ドラえもんも加わり映画制作が進む中、のび太はみんなの足を引っ張ってしまい、スネ夫・ジャイアンから仲間はずれにされてしまう。落ち込みながらの帰り道、スネ夫の家で拾った小さなロケットが本物らしいことに気付いたのび太は急いで家へ帰る。ドラえもんも帰ってきてロケットを調べると、中から現れたのは地球人よりも小さな宇宙人、パピだった。パピのロケットは故障しており、ドラえもんとのび太はロケットの修理をしてあげることに。翌日、パピのためにドールハウスを持ってきたしずかを加え、「スモールライト」で小さくなったドラえもんたちは、パピと一緒に遊んで交流を深める。その中でパピはしずかの顔立ちや仕草に、故郷へ残してきた姉・ピイナの面影を見る。しずかと入れ替わりでやって来たジャイアン・スネ夫はパピの存在に驚くも、スネ夫のアイディアで「スモールライト」を使い小さくなり、ジオラマの中で『宇宙大戦争』の撮影を始める。そこへクジラ型の戦艦が現れて攻撃を受け、ドラえもんたちはピンチに陥る。なんとか危機を脱したが、訳がわからないドラえもんたちに、パピは自分がピリカ星の大統領であり、反乱軍の攻撃から逃れてきたことを明かす。反乱軍を率いる将軍・ギルモアが、PCIA(ピシア)という組織を作り、その長官・ドラコルルがパピを捕まえに地球へ現れたのだ。事情を知ったドラえもんたちはパピに協力することを決め、顔がまだ知られていないしずかの部屋に「かべ紙秘密基地」を貼り、中でパピを匿まうことに。ドラコルルが放った探査球によってパピの居場所がばれてしまい、「スモールライト」で小さくなっていたしずかは捕虜となってしまう。夜の公園でパピはしずかと引き替えに自分の身を差し出そうとするが、そこへパピの愛犬・ロコロコと共にドラえもんたちが改造戦車「アストロタンク」で救出へ現れる。無事2人の救出に成功したものの、ドラコルルによってピイナが捕まっていることを知った一同は、修理が終わったロケットでピリカ星へと向かう。自由同盟の基地で盟主・ゲンブと会い、作戦を考えるドラえもんたち。そんな中、責任を全て負おうと決めていたパピは1人でピリカ星に向かい、ギルモアの戴冠式へ出席を決める。ドラコルルによる報道を受け、地下組織に早く自由同盟の作戦を伝えようと、ドラえもん・のび太・ジャイアン・ロコロコは、ピリカ星に落下する隕石に乗じ「アストロタンク」で乗り込むことに。自由同盟の基地で待機することになったしずか・スネ夫は、ドラえもんたちの無事を祈る。地下組織の隠れ家へたどり着き、作戦内容を伝えたドラえもんたちは、「スモールライト」がPCIAの基地にあることを知る。そこへPCIAが攻め入り、地下組織のメンバーたちが捕まってしまう。地下組織のリーダーの手助けで脱出したドラえもんたちは、「スモールライト」奪還のため「石ころぼうし」をかぶり、PCIAの基地へ侵入する。全てはドラえもんたちをおびき出す罠であり、のび太を残しドラえもんたちまで捕まってしまう。自由同盟も基地の場所をついに知られ、差し向けられたおびただしい数の無人戦闘機が迫ってくる。「アストロタンク」を駆り、自由同盟と共に立ち向かうしずかとスネ夫。ギルモアの戴冠式の日。パピはテレビ中継カメラの前で演説を始める。地球でドラえもんたちと出会い、知ったこと。独裁者であるギルモアへの怒り。パピの演説に心を動かされたピリカの人々はこのままではいけないと、次々声を上げ立ち上がる。路上で一夜明かし満身創痍だったのび太もパピの中継映像と、処刑場へ送られるドラえもんたちを乗せた護送車を見て再び奮起し、処刑場へと向かう。その頃、無人戦闘機との戦いに勝利したしずかとスネ夫はピリカ星へやってきていた。PCIAの攻撃で「アストロタンク」は海に落下してしまう。ビルの屋上にある処刑場へたどり着いたのび太も、パピを助けようとし、共に屋上から転落してしまう。絶体絶命のその時、しずかとスネ夫の体が巨大化を始める。「スモールライト」の効き目が切れて、元の大きさに戻ったのだ。転落したのび太、磔にされていたドラえもんとジャイアンも元の大きさに戻り、離ればなれだった五人は集結し再会を喜ぶ。助けられたパピたちは地下組織のリーダーたちと共に民衆へ呼びかけるため放送局へ向かい、ドラえもんたちはPCIAの無人戦闘機たちと戦いを繰り広げる。ドラコルルたちが乗ったクジラ型戦艦の攻撃に苦戦するも、力をあわせてこれに反撃。逃げる戦艦に飛び乗ったジャイアンの一撃で戦艦は海へ不時着し、ドラコルルも降伏する。ギルモアは一人で宇宙空港に向かい逃亡を図ろうとしたが、シュプレヒコールを上げるピリカの民衆たちに取り囲まれてしまう。敗北を悟ったギルモアはその場にへたり込み、独裁に終止符が打たれる。平和が戻ったことに喜び合う人々から離れ、久々に姉と弟、家族水入らずの会話をするパピとピイナ。ピイナの言葉でパピはずっと堪えていた涙を流し、それをピイナは受け止めた。「スモールライト」を取り戻したドラえもんたちはパピらと再び会う約束をし、地球へと帰って行く。後日、完成した『宇宙大戦争』を観た出木杉はその仕上がりに驚き、どのように撮影したのかドラえもんたちに尋ねる。一同は待ってましたと言わんばかりに出木杉に顔をよせ、「聞きたい?」と言うのだった。BEGINNING...【海外FXで日本で人気No.1】XMで口座開設は、下記のバナーから!シンプルなFX必勝法マニュアルを提供します。