公開予定アメリカ大統領直属のエージェントのレオンは、機密情報を握るアントニオ・テイラーを拉致した武装集団の車両を追っていた。現れた謎の女の妨害に遭い、犯人たちを取り逃がしてしまう。対バイオテロ組織「BSAA」のクリスは、サンフランシスコを中心に起きている、感染経路不明のゾンビ発生事件を担当していた。調査の結果、ウィルスの被害者全員がある場所を訪れていたことを突き止める。そこは、かつて刑務所として使用されていた監獄島・アルカトラズだ。島へ調査に向かう為、クリス一行はフェリーへと乗り込む。