package Ġorg . jetbrains . bio . query Ċ Ċ import Ġorg . junit . Assert . assertNot Same Ċ import Ġorg . junit . Test Ċ import Ġkotlin . test . assertEquals Ċ Ċ class ĠL ocus Query Test Ġ{ ĊĠĠĠ Ġ@ Test Ġfun Ġtest Equals () Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals ( Transcript Query (), ĠTran script Query ()) ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals ( T ss Query (), ĠT ss Query (- 2 0 0 0 , Ġ 2 0 0 0 )) ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġassert Not Same ( T ss Query (), ĠT ss Query (- 2 0 0 0 , Ġ 2 0 0 1 )) ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals ( Tes Query (), ĠTes Query (- 2 0 0 0 , Ġ 2 0 0 0 )) ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġassert Not Same ( Tes Query (), ĠTes Query (- 2 0 0 0 , Ġ 2 0 0 1 )) ĊĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠ Ġ@ Test Ġfun Ġtest Parse Loc i () Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġfor Ġ( loc us Ġin ĠarrayOf ( ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠT ss Query (- 5 0 0 0 , Ġ- 2 5 0 0 ), Ġ// Ġ[ 1 ] ĠDist al Ġen h ancer ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠT ss Query (), Ġ// Ġ[ 3 , Ġ 4 , Ġ 7 ] ĠDefault ĠÂ ± 2 k bp ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠU TR 5 Query (), Ġ// Ġ[ 4 ] ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠU TR 3 Query (), Ġ// Ġ[ 4 ] ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠC DS Query (), Ġ// Ġ[ 4 ] ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠIntr ons Query (), Ġ// Ġ[ 4 ] ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠEx ons Query (), Ġ// Ġ[ 4 ] ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTran script Query (), Ġ// ĠImport ant Ġfor ĠH 3 K 3 6 me 3 ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTes Query (), Ġ// ĠDefault ĠÂ ± 2 k bp ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠTes Query ( 2 5 0 0 , Ġ 5 0 0 0 ) Ġ// ĠDist al ĠT ES ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ)) Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals ( loc us . id , ĠtoString ( loc us . id )) ĊĠĠĠĠĠĠĠ Ġ} ĊĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠ Ġ@ Test Ġfun Ġtest Parse T ss Width () Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals (" t ss [- 5 0 0 .. 5 0 0 ]", ĠtoString (" t ss 5 0 0 ")) ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals (" tes [- 5 0 0 .. 5 0 0 ]", ĠtoString (" tes 5 0 0 ")) ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals (" t ss [- 5 0 0 .. 5 0 0 ]", ĠtoString (" t ss [ 5 0 0 ] ")) ĊĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠ Ġ@ Test Ġfun Ġtest Parse T ss With Bound aries () Ġ{ ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals (" t ss [- 5 0 0 .. 5 0 0 ]", ĠtoString (" t ss [- 5 0 0 .. 5 0 0 ] ")) ĊĠĠĠĠĠĠĠ ĠassertEquals (" tes [- 5 0 0 .. 5 0 0 ]", ĠtoString (" tes [- 5 0 0 .. 5 0 0 ] ")) ĊĠĠĠ Ġ} ĊĊĠĠĠ Ġprivate Ġfun ĠtoString ( loc us : ĠString ) Ġ= ĠTran script Loc us Query . parse ( loc us ) !!. id Ċ }