細胞質膜を挟んで作られる一価カチオン濃度勾配を利用してタンパク質の分泌を促進する。ATPaseの働きにより、分泌タンパク質がSecYEGから押し出される。domainに捕捉される。細胞質膜を挟んで形成されるPMF(プロトン駆動力)を利用して、プロトンがSecD-F間を通って細胞内に流入する。(F型からI型に)構造変化を起こし、基質タンパク質を引っ張り出す。domainから解離する。SecDFタンパク質は再びF型の構造状態に戻る。上記サイクルを繰り返すことで、SecDFは段階的に膜透過を促進する。