九州本土と台湾の間に分布する島嶼群を指す。日本列島の南西端に位置し、鹿児島県の薩南諸島と沖縄県の琉球諸島が含まれる。大陸から隔離された島々のほとんどは亜熱帯域に属するが、地史的な成立過程を反映してそれぞれ固有の生物相を持っている。西表島のイリオモテヤマネコ、沖縄本島のヤンバルクイナ、奄美大島のアマミノクロウサギなどはその代表的な生息種であるが、島嶼という狭い環境下に生息することから開発等の影響を受けやすく、現在これら固有種の殆どが絶滅が危惧される状態となっている。マングースなど移入種による影響も大きく、環境省等によりマングース、オオヒキガエルの駆除が実施されてはいるが影響の拡大が危惧されている。関する検討会」を設置し、日本に今後5年程度の間に新たに世界自然遺産として推薦できる地域があるかどうかを学術的知見から検討した。その結果、南西諸島中の奄美諸島から沖縄・先島諸島にかけての島々が、知床、小笠原とともに世界自然遺産の候補地(世界自然遺産としての資質がある)としてリストアップされたが、2005年3月現在、その保護管理上の問題等から、まだ政府として世界遺産委員会に登録を推薦する段階には至っていない。一般財団法人環境イノベーション。