コピー2020.09.07スポンサーリンクPythonのMatplotlibを使って、実験データ(波形)を折れ線グラフとして出力、クリックして任意のプロット部分をマーキング、マーキング部分の座標を取得。いうような実験データの解析補助ツールを作りました。これまでエクセルで頑張って読み取っていたので、正確かつ確実にデータを読み取れるようになりました。頂点の座標を読むということを行なっています。せん効率がよくない、読み取った座標を記して残すことができない。ノイズがあるため、関数を利用して頂点の取得をしても、一つのピークから2点以上取得してしまう。いった問題を抱えていてなかなか不便な状態でした。これを打開するべく、Pythonを勉強し始めたといっても過言ではないです。その他のソフトでは有料であったり、Pythonだと他にもいろいろ自由に応用できたり、プログラミングの勉強になるのではと素人考えで始めたのという理由もあります。今回は、得られるデータが横軸が時間(time)縦軸が速度の変化(speed)になるので、サンプルとして下記のようなCSV形式のファイルを用意します。任意のデータファイルの選択まず始めにプログラムを開始したら、ボックスが表示されて、ここから任意のCSVファイルを選択します。折れ線グラフの表示この折れ線グラフはMatplotlibの拡大ツールを使うことによって、ピーク部分を拡大することができます。データ量が多くなってグラフが細かくなっても安心です。上の図の一部分を拡大ツールで拡大したものクリックで座標のマーキングおよび、読み取り今回は、拡大機能を搭載するに当たって、左クリックを使用するので、右クリックした部分をマーキングに割り当てました。正確にはグラフ上の座標ではなく、グラフ上にプロットした折れ線のプロットのある部分(クリックした直後の右のプロット)の座標を取得するようにしています。ないとデータではない座標を取得してしまうので。クリックすると、任意のプロットした座標が赤印でマーキングされます。マーキングされた部分の座標がターミナルに自動で表示されていきます。私は、ターミナルに出力された座標を再度エクセルにコピペして、最終的にエクセル上で取得したピークについての解析を行なっています。全てマーキングした状態ターミナルにマーキングした座標が出力されますPythonを学び始めた目標をとりあえず形にすることができたということで上記のプログラムで、当初の目的であった頂点の解析補助ツールの作成を行うことができました。これでまず一つの目的を達成できました。今回作成したものは、頂点のマーキングと座標の取得が同時に行われるので、クリックするポイントをミスすると、目的でない座標が混入するということが、地味かつ最大の欠点です。ここをマーキング(間違えた部分の取り消し可能)をしてから、座標を取得するというように改良できれば、とっても使いやすくなるのではないかと企んでいます。現在解析がエクセルとPythonをいったりきたりしているので、その間をもう少しスムーズにできるようになったら良いなと考えています。統計解析についてPythonでも統計解析を行うことができるそうですね。統計解析は研究を行う上では非常に重要なのですが、私自身そこまで自信を持って統計ができますとは言えないので、Pythonで統計解析をする方法を学びながら、統計についても勉強していけたらと考えています。こちらの本を購入して、勉強中です。遊びたい安直な素人思考過ぎますが、やはりプログラミングと言えば、何か色々作れる!という認識を持っているので、やはり作ってみたいところですね。実は本格的にPythonを始める前にPythonista3というiOS版のPythonのアプリを購入していじっていたのですが、そこで、電卓やブロック崩しなどができるということがわかっているので、それを参考に作っていきます。学びは遊びからが私のモットーなので、遊びながら学んでいきます。jupyter上でデータをmatplotlibで表示してマウスとか範囲指定とか値の取得といったような手動で解析したりしたいときがあります。適当な文章ですみませんがそんな時のメモです。理想のユーザ・インターフェイスを求めてmatplotlibで描いたグラフの上で、マウスをクリックした位置の座標の値を取得したい。matplotlibでグラフを描くと、マウス位置の座標が画面の左下に自動的に表示されている(図1)。座標の値を取得するのは可能なはず。h...ideal-user-interface.hatenablog.comこの場を借りてお礼申し上げます。あなたの1フォロー、1いいねが記事更新の励みになります。ノンプログラマーにもできる自動化処理プログラミング」というPython学習本を使って、Python初心者が学んだことをアウトプットします。MemoPython【python】VSCodeでpygameを学習するメモ【エラー対策】python学習を行ってきて、そろそろマウスやキーボードの動きを反映させたり、モノを動かしたりしてみたいなということで、その動きをもつ代表的なモノ「ゲーム」を作る中で学習してみたことについてアウトプットします。本記事では羊土社から発売されている「独習Pythonバイオ情報解析」という教科書から学んだことをアウトプットします。本記事では「Python初心者が思うプログラミング言語の習得について【複数言語に挑まない】」についてのアウトプットです。「プログラミング初心者は1言語に絞って集中したほうがよい」めちゃくちゃよく聞く言葉ですね。おいて、実験結果の妥当性を示すためには数字で示すことが最も説得力があります。数字を使う上で避けて通れないのが統計になります。統計解析というとなかなか難しくとっつきにくいのですが、そんなことも言っていられません。コメントをキャンセルメールアドレスが公開されることはありません。※サイト次回のコメントで使用するためブラウザーに自分の名前、メールアドレス、サイトを保存する。コメントデータの処理方法の詳細はこちらをご覧ください。MemoPythonろーか再生医療や創薬応用への研究に勤しむ研究者(工学博士Ph.D.)です。楽しく自由に大切にがモットー。研究、ガジェット、Pythonなど科学に役立つ情報・経験を本ブログでアウトプットしてます。博士といっても、世界は広く知らないことだらけなので、毎日が勉強の日々。あなたの1フォロー、1いいねが記事更新の励みになります。科学のメモ帳.ホーム検索トップサイドバータイトルとURLをコピーしました。