「mysqlコマンドが動いているから、自分のアプリも正しくコード変換するだろう」というものです。次の節の概念図をじっくり見てください。キャラクターセットが埋め込まれています。オプションがあり、キャラクターセットの指定ができます。埋込キャラクターセットを上書きします。オプションがあったりするわけではありません。文が実行されたりするのは、あくまでも、アプリ側の責任、作り手の責任なのです。読む処理を、作り手が意図して書かない限り、実現しないのです。