公式版では、重要度の違いからプロファイルとキャッシュは別々の場所にあるので、旧プロファイルの中身を新プロファイルにコピーしたとき、旧プロファイルに関連付いたキャッシュは、新プロファイルとの連携が断ち切られ、新プロファイルでは使用されなくなります。同じことをすると、キャッシュも一緒にコピーされます。このため、キャッシュまわりの問題がストレートに引き継がれてしまうケースがあります。公式版のプロファイルより多くのデータを含んでいて読み書きの頻度も多くなりますから、運用条件やこれまでの経過によっては、公式版以上にデータの一貫性や整合性が乱れる可能性もありえます。中身に何かしらの影響が生じることもあるでしょう。フォルダー単位で同一視してはいけません。(パーツごとに適正な取り扱いをすれば、互換性はあります。つなぎ替えても同じ条件で使える」ことに重点を置いて設計されているものなので、そこからくる制約や公式版との明確な差異(上述のようなこと)はあります。そのことが直ちにトラブルの原因になるわけではありませんが、問題の起こり方やトラブルシューティングの方法などに影響してくることはありますから、ご注意ください。ポータブル版を頭から否定するつもりはまったくありません。上記では「違い」を強調しましたが公式版との共通点もたしかにあります。ユーザーが自らのニーズに基づいてポータブル版を使うのですから、ぜひ有意義に使っていただきたいと思います。求められることを意識して使ってください」ということは申し上げておきたいと思います。以上、あとから首を突っ込んであれこれ申し上げて失礼いたしました。(おことわり)現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。若干重複する内容もあろうかとは思いますが...。消えたというトラブルに遭遇したことは一度もありません。複数の報告が上がっています。いうことは、そういう事象が発生している事実はあり、ならばその原因もどこかにあるわけです。報告されているケースがすべて同じ原因とは限りません。サーバーとの同期関係を正しく設定し直すことで解消できる場合があります。半面、報告されている事例の中には、発生機序を明らかにできないまま報告だけで止まっているものもあります。バグだとしても、どういう条件下で発生するのか具体的な検証ができなければ、どこをどう修正するのが適切なのか見えてこないので、修正のしようがない、ということになります。普遍性の高いバグであれば、多くのユーザー環境で発生することになり、洗い出しも進めやすいでしょうが、特定のユーザー環境でのみ発生する問題では、発生に際して非常に特殊な条件が関与しているのかもしれず、そのあたりを明らかにしていく必要が出てきます。側で改善できることはありません。以下、個人的に気になること、強調しておいたほうがいいかもと思った点について述べさせていただきます。)と、プロファイル内の実体ファイルの関係は既出のとおりでが、本質的にはプロファイルほうが主であり、フォルダーペインの方はそれに従った表示名であること強調しておきたいと思います。各プラットフォームと、それぞれの日本語版、英語版など各言語版において、すべて共通です。