新潟大学が遺伝資源の保護のため、メダカの飼育を行っている。発見されたことから、哺乳類以外の脊椎動物での性決定機構を研究する上で注目されている。脊椎動物の発生のモデル生物として、魚類では国際的にはゼブラフィッシュが良く用いられているが、日本国内ではその歴史的背景からメダカを用いる研究者も多い。ら(2004年)によって多くの突然変異体が見つけ出されている。他に、生態学の分野では縄張り制の研究に用いられた。新潟県の見附市や阿賀町などでは佃煮にして冬場のタンパク質源として保存食にする習慣があり[13]、新潟県中越地方ではうるめとよばれている。新潟市にある福島潟周辺でも、メダカをとって佃煮にしていた。少量しかとれず、少し季節がずれると味が苦くなるので、春の一時期だけ自家で消費した[14]。長岡市付近では、味噌汁の具にも使われていた。近年では養殖も行われているが、これは野生のメダカではなく、養殖が容易なヒメダカである[15]。愛知県ではメダカを生きたまま飲み込むと婦人病に効くとの伝承があった。その他、地域によっては泳ぎがうまくなる、目がよくなるなどの伝承もあったらしい[16]。4種類の色素胞の有無あるいは反応性の違いによって様々な色調を示し、カラーメダカと呼ばれる。変異型には以下のものがある。ヒメダカ(緋目高)黒色素胞(メラノフォア)が無く黄色が目立つため体色がオレンジ色をしている。観賞用や教材用に流通している[3]。黒色素を作れない系統と、黒色素の生成を抑制する遺伝子を持つ系統がある。本来、後者は斑メダカ(ブチメダカ)と呼ぶが、前者との混同がある。シロメダカ(白目高)黒色素胞がなく黄色素胞(キサントフォア)が発達していないため、体は白い。白色色素をもつ系統は特に白くなる。黄色色素を全く作れない変異を固定した系統と、黄色色素を僅かしか作らない個体の選抜によって固定した系統が含まれる。後者の系統は色素を作る能力を持つため繁殖の際に適切な選別淘汰を行わないと徐々にヒメダカに戻ることがある。アオメダカ(青目高)野生型のメダカから黄色色素を引いたもの。黒色素や虹色色素の影響で青く見える。青メダカに青い色素は無い。アルビノ(白子)体色変異株[17]で黒色と黄色の色素細胞が全くない。体が白いだけでなく、眼が血液の色で赤い。(アルビノ)の4種類の色素突然変異株の交配種を選抜したメダカで[18]、黒色、白色(ロイコフォア)、虹色(イリドフォア)の3種の色素胞を持っておらず、体が透けて脳や内臓まで見えるため、解剖を行わなくても生きている生物の内臓を研究できるようになった。名古屋大学の若松佑子らのグループによって作出された[18]。これらと区別するため、野生型のメダカを通称クロメダカ[3]、野メダカ、昔メダカともいう。観賞用メダカの中に野生型より黒く改良された品種があり混乱の原因になっている。野生のメダカにはメダカあるいはニホンメダカという名前が付いており、これを黒メダカとするのはカラスを黒カラスと呼ぶのと同様で誤り。「野生のメダカ」と「野生型メダカ」は異なるものであり、野生のメダカと同じ型のメダカを「野生型メダカ(クロメダカ)」と称しているのであって、観賞用メダカから選別漏れした個体を含めていることもある。従ってクロメダカであっても自然界に放してはならない。遺伝子操作されたメダカ発光遺伝子を持った「光るメダカ」などが台湾などから輸入され一部の業者で販売されている[19]。「光るメダカ」とはメダカの受精卵のDNAの一部を、発光クラゲから取り出した蛍光起因を持つDNAと組み換えて作り出す遺伝子組み換え生物である。人為的に作られた生物のため、野生には存在しない。遺伝子組換え生物は自然界に放たれた際の遺伝子汚染が危険視され、日本では遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律(カルタヘナ法)によって規制されている。この光るメダカは同法の承認がない状態で輸入・流通している違法な商品であるため、環境省及び農林水産省が同生物の回収を呼びかけた[20][19]。2013年7月21日時点のオリジナルよりアーカイブ。東海大学出版会、2013年、第3版。978-4486018049。carnaticusと同種であるとする説もある。日数をかけて徐々に人工海水を投与し慣らしていく必要がある上、個体によっては耐性が低いこともあるので注意を要する。き書新潟の食事』(日本の食生活全集15)(農山漁村協会、1985年)21-22頁、48頁。