コロナウイルス2(SARS-CoV-2)の検出はリアルタイムRT-PCR法を用いることが主流である。N2セットおよびS2セットによる検出法がウェブサイトで公開されている(https://www.niid.go.jp/niid/ja/lab-manual-m/10032-sars-cov-ref2.html)。それの検出感度への影響を評価することが重要である。https://www.gisaid.org)に集約されている。我々はGISAIDに登録済みのデータを利用してミスマッチ検索を行っている1)。GISAIDは各国の研究者から任意に配列情報が登録される。登録数とその由来国に著しい偏りがある。そのまま世界における存在比率を示しているわけではないことに注意が必要である。宿主が「Human」の配列を集めることにしている。MI)を用いてミスマッチを分析している。SARS-CoV-2の変異ウイルスが世界的に出現し始めた。国や団体等それぞれで認定が異なる。GISAIDの登録上は4種がVOCとなっている。急速に世界に広がっている3)。南アフリカでVOC202012/02とは関係なく独立して出現した4)。日本の羽田空港の検疫所でブラジル人旅行者から検出された5)。感染力を増加させると考えられている6)。患者やワクチン接種者から採取した血清で中和活性の低下がみられた7,8)。この変異によってウイルスの感染力や宿主の免疫回避能力が高まる可能性が指摘されている10,11)。それらの存在率を表2に示した。S2セットでは1.83%のミスマッチがみられた(表1)。変異を導入した合成RNAテンプレートを作製して評価を行った。検出効率への影響は特にないと考えられる(表1)。香港からの登録全体(1,758配列)の37%を占めていた(表2)。注意が必要であることが示唆された。SF1_T18CもVOCでは存在率が低いことが示された。全体のデータと比較して低いと言えた。N2セットの検出感度への影響はなかった。デルタ株のVOCで特徴的と思われる。デルタ株のミスマッチの17%を占めていた。S2セットがデルタ株の検出に有効であることを示唆している。主流のSARS-CoV-2集団がN501Yを含むVOCにとって代わったことを示している。今後はこれらVOCの登録配列におけるミスマッチを継続して評価していくことが重要である。