会計検査院から大幅削減を求められていたにも関わらず、現在も539億円(約8割)程度残っていることがわかった。検査員の意見に法的拘束力はないものの、指摘に従い予算の使い方や制度を改めるのが通例だ。いい、原発を新設する際、地元自治体への支払いに充てるお金で、国民が納める電気料金の中の、電源開発促進税が財源になっている。エネ庁は、原発事故後の2011年度当初も新設する原発が14基あると見積もり、1231億円を積み立てた。うち、500億円は原発事故対策費などに充てられた。検査院から「73億円に縮小すべき」と指摘があった後は、積み増しはなく支出のみとなっているが、検査院が求めた大幅な削減にはほど遠い。会計検査制度に詳しい日本大の有川教授は「誠実な対応ではない。財政状況を考えればいったん国庫に戻すのが筋だ」と述べた。