美羽は追いつめられてしまう。クラス一番の美少女と名高い琴吹ななせ。自己嫌悪で落ち込むこともしばしば。我が国アニメの振興を図ることを目的として、昨年度から新たに始まった文化庁のプロジェクトです。全国大会で激闘を繰り広げた中学生たち。宿に、初めて中学生が招集されていた。皆、久々の再開に士気高く合宿に臨む。実力を備えた選手たちと謎のコーチ。season2鴨川上空での戦いから数ヶ月後。監視の下、ランがウォクス・リンファを使用した実験に参加していた。その部隊の中にはウォクス・イグニスの姿があった。ムギナミと離れて暮らす日々に寂しさを感じていた。その頃、国際会議のために鴨川に近づくファロスにウォクス・イグニスが接近中との報が入る。