mapping少し前(2015年12月11日)に国立環境研究所が運営する生物多様性ウェブマッピングシステム(以下、BioWM)が公開されました。オープン化の促進を目的として、生物多様性データの可視化ツールを提供しています。4.0ライセンスのもとで利用可能です。これはこれで素晴らしいのですが、性格が悪い・R脳なので、これと同じことがRでできてしまうよなという感想を抱いてしまいました。{leaflet}で再現できそうですし。いえ、具体的にどうすれば良いかということが浮かんでこなかったので、自己を尊重する、ということも兼ねてBioWMと同様の機能をRで実装してみたいと思います。センターの研究データのマッピング(福島県東部の野生動物について)今回は1をRでやります。2についてはそのうち...。利用するRパッケージこれらのパッケージを利用します。{spocc}のユーティリティ用のパッケージで、生物分布情報をggplot2やLeaflet上へマッピングを実行する用これらのパッケージはBioWMと同じくGBIFが提供するAPIを利用しているので、Rでも同様のことができる、という話です。開発元は信頼と実績のropensciです。今回は一部の関数を利用しているだけなので、その他の便利な関数について知りたい方はパッケージのヘルプをご覧ください。生物分布情報のマッピングBioWMで行えるマッピングは以下の4種類です。今回利用するRパッケージを読み込ませます。cioides(スズメ目ホオジロ科)を対象にしてみましょう。2015年12月25日現在、BioWMでのホオジロのマッピング件数は4,918件となっています(以下、BioWMでのマッピングによる件数は同日のもの)。このうち、マッピングに使われる位置情報を持ったデータ件数は、GBIFのページを見るに1422件となります。Rでこのデータをとってきましょう。{spocc}パッケージのocc()関数を利用します。(1425)occ()関数の引数queryに対象の種名を渡し、データのソースをfrom引数で指定することで生物分布情報を取得します。今回はlimit引数でデータの取得件数を初期値の500から変更し、1500件までに設定しました。データは位置情報を含んでいるものだけを対象するよう、has_coordsによって指定しました。Leafletによるマッピングをするにはmap_leaflet()を使います。139.44))ブログに埋め込みできないので図のみを表示しています。実際のLeafletによる実例はRPubsのページにあります。日本を中心にして少しズームしました。国別BioWMではアジア地域の国々のデータに限定しています。日本でのデータ件数は3,912,475件となっています。種のマッピングと同様、occ()を使いましたが、今回はqueryには何も渡さずに検索時のオプションであるgbifopts引数においてcountryで取得する国を指定することで、日本国内でのデータのみを抽出しました。指定するオプションもあります。(500)BioWMと同じ件数のデータが該当しました。正常にデータが抽出できているようです。downloadを利用する必要があります。ページにアクセスして、ダウンロード可能な状況かを確認してから実行すると良いでしょう(ここまでくると、Rでやるのではなくて手作業でダウンロードしてきた方が早かったりする。分類階級で生物分布情報をマッピングすることができます。顕花植物門のデータ件数は154,752,923件となっています。先ほどと同様、occ()を使います。(500)検索時のオプションであるgbifoptsでは、分類群によって異なるtaxonKeyを指定しました。taxonKeyはname_backbone()によって調べることができます。MagnoliophytaのtaxonKeyは49となっているので、それを指定しました。検索する対象の件数があっていますね。詳細検索APIのパラメータを指定することで、より細かな条件で生物分布情報の抽出ができます。{rgbif}でもAPIパラメータを網羅しているので、詳細検索と同じ機能を実現できます。そのためには国別表示や分類群別表示で行ったようにocc()関数内のgbifopts引数において、リスト形式でパラメータ名とパラメータの値を渡します。いったものがあります(occ_options()を参考に)。データを表示するのは厳しい感じです。種のマッピングくらい。ダウンロードしたデータのマッピングは次回にお預けしました(BioWMの機能と同じ感じなので)。BioWMにより近づけるためにはShinyアプリにするというのは一つのアイデアかもしれません。いえば、そんなアプリを以前見かけた記憶がありますが、ブックマークなどから見つけることができませんでした。うまくやればできると思います。誰かが作ってくれるかな。最後に類似のShinyアプリを紹介します。生物分布情報のマッピングに興味がある方はご参考ください。(ややアップデートした2018年版)最近、以前書いた岩波DSの久保さんパートのおさらい記事を久保...2017-01-07Rで植生図を描画する植生図というものがあります。(1)はてなブログをはじめよう!u_riboさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。