空間学習の成績低下が知られている[46]。モリス水迷路や恐怖条件づけで測定される学習・記憶は正常であると報告されている[46]。間で交替率(正答率)に大きな違いは見られない[47]。その他にも、C57BL6/Jではプレパルス抑制が低いのに対して、129/SvEvTacや129/J、129/SvJは高いことが報告されている[48]。このように遺伝的背景が129系統であっても必ずしも表現型解析に問題が生じるわけではないのでC57BL6系へのバッククロスが必須というわけではないと考えられる。戻し交配を行う場合に注意すべきこととして、ドナー系統(もとの系統)の遺伝子の残存がある。C57BL6/Jによる戻し交配を6回経て生まれたマウスは、遺伝子の98.4%がC57BL6/J由来のものとなる。注意が必要である[49]。現在ではC57BL6系統のES細胞株も確立されており、戻し交配を経ることなくC57BL6純系で遺伝子改変マウスを得ることができる[50]。