以前のリビジョンバックリンク文書の先頭へインプットファイルの作成ここでは、分子動力学シミュレーションを実行するにあたって必要な、系の情報を格納したインプットファイル(prmtopファイル、inpcrdファイル)の作成の手順を解説する(詳細は計算を実行するために必要なファイルを参照されたい)。今回の例では、アミノ酸配列KLVFFAEから成る7残基のペプチドを例として取り扱う。この配列は、その異常凝集体がアルツハイマー病の原因とされる、アミロイドβと呼ばれる40残基ほどのペプチドの一部分である。最初にAMBERがインストールされPATHが通されたディレクトリで、LEaPプログラムを読み込む。LEapにはtleapとxleapが存在するが、本チュートリアルではtleapを用いる。たんぱく質やペプチドをシミュレーションする際には、通常以下のコマンドによって力場とトポロジーを読み込む。ここでは以下のようにleaprc.ff14SBを読み込む。たんぱく質以外の分子を取り扱う際には、他のファイルを読み込まなければならないことに注意されたい。$AMBERHOME/dat/leap/cmd/oldff/leaprc.ff14SBtleapでleaprc.ff14SBを読み込ませた状態で、以下のコマンドによってKLVFFAEのアミノ酸配列を作成する(既にあるPDBファイルを読み込む方法はページ下に別途記載した)。この時、読者のシミュレートしたい環境によっては、アミノ酸のプロトン化状態も考慮する必要があるかもしれない。今回は中性条件下でのシミュレーションを想定している。次にシミュレーションBOXを作成し、水分子で満たす。residues.最後に、系の情報を格納した一時ファイルであるprmtopファイルとinpcrdファイルを作成する。ファイル名.pdbとして書き出すことが出来る。(PDB)(https://www.rcsb.org/)から分子構造を取得してきた場合には、最初にアミノ酸配列を作成したコマンドの代わりに以下のコマンドでPDBファイルを読み込む。International。