ペティはこれに反対してアイルランド地主のヴィンセント・グッキンと共著で『コノートへの移住に反対する論考』というパンフレットを書いた。没収された叛徒の土地は測量結果により派遣軍に出資・参加した各階層に分配され、ペティは1656年5月に没収地分配委員会の責任者に任命された。アイルランドの穏健派と結びついた護国卿オリバー・クロムウェルの意向でフリートウッドはイングランドへ召還、クロムウェルの息子ヘンリー・クロムウェルが穏健派と協力してバプテストら急進派も排除していく中、ペティは兵士に与えられた給与債務証書を買い集め、ケリー州及びその他地域で広大な土地の領主となる。1657年にフリートウッドとアイルランド総督を交代したヘンリーの秘書となり、クロムウェル父子と親しいアイルランド貴族でボイルの兄でもあるブロッグヒル男爵ロジャー・ボイル、アイルランドの聖職者エドワード・ワース(英語版)と共にヘンリーを支える役割も担うことになり、クロムウェル家の庇護の下、イングランド西部コーンウォールのウェスト・ルー(英語版)選出の庶民院議員ともなった。クロムウェル死後の共和国末期にアイルランドでの不正行為を告発され、すべての公職から追放されロンドンに戻った。王政復古後の活動[編集]王政復古以後チャールズ2世の庇護を受け、1661年4月ナイトに叙任。共和国時代に得たアイルランドの領地も再度国王から授与された。社会的地位と領土を回復したこの時期に、ペティの学者としての名声は最も大きなものとなる。自然科学分野では、不可視の学院の後身である王立協会のフェローとなり[14]、力学や船舶の建造など幅広い分野での報告を提出。1673年には副会長に選出。1684年のダブリン理学協会(後のダブリン王立協会)の創立に尽力し、会長に選ばれた[15]。この時期のペティはサミュエル・ピープスの日記にしばしば登場しており、科学好きで王立協会に出入りしているピープスと話す場面や協会での出来事が書かれている。1664年2月1日に協会を訪問したチャールズ2世から「空気の重さを測ることにばかり時間を費やしている」と笑われたことに困惑した場面、1665年4月12日にロバート・フックが立ち上げたフランス製チャリオットの改善委員会に所属、1667年5月に世間に注目されていたマーガレット・キャヴェンディッシュを一目見ようと、ピープスと共に馬車へ乗って見物に出かけたことなどが記録されている。新型船建造に熱心で船底を2つに設計した双底船ダブルボトム(別名スルースボトム)と言う船を作り、1663年7月に国王の船と競争して勝ったことが書かれ、海軍官僚として関心があったピープスから日記でこの船について言及され、ペティは彼と盛んに論じていた。10月の処女航海で船員たちが乗船を嫌がりなかなか双底船へ乗らずに揉めたこと、無事航海を終えて1664年12月22日の進水式、翌1665年2月の祝賀会を経て3月から双底船は航海を始めたが、やがて嵐で船員もろとも行方不明になったことは初航海のトラブルと合わせて風刺の対象にされた。この後ペティは双底船再建を計画したが、1684年12月16日の試験航海の失敗で挫折してからは再建されなかった[16]。経済学分野における主要な著作は全て王政復古期に書かれている。