戦闘の基本キャラクターのHPは移動せずにじっとしていると自動的に回復します。武器をしまったり、敵がいない状態ではより早く回復します。バトル中にL+Rで武器を出し入れできます。△ボタンを押すことで武器を構えますが、構え状態でない時にダメージを受けると大ダメージとなります。L+十字キーの左右で操作キャラクターチェンジができます。キャラチェンジをするときには、アビリティ発動時に必要なアビリティゲージを消費します。魔法はボタンを押すことで詠唱し、放すと発動します。魔法の種類とキャラクターの魔力によっては詠唱し続けることで強力な上位魔法に変化します。魔法で消費するMPは自動では回復しません。ファントマを入手する際に同時に回復します。強力な敵からファントマ入手した場合ほど、回復するMPも多くなります。コマンドアビリティはキャラクター固有の技のコマンドです。コマンドアビリティは装備しないとコマンドとしてセットされず、使用することができません。魔法とは違いコマンドヘルプの上にあるアビリティゲージ【AG】を使って技を発動することができます。アビリティゲージは敵を攻撃することで増えていきます。アビリティゲージをためることで何度でも使用できます。Rを押して敵をロックオンしていると敵が隙を見せた時にカーソルが赤く光ります。この状態「キルサイト」の敵に攻撃を加えるとその敵を一撃で倒せます。相手がボスの場合は黄色に光る「ブレイクサイト」で、大ダメージを与えます。ボスでも瀕死になれば赤のキルサイトになります。倒した相手に向かってRを押し続けるとカーソルが90度回転します。この状態で○、□、△のいずれかを押すと「ファントマ」を入手できます。製品版では敵に近づく必要はなく、一瞬でファントマを吸収できるようになり、さらにファントマ入手時に周囲に敵がいるとダメージを与えられるように。ターゲットロック中に十字キーの上を押すと倒した敵など攻撃できないターゲットをロックできます。混戦中にファントマを入手したい場合に便利。回復ポイントに触れればパーティメンバーのHP・MP・AGが全快します。STARTボタンを押してメニューを呼び出し、Rを押してアイテム選択画面にすることでアイテムを使用することができます。△・○を同時押しすることで召喚獣を呼び出すことができます。召喚獣はとても強いですが、召喚獣を呼び出したキャラクターは戦闘不能になってしまいます。作戦中にスタートメニューから作戦中止を選択すると作戦中に獲得した経験値を持ったまま魔導院に帰還します。ついて敵には指揮官がいる場合が存在します。指揮官には固有名が付いています。通常の敵より強力ですが、倒すとそのエリアの他の雑魚敵が全て降伏し、戦闘が終了となります。製品版では、指揮官を倒すと他の敵は逃げ出し、一定時間経過しても逃げ切れなかった兵士は降伏する、という仕様になっています。降伏した敵を調べると通常では入手できないアイテムを入手できる場合があるようなので、製品版でもこれによって入手できるアイテムが数多く存在すると推測できます。ファントマファントマについてファントマとは【命の源】とされるもので倒した敵から入手することができます。倒した敵をロックオンし、○×△□いずれかのボタンを押すことでいずれかの種類のファントマを入手できます。この際、MPも回復し、レアなファントマほどMP回復量も増します。体験版では1人ずつからしか吸収できず、また吸収するまでに時間がかかりましたが、製品版では素早く、しかも倒れている敵全てから一度に吸収できるようになっているようです。ファントマは魔導院で行える魔法の強化に使用します。スペシャルオーダースペシャルオーター(S.O.)についてスペシャルオーダー(S.O.)とは、戦闘中不意に発生する特殊指令のことです。S.O.受信を確認したら、Lボタンを押してメニューで選択するとS.O.を承諾となります。S.O.には制限時間があり、受けるとなんらかのプラスの状態変化効果を得ることができますが、それまでに達成できなければ代償として現在の操作キャラクターが死亡してしまいます。S.O.には2種類あり、表示される手紙が白いものは汎用で、その作戦中どこでも発生します。手紙が通常より赤っぽいものはそのエリア固有のS.O.となっていて、成功させるとその場で報酬がもらえます。