\kanjiencoding{JY3}\selectfontと言われてしまう、という問題が続いていた。Forumで質問したところ、再現するけどupstreamへ、ということだったのでLuaTeX-jaのほうにご報告させていただいたところ、チケットを切っていただいた。Manjaroではつい先日Texliveが201804にアップデートされたが、この問題はLuaTeX-jaが201806として解決してくださっている。/usr/share/texmf-dist/tex/luatex/luatexja/とすればとりあえずこの問題は解決する。\begin{document}なんて言われてしまう。別チケットにします.(#38372)とのことで、チケットを切っていただいた。現在のところkitagawa_testブランチになっているが、恐らく近日中に取り込まれるだろう。長い戦いだったが、ようやく論文や教材の清書も捗るというものだ。ちなみに、この影響でgendoc-pandoc.zshのほうはMathfontに対応した。