当初、本部門は日本脳炎ウイルス、デングウイルスなど蚊媒介性フラビウイルスとそれらと遺伝子構造が類似しているC型肝炎ウイルスの基礎・応用研究を中心に進めた。日本脳炎ウイルスの病原性を遺伝子レベルで解析するために、全遺伝子配列を決定し比較解析を行った。全長ウイルスcDNAからウイルス粒子の再構築するリバースジェネティクス技術を用いて、病原性の原因となるウイルス因子について研究を進めた。その後、新興感染症の流行に伴い研究対象を拡大してきた。ウエストナイル脳炎ウイルス、黄熱ウイルス、ジカウイルスなどのフラビウイルスに加えて、チクングニヤウイルス、リフトバレーウイルスなどの蚊媒介性ウイルスが加わった。JST(その後AMED)と共同で、ケニアにおける黄熱病対策や感染症サーベイランス強化事業を実施した。