title: NuSAP jest niezbędny do indukowanego chromatyną tworzenia wrzeciona we wczesnej embriogenezie.

text: W montażu wrzeciona mitotycznego pośredniczą dwa procesy: szlak centrosomalny i chromosomalny. RanGTP reguluje ten ostatni proces, uwalniając białka związane z mikrotubulami z kompleksów hamujących. NuSAP, białko wiążące mikrotubule i DNA, jest celem RanGTP i promuje tworzenie mikrotubul w pobliżu chromosomów. Jednak udział NuSAP w proliferacji komórek in vivo jest nieznany. Tutaj pokazujemy, że ekspresja NuSAP silnie koreluje z proliferacją komórek podczas embriogenezy i dorosłego życia, co czyni go wiarygodnym markerem proliferacji komórek. Dodatkowo pokazujemy, że niedobór NuSAP u myszy prowadzi do wczesnej śmiertelności embrionalnej. Montaż wrzeciona w komórkach z niedoborem NuSAP jest wysoce nieefektywny, a chromosomy pozostają rozproszone w cytoplazmie mitotycznej. W wyniku utrzymującej się aktywności punktu kontrolnego wrzeciona komórki nie są w stanie przejść przez mitozę, co ostatecznie prowadzi do aktywacji kaspazy i apoptotycznej śmierci komórki. Razem nasze odkrycia pokazują, że NuSAP ma zasadnicze znaczenie dla proliferacji komórek embrionalnych, a jednocześnie podkreślają znaczenie indukowanego chromatyną montażu wrzeciona.


title: E2F-6: nowy członek rodziny E2F jest inhibitorem transkrypcji zależnej od E2F

text: Rodzina czynników transkrypcyjnych E2F jest niezbędna do regulacji genów niezbędnych do prawidłowego przebiegu cyklu komórkowego. Wcześniej zgłoszono pięciu członków rodziny E2F, a mianowicie E2F1-5. Wszystkie pięć elementów jest kluczowymi elementami w regulacji transkrypcji podstawowych genów i można je podzielić na dwie grupy funkcyjne, te, które indukują progresję fazy S w przypadku nadekspresji w komórkach w stanie spoczynku (E2Fs 1-3) i te, które tego nie robią (E2Fs 4– 5). Tutaj opisujemy identyfikację nowego członka tej rodziny, którą nazywamy E2F-6. E2F-6 wykazuje znaczną homologię z E2Fs 1-5, zwłaszcza w obrębie domen wiązania DNA, heterodimeryzacji i zaznaczonych domen pudełkowych. W przeciwieństwie do E2Fs 1-5, E2F-6 nie ma domeny transaktywacyjnej ani domeny wiążącej białka kieszonkowe, dlatego tworzy unikalną trzecią grupę w rodzinie E2F. E2F-6 jest białkiem jądrowym, które może tworzyć heterodimery z białkami DP (zarówno DP-1, jak i DP-2) in vitro i in vivo. Nasze wyniki pokazują, że kompleks utworzony między białkami E2F-6 i DP ma wysoką aktywność wiązania DNA, wykazując preferencję dla miejsca rozpoznawania TTTCCCGC E2F, które jest nieco inne niż miejsce konsensusu E2F pochodzące z promotora E2 (TTTCGCGC). W przeciwieństwie do innych członków rodziny E2F, ektopowa ekspresja E2F-6 hamuje transkrypcję z promotorów posiadających miejsca rozpoznawania E2F, a nie aktywuje transkrypcję. Ponadto nadekspresja E2F-6 hamuje transaktywacyjne efekty koekspresji E2F-1 i DP-1. Hamujący efekt E2F-6 zależy od jego aktywności wiązania DNA i jego zdolności do tworzenia heterodimerów z DP. Co ciekawe, ektopowa ekspresja E2F-6 prowadzi do akumulacji komórek w fazie S. Nasze dane sugerują, że ekspresja E2F-6 opóźnia wyjście z fazy S, a nie indukuje fazę S, co dodatkowo podkreśla funkcjonalną różnicę między E2F-6 a wcześniej znanymi członkami rodziny E2F.


title: Zwiększenie pobudliwości komórek piramidowych hipokampa dzięki nowemu selektywnemu blokerowi kanałów o powolnej hiperpolaryzacji, 3-(trifenylometyloaminometylo)pirydynie (UCL2077).

text: Powolna hiperpolaryzacja następcza (sAHP) w neuronach hipokampa ma związek z uczeniem się i pamięcią. Jednak jego dokładna rola w pobudliwości komórek i funkcji ośrodkowego układu nerwowego nie została jednoznacznie zbadana z dwóch powodów: 1) obecnie nie ma selektywnych inhibitorów, które skutecznie zmniejszałyby prąd podstawowy in vivo lub w nienaruszonych preparatach tkankowych in vitro oraz 2) chociaż wiadomo, że kanał K(+) o małej przewodności, który aktywuje się po wzroście [Ca(2+)](i) leży u podstaw sAHP, dokładna tożsamość molekularna pozostaje nieznana. Pokazujemy, że 3-(trifenylometyloaminometylo)pirydyna (UCL2077), nowy związek, tłumił sAHP obecną w neuronach hipokampa w hodowli (IC(50) = 0,5 mikroM) oraz w preparacie skrawka (IC(50) około 10 mikroM). UCL2077 był selektywny, wywierając minimalny wpływ na kanały Ca(2+), potencjały czynnościowe, rezystancję wejściową i średnią po hiperpolaryzacji. UCL2077 miał również niewielki wpływ na wyrażane heterologicznie kanały K(+) (SK) aktywowane Ca(2+) o małej przewodności. Co więcej, UCL2077 i apamina, selektywny bloker kanału SK, w różny sposób wpływały na wystrzeliwanie kolców w neuronach hipokampa. Wyniki te dostarczają dalszych dowodów na to, że kanały SK prawdopodobnie nie leżą u podstaw sAHP. Badanie to pokazuje również, że UCL2077, najsilniejszy, selektywny bloker sAHP opisany do tej pory, jest użytecznym narzędziem farmakologicznym do badania roli kanałów sAHP w regulacji pobudliwości komórek w nienaruszonych preparatach tkankowych i, potencjalnie, in vivo.


title: Wnioski z nagłej śmierci wieńcowej: kompleksowy schemat klasyfikacji morfologicznej zmian miażdżycowych.

text: W niniejszym przeglądzie ponownie rozważymy obecny paradygmat zrozumienia krytycznych, końcowych etapów progresji zmian miażdżycowych. Schemat ten, w dużej mierze wywodzący się z obserwacji tkanek z autopsji przez Daviesa i współpracowników,12 potwierdza, że przyczyną zgonu w miażdżycowej chorobie wieńcowej jest pęknięcie zaawansowanej zmiany miażdżycowej. Chociaż to założenie może być częściowo prawdziwe, ostatnie badania z autopsji sugerują, że jest niekompletne. Aby ponownie rozważyć ten paradygmat, ponownie przeanalizowaliśmy schemat klasyfikacji morfologicznej zmian zaproponowany przez American Heart Association (AHA).3 4 Schemat ten jest trudny do zastosowania z dwóch powodów. Po pierwsze, używa bardzo długiej listy cyfr rzymskich modyfikowanych kodami liter, które są trudne do zapamiętania. Po drugie, sugeruje uporządkowany, liniowy wzór progresji zmian. To wydaje się być niejednoznaczne, ponieważ nie jest jasne, czy istnieje pojedyncza sekwencja zdarzeń podczas progresji wszystkich zmian. Dlatego staraliśmy się opracować prostszy schemat klasyfikacji, który jest spójny z kategoriami AHA, ale jest łatwiejszy w użyciu, zdolny do radzenia sobie z szeroką gamą zmienności morfologicznych i nie jest nadmiernie obciążony implikacjami mechanistycznymi. Obecny paradygmat opiera się na przekonaniu, że zmiany typu IV lub „miażdżyce” opisane przez AHA są stabilne, ponieważ tłuszczowy, martwiczy rdzeń jest zawarty w otoczce włóknistej bogatej w komórki mięśni gładkich. Analiza Virchowa5 z 1858 r. wykazała, że historycznie termin „miażdżyca” odnosi się do torbieli skórnej („Grutzbalg”), tłuszczu…


title: Utrata alergenu 1 nadaje fenotyp hiperwirulentny, który przypomina warianty mucoid switch Cryptococcus neoformans.

text: Przeżycie drobnoustrojów u gospodarza jest zwykle zależne od zdolności patogenu do ulegania zmianom, które sprzyjają ucieczce z mechanizmów obronnych gospodarza. Chorobotwórczy dla człowieka grzyb Cryptococcus neoformans podlega in vivo zmianom fenotypowym, które sprzyjają utrzymywaniu się w tkankach. Za pomocą analiz mikromacierzy i PCR w czasie rzeczywistym stwierdzono, że gen alergenu 1 (ALL1) jest regulowany w dół w hiperwirulentnym wariancie przełącznika śluzowego, zarówno podczas wzrostu logarytmicznego, jak i wewnątrzkomórkowego wzrostu makrofagów. Gen ALL1 koduje małe białko cytoplazmatyczne, które bierze udział w tworzeniu torebki. Wzrost mutanta z delecją genu all1Delta był prawidłowy. Podobnie do komórek wariantu mucoid switch, komórki all1Delta wytwarzały większą torebkę polisacharydową niż komórki gładkiego rodzica i szczepu uzupełnionego, a powiększona torebka hamowała fagocytozę makrofagów. Mutant wykazywał niewielki defekt w indukcji kapsułki w porównaniu ze wszystkimi innymi wariantami. W modelach zwierzęcych fenotyp mutanta all1Delta naśladował hiperwirulentny fenotyp wariantu przełącznika śluzowego, który charakteryzuje się zmniejszoną przeżywalnością gospodarza i podwyższonym ciśnieniem śródczaszkowym. Zmniejszone przeżycie jest prawdopodobnie wynikiem zarówno nieskutecznej komórkowej odpowiedzi immunologicznej, jak i upośledzonej fagocytozy przez makrofagi. W konsekwencji doszliśmy do wniosku, że w przeciwieństwie do utraty większości genów związanych z wirulencją, gdzie utrata funkcji genu skutkuje osłabieniem wirulencji, utrata genu ALL1 zwiększa wirulencję poprzez zmianę interakcji gospodarz-patogen, a tym samym osłabienie klirensu. Nasze dane zidentyfikowały pierwszy gen kryptokokowy związany z podwyższonym ciśnieniem wewnątrzczaszkowym i potwierdzają hipotezę, że oportunistyczny patogen środowiskowy zmodyfikował swoją zjadliwość in vivo poprzez epigenetyczną regulację w dół funkcji genów.


title: Lekcje z ponad 80 struktur domeny wiążącej ligand GluA2 w kompleksie z agonistami, antagonistami i modulatorami allosterycznymi.

text: Jonotropowe receptory glutaminianu (iGluR) stanowią rodzinę bramkowanych ligandami kanałów jonowych, które są niezbędne do pośredniczenia w szybkiej transmisji synaptycznej w ośrodkowym układzie nerwowym. Receptory te odgrywają ważną rolę w rozwoju i funkcjonowaniu układu nerwowego oraz są niezbędne w uczeniu się i zapamiętywaniu. Jednak iGluR są również zaangażowane lub odgrywają rolę przyczynową w kilku zaburzeniach mózgu, np. epilepsja, choroba Alzheimera, choroba Parkinsona i schizofrenia. Ich zaangażowanie w choroby neurologiczne wzbudziło powszechne zainteresowanie ich strukturą i funkcją. Od czasu pierwszej publikacji w 1998 r. struktury rekombinowanego rozpuszczalnego białka zawierającego domenę GluA2 wiążącą ligand, szeroko zakrojone badania dostarczyły licznych struktur krystalicznych białek typu dzikiego i zmutowanych, w tym różnych ligandów. Uzyskane informacje strukturalne w połączeniu z danymi funkcjonalnymi doprowadziły do stworzenia modeli aktywacji receptora i odczulenia przez agonistów, hamowania przez antagonistów i blokowania odczulania przez pozytywne modulatory allosteryczne. Ponadto badania strukturalne i funkcjonalne stworzyły potężną platformę do projektowania nowych selektywnych związków.


title: Zanik przepony i dysfunkcja skurczowa w mysim modelu nadciśnienia płucnego

text: Nadciśnienie płucne (PH) powoduje utratę masy ciała i dysfunkcję mięśni wdechowych (przeponowych). Model PH indukowanego przez lek (monokrotalina, MCT) był szeroko stosowany u myszy do badania etiologii PH. Nie jest jednak jasne, czy PH wywołane przez MCT u myszy odtwarza utratę masy ciała i dysfunkcję mięśni przepony obserwowaną u pacjentów. Jest to warunek wstępny powszechnego wykorzystywania myszy do badania mechanizmów kacheksji i nieprawidłowości przepony w PH. W ten sposób zmierzyliśmy masę ciała i mięśni płaszczkowatych, przyjmowanie pokarmu i kurczliwość przepony u myszy po 6-8 tygodniach wstrzyknięć soli fizjologicznej (kontrola) lub MCT (600 mg/kg). Masa ciała stopniowo spadała u myszy PH, podczas gdy przyjmowanie pokarmu było podobne w obu grupach. PH zmniejszyło się (P<0,05) maksymalną izometryczną siłę właściwą przepony, maksymalną prędkość skracania i moc szczytową. Karbonylki białkowe w lizatach pełnomembranowych i liczebność wybranych białek miofibrylarnych nie uległy zmianie w badaniu PH. Nasze odkrycia pokazują izometryczne i izotoniczne nieprawidłowości kurczliwości przepony w mysim modelu PH indukowanego przez MCT. Ogólnie rzecz biorąc, mysi model PH wywołanego przez MCT naśladuje utratę masy ciała i osłabienie mięśni przepony zgłaszane u pacjentów z PH.


title: Identyfikacja białka przeciwzapalnego z Faecalibacterium prausnitzii, bakterii komensalnej z niedoborem w chorobie Leśniowskiego-Crohna.

text: TŁO Dysbioza związana z chorobą Crohna (CD) charakteryzuje się utratą Faecalibacterium prausnitzii, którego supernatant hodowli wywiera działanie przeciwzapalne zarówno in vitro, jak i in vivo. Jednak chemiczny charakter związków przeciwzapalnych nie został jeszcze określony. METODY Do supernatantu F. prausnitzii zastosowano analizę peptydomiczną za pomocą spektrometrii masowej. Działanie przeciwzapalne zidentyfikowanych peptydów badano in vitro bezpośrednio na liniach komórek nabłonka jelitowego oraz na liniach komórkowych transfekowanych konstrukcją plazmidu kodującą białko kandydujące obejmujące te peptydy. In vivo cDNA białka kandydującego zostało dostarczone do jelit przez rekombinowane bakterie kwasu mlekowego, aby zapobiec zapaleniu okrężnicy wywołanemu kwasem dinitrobenzenosulfonowym (DNBS) u myszy. WYNIKI Siedem peptydów, zidentyfikowanych w supernatantach hodowli F. prausnitzii, pochodzi z pojedynczej drobnoustrojowej cząsteczki przeciwzapalnej (MAM), białka o masie 15 kDa i zawierającej 53% reszt niepolarnych. Ta ostatnia cecha uniemożliwiła bezpośrednią charakterystykę domniemanego działania przeciwzapalnego peptydów pochodzących z MAM. Transfekcja cDNA MAM w komórkach nabłonkowych doprowadziła do znacznego zmniejszenia aktywacji szlaku czynnika jądrowego (NF)-κB z efektem zależnym od dawki. Wreszcie, zastosowanie bakterii spożywczej Lactococcus lactis, dostarczającej plazmid kodujący MAM, było w stanie złagodzić zapalenie okrężnicy wywołane DNBS u myszy. WNIOSKI Białko 15 kDa o właściwościach przeciwzapalnych jest produkowane przez F. prausnitzii, bakterię komensalną zaangażowaną w patogenezę CD. Białko to jest w stanie hamować szlak NF-κB w komórkach nabłonka jelit i zapobiegać zapaleniu okrężnicy w modelu zwierzęcym.


title: Sygnalizacja zależna od molekuły 1 od czujnika magazynowania wapnia odgrywa ważną rolę we wzroście, migracji i angiogenezie raka szyjki macicy.

text: Wejście Ca(2+) obsługiwane przez magazyn (SOCE) jest głównym mechanizmem wprowadzania Ca(2+) w komórkach niewzbudzalnych. Cząsteczka interakcji zrębowej 1 (STIM1) to czujnik Ca(2+) retikulum endoplazmatycznego, który wyzwala aktywację SOCE. Jednak rola STIM1 w regulacji progresji nowotworu pozostaje kontrowersyjna, a jej znaczenie kliniczne nie jest jasne. Tutaj pokazujemy, że sygnalizacja zależna od STIM1 jest ważna dla proliferacji, migracji i angiogenezy komórek raka szyjki macicy. Nadekspresja STIM1 w tkance nowotworowej występuje w 71% przypadków raka szyjki macicy we wczesnym stadium. W tkankach nowotworowych poziom ekspresji STIM1 jest istotnie związany z ryzykiem przerzutów i przeżycia. Stymulowana przez EGF migracja komórek rakowych wymaga ekspresji STIM1, a EGF zwiększa interakcję między STIM1 i Orai1 w obszarach przybłonowych, a tym samym indukuje napływ Ca(2+). STIM1 obejmuje aktywację regulowanej przez Ca(2+) proteazy calpain, a także regulowanej Ca(2+) kinazy cytoplazmatycznej Pyk2, które regulują dynamikę ogniskowo-adhezyjnej migrujących komórek raka szyjki macicy. Ze względu na wzrost poziomu białka p21 i spadek poziomu białka Cdc25C, wyciszanie STIM1 w komórkach raka szyjki macicy znacząco hamuje proliferację komórek poprzez zatrzymanie cyklu komórkowego w fazach S i G2/M. STIM1 reguluje również produkcję VEGF w komórkach raka szyjki macicy. Ingerencja w ekspresję STIM1 lub blokada aktywności SOCE hamuje angiogenezę i wzrost guza w modelach zwierzęcych, potwierdzając kluczową rolę napływu Ca(2+) za pośrednictwem STIM1 w pogarszaniu rozwoju nowotworu in vivo. Wyniki te sprawiają, że sygnalizacja zależna od STIM1 jest atrakcyjnym celem interwencji terapeutycznej.


title: Studium wykonalności dla randomizowanego kontrolowanego badania nad pozytywną interwencją w zakresie radzenia sobie z radzeniem, nową techniką wspomagającą w przypadku poronień nawracających

text: WPROWADZENIE Poronienie nawracające (RM) rozpoznaje się, gdy kobieta miała trzy lub więcej poronień. Podwyższony poziom stresu i niepokoju jest powszechny w okresie oczekiwania na kolejne ciąże, stanowiąc poważne zagrożenie dla dobrostanu psychicznego. Jednak dla tych kobiet dostępne jest tylko ograniczone wsparcie i terapia, a wiele z nich pozostaje samotnie. Pozytywna Reappraisal Coping Intervention (PRCI) to nowatorska samodzielna technika wspomagająca, która okazała się skuteczna u pacjentów oczekujących na wynik leczenia zapłodnienia pozaustrojowego. Podstawowym celem tego badania jest ocena wykonalności i skuteczności PRCI w poprawie jakości życia w trudnym okresie oczekiwania, jaki znoszą kobiety z poprzednią RM, zanim będzie można potwierdzić trwającą ciążę. METODY I ANALIZA Badanie wykonalności randomizowanego kontrolowanego badania klinicznego (RCT) ustali wykonalność przeprowadzenia wieloośrodkowego RCT w celu ostatecznego przetestowania wpływu PRCI na samopoczucie psychiczne kobiet, które doświadczyły RM w początkowym okresie oczekiwania na kolejną ciążę . Drugi składnik składa się z jakościowej oceny procesu badającej początkowe doświadczenia ciąży po powtarzających się poronieniach. Uczestnicy (n=50) zostaną przydzieleni losowo do jednej z dwóch grup. Grupa interwencyjna PRCI otrzyma kartę PRCI i cotygodniowe kwestionariusze, aby ocenić ich samopoczucie psychiczne w okresie oczekiwania na nową ciążę. Grupa nieinterwencyjna zostanie poproszona o wypełnienie tych samych cotygodniowych kwestionariuszy. Jakościowa analiza procesu będzie wykorzystywała częściowo ustrukturyzowane wywiady (n=20), aby zająć się istotnymi aspektami celów badania. ETYKA I ROZPOWSZECHNIANIE Zatwierdzenie w zakresie etyki uzyskano od National Research Ethics Service Committee South Central-Hampshire A. Uczestniczące ośrodki udzieliły zgody na badania i rozwój Narodowej Służby Zdrowia. Wyniki badań będą rozpowszechniane za pośrednictwem recenzowanych czasopism naukowych, konferencji krajowych i międzynarodowych oraz grup użytkowników nieprofesjonalnych. NUMER REJESTRACJI PRÓBNEJ ISRCTN43571276. Niniejsze badanie zostało zarejestrowane w ISRCTN 18.02.2014 po przyjęciu do portfolio Sieci Badań Klinicznych Wielkiej Brytanii (UKCRN). Rekrutacja pierwszego uczestnika nastąpiła 04.02.2014.


title: Raport z warsztatów National Heart, Lung and Blood Institute na temat lipoprotein(a) i chorób układu krążenia: ostatnie postępy i przyszłe kierunki.

text: Szacuje się, że około 37% populacji USA, która jest obarczona wysokim ryzykiem rozwoju choroby wieńcowej (CAD), na podstawie wytycznych Narodowego Programu Edukacji Cholesterolowej, ma podwyższony poziom lipoprotein(a) w osoczu [Lp(a)], podczas gdy Lp(a) wzrasta tylko u 14% osób uznanych za osoby o niskim ryzyku. W związku z tym wyraźnie widać znaczenie lepszego zrozumienia względnego udziału Lp(a) w obciążeniu ryzykiem CAD i innych postaci chorób naczyń, a także mechanizmów leżących u ich podstaw. Jednak strukturalna złożoność i niejednorodność wielkości Lp(a) utrudniły opracowanie testów immunologicznych do dokładnego pomiaru stężeń Lp(a) w osoczu. Duża zmienność międzymetodowa wartości Lp(a) utrudnia porównywanie danych z różnych badań klinicznych i uzyskanie jednolitej interpretacji danych klinicznych. Niedawno Narodowy Instytut Serca, Płuc i Krwi (NHLBI) zwołał warsztaty, aby ocenić nasze obecne zrozumienie Lp(a) jako czynnika ryzyka zaburzeń miażdżycowych; określić, w jaki sposób można by zaprojektować przyszłe badania, aby wyraźniej określić zakres i mechanizmy udziału Lp(a) w tych procesach; oraz przedstawienie wyników wspieranego przez NHLBI programu oceny i standaryzacji testów immunologicznych Lp(a). Raport zawiera najnowsze dane przedstawione przez uczestników warsztatów oraz wynikające z nich rekomendacje praktyczne i badawcze.


title: Klasyfikacja, funkcje i znaczenie kliniczne pęcherzyków zewnątrzkomórkowych.

text: Zarówno komórki eukariotyczne, jak i prokariotyczne uwalniają do swojego środowiska małe pęcherzyki zawierające fosfolipidy. Dlaczego komórki uwalniają pęcherzyki? Wstępne badania wykazały, że pęcherzyki eukariotyczne są wykorzystywane do usuwania przestarzałych cząsteczek komórkowych. Chociaż to uwalnianie pęcherzyków jest korzystne dla komórki, pęcherzyki mogą również stanowić zagrożenie dla ich środowiska, na przykład we krwi, gdzie pęcherzyki mogą zapewnić koagulację powierzchniową. Coraz więcej dowodów wskazuje na to, że pęcherzyki są pojemnikami ładunkowymi wykorzystywanymi przez komórki eukariotyczne do wymiany biomolekuł jako receptorów transbłonowych i informacji genetycznej. Ponieważ również bakterie komunikują się ze sobą za pośrednictwem pęcherzyków zewnątrzkomórkowych, komunikacja międzykomórkowa za pośrednictwem nośników ładunku pozakomórkowego wydaje się być zachowana w całej ewolucji, a zatem pęcherzyki prawdopodobnie są wysoce wydajnym, solidnym i ekonomicznym sposobem wymiany informacji między komórkami. Ponadto pęcherzyki chronią komórki przed gromadzeniem się odpadów lub leków, przyczyniają się do fizjologii i patologii oraz mają niezliczone potencjalne zastosowania kliniczne, od biomarkerów po terapię przeciwnowotworową. Ponieważ pęcherzyki mogą przechodzić przez barierę krew-mózg, być może można je nawet uznać za naturalnie występujące liposomy. Niestety, szlaki uwalniania pęcherzyków i same pęcherzyki są również wykorzystywane przez nowotwory i choroby zakaźne do ułatwiania rozprzestrzeniania się i ucieczki spod nadzoru immunologicznego. W tym przeglądzie zostaną omówione różne typy, nazewnictwo, funkcje i znaczenie kliniczne pęcherzyków.


title: Szacowanie średniej próbki i odchylenia standardowego od wielkości próbki, mediany, zakresu i/lub zakresu międzykwartylowego

text: W przeglądach systematycznych i metaanalizach badacze często łączą wyniki średniej próby i odchylenia standardowego z zestawu podobnych badań klinicznych. Jednak w wielu próbach zastosowano medianę, wartości minimalne i maksymalne i/lub pierwszy i trzeci kwartyl. Stąd w celu połączenia wyników może być konieczne oszacowanie średniej próby i odchylenia standardowego dla takich prób. W niniejszym artykule proponujemy ulepszenie istniejącej literatury w kilku kierunkach. Po pierwsze, pokazujemy, że oszacowanie odchylenia standardowego próby w Hozo i in. (2005) ma poważne ograniczenia i zawsze jest mniej zadowalający w praktyce. Zainspirowani tym, proponujemy nową metodę estymacji poprzez uwzględnienie wielkości próby. Po drugie, systematycznie badamy problem szacowania średniej próby i odchylenia standardowego w bardziej ogólnych warunkach, w których dla prób dostępne są również pierwszy i trzeci kwartyl. Poprzez badania symulacyjne wykazujemy, że zaproponowane metody znacznie ulepszają istniejące metody i wzbogacają literaturę. Kończymy naszą pracę tabelą podsumowującą, która służy jako wyczerpujące wskazówki dotyczące przeprowadzania metaanalizy w różnych sytuacjach.


title: Białko fascyny ma kluczowe znaczenie dla transformacji inwazji indukowanej przez białko β i tworzenia filopodiów w wrzecionowatych komórkach nowotworowych.

text: Fascyna, białko wiążące aktynę, ulegające nadekspresji we wszystkich nowotworach, wiąże się ze złymi rokowaniami, krótszym czasem przeżycia i większą liczbą chorób przerzutowych. Uważa się, że fascyna ułatwia przerzuty guza poprzez promowanie tworzenia inwazyjnych wypukłości błony. Jednak mechanizmy nadekspresji fascyny w nowotworach nie są jasne. TGFβ jest cytokiną wydzielaną przez komórki nowotworowe i mezenchymalne i sprzyja przerzutom w wielu nowotworach w późnym stadium. Mechanizmy sprzyjające przerzutom TGFβ pozostają do pełnego wyjaśnienia. Tutaj wykazaliśmy, że TGFβ indukował ekspresję fascyny w komórkach nowotworowych o kształcie wrzeciona poprzez kanoniczny szlak zależny od Smad. Fascyna była krytyczna dla tworzenia filopodiów, migracji i inwazji na wrzecionowate komórki nowotworowe. Co ważniejsze, ekspresja fascyny istotnie koreluje z poziomami receptora I TGFβ1 i TGFβ w kohorcie próbek pierwotnego nowotworu sutka. Nasze wyniki wskazują, że podwyższony poziom TGFβ w mikrośrodowisku guza może być odpowiedzialny za nadekspresję fascyny w niektórych guzach przerzutowych. Nasze dane sugerują również, że fascyna może odgrywać kluczową rolę w promowanych przez TGFβ przerzutach nowotworu.


title: Wiek metylacji DNA tkanek ludzkich i typów komórek

text: TŁO Nie wiadomo jeszcze, czy poziomy metylacji DNA można wykorzystać do dokładnego przewidywania wieku w szerokim spektrum ludzkich tkanek i typów komórek, ani czy wynikowa prognoza wieku jest biologicznie znaczącą miarą. WYNIKI Opracowałem wielotkankowy predyktor wieku, który pozwala oszacować wiek metylacji DNA większości tkanek i typów komórek. Darmowy predyktor został opracowany przy użyciu 8000 próbek z 82 zestawów danych metylacji DNA firmy Illumina, obejmujących 51 zdrowych tkanek i typów komórek. Odkryłem, że wiek metylacji DNA ma następujące właściwości: po pierwsze, jest bliski zeru dla embrionalnych i indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych; po drugie, koreluje z liczbą pasaży komórkowych; po trzecie, daje początek wysoce dziedzicznej mierze przyspieszenia wieku; i po czwarte, ma zastosowanie do tkanek szympansów. Analiza 6000 próbek raka z 32 zestawów danych wykazała, że wszystkie z rozważanych 20 typów raka wykazują znaczne przyspieszenie wieku, ze średnią 36 lat. Niskie przyspieszenie wieku tkanki nowotworowej wiąże się z dużą liczbą mutacji somatycznych i mutacjami TP53, podczas gdy mutacje w receptorach steroidowych znacznie przyspieszają wiek metylacji DNA w raku piersi. Na koniec scharakteryzowałem 353 miejsca CpG, które razem tworzą zegar starzenia pod względem stanów chromatyny i wariancji tkankowej. WNIOSKI Proponuję, aby wiek metylacji DNA mierzył skumulowany efekt epigenetycznego systemu podtrzymującego. Ten nowatorski zegar epigenetyczny może być wykorzystany do odpowiedzi na wiele pytań dotyczących biologii rozwoju, badań nad rakiem i starzeniem się.


title: Badanie przesiewowe całego ciała MR naczyń wykrywa niepodejrzewane współistniejące choroby naczyń u pacjentów z chorobą niedokrwienną serca

text: Pacjenci z chorobą wieńcową serca (CHD) często wykazują miażdżycową chorobę naczyń w innych obszarach naczyniowych. Oceniliśmy, jak często obrazowanie MR całego ciała wykrywa współistniejące patologie tętnic u pacjentów z CHD i jak często te patologie nie były wcześniej znane pacjentom. Spośród 4814 uczestników populacyjnego badania Heinz Nixdorf Recall Study 327 zgłosiło CHD (tj. przebytą operację pomostowania tętnic wieńcowych, angioplastykę); Spośród nich 160 pacjentów (średnia wieku 66,4 lat) zostało przebadanych za pomocą MR mózgu, serca (z wyłączeniem tętnic wieńcowych) i angiografii MR całego ciała. Częstość występowania każdej patologii naczyniowej została oceniona, skorelowana z innymi i porównana z historią pacjentów. Spośród 160 pacjentów z CHD 16 (10%) wykazywało objawy udaru mózgu metodą MR, a 77 (48,1%) miało zwężenie >50% w co najmniej jednej pozamózgowej tętnicy obwodowej (innej niż tętnice wieńcowe), w tym 28 (17,5%) miało istotne zwężenia tętnicy nerkowej, a 20 (12,5%) z istotnymi zewnątrzmózgowymi zwężeniami tętnicy szyjnej wewnętrznej. Fałszywie ujemne historie odnotowano w 12 z 81 przypadków z zawałem mięśnia sercowego i w 11 z 16 przypadków z zawałem naczyniowo-mózgowym. Ten program badań przesiewowych MR całego ciała w kierunku miażdżycy pozwala na wykrycie nieznanej wcześniej współistniejącej choroby naczyń u pacjentów z chorobą wieńcową. Jego prospektywną wartość należy ocenić w dalszych badaniach.


title: Kluczowa rola poliubikwitynacji Ubc5 i lizyny-63 w aktywacji wirusa IRF3.

text: Mitochondrialne przeciwwirusowe białko sygnalizacyjne (MAVS; znane również jako IPS-1, VISA i CARDIF) jest niezbędne do wrodzonej odpowiedzi immunologicznej przeciwko wirusom RNA. MAVS przekazuje sygnały z cytozolowych receptorów podobnych do RIG-I, które wiążą się z wirusowymi RNA. Ale sposób, w jaki MAVS aktywuje dalsze czynniki transkrypcyjne, takie jak IRF3, w celu indukowania interferonów typu I, nie jest dobrze poznany. Stworzyliśmy system bezkomórkowy, w którym mitochondria pochodzące z komórek zakażonych wirusem aktywują IRF3 w cytozolu. Frakcjonowanie cytozolu doprowadziło do identyfikacji Ubc5 jako enzymu sprzęgającego ubikwitynę (E2) wymaganego do aktywacji IRF3. Stosując strategię indukowalnego RNAi, pokazujemy, że katalitycznie aktywne Ubc5 jest wymagane do aktywacji IRF3 przez infekcję wirusową. Aktywacja IRF3 wymaga również dwóch domen NEMO wiążących ubikwitynę. Ponadto pokazujemy, że zastąpienie endogennej ubikwityny jej mutantem K63R znosi wirusową aktywację IRF3, wykazując, że poliubikwitynacja K63 odgrywa kluczową rolę w aktywacji IRF3.


title: Profilowanie resztkowych nowotworów piersi po chemioterapii neoadiuwantowej identyfikuje niedobór DUSP4 jako mechanizm lekooporności

text: Chemioterapia neoadjuwantowa (NAC) wywołuje całkowitą odpowiedź patologiczną (pCR) u około 30% pacjentów z rakiem piersi. Jednak wielu pacjentów ma raka resztkowego po chemioterapii, co koreluje z wyższym ryzykiem nawrotu przerzutów i gorszym rokowaniem niż ci, którzy uzyskali pCR. Postawiliśmy hipotezę, że profilowanie molekularne nowotworów po NAC pozwoli zidentyfikować geny związane z lekoopornością. Cyfrowe zliczanie transkryptów wykorzystano do profilowania chirurgicznie wyciętych nowotworów piersi po NAC. Niskie stężenia fosfatazy białkowej 4 o podwójnej specyficzności (DUSP4), fosfatazy ERK, korelowały z wysoką proliferacją komórek nowotworowych po NAC i statusem raka sutka typu basal-like (BLBC). BLBC miał wyższą metylację promotora DUSP4 i wzorce ekspresji genów aktywacji szlaku Ras-ERK w porównaniu z innymi podtypami raka piersi. Nadekspresja DUSP4 zwiększyła apoptozę wywołaną chemioterapią, podczas gdy niedobór DUSP4 osłabił odpowiedź na chemioterapię. Zmniejszona ekspresja DUSP4 w guzach pierwotnych po NAC była związana z opornymi na leczenie wysokimi punktami Ki-67 i krótszym czasem przeżycia bez nawrotów. Wreszcie, hamowanie kinazy białkowej aktywowanej mitogenami (MEK) w synergii z leczeniem docetakselem w heteroprzeszczepach BLBC. Zatem regulacja w dół DUSP4 aktywuje szlak Ras-ERK w BLBC, powodując osłabioną odpowiedź na chemioterapię przeciwnowotworową.


title: Zachowania związane z wiekiem mają różne profile transkrypcyjne u Caenorhabditis elegans.

text: Odnotowano duże zainteresowanie identyfikacją potencjalnych biomarkerów starzenia. Biomarkery starzenia byłyby przydatne do przewidywania potencjalnych podatności na zagrożenia u osobnika, które mogą pojawić się na długo przed chronologicznym oczekiwaniem, ze względu na idiosynkratyczne tempo starzenia się, które występuje między osobnikami. Wcześniejsze próby identyfikacji biomarkerów starzenia często opierały się na porównaniach zwierząt długowiecznych z kontrolą typu dzikiego. Jednak efekt interwencji w układach modelowych, które przedłużają żywotność (takich jak mutacje pojedynczych genów lub ograniczenie kalorii) może być czasami trudny do zinterpretowania, ponieważ sama manipulacja ma wiele nieprzewidzianych konsekwencji dla fizjologii, niezwiązanych z samym starzeniem się. Poszukiwanie predykcyjnych biomarkerów starzenia jest zatem problematyczne, a identyfikacja wskaźników, które można wykorzystać do przewidywania wieku fizjologicznego lub chronologicznego, byłaby bardzo cenna. Jedną z metod stosowanych do identyfikacji biomarkerów wielu patologii jest profilowanie ekspresji genów. Tutaj przedstawiamy profile ekspresji całego genomu poszczególnych Caenorhabditis elegans typu dzikiego, obejmujące cały okres życia nicieni typu dzikiego. Poszczególne nicienie oceniano pod kątem fenotypów behawioralnych związanych z wiekiem lub przeżywalności, a następnie kojarzono z ich odpowiednimi profilami ekspresji genów. Ułatwiło to identyfikację profili transkrypcyjnych, które były silnie związane z wiekiem fizjologicznym lub chronologicznym. Ogólnie rzecz biorąc, nasze podejście służy jako paradygmat do identyfikacji potencjalnych biomarkerów starzenia się organizmów wyższych, z których można wielokrotnie pobierać próbki przez cały okres ich życia.


title: Synchronizacja dyfuzyjnie połączonych systemów nieliniowych: wyniki oparte na skurczach w odniesieniu do ogólnych norm

text: Teoria skurczu zapewnia elegancki sposób analizy zachowania niektórych nieliniowych układów dynamicznych. W niniejszym artykule omówimy zastosowanie kontrakcji do synchronizacji dyfuzyjnie połączonych składowych opisanych nieliniowymi równaniami różniczkowymi. Podajemy oszacowania zbieżności różnicy stanów między składowymi w przypadku grafów liniowych, pełnych i gwiaździstych oraz iloczynów kartezjańskich takich grafów. Opieramy nasze podejście na teorii skurczu, używając miar macierzowych wywodzących się z norm, które nie są indukowane przez iloczyny wewnętrzne. Normy takie są najbardziej odpowiednie w wielu zastosowaniach, ale dowody nie mogą opierać się na nierównościach macierzy liniowych podobnych do Lapunowa i należy wprowadzić różne techniki, takie jak użycie twierdzenia Perrona-Frobeniousa w przypadku norm L1 lub L∞.


title: GeneTrack — ramy do przetwarzania i wizualizacji danych genomicznych.

text: MOTYWACJA Wysokowydajne metodologie „ChIP-chip” i „ChIP-seq” generują wystarczająco duże zbiory danych, które sprawiają, że analiza stanowi poważne wyzwanie informatyczne, szczególnie dla grup badawczych dysponujących skromnym wsparciem obliczeniowym. Aby sprostać temu wyzwaniu, opracowaliśmy platformę oprogramowania do przechowywania, analizowania i wizualizacji danych wiązania całego genomu w wysokiej rozdzielczości. GeneTrack automatyzuje kilka etapów typowego procesu przetwarzania danych, w tym wygładzanie i wykrywanie szczytów, oraz ułatwia rozpowszechnianie wyników za pośrednictwem sieci. Nasze oprogramowanie jest dostępne bezpłatnie w środowisku Google Project Hosting pod adresem http://genetrack.googlecode.com


title: Wielomiejscowy optyczny zapis pobudliwości jelitowego układu nerwowego.

text: Do pomiaru dynamicznych zmian potencjałów transbłonowych (Vm) neuronów jelitowych świnki morskiej i myszy barwionych barwnikiem czułym na napięcie Di-8-ANEPPS zastosowano wielomiejscową technikę zapisu optycznego, składającą się z układu 464 fotodiod. Optyczne zapisy zmian Vm w neuronach jelitowych, które zostały wywołane przez depolaryzujące impulsy prądowe lub aktywację synaptyczną, odzwierciedlały zmiany Vm mierzone wewnątrzkomórkowo w tym samym neuronie. Potencjały czynnościowe wykazywały ułamkową zmianę fluorescencji wynoszącą -0,09 +/- 0,06%, a ich szczytowy poziom szumu wynosił 20 +/- 14% amplitudy potencjału czynnościowego. Zapisy optyczne po stymulacji elektrycznej międzyzwojowych nici nerwowych ujawniły powolne EPSP, nikotynergiczne nad- i podprogowe szybkie EPSP, a także propagację potencjałów czynnościowych wzdłuż międzyzwojowych nici. Miejscowe podanie acetylocholiny na pojedynczy zwój indukowało w sposób powtarzalny i zależny od dawki wyładowanie potencjału czynnościowego, co wskazuje na wykonalność badań neurofarmakologicznych. Mapowanie optyczne umożliwiło jednoczesne rejestrowanie potencjałów czynnościowych w dużej liczbie neuronów z wysoką rozdzielczością czasoprzestrzenną, nieosiągalną za pomocą konwencjonalnych technik. Technika ta stanowi potężne narzędzie do badania rozprzestrzeniania się pobudliwości w obwodach jelitowych i oceny zróżnicowanej aktywacji populacji jelitowych w odpowiedzi na szereg bodźców, które modulują aktywność neuronów bezpośrednio lub poprzez mechanizmy synaptyczne.


title: TRF1 i TRF2 związane z telomerem zatrzymują widełki replikacyjne w powtórzeniach telomerowych.

text: Telomery kręgowców składają się z tandemowych powtórzeń T2AG3 i powiązanych białek, w tym telomerowych białek wiążących DNA, TRF1 i TRF2. Zaproponowano, aby telomery przyjmowały dwa wzajemnie przełączalne stany, stan otwarty, który jest dostępny dla różnych czynników działających w układzie trans oraz stan zamknięty, który wyklucza te czynniki. Uważa się, że TRF1 i TRF2 sprzyjają tworzeniu stanu zamkniętego. Jednak niewiele wiadomo na temat wpływu tych dwóch stanów na replikację DNA. Przeanalizowaliśmy wpływ TRF1 i TRF2 na replikację telomeryczną zarówno in vitro, jak i in vivo. Wykorzystując system replikacji in vitro liniowego DNA SV40, odkryliśmy, że telomeryczne powtórzenia są słabą matrycą replikacyjną. Ponadto dodanie rekombinowanych TRF1 i TRF2 znacząco opóźniło progresję widełek replikacyjnych w powtórzeniach telomerowych. Gdy TRF1 ulegał nadekspresji w komórkach HeLa, akumulowały się komórki z zawartością 4N DNA. Ponadto analizy cytologiczne wykazały, że ognisko replikacji nakładało się na sygnały telomerowe ze znacznie większą częstotliwością w komórkach z nadekspresją TRF1 niż w komórkach kontrolnych. Wyniki sugerują, że TRF1 i TRF2 wywierają hamujący wpływ na progresję widełek replikacyjnych.


title: Margines białych krwinek w przepływie mikrokapilarnym.

text: Marginesy białych krwinek (WBC) względem ścian naczyń krwionośnych jest niezbędnym warunkiem ich skutecznej adhezji do śródbłonka naczyniowego. Przeprowadzamy symulacje numeryczne z dwuwymiarowym modelem przepływu krwi w celu zbadania zależności marginesu WBC od oddziaływań hydrodynamicznych komórek krwi ze ścianami naczyń, a także ich zbiorowego zachowania i odkształcalności. Uważamy, że margines WBC jest optymalny w pośrednich zakresach frakcji objętości krwinek czerwonych (RBC) i szybkości przepływu, podczas gdy poza tymi zakresami jest znacznie osłabiony. Agregacja RBC zwiększa margines WBC, podczas gdy odkształcalność WBC zmniejsza ją. Wyniki te są połączone w diagramy stanów, które identyfikują margines WBC dla szerokiego zakresu warunków przepływu i zawiesiny komórek.


title: Czas oczekiwania na leczenie raka płuc i wzrost guza.

text: Przedstawiamy jednoośrodkowy prospektywny audyt 29 chorych na raka płuca, którzy oczekiwali na radykalną (potencjalnie wyleczalną) radioterapię. Była to całkowita liczba oceniona jako nadająca się do radykalnego leczenia przez jednego konsultanta w 1999 roku. W czasie oceny byli oni nowo zdiagnozowani i zaawansowani za pomocą tomografii komputerowej (CT) klatki piersiowej. Przed rozpoczęciem leczenia wykonano tomografię komputerową w celu zaplanowania pól promieniowania. Zmierzyliśmy teraz rozmiar guza na skanach diagnostycznych i porównaliśmy go z rozmiarem na skanach planowania. Udokumentowaliśmy opóźnienie między diagnostyką a planowaniem skanowania CT oraz całkowity czas między pierwszą wizytą w szpitalu a rozpoczęciem leczenia. Dwóch pacjentów miało progresję objawów na liście oczekujących, co sprawiło, że nie nadawali się do radykalnego leczenia, a kolejnych czterech miało progresję guza podczas planowania CT, tak że objętość guza była zbyt duża do leczenia radykalnego. Dlatego 21% potencjalnie uleczalnych pacjentów stało się nieuleczalnymi na liście oczekujących. Opóźnienie między diagnostyką a planowaniem skanów CT wynosiło od 18 do 131 dni (mediana 54), przy czym w tym okresie wzrost wielkości guza w przekroju poprzecznym wynosił od zera do 373%. Opóźnienie między pierwszą wizytą w szpitalu a rozpoczęciem leczenia wynosiło 35-187 dni (mediana 94); między datą wniosku o radioterapię a datą rozpoczęcia leczenia wynosił 23-61 dni (mediana 44). Ograniczony dostęp do specjalistów jest najczęściej zaawansowaną przyczyną słabych wyników Wielkiej Brytanii w leczeniu raka płuc. Badanie to pokazuje, że nawet w przypadku wybranej mniejszości pacjentów, którzy mają skierowanie do specjalisty i są uznawani za odpowiednich do potencjalnie wyleczalnego leczenia, na wynik negatywnie wpływają czasy oczekiwania, które umożliwiają progresję nowotworu.


title: Funkcjonalne sprzężenie transkrypcji RNAP II do składania spliceosomu.

text: Ścieżka ekspresji genów u wyższych eukariontów obejmuje bardzo złożoną sieć interakcji fizycznych i funkcjonalnych między różnymi maszynami zaangażowanymi w każdy etap ścieżki. W tym miejscu stworzyliśmy wydajny system in vitro do określania, w jaki sposób transkrypcja polimerazy RNA II (RNAP II) jest funkcjonalnie sprzężona ze splicingiem pre-mRNA. Co uderzające, nasze dane pokazują, że powstający pre-messenger RNA (pre-mRNA) syntetyzowany przez RNAP II jest natychmiast i ilościowo kierowany na szlak składania spliceosomu. W przeciwieństwie do tego, powstający pre-mRNA syntetyzowany przez polimerazę RNA T7 jest ilościowo składany w niespecyficzny kompleks H, który składa się z heterogenicznych białek jądrowych rybonukleoproteiny (hnRNP) i hamuje składanie spliceosomów. W konsekwencji transkrypcja RNAP II powoduje dramatyczny wzrost zarówno kinetyki splicingu, jak i całkowitej wydajności poddanego splicingowi mRNA w porównaniu z obserwowanym dla transkrypcji T7. Doszliśmy do wniosku, że RNAP II pośredniczy w funkcjonalnym sprzężeniu transkrypcji ze splicingiem poprzez kierowanie powstającego pre-mRNA do składania spliceosomu, tym samym omijając oddziaływanie pre-mRNA z hamującymi białkami hnRNP.


title: Mikrodomeny wapnia tworzą się w obrębie neutrofili w synapsie neutrofil-komórka nowotworowa: rola w zależnej od przeciwciał apoptozie komórek docelowych

text: Wiadomości Ca2+ są szeroko ważne w transdukcji sygnału komórkowego. W komórkach odpornościowych sygnalizacja Ca2+ jest niezbędnym etapem wielu form aktywacji. Cytotoksyczność komórkowa zależna od przeciwciał neutrofilowych (ADCC) jest jedną z form aktywacji leukocytów, która odgrywa ważną rolę w zabijaniu komórek nowotworowych in vitro oraz w opiece nad pacjentem. Stosując metodologie fluorescencyjne, odkryliśmy, że neutrofile wykazują sygnały Ca2+ podczas ADCC skierowane przeciwko komórkom włókniakomięsaka sutka. Co ważne, sygnały te zostały zlokalizowane w mikrodomenach Ca2+ na styku neutrofil-komórka nowotworowa, gdzie wykazują cechy dynamiczne, takie jak ruch, fuzja i rozszczepienie. Sygnały te były blokowane przez wewnątrzkomórkowy bufor Ca2+ BAPTA. W synapsie neutrofil-komórka nowotworowa cytoplazma neutrofilów została wzbogacona w STIM1, kluczowy mediator sygnalizacji Ca2+, podczas gdy białka wiążące Ca2+, kalbindyna i parwalbumina, nie uległy zmianie. Nasze odkrycia sugerują, że mikrodomeny Ca2+ są wynikiem aktywnego procesu sygnalizacji. Ponieważ sygnały Ca2+ w neutrofilach były niezbędne do specyficznej apoptozy komórek nowotworowych, wskazuje się na centralną rolę mikrodomen w niszczeniu komórek nowotworowych za pośrednictwem leukocytów.


title: Inhibitory glikoproteiny płytkowej IIb/IIIa zmniejszają śmiertelność u pacjentów z cukrzycą i ostrymi zespołami wieńcowymi bez uniesienia odcinka ST.

text: TŁO Cukrzyca jest głównym czynnikiem ryzyka niekorzystnych wyników po ostrych zespołach wieńcowych (ACS). Ponieważ choroba ta może być związana ze zwiększoną agregacją płytek krwi, zbadaliśmy, czy pacjenci z cukrzycą i ACS odnoszą szczególne korzyści z hamowania receptora glikoproteiny płytkowej (GP) IIb/IIIa. METODY I WYNIKI Przeprowadziliśmy metaanalizę populacji chorych na cukrzycę włączonych do 6 wielkoskalowych badań ACS dotyczących inhibitorów płytek krwi GP IIb/IIIa: PRISM, PRISM-PLUS, PARAGON A, PARAGON B, PURSUIT i GUSTO IV. Wśród 6458 chorych na cukrzycę hamowanie płytek krwi GP IIb/IIIa wiązało się z istotnym zmniejszeniem śmiertelności po 30 dniach z 6,2% do 4,6% (OR 0,74; 95% CI 0,59 do 0,92; p=0,007). Odwrotnie, 23 072 pacjentów bez cukrzycy nie miało poprawy przeżycia (3,0% w porównaniu z 3,0%). Interakcja między hamowaniem płytek krwi GP IIb/IIIa a stanem cukrzycy była statystycznie istotna (P=0,036). Wśród 1279 chorych na cukrzycę poddawanych przezskórnej interwencji wieńcowej (PCI) w trakcie hospitalizacji wskaźnikowej zastosowanie tych leków wiązało się ze zmniejszeniem śmiertelności w ciągu 30 dni z 4,0% do 1,2% (OR 0,30; 95% CI 0,14 do 0,69; p=0,002) . WNIOSKI Ta metaanaliza, obejmująca całe doświadczenie w badaniach na dużą skalę, dotyczące dożylnych płytek krwi inhibitorów receptora GP IIb/IIIa w leczeniu OZW bez uniesienia odcinka ST, pokazuje, że leki te mogą znacząco zmniejszyć śmiertelność w ciągu 30 dni u pacjentów z cukrzycą . Chociaż nie jest to oparte na randomizowanej ocenie, wydaje się, że korzyści w zakresie przeżycia są większe u pacjentów poddawanych PCI. Dlatego u chorych na cukrzycę z OZW należy zdecydowanie rozważyć zastosowanie płytkowych inhibitorów receptora GP IIb/IIIa.


title: Cytotoksyczność indukowana niedoborem glukozy i zmiany w aktywacji kinazy białkowej aktywowanej mitogenami są pośredniczone przez stres oksydacyjny w wielolekoopornych komórkach ludzkiego raka sutka.

text: Wcześniej zaobserwowaliśmy, że pozbawienie glukozy indukuje śmierć komórek w wielolekoopornych ludzkich komórkach raka piersi (MCF-7/ADR). Jako kontynuację chcieliśmy przetestować hipotezę, że metaboliczny stres oksydacyjny jest procesem sprawczym lub przynajmniej łącznikiem między procesami sprawczymi za cytotoksycznością. W opisanych tu badaniach pokazujemy, że kinaza białkowa aktywowana mitogenem (MAPK) została aktywowana w ciągu 3 minut od przebywania w pożywce bez glukozy i pozostała aktywowana przez 3 godziny. Pozbawienie glukozy przez 2-4 godziny również powodowało stres oksydacyjny, o czym świadczy 3-krotnie większe stężenie utlenionego glutationu w stanie stacjonarnym i 3-krotny wzrost produkcji prooksydantów. Traktowanie glukozą i glutaminianem szybko stłumiło aktywację MAPK i uratowało komórki przed cytotoksycznością. Glutaminian i zmiatacz nadtlenków, pirogronian, uratowały komórki przed zabijaniem komórek, a także zahamowały produkcję prooksydantów. Ponadto przeciwutleniacz tiolowy, N-acetylo-L-cysteina, uratował komórki przed cytotoksycznością wywołaną niedoborem glukozy i zahamował aktywację MAPK. Wyniki te sugerują, że cytotoksyczność indukowana pozbawieniem glukozy i zmiany w transdukcji sygnału MAPK są pośredniczone przez stres oksydacyjny w MCF-7/ADR. Wyniki te wspierają również spekulację, że powszechny mechanizm cytotoksyczności indukowanej niedoborem glukozy w komórkach ssaków może obejmować metaboliczny stres oksydacyjny.


title: Strukturalna podstawa rekrutacji kinetochorowej kompleksu Ndc80 przez dwa różne receptory centromerowe.

text: Kompleks Ndc80 jest kluczowym elementem kinetochoru, wiążącym mikrotubule. W przeciwieństwie do dobrze scharakteryzowanej interakcji głowic Ndc80-Nuf2 z mikrotubulami, niewiele wiadomo na temat tego, jak heterodimer Spc24-25 łączy się z centromerową chromatyną. Tutaj przedstawiamy szczegóły molekularne Spc24-25 w kompleksie z białkiem histonowym Cnn1/CENP-T ilustrujące, jak to połączenie ostatecznie łączy mikrotubule z chromosomami. Konserwowany motyw receptora Ndc80 Cnn1 jest związany jako helisa α w hydrofobowej szczelinie na granicy między Spc24 i Spc25. Mutacje punktowe, które zakłócają interakcję Ndc80-Cnn1, również znoszą wiązanie z kompleksem Mtw1 i są śmiertelne u drożdży. Identyfikujemy motyw związany z Cnn1 w podjednostce Dsn1 kompleksu Mtw1, niezbędny do wiązania Ndc80 i niezbędny do wzrostu drożdży. Zastąpienie tego regionu peptydem Cnn1 przywraca żywotność, wykazując funkcjonalność modułu wiążącego Ndc80 w różnych kontekstach molekularnych. Wreszcie fosforylacja N-końca Cnn1 koordynuje wiązanie dwóch konkurujących ze sobą partnerów interakcji Ndc80. Razem, nasze dane dostarczają strukturalnego wglądu w modułowy mechanizm wiązania kompleksu Ndc80 dla jego rekruterów centromerowych.


title: Obwód sprzężenia zwrotnego między supresorami nowotworów INK4 ogranicza rozwój ludzkiego glejaka

text: Opracowaliśmy algorytm nieheurystycznego skanowania topografii genomu (GTS), aby scharakteryzować wzorce zmian genomowych w ludzkim glejaku (GBM), identyfikując częste kodelecje p18(INK4C) i p16(INK4A). Funkcjonalna rekonstytucja p18(INK4C) w komórkach GBM zerowa zarówno dla p16(INK4A), jak i p18(INK4C) skutkowała upośledzeniem progresji cyklu komórkowego i potencjałem rakotwórczym. Odwrotnie, deplecja p18(INK4C) za pośrednictwem RNAi w pierwotnych astrocytach z niedoborem p16(INK4A) lub ustalonych komórkach GBM wzmagała rakotwórczość in vitro i in vivo. Ponadto ostra supresja p16(INK4A) w pierwotnych astrocytach wywołała równoczesny wzrost p18(INK4C). Razem te odkrycia odkrywają obwód regulacyjny sprzężenia zwrotnego w linii astrocytów i demonstrują bona fide rolę supresora guza dla p18 (INK4C) w ludzkim GBM, gdzie działa on wspólnie z innymi członkami rodziny INK4 w celu ograniczenia niewłaściwej proliferacji.


title: Kompleks SMC5/6 utrzymuje długość telomerów w komórkach nowotworowych ALT poprzez SUMOilację białek wiążących telomery

text: Większość komórek nowotworowych aktywuje telomerazę w celu wydłużenia telomerów i osiągnięcia nieograniczonego potencjału replikacyjnego. Niektóre komórki nowotworowe nie mogą aktywować telomerazy i wykorzystują telomerową rekombinację homologiczną (HR) do wydłużania telomerów, mechanizm zwany alternatywnym wydłużaniem telomerów (ALT). Cechą charakterystyczną komórek ALT jest rekrutacja telomerów do ciał PML (zwanych APB). Tutaj pokazujemy, że kompleks SMC5/6 lokalizuje się w APB w komórkach ALT i jest wymagany do kierowania telomerów do APB. Ligaza MMS21 SUMO kompleksu SMC5/6 SUMOylizuje wiele białek wiążących telomery, w tym TRF1 i TRF2. Hamowanie SUMOilacji TRF1 lub TRF2 zapobiega tworzeniu się APB. Ubytek podjednostek SMC5/6 przez interferencję RNA hamuje telomer HR, powodując skrócenie telomerów i starzenie się w komórkach ALT. Zatem kompleks SMC5/6 ułatwia HR telomerów i wydłużanie w komórkach ALT poprzez promowanie tworzenia APB poprzez SUMOilację białek wiążących telomery.


title: Dynein wciąga mikrotubule bez obracania łodygi.

text: Dynein to silnik mikrotubul, który napędza ruchliwość rzęsek i wici. Istnieją dowody na to, że względne przesuwanie się mikrotubul dubletów jest spowodowane zmianą konformacyjną w domenie motorycznej, która przesuwa mikrotubulę związaną do końca rozszerzenia znanego jako łodyga. Dominujący model ruchu obejmuje obrót domeny głowy wraz z jej łodygą w kierunku plusa mikrotubuli. Jednak trudno było zaobserwować łodygi związane z mikrotubulami. Tutaj prezentujemy jak dotąd najczystsze widoki łodyg w akcji, obserwując jeżowce, cząsteczki dyneiny na zewnętrznym ramieniu, związane z mikrotubulami, za pomocą nowej metody, mikroskopii elektronowej „krio-dodatniego barwienia”. Wykazano, że cząsteczki dyneiny w kompleksie są aktywne w testach ruchliwości in vitro. Analiza mikrofotografii elektronowych pokazuje, że kąty łodyg względem mikrotubul nie zmieniają się znacząco między stanami ADP.wanadan i brak nukleotydów, ale głowy, wraz z łodygami, przesuwają się względem przyłączenia do rurki A. Nasze wyniki nie zgadzają się z modelami, w których łodyga działa jak ramię dźwigni wzmacniające zmiany strukturalne. Obserwowany ruch głowy i łodygi względem ogona wskazuje na nowy prawdopodobny mechanizm, w którym dyneina używa swojej łodygi jako haka, łapiąc podjednostkę tubuliny 8 mil do przodu i ciągnąc ją poprzez cofnięcie części ogona (linker). .


title: Kompleks remodelujący chromatynę INO80 w transkrypcji, replikacji i naprawie.

text: ATP-aza Ino80 jest członkiem rodziny ATPaz SNF2 i działa jako integralny składnik wielopodjednostkowego ATP-zależnego kompleksu przebudowy chromatyny. Chociaż kompleksy INO80 z drożdży i wyższych eukariontów mają wspólny rdzeń konserwatywnych podjednostek, kompleksy znacznie rozeszły się podczas ewolucji i nabyły nowe podjednostki o wyraźnie specyficznych gatunkowo funkcjach. Ostatnie badania wykazały, że kompleks INO80 uczestniczy w wielu różnych transakcjach jądrowych zależnych od chromatyny, w tym transkrypcji, naprawie i replikacji DNA.


title: VEX1 kontroluje wykluczenie alleliczne wymagane dla zmienności antygenowej w trypanosomach.

text: Wykluczenie alleli stanowi podstawę zmienności antygenowej i unikania odporności w afrykańskich trypanosomach. Te pasożyty krwiobiegu wykorzystują polimerazę RNA-I (pol-I) do transkrypcji tylko jednego telomerowego wariantu genu glikoproteiny powierzchniowej (VSG) na raz, wytwarzając obfite i przełączalne powłoki VSG. Zidentyfikowaliśmy trypanosomowe wykluczenie VSG-1 (VEX1) za pomocą genetycznego badania przesiewowego pod kątem defektów ekspresji wykluczającej telomery. VEX1 był sekwestrowany przez aktywny VSG, a wyciszanie innych VSG nie powiodło się, gdy VEX1 ulegał ekspresji ektopowej lub wyczerpaniu, co wskazuje odpowiednio na regulację dodatnią i ujemną. Pozytywna regulacja miała wpływ na VSG i nietelomerowe geny transkrybowane przez pol-I, podczas gdy regulacja ujemna dotyczyła przede wszystkim VSG. Negatywna regulacja przez VEX1 wpływała również na telomerowe konstrukty reporterowe transkrybowane przez pol-I, ale tylko wtedy, gdy zawierały bloki homologii dzielącej sekwencję z locus transkrybowanym przez pol-I. Wnioskujemy, że ograniczona pozytywna regulacja spowodowana sekwestracją VEX1, połączona z zależnym od VEX1, prawdopodobnie zależnym od homologii wyciszaniem, napędza mechanizm wykluczania alleli „zwycięzca bierze wszystko”.


title: Kruppel-podobny czynnik 2 (KLF2) reguluje różnicowanie i funkcje monocytów w zapaleniu stawów wywołanym mBSA i IL-1β.

text: Kruppel-podobny czynnik 2 (KLF2) odgrywa ważną rolę w regulacji różnych komórek odpornościowych, w tym monocytów. Wcześniej wykazaliśmy, że KLF2 hamuje prozapalną aktywację monocytów. Jednak rola KLF2 w zapaleniu stawów nie została jeszcze zbadana. W obecnym badaniu pokazujemy, że rekrutacja znacznie większej liczby zapalnych podzbiorów monocytów CD11b(+)F4/80(+)Ly6C+ do miejsc zapalnych u hemizygotycznych myszy KLF2 w porównaniu z kontrolami z tego samego miotu typu dzikiego. Równolegle, mediatory zapalne, MCP-1, Cox-2 i PAI-1 były znacząco podwyższone w monocytach pochodzących ze szpiku kostnego izolowanych od hemizygotycznych myszy KLF2, w porównaniu z kontrolami typu dzikiego. Zapalenie stawów indukowane metylowanym BSA i IL-1β było cięższe u hemizygotycznych myszy KLF2 w porównaniu z kontrolami typu dzikiego z tego samego miotu. Zgodnie z tą obserwacją, monocyty wyizolowane z hemizygotycznych myszy KLF2 wykazywały zwiększoną liczbę komórek dojrzałych i zróżnicowanych w kierunku linii osteoklastycznej, potencjalnie przyczyniając się do nasilenia uszkodzenia chrząstki i kości u myszy z indukowanym zapaleniem stawów. Ciężkość zapalenia stawów była związana z wyższą ekspresją białek, takich jak HSP60, HSP90 i MMP13 oraz obniżonymi poziomami cząsteczek pPTEN, p21, p38 i HSP25/27 w komórkach szpiku kostnego myszy hemizygotycznych z zapaleniem stawów KLF2 w porównaniu z kontrolami typu dzikiego z tego samego miotu. Dane dostarczają nowych informacji i dowodów na transkrypcyjną regulację zapalenia stawów za pośrednictwem KLF2 poprzez modulację różnicowania i funkcji monocytów.


title: Związek doświadczenia w piłce nożnej z uczelnią i wstrząsu mózgu z objętością hipokampa i wynikami poznawczymi.

text: ZNACZENIE Wstrząśnienie mózgu i wstrząsy podwstrząsowe są związane z krótkotrwałymi zaburzeniami funkcji poznawczych u sportowców szkolnych, ale istnieją ograniczone dane na temat ich długoterminowych konsekwencji neuroanatomicznych i poznawczych. CEL Ocena związku historii wstrząśnienia mózgu i lat doświadczenia piłkarskiego z objętością hipokampa i wydajnością poznawczą u sportowców z uczelni. PROJEKT, OTOCZENIE I UCZESTNICY Badanie przekrojowe przeprowadzone w okresie od czerwca 2011 r. do sierpnia 2013 r. w amerykańskim psychiatrycznym instytucie badawczym specjalizującym się w neuroobrazowaniu wśród kolegialnych piłkarzy z historią wstrząśnienia mózgu zdiagnozowanego przez lekarza (n = 25), kolegialnych piłkarzy bez historii wstrząśnienia mózgu (n = 25) oraz osoby z grupy kontrolnej, które nie grały w piłkę nożną, odpowiadały wiekowi, płci i wykształceniu (n = 25). EKSPOZYCJE Historia wstrząsu mózgu zdiagnozowanego przez lekarza i lata doświadczenia w piłce nożnej. GŁÓWNE WYNIKI I DZIAŁANIA Do ilościowego określenia objętości mózgu wykorzystano wysokiej rozdzielczości obrazowanie anatomicznego rezonansu magnetycznego. Do oceny funkcji poznawczych u sportowców wykorzystano wyniki wyjściowe skomputeryzowanej baterii poznawczej związanej z wstrząsem mózgu. WYNIKI Gracze z historią wstrząsu mózgu i bez niego mieli mniejsze objętości hipokampa w porównaniu ze zdrowymi uczestnikami z grupy kontrolnej (z wstrząsem mózgu: t48 = 7,58; P < 0,001; średnia różnica 1788 μl; 95% CI 1317-2258 μl; bez wstrząśnienia mózgu: t48 = 4,35; P < 0,001, średnia różnica 1027 µl; 95% CI, 556-1498 µl). Gracze z historią wstrząsu mózgu mieli mniejszą objętość hipokampa niż gracze bez wstrząsu mózgu (t48 = 3,15; P < 0,001; średnia różnica 761 µl; 95% CI, 280-1242 µl). W obu grupach sportowców wystąpiła statystycznie istotna odwrotna zależność między objętością lewego hipokampa a liczbą lat gry w piłkę nożną (t46 = -3,62; P <0,001; współczynnik = -43,54; 95% CI, -67,66 do -19,41). Testy behawioralne nie wykazały różnic między sportowcami z historią wstrząśnienia mózgu i bez w zakresie 5 pomiarów poznawczych, ale wykazały odwrotną korelację między latami gry w piłkę nożną a czasem reakcji (ρ42 = -0,43; 95% CI, -0,46 do -0,40; P = ). 005). WNIOSKI I ISTOTNOŚĆ W grupie kolegialnych sportowców piłkarskich istniała istotna odwrotna zależność między wstrząsem mózgu a latami gry w piłkę nożną z głośnością hipokampa. Lata doświadczenia w piłce nożnej korelowały również z wolniejszym czasem reakcji. Potrzebne są dalsze badania, aby określić relacje czasowe tych ustaleń.


title: STING i wrodzona odpowiedź immunologiczna na kwasy nukleinowe w cytozolu

text: Cytozolowe wykrywanie kwasów nukleinowych pochodzących od patogenów ma kluczowe znaczenie dla inicjacji wrodzonej obrony immunologicznej przed różnymi patogenami bakteryjnymi, wirusowymi i eukariotycznymi. Odwrotnie, nieodpowiednie odpowiedzi na cytozolowe kwasy nukleinowe mogą powodować ciężką patologię autoimmunologiczną. Białko gospodarza STING zostało zidentyfikowane jako centralna cząsteczka sygnałowa we wrodzonej odpowiedzi immunologicznej na cytozolowe kwasy nukleinowe. STING wydaje się mieć szczególne znaczenie dla odpowiedzi na cytozolowy DNA i unikalne bakteryjne kwasy nukleinowe zwane "cyklicznymi dinukleotydami". Tutaj omawiamy postępy w zrozumieniu STING i podkreślamy wiele nierozwiązanych problemów w tej dziedzinie.


title: Globalna ocena regionów genomowych wymaganych do wzrostu Mycobacterium tuberculosis

text: Identyfikacja elementów genomowych wymaganych do żywotności ma kluczowe znaczenie dla naszego zrozumienia podstawowej fizjologii patogenów bakteryjnych. Ostatnio połączenie mutagenezy o wysokiej gęstości i głębokiego sekwencjonowania pozwoliło na identyfikację wymaganych i warunkowo wymaganych genów u wielu bakterii. Geny stanowią jednak tylko część złożonych genomów ważnych patogenów bakteryjnych. Tutaj używamy bezstronnej analizy, aby kompleksowo zidentyfikować regiony genomowe, w tym geny, domeny i elementy międzygenowe, wymagane do optymalnego wzrostu Mycobacterium tuberculosis, głównego globalnego patogenu zdrowotnego. Odkryliśmy, że kilka białek łącznie zawiera obie domeny wymagane do optymalnego wzrostu i domeny, które są zbędne. Ponadto wiele niekodujących regionów, w tym elementy regulatorowe i niekodujące RNA, ma kluczowe znaczenie dla wzrostu prątków. Nasza analiza pokazuje, że wymagania genetyczne dla wzrostu są bardziej złożone, niż można to ocenić za pomocą analizy genocentrycznej.


title: Wzrost guza zależny od cyklooksygenazy poprzez unikanie odporności

text: Mechanizmy, dzięki którym czerniak i inne komórki nowotworowe unikają odporności przeciwnowotworowej, pozostają nie do końca poznane. Tutaj pokazujemy, że wzrost guzów utworzonych przez zmutowane komórki mysiego czerniaka Braf(V600E) w immunokompetentnym gospodarzu wymaga ich produkcji prostaglandyny E2, która tłumi odporność i napędza zapalenie sprzyjające nowotworom. Genetyczna ablacja cyklooksygenaz (COX) lub syntaz prostaglandyny E w komórkach czerniaka myszy Braf(V600E), jak również w czerniaku Nras(G12D) lub w komórkach raka piersi lub jelita grubego, czyni je podatnymi na kontrolę immunologiczną i prowokuje zmianę guza profil zapalny w kierunku klasycznych przeciwnowotworowych szlaków immunologicznych. Ta sygnatura zapalna zależna od COX u myszy jest niezwykle zachowana w biopsjach ludzkiego czerniaka skóry, co przemawia za aktywnością COX jako czynnikiem hamującym immunosupresję u różnych gatunków. Dane przedkliniczne wykazują, że hamowanie COX współdziała z blokadą anty-PD-1 w indukowaniu eradykacji guzów, co sugeruje, że inhibitory COX mogą być użytecznymi adiuwantami w terapiach immunologicznych u pacjentów z nowotworami.


title: Przeciwciało monoklonalne przeciw alfa-integrynie, intetumumab, zwiększa skuteczność radioterapii i zmniejsza przerzuty ludzkich heteroprzeszczepów raka u nagich szczurów.

text: Wcześniej informowaliśmy, że intetumumab (CNTO 95), w pełni ludzkie przeciwciało monoklonalne przeciwko integrynie αv, jest radiosensybilizatorem u myszy z nowotworami heteroprzeszczepu. Ponieważ intetumumab nie reaguje krzyżowo z integrynami mysimi, ale reaguje krzyżowo z integrynami szczura, następnie zbadaliśmy potencjalne łączne zastosowanie radioterapii i intetumumabu w modelach heteroprzeszczepu ludzkiego raka u nagich szczurów, aby ocenić wpływ zarówno na komórki nowotworowe, jak i na nowotwór. mikrośrodowisko. Nagie szczury z ludzkim rakiem głowy i szyi oraz heteroprzeszczepami niedrobnokomórkowego raka płuca (NSCLC) leczono intetumumabem i frakcjonowaną lokalną radioterapią nowotworu. Zbadano wpływ na wzrost guza i przerzuty, perfuzję krwi, utlenowanie i toksyczność żołądkowo-jelitową. Sam intetumumab miał umiarkowany wpływ na wzrost guza. W połączeniu z frakcjonowaną radioterapią intetumumab znacząco hamował wzrost guza i powodował, że wskaźnik odpowiedzi guza był znacznie lepszy niż w przypadku samej radioterapii. Leczenie intetumumabem również znacząco zmniejszyło przerzuty do płuc w modelu heteroprzeszczepu A549 NSCLC. Utlenienie i perfuzja krwi w guzach ksenograftów mierzone za pomocą obrazowania ultrasonograficznego z użyciem mikropęcherzyków były znacznie zwiększone po leczeniu intetumumabem. Połączone zastosowanie intetumumabu i radioterapii zmniejszyło gęstość mikronaczyń i zwiększyło apoptozę w komórkach nowotworowych i mikrośrodowisku guza. Badania toksyczności wykazały, że leczenie intetumumabem nie powodowało zmian histopatologicznych w płucach i nie uwrażliwiało wrażliwego nabłonka przewodu pokarmowego na działanie radioterapii. Intetumumab może nasilać skuteczność frakcjonowanej radioterapii w ludzkich nowotworach heteroprzeszczepów raka u nagich szczurów bez zwiększonej toksyczności.


title: Trajektorie metylomiczne w rozwoju mózgu płodu ludzkiego.

text: Procesy epigenetyczne odgrywają kluczową rolę w koordynowaniu regulacji transkrypcji podczas rozwoju. Znaczenie metylacji DNA w rozwoju mózgu płodu podkreśla dynamiczna ekspresja metylotransferaz DNA de novo w okresie okołoporodowym oraz deficyty neurorozwojowe związane z mutacjami w genie białka wiążącego metylo-CpG 2 (MECP2). Jednak nasza wiedza na temat zmian czasowych epigenomu podczas rozwoju mózgu płodu była jak dotąd ograniczona. Określiliśmy ilościowo wzorce metylacji DNA w całym genomie w około 400 000 miejscach w 179 próbkach mózgu ludzkiego płodu (100 mężczyzn, 79 kobiet) obejmujących 23 do 184 dni po zapłodnieniu. Zidentyfikowaliśmy bardzo znaczące zmiany w metylacji DNA w rozwoju mózgu płodu w >7% miejsc, ze wzbogaceniem loci, które ulegają hipometylacji wraz z wiekiem płodu. Miejsca związane ze zmianami rozwojowymi w metylacji DNA podczas rozwoju mózgu płodu były znacznie niedostatecznie reprezentowane w regionach regulatorowych promotora, ale znacznie nadreprezentowane w regionach otaczających wyspy CpG (wybrzeże i półki) i ciała genów. Wysoce znaczące różnice w metylacji DNA zaobserwowano między mężczyznami i kobietami w wielu miejscach autosomalnych, z niewielką liczbą regionów wykazujących specyficzne dla płci trajektorie metylacji DNA w całym rozwoju mózgu. Analiza sieci ważonej kometylacji genów (WGCNA) ujawniła dyskretne moduły skometylowanych loci związanych z wiekiem płodu, które są znacząco wzbogacone o geny zaangażowane w procesy neurorozwojowe. Według naszej wiedzy jest to jak dotąd najbardziej obszerne badanie metylacji DNA w rozwoju ludzkiego mózgu płodowego, potwierdzające okres prenatalny jako czas znacznej plastyczności epigenomicznej.


title: Synaptyczne wyznaczniki zespołu Retta

text: Coraz więcej dowodów wskazuje na to, że strukturalna i molekularna organizacja połączeń synaptycznych jest zaburzona zarówno u pacjentów ludzkich, jak iw zwierzęcych modelach chorób neurologicznych i psychiatrycznych. W wyniku tych eksperymentalnych obserwacji wprowadzono pojęcie synapsopatii, pojęcia opisującego zaburzenia funkcji synaptycznej i plastyczności mózgu. Ścisła korelacja między chorobami neurologicznymi a nieprawidłowościami synaptycznymi jest szczególnie istotna w przypadku tych zespołów obejmujących również upośledzenie umysłowe w ich symptomatologii, takie jak zespół Retta (RS). RS (MIM312750) to związane z chromosomem X dominujące zaburzenie neurologiczne, które w większości przypadków jest spowodowane mutacjami w białku wiążącym metylo-CpG 2 (MeCP2). Niniejszy przegląd skupi się na aktualnej wiedzy na temat zmian synaptycznych wytwarzanych przez mutacje genu MeCP2 w mysich modelach RS i zwróci uwagę na potencjalne obecnie stosowane eksperymentalne terapie. Różne podejścia eksperymentalne wykazały, że RS może być konsekwencją upośledzenia homeostazy transmisji synaptycznej w określonych obszarach mózgu. Rzeczywiście, kilka form indukowanej doświadczeniem plastyczności neuronalnej jest osłabionych przy braku MeCP2. Na podstawie wyników przedstawionych w tym przeglądzie można zasugerować, że zrozumienie, w jaki sposób choroby takie jak RS wpływają na mózg, jest w zasięgu ręki. Ten wysiłek przybliży nas do identyfikacji neurobiologicznych podstaw ludzkiego poznania.


title: Objawy depresji i fizyczny spadek u osób starszych mieszkających w społeczności.

text: KONTEKST Znaczące objawy depresji są powszechne w starszej populacji mieszkającej w społeczności. Chociaż objawy depresji i niepełnosprawność mogą często występować u tej samej osoby, nie wyjaśniono, czy objawy depresji przyczyniają się do późniejszego pogorszenia funkcji. CEL Ustalenie, czy objawy depresji u osób starszych zwiększają ryzyko późniejszego pogorszenia sprawności fizycznej mierzonej obiektywnymi testami opartymi na wydajności. PROJEKT 4-letnie prospektywne badanie kohortowe. USTAWIENIE Społeczności hrabstw Iowa i Washington, Iowa. UCZESTNICY Łącznie 1286 osób w wieku 71 lat i starszych, które ukończyły krótką baterię testów sprawności fizycznej w 1988 roku i ponownie 4 lata później. GŁÓWNE MIARY EFEKTOWE Wyjściowe objawy depresyjne zostały ocenione za pomocą Skali Depresji Center for Epidemiological Studies. Testy sprawności fizycznej obejmowały ocenę równowagi w pozycji stojącej, chód w czasie 2,4 m (8 stóp) oraz test w czasie składający się z 5 powtórzeń wstawania z krzesła i siadania. WYNIKI Po dostosowaniu do wyjściowego wyniku wydolności, stanu zdrowia i czynników socjodemograficznych, wzrastający poziom objawów depresji był predyktorem większego spadku sprawności fizycznej w ciągu 4 lat (iloraz szans dla spadku u osób z obniżonym nastrojem w porównaniu z osobami bez, 1,55; 95% pewność przedział [CI], 1,02-2,34). Nawet wśród osób z górnego końca spektrum czynnościowego, które nie zgłaszały niepełnosprawności, nasilenie objawów depresji przewidywało dalszy spadek sprawności fizycznej (iloraz szans na spadek 1,03; 95% CI 1,00-1,08). WNIOSKI Badanie to dostarcza dowodów na to, że osoby starsze, które zgłaszają objawy depresji, są bardziej narażone na późniejszy spadek sprawności fizycznej. Wyniki te sugerują, że zapobieganie lub obniżanie nastroju depresyjnego może odgrywać rolę w zmniejszaniu pogorszenia czynności u osób starszych.


title: Białka Foxk hamują inicjację programów atrofii i autofagii wywołanych głodem

text: Autofagia to podstawowy proces kataboliczny uruchamiany w odpowiedzi na głód. Chociaż regulacja autofagiczna w kompartmencie cytozolowym jest dobrze poznana, staje się jasne, że zdarzenia jądrowe regulują również indukcję lub represję autofagii. Niemniej jednak brakuje dokładnego zrozumienia mechanizmów, za pomocą których czynniki transkrypcyjne specyficzne dla sekwencji modulują ekspresję genów wymaganych do autofagii. Tutaj identyfikujemy białka Foxk (Foxk1 i Foxk2) jako represory transkrypcji autofagii w komórkach mięśniowych i fibroblastach. Co ciekawe, Foxk1/2 służy do zrównoważenia innego czynnika transkrypcyjnego widełkowego, Foxo3, który indukuje nakładający się zestaw celów autofagicznych i atroficznych w mięśniach. Foxk1/2 specyficznie rekrutuje kompleksy Sin3A-HDAC w celu ograniczenia acetylacji histonu H4 i ekspresji krytycznych genów autofagii. Co ciekawe, mTOR promuje aktywność transkrypcyjną Foxk1, ułatwiając wejście do jądra, aby specyficznie ograniczyć podstawowe poziomy autofagii w warunkach bogatych w składniki odżywcze. Nasze badanie podkreśla starożytny, konserwatywny mechanizm, w którym stan odżywienia jest interpretowany przez mTOR w celu ograniczenia autofagii poprzez tłumienie podstawowych genów autofagii poprzez kontrolę transkrypcyjną za pośrednictwem Foxk-Sin3.


title: Receptory PRRSV i ich rola w infekcji wirusowej

text: Wirus zespołu rozrodczo-oddechowego świń (PRRSV) ma ograniczony tropizm komórkowy i woli atakować dobrze zróżnicowane komórki linii monocytów/makrofagów, takie jak makrofagi pęcherzyków płucnych i linia komórkowa nerki małpy zielonej afrykańskiej MA-104 i jej pochodne, takie jak Marc-145, Vero i CL-2621. Infekcja PRRSV komórek gospodarza jest w rzeczywistości procesem endocytozy i replikacji za pośrednictwem receptora. Obecność i brak receptorów komórkowych decyduje o tym, czy linie komórkowe są permisywne, czy nie pozwalają na infekcję PRRSV. Wykazano, że kilka niepermisywnych linii komórkowych PRRSV, takich jak BHK-21, PK-15 i CHO-K1, staje się wrażliwych na infekcję wirusową po ekspresji rekombinowanych białek receptorowych. Do tej pory siarczan heparyny, sialoadhezyna, CD163, CD151 i wimentyna były identyfikowane jako ważne receptory PRRSV poprzez ich udział w przyłączaniu, internalizacji lub odsłanianiu wirusa. Każdy receptor charakteryzuje się rozmieszczeniem w różnych komórkach, funkcją w różnych stadiach infekcji wirusa oraz modelem interakcji z białkami lub genami wirusa. Wspólne siły receptorów w ostatnim czasie przyciągają uwagę ze względu na specyficzną funkcję. Receptory PRRSV stały się celem projektowania nowych odczynników przeciwwirusowych lub rekombinowanych linii komórkowych stosowanych do izolowania wirusów lub opracowywania bardziej skutecznych szczepionek ze względu na ich bardziej konserwatywne sekwencje w porównaniu ze zmiennością genetyczną wirusa. W pracy dokonano przeglądu roli receptorów PRRSV oraz molekularnego mechanizmu oddziaływania wirusa z receptorami.


title: Analiza kinetyczna ujawnia los mikroRNA po regulacji docelowej w komórkach ssaków

text: Odkryto wiele szczegółów dotyczących biogenezy i regulacji mikroRNA (miRNA), ale niewiele wiadomo na temat losu miRNA po regulacji docelowej. Aby uzyskać wgląd w ten proces, przeprowadziliśmy analizę kinetyczną obrotu miRNA po zakończeniu jego biogenezy i podczas regulacji celu, który nie podlega cięciu katalitycznemu za pośrednictwem Ago2. Ilościowo określając liczbę cząsteczek miRNA i jego celu w stanie ustalonym i w trakcie jego rozpadu, odkryliśmy, że każda cząsteczka miRNA była w stanie regulować co najmniej dwa docelowe transkrypty, dostarczając dowodów in vivo, że miRNA nie jest nieodwracalnie sekwestrowany z jego celem i że nie-slicingowa ścieżka regulacji miRNA jest wielokrotnym obrotem. Korzystając z głębokiego sekwencjonowania, pokazujemy ponadto, że recykling miRNA jest ograniczony przez regulację docelową, która promuje potranskrypcyjne modyfikacje końca 3' miRNA i przyspiesza tempo rozpadu miRNA. Badania te dostarczają nowych informacji na temat skuteczności regulacji miRNA, które pomagają wyjaśnić, w jaki sposób miRNA może regulować ogromną liczbę transkryptów, oraz identyfikują jeden z mechanizmów nadających specyficzność rozpadowi miRNA w komórkach ssaków.


title: Ocena zawartości jądrowego DNA w roślinach za pomocą cytometrii przepływowej

text: Cytometria przepływowa (FCM) przy użyciu fluorochromów selektywnych względem DNA jest obecnie dominującą metodą pomiaru zawartości jądrowego DNA w roślinach. Łatwość przygotowania próbki i wysoka przepustowość próbki sprawiają, że ogólnie lepiej nadaje się niż inne metody, takie jak densytometria Feulgena, do oszacowania wielkości genomu, poziomu poliploidalności generatywnej, stanu replikacji jądrowej i endopoliploidalności (polisomaty). Tutaj przedstawiamy cztery protokoły przygotowania próbki (zawiesiny nienaruszonych jąder komórkowych) i opisujemy analizę ilości jądrowego DNA przy użyciu FCM. Bierzemy pod uwagę niezbędne chemikalia i sprzęt, proces pomiaru, analizę danych i opisujemy najczęstsze problemy napotykane z materiałem roślinnym, takie jak interferencja metabolitów wtórnych. Omówiono cel i wymóg normalizacji wewnętrznej i zewnętrznej. Podkreślono znaczenie używania prawidłowej terminologii dla ilości DNA i rozmiaru genomu oraz wyjaśniono jego podstawowe zasady.


title: Wartość prognostyczna markerów resorpcji i tworzenia kości u pacjentów onkologicznych z przerzutami do kości otrzymujących bisfosfonian kwasu zoledronowego.

text: CEL Trzy duże, randomizowane badania z udziałem pacjentów z przerzutami do kości wykazały niedawno, że kwas zoledronowy zmniejsza ryzyko zdarzeń związanych z układem kostnym. Badania te dają możliwość zbadania korelacji między metabolizmem kości a wynikami klinicznymi leczenia bisfosfonianami. PACJENCI I METODY Pomiary stężenia N-telopeptydu (Ntx) i fosfatazy alkalicznej w surowicy kości (BAP) w moczu uzyskano u 1824 pacjentów leczonych bisfosfonianami-1462 z kwasem zoledronowym (piersi 490; prostata 411; szpiczak 210; niedrobny komórki płuca, 183; inne, 168) i 362 z pamidronianem (piersi, 254; szpiczaka, 108). Ta eksploracyjna analiza kohortowa pogrupowała pacjentów według wartości wyjściowych i ostatnich poziomów Ntx jako niskie (<50 nmol/mmol kreatyniny), umiarkowane (50 do 99 nmol/mmol kreatyniny) lub wysokie (> lub = 100 nmol/mmol kreatyniny) oraz BAP jako niski (< 146 U/L) lub wysoki (> lub = 146 U/L). Względne ryzyko negatywnych wyników klinicznych oszacowano dla każdej grupy przy użyciu modeli wielokrotnych zdarzeń i regresji Coxa ze zmiennymi towarzyszącymi zmieniającymi się w czasie. WYNIKI Pacjenci z wysokimi i umiarkowanymi poziomami Ntx mieli 2-krotny wzrost ryzyka powikłań kostnych i progresji choroby w porównaniu z pacjentami z niskimi poziomami Ntx (p < 0,001 dla wszystkich). Wysokie poziomy Ntx w każdej kategorii guzów litych wiązały się z 4- do 6-krotnie zwiększonym ryzykiem zgonu w badaniu, a umiarkowane poziomy Ntx z 2- do 4-krotnie większym ryzykiem w porównaniu z niskimi poziomami Ntx (P < 0,001 dla wszystkich ). Alkaliczna fosfataza kostna również wykazała pewną korelację z ryzykiem negatywnych wyników klinicznych. WNIOSEK Marker resorpcji kości Ntx dostarcza cennych informacji prognostycznych u pacjentów z przerzutami do kości otrzymujących bisfosfoniany.


title: Rola oddziaływań CD28-B7 w generowaniu i utrzymywaniu pamięci komórek T CD8.

text: Chociaż rola oddziaływania CD28-B7 w aktywacji naiwnych limfocytów T jest dobrze poznana, jej znaczenie w generowaniu i utrzymywaniu pamięci limfocytów T nie jest dobrze poznane. W tym badaniu zbadaliśmy wymóg interakcji CD28-B7 w pierwotnej aktywacji komórek T i pamięci immunologicznej. Swoiste wobec Ag odpowiedzi komórek T CD8 porównano między myszami typu dzikiego (+/+) i z niedoborem CD28 (CD28(-/-)) po ostrym zakażeniu wirusem limfocytowego zapalenia opon i opon mózgowo-rdzeniowych (LCMV). Podczas pierwotnej odpowiedzi wystąpiła znaczna aktywacja i ekspansja limfocytów T CD8 specyficznych dla LCMV zarówno u myszy +/+, jak i CD28(-/-). Jednakże, wielkość pierwotnej odpowiedzi komórek T CD8 zarówno na dominujące, jak i subdominujące epitopy LCMV CTL była około 2 do 3 razy niższa u myszy CD28(-/-) w porównaniu z myszami +/+; brak kostymulacji za pośrednictwem CD28 nie prowadził do preferencyjnego tłumienia odpowiedzi komórek T CD8 na słabsze subdominujące epitopy. Jak widać u myszy CD28(-/-), blokada kostymulacji za pośrednictwem B7 przez traktowanie CTLA4-Ig myszy +/+ również skutkowała 2-krotnym zmniejszeniem odpowiedzi komórek T anty-LCMV CD8. Utrata oddziaływań CD28/B7 nie wpłynęła znacząco na generowanie i utrzymywanie pamięci komórek T CD8; wielkość pamięci komórek T CD8 była około 2-krotnie niższa u myszy CD28(-/-) w porównaniu z myszami +/+. Ponadto, u myszy CD28(-/-) limfocyty T pamięci CD8 specyficzne dla LCMV wykazywały normalną homeostatyczną proliferację in vivo, a także nadawały ochronną odporność. Dlatego sygnalizacja CD28 nie jest konieczna do odnowy proliferacyjnej i utrzymywania komórek T CD8 pamięci.


title: Przeglądy systematyczne od astronomii do zoologii: mity i nieporozumienia.

text: Systematyczne przeglądy literatury są szeroko stosowane jako pomoc w podejmowaniu decyzji opartych na dowodach. Na przykład przeglądy randomizowanych badań kontrolowanych są regularnie wykorzystywane w celu uzyskania odpowiedzi na pytania dotyczące skuteczności interwencji zdrowotnych. Jednak wysoki profil przeglądów systematycznych jako podstawy medycyny opartej na dowodach doprowadził do kilku błędnych przekonań na temat ich celu i metod. Wśród nich jest przekonanie, że przeglądy systematyczne mają zastosowanie tylko do randomizowanych badań kontrolowanych i że nie są w stanie poradzić sobie z innymi formami dowodów, takimi jak badania nierandomizowane lub badania jakościowe. Systematyczny przegląd literatury to metoda lokalizacji, oceny i syntezy dowodów. Wartość regularnie aktualizowanych przeglądów systematycznych w ocenie skuteczności interwencji medycznych została dramatycznie zilustrowana przez Antmana i współpracowników, którzy wykazali, że artykuły przeglądowe nie wspominają o postępach w leczeniu zidentyfikowanym w zaktualizowanym przeglądzie systematycznym.1 To prawie ćwierć wieku od czasu, gdy Gene Glass ukuł termin „metaanaliza” w odniesieniu do ilościowej syntezy wyników badań pierwotnych2. Znaczenie podejmowania wyraźnych wysiłków w celu ograniczenia stronniczości w przeglądzie literatury zostało jednak podkreślone przynajmniej przez socjologów od lat sześćdziesiątych.3 W ostatnich latach systematyczne przeglądy wykazały ważną rolę w badaniach nad usługami zdrowotnymi, a rosnące zainteresowanie podejściem do podejmowania decyzji opartym na dowodach sprawia, że prawdopodobne jest, że ich wykorzystanie będzie wzrastać. Nie wszyscy zgadzają się z tym, że przeglądy systematyczne są konieczne lub pożądane, aw miarę oddalania się od klinicznych zastosowań przeglądów systematycznych rośnie cynizm co do ich użyteczności. Kilka argumentów jest powszechnie używanych do odrzucenia szerszej roli przeglądów systematycznych, a argumenty te często opierają się na poważnych błędnych wyobrażeniach na temat historii, celu, metod i zastosowań przeglądów systematycznych. Przeanalizowałem osiem powszechnych mitów na temat…


title: Bezkomórkowe szczepionki przeciw krztuścowi chronią przed chorobą, ale nie zapobiegają zakażeniu i przenoszeniu w modelu naczelnych innych niż człowiek.

text: Krztusiec to wysoce zaraźliwa choroba układu oddechowego wywoływana przez bakteryjny patogen Bordetella pertussis. Wskaźniki zachorowań na krztusiec w Stanach Zjednoczonych rosły i w 2012 r. osiągnęły najwyższy od 50 lat poziom 42 000 przypadków. Chociaż odradzanie się krztuśca nie jest w pełni zrozumiałe, stawiamy hipotezę, że obecne bezkomórkowe szczepionki przeciw krztuścowi (aP) nie zapobiegają kolonizacji i przenoszeniu. Aby przetestować naszą hipotezę, niemowlęta pawiany zaszczepiono w wieku 2, 4 i 6 miesięcy szczepionkami aP lub pełnokomórkowymi szczepionkami przeciw krztuścowi (wP) i prowokowano B. pertussis w 7 miesiącu życia. Po infekcji przeprowadzono ilościowe oznaczenie kolonizacji w popłuczynach nosogardzieli oraz monitorowanie leukocytozy i objawów. Pawiany szczepione aP były chronione przed ciężkimi objawami krztuśca, ale nie przed kolonizacją, nie usuwały infekcji szybciej niż zwierzęta nieszczepione i łatwo przenosiły B. pertussis na osoby z nieszczepionych osób. Szczepienie wP indukowało szybszy klirens w porównaniu ze zwierzętami naiwnymi i szczepionymi aP. Dla porównania, wcześniej zakażone zwierzęta nie były skolonizowane po wtórnym zakażeniu. Chociaż wszystkie zaszczepione i wcześniej zakażone zwierzęta wykazywały silne odpowiedzi przeciwciał w surowicy, znaleźliśmy kluczowe różnice w odporności komórek T. Zwierzęta wcześniej zakażone i zwierzęta szczepione wP posiadają silną pamięć T helper 17 (Th17) specyficzną dla B. pertussis i pamięć Th1, podczas gdy szczepienie aP zamiast tego indukowało odpowiedź Th1/Th2. Obserwacja, że aP, które indukuje odpowiedź immunologiczną niezgodną z odpowiedzią wywołaną przez naturalną infekcję, nie zapobiega kolonizacji lub przenoszeniu, dostarcza wiarygodnego wyjaśnienia nawrotu krztuśca i sugeruje, że optymalna kontrola krztuśca będzie wymagała opracowania ulepszonych szczepionek.


title: Specyficzne i kooperacyjne wiązanie jednoniciowego białka wiążącego DNA E. coli z mRNA.

text: Miareczkowanie fluorometryczne białka wiążącego jednoniciowy DNA E. coli z różnymi RNA wykazało, że białko specyficznie i kooperacyjnie wiąże się z własnym mRNA. Wiązanie hamowało ekspresję in vitro ssb i bla, ale nie nusA. To hamowanie zachodzi przy fizjologicznym stężeniu SSB. Omówiono funkcję białka w regulacji genów.


title: ACAM2000™: Nowa szczepionka przeciwko ospie dla Strategicznych Narodowych Zapasów Stanów Zjednoczonych

text: Ospa została zwalczona ponad 30 lat temu, ale zwiększone obawy związane z bioterroryzmem sprawiły, że szczepienia przeciwko ospie i ospie powróciły na pierwszy plan. Wcześniej licencjonowana szczepionka przeciw ospie prawdziwej w Stanach Zjednoczonych, Dryvax (Wyeth Laboratories, Inc.), była bardzo skuteczna, ale podaż była niewystarczająca, aby zaszczepić całą obecną populację Stanów Zjednoczonych. Dodatkowo Dryvax miał wątpliwy profil bezpieczeństwa, ponieważ składał się z puli szczepów wirusa krowianki o różnym stopniu zjadliwości i był hodowany na skórze cieląt, co jest przestarzałą techniką, która stwarza niepotrzebne ryzyko zakażenia. Dlatego rząd USA ostatnio poparł rozwój ulepszonej szczepionki przeciwko wirusowi ospy prawdziwej żywej krowianki. Ta inicjatywa zaowocowała opracowaniem ACAM2000 (Acambis, Inc.), pojedynczej pochodnej Dryvaxu wirusa krowianki oczyszczonej z łysinek, rozmnażanej aseptycznie w hodowli komórkowej. Badania przedkliniczne i kliniczne ogłoszone w 2008 roku wykazały, że ACAM2000 ma porównywalną immunogenność do Dryvax i powoduje podobną częstość zdarzeń niepożądanych. Ponadto, podobnie jak Dryvax, szczepienie ACAM2000 wykazało, w wyniku starannych badań przesiewowych serca, nieoczekiwanie wysoki wskaźnik zapalenia mięśnia sercowego i zapalenia osierdzia. ACAM2000 uzyskał aprobatę amerykańskiej Agencji ds. Żywności i Leków (FDA) w sierpniu 2007 roku i zastąpił Dryvax dla wszystkich szczepionek przeciwko ospie w lutym 2008 roku. Obecnie wyprodukowano ponad 200 milionów dawek ACAM2000 dla Strategicznego Narodowego Magazynu Stanów Zjednoczonych. Ten przegląd ACAM2000 dotyczy produkcji, charakterystyki, badań klinicznych i zdarzeń niepożądanych związanych z tą nową szczepionką przeciwko ospie.


title: Ryzyko nowotworów złośliwych u pacjentów z sarkoidozą płuc.

text: TŁO Przez ponad 20 lat związek między sarkoidozą a nowotworami złośliwymi, zwłaszcza chłoniakiem i rakiem płuc, był dyskutowany, przy czym głównym problemem jest błędna klasyfikacja. Celem niniejszego badania była analiza częstości występowania nowotworów złośliwych w kohorcie pacjentów z sarkoidozą poprzez powiązanie z ogólnopolskim rejestrem populacji nowotworów. METODY Kohorta składała się z 254 pacjentów obserwowanych przez medianę 25 lat do śmierci, emigracji lub 31 grudnia 1992 roku, w zależności od tego, co nastąpiło wcześniej. Oczekiwaną liczbę przypadków raka obliczono na podstawie rocznych wskaźników zachorowań na raka w zależności od wieku i płci z Duńskiego Rejestru Nowotworów. WYNIKI Zarejestrowano trzydzieści sześć nowotworów, z których trzy zostały błędnie sklasyfikowane jako sarkoidoza, pozostawiając 33 nowotwory w porównaniu z 23 oczekiwanymi (standaryzowany współczynnik zachorowalności (SIR) = 1,4; 95% CI 0,99 do 2,0). Zaobserwowano pięć raków płuca w porównaniu z oczekiwanymi 2,5, co dało SIR 2,0 (95% CI 0,7 do 4,7). Nie było przypadków chłoniaka i tylko jeden przypadek białaczki. Na podstawie dwóch przypadków stwierdzono znamienną nadwyżkę liczby raków gardła (SIR = 15,4; 95% CI 1,7 do 56). WNIOSKI To badanie nie potwierdza teorii związku między sarkoidozą a nowotworem złośliwym, a głównym powodem, dla którego inne badania wykazały, że taki związek jest najprawdopodobniej spowodowany błędem selekcji i błędną klasyfikacją.


title: haploinsufficiency Rps14 powoduje blokadę różnicowania erytroidów za pośrednictwem S100A8 i S100A9

text: Upośledzona erytropoeza w podtypie delecji 5q (del(5q)) zespołu mielodysplastycznego (MDS) została powiązana z heterozygotyczną delecją RPS14, która koduje małą podjednostkę 14 białka rybosomalnego. Wygenerowaliśmy myszy z warunkową inaktywacją Rps14 i wykazaliśmy różnicowanie erytroidów defekt, który jest zależny od białka supresorowego guza p53 (kodowanego przez Trp53 u myszy) i charakteryzuje się apoptozą przy przejściu z erytroblastów polichromatycznych do ortochromatycznych. Wada ta spowodowała zależną od wieku postępującą anemię, dysplazję megakariocytów i utratę krwiotwórczych komórek macierzystych (HSC). Jak oceniono za pomocą proteomiki ilościowej, zmutowane erytroblasty wyrażały wyższe poziomy białek zaangażowanych we wrodzoną sygnalizację immunologiczną, zwłaszcza heterodimeryczne białka wiążące wapń S100 S100a8 i S100a9. S100a8 – którego ekspresja była zwiększona w zmutowanych erytroblastach, monocytach i makrofagach – jest funkcjonalnie zaangażowany w defekt erytroidalny spowodowany delecją Rps14, ponieważ dodanie rekombinowanego S100a8 było wystarczające do wywołania defektu różnicowania w komórkach erytroidalnych typu dzikiego i genetycznej inaktywacji Ekspresja S100a8 uratowała defekt różnicowania erytroidów w HSC z niewystarczającą liczbą haploinów w Rps14. Nasze dane łączą haploinsufficiency Rps14 w del(5q) MDS z aktywacją wrodzonego układu odpornościowego i indukcją ekspresji S100A8-S100A9, co prowadzi do defektu różnicowania erytroidów zależnego od p53.


title: Interaktom mikrotubul: kompleksy pełniące role w cyklu komórkowym i mitozy

text: Cytoszkielet mikrotubuli (MT) jest wymagany w wielu aspektach funkcjonowania komórki, w tym w transporcie materiałów wewnątrzkomórkowych, utrzymywaniu polarności komórek i regulacji mitozy. Funkcje te są koordynowane przez białka związane z MT (MAP), które współpracują ze sobą, wiążąc MT i zmieniając ich właściwości. Zastosowaliśmy test kosedymentacji MT w połączeniu z 1D i 2D PAGE oraz spektrometrią mas, aby zidentyfikować ponad 250 MAP z wczesnych zarodków Drosophila. Podjęliśmy dwa uzupełniające się podejścia do analizy funkcji komórkowej nowych MAP wyizolowanych przy użyciu tego podejścia. Najpierw przeprowadziliśmy badanie przesiewowe interferencji RNA (RNAi), identyfikując 21 wcześniej niescharakteryzowanych genów zaangażowanych w organizację MT. Po drugie, podjęliśmy analizę bioinformatyczną opartą na danych dotyczących interakcji białek binarnych, aby stworzyć domniemane sieci interakcji MAP. Łącząc oba podejścia, zidentyfikowaliśmy i zwalidowaliśmy kompleksy MAP o potencjalnie ważnych rolach w regulacji cyklu komórkowego i mitozie. Badanie to pokazuje zatem, że biologicznie istotne dane można zbierać przy użyciu takiego multidyscyplinarnego podejścia, i identyfikuje nowe MAP, z których wiele wydaje się mieć znaczenie w podziale komórek.


title: Struktura domeny Sec7 czynnika wymiany nukleotydów guaninowych ludzkiego Arno i analiza interakcji z GTPazą ARF

text: Powiązane z Sec7 czynniki wymiany nukleotydów guaninowych (GEF) inicjują pączkowanie pęcherzyków z powierzchni błony aparatu Golgiego poprzez przekształcenie GTPazy ARF w formę związaną z GTP, związaną z błoną. Tutaj przedstawiamy strukturę krystaliczną katalitycznej domeny homologii Sec7 Arno, ludzkiego GEF dla ARF1, określoną przy rozdzielczości 2,2 angstremów. Domena Sec7 jest wydłużonym, całkowicie helikalnym białkiem z charakterystycznym hydrofobowym rowkiem, który jest zachowany filogenetycznie. Mutageneza oparta na strukturze identyfikuje rowek i przylegającą zachowaną pętlę jako powierzchnię oddziałującą z ARF. Miejsca interakcji domeny Sec7 na ARF1 zostały następnie zmapowane, za pomocą eksperymentów z odciskiem stopy białka, do regionów GTPazy switch 1 i switch 2, co doprowadziło do powstania modelu interakcji między GTPazami ARF i czynnikami wymiany domen Sec7.


title: Krótka komunikacja Wielokrotne podawanie kokainy zwiększa wrażliwe na napięcie prądy wapniowe w odpowiedzi na depolaryzację błony w neuronach piramidowych kory przedczołowej przyśrodkowej

text: Przyśrodkowa kora przedczołowa (mPFC) odgrywa kluczową rolę w uzależnieniu od kokainy. Jednak dowody na wyjaśnienie, w jaki sposób mPFC jest funkcjonalnie zaangażowany w uzależnienie od kokainy, pozostają niekompletne. Ostatnie badania wykazały, że wielokrotne podawanie kokainy indukuje różne neuroadaptacje w neuronach piramidowych mPFC, w tym zmniejszenie prądów K+ bramkowanych napięciem (VGKC) i możliwy wzrost prądów Ca2+ wrażliwych na napięcie (I(Ca)). Tutaj wykonaliśmy zarówno zapisy cęgów prądowych w wycinkach mózgu, jak i zapisów klem napięciowych w świeżo zdysocjowanych komórkach, aby określić, czy I(Ca) ulega zmianie w neuronach piramidowych mPFC po przewlekłym leczeniu kokainą z krótkotrwałym lub długotrwałym odstawieniem. Ponadto w neuronach mPFC zbadano również krytyczną rolę VGKC w regulacji wytwarzania potencjału plateau Ca2+. Wielokrotne podawanie kokainy znacząco przedłużyło czas trwania wywołanych potencjałów plateau Ca2+ i zwiększyło całą komórkę I(Ca) w neuronach mPFC po 3 dniach odstawienia. Selektywna blokada kanałów Ca2+ typu L przez nifedypinę nie tylko znacząco zwiększyła próg, ale także skróciła czas trwania i amplitudę plateau potencjałów Ca2+ w neuronach mPFC zarówno z soli fizjologicznej, jak i odciągniętej od kokainy. Jednak nie było znaczącej różnicy w podwyższonym progu, skróconym czasie trwania i zmniejszonej amplitudzie potencjałów Ca2+ między neuronami pozbawionymi soli fizjologicznej i kokainą po zablokowaniu kanałów Ca2+ typu L. Ponadto zaobserwowano również wzrost amplitudy, podczas gdy wydłużony czas trwania utrzymywał się w potencjale Ca2+ po 2-3 tygodniach odstawienia. Odkrycia te wskazują, że przewlekła ekspozycja na kokainę ułatwia reakcję I(Ca), szczególnie poprzez aktywowane kanały Ca2+ typu L, na bodźce pobudzające w neuronach piramidowych mPFC szczura.


title: Racjonalne rozszerzenie ścieżki biogenezy rybosomów za pomocą genetyki kierowanej siecią

text: Biogeneza rybosomów jest podstawowym procesem komórkowym zachowanym we wszystkich eukariontach i wiadomo, że wymaga ponad 170 genów do składania, modyfikacji i przemieszczania składników rybosomów przez wiele przedziałów komórkowych. Pomimo intensywnych badań ścieżka ta prawdopodobnie obejmuje wiele dodatkowych genów. W tym przypadku stosujemy genetykę sterowaną siecią — podejście do kojarzenia genów kandydujących z procesami biologicznymi, które wykorzystuje najnowsze postępy w badaniach genomicznych i proteomicznych funkcjonalnych — w celu obliczeniowej identyfikacji dodatkowych genów biogenezy rybosomów. Doświadczalnie oceniliśmy ponad 100 genów kandydujących drożdży w zestawie testów, potwierdzając udział co najmniej 15 nowych genów, w tym genów wcześniej niescharakteryzowanych (YDL063C, YIL091C, YOR287C, YOR006C/TSR3, YOL022C/TSR4). Łączymy nowe geny z określonymi aspektami dojrzewania podjednostek rybosomów, asocjacją cząstek rybosomalnych i eksportem do jądra podjednostki rybosomów, a także identyfikujemy geny specjalnie wymagane do przetwarzania rRNA 5S, 7S, 20S, 27S i 35S. Wyniki te ujawniają nowe powiązania między biogenezą rybosomów a splicingiem mRNA i dodają >10% nowych genów – w większości z ludzkimi ortologami – do szlaku biogenezy, znacznie poszerzając naszą wiedzę na temat powszechnie zachowanego procesu eukariotycznego.


title: Ilościowe określenie inwestycji związanych z przenoszeniem pasożytów malarii

text: Wiele mikropasożytów infekuje nowych żywicieli wyspecjalizowanymi etapami życia, co wymaga, aby podzbiór populacji pasożytów zrezygnował z proliferacji i przekształcił się w formy transmisyjne. Produkcja na etapie przenoszenia wpływa na infekcyjność, wykorzystanie gospodarza i wpływ interwencji medycznych, takich jak leczenie odwykowe. Przewidywanie, w jaki sposób pasożyty zareagują na wysiłki w zakresie zdrowia publicznego, zarówno w skali epidemiologicznej, jak i ewolucyjnej, wymaga zrozumienia strategii przenoszenia. Strategie te rzadko można zaobserwować bezpośrednio i zazwyczaj należy je wywnioskować z dynamiki infekcji. Wykorzystując malarię jako studium przypadku, przetestowaliśmy wcześniej opisane metody wnioskowania o inwestycji w transmisję na podstawie symulowanych danych wygenerowanych za pomocą modelu dynamiki infekcji wewnątrz gospodarza, gdzie znana jest prawdziwa inwestycja w transmisję. Pokazujemy, że istniejące metody są niewystarczające i potencjalnie bardzo mylące. Kluczowa trudność polega na oddzieleniu etapów transmisji wytwarzanych przez różne generacje pasożytów. Opracowujemy nowe podejście, które znacznie lepiej sprawdza się na symulowanych danych. Stosując to podejście do rzeczywistych danych z myszy zarażonych pojedynczym szczepem Plasmodium chabaudi, szacujemy, że inwestycje w transmisję wahają się od zera do 20%, z dowodami na zmienne inwestycje w czasie u niektórych gospodarzy, ale nie u innych. Te wzorce sugerują, że nawet w eksperymentalnych infekcjach, w których kontrolowana jest genetyka żywiciela i inne czynniki środowiskowe, pasożyty mogą wykazywać wyjątkowo różne wzorce inwestycji w transmisję.


title: Rola indukowanej ekspresji fosfatazy-2 MAPK w rozwoju nowotworu u myszy transgenicznych RET-MEN2A

text: Mutacje linii zarodkowej w genie kinazy tyrozynowej RET są odpowiedzialne za rozwój mnogiej gruczolakowatości wewnątrzwydzielniczej 2A i 2B (MEN2A i MEN2B). Jednak wiedza o podstawowych zasadach, które determinują sygnalizację, w której pośredniczy zmutowana RET, pozostaje nieuchwytna. Tutaj donosimy o zwiększonej ekspresji aktywowanej mitogenem kinazy białkowej fosfatazy-2 (MKP-2) w rakach rozwiniętych u myszy transgenicznych niosących RET z mutacją MEN2A (RET-MEN2A). Ekspresja MKP-2 była nie tylko indukowana przez zmutowane białka RET-MEN2A lub RET-MEN2B, ale także przez aktywację endogennej RET przez jej ligand, czynnik neurotroficzny pochodzenia glejowego (GDNF). Ekspresja MKP-2 była również widoczna w linii komórkowej MKK-f, którą ustalono z nowotworu sutka rozwiniętego u transgenicznej myszy RET-MEN2A. Hamowanie MKP-2 osłabiało proliferację in vitro i in vivo komórek MKK-f, w której pośredniczyła supresja ekspresji cykliny B1. Ponadto stwierdziliśmy, że MKP-2 jest wysoce eksprymowany w rakach rdzeniastych tarczycy pochodzących od pacjentów z MEN2A. Odkrycia te sugerują, że zwiększona ekspresja MKP-2 może odgrywać kluczową rolę w sygnalizacji onkogennej za zmutowaną RET, prowadząc do deregulacji cyklu komórkowego.


title: Wpływ powtarzającego się stresu społecznego na dystrybucję leukocytów w szpiku kostnym, krwi obwodowej i śledzionie

text: Transport leukocytów między różnymi przedziałami ciała pełni ważną funkcję nadzoru, która zapewnia wykrycie antygenu i umożliwia układowi odpornościowemu zainicjowanie szybkiej i skutecznej odpowiedzi. Powtarzające się społeczne porażki samców myszy trzymanych w grupach, wywołane codziennymi ostrymi spotkaniami z agresywnymi współspecyficznymi, istotnie zmieniły handel leukocytami i doprowadziły do stopniowej redystrybucji komórek odpornościowych w szpiku kostnym, krwi obwodowej i śledzionie. Nawracająca ekspozycja na stresor przez okres 2, 4 lub 6 kolejnych dni była związana z mobilizacją komórek i zwiększoną mielopoezą w szpiku kostnym, której towarzyszyła akumulacja neutrofili i monocytów w krążeniu i śledzionie. Znaczna deplecja komórek B w szpiku kostnym i krwi była związana ze wzrostem liczby komórek B w śledzionie, co wskazuje na przekierowanie tego typu komórek do śledziony. W przeciwieństwie do tego, limfocyty T były znacznie zmniejszone w tych przedziałach immunologicznych. Rekrutacja leukocytów CD11b+ (tj. monocytów/makrofagów i neutrofili) ze szpiku kostnego do śledziony może odgrywać kluczową rolę w rozwoju funkcjonalnej oporności na glikokortykoidy w mysiej śledzionie, co odnotowano w kontekście powtarzających się porażek społecznych.


title: Komórki dendrytyczne transdukowane lentiwirusowo jako narzędzie immunoterapii nowotworów.

text: TŁO Komórki dendrytyczne (DC) są profesjonalnymi komórkami układu odpornościowego prezentującymi antygen, w pełni wyposażonymi do pobudzania naiwnych limfocytów T, a zatem niezbędnymi składnikami immunoterapii raka. METODY Zbadaliśmy wpływ kilku elementów (cPPT, trip, WPRE, SIN) na wydajność transdukcji ludzkiego DC. Ludzkie i mysie DC transdukowano lentiwirusami kodującymi tNGFR, aby ocenić wpływ transdukcji na fenotyp i funkcję. Ludzkie DC transdukowano lentiwirusami kodującymi hulli80MAGE-A3, a mysie DC hulli80tOVA w celu przetestowania prezentacji antygenu. WYNIKI Samoinaktywujący (SIN) wektor lentiwirusowy zawierający element wyzwalający był najskuteczniejszy w transdukcji ludzkich DC. Transdukcja DC wektorami lentiwirusowymi kodującymi trip/SIN tNGFR przy MOI 15 skutkowała stabilną ekspresją genu w 94,6% (mysie) i 88,2% (ludzie) dojrzałych DC, bez zakłócania żywotności, fenotypu i funkcji. Ludzkie komórki DC transdukowane huIi80MAGE-A3 były w stanie stymulować klony komórek T CD4(+) i CD8(+) specyficzne dla MAGE-A3 i mogły pobudzać zarówno komórki T CD4(+), jak i CD8(+) MAGE-A3 specyficzne . Mysie DC transdukowane hulli80tOVA były zdolne do prezentowania peptydów OVA w kontekście MHC klasy I i klasy II in vitro i indukowały silną, swoistą dla OVA odpowiedź cytotoksycznych limfocytów T in vivo, która chroniła przed późniejszą prowokacją komórkami nowotworowymi z ekspresją OVA. WNIOSKI Pokazujemy, że przy użyciu wektorów lentiwirusowych można uzyskać wydajny transfer genów w ludzkich i mysich DC i że te DC mogą wywoływać odpowiedzi immunologiczne specyficzne dla antygenu in vitro i in vivo. Skład wektora transferowego ma duży wpływ na wydajność transdukcji.