Debianではメニューの管理は複数のウィンドウマネージャで対応でき、パッケージのデフォルトのメニュー登録設定を上書きできるような仕掛が入っていたはず(実はMandrakeはdebianからこの仕掛をパチってます)ということで、某所日記に途中まで調べた結果を書いておきました。http://slashdot.jp/journal.pl?op=display&uid=2524&id=99274で、日記に書いた後試しに$HOME/.menuにkcalcのメニュー指定を置いてやったのですが追加されず"Debian"なるメニューが追加され(配下にどかどかとアプリが登録されている)てしまい、予想した動作とは違ったのですが・・・ちょっと検証と実験が必要ですね。kde-update-menu-knoppixパッケージにより上書きされてます)。これでうまく行けばメニューをパッケージから分離した形で再構成できますし、システム全体のメニュー構成を設定するパッチ的パッケージを作成すれば事は済むと思います。