国営沖縄記念公園として整備され、アクアポリスもシンボル的存在として残された。mに固定され(会期中より沈んだ状態で)、アクア大橋とアクアポリスとの連結部は会期中の主甲板下(エスカレーターで昇って主甲板の展示室に入るようになっていた)から、主甲板と同じ高さの場所に移動された。会期中にアクア大橋と連結されていたエスカレーターと展示部分は撤去されずに残された。アクアホールでアニメ上映会を開催したり、主甲板にレストランを開設するなどリニューアルが行われたが来館者数が低迷し、本体の再塗装など保守費用の調達も困難となっていった。出資者を募り整備やリニューアルを行う計画や、会場から南の那覇市沖にアクアポリス本体を移動させ商業施設として開発を行う計画などが浮上したが、資金調達の面で現実化しなかった。錆が進んだ構造本体に一般客を入れることが危険な状態になったため、1993年(平成5年)に閉館。その後も再開発計画は進まず、2000年(平成12年)10月に米国企業に1,400万円で売却(企業の購入目的は解体処分後の廃材再利用)され、同月23日に上海へ曳航された。以後はアクア大橋も橋脚ごと撤去され、夕陽の広場近くの元の橋詰めにも石積みがされており、アクアポリスと橋があった跡を確認するのは困難である。