ご教授していただき、まことにありがとうございます。先生に教えていただいたファイルの内容をSPM12のフォルダに上書きすることで、segmentは正常に動くようになりました。ありがとうございます。AC-PC補正プログラムを実行しますと下記のようなエラーメッセージが出てしまいます。質問で大変恐縮ですが、ご教授していただけないでしょうか。以下がエラーメッセージです。spm_affreg.mというファイルが搭載されなくなったことが原因です。SPM12対応の新しいAC-PC位置合わせスクリプトを公開しましたので、そちらをお試しいただけますか。こちらをご参照ください。ご教授していただきまことにありがとうございます。先生に教えていただいたスクリプトを使用させてもらうことで、作業効率が格段に上がりました。ありがとうございました。先生の著作とHPにはいつも助けていただいております。今後ともどうか宜しくお願い致します。今回はありがとうございました。15:29無事に動作したようでよかったです。何かあったらまたご質問ください。平素より大変お世話になっております。何度も質問をして申し訳ございません。group2となる領域をみていると解釈してよろしいのでしょうか。英語ですが、https://www.socialresearchmethods.net/kb/expfact.phpこちらのサイトがとてもわかりやすいので、そちらでご確認いただけますか。15:45重ね重ねありがとうございます。平素より大変お世話になっております。東広島医療センターの清水と申します。お忙しいところ何度も何度も質問して大変申し訳ございません。ある疾患に対して治療前後の変化を調べています。併存疾患の影響をどう補正すればいいかわかりません。対応あるt検定で、共変量を入力して補正すればいいのか、それとも併存疾患のあるグループ、ないグループにわけてそれぞれで対応あるt検定をするのが正しいのでしょうか。本当に何もわかっていなくてすみません。ご返事頂ければ幸いと存じます。20:53清水先生ご質問に対する答えとしては、先生がどのような仮説を立てているかによるかと思います。designというものを使う必要があります。t-testを2回というのは適切ではないと思います。t-testで大丈夫かと思います。原則はそのような理解でよいのではないかと思います。designに関しては、http://www.nemotos.net/?p=759にまとめています。例では3時点にしていますが、これを2時点で考えれば大丈夫です。21:02いつもありがとうございます。本当にご迷惑をおかけしてばかりで申し訳ございません。designを勉強させて頂きます。本当に有難うございました。20:28根本先生お忙しいところ失礼します。名古屋大学の藤沢と申します。SPMの多重回帰分析において、有意な脳の部位を特定できた場合も、散布図を書くと、外れ値があったりします。resamplingをするのかわかりません。わかりましたら教えていただけませんでしょうか。resamplingをできる方法はないと思います。集団のデータを扱う限り、外れ値が出てくるのは自然なことだと思います。・前処理が失敗しているのではないか?ということを検討する必要があると思います。前処理の失敗のせいならば、それは前処理がうまくいかなかっただけなので、統計からはずす必要があると思います。前処理がきちんとできているにも関わらず、外れ値の場合には、その理由を考えないといけないわけですよね。Toolboxを使うとできるようです。有意な領域の数値をとりだして、Matlab上で行うというのがいい方法ではないでしょうか。先生の書いていらっしゃる「外れ値に対する処理」というのが何を目的としているのか教えていただけませんか?そこが私はよくわかっていません...。迅速かつご丁寧なご返信、いつもありがとうございます。実は今、論文をsubmit中なのですが、(画像は専門外のため、苦戦しましたが、先生の本とこのサポートページにとても助けられました。本当にありがとうございます。resampling.”という返事がありました。(この一文だけで、前後の文章を省いたりしていません。)「外れ値に対する処理」とはこのレビューアーの返答に沿ったことをしたい、具体的には、「生値で外れ値をもつ画像を取り除いて解析すること」を意図していました。resampling法がわからなかったため「外れ値に対する処理」として、有意な領域(6つあります)の数値をとりだして、SPSSを用いて箱ひげ図を書き、外れ値と分析された生値をもつ画像だけを省いて、(それぞれ6つの有意領域において0-2個)解析しようとしています。先生がご教授くださったように、「有意な領域の数値をとりだして、ジャックナイフリサンプリング法をMatlab上で行う」ことが正しいのであれば、上記のような「全てのサンプルにおいて有意と特定されたそれぞれの領域の中で、生値が外れ値であるとSPSSにより分析された画像を取り除き、もう一度、解析を行う」という方法はあっているのでしょうか。長文になりすみません。12:14藤沢先生Reviewerは、外れ値によってみかけの相関が出てるかもしれないから、それに対応しなさいということですね。それであれば、Jackknife法にこだわる必要はないと思いますので、先生なりの方法で外れ値を除外してもきちんと相関がありますよということを示されてはいかがでしょうか。先生が記載された方法は、一点を除いてressonableと私は思います。ひとつ気になるのは、結果から外れ値を除外しているということです。恣意的という批判を受ける可能性があると思います。homogeneityなどを使うと、前処理をした画像から外れ値がある画像を見つけることができます。それが、今回先生が除外したい画像になっていれば、一番美しいかなと思います。いう方法をとらないのであれば、きちんとSPMでの結果の後に、数値を取りだし、プロットしたところ、外れ値が認められた。これによって見せ掛けの相関が得られる可能性を考慮し、(先生の方法で)外れ値を除外した。そのうえで、相関をみたときちんと書くことになるでしょうか。(前者がおすすめですが)そんなことを思いました。21:29ありがとうございます。実は、私も、自分の方法の中で、「結果から外れ値を外している」ということが気になっていたのです。(うまく言葉にしていただいてありがとうございます。homogeneity”とはどのような方法なのでしょうか。こちらに挑戦してみたいです。方法の掲載されたリンクなどありましたら、教えていただけませんでしょうか。20:56藤本先生http://dbm.neuro.uni-jena.de/cat12/CAT12-Manual.pdfこちらの10ページに方法が書いてあります。基本、VBMの前処理後画像に対して用意されたものですが、SPECT画像でもいけます。試してみてはいかがでしょうか。以上、よろしくお願いします。12:10平素より大変お世話になっております。東広島医療センターの清水陽元と申します。先日から何度も質問をしてしまって大変申し訳ございません。対応あるt検定で共変量の入力はどのように行ったらよろしいのでしょうか。年齢でしたら、患者ごとに順番に同じ値を入力すればよろしいのでしょうか。あと入力した共変量によって有意な領域がなくなった場合は、これは共変量の影響と考えてよろしいのでしょうか。何もわからなくてすみません。ご教示頂ければ幸いと存じます。12:32清水先生ご質問ありがとうございます。対応のあるt検定の場合、年齢などの共変量はいれなくて多いことが圧倒的に多いです。前後比較ですので、相殺されてしまうからです。詳しく言うと、対応のあるt検定の帰無仮説は、「初回と2回目の値の差分はゼロである」となります。実験計画において、初回目と2回めが皆1年間あいているのだとすると、初回と2回目の差分は、全員1となりますね。入れる意味がまったくなくなるわけです。何らかの変数が前後で人によってものすごく変わっていて、その影響を取り除きたいとします。Subj2-2というふうに入力することになります。その結果、有意な領域がなくなった場合には、それは共変量の影響と考えてよいかと思います。このような感じでいかがでしょうか。13:34大変勉強になりました。本当にありがとうございます。20:19根本先生チュートリアルでは大変お世話になっております。上武大学関口と申します。初歩的な質問で大変恐縮です。ver.6685では出ませんでした。EEGしか選べません。仕方なくFMRIを選択し,次に進みましたがそれでよいのでしょうか?現在使用しているSPMのバージョンはSPM12のver.6906です。お忙しいところ恐縮ですが,ご教示いただければ幸いです。20:35関口先生ご質問ありがとうございます。確かにご指摘の項目が増えましたよね。私もまだ深く調べていませんが、VBMの場合は、PETと同じインターフェースですので、PETを選ぶのがよいと思います。情報が得られたらblogにアップするようにします。20:40根本先生お忙しいところ,早速のご回答ありがとうございます。PETを選択して進めてみます。今後とも何卒よろしくお願い致します。20:42戻す必要は特にないと思います。結果の再現性は確認していますので。20:44承知いたしました。ありがとうございます。10:52根本先生すみません。お分かりでしたらお教えください。先日,Modality選択において一度FMRIを選択して進んでしまったため,統計モデルの作成からやり直せば,またModalityの選択が出てくるかと思っていたのですが,出てきませんでした。ModalityをPETに変更するには,どこからやり直すのか,またはメニューのどこかで変更できるのか,ご教示いただければ幸いです。出張中で返事が遅くなりました。結論から言うと、心配なしです。私の環境で、Modalityの選択が出るときと出ない時があって、そのルールを探っていました。そこで、気づきました。先生の投稿を見て、この推測はおそらく正しいと思いました。先生がModalityの選択を迫られたのは、r6906以前に解析した結果を表示しようとした時ではなかったですか?チュートリアルの時に山下先生が話していましたが、r6906から、NIDM形式へのエクスポートができるようになったりとresultまわりで若干の改良が加えられています。そこで、おそらく前のバージョンとの整合性を保つための工夫がなされているのではないかと推測します。新たにした場合には、これまで通りですし、心配しなくていいと思います。こんな感じでいかがでしょうか。以上、よろしくお願いします。15:58根本先生お忙しい中ありがとうございます。確かに途中まで以前のバージョンで解析していたものを別のPCに移動し,そのPCのバージョンを上げてから,Dartelの作成,NMI空間への標準化,相関解析の順に行いました。先生ご指摘の「新たにした場合」と言うのが,「統計モデルの作成」以降を指すのであれば,今後何も気にせず,解析して行けば良いということでしょうか。現在解析しているデータのどこかにModalityにおいてFMRIを選択したことによる影響が残存し,それが結果に影響する可能性があるとするとちょっと心配です。平素より大変お世話になっております。先日質問させていただいた清水陽元と申します。質問させていただきたいのですがご容赦下さい。治療前後でのADCの値の差をVBMの手法を使って検討しています。この場合統計は対応のあるt検定を使えばよろしいのでしょうか。あれば対応のあるt検定はどのように行えばいいのかご教示いただけないでしょうか。何度も質問してしまい申し訳ございません。t-testというモデルが用意されています。こちらを使っていただければ、対応のあるt検定ができます。15:58早速のご返事有難うございます。試してみたのですが、ペアはペアの数だけひとつひとつ設定すればよろしいのでしょうか。Resultのところは群間比較と同じ設定でよろしいのでしょうか。16:04その通りです。ペアの数だけ設定します。16:25ありがとうございます。最近VBMの勉強を始めたばかりのものです。先生の著書で勉強させていただいております。左半球だけ、もしくは右半球だけの画像をつくりたいのですがどのようにしたらよいかご教示いただけないでしょうか。PickAtlasをつかってmasking画像を作成してそれを利用すればいいのかと思っているのですが、そこからどちらかの半球だけの画像をつくることが上手くできません。お忙しいところ恐れ入りますが、ご教示いただければ幸いと存じます。18:14清水先生ご質問ありがとうございます。解剖学的標準化が終わった画像に対してやりたいでしょうか?それとも、標準化前の画像に対してでしょうか?解剖学的標準化が終わった後ならばできますので、まず上記について教えていただけたらと思います。22:21早速ご返事いただきまして誠に有難うございます。解剖学的標準化が終わった後です。00:56了解しました。Atlasを選択します。Hemispheresをダブルクリックします。左半球だけ作るとしましょう。Cerebrumの4つをダブルクリックします。すると、真ん中にある脳の左側が赤く塗りつぶされたと思います。Maskをクリックしてください。すると、今選んだものをマスク画像として保存できます。適当に名前をつけて保存してください。左半球なので、Hemi_L.niiとします。しましたら、次に、SPMからImCalcを立ち上げてください。先ほど作ったHemi_L.niiと、ご自身で作った標準化が終わった画像を選択します。Filenameは適宜名前を変えてください。Directoryも適宜で大丈夫です。Expressionですが、次のように入れてください。imagesで最初に指定したファイル、i2は2番目に指定したファイルです。Matlabでは、ドットの後に掛け算がくると、要素ごとの掛け算となります。値が1の左半球のところだけ残り、右半球は0になります。filenameがついたファイルができるはずです。以上、試してみて結果を教えていただけたらと思います。09:06早速試してみます。あともう一つお伺いしたいのですが、個人間で左右の大脳半球を病側、健側で比較することはできるのでしょうか(この場合左右はばらばらになります)。差し支えなければご教示いただけると幸いです。ご迷惑をおかけいたしますが何卒よろしくお願い申し上げます。直接の答えではありませんが、lateralityを評価する手法が役立つかもしれません。VBMで検索していただけたらと思います。20:20「すぐにできるVBM」を片手に様々な画像解析に挑戦しています。このような素晴らしい教科書を執筆してくださったことに御礼申し上げます。今回、SPM解析の結果が表示される表(Statistics)について質問があります。peak-levelのp-valueのところに0.000と表示されることがあるかと思います。0.000は<0.001を意味するのでしょうか?それとも<0.0001を意味するのでしょうか?ご教示いただければ幸いです。22:00どうもありがとうございます。ご質問に関してですが、SPMの結果で、値を知りたいところをクリックしてください。すると、Matlabのコマンドウィンドウの中に実際の数値が表示されます。0.000とあるところをクリックしたら、Matlab上に0.0003と表示されるような感じです。いうことで、質問に対する直接的な答えではありませんが、より本質的なところを知ることができますので、確認してみてください。15:51早速のお返事ありがとうございました。今後も何かありましたらどうぞ宜しくお願いいたします。16:09無事に確認できたようでよかったです。何かありましたらご質問ください。10:56早速お返事とご指導有り難うございます。失礼ですが、先生のメールアドレスをお教えいただけますか?先生からお返事いただきました3時間後に、取り急ぎk-labからのメールに添付ファイル付きで返信したのですが、多分それではお読みになれないと存じますので。一度私のメアドに空メール頂けましたら、3日前の返信メールを転送致します。お手数おかけしますが宜しくお願いします。東北大学の田中と申します。本やサイト等いつも勉強させていただいております。ANOVAについて質問です。疾患群と健常群について、薬剤介入試験で生理学的パラーメタ―に疾患群x薬剤群でinteractionがでました。その生理学的パラメーター調整に関連する局所脳をVBMを用いて求める方法を模索していおります。SPMの二元配置で、Factorに「疾患」「ランダムに割り付けた薬物投与」共変量に「生理学的スケール」として求める事は適していますでしょうか。不勉強な上でのご質問で恐縮ですが、ご意見頂けましたら幸いです。すみません、もう少し詳しく教えていただけますでしょうか。疾患群と健常群があるわけですね。薬剤介入をされているということですが、この薬剤は疾患群、健常群、ともに使われているのでしょうか?それとも、疾患群を2つにわけて、薬剤師用群と薬剤未使用群があるのでしょうか?また、画像に関しては、2回撮影しているのでしょうか?健常者も2回撮影されていますか?疾患群×薬剤群で交互作用があるとのことですが、薬剤群という言葉が急に出てきたのでわからなくなってしまいました。教えていただけたらと思います。designを用いることが必要になってきます。京都大学の藤本と申します.自分の研究対象の画像データを用いて、SPM12を「すぐできるVBM」に準拠して操作し,健常群15例vs疾患群13例の群間比較の解析を行おうとしているところです。CSFの体積の算出などは先生のこのウェブサイトの力も借りて無事csvソフトで取得でき、被験者ID、年齢、性別などと同じエクセルファイルにコピペした上で、本のP72~80の「群間比較の統計モデルの作成」までは終了し、計画行列も表示されたのですが、その次の統計的推定(estimate)に進むと、下記のエラーメッセージが出てその先に進めなくなりました。教室の複数の人にも見てもらいましたが打破できず、ここで質問させていただくこととしました。何が原因か、どうしたらクリアできるのか、先生ならお分かりでしょうか?各項目の入力は「すぐできるVBM」と全く同一でやっております。お忙しい中とは存じますが、どうかお知恵を拝借したく存じます。