title: Globalna reorganizacja domen replikacyjnych podczas różnicowania embrionalnych komórek macierzystych

text: Replikacja DNA u ssaków jest regulowana poprzez skoordynowane odpalanie klastrów replikonów, które w określonych momentach fazy S powielają segmenty chromosomów wielkości megazasad. Badania cytogenetyczne pokazują, że te „grupy replikonów” łączą się jako jednostki subchromosomalne, które utrzymują się przez wiele pokoleń komórek, ale granice molekularne takich jednostek pozostają nieuchwytne. Co więcej, zakres, w jakim zmiany w czasie replikacji zachodzą podczas różnicowania i ich związek ze zmianami w transkrypcji, nie został dokładnie zbadany. Skonstruowaliśmy profile czasu replikacji o wysokiej rozdzielczości w mysich embrionalnych komórkach macierzystych (mESC) przed i po różnicowaniu do neuronalnych komórek prekursorowych. Pokazujemy, że chromosomy można podzielić na wielomegabazowe domeny replikacji współrzędnych, które nazywamy „domenami replikacji”, oddzielone regionami przejściowymi, których kinetyka replikacji jest zgodna z dużymi segmentami bez początku. Granice molekularne domen replikacyjnych są wyjątkowo dobrze zachowane między daleko spokrewnionymi liniami ESC a indukowanymi pluripotencjalnymi komórkami macierzystymi. Nieoczekiwanie różnicowaniu ESC towarzyszyła konsolidacja mniejszych różnicowo replikujących się domen w większe skoordynowane jednostki replikujące, których czas replikacji był bardziej dostosowany do zawartości izochorowej GC i gęstości elementów transpozycyjnych LINE-1, ale nie do gęstości genów. Zmiany czasu replikacji były bardziej skoordynowane ze zmianami transkrypcji dla słabych promotorów niż dla silnych promotorów i towarzyszyły im rearanżacje w pozycji podjądrowej. Dochodzimy do wniosku, że profile replikacji są specyficzne dla typu komórki, a zmiany w tych profilach ujawniają segmenty chromosomów, które podlegają dużym zmianom w organizacji podczas różnicowania. Co więcej, mniejsze domeny replikacji i większa gęstość regionów przejściowych taktowania, które przerywają taktowanie replikacji izochorowej, definiują nową charakterystykę stanu pluripotencjalnego.


title: Molekularna charakterystyka mejotycznego genu regulatorowego RIM1 drożdży.

text: Badania genetyczne u drożdży Saccharomyces cerevisiae sugerują, że gen RIM1 koduje pozytywny regulator mejozy. Mutacje rim1 powodują zmniejszoną ekspresję IME1, która jest wymagana do ekspresji wielu genów mejotycznych, a tym samym prowadzą do częściowego defektu mejozy i tworzenia przetrwalników. Przedstawiamy sekwencję RIM1 i analizę funkcjonalną jego regionu kodującego. Produkt genu RIM1 (RIM1) zawiera trzy regiony podobne do palców cynkowych C2H2. Podstawienia seryną na cysteinę w każdym z domniemanych palców cynkowych znoszą funkcję RIM1. Koniec karboksylowy RIM1 jest wzbogacony w aminokwasy kwasowe i jest wymagany do pełnej aktywności RIM1. RIM1 zawiera również dwa przypuszczalne miejsca fosforylacji zależnej od cAMP kinazy białkowej (cAPK). W jednym miejscu zastąpienie seryny alaniną nie wpływa na aktywność RIM1; w innym miejscu ta substytucja osłabia aktywność. Ta analiza RIM1 sugeruje, że białko może działać jako aktywator transkrypcji. Użyliśmy sklonowanego genu RIM1 do stworzenia kompletnej delecji rim1. Ten zerowy allel, podobnie jak wcześniej wyizolowane mutacje rim1, powoduje częściowy defekt mejotyczny. Oprócz RIM1 maksymalna ekspresja IME1 wymaga produktów genów MCK1 i IME4. Defekty związane z mutacjami rim1, mck1 i ime4 w ekspresji genu reporterowego mejotycznego (ime2-lacZ) oraz w sporulacji są addytywne. Odkrycia te sugerują, że RIM1 działa niezależnie od MCK1 i IME4, stymulując ekspresję IME1.


title: Maślan znacznie zwiększa pozyskiwanie indukowanych ludzkich pluripotencjalnych komórek macierzystych poprzez promowanie przebudowy epigenetycznej i ekspresję genów związanych z pluripotencjalnością.

text: Donosimy tutaj, że maślan, naturalnie występujący kwas tłuszczowy powszechnie stosowany jako suplement diety i środek różnicujący, znacznie zwiększa wydajność indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPS) z fibroblastów człowieka dorosłego lub płodu. Po przejściowym traktowaniu maślanem, wydajność pozyskiwania komórek iPS jest zwiększona 15- do 51-krotnie przy użyciu wektorów transpozonowych retrowirusowych lub piggyBac wyrażających 4 do 5 genów przeprogramowania. Stymulacja maślanu jest bardziej zauważalna (>100- do 200-krotnie) przy przeprogramowaniu przy braku transgenu KLF4 lub MYC. Traktowanie maślanem nie wpłynęło negatywnie na właściwości linii komórkowych iPS ustalonych przez 3 lub 4 wektory retrowirusowe lub pojedynczy wektor transpozonowy DNA piggyBac. Te scharakteryzowane linie komórkowe iPS, w tym te pochodzące od dorosłego pacjenta z niedokrwistością sierpowatokrwinkową przez wektory piggyBac lub retrowirusowe, wykazują normalne kariotypy i pluripotencję. Aby uzyskać wgląd w mechanizmy leżące u podstaw stymulacji maślanu, przeprowadziliśmy ogólnogenomową ekspresję genów i mikromacierze metylacji promotora DNA oraz inne analizy epigenetyczne na ustalonych komórkach iPS i komórkach z pośrednich etapów procesu przeprogramowania. W dniach od 6 do 12 podczas przeprogramowania leczenie maślanem nasilało acetylację histonu H3, demetylację DNA promotora i ekspresję endogennych genów związanych z pluripotencją, w tym DPPA2, którego nadekspresja częściowo zastępuje stymulację maślanu. Maślan jako przepuszczalna dla komórek mała cząsteczka stanowi zatem proste narzędzie do dalszego badania molekularnych mechanizmów przeprogramowania komórek. Ponadto stymulacja maślanem zapewnia skuteczną metodę przeprogramowania różnych ludzkich dorosłych komórek somatycznych, w tym komórek od pacjentów, którzy są bardziej oporni na przeprogramowanie.


title: Koniugacja nanocząstek CpG zwiększa wspomaganie odporności komórkowej i przywoływania pamięci przy niskich dawkach.

text: W szczepionkach podjednostkowych pożądane są silne odpowiedzi limfocytów T CD8(+), ale są one nieuchwytne przy rozsądnych dawkach adiuwanta. Pokazujemy, że kierowanie adiuwantu do węzła chłonnego (LN) za pomocą ultramałych nanocząsteczek polimerowych (NP), które szybko spływają do LN po wstrzyknięciu śródskórnym, znacznie zwiększa skuteczność adiuwanta przy niskich dawkach. Sprzęganie oligonukleotydów CpG-B lub CpG-C z nanocząsteczkami prowadziło do lepszego podwójnego ukierunkowania adiuwanta i antygenu (dostarczanych wspólnie na oddzielnych nanocząsteczkach) w prezentujących krzyżowo komórkach dendrytycznych w porównaniu z wolnym adiuwantem. Doprowadziło to do zwiększonego dojrzewania komórek dendrytycznych i wydzielania cytokin T pomocniczych 1 (Th1), co z kolei napędzało silniejszą aktywację efektorowych komórek T CD8(+) dzięki ulepszonym profilom cytolitycznym i, co ważne, silniejszemu przypominaniu pamięci. Przy zaledwie 4 μg CpG, NP-CpG-B może zasadniczo chronić myszy przed syngeniczną prowokacją nowotworu, nawet po 4 miesiącach szczepienia, w porównaniu z wolnym CpG-B. Łącznie wyniki te pokazują, że nanonośniki mogą zwiększyć skuteczność szczepionki przy niskiej dawce adiuwantu w celu wywołania silnej i długotrwałej odporności komórkowej.


title: Indukcję pluripotencjalnych komórek macierzystych przez określone czynniki znacznie poprawiają związki małocząsteczkowe

text: Przeprogramowanie mysich i ludzkich komórek somatycznych można osiągnąć poprzez ektopową ekspresję czynników transkrypcyjnych, ale z niską wydajnością. Donosimy, że inhibitory metylotransferazy DNA i deacetylazy histonowej (HDAC) poprawiają wydajność przeprogramowania. W szczególności kwas walproinowy (VPA), inhibitor HDAC, poprawia wydajność przeprogramowania ponad 100-krotnie, stosując Oct4-GFP jako reporter. VPA umożliwia również wydajną indukcję pluripotencjalnych komórek macierzystych bez wprowadzania onkogenu c-Myc.


title: Wentylacja nieinwazyjna w leczeniu ostrej niewydolności oddechowej u pacjentów poddawanych przeszczepieniu narządu litego: badanie z randomizacją.

text: KONTEKST Wentylacja nieinwazyjna (NIV) wiąże się z niższymi wskaźnikami intubacji dotchawiczej w populacjach pacjentów z ostrą niewydolnością oddechową. CEL Porównanie NIV ze standardowym leczeniem polegającym na dodatkowym podawaniu tlenu w celu uniknięcia intubacji dotchawiczej u biorców przeszczepu narządu miąższowego z ostrą hipoksemiczną niewydolnością oddechową. PROJEKT I USTAWIENIE Prospektywne, randomizowane badanie przeprowadzone na 14-łóżkowym oddziale intensywnej terapii szpitala uniwersyteckiego. PACJENCI Spośród 238 pacjentów, którzy przeszli przeszczep narządu litego od grudnia 1995 do października 1997, 51 było leczonych z powodu ostrej niewydolności oddechowej. Spośród nich 40 kwalifikowało się, a 20 losowo przydzielono do każdej grupy. INTERWENCJA Wentylacja nieinwazyjna a standardowe leczenie z dodatkowym podawaniem tlenu. GŁÓWNE PARAMETRY WYNIKÓW Konieczność intubacji dotchawiczej i wentylacji mechanicznej w dowolnym momencie badania, powikłania nieobecne przy przyjęciu, czas trwania wspomagania wentylacji, długość pobytu w szpitalu oraz śmiertelność na oddziale intensywnej terapii. WYNIKI Dwie grupy były podobne na początku badania. W ciągu pierwszej godziny leczenia 14 pacjentów (70%) w grupie NIV i 5 pacjentów (25%) w grupie standardowego leczenia poprawiło swój stosunek PaO2 do frakcji wdychanego tlenu (FIO2). Z biegiem czasu trwałą poprawę PaO2 do FIO2 odnotowano u 12 pacjentów (60%) w grupie NIV oraz u 5 pacjentów (25%) randomizowanych do standardowego leczenia (p = 0,03). Zastosowanie NIV wiązało się ze znacznym zmniejszeniem częstości intubacji dotchawiczej (20% vs 70%; p = 0,002), odsetka powikłań śmiertelnych (20% vs 50%; p = 0,05), długości pobytu w oddziale intensywnej terapii przez osoby, które przeżyły (średnia [SD] dni, 5,5 [3] vs 9 [4]; p = 0,03) oraz śmiertelność na oddziale intensywnej terapii (20% vs 50%; p = 0,05). Śmiertelność szpitalna nie różniła się. WNIOSKI Wyniki te wskazują, że programy transplantacyjne powinny uwzględniać NIV w leczeniu wybranych biorców przeszczepu z ostrą niewydolnością oddechową.


title: APLIKACJE BIOINFORMATYCZNE UWAGA

text: SUMMARY MADE4, microarray ade4, to pakiet oprogramowania, który ułatwia wielowymiarową analizę danych dotyczących ekspresji genów na mikromacierzach. MADE4 akceptuje szeroką gamę formatów danych ekspresji genów. MADE4 wykorzystuje rozbudowane wielowymiarowe funkcje statystyczne i graficzne w pakiecie R ade4, rozszerzając je do zastosowania na dane mikromacierzy. Ponadto MADE4 zapewnia nowe narzędzia graficzne i wizualizacyjne, które pomagają w interpretacji wielowymiarowej analizy danych z mikromacierzy.


title: Podwójna i przeciwstawna rola rzęsek pierwotnych w rozwoju rdzeniaka

text: Ostatnie prace wykazały, że rzęski pierwotne mają zasadnicze znaczenie dla sygnalizacji Hedgehog (Hh) podczas rozwoju ssaków. Wiadomo również, że nieprawidłowa sygnalizacja Hh może prowadzić do raka, ale rola rzęsek pierwotnych w onkogenezie nie jest znana. Prekursory neuronów ziarnistych móżdżku (GNP) mogą powodować powstawanie rdzeniaków, najczęstszego złośliwego guza mózgu u dzieci. Do proliferacji GNP wymagana jest sygnalizacja pierwotna rzęska i Hh. Zapytaliśmy, czy pierwotne rzęski w GNP odgrywają rolę we wzroście rdzeniaka u myszy. Genetyczna ablacja pierwotnych rzęsek zablokowała powstawanie rdzeniaka zarodkowego, gdy nowotwór ten był napędzany przez konstytutywnie aktywne białko wygładzone (Smo), poprzedzający aktywator sygnalizacji Hh. W przeciwieństwie do tego, usunięcie rzęsek było wymagane do wzrostu rdzeniaka przez konstytutywnie aktywną rodzinę onkogenów związanych z glejakiem palec cynkowy-2 (GLI2), dalszy czynnik transkrypcyjny. Tak więc rzęski pierwotne są wymagane lub hamują powstawanie rdzeniaka, w zależności od inicjującego zdarzenia onkogennego. Co godne uwagi, obecność lub brak rzęsek była związana ze specyficznymi wariantami ludzkich rdzeniaków; rzęski pierwotne stwierdzono w rdzeniakach z aktywacją w sygnalizacji HH lub WNT, ale nie w większości rdzeniaków w innych odrębnych podgrupach molekularnych. Pierwotne rzęski mogą służyć jako narzędzie diagnostyczne i dostarczać nowych informacji na temat mechanizmu nowotworzenia.


title: Geny RAS w Saccharomyces cerevisiae: przekazywanie sygnału w poszukiwaniu ścieżki.

text: Białka Ras w pączkujących drożdżach początkowo wydawały się regulować inicjację cyklu komórkowego w odpowiedzi na dostępność składników odżywczych. Nowsze prace, wyjaśniając mechanizm transdukcji sygnału za pośrednictwem Ras, podważyły nasze pojęcie sygnału transmitowanego przez Ras. Podejrzewamy teraz, że Ras pomaga koordynować metabolizm komórkowy i akumulację masy, ale nie jest jasne, na co reaguje Ras.


title: Zastosowanie syntetycznych peptydów do zlokalizowania nowych motywów wiązania integryny alfa2beta1 w ludzkim kolagenie III.

text: Zestaw 57 syntetycznych peptydów obejmujących całą potrójną domenę ludzkiego kolagenu III zastosowano do zlokalizowania miejsc wiązania integryny alfa(2)beta(1) wiążącej kolagen. Zbadano zdolność peptydów do wspierania zależnego od Mg(2+) wiązania kilku preparatów integrynowych. Integryny typu dzikiego (rekombinowana domena alfa(2) I, alfa(2)beta(1) oczyszczona z błon płytek i rekombinowana rozpuszczalna alfa(2)beta(1) wyrażona jako alfa(2)-Fos/beta( 1)-Jun heterodimer) dobrze wiązał się tylko z trzema peptydami, dwoma zawierającymi motywy GXX'GER (GROGER i GMOGER, gdzie O oznacza hydroksyprolinę) i jednym zawierającym dwa sąsiadujące motywy GXX'GEN (GLKGEN i GLOGEN). Przetestowano dwie zmutowane domeny alfa(2) I: nieaktywny mutant T221A, który nie rozpoznawał peptydów, oraz konstytutywnie aktywny mutant E318W, który wiązał większy podzbiór peptydów. Adhezja aktywowanych ludzkich płytek krwi do peptydów zawierających GER była większa niż płytek spoczynkowych, a komórki HT1080 dobrze wiązały się z większą liczbą peptydów w porównaniu z płytkami krwi. Wiązanie komórek i rekombinowanych białek zostało zniesione przez przeciwciało monoklonalne anty-alfa(2) 6F1 i przez chelatację Mg(2+). Opisujemy dwa nowe motywy wiążące integryny o wysokim powinowactwie w ludzkim kolagenie III (GROGER i GLOGEN) oraz trzeci motyw (GLKGEN), który wykazuje aktywność pośrednią. Każdy motyw zweryfikowano przy użyciu krótszych peptydów syntetycznych.


title: Lokalizacje zawałów mózgu w gruźliczym zapaleniu opon mózgowych

text: Lokalizację zawałów mózgu zbadano u 14 pacjentów z gruźliczym zapaleniem opon mózgowo-rdzeniowych (TBM) i 173 pacjentów z niezapalnym udarem niedokrwiennym (IS). U pacjentów z TBM 75% zawałów wystąpiło w „strefie gruźlicy” zaopatrywanej przez tętnice prążkowane przyśrodkowe i tętnice wzgórzowe; tylko 11% występowało w „strefie IS” zaopatrywanej przez tętnice prążkowane boczne, przednie naczyniówkowe i wzgórzowo-wzgórzowe. U pacjentów z IS 29% zawałów wystąpiło w strefie IS, 29% w podkorowej istocie białej, a 24% w (lub obejmującej) korze mózgowej. Tylko 11% wystąpiło w strefie gruźlicy. Obustronnie symetryczne zawały strefy gruźlicy były powszechne w TMB (71%), ale rzadko w IS (5%).


title: Kanały TRP błon wewnątrzkomórkowych.

text: Kanały jonowe są klasycznie rozumiane jako regulujące przepływ jonów przez błonę plazmatyczną w odpowiedzi na różne sygnały środowiskowe i wewnątrzkomórkowe. Kanały jonowe pełnią również szereg funkcji w błonach wewnątrzkomórkowych. Kanały te mogą być czasowo zlokalizowane w błonach wewnątrzkomórkowych w zależności od ich szlaków biosyntezy lub sekrecji, tj. w drodze do ich lokalizacji docelowej. Kanały jonowe błony wewnątrzkomórkowej mogą również znajdować się w szlakach endocytarnych, albo są zawracane z powrotem do błony komórkowej, albo kierowane do lizosomu w celu degradacji. Kilka kanałów uczestniczy w transdukcji sygnału wewnątrzkomórkowego; najbardziej znanym przykładem jest receptor 1,4,5-trifosforanu inozytolu (IP(3)R) w retikulum endoplazmatycznym. Niektóre kanały błony wewnątrzkomórkowej organelli są wymagane do homeostazy jonowej ich organelli. Kilka nowo odkrytych kanałów Ca(2+) w błonie wewnątrzkomórkowej faktycznie odgrywa aktywną rolę w przemieszczaniu się przez błonę. Białka przejściowego potencjału receptorowego (TRP) są nadrodziną (28 członków u ssaków) przepuszczalnych dla Ca(2+) kanałów o zróżnicowanej dystrybucji w tkankach, lokalizacji subkomórkowej i funkcjach fizjologicznych. Stwierdzono, że prawie wszystkie dotychczas zbadane kanały TRP ssaków, takie jak ich przodek drożdżowy kanał TRP (TRPY1), który jest zlokalizowany w przedziale wakuolowym, są również (oprócz lokalizacji w błonie komórkowej) zlokalizowane w błonach wewnątrzkomórkowych. Zgromadzone dowody sugerują, że zlokalizowane wewnątrzkomórkowo kanały TRP aktywnie uczestniczą w regulacji ruchu przez błonę, transdukcji sygnału i pęcherzykowej homeostazie jonów. Niniejszy przegląd ma na celu przedstawienie podsumowania tych ostatnich prac. Dyskusja zostanie również rozszerzona na podstawowe właściwości membranowe i elektryczne przedziałów, w których znajdują się TRP.


title: Rozwój autoimmunologicznego zapalenia mięśnia sercowego u myszy przez an

text: TŁO Interleukina (IL)-12 wywiera silne działanie prozapalne poprzez stymulację odpowiedzi T-helper (Th)1. Uważa się, że w tym efekcie pośredniczy przede wszystkim aktywacja STAT4, a następnie wytwarzanie interferonu (IFN)-gamma. Metody i wyniki - Zbadaliśmy rolę sygnalizacji receptora IL-12 (IL-12R) w rozwoju eksperymentalnego autoimmunologicznego zapalenia mięśnia sercowego u myszy (EAM) indukowanego przez immunizację miozyną serca. Zarówno myszy z niedoborem IL-12Rbeta1, jak i myszy z niedoborem STAT4 były odporne na indukcję zapalenia mięśnia sercowego. Leczenie egzogenną IL-12 zaostrzało chorobę. Zakwestionowaliśmy, czy IFN-gamma jest wymagany dla aktywności promującej chorobę IL-12. Wręcz przeciwnie, odkryliśmy, że IFN-gamma tłumi EAM. Brak IFN-gamma z powodu niedoboru przeciwciał lub niedoboru genetycznego zaostrzał zapalenie mięśnia sercowego. Śledziony myszy z niedoborem IFN-gamma immunizowanych miozyną sercową wykazywały zwiększoną komórkowość; większa liczba komórek wytwarzających CD3+, CD4+, CD8+ i IL-2; i zwiększona zdolność do wytwarzania cytokin po stymulacji in vitro. Leczenie myszy rekombinowanym IFN-gamma zahamowało rozwój zapalenia mięśnia sercowego. WNIOSKI Sygnalizacja IL-12/IL-12R/STAT4 sprzyja rozwojowi EAM. Natomiast IFN-gamma odgrywa rolę ochronną. Ograniczające chorobę działanie IFN-gamma można wyjaśnić jego zdolnością do kontrolowania ekspansji aktywowanych limfocytów T.


title: Wirusowy i komórkowy celownik mikroRNA w limfoblastoidalnych liniach komórkowych

text: Wirus Epsteina-Barra (EBV) jest wszechobecnym ludzkim herpeswirusem powiązanym z wieloma nowotworami komórek B i chorobami limfoproliferacyjnymi. Podczas infekcji latentnej EBV wyraża 25 wirusowych premikroRNA (miRNA) i indukuje ekspresję swoistych miRNA gospodarza, takich jak miR-155 i miR-21, które potencjalnie odgrywają rolę w wirusowej onkogenezie. Do tej pory zidentyfikowano tylko ograniczoną liczbę celów miRNA EBV; zatem rola miRNA EBV w patogenezie wirusa i/lub limfogenezie nie jest dobrze zdefiniowana. Tutaj zastosowaliśmy fotoaktywowane rybonukleozydowe sieciowanie i immunoprecypitację (PAR-CLIP) w połączeniu z głębokim sekwencjonowaniem i analizą obliczeniową, aby kompleksowo zbadać wirusowy i komórkowy cel miRNA w liniach komórek limfoblastoidalnych zakażonych szczepem EBV B95-8 (LCL). Zidentyfikowaliśmy 7827 miejsc interakcji miRNA w 3492 komórkowych 3'UTR. 531 z tych miejsc zawierało dopasowania nasion do wirusowych miRNA. 24 Zidentyfikowane przez PAR-CLIP interakcje miRNA:3'UTR potwierdzono testami reporterowymi. Nasze wyniki pokazują, że miRNA EBV celują głównie w transkrypty komórkowe podczas utajonej infekcji, manipulując w ten sposób środowiskiem gospodarza. Co więcej, cele miRNA EBV biorą udział w wielu procesach komórkowych, które są bezpośrednio związane z infekcją wirusową, w tym odpornością wrodzoną, przeżyciem i proliferacją komórek. Na koniec przedstawiamy dowody, że regulowane przez myc miRNA gospodarza z klastra miR-17/92 mogą regulować utajoną ekspresję genów wirusowych. To kompleksowe badanie targetomu miRNA w komórkach B zakażonych EBV stanowi kluczowy krok w kierunku zdefiniowania funkcji miRNA kodowanych przez EBV i potencjalnie zidentyfikowania nowych celów terapeutycznych dla nowotworów związanych z EBV.


title: Dysfunkcja mitochondrialna prowadzi do niestabilności genomu jądrowego poprzez defekt klastra żelaza i siarki

text: Mutacje i delecje w genomie mitochondrialnym (mtDNA), a także niestabilność genomu jądrowego są związane z wieloma chorobami człowieka. W tym miejscu donosimy, że u Saccharomyces cerevisiae utrata mtDNA prowadzi do niestabilności genomu jądrowego poprzez proces zatrzymania i selekcji cyklu komórkowego, który określamy jako kryzys komórkowy. W tym kryzysie nie pośredniczy brak oddychania, lecz koreluje z redukcją potencjału błony mitochondrialnej. Analiza komórek przechodzących ten kryzys zidentyfikowała defekt w biogenezie skupisk żelaza i siarki (ISC), który wymaga normalnej funkcji mitochondriów. Odkryliśmy, że regulacja w dół biogenezy niemitochondrialnych białek ISC była wystarczająca, aby spowodować zwiększoną niestabilność genomową w komórkach z nienaruszoną funkcją mitochondriów. Wyniki te sugerują, że dysfunkcja mitochondriów stymuluje niestabilność genomu jądrowego poprzez hamowanie wytwarzania białka (białek) zawierających ISC, które są wymagane do utrzymania integralności genomu jądrowego. Aby obejrzeć podsumowanie wideo tego artykułu, zobacz plik PaperFlick dostępny z dodatkowymi danymi online.


title: Zdarzenia replisome przeciągnięcia ukształtowały rozkład początków replikacji w genomach drożdży

text: W fazie S cały genom musi być dokładnie zduplikowany, bez żadnych fragmentów DNA niereplikowanych. Tutaj opracowujemy prosty model matematyczny opisujący prawdopodobieństwo niepowodzenia replikacji z powodu nieodwracalnego przeciągnięcia widełek replikacyjnych. Pokazujemy, że prawdopodobieństwo pełnej replikacji genomu jest zmaksymalizowane, jeśli miejsca początkowe replikacji są równomiernie rozmieszczone, największe odległości między miejscami początkowymi są zminimalizowane, a początki najbardziej końcowe są umieszczone blisko końców chromosomów. Pokazujemy, że pozycje początkowe w genomie drożdży Saccharomyces cerevisiae są zgodne ze wszystkimi trzema przewidywaniami, tym samym maksymalizując prawdopodobieństwo pełnej replikacji w przypadku zatrzymania widełek replikacyjnych. Pozycje pochodzenia w czterech innych drożdżach – Kluyveromyces lactis, Lachancea kluyveri, Lachancea waltii i Schizosaccharomyces pombe – również są zgodne z tymi przewidywaniami. Zrównanie wskaźników niepowodzeń na końcach chromosomów z wskaźnikami we wnętrzach chromosomów daje średni wskaźnik przeciągnięcia widełek nukleotydowych na poziomie ~5 × 10 (-8), co jest zgodne z szacunkami eksperymentalnymi. Użycie tej wartości w naszych przewidywaniach teoretycznych daje współczynniki niepowodzeń replikacji, które są zgodne z danymi z eksperymentów polegających na nokaucie źródła replikacji. Nasza teoria przewiduje również, że znacznie większe genomy, takie jak genomy ssaków, będą doświadczać znacznie większego prawdopodobieństwa niepowodzenia replikacji w całym genomie, a zatem prawdopodobnie będą wymagały dodatkowych mechanizmów kompensacyjnych.


title: Regulacja chromatyny przez modyfikacje histonów

text: Chromatyna nie jest obojętną strukturą, ale raczej pouczającym rusztowaniem DNA, które może reagować na zewnętrzne sygnały, aby regulować wiele zastosowań DNA. Podstawowym składnikiem chromatyny, który odgrywa kluczową rolę w tej regulacji, jest modyfikacja histonów. Lista tych modyfikacji stale się wydłuża, a złożoność ich działania dopiero zaczyna być rozumiana. Jednak jasne jest, że modyfikacje histonów odgrywają fundamentalną rolę w większości procesów biologicznych, które są zaangażowane w manipulację i ekspresję DNA. W tym miejscu opisujemy znane modyfikacje histonów, określamy, gdzie są one znajdowane w genomie i omawiamy niektóre z ich konsekwencji funkcjonalnych, koncentrując się głównie na transkrypcji, gdzie miała miejsce większość charakteryzacji.


title: Analiza ekspresji pojedynczych komórek podczas przeprogramowania komórkowego ujawnia wczesną fazę stochastyczną i późną fazę hierarchiczną

text: Podczas przeprogramowania komórkowego tylko niewielka część komórek staje się indukowanymi pluripotencjalnymi komórkami macierzystymi (iPSC). Wcześniejsze analizy ekspresji genów podczas przeprogramowania opierały się na populacjach komórek, utrudniając identyfikację zdarzeń przeprogramowania na poziomie pojedynczej komórki. Wykorzystaliśmy dwie technologie ekspresji genów, aby profilować 48 genów w pojedynczych komórkach na różnych etapach procesu przeprogramowania. Analiza wczesnych stadiów wykazała znaczne różnice w ekspresji genów między komórkami w przeciwieństwie do stadiów późnych. Ekspresja Esrrb, Utf1, Lin28 i Dppa2 jest lepszym predyktorem rozwoju komórek w iPSC niż ekspresja sugerowanych wcześniej markerów przeprogramowania Fbxo15, Fgf4 i Oct4. Stochastyczna ekspresja genów na wczesnym etapie przeprogramowania poprzedza późną fazę hierarchiczną, w której Sox2 jest czynnikiem poprzedzającym hierarchię ekspresji genów. Wreszcie, czynniki niższego rzędu pochodzące z późnej fazy, które nie obejmują Oct4, Sox2, Klf4, c-Myc i Nanog, mogą aktywować obwody pluripotencji.


title: Trójwymiarowa hodowla ludzkich fibroblastów oparta na rusztowaniu zapewnia macierz strukturalną, która wspiera angiogenezę w tkance serca po zawale.

text: TŁO [0002] Opracowaliśmy techniki wszczepiania łatek angiogennych do nasierdzia w obszarach tkanki sercowej po zawale w celu stymulowania rewaskularyzacji uszkodzonej tkanki. Eksperymenty te wykorzystywały opartą na rusztowaniu hodowlę 3D ludzkich fibroblastów skórnych (3DFC) jako plaster nasierdziowy. 3DFC zawiera żywotne komórki, które wydzielają angiogenne czynniki wzrostu i wcześniej wykazano, że stymulują aktywność angiogenną. Testowana hipoteza była taka, że żywotny płat sercowy 3DFC będzie stymulował odpowiedź angiogenną w obszarze tkanki sercowej objętej zawałem. METODY I WYNIKI U myszy z ciężkim złożonym niedoborem odporności przeprowadzono zamknięcie wieńcowe gałęzi lewej przedniej zstępującej tętnicy wieńcowej przez podwiązanie termiczne. 3DFC z żywymi komórkami lub bez nich były dopasowywane do uszkodzonego obszaru, wszczepiane replikacjom myszy do nasierdzia w miejscu uszkodzenia tkanki i porównywane ze zwierzętami, które przeszły operację zawału, ale nie otrzymały implantu. Czternaście i 30 dni po operacji serca odsłonięto i sfotografowano, a próbki tkanek przygotowano do histologii i cytochemii. Czternaście i 30 dni po operacji uszkodzony mięsień sercowy otrzymujący żywotny 3DFC wykazywał znacznie większą odpowiedź angiogeniczną (w tym tętniczki, żyłki i naczynia włosowate) niż nieżywe i nieleczone grupy kontrolne. WNIOSKI W tym modelu zwierzęcym żywotny 3DFC stymuluje angiogenezę w obszarze zawału serca i może nasilać odpowiedź naprawczą w uszkodzonej tkance. Dlatego potencjalnym zastosowaniem 3DFC jest naprawa tkanki mięśnia sercowego uszkodzonej przez zawał.


title: Globalna kontrola gruźlicy: wyciągnięte wnioski i perspektywy na przyszłość

text: Gruźlica (TB) to choroba starożytna, ale nie choroba z przeszłości. Po zniknięciu ze światowego programu zdrowia publicznego w latach 60. i 70., gruźlica powróciła na początku lat 90. z kilku powodów, w tym z powodu pandemii HIV/AIDS i wzrostu lekooporności. Jaki jest stan zwalczania gruźlicy na świecie ponad 100 lat po odkryciu prątka gruźlicy przez Roberta Kocha? W tym miejscu dokonujemy przeglądu ewolucji globalnych polityk kontroli gruźlicy, w tym DOTS (terapia bezpośrednio obserwowana, krótki kurs) i Strategii Stop TB, i oceniamy, czy wyzwania i przeszkody napotykane przez społeczność zdrowia publicznego na całym świecie w opracowywaniu i wdrażaniu tej strategii mogą pomóc przyszłe działania na rzecz eliminacji gruźlicy.


title: Globalna częstość występowania jaskry i prognozy obciążenia jaskrą do 2040 r.: przegląd systematyczny i metaanaliza.

text: CEL Jaskra jest główną przyczyną globalnej nieodwracalnej ślepoty. Obecne szacunki dotyczące globalnej częstości występowania jaskry nie są aktualne i koncentrują się głównie na populacjach pochodzenia europejskiego. Systematycznie badaliśmy globalną częstość występowania jaskry pierwotnej otwartego kąta (POAG) i pierwotnej jaskry zamykającego się kąta (PACG) oraz przewidywaliśmy liczbę osób dotkniętych tą chorobą w latach 2020 i 2040. PROJEKT Przegląd systematyczny i metaanaliza. UCZESTNICY Dane z 50 badań populacyjnych (3770 przypadków POAG na 140 496 przebadanych osób i 786 przypadków PACG na 112 398 przebadanych osób). METODY Przeszukaliśmy PubMed, Medline i Web of Science w poszukiwaniu badań populacyjnych dotyczących częstości występowania jaskry opublikowanych do 25 marca 2013 r. Do oszacowania zbiorczej częstości występowania jaskry w populacji w wieku 40-80 lat wraz z 95% wiarygodne przedziały (CrIs). Projekcje jaskry oszacowano na podstawie Prognoz populacji Narodów Zjednoczonych. Przeprowadzono bayesowskie modele metaregresji w celu oceny związku między występowaniem POAG a istotnymi czynnikami. GŁÓWNE MIARY EFEKTOWE Częstość występowania i przewidywane liczby przypadków jaskry. WYNIKI Globalna częstość występowania jaskry w populacji w wieku 40-80 lat wynosi 3,54% (95% CrI, 2,09-5,82). Częstość występowania POAG jest najwyższa w Afryce (4,20%; 95% CrI, 2,08-7,35), a PACG jest najwyższa w Azji (1,09%; 95% CrI, 0,43-2,32). W 2013 r. liczbę osób (w wieku 40-80 lat) z jaskrą na całym świecie oszacowano na 64,3 mln, wzrastając do 76,0 mln w 2020 r. i 111,8 mln w 2040 r. W modelu metaregresji bayesowskiej mężczyźni częściej mieli POAG niż kobiety (iloraz szans [OR], 1,36; 95% CrI, 1,23-1,52), a po uwzględnieniu wieku, płci, rodzaju zamieszkania, wskaźnika odpowiedzi i roku badania, osoby pochodzenia afrykańskiego częściej miały POAG niż osoby pochodzenia europejskiego (OR, 2,80; 95% CrI, 1,83-4,06) oraz osoby mieszkające na obszarach miejskich częściej miały POAG niż na wsi (OR, 1,58; 95% CrI, 1,19-2,04). WNIOSKI Liczba osób z jaskrą na świecie wzrośnie do 111,8 mln w 2040 r., nieproporcjonalnie dotykając ludzi mieszkających w Azji i Afryce. Szacunki te są ważne przy opracowywaniu projektów przesiewowych badań jaskry, leczenia i powiązanych strategii zdrowia publicznego.


title: Przewód pokarmowy jako główne miejsce deplecji limfocytów T CD4+ i replikacji wirusa w zakażeniu SIV.

text: Ludzki i małpi wirus niedoboru odporności (HIV i SIV) replikują się optymalnie w aktywowanych limfocytach T pamięci CD4(+), typie komórek, który występuje obficie w jelicie. Infekcja SIV u małp rezus spowodowała głębokie i selektywne zmniejszenie liczby limfocytów T CD4+ w jelicie w ciągu kilku dni od infekcji, przed jakimikolwiek takimi zmianami w obwodowej tkance limfatycznej. Utrata limfocytów T CD4+ w jelicie nastąpiła jednocześnie z produktywnym zakażeniem dużej liczby komórek jednojądrzastych w tym miejscu. Jelito wydaje się być głównym celem replikacji SIV i głównym miejscem utraty limfocytów T CD4+ we wczesnej infekcji SIV.


title: Oddziaływanie opartych na streptawidynie oligomerów peptydowo-MHC (tetramerów) z TCR na powierzchni komórki.

text: Można uznać, że wiązanie oligomerycznych kompleksów peptyd-MHC (pMHC) z powierzchniowym TCR powierzchni komórki przybliża oddziaływania TCR-pMHC na styku komórka-komórka. W tym badaniu przeanalizowaliśmy równowagowe wiązanie oligomerów pMHC opartych na streptawidynie (tetramery) i ich kinetykę dysocjacji z limfocytów T CD8(pos) z myszy transgenicznych 2C-TCR oraz z hybrydom limfocytów T, które wyrażały 2C TCR lub o wysokim powinowactwie mutant (m33) tego TCR. Nasze wyniki pokazują, że tetramery nie zbliżyły się do nasycenia TCR na powierzchni komórki (wiążąc tylko 10-30% receptorów na powierzchni komórki), jak ogólnie zakłada się przy wyprowadzaniu wartości powinowactwa (K(D)), częściowo z powodu dysocjacji straty z komórek barwionych tetramerem. Kierując się modelem kinetycznym, zaobserwowano, że szybkość dysocjacji oligomerów i stałe równowagi zależą nie tylko od jednowartościowych szybkości asocjacji i dysocjacji (k(off) i k(on)), ale także od szybkości asocjacji wielowartościowej (μ) i komórki TCR -gęstość powierzchni. Nasze wyniki sugerują, że współczynniki dysocjacji mogą odpowiadać za opisaną ostatnio zaskakująco wysoką częstość występowania tetramer-ujemnych, funkcjonalnie kompetentnych limfocytów T w niektórych odpowiedziach limfocytów T.


title: W hipercholesterolemii zmienia się charakterystyka ludzkich monocytów.

text: Monocyty krwi obwodowej biorą udział podczas miażdżycy w przyleganiu do śródbłonka, migrowaniu do przestrzeni podśródbłonkowej i przyjmowaniu lipoprotein, aby stać się makrofagami/komórkami piankowatymi. Oceniliśmy, czy cechy monocytów krwi obwodowej są zmienione w ludzkiej hiperlipidemii w dobranych parach pacjentów i kontroli pod względem wieku/płci/palania. Monocyty od pacjentów z hipercholesterolemią, w przeciwieństwie do kontroli, były bardziej wrażliwe na stymulację przez agonistę, N-formylo-metionylo-leucylo-fenyloalaninę, w odniesieniu do chemokinezy (wskaźnik stymulacji 1,48 +/- 0,17 vs. 1,10 +/- 0,14 ), chemotaksja (4,05 +/- 0,55 vs 2,72 +/- 0,24) i adhezja do pojedynczych warstw śródbłonka aorty świni (1,26 +/- 0,05 vs 1,17 +/- 0,06). Całkowita ekspresja powierzchniowa u pacjentów glikoproteiny adhezyjnej CD11b/CD18 (37,5 +/- 7,1 vs 36,0 +/- 7,1), ale nie CD11c/CD18 (31,6 +/- 7,2 vs 31,4 +/- 6,8) była zwiększony; jednak monocyty w hiperlipidemii były większe (9,15 +/- 0,11 mikrona vs. 8,98 +/- 0,11 mikrona) tak, że gęstość powierzchniowa CD11b/CD18 nie uległa zmianie (0,144 +/- 0,029 vs. 0,142 +/- 0,029) . Dane sugerują, że krążące monocyty są funkcjonalnie różne w hipercholesterolemii. Może to wyjaśniać zwiększone zaangażowanie monocytów w miażdżycę związaną z hipercholesterolemią.


title: Dorosłe neuronalne komórki macierzyste ssaków i neurogeneza: pięć dekad później.

text: Dorosłe somatyczne komórki macierzyste w różnych narządach utrzymują homeostatyczną regenerację tkanek i zwiększają plastyczność. Od czasu ich początkowego odkrycia pięć dekad temu, badania nad neurogenezą dorosłych i nerwowymi komórkami macierzystymi doprowadziły do ugruntowanej i rozwijającej się dziedziny, która znacząco wpłynęła na wiele aspektów neuronauki, biologii rozwoju i medycyny regeneracyjnej. W tym miejscu dokonujemy przeglądu ostatnich postępów i skupiamy się na pytaniach związanych z nerwowymi komórkami macierzystymi dorosłych ssaków, które odnoszą się również do innych somatycznych komórek macierzystych. Dalej omawiamy pojawiające się tematy, które kierują dziedziną w kierunku lepszego zrozumienia dorosłych nerwowych komórek macierzystych i ostatecznego zastosowania tych zasad w celu poprawy zdrowia ludzkiego.


title: Związek ambulatoryjnego ciśnienia tętniczego i profilu częstości akcji serca z parametrami czynności nerek u pacjentów z nadciśnieniem tętniczym i przewlekłą chorobą nerek.

text: Ścisła kontrola ciśnienia krwi (BP) jest podobno ważna w leczeniu pacjentów z nadciśnieniem i przewlekłą chorobą nerek (PChN). Celem tego badania przekrojowego było zbadanie, czy zmienne ambulatoryjne BP i profil częstości akcji serca (HR), centralna hemodynamika i sztywność tętnic są ściśle związane z parametrami czynności nerek (współczynnik wydalania albuminy z moczem [UACR] i szacowane filtracji kłębuszkowej [eGFR]) obserwowany u 25 kolejnych hospitalizowanych pacjentów z nadciśnieniem tętniczym z PChN. Istniały istotne dodatnie zależności między UACR a ambulatoryjnym skurczowym BP dobowym, dziennym i nocnym. Ponadto istniały istotne negatywne zależności między UACR a zmiennością HR dobowego i dziennego. Poziom krążącego peptydu natriuretycznego typu B i hemoglobiny A1c były również dodatnio związane z UACR. W odniesieniu do eGFR, chociaż zmienność 24-godzinnego i nocnego HR była dodatnio związana z eGFR, krążąca pentozydyna i nocne HR miały ujemny związek z eGFR. Z drugiej strony, centralna hemodynamika i sztywność tętnic nie wykazywały żadnego istotnego związku z parametrami czynności nerek. Wyniki te wskazują, że ambulatoryjne BP i profil HR są ściśle modulowane przez pogorszenie funkcji nerek. Potrzebne są dalsze badania w celu zbadania związku przyczynowego między ambulatoryjnym BP a profilem HR i parametrami funkcji nerek u pacjentów z nadciśnieniem tętniczym i CKD.


title: Częstość i immunodominacja odpowiedzi limfocytów T CD8+ specyficznych dla wysp zmieniają się po rozpoznaniu i leczeniu cukrzycy typu 1.

text: CEL Komórki T CD8(+) reagujące na wysepki odgrywają kluczową rolę w patogenezie cukrzycy typu 1 u myszy NOD. Dominująca swoistość limfocytów T zmienia się w czasie, ale nie wiadomo, czy podobne zmiany występują również po rozpoznaniu klinicznym i leczeniu insuliną u pacjentów z cukrzycą typu 1. MATERIAŁ I METODY Wykorzystaliśmy niedawno zwalidowany test immunoenzymatyczny (ISL8Spot) swoisty dla wysepek CD8(+) z interferonem gamma z limfocytami T, aby prześledzić odpowiedzi na preproinsulinę (PPI), GAD, białko 2 związane z insulinoma (IA). -2) oraz epitopy białka związanego z podjednostką katalityczną glukozy-6-fosfatazy (IGRP) swoiste dla wysepek u 15 dorosłych pacjentów z cukrzycą typu 1 HLA-A2(+) blisko rozpoznania i w drugim punkcie czasowym 7-16 miesięcy później. WYNIKI Reaktywności limfocytów T CD8(+) były rzadsze podczas obserwacji, ponieważ 28,6% odpowiedzi było dodatnich w momencie rozpoznania cukrzycy typu 1 w porównaniu z 13,2% po 11 miesiącach (mediana p = 0,003). Podczas gdy miana autoprzeciwciał GAD i IA-2 (aAb) pozostały niezmienione w 75% przypadków, odsetek pacjentów odpowiadających na epitopy PPI i/lub GAD przez ISL8Spot zmniejszył się z 60-67 do 20% (P < 0,02). Poprzednio subdominujące peptydy IA-2(206-214) i IGRP(265-273) były na nowo celowane, stając się w ten sposób epitopami immunodominującymi. WNIOSKI Zmiany zarówno częstotliwości, jak i immunodominacji odpowiedzi komórek T CD8(+) zachodzą szybciej niż zmiany miana aAb. Te różne kinetyki mogą sugerować uzupełniające zastosowania kliniczne dla pomiarów limfocytów T i aAb.


title: Inwentarz białek biogenezy ludzkich rybosomów ujawnia istotną funkcję eksportu w 5 w eksporcie podjednostki 60S

text: Składanie się podjednostek rybosomalnych u eukariontów jest złożonym, wieloetapowym procesem, do tej pory badanym głównie na drożdżach. U S. cerevisiae do uporządkowanego złożenia podjednostek rybosomalnych 40S i 60S wymaganych jest ponad 200 czynników, w tym białka rybosomalne i czynniki działające w układzie trans. Do tej pory scharakteryzowano tylko kilka ludzkich homologów tych drożdżowych czynników syntezy rybosomów. W tym przypadku zastosowaliśmy podejście systematycznej interferencji RNA (RNAi), aby przeanalizować udział 464 czynników kandydujących w biogenezie podjednostek rybosomalnych w komórkach ludzkich. Ekran oparto na odczytach wizualnych, wykorzystując jako reportery indukowalne, fluorescencyjne białka rybosomalne. Przeprowadzając komputerową analizę obrazu z wykorzystaniem nadzorowanych technik uczenia maszynowego, uzyskaliśmy dowody na funkcjonalne powiązanie 153 ludzkich białek z syntezą rybosomów. Nasze dane pokazują, że podstawowe cechy składania rybosomów są zachowane od drożdży do człowieka, ale istnieją różnice na przykład w odniesieniu do eksportu podjednostek 60S. Nieoczekiwanie nasze badanie przesiewowe RNAi ujawniło wymaganie receptora eksportowego Exportin 5 (Exp5) w eksporcie jądrowym podjednostek 60S w komórkach ludzkich. Pokazujemy, że Exp5, podobnie jak znany eksportowany z 60S Crm1, wiąże się z cząstkami sprzed 60S w sposób zależny od RanGTP. Zakłócenie funkcji Exp5 lub Crm1 blokuje eksport 60S zarówno w komórkach ludzkich, jak i żabich oocytach, podczas gdy eksport 40S jest zagrożony tylko po inhibicji Crm1. Zatem eksport podjednostki 60S jest zależny od co najmniej dwóch eksportyn wiążących RanGTP w komórkach kręgowców.


title: Wiązanie czynnika transkrypcyjnego ze skrzydlatą helisą HNF3 z miejscem histonu łącznika na nukleosomie.

text: Czynnik transkrypcyjny HNF3 i histony łącznikowe H1 i H5 posiadają domeny wiążące uskrzydloną helisę DNA, jednak HNF3 i inne białka związane z widelcem aktywują geny podczas rozwoju, podczas gdy histony łącznikowe zbijają DNA w chromatynie i hamują ekspresję genów. Porównaliśmy, w jaki sposób te dwie klasy czynników oddziałują z matrycami chromatyny i odkryliśmy, że HNF3 wiąże DNA z boku rdzeni nukleosomów, podobnie do tego, co opisano dla histonu linkera. Strukturalne miejsce wiązania nukleosomu dla HNF3 jest zajęte na wzmacniaczu transkrypcji albuminy w aktywnej i potencjalnie aktywnej chromatynie, ale nie w nieaktywnej chromatynie in vivo. Podczas gdy białko HNF3 typu dzikiego nie kompaktuje DNA rozciągającego się od nukleosomu, tak jak histon linkera, ukierunkowane mutanty HNF3 mogą kompaktować nukleosomalny DNA, jeśli zawierają zasadowe aminokwasy w pozycjach, jak wcześniej wykazano, że są niezbędne do kompaktowania nukleosomalnego DNA przez histony linkerowe . Wyniki ilustrują, w jaki sposób czynniki transkrypcyjne mogą wykazywać specjalną aktywność wiązania nukleosomów, której nie można przewidzieć na podstawie badań interakcji czynników z wolnym DNA.


title: Szybki wzrost i dywergencja genomów jądrowych ryżu.

text: Wykorzystując jądrowe DNA afrykańskiego ryżu Oryza glaberrima jako genomu referencyjnego, zidentyfikowano czas, naturę, mechanizmy i specyfikę niedawnej ewolucji sekwencji u podgatunków indica i japonica Oryza sativa. Dane wskazują, że rozmiary genomów indica i japonica znacznie wzrosły, odpowiednio >2% i >6%, od czasu ich odejścia od wspólnego przodka, głównie z powodu amplifikacji retrotranspozonów LTR. Jednak straty wszystkich klas sekwencji DNA poprzez nierówną rekombinację homologiczną i nieprawidłową rekombinację osłabiły wzrost genomu ryżu. Małe delecje były szczególnie częste w całym genomie. W ponad 1 Mb analizowanych przez nas regionów ortologicznych nie znaleziono przypadków całkowitego nabycia lub utraty genów z indica lub japonica, ani nie wykryto żadnego przykładu precyzyjnego wycięcia transpozonu. Zaobserwowano, że sekwencje między genami mają bardzo wysoki stopień rozbieżności, co wskazuje na zegar molekularny dla elementów transpozycyjnych, który jest co najmniej 2-krotnie szybszy niż podstawienia synonimicznych zasad w genach. Odkryliśmy, że regiony podatne na częste insercje i delecje również wykazują wyższy poziom mutacji punktowych. Wyniki te wskazują na wysoce dynamiczny genom ryżu z konkurencyjnymi procesami generowania i usuwania zmienności genetycznej.


title: Wykrywanie autoreaktywnej populacji limfocytów T w repertuarze poliklonalnym, która podlega odrębnej selekcji za pośrednictwem regulatora autoimmunologicznego (Aire).

text: Regulator autoimmunologiczny (Aire) odgrywa kluczową rolę w tolerancji ośrodkowej, promując prezentację antygenów tkankowo specyficznych w grasicy. Aby zbadać wpływ Aire na selekcję grasicy w warunkach fizjologicznych, użyliśmy odczynników tetramerowych do wykrywania autoreaktywnych limfocytów T swoistych dla zależnego od Aire tkankowo-specyficznego białka wiążącego retinoid interfotoreceptor (IRBP) w repertuarze poliklonalnym. Zaprojektowano dwa odczynniki tetramerowe klasy II do identyfikacji komórek T specyficznych dla dwóch różnych epitopów peptydowych IRBP. Analizy repertuaru poliklonalnych limfocytów T wykazały wysoką częstotliwość aktywowanych limfocytów T specyficznych dla obu tetramerów IRBP u myszy Aire(-/-), ale nie u myszy Aire(+/+). Co zaskakujące, chociaż jedna populacja limfocytów T wiążących tetramer została skutecznie usunięta z grasicy w sposób zależny od Aire, druga populacja wiążąca tetramer nie została usunięta i mogła być wykryta zarówno w Aire (-/-) jak i Aire (+ /+) Repertuary komórek T. Odkryliśmy, że zależna od Aire delecja grasicy limfocytów T specyficznych dla IRBP polega na międzykomórkowym transferze IRBP między zrębem grasicy a komórkami prezentującymi antygen pochodzącymi ze szpiku kostnego. Ponadto nasze dane sugerują, że delecja za pośrednictwem Aire opiera się nie tylko na ekspresji IRBP w grasicy, ale także na prawidłowej obróbce antygenu i prezentacji IRBP przez komórki prezentujące antygen grasicy.


title: Przestrzenna i czasowa heterogeniczność komarów Anopheles i przenoszenie Plasmodium falciparum wzdłuż wybrzeża Kenii.

text: Sezonową dynamikę i przestrzenne rozmieszczenie komarów Anopheles i pasożytów Plasmodium falciparum badano przez rok w 30 wioskach w dystryktach Malindi, Kilifi i Kwale wzdłuż wybrzeża Kenii. Komary Anopheline pobierano w domach w każdym miejscu raz na dwa miesiące, a występowanie pasożytów malarii wśród lokalnych dzieci w wieku szkolnym określano pod koniec badania entomologicznego. Łącznie 5476 Anopheles gambiae s.l. i 3 461 An. funestus zostały zebrane. Gatunki w An. kompleks gambii, zidentyfikowany przez reakcję łańcuchową polimerazy, zawierał 81,9% An. gambiae s.s., 12,8% An. arabiensis i 5,3% An. merus. Anopheles gambiae s.s. najbardziej przyczynił się do przeniesienia P. falciparum wzdłuż całego wybrzeża, podczas gdy An. funestus odpowiadał za ponad 50% wszystkich transmisji w dystrykcie Kwale. Duża przestrzenna niejednorodność intensywności transmisji (< 1 do 120 ukąszeń zakaźnych na osobę na rok) skutkowała odpowiednio dużymi i istotnie powiązanymi zmianami w częstości występowania pasożytów (zakres = 38-83%). Trzydzieści dwa procent miejsc (7 z 22) z częstością występowania malarii w zakresie od 38% do 70% miało roczny wskaźnik zaszczepienia entomologicznego (EIR) mniej niż pięć ugryzień zakaźnych na osobę rocznie. Anopheles gambiae s.l. i An. Na zagęszczenie grzybów w Kwale nie miały znaczącego wpływu opady deszczu. Jednak obydwa były dodatnio skorelowane z opadami deszczu jeden i trzy miesiące wcześniej odpowiednio w dystryktach Malindi i Kilifi. Te nieoczekiwane różnice w relacji między populacjami komarów a opadami deszczu sugerują niejednorodność środowiskową w dominujących siedliskach wodnych w każdym okręgu. Jednym z ważnych wniosków jest to, że wysoce nieliniowy związek między EIR a chorobowością wskazuje, że spójny wzorzec wysokiej chorobowości może być regulowany przez znaczną zmienność intensywności transmisji mierzonej w badaniach entomologicznych. Oszacowanie terenowe parametrów entomologicznych na poziomie powiatu nie dostarcza czułego wskaźnika intensywności transmisji w tym badaniu.


title: Mielodysplazja i białaczka niedokrwistości Fanconiego są związane ze specyficznym wzorcem nieprawidłowości genomicznych, który obejmuje ukryte zmiany RUNX1/AML1.

text: Niedokrwistość Fanconiego (FA) jest chorobą genetyczną związaną z niewydolnością szpiku kostnego (BM), mielodysplazją (MDS) i ostrą białaczką szpikową (AML). Przebadaliśmy 57 pacjentów z FA z niedokrwistością hipoplastyczną lub aplastyczną (n = 20), MDS (n = 18), AML (n = 11) lub bez nieprawidłowości BM (n = 8). Próbki BM analizowano za pomocą kariotypu, macierzy o dużej gęstości DNA w odniesieniu do sparowanych fibroblastów oraz poprzez sekwencjonowanie wybranych onkogenów. Swoisty wzór nieprawidłowości chromosomalnych stwierdzono w MDS/AML, który obejmował 1q+ (44,8%), 3q+ (41,4%), -7/7q (17,2%) i 11q- (13,8%). Ponadto po raz pierwszy w FA (20,7%) zaobserwowano ukryte zmiany RUNX1/AML1 (translokacje, delecje lub mutacje). Rzadkie mutacje NRAS, FLT3-ITD, MLL-PTD, amplifikacja ERG i translokacja ZFP36L2-PRDM16, ale nie znaleziono mutacji TP53, TET2, CBL, NPM1 i CEBPα. Częste regiony homozygotyczności były związane nie z somatyczną, neutralną dla kopii utratą heterozygotyczności, ale z pokrewieństwem, co sugeruje, że rekombinacja homologiczna nie jest powszechnym mechanizmem progresji w FA. Co ważne, RUNX1 i inne zmiany chromosomalne/genomowe znaleziono na etapach MDS/AML, z wyjątkiem 1q+, który stwierdzono na wszystkich etapach. Dane te mają znaczenie dla oceny stopnia zaawansowania i postępowania terapeutycznego u pacjentów z FA, a także do analizy mechanizmów ewolucji klonalnej i onkogenezy w kontekście niestabilności genomowej i niewydolności BM.


title: Podejścia molekularne i komórkowe do dywersyfikacji i rozszerzenia optogenetyki

text: Technologie optogenetyczne wykorzystują światło do kontrolowania procesów biologicznych w docelowych komórkach in vivo z wysoką precyzją czasową. Tutaj pokazujemy, że zastosowanie zasad ruchu molekularnego może rozszerzyć repertuar optogenetyczny o kilka długo poszukiwanych wymiarów. Strategie transportu subkomórkowego i transkomórkowego umożliwiają teraz (1) regulację optyczną na granicy dalekiej czerwieni/podczerwieni i rozszerzenie kontroli optogenetycznej na całe widmo widzialne, (2) zwiększoną siłę hamowania optycznego bez zwiększonego zapotrzebowania na moc światła (chlorek w skali nanoamperów). pośredniczone prądy fotoelektryczne, które utrzymują wrażliwość na światło i odwracalną, podobną do skoku stabilność kinetyczną wcześniejszych narzędzi) oraz (3) strategie uogólniania celowania w komórki oparte nie tylko na tożsamości genetycznej, ale także na morfologii i topologii tkanki, aby umożliwić wszechstronne celowanie, gdy promotory nie są znane lub w organizmach niewrażliwych genetycznie. Łącznie wyniki te ilustrują wykorzystanie zasad biologii komórki w celu umożliwienia ekspansji wszechstronnych szybkich technologii optogenetycznych odpowiednich dla biologii i zachowania nienaruszonych systemów.


title: Analiza proteomu tratwy lipidowej Caenorhabditis elegans przy użyciu geLC-MS/MS.

text: Tratwy lipidowe to mikrodomeny dwuwarstwy fosfolipidowej, proponowane do tworzenia półstabilnych „wysp”, które działają jako platforma dla kilku ważnych procesów komórkowych; główne klasy białek rezydujących na tratwie obejmują białka sygnalizacyjne i białka zakotwiczone w glikozylofosfatydyloinozytolu (GPI). Badania proteomiczne tratw lipidowych przeprowadzono głównie na liniach komórek ssaków i organizmach jednokomórkowych. Nicienie Caenorhabditis elegans, organizm modelowy o dobrze zdefiniowanym profilu rozwojowym, idealnie nadaje się do badania tego subkomórkowego miejsca w złożonym kontekście rozwojowym. Przedstawiono tutaj badanie proteomu tratw lipidowych C. elegans. W sumie 44 białka zidentyfikowano z frakcji raftów lipidowych przy użyciu geLC-MS/MS, z których 40 określono jako prawdopodobne białka raftów po analizie przewidywanych funkcji. Przewidywanie zakotwiczenia GPI białek wykazało, że 21 jest potencjalnie zmodyfikowanych w ten sposób, z których dwa zostały eksperymentalnie potwierdzone jako zakotwiczone w GPI. Ta praca jest pierwszym opisanym badaniem proteomu tratwy lipidowej u C. elegans. Wyniki pokazują, że białka tratw, w tym liczne białka zakotwiczone w GPI, mogą odgrywać różne potencjalnie ważne role w nicieniach i, miejmy nadzieję, doprowadzą do tego, że C. elegans stanie się użytecznym modelem do badania tratw lipidowych.


title: Rozkład geograficzny pozaszpitalnych zakażeń tkanek miękkich Staphylococcus aureus opornych na metycylinę.

text: CEL Celem tego badania jest przyjrzenie się geograficznym wzorcom wzrostu pozaszpitalnych zakażeń gronkowcem złocistym opornym na metycylinę (MRSA) w naszym regionie i ustalenie, czy określone obszary geograficzne są narażone na zwiększone ryzyko. METODY Po zatwierdzeniu przez Institution Review Board (132603-3) przeprowadzono retrospektywny przegląd karty 614 pacjentów, którzy przeszli nacięcie i drenaż ropnia przez jeden pediatryczny gabinet chirurgiczny od stycznia 2004 do grudnia 2008. Ponadto wcześniej opublikowane dane z 195 Przeanalizowano pacjentów, którzy przeszli nacięcie i drenaż ropnia od stycznia 2000 do grudnia 2003 roku. WYNIKI Najczęściej hodowanym organizmem w populacji pediatrycznej poddawanej nacinaniu i drenażowi był S aureus (n = 388), z których 258 (66%) było opornych na metycylinę. Jest to wzrost o 21% w stosunku do odsetka kultur MRSA zidentyfikowanych w latach 2000-2003. Analiza przestrzenno-czasowa systemu informacji geograficznej wykazała, że skupisko 14 przypadków MRSA znajdowało się w promieniu 1,44 km w latach 2000-2003, a 5 oddzielnych skupień każdy z ponad 20 przypadków infekcji MRSA został zidentyfikowany w 3 oddzielnych miastach w ciągu 8 lat przy użyciu analizy przestrzennej systemu informacji geograficznej (wartość P = 0,001). WNIOSEK S aureus oporny na metycylinę stał się obecnie najbardziej rozpowszechnionym organizmem izolowanym z kultur pozaszpitalnych ropni wymagających nacięcia i drenażu w populacji pediatrycznej w naszym regionie. Znaczące skupiska zakażeń MRSA pojawiły się w kilku różnych miastach w naszym regionie geograficznym.


title: Właściwe miejsce we właściwym czasie: opiekuńcze warianty histonów rdzenia.

text: Białka histonowe dynamicznie regulują strukturę chromatyny i sygnalizację epigenetyczną, aby utrzymać homeostazę komórek. Procesy te wymagają kontrolowanego odkładania przestrzennego i czasowego oraz eksmisji histonów przez ich dedykowane chaperony. Wraz z ewolucją wariantów histonów pojawiła się sieć funkcjonalnie specyficznych chaperonów. Molekularne szczegóły determinant specyficzności opiekuńczej dla różnych wariantów histonów są dopiero powoli rozwiązywane. Pełne zrozumienie tych procesów jest niezbędne, aby rzucić światło na prawdziwe biologiczne role wariantów histonów, ich chaperony oraz ich wpływ na dynamikę chromatyny.


title: Mutacje miejsca fosforylacji w białku 1 heterochromatyny (HP1) zmniejszają lub eliminują aktywność wyciszania.

text: HP1 jest niezbędnym białkiem związanym z heterochromatyną u Drosophila. HP1 ma zależny od dawki wpływ na wyciszanie genów euchromatycznych, które są niewłaściwie zlokalizowane w heterochromatynie i jest wymagane do normalnej ekspresji co najmniej dwóch genów heterochromatycznych. HP1 ulega wielokrotnej fosforylacji in vivo, a hiperfosforylacja HP1 jest skorelowana ze składaniem heterochromatyny podczas rozwoju. Celem tego badania było sprawdzenie, czy fosforylacja HP1 modyfikuje aktywność biologiczną i właściwości biochemiczne HP1. Aby określić miejsca fosforylacji HP1 in vivo i czy fosforylacja wpływa na jakiekolwiek właściwości biochemiczne HP1, ekspresjonowaliśmy Drosophila HP1 w hodowanych komórkach z motyli przy użyciu rekombinowanego wektora bakulowirusa. Fosfopeptydy zidentyfikowano za pomocą jonizacji laserowej desorpcji wspomaganej matrycą/spektroskopii masowej z czasem przelotu; te peptydy zawierają miejsca docelowe dla kinazy kazeinowej II, białkowej kinazy tyrozynowej i kinazy PIM-1. Oczyszczone HP1 z komórek bakteryjnych (nieufosforylowanych) i motyli (ufosforylowanych) ma podobną strukturę drugorzędową. Fosforylacja nie ma wpływu na samoasocjację HP1, ale zmienia właściwości wiązania DNA HP1, co sugeruje, że fosforylacja może w różny sposób regulować interakcje zależne od HP1. Podstawienia seryna na alaninę i seryna na glutaminian w konsensusowych motywach kinazy białkowej skutkowały zmniejszeniem lub utratą aktywności wyciszania zmutowanego HP1 u transgenicznych muszek. Wyniki te sugerują, że dynamiczna fosforylacja/defosforylacja reguluje aktywność HP1 w wyciszaniu heterochromatycznym.


title: Eliminacja mitochondriów ojcowskich w zarodkach myszy następuje poprzez autofagiczną degradację zależną od PARKIN i MUL1

text: Cechą definiującą mitochondria jest ich matczyny sposób dziedziczenia. Niewiele jednak wiadomo o mechanizmie komórkowym, dzięki któremu mitochondria ojcowskie, dostarczane z plemników, są eliminowane z wczesnych embrionów ssaków. Autofagia została powiązana z nicieniami, ale czy ten mechanizm jest zachowany u ssaków, jest kwestionowane. Tutaj pokazujemy, że hodowane mysie fibroblasty i zarodki przedimplantacyjne wykorzystują wspólną ścieżkę eliminacji mitochondriów. Obie sytuacje wykorzystują mitofagię, w której mitochondria są sekwestrowane przez autofagosomy i dostarczane do lizosomów w celu degradacji. Ligazy ubikwitynowe E3 PARKIN i MUL1 odgrywają zbędną rolę w eliminacji mitochondriów ojcowskich. Proces ten wiąże się z depolaryzacją mitochondriów ojcowskich i dodatkowo wymaga mitochondrialnego białka błony zewnętrznej FIS1, adaptera autofagii P62 oraz kinazy PINK1. Nasze wyniki wskazują, że ścisła transmisja mitochondriów przez matkę opiera się na mitofagii i ujawniają współpracę między MUL1 i PARKIN w tym procesie.


title: Profilowanie rybosomów dostarcza dowodów, że duże niekodujące RNA nie kodują białek

text: Duże niekodujące RNA stają się ważnym elementem regulacji komórkowej. Znaczące dowody wskazują, że te transkrypty działają bezpośrednio jako funkcjonalne RNA, a nie poprzez kodowany produkt białkowy. Jednak ostatnie badanie zajętości rybosomów wykazało, że wiele dużych międzygenowych ncRNA (lincRNA) jest wiązanych przez rybosomy, co zwiększa prawdopodobieństwo ich translacji do białek. Tutaj pokazujemy, że klasyczne niekodujące RNA i 5' UTR wykazują taką samą zajętość rybosomów jak lincRNA, wykazując, że sama zajętość rybosomów nie jest wystarczająca do sklasyfikowania transkryptów jako kodujących lub niekodujących. Zamiast tego definiujemy metrykę opartą na znanej właściwości translacji, zgodnie z którą translujące rybosomy są uwalniane po napotkaniu kodonu stop w dobrej wierze. Pokazujemy, że ta metryka dokładnie rozróżnia transkrypty kodujące białka i wszystkie klasy znanych transkryptów niekodujących, w tym lincRNA. Podsumowując, wyniki te wskazują, że znaczna większość lincRNA nie działa poprzez kodowane białka.


title: Izolacja transkrypcji syntezy, AMLl IETO, z podobieństwem do

text: Opracowaliśmy mapę restrykcyjną regionu przerwania chromosomu 21 zaangażowanego w ostrą białaczkę szpikową (AML) t(8;21)(q22;q22.3) i wyizolowaliśmy klon połączenia genomowego zawierający materiał chromosomów 8 i 21. Stosując sondy z tych regionów, zidentyfikowano rearanżacje w każdym z dziewięciu zbadanych przypadków t(8;21) AML. Ponadto wyizolowaliśmy klony cDNA z biblioteki cDNA t(8;21) AML, która zawiera połączone sekwencje z chromosomu 8 i 21. Składnik chromosomu 8, określany jako ETO (od ośmiu dwudziestu jeden), jest kodowany przez dużą region genomowy, jak sugeruje analiza odpowiednich sztucznych chromosomów drożdży (YAC). Sekwencja DNA fragmentu chromosomu 21 transkryptu fuzyjnego pochodzi z normalnego genu AML1. Uderzające podobieństwo (67% identyczności powyżej 387 pz, z odpowiadającym 69% identycznością aminokwasów) wykryto między AML1 a genem segmentacji Drosophila, runt. Krytyczną konsekwencją translokacji jest zestawienie sekwencji 5' AML1 z sekwencjami 3' ETO, zorientowanych telomerem do centromeru na chromosomie der(8).


title: Leczenie spondyloartropatii kwasem 5-aminosalicylowym (mesalazyną): badanie otwarte.

text: CEL Zesztywniające zapalenie stawów kręgosłupa (AS) i spondyloartropatia (SpA) są chorobami zapalnymi o nieznanej etiologii. W ich rozwoju rolę odgrywają różne czynniki egzogenne i endogenne (dziedziczone). Sulfasalazyna (SSZ) jest ogólnie akceptowana jako lek modyfikujący przebieg choroby w leczeniu AS i SpA. Nie wiadomo, która część SSZ, kwas 5-acetylosalicylowy (5-ASA, mesalazyna) czy sulfapirydyna (SP) jest skuteczną cząsteczką. Ponieważ jelita, okrężnica i jelito kręte odgrywają ważną rolę w rozwoju AS i SpA, możliwe jest, że 5-ASA jest skuteczną cząsteczką o podobnym sposobie działania, jak w leczeniu nieswoistego zapalenia jelit. W celu określenia skuteczności 5-ASA przeprowadzono otwarte badanie pilotażowe w 2 grupach pacjentów ze SpA. METODY Dwudziestu pacjentów z SpA, którzy przyjmowali SSZ, przeszło na 5-ASA (Pentasa), a 19 pacjentów z aktywną SpA leczono 5-ASA bez wcześniejszego podania SSZ. WYNIKI W pierwszej grupie 17 (85%) pacjentów odpowiedziało na ogólną ocenę kliniczną lekarza w porównaniu z poprzednim okresem leczenia SSZ; natomiast w drugiej grupie pacjentów uzyskano statystycznie istotną poprawę szybkości sedymentacji erytrocytów. WNIOSEK Wyniki potwierdzają naszą hipotezę, że 5-ASA może być aktywnym ugrupowaniem SSZ w leczeniu SpA.


title: Związek aktywności fizycznej i oglądania telewizji z masą ciała i poziomem otłuszczenia u dzieci: wyniki III Ogólnopolskiego Badania Egzaminacyjnego Zdrowia i Żywienia.

text: KONTEKST Brak aktywności fizycznej przyczynia się do przybierania na wadze u dorosłych, ale czy ta zależność jest prawdziwa w przypadku dzieci z różnych grup etnicznych, nie jest dobrze poznana. CEL Ocena udziału w energicznych aktywnościach i nawykach oglądania telewizji oraz ich związku z masą ciała i otłuszczeniem u dzieci w USA. PROJEKT Reprezentatywne w skali kraju badanie przekrojowe z wywiadem osobistym i badaniem lekarskim. MIEJSCE I UCZESTNICY W latach 1988-1994 w ramach National Health and Nutrition Examination Survey III przebadano 4063 dzieci w wieku od 8 do 16 lat. Amerykanie meksykańscy i czarni nie-latynoscy zostali poddani nadpróbkowaniu w celu uzyskania wiarygodnych danych szacunkowych dla tych grup. GŁÓWNE WSKAŹNIKI EFEKTU Epizody tygodniowej intensywnej aktywności i godzin oglądania telewizji oraz ich związek ze wskaźnikiem masy ciała i otłuszczeniem ciała. WYNIKI Osiemdziesiąt procent dzieci w USA zgłosiło, że co tydzień wykonywało 3 lub więcej okresów intensywnej aktywności. Odsetek ten był niższy u dziewcząt rasy czarnej pochodzenia nielatynoskiego i amerykańskich dziewcząt pochodzenia meksykańskiego (odpowiednio 69% i 73%). Dwadzieścia procent dzieci w USA uczestniczyło w 2 lub mniej okresach intensywnej aktywności w tygodniu, a odsetek ten był wyższy u dziewcząt (26%) niż u chłopców (17%). Ogólnie rzecz biorąc, 26% dzieci w USA oglądało telewizję 4 lub więcej godzin dziennie, a 67% oglądało co najmniej 2 godziny dziennie. Nielatynoskie czarne dzieci miały najwyższy wskaźnik oglądania telewizji przez 4 lub więcej godzin dziennie (42%). Chłopcy i dziewczęta oglądający telewizję 4 lub więcej godzin dziennie mieli większą zawartość tkanki tłuszczowej (P<0,001) i wyższy wskaźnik masy ciała (P<0,001) niż ci, którzy oglądali telewizję mniej niż 2 godziny dziennie. WNIOSKI Wiele dzieci w USA ogląda dużo telewizji i nie jest zbyt energicznie aktywne. Poziomy energicznej aktywności są najniższe wśród dziewcząt, czarnoskórych nie-latynoskich i meksykańskich Amerykanów. Potrzebne są strategie interwencyjne promujące całożyciową aktywność fizyczną wśród amerykańskich dzieci, aby powstrzymać niekorzystne konsekwencje zdrowotne braku aktywności.


title: Zwapnienie naczyń w przewlekłej chorobie nerek jest indukowane przez białko morfogenetyczne kości-2 poprzez mechanizm angażujący szlak Wnt/β-kateninowy

text: Wstęp: Zwapnienie naczyń (VC), w którym komórki mięśni gładkich naczyń (VSMC) przechodzą fenotypową transformację w komórki przypominające osteoblasty, jest jednym z pojawiających się czynników ryzyka przyspieszonego procesu miażdżycy charakterystycznego dla przewlekłej choroby nerek (PChN). Fosforan jest ważnym regulatorem VC. Metody: Ekspresję różnych markerów komórek mięśni gładkich lub osteogenezy w odpowiedzi na wysokie stężenia fosforanu lub egzogennego białka morfogenetycznego kości 2 (BMP-2) zbadano za pomocą qRT-PCR i western blotting na szczurzych VSMC. Wydzielanie osteokalcyny mierzono testem radioimmunologicznym. Różnicowanie i zwapnienie VSMC badano za pomocą testu aktywności fosfatazy alkalicznej (ALP) i barwienia alizaryną. Wyciszanie β-kateniny za pośrednictwem RNA o strukturze spinki do włosów przeprowadzono w celu zbadania udziału sygnalizacji Wnt/β-katenina w zwapnieniu VSMC i różnicowaniu osteoblastów indukowanych przez wysoki poziom fosforanów lub BMP-2. Apoptozę określono za pomocą testu TUNEL i obrazowania immunofluorescencyjnego. Wyniki: Stężenia BMP-2 w surowicy były istotnie wyższe u pacjentów z CKD niż w grupie kontrolnej. Wysokie stężenia fosforanów i BMP-2 indukowały apoptozę VSMC i zwiększały ekspresję β-kateniny, Msx2, Runx2 i kotransportera fosforanowego Pit1, podczas gdy przeciwciało neutralizujące BMP-2 odwracało te efekty. Uderzenie β-kateniny znosiło wpływ wysokiej zawartości fosforanów i BMP-2 na apoptozę i zwapnienie VSMC. Wnioski: BMP-2 odgrywa kluczową rolę w odkładaniu wapnia w VSMC i VC u pacjentów z CKD poprzez mechanizm obejmujący szlak Wnt/β-katenina.


title: Postępy w chirurgii guza mózgu.

text: Postępy w dziedzinie badań molekularnych i translacyjnych, onkologii i chirurgii ośmieliły społeczność medyczną do wiary, że wewnętrzne guzy mózgu mogą być leczone. Obrazowanie śródoperacyjne i mapowanie mózgu umożliwiają operacje sąsiadujące z elokwentną korą i bardziej radykalną resekcję guzów z większą pewnością i bezpieczeństwem. Pomimo tych postępów, naciekające brzegi nowotworu i odległe mikroskopijne zmiany satelitarne nigdy nie będą mogły zostać wyleczone chirurgicznie. Rzeczywiście, trwają badania nad dostarczeniem skutecznego środka chemiobiologicznego, który ostatecznie pozwoli nam uporać się z tą podstawową przyczyną niepowodzenia leczenia.


title: Przegląd systematyczny kontrolowanych badań klinicznych płukania żołądka w ostrym zatruciu pestycydami fosforoorganicznymi.

text: TŁO Samozatrucie pestycydami fosforoorganicznymi (OP) jest głównym problemem w rozwijającym się świecie wiejskim. Istnieje niewiele danych z badań klinicznych, które ukierunkowują terapię, co utrudnia określenie najlepszej terapii. Pomimo rozpoznania negatywnych skutków, płukanie żołądka jest powszechnie wykonywane w Azji. Naszym celem było zidentyfikowanie badań oceniających jego skuteczność. METODA Przeszukiwaliśmy systematycznie literaturę w poszukiwaniu kontrolowanych badań klinicznych, które oceniały wpływ płukania żołądka na samozatrucie pestycydami OP. WYNIKI Wszystkie 56 zidentyfikowane badania pochodziły z Chin i wykazały korzyści z badanej interwencji, w tym wielokrotne płukanie żołądka, zastosowanie norepinefryny lub pralidoksymu w płynie z płukania, jednoczesne leczenie naloksonem lub skopolaminą, wprowadzenie zgłębnika żołądkowego przez nacięcie laparotomiczne i płukanie później niż 12 godzin po spożyciu. Jednak tylko 23 były badaniami z randomizacją i żaden nie przedstawił odpowiedniej metodologii oceny ich jakości. Populacja pacjentów i protokół leczenia w badaniu nie zostały zdefiniowane – duża zmienność śmiertelności w grupie kontrolnej badań (od 4,5 do 93%) sugeruje znaczną zmienność między badaniami i prawdopodobnie między ramionami badania. Żadne badanie nie porównywało interwencji z grupą kontrolną, której nie przeprowadzono płukania żołądka, ani nie dostarczyło żadnych danych wskazujących, czy usunięto znaczną ilość trucizny. WNIOSEK Pomimo powszechnego stosowania wielu płukań żołądka w celu zatrucia pestycydami OP w całej Azji, obecnie nie ma wysokiej jakości dowodów potwierdzających jego skuteczność kliniczną. Istnieje potrzeba przeprowadzenia badań w celu określenia, u których pacjentów i przez jaki czas płukanie żołądka jest w stanie usunąć znaczne ilości trucizny. W następstwie tych badań potrzebne będą duże badania kliniczne w celu zbadania skuteczności i bezpieczeństwa płukania żołądka (pojedynczego lub wielokrotnego) w ostrym zatruciu pestycydami OP.


title: Aktywacja integryny przez Fam38A wykorzystuje nowy mechanizm kierowania R-Ras do retikulum endoplazmatycznego.

text: Rodzina integryn heterodimerycznych receptorów powierzchniowych komórek ma fundamentalne znaczenie dla adhezji komórka-komórka i komórka-macierz. Zmiany powinowactwa integryna-ligand lub ekspresji genu integryny są kluczowe dla różnych procesów chorobowych, w tym zapalenia, choroby sercowo-naczyniowej i raka. W badaniach przesiewowych nowych aktywatorów powinowactwa integryna-ligand zidentyfikowaliśmy wcześniej niescharakteryzowane białko domeny wielotransbłonowej Fam38A, zlokalizowane w retikulum endoplazmatycznym (ER). SiRNA knockdown Fam38A w komórkach nabłonkowych dezaktywuje endogenną integrynę beta1, zmniejszając adhezję komórek. Fam38A pośredniczy w aktywacji integryn poprzez rekrutację małej GTPazy R-Ras do ER, która aktywuje aktywowaną wapniem proteazę kalpainę poprzez zwiększenie uwalniania Ca(2+) z zapasów cytoplazmatycznych. Aktywacja integryny indukowana przez Fam38A jest blokowana przez hamowanie aktywności R-Ras lub kalpainy, albo przez knockdown siRNA taliny, dobrze opisanego substratu kalpainy. Wskazuje to na nowy mechanizm aktywacji integryn przez Fam38A, wykorzystujący sygnalizację kalpainy i R-Ras z ER. Dane te stanowią pierwszy opis nowego przestrzennego regulatora R-Ras, alternatywnego szlaku aktywacji-supresji integryn opartego na bezpośredniej relokalizacji R-Ras do ER oraz mechanizmu łączącego sygnalizację R-Ras i kalpain z ER z modulacją powinowactwa integryna-ligand.


title: Konwergencja szlaków sygnałowych kwasu 9-cis retinowego i proliferatora peroksysomów poprzez tworzenie heterodimerów ich receptorów

text: PEROKSYZOMY są organellami cytoplazmatycznymi, które są ważne u ssaków w modulowaniu homeostazy lipidów, w tym metabolizmu długołańcuchowych kwasów tłuszczowych i konwersji cholesterolu do soli żółciowych (przegląd w odn. 1 i 2). Amfipatyczne karboksylany, takie jak kwas klofibrynowy, stosowano u ludzi jako środki hipolipidemiczne, au gryzoni stymulują proliferację peroksysomów. Środki te, zwane proliferatorami peroksysomów, oraz kwas all-trans retinowy aktywują geny zaangażowane w β-oksydację kwasów tłuszczowych za pośrednictwem peroksysomów1–4. Tutaj pokazujemy, że receptor aktywowany przez proliferatory peroksysomów5 i receptor α retinoidu X (ref. 6) tworzą heterodimer, który aktywuje ekspresję genu oksydazy acylo-CoA w odpowiedzi na kwas klofibrynowy lub ligand receptora α retinoidu X, 9- kwas cis retinowy, metabolit all-trans retinowy7,8; równoczesna ekspozycja na oba aktywatory powoduje synergiczną indukcję ekspresji genów. Dane te pokazują sprzężenie szlaków sygnałowych proliferatora peroksysomów i retinoidów i dostarczają dowodów na fizjologiczną rolę kwasu 9-cis retinowego w modulowaniu metabolizmu lipidów.


title: Wykorzystanie białek zewnątrzkomórkowych jako składników odżywczych jest hamowane przez mTORC1

text: Pomimo tego, że są otoczone różnymi składnikami odżywczymi, komórki ssaków preferencyjnie metabolizują glukozę i wolne aminokwasy. Ostatnio wykazano, że makropinocytoza białek zewnątrzkomórkowych indukowana przez Ras zmniejsza zależność transformowanej komórki od zewnątrzkomórkowej glutaminy. Tutaj pokazujemy, że makropinocytoza białek może również służyć jako źródło niezbędnych aminokwasów. Lizosomalna degradacja białek zewnątrzkomórkowych może podtrzymać przeżycie komórek i indukować aktywację mTORC1, ale nie powoduje znaczącej akumulacji komórek. W przeciwieństwie do jego aktywności promującej wzrost w warunkach uzupełnienia aminokwasów, odkryliśmy, że aktywacja mTORC1 hamuje proliferację, gdy komórki polegają na białkach zewnątrzkomórkowych jako źródle aminokwasów. Hamowanie mTORC1 skutkuje zwiększonym katabolizmem endocytozowanych białek i zwiększa proliferację komórek w warunkach niedoboru składników odżywczych in vitro oraz w nowotworach z upośledzeniem naczyniowym in vivo. Tak więc, zapobiegając spożyciu białek zewnątrzkomórkowych w pożywieniu, mTORC1 łączy wzrost z dostępnością wolnych aminokwasów. Wyniki te mogą mieć ważne implikacje dla stosowania inhibitorów mTOR jako środków terapeutycznych.


title: Ogólny model do badania złożonych wzorców dominacji w układach samoniezgodności sporofitów roślin.

text: Opracowaliśmy ogólny model samoniezgodności sporofitów w warunkach negatywnej selekcji zależnej od częstotliwości, umożliwiającej złożone wzorce dominacji wśród alleli. Zastosowaliśmy ten model deterministycznie do zbadania wpływu liczby klas dominacji na równowagowe częstości alleli, liczby alleli na klasę dominacji, asymetrii w ekspresji dominacji między pyłkiem a słupkiem oraz tego, czy selekcja wpływa tylko na dopasowanie samców, czy na obie te cechy. i na fitnessach kobiecych. Pokazujemy, że tak zwany „efekt recesyjny” występuje w wielu różnych sytuacjach. Odkryliśmy pojawiające się właściwości modeli skończonej populacji z kilkoma allelami na klasę dominacji, takie jak to, że większa liczba alleli jest utrzymywana w bardziej dominujących klasach i że liczba klas dominacji może ewoluować. Zbadaliśmy również występowanie homozygotycznych genotypów i stwierdziliśmy, że znaczny ich odsetek może występować w przypadku najbardziej recesywnych alleli. Wykorzystaliśmy model dla dwóch gatunków o złożonych wzorcach dominacji, aby sprawdzić, czy częstości alleli w naturalnych populacjach są zgodne z rozkładem przewidywanym przez nasz model. Sugerujemy, że model może być użyty do jawnego testowania dodatkowych, specyficznych dla alleli sił selekcyjnych.


title: Przeprogramowanie metaboliczne w polaryzacji makrofagów

text: Badanie metabolizmu komórek odpornościowych w ostatnich latach podkreśla ścisły związek między stanem metabolicznym a fenotypem tych komórek. Zwłaszcza makrofagi są dobrym przykładem tego zjawiska. To, czy makrofagi pozyskują energię poprzez glikolizę, czy poprzez metabolizm oksydacyjny, może prowadzić do powstania różnych fenotypów. Klasycznie aktywowane makrofagi M1 są kluczowymi graczami pierwszej linii obrony przed infekcjami bakteryjnymi i wiadomo, że pozyskują energię poprzez glikolizę. Z drugiej strony, aktywowane lub makrofagi M2 są zaangażowane w naprawę tkanek i gojenie ran oraz wykorzystują metabolizm oksydacyjny do napędzania ich długoterminowych funkcji. Metaboliczne związki pośrednie są jednak nie tylko źródłem energii, ale mogą być bezpośrednio powiązane z konkretnym fenotypem makrofagów. W makrofagach M1 pośredni bursztynian cyklu Krebsa reguluje HIF1α, który jest odpowiedzialny za napędzanie trwałej produkcji prozapalnej cytokiny IL1β. W makrofagach M2 białko podobne do kinazy węglowodanowej kinazy sedoheptulozowej ma kluczowe znaczenie dla regulacji szlaku pentozofosforanowego. Potencjał ukierunkowania tych wydarzeń i wpływu na choroby to ekscytująca perspektywa.


title: Charakterystyka konstytutywnych loci CTCF/kohezyny: możliwa rola w ustalaniu domen topologicznych w genomach ssaków

text: TŁO Ostatnie badania sugerują, że genomy człowieka/ssaka są podzielone na duże, dyskretne domeny, które są jednostkami organizacji chromosomów. CTCF, czynnik wiążący CCCTC, odgrywa zróżnicowaną rolę w regulacji genomu, w tym regulacji transkrypcji, izolacji granic chromosomów, replikacji DNA i pakowania chromatyny. Pozostaje niejasne, czy podzbiór miejsc wiążących CTCF odgrywa funkcjonalną rolę w ustanawianiu/utrzymywaniu domen topologicznych chromatyny. WYNIKI Przeanalizowaliśmy systematycznie profile genomowe, transkryptomiczne i epigenetyczne miejsc wiązania CTCF w 56 liniach ludzkich komórek z ENCODE. Zidentyfikowaliśmy ~24 000 miejsc CTCF (określanych jako miejsca konstytutywne), które były związane w ponad 90% linii komórkowych. Nasza analiza wykazała: 1) konstytutywne loci CTCF były zlokalizowane w konstytutywnej otwartej chromatynie i często były współlokalizowane z konstytutywnymi loci kohezyny; 2) większość konstytutywnych loci CTCF była odległa od miejsc startu transkrypcji i nie miała wysp CpG, ale była wzbogacona o motywy CTCF o pełnym spektrum: ostatnio zgłoszony 33/34-mer i dwa inne potencjalnie nowe (22/26-mer); 3) co ważniejsze, większość konstytutywnych loci CTCF była obecna w oddziaływaniach chromatyny, w których pośredniczy CTCF, wykrytych przez ChIA-PET i te interakcje parami występowały głównie w obrębie domen topologicznych zidentyfikowanych przez Hi-C, ale nie pomiędzy nimi. WNIOSKI Nasze wyniki sugerują, że konstytutywne miejsca CTCF mogą odgrywać rolę w organizowaniu/utrzymywaniu ostatnio zidentyfikowanych domen topologicznych, które są wspólne dla większości ludzkich komórek.


title: Regulacja ekspresji Bcl-2 przez HuR w komórkach białaczki HL60 i komórkach raka A431.

text: Nadekspresja protoonkogenu bcl-2 sprzyja nieprawidłowemu przeżyciu komórek poprzez hamowanie apoptozy. Ekspresja bcl-2 jest częściowo determinowana przez mechanizmy regulacyjne, które kontrolują stabilność mRNA bcl-2. Wykazano, że elementy w nieulegającym translacji regionie 3' mRNA bcl-2 odgrywają rolę w regulacji stabilności wiadomości. Wcześniej stwierdzono, że białka wiążące RNA nukleolina i Ebp1 odgrywają rolę w stabilizacji mRNA bcl-2 w komórkach HL60. Tutaj zidentyfikowaliśmy HuR jako składnik kompleksów rybonukleoproteinowych przekaźników bcl-2 (mRNP). Testy koimmunoprecypitacji RNA wykazały, że HuR wiąże się z mRNA bcl-2 in vivo. Zaobserwowaliśmy również zależne od RNA współstrącanie HuR i nukleoliny, co sugeruje, że te dwa białka są obecne we wspólnych kompleksach mRNP. Ponadto nukleolina i HuR wiążą się jednocześnie z RNA bcl-2 bogatym w AU (ARE) in vitro, co sugeruje oddzielne miejsca wiązania tych białek na mRNA bcl-2. Uderzenie HuR w komórkach A431 prowadzi do obniżenia poziomu mRNA i białka bcl-2. Obserwacja zmniejszonego stosunku mRNA bcl-2 do heterogenicznego jądrowego RNA w komórkach HuR knockdown potwierdziła pozytywną rolę HuR w regulacji stabilności bcl-2. Rekombinowany HuR opóźnia zależny od egzosomów rozpad bcl-2 ARE RNA w ekstraktach komórek HL60. Potwierdza to rolę HuR w regulacji stabilności mRNA bcl-2 w komórkach HL60, jak również w komórkach A431. Dodatek nukleoliny i HuR do ekstraktów komórkowych HL60 wytworzył synergiczny efekt ochronny na rozpad RNA bcl-2 ARE. Knockdown HuR prowadzi również do redystrybucji mRNA bcl-2 z polisomów do monosomów. Wydaje się zatem, że HuR odgrywa pozytywną rolę zarówno w regulacji translacji mRNA bcl-2, jak i stabilności mRNA.


title: Światowe zróżnicowanie wielkości ptasich sprzęgów w różnych gatunkach i kosmosie

text: Cechy, takie jak wielkość lęgów, różnią się znacznie w zależności od gatunku i gradientu środowiskowego, ale zwykle badano je odpowiednio z perspektywy porównawczej lub geograficznej. Przeanalizowaliśmy globalną zmienność wielkości lęgów u 5290 gatunków ptaków, z wyłączeniem pasożytów lęgowych i gatunków pelagicznych. Zintegrowaliśmy wewnętrzne (morfologiczne, behawioralne), zewnętrzne (środowiskowe) i filogenetyczne efekty w połączonym modelu, który przewiduje do 68% międzygatunkowej zmienności wielkości lęgów. Następnie zastosowaliśmy ten sam model na poziomie gatunku, aby przewidzieć średnią wielkość lęgów w 2521 zbiorowiskach na całym świecie i stwierdziliśmy, że bardzo dobrze wyjaśnia on zaobserwowany wzorzec ekogeograficzny. Sprzęgła są niezmiennie największe u gniazdujących w dziuplach i u gatunków zajmujących środowiska sezonowe, co podkreśla znaczenie śmiertelności potomstwa i dorosłych, które są wspólnie wyrażane w korelacjach wewnętrznych i zewnętrznych. Odkrycia stanowią koncepcyjny pomost między makroekologią a biologią porównawczą oraz zapewniają globalne i integracyjne zrozumienie zmienności ekogeograficznej i międzygatunkowej w podstawowej cesze historii życia.


title: Rozkurczowa niewydolność serca – nieprawidłowości w aktywnej relaksacji i biernej sztywności lewej komory.

text: TŁO O pacjentach z oznakami i objawami niewydolności serca i prawidłową frakcją wyrzutową lewej komory mówi się, że mają rozkurczową niewydolność serca. Tradycyjnie uważano, że patofizjologiczną przyczyną niewydolności serca u tych pacjentów są nieprawidłowości we właściwościach rozkurczowych lewej komory; jednak ta hipoteza pozostaje w dużej mierze niesprawdzona. METODY Zidentyfikowaliśmy prospektywnie 47 pacjentów, którzy spełniali kryteria rozpoznania rozpoznanej rozkurczowej niewydolności serca; wszyscy pacjenci mieli oznaki i objawy niewydolności serca, normalną frakcję wyrzutową i podwyższone ciśnienie końcoworozkurczowe w lewej komorze. Dziesięciu pacjentów, którzy nie mieli dowodów na chorobę sercowo-naczyniową, stanowiło grupę kontrolną. Czynność rozkurczową lewej komory oceniano za pomocą cewnikowania serca i echokardiografii. WYNIKI Pacjenci z rozkurczową niewydolnością serca mieli nieprawidłową relaksację lewej komory i zwiększoną sztywność komory lewej komory. Średnia (+/-SD) stała czasowa spadku ciśnienia izowolumetrycznego (tau) była dłuższa w grupie z rozkurczową niewydolnością serca niż w grupie kontrolnej (59 +/- 14 ms vs. 35 +/- 10 ms, P =0,01). Zależność ciśnienia rozkurczowego-objętość była przesunięta w górę iw lewo u pacjentów z rozkurczową niewydolnością serca w porównaniu z grupą kontrolną. Skorygowana stała biernej sztywności lewej komory była istotnie wyższa w grupie z rozkurczową niewydolnością serca niż w grupie kontrolnej (0,03 +/- 0,01 vs 0,01 +/- 0,01, p < 0,001). WNIOSKI Pacjenci z niewydolnością serca i prawidłową frakcją wyrzutową mają istotne nieprawidłowości w aktywnej relaksacji i biernej sztywności. U tych pacjentów patofizjologiczną przyczyną podwyższonego ciśnienia rozkurczowego i niewydolności serca jest nieprawidłowa czynność rozkurczowa.


title: lncRNA PCGEM1 i PRNCR1 nie są związane z opornym na kastrację rakiem prostaty

text: Długie niekodujące RNA (IncRNA) są coraz bardziej zaangażowane w biologię raka, przyczyniając się do podstawowych funkcji komórek rakowych, takich jak proliferacja, inwazja i przerzuty. W raku prostaty kilka lncRNA zostało wyznaczonych jako krytyczni aktorzy w patogenezie choroby. Wśród nich ekspresja PCGEM1 i PRNCR1 została zidentyfikowana jako możliwy składnik postępu choroby poprzez koordynację sygnalizacji receptora androgenowego (AR) (Yang i wsp., Nature 2013, patrz odn. [1]). Zasugerowano jednak obawy dotyczące solidności tych ustaleń. Tutaj staraliśmy się ocenić, czy PCGEM1 i PRNCR1 są związane z rakiem prostaty. Dzięki kompleksowej analizie danych sekwencjonowania RNA (sekwencja RNA) znajdujemy dowody na to, że PCGEM1, ale nie PRNCR1, jest związany z rakiem prostaty. Zatrudniamy dużą kohortę ponad 230 pacjentów z rakiem prostaty wysokiego ryzyka z danymi dotyczącymi długoterminowych wyników, aby wykazać, że w przeciwieństwie do wcześniejszych raportów, żaden gen nie jest powiązany ze złymi wynikami pacjentów. Dalej nie obserwujemy dowodów na to, że PCGEM1 ani PRNCR1 oddziałują z AR, a żaden gen nie jest składnikiem sygnalizacji AR. Tak więc, ostatecznie wykazaliśmy, że PCGEM1 i PRNCR1 nie są prognostycznymi lncRNA w raku prostaty i odrzucamy sugestie, że te lncRNA oddziałują w sygnalizacji AR.


title: p38MAPK kontroluje ekspresję wielu inhibitorów cyklu komórkowego i proliferację wysepek wraz z wiekiem.

text: Starzenie się to złożony proces organizmu, który jest kontrolowany przez czynniki genetyczne, środowiskowe i behawioralne. Coraz więcej dowodów potwierdza rolę różnych inhibitorów cyklu komórkowego w starzeniu się ssaków. Niewiele jednak wiadomo o sygnałach poprzedzających, które indukują ich ekspresję. Tutaj badamy rolę p38MAPK poprzez generowanie dominującego negatywnego allelu (p38(AF)) w którym zmutowane są aktywujące miejsca fosforylacji Thr180 i Tyr182. Heterozygotyczne myszy p38(AF) wykazują wyraźne osłabienie zależnej od p38 sygnalizacji i wywołanej wiekiem ekspresji wielu inhibitorów cyklu komórkowego w różnych narządach, w tym na wyspach trzustkowych. W rezultacie, starsze myszy p38(AF/+) wykazują zwiększoną proliferację i regenerację wysepek w porównaniu z rodzeństwami z miotu typu dzikiego. Dalej znajdujemy związane z wiekiem zmniejszenie ekspresji fosfatazy Wip1 specyficznej dla p38. Myszy z niedoborem Wip1 wykazują zmniejszoną proliferację wysepek, podczas gdy nadekspresja Wip1 ratuje związany ze starzeniem spadek proliferacji i zdolności do regeneracji. Proponujemy, że modulacja aktywności p38MAPK może zapewnić nowe możliwości leczenia niektórych chorób zwyrodnieniowych związanych z wiekiem.


title: ACTA PSYCHIATRICA

text: CEL Zbadaliśmy subiektywne efekty związane z olanzapiną, risperidonem i starszymi lekami przeciwpsychotycznymi. METODA Przeprowadziliśmy analizę treści internetowej bazy komentarzy dotyczących przepisanych leków. WYNIKI Przeanalizowaliśmy 223 komentarze dotyczące risperidonu, 170 dotyczące olanzapiny i 46 dotyczące trzech starszych leków przeciwpsychotycznych. Dominujące subiektywne efekty wywołane przez wszystkie leki obejmowały uspokojenie polekowe, upośledzenie funkcji poznawczych oraz spłaszczenie emocjonalne lub obojętność. Pojawiły się powiązania między tymi działaniami a objawami podobnymi do choroby Parkinsona w przypadku starszych leków, zaburzeniami seksualnymi w przypadku risperidonu i skutkami metabolicznymi w przypadku olanzapiny. Doświadczenie akatyzji często wiązało się z myślami samobójczymi. Niektórzy respondenci opisali, jak subiektywne działanie leków pomogło zmniejszyć objawy manii, psychozy i lęku. WNIOSEK Uogólnialność danych internetowych jest niepewna. Jednak dane sugerują, że niepożądane efekty subiektywne odgrywają kluczową rolę w doświadczaniu przyjmowania leków przeciwpsychotycznych i mogą być związane z pożądanymi korzyściami leków.


title: Hiperintensywność istoty białej jest podstawową cechą choroby Alzheimera: Dowody z dominująco dziedziczonej sieci Alzheimera.

text: CEL Hiperintensywność istoty białej (WMHs) to obszary o zwiększonym sygnale na obrazach rezonansu magnetycznego (MRI) ważonego T2, które najczęściej odzwierciedlają chorobę naczyń mózgowych małych naczyń. Zwiększona objętość WMH wiąże się z ryzykiem i progresją choroby Alzheimera (AD). Obserwacje te są zazwyczaj interpretowane jako dowód, że nieprawidłowości naczyniowe odgrywają addytywną, niezależną rolę w wystąpieniu objawów, ale nie odgrywają zasadniczych cech AD. Zbadaliśmy ciężkość i rozmieszczenie WMH u przedobjawowych nosicieli mutacji PSEN1, PSEN2 i APP, aby określić stopień manifestacji WMH u osób genetycznie zdeterminowanych do rozwoju AD. METODY Badaniem objęto uczestników (n = 299; wiek = 39,03 ± 10,13) z Dominantly Inherited Alzheimer Network, w tym 184 (61,5%) z mutacją powodującą AD i 115 (38,5%) krewnych pierwszego stopnia, którzy nie byli nosicielami . Obliczyliśmy szacunkowe lata od oczekiwanego wystąpienia objawów (EYO), odejmując wiek wystąpienia objawów rodzica dotkniętego chorobą od wieku uczestnika. Wyjściowe dane MRI przeanalizowano pod kątem całkowitego i regionalnego WMH. Do zbadania różnic WMH między nosicielami i nienośnikami w odniesieniu do EYO zastosowano regresję liniową z efektami mieszanymi. WYNIKI Nosiciele mutacji mieli większą całkowitą objętość WMH, która wydawała się zwiększać około 6 lat przed oczekiwanym wystąpieniem objawów. Efekty były najbardziej widoczne w płatach ciemieniowych i potylicznych, które wykazywały rozbieżne efekty już 22 lata przed szacowanym początkiem. INTERPRETACJA Autosomalna dominująca AD wiąże się ze wzrostem WMH na długo przed oczekiwanym wystąpieniem objawów. Odkrycia sugerują możliwość, że WMH są podstawową cechą AD, potencjalnym celem terapeutycznym i czynnikiem, który należy uwzględnić w patogennych modelach choroby. Ann Neurol 2016;79:929-939.


title: Niedożywienie matek i dzieci: konsekwencje dla zdrowia dorosłych i kapitału ludzkiego

text: W niniejszym artykule dokonujemy przeglądu związków między niedożywieniem matki i dziecka a kapitałem ludzkim i ryzykiem chorób dorosłych w krajach o niskich i średnich dochodach. Przeanalizowaliśmy dane z pięciu długoletnich prospektywnych badań kohortowych z Brazylii, Gwatemali, Indii, Filipin i RPA i zauważyliśmy, że wskaźniki niedożywienia matki i dziecka (wzrost, masa urodzeniowa, ograniczenie wzrostu wewnątrzmacicznego oraz waga, wzrost i ciało -wskaźnik masy ciała po 2 latach według nowych standardów wzrostu WHO) był powiązany z wynikami dorosłych (wzrost, wykształcenie, dochód lub majątek, masa urodzeniowa potomstwa, wskaźnik masy ciała, stężenie glukozy, ciśnienie krwi). Podjęliśmy systematyczne przeglądy badań z krajów o niskich i średnich dochodach pod kątem tych wyników oraz wskaźników związanych z lipidami we krwi, chorobami układu krążenia, czynnością płuc i układu odpornościowego, nowotworami, osteoporozą i chorobami psychicznymi. Niedożywienie było silnie powiązane, zarówno w przeglądzie opublikowanych prac, jak iw nowych analizach, z niższym wzrostem osoby dorosłej, mniejszym wykształceniem, zmniejszoną wydajnością ekonomiczną i – w przypadku kobiet – niższą masą urodzeniową potomstwa. Powiązania ze wskaźnikami choroby dorosłych nie były tak jednoznaczne. Zwiększony rozmiar przy urodzeniu iw dzieciństwie był dodatnio związany z indeksem masy ciała u dorosłych oraz w mniejszym stopniu z wartościami ciśnienia krwi, ale nie ze stężeniem glukozy we krwi. W naszych nowych analizach i opublikowanych pracach niższa masa urodzeniowa i niedożywienie w dzieciństwie były czynnikami ryzyka wysokiego stężenia glukozy, ciśnienia krwi i szkodliwych profili lipidowych po skorygowaniu wskaźnika masy ciała i wzrostu u dorosłych, co sugeruje, że szybki przyrost masy ciała po urodzeniu… zwłaszcza po niemowlęctwie — wiąże się z tymi stanami. Przegląd opublikowanych prac wskazuje, że nie ma wystarczających informacji na temat odległych zmian funkcji układu odpornościowego, lipidów krwi czy wskaźników osteoporozy. Masa urodzeniowa jest pozytywnie związana z czynnością płuc i występowaniem niektórych nowotworów, a niedożywienie może być związane z chorobami psychicznymi. Zauważyliśmy, że wzrost do wieku w wieku 2 lat był najlepszym predyktorem kapitału ludzkiego i że niedożywienie wiąże się z niższym kapitałem ludzkim. Dochodzimy do wniosku, że szkody poniesione we wczesnym okresie życia prowadzą do trwałego upośledzenia, a także mogą mieć wpływ na przyszłe pokolenia. Jej zapobieganie prawdopodobnie przyniesie istotne korzyści zdrowotne, edukacyjne i ekonomiczne. Choroby przewlekłe są szczególnie powszechne u niedożywionych dzieci, które po okresie niemowlęcym doświadczają szybkiego przyrostu masy ciała.


title: Wewnątrzbłonowa proteaza romboidalna zależna od ubikwityny promuje ERAD białek błonowych.

text: Szlak degradacji związanej z ER (ERAD) służy jako ważne zabezpieczenie komórkowe poprzez kierowanie nieprawidłowo sfałdowanych i niezłożonych białek z ER do proteasomu. Wciąż jednak niewiele wiadomo na temat składników pośredniczących w ERAD białek błonowych. Tutaj pokazujemy, że ewolucyjnie konserwatywne białko z rodziny romboidalnych RHBDL4 jest zależną od ubikwityny, rezydującą w ER proteazą wewnątrzbłonową, która jest regulowana w górę pod wpływem stresu ER. RHBDL4 rozszczepia jednoprzebiegowe i politopowe białka błonowe z niestabilnymi helisami transbłonowymi, prowadząc do ich degradacji przez kanoniczną maszynerię ERAD. RHBDL4 specyficznie wiąże AAA+-ATPazę p97, co sugeruje, że przetwarzanie proteolityczne i dyslokacja do cytozolu są funkcjonalnie powiązane. Filogenetyczny związek między rombami a czynnikiem ERAD derlin sugeruje, że substraty do proteolizy wewnątrzbłonowej i dyslokacji białek są rekrutowane przez wspólny mechanizm.


title: Wykrywanie i funkcja tlenku azotu podczas reakcji nadwrażliwości u Arabidopsis thaliana: gdzie jest wola, jest sposób.

text: Tlenek azotu (NO) został zidentyfikowany jako kluczowy gracz w odpowiedziach obronnych roślin około 20 lat temu i od tego czasu zgromadzono wiele dowodów potwierdzających jego rolę jako cząsteczki sygnalizacyjnej. Istnieje jednak wiele rozbieżności w obecnych testach wykrywania NO, a szlaki enzymatyczne odpowiedzialne za jego syntezę nie zostały jeszcze określone. Wywołało to ożywione debaty na temat funkcji NO w roślinach, a nawet kwestionowało jego istnienie in planta. Tutaj zbieramy dane uzyskane przy użyciu modelowego patosystemu Arabidopsis/Pseudomonas, który potwierdza wytwarzanie NO podczas reakcji nadwrażliwości i wspiera rolę wyzwalacza nadwrażliwej śmierci komórek i mediatora ekspresji genów obronnych. Na koniec omawiamy potencjalne źródła syntezy NO, skupiając się na roli azotynów jako głównego substratu do produkcji NO podczas niekompatybilnych interakcji.


title: Cytosolic Chaperonin CCT/TRiC i proliferacja komórek rakowych

text: Cząsteczkowy chaperon CCT/TRiC odgrywa kluczową rolę w utrzymaniu proteostazy komórkowej, ponieważ pośredniczy w fałdowaniu głównych białek cytoszkieletu, tubulin i aktyn. CCT/TRiC jest również zaangażowana w onkoproteinę cyklinę E, białko supresorowe nowotworu Von Hippel-Lindau, cyklinę B i fałdowanie p21(ras), co silnie sugeruje, że bierze udział w proliferacji komórek i genezie nowotworu. Aby ocenić udział CCT/TRiC w powstawaniu nowotworu, obliczyliśmy jego poziom ekspresji i aktywność w 18 nowotworach, jednej nienowotworowej ludzkiej linii komórkowej i nienowotworowej ludzkiej wątrobie. Pokazujemy, że poziomy ekspresji CCT/TRiC w liniach komórek nowotworowych są wyższe niż w normalnych komórkach. Jednak aktywność CCT/TRiC nie zawsze koreluje z jej poziomami ekspresji. Dlatego udokumentowaliśmy poziomy ekspresji modulatorów CCT/TRiC i partnerów PhLP3, Hop/P60, prefoldyny i Hsc/Hsp70. Nasza analiza ujawnia funkcjonalną interakcję między molekularnymi białkami opiekuńczymi, które mogą odpowiadać za precyzyjną modulację aktywności CCT/TRiC w proliferacji komórek poprzez zmiany w komórkowych poziomach prefałdyny i/lub Hsc/p70 i dostępności białka klienckiego CCT/TRiC. Nasze obserwacje i podejścia dostarczają nowych informacji na temat roli maszynerii fałdowania białek za pośrednictwem CCT/TRiC w rozwoju komórek rakowych.


title: RBP2 należy do rodziny demetylaz, specyficznych dla tri- i dimetylowanej lizyny 4 na histonie 3

text: Metylacja histonów została uznana za stabilną modyfikację definiującą program epigenetyczny komórki, regulujący strukturę i transkrypcję chromatyny. Jednak niedawne odkrycie demetylaz histonów zakwestionowało stabilną naturę metylacji histonów. Tutaj pokazujemy, że białka JARID1 RBP2, PLU1 i SMCX są demetylazami histonowymi specyficznymi dla di- i trimetylowanego histonu 3 lizyny 4 (H3K4). Zgodnie z rolą, jaką odgrywa homolog JARID1 Drosophila Lid w regulacji ekspresji genów homeotycznych podczas rozwoju, pokazujemy, że RBP2 jest wypierane z genów Hox podczas różnicowania embrionalnych komórek macierzystych (ES), co koreluje ze wzrostem ich poziomów i ekspresji H3K4me3. Ponadto pokazujemy, że mutacja lub zubożenie RNAi homologa rbr-2 C. elegans JARID1 prowadzi do zwiększonych poziomów H3K4me3 podczas rozwoju larwalnego i defektów w tworzeniu sromu. Podsumowując, wyniki te sugerują, że demetylacja H3K4me3/me2 regulowana przez rodzinę JARID1 odgrywa ważną rolę podczas rozwoju.


title: Mitochondria: dynamiczne organelle w chorobie, starzeniu się i rozwoju

text: Mitochondria są podstawowym systemem wytwarzania energii w większości komórek eukariotycznych. Dodatkowo uczestniczą w metabolizmie pośrednim, sygnalizacji wapniowej i apoptozie. Biorąc pod uwagę te dobrze ugruntowane funkcje, można oczekiwać, że dysfunkcja mitochondriów doprowadzi do powstania prostego i przewidywalnego zestawu defektów we wszystkich tkankach. Jednak dysfunkcja mitochondriów ma działanie plejotropowe w organizmach wielokomórkowych. Oczywiście, wiele z podstawowej biologii mitochondriów pozostaje do zrozumienia. Tutaj omawiamy ostatnie prace, które sugerują, że dynamika (fuzja i rozszczepienie) tych organelli jest ważna w rozwoju i chorobie.


title: Utrzymywanie się komórek z receptorem HIV-1 po reaktywacji HSV-2: potencjalny mechanizm zwiększonego pozyskiwania wirusa HIV-1

text: Aby zbadać mechanizm, za pomocą którego zakażenie wirusem opryszczki pospolitej (HSV)-2 jest związane z nabyciem HIV-1, przeprowadziliśmy analizę in situ nacieku komórkowego z kolejnych biopsji zmian HSV-2 od pacjentów leczonych i nie leczonych przeciwwirusowo. Limfocyty T CD4(+) i CD8(+) oraz mieszana populacja plazmacytoidalnych i szpikowych komórek dendrytycznych (DC), w tym komórek wykazujących ekspresję receptora lektynowego typu C DC-SIGN, utrzymywała się w miejscach reaktywacji HSV-2 przez miesiące po wygojeniu , nawet przy codziennej terapii przeciwwirusowej. Komórki T CD4(+), które przetrwały, reagowały na antygen HSV-2, zostały wzbogacone o ekspresję receptora chemokin CCR5 i sąsiadowały z DC wyrażającymi receptor interleukiny-3 CD123 lub DC-SIGN. Zakażenie ex vivo CCR5-tropowym szczepem HIV-1 ujawniło większe stężenia zintegrowanego DNA HIV-1 w komórkach pochodzących z biopsji zagojonych zmian genitaliów niż w komórkach z kontrolnych biopsji skóry. Utrzymywanie się i wzbogacanie komórek zapalnych receptorów HIV w genitaliach pomaga wyjaśnić niezdolność terapii anty-HSV-2 do ograniczenia nabywania wirusa HIV.


title: Przewlekły codzienny ból głowy w Tajpej na Tajwanie: częstość występowania, obserwacja i predyktory wyników.

text: Przeprowadziliśmy dwuetapową populacyjną ankietę dotyczącą bólu głowy wśród osób w wieku > lub = 15 lat w Taipei na Tajwanie. Osoby z przewlekłym codziennym bólem głowy (CDH) w ciągu ostatniego roku zostały zidentyfikowane, przesłuchane i poddane obserwacji. CDH zdefiniowano jako częstotliwość bólu głowy >15 dni/miesiąc, o czasie trwania >4 godz./dzień. Spośród 3377 uczestników 108 (3,2%) spełniało kryteria CDH, z większą częstością występowania u kobiet (4,3%) niż mężczyzn (1,9%). Najczęstszym podtypem był TM (55%), a następnie CTTH (44%). Trzydzieści cztery procent badanych z CDH nadużywało środków przeciwbólowych. W 2-letniej obserwacji 35% pacjentów z CDH nadal miało CDH. Istotnymi czynnikami prognostycznymi dla przetrwałego CDH w okresie obserwacji były: starszy wiek (> lub = 40 lat) (RR = 2,4), początek CDH po 32 latach (RR = 1,8), czas trwania CDH > lub = 6 lat (RR = 2,0) , nadużywanie leków (RR = 1,8) i „codzienny” ból głowy (RR = 2,1). Odkryliśmy, że CDH nie jest rzadkością w społeczności, a jej występowanie jest podobne w różnych populacjach. Starsi pacjenci i osoby nadużywające leków mogą mieć bardziej przewlekły przebieg choroby.


title: Mikrotubule in vivo są kopolimerami dostępnych izotypów beta-tubuliny: lokalizacja każdego z sześciu izotypów beta-tubuliny kręgowców przy użyciu przeciwciał poliklonalnych wywołanych syntetycznymi antygenami peptydowymi

text: beta-tubulina jest kodowana w genomach zwierząt wyższych przez małą rodzinę wielogenową zawierającą około siedem funkcjonalnych genów. Geny te wytwarzają rodzinę blisko spokrewnionych, ale odrębnych izotypów polipeptydowych, które różnią się głównie sekwencjami w obrębie około 15 reszt aminokwasowych końca karboksylowego. Poprzez immunizację królików chemicznie zsyntetyzowanymi peptydami odpowiadającymi tym sekwencjom domeny zmiennej, przygotowaliśmy teraz przeciwciała poliklonalne specyficzne dla każdego z sześciu odrębnych izotypów. Specyficzność każdej surowicy odpornościowej została jednoznacznie zademonstrowana przez wiązanie przeciwciała z wytwarzanymi przez bakterie, sklonowanymi białkami reprezentującymi każdy izotyp oraz przez hamowanie takiego wiązania przez preinkubację każdej surowicy odpornościowej tylko z peptydem immunizującym, a nie z peptydami heterologicznymi. Blotacja białkowa znanych ilości klonowanych, izotypowo czystych polipeptydów umożliwiła dokładny pomiar ilościowy ilości każdego izotypu beta-tubuliny obecnego w postaci rozpuszczalnej i polimerowej w różnych komórkach, ale nie ujawniła tendencji do preferencyjnego składania jakiegokolwiek izotypu. Lokalizacja każdego izotypu w trzech różnych typach komórek przy użyciu pośredniej immunofluorescencji wykazała, że in vivo każda klasa mikrotubul rozróżnialnych pod mikroskopem świetlnym jest składana jako kopolimery wszystkich izotypów wyrażanych w pojedynczej komórce.