以下のように確認作業を行ってみました。directory1がサブモジュールとして登録されていると、directory1のgitリポジトリを削除してもdirectory1以下のファイルをリポジトリに追加できないようです。以下のようにdirectory1を一旦削除することで、directory1以下のファイルを追加することができました。directory1がリポジトリになっているため、directory1の親ディレクトリのリポジトリからは管理対象とされないようです。directory1がリポジトリになっているのが間違いなら、directory1内の.gitディレクトリを削除してください。