M-21:無人偵察機D-21の母機として設計。SR-71系R-12:A-12の偵察型でSR-71の原型。SR-71A:29機製造。テイルコーンを2.44m延長したテスト機。BTはビッグテイルの略。SR-71B:SR-71Aを改造した複座型練習機。SR-71C:複座型練習機。1機のみ製造(機体番号64-17981)。事故を起こしたYF-12Aの後部(機体番号60-6934)とSR-71Aの地上静態試験機の前部胴体を組み合わせたもの。高速度領域で操縦桿中央で直進しないという欠陥を生じたために、乗員からは不評であり、長くは使用されなかった。A-12時代にはミサイルの破片が主翼に突き刺さった事がある。