頼朝も比企の尼の恩に報いるため、比企家の当主・比企能員(よしかず)を上野や信濃の目代にした。1182年(寿永元年)頼朝の長男・頼家が産まれると能員は頼家の乳母父になり、比企氏の女性達が乳母になる。次男・実朝が産まれると、政子の妹・阿波の局など北条氏の女性達が乳母になった。その後、比企能員の娘・若狭の局は、頼家に嫁ぎ、1198年(建久9年)に頼家の長男・一幡を産む。1199年(建久10年)1月に頼朝が亡くなる。歳の長男・頼家が、二代将軍となり、比企氏が将軍の外戚として勢力を付ける事になる。1203年(建仁3年)頼家が病にかかると、同年9月、比企氏を北条邸で薬師如来の法要があると偽り、比企能員を自分の屋敷に招き殺害。北条氏の軍は、鎌倉・比企が谷の比企の館も襲い、比企一族は滅亡した。北条時政は、頼家の将軍職を解き修善寺に幽閉、北条氏が乳母をした実朝を三代将軍にし、後見人として権力を握る。翌年7月、頼家は北条氏により殺される。この時、頼家の側にいた妻の若狭の局は、頼家の位牌(遺骨説もあり)を持ち、武蔵国大谷村に逃げてきたと伝えられている。この争いは「比企の乱」と呼ばれているが、京都の公家や僧侶の日記などから、比企氏から権力を奪取するための北条氏の謀略とされている。能員の末子・比企能本(よしもと)は、比企一族滅亡時に2歳だったが助命され、長じて出家し日学上人となった。鎌倉に戻った能本は、1253年(建長5年)日蓮に帰依する。比企一族の菩提を弔うためは、鎌倉の比企氏館跡にあった自らの屋敷を日蓮聖人に献上した。法号をそれぞれ授与、この寺を「長興山妙本寺」と名付けたという。