フィリピン侵略は息子の松倉勝家の代となる1637年においても検討がなされた[74]。その後、5年間はフィリピンへの遠征は考慮されなかったが、日本の迫害から逃れてきたキリスト教難民がマニラに到着し続ける一方で日本への神父の逆流が続いていた......松倉重政の後を継いだ息子の松倉勝家は、父に劣らず暴君でキリスト教の敵であったが、勝家が島原の大名として在任中に、最後のフィリピン侵略の企てに遭遇することになる。鎖国令が構築されていく中で起こった島原の乱は、参加した農民がキリスト教を拠り所にしていたという点で幕府に大きな衝撃を与えた。この時期にも宣教師の潜入・潜伏はやはり続いており、寛永14年(1637年)には琉球経由で密入国を企てていたドミニコ会の宣教師ら4人が長崎で処刑されている。鎖国の完成と共に潜伏していた、あるいは潜入を試みていた宣教師達は姿を消していった(ジョバンニ・シドッチのように完全に密入国を試みる者がいなくなったわけではない)。キリスト教の禁令はローマカトリック教会に限定されていたわけではなく、平戸のオランダ倉庫はキリスト教の年号(1639年)を使用したことを理由に破壊され[78]、オランダ人墓地も同時期に破却、死体は掘り返され海に投棄された[79]。