鳩を返せ!大鳩超獣ブラックピジョン新開発の探査用無人飛行機の話題で盛り上がるTACの作戦室。北斗と南はパトロール中に出会っていた伝書鳩のことを思い出し、帰巣本能解明が目的物の持ち帰り機能に役立つのではと提案する。都市から都市への飛行実験をされることになった。実験中に小次郎は謎の消失を遂げてしまう。飼い主の三郎は小次郎の帰還を願い、丘で鳩笛を吹いた。すると、その笛の音に呼応したかのごとく大鳩超獣ブラックピジョンが出現。TACだったが、ブラックピジョンは消え去ってしまった。北斗と南は、超獣の鳴き声が鳩に似ていたことから、小次郎がヤプールによって超獣に改造されたことに気付く。鳩笛を吹けば小次郎が戻ってくる......三郎は家を飛び出し、再び鳩笛を吹き始めた。ヤプールの命令を無視し、三郎のもとへ現れるブラックピジョン。