziło do wytworzenia interferonu gamma, który następnie służył jako główny mediator stanu zapalnego. Jednak w ostatnich latach pogląd ten został w dużej mierze przyćmiony przez badania, prowadzone głównie na modelach mysich, pokazujące, że odpowiedź Th17 jest główną przyczyną zapalenia choroby Leśniowskiego-Crohna poprzez produkcję interleukiny-17. Teraz pojawia się nieco bardziej zrównoważony pogląd, który utrzymuje, że interferon-gamma nadal jest główną cytokiną prozapalną w chorobie Leśniowskiego-Crohna, chociaż może wynikać zarówno z odpowiedzi, w której pośredniczą Th1, jak i Th17 w różnych fazach procesu zapalnego. PODSUMOWANIE Nowe odkrycia nadal wspierają ideę, że anty-interleukina-12p40, przeciwciało hamujące zarówno odpowiedź Th1, jak i Th17, jest logicznie najsilniejszą antycytokiną w leczeniu choroby Leśniowskiego-Crohna.


title: STATYSTYCZNE METODY OCENY ZGODNOŚCI DWIE METODY POMIARU KLINICZNEGO

text: W pomiarach klinicznych często konieczne jest porównanie nowej techniki pomiarowej z ustaloną, aby zobaczyć, czy zgadzają się one wystarczająco, aby nowa technika zastąpiła starą. Takie badania są często niewłaściwie analizowane, zwłaszcza przy użyciu współczynników korelacji. Stosowanie korelacji jest mylące. Opisano alternatywne podejście, oparte na technikach graficznych i prostych obliczeniach, wraz z relacją między tą analizą a oceną powtarzalności.


title: Wielolekowy transporter ABC BmrC/BmrD z Bacillus subtilis jest regulowany przez mechanizm atenuacji transkrypcji za pośrednictwem rybosomów

text: Ekspresja określonych transporterów leków w odpowiedzi na presję antybiotykową jest kluczowym elementem rozwoju oporności wielolekowej bakterii i stanowi poważny problem dla zdrowia ludzkiego. Aby lepiej zrozumieć podstawowe mechanizmy regulacyjne, przeanalizowaliśmy transkrypcyjną aktywację transportera kasety wiążącej ATP (ABC) BmrC/BmrD Gram-dodatniej bakterii Bacillus subtilis. Używając fuzji promotor-GFP i technologii żywych komórek, demonstrujemy czasowo kontrolowaną aktywację transkrypcyjną genów bmrCD w odpowiedzi na antybiotyki ukierunkowane na syntezę białek. Co ciekawe, ekspresja bmrCD występuje tylko w późnych, wykładniczych i stacjonarnych stadiach wzrostu, niezależnie od czasu prowokacji antybiotykiem. Pokazujemy, że jest to spowodowane ścisłą kontrolą transkrypcyjną przez regulator stanu przejściowego AbrB. Co więcej, nasze wyniki pokazują, że geny bmrCD są współtranskrybowane z bmrB (yheJ), małą otwartą ramką odczytu bezpośrednio przed bmrC, która zawiera trzy alternatywne struktury macierzystych pętli. Te pętle macierzyste są najwyraźniej kluczowe dla indukowanej antybiotykami transkrypcji bmrCD. Co ważne, indukowana antybiotykiem ekspresja bmrCD wymaga translacji bmrB, co oznacza, że BmrB służy jako regulatorowy peptyd liderowy. Podsumowując, po raz pierwszy pokazujemy, że mechanizm atenuacji transkrypcji za pośrednictwem rybosomów może kontrolować ekspresję wielolekowego transportera ABC.


title: Grzebień nerwowy jest źródłem mezenchymalnych komórek macierzystych o wyspecjalizowanej funkcji niszy hematopoetycznych komórek macierzystych

text: Mezenchymalne komórki macierzyste (MSC) i komórki osteoliniowe przyczyniają się do tworzenia niszy hematopoetycznych komórek macierzystych (HSC) w szpiku kostnym kości długich. Jednak ich relacje rozwojowe pozostają niejasne. W tym badaniu pokazujemy, że różne populacje MSC w rozwijającym się szpiku kości długich mają różne funkcje. Proliferacyjne MSC pochodzące z mezodermy nestyny(-) uczestniczą w szkieletogenezie płodu i tracą aktywność MSC wkrótce po urodzeniu. W przeciwieństwie do tego, nieaktywne komórki nestyny (+), pochodzące z grzebienia nerwowego, zachowują aktywność MSC, ale nie wytwarzają chondrocytów płodowych. Zamiast tego różnicują się w MSC tworzące niszę HSC, pomagając w ustanowieniu niszy HSC poprzez wydzielanie Cxcl12. Migracja okołonerwowa tych komórek do szpiku kostnego wymaga receptora ErbB3. Populacja noworodkowych komórek Nestin-GFP(+) Pdgfrα(-) również zawiera prekursory komórek Schwanna, ale nie zawiera dojrzałych komórek Schwanna. Tak więc w rozwijających się tworzących nisze MSC szpiku kostnego MSC mają wspólne pochodzenie ze współczulnymi neuronami obwodowymi i komórkami glejowymi, a ontogenetycznie odrębne MSC mają nienakładające się funkcje w endochondrogenezie i tworzeniu niszy HSC.


title: Gorące punkty nieprawidłowego przeprogramowania epigenomicznego w ludzkich indukowanych pluripotencjalnych komórkach macierzystych

text: Indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste (iPSC) oferują ogromny potencjał dla medycyny regeneracyjnej oraz badań nad chorobami i rozwojem. Przeprogramowanie komórek somatycznych obejmuje rekonfigurację epigenomiczną, nadając iPSC cechy podobne do embrionalnych komórek macierzystych (ES). Nie wiadomo jednak, jak całkowite przywrócenie wzorców metylacji DNA podobnych do komórek ES przebiega w całym genomie. Tutaj przedstawiamy pierwsze profile metylacji całego genomu DNA w rozdzielczości pojedynczej zasady w pięciu ludzkich liniach iPSC, wraz z metylomami komórek ES, komórek somatycznych oraz zróżnicowanych komórek iPSC i ES. iPSC wykazują znaczną zmienność przeprogramowania, w tym pamięć somatyczną i nieprawidłowe przeprogramowanie metylacji DNA. iPSC dzielą odmiennie metylowane regiony w skali megabazowej w pobliżu centromerów i telomerów, które wykazują niepełne przeprogramowanie metylacji innej niż CG oraz różnice w metylacji CG i modyfikacjach histonów. Wreszcie, różnicowanie iPSC w komórki trofoblastu ujawniło, że błędy w przeprogramowaniu metylacji CG są przekazywane z dużą częstotliwością, zapewniając sygnaturę przeprogramowania iPSC, która jest zachowywana po zróżnicowaniu.


title: Dziedziczenie choroby wieńcowej u mężczyzn: analiza roli chromosomu Y

text: TŁO Dymorfizm płciowy występuje w przypadku występowania i rozpowszechnienia choroby wieńcowej – częściej dotyka ona mężczyzn niż kobiet w tym samym wieku. Zbadaliśmy rolę chromosomu Y w chorobie wieńcowej w kontekście tej nierówności seksualnej. METODY Zbadaliśmy genotyp 11 markerów męskiego regionu chromosomu Y u 3233 niespokrewnionych biologicznie Brytyjczyków z trzech kohort: British Heart Foundation Family Heart Study (BHF-FHS), West of Scotland Coronary Prevention Study (WOSCOPS) i Cardiogenics Nauka. Na podstawie tych informacji każdy chromosom Y został przyporządkowany do jednej z 13 starożytnych linii genealogicznych zdefiniowanych jako haplogrupy. Następnie zbadaliśmy związki między wspólnymi haplogrupami chromosomu Y a ryzykiem choroby wieńcowej w przekrojowym BHF-FHS i prospektywnym WOSCOPS. Na koniec przeprowadziliśmy analizę funkcjonalną wpływu chromosomu Y na transkryptom monocytów i makrofagów u brytyjskich mężczyzn z badania Cardiogenics Study. USTALENIA Z dziewięciu zidentyfikowanych haplogrup dwie (R1b1b2 i I) odpowiadały za około 90% wariantów chromosomu Y wśród Brytyjczyków. Nosiciele haplogrupy I mieli około 50% wyższe, skorygowane względem wieku ryzyko choroby wieńcowej niż mężczyźni z innymi liniami chromosomu Y w BHF-FHS (iloraz szans 1,75, 95% CI 1,20-2,54, p= 0,004, WOSCOPS (1,45, 1,08-1,95, p=0,012) oraz wspólna analiza obu populacji (1,56, 1,24-1,97, p=0,0002 ). Związek między haplogrupą I a zwiększonym ryzykiem choroby wieńcowej był niezależny od tradycyjnych czynników ryzyka sercowo-naczyniowego i społeczno-ekonomicznego. Analiza transkryptomu makrofagów w badaniu Cardiogenics Study wykazała, że 19 szlaków molekularnych wykazujących silną zróżnicowaną ekspresję między mężczyznami z haplogrupą I a innymi liniami chromosomu Y było połączonych wspólnymi genami związanymi z zapaleniem i odpornością, a niektóre z nich mają silne znaczenie dla miażdżyca. INTERPRETACJA Ludzki chromosom Y wiąże się z ryzykiem choroby wieńcowej u mężczyzn pochodzenia europejskiego, prawdopodobnie poprzez interakcje odporności i stanu zapalnego. FINANSOWANIE British Heart Foundation; Brytyjski Narodowy Instytut Badań nad Zdrowiem; Fundusz charytatywny LEW Carty; Narodowa Rada ds. Zdrowia i Badań Medycznych Australii; 6. Program Ramowy Unii Europejskiej; Witaj Zaufanie.


title: Cytoscape 2.8: nowe funkcje integracji danych i wizualizacji sieci

text: UNLABELLED Cytoscape to popularny pakiet bioinformatyczny do wizualizacji sieci biologicznych i integracji danych. Wersja 2.8 wprowadza dwie nowe, potężne funkcje — niestandardową grafikę węzłów i równania atrybutów — których można używać łącznie, aby znacznie zwiększyć możliwości integracji danych i wizualizacji Cytoscape. Grafika niestandardowego węzła umożliwia rzutowanie obrazu na węzeł, w tym obrazów generowanych dynamicznie lub w odległych lokalizacjach. Równania atrybutów zapewniają Cytoscape funkcjonalność podobną do arkusza kalkulacyjnego, w którym wartość atrybutu jest obliczana dynamicznie jako funkcja innych atrybutów i właściwości sieci. DOSTĘPNOŚĆ I WDROŻENIE Cytoscape to desktopowa aplikacja Java wydana na licencji Library Gnu Public License (LGPL). Binarne pakiety instalacyjne i kod źródłowy Cytoscape 2.8 są dostępne do pobrania pod adresem http://cytoscape.org.


title: Wykrywanie modyfikacji histonów w określonych loci genów w pojedynczych komórkach w skrawkach histologicznych

text: Testy immunoprecypitacji chromatyny w znacznym stopniu przyczyniły się do zrozumienia roli modyfikacji histonów w regulacji genów. Jednak nie pozwalają one na analizę z rozdzielczością pojedynczych komórek, co myli analizy heterogenicznych populacji komórek. Przedstawiamy tutaj metodę, która umożliwia wizualizację modyfikacji histonowych pojedynczych loci genomowych z rozdzielczością pojedynczych komórek w utrwalonych formaldehydem skrawkach tkanek zatopionych w parafinie, opartą na łącznym zastosowaniu testów hybrydyzacji in situ i ligacji zbliżeniowej. Pokazujemy, że dimetylacja lizyny 4 histonu H3 (H3K4me2) w locus MYH11 jest ograniczona do linii komórek mięśni gładkich (SMC) w skrawkach tkanek ludzkich i mysich oraz że znak utrzymuje się nawet w modulowanych fenotypowo SMC w zmianach miażdżycowych, które nie wykazują wykrywalna ekspresja genów markerowych SMC. Metodologia ta daje nadzieję na szerokie zastosowania w badaniu mechanizmów epigenetycznych w złożonych tkankach wielokomórkowych w rozwoju i chorobie.


title: Charakterystyka mechanistyczna układu siarkowo-przekaźnikowego do biogenezy eukariotycznej 2-tiourydyny w pozycjach wychylenia tRNA

text: Modyfikacja chybotania w tRNA, 5-metoksykarbonylometylo-2-tiourydyna (mcm(5)s(2)U), jest wymagana do prawidłowego dekodowania kodonów NNR u eukariontów. Grupa 2-tio nadaje sztywność konformacyjną mcm(5)s(2)U poprzez znaczne utrwalenie fałdowania C3'-endo rybozy, zapewniając stabilne i dokładne parowanie kodon-antykodon. Zidentyfikowaliśmy pięć genów w Saccharomyces cerevisiae, YIL008w (URM1), YHR111w (UBA4), YOR251c (TUM1), YNL119w (NCS2) i YGL211w (NCS6), które są wymagane do 2-tiolacji mcm(5)s(2) U. Eksperyment z transferem siarki in vitro ujawnił, że Tum1p stymulował desulfurazę cysteinową Nfs1p i akceptował siarkę nadsiarczkową z Nfs1p. URM1 jest modyfikatorem związanym z ubikwityną, a UBA4 jest enzymem podobnym do E1 zaangażowanym w urmylację białek. Koniec karboksylowy Urm1p został aktywowany jako acyloadenylan (-COAMP), a następnie tiokarboksylowany (-COSH) przez Uba4p. Aktywowany tiokarboksylan można wykorzystać w kolejnych reakcjach tworzenia 2-tiourydyny, w których pośredniczy Ncs2p/Ncs6p. Mogliśmy z powodzeniem odtworzyć tworzenie 2-tiourydyny in vitro przy użyciu rekombinowanych białek. Badanie to ujawniło, że tworzenie 2-tiourydyny dzieli szlak i reakcje chemiczne z urmylacją białka. Przepływ siarki eukariotycznej tworzenia 2-tiourydyny jest mechanizmem odrębnym od bakteryjnego systemu przekaźnikowego siarki, który opiera się na chemii nadsiarczków.


title: Wysoka częstość występowania astmy u narciarzy biegowych.

text: CELE Badanie częstości występowania astmy (objawy astmy i nadreaktywność oskrzeli) u szwedzkich narciarzy biegowych w porównaniu z osobami nie jeżdżącymi na nartach oraz monitorowanie zmian objawów i nadreaktywności oskrzeli w ciągu roku. DESIGN Badanie przekrojowe w sezonie zimowym i letnim. USTAWIENIA Sześć klubów narciarskich dla elitarnych narciarzy (w sumie 47) w dwóch różnych regionach Szwecji. PRZEDMIOTÓW 42 elitarnych narciarzy biegowych i 29 osób niebędących narciarzami. GŁÓWNE PARAMETRY WYNIKÓW Reaktywność oskrzeli, objawy astmy i czynność płuc. WYNIKI Reaktywność oskrzeli była istotnie większa, a objawy astmy częściej występowały u narciarzy niż u badanych. Nie było różnicy w reaktywności oskrzeli w żadnej z grup między zimą a latem. 15 z 42 narciarzy regularnie stosowało leki przeciwastmatyczne, a 23 miało kombinację objawów astmy i nadreaktywnych dróg oddechowych lub zdiagnozowaną przez lekarza astmę, lub jedno i drugie. W sumie 33 narciarzy miało objawy astmy lub nadreaktywności oskrzeli. Jeden z referentów miał objawy astmy i nadreaktywności oskrzeli, a żaden nie stosował regularnie leków przeciwastmatycznych. WNIOSKI Astma, objawy podobne do astmy i nadreaktywność oskrzeli są znacznie częstsze u narciarzy biegowych niż w populacji ogólnej i innych narciarzy. Wysiłek fizyczny w niskich temperaturach z oddychaniem dużymi ilościami zimnego powietrza jest najbardziej prawdopodobnym wyjaśnieniem uporczywej astmy u narciarzy.


title: Charakterystyka właściwości biochemicznych helikazy Bacillus subtilis RecQ.

text: Helikazy z rodziny RecQ działają jako zabezpieczenia genomu. W przeciwieństwie do Escherichia coli, Gram-dodatnia bakteria Bacillus subtilis posiada dwa homologi podobne do RecQ, RecQ[Bs] i RecS, które są wymagane do naprawy pęknięć dwuniciowych DNA. RecQ[Bs] wiąże się również z rozwidlonym DNA, aby zapewnić płynną progresję cyklu komórkowego. Tutaj przedstawiamy pierwszą analizę biochemiczną rekombinowanego RecQ[Bs]. RecQ[Bs] słabo wiąże się z jednoniciowym DNA (ssDNA) i dwuniciowym DNA z tępymi końcami (dsDNA), ale silnie z rozwidlonym dsDNA. Białko wykazuje stymulowaną DNA aktywność ATPazy oraz aktywność helikazy DNA zależną od ATP i Mg(2+) z polarnością 3' → 5'. Modelowanie molekularne pokazuje, że RecQ[Bs] dzieli wysokie podobieństwo sekwencji i struktury z E. coli RecQ. Co zaskakujące, RecQ[Bs] przypomina skrócone Saccharomyces cerevisiae Sgs1 i ludzkie helikazy RecQ bardziej niż RecQ[Ec] pod względem aktywności enzymatycznej. Konkretnie, RecQ[Bs] rozwija rozwidlone dupleksy dsDNA i DNA z 3'-wystającym nawisem, ale jest nieaktywny na tępo zakończonych dupleksach dsDNA i 5'-wystających dupleksach. Co ciekawe, RecQ[Bs] rozwija DNA o tępych końcach z cechami strukturalnymi, w tym nacięciami, przerwami, klapkami 5', złączami kappa, syntetycznymi widełkami replikacyjnymi i złączami Holliday. Omawiamy te odkrycia w kontekście możliwych funkcji RecQ[Bs] w zachowywaniu stabilności genomowej.


title: SOD1 integruje sygnały z tlenu i glukozy w celu stłumienia oddychania

text: Dysmutaza ponadtlenkowa Cu/Zn (SOD1) jest powszechnie występującym enzymem, który najlepiej zbadano jako regulator obrony antyoksydacyjnej. Stosując drożdże Saccharomyces cerevisiae donosimy, że SOD1 przekazuje sygnały z tlenu i glukozy w celu zahamowania oddychania. Mechanizm obejmuje stabilizację za pośrednictwem SOD1 dwóch homologów kinazy kazeinowej 1-gamma (CK1γ), Yck1p i Yck2p, wymaganych do represji oddechowej. SOD1 wiąże C-końcowy degron, który zidentyfikowaliśmy w Yck1p/Yck2p i promuje stabilność kinazy poprzez katalizowanie konwersji ponadtlenku do nadtlenku. Wpływ SOD1 na stabilność CK1γ obserwuje się również w przypadku ssaczych SOD1 i CK1γ oraz w ludzkiej linii komórkowej. Dlatego w jednym obwodzie tlen, glukoza i reaktywny tlen mogą tłumić oddychanie poprzez sygnalizację SOD1/CK1γ. Nasze dane mogą zatem dostarczyć mechanistycznego wglądu w to, jak szybko proliferujące komórki i wiele nowotworów osiąga za pośrednictwem glukozy represję oddychania na korzyść glikolizy tlenowej.


title: Prognostyczny wpływ stosunku szerokości rozmieszczenia płytek do liczby płytek krwi u chorych na raka piersi

text: Aktywowane płytki krwi promują wzrost komórek nowotworowych, angiogenezę i inwazję. Aktywność płytek krwi można wywnioskować na podstawie wskaźników objętości płytek krwi (PVI), które obejmują szerokość dystrybucji płytek (PDW), średnią objętość płytek krwi (MPV), stosunek szerokości dystrybucji płytek do liczby płytek krwi (PDW/P) oraz średnią objętość płytek - stosunek liczby płytek krwi. Stwierdzono, że płytki krwi i markery płytkowe, takie jak stosunek płytek krwi do limfocytów, są istotnymi czynnikami prognostycznymi u chorych na raka piersi. Jednak rola PVI w przewidywaniu przeżycia w raku piersi pozostaje nieznana; dlatego przeprowadziliśmy tę retrospektywną analizę 275 pacjentów z rakiem piersi. PVI porównano ze zmiennymi kliniczno-patologicznymi i oceniono w celu zidentyfikowania niezależnych wskaźników związanych z przeżyciem wolnym od choroby (DFS) przy użyciu modelu proporcjonalnych hazardów Coxa. Podwyższone PDW/P istotnie korelowały z wiekiem i statusem HER2. Analiza jednoczynnikowa wykazała, że podwyższone wartości PDW, MPV i PDW/P, a także wielkość guza, stopień złośliwości jądrowej i zajęcie węzłów chłonnych były istotnie związane z gorszymi wskaźnikami DFS (wielkość guza: p<0,01; stopień jądrowy, zajęcie węzłów chłonnych, PDW, MPV i PDW/P: p<0,05). W analizie wieloczynnikowej duży rozmiar guza i podwyższone PDW/P były istotnymi czynnikami prognostycznymi dla DFS, ze współczynnikami ryzyka wynoszącymi 3,24 (95% przedział ufności [CI]: 1,24-8,47) i 2,99 (95% CI: 1,18-7,57). odpowiednio (p<0,05). Nasze badanie jako pierwsze wykazało, że podwyższony PDW/P istotnie zmniejsza DFS u chorych na raka piersi. Pomiar PDW/P jest prosty, stosunkowo niedrogi i prawie powszechnie dostępny za pomocą rutynowych morfologii krwi; to czyni go atrakcyjnym biomarkerem do lepszej oceny ryzyka.


title: Trwałe zakażenie LCMV jest kontrolowane przez blokadę sygnalizacji interferonem typu I.

text: Podczas uporczywych infekcji wirusowych przewlekła aktywacja immunologiczna, ekspresja negatywnego regulatora immunologicznego, podwyższona sygnatura interferonu i niszczenie tkanki limfatycznej korelują z postępem choroby. Wykazaliśmy, że blokada sygnalizacji interferonu typu I (IFN-I) przy użyciu przeciwciała neutralizującego receptor IFN-I zmniejszyła aktywację układu odpornościowego, zmniejszyła ekspresję negatywnych cząsteczek regulatorowych układu odpornościowego i przywróciła architekturę limfoidalną u myszy trwale zakażonych wirusem limfocytarnego zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych. Blokada IFN-I przed i po ustaleniu się trwałego zakażenia wirusem skutkowała zwiększonym usuwaniem wirusa i była zależna od limfocytów T CD4. W związku z tym wykazujemy bezpośredni związek przyczynowy między sygnalizacją IFN-I, aktywacją immunologiczną, ekspresją negatywnego regulatora odpornościowego, dezorganizacją tkanki limfatycznej i przetrwaniem wirusa. Nasze wyniki sugerują, że terapie ukierunkowane na IFN-I mogą pomóc w kontrolowaniu uporczywych infekcji wirusowych.


title: Lam6 reguluje zakres kontaktów między organelle

text: Komunikacja między organellami ma kluczowe znaczenie dla funkcjonowania komórek eukariotycznych jako jednej spójnej jednostki. Ważnym środkiem komunikacji są miejsca kontaktu z błonami, gdzie dwa organelle zbliżają się do siebie, umożliwiając transport między nimi lipidów i małych substancji rozpuszczonych. Miejsca kontaktu mają dynamiczny rozmiar i mogą się zmieniać w odpowiedzi na bodźce środowiskowe lub komórkowe; nie jest jednak jasne, w jaki sposób jest to regulowane. Tutaj pokazujemy, że Saccharomyces cerevisiae Lam6 znajduje się w kilku centralnych miejscach kontaktu: ERMES (struktura styku ER/mitochondriów), vCLAMP (łata wakuolowa i mitochondrialna) i NVJ (złącze jądrowe wakuolarne). Pokazujemy, że Lam6 wystarcza do ekspansji miejsc kontaktu w warunkach fizjologicznych i jest niezbędny do koordynacji wielkości miejsca kontaktu. Biorąc pod uwagę, że Lam6 jest częścią dużej rodziny białek i jest konserwatywna u kręgowców, nasza praca otwiera możliwości badania podstawowych zasad komunikacji organelli.


title: Regulacja hormonalna rozwoju płodu ludzkiego: rola matki, łożyska i płodu.

text: Środowisko, w którym rozwija się płód, ma kluczowe znaczenie dla jego przetrwania i długoterminowego zdrowia. Regulacja prawidłowego wzrostu płodu ludzkiego obejmuje wiele wielokierunkowych interakcji między matką, łożyskiem i płodem. Matka dostarcza płodu przez łożysko składników odżywczych i tlenu. Płód wpływa na dostarczanie matczynych składników odżywczych poprzez wytwarzanie przez łożysko hormonów regulujących metabolizm matki. Łożysko jest miejscem wymiany między matką a płodem i reguluje wzrost płodu poprzez produkcję i metabolizm hormonów regulujących wzrost, takich jak IGF i glikokortykoidy. Odpowiednia inwazja trofoblastów we wczesnej ciąży i zwiększony maciczno-łożyskowy przepływ krwi zapewniają wystarczający wzrost macicy, łożyska i płodu. Łożysko może odpowiadać na sygnały endokrynologiczne płodu w celu zwiększenia transportu matczynych składników odżywczych poprzez wzrost łożyska, aktywację systemów transportowych i produkcję hormonów łożyskowych, które wpływają na fizjologię matki, a nawet zachowanie. Występują konsekwencje słabego wzrostu płodu zarówno w perspektywie krótko-, jak i długoterminowej, w postaci zwiększonej śmiertelności i zachorowalności. Regulacja hormonalna wzrostu płodu obejmuje interakcje między matką, łożyskiem i płodem, a te efekty mogą programować długoterminową fizjologię.


title: Przejście śródbłonka do mezenchymów przyczynia się do zwłóknienia serca

text: Zwłóknienie serca, związane z obniżonym zasięgiem mikronaczyń i zaburzeniem prawidłowych struktur mięśnia sercowego, jest wynikiem nadmiernego odkładania się macierzy zewnątrzkomórkowej, w której pośredniczy rekrutacja fibroblastów. Źródło tych fibroblastów jest niejasne, a specyficzne terapie przeciwwłóknieniowe nie są obecnie dostępne. Tutaj pokazujemy, że zwłóknienie serca jest związane z pojawieniem się fibroblastów pochodzących z komórek śródbłonka, co sugeruje przejście śródbłonkowo-mezenchymalne (EndMT) podobne do zdarzeń zachodzących podczas tworzenia poduszki przedsionkowo-komorowej w sercu embrionalnym. Transformujący czynnik wzrostu-β1 (TGF-β1) indukował komórki śródbłonka do przejścia EndMT, podczas gdy morfogeniczne białko kości 7 (BMP-7) zachowało fenotyp śródbłonka. Układowe podawanie rekombinowanego ludzkiego BMP-7 (rhBMP-7) znacząco hamowało EndMT i progresję zwłóknienia serca w mysich modelach przeciążenia ciśnieniowego i przewlekłego odrzucania przeszczepu allogenicznego. Nasze odkrycia pokazują, że EndMT przyczynia się do progresji zwłóknienia serca i że rhBMP-7 może być stosowany do hamowania EndMT i interweniowania w progresji przewlekłej choroby serca związanej ze zwłóknieniem.


title: Połączone lokalne tłumaczenie i degradacja regulują zapadanie się stożka wzrostu

text: Lokalne tłumaczenie pośredniczy w odpowiedziach aksonalnych na Semaphorin3A (Sema3A) i inne wskazówki. Jednak tylko podzbiór proteomu aksonów jest syntetyzowany lokalnie, podczas gdy większość białek jest transportowana z somy. Powód, dla którego lokalnie syntetyzowane są tylko określone białka, jest nieznany. Tutaj pokazujemy, że lokalna synteza i degradacja białek są powiązane zdarzeniami w stożkach wzrostu. Odkryliśmy, że szyszki wzrostu wykazują wysoki poziom ubikwitynacji i że lokalne szlaki sygnałowe wywołują ubikwitynację i degradację RhoA, mediatora zapadania się stożka wzrostu indukowanego przez Sema3A. Hamowanie degradacji RhoA jest wystarczające do usunięcia wymogu syntezy białek dla załamania stożka wzrostu indukowanego przez Sema3A. Odkryliśmy, że oprócz RhoA, lokalnie tłumaczone białka są głównymi celami układu ubikwityna-proteasom w stożkach wzrostu. Tak więc lokalna degradacja białek jest główną cechą szyszek wzrostu i stwarza wymóg lokalnej translacji w celu uzupełnienia białek potrzebnych do utrzymania odpowiedzi szyszek wzrostu.


title: Cdk11 to zależny od RanGTP czynnik stabilizacji mikrotubul, który reguluje szybkość montażu wrzeciona

text: Produkcja trifosforanu ran-guanozyny (GTP) wokół chromosomów indukuje miejscowe zarodkowanie i stabilizację końcową mikrotubul (MT). Białko jądrowe TPX2 jest wymagane do zarodkowania MT zależnego od RanGTP. Aby znaleźć stabilizator MT, oczyszczamy białka zawierające sygnał lokalizacji jądrowej (NLS) z ekstraktów jaj Xenopus laevis. Ta frakcja białka NLS zawiera aktywność stabilizującą MT. Po dalszym oczyszczeniu wykorzystaliśmy spektrometrię mas do identyfikacji białek we frakcjach aktywnych, w tym kinazy cyklinozależnej 11 (Cdk11). Cdk11 lokalizuje się na biegunach wrzeciona i MT w hodowli komórek Xenopus i ekstraktach jaj. Zrekombinowany Cdk11 wykazuje aktywność stabilizacji MT zależną od RanGTP, podczas gdy mutant z martwą kinazą nie. Inaktywacja Cdk11 w ekstraktach z jaj blokuje stabilizację MT zależną od RanGTP i drastycznie zmniejsza szybkość montażu wrzeciona. Jednoczesne wyczerpanie TPX2 całkowicie hamuje zespół wrzeciona zależny od centrosomów. Nasze wyniki wskazują, że Cdk11 jest odpowiedzialna za stabilizację MT zależną od RanGTP wokół chromosomów i że ta lokalna stabilizacja jest niezbędna dla normalnych szybkości montażu wrzeciona i funkcji wrzeciona.


title: Dynamika populacji patogenu: zagadka malarii vivax

text: Budowanie matematycznego modelu dynamiki populacji patogenów u gospodarza wiąże się z rozważeniem czynników podobnych do tych występujących w ekologii, ponieważ patogeny mogą żerować na komórkach gospodarza. Jednak w obrębie wielokomórkowego gospodarza zaatakowane typy komórek są zintegrowane z innymi systemami komórkowymi, które z kolei interweniują w infekcji. Na przykład odpowiedzi immunologiczne próbują wyczuć, a następnie wyeliminować lub powstrzymać patogeny, a mechanizmy homeostatyczne próbują zrekompensować utratę komórek. Niniejszy przegląd koncentruje się na modelowaniu malarii, chorób wywoływanych przez jednokomórkowe pasożyty eukariotyczne, które infekują czerwone krwinki, ze szczególnym uwzględnieniem malarii vivax, choroby często uważanej za łagodną (jeśli czasami obezwładniającą), ponieważ pasożyt atakuje tylko małe odsetek czerwonych krwinek, najmłodszych. Jednakże użyję modelowania matematycznego, aby argumentować, że wyczerpanie tej puli czerwonych krwinek może być katastrofalne dla żywiciela, jeśli wzrost pasożyta nie jest energicznie kontrolowany przez odpowiedzi immunologiczne gospodarza. Modelowanie może również wyjaśnić aspekty nowych obserwacji terenowych, które wskazują, że malaria vivax jest bardziej niebezpieczna niż wcześniej sądzono. ELEKTRONICZNY MATERIAŁ UZUPEŁNIAJĄCY: Wersja online tego artykułu (doi:10.1007/s12551-010-0034-3) zawiera materiały uzupełniające, które są dostępne dla uprawnionych użytkowników.


title: Identyfikacja i analiza rybonukleazy P i MRP RNA w szerokim zakresie eukariontów

text: RNazy P i MRP to kompleksy rybonukleoproteinowe zaangażowane odpowiednio w przetwarzanie tRNA i rRNA. Podjednostki RNA tych dwóch enzymów są ze sobą strukturalnie powiązane i odgrywają zasadniczą rolę w reakcji enzymatycznej. Oba RNA mają wysoce konserwowany region spiralny P4, który jest ważny w reakcji katalitycznej. Zastosowaliśmy podejście bioinformatyczne oparte na konserwatywnych elementach do obliczeniowej analizy dostępnych sekwencji genomowych organizmów eukariotycznych i zidentyfikowaliśmy dużą liczbę nowych jądrowych genów RNazy P i MRP RNA. Na przykład w przypadku MRP RNA badanie to zwiększa liczbę znanych sekwencji trzykrotnie. Przedstawiamy modele struktury drugorzędowej wielu przewidywanych RNA. Chociaż wszystkie sekwencje są zdolne do fałdowania się do konsensusowej struktury drugorzędowej RNA P i MRP, obserwuje się uderzającą zmienność wielkości, od RNA Nosema locustae MRP o długości 160 nt do znacznie większych RNA, np. Plasmodium knowlesi P RNA o długości 696 nt. Geny RNA P i MRP pojawiają się jednocześnie u niektórych protistów, co dodatkowo podkreśla bliski ewolucyjny związek tych RNA.


title: Absorpcja wapnia waha się w zakresie referencyjnym dla 25-hydroksywitaminy D w surowicy.

text: TŁO Absorpcja wapnia jest ogólnie uważana za upośledzoną w warunkach niedoboru witaminy D, ale stan witaminy D, który w pełni normalizuje wchłanianie, nie jest znany u ludzi. CEL Ilościowe określenie wchłaniania wapnia na dwóch poziomach uzupełnienia witaminy D przy użyciu metod farmakokinetycznych i dostępnych na rynku suplementów wapnia. PROJEKT Wiosną roku przeprowadzono dwa eksperymenty w odstępie rocznym. W pierwszym, w którym uczestnicy byli wstępnie leczeni 25-hydroksywitaminą D (25OHD), średnie stężenie 25OHD w surowicy wynosiło 86,5 nmol/l; aw drugim, bez leczenia wstępnego, średnie stężenie w surowicy wynosiło 50,2 nmol/l. Uczestnicy otrzymywali 500 mg doustnych dawek wapnia w ramach standardowego śniadania ubogiego w wapń. W południe podano obiad o niskiej zawartości wapnia. Krew pobierano na czczo iw częstych odstępach przez 10 do 12 godzin później. METODY Względną absorpcję wapnia przy dwóch stężeniach 25OHD oszacowano na podstawie pola pod krzywą (AUC) dla przyrostu całkowitego wapnia w surowicy wywołanego przez obciążenie. WYNIKI AUC(9) (+/- SEM) wynosiło 3,63 mg godz./dl +/- 0,234 u uczestników wstępnie leczonych 25OHD i 2,20 +/- 0,240 u nieleczonych (P < 0,001). W skrócie, absorpcja była o 65% wyższa przy poziomach 25OHD w surowicy średnio 86,5 nmol/l niż przy poziomach średnio 50 nmol/l (obie wartości w nominalnym zakresie referencyjnym dla tego analitu). WNIOSKI Pomimo faktu, że średni poziom 25OHD w surowicy w eksperymencie bez suplementacji mieścił się w obecnych zakresach referencyjnych, wydajność absorpcji wapnia przy 50 nmol/L była istotnie obniżona w porównaniu ze średnim poziomem 25OHD wynoszącym 86 nmol/L. Tak więc osoby z poziomem 25-hydroksywitaminy D w surowicy na dolnym końcu obecnych zakresów referencyjnych mogą nie odnosić pełnych korzyści ze spożycia wapnia. Dochodzimy do wniosku, że dolny koniec bieżącego zakresu odniesienia jest ustawiony zbyt nisko.


title: Ewolucja zjadliwości patogenów oportunistycznych: uogólnienie, plastyczność i kontrola

text: Standardowa teoria ewolucji wirulencji zakłada, że czynniki wirulencji są utrzymywane, ponieważ wspomagają wykorzystywanie pasożytów, zwiększając wzrost wewnątrz i/lub przenoszenie między żywicielami. Coraz większa liczba badań wykazuje obecnie, że wiele patogenów oportunistycznych (OP) nie spełnia tych założeń, a zamiast tego utrzymywane są czynniki wirulencji ze względu na zalety w kontekście niepasożytniczym. Tutaj dokonujemy przeglądu teorii ewolucji zjadliwości w kontekście PO i podkreślamy znaczenie włączenia środowisk poza ogniskiem zjadliwości. Ilustrujemy, że selekcja wirulencji jest ograniczona przez korelacje między tymi zewnętrznymi i ogniskowymi ustawieniami i precyzyjnymi czynnikami kluczowymi korelacji środowiskowych, z naciskiem na strategie ogólne i plastyczność fenotypową. Kończymy podsumowaniem kluczowych wyzwań teoretycznych i empirycznych, którym należy sprostać, aby lepiej zrozumieć PO.


title: Profilowanie całego genomu miejsc wiązania czynnika acetylacji i transkrypcji H3K56 w ludzkich adipocytach

text: Rosnąca epidemia otyłości i chorób metabolicznych wymaga lepszego zrozumienia biologii adipocytów. Szczególnie ważna jest regulacja transkrypcji w adipocytach, ponieważ jest celem kilku podejść terapeutycznych. Na wyniki transkrypcji mają wpływ zarówno modyfikacje histonów, jak i wiązanie czynników transkrypcyjnych. Chociaż stany epigenetyczne i miejsca wiązania kilku ważnych czynników transkrypcyjnych zostały wyprofilowane w mysiej linii komórkowej 3T3-L1, takich danych brakuje w ludzkich adipocytach. W tym badaniu zidentyfikowaliśmy miejsca acetylacji H3K56 w ludzkich adipocytach pochodzących z mezenchymalnych komórek macierzystych. H3K56 jest acetylowany przez CBP i p300 oraz deacetylowany przez SIRT1, wszystkie są białkami odgrywającymi ważną rolę w cukrzycy i sygnalizacji insuliny. Odkryliśmy, że chociaż prawie połowa genomu wykazuje oznaki acetylacji H3K56, najwyższy poziom acetylacji H3K56 jest związany z czynnikami transkrypcyjnymi i białkami w szlakach sygnalizacji adipokin i cukrzycy typu II. W celu odkrycia czynników transkrypcyjnych, które rekrutują acetylotransferazy i deacetylazy do miejsc acetylacji H3K56, przeanalizowaliśmy sekwencje DNA w pobliżu acetylowanych regionów H3K56 i stwierdziliśmy, że sekwencja rozpoznawana przez E2F została wzbogacona. Stosując immunoprecypitację chromatyny, a następnie wysokoprzepustowe sekwencjonowanie, potwierdziliśmy, że geny związane przez E2F4, a także przez HSF-1 i C/EBPα mają wyższy niż oczekiwany poziom acetylacji H3K56 oraz że miejsca wiązania czynnika transkrypcyjnego i miejsca acetylacji często sąsiadują ze sobą, ale rzadko nakładają się na siebie. Odkryliśmy również istotną różnicę między związanymi celami C/EBPα w 3T3-L1 a ludzkimi adipocytami, podkreślając potrzebę skonstruowania specyficznych dla gatunku map miejsc epigenetycznych i wiązania czynników transkrypcyjnych. Jest to pierwszy obejmujący cały genom profil acetylacji H3K56, wiązania E2F4, C/EBPα i HSF-1 w ludzkich adipocytach, który posłuży jako ważne źródło lepszego zrozumienia regulacji transkrypcji adipocytów.


title: Wykrywanie i charakteryzowanie kolistych RNA

text: Okrągłe transkrypty RNA zostały po raz pierwszy zidentyfikowane na początku lat 90., ale wiedza na temat tych gatunków pozostaje ograniczona, ponieważ ich badanie tradycyjnymi metodami analizy RNA było trudne. Teraz nowe podejścia bioinformatyczne w połączeniu ze strategiami wzbogacania biochemicznego i głębokim sekwencjonowaniem umożliwiły kompleksowe badania kolistych gatunków RNA. Ostatnie badania ujawniły tysiące endogennych kolistych RNA w komórkach ssaków, z których niektóre są bardzo liczne i ewolucyjnie konserwowane. Pojawiają się dowody na to, że niektóre circRNA mogą regulować funkcję mikroRNA (miRNA), a także sugerowano rolę w kontroli transkrypcji. Dlatego badanie tej klasy niekodujących RNA ma potencjalne implikacje dla zastosowań terapeutycznych i badawczych. Uważamy, że kluczowym przyszłym wyzwaniem w tej dziedzinie będzie zrozumienie regulacji i funkcji tych niezwykłych cząsteczek.


title: Przywrócono klasyfikację niestabilnej dławicy piersiowej.

text: Niestabilna dusznica bolesna jest krytyczną fazą choroby wieńcowej o bardzo zróżnicowanych objawach i rokowaniu. Dziesięć lat temu wprowadzono klasyfikację niestabilnej dławicy piersiowej na podstawie objawów klinicznych. System ten został następnie zweryfikowany w prospektywnych badaniach klinicznych w celu skorelowania z prognozą i został powiązany z wynikami angiograficznymi i histologicznymi. Jest używany do kategoryzacji pacjentów w wielu dużych badaniach klinicznych. W ostatnich latach wyjaśniono patofizjologiczną rolę aktywacji płytek krwi i zapalenia w niestabilnej dławicy piersiowej. Następnie zidentyfikowano ulepszone markery uszkodzenia mięśnia sercowego, białka ostrej fazy i markery hemostatyczne, które mogą być związane z wynikami klinicznymi. W szczególności wykazano, że kardiologiczne troponina T i troponina I stanowią najlepsze czynniki prognostyczne wczesnego ryzyka u pacjentów z dusznicą bolesną w spoczynku. W związku z tym sugeruje się rozszerzenie pierwotnej klasyfikacji poprzez zaklasyfikowanie jednej dużej grupy pacjentów z niestabilną dusznicą bolesną, tj. tych z dusznicą bolesną w spoczynku w ciągu ostatnich 48 godzin (klasa IIIB), na troponiny-dodatnie (T(pos)) i troponinę. -ujemni (T(neg)) pacjenci. Uważa się, że 30-dniowe ryzyko zgonu i zawału mięśnia sercowego wynosi do 20% w klasie IIIB-T(pos), ale <2% w klasie IIIB-T(neg). Wstępne wyniki sugerują, że troponiny mogą działać jako zastępcze markery tworzenia zakrzepów i mogą skutecznie kierować terapią antagonistami glikoproteiny IIb/IIIa lub heparynami drobnocząsteczkowymi. Obserwacje te dostarczają dodatkowego bodźca do dodania pomiaru tych markerów do klasyfikacji klinicznej i stanowią nową koncepcję leczenia tych pacjentów wysokiego ryzyka.


title: Spożycie alkoholu i ciśnienie krwi: systematyczny przegląd wdrażający podejście randomizacji mendlowskiej

text: TŁO Opisywano, że alkohol jest powszechnym i modyfikowalnym czynnikiem ryzyka nadciśnienia tętniczego. Jednak badania obserwacyjne mogą być uwikłane przez inne czynniki behawioralne i socjodemograficzne, podczas gdy badania kliniczne są trudne do wdrożenia i mają ograniczony czas obserwacji. Randomizacja Mendlowska może dostarczyć mocnych dowodów na charakter tego związku dzięki zastosowaniu powszechnego polimorfizmu w dehydrogenazie aldehydowej 2 (ALDH2) jako substytutu pomiaru spożycia alkoholu. ALDH2 koduje główny enzym biorący udział w metabolizmie alkoholu. Osoby homozygotyczne dla wariantu zerowego (*2*2) doświadczają niekorzystnych objawów podczas picia alkoholu i w konsekwencji piją znacznie mniej alkoholu niż homozygoty typu dzikiego (*1*1) lub heterozygoty. Przypuszczamy, że ten polimorfizm może wpływać na ryzyko nadciśnienia poprzez wpływ na zachowania związane z piciem alkoholu. METODY I WYNIKI Przeprowadziliśmy metaanalizy efektów stałych genotypu ALDH2 z ciśnieniem krwi (pięć badań, n = 7658) i nadciśnieniem (trzy badania, n = 4219), wykorzystując badania zidentyfikowane w ramach przeglądu systematycznego. U mężczyzn uzyskaliśmy ogólny iloraz szans 2,42 (95% przedział ufności [CI] 1,66-3,55, p = 4,8 x 10(-6)) dla nadciśnienia, porównując *1*1 z *2*2 homozygotami i ilorazem szans 1,72 (95% CI 1,17-2,52, p = 0,006) porównując heterozygoty (substytut osób umiarkowanie pijących) z *2*2 homozygotami. Skurczowe ciśnienie krwi wynosiło 7,44 mmHg (95% CI 5,39-9,49, p = 1,1 x 10(-12)) większe u *1*1 niż u *2*2 homozygot i 4,24 mmHg (95% CI 2,18-6,31, p = 0,00005) większa wśród heterozygot niż wśród *2*2 homozygot. WNIOSKI Wyniki te potwierdzają hipotezę, że spożycie alkoholu ma znaczący wpływ na ciśnienie krwi i ryzyko nadciśnienia.


title: Szybkie i czułe wykrywanie RT-QuIC ludzkiej choroby Creutzfeldta-Jakoba przy użyciu płynu mózgowo-rdzeniowego

text: BEZ OZNAKOWANIA Szybka, ostateczna diagnoza choroby Creutzfeldta-Jakoba (CJD) jest ważna w ocenie opcji opieki nad pacjentem i ryzyka transmisji. Testy konwersji płynu mózgowo-rdzeniowego (CSF) i próbek do czyszczenia nosa w czasie rzeczywistym (RT-QuIC) indukowane trzęsieniem są cenne w odróżnianiu CJD od stanów innych niż CJD, ale wymagały one od 2,5 do 5 dni. Tutaj opisano ulepszony test RT-QuIC, który identyfikuje dodatnie próbki płynu mózgowo-rdzeniowego w ciągu 4 do 14 godzin z lepszą czułością analityczną. Co więcej, analiza 11 pacjentów z CJD wykazała, że podczas gdy 7 było dodatnich w RT-QuIC w poprzednich warunkach, 10 było dodatnich w nowym teście. W tych i dalszych analizach łącznie 46 z 48 próbek płynu mózgowo-rdzeniowego od pacjentów ze sporadyczną postacią CJD było dodatnich, podczas gdy wszyscy 39 pacjentów bez CJD było ujemnych, co daje 95,8% czułość diagnostyczną i 100% swoistość. Ten test RT-QuIC drugiej generacji znacznie poprawił szybkość i czułość wykrywania nasion prionowych w próbkach płynu mózgowo-rdzeniowego od pacjentów z CJD. Powinno to zwiększyć perspektywy szybkiej i dokładnej diagnozy przedśmiertnej CJD. ZNACZENIE Od dawna problemem w radzeniu sobie z różnymi chorobami neurodegeneracyjnymi związanymi z nieprawidłowym fałdowaniem białek jest wczesna i dokładna diagnoza. Kwestia ta jest szczególnie ważna w przypadku ludzkich chorób prionowych, takich jak CJD, ponieważ priony są śmiertelne, przenoszone i niezwykle odporne na odkażanie. Opracowany niedawno test RT-QuIC pozwala na bardzo czułe i swoiste wykrywanie CJD w ludzkim płynie mózgowo-rdzeniowym i jest szeroko wdrażany jako kluczowe narzędzie diagnostyczne. Jednak, zgodnie z obecnym zastosowaniem, RT-QuIC trwa od 2,5 do 5 dni i pomija 11 do 23% przypadków CJD. Teraz znacznie poprawiliśmy analizę RT-QuIC ludzkiego płynu mózgowo-rdzeniowego tak, że pacjentów z CJD i bez CJD można odróżnić w ciągu kilku godzin, a nie dni, ze zwiększoną czułością. Te ulepszenia powinny pozwolić na znacznie szybsze, dokładniejsze i praktyczne testowanie CJD. W szerszym ujęciu, nasze badanie dostarcza prototypu testów na nieprawidłowo sfałdowane agregaty białkowe, które powodują wiele ważnych chorób amyloidowych, takich jak choroba Alzheimera, Parkinsona i tauopatie.


title: Wortmannina, inhibitor kinazy 3-fosfoinozytydowej, selektywnie zwiększa cytotoksyczność chimer toksyny skierowanej do receptora in vitro i in vivo.

text: TŁO Uogólnioną oporność niektórych nowotworowych linii komórkowych na traktowanie chimerami ligand-toksyna przypisuje się zwiększonej szybkości wychwytu i degradacji lizosomów po endocytozie kompleksu chimera-receptor. Ponieważ wiadomo, że aktywność 3-kinazy fosfoinozytydu (kinazy Pl-3) odgrywa rolę w przemycie wewnątrzkomórkowym, szczególnie z endosomów do lizosomów, postawiliśmy hipotezę, że współeksponowanie komórek na inhibitor kinazy Pl, wortmaninę, może zwiększyć cytotoksyczność liganda -chimery toksyn. METODY W warunkach in vitro zbadano cytotoksyczność pięciu chimer toksyny ukierunkowanych na receptor (bFGF-SAP, bFGF-PE, aFGF-PE, HBEGF-SAP, bFGF-gelonina) oraz immunotoksyny (11A8-SAP) w obecności lub przy braku tej Inhibitor kinazy Pl 3-kinazy przeciwko panelowi ludzkich nowotworowych linii komórkowych: SK-MEL-5 (czerniak), PA-1 (potworniak jajnika), DU145 (rak prostaty) i MCF-7 (rak piersi). In vivo, oceniano aktywność przeciwnowotworową schematu leczenia łączącego wortmaninę (1 lub 2 mg/kg i.p.) i bFGF-SAP (10 mikrogramów/kg i.v.) raz w tygodniu przez 4 tygodnie w porównaniu z podawaniem każdego środka osobno w C3H/HeN myszy z wszczepionym mysim włókniakomięsakiem FSallC. WYNIKI W stężeniach większych niż podane Ki dla hamowania 3-kinazy Pl (1-10 mikroM), wortmannina zwiększała cytotoksyczność w połączeniu z chimerami saporyny lub geloniny, ale powodowała subaddytywną cytotoksyczność w połączeniu z chimerami egzotoksyny Pseudomonas. Gdy badano niskie stężenia nanomolowe selektywne dla hamowania kinazy Pl (3-5-100 nM) pod kątem wpływu na jedną chimerę toksyny skierowanej na receptor, wortmannina dramatycznie zwiększała cytotoksyczność bFGF-SAP w trzech z czterech linii komórkowych. Jednak inny inhibitor kinazy Pl, LY294002 (Ki około 1 mikroM), nie wzmacniał bFGF-SAP. Po podaniu myszom wortmanina w połączeniu z bFGF-SAP skutkowała znaczącym zmniejszeniem objętości guza w porównaniu z grupą kontrolną traktowaną nośnikiem, czego nie obserwowano u myszy traktowanych samym którymkolwiek środkiem. WNIOSKI Podsumowując, wyniki te sugerują, że chociaż wortmannina zwiększa skuteczność cytotoksyczną niektórych chimer skierowanych do receptora, wzmocnienie może nastąpić poprzez alternatywny szlak, który nie obejmuje inhibicji kinazy Pl.


title: Przewlekły stres, oporność receptora glukokortykoidowego, stan zapalny i ryzyko choroby.

text: Proponujemy model, w którym przewlekły stres skutkuje opornością na receptor glukokortykoidowy (GCR), co z kolei skutkuje brakiem regulacji w dół odpowiedzi zapalnej. Tutaj testujemy model w dwóch badaniach nad wirusami. W badaniu 1 oceniliśmy stresujące wydarzenia życiowe, GCR i zmienne kontrolne, w tym wyjściowe przeciwciała przeciwko wirusowi prowokacyjnemu, wiek, wskaźnik masy ciała (BMI), sezon, rasę, płeć, wykształcenie i typ wirusa u 276 zdrowych dorosłych ochotników. Ochotnicy zostali następnie poddani kwarantannie, wystawieni na działanie jednego z dwóch rinowirusów i śledzeni przez 5 dni z płukaniem nosa w celu wyizolowania wirusa i oceny oznak/objawów przeziębienia. W badaniu 2 oceniliśmy te same zmienne kontrolne i GCR u 79 osób, które były następnie narażone na rinowirus i monitorowane na początku i przez 5 dni po prowokacji wirusowej pod kątem wytwarzania miejscowych (w wydzielinie z nosa) cytokin prozapalnych (IL-1β, TNF-a i IL-6). Badanie 1: Po zróżnicowaniu zmiennych kontrolnych osoby z niedawną ekspozycją na długotrwałe, zagrażające stresujące doświadczenie wykazały GCR; a osoby z GCR były bardziej narażone na późniejsze przeziębienie. Badanie 2: Z tymi samymi kontrolami, które zastosowano w badaniu 1, wyższy GCR przewidywał wytwarzanie większej liczby miejscowych cytokin prozapalnych wśród zakażonych osobników. Dane te dostarczają wsparcia dla modelu sugerującego, że długotrwałe stresory powodują GCR, co z kolei zakłóca odpowiednią regulację stanu zapalnego. Ponieważ stan zapalny odgrywa ważną rolę w powstawaniu i postępie wielu różnych chorób, model ten może mieć szerokie implikacje dla zrozumienia roli stresu w zdrowiu.


title: Polipeptyd aktywujący cyklazę adenylanową przysadki mózgowej (PACAP), peptyd pochodzenia neuronowego regulujący transport i metabolizm glutaminianu glejowego

text: W mózgu neuroprzekaźnictwo glutaminergiczne jest kończone głównie przez szybkie wychwytywanie synaptycznie uwalnianego glutaminianu do astrocytów przez transportery glutaminianu zależne od Na(+) GLT-1 i GLAST, a następnie jego konwersję do glutaminy przez enzym syntetazę glutaminy (GS). Do tej pory zidentyfikowano kilka czynników, które szybko zmieniają glejowy wychwyt glutaminianu poprzez potranslacyjną modyfikację transporterów glutaminianu. Jedynym znanym stanem wpływającym na ekspresję glejowych transporterów glutaminianu i GS jest współhodowanie komórek glejowych z neuronami. Wykazaliśmy teraz, że neurony regulują obrót glutaminianu gleju za pośrednictwem przysadkowego polipeptydu aktywującego cyklazę adenylanową (PACAP). W korze mózgowej PACAP jest syntetyzowany przez neurony i działa na subpopulację astrogleju zaangażowaną w obrót glutaminianu. Ekspozycja astrogleju na PACAP zwiększyła maksymalną prędkość wychwytu [(3)H]glutaminianu poprzez promowanie ekspresji GLT-1, GLAST i GS. Ponadto, wpływ stymulujący podłoża kondycjonowanego neuronami na ekspresję glejowego transportera glutaminianu był osłabiony w obecności przeciwciał inaktywujących PACAP lub antagonisty receptora PACAP PACAP 6-38. W przeciwieństwie do PACAP, wazoaktywny peptyd jelitowy promował ekspresję transportera glutaminianu tylko w wyraźnie wyższych stężeniach, co sugeruje, że PACAP wywiera wpływ na glejowy obrót glutaminianu poprzez receptory PAC1. Chociaż aktywacja kinazy białkowej A (PKA) zależna od receptora PAC1 była wystarczająca do promowania ekspresji GLAST, aktywacja zarówno PKA, jak i kinazy białkowej C (PKC) była wymagana do optymalnego promowania ekspresji GLT-1. Biorąc pod uwagę istnienie różnych izoform receptora PAC1, które aktywują PKA i PKC na różnych poziomach, odkrycia te wskazują na złożony mechanizm, za pomocą którego PACAP reguluje glejowy transport i metabolizm glutaminianu. Zaburzenia tych mechanizmów regulacyjnych mogą stanowić główną przyczynę zaburzeń neurologicznych i psychiatrycznych związanych z glutaminianem.


title: Czynniki wpływające na limfopoezę B po allogenicznym przeszczepieniu komórek krwiotwórczych.

text: U 93 biorców przeszczepu allogenicznego liczba prekursorów limfocytów B w szpiku w dniach 80 i 365 korelowała z liczbą krążących limfocytów B, co sugeruje, że niedobór limfocytów B po przeszczepie jest przynajmniej częściowo spowodowany niewystarczającą limfopoezą. Oceniono czynniki, które mogą wpływać na limfopoezę B. Liczba prekursorów limfocytów B w szpiku w dniach 30. i 80. była co najmniej 4-krotnie mniejsza u pacjentów z ostrą chorobą przeszczep przeciwko gospodarzowi (GVHD) stopnia 2. do 4. w porównaniu z pacjentami z ostrą GVHD stopnia 0 do 1. Liczba prekursorów komórek B w 365 dniu była 18-krotnie mniejsza u pacjentów z rozległą przewlekłą GVHD w porównaniu z pacjentami bez lub z ograniczoną przewlekłą GVHD. Liczba prekursorów komórek B nie była związana z dawką komórek CD34, rodzajem przeszczepu (szpik kontra komórki macierzyste krwi), wiekiem dawcy ani wiekiem pacjenta. Stwierdzono, że niedobór komórek B po transplantacji wynika częściowo z hamowania limfopoezy B przez GVHD i/lub jej leczenia.


title: Warianty genetyczne rs1994016 i rs3825807 w ADAMTS7 wpływają na ekspresję jego mRNA w miażdżycowej zarostowej chorobie tętnic obwodowych

text: CEL Choroba tętnic obwodowych (PAD) jest chorobą naczyniową wpływającą na krążenie obwodowe. Niedawno badania asocjacyjne całego genomu ujawniły związek między polimorfizmami pojedynczego nukleotydu (SNP) w ADAMTS7 (dezintegryna i metaloproteaza z motywem trombospondyny 7) a miażdżycą. W tym badaniu mieliśmy na celu określenie ekspresji ADAMTS7 w jednojądrzastych komórkach krwi obwodowej (PBMC) i częstości polimorfizmów ADAMTS7 rs1994016 i rs3825807 w próbie tureckich pacjentów z PAD oraz ocenę związku poziomów metaloproteinazy macierzy (MMP) z PAD rozwój. METODY W tym badaniu kliniczno-kontrolnym określono ekspresję mRNA ADAMTS7 i białka za pomocą ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym z odwrotną transkrypcją (RT-qPCR) i metody western blot, a warianty rs1994016 i rs3825807 w ADAMTS7 określono metodą PCR w czasie rzeczywistym w 115 pacjentów z PAD i 116 zdrowych osób z grupy kontrolnej. Poziomy dziewięciu MMP w osoczu zostały określone przy użyciu systemu multipleksowego testu immunologicznego. WYNIKI Poziomy ADAMTS7mRNA były istotnie wyższe u pacjentów z PAD niż w grupie kontrolnej (t=-2,75, p=0,007). Nie było znaczącej różnicy w częstościach rs1994016 i rs3825807 między pacjentami z PAD a grupą kontrolną (P>.05). U pacjentów z PAD poziomy ADAMTS7mRNA były istotnie podwyższone dla genotypu CC rs1994016 (t=-2,31, p=0,026) i TT rs3825807 (t=-2,23, p=0,032). Ponadto poziomy MMP-1, MMP-3, MMP-7, MMP-10, MMP-12 i MMP-13 w osoczu były znacząco wyższe u pacjentów z PAD niż u kontroli (P<0,05). WNIOSEK Jest to pierwszy raport dotyczący związku między ekspresją PAD i ADAMTS7 a wpływem wariantów rs1994016 i rs3825807 na rozwój PAD. ADAMTS7 może być związany z rozwojem PAD.


title: Wyraźne ścieżki ciemieniowe i czasowe prowadzące do homologów obszaru Broki u małpy

text: Homologi dwóch odrębnych obszarów architektonicznych 44 i 45, które tworzą przednią strefę językową (obszar Broca) w brzuszno-bocznym płacie czołowym człowieka, zostały niedawno ustalone u makaków. Chociaż wiemy, że płacik ciemieniowy dolny i boczny obszar skroniowy kory rzutują do brzuszno-bocznej kory czołowej, nie wiemy, który z kilku obszarów korowych znajdujących się w tych regionach rzutuje na homologi regionu Broca u makaków i za pomocą które ścieżki istoty białej. Do zbadania obszaru korowego wykorzystaliśmy metodę autoradiograficzną, która pozwala na ustalenie obszaru korowego, z którego pochodzą aksony (tj. miejsca iniekcji), dokładnego przebiegu aksonów w istocie białej i ich zakończenia w poszczególnych obszarach korowych. połączenia ciemieniowe i skroniowe ze strefą 44 i dwoma podpodziałami strefy 45 (tj. strefami 45A i 45B). Wyniki wykazały brzuszny, skroniowo-czołowy strumień włókien, które pochodzą z różnych obszarów korowych skojarzeń słuchowych, wielozmysłowych i wzrokowych w pośrednim nadbocznym obszarze skroniowym. Aksony te przebiegają przez skrajną torebkę i celują najsilniej w obszar 45 z skromniejszym zakończeniem w obszarze 44. Dla kontrastu, znaleziono grzbietowy strumień aksonów, które pochodzą z różnych obszarów korowych w dolnym płatku ciemieniowym i przyległej ogonowej bruździe skroniowej górnej celować w oba obszary 44 i 45. Aksony te biegną w górnym pęczku podłużnym, przy czym niektóre aksony wychodzą z brzusznego dolnego płatka ciemieniowego i sąsiedniej górnej bruzdy skroniowej wyginają się łukowato i tworzą prosty łukowaty pęczek. Kora najbardziej rostralnej części dolnego płata ciemieniowego jest preferencyjnie połączona z brzuszną korą przedruchową (obszar brzuszny 6), która kontroluje mięśnie ustno-twarzowe. Kora środkowej części płata ciemieniowego dolnego jest połączona z obszarami 44 i 45. Wyniki te wskazują na tylne połączenia ciemieniowe i skroniowe obszarów brzuszno-bocznych czołowych, które w lewej półkuli mózgu człowieka zostały przystosowane do różnych aspekty produkcji języka. Te prekursorowe obwody, które znajdują się w niejęzykowym, nieludzkim mózgu naczelnych, istnieją również w ludzkim mózgu. Omówiono możliwe powody, dla których te obszary zostały przystosowane do używania języka w ludzkim mózgu. Wyniki rzucają nowe światło na przedjęzykowe obwody prekursorowe regionu Broca i pomagają zrozumieć interakcje funkcjonalne między brzuszno-bocznym obszarem czołowym Broki a tylnymi obszarami ciemieniowymi i skroniowymi.


title: MIRA-seq do analizy metylacji DNA wysp CpG

text: CEL Opracowanie niezawodnej metody analizy metylacji DNA w całym genomie. MATERIAŁY I METODY Analiza metylacji DNA w skali genomu obejmuje podejścia oparte na powinowactwie, takie jak wzbogacanie przy użyciu białek wiążących metyl-CpG. Jedna z tych metod, test odzyskiwania wysp metylowanego CpG (MIRA), opiera się na wysokim powinowactwie kompleksu MBD2b-MBD3L1 do DNA metylowanego CpG. Tutaj przedstawiamy szczegółowy opis MIRA i łączymy go z platformami sekwencjonowania nowej generacji (MIRA-seq). WYNIKI Oceniliśmy wydajność MIRA-seq i porównaliśmy dane z sekwencjonowaniem całego genomu wodorosiarczynem. WNIOSKI MIRA-seq to niezawodna platforma do analizy metylacji DNA w skali genomu do oceny różnic w metylacji DNA w regionach genomu bogatych w CpG. Metoda nie jest ograniczona konstrukcją startera lub sondy i jest opłacalna.


title: Ile obrazów zawiera scena dźwiękowa?

text: Jeśli scena dźwiękowa składa się z wielu przestrzennie oddzielonych źródeł dźwięku, ile źródeł dźwięku może być przetwarzanych przez system słuchowy? Eksperyment Ustaliłem, ile źródeł mowy można zlokalizować jednocześnie na płaszczyźnie azymutu. Z wielu głośników odtwarzane były różne słowa, a słuchacze zgłaszali całkowitą liczbę źródeł dźwięku i ich poszczególne lokalizacje. W eksperymencie II określono dokładność lokalizacji jednego źródła mowy w mieszaninie wielu źródeł mowy. Do istniejącego zestawu źródeł dźwięku dodano dodatkowe źródło dźwięku, a zadaniem było zlokalizowanie tego dodatkowego źródła. W eksperymencie III układ i zadanie były takie same jak w eksperymencie I, z tym wyjątkiem, że dźwięki były tonami. Wyniki pokazały, że maksymalna liczba źródeł dźwięku, które słuchacze mogli odbierać, była ograniczona do około czterech przestrzennie oddzielonych sygnałów mowy i trzech dla sygnałów tonalnych. Błędy lokalizacyjne rosły wraz ze wzrostem ogólnej liczby źródeł dźwięku. Kiedy istniały już cztery lub więcej źródeł mowy, dokładność zlokalizowania dodatkowego źródła była prawie przypadkowa.


title: Mobilizacja wewnątrzkomórkowych zapasów miedzi przez wakuolowy transporter miedzi ctr2.

text: Miedź odgrywa zasadniczą rolę w procesach obejmujących przekazywanie sygnałów do maszynerii transkrypcji i transportu białek, fosforylację oksydacyjną, mobilizację żelaza, dojrzewanie neuropeptydów i prawidłowy rozwój. Podczas gdy wiele wiadomo na temat wewnątrzkomórkowej mobilizacji jonów, takich jak wapń, niewiele jest dostępnych informacji na temat tego, jak komórki eukariotyczne mobilizują wewnątrzkomórkowe zapasy miedzi. Opisujemy mechanizm, dzięki któremu białko Ctr2 Saccharomyces cerevisiae dostarcza biodostępną miedź poprzez mobilizację wewnątrzkomórkowych zapasów miedzi. Podczas gdy Ctr2 wykazuje podobieństwo strukturalne do importera miedzi z błony plazmatycznej Ctr1, badania mikroskopowe i biochemiczne frakcjonowania lokalizują Ctr2 w błonie wakuoli. Wykazujemy, że Ctr2 mobilizuje zapasy miedzi w wakuolach w sposób zależny od reszt aminokwasowych konserwowanych między rodziną transportującą miedź Ctr1 i Ctr2 oraz że mutanty ctr2 Delta hiper akumulują miedź w wakuolach. Ponadto mutant Ctr2, który jest niewłaściwie zlokalizowany w błonie komórkowej, stymuluje pozakomórkowy wychwyt miedzi, wspierając bezpośrednią rolę Ctr2 w transporcie miedzi przez błony. Badania te identyfikują nowy mechanizm mobilizacji miedzi i sugerują, że organizmy radzą sobie z niedoborem miedzi poprzez wykorzystanie wewnątrzkomórkowych zapasów pęcherzykowych.


title: Peroksysomy są platformami sygnalizacyjnymi dla przeciwwirusowej odporności wrodzonej

text: Od dawna ustalono, że peroksysomy odgrywają kluczową rolę w regulowaniu różnych aktywności metabolicznych w komórkach ssaków. Organelle te współdziałają z mitochondriami, kontrolując metabolizm lipidów i reaktywnych form tlenu. Jednakże, chociaż mitochondria okazały się ważnym miejscem przekazywania sygnału przeciwwirusowego, rola peroksysomów w obronie immunologicznej jest nieznana. W tym miejscu donosimy, że białko adaptacyjne MAVS receptora podobnego do RIG-I (RLR) znajduje się na peroksysomach i mitochondriach. Odkryliśmy, że peroksysomalne i mitochondrialne MAVS działają sekwencyjnie, tworząc przeciwwirusowy stan komórkowy. W przypadku infekcji wirusowej peroksysomalne MAVS indukuje szybką, niezależną od interferonu ekspresję czynników obronnych, które zapewniają krótkotrwałą ochronę, podczas gdy mitochondrialne MAVS aktywują zależny od interferonu szlak sygnałowy o opóźnionej kinetyce, co wzmacnia i stabilizuje odpowiedź przeciwwirusową. Interferonowy czynnik regulacyjny IRF1 odgrywa kluczową rolę w regulacji zależnej od MAVS sygnalizacji z peroksysomów. Wyniki te wskazują, że peroksysomy są ważnym miejscem przekazywania sygnału przeciwwirusowego.


title: Dwustronne przedziały ufności dla pojedynczej proporcji: porównanie siedmiu metod. Stat. Med

text: Proste metody estymacji przedziałów dla proporcji wykazują słabe pokrycie i mogą dawać ewidentnie nieodpowiednie przedziały. Kryteriami właściwymi do oceny różnych proponowanych metod są: zbliżenie osiągniętego prawdopodobieństwa pokrycia do jego wartości nominalnej; czy przedziały znajdują się zbyt blisko lub zbyt daleko od środka skali; oczekiwana szerokość interwału; unikanie aberracji, takich jak granice poza [0,1] lub zerowe odstępy szerokości; i łatwość użycia, czy to za pomocą tabel, oprogramowania lub formuł. Siedem metod dla pojedynczej proporcji jest ocenianych na 96 000 punktów przestrzeni parametrów. Zaleca się stosowanie interwałów opartych na obszarach ogona i prostszych metod punktacji. W każdym przypadku dostępne są metody, które mają na celu wyrównanie minimalnego lub średniego pokrycia z nominalnym 1-alfa.


title: Nuklearna akumulacja HDAC4 w niedoborze ATM sprzyja neurodegeneracji w ataksji-teleangiektazji

text: Ataksja teleangiektazja to choroba neurodegeneracyjna spowodowana mutacją genu Atm. Tutaj donosimy, że niedobór zmutowanej ataksji-teleangiektazji (ATM) powoduje akumulację jądrową deacetylazy histonowej 4 (HDAC4) w neuronach i sprzyja neurodegeneracji. Jądrowy HDAC4 wiąże się z chromatyną, a także z czynnikiem wzmacniającym miocyty 2A (MEF2A) i białkiem wiążącym element reagujący na cAMP (CREB), prowadząc do deacetylacji histonów i zmienionej ekspresji genów neuronalnych. Blokowanie aktywności HDAC4 lub jego akumulacji w jądrze osłabia te zmiany neurodegeneracyjne i ratuje kilka nieprawidłowości behawioralnych myszy z niedoborem ATM. Pełne uratowanie neurodegeneracji wymaga jednak również obecności HDAC4 w cytoplazmie, co sugeruje, że fenotyp ataksji-teleangiektazji wynika zarówno z utraty cytoplazmatycznego HDAC4, jak i jego akumulacji w jądrze. Aby pozostać cytoplazmatycznym, HDAC4 musi być fosforylowany. Aktywność fosfatazy HDAC4, fosfatazy białkowej 2A (PP2A), jest regulowana w dół przez fosforylację za pośrednictwem ATM. W niedoborze ATM zwiększona aktywność PP2A prowadzi do defosforylacji HDAC4 i akumulacji HDAC4 w jądrze. Nasze wyniki definiują kluczową rolę komórkowej lokalizacji HDAC4 w zdarzeniach prowadzących do neurodegeneracji ataksji teleangiektazji.


title: Regulacja i funkcja kompleksu E-kadheryna/katenina w komórkach linii monocytów-makrofagów i DC.

text: E-kadherynę najlepiej scharakteryzować jako białko połączenia przylegającego, które poprzez interakcje homotypowe przyczynia się do utrzymania funkcji bariery nabłonkowej. W komórkach nabłonkowych ogon cytoplazmatyczny E-kadheryny tworzy dynamiczny kompleks z kateninami i reguluje kilka wewnątrzkomórkowych szlaków transdukcji sygnału, w tym sygnalizację Wnt/β-katenina, PI3K/Akt, GTPazę Rho i NF-κB. Ostatnie postępy ujawniły nową i kluczową rolę tej cząsteczki adhezyjnej w funkcjach fagocytów jednojądrzastych. E-kadheryna reguluje dojrzewanie i migrację komórek Langerhansa, a jej podwiązanie zapobiega indukcji stanu tolerogennego w komórkach dendrytycznych pochodzących ze szpiku kostnego (DC). W związku z tym funkcjonalność β-kateniny może być instrumentalna w określaniu równowagi między immunogennością a tolerogennością DC in vitro i in vivo. Fuzja alternatywnie aktywowanych makrofagów i osteoklastów jest również zależna od E-kadheryny. Ponadto ligandy E-kadheryny CD103 i KLRG1 ulegają ekspresji na podzbiorach komórek DC, T i NK i przyczyniają się do ich interakcji z DC i makrofagami z ekspresją E-kadheryny. Tutaj omawiamy regulację, funkcję i implikacje ekspresji E-kadheryny w tych centralnych koordynatorach układu odpornościowego.


title: Polimorfizm i zmiany zależne od ligandów w funkcji ludzkiego receptora glukagonopodobnego peptydu-1 (GLP-1R): allosteryczne ratowanie mutacji utraty funkcji.

text: Receptor glukagonopodobnego peptydu-1 (GLP-1R) jest kluczowym fizjologicznym regulatorem wydzielania insuliny i głównym celem terapeutycznym w leczeniu cukrzycy typu II. Jednak regulacja funkcji GLP-1R jest złożona z wieloma endogennymi peptydami, które oddziałują z receptorem, w tym pełnej długości (1-37) i skróconymi (7-37) formami GLP-1, które mogą występować w formie amidowanej (GLP -1(1-36)NH₂ i GLP-1(7-36)NH₂) oraz pokrewny peptyd oksyntomodulina. Ponadto GLP-1R posiada egzogennych agonistów, w tym eksendynę-4 i allosteryczny modulator, związek 2 (6,7-dichloro-2-metylosulfonylo-3-tert-butyloaminochinoksalina). Złożoność tego układu ligand-receptor dodatkowo zwiększa obecność kilku polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP), które są rozmieszczone w receptorze. Zbadaliśmy 10 SNP GLP-1R, które scharakteryzowano w trzech fizjologicznie istotnych szlakach sygnałowych (akumulacja cAMP, regulowana sygnałem fosforylacja kinazy 1/2 i wewnątrzkomórkowa mobilizacja Ca²⁺); Określono również wiązanie ligandu i ekspresję receptora na powierzchni komórki. Przedstawiamy zarówno efekty specyficzne dla liganda, jak i szlaku dla wielu SNP, z najbardziej dramatycznym efektem obserwowanym dla wariantu receptora Met1⁴⁹. W wariancie Met¹⁴⁹ wystąpiła selektywna utrata odpowiedzi indukowanych peptydem we wszystkich badanych szlakach, ale zachowana została odpowiedź na związek drobnocząsteczkowy 2. W przeciwieństwie do wariantu Cys³³³, odpowiedzi peptydowe były zachowane, ale była osłabiona odpowiedź na związek 2 Co uderzające, utratę funkcji peptydu w wariancie receptora Met1⁴⁹ można ratować allosterycznie przez związek 2, dostarczając dowód na to, że leki allosteryczne mogą być stosowane do leczenia pacjentów z tym wariantem utraty funkcji.


title: Mechanizm obwodów neuronalnych regulujący decyzję o losie uśpionych komórek nerwowych u dorosłych

text: Neurogeneza dorosłych powstaje z nerwowych komórek macierzystych w wyspecjalizowanych niszach. Aktywność i doświadczenie neuronalne, przypuszczalnie działające na tę lokalną niszę, regulują wiele etapów neurogenezy dorosłych, od proliferacji neuronów progenitorowych po dojrzewanie nowych neuronów, integrację synaptyczną i przeżycie. Nie wiadomo, czy lokalne obwody neuronalne mają bezpośredni wpływ na dorosłe nerwowe komórki macierzyste. Tutaj pokazujemy, że w hipokampie dorosłych myszy, ekspresjonujące nestynę, promieniste glejowe, spoczynkowe nerwowe komórki macierzyste (RGL) odpowiadają tonicznie na neuroprzekaźnik kwasu γ-aminomasłowego (GABA) za pomocą receptorów GABAA zawierających podjednostkę γ2. Analiza klonalna poszczególnych RGL ujawniła szybkie wyjście ze stanu spoczynku i wzmocnioną symetryczną samoodnowę po warunkowej delecji γ2. RGL znajdują się w bliskiej odległości od końcówek wyrażających 67-kDa dekarboksylazę kwasu glutaminowego (GAD67) interneuronów z ekspresją parwalbuminy (PV+) i reagują tonicznie na GABA uwalniany z tych neuronów. Funkcjonalnie, optogenetyczna kontrola aktywności interneuronów zębowatych PV+, ale nie tych z ekspresją somatostatyny lub wazoaktywnych interneuronów jelitowych (VIP), może dyktować wybór RGL między spoczynkiem a aktywacją. Co więcej, aktywacja interneuronów PV+ przywraca spoczynek RGL po izolacji społecznej, doświadczenie, które indukuje aktywację RGL i symetryczny podział. Nasze badanie identyfikuje niszowe trio komórka-sygnał-receptor i lokalny mechanizm obwodów, które kontrolują tryb aktywacji i samoodnowy nieaktywnych dorosłych nerwowych komórek macierzystych w odpowiedzi na aktywność i doświadczenie neuronalne.


title: Globalny poziom witaminy D w zależności od wieku, płci, pigmentacji skóry i szerokości geograficznej: ekologiczna analiza metaregresji

text: Przeprowadziliśmy metaanalizę badań przekrojowych dotyczących statusu 25(OH)D w surowicy na całym świecie. Poziomy 25(OH)D w surowicy wynosiły średnio 54 nmol/l, były wyższe u kobiet niż u mężczyzn i wyższe u osób rasy kaukaskiej niż u osób niekaukaskich. Nie stwierdzono trendu stężenia 25(OH)D w surowicy wraz z szerokością geograficzną. Niedobór witaminy D był powszechny. Zbadaliśmy status witaminy D (wyrażony jako 25-hydroksy-witamina D [25(OH)D] w surowicy) u rodzimych osobników na całym świecie. Metaanaliza i metaregresja badań donoszących o 25(OH)D u zdrowych osób pobranych z Pubmed, Embase i Web of Science przy użyciu terminów „surowica”, „25-hydroksy-witamina D”, „cholekalcyferol” i „ człowiek". Łącznie uwzględniono 394 badania. Średni poziom 25(OH)D wynosił 54 nmol/l (95% CI: 52–57 nmol/l). Kobiety miały na granicy znacznie wyższe poziomy 25(OH)D niż mężczyźni, a osoby rasy kaukaskiej miały wyższy poziom niż osoby niekaukaskie. Poziomy 25(OH)D były wyższe u osób w wieku >15 lat niż u osób młodszych. Nieskorygowany nie stwierdzono istotnego spadku 25(OH)D z szerokością geograficzną (nachylenie krzywej −0,03 ±0,12 nmol/l na stopień szerokości geograficznej północnej lub południowej od równika, p = 0,8). Wystąpił istotny spadek z szerokością geograficzną dla rasy kaukaskiej (−0,69 ± 0,30 nmol/l na stopień, p = 0,02), ale nie dla osób niekaukaskich (0,03 ± 0,39 nmol/l na stopień, p = 0,14). Po dostosowaniu ze względu na wiek, płeć i pochodzenie etniczne nie stwierdzono ogólnej korelacji między 25(OH)D a szerokością geograficzną (−0,29 ± 0,24 nmol/l na stopień, p = 0,23). Nie stwierdzono ogólnego wpływu szerokości geograficznej na 25(OH)D. Jednak w oddzielnych analizach 25(OH)D zmniejszało się wraz z szerokością geograficzną u rasy kaukaskiej, ale nie u osób niekaukaskich. Stwierdzono powszechny globalny niedobór witaminy D w porównaniu z proponowanymi poziomami progowymi.


title: Identyfikacja i charakterystyka nowego genu zależnego od różnicowania monocytów/makrofagów, który reaguje na lipopolisacharyd, ceramid i lizofosfatydylocholinę.

text: Nowatorski, zależny od różnicowania cDNA (DIF-2) został wyizolowany z ludzkich jednojądrzastych fagocytów metodą prezentacji różnicowej. Pełnej długości cDNA sklonowano i zsekwencjonowano. DIF-2 składa się ze 156 aminokwasów i ma przewidywany punkt izoelektryczny 8,84. mRNA ulega ekspresji w świeżo wyizolowanych monocytach i ulega znacznemu obniżeniu, gdy monocyty są poddawane różnicowaniu. Podobną regulację w dół, zależną od różnicowania, obserwuje się w normalnych hepatocytach w porównaniu z niezróżnicowanymi komórkami HepG2. Ekspresja mRNA w monocytach jest wrażliwa na lipopolisacharyd i ceramid, które silnie zwiększają transkrypcję DIF-2, podczas gdy lizofosfatydylocholina powoduje słabszą regulację w górę ekspresji DIF-2. Gen homologiczny DIF-2 został wcześniej wyizolowany z mysich fibroblastów i wykazano, że jest on indukowanym przez czynnik wzrostu w surowicy natychmiastowym genem. Nasze wyniki wskazują, że DIF-2 reprezentuje gen, który jest regulowany w procesach różnicowania i silnie reagujący na lipopolisacharyd, ceramid i lizofosfatydylocholinę.


title: Nowatorska dehydrogenaza 3-hydroksysteroidowa, która reguluje rozwój rozrodczy i długowieczność

text: Endogenne metabolity drobnocząsteczkowe, które regulują długość życia zwierząt, stają się nowym sposobem wpływania na zdrowie i długość życia. U C. elegans steroidy podobne do kwasów żółciowych zwane kwasami dafachronicznymi (DA) regulują czas rozwoju i długowieczność poprzez konserwowany jądrowy receptor hormonu DAF-12, homolog ssaczych receptorów sterolowych LXR i FXR. Wykorzystując genetykę metaboliczną, spektrometrię mas i podejścia biochemiczne, identyfikujemy nowe aktywności w biosyntezie DA i charakteryzujemy zachowaną ewolucyjnie dehydrogenazę krótkołańcuchową, DHS-16, jako nową dehydrogenazę 3-hydroksysteroidową. Poprzez regulację produkcji DA, DHS-16 kontroluje aktywność DAF-12 regulującą długowieczność w odpowiedzi na sygnały z gonady. Nasze wyjaśnienie szlaków biosyntezy kwasów żółciowych C. elegans ujawnia możliwość nowych ligandów, a także uderzającą konserwację biochemiczną u innych zwierząt, co może rzucić światło na nowe cele manipulacji długowiecznością u śródstopia.


title: Argonauta transportuje siRNA z cytoplazmy do jądra.

text: Kompleksy rybonukleoproteinowe składające się z białek podobnych do argonauta i małych regulatorowych RNA działają w szerokim zakresie procesów biologicznych. Przewiduje się, że wiele z tych małych regulatorowych RNA będzie działać, przynajmniej częściowo, w jądrze. Przeprowadziliśmy badanie genetyczne, aby zidentyfikować czynniki istotne dla interferencji RNA (RNAi) w jądrach Caenorhabditis elegans i zidentyfikowaliśmy białko Argonaute NRDE-3. W przypadku braku małych interferujących RNA (siRNA), NRDE-3 znajduje się w cytoplazmie. NRDE-3 wiąże siRNA generowane przez zależne od RNA polimerazy RNA działające na matryce informacyjnego RNA w cytoplazmie i redystrybuuje do jądra. Redystrybucja jądrowa NRDE-3 wymaga funkcjonalnego sygnału lokalizacji jądrowej, jest wymagana dla jądrowego RNAi i skutkuje asocjacją NRDE-3 z powstającymi transkryptami zlokalizowanymi w jądrze. Zatem specyficzne białka Argonaute mogą transportować określone klasy małych regulatorowych RNA do odrębnych przedziałów komórkowych w celu regulacji ekspresji genów.


title: Fosfatydyloinozytol 4,5-bisfosforan działa jako drugi przekaźnik, który reguluje adhezję cytoszkieletu do błony osocza

text: Oddziaływania wiążące między błoną plazmatyczną a cytoszkieletem określają funkcje komórki, takie jak kształt komórki, tworzenie procesów komórkowych, ruch komórek i endocytoza. Tutaj używamy pomiarów siły wiązania szczypcami optycznymi i pokazujemy, że 4,5-bisfosforan fosfatydyloinozytolu (PIP2) błony komórkowej działa jako drugi przekaźnik, który reguluje energię adhezji między cytoszkieletem a błoną plazmatyczną. Bodźce receptorowe, które hydrolizują PIP2, obniżały energię adhezji, proces, który można naśladować poprzez ekspresję domen PH, które sekwestrują PIP2 lub poprzez ukierunkowanie 5'-PIP2-fosfatazy na błonę komórkową w celu selektywnego obniżenia stężenia PIP2 w błonie komórkowej. Nasze badanie sugeruje, że błona plazmatyczna PIP2 kontroluje dynamiczne funkcje błony i kształt komórki poprzez miejscowe zwiększanie i zmniejszanie adhezji między cytoszkieletem korowym opartym na aktynie a błoną plazmatyczną.


title: Komórki pamięci T rezydujące w tkankach: lokalni specjaliści od obrony immunologicznej

text: Limfocyty T odgrywają kluczową rolę w ochronie przed infekcjami i rakiem. Chociaż przemieszczanie się komórek T pamięci w organizmie jest integralną częścią ich zdolności do zapewniania ochrony immunologicznej, badania wykazały, że specjalizacja niektórych komórek T pamięci w unikalne podzbiory rezydujące w tkankach zapewnia gospodarzowi zwiększoną odporność regionalną. W ostatnich latach nastąpił znaczny postęp w zrozumieniu rozwoju i funkcji limfocytów T rezydujących w tkankach, ujawniając mechanizmy zwiększonej odporności ochronnej, które mogą wpływać na racjonalne projektowanie szczepionek. Niniejszy przegląd omawia główne postępy i pojawiające się koncepcje w tej dziedzinie, podsumowuje wiedzę na temat różnicowania i funkcji ochronnych rezydujących w tkankach limfocytów T pamięci w różnych tkankach organizmu i podkreśla kluczowe pytania, na które nie udzielono odpowiedzi.


title: Wadliwa odpowiedź na stres replikacyjny hamuje limfogenezę i upośledza odbudowę limfocytów

text: Stres replikacyjny DNA promuje niestabilność genomu w raku. Jednak udział odpowiedzi na stres replikacyjny w rozwój nowotworów pozostaje nierozwiązany. Białko odpowiedzi na stres replikacji DNA SMARCAL1 stabilizuje widełki replikacyjne DNA i zapobiega ich załamaniu, które jest przyczyną pęknięć DNA i apoptozy. Chociaż zbadano funkcje regresji/remodelingu widełek SMARCAL1, jego funkcje in vivo w stresie replikacyjnym i raku są niejasne. Stosując model mysiego chłoniaka z komórek T wywołanego promieniowaniem gamma (IR) zaobserwowaliśmy znaczące zahamowanie limfogenezy u myszy pozbawionych jednego lub obu alleli Smarcal1. Warto zauważyć, że jedna czwarta myszy z niedoborem Smarcal1 nie rozwinęła guzów. Co więcej, hematopoetyczne komórki macierzyste/progenitorowe (HSPC) i rozwijające się tymocyty u myszy z niedoborem Smarcal1 wykazały zwiększone uszkodzenie DNA i apoptozę podczas wybuchu proliferacji po IR oraz upośledzoną zdolność do ponownego zasiedlania grasicy po IR. Ponadto myszy pozbawione Smarcal1 wykazywały znaczne defekty HSPC, gdy prowokowano je do odpowiedzi na inne bodźce stresowe replikacji. Tak więc nasze dane ujawniają krytyczną funkcję odpowiedzi na stres replikacji DNA, a w szczególności Smarcal1 w przeżyciu komórek krwiotwórczych i rozwoju nowotworu. Nasze wyniki dostarczają również ważnych informacji na temat niedoboru odporności obserwowanego u osób z mutacjami w SMARCAL1, sugerując, że jest to defekt HSPC.


title: Metylomy ludzkiego DNA w rozdzielczości podstawowej wykazują rozległe różnice epigenomiczne

text: Metylacja cytozyny DNA jest centralną modyfikacją epigenetyczną, która odgrywa zasadniczą rolę w procesach komórkowych, w tym regulacji genomu, rozwoju i chorobie. Przedstawiamy pierwsze obejmujące cały genom, jednozasadowe mapy metylowanych cytozyn w genomie ssaka, zarówno z ludzkich embrionalnych komórek macierzystych, jak i fibroblastów płodowych, wraz z analizą porównawczą informacyjnego RNA i małych składników RNA transkryptomu, kilku histonów modyfikacje i miejsca interakcji DNA-białko dla kilku kluczowych czynników regulacyjnych. Zidentyfikowano szerokie różnice w składzie i wzorcach metylacji cytozyny między dwoma genomami. Prawie jedna czwarta całej metylacji zidentyfikowanej w embrionalnych komórkach macierzystych miała miejsce w kontekście innym niż CG, co sugeruje, że embrionalne komórki macierzyste mogą wykorzystywać różne mechanizmy metylacji w celu wpływania na regulację genów. Metylacja w kontekstach innych niż CG wykazała wzbogacenie w ciałach genów i wyczerpanie miejsc wiązania białek i wzmacniaczy. Metylacja nie-CG znikała po indukowanym różnicowaniu embrionalnych komórek macierzystych i została przywrócona w indukowanych pluripotencjalnych komórkach macierzystych. Zidentyfikowaliśmy setki różnie zmetylowanych regionów w pobliżu genów zaangażowanych w pluripotencję i różnicowanie oraz szeroko rozpowszechnione obniżone poziomy metylacji w fibroblastach związane z niższą aktywnością transkrypcyjną. Te epigenomy referencyjne stanowią podstawę przyszłych badań nad tą kluczową modyfikacją epigenetyczną w chorobach i rozwoju człowieka.


title: Adhezjoliza laparoskopowa u pacjentów z przewlekłym bólem brzucha: zaślepione randomizowane, kontrolowane, wieloośrodkowe badanie.

text: TŁO Adhezjoliza laparoskopowa w przewlekłym bólu brzucha jest kontrowersyjna i nie jest oparta na dowodach. Naszym celem było sprawdzenie naszej hipotezy, że adhezjaliza laparoskopowa prowadzi do znacznego złagodzenia bólu i poprawy jakości życia u pacjentów ze zrostami i przewlekłym bólem brzucha. METODY Pacjenci mieli diagnostyczną laparoskopię na przewlekły ból brzucha przypisywany zrostom; inne przyczyny ich bólu zostały wykluczone. Jeśli zrosty zostały potwierdzone podczas laparoskopii diagnostycznej, pacjenci byli losowo przydzielani do adhezjolizy laparoskopowej lub bez leczenia. Przydział leczenia był ukrywany przed pacjentami, a oceniający nie byli świadomi leczenia i wyników leczenia pacjentów. Ból był oceniany przez 1 rok za pomocą wizualnej skali analogowej (VAS) (skala 0-100), wyniku zmiany bólu, stosowania leków przeciwbólowych i oceny jakości życia. Analiza była z zamiarem leczenia. WYNIKI Spośród 116 pacjentów zakwalifikowanych do diagnostycznej laparoskopii 100 zostało losowo przydzielonych do adhezjolizy laparoskopowej (52) lub bez leczenia (48). Obie grupy odnotowały znaczną ulgę w bólu i znaczącą poprawę jakości życia, ale nie było różnicy między grupami (średnia zmiana od wartości początkowej wyniku VAS po 12 miesiącach: różnica 3 punkty, p=0,53; 95% CI -7 do 13) . INTERPRETACJA Chociaż adhezjaliza laparoskopowa łagodzi przewlekły ból brzucha, nie jest ona bardziej korzystna niż sama laparoskopia diagnostyczna. Dlatego adhezjaliza laparoskopowa nie może być zalecana jako leczenie zrostów u pacjentów z przewlekłym bólem brzucha.


title: Sygnalizacja insulinowa i ograniczenia dietetyczne w różny sposób wpływają na spadek uczenia się i pamięci wraz z wiekiem

text: Spośród wszystkich spadków związanych z wiekiem utrata pamięci jest jednym z najbardziej niszczycielskich. Chociaż zidentyfikowano warunki, które zwiększają długowieczność, wpływ tych czynników promujących długowieczność na uczenie się i pamięć jest nieznany. Tutaj pokazujemy, że mutant receptora insuliny/IGF-1 C. elegans daf-2 poprawia wydajność pamięci we wczesnym okresie dorosłości i z wiekiem lepiej utrzymuje zdolność uczenia się, ale, co zaskakujące, nie wykazuje rozszerzenia pamięci długotrwałej wraz z wiekiem. Dla kontrastu, mutanty eat-2, model ograniczenia dietetycznego (DR), wykazują upośledzoną pamięć długotrwałą w młodym wieku dorosłym, ale utrzymują ten poziom pamięci dłużej z wiekiem. Odkryliśmy, że crh-1, homolog czynnika transkrypcyjnego CREB z C. elegans, jest wymagany do długotrwałej pamięci skojarzeniowej, ale nie do uczenia się czy pamięci krótkotrwałej. Ekspresja crh-1 spada wraz z wiekiem i różni się pod względem mutantów długowieczności, a ekspresja i aktywność CREB są skorelowane z wydajnością pamięci. Nasze wyniki sugerują, że określone metody leczenia długowieczności mają ostry i długotrwały wpływ na funkcje poznawcze, które zmniejszają się wraz z wiekiem poprzez regulację genów ograniczających tempo uczenia się i pamięci.


title: Unikalne ścieżki odpowiedzi są tworzone przez interakcje allosteryczne między jądrowymi receptorami hormonów

text: Heterodimeryzacja jest powszechnym paradygmatem wśród eukariotycznych czynników transkrypcyjnych. Receptor kwasu 9-cis retinowego (RXR) służy jako wspólny partner heterodimeryzacji dla kilku receptorów jądrowych, w tym receptora hormonu tarczycy (T3R) i receptora kwasu retinowego (RAR). Rodzi to pytanie, czy kompleksy te mają podwójną reaktywność hormonalną. Opracowaliśmy strategię badania właściwości transkrypcyjnych każdego receptora indywidualnie lub w połączeniu z heterodimerycznym partnerem. Stwierdzamy, że wewnętrzne właściwości wiązania RXR są maskowane w heterodimerach T3R-RXR i RAR-RXR. W przeciwieństwie do tego, RXR jest aktywny jako kofaktor niewiążący DNA z sierocymi receptorami NGFI-B/Nurr1. Heterodimeryzacja RXR z konstytutywnie aktywnym NGFI-B/Nurr1 tworzy nowy kompleks hormonozależny. Odkrycia te sugerują, że interakcje allosteryczne między heterodimerami tworzą kompleksy o unikalnych właściwościach. Sugerujemy, że allosteria jest krytyczną cechą leżącą u podstaw generowania różnorodności w sieciach odpowiedzi hormonalnej.


title: Czynniki ryzyka naczyniowego w średnim i późnym okresie życia oraz integralność mikrostrukturalna istoty białej: ryzyko miażdżycy w społecznościach Badanie neurokognitywne

text: TŁO Pomiary obrazowania tensora dyfuzji integralności mikrostrukturalnej istoty białej (WM) wydają się dostarczać wcześniejszego wskazania uszkodzenia WM niż hiperintensywności WM; jednak nie ustalono czynników ryzyka słabej integralności mikrostrukturalnej WM. Nasze badanie określa ilościowo związek między naczyniowymi czynnikami ryzyka w wieku średnim i późnym życiu z pomiarami integralności mikrostrukturalnej WM w późnym okresie życia. METODY I WYNIKI Wykorzystaliśmy dane od 1851 uczestników badania ARIC (Atherosclerosis Risk in Communities Study), którzy ukończyli obrazowanie metodą rezonansu magnetycznego 3-T, w tym obrazowanie tensora dyfuzji, w ramach badania ARIC Neurocognitive Study (ARIC-NCS). Określiliśmy ilościowo związek między lipidami, glukozą i ciśnieniem krwi na podstawie wyjściowej wizyty ARIC (1987-1989, wiek 44-65, wiek średni) i wizyty 5 ARIC (2011-2013, wiek 67-90 lat, późne życie, jednocześnie z ARIC -NCS) ze średnią dyfuzyjnością regionalną i ogólną WM i anizotropią frakcyjną uzyskaną podczas wizyty 5 ARIC dla uczestników ARIC. Rozważaliśmy również, czy te powiązania były niezależne lub modyfikowane przez objętości hiperintensywności WM. Odkryliśmy, że podwyższone ciśnienie krwi w wieku średnim i późnym oraz podwyższony poziom glukozy w wieku średnim, ale nie w późnym wieku, wiązały się z gorszą integralnością mikrostrukturalną WM w późnym okresie życia. Związki te były niezależne od stopnia hiperintensywności WM, a związek między glukozą i integralnością mikrostrukturalną WM okazał się silniejszy u osób z najmniejszą hiperintensywnością WM. Było niewielkie poparcie dla niekorzystnego związku między lipidami a integralnością mikrostrukturalną WM. WNIOSKI Nadciśnienie tętnicze w wieku średnim i późnym oraz podwyższony poziom glukozy w wieku średnim są związane z gorszą integralnością mikrostruktury WM w późnym życiu.


title: Amplifikacja i nadekspresja genu KRAS, ale nie mutacja wiąże się z agresywnym i przerzutowym rakiem endometrium

text: TŁO Trzy czwarte nowotworów endometrium jest leczone we wczesnym stadium. Mimo to 15 do 20% tych pacjentów doświadcza nawrotów, z niewielkim skutkiem terapii systemowych. Istnieją doniesienia, że mutacje Homo sapiens v-Ki-ras2 Kirsten szczurzego mięsaka szczura homologicznego onkogenów (KRAS) odgrywają ważną rolę w powstawaniu nowotworów u ludzi, ale wiedza na temat znaczenia klinicznego statusu KRAS w rakach endometrium jest ograniczona. METODY Przeprowadziliśmy wszechstronną i zintegrowaną charakterystykę ekspresji całego genomu związanej z mutacjami KRAS i zmianami liczby kopii w pierwotnych i przerzutowych zmianach raka endometrium w odniesieniu do danych klinicznych i histopatologicznych. Zastosowano zestaw do badań pierwotnych i zestaw do walidacji klinicznej, składający się z 414 guzów pierwotnych i 61 zmian przerzutowych. WYNIKI Wzmocnienie i wzmocnienie KRAS obecne w 3% zmian pierwotnych i 18% zmian przerzutowych korelowały istotnie ze złym rokowaniem, wysokim stopniem zaawansowania Międzynarodowej Federacji Ginekologii i Położnictwa, podtypem nieendometrioidalnym, wysokim stopniem złośliwości, aneuploidią, utratą receptorów i wysokim KRAS Stwierdzono również, że poziomy mRNA są związane z agresywnym fenotypem. Natomiast mutacje KRAS były obecne w 14,7% zmian pierwotnych bez wzrostu zmian przerzutowych i nie wpływały na rokowanie, ale były istotnie związane z podtypem endometrioidalnym, niskim stopniem złośliwości i otyłością. WNIOSEK Wyniki te potwierdzają, że amplifikacja KRAS i ekspresja KRAS mRNA, zarówno wzrastająca od zmian pierwotnych do przerzutowych, są istotne dla progresji raka endometrium.