細胞内部の構造を3次元で見ることができる。試料を傾斜できる電子顕微鏡が必要。解析するためのコンピューターと解析できる研究員も必要。原理は病院で診断に使われているCTスキャンと同じ。様々な角度から試料(細菌や細胞)の投影像を撮影し、コンピューターを使って正しい向きに調整します。調整した投影像を逆投影することで、試料の3次元構造を再構築します。数ナノメートルの分解能で撮影可能。細胞内で機能しているタンパク質や、精製することが難しい細胞内のタンパク質の構造を見ることができます。(電子線が透過しにくくなるため)。電子顕微鏡の加速電圧によって電子線の透過率が変化する。