薫(広末涼子)が殺される前、清春(賀来賢人)は薫からそう告げられていました。そのことを思い出した清春は、戸惑いながらも克樹に対する思いが微妙に変化します。(北村一輝)、江國(杉本哲太)を襲ったガスマスクの男が半グレ集団『ベルムズ』のリーダー・陣内(落合モトキ)ではないかという疑惑が浮上します。ストーリー後半で清春はある重大な記憶を取り戻します。「碓氷薫(広末涼子)殺害事件」の接点。才門要(井浦新)は遊佐清春(賀来賢人)に、強奪された十億円は警察の極秘プロジェクト『ニッポンノワール』の資金だった。薫は十億円事件を追う中で謎の組織ニッポンノワールの存在を突き止め殺害された可能性が高いとも告げる。捜査一課長の南武修介(北村一輝)は、警察組織の中に『ニッポンノワール』の息がかかった人物が紛れ込んでいる可能性を示唆する。規模も目的も謎に包まれた『ニッポンノワール』。薫はどこまで真相に迫っていたのか。真相に迫ったからこそ殺害されたのか...こうした中突然、清春たちはガスマスクの男に散弾銃で襲撃される。防犯カメラの映像などから犯行は半グレ集団ベルムズの現リーダー・陣内によるものだと判明。ニッポンノワールとの繋がりは...取り調べを進める清春に対し陣内は「碓氷克喜(田野井健)だっけ?俺はあいつのすべてを知っている」と謎めいた言葉を投げかける。そのころ、警察の建物にはガスマスクを装着した男が約100人の武装集団を率いて歩みを進めていた。加速する急転の第5話...。この日、ドラマ「ニッポンノワール」第1部が完結を迎える。遊園地で謎のマークを見せられて気を失った清春(賀来賢人)は、薫(広末涼子)が殺される前、薫にそう打ち明けられていたことを思い出しました。相談と称して薫をホテルのラウンジに呼び出し、結局2人は一夜を共にしたというのです。薫は、克樹と清春の親子関係を示すDNA鑑定結果を差し出します。そこで初めて清春はその事実を思い出すのでした。清春にとっては記憶から消えるほど取るに足らないことだったのかもしれませんが、薫にとっては違いました。目を覚ますと、克樹の顔が目の前にあったため清春は飛び起きます。克樹は不眠症の清春が珍しく寝ていたので見ていたのだと言います。現実の克樹を目の当たりにした清春は、明らかに挙動不審になります。自分の息子だということがわかって、どうしたら良いのかわからないのです。「南武さん(北村一輝)は僕の父親ではありませんでした。僕の父親は誰なのでしょうか」もちろん、清春がその質問に答えられるわけがありません。そんな克樹を無理やり学校に行かせ、喫茶店「ボナーロ」に入ると、才門(井浦新)が待ち受けていました。「お前が克樹の父親だってことか?」マスター(笹野高史)と咲良(夏帆)は驚きますが、清春はそんなことよりも昨日の才門の行動について才門に詰め寄ります。才門はたまたま通りかかったら清春が倒れていたと言いますが、南武課長が貸し切りにしたはずの遊園地に才門はいました。南武課長が才門をおびき寄せようとしたところに乗ったとしか考えられません。才門は自分ではないと言います。「だったらガスマスクはなんなんだ。『ニッポンノワール』という言葉は、長年刑事をやってきたマスターも聞いたことがあるようです。才門は、公安が警察の中の警察なら『ニッポンノワール』は警察の外の警察であり、現行の警察では取り締まることができない組織だといいます。「よほどの権力を持っている、とか?」では、10億円強奪事件と碓氷薫殺害事件の黒幕はニッポンノワールなのでしょうか?しかし、奪われた10億円は彼らの資金でした。それ故に事件の被害者といっても良いのかもしれません。彼らは10億円を取り返したいものの、組織の存在は公にはしたくないというジレンマを抱えています。才門は薫からこのことを聞かされたといいます。薫は、才門の婚約者であった咲良の姉・星良(入山法子)のためにニッポンノワールの存在をつきとめたのです。「今思えば、そのせいで薫は殺されたのかもな」そう考えると、ニッポンノワールの手先だと考えられるガスマスクの男は薫を殺した犯人でしょうか?すると、突然轟音とともに喫茶店の窓ガラスが粉々になりました。NNマーク外を見ると、ガスマスクの男がショットガンを構えています。清春が追いかけますが、取り逃がしてしまいました。ガスマスク男を探しているうちに、ふと見ると倉庫の壁に清春が見た謎のマークが大きく描かれていました。マークは、アルファベットの『N』が二つ重なっています。捜査一課は、ガスマスク男の捜査を始めました。遊園地の映像は工作されていて、ガスマスク男を確認することはできませんでした。残るはボナーロを襲った方ですが、清春は違う人物がガスマスク男に扮していると言います。「昨日戦ったやつとは明らかに弱かった」いずれにしても、喫茶店襲撃犯を追えば江國(杉本哲太)を襲った犯人が明らかになるかもしれません。清春は、南武課長に「なぜ班のみんなにニッポンノワールのことを言わなかった?」と問います。南武課長は、どこに組織の手下がいるとも限らないので、念には念を入れていると説明しました。清春は、薫が殺された日、なぜ海外出張を偽装したのか聞きました。南武課長は、課長を巻き込みたくないから海外に行ってくれと薫に頼まれたのだといいます。南武はその理由は、薫は全てが終わったら話すというので聞いていません。強奪事件と克樹に何の関係があるのでしょうか?しかし、薫は終わったら話すと言って、克樹との関係は教えてくれませんでした。南武はとりあえず薫の言うとおりにすることにしましたが、克樹が再検査をするということを聞き、日本に残ることにしたのでした。再検査の場所は警察病院でした。南武にはそのことが気にかかっていました。一応病院関係者に聞いてみましたが、知らぬ存ぜぬで取り合ってもらえませんでした。薫が克樹を警察病院に連れていったのか、強奪事件と克樹の関係はどのようなものなのかわかりませんが、薫が克樹のために動いていたのは確かです。「だから克樹も安全ではないということになる。南武は清春にそう忠告しました。その後、南武はある高級サロンに向かいます。待っていた人物を、南武は『碓氷』と呼びました。警察庁長官だった薫の父親(大和田伸也)です。「薫さんを殺害した犯人は必ず見つけます。碓氷元長官はそうつぶやきました。ベルムズのリーダーその夜、清春は克樹と会いづらいので、喫茶店に入るまでまごまごしていました。思い切って中に入ると、克樹がプリントを差し出してきました。「一応先生に渡せと言われたので...」それは三者面談のお知らせでした。戸越(工藤阿須加)は、警視庁のガンと呼ばれている男が三者面談なんか行くはずがないと笑いましたが、清春はまさかのOKを出しました。清春が学校に来てくれると知って、笑顔を見せる克樹。才門は、明海(立花恵理)の部屋で誰かと電話で会話をしていました。使用している電話は、仕事で使用しているものとは別のものでした。帰宅した明海に、才門はガスマスク男を探す手伝いをすると言い出しました。放課後、清春は緊張の面持ちで学校に教室に入りました。担任は克樹の家での様子などを聞きますが、清春はうまく答えられません。「では、克樹くんにどのように育って欲しいというのはありますか?」そう聞かれた清春は、後悔してほしいと答えます。しなきゃ良かったとかこうすれば良かったと、その悔いを改めたり、糧にしたり、そうやって何度もつまづくことで強くなってくれたら嬉しいと語りました。克樹はそれを聞いてうれしそうにしています。「お前ナメてんのか!」いつもの調子で清春が担任に掴みかかろうとしたため、学校は警察を呼ぶ羽目になってしまいました。清春も反省しています。