「みどり」、博多―ハウステンボス間「ハウステンボス」があります。JR在来線は、長崎本線から大村線へは「諫早駅」で乗り継ぎ、大村線から佐世保線へは「早岐駅」で乗り継ぐことができます。長崎本線と佐世保線は干渉していません。島原方面はJR線が走っていないため、車か私鉄を使用しなければなりません。基本的に長崎県内の列車旅なら上記JR線で一回りできます。県外に出る場合は特急で博多まで行き、博多から新幹線へ乗り継ぐのが通常です。大村線の快速には「シーサイドライナー」という名前があります。これの由来は読んで字のごとくシーサイド(海沿い)を走る列車だからです。長崎を運行する快速列車は基本このシーサイドライナーのみですが、ゴールデンウィークに臨時列車で佐世保線の「有田陶器市号」というものがあるそうです。こちらも鉄道ファンの方の間では非常にレアで有名なようです。長崎観光名所には上記JRで一回りできるでしょう。島原半島はこの島原鉄道を使わなければなりません。いわゆる西九州の外周をぐるりと回る鉄道です。佐世保から出て、終点は佐賀の有田まで行くことができます。有田から佐世保へのアクセス的にはJR佐世保線を使ったほうが圧倒的に早いので、これに乗るのは鉄道マニアの方が多いようです。次に団体臨時列車を紹介します。TRAINななつ星in九州です。TRAINは大分コース、長崎コース、ハウステンボスコース、佐賀~長崎~佐世保コースがあり、このコースを季節ごとに変えて運行しています。車内では軽食やスイーツなどのコース料理が楽しめます。ななつ星in九州は九州各所をめぐる観光用寝台列車です。