3回目のアニメ化1985年から『ドラえもん』以来の藤子アニメブームに乗り、シンエイ動画により3度目のアニメ化がなされる。この際に新作連載の依頼が作者の下に来たが、「もうオバQのようなタイプのギャグ漫画を描くのは難しい」と、この申し出を断っている。結局、作者が示した新設定のキャラクターイラストの描き下ろしと、単行本(てんとう虫コミックスの傑作選全6巻と『新オバケのQ太郎』全4巻)のカバーをリニューアルし、『コロコロコミック』(当時『コロコロ』での再掲載は終了していたが、再び復活する形で)や学習雑誌に過去の作品を再掲載する形が採られた。