HMMERに含まれるhmmbuildというツールを使って、ClustalWの多重アラインメントの出力からプロファイルHMMを作ることができます。プロファイルHMMは、EMアルゴリズムの一種であるBaum-Welchアルゴリズムによって作られます。Viterbiアルゴリズムを用いて、プロファイルHMMに最も一致するアミノ酸配列を出力することができます。†タンパク質のファミリーとは、進化的祖先が同じタンパク質、つまり相同体を集めたものです。進化的祖先が同じファミリーを集めたものをスーパーファミリーといい、あるスーパーファミリーに含まれるファミリーをそのスーパーファミリーのサブファミリーといいます。いうファミリーに属しています。Domainsで確認できます。