†ラスボスを倒した後に自動的にシステムデータへセーブが行われます。これによりクリアデータのロード、もしくはニューゲーム選択時にいくつかの要素が開放されます。新規難易度の開放ノーマルでクリアすると難易度ハードが開放されます。難易度はゲーム中にいつでも変更可能です。ゼノ」のイラストに変更することができます。今作では上記以外の引き継ぎは存在しません。ニューゲームで開始するか、クリアデータからの続きからかを選択することになります。クリアデータとは任意で作成した最終セーブではなく、クリア後にオートセーブされたデータのことを指します。タイトル画面に戻った直後にコンティニューで開始するか、最新のオートセーブデータから開始してください。クリアデータをロードした場合、ラスボスの他に各地の箱・埋蔵アイテムが復活します。酒・レコード等の重要アイテムが入っていた箱は復活しませんが、埋蔵戦車のあった場所は鉄くずに置き換わります。†ハード開放以後、その周回における最大難度でラスボスを倒すと、順次新たな難易度が開放されていきます。ラスボスを倒した時点で変更されていればよいので、それ以外の時は別の難易度にしていても構いません。難易度ハード以降では、各地の箱・埋蔵アイテム・敵ドロップ内容が変更されます。ハード以降でなければ入手できないものもあります。超改造システムが開放されます。敵が「超改造合金」をドロップするようになり、それを消費して兵器を限界以上に強化できるようになります。今作での超改造はアイアンベース1Fターミナルの「兵器改造」から行います。†アイアンベースでの回復が禁止される制限モードです。ゲーム途中での変更はできず、必ずニューゲーム時に決定する必要があります。基本的に回復は販売アイテムを手動で使用して行います。「破損修理キット」「大破修理キット」で回復します。大砲の砲弾を補充する「予備弾薬」、及びS-Eの砲弾を補充する「予備火薬」で弾数を回復します(ショップの販売品に追加されます)。人間のHP及びスキル使用回数は、アイアンベースの自室で就寝することで回復できます。蘇生は「再生カプセル」が必要です。メインクエストを進めてショップの商品が拡充されるまで「大破修理キット」及び「再生カプセル」が購入できません。