クライアントは、長い方のパスワードでも短い方のパスワードでも認証可能です。サーバーは、長い方のパスワードを使用したら、必ず認証失敗になります。サーバーを4.0までのパスワード形式で動作させるには[mysqld]old-passwordsを指定します。短い方にするオプションです。データベースをディレクトリ、テーブルを(基本的に)ファイルで表現します。ファイルに記録されています。まではバイナリ列がそのままデータベース名(=ディレクトリ名)、テーブル名(=ファイル名)、フィールド名になっていました。ディレクトリ名、ファイル名、フィールド名が、utf8のコードで書かれるようになったのです。したとたん、使えなくなります。バージョンアップしたあとに、フルリストアする必要があります。リンクし直してインストール。文字の自動変換機能による弊害が発生する可能性があるので、他のFAQを参考のこと。認証方法のままにするということ。