前史1988年に日本書籍出版協会などによって行われた調査で、日本国内における出版物からの複写が年間14億枚に上ることが判明し、出版物の複写にかかる管理団体設立の機運が高まった。(出著協)を設立し、著作権管理団体の創設に協力することとなった。センターに法人格と名称を変更)。JRRCには一律頁2円(当時)で包括的複写利用を認める方式と、出版者(社)がそれぞれの出版物に個別に指定した単価で複写利用を認める特別許諾方式、いわゆる「白抜きR」方式が併存していたが、JRRCは2000年12月26日、「白抜きR」方式の取扱いを中止し、この方式で委託していた出版物の複写に関する権利が宙に浮く事態が生じた。これがJCOPYの前身の一つである。JCLSは同年5月31日から出版者との委託契約を開始し、7月5日には複写利用者に対する許諾業務が始まった。2002年11月15日には、出版者への最初の複写利用料分配が行われた。B.V.と複写利用等にかかる管理委託契約を締結し、翌月11月1日から同社著作物の管理業務を開始した。2005年4月22日、早川義英氏が代表取締役に就任した。Inc.(CCC)と双務協定を締結し、翌年1月1日からその管理業務を開始した。して文化庁に登録された(第07002号)。2009年4月1日、JCOPYが発足した。それに伴って、2009年4月20日、JCLSの複写許諾業務ならびに著作権等管理事業をJCOPYへ承継することを決議した。2009年6月25日には金原優氏がJCLSの代表取締役に復帰した。2009年7月1日、JCLSは著作権等管理事業をJCOPYに承継した。2010年10月1日、JCLSは複写権受託業務のすべてをJCOPYに承継し業務を終了した。2011年2月10日、JCLSは解散した。1999年5月12日、古岡滉氏が会長に就任。2002年5月27日には大坪嘉春氏が会長代行となり、翌年5月22日に会長に就任した。第一段階として、出著協とJCLSとの統合が議論されることとなった。2009年1月1日、出著協は新・出著協に業務を移管した。2009年3月31日、出著協は解散した。2009年5月29日、JCOPYはJCLSから複写許諾業務ならびに著作権等管理事業の承継を受けることを決議し、1ヶ月後の7月1日、JCOPYはJCLSから著作権等管理事業を承継された。2010年3月29日には、事務所を文京区本郷から新宿区袋町の日本出版会館に移転。