各プライマー断片のTm値は、下記の式1により計算します。ΔSといった各種エネルギー値はnearest-neighbor法(1)により計算します。C/4は対象塩基配列がNon-self-complementaryの時使用します。self-complementaryの時はCに置換します。Mg濃度はNa濃度に換算します。5')は下記の式2により計算します。energy)を計算し、安定性を見ます。安定性の基準としてΔG≦-5kcal/molのとき安定とします。この基準値は変更可能とします。ΔG計算に用いるパラメータは論文(2)の値を参照してください。ΔG計算の際にmismatch(塩基対が相補的でない状態。A対G、C対A)が生じた時に用いる値は、論文(3、4、5)を参照してください。前提条件:塩基配列を2塩基ずつに分割します。対象塩基配列(塩基数N)のn番目(1≦n≦N)の塩基をn(i)、得られる配列をseq(i)とします。n(i+1);(ただし1≦i≦N-1)となります。energyをΔG(i)とします。correction。塩基配列がself-complementaryの時の補正値。parameterは塩基配列の両末端に適用する。38ターゲットレンジについてプライマー情報ファイルについてプライマー情報ファイルとはループプライマーは、LAMP法(迅速法)においてLAMP標準法のプライマー(FIP,BIP,F3,B3)に追加して使用されます。そのため、ループプライマー設計のためにはターゲット配列のみならず、FIP,BIP,F3,B3のターゲット配列上での位置情報が必要となります。本ソフトウェアでは以上の情報をプライマー情報ファイルの形式で入力します。選択プライマー表示画面からプライマー情報ファイルをダウンロードしてください。表示画面を参照してください。)の無断転載を禁止します。