PyMolTMでSurface表示しています。スパイクタンパク質はシアン系、マゼンタ系、イエロー系で表示しています(3量体になっている)。スパイクタンパク質の受容体結合ドメインはそれぞれが帰属するスパイクタンパク質の色と同系統でちょっと濃い色をつけています(すごくわかりにくくなってしまったけど)。ACE2の断片はグリーンです。このデータではACE2断片は1個だけスパイクタンパク質に結合してます。問題のN501(501番目のアスパラギン)の部分に赤色をつけてみました(ACE2と結合している受容体結合ドメインのN501だけ)。上の図だと小さすぎてわからんのでちょっと拡大してみます。おお、ACE2とくっついてる部分の奥の方にN501が見えますね。こんなきわきわの部分だったんですね。詳しい場所がわかりました。)というのは、ありそうなことだという感じがします。次に、N501に加えて、501Y.V2において受容体結合ドメイン内の変異が確認されているK417とE484も確認してみました。(これもACE2と結合している受容体結合ドメインのものだけ)。N501は赤、K417は青、E484は橙で表示しています。501Y.V2での変異(受容体結合ドメイン内のもの)はK417N、E484K、N501Yです。今回の、新型コロナウイルス変異株(VOC-202012/01および501Y.V2)のスパイクタンパク質の受容体結合ドメインにおける変異についてまとめると下図・下表の通りです。NC_045512.2注;スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン以外の変異は示していません。)に置き換えて記載しています。・ヒトへの感染力が高まる可能性(これは確定っぽいけど)・変異前のウイルスへの感染や、変異前のウイルスから設計されたワクチンによって作られた一部の中和抗体の効力を低下させる可能性といったところです。本当のところどうなのか、そのうち確定的なデータが出てくるんじゃないかと思います。ついでに、今回取り扱った変異に関連するアミノ酸を以下に示します。性質が変化してしまうということですね。するとACE2やら抗体やらとのくっつきやすさが変わってきてしまう、とな。チロシン(Y)アスパラギン(N)リジン(K)グルタミン酸(E)説明;空間充填モデルで表示。緑が炭素原子、青が窒素原子、赤が酸素原子、白が水素原子。注;タンパク質を構成している状態を切り出しているので、水酸基(OH)は表示していません。この記事を書いた当時はさほどニュースになっていませんでしたが、このところ(2021年3月)ニューヨークで流行しているB.1.526というのがあり、このB.1.526のうちのほとんどにE484K変異が認められているとのことです。(B.1.526に分類されるものの中にはE484KじゃなくてS477Nを持つものがあります、ごく少数派ですが。ちなみにB.1.526にはN501に変異はありません(まだ変異がないというべきか)。)で、スパイクタンパク質の受容体結合ドメインにおいての変異がE484Kだけであっても現行のワクチンや中和抗体が効果を十分に発揮できない可能性がある(未査読論文からの解釈)とのことなのでちょっと気がかりですね。アイキャッチ画像と記事タイトルの「変異種〜」を「変異株〜」に変更しました。投稿一覧いろいろあって現在ほぼ主夫。そんなワタシがVUCAな日々を奮闘する中で気付いたり感じたりしたことの記録です。ニッチなところでうっかり誰かのお役にたてればうれしい。*Amazonのアソシエイトとして、buは適格販売により収入を得ています。2020.04.03スマートフォンアプリのGoogleカレンダーで、他のGoogleアカウントの予定表を表示するための手順の備忘録です。使用して、お客様の好みや繰り返しのアクセスを記憶することで、最も適切なエクスペリエンスを提供します。使用に同意したことになります。設定」にアクセスして、管理された同意を提供することができます。