渡す1つめの整列済み配列ファイル。渡す2つめの整列済み配列ファイル。alignment実行時にmafftに–addで渡す配列fastaファイル。alignment実行時にmafftに–addfragmentsで渡す配列fastaファイル。alignment実行時にmafftに–addprofileで渡す配列fastaファイル。alignment実行時にmafftに–addfullで渡す配列fastaファイル。以外のものを記述する。