単一のデジタル圧縮の標準(例えば、MPEG)を番組配送システムと連結されたケーブルテレビシステム210との両方に対して使用してもよいが、使用する圧縮技術がその2つのシステムの間で異なってもかまわない。圧縮標準がその2つの媒体の間で異なる場合、ケーブル・ヘッドエンド208によって受信された信号は、ケーブル・ヘッドエンド208からセットトップ端末220に送信される前に、圧縮解除されなければならない。その後、ケーブルヘッドエンド208が、信号を再び圧縮して、セットトップ端末220に送らなければならず、セットトップ端末220は、次に、特定の圧縮解除アルゴリズムを用いて信号を圧縮解除する。デジタル信号のパッケージ化(パッケージング)は、典型的には、オペレーション・センタ202で、コンピュータ援助パッケージング装置(CAP)によって行われる。CAPシステムは、通常は、少なくとも1つのコンピュータ・モニタと、キーボードと、マウスと、標準的なビデオ編集装置と、を備えている。番組作成者(プログラマ)は、ある種の情報をCAPに入力することによって、信号をパッケージ化する。この情報には、日付と、時間帯(タイムスロット)と、種々の番組の番組カテゴリーと、が含まれる。番組作成者とCAPとは、パッケージ化のタスクを行う際に、人口に関するデータや視聴率を利用する。番組作成者は、利用可能な番組のプールから種々の番組を選択して必要な情報を入力した後で、CAPから援助を受けて、種々の番組に対して価格を選択しトランスポンダ・スペースを配分することができる。このプロセスが完了した後、CAPは、番組作成者の入力に対応するドラフト・メニュや番組スケジュールを表示する。CAPは、トランスポンダ・スペースの配分を図式的に表示できる。番組作成者は、番組スケジュールに満足するまで、メニュ及びトランスポンダ配置を数回編集することができる。編集の間には、番組作成者は、CAPに対する簡単なコマンドを備えたメニュ上で、任意の番組名の正確な配置を指図し得る。パッケージ化のプロセスによって、また、必要な衛星トランスポンダによるグループ化が行われている。オペレーション・センタ202は、異なったグループの番組を、異なったケーブル・ヘッドエンド208及び/またはセットトップ端末220に送ることができる。オペレーション・センタ202がこのタスクを成し遂げる1つの方法は、異なった番組パッケージを各トランスポンダに送ることである。各トランスポンダ又はトランスポンダの組は、次に、特定の番組パッケージを、特定のケーブル・ヘッドエンド208及び/またはセットトップ端末220に中継する。トランスポンダ・スペースの配分は、オペレーション・センタ202によって行われる重要な仕事である。4倍に増加させることとなる。多数のデジタル圧縮アルゴリズムが現在存在し、結果として、容量の増加をもたらすと共に、このシステムにとって望ましい信号の質を改善する。前記アルゴリズムは、一般に、次に挙げる3つの基本的なデジタル圧縮技術の中の1つ又は複数を用いる。(1)フレーム内(イントラフレーム)圧縮と、(2)フレーム間(インターフレーム)圧縮と、(3)キャリヤ内圧縮と、である。この好適実施例では、MPEG2の圧縮方法が使用される。デジタル圧縮の後で、信号が合成(多重化、マルチプレクス)され、符号化される。合成された信号は、種々のアップリンク・サイト204に伝達される。複数のアップリンクに加えて、番組配送システム200は、複数のオペレーション・センタをも含み得る。複数のオペレーション・センタを使用するのに好適な方法は、オペレーション・センタの中の1つをマスタ・オペレーション・センタとして、残りのオペレーション・センタをスレーブ・オペレーション・センタとして、指定することである。この構成では、マスタ・オペレーション・センタは、同時送信の同期化など、スレーブ・オペレーション・センタの間で種々の機能を調整し、動作の負荷を効率的に分配する。オペレーション・センタ202が番組信号を圧縮して符号化し衛星に送信した後に、ケーブル・ヘッドエンド208は、その信号を受信して更に処理し、その後、信号は各セットトップ端末220に中継される。dish)が備えつけらえれている。各ディッシュは、1つの衛星、時には複数の衛星からの、複数のトランスポンダ信号を扱うことができる。セットトップ端末220とオペレーション・センタ202(あるいは他の離間した場所)との間の中継として、ケーブル・ヘッドエンド208は、2つの主要な機能を果たす。第1に、ケーブル・ヘッドエンド208は、番組信号を各加入者宅のセットトップ端末220に中継することによって、分配センタとして又は信号プロセッサとして働く。ケーブル・ヘッドエンド208は、各セットトップ端末220からの情報を受信し、その情報をオペレーション・センタなどの情報収集サイトに送ることによって、ネットワーク・コントローラ214として機能する。信号プロセッサ209として、ケーブル・ヘッドエンド208は、各セットトップ端末220への送信のためにケーブル・ヘッドエンド208が受信する番組信号を準備する。この好適なシステムにおいて、信号プロセッサ209は、オペレーション・センタ202から受け取った信号とデジタル情報とを、再送信又はデマルチプレクスし、そして再結合し、また、信号の異なった部分を異なった周波数範囲に割り当てる。異なった加入者に異なった番組提供を行うケーブル・ヘッドエンド208は、オペレーション・センタ202からの番組情報を種々の態様で配分し、異なる視聴者に適応する。信号プロセッサ209は、また、ローカルな番組及び/又はローカルな広告を番組信号に組み入れ、その修正した信号をセットトップ端末220に転送する。ローカルな番組を利用できるようにするためには、信号プロセッサ209は、デジタル又はアナログ形式のローカル信号を、オペレーション・センタの番組信号と合成しなければならない。ローカルなケーブル・システムがオペレーション・センタ202が用いている圧縮基準と違った圧縮基準を用いている場合には、信号プロセッサ209は、また、入力信号を圧縮解除し再圧縮し、それによって、信号がセットトップ端末220への送信のために適切にフォーマットされるようにしなければならない。このプロセスは、標準が発達するにつれて(すなわちMPEG2)、重要性が低下する。信号プロセッサ209は、任意の必要な信号解読及び/又は暗号化を行う。セットトップ端末220は、複数の入力ポートと出力ポートとを有し、これによって、他のローカルな及び離間している装置と通信可能である。セットトップ端末220は、ケーブル・ヘッドエンド208から情報を受信する入力ポートを有する。このユニットは、セットトップ端末220からテレビ及びVCRへの通信を提供する、少なくとも2つの出力ポートを有する。何らかのメニュを選択すれば、セットトップ端末220は、制御信号をVCRに直接に送り、VCRを直接にプログラムし又は動作させる。features)のために使用され得る電話ジャックを含む。セットトップ端末220は、また、ステレオ/オーディオ出力端子や衛星ディッシュ用入力ポートを含み得る。機能的に、セットトップ端末220は、配送システムの鎖(チェーン)の中の最終の構成要素である。セットトップ端末220は、圧縮された番組及び制御信号を、ケーブル・ヘッドエンド208から(又は、時には、オペレーション・センタ202から直接に)受信する。セットトップ端末220が個別に圧縮された番組及び制御信号を受信した後で、その信号は、デマルチプレクスされ、圧縮解除され、(もし必要なら)アナログ信号に変換され、(そこからメニュ・テンプレートを作成できる)ローカルな記憶装置に記憶されるか、直ちに実行されるか、又は、直接にテレビスクリーンに送られる。ケーブル・ヘッドエンド208から受け取った信号を処理した後で、セットトップ端末220は、メニュ・テンプレートのアレーを用いることによって加入者のテレビ上に表示されるメニュを作成するためのメニュ・テンプレートを記憶することができる。メニュが構成される前に、メニュ・テンプレートを作成し、記憶させるためにセットトップ端末220に送らなければならない。マイクロプロセッサが、オペレーション・センタ202あるいはケーブル・ヘッドエンド208から受け取った制御信号を使用して、記憶用のメニュテンプレートを発生する。各メニュ・テンプレートは、セットトップ端末220内の揮発性メモリに記憶され得る。セットトップ端末は、テンプレート情報を受信した際に、ケーブル・ヘッドエンド208から受け取った番組制御信号を、4つの主要部分、すなわちビデオ、グラフィックス、プログラム・ロジック、テキストにデマルチプレクスする。各メニュ・テンプレートは、メニュ背景、テレビのロゴ、カーソル・ハイライト・オーバレイ、メニュを作成するのに必要な種々雑多な構成要素などの、メニュ全体の中の異なった部分を表す。オペレーション・センタ202又はケーブル・ヘッドエンド208から受け取った制御信号を用いて、メニュ・テンプレートを削除したり変更したりすることもできる。メニュ・テンプレートがメモリに記憶されると、セットトップ端末220は、適当なメニュを発生することができる。この好適実施例では、基本的なメニュ・フォーマット情報はセットトップ端末220内に配置されたメモリに記憶され、それによって、マイクロプロセッサは、入力信号からではなく、セットトップ端末からの情報に局所的にアクセスできる。マイクロプロセッサは、次に、メニュ・テンプレートとメモリに記憶された他のメニュ情報とから、適当なメニュを発生させる。セットトップ端末220は、加入者が選択した入力に対応する特定のメニュを、加入者のテレビ・スクリーン上に表示する。device.メニュ情報に加えて、セットトップ端末220は、ケーブル・ヘッドエンド208又はオペレーション・センタ202から送られたテキストを記憶することもできる。このテキストは、加入者に、やがてやってくるイベント、料金請求及び口座の状態、新しい予約番組、その他の関連情報を伝える。そのテキストは、テキスト・メッセージ使用の頻度と期間とに依存して、メモリの適当な位置に記憶されるであろう。加入者のセットトップ端末220の性能を高めるグレードアップを、オプションで利用できる。これらのグレードアップは、セットトップ端末220に設けた拡張スロット内に挿入されるカートリッジ又はコンピュータカード(図示せず)から構成されるか、又は、ケーブル・ヘッドエンド208又はそのユーザが加入しているオペレーション・センタ202によって提供される特徴から構成され得る。利用できるグレードアップは、オンラインでのデータベース・サービス、対話型マルチメディア・サービス、デジタル・ラジオ・チャンネルへのアクセスなどを含み得る。簡単な実施例においては、ゼネラル・インスツルメント社やサイエンティフィック・アトランタ社などの製造による市販のコンバータ・ボックスを修正し性能を高めて、セットトップ端末220の機能を実行させる。好ましいグレードアップは、コンバータ・ボックスに電気的に接続される、又は挿入されるマイクロプロセッサを備えた回路カードである。加入者とセットトップ端末との間の通信のための主要なコンジットは、加入者インターフェース、好ましくはリモコン(リモート・コントロール)装置900を介したものである。このインターフェースを通じて、加入者は、システムのメニュ駆動方式を介して、又は、実際のチャンネル番号を入力し特定のチャンネルに直接アクセスすることによって、所望の番組を選択し得る。このインターフェースを用いることによって、加入者は、一連の情報を与える番組選択メニュ内を行き来できる。メニュ駆動型、アイコン、又はアルファベットによるアクセスを使用することによって、加入者は、選択のためにメモリーから呼び出して実際のチャンネル番号を押下するのではなく、単にただ1つのボタンを押すことによって、所望の番組にアクセスできる。加入者は、リモコン900上の数字キーを用いる(対応するチャンネル番号を押すこと)、又は、メニュのアイコン選択肢の1つを用いることによって、レギュラー放送や基本的なケーブルテレビ局にアクセスすることができる。choices.加入者が容易にケーブル・システム200と対話可能になることに加え、加入者インターフェース900の物理的な特性が、システムのユーザとの親密性を向上させなければならない。リモコン900は、ユーザーの手のひらに容易に適合しなければならない。好適なリモコン900のボタンは、加入者が容易に識別できる絵で表したシンボルを含む。同様の機能を実行するボタンをカラー・コーディネートするとか、区別可能な手触りにしてシステムのユーザーとの間の親密度を高めるようにしてもよい。メニュ駆動方式により、加入者は、映画のヒット作から、スポーツ特集や特別番組までにわたる全ての主要なメニュにワンステップでアクセスできる。主要メニュのどれからでも、加入者は、カーソルやアルファベットによるアクセスによって、順番に、サブメニュやマイナーメニュにアクセスできる。program)メニュとの2つの異なるタイプのメニュがある。第1のメニュである番組選択メニュは、紹介(introductory)メニュ、ホーム・メニュ、主(major)メニュと、サブメニュとから成る。第2のメニュである番組間メニュは、秘密(Hidden)メニュと番組オーバレイ・メニュとの2つの基本(プライマリー)メニュから成る。加入者がセットトップ端末220をオンするとすぐに、紹介メニュが加入者をシステムに歓迎する。紹介メニュには、その地域のケーブル・フランチャイズからの重要な発表、ケーブル提供者からの広告、又は他のタイプのメッセージを表示し得る。紹介メニュは、ケーブル・ヘッドエンド208がその加入者の特定のセットトップ端末220に個人的なメッセージを送ったかどうかを、加入者に知らせることができる。紹介メニュ表示された後で、加入者は次のレベルのメニュ、すなわちホーム・メニュに進むことができる。この好適実施例では、ある時間が経過すると、ケーブル・システムは、ホーム・メニュの選択がないとして、加入者を次に進める。ホーム・メニュから、加入者は、全ての番組オプションにアクセスできる。加入者は、リモコン900から適当なチャンネル番号を入力することによって番組を直接に選択することもできるし、又はホーム・メニュから開始する次のレベルのメニュ・オプションを通って順番に進むこともできる。ホームメニュは、主メニュと呼ばれる第1のレベルに対応するカテゴリーを表示する。選択するためのダイアグラム(右)とより良い系統解析を行うために必要な注意点(左ボックス)。ここまでは遺伝子の系統樹を推定するソフトウェアを紹介してきたが、種の系統樹を推定するソフトウェアも列挙しておく。Benchmarking.標準手法に不可欠な工程とされてきたトリミングについても疑義が呈されている。al.このように、MSAにおける問題のある領域について、標準手法に従ってトリミングしてしまう方法と、Tanらの提案のようにトリミングしない方法を比較してきたが、第三の道として、問題のある領域を他の領域と区別しつつ、系統樹推定のために生かすアプローチも提案されている。ここでは二つのソフトウェアを紹介する。UsLinkedInFacebook。