میکروارگانیسم‌های بیماریزا یا مضر کدامند؟
میکروبیوم‌ها
۲-فلور موقت یا گذرا: شامل میکروارگانیسمهای بیماری‌زا یا آنهایی که بالقوه بیماری‌زا هستند می‌شود که به مدت زمان کوتاهی در پوست یا مخاط جایگزین می‌شود. منشأ اینها از محیط بوده و در صورت آسیب دیدگی قادر به بازسازی کامل خود نمی‌باشند. نکته مهم اینجاست که فلور موقت در صورت وجود فلور ساکن نمی‌تواند بیماری‌زا باشد اما در حالت وجود زیادتر و رشد بیش از حد فلور ساکن بیماری ایجاد می‌گردد.
پروبیوتیک
روده بزرگ حاوی باکتری‌های مضر نیز است، اما میزان باکتری‌های مفید بایستی حداقل ۸۵ درصد کل میکروارگانیسم‌های روده را تشکیل بدهند، تا سلامت میزبان تضمین شود. پلستیسفر
بر روی پلاستیک‌هایی که به زیست‌گاه‌های دریایی راه یافته‌اند گونه‌های گوناگونی از میکرواُرگانیزم‌ها را می‌توان دید. حتی در برخی از پژوهش‌ها، بیش از ۱۰۰۰ گونه از باکتری‌ها و جلبک‌ها را بر قطعات بسیار ریز پلاستیکی یافته‌اند. از این میکرواُرگانیزم‌ها می‌توان به سردهٔ ویبریو اشاره کرد که باکتری ایجادکنندهٔ بیماری وبا و بسیاری دیگر از باکتری‌های مسبب بیماری‌های دستگاه روده‌ای از این سرده هستند. پلاستیک‌ها محملی برای اُرگانیزم‌ها پدید می‌آورند که از مواد زیستی دیگر پایدارترند. گمان می‌رود که برخی از این ارگانیزم‌ها یاد گرفته‌اند تا به زیست‌فروسایی مواد پلاستیکی و تبدیل آنها به مواد شیمیایی خطرناک سرعت بخشند. باکتری بیماری‌زا
غیر پاتوژنز (غیر بیماری‌زا): میکروارگانیسمی است که بیماری ایجاد نکند که این میکروارگانیسم می‌تواند بخشی از فلور طبیعی باشد. طبیعت
این اشکال حیات در تمام مناطق زمین که در آن‌ها آب وجود دارد از جمله داخل سخره‌های سیاره، یافت می‌شوند. تولید مثل آن‌ها سریع و فراوان است. ترکیب میزان جهش فراوان و یک توانایی انتقال افقی ژن آن‌ها را به موجوداتی کاملاً وفق‌پذیر تبدیل کرده‌است که قادرند در محیط‌های تازه از جمله فضای بیرونی به حیات خود ادامه دهند. آن‌ها بخش مهمی از اکوسیستم جهانی را شکل می‌دهند. اما، برخی میکروارگانیسم‌ها بیمارگر هستند و می‌توانند سلامت سایر ارگانیسم‌ها را تهدید کنند. لیستریا مونوسیتوژنز
باکتری لیستریا مونوسیتوژنز گونه‌ای از باکتری‌های بیماری‌زاست که موجب عفونت لیستریوسیس می‌گردد. این باکتری بی‌هوازی اختیاری است و قادر به زنده ماندن در حضور و نبودن اکسیژن است و به عنوان عامل ایجاد کننده ی طیف وسیعی از بیماری ها در انسان و حیوانات می باشد. تظاهرات لیستریوزیس شامل سپتیسمی، مننگوانسفالیت ( التهاب مغز و پرده‌های مغزی)، زایمان زودرس و سقط جنین در انسان ها، به ویژه در افرادی از جمله زنان باردار، افراد دارای نقص سیستم ایمنی، جنین، نوزادان و افراد مسن می باشد. این باکتری می‌تواند درون سلول‌های میزبان رشد کرده و تولیدمثل کند و یکی از بدترین عوامل بیماریزای ناشی از عفونت مواد غذایی است. ۲۰ تا ۳۰ درصد از عفونت غذایی ناشی از لیستریوسیس در افرادی که در معرض خطر بالایی قرار دارند کشنده است. این باکتری توانایی زنده ماندن در یخچال و دمای ۴ درجه سانتی گراد و PH کم و نمک بالا را دارد. جنگ بیولوژیک
جنگ زیستی، بیولوژیک یا میکروبی (به انگلیسی: Biological warfare) به مفهوم استفادهٔ هدف‌مند از عوامل بیولوژیک، اعم از باکتری‌ها، ویروس‌ها، تک‌یاخته‌ها، قارچ‌ها، حشرات و انگل‌ها یا فراورده‌های آن‌ها مانند توکسین‌ها به منظور کشتن یا ناتوان کردن انسان‌ها، جانوران یا گیاهان است. تا کنون حدود ۱۲۰۰ عامل زیستی که بالقوه می‌توانند به عنوان جنگ‌افزار زیستی استفاده شوند مورد مطالعه قرار گرفته‌اند. بسیاری از آن‌ها در محیط زیست طبیعی که آب، خاک و جانوران حضور دارند به فراوانی یافت می‌شوند. دامنه عوارض این عوامل از آلرژی‌های خفیف تا مرگ را فرا می‌گیرد. دستکاری ژنتیکی می‌تواند میزان کشندگی یا ناتوان‌سازی این عوامل را بیشتر و درمان آن‌ها را سخت‌تر و پیشگیری از آن‌ها را غیرممکن سازد. خرد هوازی
خرد هوازی میکروب‌هایی هستند که برای رشد و نمو به اکسیژن کمی نیاز دارند (برای مثال ۲ تا ۱۰٪ اکسیژن موجود در جو) و غلظت عادی اکسیژن موجود در جو (۲۱٪) برای آنها بیش از اندازه و مرگبار است. (برای رشد میکروب‌هایی چون کامپیلوباکتر لازم است میزان کربن دی‌اکسید موجود در جو نیز برابر با ۱۰٪ کل تنظیم شود.) خردهوازی‌ها یکی از دسته‌های اندامگان هوازی می‌باشند. میکروب‌هایی چون هلیکوباکتر پیلوری و کامپیلوباکتر نمونه‌هایی از میکروب‌های خرد هوازی می‌باشند. جنگ بیولوژیک
در بعضی از عوامل بیماری‌زا انتشار شخص به شخص نیز مهم است. این بیماری‌ها شامل آبله و طاعون ریوی می‌شود و در صورتی که واسطه انتقال باکتری یا ویروس در محیط حضور داشته باشد (پشه یا مگس) چرخه انتقال آن شروع خواهد شد. جنگ بیولوژیک
بسیاری از عوامل باکتریایی، قارچی، ویروسها، عوامل ریکتزیایی و سموم وجود دارند که در مقالات متعددی به عنوان عوامل بیولوژیک بالقوه برای جنگ عنوان شده‌اند. مواردی که زیاد نام برده شده‌اند شامل باسیلوس آنتراسیس (عامل سیاه زخم)، سم بوتولیسم، یرسینیا پستیس (عامل طاعون)، ریسین، انترو توکسین بی استافیلو کوکی و ویروس انسفالیت ونزوئلایی می‌شوند. با این که این عوامل مشخصات کاملاً متفاوتی با هم دارند ولی در تمام عواملی که به عنوان سلاح به کار می‌روند خاصیتهای عمومی و مشابهی وجود دارد. یکی از مهم‌ترین مشخصه‌های عمومی برای این عوامل، توانایی آن‌ها برای تبدیل به ذرات آئروسل با ذراتی در اندازه یک تا پنج میکرومتر (میکرون) است تا بتوانند ساعت‌ها در هوای معمولی شناور باقی بمانند و در صورت تنفس بتوانند به آلوئولهای انتهایی در شُش‌های شخص قربانی برسند و جذب شوند. ذرات بزرگتر از ۵ میکرون در راه‌های هوایی فوقانی شخص فیلتر می‌شوند. این آئروسل‌ها را می‌توان به دو صورت وارد محیط کرد: وضعیت آب و هوای منطقه هدف در کاربرد عوامل بیولوژیک به صورت آئروسل خیلی مهم است زیرا در صورت وجود باد با سرعت بالا ابر آئروسل ایجاد شده به راحتی از بین می‌رود. همچنین جهت وزش باد نیز هنگام عملیات مهم است. پدیده معکوس شدن لایه‌های هوا یا باد با سرعت ۹ تا ۱۸ کیلومتر در ساعت، حالت‌هایی هستند که معمولاً در ساعات شب یا صبح زود وجود دارند و حالت ایده‌آلی برای استفاده از آئروسل‌ها فرض می‌شوند. اختلال متابولیک
میکروب‌های مفید روده که به‌طور طبیعی در روده‌های انسان زندگی می‌کنند، نقش مهمی در متابولیسم طبیعی بدن ایفا می‌کنند و در مجموع اثرات مثبتی برای میزبان خود دارند. اما یک جمعیت غیرطبیعی از میکروب‌ها ممکن است در اختلالات متابولیک مرتبط با «چاقی» نقش داشته باشند. مدیریت آب
کشورهای در حال توسعه جهان، کمترین میزان تصفیه فاضلاب را دارند. اغلب، آبی که کشاورزان برای آبیاری محصولات استفاده می‌کنند با پاتوژن‌های ناشی از آلوده شده‌است. پاتوژن‌هایی که بیشترین نگرانی را ایجاد می‌کنند، باکتری‌ها، ویروس‌ها و هستند که به‌طور مستقیم سلامت کشاورزان و به‌طور غیر مستقیم سلامت مصرف‌کنندگانی که محصولات آلوده را می‌خورند، تحت تأثیر قرار می‌دهد. اسهال از بیماری‌های شایع می‌باشد که سالانه ۱/۱ میلیون نفر را می‌کشد و دومین علت اصلی می‌باشد. بسیاری از موارد شیوع وبا نیز به علت مصرف مجدد فاضلابی است که به شکل ناکافی تصفیه شده‌اند؛ بنابراین، اقداماتی که در جهت کاهش یا حذف آلودگی انجام می‌شوند، این ظرفیت را دارند که زندگی افراد زیادی را نجات داده و کیفیت زندگی را بهبود بخشند. دانشمندان در تلاش هستند تا روش‌هایی برای کاهش آلودگی غذا با استفاده از روشی که رویکرد چند مانعی (Multi-barrier) نامیده می‌شود، بیابند. انگل
انگل‌ها از نظر بزرگی به دو دستهٔ ریزانگل و درشت‌انگل تقسیم می‌شوند. حدود ۷۰٪ انگل‌ها ریزانگل و جزو میکروارگانیسم‌ها هستند، مانند انگل بیماری مالاریا، در حالی که سایرین درشت‌انگل هستند. طول برخی از درشت‌انگل‌ها به بیش از ۳۰ متر می‌رسد. سوخت‌وساز
سیستم متابولیسم یک ارگانیسم تعیین می‌کند که کدام ماده سم و کدام ماده برای تغذیه (ماده مغذی) است. به عنوان مثال، بعضی پروکاریوت‌ها از سولفید هیدروژن به عنوان ماده مغذی استفاده می‌کنند، در حالیکه این گاز برای حیوانات سمی است. سرعت متابولیسم، میزان سوخت‌وساز پایه (BMR)، بر مقدار مواد غذایی لازم برای ارگانیسم و همچنین توانایی آن در به‌دست‌آوردن غذا تأثیر دارد. بیماری‌های گیاهی
این قارچ چندین نوع آلکالوئید کشنده و غیر کنشده درست می‌کند. یکی از آلکالوئیدها که کشنده نیست ماده روان‌گردان ال‌اس‌دی است که بر روی مغز و دستگاه گردش خون تأثیر می‌گذارد. برخی از قارچ‌های بیماری‌زای گیاهی مانند افشانکچه، پنی‌سیلیوم، فیوزاریم و... تولید زهرابه‌های کشنده‌ای مانند افلاتوکسین، ، ، زآرالنون می‌کنند. چرخه گلی‌اگزالات
نبود چرخه در یاخته‌های پستانداران، برتری‌های احتمالی دارد. این چرخه در میکروارگانیسم‌هایی که باعث بیماری می‌شوند وجود دارد اما در پستانداران، برای نمونه در انسان وجود ندارد. برای ساخت آنتی‌بیوتیک‌ها یک دلیل محکم وجود دارد و آن این است که آن‌ها چرخه گلی‌اگزالات را مختل می‌کنند تا میکروارگانیسم‌های بیماری‌زا را که برای زنده ماندن به این چرخه نیاز دارند را نابود کنند. اما به دلیل نبود چرخه گلی‌اگزالات و آنزیم‌های آن، به انسان آسیبی وارد نمی‌کنند. بیماری گوشت‌خوار
به‌طور معمول عفونت از طریق شکستی در پوست مانند یک برش یا سوختگی وارد بدن می‌شود. عوامل خطر عبارتند از ضعف عملکرد سیستم ایمنی بدن مانند دیابت، سرطان، چاقی، اعتیاد به الکل، ااستفاده از مواد مخدر ملزم به تزریق داخل وریدی و بیماری عروق محیطی است. این بیماری به‌طور معمول بین مردم پخش نمی‌شود. این بیماری به چهار طبقه‌بندی تقسیم می‌شود که بسته به ارگانیسم عفونت‌کننده است. بین ۵۵٪ تا ۸۰٪ موارد شامل بیش از یک نوع باکتریاست. مقاوم به متی سیلین "استافیلوکوکوس اورئوس" (MRSA) است که درگیر در یک سوم از موارد. تصویربرداری پزشکی برای تأیید تشخیص مفید است. مواد مغذی
مواد مغذی غیرضروری موادی در غذاها هستند که هنوز هم می‌توانند تأثیر قابل توجهی بر سلامت داشته‌باشند، چه سودمند و چه سمی و زیان‌آور. به عنوان مثال، بسیاری از فیبرهای غذایی در رژیم غذایی به وسیلهٔ دستگاه گوارش انسان جذب نمی‌شوند، ولی در نگهداری از بخش عمده‌ای از دستگاه گوارش جانوران و جلوگیری از یبوست تأثیر قابل توجهی دارند. باکتری بیماری‌زا
باکتری‌های بیماری‌زا از طرق مختلفی مثل فاکتورهای تسهیل‌کننده اتصال پایداری تهاجم و توکسین زایی بیماری ایجاد می‌کنند. آفت‌کش
آفت‌کش‌ها () موادی به صورت مایع، جامد یا گاز هستند که به منظور نابودی آفت‌ها به کار می‌روند. بعضی از این آفتها که مورد علاقه انسان‌ها نیستند، حشرات، علفهای هرز و میکروب‌هایی هستند که گیاهان را از بین می‌برند. بسیاری از آفت کش‌ها، سمی هستند و علاوه بر اینکه آفت‌ها را از بین می‌برند به انسان‌ها و حیوانات نیز صدمه می‌زنند.در واقع هر ماده یا مخلوطی از مواد که به منظور پیشگیری ،انهدام یا کنترل هر آفتی که شامل ناقلین عوامل بیماری زا به انسان و حیوانات و گیاهان میباشد را آفت کش گویند. درمان زیست - پزشکی
این الگو معتقد است که اختلالات بیماری بدن است.کسانی که از این الگو طرفداری می‌کنند معمولاً با اختلالات به صورت یک بیماری برخورد می‌کنند.آنها نشانه‌های گوناگون ولی همایند را با هم در یک نشانگان منسجم گروه بندی می‌کنند.بعد آنها سبب شناسی یا علت آن نشانگان را با بررسی چهار علت احتمالی جستجو می‌کنند:1-میکرب ها،2-ژنها،3-زیست شیمی فرد بیمار،و 4-کالبد شکافی اعصاب.وقتی که به سبب‌شناسی پی برده می‌شود چند درمان زیستی معمولاً دارو ،که به علت حمله پی می برند جستجو خواهند شد تا از این راه اختلالات را برطرف کنند زیست‌پالایی
فلزات سنگین موجود در زیست توده برداشت شده، می‌توانند سوزانده شده یا حتی برای استفاده‌های صنعتی بازیافت شوند. برخی از آثار هنری آسیب دیده در موزه‌ها حاوی میکروب‌هایی هستند که این میکروب‌ها می‌توانند به عنوان عوامل زیستی پالایشی شناخته شوند. در مقابل این وضعیت، آلاینده‌های دیگر، مانند هیدرو کربن‌های آروماتیک (حلقوی) که معمولاً در مواد نفتی هستند، اهداف نسبتاً ساده ای برای تجزیهٔ میکروبی محسوب می‌گردند. حتی برخی خاک‌ها تا حدودی ظرفیت خود پالایی دارند، که این به دلیل حضور جوامع میکروبی بومی است که قادرند این ترکیبات را تجزیه کنند. بیگانه‌خوار
بیگانه‌خوارها می‌توانند با تغییر شکل در غشاء سلولی خود پای کاذب ایجاد کنند، و به این ترتیب دور سلول‌های بیگانه را احاطه کرده و آن‌ها را در واکوئل سیتوپلاسم خود محبوس کنند. آنگاه، لیزوزوم‌های آن آنزیم‌های لازم برای هضم سلول بیگانه را ترشح کرده و آن را از بین می‌برند. بیگانه‌خوارها عبارت اند از درشت‌خوارها، مونوسیت‌ها، نوتروفیل‌ها و ماستوسیت‌ها. بلع و هضم میکروارگانیسم‌ها توسط دو گروه اصلی از سلولها تحت عنوان میکروفاژها و ماکروفاژها (Microphage & Macrophage) انجام می‌گیرد. میکروفاژها نوتروفیلهای چند هسته‌ای هستند که قابل تقسیم شدن نبوده و دارای عمر کوتاهی هستند. این سلولها دارای گرانولهایی هستند که حاوی تعداد زیادی از فاکتورهای Bacteriocidal (کشنده باکتری) و ذخیره گلیکوژن می‌باشند. گلیکوژن تحت شرایط بی هوازی در مسیر گلیکولیز به مصرف می‌رسد و انرژی لازم جهت فعالیت بیگانه خواری را فراهم می‌کند. ماکروفاژها از منوسیتهای مغز استخوان حاصل می‌شوند و تحت عنوان سیستم رتیکولواندوتلیال در بافتهای مختلف جایگزین می‌گردند. برخلاف سلولهای پلی مورف، ماکروفاژها، دارای عمر طولانی هستند و دفاع اصلی را در برابر باکتریهای چرک زا(pyogenic) بعهده دارند. باکتری بیماری‌زا
واکنش زنجیره ای پلیمراز(PcR): به منظور تکثیر توالی‌های خاصی از اسید نوکلئیک میکروارگانیسم از مایعات یا بافت‌های بدن میزبان به کار می‌رود. این روش جهت تعیین عامل مسبب بیماری‌ها کاربرد دارد. زندگی دریایی
ریزاندامگان (میکروارگانیسم‌ها یا میکروب‌ها) در حدود ۷۰ درصد از زیست‌توده دریایی را تشکیل می‌دهند. میکروب یک جانداران میکروسکوپی است که به خاطر جثه ریزش قابل رویت با چشم غیر مسلح نیست. یک میکروب می‌تواند تک‌یاخته‌ای باشد یا چندیاخته‌ای. میکروبیوتا
میکروبیوتا ، «جوامع بوم‌شناختی از میکروارگانیسم‌های همسفره، هم‌زیست و بیماری‌زا اند.» درون و روی تمام جانداران چندسلولی که تا به امروز مطالعه گردیده‌اند، یافت شده. میکروبیوتا، شامل باکتری‌ها، آرکی‌ها، آغازیان، قارچ‌ها و ویروس‌ها (البته در مورد تعریف ویروس به عنوان موجود زنده اختلاف نظر وجود دارد) می‌گردد. میکروبیوتا را از نظر ایمنی‌شناختی، هورمونی و هم‌ایستایی متابولیکی، برای میزبانشان مهم تلقی کرده‌اند. اصطلاح "میکروبیوم"، یا گردایه‌ای از ژنوم‌های میکروارگانیسمی را که در یک کنام محیطی ساکنند را توصیف می‌کنند، یا خود میکروارگانیسم‌ها را. افعی شاخدار ایرانی
مقاومت باکتری‌های بیماری‌زا به آنتی‌بیوتیک‌ها یکی از مشکلات مهم بهداشت عمومی در جهان است. با کشف و مصرف آنتی‌بیوتیک‌های جدید، برخی از باکتری‌های بیماری‌زا به تدریج نسبت به آن‌ها مقاوم می‌شوند. شناسایی مولکول‌های موثر در درمان بیماری‌ها از منایع مختلف زیستی مانند گیاهان و جانوران سمی مثل مارها مورد توجه قرار گرفته است. میکروب
به‌طور کلی می‌توان میکروب‌های بیماری‌زا را در ۷ گروه دسته‌بندی کرد: میکروب
میکروارگانیسم‌های خنثی، بزرگ‌ترین گروه را تشکیل می‌دهند. آن‌ها در محیط، به گروهی که حاکم و چیره‌است می‌پیوندند؛ بنابراین هنگامی که در محیطی میکروارگانیسم‌های سازنده و احیاکننده بیشتر می‌شوند خنثی‌ها به روند سازندگی می‌پیوندند. همزیستی قارچ‌ریشه
یک سیستم کشاورزی پایدار، زمانی مبتنی بر علم زیست‌شناسی است که مؤلفه‌های تولیدی و حمایتی آن یعنی گیاه و خاک، در توازن باشند. این توازن به توانایی خاک و گیاه در حمایت هماهنگ از میکروارگانیسم‌های بومی سالم و متنوع در محیط تعاملی گیاه و خاک یعنی ریزوسفر بستگی دارد. میکروارگانیسم‌های خاک باعث تسهیل و تقویت جریان مواد مغذی از سمت بافت بی‌حرکت خاک به سمت گیاه می‌شوند. گیاه برای مؤلفه‌های زنده خاک، انرژی تأمین می‌کند و در عوض این مؤلفه‌ها برای شکل‌گیری ساخت‌های فیزیکی و توازن‌های شیمایی در بافت خاک، حیاتی هستند و در نتیجه رشد ریشه‌ها را تقویت می‌کنند. در میان انواع فراوان ارگانیسم‌های خاک، یکی از آنها به دلیل توانایی آن در تشکیل پیوند بین گیاه و خاک، بسیار برجسته است: قارچ مایکوریزایی. این قارچ‌ها به سلول‌های گیاه میزبان خود و همچنین بافت خاک میزبان نفوذ می‌کنند و آن را تحت سیطره خود می‌گیرند و یک سیستم انتقال دوراهه زیستی برای جریان یافتن مواد مغذی معدنی از خاک به گیاه و ترکیبات کربنی از گیاه به خاک تشکیل می‌دهند. در این فرایند، آنها رشد و سلامت گیاه، تکثیر ارگانیسم‌های خاک و تشکیل ساخت مناسب خاک بدون کمک مواد شیمیایی را بهبود می‌بخشند؛ لذا این قارچ‌ها برای کشاورزی پایدار و مبتنی بر زیست‌شناسی، کلیدی محسوب می‌شوند. گیرنده مینکل
لیگاندهای متفاوتی از طریق این گیرنده پیام‌رسانی می‌کنند که از آن میان می‌توان به پروتئین‌ها، استرول‌ها، گلیکولیپیدهای آسیب‌دیدهٔ خودی یا میکروبی (مثلاً لاکتوباسیلوس پلانتاروم، استرپتوکوک نومونیا، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس و برخی انواع مالاسزیا) اشاره کرد. مایکوباکتریوم
آن‌ها در همه جا از آب (اب آشامیدنی) گرفته تا منابع غذایی گسترده‌اند. برخی از آن‌ها مانند مایکوباکتریوم توبرکلوزیس (عامل سل) و مایکوباکتریوم لپره (عامل جذام)، انگل‌های اجباری هستند و به‌طور آزادزی یافت نمی‌شوند. سطح ایمنی زیستی
سطح ایمنی زیستی یا سطح بیماری‌زا/محافظت (سطح پاتوژن/حفاظت)، مجموعه‌ای از احتیاط‌ها و مراقبت‌های لازم برای کنترل، مهار، ایزوله کردن و محصور نگه‌داشتن عوامل زیستی خطرناک (مانند جنگ‌افزار میکروبی و میکروب‌های بیماری‌زا) در محوطه و فضای بسته و محدودشدهٔ آزمایشگاه و جلوگیری از نشت و خروج آن‌ها از محیط کنترل‌شدهٔ آزمایشگاه است. سطح تمهیدات و تدابیر برای کنترل و مهار از پایین‌ترین سطح ایمنی زیستی که سطح ۱ ایمنی زیستی است تا بالاترین سطح از اقدامات لازم برای مهار و کنترل بالاترین حد خطر و آلودگی زیستی، سطح ایمنی زیستی ۴، متغیر است. در ایالات متحده آمریکا، مرکز کنترل و پیشگیری بیماری‌ها سطوح ایمنی زیستی را تعیین و تعریف کرده است. در کانادا، سطوح چهارگانهٔ ایمنی زیستی با نام سطح‌های مهار (Containment Levels) شناخته می‌شوند. میکروب
میکروارگانیسم‌های سازنده و (ریزاندامگان کارآ) همان‌طور که از نام‌شان پیداست کار سازندگی و احیا را بر عهده دارند. سلول گیاهی
میکروبادی‌ها اجسام کروی شکل و بخش‌هایی اند که به وسیله یک غشا به هم وصل می‌شوند و در مسیر متابولیکی خاصی نقش ایفا می‌کند. یک نوع آن پراکسی‌زومها هستند که اندامکهای کروی شکل خاصی هستند که در واکنش‌های اکسایش تخصص یافته‌اند. کاتالاز، یک آنزیم اکسیدکننده است. پراکسی‌زوم‌ها در فتوسنتز و تنفس نوری نیز دخالت دارند. نوع دیگر اجسام ریز، گلی اکسیزوم می‌باشد که در دانه‌های ذخیره‌کننده روغن وجود دارد. گلی اکسیزوم‌ها دارای آنزیم‌های چرخه گلی اگزالات هستند که در تبدیل اسید چرب ذخیره‌ای به قندها کمک می‌کنند و این قند می‌تواند برای تأمین انرژی جهت رشد در سراسر گیاه جوان جابجا شود. پیزوالکتریکی
نانو حسگرها به شدت حساس، کم مصرف و البته بسیار کوچکند. آن‌ها می‌توانند در شناسایی علائم مولکولی بیماری در خون، مقادیر جزئی گازهای سمی در جو و آلودگی‌ها در غذا مورد استفاده قرار گیرند. اما منابع انرژی و مدارهای لازم برای فعال‌سازی این وسایل کوچک ساخته شدن آن‌ها را دشوار می‌کند. هدف ونگ، نیرو بخشیدن به دنیای نانو توسط مولدهای کوچکی که از پیزوالکتریک بهره می‌برند است. اگر او موفق شود، نانو حسگرهای زیستی و شیمیایی قادر خواهند بود به خودشان نیرو ببخشند. انگاره کخ
نظریه میکروب‌های بیماری‌زا (به انگلیسی: Germ theory of disease) بیان می‌کند که برخی از بیماری‌ها توسط میکروارگانیسم یا ریزاندامگان ایجاد می‌شوند. رشد، نمو و تولید مثل این ریزاندامگان می‌تواند منجر به ایجاد بیماری گردد. این ریزاندامگان می‌توانند شامل ویروس، باکتری، آغازیان، قارچ، یا پرایون باشند. به ریزاندامگانی که منجر به ایجاد بیماری می‌شوند بیمارگر و دسته بیماری‌هایی که آنان ایجاد می‌کنند بیماری‌های غفونی نامیده می‌شوند. حتی زمانی که یک بیمارگر موجب بیماری است، عواملی چون محیطی و ژنتیکی اغلب شرایط بیماری، شدت بیماری و این که آیا یک فرد مبتلا شود را تحت تاثیر قرار ی دهند. کنترل بیولوژیک آفات
دشمنان طبیعی آفت‌ها به عنوان عوامل کنترل زیستی نیز شناخته می‌شوند که شامل شکارچیان، شبه‌انگل‌ها، خورنده علف‌های هرز و پاتوژن‌ها می‌باشند. این روش مخصوصاً برای محل‌هایی مثل گلخانه‌ها و محیط‌های بزرگ مصنوعی مناسب است. هدف از کنترل بیولوژیک ریشه کن کردن آفاتی که به گیاهان آسیب وارد می‌کنند نیست بلکه هدف کاهش جمعیت آن‌ها به حدی است که کمترین خسارت را به کشاورز یا محیط زیست وارد کند. در حقیقت این روشی است که با عکس‌العمل محیطی بین موجودات زنده آفات را کنترل می‌کند. در یک محیط طبیعی یعنی جایی که بشر کمترین دخالت را در اکوسیستم دارد آفات و بیماری‌های گیاهی همیشه وجود دارند اما در صورت عدم دخالت مستقیم بشر جمعیت آن‌ها همیشه در حال تعادل و به حد نرمال است. یکی از عوامل مهم برای شروع کار کنترل بیولوژیک آشنایی با مراحل مختلف رشد آفات و شناسایی مرحله‌ای است که آن‌ها بیشترین خسارت را به گیاهان وارد می‌کنند. بیشتر روش‌های کنترل بیولوژیک بر پایه جذب بیشتر حشرات مفید در مزارع و باغات پایه‌ریزی شده‌اند. ابر و باد و مه و خورشید همه در کارند میکروب‌کش
میکروب‌کش () به هرگونه زیست‌کش اطلاق می‌شود که عفونت‌های میکروبی شامل عفونت‌های ویروسی و باکتریایی را از بین می‌برد. زیست‌کش یک ماده شیمیایی یا میکروارگانیسم است که می‌تواند هر گونه ارگانیسم مضر را با استفاده از روش‌های شیمیایی یا بیولوژیکی از بین برده، خنثی یا کنترل‌کند. میکروب کش‌هایی که تنها ویژهٔ نابود سازی ویروس‌ها هستند شامل داروهای ضد ویروسی و ویروس‌کشها می‌باشند. مقدمه‌ای بر ویروس
از جمله بیماری‌های ویروسی که در انسان‌ها شایع هستند می‌توان به سرماخوردگی، آنفلوانزا، آبله‌مرغان و تب‌خال اشاره کرد. بیماری‌های جدی مانند ابولا و ایدز نیز در اثر ویروس‌ها ایجاد می‌شوند. بسیاری از ویروس‌ها بیماری‌زا نیستند یا باعث بیماری‌های خفیف می‌شوند و گفته می‌شود که «خوش‌خیم» هستند. ویروس‌های مضرتر به عنوان بیماری‌زا توصیف می‌شوند. بسته به نوع سلول آلوده شده، ویروس‌ها باعث ایجاد بیماری‌های مختلف می‌شوند. بعضی از ویروس‌ها می‌توانند باعث عفونت‌های مادام‌العمر یا مزمن شوند که در این بیماری‌ها، ویروس با وجود مکانیسم‌های دفاعی میزبان همچنان در بدن تکثیر می‌شود. این اتفاق در هپاتیت ب و هپاتیت سی شایع است. افرادی که به شکل مزمن بیماری ویروسی مبتلا می‌شوند به عنوان ناقل شناخته می‌شوند. آنها به عنوان مخزن مهم ویروس عمل می‌کنند. اگر تعداد بالایی از ناقلین در یک جمعیت معین وجود داشته باشد، به این حالت، بیماری بومی یا (آندمی) گفته می‌شود.روش‌های زیادی وجود دارد که ویروس‌ها از میزبانی به میزبان دیگر گسترش پیدا کنند اما هر ویروس فقط از یک یا دو روش استفاده می‌کند. بسیاری از ویروس‌هایی که باعث آلوده شدن گیاهان می‌شوند توسط یک ارگانیسم ناقل منتقل می‌شوند. برخی از ویروس‌هایی که حیوانات از جمله انسان‌ها را آلوده می‌کنند نیز توسط ناقلین و معمولاً حشرات خون‌خوار گسترش می‌یابند. با این حال ، انتقال مستقیم ویروس در این گروه شایع‌تر است. برخی از عفونت‌های ویروسی، مانند نوروویروس و روتاویروس، توسط مواد غذایی آلوده و آب، دست‌ها و اشیاء عمومی و با تماس نزدیک با فرد آلوده دیگر پخش می‌شوند، در حالی که برخی دیگر از راه هوایی (ویروس آنفلوانزا) منتقل می‌شوند. ویروس‌هایی مانند اچ‌آی‌وی، هپاتیت ب و هپاتیت سی اغلب توسط رابطهٔ جنسی محافظت نشده یا فرورفتن سوزن آلوده به زیرجلد منتقل می‌شوند. برای جلوگیری از عفونت‌ها و همه‌گیری‌ها، مهم است که راه‌های انتقال ویروس شناخته شوند. گیاهان گوشت‌خوار
همچنین لیست قابل توجهی از باکتری و قارچ‌های همزیست () با کوزه‌ای‌ها وجود دارد. این همزیست‌ها غیر از عوامل بیماری‌زا () هستند که در بافتهای گیاهان کوزه‌ای زندگی می‌کنند و اغلب به ظاهر بی‌ضرر هستند. غلظت بازدارنده حداقلی
غلظت بازدارنده حداقلی به نوع میکرو ارگانیسم، محیط داخلی بدن انسان آلوده شده به میکرو ارگانیسم و آنتی‌بیوتیک استفاده شده بستگی دارد. این غلظت به‌طور معمول با واحدهایی مثل میکروگرم بر میلی لیتر (μg/mL) و میلی‌گرم بر میلی‌لیتر (mg/L) گزارش می‌شود. جنگ‌افزار میکروبی
سلاح میکروبی یا بیولوژیکی به هر نوع ترکیب بیماری‌زا شامل باکتری، ویروس، پروتوزون، انگل یا قارچ گفته می‌شود که به عنوان سلاح با هدف آسیب به دشمن از آن استفاده شود. سطوح ضد میکروب
طبق تعریف، «ضد میکروبی» به چیزی اشاره دارد که برای یک میکروب مضر است. از آنجایی که تعریف یک میکروب می‌تواند شامل سلول‌ها و انواع سلول‌های پستانداران که به‌طور معمول با بیماری‌هایی مانند باکتری‌ها، ویروس‌ها، تک‌یاخته‌ها و قارچ‌ها در ارتباط هستند، باشد. انتخاب پذیری به توانایی مبارزه با نوع خاصی از موجودات زنده اشاره دارد. بسته به کاربرد، توانایی مبارزه انتخابی با میکرو ارگانیسم‌های خاص در حالی که اثر مضر کمی علیه دیگران دارند، سودمندی یک سطح ویژه ضد میکروبی را در یک زمینه مشخص نشان می‌دهد. نانوباکتری
نانو باکتری نام همگانی است که به طبقه‌ای از میکروارگانیسم‌ها به ویژه میکرو ارگانیسم‌های واجد دیواره سلولی با اندازه‌ای بسیار کوچکتر از حداقل اندازهٔ پذیرفته شده برای حیات اطلاق می‌شود. نانو باکتری‌ها اندازه‌ای نزدیک ۲۰۰ نانومتر دارند؛ این اندازه از میکرو ارگانیسم‌ها به راستی کوچکترین حدی است که از راه میکروسکوپ نوری استاندارد قابل مشاهده‌است. ویرولانس
ویرولانس ، توانایی بیماری‌زا یا میکروارگانیزم برای ایجاد آسیب به میزبان است. در بسیاری از مباحث، بخصوص در مباحث مربوط به دستگاه‌های حیوانی، ویرولانس اشاره به درجه آسیب ایجاد شده توسط یک میکروب به میزبانش است. بیماری‌زایی یک موجود زنده، توانایی اشت در ایجاد بیماریست که توسط فاکتور‌های ویرولانس تعیین می گردند. به طور خاص در مورد دستگاه‌های ژن-برای-ژن، اغلب در گیاهان، ویرولانس به معنای توانایی یک بیماری‌زا در عفونی کردن یک میزبان مقاوم است. میکروب
میکروب ، ریزسازواره، ریزاندامگان یا میکروارگانیسم جاندارانی اند که با چشم غیرمسلح دیده نمی‌شوند. ریزاندامگان شامل باکتریها، آغازیان، ویروسها و برخی قارچها هستند. ریزاندامگان‌ها در همه‌جا، از آب‌وهوا گرفته تا خاک، روی پوست بدن و مخاط بدن انسان و جانوران به میزان فراوان وجود دارند. می‌توانند بیماری‌زا یا مفید باشند. به گونه‌ای که زندگی برای جانوران و گیاهان، بدون وجود میکروب امکان‌پذیر نیست؛ یعنی این میکروب‌ها فلور نرمال بدن ریزاندامگان همزیست انسان بدن جانوران و موجودات زنده هستند. مقدمه‌ای بر ویروس
ویروس‌ها فراوانترین موجود زیستی در محیط‌های آبی هستند. حدود یک میلیون ویروس در یک قاشق چایخوری از آب دریا وجود دارد. ویروس‌ها برای تنظیم اکوسیستم‌های آب شور و آب شیرین ضروری هستند. بیشتر این ویروس‌ها باکتریوفاژ هستند که برای گیاهان و حیوانات بی‌ضرر هستند. آن‌ها باکتری‌ها را در جوامع میکروبی آبزی آلوده کرده و از بین می‌برند و این خود مهمترین مکانیسم بازیافت کربن در محیط دریایی است. مولکول‌های آلی که توسط ویروس‌ها از سلول‌های باکتریایی آزاد می‌شوند رشد باکتری‌ها و جلبک‌های تازه را تحریک می‌کنند.میکروارگانیسم‌ها بیش از ۹۰٪ زیست توده دریا را تشکیل می‌دهند. تخمین زده می‌شود که ویروس‌ها هر روز تقریباً ۲۰٪ از این زیست توده را از بین می‌برند و تعداد ویروس‌ها در اقیانوس‌ها ۱۵ برابر باکتری‌ها و باستانیان است. ویروس‌ها عمدتاً مسئول نابودی سریع شکوفایی‌های جلبکی زیان‌بار که اغلب زیست‌بوم‌های دیگر را نابود می‌کنند، هستند. تعداد ویروس‌های موجود در اقیانوس‌ها با عمیق‌تر شدن آب کاهش می‌یابد. زیرا در آن جا میزبانان کمتری حضور دارند.تأثیرات ویروس‌ها بسیار وسیع است. با افزایش مقدار تنفس در اقیانوس‌ها، ویروس‌ها به‌طور غیرمستقیم مسئول کاهش میزان دی‌اکسید کربن در جو به میزان تقریباً ۳ گیگاتن کربن در سال هستند.پستانداران دریایی نیز مستعد ابتلا به عفونت‌های ویروسی هستند. در سالهای ۱۹۸۸ و ۲۰۰۲، هزاران فک بندرگاه در اروپا توسط ویروس دیستمپر فک کشته شدند. بسیاری از ویروس‌های دیگر، از جمله ویروس کالیسی، هرپس‌ویروس، آدنوویروس و پاروویروس در جمعیت پستانداران دریایی گردش می‌کنند. آنتی‌بیوتیک
آنتی‌بیوتیک‌های با دامنه وسیع، آن‌هایی هستند که دربرابر گونه‌های مختلف میکروارگانیسم‌ها فعال می‌باشند. مانند تتراسایکلین که دربرابر بسیاری از باکتری‌های گرم مثبت، کلامیدیا، مایکوپلاسما و ریکتزیاها مؤثر است. آنتی‌بیوتیک‌های با دامنه محدود، آن‌هایی هستند که تنها دربرابر یک گیگاارگانیسم یا دامنه بسیار محدودی از ترا ارگانیسم فعال می‌باشند؛ مانند وانکومایسین که بیشتر دربرابر کوکسی‌های گرم مثبت مانند استافیلوکوک‌ها و انتروکوک‌ها مورد استفاده قرار می‌گیرد. مقدمه‌ای بر ویروس
باکتریوفاژها ویروس‌هایی هستند که باکتری‌ها و باستانیان را آلوده می‌کنند. کمیتهٔ بین‌المللی طبقه‌بندی ویروس‌ها به‌طور رسمی ۲۸ جنس باکتریوفاژ را که متعلق به ۱۱ خانواده هستند، به رسمیت می‌شناسد. باکتریوفاژها در محیط زیست دریایی مهم هستند: آن‌ها با تخریب باکتری‌های آلوده، ترکیبات کربن را دوباره به داخل محیط آزاد می‌کنند و این امر باعث رشد اقتصادی ارگانیک می‌شود. باکتریوفاژها در تحقیقات علمی مفید هستند زیرا برای انسان بی‌ضرر هستند و به راحتی قابل مطالعه هستند. این ویروس‌ها می‌توانند در صنایعی که از تخمیر مواد غذایی و دارویی استفاده می‌کنند و به باکتری‌های سالم وابسته هستند، مشکل ایجاد کنند. همچنین از آنجا که کنترل برخی از عفونت‌های باکتریایی با آنتی‌بیوتیک‌ها رو به دشوارتر شدن می‌رود، علاقهٔ زیادی به استفاده از باکتریوفاژها برای درمان عفونت‌های باکتریایی در انسان وجود دارد. باکتری
باکتری‌ها دامنه‌ای از پروکاریوتها هستند. این جانداران که عمدتاً اندازه‌ای در حد چند میکرون دارند از جمله اولین جانداران پدید آمده بر روی کره زمین هستند. این جانداران ساده از متنوع‌ترین و مهم‌ترین میکروارگانیسمها به‌شمار می‌روند. جسم خارجی
اجسام خارجی می‌توانند بی اثر یا تحریک کننده باشند و در صورت تحریک، می‌توانند باعث التهاب و زخم بشوند. آنها می‌توانند به بدن عفونت منتقل کنند یا از عوامل عفونت‌زا در برابر دستگاه ایمنی بدن محافظت کنند. اجسام خارجی همچنین می‌توانند با ایجاد زخم یا به سبب اندازه بزرگشان، موجب بسته شدن مجراها بشوند. بعضی از این اجسام ممکن است سمی باشند یا از واکنش‌های شیمیایی تولید شده توسط بدن، مواد شیمیایی سمی تولید کنند؛ مانند واکنش‌های شیمیایی بسیاری از اجسام فلزی خورده شده در بدن. باکتری بیماری‌زا
بدن حیوانات و انسان‌ها توسط فلور میکروبی زیادی کلونیزه می‌شوند که این کومنسال‌ها طبیعی بیماری ایجاد نکرده و برای میزبان حفاظت بخش نیز می‌باشند. ضدعفونی‌کننده
آنتی‌بیوتیک‌های وسیع الطّیف، آن‌هایی هستند که در مقابل انواع مختلف میکرو ارگانیسمها فعّال می‌باشند. مانند تتراسایکلین که در مقابل بسیاری از باکتری‌های گرم منفی، کلامیدیا، مایکوپلاسما و ریکتزیاها مؤثر است. آنتی‌بیوتیک‌های با طیف محدود، آن‌هایی هستند که فقط در مقابل یک میکرو ارگانیسم یا طیف بسیار محدودی از میکروارگانیسم‌ها فعّال می‌باشند؛ مانند وانکومایسین که عمدتاً در مقابل کوکسی‌های گرم مثبت مانند استافیلوکوکها و انتروکوکها مورد استفاده قرار می‌گیرد. باکتری بیماری‌زا
خصوصیات باکتری‌های بیماری‌زا شامل قابلیت فرایندهای انتقال و اتصال به سلول‌های میزبانی توکسین زایی و توانایی فرار از سیستم ایمنی میزبان است. بسیاری از عفونت‌های ناشی از باکتری‌های بیماری‌زای معمول به صورت مخفی یا بدون علامت بالینی می‌باشند. بیماری در صورتی رخ می‌دهد که باکتری‌ها یا واکنش‌های ناشی از پاسخ ایمنی علیه آن‌ها به میزان کافی به فرد آسیب برسانند. ویبریون
ویبریون () به هر میکروارگانیسم گفته می‌شود به خصوص میکروارگانیسم بیماریزا در نظریه میکروبی بیماری‌ها. همچنین به باکتری‌های با شکل خمیده ویبریون گفته می‌شود. ضدعفونی‌کننده
پادزیست یا آنتی‌بیوتیک به صورت کلی فراورده یا ماده‌ای است که از یک میکروارگانیسم تولید یا از آن گرفته می‌شود و میکروارگانیسم‌های دیگر را از بین می‌برد یا مانع فعالیت آن‌ها می‌شود. اما در کاربرد معمولتر، این تعریف شامل انواع آنتی‌بیوتیک‌های صنعتی همچون سولفونامیدها و کینولون‌ها می‌شود. انواع مختلف آنتی‌بیوتیک‌ها از لحاظ خصوصیات شیمیایی، فیزیکی، داروشناسی، طیف ضد میکروبی و مکانیسم عمل با هم تفاوت دارند. باکتری
اگرچه باکتری‌ها عموماً به عنوان عامل فساد مواد غذایی و بیماری شناخته می‌شوند، اما بسیای از باکتری‌ها مفیدند. بشر قرن‌ها از فواید باکتری‌ها در زندگی خود استفاده کرده‌است. باکتری‌ها در تهیه و پردازش فراورده‌های غذایی و شیمیایی و هم‌چنین در شناسایی و استخراج معادن و پاکسازی محیط زیست کاربرد دارند. برخی مواد خوراکی مانند ماست، پنیر، سرکه و نوشیدنی‌های الکلی و آبجو حاصل فعالیت باکتری‌های تخمیرکننده هستند. استون و بوتانول مواد شیمیایی هستند که انواعی از باکتری‌های گونهٔ کلوستریدیوم آن‌ها را می‌سازند. بیوترنسفورماسیون
زیست دگرگونی آلاینده‌های مختلف، شکلی پایدار برای تمیز کردن محیط آلوده است . فرایندهای زیستی، نقش مهمی در از بین بردن آلاینده‌ها از محیط زیست دارند. برخی از میکروارگانیسم‌ها دارای توانایی کاتابولیک حیرت انگیزی برای کاهش یا تبدیل چنین ترکیباتی می‌باشند. نانوروباتیک
این رویکرد استفاده از میکروارگانیسم‌های بیولوژیکی ، مانند باکتری [55] Escherichia coliو Salmonella typhimurium را پیشنهاد می‌کند.]۵۶[بنابراین مدل برای اهداف پیشرانش از یک فلژلوم استفاده می‌کند. زمینه‌های الکترومغناطیسی به‌طور معمول حرکت این نوع وسیله یکپارچه بیولوژیکی را کنترل می‌کنند.]۵۷[شیمیدانان دانشگاه نبراسکا با ادغام باکتری به تراشه رایانه سیلیکونی ، رطوبت سنج ایجاد کرده‌اند.]۵۸[ مبتنی بر ویروس آنتی‌بیوتیک
پادزیست یا آنتی‌بیوتیک به صورت کلی فراورده یا ماده‌ای است که از یک میکروارگانیسم تولید یا از آن گرفته می‌شود و میکروارگانیسم‌های دیگر را از میان می‌برد یا مانع رشد آن‌ها می‌شود. آنتی‌بیوتیک یک زیست‌کش است. اما در کاربرد معمول‌تر این تعریف شامل گونه‌های صناعی آنتی‌بیوتیک‌ها همچون سولفونامیدها و کینولون‌ها می‌شود. گونه‌های مختلف آنتی‌بیوتیک‌ها از لحاظ ویژگی‌های شیمیایی، فیزیکی، داروشناسی، دامنه ضدمیکروبی و سازوکار کارکرد با هم متفاوت هستند. اجزای زنده
یک عامل زنده جزء زنده‌ای است که بر جمعیت ارگانیسم دیگری، یا محیط تأثیر می‌گذارد. این شامل حیواناتی است که مصرف‌کنندهٔ ارگانیسم هستند، و مواد غذایی زنده‌ای که ارگانیسم مصرف می‌کند. عوامل زنده شامل نفوذ انسان، عوامل بیماری زا و شیوع بیماری نیز می‌شود. هر یک از عوامل زیستی برای انجام کار به انرژی، و برای رشد مناسب به غذا نیاز دارد. پوشش سلول
شبه‌باکتری‌ها (mollicutes) نیز دیوارهٔ سلولی ندارند. مهمترین [باکترهایی بیماری‌زا در این گروه، مایکوپلاسما و اوره‌پلاسما هستند. کود زیستی
خوراک زیستی به خورراکهایی گفته می‌شود که بدون استفاده از کودهای شیمیایی، آفت‌کش‌ها و علف‌کش‌های مصنوعی و دگرگونی‌های ژنتیک تولید شده باشند. نیاز به غذای زیستی (غذای عاری از ترکیبات شیمیایی و فرایند شده بدون افزودنی‌ها) فاقد سموم دفع آفات به سرعت رو به افزایش است. این سموم برای کشتن ارگانیسم‌ها طراحی می‌شوند و بنابراین یک خطر جدی برای سلامت انسان محسوب می‌شود. طبق اعلام انستیتوی ملی سرطان ۳۰ درصد حشره‌کش‌ها، ۶۰ درصد علف‌کش‌ها و ۹۰ درصد قارچ‌ها سرطان‌زا هستند. و این تنها یکی از اثرات جانبی منفی است. این مواد شیمیایی می‌توانند به سیستم عصبی و هورمونی آسیب برسانند. کودکان بیش از بزرگسالان در برابر سموم کشاورزی آسیب‌پذیرند. در واقع آن‌ها نسبت به اندام کوچکشان در معرض درصد بالاتری از این مواد قرار دارند. گیاه‌پزشکی
بیماری‌ها و آفات گیاهی و علفهای هرز از جمله عوامل زنده و بیماری‌های فیزیولوژیک که ناشی از کمبود مواد مورد نیاز گیاه و خسارات ناشی از شرایط جوی نامناسب عمده‌ترین عوامل تقلیل محصول یا نابودی گیاهان بشمار می‌روند. میکروب
کلود برنارد دریافت که ریزاندامگان نقش اصلی را در پیدایش بیماری‌ها ندارند بلکه نقش اصلی را محیطی که به آن وارد می‌شوند ایفا می‌کند. وی سراسر زندگیش بحث طولانی را با دانشمند دیگر لویی پاستور که بر این دیدگاه بود که میکروارگانیسم‌ها باعث بیماری می‌شوند و باید همه چیز استریل شود و باید با میکروبها جنگید، داشت؛ و در آخر لویی پاستور پیش از اینکه از دنیا برود، در بستر بیماری گفت: برنارد درست می‌گفت: همه چیز به کیفیت و سیستم ایمنی محیط بستگی دارد و نه به میکروب‌ها. زیست‌کش
زیست‌کش یک ماده شیمیایی یا میکروارگانیسم است که می‌تواند هر گونه میکروارگانیسم زیان‌آور را با استفاده از روش‌های شیمیایی یا زیستی از میان ببرد، خنثی کند و کنترل کند. زیست‌کش می‌تواند سنتتیک یا طبیعی باشد. استافیلوکوکوس اورئوس
این باکتری ممکن است به شکل فلور عادی پوست یا بینی وجود داشته باشد. این طور تخمین زده می‌شود که ۲۰ درصد از مردم به مدت طولانی، ناقل باکتری باشند. استافیلوکوک اورئوس، یکی از موفق‌ترین باکتری‌های بیماریزاست. این باکتری به دلیل تولید رنگدانه طلایی کارتنوئیدی به نام استافیلوزانتین، کلنی‌های زرد رنگی را ایجاد می‌نماید. این پیگمان در بیماری‌زایی نقش دارد زیرا به عنوان ماده آنتی اکسیدان عمل کرده و موجب در امان ماندن باکتری در برابر رادیکال‌های آزاد اکسیژن می‌شود. رادیکال‌های آزاد اکسیژن توسط سیستم ایمنی (گلبول‌های سفید) میزبان برای کشتن باکتری‌ها تولید می‌شوند. خوردگی میکروبی
"موجودات میکروسکوپی" معمولاً مو جودات میکروسکوپی بر حسب توانایی آن‌ها برای رشد در حضور یا عدم حضور اکسیژن طبقه‌بندی می‌شوند. موجوداتی را که در فرایند سوخت وساز خود نیاز به اکسیژن دارند هوازی می‌نامند، این‌ها فقط در محیط‌های مغذی حاوی اکسیژن حل شده رشد می‌کنند. دسته دیگر بی‌هوازی هستند، یعنی بهترین شرایط برای رشد آن‌ها محیط‌های با اکسیژن کم یا بدون اکسیژن می‌باشد. اگر چه تشدید خوردگی به وسیله موجودات میکروسکوپی خیلی متداول است، تحقیقات جامع کمی برای مشخص کردن این موجودات ومکانسیم دقیق کار آن‌ها صورت گرفته‌است. انگل
برخی از موجودات زنده نیمه‌انگلند.دارواش یکی از آنهاست. دارواش روی درختان به سر می‌برد و ریشه خود را به درون تنه آن‌ها می‌فرستند و از میزبان خود فقط آب می‌گیرد. بقیه مواد لازم را می‌توانند در برگ‌های خود بسازد. بیشتر انگل‌های گیاهی در گروهی به نام قارچ‌ها هستند. همه قارچ‌ها انگل نیستند. قارچ‌های انگلی مانند زنگ‌ها و نیز میکروب‌های بیماریزا آسیب فراوان به گیاهان و جانوران می‌رسانند. بیشتر انگل‌های حیوانی متعلق به گروه‌های گوناگون هستند. برخی از انگل‌های حیوانی به گروه کرم‌ها، بعضی به گروه حشرات و کنه‌ها، و پاره‌ای نیز به گروه آغازیان و دیگر جانوران تعلق دارند. هیچ گیاه یا جانور بزرگی نیست که از دست انگل در امان باشد. اغلب گیاهان و جانوران کوچک نیز انگل دارند. هر انگلی خود میزبان انگل کوچکتری است. مثلاً کک خون سگ را می‌مکد. درون بدن این کک‌ها احتمالاً جانوران تک‌یاخته‌ای به سر می‌برند و در بدن این تک‌یاخته‌ها نیز شاید باکتری‌هایی زندگی بکنند. باکتری بیماری‌زا
به عنوان مثال یرسینیاپستیس عامل طاعون دارای چرخه حیاتی است که به خوبی با جوندگان و کک‌های آن‌ها تطابق یافته‌است و انتقال آن به انسان از طریق کک‌ها اتفاقی است.باسیلوس آنتراسیس عامل سیاه زخم در محیط زیست می‌نماید وگاهی موجب عفونت حیوانات می‌شود و همچنین از طریق فراورده‌هایی مانند پشم فرآوری نشده آن‌ها قابل انتقال به انسان است. زیست‌شناسی
خارج از این دسته‌بندی، انگل‌های دورن سلولی اجباری وجود دارند که در اصطلاح فعالیت‌های متابولیکی «بر روی لبه زندگی» قرار دارند، به این معنی که بسیاری از دانشمندان این موجودات را به عنوان موجود زنده دسته‌بندی نکرده‌اند، با توجه به عدم یا حداقل نیاز به یک یا بیشتر توابع اساسی یا مشخصاتی که حیات را تعریف می‌کنند، آن‌ها به عنوان ویروس‌ها، ویروئیدها، پریون‌ها یا حامل‌ها طبقه‌بندی می‌شوند. سلول‌های فوم
ماکروفاژهای فومی در بیماریهای ناشی از پاتوژن‌هایی که در بدن همچون "کلامیدیا"، "توکسوپلاسما" یا "میکوباکتریوم توبرکلوزیس وجود دارند، وجود دارد". در سل (TB)، لیپیدهای باکتری ماکروفاژها را از پمپاژ LDL بیش از حد جلوگیری می‌کند، و باعث می‌شود آنها در سلول‌های فوم اطراف گرانولومای TB در ریه تبدیل شوند. کلسترول یک منبع غذایی غنی برای باکتری‌ها است. همان‌طور که ماکروفاژها می‌میرند، جرم کلسترول در مرکز گرانولوم به یک ماده شیمیایی به نام کوسوم تبدیل می‌شود. نظریه بیماری‌های زیموتیک
نظریه بیماری‌های زیموتیک که در قرن نوزدهم مطرح شد، نظریه‌ای بود که بیان می‌کرد که عامل ایجاد بیماری‌های عفونی و واگیر، موجودی به نام زایم یا مایکروزایم (به انگلیسی: Zyme یا microzym) است که به عنوان موجود سلولی شناخته نمی‌شد. واژهٔ زایم یا مایکروزایم نخستین بار توسط شیمی‌دان و زیست‌شناس فرانسوی پیر ژاک آنتوان بیچامپ بیان شد. این نظریه به ویژه برای توضیح تیفوس، حصبه، آبله، مخملک، سرخک، ایرزیپلاس، وبا، سیاه‌سرفه و دیفتری تدوین شده بود. نظریه بیماری‌های زیموتیک در نهایت در اواخر قرن ۱۹ با کشف میکروب‌ها و بیان نظریه میکروب‌های بیماری‌زا به طور کامل منسوخ شد. پروبیوتیک
از آنجا که فراورده‌های پروبیوتیکی حاوی باکتری‌هایی هستند که اثرات مفیدی در سلامتی مصرف‌کننده برجای می‌گذارند، باکتری‌های پروبیوتیک موجود در محصولات تجاری باید مشخصه‌های عملکردی و سودمند خود برای سلامتی را که در اصل برای آن انتخاب شده‌اند حفظ کنند. این ویژگی‌ها شامل رشد و بقای ارگانیسم‌ها در روند تولید محصول، نگهداری، و پس از مصرف در حین انتقال از معده به روده می‌باشند. دوز پروبیوتیک مصرف شده عامل مهمی است که بر تراکم موجود در بخش‌های مختلف دستگاه گوارش تأثیر می‌گذارد. در کانادا سطح سویه (strain) پروبیوتیک باید در یک واحد معین از مواد غذایی اعلام شود و آن واحد می‌بایست حداقل 10×0/1 cfu تعداد از یکی از باکتری‌های پروبیوتیک را داشته باشد. در افراد سالم، مصرف محصولات پروبیوتیک حاوی باکتری‌های مفید، مانند بیفید و باکتریوم‌ها و لاکتوباسیل‌ها، می‌تواند مزایای فیزیولوژیکی به همراه داشته باشد. پروبیوتیک‌ها در حفظ تعادل و ثبات میکروبیوتای روده نقش مهمی دارد؛ میکروبیوتا به عملکردهای گوارشی از جمله کنترل زمان انتقال، عادات روده‌، کنترل فراهمی زیستی مواد مغذی و مدولاسیون فعالیت سیستم ایمنی دستگاه گوارش کمک می‌کند. پروبیوتیک‌ها همچنین ممکن است اختلالات میکروبیوتای روده را پس از درمان آنتی‌بیوتیکی به حداقل برسانند. تعادل و ثبات ساختار تجمع میکروبی را می‌توان از طریق سطوح افزایش یافته بیفید و باکتریوم‌ها و لاکتوباسیل‌ها، ترجیحاً به قیمت از بین بردن باکتری‌های مضر بیشتر به دست آورد. پژوهش در مورد اثرات بهداشتی بالقوه پروبیوتیک‌های مکمل، عملکرد ایمنی، سرطان، اسهال وابسته به آنتی‌بیوتیک، اسهال مسافرتی، آلرژی‌ها، عدم تحمل لاکتوز، فشار و کلسترول خون، عملکرد سیستم ایمنی و تولید ویتامین را در بر می‌گیرد. انتقال نمونه آلوده
مواد عفونی گروه A: موادی هستند که می‌توانند باعث ناتوانی دائمی ویا بیماری‌های کشنده ویا تهدیدکننده زندگی در انسان ویا حیوان سالم شوند و بسته به بیماری‌های بومی وشرایط هرمنطقه متفاوت می‌باشند. به‌طور مثال کشت باکتری سل، بروسلا، و کشت انواع ویروس‌ها مانند هپاتیت ب در این گروه قرار می‌گیرند. موادعفونی این گروه تحت عنوان UN 2814خطر زیستی طبقه‌بندی شده‌اند. آن دسته از مواد عفونی گروه Aکه فقط باعث بروز بیماری درحیوانات می‌شوند، تحت عنوان UN 2900 خطر زیستی قرار می‌گیرند. بیماری‌های ماهیان
عوامل بیماری‌زا در ماهیان به طور کلی به چهار گروه تقسیم می‌شوند: عوامل ویروسی، عوامل میکروبی (باکتریایی)، عوامل قارچی و جلبکی، و عوامل انگلی. هر گروه از عوامل بیماری‌زا دارای نشانه‌های خاصی در ماهیان هستند به عبارت دیگر عوامل بیماری‌زا پس از پیشرفت، تغییراتی در رفتار ماهی ایجاد می‌کنند که اغلب با برخی نشانه‌های ظاهری همراه است. سیاه‌زخم
این میکروارگانیسم یکی از خطرناکترین زئونوزهای میکروبی یعنی سیاه‌زخم می‌باشد که از راه جراحات جلدی هنگام تماس با دام یا فراورده‌های دامی آلوده مانند پوست، پشم ویا لاشه یا اینکه ازراه تنفسی در اثراستنشاق گردوغبار آلوده به اسپور سیاه زخم به این بیماری مبتلا می‌شوند. میکروب
قبل از کشف میکروارگانیسم‌ها توسط فان لیوونهوک در ۱۶۷۵، چگونگی تبدیل انگور به سرکه یا شیر به پنیر و ماست یا چگونگی فساد مواد غذایی برای همه معمایی حل نشدنی بود. بعد از اینکه هوک گزارش داد موجودات زنده‌ای وجود دارند که با چشم غیر مسلح دیده نمی‌شوند، برای مدت کوتاهی این سؤال باز هم بی‌جواب ماند؛ چرا که هوک نتوانست ارتباط بین میکروارگانیسم‌ها با این معماها را توجیه کند؛ ولی چند سال بعد از کشف میکروارگانیسم‌ها و با مطالعه‌هایی که اسپالانزانی و پاستور انجام دادند علاوه بر پاسخگویی به این معماها، به فرضیه اشتباه و خرافاتی به وجود آمدن موجودات زنده از مواد غذایی در حال فساد هم پایان داده شد. بی‌هوازی اجباری
به هر اندامگانی که برای رشد به اکسیژن نیاز نداشته باشد و حتی شاید در حضور اکسیژن بمیرد، اندامگان بی‌هوازی (Anaerobic organism) گفته می‌شود. بی‌هوازی اجباری (Obligate anaerobes) به آن دسته ارگانیسم‌هایی که در حضور اکسیژن هوا (غلظت ۲۱٪) توانایی زندگی ندارند گفته می‌شود. برخی از این باکتریها در غلظت‌های پایینتر اکسیژن (مثلاً ۸٪) می‌توانند زنده بمانند. از باکتری‌های بی‌هوازی اجباری یا مطلق می‌توان به کلوستریدیومها، اکتینومایسیسها، باکتروئیدها و فوزوباکتریومها اشاره کرد. سه دسته اصلی از بی هوازی‌ها وجود دارد: میکروب
کلمهٔ [میکروب] از دو کلمهٔ یونانی به معنی (کوچک) و (زیستن) گرفته شده‌است و به هر موجود ریز و ذرّه‌بینی گفته‌می‌شود. به عبارتی، به موجودات بسیار کوچک که تنها با میکروسکوپ، قابل‌دیدن هستند، میکروب گفته‌می‌شود. مهم: انواع میکروب: ۱-باکتری ۲-ویروس ۳-آغازیان ۴-قارچ‌های ذرّه بینی بیوتروریسم
بر طبق گزارش‌های مراکز کنترل و پیشگیری از بیماریها، بیوتروریسم آزادی عمدی ویروس‌ها، باکتری‌ها، سموم یا سایر عوامل مضر برای ایجاد بیماری یا مرگ در افراد، حیوانات و گیاهان است. آنتی‌بیوتیک
آنتی‌بیوتیک‌ها مواد شیمیایی هستند که از دو راه طبیعی و ساختگی به دست می‌آیند. آنتی‌بیوتیک‌های طبیعی از میکروارگانیسم‌هایی مانند قارچ‌ها و باکتری‌ها گرفته می‌شوند. آنتی‌بیوتیک‌ها به دو گروه عمدهٔ آنتی‌بیوتیک‌های باکتریوسید، که باعث کشتن سلول بیماری‌زا می‌شوند و باکتریواستاتیک، که باعث توقف رشد سلول بیماری‌زا می‌شوند طبقه‌بندی می‌شوند. مایکوپلاسما
گونه های بیماریزا در انسان : زندگی دریایی
زندگی میکروسکوپیک در زیر دریا تنوع زیادی دارد و هنوز به خوبی شناخته نشده‌است. از جمله نقش ویروس‌ها در بوم‌سازگان دریایی. بیشتر ویروس‌های دریایی باکتری‌خوار هستند و به گیاهان و جانوران جانوران ضرری نمی‌رسانند. این ویروس‌ها اما برای تنظیم بوم‌سازگان آب شور و آب شیرین ارزشی بنیادین دارند. آنها گروه‌های میکروبی دریایی را آلوده و نابود می‌کنند و برای سازوکار چرخه کربن در محیط دریایی بالاترین اهمیت را دارند. مولکول‌های آلی رهاشده از یاخته‌های باکتریایی مرده باعث رشد باکتری‌های جدید و جلبک‌ها می‌شوند. فعالیت ویروسی همچنین به رسوب کربن در اعماق اقیانوس‌ها کمک می‌کند. باکتری بیماری‌زا
گونه‌های کلستریدیوم در محیط به صورت پراکنده وجود دارند و از طریق گوارشی یا آلوده شدن زخم‌ها با خاک مانند قانقاریای گازی ناشی از کلستریدیوم پرفرینجس و کزاز ناشی از کلستریدیوم تتانی به انسان منتقل می‌گردد. بیماری‌های غیر واگیر
از این رو، سیاستگذاران و جوامع گوناگون باید با هم متحد شده و پیشگیری و درمان هدفمند این بیماری‌ها را در اولویت قرار دهند. اقدامات پایدار می‌تواند جهت کند کردن (در نهایت معکوس کردن) روند رشد این تهدید جهانی به کار گرفته شود. اقدامات احتمالی که اخیراً از سوی سازمان بهداشت جهانی و سازمان غذا و کشاورزی به بحث گذاشته شده‌است مواردی چون کاهش میزان نمک در غذای مصرفی، محدود نمودن خرید مواد غذایی و نوشیدنی‌های ناسالم به ویژه برای کودکان، اعمال نظارت بر استفاده زیان‌بار مشروبات الکلی، افزایش مالیات بر دخانیات و اتخاذ تدابیر قانونی لازم به منظور منع استعمال دخانیات در اماکن عمومی را در بر می‌گیرد. افزودنی‌های زیست تخریب‌پذیر
برخی از میکروارگانیسم‌ها می‌توانند به‌طور مستقیم قطعات پلاستیکی را مصرف کرده و از کربن به عنوان منبع تغذیه استفاده کنند. به عنوان مثال به‌طور تجربی نشان داده شده‌است"Brevibacillus borstelensis" , "Rhodococcus rubber" , "Pseudomonas chlororaphis"، و "Comamonas acidovorans" TB-35 همگی از عمل مستقیم برای مصرف پلی اتیلن استفاده می‌کنند. برای سایر پلاستیک‌هایی که کمتر مورد استفاده قرار می‌گیرند، محققان تنها یک گونه از میکروب را یافته‌اند که قادر به تجزیه مستقیم پلاستیک خاص است. در حال حاضر تحقیقات بیشتری برای کشف سایر سویه‌های میکروبی که می‌توانند به‌طور مؤثر پلاستیک‌ها را تجزیه کنند، در حال انجام است. باکتریوسین
میکروب ها قادرند خیلی از محصولات سیستم های میکروبی را تولید کنند که شامل : آنتی بیوتیک ها محصولات متابولیکی و همینطور باکتریوسین ها می باشند.تعداد زیادی از باکتریوسین ها از طیف وسیعی از باکتری های متنوع کشف شده است که دارای ساختمان های متفاوتی هستند که این باکتریوسین ها با ساختمانهای متفاوت و روشهای عمل و مکانیزم بیوسنتز و تنظیم ژنی متفاوت، وجود دارند. خواص مفید آنها برای سلامتی انسانها به اثبات رسیده است باکتریوسین ها بنظر میرسد بعنوان ترکیبات جذاب در صنایع دارویی و غذایی جهت پیشگیری از رشد باکتریهای بیماریزا و فساد مواد غذایی جلوگیری می کنند.باکتریوسین ها به عنوان اسلحه های زیستی، بدون خطر و حافظ محیط زیست مطرح می شوند.تعریف باکتریوسین : باکتریوسین ها پپتیدهای آنتی باکتریال هستند که بصورت ریبوزومی سنتز می شوند که در طی رشدشان مولکولی با ساختار پروتئین یا پلی پپتید تولید می کنند که خاصیت آنتی میکروبی دارد، باکتریوسین ها به عنوان یک سلاح زیستی مطر می شوند.تفاوت باکتریوسین ها و آنتی بیوتیک :  چکیده1. باکتریوسین ها فقط برای باکتری هایی کشنده هستند که نزدیک به گونه های باکتری مولد می باشد، یعنی توسط یک باکتری تولید می شود و فقط برای باکتری هایی سمی است که نزدیک به همان گونه باکتری باشد و در یک رده و خانواده قرار بگیرند.-اما آنتی بیوتیکها طیف فعالیت وسیعتری دارند.2.باکتریوسین ها بصورت ریبوزومال سنتز و در طی فاز اولیه رشد تولید می شوند.-اما آنتی بیوتیک ها معمولاً متابولیت های ثانویه اند.3.باکتریوسین ها معمولاً وزن مولکولی کم، حداکثر تا کیلو دالتون دارند و چون تغییرات بعد از ترجمه ای دارند می توانند براحتی توسط آنزیم های پروتئولیتیک بویژه پروتئازهای دستگاه گوارش پستانداران تجزیه شده و این امر باعث شده تا آنها برای مصرف انسانی امین باشند.-ولی آنتی بیوتیک ها کاربردشان در مواد غذایی غیر قانونی است.نحوه عملکرد : باکتریوسین ها معمولاً یک عملکرد مشابه دارند و اغلب آنها کاتیونی و آمفی فیلیک یا هیدروفیلیک اند و قابلیت نفوذ پذیری از غشاء را دارند.نحوه عملکرد باکتریوسین ها به ساختن اولیه پپتیدها ارتباط دارد:-مثلاً بعضی از لنتی بیوتیک ها مولکول هدفشان پپتید کلاس 2 که پیشساز پل ارتباطی سل وال و غشاء است.-یا مثلاً نیسین یک لنتی بیوتیک پورفورمین یعنی سوراخ کننده است و با نفوذپذیری غشاء پلاسمایی باعث خروج مولکول های داخل سلولی سلول هدف خود می شود.-عملکرد دیگر باکتریوسین ها مکانیزم خود ایمنی است : تولید کنندگان باکتریوسین معمولاً پروتئیین های خود ایمنی را تولید می کنند که باکتری را از کشته شدن بوسیله باکتریوسین خودش محافظت می کند.عملکرد دیگر مقاومت به باکتریوسین : مثلاً مکانیزم مقاومت به نیسین و باکتریوسین های کلاس a2 به سیالیت غشاء سلولی و شارژ سطحی سلول ارتباط دارد، شارژ سطحی سلول می تواند بر واکنشهای بین باکتریوسین رسبتورهای موجود بر روی غشاء مؤثر باشد.-کابرد باکتریوسین ها :-در صنایع غذایی بعنوان ممانعت کننده از باکتری های فاسد کننده و به عنوان نگهدارنده هستند.-LAB باکتریوسین ها ترکیبات ایمن برای انسان هستند زیرا غیر سمی اند.-Pediocin , Nisin به عنوان افزودنی غذایی به عنوان Nisaplin استفاده می شود.درمان بیماری های مرتبط با پاتوژن ها مثل پاتوژن های تولید کننده توکسین : -VRE-MRSA – و شیگاتوکسین که توسط E,coli تولید شده.-در درمان سرطان و مهار رشد سلول های تومورال نقش دارد مثل کلی کسین E1,Aهمچنین باکتریوسین ها به عنوان ترکیبات آنتی بیوتیک جدید در محصولات غذایی و دارویی مورد توجه قرار گرفته اند.-امروزه تعداد باکتریوسین هایی که جدیداً کشف می شوند رو به افزایش است و به عنوان آنتی بیوتیک های جایگزین مورد توجه اند، اما نحوه عملکرد و دستکاری ژنتیکی آنها و مکانیزم سنتز و کاربرد جدیدشان نیاز به مطالعات بیشتری دارد. باکتری
باکتری‌ها در مقایسه با یوکاریوتها ساختمان ساده‌ای دارند. بسیاری از باکتری‌ها همچنان ناشناخته باقی مانده‌اند اما جهت بررسی‌های علمی می‌توان برخی از آن‌ها را در آزمایشگاه کشت داد و این مسئله به میکروبشناسان کمک بسیاری کرده‌است. ساده‌ترین تولید مثل غیرجنسی (تقسیم دوتایی)، در باکتری‌ها دیده می‌شود. در تقسیم دوتایی، باکتری مادر در صورت وجود شرایط مناسب به دو باکتری خواهر تقسیم می‌شود. برخی از باکتری‌ها برای حفاظت از خود در شرایط نامساعد محیطی مانند کمبود کربن، نیتروژن، فسفر و غذا، پوششی ضخیم به دور خود ایجاد می‌کنند که اسپور یا هاگ باکتری نامیده می‌شود که به ترتیب شامل ۱-هسته ۲-غشا داخلی ۳-دیواره ۴-کورتکس ۵-غشا خارجی ۶-پوشش ۷-اگزوسپوریوم است. در مجموع درصد کمی از باکتری‌ها بیماری‌زا بوده و بیماری‌های عفونی شامل وبا، سیفیلیس، سیاه‌زخم، جذام و طاعون را سبب می‌گردند. بیماری‌های کشنده باکتریایی هم‌چون سل سالانه به ویژه در آفریقای سیاه سبب دو میلیون مرگ می‌گردد. امروزه از آنتی‌بیوتیکها جهت پیشگیری و درمان عفونت‌های باکتریایی استفاده می‌شود. باکتری‌ها در صنایعی مانند تصفیه فاضلاب، پاک سازی آلودگی‌های نفتی، تولید پنیر و ماست از راه تخمیر، بازیافت زباله‌ها و استخراج طلا، پالادیوم، مس و سایر فلزات از معادن و هم‌چنین در زیست‌فناوری، تولید آنتی‌بیوتیک‌ها و سایر مواد شیمیایی اهمیت دارند. هضم بی‌هوازی
تجزیه موادآلی به وسیلهٔ دسته‌ای از باکتری‌هایی که تولید دی‌اکسید کربن و متان می‌کنند (باکتریهای استوژنیک و متانوژنیک) اتفاق می‌افتد این باکتری‌ها در رنج دمای بهینه ۳۵–۳۹ ◦C (مزوفیلیک) ۵۵–۶۰ ◦C عمل هضم را انجام می‌دهند. زباله‌ها توسط آنزیم‌ها مشابه آنچه که در معده انجام می‌گیرد مواد الی را به قندها و آمینو اسیدها تبدیل می‌کنند مواد آلی توسط باکتری‌های استوژنیک به هیدروژن، دی‌اکسید کربن و استات تبدیل می‌شوند که در نهایت باکتری‌های متان ساز بیوگاز را که مخلوطی از دی‌اکسید کربن (۴۰٪) و متان (۵۵٪) و مقادیر کمی مواد دیگر تبدیل می‌کنند.هضم بی‌هوازی همچنین می‌تواند مزایای اقتصادی زیر را به همراه داشته باشد.رشد سریع جمعیت شهرها همراه با توسعه صنایع منجر به افزایش مصرف و در کنار افزایش تولید مواد زائد جامد گردیده‌است. این موضوع موجب پدید آمدن معضلات بهداشتی و زیست‌محیطی شدیدی به ویژه در کلان‌شهرها شده‌است که در صورت عدم مدیریت صحیح می‌تواند بحران‌های عظیمی را به صورت منطقه‌ای و جهانی ببار آورد. میکروب
لویی پاستور (۱۸۲۲–۱۸۹۵) مطالعه‌های اسپالانزانی را ادامه داد و به نتایج جالب تری دست یافت. او با مطالعه‌های خود نشان داد حتی اگر ماده غذایی را در تماس هوایی که از فیلترهای خاصی عبور داده شده‌است هم قرار دهیم باز هم ماده غذایی فاسد نمی‌شود. این فیلترها از عبور میکروارگانیسم‌ها جلوگیری می‌کردند. پاستور با این آزمایش‌ها نشان داد که عوامل فساد مواد غذایی همان میکروارگانیسم‌ها هستند که از طریق هوا و گرد و غبار وارد مواد غذایی می‌شوند و با رشد و تکثیر در آن منجر به فساد مواد غذایی می‌گردند. گندزدا
مواد گندزدای سطح بالا (H.L.D) باعث کشته شدن تمام ارگانیسم‌ها به جز تعداد زیادی از اسپورها می‌شوند. این مواد در صورتی که مدت زمان تماس آن‌ها (۱۲ – ۳ ساعت) افزایش یابد می‌توانند عمل استریلیزاسیون (استریلیزاسیون شیمیایی) را انجام دهند. مواد گندزدای بینابینی (I.L.D) باعث کشته شدن همه ارگانیسم‌های وژتاتیو (که قادر به جوانه زدن می‌باشند) از جمله مایکوباکتریوم توبرکلوزیس و بیشتر ویروس‌ها و قارچ‌ها می‌شوند و مواد گندزدای سطح پایین (L.L.D) باعث حذف خیلی از باکتری‌های وژتاتیو، قارچ‌ها و ویروس‌های دارای پوشش می‌شوند و به‌طور معمول برای پاکسازی سطوح استفاده می‌شوند.در اثر رویارویی مداوم با پادزیست و گندزداها باکتری‌ها با گذشت زمان در اثر جهش‌های زیستی دچار فرگشت یا تکامل می‌شوند که این تکامل شامل مقاومت و پایداری در مقابل آن مادهٔ پادزیست یا گندزدا است. سیاهک (بیماری)
راسته Ustilaginales شامل قارچ‌های بیمارگر گیاهی است که اغلب به‌عنوان قارچ‌های سیاهک شناخته می‌شوند. این نام به گرد سیاه توده تلیوسپور برمی‌گردد که به صورت دوده روی گیاهان بیمار دیده می‌شند. همه انواع این قارچ‌ها به عنوان عامل ایجاد بیماری، روی اندام زندهٔ گیاه فعالیت دارند و مراحل ورت غیربیمارگر می‌باشند. باکتری بیماری‌زا
پاتوژنز فرصت طلب: میکرو ارگانیسمی که فقط در صورت بروز اختلال در سیستم ایمنی میزبانی مثل افراد با نقص ایمنی بیماری ایجاد کند. میکروبیوم‌ها
دستگاه گوارش: به‌طور معمول در معده به دلیل اسیدی بودن محیط تعداد بسیار کمی باکتری وجود دارد. در روده باریک نیز باکتریها کم است (در نواحی انتهایی ایلئوم تعدادی یافت می‌شود). کولون (روده بزرگ) محل اصلی باکتری‌ها در بدن می‌باشد به‌طوری که ۲۰٪ مدفوع انسان حاوی باکتری‌ها می‌باشد. باکتریهای گرم منفی مانند اشریشیا کلی، پروتئوس، پسودوموناس و باکتریهای بی‌هوازی مانند باکتروئیدها (نظیرباکتروئید فراژیلیس)، کلستریدیوم‌ها، فوزوباکتریومها و انترکوک‌ها (نظیر انتروکوک فکالیس) از این جمله‌اند. جنگ بیولوژیک
بسیاری از توکسین‌ها مانند توکسین‌های با وزن مولکولی پایین و بعضی پپتیدها تقریباً پایدار هستند در صورتی که پایداری توکسین‌های پروتئینی بزرگ تولید شده توسط باکتری‌ها خیلی متغیر است. توکسین‌های باکتریایی مانند توکسین بوتولینوم یا توکسین شیگا از نظر دوز کشنده قویترین سم‌های موجود هستند. در صورتی که مایکو توکسین‌ها جزء عوامل خیلی ضعیف هستند و هزاران مرتبه ضعیف تر از توکسین بوتولینوم هستند. میکروبیولوژی
ویروس‌ها به‌طور متغیر (یعنی توافق نظر کلی وجود ندارد) به‌عنوان جاندار درنظرگرفته شده‌اند، به گونه‌ای که توسط برخی به عنوان جانداران ساده و توسط برخی دیگر به عنوان ملکولهای پیچیده در نظر گرفته شده اند. پریون‌ها هرگز به عنوان ریزاندامگان در ظر گرفته نشده، و توسط ویروس‌شناسان مطالعه می‌شوند. در گذشته اثرات بالینی پریون ناشی از عفونت ویروسی فرض می‌شد، اما ویروس شناسان پس از پژوهش متوجه شدند که "پروتئین‌های عفونی" دلیل چنین بیماری‌هایی هستند. باکتری بیماری‌زا
تظاهرات بالینی بیماری مانند اسهال سرفه و ترشحات تناسلی حاصل از میکروارگانیسم‌ها اغلب موجب تسهیل انتقال آن‌ها می‌شوند. باسیلوس
جنس باسیلوس شامل باکتری‌هایی است بزرگ و هوازی و گرم مثبت و میله ایی که به صورت پشت سر هم قرار می‌گیرند. بسیاری از اعضای این جنس نظیر باسیلوس سرئوس و باسیلوس سوبتلیس به صورت ساپروفیت در خاک و آب و هوا و سبزیجات دیده می‌شوند. برخی از این باکتری‌ها به عنوان عامل بیماریزایی حشرات هستند مثل باسیلوس ترنجنسیس. این ارگانیسم قادر به ایجاد بیماری در انسان نیز می‌باشد. باسیلوس سرئوس قادر به رشد در غذاها بوده و به وسیله تولید انتروتوکسین مولد اسهال و توکسین تهوع زا ایجاد مسمومیت می‌نماید. باسیلوس آنتراسیس به دلیل ایجاد سیاه زخم پاتوژن عمده این جنس محسوب می‌شود. باکتری بیماری‌زا
پاتوژن: میکرو ارگانیسمی است که قادر به ایجاد بیماری باشد.