総人口230万人を数える、東京西部に広がる巨大な都市。その人口の約八割を学生が占めることから、「学園都市」と呼ばれているその都市では、世界の法則を捻じ曲げて超常現象を起こす力――超能力の開発が行われていた。ハートフル/ほのぼの幼いころ、キャンプ場で出会った男の子と「小惑星を見つける」という約束をした木ノ幡みら。正義感の強い大学生・中田正義はある夜、酔っ払いに絡まれていた美貌の外国人・リチャードを助ける。彼が宝石商であることを知り、祖母が死ぬまで隠し持っていたいわくつきの指輪の鑑別を依頼した正義。「廃棄戦争」と呼ばれた未曾有の大戦後の世界、アルシア。そこは、強者が弱者から自らの存在を示す「数字カウント」を奪い取る、弱肉強食の世界。そんな世界で、2人は出逢う。願いの成就とひきかえに、人知れず戦い続ける魔法少女たち。環いろはは、自分の願いを忘れてしまっていた。日常の中にぽっかりと空いた穴。北国の小さな村で生まれ育った、白っぽいきつね族の女の子『ほわん』。Zawa(アンダーノースザワ)へ旅立つ事に。その他局マナという能力を持つ貴族が、人類を守る責務を負う世界。能力者の養成校に通う貴族でありながら、マナを持たない特異な少女メリダ=アンジェル。彼女の才能を見出すため、家庭教師としてクーファ=ヴァンピールが派遣される。人の脳内に潜り込み、記憶を操る能力を持つ者達がいた。人は恐れ、蔑み、彼らを「pet」と呼ぶ。能力者である「ヒロキ」と「司」は特別な絆で結ばれていた。要(スドウカナメ)のもとに見知らぬアプリ「ダーウィンズゲーム」の招待メールが届く。「理系が恋に落ちたので証明してみた。彩玉大学に通う理系大学院生の才女、氷室菖蒲は同じ研究室の雪村心夜に告白する。