01:15:59)//門脇(2005-8-26)COLOR(red){SIZE(30){Rで並列計算}}(とりあえず、動いたので報告です。256ノードで動かすと、さすがに速いです。)snowパッケージを用いてクラスターマシン上で並列計算を行う。始まる行はコメントで表示されません。囲ったテキストは注釈になります。Makefile.aimkを修正してmake。展開したディレクトリをそのまま使う。コンパイルには、Rをビルドしたものと同じコンパイラを指定しないと、実行時に動かない可能性あり。シェルの起動スクリプトに、パスの追加、PVM_ROOTやPVM_ARCHの設定。"snow"))rpvmおよびRmpiは、並列計算ライブラリのMPIおよびPVM、を利用する場合に必要。それ以外にsshによるリモートログインを用いた並列計算も可能。set.seed)###ですよね。"x")###ですよね。[#be842447]並列化するCPUを増やしても通信のコストがかかるため、場合によってはあまり速くならないことがある。そこで、並列化するノードの数の最適化を動的に行ってみる。例からは、parApplyよりもparRapplyを使った方が良いことが分かる。呼び出す関数によって最適なノードサイズが異なる。pforeachパッケージがよいか。