アレイ解析練習2『RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス』第10章(p.197)から、データ散布図の描写について。Rを起動し、まずはAffymetrixのサンプルデータを読み込む。data("Dilution")ちなみに、サンプルデータの概要は、以下のとおり。Dilutionに含まれる4枚分のアレイデータの内、2枚分のアレイデータを使用。行列演算子%*%を使った内積計算によって、2つのベクトルの和Aと差Mを計算する。これでは密集部分が黒く潰れてわからないので、hexbinパッケージを使って六角形ビン分割で描画してみる。データ行列xからhexbinオブジェクトを作成し、プロット。(色によって密度が示される。同様に、smoothScatterで濃淡を描画。densColsを利用する方法。局所的な密度を計算し、濃淡で表現。アレイ解析練習3本日は、アレイ解析からはちょっと離れて、Bioconductor上でのグラフの扱いについて。参考文献は、例によって『RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス』第21章より。Bioconductorには、グラフを取り扱う基本的な暮らすやメソッドを含むgraphパッケージ、経路探索などのグラフアルゴリズムを含むRBGLパッケージ、グラフを描写するためのRgraphvizパッケージがある。statusありゃ、怒られた(^^;と言うのも、Rgraphvizは外部プログラムのGraphvizのライブラリを使うので、先にこっちのインストールが必要だった。graphviz-devを実行し、再度、getBioC("Rgraphviz")を実行すると、無事にライブラリがインストールされた。Rでライブラリを読み込む。簡単な有向グラフを書いてみる。頂点(ノード)のラベルを定義。次に、頂点から頂点への辺(エッジ)の配線を定義。グラフのオブジェクトを生成。なんか味気ないので、頂点と辺に色を付けてみる。アレイ解析練習4昨日に引き続き、ランダムグラフとグラフ描画練習。randomEGraphにより、20個の頂点(ノード)に30本の辺(エッジ)がランダムにはられた無向グラフを作成する。attrs)ここで、レイアウトアルゴリズムを変えてみる。現在、実装されているレイアウトアルゴリズムは、"dot"、"neato"、"twopi"、"circo"、"fdp"の5つ。デフォルトではdotが指定される。他のレイアウトアルゴリズムも試してみよう。"fdp")ん〜、有向グラフを例にした方がおもしろかったかも。K-7のオフィシャル動画サンプルがアップされてます。http://www.pentaximaging.com/slr/K-7/Youtubeにも。被写体深度が浅い、明るい単焦点レンズの特性を生かし、フォーカスを移動させる絵作りは面白い。FISHEYEレンズとの組み合わせも、なかなか楽しそう。アジサイ(オタクサ)江戸末期、シーボルトが来日した折に、この『アジサイ』の花をこよなく愛したと言う。Otaksa”と命名したという、そんな逸話が残っている。ちなみに、アジサイには毒性があり、摂食すると、過呼吸、興奮、ふらつき歩行、痙攣、麻痺などを経て死亡する場合もあるとの事。従来、アジサイの含有する青酸配糖体がその原因物質ではないかと考えられてきたが、厚生労働省の通達によると、中毒症状と青酸配糖体との因果関係に関しては、確証が無いようだ。保育園探しいよいよ、相方もあと一週間で産休入りだ。仕事から帰ってくると「お腹が重い!重い!」と、その苦しみを訴えているのだが、僕が肩代わりするわけにもいかないので、いやはや何とも・・・(^^;で、今現在、我らの最大の悩みは「産休明け」の事。今年の8月に生まれ、1年間の産休を経て、来年の8月に復帰したい場合、年度途中で我が子を保育園に預けなければならない。自分の住んでいる足立区のHPに、認可保育園の空き状況が公表されているのだが、なんと募集人数ゼロ・ゼロ・ゼロのオンパレード。途中入園って、難しそうだなぁ、オイ。すると、比較的入りやすいと思われる再来年の4月に入園という事になる。相方が8月に仕事に復帰するのため、8月〜翌3月までの間、どこかで預かってもらわなければならない。「認可」保育園の場合、入園は区役所の方で取り仕切っているため、あまり融通が利かない。場合、少々保育料は高くはなるが、事業者と利用者の直接契約になるため、「認可」よりは融通が利きそう・・・と持っているのだが、実際のところはよくわからん。わけで、とりあえず候補の保育園を見学し、ついでに状況の偵察に行く予定。妻の里帰りいよいよ妻の腹も大きく膨らんできたので、先週末、実家のある栃木まで送ってきた。向こうでお世話になる産婦人科医院へ行き、母親学級と検診に付き合う。都会のクリニックは、狭い待合室に実に多くの妊婦とその付き添いの家族がひしめき合っていたが、こちらの産婦人科の待合室は、人もまばらで、広々としている。地方と都会との少子高齢化の進行度の違いなのだろうか。検診終了後、妻の実家で一泊し、お暇乞いして東京へ戻り来りて、ながながし夜を独りかも寝む・・・これだけの長期に渡って、夫婦別々に過ごすのは、一緒の生活を初めて以来の事である。独身生活を満喫かな・・・と思ったのだが、夜、独り布団に横になると、何か心の奥底にぽっかりと穴があいた様な寂しさを感じるものである。妻とは毎晩Skypeで連絡を取るつもりだ。