BLAST」というプログラムを発見!ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/server/current_release/こいつを入れれば、WebインターフェイスからのBLAST検索も可能だ(要Apache)。気が向いたら、インストール方法などを公開したいと思う。2でスーパーコンピュータ構築。Applications(NCSA)において、PS2を70台つないだLinuxシステムを構築。世界のスーパーコンピュータ上位500台にランク入りできる性能らしい・・・近頃のゲーム機は性能が良いなぁ。AM会社のLinuxサーバを使って、ローカルでBLASTサーバを構築してみた。Tool)とは、DNAやタンパク質などの配列をホモロジー検索する、一連のプログラムのこと。実験で遺伝子配列を読んだ時に、その配列情報をデータベース検索することで、既知の遺伝子かどうか、また、既知の遺伝子ならば何の遺伝子であるのかを知ることが出来る。BLASTの検索サービスは、NCBI(米国立医学図書館)のホームページから簡単に利用できるので、こっちを利用している方も多いと思う。BLASTのプログラムはFTPで公開されているので、ローカルにデータベースを作ってプログラムを動かすことも可能なのだ。インストールは、いたって簡単。Linuxサーバを用意。NCBIのFTPサーバからlinux用の圧縮ファイルftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast.linux.tar.gzを落としてくる。このファイルを解凍すると、一連の実行プログラムがblastディレクトリに出来るので、そのディレクトリにpathを通すだけ。(言っている意味のわからない方は、Linuxの使い方から勉強してね)このままでは、データベースは空っぽなので、塩基配列の情報をデータベースに格納しなければならない。一般的なのは、FASTA形式と呼ばれるフォーマットだ。先月発表されたヒトゲノムの全配列を落としてみよう。NCBIのFTPサイトftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/April_14_2003/に、各染色体ごとに分けた配列情報が置いてある。(ちょっとサイズが大きいので、ダウンロードに時間がかかるけど・・・)この後、formatdbというコマンドで、データベースを作る。検索は、blastallというコマンドで行う。コマンドの使用方法については、付属のREADMEに書いてある。下記のHPを参照のこと。http://www.molbiol.ox.ac.uk/databases/dbsearching/formatdb.htmもっとも、このままではコマンドラインからしか使えないので、Webから検索できるようにするには、apacheを入れて、検索用のcgiを用意しなきゃならない。2003▼モナーはFlashに乗って海を渡る。「2ちゃんねる」におけるAA(アスキーアート)は、多くの人の手を経て、非常に水準の高いものに成長した。一種の芸術と言っても良いかもしれない。これは、日本語がアルファベットだけではなく、漢字、平仮名、カタカナなど、多くの2バイト文字を含んでいるため、豊かな表現が可能になったからだと考えられる。残念ながら2バイト文字を含むようなAAは、日本語の表示環境を持ったパソコンからでしか、見ることが出来なかった。ところが、最近のFlashムービーの普及によって、2バイト文字を含むAAキャラクターも海外から見ることが出来るようになり、ウェブロガーたちの間で話題になっているようだ。なんと、日本製Flashムービーを紹介するページまで・・・。▼国産ヒトES細胞が完成、京大研究所で第1号。センター」の研究チームが成功した。ES細胞は、再生医学の分野で注目を浴びているが、受精卵から作り出すため、倫理的な問題も多い。▼もしものためにDNA保存、名古屋の歯科医が企業向けサービス。社員が不慮の事故で死亡した場合に、DNA鑑定で身元を確認できる新サービス。血のつながりのある家族からのDNAでも、ある程度の高い確立で推定可能だけどねぇ。2003テンプレートのデザインをちょっとだけ変更。Sitemapが小さくてわかりにくかったので、大きくしてみた。AM▼ここ最近、バイオインフォマティクス関係の仕事が急に増えてきた。バイオインフォマティクスとは、「Bio+Infomatics」の名前のとおり、生物学と情報科学を融合させた、比較的、新しい学問分野である。近年の解析技術の急激な進歩により、遺伝子配列やタンパク質などの生体分子の情報量は、指数関数的に増加している。そこで、これらの膨大な生物情報から欲しい情報を効率よく扱うため、色々な情報技術が生物学の分野にも応用されるようになった。完成まで何百年もかかるだろうと言われていた「ヒトゲノム解析」が、ここまでスピードアップしたのも、情報技術に負うところが大きい。▼しかし、まだ新しい分野であるため、ほとんど手探りの状態なのだ。関連するデータベースやツール類がいっぱいあって、どれを使えば欲しい情報を手にいれることが出来るかは、それこそ、実際に自分で試行錯誤してやってみないとわからない。一方で、こうした混沌とした状態が、また面白くもあったりするのだ・・・マジで研究に没頭して寝食を忘れそうだよ・・・。2003ご朱印のページを作ってみた。全てのコレクションをスキャナで取り込み、県ごとにまとめてみる。うーむ、これだけ数があると、取り込むだけでも一苦労だなぁ・・・。今後は、少しずつ情報やコメントを追加してゆく予定。2003先週購入したクレマチスのポット苗を新しい鉢に植え替える作業を行った。近所で植木鉢を探して歩いたのだが、なかなか見つからなかった。そこでとった苦肉の策がコレ。近所の100円ショップで見つけた、小さなブリキのバケツ。底に穴がないため、このままでは通気性や水はけが悪い。通販で購入した園芸用の土「花ごころ培養土」を入れて、ポット苗を植える。