美怜が現視研に入会した。2人はいわゆる「腐女子」であった。グを着けた「男の娘」で・・・。代目』の活動が始まる!アオハライド高校1年の終わり、双葉は運命の再会を果たす。姿を消してしまっていた初恋の人・田中洸。その洸が、3年ぶりに双葉の前に現れた。洸の苗字は「馬渕」に変わり、性格もクールな別人になっていた......。徐々に明らかになっていく、空白の3年間。二人の恋は、再び動き出す。いや世界中の巨人を駆逐してやる!そんな夢と希望を胸に入学式の朝を迎えたエレンはさっそく寝坊してしまう。サシャ、ジャン、コニーといった他の小学校出身者たちと出会う。「ここが進撃中学校か」エレンたちが見上げる先にはそびえ立つ巨大な壁と校門。ここをくぐれば入学式が待っている。エレンは知らなかった。世界を襲った未曾有の大災害“セカンド・インパクト”。この影響で人類の半数近くは死にいたり、世界の各地には大破壊の痕跡が刻みこまれた。歳の少年・碇シンジは父親から第3新東京市へ呼び出されて、出迎えを待っていた。それは「使徒」と呼ばれる正体不明の存在で、たちまち国連軍と激しい交戦を開始した。爆風に巻きこまれ、危機に陥るシンジ。その生命を救ったのは、葛城ミサトと名乗る女性だった。ミサトの車で特務機関NERV(ネルフ)の本部へと連れていかれ、シンジは父と3年ぶりの再会をはたした。シンジは父の碇ゲンドウから極秘裏に開発された巨大な人型兵器を見せられ、使徒との戦いを強要された。それがシンジと人造人間エヴァンゲリオン初号機との出逢いであった。反発を覚えたシンジではあったが、女性パイロット綾波レイの重傷を目のあたりにして、逃げることを否定し、ついに自ら出撃を決意する。すべての謎の鍵を握る碇ゲンドウは、シンジの苦闘をじっと見つめている......。戦闘ではなく炊事洗濯の毎日に追われる日々。想いをのせて仲間とボールを"繋ぐ”、それがバレーボール。501部隊発進しますっ!ネウロイの巣を破壊した戦いで魔法力を失った宮藤芳佳。501部隊が解散した後、彼女は故郷の扶桑へ戻り、久しぶりに平穏な日々を送っていたが、かつての上官だった坂本たちの計らいで欧州の医学校へ留学する事になる。海軍兵学校で坂本の生徒だった服部静夏と一緒に再び欧州へ向かう宮藤。501部隊の隊員たちも各地に散り、それぞれの生活を送っていたが、宮藤の再渡欧や新たなネウロイの兆候をキッカケに、再び集まり始める。そんな時、欧州を旅する宮藤と静夏の前に、強大なネウロイが出現、宮藤はかつてない最大の危機に陥ってしまう。