プログラムの実行(使用することへの権利を認めること)の取り扱いをどのようにするのか。(たとえば処理をするために、メモリに記憶されることなど)への蓄積をどのように考えるかという問題がある。昭和48年6月の報告書では、「その蓄積は瞬間的かつ過渡的なものであって、複製に該当しない」という見解が述べられているが、中間報告ではこのような内部記憶装置への瞬間的かつ過渡的なものであっても、複製と解するという意見が示されている。別にプログラムを実行する権利を認めなくても、もしプログラムの著作物の著作権を侵害する行為によって作成された複製物(違法に複製されたプログラム)を業務上電子計算機において使用(実行)すれば、その使用した者が情を知って著作権を侵害した者とみなすという規定を新設すれば足りると結論づけている。よって、パッケージソフトウェアだけでなく、内部記憶装置へ蓄積したプログラムについても、「プログラムを実行する権利」を認める必要はない。著作権を侵害する行為によって作成されたプログラムの複製物が使用されても、「これらの複製物を使用する権原を取得した時に情を知っていた場合に限り、著作権を侵害する行為とみなす(著作権法第113条第2項)」という規定※によって、使用した者に対して著作権侵害として差止請求等ができるようになるのである。