Reconstruction螺旋状に並んだ分子、たとえば細胞骨格や膜タンパクのチューブ状結晶の写真から三次元像を得る方法です。T4の電子顕微鏡写真から三次元構造が再構成されました。原理としては、螺旋状に並んでいる分子は電子顕微鏡に様々な方向で写っているため、一枚の写真からでも三次元の構造を再構成することが出来るというものです。Reconstruction、それを実現するRuby-Helixなどのソフトウエアを開発しています。Analysisを用いて、より高解像度での解析が行われるようになってきています。