生物に存在する毒を指し、それらにそくする食中毒を自然毒食中毒といいます。青酸(ビワの種、未熟な梅の種など、種子に多く含まれております)、アルカロイド(天然由来の有機化合物の総称です。植物だけでなく、微生物や菌類、両生類など、さまざまな生物によって生産され、他の生物にとっては毒にもなり、薬にもなります。毒キノコ、トリカブト(紫色の植物)、ジャガイモの芽に含まれております。日光に当たりすぎたりするとソラニンが増えます。動物性はフグ毒、貝毒です。有機物と無機物に分かれます。保管食品の密閉を保つといった方法が有効です。増やさないためには低温で食品を保存することが有効です。