同じファイル名のものがあった場合には、ユーザー側を優先するようにします。側のファイルを変更するだけで全てに反映されます。いう概念(話題)とは別個に考えることができると思います。多くの人がイメージするWikiFarmというのは「Webベースで新しいWikiが作成できる」といったもので、その裏側でWikiがどのように構成されているのか、という部分の縛りはむしろ無いのではないでしょうか。新規にWikiを作成する部分について、裏側で一本分の新しいPukiWikiを''物理的に丸コピー''する形で実現されていたとしても、ユーザーはそれがWikiFarmであると認識するでしょう。定義することができましたので、PHPファイルの共有、およびカスタマイズ要素を含めたデータ部分の分離はかなり実現しています。どちらもオーバーライド可能です。ステータスは着手としておきます。