大きく中心となるお堂が祖師堂です。このお堂は、名称のとおりに祖師、すなわち日蓮宗の宗祖日蓮聖人をお祀りするお堂です。災害でしばしば諸堂を失いましたが、その度に復興されて来ました。のを、10万人講という信徒の人々の浄財によって足掛け11年という期間をかけ天保13年(1842)に上棟、弘化3年(1846)に落慶したものです。足を組んで坐り両手には法華経を開き持つという、読経のお姿です。その下は実は一糸まとわぬ裸形なのです。最初から袈裟・衣をお着せするように造られた像であるという訳です。いらっしゃるようにお仕えするという、生身の日蓮聖人像なのです。新本堂の建立など50万人講復興事業が進む中で、締めくくりとして日蓮聖人の尊像の修復に取り掛かったのは平成3年4月のことです。なかったことに、尊像の胎内から多くの納入品が発見されました。江戸時代に修理が行われた際に納められた願文の写経等です。津波や地震、火災など、六百余年の間幾多の災害を乗り越えてきた誠に尊いお像であったのです。像自ら本当のお姿を顕わされたのです。祖師堂に安置されました。今から770年を溯る貞応元年(1222)2月16日、日蓮聖人は小湊の地でお生まれになりました。捧げる日蓮聖人誕生会を毎年盛大に行っています。生身の尊像の修復成った平成4年の誕生会は、例年にも増して意義深いものと言えましょう。