司令官である椿泰親(内田裕也)に引責辞任を迫ろうと企んでいたのだ。その研究の中心となっているのが、クロウの一人である羅生聖護(日向野祥)の弟・羅生研護(宮里ソル)だと告げる。東連行きを命じられた阿佐美煉(高本学)とそのバディである乃木杏莉(設楽銀河)は、東連に着くなりあるトラブルに巻き込まれる。ク(石渡真修)だった。アレクが東連政府を倒そうとしていることを聞き、煉と杏莉はそれに協力することにする。そんな時NESTでは、ある人物が聖護の前に現れ彼を東連に連れ去ってしまう。その後、椿たちが監視カメラの映像を確認すると、なんとそこに映し出されていたのは先日任務に出て以来行方不明の百地洸(小谷嘉一)の顔であった。椿は新たに聖護のバディである蒼田三月(阿部快征)と天王寺の部下の八神優斗も聖護救出のため東連に向わせることに。その後NESTでクロウ達の身を案じる椿と神楽の元に、思いもよらぬ侵入者が現れる。クロウが誰もいない中で窮地に立たされた椿たちだったが、そこに現れたのは何と死んだはずの大迫由紀夫(村上幸平)であった。大迫はなぜNESTに?様々な因縁が交錯する中で、果たしてクロウ達は東連の計画を止め無事にNESTに帰還する事が出来るのか...。