HASTSTORY冷戦の緊張緩和が進み、ベトナム戦争も終結を迎えようとしていた1975年。カリブ海沖に拠点を隠す、どの国家にも帰属しない軍隊があった。その軍の指揮官、通称“スネーク”は、世界各国から公にできない任務を請け負いつつ兵力を増強し、ついには核を所有するに至る。どこからその情報が漏れたのか、IAEA(国際原子力機関)は彼らに対し、核査察を申し入れた。NPT(核拡散防止条約)に加盟していないどころか国家ですらない彼らは、IAEAの意図を訝しむ。時を同じくして、スネークにある知らせがもたらされた。スネークと戦い、生死不明となっていた女性工作員『パス』が生きており、キューバ南端に設けられた米軍基地内で尋問を受けているという。基地のある租借地内ではキューバと米国、どちらの法も通用しない。彼女の受けている尋問は過酷を極めていると思われた。スネークの部隊に身を寄せていた、パスに想いを寄せる少年チコは、パスの窮地を知り、無謀にも単独で彼女の救出に向かってしまう。まもなく、捕らわれたチコからスネークに助けを求める無線が入った。核査察を迎え入れようとしているマザーベースを背に、スネークはパスとチコを救出するためキューバへと向かう。それは、後のスネークの運命を決定づける惨禍の発端だった――。