宇宙要塞ラ・グラミスでの戦いは最終局面となる。連邦とヴェイガンは、共に大きな被害を受けるものの退かず、戦況はさらに激しさを増していく。イゼルカントのDNAを受け継ぐ、謎のパイロット『ゼラ』。恐るべき機動力を持つ怪物モビルスーツ『シド』の登場。知成ゼハートは、イゼルカントに託された大いなる計画、プロジェクト・エデンを達成するため、仲間の犠牲を覚悟の上で、ディグマゼノン砲を再発射する。その一撃によって、多くの命が失われ、ディーヴァも撃沈される。フリット達はその攻撃を予測し、ディーヴァクルーとガンダムを脱出させることに成功する。攻撃の失敗によって追い込まれていくゼハート。そのときアセムは...。宇宙要塞ラ・グラミスで激しい戦闘が続く中、キオが戦場で出会ったのは、ヴェイガンでありながら、かつて心を通じ合わせたディーンだった。殺さない戦いを続けるキオにとって、Xラウンダーの力を使い襲ってくるディーンは、誰よりも手強い相手となる。戦況が緊迫する中、セリックの危機に、艦長ナトーラは決断を迫られる。ヴェイガンは、セカンドムーンとラ・グラミスの連携による、大規模な侵攻作戦を実行しようとしていた。連邦もまた、それを迎え討つべく、宇宙要塞ラ・グラミス攻略作戦を発令する。両軍では最終決戦に向かう戦士たちが、それぞれ思いを巡らせる。この戦いの先にはどのような結末が待っているのか。地球の命運をかけた、両軍の激突は目前であった。人類の過去の戦いにおけるテクノロジーが封じられた悪魔の秘宝『EXA-DB』。それを守護していたのは、巨大な怪物モビルスーツだった。ヴェイガンの最高司令官となったゼハートは、自らにその資格があるかを問うため、イゼルカントに託されたガンダムレギルス一機でシドとの戦闘に挑む。シドはレギルスの攻撃を次々とはねつけてしまう。追い詰められるゼハート。絶体絶命と思われたその時、レギルスの前に、黒いMSが現れる。卓司イゼルカントは、ゼハートにプロジェクト・エデンの真の目的を告げ、自らの代わりにヴェイガンを率いるよう命じる。ゼハートは全てを理解した上で、イゼルカントの言葉に従うことを決意する。連邦側では、フリット、アセム、キオ、それぞれの戦争に対する考え方の違いから三人による口論が繰り広げられていた。フリットのヴェイガン殲滅という強い意志に、キオは、ヴェイガンの全てが悪いわけじゃないと立ち向かう。何のために戦うのか、そして、その終わりはどこにあるのか。アスノ家3代の親子は、それぞれの歩む道を見出し、進んでいく。月面上の戦いはさらに激しさを増す。連邦軍では強力な殺戮兵器であるプラズマダイバーミサイル発射の準備がなされていた。発射されれば、ルナベースは壊滅し、基地内にいる人間は誰も助からない。そこでセリックは、ルナベースのヴェイガンを降伏させるべく、基地内へ決死の突入を図るのであった。突入が決行される中、ジラード・スプリガンは、ガンダム3機を相手に、強力なXラウンダー能力を発揮する...。連邦軍とヴェイガンの戦いは、両軍とも譲らない激しいものとなっていた。そこへ元連邦のパイロット、ジラード・スプリガンが参戦する。キオは、ジラードが連邦とヴェイガン、両陣営の実情を知る人間だと知り、戦いを終わらせるための対話を試みる。ジラードは聞く耳を持たず、優れた操縦技術と異常なまでのXラウンダー能力を駆使し、キオ達を追い詰めていくのだった。ジラードは連邦を裏切ったのか?その理由が明らかになる...。連邦軍によるルナベース奪還作戦での戦いはさらに激化する。その戦いで、キオは、コクピットを破壊しないようにヴェイガンのMSを撃破し、パイロットを救う戦い方を続けていた。苛烈な攻防戦が続く中、フラムがフォーン・ファルシアで参戦する。ゼハートを信じ、ゼハートのために戦うフラム。そんなフラムに、キオは共にXラウンダーの力を使い、争いをやめさせようという提案をするが...。地球圏に戻り、ディーヴァの仲間たちと再会したキオ。キオは、アセムとフリットに火星圏でのことを話すが、フリットのヴェイガン殲滅の考えは変わらない。アセムもまた、迷うキオに、明確な答えを出してやることは出来なかった。アルグレアスは、ルナベースがヴェイガンの手に落ちていることを突き止め、奪還作戦を決行する。今、さらなる進化を遂げたガンダム、AGE-FXが月に向かって降下していく...。注意:内容および画像の転載はお断りいたします。