title: Regulacja Bcl2 przez Mitf nadrzędnego regulatora melanocytów moduluje przeżywalność linii i żywotność komórek czerniaka

text: Zarówno sygnalizacja Kit/SCF, jak i transkrypcja zależna od Mitf są niezbędne dla rozwoju i pigmentacji melanocytów. Aby zidentyfikować cele transkrypcyjne Kit zależne od Mitf w pierwotnych melanocytach, przeprowadzono badania mikromacierzowe. Wśród zidentyfikowanych celów był BCL2, którego delecja w linii zarodkowej powoduje utratę melanocytów i który wykazywał fenotypową synergię z Mitf u myszy. Regulacja BCL2 przez Mitf została zweryfikowana w melanocytach i komórkach czerniaka oraz przez immunoprecypitację chromatyny promotora BCL2. Mitf reguluje również BCL2 w osteoklastach, a myszy Mitf(mi/mi) i Bcl2(-/-) wykazują ciężką osteopetrozę. Rozerwanie Mitf w melanocytach lub czerniaku wywołało głęboką apoptozę podatną na ratowanie przez nadekspresję BCL2. Klinicznie, pierwotne mikromacierze ekspresji ludzkiego czerniaka ujawniły ścisłe powiązanie najbliższego sąsiada dla MITF i BCL2. To powiązanie pomaga wyjaśnić istotną rolę zarówno Mitf, jak i Bcl2 w linii melanocytów oraz dobrze znaną oporność na leczenie czerniaka.


title: YOKO HONDA I SHUJI HONDA 1

text: Długowieczność jest regulowana przez sieć genów daf-2 u Caenorhabditis elegans. Mutacje w genie daf-2, który koduje członka rodziny receptorów insuliny, nadają fenotyp wydłużenia życia (wiek) i konstytutywny dauer (postać larwalna z zahamowanym wzrostem, wyspecjalizowana w rozprzestrzenianiu się). Fenotyp Age jest wzajemnie wzmacniany przez dwie mutacje przedłużające życie w genie daf-2 i genie clk-1, homologu drożdży CAT5/COQ7, o których wiadomo, że regulują biosyntezę ubichinonu. W tym badaniu wykazaliśmy, że mutacja daf-2 nadaje również fenotyp odporności na stres oksydacyjny (Oxr), który został również wzmocniony przez mutację clk-1. Podobnie do fenotypu Age, fenotyp Oxr był regulowany przez genetyczną ścieżkę sygnalizacji podobnej do insuliny od daf-2 do genu daf-16, homologa czynnika transkrypcyjnego HNF-3/forkhead. Te odkrycia doprowadziły nas do zbadania, czy szlak sygnałowy podobny do insuliny reguluje ekspresję genów enzymów obrony antyoksydacyjnej. Odkryliśmy, że poziom mRNA genu sod-3, który koduje dysmutazę ponadtlenkową Mn (SOD), był znacznie wyższy u mutantów daf-2 niż w typie dzikim. Ponadto fenotyp zwiększonej ekspresji genu sod-3 jest regulowany przez szlak sygnałowy podobny do insuliny. Chociaż sam mutant clk-1 nie wykazywał Oxr i zwiększonych fenotypów ekspresji sod-3, mutacja clk-1 wzmocniła je w mutancie daf-2, co sugeruje, że clk-1 jest zaangażowany w długowieczność na dwa sposoby: clk-1 komponuje oryginalny program długowieczności clk-1 i program długowieczności daf-2. Obserwacje te sugerują, że sieć genów daf-2 kontroluje długowieczność poprzez regulację systemu obrony antyoksydacyjnej związanego z Mn-SOD. Ten system wydaje się odgrywać rolę w efektywnej konserwacji życia na etapie dauer.


title: Brązowy tłuszcz i brązowienie w leczeniu otyłości i powiązanych zaburzeń metabolicznych

text: Tłuszcz brunatny to wyspecjalizowany magazyn tłuszczu, który może zwiększać wydatek energetyczny i wytwarzać ciepło. Po niedawnym odkryciu obecności aktywnego tłuszczu brunatnego u dorosłych ludzi i nowych czynników transkrypcyjnych kontrolujących różnicowanie brunatnych adipocytów, dziedzina badań nad tłuszczem brunatnym zyskała duże zainteresowanie i szybko się rozwija. Ekspansja i/lub aktywacja brązowego tłuszczu skutkuje zwiększonym wydatkowaniem energii i ujemnym bilansem energetycznym u myszy oraz ogranicza przyrost masy ciała. Tłuszcz brunatny jest również w stanie wykorzystać glukozę i lipidy we krwi i powoduje poprawę metabolizmu glukozy i lipidów we krwi niezależnie od utraty wagi. Przedłużona ekspozycja na zimno i agoniści receptorów beta-adrenergicznych mogą powodować brązowienie białej tkanki tłuszczowej. Indukowalny brązowy adipocyt, beżowy adipocyt ewoluujący przez termogeniczną aktywację białej tkanki tłuszczowej, ma inne pochodzenie i sygnaturę molekularną niż klasyczne brunatne adipocyty, ale łączy cechy wysokiej zawartości mitochondriów, ekspresji UCP1 i zdolności termogenicznej po aktywacji. Zwiększenie brązowienia może być również skutecznym sposobem na zwiększenie aktywności całego brązowego tłuszczu. Niedawne badania na ludziach wykazały możliwości, że odkrycia u myszy można odtworzyć u ludzi, co czyni brązowy tłuszcz dobrym narządem kandydującym do leczenia otyłości i powiązanych z nią zaburzeń.


title: Stres energetyczny wywołany niedotlenieniem reguluje translację mRNA i wzrost komórek.

text: Niedobór tlenu (O2) lub niedotlenienie ma głęboki wpływ na metabolizm i wzrost komórek. Komórki mogą przystosować się do niskiego poziomu O2 częściowo poprzez aktywację czynnika indukowanego hipoksją (HIF). Donosimy tutaj, że niedotlenienie hamuje translację mRNA poprzez tłumienie wielu kluczowych regulatorów, w tym eIF2alfa, eEF2 i ssaczego celu rapamycyny (mTOR) efektorów 4EBP1, p70S6K i rpS6, niezależnie od HIF. Niedotlenienie powoduje głód energetyczny i aktywację szlaku AMPK/TSC2/Rheb/mTOR. Aktywacja kinazy białkowej aktywowanej przez niedotlenienie AMP (AMPK) również prowadzi do zahamowania eEF2. Ponadto z czasem narasta wpływ hipoksji na bioenergetykę komórkową i hamowanie mTOR. Mutacja genu supresorowego nowotworu TSC2 nadaje komórkom przewagę wzrostu poprzez tłumienie hamowania hipoksemicznego mTOR i indukowanego hipoksją zatrzymania G1. Razem, hamowanie eIF2alfa, eEF2 i mTOR reprezentują ważne niezależne od HIF mechanizmy zachowania energii, które promują przeżycie w warunkach niskiego O2.


title: Związane z dystonią białko torsinA moduluje recykling pęcherzyków synaptycznych.

text: Utrata reszty kwasu glutaminowego w AAA-ATPazie (ATPazy związane z różnorodną aktywnością komórkową) torsinA jest odpowiedzialna za większość przypadków autosomalnej dominującej pierwotnej dystonii o wczesnym początku. W tym badaniu stwierdziliśmy, że snapina, która wiąże SNAP-25 (białko związane z synaptosomem o masie 25 000 Da) i wzmacnia połączenie kompleksu SNARE z synaptotagminą, jest partnerem interakcji zarówno dla dzikiej, jak i zmutowanej torsyny A. Snapina zlokalizowała się razem z endogenną tosyną A na gęstych ziarnistościach rdzenia w komórkach PC12 i została zrekrutowana do okołojądrowych wtrąceń zawierających zmutowaną DeltaE-torsinA w komórkach nerwiaka niedojrzałego SH-SY5Y. W świetle tych obserwacji, recykling pęcherzyków synaptycznych analizowano przy użyciu lipofilowego barwnika FM1-43 i przeciwciała skierowanego przeciwko wewnątrzpęcherzowemu epitopowi synaptotagminy I. Stwierdziliśmy, że nadekspresja torsyny A typu dzikiego negatywnie wpływa na endocytozę pęcherzyków synaptycznych. Odwrotnie, nadekspresja DeltaE-torsinA w komórkach nerwiaka niedojrzałego zwiększa wychwyt FM1-43. Powalenie snapiny i/lub torsyny A przy użyciu małych interferujących RNA miało podobny hamujący wpływ na proces egzoendocytarny. Ponadto obniżenie poziomu torsyny A powoduje utrzymywanie się synaptotagminy I na błonie komórkowej, co bardzo przypomina efekt obserwowany przez nadekspresję mutanta DeltaE-torsinA. Podsumowując, odkrycia te sugerują, że torsinA odgrywa rolę wraz z snapiną w regulowanej egzocytozie i że DeltaE-torsinA wywiera swój patologiczny wpływ poprzez utratę mechanizmu działania. Może to wpływać na wychwyt przez neurony neuroprzekaźników, takich jak dopamina, odgrywających rolę w rozwoju ruchów dystonicznych.


title: Elektroporacja in vivo w embrionalnym ośrodkowym układzie nerwowym myszy

text: Protokół ten opisuje podstawową metodę elektroporacji in vivo w układzie nerwowym myszy embrionalnych. Dostarczenie impulsów elektrycznych po mikroiniekcji DNA do komory mózgu lub kanału centralnego rdzenia kręgowego umożliwia skuteczną transfekcję genów do układu nerwowego. Transfekcję ułatwiają elektrody kleszczowe, które przytrzymują macicę i/lub woreczek żółtkowy zawierający zarodek. W ciągu 30 minut można operować więcej niż dziesięć zarodków u jednej ciężarnej myszy. Ponad 90% operowanych embrionów przeżywa, a ponad 90% tych, którzy przeżyli, odpowiednio wyraża transfekowane geny. Ekspresja genów w neuronach utrzymuje się przez długi czas, nawet w stadiach poporodowych, po elektroporacji. Tak więc metoda ta może być wykorzystana do analizy roli genów nie tylko w rozwoju embrionalnym, ale także w funkcji wyższego rzędu układu nerwowego, takiej jak uczenie się.


title: Hierarchiczne modele filogenetyczne do analizy danych sekwencji wieloczęściowych.

text: Toczy się debata nad tym, jak włączyć informacje z wieloczęściowych danych sekwencyjnych do analiz filogenetycznych. Ścisłe podejścia do połączonych danych argumentują za łączeniem wszystkich partycji i szacowaniem jednej historii ewolucyjnej, maksymalizując moc wyjaśniającą danych. Podejścia oparte na konsensusie/niezależności wspierają dwuetapową procedurę, w której podziały są analizowane niezależnie, a następnie konsensus jest określany na podstawie wielu wyników. Mieszaniny w przestrzeni modelowej ściśle połączonego podejścia do danych i a priori niezależnych parametrów są popularnymi metodami integracji tych metod. Proponujemy alternatywną płaszczyznę pośrednią, konstruując bayesowski hierarchiczny model filogenetyczny. Nasza hierarchiczna struktura umożliwia badaczom łączenie informacji z partycji danych w celu poprawy dokładności szacowania w poszczególnych partycjach, jednocześnie umożliwiając szacowanie i testowanie tendencji w ilościach między partycjami. Takie wielkości między partycjami obejmują rozkład, z którego są rysowane poszczególne topologie odnoszące się do sekwencji w partycji. Proponujemy standardowe hierarchiczne priorytety dla ciągłych parametrów ewolucyjnych w poszczególnych partycjach, podczas gdy struktura topologii różni się w zależności od problemu badawczego. Nasz model ilustrujemy trzema przykładami. Najpierw badamy historię ewolucyjną świnki morskiej (Cavia porcellus) za pomocą dopasowania 13 genów mitochondrialnych. Model hierarchiczny zwraca znacznie dokładniejsze oszacowania parametrów ciągłych niż podejście z niezależnymi parametrami bez utraty istotnych cech danych. Po drugie, analizujemy częstotliwość horyzontalnego transferu genów przy użyciu 50 genów prokariotycznych. Zakładamy nieznaną topologię na poziomie gatunku i pozwalamy, aby poszczególne topologie genów różniły się od tej z małym możliwym do oszacowania prawdopodobieństwem. Jednoczesne wnioskowanie o gatunku i topologii poszczególnych genów daje częstość transferu 17%. Badamy również sekwencje HIV pobrane wzdłużnie od pacjentów z HIV+. Pytamy, czy rozwój wirusa koreceptora CCR5 po leczeniu jest zgodny z ewolucją wirusa CXCR4 środkowej choroby, czy też ponownym pojawieniem się początkowego zakażającego wirusa CCR5. Model hierarchiczny łączy partycje od wielu niepowiązanych pacjentów przy założeniu, że topologia dla każdego pacjenta jest pobierana z rozkładu wielomianowego o nieznanym prawdopodobieństwie. Wstępne wyniki sugerują ewolucję, a nie ponowne pojawienie się.


title: Aktualne katalogi kompleksów białek drożdży

text: Zestawy danych o złotym standardzie dotyczące kompleksów białkowych są kluczem do wnioskowania i walidacji interakcji białko-białko. Pomimo znacznego postępu w charakteryzowaniu kompleksów białkowych w drożdżach Saccharomyces cerevisiae, liczni badacze nadal stosują jako odniesienie ręcznie kurowane kompleksy skatalogowane przez bazę danych Monachijskiego Centrum Informacji o Sekwencjach Białkowych. Chociaż ten katalog bardzo dobrze służył społeczności, nie odzwierciedla już aktualnego stanu wiedzy. Tutaj przedstawiamy dwa katalogi kompleksów białek drożdży jako wyniki systematycznych wysiłków kuratorskich. Pierwsza z nich, oznaczona jako CYC2008, jest obszernym katalogiem 408 ręcznie wyselekcjonowanych heteromerycznych kompleksów białkowych, popartych wiarygodnymi eksperymentami na małą skalę opisywanymi w aktualnej literaturze. Katalog ten stanowi aktualny zestaw referencyjny dla biologów zainteresowanych odkrywaniem interakcji białek i kompleksów białkowych. Drugi katalog, oznaczony jako YHTP2008, obejmuje 400 wysokoprzepustowych kompleksów opatrzonych adnotacjami z aktualnej literatury. Wśród nich 262 odpowiada, przynajmniej częściowo, kompleksom z CYC2008. Dowody na interakcje podjednostek zebrano dla 68 kompleksów, które pokrywają się tylko częściowo lub nie pokrywają się z kompleksami CYC2008, podczas gdy nie znaleziono dowodów literaturowych dla 100 kompleksów. Niektóre z tych częściowo podpartych i jeszcze niepodpartych kompleksów mogą być interesującymi kandydatami do eksperymentalnej kontynuacji. Oba katalogi są dostępne bezpłatnie pod adresem: http://wodaklab.org/cyc2008/.


title: Synergistyczne mechanizmy demetylacji DNA podczas przejścia do pluripotencji stanu podstawowego

text: Pluripotencjalne komórki macierzyste (PSC) zajmują spektrum odwracalnych stanów molekularnych, począwszy od naiwnego stanu podstawowego w 2i, przez metastabilne embrionalne komórki macierzyste (ESC) w surowicy, po epiblastyczne komórki macierzyste (EpiSC). Aby zbadać rolę metylacji DNA (5mC) w różnych stanach pluripotencjalnych, zmapowaliśmy cały genom 5mC i 5-hydroksymetylocytozynę (5hmC) w wielu PSC. ESC w stanie podstawowym wykazują zmienioną dystrybucję 5mC i 5hmC w elementach regulatorowych i dramatycznie niższe poziomy bezwzględne w stosunku do ESC w surowicy. Przeciwnie, EpiSC wykazują zwiększony promotor 5mC w połączeniu ze zmniejszonym 5hmC, co przyczynia się do ich ograniczenia rozwojowego. Przejście na 2i powoduje szybki początek zarówno programu ekspresji genów w stanie podstawowym, jak i globalnej demetylacji DNA. Mechanicznie, represja metylaz de novo przez PRDM14 napędza demetylację DNA przy wolnej kinetyce, podczas gdy konwersja 5hmC za pośrednictwem TET1/TET2 zwiększa zarówno szybkość, jak i zakres hipometylacji. Procesy te działają zatem synergistycznie podczas przejścia do pluripotencji stanu podstawowego, promując silny stan hipometylowany.


title: Napady gorączkowe w rozwijającym się mózgu powodują uporczywą modyfikację pobudliwości neuronalnej w obwodach limbicznych

text: Napady gorączkowe (wywołane gorączką) dotykają 3–5% niemowląt i małych dzieci. Pomimo dużej częstości występowania napadów gorączkowych, ich wkład w rozwój padaczki w późniejszym życiu pozostaje kontrowersyjny. Łącząc nowy szczurzy model złożonych napadów gorączkowych i techniki patch clamp, ustaliliśmy, że drgawki wywołane hipertermią u niedojrzałych szczurów powodują selektywny presynaptyczny wzrost hamującej transmisji synaptycznej w hipokampie, który utrzymuje się do dorosłości. Długotrwały charakter tych silnych zmian w komunikacji synaptycznej po drgawkach gorączkowych nie potwierdza dominującego poglądu o „łagodnym” charakterze drgawek gorączkowych we wczesnym okresie życia.


title: Identyfikacja allelu VAM3/SYP22, który nadaje fenotyp półkarłowaty u Arabidopsis thaliana.

text: Mutanty krótkiej łodygi i nerwu głównego (ssm) Arabidopsis thaliana wykazują zarówno fenotypy liścia półkarłowatego, jak i falistego, ze względu na defekty w wydłużeniu międzywęźli łodygi i liści. Co więcej, nieprawidłowości te nie mogą być wyleczone przez egzogenne fitohormony. ssm został pierwotnie zidentyfikowany jako pojedynczy recesywny mutant ekotypu Columbia (Col-0), ale eksperymenty z krzyżowaniem genetycznym wykazały, że ten zmutowany fenotyp jest przywracany przez inny gen, który działa w ekotypie Landsberg erecta (Ler), a nie w Col- 0. Klonowanie oparte na mapie genu, który jest uszkodzony w mutantach ssm, ujawniło małą delecję w szóstym intronie genu kodującego syntaksynę, VAM3/SYP22, która jest zaangażowana w transport pęcherzykowy do wakuoli. Wydaje się, że ta mutacja powoduje insercję peptydu w wydedukowanej sekwencji polipeptydu VAM3/SYP22 z powodu wadliwego składania skróconego szóstego intronu. Co istotne, w porównaniu z genomem Ler typu dzikiego, genom Col-0 typu dzikiego ma delecję pojedynczej pary zasad powodującej mutację przesunięcia ramki odczytu w SYP23, genie o najwyższej znanej homologii z VAM3/SYP22. Odkrycia te sugerują, że VAM3/SYP22 i SYP23 mają nakładające się funkcje i że transport pęcherzykowy, w którym pośredniczą te syntaksyny, jest ważny dla morfogenezy pędów.


title: Myszy BALB/c klasy Ia z niedoborem MHC wytwarzają, za pośrednictwem limfocytów T CD8+, ochronną odporność przeciwko zakażeniu Listeria monocytogenes.

text: Limfocyty T CD8(+) są wymagane do ochronnej odporności przeciwko patogenom wewnątrzkomórkowym, takim jak Listeria monocytogenes. W tym badaniu wykorzystaliśmy myszy klasy Ia z niedoborem MHC, które miały poważne zmniejszenie liczby krążących limfocytów T CD8(+), w celu określenia zdolności ochronnej limfocytów T klasy Ib z restrykcją MHC podczas infekcji L. monocytogenes. Mutacja K(b-/-)D(b-/-) została skrzyżowana wstecznie na tle C.B10 (BALB/c kongeniczny w locus H-2 z C57BL/10), ponieważ myszy BALB/c są bardziej podatne na Listeria niż inne powszechnie badane szczepy myszy, takie jak C57BL/6. Myszy C.B10 K(b-/-)D(b-/-) immunizowane subletalną dawką L. monocytogenes były w pełni chronione przed następczą śmiertelną infekcją. Adopcyjny transfer podzbiorów splenocytów odpornych na Listeria do naiwnych myszy K(b-/-)D(b-/-) wskazuje, że limfocyty T CD8(+) były głównym składnikiem tej ochronnej odpowiedzi immunologicznej. Wykazano, że linia komórek T CD8(+) wyizolowana ze śledziony zakażonej Listeria myszy klasy Ia z niedoborem MHC specyficznie rozpoznaje komórki zakażone Listerią in vitro, co określono w testach wydzielania IFN-gamma i cytotoksyczności. Adopcyjny transfer tej samej linii komórek T skutkował znaczącą ochroną przed prowokacją L. monocytogenes. Wyniki te sugerują, że nawet ograniczona liczba limfocytów T klasy Ib ograniczonych do MHC jest wystarczająca do wygenerowania szybkiej odpowiedzi przypominającej wymaganej do ochrony przed wtórnym zakażeniem L. monocytogenes.


title: Zwiększona ekspresja PD-1 jest związana z rozwojem tocznia rumieniowatego układowego, ale nie allelu PD-1.1 genu PDCD1

text: Toczeń rumieniowaty układowy (SLE) to wieloukładowa choroba autoimmunologiczna ze skomplikowanym dziedziczeniem genetycznym. Zaprogramowana śmierć 1 (PD-1), negatywny regulator limfocytów T utrzymujący tolerancję obwodową, indukuje negatywne sygnały do limfocytów T podczas interakcji z jego ligandami i dlatego jest genem kandydującym do rozwoju SLE. W celu zbadania, czy poziomy ekspresji PD-1 przyczyniają się do patogenezy SLE, zrekrutowano 30 pacjentów z SLE i 30 osób z grupy kontrolnej, a ich poziomy ekspresji PD-1 w jednojądrzastych komórkach krwi obwodowej (PBMC) zmierzono za pomocą cytometrii przepływowej i ilościowej rzeczywistej -reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkrypcją w czasie (RT-PCR). W tej pracy badano również, czy poziomy ekspresji PD-1 są związane z wariantem SNP rs36084323 i Indeksem Aktywności Choroby SLE (SLEDAI). Poziomy ekspresji PD-1 pacjentów z SLE były znacząco zwiększone w porównaniu z tymi zdrowymi kontrolami. Podwyższone poziomy ekspresji PD-1 u pacjentów z SLE były silnie związane z wynikami SLEDAI. Nie stwierdzono istotnej różnicy między poziomem ekspresji PD-1 a SNP rs36084323. Wyniki sugerują, że zwiększona ekspresja PD-1 może korelować z patogenezą SLE, podwyższona ekspresja PD-1 może być biomarkerem w diagnostyce SLE, a inhibitor PD-1 może być użyteczny w leczeniu SLE.


title: Błony komórek śródbłonka zawierają podokaliksynę – główną sialoproteinę komórek nabłonka trzewnego kłębuszków nerkowych

text: Podokaliksyna jest główną sialoproteiną w glikokaliksie kłębuszkowych podocytów. Tutaj opisujemy jego lokalizację pozakłębuszkową, stosując przeciwciało monospecyficzne, które zostało uzyskane przez oczyszczanie metodą powinowactwa IgG na nitrocelulozowych transferach podokalyksyny kłębuszkowej. Dzięki pośredniej immunofluorescencji podokaliksynę znaleziono w naczyniach krwionośnych kilku narządów (płuc, serca, nerki, jelita cienkiego, mózgu, trzustki, aorty, okołowrotnych naczyń krwionośnych w wątrobie i centralnych tętnic mieszków włosowych śledziony, ale nie w śródbłonek wyściełający zatoki tych ostatnich narządów). Za pomocą mikroskopii immunoelektronowej - przy użyciu koniugatów immunozłota w procedurach dyfuzyjnych ("wstępne osadzanie") i powierzchniowe ("po osadzeniu") - podokaliksynę lokalizowano w domenie błony światła komórek śródbłonka, w niejednolitym rozmieszczeniu. Obecność podokalyksyny potwierdzono w ekstraktach SDS tkanki płucnej metodą immunoblottingu. Wnioskujemy, że (a) podokaliksyna jest szeroko rozpowszechnionym składnikiem błon plazmatycznych śródbłonka, (b) jest ograniczona do domeny błony światła i (c) jest rozmieszczona nierównomiernie na powierzchni komórek śródbłonka.


title: Wywołany teratogenem stres oksydacyjny działa na dehydrogenazę aldehydu 3-fosforanowego gliceryny w fazie organogenezy zarodek myszy

text: Ekspozycja w fazie organogenezy zarodka myszy na modelowy teratogen, hydroksymocznik (HU), wywołuje malformacje kędzierzawego ogona i kończyn. Stres oksydacyjny przyczynia się do toksyczności rozwojowej HU. Reaktywne formy tlenu (ROS) oddziałują z wielonienasyconymi błonami bilipidowymi, tworząc α,β-nienasycone reaktywne aldehydy; 4-hydroksy-2-nonenal (4-HNE), jeden z najbardziej cytotoksycznych z tych aldehydów, kowalencyjnie adduktuje z białkami, lipidami i kwasami nukleinowymi. Celem niniejszego badania jest ustalenie, czy ekspozycja myszy CD1 na HU w 9 dniu ciąży generuje specyficzne dla regionu addukty białka 4-HNE w zarodku oraz identyfikacja docelowych białek. Tworzenie adduktów białka 4-HNE było podwyższone w obszarze ogonowym zarodków kontrolnych; Ekspozycja na HU dalej zwiększała tworzenie adduktów 4-HNE-białko w tym obszarze. Co ciekawe, trzy z białek modyfikowanych 4-HNE, dehydrogenaza gliceraldehydo-3-fosforanowa (GAPDH), transaminaza glutaminianowo-szczawiooctanowa 2 i aldolaza 1, izoforma A, biorą udział w metabolizmie energetycznym. Tworzenie adduktów białka 4-HNE-GAPDH zmniejszyło aktywność enzymatyczną GAPDH o 20% i osłabiło produkcję mleczanu o 40%. Ponadto ekspozycja na HU indukowała translokację jądrową GAPDH w regionie ogonowym eksponowanych zarodków; ta translokacja jądrowa może być związana z reaktywacją utlenionych białek zaangażowanych w naprawę DNA, takich jak endonukleaza apurynowa/apirymidynowa-1, oraz stymulacją aktywności białka P300 związanego z E1A/białka wiążącego kreb (p300/CBP), inicjującego śmierć komórki w szlaku zależnym od p53. Proponujemy, że GAPDH jest wrażliwym na redoks celem w zarodku i może odgrywać rolę w odpowiedzi na stres podczas rozwoju.


title: Nawracająca żylna choroba zakrzepowo-zatorowa i powikłania krwotoczne podczas leczenia przeciwzakrzepowego u pacjentów z chorobą nowotworową i zakrzepicą żylną.

text: U niewielkiego odsetka pacjentów z zakrzepicą żył głębokich występują nawracające żylne powikłania zakrzepowo-zatorowe lub krwawienie podczas leczenia przeciwzakrzepowego. Powikłania te mogą występować częściej, jeśli u tych pacjentów współistnieje nowotwór. To prospektywne badanie kontrolne miało na celu ustalenie, czy u pacjentów z zakrzepicą osoby z nowotworem mają większe ryzyko nawrotu żylnej choroby zakrzepowo-zatorowej lub krwawienia podczas leczenia przeciwzakrzepowego niż osoby bez raka. Spośród 842 włączonych pacjentów, 181 miało raka na początku. Skumulowana 12-miesięczna częstość występowania nawrotowej choroby zakrzepowo-zatorowej u pacjentów z nowotworem wynosiła 20,7% (95% CI, 15,6%-25,8%) w porównaniu z 6,8% (95% CI, 3,9%-9,7%) u pacjentów bez raka, dla współczynnika ryzyka wynoszącego 3,2 (95% CI, 1,9-5,4) Skumulowana 12-miesięczna częstość występowania poważnych krwawień wyniosła 12,4% (95% CI, 6,5%-18,2%) u pacjentów z rakiem i 4,9% (95% CI, 2,5%-7,4%) ) u pacjentów bez raka, dla ilorazu ryzyka 2,2 (95% CI, 1,2-4,1). Nawrót i krwawienie były związane z nasileniem nowotworu i występowały głównie w pierwszym miesiącu leczenia przeciwzakrzepowego, ale nie mogły być wyjaśnione przez pod- lub nadmierną antykoagulację. Chorzy na nowotwory z zakrzepicą żylną są bardziej narażeni na nawracające powikłania zakrzepowo-zatorowe i poważne krwawienia podczas leczenia przeciwzakrzepowego niż pacjenci bez nowotworu złośliwego. Zagrożenia te korelują z rozległością raka. Możliwości poprawy przy użyciu obecnych paradygmatów antykoagulacji wydają się ograniczone i należy opracować nowe strategie leczenia.


title: Dopasowywanie modeli wielopoziomowych do złożonych danych pomiarowych z wagami projektowymi: Zalecenia

text: TŁO Modele wielopoziomowe (MLM) oferują złożonym analitykom danych z badań unikalne podejście do zrozumienia indywidualnych i kontekstowych uwarunkowań zdrowia publicznego. Jednak istnieje niewiele podsumowanych wskazówek dotyczących dopasowywania MLM do złożonych danych pomiarowych z wagami projektowymi. Prace symulacyjne sugerują, że analitycy powinni skalować wagi projektowe przy użyciu dwóch metod i dopasować MLM przy użyciu danych nieważonych i skalowanych ważonych. W tym artykule omówiono wydajność analiz skalowanych ważonych i nieważonych w różnych programach MLM i oprogramowaniu. METODY Korzystając z danych z Krajowego Badania Dzieci ze Specjalnymi Potrzebami Opieki Zdrowotnej (NS-CSHCN: n = 40 723) z 2005-2006, które zebrało dane od dzieci skupionych w ramach stanów, badam skuteczność metod skalowania w różnych typach wyników (kategoryczne vs ciągłe ), typ modelu (poziom 1, poziom 2 lub kombinowany) oraz oprogramowanie (Mplus, MLwiN i GLLAMM). WYNIKI Skalowane oszacowania ważone i błędy standardowe różniły się nieznacznie od analiz nieważonych, zgadzając się ze sobą bardziej niż z analizami nieważonymi. Zaobserwowane różnice były jednak minimalne i nie prowadziły do odmiennych wniosków wnioskowania. Podobnie wyniki wykazały minimalne różnice między programami, zwiększając zaufanie do wyników i wnioskowanych wniosków niezależnie od wyboru oprogramowania. WNIOSEK W przypadku uwzględniania wag projektowych w MLM, analitycy powinni skalować wagi i używać oprogramowania, które prawidłowo uwzględnia przeskalowane wagi w estymacji.


title: Funkcjonalne wyniki wielowarunkowej opieki zespołowej i pomyślnego starzenia się: wyniki randomizowanego badania

text: CEL Ocena skuteczności zintegrowanej opieki nad przewlekłymi chorobami fizycznymi i depresją w zmniejszaniu niepełnosprawności i poprawie jakości życia. PROJEKT Randomizowane, kontrolowane badanie wielostanowej opieki zespołowej w przypadku depresji i słabo kontrolowanej cukrzycy i/lub czynników ryzyka choroby wieńcowej serca w porównaniu ze zwykłą opieką wśród osób w średnim i starszym wieku. UCZESTNICY Pacjenci chorzy na cukrzycę lub chorobę wieńcową serca lub obie, z ciśnieniem krwi powyżej 140/90 mm Hg, stężeniem lipoprotein o małej gęstości > 3,37 mmol/l lub stężeniem hemoglobiny glikowanej 8,5% lub wyższym oraz z wynikiem depresji PHQ-9 ≥10. INTERWENCJA 12-miesięczna interwencja mająca na celu poprawę depresji, kontroli glikemii, ciśnienia krwi i kontroli lipidów poprzez zintegrowanie programu „leczyć do celu” dla cukrzycy i czynników ryzyka choroby wieńcowej ze wspólną opieką w przypadku depresji. Interwencja łączyła wsparcie samodzielnego leczenia, monitorowanie kontroli choroby i farmakoterapię w celu kontrolowania depresji, hiperglikemii, nadciśnienia i hiperlipidemii. GŁÓWNE MIARY REZULTATU Niepełnosprawność z ról społecznych (skala niepełnosprawności Sheehana), globalna ocena jakości życia i skale oceny niepełnosprawności Światowej Organizacji Zdrowia (WHODAS-2) do pomiaru niepełnosprawności w czynnościach życia codziennego (mobilność, samoopieka, utrzymanie domu). WYNIKI Spośród 214 włączonych pacjentów (106 interwencji i 108 zwykłej opieki) uzyskano pomiary niepełnosprawności i jakości życia dla 97 pacjentów interwencyjnych po sześciu miesiącach (92%) i 92 po 12 miesiącach (87%) oraz dla 96 pacjentów objętych zwykłą opieką po sześć miesięcy (89%) i 92 po 12 miesiącach (85%). Poprawa w stosunku do wartości początkowej w skali niepełnosprawności Sheehana (-0,9, 95% przedział ufności -1,5 do -0,2; p = 0,006) i ogólna ocena jakości życia (0,7, 0,2 do 1,2; p = 0,005) były znacznie większe w wieku 6 i 12 lat. miesięcy u pacjentów w grupie interwencyjnej. Wystąpiła tendencja do większej poprawy niepełnosprawności w czynnościach życia codziennego (-1,5, -3,3 do 0,4; P = 0,10). WNIOSKI Opieka zintegrowana, która obejmuje przewlekłe choroby fizyczne i współistniejącą depresję, może zmniejszyć niepełnosprawność związaną z rolą społeczną i poprawić globalną jakość życia. Rejestracja badania Badania kliniczne NCT00468676.


title: Porównanie opłacalności na podstawie danych z badań randomizowanych lub rzeczywistej praktyki klinicznej: selektywne inhibitory Cox-2 jako przykład

text: TŁO Dane dotyczące bezwzględnego ryzyka wyników i wzorców zażywania narkotyków w analizach opłacalności często opierają się na randomizowanych badaniach klinicznych (RCT). Celem tego badania była ocena ważności zewnętrznej opublikowanych badań efektywności kosztowej poprzez porównanie danych wykorzystanych w tych badaniach (zazwyczaj opartych na RCT) z danymi obserwacyjnymi z rzeczywistej praktyki klinicznej. Jako przykład zastosowano selektywne inhibitory Cox-2 (koksyby). METODY I WNIOSKI Do oszacowania charakterystyki ekspozycji i indywidualnego prawdopodobieństwa wystąpienia zdarzeń ze strony górnego odcinka przewodu pokarmowego (GI) podczas bieżącej ekspozycji na niesteroidowe leki przeciwzapalne (NLPZ) lub koksyby wykorzystano brytyjską bazę danych General Practice Research Database (GPRD). Opracowano podstawowy model opłacalności oceniający dwie alternatywne strategie: przepisanie konwencjonalnego NLPZ lub koksybu. Wyniki obejmowały zdarzenia dotyczące górnego odcinka przewodu pokarmowego zarejestrowane w GPRD oraz hospitalizację w przypadku zdarzeń dotyczących górnego odcinka przewodu pokarmowego zarejestrowanych w krajowym rejestrze hospitalizacji (Statystyka epizodów szpitalnych) powiązanych z GPRD. Koszty recepty oparto na przepisanej liczbie tabel zapisanych w GPRD oraz danych o kosztach z 2006 r. z British National Formulary. Badana populacja obejmowała ponad 1 milion pacjentów, którym przepisano konwencjonalne NLPZ lub koksyby. Tylko mniejszość pacjentów stosowała leki długotrwale i codziennie (34,5% konwencjonalnych NLPZ i 44,2% koksybów), podczas gdy RCT na koksyb wymagały codziennego stosowania przez co najmniej 6-9 miesięcy. Średni koszt zapobiegania jednemu zdarzeniu górnego odcinka przewodu pokarmowego odnotowany w GPRD wyniósł 104 tys. USD (od 64 tys. USD przy długotrwałym codziennym stosowaniu do 182 tys. USD przy przerywanym stosowaniu) i 298 tys. USD w przypadku hospitalizacji. Średnie koszty (dla imprez GPRD) w czasie kalendarzowym wyniosły 58 tys. USD w latach 1990-1993 i 174 tys. USD w latach 2002-2005. Używając danych RCT zamiast danych GPRD dla prawdopodobieństwa zdarzeń, średni koszt wyniósł 16 tys. USD w przypadku VIGOR RCT i 20 tys. USD w przypadku CLASS RCT. WNIOSKI Opublikowane analizy opłacalności koksybów nie miały wiarygodności zewnętrznej, nie reprezentowały pacjentów w rzeczywistej praktyce klinicznej i nie powinny były być wykorzystywane do kształtowania polityki przepisywania leków. Trafność zewnętrzna powinna być wyraźnym wymogiem dla analiz opłacalności.


title: Aktywacja EBI2 za pośrednictwem 7α, 25-dihydroksycholesterolu w regulacji immunologicznej i chorobach

text: EBI2, znany również jako GPR183, jest receptorem pary G, pierwotnie zidentyfikowanym w 1993 roku jako jeden z głównych genów indukowanych w linii komórkowej chłoniaka Burkitta BL41 przez zakażenie wirusem Epsteina-Barra (EBV). Po ogłoszeniu w 2009 roku, że receptor odgrywa kluczową rolę w regulowaniu migracji i odpowiedzi komórek B, rozpoczęliśmy starania w poszukiwaniu jego endogennego ligandu. W 2011 roku wraz z inną grupą donieśliśmy o identyfikacji 7α,25-dihydroksyxcholesterolu (7α,25-OHC), oksysterolu, jako prawdopodobnego fizjologicznego liganda EBI2. Kilka później opublikowanych badań wyjaśniło, w jaki sposób 7α, 25-OHC wiąże się z EBI2 i jak można wygenerować gradient 7α, 25-OHC in vivo oraz regulować migrację, aktywację i funkcje komórek B, komórek T, komórek dendrytycznych ( DC), monocyty/makrofagi i astrocyty. Identyfikacja 7α,25-OHC jako liganda receptora sprzężonego z białkiem G ujawniła nieznany wcześniej system sygnalizacyjny oksysteroli, klasy cząsteczek, które pełnią głębokie funkcje biologiczne. Uważa się, że rozregulowanie syntezy lub funkcji tych cząsteczek przyczynia się do stanów zapalnych i chorób autoimmunologicznych, chorób sercowo-naczyniowych, chorób neurodegeneracyjnych, raka, a także chorób metabolicznych, takich jak cukrzyca, otyłość i dyslipidemia. Dlatego EBI2 może stanowić obiecujący cel interwencji terapeutycznych w chorobach człowieka.


title: PrimPol omija fotoprodukty UV podczas replikacji chromosomowego DNA eukariotycznego

text: Uszkodzenie DNA może zatrzymać maszynerię replikacji DNA, prowadząc do niestabilności genomu. W związku z tym istnieje wiele mechanizmów umożliwiających pełną duplikację genomu przy braku nieskazitelnej matrycy DNA, ale identyfikacja zaangażowanych enzymów pozostaje niekompletna. Tutaj ustalamy, że Primase-Polymerase (PrimPol; CCDC111), archeon-eukariotyczna prymaza (AEP) w komórkach eukariotycznych, bierze udział w replikacji chromosomalnego DNA. PrimPol jest wymagany do progresji widełek replikacyjnych na matrycach DNA uszkodzonych światłem ultrafioletowym (UV), prawdopodobnie za pośrednictwem jego zdolności do katalizowania syntezy translekcji (TLS) tych zmian. Ten szlak omijania zmian PrimPol UV nie jest epistatyczny z szlakiem zależnym od Pol η iw konsekwencji chroni komórki pacjenta z wariantem xeroderma pigmentosum (XP-V) przed cytotoksycznością wywołaną promieniowaniem UV. Ponadto ustalamy, że PrimPol jest również wymagany do wydajnej progresji widełek replikacji podczas niezakłóconej fazy S. Te i inne odkrycia wskazują, że PrimPol jest ważnym graczem w progresji widełek replikacyjnych w komórkach eukariotycznych.


title: Nowy enzym immunosupresyjny IL4I1 jest wyrażany przez komórki nowotworowe kilku chłoniaków z komórek B i makrofagi związane z nowotworem

text: Wcześniej donosiliśmy o silnej ekspresji genu IL4I1 w pierwotnym chłoniaku z komórek B śródpiersia (PMBL), a ostatnio zidentyfikowaliśmy białko jako wydzielaną oksydazę L-fenyloalaniny, fizjologicznie wyrażaną przez komórki szpiku, która hamuje proliferację komórek T in vitro. Tutaj przeanalizowaliśmy wzór ekspresji białka IL4I1 w 315 ludzkich nowotworach limfoidalnych i nielimfoidalnych. Oprócz PMBL, ekspresja IL4I1 w nowotworach była bardzo częsta. IL4I1 wykryto w makrofagach związanych z nowotworem z większości nowotworów oraz w komórkach nowotworowych z chłoniaka grudkowego, klasycznych i guzkowych chłoniaków Hodgkina z przewagą limfocytów i chłoniaka z małych limfocytów, z których trzy pochodzą z centrum zarodkowego. Komórki guza IL4I1-dodatnie wykryto również w rzadkich przypadkach nowotworów litych, głównie międzybłoniaka. Aktywność enzymatyczna zbiegła się z ekspresją białka, co sugeruje, że IL4I1 działa in vivo. W zależności od typu nowotworu, IL4I1 może wpływać na różne populacje naciekających limfocytów, co ma wpływ na ewolucję nowotworu. W szczególnym przypadku komórek chłoniaka grudkowego, które są podatne na zabijanie przeciwnowotworowych cytotoksycznych limfocytów T, ale przeżycie zależą od interakcji z lokalnymi limfocytami T pomocniczymi, wysoki poziom ekspresji IL4I1 wydaje się być związany z brakiem zaangażowania szpiku kostnego i lepszymi wynikami. Odkrycia te przemawiają za oceną IL4I1 jako czynnika prognostycznego.


title: Złe rokowanie w raku jest związane z sygnaturą ekspresji genów nieprawidłowej aktywności szlaku supresorowego nowotworu PTEN.

text: Terapia specyficzna dla szlaku to przyszłość leczenia raka. Onkogenny szlak 3-kinazy fosfatydyloinozytolu (PI3K) jest często aktywowany w guzach litych; jednak obecnie nie istnieje żaden wiarygodny test aktywacji szlaku PI3K dla ludzkich guzów. Korzystając z obserwacji, że utrata PTEN, negatywnego regulatora PI3K, powoduje silną aktywację tego szlaku, opracowaliśmy i zwalidowaliśmy sygnaturę ekspresji genów na mikromacierzach dla wykrywalnej immunohistochemicznie (IHC) utraty PTEN w raku piersi (BC). Najbardziej znaczącym genem sygnaturowym był sam PTEN, co wskazuje, że poziomy mRNA PTEN są głównym wyznacznikiem poziomów białka PTEN w BC. Niektóre BC PTEN-IHC-dodatnie wykazywały sygnaturę utraty PTEN, co było związane z umiarkowanie zmniejszonym poziomem mRNA PTEN współpracującym z określonymi typami mutacji PIK3CA i/lub amplifikacją HER2. Pokazuje to, że sygnatura jest bardziej czuła niż PTEN IHC w identyfikacji guzów z aktywacją szlaku. W niezależnych zestawach danych dotyczących raka piersi, prostaty i pęcherza moczowego przewidywanie aktywności szlaku na podstawie sygnatury korelowało istotnie ze złym rokowaniem pacjenta. Stathmin, kodowana przez sygnaturowy gen STMN1, była dokładnym markerem IHC sygnatury i miała znaczenie prognostyczne w BC. Stathmina była również szlakiem farmakodynamicznym in vitro i in vivo. Zatem sygnatura lub jej składniki, takie jak statmina, mogą być klinicznie użytecznymi testami do stratyfikacji pacjentów pod kątem terapii szlakiem anty-PI3K i monitorowania skuteczności terapeutycznej. Badanie to wskazuje, że nieprawidłowa sygnalizacja szlaku PI3K jest silnie związana z przerzutami i słabym przeżyciem we wszystkich typach raka, podkreślając ogromny potencjalny wpływ na przeżycie pacjentów, jaki może osiągnąć hamowanie szlaku.


title: Tłumienie subtelomerowego przełączania VSG przez Trypanosoma brucei TRF wymaga jego aktywności wiązania powtórzeń TTAGGG

text: Trypanosoma brucei powoduje ludzką trypanosomatozę afrykańską i regularnie zmienia swój główny antygen powierzchniowy, VSG, do krwiobiegu ssaka, aby uniknąć odpowiedzi immunologicznej gospodarza. VSG ulegają ekspresji wyłącznie w loci subtelomerowych i wcześniej wykazaliśmy, że białka telomerowe TbTIF2 i TbRAP1 odgrywają ważną rolę odpowiednio w przełączaniu VSG i regulacji wyciszania VSG. Obecnie odkrywamy, że czynnik wiążący telomerowy dupleks DNA, TbTRF, również odgrywa kluczową rolę w regulacji przełączania VSG, ponieważ przejściowe wyczerpanie TbTRF prowadzi do znacznie większej liczby zdarzeń przełączania VSG. Rozwiązaliśmy strukturę NMR wiążącej DNA domeny Myb TbTRF, która składa się w kanoniczną strukturę helisa-pętla-helisa, która jest zachowana w domenach Myb ssaczych białek TRF. Domena Myb TbTRF dobrze toleruje obszerną zasadę J w telomerowym DNA T. brucei, a na powinowactwo wiązania DNA TbTRF nie ma wpływu obecność J zarówno in vitro, jak i in vivo. Ponadto stwierdzamy, że mutacje punktowe w Myb TbTRF, które znacznie zmniejszyły jego powinowactwo do wiązania telomerowego DNA in vivo, prowadziły również do znacznego zwiększenia częstotliwości przełączania VSG, co wskazuje, że aktywność wiązania telomerowego DNA jest krytyczna dla roli TbTRF w regulacji przełączania VSG.


title: Cytotoksyczność zależna od limfocytów T CD4+ eliminuje pierwotne komórki nowotworowe w przerzutowym czerniaku poprzez wysoką ekspresję MHC klasy II i może być wzmocniona przez hamującą blokadę receptorów

text: Czerniak z przerzutami jest szybko postępującą chorobą o wysokiej śmiertelności i ograniczonych możliwościach leczenia. Immunoterapia oparta na odpowiedziach cytotoksycznych komórek T ukierunkowanych na nowotwór stanowi obiecującą strategię. Aby wspomóc jego rozwój, zbadaliśmy możliwość i skuteczność wykorzystania cytotoksycznych limfocytów T CD4+. Zbadano również mechanizmy regulacyjne kontrolujące cytotoksyczność za pośrednictwem limfocytów T CD4+. Odkryliśmy, że naturalnie występujące granzymy B i cytotoksyczne limfocyty T CD4+ z ekspresją perforyny można odzyskać od pacjentów z przerzutowym czerniakiem ze znacznie większą częstotliwością w porównaniu z tymi ze zdrowych kontroli. Te cytotoksyczne komórki T CD4+ były również zdolne do zabijania autologicznych komórek nowotworowych zebranych z przerzutowego czerniaka, niezależnie od komórek T CD8+ lub jakichkolwiek innych typów komórek. Zaobserwowano jednak kilka czynników ograniczających. Po pierwsze, aktywność cytolityczna limfocytów T CD4+ wymagała wysokiej ekspresji MHC klasy II na komórkach czerniaka, co nie było zadowalające w podzbiorze czerniaków. Po drugie, uwalnianie granzymu B i perforyny przez aktywowane cytotoksyczne limfocyty T CD4+ zostało zmniejszone po hodowli z autologicznymi komórkami czerniaka, charakteryzujących się niską ekspresją LAMP-1 i niskim wydzielaniem granzymu B i perforyny w supernatancie. Sugerowało to, że obecne były mechanizmy hamujące hamujące cytotoksyczne limfocyty T CD4+. Rzeczywiście, blokada PD-1 i CTLA-4 zwiększyła aktywność cytolityczną limfocytów T CD4+, ale była skuteczna tylko w czerniakach MHC klasy II o wysokim poziomie, ale nie w czerniaku MHC klasy II o niskim poziomie. Razem nasze badanie wykazało, że cytotoksyczność za pośrednictwem limfocytów T CD4+ może wyeliminować pierwotne komórki czerniaka, ale skuteczność zależy od ekspresji MHC klasy II.


title: Epidemiologia i jatrogenne przenoszenie wirusa zapalenia wątroby typu C w Egipcie: podejście koalescencyjne bayesowskie.

text: Wirus zapalenia wątroby typu C (HCV) jest główną przyczyną raka i marskości wątroby, a Egipt ma prawdopodobnie najwyższą częstość występowania HCV na świecie. W tym artykule wykorzystujemy nowo opracowaną strukturę wnioskowania bayesowskiego, aby oszacować dynamikę przenoszenia HCV w Egipcie na podstawie pobranych próbek sekwencji genów wirusa oraz przewidzieć wpływ wirusa na zdrowie publiczne. Nasze wyniki wskazują, że efektywna liczba zakażeń HCV w Egipcie uległa gwałtownemu, wykładniczemu wzrostowi w latach 1930-1955. Czas i szybkość tego rozprzestrzeniania się dostarcza ilościowych dowodów genetycznych, że egipska epidemia HCV została zainicjowana i propagowana przez szeroko zakrojone kampanie wstrzyknięć przeciwko schistosomatozie. Chociaż nasze wyniki pokazują, że transmisja HCV od tego czasu zmniejszyła się, wnioskujemy, że HCV prawdopodobnie pozostanie powszechny w Egipcie przez kilka dziesięcioleci. Nasza połączona analiza genetyczna i epidemiologiczna populacji dostarcza szczegółowych szacunków historycznych zmian w rozpowszechnieniu HCV w Egipcie. Ponieważ nasze wyniki są zgodne ze scenariuszem demograficznym określonym a priori, stanowią również obiektywny test metod wnioskowania opartych na procesie koalescencyjnym.


title: Poprawa reprezentacji populacji za pomocą geograficznych systemów informacji zdrowotnej: mapowanie badania MURDOCK.

text: W niniejszym artykule przedstawiono metody wykorzystania analizy geoprzestrzennej do oceny, wzmocnienia i poprawy działań rekrutacyjnych w celu zapewnienia reprezentatywności w badanych populacjach. Stosujemy te metody w badaniu Measurement to Understand Reclassification of Disease of Cabarrus/Kannapolis (MURDOCK), podłużnym badaniu zdrowia populacji skoncentrowanym na mieście Kannapolis i hrabstwie Cabarrus w Karolinie Północnej. Chociaż podjęto wysiłki w celu rekrutacji rejestru uczestników, który jest reprezentatywny dla regionu zlewni 18 kodów pocztowych, w tym hrabstwa Cabarrus i Kannapolis, stronniczość w takiej rekrutacji jest nieunikniona. Uczestnicy badania MURDOCK są geoprzestrzenni przy wejściu, dostarczając informacji, które mogą być wykorzystane do monitorowania i kierowania działaniami rekrutacyjnymi. Reprezentatywność populacji uczestników MURDOCK została oceniona za pomocą testu chi-kwadrat w celu porównania populacji MURDOCK z danymi ze spisu z 2010 r., zarówno w odniesieniu do całego obszaru zlewni o 18 kodach pocztowych, jak i dla poszczególnych obszarów spisu. Model regresji logistycznej był odpowiedni do scharakteryzowania odcinków Spisu Powszechnego o niskiej rekrutacji, zdefiniowanych przez mniej niż 56 uczestników z tego odcinka. W regresji logistycznej obliczono odległość do miejsca, w którym zapisali się uczestnicy, a medianę odległości do miejsca rejestracji wykorzystano. Traktaty o niskim wskaźniku rekrutacji zawierały wyższe populacje mniejszościowe i młodsze, co sugeruje konkretne strategie poprawy rekrutacji w tych obszarach. Jednostki terenowe położone dalej od miejsc rekrutacji również nie były dobrze dobrane, mimo że znajdowały się na określonym obszarze badawczym, co wskazuje, że odległość przebyta w celu rekrutacji może być barierą. Wyniki te mają wpływ na bardziej ogólne ukierunkowanie działań rekrutacyjnych i reprezentatywnych próbek, w tym w innych badaniach populacyjnych.


title: Wykrywanie wariantów na podstawie haplotypów z sekwencjonowania krótkiego odczytu

text: Bezpośrednie wykrywanie haplotypów na podstawie krótkich danych z sekwencjonowania DNA wymaga zmian w istniejących metodach wykrywania małych wariantów. Tutaj opracowujemy bayesowskie ramy statystyczne, które są zdolne do modelowania wieloallelicznych loci w zbiorach osobników o niejednorodnej liczbie kopii. Następnie opisujemy naszą implementację tego frameworka w detektorze wariantów opartym na haplotypach, FreeBayes.


title: Asocjacja czynników ryzyka chorób układu krążenia w całym genomie podłużnym w badaniu Bogalusa Heart Study

text: Choroba sercowo-naczyniowa (CVD) jest główną przyczyną zgonów na całym świecie. Niedawne badania asocjacyjne całego genomu (GWA) wskazały wiele loci związanych z czynnikami ryzyka CVD u dorosłych. Nie jest jednak jasne, czy te loci przewidują poziomy cech w każdym wieku, czy są one związane z rozwojem danej cechy w czasie, czy też można je wykorzystać do badań przesiewowych osób przedobjawowych, aby zapewnić możliwość podjęcia środków zapobiegawczych przed początek choroby. Zakończyliśmy badanie asocjacyjne całego genomu na uczestnikach podłużnego badania Bogalusa Heart Study (BHS) i scharakteryzowaliśmy związek między czynnikami genetycznymi a rozwojem czynników ryzyka CVD od dzieciństwa do dorosłości. Przedstawiamy 7 istotnych skojarzeń obejmujących cały genom obejmujący czynniki ryzyka CVD, z których dwa zostały wcześniej zgłoszone. Górne regiony zostały przetestowane pod kątem replikacji w Young Finns Study (YF) i dwa powiązania silnie replikowane: rs247616 w CETP z poziomami HDL (łączne P = 9,7 x 10 (-24)) i rs445925 przy APOE z poziomami LDL (łączone P = 8,7 x 10 (-19)). Pokazujemy, że SNP zidentyfikowane wcześniej w badaniach przekrojowych dorosłych wykazują tendencję do wykazywania efektów niezależnych od wieku w BHS z wielkością efektu zgodną z poprzednimi raportami. Wcześniej zidentyfikowane warianty wiązały się z poziomami cech dorosłych powyżej i poza tymi obserwowanymi w dzieciństwie; jednak warianty z efektami zależnymi od czasu były również obiecującymi predyktorami. Jest to pierwsze badanie GWA oceniające rolę powszechnych wariantów genetycznych w rozwoju czynników ryzyka CVD u dzieci w miarę ich przechodzenia w dorosłość i podkreśla użyteczność badań podłużnych w celu identyfikacji genetycznych predyktorów cech dorosłych u dzieci.


title: Aktyna i czynnik odpowiedzi surowicy przekazują fizyczne sygnały z mikrośrodowiska, aby regulować decyzje dotyczące losu komórek macierzystych naskórka

text: Homeostaza naskórka zależy od równowagi między odnowieniem a różnicowaniem komórek macierzystych i jest regulowana przez zewnętrzne sygnały z macierzy zewnątrzkomórkowej (ECM). Potężnym podejściem do analizy zaangażowanych szlaków jest zaprojektowanie mikrośrodowisk dla pojedynczej komórki, w których poszczególne zmienne są precyzyjnie i ilościowo kontrolowane. W tym przypadku wykorzystujemy powierzchnie o mikrowzorach, aby zidentyfikować szlaki sygnałowe, za pomocą których ograniczony kontakt z ECM wyzwala komórki macierzyste ludzkiego naskórka do zainicjowania końcowego różnicowania. Na małych (o średnicy 20 μm) okrągłych wyspach keratynocyty pozostały zaokrąglone i różnicowały się z większą częstotliwością niż komórki, które mogły rozprzestrzeniać się na dużych (50 μm średnicy) wyspach. Zróżnicowanie nie zależało od składu ani gęstości ECM. Przeciwnie, cytoszkielet aktynowy pośredniczył w różnicowaniu indukowanym kształtem, regulując aktywność transkrypcyjną czynnika odpowiedzi surowicy (SRF). Uderzenie SRF lub jego kofaktora MAL hamowało różnicowanie, podczas gdy nadekspresja MAL stymulowała aktywność SRF i ekspresję inwolukryny. Do różnicowania wymagane były również geny docelowe SRF FOS i JUNB: odpowiedź surowicy za pośrednictwem c-Fos, podczas gdy JunB był regulowany przez aktynę i MAL. Nasze odkrycia pokazują, w jaki sposób sygnały biofizyczne są przekształcane w odpowiedzi transkrypcyjne, które determinują los komórek naskórka.


title: Odtwarzalność i automatyczny pomiar dyspersji QT.

text: W tym badaniu zbadano odtwarzalność rozproszenia odstępu QT na podstawie nieprawidłowych elektrokardiogramów u pacjentów po przebytym zawale mięśnia sercowego między obserwatorami (dwóch obserwatorów) i wewnątrzosobnikowymi (dwa pomiary) i porównano interakcję z użytkownikiem z automatycznym systemem pomiarowym. Standardowe 12-odprowadzeniowe elektrokardiogramy, rejestrowane przy 25 mm.s-1, zostały losowo wybrane spośród 70 pacjentów po zawale mięśnia sercowego. Zostały one zeskanowane do komputera osobistego, a specjalnie zaprojektowane oprogramowanie zeszkieletowane i połączone z każdym obrazem. Obrazy były następnie dostępne do interakcji użytkownika (na ekranie myszy i komputera) lub do automatycznych pomiarów przy użyciu specjalnie zaprojektowanego algorytmu. Dla wszystkich metod powtarzalność odstępu RR była doskonała (średnie błędy bezwzględne 3-4 ms, błędy względne 0,3-0,5%). Odtwarzalność średniego odstępu QT była dobra; Błąd wewnątrzosobniczy wynosił 6 ms (błąd względny 1,4%), błąd międzyobserwatorski wynosił 7 ms (1,8%), a błędy obserwatorów w porównaniu z automatycznymi pomiarami wynosiły 10 i 11 ms (2,5; 2,8%). Jednak pomiary dyspersji QTc miały duże błędy dla wszystkich metod; Błąd wewnątrzosobniczy wynosił 12 ms (17,3%), błąd międzyobserwatorski 15 ms (22,1%), a pomiar obserwatorów w porównaniu z pomiarem automatycznym to błędy 30 i 28 ms (35,4; 31,9%). Pomiary dyspersji QT opierają się na najtrudniejszych do zmierzenia odstępach QT, co powoduje problem z odtwarzalnością. Każdy system automatyczny musi nie tylko rozpoznawać typowe morfologie załamków T, ale także te trudniejsze załamki T, jeśli ma być przydatny do pomiaru dyspersji QT. Słaba odtwarzalność dyspersji QT ogranicza jej rolę jako użytecznego narzędzia klinicznego, zwłaszcza jako predyktora zdarzeń.


title: Hamowanie LSD1 uwrażliwia komórki glejaka na inhibitory deacetylazy histonowej.

text: Glejak wielopostaciowy (GBM) jest szczególnie agresywnym guzem mózgu i pozostaje chorobą wyniszczającą klinicznie. Pomimo innowacyjnych terapii stosowanych w leczeniu GBM, w ciągu ostatniej dekady nie odnotowano znaczącego wzrostu przeżywalności pacjentów. Enzymy kontrolujące zmiany epigenetyczne cieszą się dużym zainteresowaniem jako cele terapii przeciwnowotworowej ze względu na ich kluczową rolę w procesach komórkowych prowadzących do onkogenezy. Kilka inhibitorów deacetylaz histonowych (HDAC) zostało opracowanych i przetestowanych w GBM z umiarkowanym powodzeniem. Odkryliśmy, że traktowanie komórek GBM inhibitorami HDAC spowodowało akumulację metylacji histonów, modyfikację usuniętą przez demetylazę 1 specyficzną dla lizyny (LSD1). To doprowadziło nas do zbadania skutków jednoczesnego hamowania HDAC i LSD1 jako potencjalnej terapii skojarzonej. Oceniliśmy indukcję apoptozy w liniach komórkowych GBM po łącznym hamowaniu LSD1 i HDAC. LSD1 było hamowane przez ukierunkowane krótkie RNA o strukturze spinki do włosów lub środki farmakologiczne, a hamowanie HDAC osiągnięto przez leczenie worinostatem lub PCI-24781. Apoptoza zależna od kaspazy była znacząco zwiększona (>2-krotnie) w komórkach GBM powalonych LSD1 traktowanych inhibitorami HDAC. Ponadto, farmakologiczne hamowanie LSD1 inhibitorem monoaminooksydazy tranylcyprominą, w połączeniu z inhibitorami HDAC, prowadziło do synergistycznej apoptotycznej śmierci komórek w komórkach GBM; nie wystąpiło to w normalnych ludzkich astrocytach. Podsumowując, wyniki te wskazują, że LSD1 i HDAC współpracują w regulowaniu kluczowych szlaków śmierci komórek w liniach komórkowych GBM, ale nie w normalnych odpowiednikach, i potwierdzają łączne zastosowanie inhibitorów LSD1 i HDAC jako podejścia terapeutycznego dla GBM.


title: Wyzwania związane z eliminacją malarii na Zanzibarze: odporność na pyretroidy u wektorów malarii i słabe działanie długotrwałych siatek owadobójczych

text: TŁO Długotrwałe moskitiery nasączone środkiem owadobójczym (LLIN) i domowe spryskiwanie szczątków domowych (IRS) to główne interwencje mające na celu zwalczanie wektorów malarii na Zanzibarze. Celem niniejszego badania była ocena stanu podatności wektorów malarii na insektycydy stosowane do LLIN i IRS oraz określenie trwałości i skuteczności LLIN na wyspie. METODY W latach 2010-2011 pobrano próbki komarów z wysp Pemba i Unguja do wykorzystania w testach wrażliwości WHO. Z gospodarstw domowych na wyspie Unguja zebrano sto pięćdziesiąt LLIN, zarejestrowano ich stan fizyczny, a następnie przetestowano pod kątem skuteczności oraz całkowitej zawartości insektycydów. WYNIKI Identyfikacja gatunków wykazała, że ponad 90% kompleksu Anopheles gambiae to An. arabiensis z niewielką liczbą An. gambiae s.s. i An. Merus jest obecny. Testy podatności wykazały, że An. arabiensis na Pemba był odporny na pyretroidy stosowane do LLIN i IRS. Jednak komary z wyspy Unguja były w pełni podatne na wszystkie testowane pyretroidy. Fizyczne badanie 150 LLIN wykazało, że dwie trzecie zostały uszkodzone już po trzech latach użytkowania. Wszystkie używane siatki miały istotnie niższe (p < 0,001) średnie stężenie permetryny wynoszące 791,6 mg/m2 w porównaniu z 944,2 mg/m2 dla nowych. Ich skuteczność znacznie spadła w stosunku do obu podatnych An. gambiae s.s. komary kolonialne i komary typu dzikiego z Pemby po zaledwie sześciu praniach (p < 0,001). WNIOSEK Trwałość osiągnięć osiągniętych w zakresie kontroli malarii na Zanzibarze jest poważnie zagrożona przez odporność wektorów malarii na pyretroidy i krótkotrwałą skuteczność LLIN. Badanie to wykazało, że nawet w stosunkowo dobrze wyposażonych i logistycznie zarządzanych miejscach, takich jak Zanzibar, eliminacja malarii będzie trudna do osiągnięcia przy obecnych środkach kontroli.


title: Antygen jądrowy komórek proliferujących działa jak platforma cytoplazmatyczna kontrolująca przeżycie ludzkich neutrofili

text: Apoptoza neutrofili jest wysoce regulowanym procesem niezbędnym do rozwiązania stanu zapalnego, którego mechanizmy molekularne są tylko częściowo wyjaśnione. W tym badaniu opisujemy szlak przeżycia kontrolowany przez jądrowy antygen proliferacji komórek (PCNA), czynnik jądrowy zaangażowany w replikację DNA i naprawę proliferujących komórek. Pokazujemy, że dojrzałe neutrofile, pomimo ich niezdolności do proliferacji, wyrażają wysokie poziomy PCNA wyłącznie w swoim cytozolu i konstytutywnie związane z prokaspazami, przypuszczalnie w celu zapobiegania ich aktywacji. Warto zauważyć, że obfitość cytozolowego PCNA zmniejszyła się podczas apoptozy i wzrosła podczas ekspozycji in vitro i in vivo na czynnik przeżycia granulocytowego czynnika stymulującego tworzenie kolonii (G-CSF). Peptydy pochodzące z zależnego od cyklin inhibitora kinazy p21, które współzawodniczą z prokaspazami o wiązanie PCNA, wywołały apoptozę neutrofili, wykazując w ten sposób, że specyficzna modyfikacja oddziaływań białek PCNA wpływa na przeżycie neutrofili. Ponadto nadekspresja PCNA powodowała, że komórki szpiku PLB985 zróżnicowane w neutrofilach były znacznie bardziej odporne na apoptozę indukowaną apoptozą przez ligand lub gliotoksynę związaną z TNF. Odwrotnie, spadek ekspresji PCNA po transfekcji małym interferującym RNA PCNA uwrażliwia te komórki na apoptozę. Wreszcie, mutacja w pętli łączącej międzydomenowe PCNA, miejscu wiązania dla wielu partnerów, znacząco zmniejszyła działanie antyapoptotyczne, w którym pośredniczy PCNA. Wyniki te identyfikują PCNA jako regulator długości życia neutrofili, co wskazuje na nowy cel, który może potencjalnie modulować patologiczny stan zapalny.


title: Rozwój mikrobioty jelitowej u niemowląt

text: Niemal natychmiast po narodzinach człowieka pojawia się nowy ekosystem drobnoustrojów, który znajduje się w przewodzie pokarmowym tej osoby. Chociaż jest to uniwersalna i integralna część biologii człowieka, postęp w czasie tego procesu, źródła drobnoustrojów tworzących ekosystem, jak i dlaczego różni się on w zależności od dziecka oraz jak skład tego ekosystemu wpływa na człowieka. fizjologia, rozwój i choroby są nadal słabo poznane. Jako krok w kierunku systematycznego badania tych pytań, zaprojektowaliśmy mikromacierz do wykrywania i oznaczania ilościowego sekwencji genów małych podjednostek rybosomalnego RNA (SSU rRNA) większości obecnie uznanych gatunków i grup taksonomicznych bakterii. Użyliśmy tej mikromacierzy, wraz z sekwencjonowaniem sklonowanych bibliotek rDNA SSU amplifikowanego metodą PCR, do profilowania społeczności drobnoustrojów w średnio 26 próbkach kału każda od 14 zdrowych, urodzonych w terminie ludzkich niemowląt, w tym pary bliźniąt dwuzygotycznych, zaczynając od pierwszy stolec po urodzeniu i kontynuowany w określonych odstępach czasu przez cały pierwszy rok życia. Aby zbadać możliwe pochodzenie mikroflory niemowląt, sprofilowaliśmy również próbki mleka i pochwy od większości matek oraz próbki kału od wszystkich matek, większości ojców i dwojga rodzeństwa. Skład i wzorce czasowe społeczności drobnoustrojów różniły się znacznie w zależności od dziecka. Pomimo znacznej zmienności czasowej, odrębne cechy społeczności drobnoustrojów każdego dziecka były rozpoznawalne w odstępach tygodni lub miesięcy. Uderzająco równoległe wzorce czasowe bliźniąt sugerują, że przypadkowa ekspozycja środowiskowa odgrywa główną rolę w określaniu charakterystycznych cech społeczności drobnoustrojów u każdego dziecka. Pod koniec pierwszego roku życia idiosynkratyczne ekosystemy drobnoustrojów u każdego dziecka, choć wciąż odrębne, zbiegły się w kierunku profilu charakterystycznego dla przewodu pokarmowego dorosłego.


title: Kombinatoryczna modulacja ekspresji genów galP i glk w celu poprawy alternatywnego wykorzystania glukozy

text: Fosfoenolopirogronian (PEP) jest ważnym prekursorem beztlenowej produkcji bursztynianu i jabłczanu. Chociaż inaktywacja systemów PEP/węglowodanowej fosfotransferazy (PTS) może zwiększyć dostarczanie PEP, powstały szczep miał niski stopień wykorzystania glukozy. W celu poprawy szybkości beztlenowego wykorzystania glukozy w celu wydajnej produkcji bursztynianu i jabłczanu kombinatoryczną modulację ekspresji genów permeazy galaktozy (galP) i glukokinazy (glk) przeprowadzono w chromosomie szczepu Escherichia coli z inaktywowanym PTS. Biblioteki sztucznych części regulatorowych, w tym region stabilizujący promotora i informacyjnego RNA (mRS), zostały najpierw skonstruowane przed genem β-galaktozydazy (lacZ) w chromosomie E. coli poprzez rekombinację λ-Red. Większość części regulatorowych wybranych z biblioteki mRS miała konstytutywne moce w różnych warunkach hodowli. Następnie zastosowano wygodną jednoetapową metodę rekombinacji do modulowania ekspresji genów galP i glk za pomocą różnych części regulatorowych. Wskaźniki wykorzystania glukozy szczepów modulowanych za pomocą galP lub glk wzrosły, a wskaźniki te miały dodatni związek z siłą ekspresji obu genów. Modulacja kombinatoryczna miała synergistyczny wpływ na szybkość wykorzystania glukozy. Najwyższy wskaźnik (1,64 g/l h) był dziesięciokrotnie wyższy niż szczepu PTS− io 39% wyższy niż w przypadku E. coli typu dzikiego. Te modulowane szczepy można wykorzystać do wydajnej beztlenowej produkcji bursztynianu i jabłczanu.


title: Matrix eQTL: Ultraszybka analiza eQTL poprzez operacje na dużych macierzach

text: Mapowanie loci cech ilościowych ekspresji (eQTL) ma na celu określenie regionów genomowych, które regulują transkrypcję genów. Ekspresja QTL jest wykorzystywana do badania struktury regulacyjnej normalnych tkanek i poszukiwania czynników genetycznych w złożonych chorobach, takich jak rak, cukrzyca i mukowiscydoza. Nowoczesny zbiór danych eQTL zawiera miliony SNP i tysiące transkryptów mierzonych dla setek próbek. To sprawia, że analiza jest złożona obliczeniowo, ponieważ obejmuje niezależne testowanie asocjacji dla każdej pary transkrypt-SNP. Duże obciążenie obliczeniowe sprawia, że analiza eQTL jest mniej popularna, często zmusza analityków do ograniczenia uwagi tylko do podzbioru transkryptów i SNP. W miarę udostępniania większych zbiorów danych dotyczących genotypu i ekspresji genów rośnie zapotrzebowanie na szybkie narzędzia do analizy eQTL. Przedstawiamy nową metodę szybkiej analizy eQTL za pomocą modeli liniowych, zwaną Matrix eQTL. Macierz eQTL może modelować i testować asocjację za pomocą modeli regresji liniowej i ANOVA. Modele mogą zawierać współzmienne w celu uwzględnienia takich czynników, jak struktura populacji, płeć i zmienne kliniczne. Obsługuje również testowanie modeli heteroskedastycznych oraz modeli z błędami skorelowanymi. W naszym eksperymencie na dużych zbiorach danych Matrix eQTL był tysiące razy szybszy niż istniejące popularne oprogramowanie do analizy QTL/eQTL. Matrix eQTL jest zaimplementowany zarówno jako pakiety Matlab, jak i R, dzięki czemu można go łatwo uruchomić w systemach Windows, Mac OS i Linux. Oprogramowanie jest dostępne bezpłatnie pod następującym adresem: http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL


title: Struktura DdrB z Deinococcus: nowa fałda dla jednoniciowych białek wiążących DNA

text: Deinococcus spp. słyną z niesamowitej zdolności do szybkiego powrotu do zdrowia po poważnej fragmentacji genomu w wyniku ekspozycji na ekstremalne poziomy promieniowania jonizującego lub wysuszenia. Pomimo tego, że został pierwotnie scharakteryzowany ponad 50 lat temu, mechanizm leżący u podstaw tego niezwykłego procesu naprawy jest nadal słabo poznany. Tutaj przedstawiamy strukturę 2,8 A DdrB, jednoniciowego białka wiążącego DNA (ssDNA) unikalnego dla Deinococcus spp. co ma kluczowe znaczenie dla regeneracji po uszkodzeniu DNA. DdrB tworzy pierścień pentameryczny zdolny do wiązania jednoniciowego, ale nie dwuniciowego DNA. Nieoczekiwanie struktura krystaliczna ujawnia, że DdrB zawiera nowy fałd, który jest strukturalnie i topologicznie różny od wszystkich innych białek wiążących jednoniciowych (SSB) scharakteryzowanych do tej pory. Zapotrzebowanie na unikalną funkcję wiązania ssDNA w odpowiedzi na poważne uszkodzenie sugeruje odrębną rolę DdrB, która może obejmować nie tylko standardowe funkcje białka SSB w ochronie ssDNA, ale także bardziej wyspecjalizowane role w rekrutacji białka lub utrzymywaniu architektury DNA. Omówiono możliwe mechanizmy działania DdrB w naprawie szkód.


title: N348I w domenie łącznikowej odwrotnej transkryptazy HIV-1 przewyższa oporność na zydowudynę i newirapinę

text: Wprowadzenie Aktywna katalitycznie podjednostka 66-kDa ludzkiego wirusa niedoboru odporności typu 1 (HIV-1) odwrotnej transkryptazy (RT) składa się z domen polimerazy DNA, połączenia i rybonukleazy H (RNaza H). Prawie wszystkie znane dotychczas zidentyfikowane mutacje oporności na inhibitor RT mapują domenę polimerazy enzymu. Jednak domeny połączenia i RNazy H nie są rutynowo analizowane w próbkach klinicznych i żaden z testów genotypowania dostępnych do leczenia pacjentów nie sekwencjonuje całego regionu kodującego RT. British Columbia Centre for Excellence in HIV/AIDS (the Centre) izoluje genotypy kliniczne do kodonu 400 w RT, a nasze retrospektywne analizy statystyczne bazy danych Centrum zidentyfikowały mutację N348I w domenie połączenia RT u osób doświadczonych w leczeniu. Celem tego multidyscyplinarnego badania było ustalenie znaczenia tej mutacji in vivo i jej roli w lekooporności. Metody i wyniki Przeanalizowano występowanie N348I w izolatach klinicznych, czas potrzebny do jego pojawienia się pod wpływem selektywnej presji lekowej oraz jego związek ze zmianami w obciążeniu wirusem, specyficznym leczeniem farmakologicznym i znanymi mutacjami lekoopornościowymi na podstawie genotypów, miana wirusa i historie leczenia z bazy danych Centrum. Częstość występowania N348I wzrosła z poniżej 1% u 368 nieleczonych pięciu osób do 12,1% u 1009 leczonych wcześniej pacjentów (p = 7,7 3 10 12). N348I pojawił się na wczesnym etapie terapii i był silnie związany z mutacjami analogów tymidyny (TAM) M41L i T215Y/F (p , 0,001), mutacjami oporności na lamiwudynę M184V/I (p , 0,001) oraz mutacjami oporności na nienukleozydowe RTI (NNRTI) K103N i Y181C/I (p , 0,001). Związek z mutacjami opornościowymi na TAM i NNRTI był zgodny z selekcją N348I u pacjentów leczonych schematami obejmującymi zarówno zydowudynę, jak i newirapinę (iloraz szans 2,62, 95% przedział ufności 1,43–4,81). Pojawienie się N348I było związane ze znacznym wzrostem miana wirusa (p < 0,001), który był tak duży jak wzrost miana wirusa obserwowany dla dowolnego z TAM. Jednak analiza ta nie uwzględniała jednoczesnej selekcji innych mutacji oporności na RT lub inhibitor proteazy w obciążeniu wirusem. Aby określić rolę tej mutacji w oporności na inhibitor RT, N348I wprowadzono do klonów molekularnych HIV-1 zawierających różne szkielety genetyczne. N348I zmniejszył podatność na zydowudynę od 2 do 4 razy w kontekście wirusa HIV-1 typu dzikiego lub w połączeniu z TAM. N348I zmniejszał również wrażliwość na newirapinę (7,4 razy) i efawirenz (2,5 razy) oraz znacząco wzmacniał oporność na te leki w połączeniu z K103N. Analizy biochemiczne rekombinowanej RT zawierającej N348I dostarczają dowodów potwierdzających rolę tej mutacji w oporności na zydowudynę i NNRTI oraz dają pewien wgląd w molekularny mechanizm oporności. Wnioski


title: Podwójne celowanie PDGFRα i FGFR1 wykazuje synergiczną skuteczność w złośliwych guzach rabdoidalnych

text: Podjednostki kompleksu remodelującego chromatynę SWI/SNF są zmutowane w znacznej części nowotworów ludzkich. Złośliwe guzy rabdoidalne (MRT) są śmiertelnymi nowotworami pediatrycznymi charakteryzującymi się niedoborem podjednostki SWI/SNF SMARCB1. Tutaj stosujemy zintegrowane podejście do profilowania molekularnego i biologii chemicznej, aby wykazać, że receptorowe kinazy tyrozynowe (RTK) PDGFRα i FGFR1 są koaktywowane w komórkach MRT i że podwójna blokada tych receptorów ma skuteczność synergiczną. Kombinacje inhibitorów celujące w oba receptory i podwójny inhibitor, ponatynib, hamują szlaki AKT i ERK1/2 prowadzące do apoptozy. Komórki MRT, które nabyły oporność na inhibitor PDGFRα, pazopanib, są wrażliwe na inhibitory FGFR. Pokazujemy, że poziomy PDGFRα są regulowane przez ekspresję SMARCB1, a ocena próbek klinicznych dokumentuje ekspresję zarówno PDGFRα, jak i FGFR1 u pacjentów z guzem rabdoidalnym. Nasze odkrycia wspierają podejście terapeutyczne w nowotworach z niedoborami SWI/SNF poprzez wykorzystanie zależności koaktywacji RTK.


title: System nanopozycjonowania do makromolekularnej analizy strukturalnej

text: Bardzo często pozycji domen elastycznych w makrocząsteczkach, jak również w kompleksach makrocząsteczkowych nie można określić standardowymi metodami biologii strukturalnej. Aby rozwiązać ten problem, opracowaliśmy metodę, która wykorzystuje probabilistyczną analizę danych do łączenia pomiarów pojedynczych cząsteczek z danymi krystalografii rentgenowskiej. Metoda określa nie tylko najbardziej prawdopodobną pozycję cząsteczki barwnika fluorescencyjnego przyłączonej do domeny, ale także pełny trójwymiarowy rozkład prawdopodobieństwa obrazujący niepewność eksperymentalną. Dzięki takiemu podejściu pomiary jednoparowego rezonansowego transferu energii fluorescencji mogą być teraz wykorzystywane jako narzędzie ilościowe do badania położenia i dynamiki elastycznych domen w kompleksach makromolekularnych. Zastosowaliśmy tę metodę do znalezienia pozycji końca 5' powstającego RNA wychodzącego z kompleksów elongacji transkrypcyjnej drożdżowej (Saccharomyces cerevisiae) polimerazy RNA II i zbadaliśmy wpływ czynnika transkrypcyjnego IIB na pozycję RNA.


title: Makrofagi związane z nowotworem korelują z cechami kliniczno-patologicznymi i słabymi wynikami poprzez indukcję przejścia nabłonkowego do mezenchymalnego w raku płaskonabłonkowym jamy ustnej

text: TŁO Zarówno makrofagi związane z nowotworem (TAM), jak i przejście nabłonkowe do mezenchymalnego (EMT) komórek nowotworowych odgrywają kluczową rolę w promowaniu progresji nowotworu. Jednakże, czy TAM mogą indukować EMT w progresji raka płaskonabłonkowego jamy ustnej (OSCC) pozostaje nieokreślone. WYNIKI Wykryliśmy ekspresję markerów makrofagowych CD68 i CD163, markera nabłonkowego E-kadheryny i markera mezenchymalnego wimentyny u 127 pacjentów z OSCC za pomocą półilościowej immunohistochemii. Ekspresja CD68 i CD163 nie ograniczała się do naciekających TAM, ale była również wykrywana w komórkach nowotworowych. Wysoka liczba makrofagów CD68-dodatnich była skorelowana ze słabym całkowitym przeżyciem. Tymczasem ekspresja CD163 zarówno w makrofagach, jak i komórkach nowotworowych wiązała się ze słabą przeżywalnością całkowitą i miała istotny wpływ prognostyczny w OSCC. Co ważne, ekspresja CD163 w komórkach nowotworowych miała istotny związek z E-kadheryną i wimentyną. Ponadto inkubacja pożywki kondycjonowanej TAM spowodowała pojawienie się komórek nowotworowych przypominających fibroblasty (HN4, HN6 i SCC9) wraz ze zmniejszoną/podwyższoną ekspresją E-kadheryny/wimentyny, co korelowało ze zwiększoną zdolnością migracji i inwazji . WNIOSKI Nasze wyniki wskazują, że TAM mogą promować EMT komórek rakowych, prowadząc w ten sposób do progresji raka jamy ustnej.


title: Geometryczne wskazówki do kierowania różnicowaniem mezenchymalnych komórek macierzystych.

text: Wiele wysiłków skierowano na zrozumienie czynników, które wpływają na przynależność do linii komórek macierzystych. W pracy wykazano, że kształt komórki, niezależny od czynników rozpuszczalnych, ma silny wpływ na różnicowanie ludzkich mezenchymalnych komórek macierzystych (MSC) ze szpiku kostnego. Pod wpływem konkurujących rozpuszczalnych sygnałów różnicowania komórki hodowane w prostokątach o rosnącym współczynniku kształtu i kształtach o symetrii pięciokątnej, ale o różnej krzywiźnie subkomórkowej – i przy czym każdy z nich zajmuje ten sam obszar – wykazują różne profile adipogenezy i osteogenezy. Wyniki pokazują, że cechy geometryczne, które zwiększają kurczliwość aktomiozyny, sprzyjają osteogenezie i są zgodne z charakterystyką mikrośrodowiska zróżnicowanych komórek in vivo. Środki farmakologiczne zaburzające cytoszkielet modulują oparte na kształcie trendy w zaangażowaniu linii, weryfikując kluczową rolę adhezji ogniskowej i kurczliwości generowanej przez miozynę podczas różnicowania. Analiza mikromacierzy i badania nad hamowaniem szlaku sugerują, że komórki kurczliwe promują osteogenezę poprzez wzmocnienie aktywacji N-końcowej kinazy c-Jun (JNK) i pozakomórkowej kinazy związanej (ERK1/2) w połączeniu z podwyższoną sygnalizacją typu bezskrzydłowego (Wnt). Podsumowując, praca ta wskazuje na rolę, jaką wskazówki kształtu geometrycznego mogą odgrywać w koordynowaniu sygnałów mechanochemicznych i czynników parakrynnych/autokrynnych, które mogą kierować MSC do odpowiedniego losu.


title: Akumulacja amyloidu jest późnym zdarzeniem w sporadycznej patologii podobnej do choroby Alzheimera u nietransgenicznych szczurów

text: Hipoteza kaskady amyloidu zakłada, że odkładanie się peptydu amyloidu β (Aβ) w mózgu jest kluczowym wydarzeniem w inicjacji choroby Alzheimera (AD). Niemniej jednak wydaje się obecnie coraz bardziej nieprawdopodobne, że toksyczność amyloidu jest przyczyną sporadycznego AD, co prowadzi do pogorszenia funkcji poznawczych. Tutaj, używając nietransgenicznych szczurów OXYS o przyspieszonym starzeniu, potwierdziliśmy, że agregacja Aβ jest późniejszym zdarzeniem w patologii podobnej do AD. Wykazaliśmy, że zależny od wieku wzrost poziomów Aβ₁₋₄₂ i zewnątrzkomórkowych złogów Aβ w mózgu szczurów OXYS występuje później niż utrata synaptyczna, śmierć komórek nerwowych, mitochondrialne nieprawidłowości strukturalne i hiperfosforylacja białka tau. Zidentyfikowaliśmy warianty genów, które są silnie związane z ryzykiem AD o późnym lub wczesnym początku, w tym App, Apoe4, Bace1, Psen1, Psen2 i Picalm. Odkryliśmy, że u szczurów OXYS niesynonimiczne SNP były zlokalizowane tylko w genach Casp3 i Sorl1. Przedstawiamy zatem dowód, że szczury OXYS mogą być modelem sporadycznej AD. Możliwe, że liczne procesy patologiczne związane z wiekiem mogą poprzedzać gromadzenie się toksycznego amyloidu, co z kolei wyzwala końcowy etap sporadycznej postaci AZS i staje się charakterystycznym wydarzeniem choroby.


title: Oszacowanie cholesterolu lipoprotein o niskiej gęstości za pomocą równania Friedewalda jest odpowiednie do klasyfikacji pacjentów na podstawie zalecanych na szczeblu krajowym punktów odcięcia.

text: Porównaliśmy wartości cholesterolu w lipoproteinach o niskiej gęstości (LDL) uzyskane według wzoru Friedewalda, tj. cholesterol całkowity minus cholesterol w lipoproteinach o wysokiej gęstości (HDL) minus cholesterol w lipoproteinach o bardzo niskiej gęstości (VLDL) (szacowany jako triglicerydy podzielone przez 5). --z tymi uzyskanymi przez frakcjonowanie lipoprotein, przy użyciu 4736 próbek. Gdy stężenie triglicerydów było mniejsze niż 2,0 g/l, dopuszczalne było ponad 90% szacowanych wartości cholesterolu LDL, w granicach +/- 10% zmierzonych wartości. Przy stężeniach triglicerydów 2,0-4,0 g/l i 4,0-6,0 g/l, odpowiednio tylko 72% i 39% oszacowań było akceptowalnych. Wartości LDL wyprowadzone z alternatywnego wzoru, szacującego VLDL jako trójglicerydy podzielone przez 6, były jeszcze mniej dokładne. Niemniej jednak, zastosowanie szacowanego LDL do klasyfikacji ryzyka na podstawie punktów odcięcia Panelu Leczenia Osób Dorosłych Narodowego Programu Edukacji Cholesterolowej, wynoszących 1,30 i 1,60 g/l, uznano za dopuszczalne. Przy stężeniach triglicerydów mniejszych lub równych 5,0 g/l, 88% klasyfikacji opartych na oszacowanym LDL (przy użyciu triglicerydów podzielonych przez 5) było zgodnych z tymi na podstawie zmierzonego LDL. Jedenaście procent klasyfikacji zostało przesuniętych w jednym punkcie podziału, równomiernie rozłożonych między wysoką i niską. Mniej niż 1% klasyfikacji, wszystkie z hiperlipoproteinemią typu III, błędnie sklasyfikowano o dwa punkty odcięcia. Udoskonalenia w modelu estymacji nie poprawiły istotnie szacowania LDL ani zgodności klasyfikacji ryzyka.


title: Warunkowa ablacja Kif3a powoduje nieprawidłową topografię sygnalizacyjną jeża, dysfunkcję płytki wzrostu i nadmierne tworzenie kości i chrząstki podczas szkieletogenezy myszy.

text: Białko motoryczne Kif3a i rzęski pierwotne regulują ważne procesy rozwojowe, ale ich rola w szkieletogenezie pozostaje nieokreślona. Tutaj stworzyliśmy myszy z niedoborem Kif3a w chrząstce i skupiliśmy się na podstawie czaszki i chrząstkozrostach. Niedobór Kif3a powodował opóźnienie wzrostu podstawy czaszki i dysmorfogenezę, które były widoczne u noworodków w badaniach anatomicznych i tomografii mikrokomputerowej (microCT). Niedobór Kif3a zmienił również organizację i funkcję płytki wzrostu chrząstkozrostów, a nasilenie tych zmian narastało z czasem. Do dnia po urodzeniu (P)7 zmutowane płytki wzrostowe nie miały typowych stref proliferacji i hipertrofii chondrocytów, a zamiast tego składały się z chondrocytów o niezwykłym fenotypie charakteryzującym się silną ekspresją genu kolagenu II (Col2a1), ale ledwo wykrywalną ekspresją jeża indyjskiego (Ihh). , kolagen X (Col10al), Vegf (Vegfa), MMP-13 (Mmp13) i osterix (Sp7). Równocześnie wystąpiły nieoczekiwane zdarzenia rozwojowe w tkankach ochrzęstnych, w tym nadmierne kostnienie śródbłoniaste wzdłuż całej granicy ochrzęstnej i tworzenie się ektopowych mas chrzęstnych. Poszukując możliwych sprawców tych ostatnich procesów, przeanalizowaliśmy topografię i intensywność sygnalizacji hedgehog, monitorując ekspresję efektorów hedgehog Patched 1 i Gli1 oraz syndekanu 3 wiążącego jeż na powierzchni komórki. W porównaniu z kontrolami sygnalizacja hedgehog była dość słaby w zmutowanych płytkach wzrostowych już w P0, ale w rzeczywistości był wyższy i był szeroko rozpowszechniony wzdłuż zmutowanych tkanek ochrzęstnych. Na koniec zbadaliśmy myszy pourodzeniowe z niedoborem Ihh w chrząstce; ich wady podstawy czaszki tylko minimalnie przypominały te u myszy z niedoborem Kif3a. Podsumowując, Kif3a i rzęski pierwotne w unikalny sposób przyczyniają się do rozwoju podstawy czaszki i funkcji płytki wzrostu chrząstkozrostu. Ich niedobór powoduje nieprawidłową topografię sygnalizacji hedgehog, dysfunkcję płytki wzrostowej oraz niefizjologiczne reakcje i procesy w tkankach ochrzęstnych, w tym tworzenie chrząstki ektopowej i nadmierne kostnienie śródbłoniaste.


title: Morin łagodzi zapalenie dróg oddechowych wywołane albuminą jaja kurzego poprzez modulację sygnalizacji MAPK reagującej na stres oksydacyjny.

text: Astma jest jedną z najczęstszych chorób zapalnych charakteryzujących się nadreaktywnością dróg oddechowych, stanem zapalnym i przebudową. Wykazano, że Morin, aktywny składnik pozyskiwany z roślin Moraceae, ma obiecujące działanie przeciwzapalne w wielu schorzeniach. Jednak jego wpływ na choroby płuc, zwłaszcza na astmę, nie został wyjaśniony. Badanie to miało na celu zbadanie, czy morin łagodzi stany zapalne dróg oddechowych w przewlekłej astmie, z naciskiem na modulację stresu oksydacyjnego. In vivo myszom uczulonym na albuminę jaja kurzego (OVA-) podawano morin lub deksametazon przed prowokacją. Pobrano płyn z płukania oskrzelowo-pęcherzykowego (BALF) i tkanki płucne w celu zliczenia komórek, analizy histologicznej i testu immunoenzymatycznego. In vitro, ludzkie komórki nabłonka oskrzeli (BEC) zostały poddane działaniu czynnika martwicy nowotworu alfa (TNF-α). Supernatant zebrano w celu wykrycia białek prozapalnych, a komórki pobrano do oceny reaktywnych form tlenu (ROS)/kinazy białkowej aktywowanej mitogenem (MAPK). Poważne odpowiedzi zapalne i przebudowę zaobserwowano w drogach oddechowych myszy uczulonych na OVA. Leczenie morinem radykalnie złagodziło rozległy transport komórek zapalnych do BALF i zahamowało ich naciekanie wokół dróg oddechowych i naczyń. Podawanie moryny również znacząco hamowało hiperplazję komórek kubkowych i odkładanie/zwłóknienie kolagenu i zależnie od dawki hamowało indukowane przez OVA wzrosty IgE, TNF-α, interleukiny-(IL-)4, IL-13, metaloproteinazy macierzy-9 i dialdehydu malonowego. W ludzkich BEC prowokowanych przez TNF-α poziomy białek, takich jak eotaksyna-1, białko chemoatraktantu monocytów-1, IL-8 i cząsteczka adhezji międzykomórkowej-1, były konsekwentnie znacząco obniżane przez morin. Western blot i test 2',7'-dichlorofluoresceiny ujawniły, że wzrost wewnątrzkomórkowej fosforylacji ROS i MAPK został zniesiony przez morin, co sugeruje, że sygnalizacja ROS/MAPK przyczynia się do łagodzenia zapalenia dróg oddechowych. Nasze odkrycia wskazują po raz pierwszy, że morin łagodzi zapalenie dróg oddechowych w przewlekłej astmie, które prawdopodobnie występuje poprzez szlak MAPK reagujący na stres oksydacyjny, podkreślając nowy profil morin jako silnego środka w leczeniu astmy.


title: Spontaniczna autoimmunizacja, której zapobiega ekspresja grasicy pojedynczego antygenu własnego

text: Uważa się, że ekspresja autoantygenu w grasicy jest odpowiedzialna za delecję autoreaktywnych limfocytów T, proces krytyczny w utrzymywaniu braku reakcji na siebie. Wykazano, że gen regulatora autoimmunologicznego (Aire), który jest uszkodzony w zaburzeniu autoimmunologicznego zespołu wielogruczołowego typu 1, promuje ekspresję grasicy własnych antygenów. Brakuje jednak wyraźnego związku między specyficznymi autoantygenami grasicy a pojedynczym fenotypem autoimmunologicznym w tym modelu. Pokazujemy, że autoimmunologiczna choroba oczu u myszy z niedoborem powietrza rozwija się w wyniku utraty ekspresji grasicy pojedynczego antygenu oka, interfotoreceptorowego białka wiążącego retinoid (IRBP). Ponadto, brak ekspresji IRBP wyłącznie w grasicy, nawet przy obecności ekspresji powietrza, wystarcza do wywołania spontanicznej autoimmunizacji specyficznej dla oka. Wyniki te sugerują, że brak ekspresji grasicy wybiórczych pojedynczych antygenów własnych może być wystarczający do wywołania narządowo-specyficznej choroby autoimmunologicznej, nawet u osobników, którzy skądinąd sami sobie tolerują.


title: Zapobieganie uwalnianiu bakteryjnego DNA i nieobecne w aktywacji inflamasomu czerniaka 2 przez efektor Legionella działający w transporcie błonowym.

text: Legionella pneumophila, czynnik wywołujący zapalenie płuc legionistów, znajduje się w odrębnej strukturze wakuoli zwanej wakuolą zawierającą Legionella (LCV). LCV jest odporny na fuzję z lizosomem i umożliwia wydajną replikację bakterii w makrofagach gospodarza, co wymaga systemu wydzielania Dot/Icm typu IVB. Efektor SdhA z translokacją Dot/Icm ma kluczowe znaczenie dla wzrostu wewnątrzkomórkowego L. pneumophila i jego funkcji w zapobieganiu śmierci komórek gospodarza. Tutaj pokazujemy, że brak SdhA skutkował podwyższoną aktywacją kaspazy-1 i wydzielaniem IL-1β, jak również pyroptozą makrofagów podczas infekcji Legionella. Te fenotypy aktywacji inflamasomu były niezależne od ustalonej osi flagelina-NAIP5-NLRC4, ale opierały się na inflamasomie AIM2 wykrywającym DNA. Ponadto wykazaliśmy, że DNA Legionelli zostało uwolnione do cytozolu makrofagów, a efekt ten został znacznie wyolbrzymiony przez brak SdhA. SdhA zawiera funkcjonalną domenę GRIP ukierunkowaną na aparat Golgiego, która jest wymagana do zapobiegania aktywacji inflamasomu AIM2. Ektopowo eksprymowane SdhA utworzyło unikalną strukturę błony w kształcie pierścienia, co dodatkowo wskazuje na rolę w przemieszczaniu się przez błonę i utrzymywaniu integralności błony LCV. Nasze dane łącznie sugerują możliwy związek, w którym pośredniczy funkcja SdhA, między handlem/dojrzewaniem LCV a tłumieniem wykrywania wrodzonej odporności gospodarza.


title: Wirusowy czujnik cytozolowy RIG-I jest translokazą zależną od 5'-trifosforanu na dwuniciowym RNA.

text: Gen I indukowany kwasem retinowym (RIG-I) jest cytozolowym wielodomenowym białkiem, które wykrywa wirusowe RNA i wywołuje przeciwwirusową odpowiedź immunologiczną. Dwie N-końcowe domeny aktywacji i rekrutacji kaspazy (CARD) przekazują sygnał, a domena regulatorowa zapobiega sygnalizacji przy braku wirusowego RNA. 5'-trifosforan i dwuniciowy RNA (dsRNA) to dwa wzorce molekularne, które umożliwiają RIG-I odróżnienie patogennego od własnego RNA. Jednak funkcja domeny helikazy pudełkowej DxH, która jest również wymagana do aktywności, jest mniej jasna. Stosując wzmocnienie fluorescencji indukowane jednocząsteczkowym białkiem, odkryliśmy silną aktywność translokacyjną dsRNA RIG-I napędzaną 5'-trifosforanem. CARD radykalnie hamują translokację przy braku 5'-trifosforanu, a aktywacja przez 5'-trifosforan powoduje preferencyjną translokację RIG-I na dsRNA w cis. Ta funkcjonalna integracja dwóch wzorców molekularnych RNA może zapewnić środki do specyficznego wykrywania i przeciwdziałania replikującym się wirusom.


title: Zakodowany w ludzkim cytomegalowirusie Homolog interleukiny-10 hamuje dojrzewanie komórek dendrytycznych i zmienia ich funkcjonalność

text: Interleukina-10 (IL-10) hamuje dojrzewanie i wytwarzanie cytokin przez komórki dendrytyczne (DC), kluczowe regulatory odporności nabytej, oraz zapobiega aktywacji i polaryzacji naiwnych limfocytów T w kierunku ochronnych efektorów wytwarzających interferon gamma. Postawiliśmy hipotezę, że ludzki cytomegalowirus (HCMV) wykorzystuje swój wirusowy homolog IL-10 (cmvIL-10) do osłabienia funkcji DC, tym samym obalając skuteczną indukcję przeciwwirusowych odpowiedzi immunologicznych. Analizy RNA i białek wykazały, że gen cmvIL-10 ulegał ekspresji z późną kinetyką genu. Traktowanie niedojrzałych DC (iDC) supernatantem z hodowli zakażonych HCMV hamowało zarówno dojrzewanie DC indukowane lipopolisacharydem, jak i produkcję cytokin prozapalnych. Te efekty hamujące były specyficznie pośredniczone przez receptor IL-10 i nie były obserwowane, gdy DC traktowano supernatantem komórek zakażonych mutantem z nokautem cmvIL-10. Inkubacja iDC z rekombinowanym cmvIL-10 podsumowała zahamowanie dojrzewania. Co więcej, cmvIL-10 wywarło wyraźny długotrwały wpływ na te DC, które mogły przezwyciężyć to hamowanie dojrzewania. Wzmocniło migrację dojrzałych DC (mDC) w kierunku chemokiny zasiedlającej węzły chłonne, ale znacznie zmniejszyło produkcję cytokin. Utrzymano niezdolność mDC do wydzielania IL-12, nawet gdy były one ponownie stymulowane przez ligand CD40 aktywowanego sygnału limfocytów T pod nieobecność cmvIL-10. Co ważne, cmvIL-10 nasila te działania przeciwzapalne, przynajmniej częściowo, przez indukcję endogennej ekspresji IL-10 w komórkach DC. Łącznie pokazujemy, że cmvIL-10 powoduje długoterminowe zmiany funkcjonalne na wszystkich etapach aktywacji DC.


title: Model jednokierunkowego ruchu aksonomalnych i cytoplazmatycznych cząsteczek dyneiny

text: Przedstawiono model jednokierunkowego ruchu dyneiny w oparciu o obserwacje strukturalne i dostępne wyniki eksperymentów biochemicznych. W tym modelu powinowactwo wiązania dyneiny do mikrotubuli jest niezależne od jej stanu nukleotydowego, a zmiana między silnym i słabym wiązaniem mikrotubuli jest określana naturalnie przez zmienność względnej orientacji między łodygą a mikrotubulą, gdy łodyga obraca się po przejściu do stanu nukleotydu . W ten sposób nie jest wymagana enigmatyczna komunikacja z miejsca wiązania ATP w domenie kulistej do odległego miejsca wiązania MT w czubku łodygi, co jest warunkiem wstępnym w konwencjonalnych modelach. Wykorzystując niniejszy model, poprzednie wyniki eksperymentalne, takie jak wpływ wiązań ATP i ADP na dysocjację dyneiny z mikrotubul, procesowy ruch jednogłowych aksonemalnych dynein przy nasyconym stężeniu ATP, zależność obciążenia wielkości kroku dla ruchu procesowego dwugłowe dyneiny cytoplazmatyczne i zależność siły przeciągnięcia od stężenia ATP można dobrze wyjaśnić.


title: Składnik inflamasomu NLRP3 osłabia szczepionkę przeciwnowotworową poprzez zwiększenie akumulacji związanych z nowotworem komórek supresorowych pochodzących ze szpiku.

text: Inflamasom jest kompleksem proteolizy, który generuje aktywne formy prozapalnych cytokin, interleukiny (IL)-1β i IL-18. W aktywacji inflamasomu pośredniczą białka NLR, które odpowiadają na bodźce drobnoustrojowe i niebakteryjne. Wśród NLRs, NLRP3 wykrywa najszerszy wachlarz bodźców i zwiększa odporność adaptacyjną. Jednak jego rola w odporności przeciwnowotworowej jest nieznana. Dlatego też oceniliśmy funkcję inflamasomu NLRP3 w odpowiedzi immunologicznej stosując szczepienie komórkami dendrytycznymi przeciwko słabo immunogennej linii komórek czerniaka B16-F10. Szczepienie myszy Nlrp3(-/-) doprowadziło do względnej 4-krotnej poprawy przeżywalności w porównaniu ze zwierzętami kontrolnymi. Odporność zależała od limfocytów T CD8(+) i wykazywała swoistość immunologiczną i pamięć. Zwiększona skuteczność szczepionki u gospodarzy Nlrp3(-/-) nie odzwierciedlała różnic w komórkach dendrytycznych, ale raczej różnice w komórkach supresorowych pochodzenia szpikowego (MDSC). Chociaż Nlrp3 ulegał ekspresji w MDSC, brak Nlrp3 nie zmieniał ani ich funkcjonalnej zdolności do hamowania komórek T, ani ich obecności w obwodowych tkankach limfoidalnych. Zamiast tego brak Nlrp3 spowodował 5-krotne zmniejszenie liczby związanych z nowotworem MDSC występujących u myszy gospodarzy. Doświadczenia z transferem adopcyjnym wykazały również, że MDSC Nlrp3(-/-) były mniej skuteczne w dotarciu do miejsca guza. Zubożenie MDSC przeciwciałem anty-Gr-1 zwiększyło przeżywalność myszy typu dzikiego z nowotworem, ale nie myszy Nlrp3(-/-). Doszliśmy do wniosku, że Nlrp3 był krytyczny dla akumulacji MDSC w nowotworach i hamowania odporności przeciwnowotworowych komórek T po szczepieniu komórkami dendrytycznymi. Nasze odkrycia ustalają nieoczekiwaną rolę Nlrp3 w hamowaniu przeciwnowotworowych odpowiedzi immunologicznych, sugerując nowe podejścia do poprawy odpowiedzi na szczepionki przeciwnowotworowe poprzez ograniczenie sygnalizacji Nlrp3.


title: Komórki NK-92 w immunoterapii – zalety linii komórkowej NK-92 nad komórkami NK krwi

text: Komórki naturalnych zabójców (NK) są silnymi cytotoksycznymi komórkami efektorowymi do leczenia raka i potencjalnie do ciężkich infekcji wirusowych. Jednakże istnieją wyzwania techniczne związane z uzyskaniem wystarczającej liczby funkcjonalnie aktywnych komórek NK z krwi pacjenta, ponieważ stanowią one tylko 10% limfocytów i często są dysfunkcyjne. Alternatywą jest uzyskanie komórek od zdrowego dawcy, co wymaga wyczerpania allogenicznych limfocytów T, aby zapobiec reakcjom przeszczep przeciwko gospodarzowi. Linie komórek cytotoksycznych ustalono od pacjentów z chłoniakiem klonalnym z komórek NK. Komórki te można namnażać w hodowli w obecności IL-2. Jednak z wyjątkiem linii komórkowej NK-92 żadna z pozostałych sześciu znanych linii komórkowych NK nie wykazała konsekwentnie i powtarzalnie wysokiej cytotoksyczności przeciwnowotworowej. Tylko komórki NK-92 można łatwo manipulować genetycznie, aby rozpoznać specyficzne antygeny nowotworowe lub zwiększyć aktywność przeciwciał monoklonalnych poprzez cytotoksyczność komórkową zależną od przeciwciał. NK-92 jest również jedynym produktem linii komórkowej, który został podany pacjentom z zaawansowanym rakiem z korzyścią kliniczną i minimalnymi skutkami ubocznymi.


title: Różnicowa aktywacja DNA-PK w oparciu o orientację nici DNA i błąd sekwencji

text: DNA-PKc i Ku są niezbędnymi składnikami kompleksu, który katalizuje łączenie niehomologicznych końców (NHEJ) pęknięć dwuniciowych DNA (DSB). Ku, białko heterodimeryczne, wiąże się z końcami DNA i ułatwia rekrutację podjednostki katalitycznej DNA-PKc. Zbadaliśmy wpływ orientacji nici DNA i stronniczości sekwencji na aktywację DNA-PK. Ponadto oceniliśmy wpływ położenia i orientacji nici adduktów cisplatyny na aktywację kinazy. Przygotowano serię substratów dupleksowego DNA ze specyficznymi dla miejsca adduktami cisplatyna-DNA umieszczonymi w trzech różnych orientacjach na dupleksowym DNA. Zastosowano końcową modyfikację biotyny i blokowanie streptawidyną (SA) w celu kierowania wiązaniem DNA-PK z niezablokowanymi końcami ze specyficzną orientacją nici DNA i pozycją adduktu cisplatyna-DNA. Zmierzono aktywność kinazy DNA-PK, a wyniki wykazały, że orientacja nici DNA i odchylenia sekwencji dramatycznie wpływają na aktywację kinazy, z których tylko część można przypisać aktywności wiązania Ku-DNA. Ponadto pozycja adduktu cisplatyna-DNA skutkowała różnym stopniem hamowania w zależności od odległości od końca oraz orientacji nici. Wyniki te podkreślają znaczenie tego, jak lokalne zmiany w strukturze DNA, chemii i sekwencji wpływają na aktywację DNA-PK i potencjalnie na NHEJ.


title: Regulatory progresji i różnicowania cyklu komórkowego Trypanosoma brucei zidentyfikowane za pomocą badania przesiewowego RNAi obejmującego cały Kinome

text: Trypanosom afrykański, Trypanosoma brucei, utrzymuje integralne połączenie między regulacją cyklu komórkowego a różnicowaniem podczas swojego skomplikowanego cyklu życiowego. Chociaż udokumentowano rozległe zmiany w fosforylacji między formą ssaczą z krwiobiegu a procykliczną formą owadów, stosunkowo niewiele wiadomo na temat kinaz białkowych pasożytów (PK) zaangażowanych w kontrolę proliferacji i różnicowania komórek. Aby rozwiązać ten problem, stworzono bibliotekę linii komórkowych RNAi T. brucei obejmującą cały kinom, umożliwiającą niezależne indukowalne knockdown każdej ze 190 przewidywanych kinaz białkowych pasożyta. Przeszukiwanie tej biblioteki przy użyciu testu żywotności komórek zidentyfikowało ≥42 PK, które są wymagane do normalnej proliferacji postaci krwiobiegu w hodowli. Drugie badanie przesiewowe zidentyfikowało 24 PK, których deplecja za pośrednictwem RNAi spowodowała różne defekty cyklu komórkowego, w tym G1/S, replikację/segregację kinetoplastów, mitozę i cytokinezę, z których 15 to nowe regulatory cyklu komórkowego. Dalsze badanie przesiewowe zidentyfikowało po raz pierwszy dwie PK, nazwane represorem kinazy różnicowania (RDK1 i RDK2), których wyczerpanie promowało różnicowanie się krwiobiegu do postaci procyklicznych. RDK1 jest PK związaną z błoną przypominającą STE11, podczas gdy RDK2 jest PK NEK, która jest niezbędna do proliferacji pasożytów. RDK1 działa w połączeniu z kaskadą fosfatazy PTP1/PIP39, blokując niekontrolowane różnicowanie się krwi do postaci procyklicznych, podczas gdy RDK2 jest PK, której wyczerpanie skutecznie indukuje różnicowanie przy braku znanych czynników wyzwalających. W ten sposób biblioteka kinomów RNAi stanowi cenny zasób do analizy funkcjonalnej szlaków sygnalizacji komórkowej w afrykańskich trypanosomach, a także identyfikacji i walidacji celów leków.


title: Opcje chemioterapii u starszych i słabych pacjentów z przerzutowym rakiem jelita grubego (MRC FOCUS2): otwarte, randomizowane badanie czynnikowe

text: TŁO Pacjenci w podeszłym wieku i słabi z rakiem, chociaż często leczeni chemioterapią, są niedostatecznie reprezentowani w badaniach klinicznych. Opracowaliśmy FOCUS2 w celu zbadania opcji chemioterapii ze zmniejszoną dawką i poszukiwania obiektywnych czynników predykcyjnych wyników leczenia u słabych pacjentów z zaawansowanym rakiem jelita grubego. METODY Przeprowadziliśmy otwarte badanie czynnikowe 2 × 2 w 61 ośrodkach w Wielkiej Brytanii dla pacjentów z wcześniej nieleczonym zaawansowanym rakiem jelita grubego, których uznano za niezdolnych do chemioterapii pełną dawką. Po kompleksowej ocenie stanu zdrowia (CHA), pacjenci zostali losowo przydzieleni przez minimalizację do: 48-godzinnego dożylnego fluorouracylu z lewofolinianem (grupa A); oksaliplatyna i fluorouracyl (grupa B); kapecytabina (grupa C); lub oksaliplatyna i kapecytabina (grupa D). Przydział leczenia nie był maskowany. Dawki początkowe wynosiły 80% dawek standardowych, z uznaniową eskalacją do pełnej dawki po 6 tygodniach. Dwoma głównymi punktami końcowymi były: dodanie oksaliplatyny ([A vs B] + [C vs D]), oceniane na podstawie przeżycia wolnego od progresji (PFS); oraz substytucję fluorouracylu kapecytabiną ([A vs C] + [B vs D]), oceniane na podstawie zmiany globalnej jakości życia (QoL) od wartości wyjściowej do 12 tygodni. Analiza była z zamiarem leczenia. Wyjściowe dane kliniczne i CHA były modelowane w odniesieniu do wyników za pomocą nowej miary złożonej, ogólnej użyteczności leczenia (OTU). To badanie jest zarejestrowane pod numerem ISRCTN21221452. WYNIKI 459 pacjentów zostało losowo przydzielonych (115 do każdej z grup A-C, 114 do grupy D). Porównanie czynnikowe dodawania oksaliplatyny z brakiem dodania sugerowało pewną poprawę PFS, ale wynik nie był istotny (mediana 5,8 miesiąca [IQR 3,3-7,5] vs 4,5 miesiąca [2,8-6,4 ]; współczynnik ryzyka 0,84, 95% CI 0,69-1,01, p=0,07). Zastąpienie fluorouracylu kapecytabiną nie poprawiło ogólnej jakości życia: 69 ze 124 (56%) pacjentów otrzymujących fluorouracyl zgłosiło poprawę ogólnej jakości życia w porównaniu z 69 ze 123 (56%) otrzymujących kapecytabinę. Ryzyko wystąpienia jakiegokolwiek działania toksycznego stopnia 3 lub gorszego nie było istotnie zwiększone w przypadku oksaliplatyny (83/219 [38%] vs 70/221 [32%]; p=0,17), ale było wyższe w przypadku kapecytabiny niż w przypadku fluorouracylu ( 88/222 [40%] vs 65/218 [30%]; p=0,03). W analizie wielu zmiennych mniej objawów wyjściowych (iloraz szans 1,32, 95% CI 1,14-1,52), mniej rozprzestrzeniona choroba (1,51, 1,05-2,19) i stosowanie oksaliplatyny (0· 57, 0,39-0,82) przewidywały lepsze OTU. INTERPRETACJA FOCUS2 pokazuje, że przy odpowiednim projekcie, w tym zmniejszonych dawkach początkowych chemioterapii, słabi i starsi pacjenci mogą uczestniczyć w randomizowanym, kontrolowanym badaniu. Podsumowując, skojarzenie obejmujące oksaliplatynę było korzystniejsze niż jednoskładnikowe fluoropirymidyny, chociaż nie osiągnięto pierwszorzędowego punktu końcowego PFS. Kapecytabina nie poprawiła QoL w porównaniu z fluorouracylem. Kompleksowa ocena stanu wyjściowego jest obiecująca jako obiektywny predyktor korzyści z leczenia. FINANSOWANIE Cancer Research UK i Medical Research Council.


title: Sekwencjonowanie całego genomu Oryza brachyantha ujawnia mechanizmy leżące u podstaw ewolucji genomu Oryza

text: Dzikie gatunki z rodzaju Oryza zawierają w dużej mierze niewykorzystany rezerwuar ważnych agronomicznie genów służących do ulepszania ryżu. Tutaj przedstawiamy sekwencję genomu złożonego de novo 261-Mb Oryza brachyantha. Niska aktywność retrotranspozonów z długimi powtórzeniami i masywne wewnętrzne delecje dawnych elementów z długimi powtórzeniami prowadzą do zwartego genomu Oryza brachyantha. Modelujemy 32 038 genów kodujących białka w genomie Oryza brachyantha, z których tylko 70% znajduje się w pozycjach kolinearnych w porównaniu z genomem ryżu. Analiza punktów przerwania genów niekoliniowych sugeruje, że naprawa pęknięć dwuniciowych poprzez niehomologiczne łączenie końców odgrywa ważną rolę w ruchu genów i erozji kolinearności w genomach Oryza. Przejściu euchromatyny do heterochromatyny w genomie ryżu towarzyszą duplikacje segmentowe i tandemowe, dodatkowo rozszerzane przez insercje elementów transpozycyjnych. Wysokiej jakości sekwencja genomu referencyjnego Oryza brachyantha stanowi ważne źródło do badań funkcjonalnych i ewolucyjnych w rodzaju Oryza.


title: Obrazowanie ultrasonograficzne do nakłuć lędźwiowych i cewnikowania zewnątrzoponowego: przegląd systematyczny i metaanaliza.

text: CEL Ustalenie, czy obrazowanie ultrasonograficzne może zmniejszyć ryzyko niepowodzenia nakłucia lędźwiowego lub cewnikowania zewnątrzoponowego w porównaniu ze standardowymi metodami palpacyjnymi oraz czy obrazowanie ultrasonograficzne może ograniczyć procedury urazowe, próby wprowadzenia i przekierowania igły. PROJEKT Przegląd systematyczny i metaanaliza randomizowanych badań kontrolowanych. ŹRÓDŁA DANYCH Ovid Medline, Embase i Cochrane Central Register of Controlled Trials do maja 2012 r., bez ograniczeń ze względu na język lub status publikacji. METODY PRZEGLĄDU Zidentyfikowano randomizowane badania porównujące obrazowanie ultrasonograficzne ze standardowymi metodami (bez obrazowania) w wykonywaniu nakłucia lędźwiowego lub cewnikowania zewnątrzoponowego. WYNIKI Włączono 14 badań z 1334 pacjentami (674 pacjentów przydzielonych do grupy USG, 660 do grupy kontrolnej). Pięć badań oceniało nakłucia lędźwiowe i dziewięć oceniało cewnikowanie zewnątrzoponowe. Sześć z 624 zabiegów przeprowadzonych w grupie USG zakończyło się niepowodzeniem; 44 z 610 procedur w grupie kontrolnej zakończyło się niepowodzeniem. Obrazowanie ultrasonograficzne zmniejszyło ryzyko nieudanych zabiegów (współczynnik ryzyka 0,21 (95% przedział ufności 0,10 do 0,43), p<0,001). Zmniejszenie ryzyka było podobne, gdy przeprowadzono analizę podgrup dla nakłuć lędźwiowych (wskaźnik ryzyka 0,19 (0,07 do 0,56), p=0,002) lub cewnikowania zewnątrzoponowego (0,23 (0,09 do 0,60), p=0,003). Obrazowanie ultrasonograficzne istotnie zmniejszyło również ryzyko zabiegów urazowych (wskaźnik ryzyka 0,27 (0,11 do 0,67), p=0,005), liczbę prób wprowadzenia (średnia różnica -0,44 (-0,64 do -0,24), p<0,001) oraz liczba przekierowań igły (średnia różnica -1,00 (-1,24 do -0,75), P<0,001). WNIOSKI Obrazowanie ultrasonograficzne może zmniejszyć ryzyko nieudanych lub urazowych nakłuć lędźwiowych i cewnikowania zewnątrzoponowego, a także liczbę wkłuć i przekierowań. Ultradźwięki mogą być przydatnym uzupełnieniem tych procedur.