幕府から引継ぐと共に、横須賀湾を日本海軍の軍港として強化し、また辻堂の幕府鉄砲場をも接収して軍隊の演習場や実弾射撃場に拡張・利用した。含む諸施設を拡充し、後に舞鶴・呉・佐世保などとならぶ海軍工廠の一つとして整備されていった。横須賀には「帝国海軍」の創設と共に、海軍区の警衛、艦隊の出動、沿海の防備を担当し所属部隊を監督する官庁として鎮守府が開設され、早くから軍事都市としての機能をもつようになる。(明4)、兵部省の中に海軍提督府が設置されたのが鎮守府の始めである。東海鎮守府が横浜から横須賀に移転されると共に、横須賀鎮守府と改称、鎮守府条例が制定された。その機構がかなり整備された。(明22)、軍港司令官が任命され、第一は横須賀、第二は呉、第三は佐世保、第四は舞鶴などにも鎮守府が開庁され、軍備拡張と共に東日本に於ける海軍の基地としての基礎が確立した。(大12)の関東大震災の後には海岸の埋立・拡張と共に、市内各所の海軍諸施設が横須賀・箱崎の二半島に集中して、海軍用地としての性格が増した。その他の地区にわたる砲台の建設で、それら備胞工事は、ほぼ1894~1895年明27~28)の日活戦争期までにその大部分を完了した。要塞地帯法が制定された。