プライマーセットを用いたサンガーシーケンシング法は、新型コロナウイルス変異株の大規模スクリーニングに有用である本研究成果のポイント本研究では、2020年9月1日から2021年5月25日までの期間中に診断のために採取され、残余検体の本研究への利用同意を得た広島県のCOVID-19感染者の唾液または咽頭ぬぐい液、計734サンプルを用いて、新型コロナウイルス変異株スクリーニング方法の検討を行いました。RT-PCR*1により標的スパイク遺伝子を増幅後、サンガーシーケンシング法*2により遺伝子の配列を解読し変異株スクリーニングを試みました。その結果、独自開発プライマーセットによるゲノム配列の読取率は、96.9%-100%と高率であり、スクリーニング対象の709分離株のうち、48分離株が変異を有し、そのうち、26株がB.1.1.7(アルファ株)、7株がE484K変異株、15株がその他の稀な変異株であることが明らかになりました。らの研究グループは、広島県内の医療機関ならびに行政機関にて採取されたCOVID-19感染者の唾液または咽頭ぬぐい液、計734サンプルのウイルス遺伝子を解析しました。RT-PCR*1により標的スパイク遺伝子を増幅し、サンガーシーケンシング法によるゲノム解析を試みた結果、低ウイルス量の検体も含め、効率的な変異株の検出に成功しました。(NGS)*3法を用いた結果と比較検証したところ、検出されたウイルス遺伝子配列は100%一致し、同法の精度が確かめられました。新型コロナウイルス感染症(COVID-19)に対する疫学調査等の推進に関する研究」の一環として行われました。Reports誌に掲載されました(2月14日)。図1:主な新型コロナウイルス変異株とプライマー設計B.1.1.7(アルファ株)、B.1.351(ベータ株)、P.1(ガンマ株)、B1.617.2(デルタ株)、B.1.617.1(カッパ株)、C.37(ラムダ株)およびB.1.1.529(オミクロン株)の分類基準を示しています。A、hCoV-Spike-B、hCoV-Spike-Cにより増幅され、ゲノム配列が解読されます。RT-PCR2セットのプライマーを使用し2段階でPCRを行うことで、目的の遺伝子に対する特異性を高め、低発現の遺伝子を検出する方法。*2:サンガーシーケンシング法:DNAの塩基配列を決定する方法のひとつ。Sangerによって開発された第1世代のシーケンス方法。少数のターゲットの場合、迅速で費用対効果が高い。NGS)DNAの塩基配列を決定する方法のひとつ。第二世代のシーケンス方法。数百万から数十億もの膨大なシーケンシング反応を同時並行して実行することで配列決定の処理量を飛躍的に増大させた技術。