アルノは1789年にアサシンとなってから初めてエリスと話す機会を得る。彼女もテンプル騎士団内で父が殺された事件を追っていたが、味方を失い支部長に命を狙われて身動きが取れない。アルノはエリスを助けるため、アサシン教団に協力するよう説得する。エリスはその提案を喜べないが、他に手はない。アサシン教団本部で協力要請するエリス。マスターアサシンたちは当然テンプル騎士を警戒するが、ミラボーだけはエリスを受け入れようと話し合いを促す。ミラボーが評議会を説得しているあいだに、あの銀細工師のフランソワ・ジェルマンがかつてデ・ラ・セールの部下でありテンプル騎士団を追放されていたこと、どうやって騎士団に戻ったのかはわからないが、この男がデ・ラ・セール殺害の命令を出した支部長の正体だったことがわかった。こいつが、現代編のアサシンたちが追っている賢者でもある。アルノはジェルマンの正体をミラボーに報告しようとするが、彼の自宅へ行くとミラボーは何者かに毒殺されていた。状況からエリスと評議会のマスター・ケマルが容疑者と思われたが、真犯人はベレック。ベレックは永遠の敵であるテンプル騎士団と和解しようとしたミラボーを粛清として殺害し、共に教団を救いたいとアルノに持ち掛ける。そんなやり方を受け入れることはできないアルノは、師匠と戦い、倒す。