M-21無人偵察機D-21の母機として設計。SR-71系R-12A-12の偵察型でSR-71の原型。SR-71A29機製造。テイルコーンを2.44m延長したテスト機。BTはビッグテイルの略。SR-71BSR-71Aを改造した複座型練習機。SR-71C複座型練習機。1機のみ製造(機体番号64-17981)。事故を起こしたYF-12Aの後部(機体番号60-6934)とSR-71Aの地上静態試験機の前部胴体を組み合わせたもの。高速度領域で操縦桿中央で直進しないという欠陥を生じたために、乗員からは不評であり、長くは使用されなかった。一例をあげると、使用する燃料にもJP-7という発火点の高い特殊な燃料が使われ、空中給油機にも専用のKC-135が用意される、など。