沈殿池で大きな濁りを取り除いた水は、このろ過池でろ過します。ろ過池では、沈殿池で沈み切らなかった小さな濁りを、砂や砂利の層を通して取り除きます。このろ過池を通った水には、着水井の前にも注入した次亜塩素酸ナトリウムという消毒剤を再度注入して、水を消毒します。ナトリウム川の水には、微生物が含まれているため、この薬品で消毒しています。水道法では、蛇口をひねった時に出てくる水も一定の塩素濃度を保つことが定められていますので、皆さんがご自宅で使用する際にもしっかりと殺菌された安全・安心な水を使用していただけます。塩素が残っているというとマイナスのイメージもありますが、そのまま飲んでも体にはまったく影響のない濃度です。においが気になる場合は、前日の晩からくみ置いたり、5分程度沸騰させるとなくなります。この場合、消毒効果も薄まるので、早めに飲んでくださいね。放置すると目詰まりを起こします。ろ過池の砂の汚れを洗い流すための施設です。手前の白い円盤型と、右の黒い徳利型の2つがあります。徳島を代表する風景の一つとして地元紙の一面に紹介されたこともあります。