package Ġcom . h art w ig . h mf tools . knowledge base importer . trans var . matchers Ċ Ċ import Ġcom . h art w ig . h mf tools . knowledge base importer . knowledge bases . events . Hg vs Variant Type Ċ import Ġio . kot lint est . matchers . shouldBe Ċ import Ġio . kot lint est . specs . String Spec Ċ Ċ class ĠTrans var GD na Matcher Test Ġ: ĠString Spec () Ġ{ ĊĊĠĠĠ Ġinit Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġsubstitution s " Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 3 3 0 3 8 2 5 5 C > A ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 3 3 0 3 8 2 5 5 C > A ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 3 3 0 3 8 2 5 5 C > A ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . SUB STIT UTION ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 3 3 0 3 8 2 5 5 C > A ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . SUB STIT UTION ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġde letions " Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 1 9 del ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 1 9 del ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 1 9 del ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LE TION ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 1 9 del ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LE TION ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 1 9 _ 2 1 del ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 1 9 _ 2 1 del T GC ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 3 2 4 5 9 2 9 7 del ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġrange Ġde letions " Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 1 9 _ 2 1 del ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 1 9 _ 2 1 del ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 1 9 _ 2 1 del ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LE TION ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 1 9 _ 2 1 del ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LE TION ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 1 9 _ 2 1 del T GC ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġrange Ġde letions Ġwith Ġbases " Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 1 9 _ 2 1 del T GC ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 1 9 _ 2 1 del T GC ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 1 9 _ 2 1 del T GC ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LE TION ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 1 9 _ 2 1 del T GC ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LE TION ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġinsertion " Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 3 2 8 6 7 8 6 1 _ 3 2 8 6 7 8 6 2 ins T ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 3 2 8 6 7 8 6 1 _ 3 2 8 6 7 8 6 2 ins T ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 3 2 8 6 7 8 6 1 _ 3 2 8 6 7 8 6 2 ins T ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . INSERT ION ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 3 2 8 6 7 8 6 1 _ 3 2 8 6 7 8 6 2 ins T ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . INSERT ION ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġinsertion Ġwith Ġmultiple Ġbases "{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 3 2 8 6 2 9 2 3 _ 3 2 8 6 2 9 2 4 ins C CT ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 3 2 8 6 2 9 2 3 _ 3 2 8 6 2 9 2 4 ins C CT ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 3 2 8 6 2 9 2 3 _ 3 2 8 6 2 9 2 4 ins C CT ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . INSERT ION ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 3 2 8 6 2 9 2 3 _ 3 2 8 6 2 9 2 4 ins C CT ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . INSERT ION ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġduplication " Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 3 3 2 2 9 4 1 0 dup ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 3 3 2 2 9 4 1 0 dup ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 3 3 2 2 9 4 1 0 dup ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DUPLIC ATION ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 3 3 2 2 9 4 1 0 dup ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DUPLIC ATION ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġduplication Ġwith Ġbase " Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 5 dup T ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 5 dup T ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 5 dup T ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DUPLIC ATION ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 5 dup T ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DUPLIC ATION ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġduplication Ġwith Ġrange " Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 3 3 2 2 9 4 0 7 _ 3 3 2 2 9 4 1 0 dup ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 3 3 2 2 9 4 0 7 _ 3 3 2 2 9 4 1 0 dup ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 3 3 2 2 9 4 0 7 _ 3 3 2 2 9 4 1 0 dup ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DUPLIC ATION ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 3 3 2 2 9 4 0 7 _ 3 3 2 2 9 4 1 0 dup ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DUPLIC ATION ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġin del " Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 6 7 7 5 de lin s GA ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 6 7 7 5 de lin s GA ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 6 7 7 5 de lin s GA ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LIN S ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 6 7 7 5 de lin s GA ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LIN S ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġin del Ġwith Ġrange " Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 6 7 7 5 _ 6 7 7 7 de lin s C ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 6 7 7 5 _ 6 7 7 7 de lin s C ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 6 7 7 5 _ 6 7 7 7 de lin s C ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LIN S ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 6 7 7 5 _ 6 7 7 7 de lin s C ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LIN S ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ" matches Ġin del Ġwith Ġrange Ġand Ġmultiple Ġbases " Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" g . 9 0 0 2 _ 9 0 0 9 de lin s TTT ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . matches (" 9 0 0 2 _ 9 0 0 9 de lin s TTT ") ĠshouldBe Ġtrue ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" g . 9 0 0 2 _ 9 0 0 9 de lin s TTT ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LIN S ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTrans var GD na Matcher . type (" 9 0 0 2 _ 9 0 0 9 de lin s TTT ") ĠshouldBe ĠH g vs Variant Type . DE LIN S ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠ Ġ} Ċ } Ċ