Stony Brook hod a Fläch vo 15,4xa0km², davo 15,0xa0km² Lond- und 0,4xa0km² Wossafläch. Da Stony Brook Harbor is a sumpfige Bucht vom Long-Island-Sund (Long Island Sound). Do liegt aa de Insl Youngs Island und da kloana städtische Strond Sand Street Beach.