それらを特定することは困難である。感染経路についても証明されていない。菌体は真皮の組織球や末梢神経のシュワン細胞内の豊富な脂肪滴に限局して観察される。残りは偽遺伝子と非翻訳領域で占められていることに関係すると考えられる。通常の各種培地を用いた培養もできないことなどの理由でもあると考えられる。免疫監視機構から逃れて長期間の潜伏を可能とすることにもつながると考えられる。他の隠蔽抗原に対する免疫反応の例からも想像される。皮膚病変が主たる感染源となるとは考え難い。これらの飛沫の吸引による経気道感染の可能性が最も考えられる。健常成人に初感染が成立することはほとんど無いと考えられている。多菌型患者との濃厚な接触による飛沫感染によるものである可能性が高い。これによって好中球による貪食からも免れているのではないかと考えられる。それほど的外れではないと思われる。感染が成立しても一度も発症することなく天寿を全うする例も存在する可能性を示している。速やかに真皮上層の菌の成育に適した低体温部などに移行して潜むのかなどについては不明である。緩徐な増殖と死滅のバランスが保たれた状態にあるのかも不明である。ハンセン病を自然発症したチンパンジーの解析から得られている。推定30歳時に多菌型ハンセン病を発症した。ハルナという名のこのチンパンジーから得られたらい菌はヒトに感染する菌と同じ種であった。日本をはじめとする他の地域には存在しない多型を有することを示した。これによって初めて立証された。