package Ġorg . jetbrains . bio . genome . search Ċ Ċ import Ġorg . jetbrains . bio . genome . sequence . N ucleotide Sequence Ċ import Ġjava . util . stream . Int Stream Ċ import Ġjava . util . stream . Stream Ċ Ċ /** Ċ Ġ* ĠPattern , Ġsupporting Ġextended Ġn ucleotide Ġalphabet . Ċ Ġ* Ċ Ġ* Ġ@ see Ġorg . jetbrains . bio . genome . sequence . N ucleotide Alternative Ċ Ġ*/ Ċ object ĠPattern Ġ{ ĊĠĠĠ Ġ@ Jvm Static Ġfun Ġmatches ( sequence : ĠN ucleotide Sequence , Ġseed : ĠSeed , Ġposition : ĠInt , ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġmis matches : ĠInt ): ĠBoolean Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġlength Ġ= Ġseed . n ucleotide Altern atives . size ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġif Ġ( position Ġ< Ġ 0 Ġ|| Ġposition Ġ+ Ġlength Ġ>= Ġsequence . length ) Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġreturn Ġfalse ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġvar Ġmm Ġ= Ġ 0 ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ// ĠBefore Ġseed Ġcheck ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġif Ġ( seed . start Ġ> Ġ 0 ) Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġfor Ġ( i Ġin Ġ 0 Ġuntil Ġseed . start ) Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġif Ġ(! seed . n ucleotide Altern atives [ i ]. match ( sequence . charAt ( position Ġ+ Ġi ))) Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġif Ġ(++ mm Ġ> Ġmis matches ) Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġreturn Ġfalse ; ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ// ĠAfter Ġseed Ġcheck ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġseed End Ġ= Ġseed . start Ġ+ Ġseed . length ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġif Ġ( seed End Ġ< Ġlength ) Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġfor Ġ( i Ġin Ġseed End Ġuntil Ġlength ) Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġif Ġ(! seed . n ucleotide Altern atives [ i ]. match ( sequence . charAt ( position Ġ+ Ġi ))) Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġif Ġ(++ mm Ġ> Ġmis matches ) Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġreturn Ġfalse ; ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġreturn Ġtrue ĊĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠ Ġ/** ĊĠĠĠĠ Ġ* ĠCalculates Ġand Ġreturns Ġthe Ġseeds Ġfor Ġthe Ġgiven Ġpattern . ĊĠĠĠĠ Ġ* ĊĠĠĠĠ Ġ* ĠThe Ġseeds Ġshould Ġbe Ġnon - intersect ing Ġand Ġtheir Ġnumber Ġshould Ġbe ĊĠĠĠĠ Ġ* Ġstrictly Ġgreater Ġthan Ġthe Ġmaximum Ġmismatch Ġcount Ġallowed . ĊĠĠĠĠ Ġ*/ ĊĠĠĠ Ġ@ Jvm Static Ġfun Ġget Seed s ( text : ĠString , Ġmis matches : ĠInt ): ĠStream < Seed > Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġseed Ġ= Ġ 1 f Ġ* Ġtext . length Ġ/ Ġ( mis matches Ġ+ Ġ 1 ) ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġreturn ĠInt Stream . range ( 0 , Ġmis matches Ġ+ Ġ 1 ). map To Obj Ġ{ Ġi Ġ-> ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġseed Start Ġ= Ġ( i Ġ* Ġseed ). toInt (); ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġseed End Ġ= Ġ(( i Ġ+ Ġ 1 ) Ġ* Ġseed ). toInt (); ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠSeed ( text , Ġseed End Ġ- Ġseed Start , Ġseed Start ); ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠ Ġ} Ċ } Ċ