存在している微生物の約90%以上は現時点で分離・培養できておらず、環境中で何をしているのか、ほとんど分かっていません。そこで、さまざまな環境中に存在している微生物がどの様な種類で、どの様な活動を行っているのかを微生物学(微生物を分離培養してその性質を調べる)、分子生物学(培養せずに直接DNAを抽出してその遺伝子を解析することにより培養できない細菌も含めた微生物叢を解析する)の手法を用いて研究を行っています。現在解析している対象は循環型浄化槽です。浄化槽は自然界での有機物分解や物質循環のモデルとして使用しており、微生物叢解析を行うことにより微生物生態学の基礎的な知見収集と、汚水浄化技術への応用をめざして行っています。特定の細菌が生産する代謝産物を要求する細菌株を本浄化槽から多数分離することができたことから、これら細菌株の相互関係の解析やその代謝産物の同定、そして代謝産物要求細菌の系統解析を行っています。光触媒作用を用いた殺菌メカニズムの解明やBDD電極と併用した新たな浄化槽の構築についての研究も行っております。光触媒を用いた更なる応用研究として、日光東照宮の文化財に発生した真菌類の防除を目指しており、現在は東照宮の各種建造物に発生した真菌叢の解析をしております。今後は、環境浄化に有用な微生物を環境中から見つけ出し、浄化機能の向上に役立てたいとも考えております。