title: AP-1/sigma1B-adaptyna pośredniczy w recyklingu, uczeniu się i zapamiętywaniu endosomalnych pęcherzyków synaptycznych.

text: Recykling pęcherzyków synaptycznych obejmuje endocytozę za pośrednictwem AP-2/klatryny, ale nie wiadomo, czy wymagany jest również szlak endosomalny. Myszy z niedoborem tkankowo-specyficznego kompleksu AP-1-sigma1B mają zaburzoną recyrkulację pęcherzyków synaptycznych w synapsach hipokampa. Powszechnie eksprymowany kompleks AP-1-sigma1A pośredniczy w sortowaniu białek między siecią trans aparatu Golgiego a wczesnymi endosomami. Kręgowce wyrażają trzy izoformy podjednostek sigma1: A, B i C. Ekspresja sigma1A i sigma1B jest najwyższa w mózgu. Reformacja pęcherzyków synaptycznych w hodowanych neuronach myszy z niedoborem sigma1B jest zmniejszona po stymulacji i gromadzą się duże endosomalne związki pośrednie. Myszy z niedoborem sigma1B mają zmniejszoną koordynację ruchową i poważnie upośledzone długotrwałą pamięć przestrzenną. Dane te ujawniają molekularny mechanizm poważnego upośledzenia umysłowego związanego z ludzkim chromosomem X.


title: Aktualizacja zasobów internetowych FANTOM: transkryptom o wysokiej rozdzielczości różnych typów komórek u ssaków

text: Po pierwszej publikacji piątej iteracji wspólnego projektu Functional Annotation of Mammalian Genomes, FANTOM5, zebraliśmy szereg podstawowych danych i systemów baz danych w zasobach sieciowych FANTOM (http://fantom.gsc.riken.jp), aby ułatwić badacze do zbadania regulacji transkrypcji i stanów komórkowych. W ramach współpracy rozszerzono dane pierwotne i wyniki analiz oraz udoskonalono funkcjonalności systemów bazodanowych. Wierzymy, że nasze dane i systemy sieciowe są nieocenionymi zasobami i uważamy, że społeczność naukowa skorzysta na tej ostatniej aktualizacji, aby pogłębić swoją wiedzę na temat organizacji komórkowej ssaków. Przedstawiamy tutaj zawartość FANTOM5, informujemy o ostatnich aktualizacjach w zasobach internetowych i przedstawiamy perspektywy na przyszłość.


title: Zdarzenia niepożądane związane z leczeniem gruźlicy wielolekoopornej: przegląd systematyczny i metaanaliza.

text: Gruźlica wielolekooporna (MDR-TB) to narastający problem zdrowia publicznego. Ze względu na długi czas trwania terapii i jednoczesne stosowanie wielu leków drugiej linii, zdarzenia niepożądane leków (ADE) są uważane za najważniejszą kwestię kliniczną u pacjentów poddawanych leczeniu przeciw MDR-TB. Ocena częstości i rodzaju związanych z leczeniem ADE związanych z terapią MDR-TB. Biblioteki Cochrane, MEDLINE i EMBASE były przeszukiwane od początku do 1 października 2012 r., z dodatkowym ręcznym przeszukiwaniem International Journal of Tuberculosis and Lung Disease. Badania z dostępnymi ADE zostały wybrane, jeśli pacjenci z MDR-TB byli leczeni schematem obejmującym leki drugiej linii. Zbiorcze oszacowania częstości występowania dla każdego konkretnego typu ADE obliczono z 95% przedziałami ufności przy użyciu modelu efektów losowych. Spośród 5346 włączonych pacjentów 2602 (57,3%) doświadczyło co najmniej 1 rodzaju ADE. Trzy najczęstsze działania niepożądane to zaburzenia żołądkowo-jelitowe (32,1%), ototoksyczność (14,6%) i zaburzenia psychiczne (13,2%). Analizy podgrup oparte na każdej z cech (populacja badana, wcześniej leczona gruźlica, występowanie ludzkiego wirusa niedoboru odporności i długość leczenia) nie wykazały żadnej istotnej różnicy między grupami. Dodatkowo wśród 1519 pacjentów, u których wystąpiły ADE, przy dostępnych danych dotyczących wpływu na leczenie MDR-TB, 70,4% wymagało zmiany leczenia MDR-TB. Zdarzenia niepożądane występowały często wśród przypadków MDR-TB, występując w ponad połowie przypadków, przy czym ponad dwie trzecie wymagały zmiany leczenia przeciw MDR-TB. Pacjenci z MDR-TB powinni być ściśle monitorowani i agresywnie leczeni pod kątem działań niepożądanych podczas terapii, zwłaszcza w przypadku ototoksyczności i zaburzeń psychicznych.


title: Presynaptycznie zlokalizowana cykliczna kinaza białkowa zależna od GMP 1 jest kluczowym wyznacznikiem wzmocnienia synaptycznego kręgosłupa i nadwrażliwości na ból

text: Zaproponowano, że synaptyczne długoterminowe wzmocnienie (LTP) w neuronach rdzeniowych bezpośrednio przekazujących bodźce specyficzne dla bólu z obwodu do mózgu służy jako wyzwalacz nadwrażliwości na ból w stanach patologicznych. Wcześniejsze badania funkcjonalnie uwikłały w te procesy szlak receptor NMDA-NO i dalszy przekaźnik, cGMP. Ponieważ cGMP może w szerokim zakresie wpływać na różne kanały jonowe, kinazy i fosfodiesterazy, zarówno przed, jak i posynaptycznie, dokładna tożsamość celów cGMP pośredniczących w rdzeniowym LTP, ich mechanizmy działania i ich umiejscowienie w obwodach rdzeniowych są wciąż niejasne. Tutaj odkryliśmy, że kinaza białkowa G1 (PKG-I) zlokalizowana presynaptycznie w zakończeniach nocyceptorowych odgrywa zasadniczą rolę w ekspresji rdzeniowego LTP. Używając systemu Cre-lox P, wytworzyliśmy myszy z nokautem specyficznym dla nocyceptora, pozbawione PKG-I, w szczególności w presynaptycznych zakończeniach nocyceptorów w rdzeniu kręgowym, ale nie w neuronach postsynaptycznych lub gdzie indziej (SNS-PKG-I(-/-) myszy). Zapisy patch clamp wykazały, że LTP indukowane przez aktywność w zidentyfikowanych synapsach między nocyceptorami a neuronami rdzeniowymi rzutującymi do szarości okołowodociągowej (PAG) zostało całkowicie zniesione u myszy SNS-PKG-I(-/-), chociaż podstawowa transmisja synaptyczna nie została naruszona. Analizy wskaźników niewydolności synaptycznej i współczynników sparowanych impulsów wskazały na rolę presynaptycznej PKG-I w regulacji prawdopodobieństwa uwalniania neuroprzekaźników. Receptor 1,4,5-trifosforanu inozytolu i kinaza lekkiego łańcucha miozyny zostały zrekrutowane jako kluczowe cele fosforylacji presynaptycznego PKG-I w neuronach nocyceptywnych. Wreszcie, analizy behawioralne in vivo wykazały wyraźne defekty u myszy SNS-PKG-I(-/-) w kilku modelach nadwrażliwości nocyceptywnej indukowanej aktywnością, a badania farmakologiczne wykazały wyraźny udział PKG-I wyrażanych w końcach rdzeniowych nocyceptorów. Nasze wyniki wskazują zatem, że mechanizmy presynaptyczne polegające na zwiększeniu prawdopodobieństwa uwolnienia z nocyceptorów działają w ekspresji synaptycznego LTP na rdzeniowych neuronach projekcyjnych PAG i że PKG-I zlokalizowany w presynaptycznych zakończeniach nocyceptorów odgrywa zasadniczą rolę w tym procesie w regulacji wrażliwości na ból .


title: Ekran mutagenezy Śpiącej Królewny ujawnia rolę supresora guza Ncoa2/Src-2 w raku wątroby.

text: System mutagenezy transpozonowej Śpiąca Królewna (SB) jest potężnym narzędziem ułatwiającym odkrycie mutacji przyspieszających nowotworzenie. W tym badaniu staraliśmy się zidentyfikować mutacje, które współpracują z MYC, jednym z najczęściej rozregulowanych genów w nowotworach złośliwych u ludzi. Przeprowadziliśmy wstępne badanie genetyczne na mysim modelu raka wątroby indukowanego MYC przy użyciu mutagenezy za pośrednictwem SB. Zsekwencjonowaliśmy insercje w 63 guzkach nowotworowych wątroby i zidentyfikowaliśmy co najmniej 16 genów/loci, które przyczyniają się do przyspieszonego rozwoju nowotworu. Za pośrednictwem RNAi knockdown w linii komórek progenitorowych wątroby dodatkowo potwierdza walidację trzech z tych genów, Ncoa2/Src-2, Zfx i Dtnb, jako supresorów nowotworów w raku wątroby. Ponadto, delecja Ncoa2/Src-2 u myszy predysponuje do rozwoju nowotworu wątroby indukowanego dietylonitrozoaminą. Odkrycia te ujawniają geny i szlaki, które funkcjonalnie hamują powstawanie nowotworów wątroby za pośrednictwem MYC, a zatem mogą stanowić cele dla terapii przeciwnowotworowej.


title: Biblioteka chemiczna zorientowana na hamowanie interakcji białko-białko (2P2I) przyspiesza wykrywanie trafień.

text: Interakcje białko-białko (PPI) stanowią ogromne źródło możliwości interwencji terapeutycznej. My i inni określiliśmy niedawno kluczowe zasady, które pomogą w identyfikacji nowej generacji innowacyjnych leków, które pozwolą sprostać tej trudnej klasie celów w ciągu następnej dekady. Wykorzystaliśmy te reguły do zaprojektowania zorientowanej biblioteki chemicznej odpowiadającej zestawowi różnych „podobnych do PPI” modulatorów z rdzeniami zidentyfikowanymi jako uprzywilejowane struktury w terapiach. W tej pracy zakupiliśmy powstałe 1664 strukturalnie zróżnicowane związki i oceniliśmy je na szeregu reprezentatywnych interfejsów białko-białko o wyraźnym potencjale „lekogoryczności” przy użyciu technologii jednorodnej fluorescencji czasowo-rozdzielczej (HTRF). W przypadku niektórych klas PPI analiza współczynników trafień ujawniła do 100 czynników wzbogacających w porównaniu z niezorientowanymi bibliotekami chemicznymi. Ta obserwacja koreluje z przewidywaną „narkotykowalnością” celów. Szczególny nacisk na profile selektywności, trójwymiarowe (3D) molekularne sposoby działania określone za pomocą krystalografii rentgenowskiej oraz aktywność biologiczną zidentyfikowanych trafień ukierunkowanych na dobrze zdefiniowane „narkotyczne” bromodomeny z rodziny bromo i pozaterminalnej (BET) są przedstawiane jako dowód koncepcji. Ogólnie rzecz biorąc, nasze obecne badanie ilustruje siłę bibliotek chemicznych opartych na uczeniu maszynowym w przyspieszaniu identyfikacji trafień ukierunkowanych na PPI. Uogólnienie tej metody na większy zestaw związków przyspieszy odkrycie oryginalnych i silnych sond dla tej wymagającej klasy celów.


title: Charakterystyka molekularna raka endometrium: badanie korelacyjne oceniające niestabilność mikrosatelitarną, hipermetylację MLH1, ekspresję białka naprawy niezgodności DNA oraz analizę mutacji PTEN, PIK3CA, KRAS i BRAF.

text: Rak endometrium jest związany z liczbowymi i strukturalnymi nieprawidłowościami chromosomalnymi, niestabilnością mikrosatelitarną (MSI) oraz zmianami, które aktywują onkogeny i dezaktywują geny supresorowe guza. Celem tego badania było scharakteryzowanie zestawu nowotworów endometrium przy użyciu wielu molekularnych technik genetycznych i immunohistochemicznych. W 96 przypadkach zbadano zmiany genomowe za pomocą MSI, hipermetylacji promotora MLH1, ekspresji białka naprawy niedopasowania (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2) oraz analizy mutacji PTEN, PIK3CA, KRAS i BRAF. Co najmniej 1 zmianę zidentyfikowano w 48 z 87 (55%) próbek badanych pod kątem PTEN, co czyni ją najczęstszą nieprawidłowością w tym badaniu. Zmianę PIK3CA zaobserwowano w 16 (17%) próbkach. Dwadzieścia dziewięć z 94 (31%) guzów testowanych metodą MSI wykazywało fenotyp MSI-H. Spośród 29 przypadków MSI-H, 24 (83%) było pozytywnych pod względem metylacji regionu promotora MLH1. Dwadzieścia trzy (82%) z 28 przypadków MSI-H z wynikami immunohistochemii wykazało utratę ekspresji MLH1/PMS2 (n=19), MSH2/MSH6 (n=2) lub tylko MSH6 (n=2). Spośród 19 przypadków MSI-H z utratą MLH1/PMS2 w immunohistochemii, 18 było pozytywnych, a 1 był niejednoznaczny dla hipermetylacji promotora MLH1. W dwunastu z 94 przypadków (13%) przeanalizowanych pod kątem mutacji KRAS stwierdzono mutację. Nie zidentyfikowano mutacji BRAF V600E. Badanie to zapewnia kompleksową molekularną analizę genetyczną powszechnie analizowanych celów w dużej kohorcie raka endometrium.


title: Identyfikacja kwasu indolo-3-karboksylowego jako mediatora primingu przeciwko Plectosphaerella cucumerina.

text: W odporności roślin na patogen nekrotroficzny Plectosphaerella cucumerina pośredniczy kombinacja kilku kontrolowanych hormonalnie ścieżek sygnałowych. Czynnik podstawowy, kwas β-aminomasłowy (BABA) jest w stanie wywołać skuteczną odporność na ten patogen poprzez stymulowanie odkładania się ścian komórkowych bogatych w kalozę. W niniejszych badaniach wykazano, że oporność indukowana przez BABA (BABA-IR) przeciwko P. cucumerina u Arabidopsis zawiera dodatkowe składniki, takie jak indukcja obrony za pośrednictwem pochodnych indolowych. Opracowano chromatograficzne podejście do wykrywania i charakteryzowania metabolitów wzmocnionych przez BABA w porównaniu z roślinami traktowanymi wodą tylko wtedy, gdy występuje wyzwanie. Uważa się, że metabolity spełniające te kryteria zostały wyprodukowane przez BABA. Procedura analityczna opiera się na połączeniu chromatografii cieczowej (LC) z detektorem potrójnego kwadrupola (TQD) w trybie skanowania jonów prekursorowych. Stosując ten system analityczny, sygnał w trybie ujemnego elektrosprayu 160 m/z jest pobudzany przez BABA w zakażonych roślinach. Późniejsza dokładna analiza masowa w kwadrupolowym spektrometrze masowym do pomiaru czasu przelotu wykazała, że jon ten był indolopochodnym metabolitem kwasu indolo-3-karboksylowego (I3CA). Tożsamość kwasu indolo-3-karboksylowego została ostatecznie potwierdzona przez porównanie jego widma czasu retencji i fragmentacji ze standardem handlowym. Oznaczenie ilościowe I3CA w roślinach zaprawianych wykazało, że ten metabolit indolowy jest specyficznie pobudzany przez BABA po zakażeniu P. cucumerina, podczas gdy inne związki indolowe, takie jak IAA i kamaleksyna, nie są. Połączenie tych obserwacji ze znaną rolą kalozy w torowaniu przeciwko temu patogenowi sugeruje, że torowanie nie jest pojedynczym mechanizmem, ale raczej wieloskładnikową obroną.


title: Ocena sieci badań randomizowanych.

text: Badania randomizowane mogą być zaprojektowane i interpretowane jako pojedyncze eksperymenty lub mogą być postrzegane w kontekście innych podobnych lub istotnych dowodów. Ilość i złożoność dostępnych randomizowanych danych naukowych różni się dla różnych tematów. Przeglądy systematyczne mogą być przydatne w identyfikacji luk w istniejących randomizowanych dowodach, wskazując na rozbieżności między badaniami i planowaniu przyszłych badań. Nowe, obiecujące, ale również bardzo dyskutowane rozszerzenie przeglądów systematycznych, metaanaliza porównania leczenia mieszanego (MTC), staje się ostatnio coraz bardziej popularne. Metaanaliza MTC może mieć wartość w interpretacji dostępnych danych randomizowanych z sieci badań i może uszeregować wiele różnych terapii, wykraczając poza skupienie się na prostych porównaniach parami. Niemniej jednak ocena sieci wiąże się również ze szczególnymi wyzwaniami i zastrzeżeniami. W tym artykule dokonamy przeglądu metodologii statystycznej metaanalizy MTC. Omawiamy pojęcie niespójności i metody, które zostały zaproponowane do jej oceny, a także luki metodologiczne, które pozostały. Wprowadzamy pojęcia geometrii i asymetrii sieci oraz proponujemy metryki do oceny asymetrii. Na koniec omówimy konsekwencje niespójności, geometrii sieci i asymetrii w planowaniu przyszłych prób.


title: Do różnicowania hematopoetycznych komórek macierzystych wymagana jest regulacja metaboliczna przez mitochondrialną fosfatazę PTPMT1.

text: Regulacja i koordynacja metabolizmu mitochondrialnego z samoodnową i różnicowaniem hematopoetycznych komórek macierzystych (HSC) nie są w pełni poznane. W tym miejscu donosimy, że wyczerpanie PTPMT1, fosfatazy mitochondrialnej podobnej do PTEN, u myszy indukowalnych lub swoistych dla komórek krwiotwórczych z nokautem spowodowało niepowodzenie hematopoetyczne ze względu na zmiany w cyklu komórkowym i blokadę różnicowania HSC. Co zaskakujące, pula HSC została zwiększona około 40-krotnie u myszy z nokautem PTPMT1. Ponowne wprowadzenie PTPMT1 typu dzikiego, ale bez katalitycznego niedoboru PTPMT1 lub skróconej PTPMT1 bez lokalizacji mitochondrialnej, przywróciło zdolności różnicowania komórek HSC z nokautem PTPMT1. Dalsze analizy wykazały, że niedobór PTPMT1 zmienia metabolizm mitochondriów i że substraty fosforanu fosfatydyloinozytolu PTPMT1 bezpośrednio wzmagają wywołaną kwasami tłuszczowymi aktywację mitochondrialnego białka rozprzęgającego. u myszy z nokautem specyficznym dla linii. Badanie to ustala kluczową rolę PTPMT1 w metabolicznej regulacji funkcji HSC.


title: Fosforylacja za pośrednictwem GSK-3 zwiększa aktywność przekształcania Maf.

text: Onkoproteiny Maf są czynnikami transkrypcyjnymi b-Zip z nadrodziny AP-1. Biorą udział w procesach rozwojowych, metabolicznych i onkogennych. Białka Maf ulegają nadekspresji w około 50% ludzkich szpiczaków mnogich. Tutaj pokazujemy, że aktywność przekształcania Maf jest kontrolowana przez fosforylację zależną od GSK-3 i że fosforylacja przez GSK-3 może zwiększać aktywność onkogenną białka. Korzystając z analizy mikromacierzy, identyfikujemy podprogram ekspresji genów regulowany przez fosforylację Maf za pośrednictwem GSK-3, zaangażowaną w przebudowę macierzy zewnątrzkomórkowej i mającą znaczenie dla progresji raka. Wykazujemy również, że GSK-3 wyzwala sekwencyjną fosforylację MafA na resztach S61, T57, T53 i S49, indukując jego ubikwitynację i degradację. Paradoksalnie ta fosforylacja zwiększa aktywność transkrypcyjną MafA poprzez rekrutację koaktywatora P/CAF. Ponadto wykazujemy, że P/CAF chroni MafA przed ubikwitynacją i degradacją, sugerując, że po uwolnieniu kompleksu koaktywatora MafA ulega poliubikwitynacji i degradacji, aby umożliwić zakończenie odpowiedzi.


title: NET są źródłem cytrulinowanych autoantygenów i stymulują odpowiedzi zapalne w reumatoidalnym zapaleniu stawów.

text: Wczesne zdarzenia prowadzące do rozwoju reumatoidalnego zapalenia stawów (RZS) pozostają niejasne, ale tworzenie autoprzeciwciał przeciwko cytrulinowanym antygenom białkowym (ACPA) jest uważane za kluczowe zdarzenie patogenne. Neutrofile izolowane od pacjentów z różnymi chorobami autoimmunologicznymi wykazują zwiększone tworzenie zewnątrzkomórkowej pułapki neutrofili (NET), zjawisko, które eksponuje autoantygeny w kontekście cząsteczek immunostymulujących. Zbadaliśmy, czy w RZS występuje nieprawidłowa NEToza, określiliśmy jej wyzwalacze i zbadaliśmy jej szkodliwe skutki zapalne. Nasilenie NETozy obserwowano w neutrofilach w płynie maziowym w krążeniu i RZS w porównaniu z neutrofilami od zdrowych osób kontrolnych i pacjentów z chorobą zwyrodnieniową stawów (OA). Ponadto, sieciujące neutrofile naciekały tkankę maziową RA, guzki reumatoidalne i skórę. NEToza korelowała z obecnością i poziomami ACPA oraz ogólnoustrojowymi markerami stanu zapalnego. Surowice RZS i frakcje immunoglobulin od pacjentów z RZS z wysokim poziomem ACPA i/lub czynnika reumatoidalnego znacznie nasilały NETozę, a NET indukowane przez te autoprzeciwciała wykazywały wyraźną zawartość białka. Rzeczywiście, podczas NETozy, neutrofile uzewnętrzniały cytrulinowane autoantygeny zaangażowane w patogenezę RA, a przeciwciała przeciwko cytrulinowanej wimentynie silnie indukowały tworzenie NET. Ponadto cytokiny zapalne, interleukina-17A (IL-17A) i czynnik martwicy nowotworu-α (TNF-α) indukowały NETozę w neutrofilach RZS. Z kolei NET znacząco nasilały odpowiedzi zapalne w fibroblastach maziówkowych RZS i OA, w tym indukcję IL-6, IL-8, chemokin i cząsteczek adhezyjnych. Obserwacje te wskazują na przyspieszoną NETozę w patogenezie RZS poprzez eksternalizację cytrulinowanych autoantygenów i cząsteczek immunostymulujących, które mogą promować nieprawidłowe adaptacyjne i wrodzone odpowiedzi immunologiczne w stawie i na obwodzie oraz utrwalać mechanizmy patogenetyczne w tej chorobie.


title: Czy autoimmunizacja jest piętą achillesową immunoterapii nowotworów?

text: Pojawienie się immunoonkologii jako pierwszej skutecznej strategii leczenia raka z przerzutami będzie wymagało od klinicystów zintegrowania tego nowego filaru medycyny z chemioterapią, radioterapią i celowanymi związkami drobnocząsteczkowymi. Równie ważne jest zrozumienie ograniczeń i toksyczności immunoterapii. Immunoterapia początkowo była postrzegana jako stosunkowo mniej toksyczne podejście do leczenia raka niż inne dostępne terapie – i na pewno tak jest w porównaniu z nimi. Jednak w miarę jak stosowanie immunoterapii staje się coraz powszechniejsze, zwłaszcza w przypadku leczenia pierwszego i drugiego rzutu, immunotoksyczność i autoimmunizacja stają się piętą achillesową immunoterapii. W tej perspektywie omawiamy dowody na to, że występowanie immunotoksyczności dobrze wróży pacjentowi i opisujemy mechanizmy, które mogą być związane z indukcją autoimmunizacji. Następnie badamy podejścia do ograniczania immunotoksyczności i omawiamy przyszłe kierunki badań i raportowania, które są potrzebne, aby ją zmniejszyć.


title: Defekt różnicowania trofoblastów w ludzkich embrionalnych komórkach macierzystych pozbawionych białek powierzchniowych komórek zakotwiczonych PIG-A i GPI.

text: Pluripotencjalne ludzkie embrionalne komórki macierzyste (hES) mogą różnicować się do różnych typów komórek pochodzących z trzech listków zarodkowych embrionów i tkanek pozaembrionalnych, takich jak trofoblasty. Mechanizmy rządzące wyborem linii komórek hES są w dużej mierze nieznane. W tym miejscu donosimy, że ustaliliśmy dwa niezależne klony komórek hES pozbawione grupy cząsteczek powierzchniowych komórek, białek zakotwiczonych glikozylo-fosfatydylo-inozytolem (GPI-AP). Niedobór GPI-AP w tych dwóch klonach hES jest spowodowany niedoborem ekspresji genu PIG-A (klasa A fosfatydylo-inozytolu-glikanu), który jest wymagany w pierwszym etapie syntezy GPI. Komórki hES z niedoborem GPI-AP były zdolne do tworzenia ciał zarodkowych i inicjowania różnicowania komórek do trzech listków zarodkowych. Jednakże komórki hES z niedoborem GPI-AP nie utworzyły trofoblastów po indukcji różnicowania przez tworzenie ciała zarodkowego lub przez dodanie egzogennego BMP4. Defekt tworzenia trofoblastów był spowodowany brakiem koreceptorów BMP zakotwiczonych w GPI, co skutkowało upośledzeniem pełnej aktywacji sygnalizacji BMP4 w komórkach hES z niedoborem GPI-AP. Dane te ujawniają, że pełna aktywacja sygnalizacji BMP wzmocniona przez GPI-AP jest wymagana do tworzenia ludzkich trofoblastów.


title: CRISPR ogranicza interferencję poziomego transferu genów u gronkowców poprzez celowanie w DNA

text: Horyzontalny transfer genów (HGT) u bakterii i archeonów zachodzi poprzez transdukcję, transformację lub koniugację fagów, a to ostatnie jest szczególnie ważne dla rozprzestrzeniania się oporności na antybiotyki. Zgrupowane, regularnie rozmieszczone loci krótkich powtórzeń palindromicznych (CRISPR) nadają ukierunkowaną na sekwencję odporność na fagi. Kliniczny izolat Staphylococcus epidermidis zawiera odstępnik CRISPR, który pasuje do genu nickazy obecnego w prawie wszystkich plazmidach koniugacyjnych gronkowca. Tutaj pokazujemy, że interferencja CRISPR zapobiega koniugacji i transformacji plazmidu w S. epidermidis. Wstawienie samoskładającego się intronu do nikazy blokuje interferencję pomimo rekonstytucji sekwencji docelowej w poddanym splicingu mRNA, co wskazuje, że maszyneria interferencyjna jest ukierunkowana bezpośrednio na DNA. Doszliśmy do wniosku, że loci CRISPR przeciwdziałają wielu szlakom HGT i mogą ograniczać rozprzestrzenianie się oporności na antybiotyki w bakteriach chorobotwórczych.


title: Rozwój białaczki w komórkach dawcy po allogenicznym przeszczepie komórek macierzystych — badanie przeprowadzone przez Europejską Grupę ds. Transplantacji Krwi i Szpiku (EBMT).

text: Białaczka w komórkach dawcy (białaczka z komórek dawcy; DCL) została zgłoszona jako rzadkie, ale ciężkie powikłanie allogenicznego przeszczepu komórek macierzystych (SCT). Jednak częstość występowania, potencjalne czynniki patogenetyczne, opcje terapeutyczne i wyniki leczenia pacjentów cierpiących na DCL oraz ryzyko białaczki u ich dawców nie są dobrze zdefiniowane. W ośrodkach Europejskiej Grupy Transplantacji Krwi i Szpiku (EBMT) przeprowadzono ankietę. W badaniu wzięło udział 91 ośrodków EBMT, obejmujących 10489 allogenicznych SCT w okresie od 12.1982 do 09.2003. Zidentyfikowano czternaście przypadków DCL, większość o fenotypie szpikowym (7 przypadków ostrej białaczki szpikowej, po 3 przypadki ostrej białaczki limfocytowej i 1 przypadek przewlekłej białaczki szpikowej). Wykazanie pochodzenia komórki dawcy obejmowało w większości przypadków analizę molekularną chimeryzmu. Typ DCL i zmiany cytogenetyczne były niezależne od pierwotnej choroby. Mediana czasu między przeszczepem a rozpoznaniem DCL wyniosła 17 miesięcy (4-164). Żaden rodzaj kondycjonowania, dawcy, manipulacji przeszczepem, profilaktyki choroby przeszczep przeciwko gospodarzowi ani późniejszych powikłań nie zostały zidentyfikowane jako czynniki ryzyka DCL. Remisje wywołane chemioterapią w DCL i 2 z 5 pacjentów pozostają przy życiu w remisji po drugim przeszczepie. Żaden z dawców komórek macierzystych nie rozwinął nowotworów hematologicznych (mediana okresu obserwacji 9 lat; zakres 6-30 lat). DCL jest niezwykle rzadkim powikłaniem allogenicznego SCT, w którym próby leczenia za pomocą chemioterapii i drugiego SCT są uzasadnione. Dawcy nie są narażeni na zwiększone ryzyko rozwoju nowotworów hematologicznych.


title: Brak dowodów transmisji transfuzji choroby Creutzfeldta-Jakoba w badaniu obserwacyjnym w USA.

text: TŁO Od 2004 r. kilka doniesień o transfuzji wariantu choroby Creutzfeldta-Jakoba (vCJD) w Wielkiej Brytanii ponownie wzbudziło obawy dotyczące możliwego ryzyka podobnych transmisji niezmiennych lub klasycznych postaci CJD. MATERIAŁ I METODY Pacjenci z rozpoznaniem CJD i historią oddawania krwi byli zgłaszani do koordynatora badania. Poprzez przegląd dystrybucji krwi i dokumentacji szpitalnej zidentyfikowano odbiorców składników krwi od tych dawców. Następnie ustaliliśmy stan życiowy każdego odbiorcy i, w przypadku śmierci, przyczynę (przyczyny) śmierci zidentyfikowaną, dopasowując osobiste identyfikatory odbiorcy do bazy danych National Death Index Centers for Disease Control and Prevention. Przeprowadziliśmy takie poszukiwania po włączeniu biorców do tego badania, a następnie corocznie dla tych, którzy pozostali przy życiu. WYNIKI W badaniu wzięło udział 36 dawców krwi, u których następnie rozwinęła się CJD i 436 biorców. Do 2006 roku 91 z tych biorców wciąż żyło, 329 nie żyło, a 16 nie zostało poddanych obserwacji. Po transfuzji te trzy grupy przeżyły łącznie 2096,0 osobolat. Łącznie 144 biorców przeżyło 5 lat lub dłużej po transfuzji, a 68 z nich otrzymało krew oddaną 60 lub mniej miesięcy przed wystąpieniem CJD u dawcy. Nie zidentyfikowaliśmy żadnego odbiorcy z CJD. WNIOSKI Aktualne wyniki tego dużego, trwającego badania wstecznego nie wykazują dowodów na transfuzję CJD. Potwierdzają wniosek, że ryzyko, jeśli w ogóle, transfuzji choroby prionowej przez dawców CJD jest znacznie niższe niż porównywalne ryzyko takiej transmisji przez dawców vCJD.


title: Hipometylowane bloki na dużą skalę związane z unieśmiertelnianiem komórek B indukowanym wirusem Epsteina-Barra.

text: Zmieniona metylacja DNA występuje wszechobecnie w ludzkim raku od najwcześniejszych mierzalnych stadiów. Przekonującym podejściem do zrozumienia mechanizmu i czasu zmienionej metylacji DNA jest przeanalizowanie jej w kontekście karcynogenezy przez określony czynnik. Wirus Epsteina-Barra (EBV) jest ludzkim onkogennym herpeswirusem związanym z chłoniakiem i rakiem nosogardzieli, ale również powszechnie stosowanym w laboratorium do unieśmiertelniania ludzkich komórek B w hodowli. Tutaj przeprowadziliśmy sekwencjonowanie całego genomu wodorosiarczynem normalnych komórek B, aktywowanych komórek B i unieśmiertelnionych EBV komórek B od tych samych trzech osób, aby zidentyfikować wpływ transformacji na metylom. Co zaskakujące, hipometylowane bloki na dużą skalę, obejmujące dwie trzecie genomu, były indukowane przez unieśmiertelnienie EBV, ale nie przez aktywację komórek B per se. Regiony te w dużej mierze odpowiadały hipometylowanym blokom, które obserwowaliśmy w ludzkim raku, i były one związane z hiperzmiennością ekspresji genów, podobną do ludzkiego raka i spójną z modelem zmiany epigenomicznej promującej heterogeniczność komórek nowotworowych. Opisujemy również zmiany na małą skalę w metylacji DNA w pobliżu wysp CpG. Wyniki te sugerują, że zakłócenie metylacji jest wczesnym i krytycznym etapem transformacji nowotworowej.


title: Samoodnowa komórek macierzystych określona przez aktywację JAK-STAT w odpowiedzi na sygnał komórki podtrzymującej.

text: Komórki macierzyste wytwarzają przez całe dorosłe życie wiele zróżnicowanych, krótko żyjących typów komórek, takich jak krew, skóra i plemniki. Komórki macierzyste zachowują długoterminową zdolność do dzielenia się, wytwarzając komórki potomne, które albo samoodnawiają się, albo inicjują różnicowanie. Chociaż otaczające mikrośrodowisko lub „nisza” wpływa na decyzje o losie komórek macierzystych, zidentyfikowano niewiele sygnałów, które pochodzą z niszy, aby określić samoodnowę komórek macierzystych. Tutaj pokazujemy, że wierzchołkowe komórki centralne w jądrach Drosophila działają jako nisza komórkowa, która wspiera samoodnowę komórek macierzystych. Komórki Hub wyrażają ligand Unpaired (Upd), który aktywuje ścieżkę przetwornika sygnału kinazy Janus i aktywatora transkrypcji (JAK-STAT) w sąsiednich komórkach zarodkowych, aby określić samoodnowę i ciągłe utrzymanie populacji komórek macierzystych linii zarodkowej.


title: Wpływ interwencji w ciąży na masę ciała matki i wyniki położnicze: metaanaliza danych z randomizacją

text: CEL Ocena wpływu interwencji dietetycznych i stylu życia w czasie ciąży na masę ciała matki i płodu oraz ilościowe określenie wpływu tych interwencji na wyniki położnicze. PROJEKT Przegląd systematyczny i metaanaliza. ŹRÓDŁA DANYCH Główne bazy danych od powstania do stycznia 2012 roku bez ograniczeń językowych. WYBÓR BADANIA Randomizowane badania z grupą kontrolną, w których oceniano wszelkie interwencje dotyczące diety lub stylu życia, które mogą wpływać na masę ciała matki podczas ciąży i wyniki ciąży. SYNTEZA DANYCH Wyniki podsumowane jako względne ryzyko dla danych dychotomicznych i średnie różnice dla danych ciągłych. WYNIKI Zidentyfikowaliśmy 44 odpowiednie randomizowane badania z grupą kontrolną (7278 kobiet) oceniające trzy kategorie interwencji: dietę, aktywność fizyczną i podejście mieszane. Ogólnie rzecz biorąc, zaobserwowano zmniejszenie o 1,42 kg (95% przedział ufności 0,95 do 1,89 kg) przyrostu masy ciała podczas ciąży w porównaniu z grupą kontrolną. Po połączeniu wszystkich interwencji nie było istotnych różnic w masie urodzeniowej (średnia różnica -50 g, -100 do 0 g) i częstości występowania dużych dla wieku ciążowego (ryzyko względne 0,85, 0,66 do 1,09) lub małych dla wieku ciążowego (1,00). , 0,78 do 1,28) dzieci między grupami, chociaż sama aktywność fizyczna wiązała się ze zmniejszoną masą urodzeniową (średnia różnica -60 g, -120 do -10 g). Interwencje wiązały się ze zmniejszonym ryzykiem stanu przedrzucawkowego (0,74, 0,60 do 0,92) i dystocji barku (0,39, 0,22 do 0,70), bez znaczącego wpływu na inne krytycznie ważne wyniki. Interwencja dietetyczna spowodowała największe zmniejszenie przyrostu masy ciała u matki (3,84 kg, 2,45 do 5,22 kg), z lepszymi wynikami ciąży w porównaniu z innymi interwencjami. Ogólna ocena dowodów była niska lub bardzo niska dla ważnych punktów końcowych, takich jak stan przedrzucawkowy, cukrzyca ciążowa, nadciśnienie ciążowe i poród przedwczesny. WNIOSKI Interwencje w zakresie diety i stylu życia podczas ciąży mogą zmniejszyć przyrost masy ciała u matki i poprawić wyniki zarówno dla matki, jak i dziecka. Wśród interwencji najskuteczniejsze są te oparte na diecie, które wiążą się z redukcją przyrostu masy ciała u matki i poprawą wyników położniczych.


title: Tetraspanina 3 jest wymagana do rozwoju i propagacji ostrej białaczki szpikowej.

text: Ostra białaczka szpikowa (AML) to agresywny nowotwór, który atakuje zarówno dorosłych, jak i dzieci i często jest oporny na leczenie. Zatem identyfikacja sygnałów potrzebnych do propagacji AML jest krytycznym krokiem w kierunku opracowania nowych podejść do leczenia tej choroby. Tutaj pokazujemy, że Tetraspanin 3 jest celem białka wiążącego RNA Musashi 2, które odgrywa kluczową rolę w AML. Wygenerowaliśmy myszy z nokautem Tspan3, które urodziły się bez widocznych defektów. Jednak delecja Tspan3 osłabiła samoodnowę komórek macierzystych białaczki i propagację choroby oraz znacznie poprawiła przeżywalność w mysich modelach AML. Dodatkowo, inhibicja Tspan3 blokowała wzrost próbek pacjentów z AML, co sugeruje, że Tspan3 jest również ważny w chorobach ludzi. W ramach mechanizmu pokazujemy, że niedobór Tspan3 wyłączył odpowiedzi na CXCL12/SDF-1 i doprowadził do defektów w lokalizacji AML w niszy. Identyfikują one Tspan3 jako ważny regulator agresywnych białaczek i podkreślają rolę Tspan3 w onkogenezie.


title: Reorganizacja wzorców wzmacniających w przejściu od naiwnej do pierwotnej pluripotencji.

text: Pluripotencja naiwna i pierwotna charakteryzuje się odmiennymi wymaganiami sygnałowymi, transkryptomami i właściwościami rozwojowymi, ale oba stany komórkowe mają wspólne kluczowe regulatory transkrypcji: Oct4, Sox2 i Nanog. Tutaj pokazujemy, że przejście między tymi dwoma stanami pluripotencjalnymi jest związane z powszechną relokalizacją Oct4, odzwierciedloną w globalnej rearanżacji krajobrazów chromatyny wzmacniającej. Nasze analizy genomiczne i biochemiczne zidentyfikowały kandydujących mediatorów wiązania Oct4 specyficznego dla stanu pierwotnego, w tym Otx2 i Zic2/3. Nawet gdy sygnały różnicujące są zablokowane, przedwczesna nadekspresja Otx2 wystarcza do wyjścia ze stanu naiwnego, indukowania transkrypcji znacznego podzbioru genów związanych z pluripotencją i przekierowywania Oct4 do wcześniej niedostępnych miejsc wzmacniających. Jednak zdolność Otx2 do angażowania nowych regionów wzmacniających jest określona przez jego poziomy, właściwości cis-kodowane miejsc i środowisko sygnalizacji. Nasze wyniki wyjaśniają mechanizmy regulacyjne leżące u podstaw pluripotencji i sugerują, że zdolność czynników transkrypcyjnych, takich jak Otx2 i Oct4, do tworzenia nowych miejsc wzmacniających, jest silnie zależna od kontekstu.


title: Topoizomeraza II odgrywa zasadniczą rolę jako skrętaza w późnym stadium replikacji chromosomu SV40 in vitro.

text: Wpływ topoizomeraz I i II na replikację DNA SV40 badano stosując system replikacji oczyszczonych białek in vitro, który tworzy system monopolimeraz. W obecności dwóch topoizomeraz powstały dwa odrębne rodzące się DNA. Jeden produkt powstały z replikacji wiodącej nici matrycy był w przybliżeniu o połowę mniejszy od matrycy DNA, podczas gdy drugi produkt pochodzący z opóźnionej nici matrycy składał się z krótkich DNA. Produkty te zsyntetyzowano zarówno z nagiego DNA SV40, jak iz chromosomów SV40. W przypadku replikacji nagiego DNA SV40, topoizomeraza I lub II utrzymywała ruch widełek replikacyjnych i wspierała syntezę pełnej wiodącej nici. Gdy chromosomy SV40 zostały zreplikowane z tymi samymi białkami, reakcje zawierające tylko topoizomerazę I wytworzyły krótsze wiodące nici. Jednak produkty DNA o dojrzałych rozmiarach akumulowały się w reakcjach z dodatkiem topoizomerazy II, a także w reakcjach zawierających tylko topoizomerazę II. W obecności surowych ekstraktów komórek HeLa, VP-16, swoisty inhibitor topoizomerazy II, blokował wydłużenie powstającego DNA podczas replikacji chromosomów SV40. Wyniki te wskazują, że topoizomeraza II odgrywa kluczową rolę jako skrętaza w późnym etapie replikacji chromosomu SV40 in vitro.


title: Białka bromodomen przyczyniają się do utrzymania tożsamości stadium krwiobiegu w afrykańskim trypanosomie

text: Trypanosoma brucei, czynnik wywołujący śpiączkę afrykańską, jest przenoszony na ssaka przez tse-tse. U muchy powierzchnia pasożyta pokryta jest niezmienną procykliną, podczas gdy u ssaka przebywa pozakomórkowo w postaci krwioobiegu (BF) i jest gęsto pokryta wysoce immunogenną odmianą glikoproteiny powierzchniowej (VSG). W BF pasożyt zmienia ten wysoce immunogenny powierzchniowy VSG przy użyciu repertuaru około 2500 różnych genów VSG. Ostatnie doniesienia dotyczące systemów ssaków wskazują na rolę białek bromodomeny rozpoznających histony acetylo-lizyny w utrzymaniu losu komórek macierzystych, co prowadzi nas do hipotezy, że białka bromodomeny mogą podtrzymywać los komórek BF w trypanosomach. Używając inhibitorów małocząsteczkowych i mutantów genetycznych dla poszczególnych białek bromodomen, przeprowadziliśmy eksperymenty z sekwencjami RNA, które ujawniły zmiany w transkryptomie podobne do tych obserwowanych w komórkach różnicujących się ze stadium BF do stadium owada. Zostało to podsumowane na poziomie białka przez pojawienie się białek owadzich na powierzchni komórki. Co więcej, hamowanie bromodomeny zakłóca dwa główne specyficzne dla BF mechanizmy unikania odporności immunologicznej, które trypanosomy wykorzystują do unikania odpowiedzi przeciwciał ssaczych gospodarzy. Po pierwsze, zaburzona zostaje monoalleliczna ekspresja zróżnicowanego antygenowo VSG. Po drugie, szybka internalizacja przeciwciał związanych z VSG na powierzchni trypanosomu jest zablokowana. W ten sposób nasze badania ujawniają rolę białek bromodomen trypanosomów w utrzymaniu tożsamości stadium krwiobiegu i unikaniu odporności. Co ważne, hamowanie bromodomeny prowadzi do zmniejszenia zjadliwości w mysim modelu infekcji, co czyni te białka potencjalnymi celami leczenia trypanosomatozy. Nasza struktura krystaliczna o rozdzielczości 1,25Å bromodomeny trypanosomu w kompleksie z I-BET151 ujawnia nowy sposób wiązania inhibitora, który służy jako obiecujący punkt wyjścia do racjonalnego projektowania leków.


title: Wymagania czasowe dla sygnalizacji insulina/IGF-1 u C. elegans.

text: Szlak sygnałowy insulina/IGF-1 (gdzie IGF-1 jest insulinopodobnym czynnikiem wzrostu-1) wpływa na długość życia, reprodukcję i diapauzę wielu organizmów. Ze względu na fundamentalne znaczenie tego systemu w fizjologii zwierząt zapytaliśmy, kiedy w życiu zwierzęcia wymagane jest regulowanie tych różnych procesów. Odkryliśmy, że u Caenorhabditis elegans ścieżka ta działa w okresie dorosłości, do stosunkowo zaawansowanego wieku, wpływając na starzenie się. Natomiast reguluje diapauzę podczas rozwoju. Ponadto ścieżka kontroluje długowieczność i reprodukcję niezależnie od siebie. Razem nasze odkrycia pokazują, że regulacja długości życia może być czasowo oddzielona od fenotypów, które mogą wydawać się obniżać jakość życia.


title: Przewaga wrodzonych komórek limfoidalnych typu 1 w błonie śluzowej odbytnicy pacjentów z nadwrażliwością na pszenicę bez celiakii: zmiana po diecie bez pszenicy

text: CELE Wrażliwość na pszenicę bez celiakii (NCWS) definiuje się jako reakcję na spożytą pszenicę po wykluczeniu celiakii i alergii na pszenicę. Ponieważ jego patogeneza jest nie do końca poznana, oceniliśmy odpowiedź zapalną w błonie śluzowej odbytnicy u pacjentów z dobrze zdefiniowanym NCWS. METODY Do badania prospektywnego włączono 22 pacjentów z objawami klinicznymi podobnymi do zespołu jelita drażliwego (IBS), u których rozpoznano NCWS metodą podwójnie ślepej próby prowokacyjnej kontrolowanej placebo. Ośmiu pacjentów z IBS, u których nie nastąpiła poprawa na diecie bez pszenicy, zastosowano jako kontrolę. Dwa tygodnie po doustnej prowokacji z 80 gramami pszenicy dziennie, komórki izolowano z biopsji odbytu i dokładnie scharakteryzowano przez analizę sortowania komórek aktywowanych fluorescencyjnie pod kątem wewnątrzkomórkowych cytokin i markerów powierzchniowych. WYNIKI Biopsje odbytnicy od pacjentów z NCWS prowokowanych pszenicą wykazały, że znaczny naciek błony śluzowej CD45(+) składał się z limfocytów CD3(+) i CD3(-), przy czym te ostatnie spontanicznie wytwarzały więcej interferonu (IFN)-γ niż kontrole IBS. Około 30% komórek CD45(+) wytwarzających IFN-γ to T-bet(+), CD56(-), NKP44(-) i CD117(-), określając je jako wrodzone komórki limfoidalne typu 1 (ILC1 ). Ilość komórek ILC1 wytwarzających IFN-γ znacząco spadła u 10 pacjentów analizowanych 2 tygodnie po wznowieniu diety bez pszenicy. WNIOSKI Dane te wskazują, że u pacjentów z aktywnym NCWS, komórki ILC1 wytwarzające IFN-γ infiltrują błonę śluzową odbytu i potwierdzają rolę tej wrodzonej populacji komórek limfoidalnych w patogenezie NCWS.


title: Składanie i samodzielny montaż porów translokacyjnych TatA w oparciu o mechanizm zamka błyskawicznego

text: Proponujemy koncepcję fałdowania i samoorganizacji kompleksu tworzącego pory TatA z translokazy Twin-arginine i innych białek błonowych w oparciu o elektrostatyczne „zamki ładunkowe”. Każda podjednostka TatA składa się z segmentu transbłonowego, amfifilowej helisy (APH) i C-końcowy gęsto naładowany region (DCR). Sekwencja ładunków w DCR jest komplementarna do wzorca ładunków na APH, co sugeruje, że białko może być „zamknięte” za pomocą drabiny siedmiu mostków solnych. Długość powstałej szpilki do włosów odpowiada grubości dwuwarstwy lipidowej, dlatego przezbłonowy por może się samoorganizować poprzez wewnątrz- i międzycząsteczkowe mostki solne. Wykonalność steryczną zracjonalizowano za pomocą symulacji dynamiki molekularnej, a dowody doświadczalne uzyskano, monitorując równowagę monomer-oligomer mutantów o specyficznym ładunku. Podobne „zamki ładujące” są proponowane dla innych białek związanych z błoną, np. peptydu indukującego biofilm TisB, ludzkiego peptydu przeciwdrobnoustrojowego dermcydyny i pestiwirusowego białka E(RNS).


title: Molekularne mechanizmy koregulacji genu białka rybosomalnego.

text: 137 genów białek rybosomalnych (RPG) Saccharomyces stanowi model koregulacji genów. Zbadaliśmy pozycyjną i funkcjonalną organizację ich regulatorów (Rap1 [białko aktywatora represora 1], Fhl1, Ifh1, Sfp1 i Hmo1), maszynerię transkrypcyjną (TFIIB, TFIID i polimerazę RNA II) oraz chromatynę w pobliżu zasady rozwiązywanie par przy użyciu ChIP-exo, ponieważ gry RPG są skoordynowane przeprogramowywane. Tam, gdzie Hmo1 jest wzbogacony, Fhl1, Ifh1, Sfp1 i Hmo1 usieciowane są szeroko z promotorowym DNA w sposób specyficzny dla RPG i odgraniczone przez ogólne poszerzenie mniejszego rowka. Co ważne, Hmo1 przedłużył 20-50 par zasad (pz) w dół od Fhl1. Po represjach RPG Fhl1 pozostał na miejscu. Zdysocjowano Hmo1, co było sprzężone z przesunięciem w górę nukleosomu +1, co odzwierciedla wydłużenie Hmo1 i region rdzenia promotora. Fhl1 i Hmo1 mogą tworzyć dwie regulowane i pozycyjnie odmienne bariery, przeciwko którym remodelery chromatyny ustawiają nukleosom +1 w stan aktywujący lub represyjny. Zgodnie z badaniami in vitro stwierdziliśmy, że specyficzne podjednostki TFIID, oprócz usieciowania w rdzeniowym promotorze, tworzyły precyzyjne sieciowanie w miejscach Rap1, które interpretujemy jako odzwierciedlające natywne interakcje Rap1-TFIID. Nasze odkrycia sugerują, w jaki sposób wiązanie DNA specyficzne dla sekwencji reguluje pozycjonowanie nukleosomów i składanie kompleksu transkrypcyjnego w odległości > 300 pz oraz jak koregulacja współewoluowała z sekwencjami kodującymi.


title: Lipoatrofia i poważne zaburzenia metaboliczne u myszy ze specyficzną dla tłuszczu delecją PPARγ.

text: Tkanka tłuszczowa jest ważnym narządem metabolicznym, którego dysfunkcja wiąże się z rozwojem otyłości, cukrzycy i chorób układu krążenia. Receptor gamma aktywowany przez proliferatory peroksysomów receptora jądrowego (PPARγ) jest uważany za główny regulator różnicowania i funkcji adipocytów. Chociaż jego autonomiczna komórkowa rola w adipogenezie została wyraźnie wykazana w hodowli komórkowej, wcześniejsze specyficzne dla tłuszczu nokauty mysiego genu PPARγ nie wykazały dramatycznego fenotypu in vivo. Tutaj, używając myszy Adipoq-Cre do napędzania rekombinacji specyficznej dla tkanki tłuszczowej, donosimy o unikalnym modelu myszy z nokautem PPARγ specyficznego dla tłuszczu (PPARγ FKO) z prawie brakiem widocznej brązowej i białej tkanki tłuszczowej w wieku 3 miesięcy. W konsekwencji myszy PPARγ FKO miały znacznie powiększone wysepki trzustkowe, masywną stłuszczoną wątrobę i dramatycznie podwyższone poziomy glukozy we krwi i insuliny w surowicy, którym towarzyszyła ekstremalna insulinooporność. Myszy PPARγ FKO wykazywały również opóźnione tworzenie okrywy włosowej związane z brakiem tłuszczu skórnego, zaburzony rozwój gruczołu sutkowego z utratą poduszek tłuszczowych sutka oraz wysoką masę kostną z utratą tłuszczu szpiku kostnego, co wskazuje na kluczowe role tłuszczowych PPARγ w tych tkankach. Razem, nasze dane ujawniają konieczność tłuszczowego PPARγ w tworzeniu tkanki tłuszczowej, homeostazie metabolicznej całego ciała i normalnym rozwoju tkanek zawierających tłuszcz.


title: Profilaktyka flukonazolem: czy możemy wyeliminować inwazyjne infekcje Candida na OIOM-ie noworodków?

text: CEL PRZEGLĄDU Ze względu na wysoką śmiertelność, ryzyko zaburzeń neurorozwojowych i zajęcie narządów końcowych z zakażeniami grzybiczymi u noworodka, zapobieganie inwazyjnym zakażeniom Candida u skrajnie wcześniaków powinno być priorytetem na każdym noworodkowym OIOM-ie. OSTATNIE WYNIKI Nawet przy natychmiastowym lub empirycznym leczeniu śmiertelność i zaburzenia neurorozwojowe są wysokie (57%) u niemowląt <1000 g. Przeprowadzono wiele badań dotyczących profilaktyki flukonazolem, w tym ostatnio przeprowadzone wieloośrodkowe badanie z randomizacją i grupą kontrolną. Wszystkie badania wykazały skuteczność i bezpieczeństwo bez wzrostu lub pojawienia się oporności na grzyby. Analiza tych badań wykazała, że profilaktyka flukonazolem zmniejszyła częstość występowania inwazyjnych zakażeń Candida u niemowląt z grupy wysokiego ryzyka <1000 g o 91% (p = 0,0004) i wszystkich niemowląt < 1500 g o 85% (p < 0,0001). Śmiertelność ze wszystkich przyczyn była o 25% niższa (p = 0,029). Ponadto badania wykazały, że całą śmiertelność związaną z Candida można wyeliminować na całym OIOM-ie noworodków poprzez ukierunkowanie profilaktyki flukonazolu u niemowląt <1000 g. STRESZCZENIE Ukierunkowanie profilaktyki flukonazolu na niemowlęta w wieku <1000 g lub < lub 27 tygodni jest wysoce skuteczne, bezpieczne i niedrogie oraz może wyeliminować te infekcje jako przyczynę upośledzenia neurorozwojowego i śmiertelności.


title: Niedobór fumarazy u dwukosmówkowych bliźniąt dwuowodniowych.

text: Niedobór fumarazy jest rzadkim autosomalnym recesywnym, wrodzonym błędem metabolizmu cyklu Krebs Tricarboxylic Acid. Ciężkie obciążenie chorobą neurologiczną jest spowodowane niedoborem fumarazy, zwykle objawiającym się małogłowiem, dystonią, globalnym opóźnieniem rozwoju, drgawkami i śmiertelnością w okresie niemowlęcym. Nosiciele heterozygotyczni niosą również zwiększone ryzyko rozwoju dziedzicznej mięśniakowatości gładkokomórkowej i raka nerkowokomórkowego. Opisujemy rodzinę niespokrewnioną, w której dwukosmówkowa ciąża bliźniacza dwuowodniowa spowodowała u chłopców bliźniaków niedobór fumarazy potwierdzony na poziomie biochemicznym, enzymatycznym i molekularnym. Ich fenotyp kliniczny obejmował zajęcie wątroby. W tej rodzinie zidentyfikowano nową mutację w genie hydratazy fumaranu.


title: Angiopoetyna-2 jest zwiększona w posocznicy i jest odwrotnie związana z reaktywnością mikronaczyniową zależną od tlenku azotu

text: WPROWADZENIE Angiopoetyna-2 (ang-2), angiogenny peptyd uwalniany przez ciała Weibel-Palade (WPBs) komórek śródbłonka, zwiększa aktywację śródbłonka i przepuszczalność naczyń. Ang-2 wzrasta w ciężkiej posocznicy, ale mechanizmy leżące u podstaw tego nie są znane. Tlenek azotu (NO) hamuje egzocytozę WPB, a biodostępność śródbłonkowego NO jest zmniejszona w posocznicy. Postawiliśmy hipotezę, że śródbłonkowa biodostępność NO byłaby odwrotnie skorelowana ze stężeniem ang-2 w posocznicy. METODY Osoczowy ang-2, czynnik wzrostu śródbłonka naczyniowego (VEGF) i cytokiny aktywne śródbłonka były oceniane u 83 pacjentów z wczesną sepsą i 41 z grupy kontrolnej w szpitalu, w odniesieniu do reaktywnego przekrwienia - tonometria tętnic obwodowych, RH-PAT, miara śródbłonkowego NO biodostępność. WYNIKI Poziom Ang-2 w osoczu był podwyższony w posocznicy (mediana [zakres międzykwartylowy (IQR)], ng/ml: ciężka posocznica 12,4 [8,5-33,4], posocznica bez niewydolności narządowej 6,1 [5,0-10,4], kontrole 2,7 [2,2-3,6] , P < 0,0001). Korelowała odwrotnie z RH-PAT (r = -0,38, P < 0,0001) i dodatnio z IL-6 (r = 0,57, P < 0,0001) i stopniem niewydolności narządowej (sekwencyjna ocena funkcji narządów) (r = 0,58, P < 0,0001). Korelacja ang-2 z RH-PAT utrzymywała się po kontrolowaniu nasilenia sepsy. W podłużnym modelu efektów mieszanych, powrót RH-PAT w czasie był związany ze spadkiem ang-2. WNIOSKI Ang-2 jest podwyższony proporcjonalnie do ciężkości sepsy i jest odwrotnie skorelowany z zależną od NO reaktywnością naczyń mikrokrążenia. Upośledzona biodostępność śródbłonkowego NO może przyczyniać się do zwiększonego uwalniania ang-2 z komórek śródbłonka, aktywacji śródbłonka i przeciekania naczyń włosowatych. Środki zwiększające biodostępność śródbłonkowego NO lub hamujące egzocytozę WPB i/lub aktywność Ang-2 mogą mieć potencjał terapeutyczny w sepsie.


title: Ekologiczne a indywidualne źródła uprzedzeń w ekologicznych szacunkach kontekstowych skutków zdrowotnych.

text: Wielu autorów próbowało bronić badań ekologicznych (zagregowanych), twierdząc, że celem tych badań jest oszacowanie skutków ekologicznych (kontekstowych lub na poziomie grupy), a nie skutków na poziomie indywidualnym. Krytycy tych prób wskazują, że oszacowania efektów ekologicznych są nieuchronnie wykorzystywane jako oszacowania efektów indywidualnych, pomimo zastrzeżeń. Bardziej subtelny problem polega na tym, że zmienność ekologiczna w rozkładzie poszczególnych skutków może wpływać na ekologiczne szacunki skutków kontekstowych. Warunki prowadzące do tego błędu są prawdopodobne, a być może nawet powszechne w badaniach czynników ekospołecznych i wyników zdrowotnych, ponieważ kontekst społeczny nie jest randomizowany w typowych jednostkach analitycznych (regionach administracyjnych). Z definicji dane ekologiczne zawierają jedynie marginalne obserwacje dotyczące łącznego rozkładu indywidualnie zdefiniowanych czynników zakłócających i wyników, a zatem nie identyfikują ani efektów na poziomie kontekstu, ani na poziomie indywidualnym. Chociaż badania ekologiczne mogą być nadal przydatne przy odpowiednich zastrzeżeniach, ich problemy lepiej rozwiązywać za pomocą wielopoziomowych projektów badań, które uzyskują i wykorzystują dane na poziomie indywidualnym i grupowym. Niemniej jednak takie badania często mają pewne szczególne problemy z badaniami ekologicznymi, w tym problemy związane z niewłaściwą agregacją i problemami związanymi ze zmianami czasowymi w rozkładach współzmiennych.


title: Asymetria lewa-prawa w zarodku kręgowca: od wczesnych informacji do integracji wyższego poziomu

text: Chociaż kręgowce wydają się być zasadniczo obustronnie symetryczne na zewnątrz, istnieje wiele wewnętrznych asymetrii lewa-prawa w rozmieszczeniu i rozmieszczeniu narządów wewnętrznych. Te asymetrie powstają podczas embriogenezy przez złożone kaskady epigenetyczne i genetyczne. Ostatnie badania na szeregu organizmów modelowych poczyniły istotne postępy w zrozumieniu, w jaki sposób ta informacja o lateralizacji jest generowana i przekazywana do dużych obszarów zarodka. Pojawiają się zarówno podobieństwa, jak i rozbieżności w mechanizmach wykorzystywanych przez różne kręgowce w specyfikacji osi lewa-prawa. Ostatnie dowody dostarczają również intrygujących powiązań między ustaleniem asymetrii lewo-prawo a symetrycznym wydłużeniem osi przednio-tylnej.


title: Otyłość, cukrzyca typu 2 i rak: połączenie insuliny i IGF.

text: Badania epidemiologiczne sugerują pozytywny związek między otyłością a cukrzycą typu 2 (T2D) z ryzykiem zachorowania na raka i śmiertelnością związaną z nowotworami. Wydaje się, że rolę w związku między tymi różnymi chorobami odgrywają insulinooporność, hiperinsulinemia, podwyższone poziomy IGF, podwyższone poziomy hormonów steroidowych i peptydowych oraz markery stanu zapalnego. Leki, takie jak metformina i egzogenna insulina, stosowane w leczeniu T2D mogą wpływać na ryzyko zachorowania na raka i śmiertelność związaną z nowotworami. Opracowywane są nowsze terapie ukierunkowane na systemy insuliny i IGF1 do zastosowania w terapii przeciwnowotworowej.


title: Niekodujące RNA: Funkcje i zastosowania w raku endokrynologicznym.

text: Znaczna część ludzkiego genomu podlega transkrypcji jako niekodujące RNA (ncRNA). Ten niekodujący transkryptom zakwestionował pojęcie centralnego dogmatu i jego udział w transkrypcyjnej i posttranskrypcyjnej regulacji ekspresji genów jest dobrze poznany. Co ciekawe, kilka ncRNA jest rozregulowanych w nowotworach, a obecne badania nad transkryptomem niekodującym mają na celu wykorzystanie naszej coraz większej wiedzy na temat tych ncRNA do opracowania biomarkerów raka i leków przeciwnowotworowych. W przypadku nowotworów endokrynologicznych, w przypadku których przeżywalność może być stosunkowo niska, istnieje potrzeba takich postępów. W tym przeglądzie mieliśmy na celu podsumowanie ról i implikacji klinicznych niedawno odkrytych ncRNA, w tym długich ncRNA, RNA oddziałujących z PIWI, ncRNA pochodzących z tRNA i Y RNA oraz małych jąderkowych RNA, w nowotworach związanych z układem hormonalnym u obu płci. Skupiamy się na ostatnich badaniach podkreślających odkrycia w biologii ncRNA i ekspresji w nowotworach, a kończymy dyskusją na temat wyzwań i przyszłych kierunków, w tym zastosowań klinicznych. ncRNA są bardzo obiecujące jako narzędzia diagnostyczne i cele terapeutyczne, ale konieczne są dalsze prace, aby wykorzystać potencjał tych niekonwencjonalnych transkryptów.


title: Strukturalna i kinetyczna charakterystyka NMR homeodomen dyfundujących i przeskakujących na niespecyficznym DNA.

text: Niespecyficzne oddziaływania białko-DNA są z natury dynamiczne i obejmują zarówno dyfuzję białka wzdłuż DNA, jak i przeskakiwanie białka z jednej cząsteczki lub segmentu DNA do drugiej. Zrozumienie, w jaki sposób białka regulujące geny oddziałują niespecyficznie z DNA, zarówno pod względem struktury, jak i dynamiki, jest trudne, ponieważ eksperymentalne obserwowalne są zbiorową średnią wielu szybko zmieniających się stanów. Stosując różne techniki spektroskopii NMR, w tym analizę relaksacji, wzmocnienie relaksacji paramagnetycznej i resztkowe sprzężenia dipolarne, scharakteryzowaliśmy strukturalne i kinetyczne aspekty oddziaływania homeodomeny HoxD9 z niespecyficznym dupleksem DNA o wielkości 24 pz w układzie, w którym białko nie jest ograniczone do żadnego konkretnego miejsca. Dane ujawniają, że HoxD9 wiąże się z niespecyficznym DNA w tym samym trybie wiązania i orientacji, co obserwowane w specyficznym kompleksie. Jednakże ruchliwość łańcuchów bocznych Arg stykających się z DNA jest zwiększona w niespecyficznym kompleksie w stosunku do specyficznego. Przeanalizowano również kinetykę translokacji międzycząsteczkowej między dwiema różnymi niespecyficznymi cząsteczkami DNA i ujawniono, że przy wysokich stężeniach DNA (takich jak obecne in vivo) bezpośredni transfer z jednego niespecyficznego kompleksu do innej niespecyficznej cząsteczki DNA następuje bez przechodzenia przez wolne białko . To odkrycie dostarcza prostego mechanizmu przyspieszającego poszukiwanie celu in vivo dla określonego miejsca w morzu niespecyficznych miejsc poprzez umożliwienie bardziej efektywnego próbkowania dostępnych miejsc DNA, gdy białko przeskakuje z jednego segmentu do drugiego.


title: Dopasowanie haplotypów MHC dla niepowiązanej transplantacji komórek krwiotwórczych

text: Tło Aktualne kryteria selekcji niespokrewnionych dawców do przeszczepu komórek krwiotwórczych (HCT) obejmują dopasowanie do alleli każdego locus ludzkiego antygenu leukocytowego (HLA) w obrębie głównego układu zgodności tkankowej (MHC). Choroba przeszczep przeciw gospodarzowi (GVHD) pozostaje jednak istotnym i potencjalnie zagrażającym życiu powikłaniem nawet po HCT niezwiązanym z HLA. MHC zawiera ponad 400 genów, ale całkowita liczba antygenów transplantacyjnych jest nieznana. Geny wpływające na wynik przeszczepu można by zidentyfikować za pomocą metod mapowania nierównowagi sprzężeń (LD), gdyby można było zdefiniować rozszerzone haplotypy MHC niespokrewnionego dawcy i biorcy.


title: Kompleks SIR2/3/4 i sam SIR2 promują długowieczność u Saccharomyces cerevisiae za pomocą dwóch różnych mechanizmów. Geny Dev 13

text: Geny SIR są wyznacznikami długości życia w komórkach macierzystych drożdży. Tutaj pokazujemy, że regulacja długości życia przez białka Sir jest niezależna od ich roli w łączeniu niehomologicznych końców. Krótki okres życia mutanta sir3 lub sir4 wynika z jednoczesnej ekspresji informacji typu kojarzenia a i alfa, co pośrednio powoduje wzrost rekombinacji rDNA i prawdopodobnie zwiększa wytwarzanie pozachromosomalnych kręgów rDNA. Krótki okres życia mutanta sir2 ujawnia również bezpośrednią niezdolność do tłumienia rekombinacji generowanej przez blok replikacji, w którym pośredniczy Fob1p w rDNA. Sir2p jest elementem ograniczającym w promowaniu długowieczności drożdży, a zwiększenie dawki genów wydłuża żywotność komórek typu dzikiego. Omówiono możliwą rolę konserwatywnego SIR2 w starzeniu się ssaków.


title: Metaanaliza identyfikuje typowe warianty związane ze wskaźnikiem masy ciała u mieszkańców Azji Wschodniej

text: Wiele loci genetycznych związanych z otyłością lub wskaźnikiem masy ciała (BMI) zostało zidentyfikowanych w badaniach asocjacyjnych całego genomu, przeprowadzonych głównie w populacjach pochodzenia europejskiego. Przeprowadziliśmy metaanalizę powiązań między BMI a około 2,4 milionami SNP u 27 715 Azjatów wschodnich, a następnie przeprowadzono badania replikacji in silico i de novo odpowiednio u 37 691 i 17 642 dodatkowych Azjatów wschodnich. Zidentyfikowaliśmy dziesięć loci związanych z BMI o znaczeniu dla całego genomu (P <5,0 × 10(-8)), w tym siedem wcześniej zidentyfikowanych loci (FTO, SEC16B, MC4R, GIPR-QPCTL, ADCY3-DNAJC27, BDNF i MAP2K5) i trzy nowe loci w lub w pobliżu genów CDKAL1, PCSK1 i GP2. Trzy dodatkowe loci prawie osiągnęły próg istotności dla całego genomu, w tym dwa wcześniej zidentyfikowane loci w genach GNPDA2 i TFAP2B oraz nowo zidentyfikowany sygnał w pobliżu PAX6, z których wszystkie były związane z BMI z P < 5,0 × 10 (-7). Wyniki tego badania mogą rzucić światło na nowe szlaki związane z otyłością i wykazać wartość prowadzenia badań genetycznych w populacjach pozaeuropejskich.


title: Fosforylacja histonu H3(T118) zmienia dynamikę i przebudowę nukleosomów

text: Nukleosomy, podstawowe jednostki struktury chromatyny, są regulatorami i barierami dla transkrypcji, replikacji i naprawy. Modyfikacje potranslacyjne (PTM) białek histonowych w nukleosomach regulują te procesy DNA. Histon H3(T118) jest miejscem fosforylacji [H3(T118ph)] i bierze udział w regulacji transkrypcji i naprawy DNA. Przygotowaliśmy H3(T118ph) poprzez ligację białek ekspresyjnych i określiliśmy jego wpływ na dynamikę nukleosomów. Odkryliśmy, że H3(T118ph) zmniejsza wiązanie histonów DNA o 2 kcal/mol, zwiększa mobilność nukleosomów 28-krotnie i zwiększa dostępność DNA w pobliżu obszaru diad 6-krotnie. Co więcej, H3(T118ph) zwiększa szybkość rozpadu nukleosomów hMSH2-hMSH6 i umożliwia deasemblację nukleosomów przez remodeler chromatyny SWI/SNF. Badania te sugerują, że H3(T118ph) bezpośrednio wzmacnia i może przeprogramować reakcje przebudowy chromatyny.


title: Mechanosygnalizacja poprzez YAP i TAZ napędza aktywację i zwłóknienie fibroblastów.

text: Zwłóknienie patologiczne jest napędzane przez pętlę sprzężenia zwrotnego, w której włóknista macierz zewnątrzkomórkowa jest zarówno przyczyną, jak i konsekwencją aktywacji fibroblastów. Jednak mechanizmy molekularne leżące u podstaw tego procesu pozostają słabo poznane. W tym miejscu identyfikujemy białko związane z tak (YAP) (homolog Drosophila Yki) i koaktywator transkrypcyjny z motywem wiążącym PDZ (TAZ) (znany również jako Wwtr1), efektory transkrypcyjne szlaku Hippo, jako kluczowe koordynatory fibroblastów regulowane przez sztywność macierzy aktywacja i synteza matrycy. YAP i TAZ są wyraźnie wyrażane w włóknistej, ale nie zdrowej tkance płuc, ze szczególnie wyraźną jądrową ekspresją TAZ w komórkach fibroblastycznych o wrzecionowatym kształcie. W hodowli zarówno YAP, jak i TAZ gromadzą się w jądrach fibroblastów rosnących na patologicznie sztywnych matrycach, ale nie podatnych fizjologicznie. Powalenie YAP i TAZ razem in vitro osłabia kluczowe funkcje fibroblastów, w tym syntezę, skurcz i proliferację macierzy, i to wyłącznie na patologicznie sztywnych macierzach. Efekty profibrotyczne YAP i TAZ działają częściowo poprzez ich transkrypcyjny docelowy inhibitor aktywatora plazminogenu-1, który jest regulowany przez sztywność matrycy niezależną od sygnalizacji transformującego czynnika wzrostu-β. Unieśmiertelnione fibroblasty warunkowo eksprymujące aktywne białka zmutowane YAP lub TAZ pokonują ograniczenia miękkiej macierzy we wzroście i sprzyjają zwłóknieniu po adopcyjnym przeniesieniu do płuca myszy, wykazując zdolność aktywacji fibroblastów YAP/TAZ do kierowania odpowiedzi profibrotycznej in vivo. Razem, wyniki te identyfikują YAP i TAZ jako mechanoaktywowanych koordynatorów pętli sprzężenia zwrotnego sterowanej macierzą, która wzmacnia i podtrzymuje zwłóknienie.


title: Kontrola komórkowego wypływu cholesterolu przez jądrowy receptor oksysterolu LXR alfa.

text: LXR alfa jest receptorem jądrowym, który, jak wcześniej wykazano, reguluje metaboliczną konwersję cholesterolu do kwasów żółciowych. Tutaj definiujemy rolę tego czynnika transkrypcyjnego w kontroli komórkowego wypływu cholesterolu. Wykazujemy, że retrowirusowa ekspresja LXR alfa w fibroblastach NIH 3T3 lub makrofagach RAW264.7 i/lub traktowanie tych komórek ligandami oksysterolowymi LXR powoduje 7 do 30-krotną indukcję mRNA kodującego domniemany transporter cholesterolu/fosfolipidów ATP- kaseta wiążąca (ABC)A1. W przeciwieństwie do tego, indukcja ABCA1 mRNA w odpowiedzi na oksysterole jest osłabiona w komórkach, które konstytutywnie eksprymują dominujące negatywne formy LXR alfa lub LXR beta, które nie mają domeny aktywacji transkrypcji AF2. Ponadto wykazujemy, że ekspresja LXR alfa w fibroblastach NIH 3T3 i/lub traktowanie tych komórek oksysterolami jest wystarczające do stymulowania wypływu cholesterolu do zewnątrzkomórkowej apolipoproteiny AI. Zdolność ligandów oksysterolowych LXR do stymulowania wypływu jest dramatycznie zmniejszona w fibroblastach Tangeru, które niosą mutację utraty funkcji w genie ABCA1. Podsumowując, wyniki te wskazują, że komórkowy wypływ cholesterolu jest kontrolowany, przynajmniej częściowo, na poziomie transkrypcji przez szlak sygnałowy receptora jądrowego. Sugerują model, w którym aktywacja LXR przez oksysterole w odpowiedzi na komórkowe obciążenie sterolami prowadzi do indukcji transportera ABCA1 i stymulacji odpływu lipidów do zewnątrzkomórkowych akceptorów. Odkrycia te mają ważne implikacje dla naszego zrozumienia homeostazy cholesterolu u ssaków i sugerują nowe możliwości farmakologicznej regulacji metabolizmu lipidów komórkowych.


title: Dobowa regulacja wewnątrzkomórkowej sygnalizacji białka G pośredniczy w synchronizacji międzykomórkowej i rytmiczności w jądrze nadskrzyżowaniowym

text: Synchroniczne oscylacje tysięcy zegarów komórkowych w jądrze nadskrzyżowaniowym (SCN), centrum okołodobowym, są koordynowane przez precyzyjnie zsynchronizowaną komunikację komórka-komórka, której zasada jest w dużej mierze nieznana. Tutaj pokazujemy, że ilość RGS16 (regulator sygnalizacji białka G 16), białka znanego z inaktywacji Gαi, wzrasta w selektywnym okołodobowym czasie, aby umożliwić zależną od czasu aktywację wewnątrzkomórkowej cyklicznej sygnalizacji AMP w SCN. Ablacja genu Rgs16 prowadzi do utraty dobowej produkcji cAMP i w efekcie wydłuża dobowy okres rytmu behawioralnego. Precyzyjna w czasie regulacja sygnału cAMP za pomocą sterowanego zegarem RGS16 jest potrzebna, aby grzbietowo-przyśrodkowa SCN utrzymała normalną zależność fazową do brzuszno-bocznej SCN. Zatem zależna od RGS16 regulacja czasowa wewnątrzkomórkowej sygnalizacji białka G koordynuje synchronizację międzykomórkową neuronów rozrusznika SCN, a tym samym określa 24-godzinny rytm zachowania.


title: MDC1 współpracuje z TopBP1 w zakresie kontroli punktów kontrolnych replikacji DNA

text: Human TopBP1 jest głównym graczem w kontroli punktu kontrolnego replikacji DNA. W tym badaniu zidentyfikowaliśmy MDC1, kluczowe białko punktu kontrolnego zaangażowane w odpowiedź komórkową na dwuniciowe pęknięcia DNA, jako białko powiązane z TopBP1. W specyficznym oddziaływaniu TopBP1-MDC1 pośredniczy piąta domena BRCT TopBP1 i powtórzenia Ser-Asp-Thr (SDT) MDC1. Ponadto wykazaliśmy, że akumulacja TopBP1 w zablokowanych widełkach replikacyjnych jest promowana przez kaskadę sygnalizacyjną H2AX/MDC1. Ponadto MDC1 jest ważne dla aktywacji Chk1 zależnej od ATR w odpowiedzi na stres replikacyjny. Podsumowując, nasze dane sugerują, że MDC1 ułatwia kilka ważnych etapów zarówno w odpowiedzi na uszkodzenie DNA komórki, jak i w punkcie kontrolnym replikacji DNA.


title: Rozregulowana polimeraza DNA β wzmacnia niestabilność nukleotydową i chromosomową wywołaną promieniowaniem jonizującym

text: Polimeraza DNA β (Pol β) jest podatnym na błędy enzymem, który, jak stwierdzono, ulega nadekspresji w kilku ludzkich nowotworach. Stosując kilka rekombinowanych komórek CHO różniących się tylko egzogenną ekspresją Pol β, wykazaliśmy tutaj, że komórki z nadekspresją Pol β są znacznie bardziej wrażliwe na traktowanie IR poprzez zwiększenie apoptozy. Odkryliśmy również, że komórki, które przeżyły, wykazywały fenotyp hipermutatora, który można wyjaśnić różnymi szlakami z udziałem Pol β, takimi jak (i) zwiększona zdolność do włączania do DNA mutagennego analogu dGTP, 8-okso-dGTP, jednego z najbardziej rozpowszechnionych nukleotydy pochodzące z puryn wystawione na promieniowanie γ, (ii) indukowanie pęknięć DNA indukowanych przez IR i (iii) akumulację aberracji chromosomowych indukowanych przez promieniowanie. Zmiana ekspresji Pol β w napromieniowanych komórkach wydaje się zatem wzmacniać zarówno śmierć komórki, jak i zmiany genetyczne związane z fenotypem złośliwym. Dane te dostarczają nowych informacji na temat odpowiedzi komórkowej na promieniowanie i powiązanych konsekwencji rakotwórczych.


title: Wzmocnienie chromosomu 7 i hipermetylacja DNA w locus HOXA10 są związane z ekspresją podpisu HOX związanego z komórkami macierzystymi w glejaku

text: TŁO Geny HOX to rodzina genów rozwojowych, które nie ulegają ekspresji ani w rozwijającym się przodomózgowiu, ani w normalnym mózgu. Nieprawidłowa ekspresja sygnatury komórek macierzystych zdominowanej przez gen HOX w glejaku powiązano ze zwiększoną opornością na chemioradioterapię i utrzymującą się proliferacją komórek inicjujących glejaka. Tutaj opisujemy zmiany epigenetyczne i genetyczne oraz ich interakcje związane z ekspresją tej sygnatury w glejaku. WYNIKI Obserwujemy wyraźną hipermetylację locus HOXA 7p15.2 w glejaku w przeciwieństwie do mózgu bez guza. Hipermetylacja jest związana z przyrostem chromosomu 7, cechą charakterystyczną glejaka, i może kompensować zwiększoną dawkę genów wywołaną przez nowotwór jako mechanizm ratunkowy poprzez zapobieganie nadmiernej ekspresji genów. Identyfikujemy wyspę CpG alternatywnego promotora HOXA10, która wydaje się unikać hipermetylacji w glejaku HOX-high. Addytywny efekt przyrostu kopii genu w 7p15.2 i metylacji DNA w kluczowych regulatorowych CpG w HOXA10 jest znacząco związany z ekspresją sygnatury HOX. Dodatkowo wykazujemy zgodność między stanem metylacji a obecnością aktywnych lub nieaktywnych znaczników chromatyny w sferach pochodzących z glejaka, które są odpowiednio HOX-high lub HOX-low. WNIOSKI Opierając się na tych odkryciach, proponujemy koewolucję i interakcję między przyrostem kopii genu, związanym z przyrostem chromosomu 7, a dodatkowymi zmianami epigenetycznymi jako kluczowymi mechanizmami wyzwalającymi skoordynowany, ale nieodpowiedni program transkrypcyjny HOX w glejaku.


title: Badanie fenomenu wytrenowanej odporności u bezkręgowców podczas badań transgeneracyjnych z wykorzystaniem artemii solankowej jako systemu modelowego

text: Doniesiono, że wrodzony układ odpornościowy bezkręgowców wykazuje pewną formę cech adaptacyjnych, określanych jako wytrenowana odporność. Jednak charakterystyka pamięci wrodzonego układu odpornościowego i mechanizmy stojące za takimi zjawiskami pozostają niejasne. Korzystając z modelu bezkręgowców Artemia, zweryfikowaliśmy możliwość lub niemożność wytrenowanej odporności, badając obecność lub brak trwałej pamięci wobec antygenów homologicznych i heterologicznych (Vibrio spp.) podczas badania międzypokoleniowego. Określiliśmy również mechanizmy stojące za takim zjawiskiem. Nasze wyniki wykazały występowanie pamięci i częściowej dyskryminacji w układzie odpornościowym Artemii, co objawia się zwiększoną odpornością, przez trzy kolejne pokolenia, potomstwa przodków wystawionych na Vibrio na homologiczny szczep bakteryjny, a nie na szczep heterologiczny. Ten zwiększony fenotyp odporności był związany z podwyższonymi poziomami cząsteczek sygnałowych hsp70 i hmgb1 oraz zmianami w ekspresji kluczowych genów związanych z odpornością wrodzoną. Nasze wyniki wykazały również stochastyczny wzór w poziomach acetylacji i metylacji, odpowiednio, histonów H4 i H3K4me3 u potomstwa, którego przodkowie zostali poddani prowokacji. Ogólne wyniki sugerują, że wrodzona odpowiedź immunologiczna u bezkręgowców może być wytrenowana, a przeprogramowanie epigenetyczne (wybranych) efektorów wrodzonej odporności prawdopodobnie zajmuje centralne miejsce w mechanizmach prowadzących do wytrenowanej odporności.


title: Wykorzystanie informacji strukturalnych do zmiany swoistości fosfotransferu dwuskładnikowego kompleksu sygnalizacyjnego chemotaksji

text: Dwuskładnikowe szlaki transdukcji sygnału obejmujące histydynowe kinazy białkowe (HPK) i ich regulatory odpowiedzi (RR) są szeroko stosowane do kontrolowania odpowiedzi bakterii na wyzwania środowiskowe. Niektóre bakterie mają ponad 150 różnych dwuskładnikowych ścieżek, a specyficzność reakcji fosfotransferu w tych systemach jest ściśle kontrolowana, aby zapobiec niepożądanemu przesłuchowi. Jednym z najlepiej poznanych dwuskładnikowych szlaków sygnałowych jest szlak chemotaksji. Tutaj przedstawiamy strukturę krystaliczną 1,40 A domeny fosfotransferowej zawierającej histydynę chemotaksji HPK, CheA(3), w kompleksie z jej pokrewnym RR, CheY(6). Wykazano, że palec metioninowy na CheY(6), który mieści się w hydrofobowej kieszeni w CheA(3), jest ważny dla interakcji i stwierdzono, że występuje tylko w pokrewnych RR CheA(3), CheY(6) i CheB (2). Ukierunkowana mutageneza tej metioniny w połączeniu z dwiema sąsiednimi resztami znosiła wiązanie, jak wykazały badania rezonansu plazmonów powierzchniowych i fosfotransfer z CheA(3)-P do CheY(6). Wprowadzenie tej metioniny i przylegającej reszty alaniny do szeregu niespokrewnionych CheY radykalnie zmieniło ich specyficzność, umożliwiając interakcję białek i szybki transfer fosfoz z CheA(3)-P. Przedstawiona tutaj struktura pozwoliła nam zidentyfikować determinanty specyficzności dla oddziaływania CheA-CheY, a następnie skutecznie przeprojektować sygnalizację fosfotransferu. Podsumowując, nasze wyniki dostarczają cennego wglądu w to, w jaki sposób komórki pośredniczą w specyficzności w jednym z najliczniejszych szlaków sygnałowych w biologii, dwuskładnikowej transdukcji sygnału.


title: Połączenie warenikliny i bupropionu SR w leczeniu uzależnienia od tytoniu u palaczy papierosów: badanie z randomizacją.

text: ZNACZENIE Łączenie farmakoterapii w leczeniu uzależnienia od tytoniu może zwiększyć abstynencję od palenia. CEL Określenie skuteczności i bezpieczeństwa warenikliny i bupropionu o przedłużonym uwalnianiu (SR; terapia skojarzona) w porównaniu z warenikliną (monoterapia) u palaczy papierosów. PROJEKT, WARUNKI I UCZESTNICY Randomizowane, zaślepione, wieloośrodkowe, kontrolowane placebo badanie kliniczne z 12-tygodniowym okresem leczenia i obserwacją do 52 tygodnia, przeprowadzone między październikiem 2009 r. a kwietniem 2013 r. w 3 środkowo-zachodnich ośrodkach badawczych. Pięćset sześciu dorosłych (≥18 lat) palaczy papierosów zostało losowo przydzielonych, a 315 (62%) ukończyło badanie. INTERWENCJE Dwanaście tygodni warenikliny i bupropionu SR lub warenikliny i placebo. GŁÓWNE WYNIKI I MIARY Pierwszorzędowym punktem końcowym był wskaźnik abstynencji w 12. tygodniu, zdefiniowany jako przedłużona (niepalenie od 2 tygodni po docelowej dacie rzucenia palenia) i 7-dniowa prewalencja punktowa (niepalenie w ciągu ostatnich 7 dni). Drugorzędowe wyniki były przedłużone, a wskaźnik abstynencji palenia punktowej w tygodniach 26 i 52. Wyniki zostały potwierdzone biochemicznie. WYNIKI Po 12 tygodniach 53,0% grupy otrzymującej leczenie skojarzone osiągnęło przedłużoną abstynencję od palenia, a 56,2% osiągnęło 7-dniową punktową częstość występowania abstynencji od palenia w porównaniu z 43,2% i 48,6% w monoterapii warenikliną (iloraz szans [OR], 1,49; 95% CI , 1,05-2,12; P = 0,03 i OR 1,36; 95% CI 0,95-1,93; P = 0,09). Po 26 tygodniach 36,6% w grupie terapii skojarzonej osiągnęło wydłużenie, a 38,2% osiągnęło 7-dniową punktową prewalencję palenia tytoniu w porównaniu z 27,6% i 31,9% w monoterapii warenikliną (OR 1,52; 95% CI 1,04-2,22; p = 0,03 i OR 1,32; 95% CI 0,91-1,91; p = 0,14). Po 52 tygodniach 30,9% w grupie terapii skojarzonej osiągnęło wydłużenie, a 36,6% osiągnęło 7-dniową punktową prewalencję palenia tytoniu w porównaniu z 24,5% i 29,2% w monoterapii warenikliną (OR, 1,39; 95% CI, 0,93-2,07; P = 0,11 i OR, 1,40; 95% CI, odpowiednio 0,96-2,05; p = 0,08). Uczestnicy terapii skojarzonej zgłaszali więcej lęku (7,2% vs 3,1%; P = 0,04) i objawów depresyjnych (3,6% vs 0,8%; P = 0,03). WNIOSKI I ZNACZENIE Wśród palaczy papierosów, łączne stosowanie warenikliny i bupropionu, w porównaniu z samą warenikliną, zwiększyło przedłużoną abstynencję, ale nie 7-dniową częstość występowania w 12 i 26 tygodniu. Żaden z wyników nie różnił się istotnie po 52 tygodniach. Konieczne są dalsze badania, aby określić rolę terapii skojarzonej w rzucaniu palenia. REJESTRACJA BADANIA Clinicaltrials.gov Identyfikator: http://clinicaltrials.gov/show/NCT00935818.


title: Wpływ wymiany genu C/EBP na biogenezę mitochondriów w komórkach tłuszczowych.

text: Białka wiążące CCAAT/wzmacniacze, C/EBPalpha i C/EBPbeta, są wymagane do różnicowania i dojrzewania komórek tłuszczowych. Wcześniejsze badania wykazały, że zastąpienie C/EBPalpha C/EBPbeta, generujące allele beta/beta w genomie myszy, zapobiega akumulacji lipidów w białej tkance tłuszczowej (WAT). W tym badaniu myszy beta/beta żyły dłużej i miały wyższy wydatek energetyczny niż ich kontrolne rodzeństwa z powodu zwiększonego utleniania energii WAT. WAT myszy beta/beta została wzbogacona o aktywne metabolicznie, termogeniczne mitochondria znane ze spalania energii. Allel beta/beta wywarł swój wpływ poprzez podwyższoną ekspresję podjednostki stymulującej alfa białka G (Galphas) w WAT. Galphas, gdy ulegał nadekspresji w obciążonych tłuszczem komórkach 3T3-L1, stymulował biogenezę mitochondrialną podobną do tej obserwowanej w WAT myszy beta/beta i skutecznie zmniejszał zmagazynowaną pulę lipidów.


title: Zmienne punkty przerwania celują w PAX5 u pacjentów z chromosomami dicentrycznymi: model podstawy niezrównoważonych translokacji w raku.

text: Poszukiwanie genów docelowych zaangażowanych w niezrównoważone nabyte nieprawidłowości chromosomalne zakończyło się w dużej mierze niepowodzeniem, ponieważ punkty przerwania tych rearanżacji są zbyt zmienne. Tutaj posługujemy się przykładem chromosomów dicentrycznych w prekursorowej ostrej białaczce limfoblastycznej komórek B, aby pokazać, że pomimo tej heterogeniczności, pojedyncze geny są atakowane przez różne mechanizmy. FISH pokazało, że chociaż były one niejednorodne, punkty przerwania na 9p skutkowały częściową lub całkowitą delecją PAX5. Zliczanie liczby kopii molekularnych dalej wyznaczało punkty przerwania i ułatwiało klonowanie za pomocą odwróconej PCR na duże odległości. Podejście to zidentyfikowało 5 partnerów genów fuzyjnych z PAX5: LOC392027 (7p12.1), SLCO1B3 (12p12), ASXL1 (20q11.1), KIF3B (20q11.21) i C20orf112 (20q11.1). W każdym przewidywanym białku fuzyjnym obecna była sparowana domena wiążąca DNA PAX5. Stosując ilościową PCR wykazaliśmy, że zarówno delecja, jak i fuzja genów spowodowały taką samą niedoekspresję PAX5, która rozszerzyła się na zróżnicowaną ekspresję docelowych genów PAX5, EBF1, ALDH1A1, ATP9A i FLT3. Dalsza analiza molekularna wykazała delecję i mutację homologicznego allelu PAX5, zapewniając dalsze wsparcie dla kluczowej roli PAX5. Tutaj pokazujemy, że określone loci genów mogą być celem heterogenicznych punktów przerwania translokacji w ludzkim raku, działając poprzez różne mechanizmy. Podejście to wskazuje na zastosowanie do identyfikacji genów nowotworowych w guzach litych, gdzie niezrównoważone rearanżacje chromosomowe są szczególnie rozpowszechnione i zidentyfikowano niewiele genów. Można ekstrapolować, że strategia ta ujawni, że te same mechanizmy działają ogólnie w patogenezie raka.


title: Copyright � 1996, American Society for Microbiology Endotoksyn-Induced Enhance of Glucose Influx influx into

text: Hipoglikemia należy do najbardziej szkodliwych zaburzeń metabolicznych wywoływanych przez endotoksemię. W eksperymentalnej endotoksemii z lipopolisacharydem (LPS) u zwierząt obserwuje się znaczne zużycie glukozy w narządach bogatych w makrofagi. Jednak bezpośredni wpływ LPS na wychwyt glukozy przez makrofagi nie został w pełni poznany i podjęto niniejsze badanie, aby rzucić światło na tę kwestię. Zużycie i wychwyt glukozy, mierzone za pomocą 2-deoksy-D-[3H]glukozy, przez mysie makrofagi wysięku otrzewnowego w hodowli przyspieszono dwu- do trzykrotnie przez stymulację 3 ng LPS na ml. Szybkość wychwytu glukozy osiągnęła plateau po 20 minutach stymulacji i utrzymywała się na maksymalnym poziomie tak długo, jak obecny był LPS. Analiza Northern (RNA) z sondami cDNA dla pięciu znanych izoform transportera glukozy (GLUT) wykazała, że ekspresja GLUT przez makrofagi była ograniczona do izoformy GLUT1 podczas stymulacji LPS, a ilość mRNA GLUT1 była zwiększona przez stymulację. Wyniki te sugerują, że odpowiedzi makrofagów na LPS są wspierane przez szybki i utrzymujący się dopływ glukozy przez GLUT1 i że jest to czynnik uczestniczący w rozwoju ogólnoustrojowej hipoglikemii, gdy endotoksemia jest przedłużona.


title: Czynniki związane z certyfikacją członków American Board of Medical Specialties wśród absolwentów amerykańskich szkół medycznych.

text: KONTEKST Certyfikacja przez radę członkowską American Board of Medical Specialties (ABMS) staje się miarą jakości lekarzy. CEL Zidentyfikowanie czynników demograficznych i edukacyjnych związanych z certyfikacją przez radę członkowską ABMS absolwentów amerykańskich szkół medycznych. PROJEKT, OTOCZENIE I UCZESTNICY Retrospektywne badanie krajowej kohorty absolwentów amerykańskich szkół medycznych z lat 1997-2000, pogrupowanych według specjalizacji po ukończeniu studiów i monitorowanych do 2 marca 2009 r. W osobnych modelach regresji logistycznej z wieloma zmiennymi dla każdej kategorii Zidentyfikowano certyfikację członków zarządu ABMS. GŁÓWNY REZULTAT Certyfikacja zarządu ABMS. WYNIKI Spośród 42 440 absolwentów w próbie badawczej 37 054 (87,3%) uzyskało certyfikat zarządu. Absolwenci we wszystkich kategoriach specjalności z wynikiem zaliczonym przy pierwszej próbie w najwyższym tercylu (w porównaniu z wynikiem zaliczonym przy pierwszej próbie niezaliczonym) na amerykańskim egzaminie licencyjnym z zakresu medycyny medycznej krok 2 z wiedzy klinicznej częściej uzyskiwali certyfikat zarządu; Skorygowane ilorazy szans (AOR) różniły się w zależności od kategorii specjalizacji, z najniższymi szansami dla medycyny ratunkowej (87,4% vs 73,6%; AOR 1,82; 95% CI, 1,03-3,20) i najwyższymi szansami dla radiologii (98,1% vs 74,9%; AOR , 13,19; 95% CI, 5,55-31,32). W każdej kategorii specjalizacji, z wyjątkiem medycyny rodzinnej, absolwenci samookreślający się jako niedostatecznie reprezentowane mniejszości rasowe/etniczne (w porównaniu z białymi) mieli mniejsze prawdopodobieństwo uzyskania certyfikatu rady, wahając się od 83,5% do 95,6% w kategorii pediatrii (AOR, 0,44; 95% CI, 0,33-0,58) do 71,5% w porównaniu z 83,7% w kategorii innych nieogólnych specjalności (AOR 0,79; 95% CI 0,64-0,96). Przy każdym wzroście zadłużenia o 50 000 USD (w porównaniu z brakiem zadłużenia) absolwenci wybierający położnictwo/ginekologię rzadziej uzyskiwali certyfikat zarządu (AOR, 0,89; 95% CI, 0,83-0,96), a absolwenci wybierający medycynę rodzinną częściej uzyskiwali certyfikat zarządu certyfikowany (AOR, 1,13; 95% CI, 1,01-1,26). WNIOSEK Czynniki demograficzne i edukacyjne były związane z certyfikacją rady wśród absolwentów amerykańskich szkół medycznych w każdej badanej kategorii; wyniki różniły się w zależności od kategorii specjalności.


title: Wskaźnik masy ciała i śmiertelność u koreańskich mężczyzn i kobiet.

text: TŁO Otyłość wiąże się z różnymi zagrożeniami dla zdrowia, ale rola masy ciała jako czynnika ryzyka zgonu pozostaje kontrowersyjna. METODY Zbadaliśmy związek między masą ciała a ryzykiem zgonu w 12-letnim prospektywnym badaniu kohortowym 1213,829 Koreańczyków w wieku od 30 do 95 lat. Przebadaliśmy 82 372 zgony z jakiejkolwiek przyczyny i 48 731 zgonów z powodu określonych chorób (w tym 29 123 z powodu raka, 16 426 z powodu miażdżycowej choroby układu krążenia i 3362 z powodu chorób układu oddechowego) w odniesieniu do wskaźnika masy ciała (BMI) (masa w kilogramach podzielona przez kwadrat wysokości w metrach). WYNIKI U obu płci średni wyjściowy BMI wynosił 23,2, a wskaźnik zgonów z jakiejkolwiek przyczyny miał związek w kształcie litery J z BMI, niezależnie od historii palenia papierosów. Ryzyko zgonu z jakiejkolwiek przyczyny było najniższe wśród pacjentów z BMI od 23,0 do 24,9. We wszystkich grupach ryzyko zgonu z przyczyn oddechowych było wyższe wśród osób z niższym BMI, a ryzyko zgonu z powodu miażdżycowej choroby sercowo-naczyniowej lub raka było wyższe wśród osób z wyższym BMI. Względne ryzyko zgonu związane z BMI malało wraz z wiekiem. WNIOSKI Niedowaga, nadwaga i otyli mężczyźni i kobiety mieli wyższy wskaźnik zgonów niż mężczyźni i kobiety o normalnej wadze. Związek BMI ze zgonem różnił się w zależności od przyczyny zgonu i był modyfikowany przez wiek, płeć i historię palenia.


title: Oparte na ludzkim iPSC modelowanie choroby o późnym początku poprzez starzenie się wywołane progeryną.

text: Przeprogramowanie komórek somatycznych na indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste (iPSC) przywraca ich tożsamość z powrotem do wieku embrionalnego, a zatem stanowi istotną przeszkodę w modelowaniu zaburzeń o późnym początku. W tym badaniu opisujemy strategię indukowania cech związanych ze starzeniem się w ludzkich liniach wywodzących się z iPSC i stosujemy ją do modelowania choroby Parkinsona (PD). Nasze podejście obejmuje ekspresję progeryny, skróconej formy laminy A związanej z przedwczesnym starzeniem się. Odkryliśmy, że ekspresja progeryny w fibroblastach i neuronach pochodzących z iPSC indukuje wiele markerów i cech związanych ze starzeniem się, w tym fenotypów specyficznych dla dopaminy, takich jak akumulacja neuromelaniny. Indukowane starzenie się w neuronach dopaminowych pochodzących z PD iPSC ujawniło fenotypy chorobowe, które wymagają zarówno starzenia, jak i podatności genetycznej, takie jak wyraźna degeneracja dendrytów, postępująca utrata ekspresji hydroksylazy tyrozynowej (TH) oraz powiększone mitochondria lub wtrącenia prekursorowe ciał Lewy'ego. Dlatego nasze badanie sugeruje, że starzenie się wywołane progeryną może być wykorzystane do ujawnienia cech choroby związanej z wiekiem o późnym początku w modelach choroby opartych na hiPSC.


title: SNARE — silniki do fuzji membran

text: Od czasu odkrycia białek SNARE pod koniec lat 80., SNARE zostały uznane za kluczowe składniki kompleksów białkowych, które napędzają fuzję błon. Pomimo znacznej rozbieżności sekwencji między białkami SNARE, ich mechanizm wydaje się być zachowany i można go przystosować do reakcji fuzji tak różnych, jak te związane ze wzrostem komórek, naprawą błon, cytokinezą i transmisją synaptyczną. Pojawia się fascynujący obraz tych solidnych nanomaszyn.


title: Utrzymanie normy: homeostaza limfocytów T

text: Przetrwanie naiwnych i pamięciowych limfocytów T od dawna interesuje immunologów, ale czynniki wpływające na przeżycie i homeostazę tych podzbiorów pozostają niejasne. W ostatnich latach stało się oczywiste, że homeostaza puli komórek T zarówno naiwnych, jak i pamięci jest wysoce dynamiczna i ściśle regulowana przez bodźce wewnętrzne, w tym cytokiny i ligandy autopeptydowe-MHC dla receptora komórek T. Te mechanizmy homeostatyczne mogą mieć istotny wpływ na zdolność puli komórek T do reagowania zarówno na obce, jak i własne antygeny.


title: Rodzaj pochodzenia komórki wpływa na właściwości molekularne i funkcjonalne indukowanych u myszy pluripotencjalnych komórek macierzystych

text: Indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste (iPSC) uzyskano z różnych populacji komórek somatycznych poprzez ektopową ekspresję określonych czynników. Pozostaje niejasne, czy iPSC generowane z różnych typów komórek są podobne molekularnie i funkcjonalnie. Tutaj pokazujemy, że iPSC uzyskane z mysich fibroblastów, komórek krwiotwórczych i miogennych wykazują różne wzorce transkrypcyjne i epigenetyczne. Ponadto wykazujemy, że pochodzenie komórkowe wpływa na potencjał różnicowania iPSC in vitro do ciał embrionalnych i różnych typów komórek krwiotwórczych. Warto zauważyć, że ciągłe pasażowanie iPSC w dużej mierze łagodzi te różnice. Nasze wyniki sugerują, że iPSC we wczesnym pasażu zachowują przejściową pamięć epigenetyczną swoich somatycznych komórek pochodzenia, co objawia się różnicową ekspresją genów i zmienioną zdolnością różnicowania. Obserwacje te mogą wpłynąć na trwające próby wykorzystania iPSC do modelowania choroby i mogą być również wykorzystane w potencjalnych zastosowaniach terapeutycznych w celu zwiększenia różnicowania do pożądanych linii komórkowych.


title: Przestrzenno-czasowa kontrola mitozy przez konserwatywne białko macierzy wrzeciona Megator

text: Postawiono hipotezę, że macierz wrzeciona pośredniczy w ruchu chromosomów, ale jej istnienie i funkcjonalność pozostają kontrowersyjne. W tym raporcie pokazujemy, że Megator (Mtor), odpowiednik ludzkiego regionu promotora translokowanego białka porów jądrowych (Tpr) Drosophila melanogaster, oraz białko Mad2 punktu kontrolnego składania wrzeciona (SAC) tworzą konserwatywny kompleks, który lokalizuje się w macierz wrzecionowa w żywych komórkach. Odzyskiwanie fluorescencji po eksperymentach z fotowybielaniem potwierdza, że Mtor jest zatrzymywany wokół mikrotubul wrzeciona, gdzie wykazuje wyraźne właściwości dynamiczne. Mtor/Tpr promuje rekrutację Mad2 i Mps1, ale nie Mad1, do niezwiązanych kinetochorów (KT), pośrednicząc w normalnym czasie trwania mitozy i odpowiedzi SAC. W anafazie Mtor odgrywa rolę w wydłużaniu wrzeciona, wpływając tym samym na prawidłowy ruch chromosomów. Proponujemy, aby Mtor/Tpr pełnił funkcję regulatora przestrzennego SAC, co zapewnia skuteczną rekrutację Mad2 do niezwiązanych KT na początku mitozy i prawidłowe dojrzewanie wrzeciona, natomiast wzbogacenie Mad2 w matrycę wrzeciona pomaga ograniczyć działanie dyfuzyjnego sygnał „czekaj anafaza” w pobliżu wrzeciona.


title: Randomizowana próba suplementacji kwasu foliowego i poziomu homocysteiny w surowicy.

text: TŁO Oczekuje się, że obniżenie poziomu homocysteiny w surowicy za pomocą kwasu foliowego zmniejszy śmiertelność z powodu choroby niedokrwiennej serca. Wiadomo, że redukcja homocysteiny jest maksymalna przy dawce kwasu foliowego 1 mg/d, ale wpływ niższych dawek (w odniesieniu do wzbogacania żywności) jest niejasny. METODY Zrandomizowaliśmy 151 pacjentów z chorobą niedokrwienną serca do 1 z 5 dawek kwasu foliowego (0,2, 0,4, 0,6, 0,8 i 1,0 mg/d) lub placebo. Próbki krwi na czczo do analizy homocysteiny i kwasu foliowego w surowicy pobrano początkowo, po 3 miesiącach suplementacji i 3 miesiące po zaprzestaniu stosowania kwasu foliowego. WYNIKI Mediana poziomu homocysteiny w surowicy zmniejszała się wraz ze wzrostem dawki kwasu foliowego, do maksimum przy 0,8 mg kwasu foliowego na dobę, gdy redukcja homocysteiny (dostosowana do placebo) wynosiła 2,7 mikromola/l (23%), podobnie jak znane działanie kwasu foliowego dawki 1 mg/d i powyżej. Im wyższy początkowy poziom homocysteiny w surowicy, tym większa była reakcja na kwas foliowy, ale wystąpiły statystycznie istotne spadki niezależnie od początkowego poziomu. Poziom kwasu foliowego w surowicy wzrastał w przybliżeniu liniowo (5,5 nmol/l na każde 0,1 mg kwasu foliowego). Wahania wewnątrzosobowe w czasie w poziomach homocysteiny w surowicy, mierzone w grupie placebo, były duże w porównaniu z wpływem kwasu foliowego, co wskazuje, że monitorowanie spadku u osoby jest niepraktyczne. WNIOSKI Dawka kwasu foliowego 0,8 mg/d wydaje się być niezbędna do osiągnięcia maksymalnego obniżenia poziomu homocysteiny w surowicy w całym zakresie poziomów homocysteiny w populacji. Obecne poziomy wzbogacania żywności w USA osiągną tylko niewielką część osiągalnej redukcji homocysteiny.


title: Połączenia adherens w morfogenezie siatkówki Drosophila.

text: Połączenia adherenowe i ich podstawowe składniki molekularne, klasyczne kadheryny, mają duży wkład w morfogenezę zwierząt. Choć powszechnie uznaje się znaczenie kadheryn w rozwoju, mechanizmy regulujące funkcję połączeń przylegających podczas morfogenezy pozostają przedmiotem intensywnych badań. Połączenia przylegające biorą udział w organizacji prostych wzorców komórkowych oraz bardziej złożonych zmian kształtu komórek i ruchów komórek, które zależą od dynamicznej modulacji połączeń przylegających.


title: Różne role czynnika wzrostu śródbłonka naczyniowego (VEGF) w rozwoju, wzroście i naprawie szkieletu.

text: Streszczenie wydawcy W tym rozdziale omówiono rozwojowe role czynnika wzrostu śródbłonka naczyniowego (VEGF) w morfogenezie szkieletu, spekulowano na temat przyszłych kierunków badań w tej dziedzinie oraz opisano niektóre wyzwania w tej dziedzinie. VEGF reguluje różnicowanie, migrację i aktywność osteoklastów. VEGF jest zatem kluczowym koordynatorem całego procesu. VEGF jest niezbędny do aktywności osteoklastów zarówno na etapie tworzenia pierwotnego ośrodka kostnienia, jak i później podczas wzrostu kości. Szereg badań doprowadziło do zidentyfikowania VEGF jako krytycznego czynnika przetrwania chondrocytów. Kilka czynników odgrywających ważną rolę w regulacji tworzenia kości również indukuje ekspresję VEGF przez osteoblasty. Prostaglandyny E1 i E2, BMP-4, BMP-6, BMP-7, FGF-2, TGF-β, endotelina-1, IGF-1 i witamina D3 mogą indukować ekspresję VEGF w osteoblastach poprzez aktywację różnych szlaków sygnałowych . Złamania kości mogą goić się na dwa różne sposoby, podobnie jak dwa sposoby tworzenia kości podczas rozwoju embrionalnego. Złamania stabilizowane goją się przez kostnienie śródbłoniaste, a złamania niestabilne ulegają kostnieniu śródchrzęstnemu. Podobieństwo między rozwojem embrionalnym kości a naprawą złamanych kości, w połączeniu z odkryciem, że VEGF ulega ekspresji w miejscach złamania kości, sugeruje, że VEGF bierze udział w naprawie kości, tak jak w rozwoju kości.


title: Skuteczność pończoch o stopniowanym ucisku do ud w celu zmniejszenia ryzyka zakrzepicy żył głębokich po udarze (badanie CLOTS 1): wieloośrodkowe, randomizowane badanie z grupą kontrolną

text: TŁO Zakrzepica żył głębokich (DVT) i zatorowość płucna są powszechne po udarze. W małych badaniach pacjentów poddawanych zabiegom chirurgicznym pończochy o stopniowanym ucisku (GCS) zmniejszają ryzyko wystąpienia ZŻG. Krajowe wytyczne dotyczące udaru ekstrapolujące z tych badań zalecają ich stosowanie u pacjentów z udarem pomimo niewystarczających dowodów. Oceniliśmy skuteczność GCS na udach w redukcji ZŻG po udarze. METODY Do tego randomizowanego, randomizowanego badania klinicznego z zaślepieniem wyników badania, 2518 pacjentów, którzy zostali przyjęci do szpitala w ciągu 1 tygodnia od ostrego udaru mózgu i byli unieruchomieni, zostało włączonych do 64 ośrodków w Wielkiej Brytanii, Włoszech i Australii. Pacjenci zostali przydzieleni za pośrednictwem centralnego systemu randomizacji do rutynowej opieki plus GCS do długości ud (n=1256) lub do rutynowej opieki plus unikania GCS (n=1262). Technik, który był ślepy na przydział leczenia, wykonał ultrasonografię dopplerowską obu nóg po około 7-10 dniach, a jeśli to możliwe, ponownie po 25-30 dniach od rejestracji. Pierwszorzędowym punktem końcowym było wystąpienie objawowej lub bezobjawowej ZŻG w żyłach podkolanowych lub udowych. Analizy były z zamiarem leczenia. To badanie jest zarejestrowane pod numerem ISRCTN28163533. USTALENIA Do analiz włączono wszystkich pacjentów. Pierwszorzędowy punkt końcowy wystąpił u 126 (10,0%) pacjentów przydzielonych do GCS długości uda i u 133 (10,5%) przydzielonych do unikania GCS, co skutkuje nieistotną bezwzględną redukcją ryzyka o 0,5% (95% CI -1,9% do 2,9%). Pęknięcia skóry, owrzodzenia, pęcherze i martwica skóry były znacznie częstsze u pacjentów przydzielonych do GCS niż u tych, którzy unikali ich stosowania (64 [5%] vs 16 [1%]; iloraz szans 4,18, 95% CI 2,40-7,27 ). INTERPRETACJA Dane te nie przemawiają za stosowaniem GCS do ud u pacjentów przyjętych do szpitala z ostrym udarem mózgu. Na podstawie tych wyników może być konieczne zrewidowanie krajowych wytycznych dotyczących udaru. FINANSOWANIE Rada ds. Badań Medycznych (Wielka Brytania), Główne Biuro Naukowe Rządu Szkockiego, Chest Heart and Stroke Scotland, Tyco Healthcare (Covidien) USA oraz UK Stroke Research Network.


title: Geny wczesnej odpowiedzi Streptococcus pneumoniae na ludzkie komórki nabłonka płuc

text: TŁO Zakażenie Streptococcus pneumoniae rozpoczyna się od kolonizacji dróg oddechowych gospodarza, gdzie zachodzi interakcja z komórkami nabłonka dróg oddechowych gospodarza. Aby zbadać geny pneumokoków, które są zaangażowane we wczesny etap interakcji z komórkami nabłonka gospodarza, zbadano odpowiedzi transkrypcyjne otoczkowanego patogennego szczepu pneumokoków TIGR4 po ekspozycji na ludzkie komórki nabłonka płuc A549 przez okresy 0,5 godziny i 1 godzinę za pomocą TIGR (JCVI ) technologia mikromacierzy. Zmiany ekspresji genów zwalidowano za pomocą ilościowej analizy PCR w czasie rzeczywistym (qRT-PCR). WYNIKI Zaobserwowaliśmy różne profile transkrypcji w dwóch okresach inkubacji, w których większość ekspresji genów była obniżona po 0,5 godziny, ale podwyższona po 1 godzinie. Wiele genów związanych z biosyntezą rybonukleotydów zostało wyregulowanych w dół w obu punktach czasowych, podczas gdy geny związane z otoczką komórkową, metabolizmem energetycznym, transportem i syntezą białek były w większości podwyższone w ciągu 1 godziny. Ponadto profile te porównano z transkryptomami szczepu pochodzącego z TIGR4 w odpowiedzi na ludzkie makrofagi w tych samych okresach czasu. Znaleźliśmy jeden zestaw genów, które wykazywały podobne zmiany ekspresji po ekspozycji na oba typy komórek gospodarza, w tym bgaA związane z otoczką komórkową (SP0648) i nanA (SP1693) oraz niescharakteryzowane klastry genów, takie jak SP1677-SP1680 i SP1688-SP1690. WNIOSEK Dane te wskazują, że na wczesnym etapie interakcji z komórkami nabłonka gospodarza w bakteriach zachodzi złożona regulacja genów i zmiana ekspresji. Niektóre z nich mogą odgrywać zasadniczą rolę podczas interakcji patogen-żywiciel oraz do powstania infekcji.


title: Proteomiczna identyfikacja nowej izoformy białka pośredniczącego odpowiedzi na kolapsynę-2 w nerwach rdzeniowych obwodowych do zwojów korzeni grzbietowych.

text: Pierwotne włókna doprowadzające pochodzą z pseudojednobiegunowych komórek czuciowych w zwojach korzeni grzbietowych (DRG) i przekazują zewnętrzne bodźce odbierane w skórze do rdzenia kręgowego. Tutaj podjęliśmy podejście proteomiczne, aby odkryć polaryzację pierwotnych włókien doprowadzających. Od 5-tygodniowych szczurów Wistar wypreparowano segmenty nerwu kręgowego lędźwiowego, obwodowe i centralne względem DRG, a lizaty poddano działaniu wielkowymiarowego 2-DE przy pH 5-6. Spośród około 800 plamek białkowych wykrytych we frakcji centralnej i obwodowej, jedno z unikalnych plamek we frakcji obwodowej o MW 60 kDa i pI 5,6 zostało zidentyfikowane jako izoforma białka mediatora odpowiedzi na kolapsynę-2 (CRMP-2) przez MALDI -TOF MS i Western blot z przeciwciałami anty-CRMP-2, które rozpoznają reszty 1-17 i 486-528. Ponieważ tę nową plamkę wykryto tylko we frakcji obwodowej, ale nie we frakcji centralnej, DRG i innych obszarach mózgu, nazwano ją periCRMP-2. C-końcowy fragment CRMP-2 nie został wykryty w periCRMP-2 przez analizy MS. Ekspresja periCRMP-2 zmniejszyła się po uszkodzeniu nerwu kulszowego. Wyniki te sugerują, że periCRMP-2 jest C-końcową skróconą izoformą spolaryzowaną po obwodowej stronie nerwów rdzeniowych i może być zaangażowana w degenerację i regenerację nerwów.


title: Empiryczne oszacowania statystyczne dla wyszukiwania podobieństwa sekwencji

text: Pakiet programów do porównywania sekwencji FASTA został zmodyfikowany w celu zapewnienia dokładnych szacunków statystycznych dla lokalnych wyników podobieństwa sekwencji z przerwami. Szacunki te są uzyskiwane przy użyciu rozkładu wartości skrajnych ze średniej i wariancji wyników lokalnego podobieństwa niepowiązanych sekwencji po skorygowaniu wyników o oczekiwany wpływ długości sekwencji biblioteki. To podejście umożliwia dokładne oszacowanie wyników podobieństwa FASTA i Smitha-Watermana dla porównań białko/białko, DNA/DNA i białko/przetłumaczone DNA. Dokładność szacunków statystycznych podsumowano dla 54 rodzin białek przy użyciu wyników FASTA i Smith-Watermana. Szacunki prawdopodobieństwa obliczone na podstawie rozkładu wyników podobieństwa są generalnie konserwatywne, podobnie jak prawdopodobieństwa obliczone przy użyciu parametrów lambda, kappa i eta Altschula-Gisha. Wydajność kilku alternatywnych metod korygowania wyników podobieństwa dla długości sekwencji biblioteki oceniono przy użyciu 54 nadrodzin białek z bazy danych PIR39 i 110 rodzin białek z Prosite/SwissProt rel. 34 bazy danych. Zarówno skala regresji, jak i skala Altschul-Gish osiągają znacznie lepsze wyniki niż nieskalowane wyniki podobieństwa Smitha-Watermana lub FASTA. Gdy używany jest zestaw testowy Prosite/SwissProt, wyniki skalowane regresją są nieco lepsze; gdy używana jest baza danych PIR, najlepiej sprawdzają się wyniki skalowane Altschul-Gish. W ten sposób wyniki podobieństwa skorygowane długością zwiększają czułość przeszukiwania baz danych. Parametry statystyczne, które pochodzą z rozkładu wyników podobieństwa z tysięcy niepowiązanych sekwencji zwykle spotykanych podczas przeszukiwania bazy danych, zapewniają dokładne oszacowanie istotności statystycznej, które można wykorzystać do wywnioskowania homologii sekwencji.


title: Sygnalizacja hormonów steroidowych łączy reprodukcję z długością życia w Caenorhabditis elegans o ograniczonej diecie.

text: Ograniczenia dietetyczne (DR) zwiększają zdrowie i długowieczność wielu gatunków, w tym naczelnych, ale często towarzyszy im upośledzenie funkcji rozrodczych. Nie ustalono, czy sygnały związane z układem rozrodczym przyczyniają się lub są wymagane do wpływu DR na długość życia. Tutaj pokazujemy, że ekspresja cytochromu P450 DAF-9/CYP450 i produkcja hormonu steroidowego Δ(7)-kwasu dafachronicznego (DA) są zwiększone u C. elegans poddanych DR. Sygnalizacja DA poprzez niekanoniczny jądrowy receptor hormonu NHR-8/NHR i kinazę reagującą na składniki odżywcze let-363/mTOR ma zasadnicze znaczenie dla długowieczności zależnej od DR. Sygnalizacja steroidowa wpływa również na plastyczność linii zarodkowej w odpowiedzi na niedobór składników odżywczych, co jest wymagane do wydłużenia życia. Dane te pokazują, że sygnalizacja steroidowa łączy fizjologię linii zarodkowej z długością życia, gdy składniki odżywcze są ograniczone, i ustanawiają centralną rolę let-363/mTOR w integracji sygnałów pochodzących od składników odżywczych i hormonów steroidowych.