コードがないので、「あ」は「?」に変換されてしまう。配布されているバイナリがlatin1であり、文字破壊が起きてしまうこと。間の、コードと文字グリフィスのマッピングが食い違うこと。通ること自動変換を止めるオプションがないこと自動変換を止めるにはクライアントをbinaryにするか、サーバーと同じcharsetにするしかない。それだけでは全ての場合に対応できない。たとえるなら、PHPMyAdminの層、PHPの層、MySQLクライアントライブラリの層、MySQLサーバーの層、というように、階層が多すぎて、原因の特定に時間がかかる。現在運用しているひとは:原則、今のままキープですね。以上に上げると必ず問題に遭遇します。充分な検証の結果、解決の目処がたってから、サーバーをバージョンアップしましょう。アップグレードは問題なく楽に出来るでしょう。