@ file : Suppress (" UNUSED _ VARIABLE ") Ċ Ċ import Ġalgorithms .* Ċ import Ġorg . junit . jupiter . api . Assertions . assertEquals Ċ import Ġorg . junit . jupiter . api . DisplayName Ċ import Ġorg . junit . jupiter . api . Test Ċ Ċ /** Ċ Code ĠChallenge : ĠImplement ĠString Sp el led By G apped Patterns . Ċ Ċ Input : ĠIn te gers Ġk Ġand Ġd Ġfollowed Ġby Ġa Ġsequence Ġof Ċ ( k , Ġd )- mers Ġ( a 1 | b 1 ), ĠâĢ¦ Ġ, Ġ( an | bn ) Ġsuch Ġthat Ċ Suffix ( ai | bi ) Ġ= ĠPrefix ( ai + 1 | bi + 1 ) Ġfor Ġ 1 Ġâī ¤ Ġi Ġâī ¤ Ġn - 1 . Ċ Ċ Output : ĠA Ġstring ĠText Ġof Ġlength Ġk Ġ+ Ġd Ġ+ Ġk Ġ+ Ġn Ġ- Ġ 1 Ċ such Ġthat Ġthe Ġi - th Ġ( k , Ġd )- mer Ġin ĠText Ġis Ġequal Ġto Ġ( ai | bi ) Ċ for Ġ 1 Ġâī ¤ Ġi Ġâī ¤ Ġn Ġ( if Ġsuch Ġa Ġstring Ġexists ). ĊĊ Ġ* ĠSee Ġalso : Ċ Ġ* Ġstep ik : Ġhttps :// step ik . org / lesson / 2 4 0 2 6 2 / step / 1 6 ? unit = 2 1 2 6 0 8 Ċ Ġ* Ġro sal ind : Ġhttp :// ros al ind . info / problems / ba 7 a / Ċ Ġ*/ Ċ internal Ġclass ĠS 0 3 c 0 9 p 1 6 Read Pairs String Sp el led By G apped Patterns Test Ġ{ Ċ Ċ // ĠĠĠ Ġprivate Ġval Ġproblems . ep Ġ= ĠE uler ian Path Strings () ĊĊĠĠĠ Ġ@ Test ĊĠĠĠ Ġ@ DisplayName (" test Ġreconstruct ing Ġa Ġstring Ġ 0 4 ") ĊĠĠĠ Ġfun Ġtest Re construct ing A String 0 4 () Ġ{ ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġk Ġ= Ġ 4 ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġd Ġ= Ġ 2 ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġpairs String Ġ= Ġ""" ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠAC AC | CT CT ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠAC AT | CT CA ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠC AC A | T CT C ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠG AC A | T CT C ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ""" . trim Indent () ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġparsed List Ġ= ĠlistOf ( ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠRead Pair (" AC AC ", Ġ" CT CT "), ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠRead Pair (" AC AT ", Ġ" CT CA "), ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠRead Pair (" CAC A ", Ġ" T CT C "), ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠRead Pair (" G AC A ", Ġ" T CT C ") ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ) ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġparsed K mer List Ġ= Ġparse G apped Patterns ( pairs String ) ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals ( parsed List , Ġparsed K mer List ) ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval ĠdB Graph Ġ= Ġde Br ui jn Graph From Pa ired Graph ( parsed K mer List ) ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġep Ġ= ĠE uler ian Path Over Read Pairs () ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġep . set Graph ( dB Graph ) ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġpath String Ġ= Ġep . solve Euler ian Path () ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġresult Ġ= Ġre assemble String From Pairs ( k - 1 , Ġd + 1 , Ġpath String ) ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġexpected Result Ġ= Ġ" G AC AC AT CT CT CA " ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals ( expected Result , Ġresult ) ĊĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠ Ġ@ Test ĊĠĠĠ Ġ@ DisplayName (" test Ġreconstruct ing Ġa Ġstring Ġ 0 5 ") ĊĠĠĠ Ġfun Ġtest Re construct ing A String 0 5 () Ġ{ ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġk Ġ= Ġ 3 ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġd Ġ= Ġ 2 ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġpairs String Ġ= Ġ""" ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠG GG | GG G ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠA GG | GG G ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠG GG | GG T ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠG GG | GG G ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠG GG | GG G ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ""" . trim Indent () ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġparsed List Ġ= ĠlistOf ( ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠRead Pair (" GG G ", Ġ" GG G "), ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠRead Pair (" AGG ", Ġ" GG G "), ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠRead Pair (" GG G ", Ġ" GG T "), ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠRead Pair (" GG G ", Ġ" GG G "), ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠRead Pair (" GG G ", Ġ" GG G ") ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ) ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġparsed K mer List Ġ= Ġparse G apped Patterns ( pairs String ) ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals ( parsed List , Ġparsed K mer List ) ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval ĠdB Graph Ġ= Ġde Br ui jn Graph From Pa ired Graph ( parsed K mer List ) ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġep Ġ= ĠE uler ian Path Over Read Pairs () ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġep . set Graph ( dB Graph ) ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġpath String Ġ= Ġep . solve Euler ian Path () ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġresult Ġ= Ġre assemble String From Pairs ( k - 1 , Ġd + 1 , Ġpath String ) ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġval Ġexpected Result Ġ= Ġ" AG GG GG GG GG GT " ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals ( expected Result , Ġresult ) ĊĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ// ĠH MM Ġfirst Ġpass ĠI Ġdon 't Ġget Ġthis . ĠĠ ĠBut ĠWAIT , Ġthe ĠOR IGIN AL Ġis Ġa Ġ 3 - k mer ! Ġ ĠNot Ġa Ġ 2 - K mer Ċ // ĠĠĠĠĠĠĠĠ 0 Ġ ĠA Ġ ĠG ĠĠĠĠĠĠĠ ĠG Ġ ĠG Ċ // ĠĠĠĠĠĠĠĠ 1 ĠĠĠĠ ĠG Ġ ĠG ĠĠĠĠĠĠĠ ĠG Ġ ĠG Ċ // ĠĠĠĠĠĠĠĠ 2 ĠĠĠĠĠĠĠ ĠG Ġ ĠG ĠĠĠĠĠĠĠ ĠG Ġ ĠG Ċ // ĠĠĠĠĠĠĠĠ 3 ĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠG Ġ ĠG ĠĠĠĠĠĠĠ ĠG Ġ ĠG Ċ // ĠĠĠĠĠĠĠĠ 4 ĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠG Ġ ĠG ĠĠĠĠĠĠĠ ĠG Ġ ĠG Ċ // ĠĠĠĠĠĠĠĠ 5 ĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠG Ġ ĠG ĠĠĠĠĠĠĠ ĠG Ġ ĠT Ċ // ĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ 1 ĠĠ 2 ĠĠ 3 ĠĠ 4 ĠĠ 5 ĠĠ 6 ĠĠ 7 ĠĠ 8 ĠĠ 9 Ġ 1 0 Ġ 1 1 Ċ Ċ // Ġadjust ing Ġthe Ġgap Ġto Ġbe Ġone Ġhigher Ġdid Ġthe Ġtrick ! ĊĊĠĠĠ Ġ} Ċ }