中部ドイツの田舎町ケストリッツの宿屋の息子として生まれる。カッセルの教会学校の歌手となり、ギムナジウム(7年制または9年制[10〜19歳]の大学進学を前提とした中等教育機関)に入る。法律とオルガン演奏、作曲の勉強を始める。卒業後、奨学金を得て当時の音楽の中心地イタリアに留学。ヴェネツィアで、当時最高の教会音楽家・教師として名を馳せたジョヴァンニ・ガブリエリ(1554-1612)の弟子となる。死の床でガブリエリはシュッツに形見として指輪を託したと伝えられ、シュッツが師匠と呼んだのは生涯でガブリエリ唯一人だった。最初の公式曲集『マドリガル集第1集』作曲。ドイツに帰り、カッセルの第2オルガニストに就任。現存する最古の楽団として知られるドレスデン宮廷楽団(現シュターツカペレ・ドレスデン)宮廷礼拝堂つきの作曲家となり、1621年以降1672年に亡くなるまで楽長の地位についた。三十年戦争(1618-1648)が勃発。戦争以外でも伝染病や貧困による犯罪などが多発し、約三分の一の人口減少があったとされる。人々の心は荒廃し、ドレスデンの音楽活動は凋落する。1620年代後半には、戦況悪化とともに楽長としての仕事は中断され、分散した楽団を再編成することに力を尽くした。一方で、この時期から以降には充実した作品を次々と発表している。ヴェネツィアを訪れ、モンテヴェルディ(1567-1643)に師事。デンマーク王子クリスティアンV世の結婚式用音楽の依頼によりコペンハーゲンへ赴き、1635年まで滞在。デンマーク王室との関係はその後も続き、1642年から1644年にかけて再び訪れデンマーク王子と友情を温め『シンフォニア・サクラ集第2巻』を王位を継ぐことなく早逝した王子へ死後に献呈した。幸福とは言えない晩年を過ごし、ドレスデンで心臓発作を起こし、87年の生涯を閉じた。