鴨川で、まどか、ラン、ムギナミが別れて数ヵ月後。レ・ガリテの王女に戻ったランは、兄のディセルマインが進める秘密の実験に参加していた。その中には、ムギナミの乗るウォクス・イグニスの姿もあった......。高校三年生に進級したまどかだは、いまだ自分の進路を決められず、ジャージ部の同志、ランとムギナミと離れて暮らす日々に寂しさを感じていた。そんなある朝、何の前触れもなくランが鴨川の浜辺に現れた。再会を喜ぶまどかに、ランは真剣な表情で「もう一度アウラに乗って欲しい」と告げる。宇宙規模の国際会議のために鴨川に戻ってきたファロスへとまどかを連れて行くラン。そのとき、所属不明のオービッドがファロス上空にあらわれた。ふたりと出会った夏が来たーー。