基本として、隔週水曜日の午後に朝日放送のスタジオで2回分を収録[6]。2007年4月26日放送分からハイビジョン制作(ロケVTRのみ標準画質)へ移行するとともに、スタジオセットも一新された。収録では番組開始当初から、スタジオ中央の司会席に向かって右からカシコブレーン・ハイヒールリンゴ・ハイヒールモモコが着席。スタジオの右側にカシコチーム、左側に凡人チームの席をハの字状に配している。女性ゲストには、チュートリアルまたはブラックマヨネーズとたむらけんじに挟まれる格好で着席。データガールを務めるアナウンサーは、スタジオセットの右端(カシコチームの江川の席の右隣)で立ったまま待機する(主に本編の後半で登場)。データガールとして八塚が加入してからは、データガールとハイヒールのやり取りが新たな見どころになっている。カシコチームの座席の背後には、筒井の著書(「時をかける少女」など)や江川の作品(「まじかる☆タルるートくん」など)が置かれている。通算300回目の放送(2011年7月21日放送分)では、「有馬温泉」(神戸市北区)をテーマに現地でオールロケを敢行した[7]。放送開始10周年に当たる2014年には、ハイヒールの2人が本番組史上初の海外ロケで2月上旬にガラパゴス諸島を訪問。ガラパゴススペシャル』と、4月3日のレギュラー版でロケの模様を放送した[8]。2017年には、『バックトゥーザ!ビーバップハイヒール〜12年間の名作を1時間で振り返るスペシャル〜』と称して、後述する人気シリーズのダイジェストや「ハテナの自由研究」初期の名場面集を2月23日にレギュラー枠で放送した[9]。朝日放送(当時)での放送開始13年目に当たる4月7日放送分からは、放送済みの本編動画をTVerで配信。日本国内であれば、後述するネット局以外のエリアでも、放送後1週間限定で直近の放送内容をTVerから無料で視聴できるようになった。このため、オープニングの構成をTVer向けに改めたり、オープニング映像のアニメーションやコーナーロゴを変更したりするなどのリニューアルを実施している。2017年10月12日放送分で、通算の放送回数が600回に到達。この男、何者なのか?』として放送した。この収録には、ハイヒール、江川、ブラックマヨネーズに加えて、「凡人チーム」のゲストとして出演頻度の高い浜口順子が同行。筒井が小説を執筆する書斎を訪れたほか、代表作の1つである「時をかける少女」の執筆に至った背景を、本人の半生を織り交ぜた再現VTRで紹介した。事前に視聴者から募集した筒井への質問に本人が答える企画も実施。筒井の妻がロケ、筒井と親交の深い山下洋輔や又吉直樹がVTRコメントで登場した。